Academic literature on the topic 'Animaux d’élevage'

Face à la complexité de la mesure du bien-être des animaux, étudier la génétique des capacités d’adaptation des animaux à leurs conditions d’élevage ou leurs réponses de stress dans diverses situations peut apporter un premier élément de réponse à la question de l’importance de la génétique dans le bien-être des animaux. Mais ce type d’études soulève de nombreuses questions : les capacités d’adaptation ne peuvent se résumer à une seule mesure, le choix et l’interprétation des tests comportementaux et physiologiques sont délicats, notamment parce que les facteurs de variation des résultats sont très nombreux (milieu d’élevage, environnement social, expérience de l’animal, nature des stimuli…). De plus l’analyse génétique des données soulève souvent des questions méthodologiques. Les développements de la génomique permettront de préciser le rôle de la génétique dans ces caractères ainsi que de mieux comprendre la nature des liaisons entre différentes mesures des capacités d’adaptation. Mais elle ne permettront de s’affranchir ni de la question de l’interprétation des résultats ni de la prudence à avoir sur leur portée.

L’élevage de porcs est pratiqué en milieu lacustre au Bénin malgré une forte présence d’eau de surface. L’étude vise à identifier les facteurs de risque de la dissémination de la peste porcine africaine (PPA) dans les pratiques d’élevage des milieux lacustres afin de proposer des mesures de biosécurité adaptées à ces milieux. Les données ont été collectées par entretien avec 48 éleveurs de porcs des communes des Aguégués et de Sô-Ava. Une typologie de ces élevages a permis d’identifier trois types d’élevage qui se distinguent sur le mode de logement, les types génétiques élevés, les types d’aliments utilisés, le mode de gestion des déchets et des cadavres des animaux. Le premier type correspond à des élevages en claustration totale qui ont des porcs de type génétique exotique nourris avec des mélanges de matières premières. Ces éleveurs jettent les déjections et les animaux morts dans l’eau du fleuve. Les deux autres sont des élevages en claustration partielle et en liberté qui ont des animaux de type génétique local nourris avec les restes de cuisine et du fourrage. Les déchets sont jetés dans l’espace non occupé par l’eau, mais des cadavres sont parfois enterrés (claustration partielle). Les pratiques d’élevage dans les trois types ne les protègent pas de la PPA. Cette vulnérabilité à la PPA des élevages diffère d’un type à l’autre et la liberté des porcs rend les élevages plus vulnérables. L’étude nous a permis de mettre en évidence une relation entre les différents types d’élevages et les risques de dissémination de la PPA, ce qui nous a conduits à élaborer une série de mesures de biosécurité adaptées à chaque type et destinées aux éleveurs et aux autorités.

Au Brésil, l’élevage bovin est présent dans tout le pays où il est pratiqué dans les grandes fermes (fazendas) et dans les systèmes d’agriculture familiale. Sur les fronts pionniers de l’Amazonie, en particulier dans la région d’Uruará, l’élevage familial présente deux caractéristiques contrastées : un fort dynamisme et l’absence ou la faiblesse d’encadrement technique. Cette situation engendre une série de contraintes qui limitent le développement de ce type de système de production. La mortalité des veaux avant sevrage, sans qu’aucune étiologie évidente n’ait été indentifiée, est l’une de celles qui apparaissent comme les plus préoccupantes. Afin de caractériser la diversité des systèmes d’élevage familiaux de cette région en fonction des facteurs qui pèsent sur la mortalité des jeunes animaux, une typologie des éleveurs a été proposée à partir d’une enquête transversale rétrospective portant sur les caractéristiques sociales et structurales ainsi que sur les pratiques d’élevage. Elle a permis de mettre en évidence trois types de systèmes d’élevage : les systèmes où prédominaient les bâtiments bien construits et hygiéniques où les pratiques d’élevage étaient mises en oeuvre correctement ; les systèmes où les bâtiments n’étaient pas bien construits et où l’hygiène était insuffisante et les pratiques d’élevage peu compatibles avec la bonne marche de l’exploitation ; enfin, les systèmes où les bâtiments, les conditions hygiéniques et les pratiques d’élevage étaient très précaires. Cette typologie a mis aussi en évidence les principaux facteurs considérés comme un risque potentiel pour la mortalité des veaux, soit : les bâtiments d’élevage mal construits, le mauvais entretien des étables et des box pour les veaux, une complémentation minérale insatisfaisante et les vermifugations irrégulières. Des propositions d’ordre structurel, sanitaire et d’entretien des animaux sont faites afin de diminuer le taux de mortalité chez les jeunes animaux dans les systèmes d’élevage familiaux.

L’agro-écologie utilise les processus naturels et les ressources locales plutôt que des intrants chimiques pour assurer la production tout en limitant l’impact environnemental de l’agriculture. A cette fin, des innovations en génétique sont nécessaires pour disposer d’animaux productifs et adaptés à des contextes locaux variés. Pour toute filière d’élevage, réorienter les programmes de sélection actuels semble plus utile que développer des programmes spécifiques qui peineront à être efficaces en termes de coûts et de progrès génétiques attendus. Améliorer la robustesse des animaux vise à promouvoir leurs capacités d’adaptation en intégrant de nombreux critères de sélection, en particulier de reproduction, santé, et d’adaptation à des ressources alimentaires peu digestibles et au changement climatique. Cela amène à considérer les interactions génotype-environnement dans la prédiction des valeurs génétiques et à évaluer les performances des animaux dans des systèmes à bas intrants pour sélectionner ceux qui sont adaptés à des conditions limitantes. La standardisation tant des animaux que des conditions d’élevage paraît antinomique avec les principes de l’agro-écologie prônant une adaptation des animaux aux ressources et contraintes locales dans des systèmes peu artificialisés et très liés à leur environnement physique. Il n’y a donc pas UN animal type agro-écologique, mais DES animaux aux profils variés permettant de répondre aux attentes de l’agro-écologie. Face à la diversité des milieux et des systèmes d’élevage, il faut conserver une diversité génétique importante intra-race, mais aussi préserver la diversité génétique entre races. Cela nécessite une caractérisation phénotypique et génétique des races locales. Enfin, il s’agit de favoriser l'appropriation par les éleveurs et les techniciens d’élevage des outils et des ressources génétiques disponibles pour répondre à leurs besoins.

La protection des animaux d’élevage devient une demande sociale prioritaire. Pour y répondre, il est nécessaire de disposer d’outils d’appréciation du bien-être animal. Bien que le bien-être renvoie directement à la perception que l’animal a de sa situation, il est possible de le mesurer objectivement. Pour cela, plusieurs approches sont possibles. En premier lieu, l’ergonomie, qui consiste à considérer l’animal comme un acteur devant réaliser des tâches, permet d’obtenir des renseignements sur les besoins des animaux. Cette approche doit être complétée par la mesure des préférences, qui consiste à proposer des choix aux animaux. Ces mesures permettent d’obtenir le "point de vue de l’animal". Enfin, dans les comparaisons de situations, l’animal est alors placé dans un environnement déterminé et on estime l’inconfort qu’il peut en percevoir. Ces comparaisons doivent reposer sur des critères sanitaires, zootechniques, physiologiques et comportementaux.

Dans les pays occidentaux, les interrogations sur les systèmes d’élevage et la consommation des produits animaux sont de plus en plus nombreuses. Repenser la consommation globale de produits animaux parallèlement à un dimensionnement et une réorientation des élevages devient nécessaire pour des raisons sanitaires et environnementales. Dans ce contexte, nous proposons une approche holistique pour faire émerger des pistes de solutions qui tiennent compte des effets d’interdépendance entre la santé des êtres vivants et de leur environnement et de la diversité des situations. Nous montrons que la réduction de la surconsommation actuelle de produits animaux est nécessaire, en particulier pour la viande. Toutefois, les produits animaux apportent des nutriments d’intérêt pour la santé humaine, et certains systèmes d’élevage agroécologiques contribuent à réduire les impacts ou à fournir des externalités positives. Il s’agit de faire évoluer les modes de consommation tout en reconfigurant et réorientant les systèmes d’élevage. Cela implique, entre autres, une prise en compte des échanges internationaux et une évolution des filières pour différentes productions et races animales ou pour les légumineuses par exemple. Pour finir, nous soulignons l’importance du rôle des politiques publiques pour stimuler la mise en place de ces changements, jusque dans l’assiette du consommateur.

Le sens moral de la relation de travail entre hommes et animaux est un enjeu essentiel de la redéfinition des activités d’élevage, plus particulièrement des systèmes industriels de productions animales. Eleveurs et salariés sont confrontés à des attentes sociales en termes d’évitement des souffrances aux animaux et à des interrogations relatives à la légitimité morale des hommes à les tuer pour se nourrir. En systèmes industriels, la destruction d’animaux non rentables économiquement, nommée « euthanasie », fait partie du travail, ce qui pose la question du jugement moral autonome des travailleurs. Contrairement aux théories éthiques très influentes dans le milieu de la protection animale, l’approche scientifique que j’ai retenue donne toute son importance à l’expérience morale subjective d’hommes et de femmes confrontés à l’euthanasie et à la mise à mort alimentaire de leurs animaux. S’appuyant sur les cadres théoriques de la sociologie morale et de la psychodynamique du travail, et à l’appui d’enquêtes réalisées auprès d’éleveurs en France et de salariés au Québec en production porcine, cette thèse démontre que le sens donné à leur relation de travail aux animaux possède une dimension morale, dimension qui s’altère sous l’effet de formes industrielles d’organisation du travail. Pratiquer l’euthanasie exige une disposition morale vertueuse : le courage. Elever des animaux, c’est faire preuve de gratitude par un don de la vie bonne qui est un geste de reconnaissance de la vie qu’ils donnent aux hommes. En systèmes industriels, le courage se dégrade en l’adoption de conduites viriles. L’échange particulier de dons de vie entre hommes et animaux est lui aussi perverti
The moral sense of the working relation between men and animals is an essential stake in the contemporary redefinition of the activities of breeding, more particularly industrial systems of animal production. Breeders and workers are facing new social expectations, such as sparing animals sufferings, and moral interrogations on the legitimacy of the humans to kill animals in order to feed themselves. In industrial systems, the destruction of economically unprofitable animals (referred to as "euthanasia") represents a large part of the workers’ activity, and raise the question of their autonomous moral judgment. But the ethical theories of animal protection that became highly influential do not take a look at the subjective moral experience of men and women facing the killing of their animals, whether for euthanasia or food production. This dissertation leans on the theoretical frames of moral sociology and the French psychodynamics of work, as well as on empirical studies on French breeders and Quebec workers in pig production. It demonstrates that the sense given by these actors to their working relation with animals has a moral dimension, which is precisely deteriorated under the influence of industrial forms of work organization. The practice of the euthanasia requires a virtuous moral disposition: courage. In industrial systems this virtue degrades in the adoption of virile behaviours. Raising animals is showing them gratitude, by giving them “the good life” which recognizes them as beings who give life to human people. In industrial systems this particular exchange of gifts is corrupted

Les épizooties du passé, malgré leur impact économique, sanitaire et social sur les sociétés agro-pastorales anciennes, sont particulièrement mal documentées en archéologie, et leurs millions de victimes semblent n’avoir laissé aucune trace matérielle. Cette thèse s’attache donc à démontrer qu’il est non seulement possible de mettre en évidence des dépôts animaux consécutifs à des crises de mortalité, mais aussi d’identifier les causes spécifiques des décès. Elle adopte une démarche interdisciplinaire, mêlant méthodes et données de l’archéologie, de l’histoire et de la médecine vétérinaire. Deux outils méthodologiques y sont développés. Le premier est une grille d’analyse permettant l’identification des crises de mortalité animales parmi tous les dépôts de faune rencontrés en archéologie. Le second est une démarche de diagnostic différentiel de la nature des crises, reposant sur la confrontation entre les caractéristiques épidémiologiques des dépôts animaux et celles des principales causes de mortalité identifiées aux époques étudiées. Des examens complémentaires ciblés permettent alors la validation des hypothèses diagnostiques obtenues. Une cinquantaine de dépôts animaux témoignant vraisemblablement de crises de mortalité passées sont ainsi identifiés dans la bibliographie, corpus faisant l’objet d’une analyse multicritère diachronique et spécifique. Six assemblages ovins datés de l’Antiquité à la période Moderne font ensuite l’objet d’une étude archéologique et ostéologique approfondie. L’application du protocole d’analyse permet la formulation d’hypothèses diagnostiques dans cinq cas sur six, et dans un cas sa confirmation par la mise en évidence du pathogène incriminé
Acute episodes of animal mortality had severe impacts on past societies, with lasting economical, sanitary and social consequences. They remain however largely undocumented, in particular in archaeology, where the millions of animal victims described in historical texts appear to have left no material evidence. This dissertation thus strives to explore this discrepancy and to demonstrate that not only is it possible to identify archaeological deposits of mass animal mortality, but that it is also possible to diagnose the specific cause of the deaths. Theses aims are addressed by an interdisciplinary approach, drawing on methods and data from the fields of archaeology, history and veterinary science, and leading to the development of two methodological tools. The first tool allows the identification of animal mass mortality deposits through a flow chart based on objective archaeological criteria. The second presents as a protocol allowing the differential diagnosis and those of the main causes for animal mortalities in that time and place. Selected diagnostic hypotheses are then tested by targeted analyses. This allows us to identify fifty-one archaeological animal deposits probably resulting from mass mortality events in the bibliographical record, and to carry out a multi-criteria analysis of the resulting corpus in a diachronic and a species-specific perspective. Six ovine assemblages dating from the Roman period to the Modern period are then selected for an in-depth archaeological and osteological study. Likely diagnostic hypotheses are identified through our protocol in five cases out of six, one of which is confirmed by the paleoparasitological identification of the suspected pathogen

La Corse est une île méditerranéenne française marquée par de fortes activités humaines et animales au sein de différents biotopes. Parmi ces biotopes, les plus marquants sont les zones humides. Au sein du territoire Corse, sept catégories de zones humides ont été dénombrées, allant de zones humides temporaires, telles les mares et les estuaires temporaires, à des zones permanentes de grande taille, telles les lagunes littorales. Ces zones sont des zones clef des activités humaines (agricoles, touristiques, récréatives), animales (agriculture, abreuvages, repos, migration) et favorables à la prolifération et à la circulation d’agents pathogènes et de leurs vecteurs. C’est dans ce contexte que nous avons mis en place cette étude, basée sur la recherche d’agents pathogènes dans différents groupes d’animaux et leurs vecteurs dans les zones humides de Corse. Elle s’est focalisée sur trois groupes d’animaux. Le premier est celui des mammifères sauvages, ayant pour modèle le sanglier. Le deuxième groupe est celui des animaux d’élevages Corse. Le troisième est celui de l’avifaune. Lors de notre étude, 601 tiques ont été collectées, réparties dans 4 genres différents : Dermacentor spp. (D. marginatus), Hyalomma spp. (Hy. marginatum et Hy. scupense), Ixodes spp. (I. acuminatus/ventalloi, I. arboricola/lividus, I. frontalis et I. ricinus) et Rhipicephalus spp. (Rh (Bo). annulatus, Rh. bursa et Rh sanguineus s.l.). Parmi ces genres, des préférences d’infestations ont été observées, comme cela a été le cas pour le genre Dermacentor pour le sanglier, le genre Rhipicephalus pour les bovins et le genre Ixodes pour l’avifaune. En complément des tiques collectées, 37 mouches plates de l’espèce Ornithomya biloba ont été collectées sur l’avifaune migratrice. Il s’agit de leur première identification sur le territoire Corse. Par le biais d’un outil de PCR micro-fluidique en temps réel à haut débit (BioMarkTM dynamic arrays, Fluidigm Corporation, USA), 34 espèces et 11 genres de bactéries, parasites et virus ont été recherchés dans les trois groupes d’animaux cibles. En complément, les virus Usutu et West Nile virus l’ont été dans les échantillons de l’avifaune. Six genres d’agents pathogènes ont été détectés dans les ectoparasites et dans les animaux : trois genres bactériens (Anaplasma, Ehrlichia, Rickettsia), deux genres de parasites (Babesia, Trypanosoma) et un genre viral (Flavivirus). Parmi ces différents genres, certaines espèces ont été identifiées pour la première fois en Corse comme c’est le cas pour : Rickettsia helvetica dans les tiques de l’avifaune, Ehrlichia chaffeensis dans les tiques et oiseaux échantillonnés et Anaplasma capra dans des élevages d’ovins. La présence de certains agents pathogènes a également été confirmée dans des zones humides telles que des bactéries des genres Rickettsia dans des tiques de sangliers et bovins, Anaplasma dans des élevages d’ovins et bovins, Babesia dans les tiques de sangliers et bovins ainsi que dans les populations de sangliers, Trypanosoma dans les populations de bovins et le West Nile virus dans l’avifaune
Corsica is a French Mediterranean island marked by strong human and animal activities within different biotopes. Among these biotopes, the most outstanding are the wetlands. Within the Corsican territory, seven categories of wetlands have been counted, ranging from temporary wetlands such as ponds and temporary estuaries to large permanent areas such as coastal lagoons. These areas are key areas for human (agricultural, tourist, recreational) and animal (agriculture, watering, resting) activities. Due to their characteristics, these habitats are important in public health by their role in the proliferation and circulation of pathogens and their vectors. In the context of Corsica, the sanitary importance of wetlands is all the more important due to the insular context in the Mediterranean, which makes these areas points of resting for animal migrations such as avifauna. This favorable context for the research of pathogens in groups of animals and their vectors in Corsica wetlands was the target in our study. It focused on three groups of animals. The first one is the wild mammals where we focused on the wild boar. The second group is that of the animals of the corsican breeding. The third and last group is the avifauna. During our study, a total of 601 ticks were collected. They are composed of 4 different genera: Dermacentor spp. (D. marginatus), Hyalomma spp. (Hy. marginatum and Hy. scupense), Ixodes spp. (I. acuminatus/ventalloi, I. arboricola/lividus, I. frontalis, and I. ricinus), and Rhipicephalus spp. (Rh(Bo). annulatus, Rh. bursa, and Rh sanguineus s.l.). Among these genera, infestation preferences were observed, as for the genus Dermacentor for wild boar, the genus Rhipicephalus for cattle and the genus Ixodes for avifauna. In addition to the ticks collected, 37 loose flies of the species Ornithomya biloba were collected from migratory avifauna. This is their first identification on the Corsican territory. Using a high throughput real-time micro-fluidic PCR tool (BioMarkTM dynamic arrays, Fluidigm Corporation, USA), a total of 34 species and 11 genera of bacteria, parasites and viruses were searched for in the three target animal groups. In addition, Usutu and West Nile viruses were tested in avian samples. A total of six pathogen genera were detected in ectoparasites and animals: three bacterial genera (Anaplasma, Ehrlichia, Rickettsia), two parasite genera (Babesia, Trypanosoma) and one viral genus (Flavivirus). Among these different genera, some species have been identified for the first time in Corsica as it is the case for: Rickettsia helvetica in avifauna ticks, Ehrlichia chaffeensis in sampled ticks and birds and Anaplasma capra in sheep farms. The presence of some pathogens was also confirmed in wetlands such as bacteria of the genera Rickettsia in wild boar and cattle ticks, Anaplasma in sheep and cattle farms, Babesia in wild boar and cattle ticks as well as in wild boar populations, Trypanosoma in cattle populations and West Nile virus in avifauna

La qualité du lait est encore de nos jours un souci pour les producteurs et les industriels laitiers. Dans ce travail, le degré de protéolyse de la caséine a été évalué par dosage du caséinomacropeptide (CMP). La réponse des cellules immunocompétentes du sang et du lait a été étudiée lors d'une mammite expérimentale à Staphylococcus aureus. Un dosage du CMP par immunonéphélémétrie microparticulaire a été mis au point et appliqué à différents types de laits. Une étude du point isoélectrique du CMP dans des laits de vache de races différentes a été réalisée. L'activation des leucocytes du sang et du lait lors d'une mammite expérimentale a été évaluée par mesure de l'expression de molécules de surface Bola I, Bola II, CD14 et CD62L et d'activités enzymatiques intracellulaires (élastase, collagénase, cathepsine D). Un dosage des caséines et du CMP a été réalisé par immunonéphélémétrie dans des laits de quartiers infectés et de référence. Le dosage du CMP par immunonéphélémétrie est applicable au lait bovin. Un seuil de concentration au-delà duquel on peut suspecter une protéolyse de la caséine a été défini. La concentration en CMP est très élevée dans le colostrum. Une augmentation de la concentration en CMP a été mise en évidence dans des laits de différentes qualités bactériologiques. La protéolyse de la caséine a été suivie dans des laits conservés à 4°C. Ce dosage permet de détecter l'augmentation de la concentration de CMP dans des laits surchargés en lactosérum. Le dosage de CMP dans les fromages blancs a montré une augmentation progressive de la concentration lors de leur conservation. Dans le modèle de mammite un pic d'activation des leucocytes du sang périphérique est détecté au 17ème jour de l'infection. Le nombre de cellules somatiques du lait augmente dès le 2ème jour, l'expression des antigènes de surface des leucocytes et les activités enzymatiques sont relativement stables au cours du temps. La comparaison des leucocytes du lait et du sang indique une augmentation de l'activation des macrophages et des polynucléaires neutrophiles (PN) dans le lait. Il y a une diminution de l'activité collagénase des leucocytes du lait par rapport à ceux du sang mais une augmentation des activités élastase et cathepsine D des polynucléaires neutrophiles. La qualité du lait est modifiée comme en témoigne les variations de concentration des caséines et du CMP.

Au cours du XXème siècle, l’élevage français a connu un formidable développement dont la poursuite se trouve actuellement fragilisé. L’effort de recherche sur la durabilité de l’élevage s’est focalisé sur la performance économique et environnementale, principalement au niveau de l’animal et de la ferme. Peu de travaux ont abordé les trois piliers de la durabilité à des échelles territoriales où les différentes filières animales se combinent. Une approche articulant l’élevage de ruminants et monogastriques à l’occupation du sol et à l’utilisation des ressources au niveau territorial fait actuellement défaut. Cette thèse développe une évaluation holistique de l’élevage dans les territoires métropolitains en mobilisant une batterie d’indicateurs abordant les contributions positives et négatives de l’élevage. Pour l’ensemble du territoire métropolitain, nous avons constitué trois bases de données à l’échelle départementale. La première base contient des indicateurs socioéconomiques, d’occupation du sol, et de production animale sur la période 1938-2010. La seconde base fournit pour 2010 des indicateurs de production animale et végétale. La troisième base fournit des indicateurs mesurant la contribution de l’élevage à la fourniture de services culturels, socioéconomiques et environnementaux. Avec la première base, nous avons modélisé les trajectoires d’intensification de l’élevage depuis 1938 et identifié les déterminants des dynamiques de changement de l’élevage. Avec la deuxième base, nous formalisé le métabolisme territorial de l’azote, duquel nous avons dérivés six indicateurs pour évaluer la durabilité de l’élevage. Avec la troisième base, nous avons modélisé le lien entre le niveau actuel de fourniture de services et les trajectoires d’intensification. Nos résultats révèlent une différentiation territoriale de l’intensification de l’élevage depuis 1938. Productivité et densité animale ont triplé dans les territoires de l’Ouest, et augmenté de 1.6 dans les territoires de l’Est et du Massif Central. Dans les territoires sans élevage, la surface fourragère principale a reculé de plus de la moitié, tandis que la taille des fermes a triplé et la productivité du travail a quadruplé. Le métabolisme territorial révèle un arbitrage entre autonomie en azote et productivité animale. Les impacts locaux (surplus azoté / ha) et globaux (émissions excrétion azoté / kg de produit) forment un arbitrage difficile à atténuer. L’analyse des contributions positives de l’élevage montre que les territoires ayant suivi une trajectoire herbagère fournissent des services sociaux, environnementaux et culturels; alors que les territoires hébergeant les élevages les plus productifs fournissent surtout des services socio-économiques (emplois). De par sa profondeur historique et sa couverture spatiale, cette thèse offre une analyse inédite de l’élevage et de ses performances dans les territoires. Elle apporte des connaissances pour identifier des leviers de durabilité pour l’élevage de demain
The development of the livestock sector in the past century undergone a strong intensification. The current heterogeneity of livestock areas in France may have arisen from a spatial differentiation of intensification process. Different degrees of disconnection between livestock and land have resulted in contrasted levels of performance and impacts across areas. To date, a lot of research effort has been directed at measuring environmental impacts and economic performance of livestock systems at the farm level. Insufficient attention has been paid to the three dimensions of sustainability and to trade-offs among them. Existing livestock heterogeneities across areas also deserve more research. An approach that enables connecting livestock to land and resources, at regional level, could bring novel insights on the role of livestock in use and transformation of resources. The goal of this PhD was to develop a holistic assessment of livestock areas using multimetric indicators encompassing positive and negative contributions. We compiled three databases at the department level: i) database 1 was related to socioeconomic, land use, and production characteristics of 88 French departments, within an extensive time frame (1938-2010); ii) database 2 included data on crop, fodder and livestock production for year 2010; iii) database 3 included measures of provision of cultural, environmental and social services for 60 departments. With the first database, we created a typology of intensification trajectories based on a multivariate approach. With the second database, we assessed the nitrogen metabolism of livestock areas, based on the material flows accounting (MFA) approach, from which we derived indicators of performance and impacts to study synergies and trade-offs. With the third database, we studied the influence of past intensification on the current provision of services by the livestock sector. A multivariate approach was used to assess how different rates of change in intensification variables determined contrasted levels of services. First, we showed that the intensification of the French livestock sector was spatially differentiated and based on four trajectories, ranging from extensive to intensive livestock areas, and from crop specialized to areas where livestock had a small share of national production. Livestock productivity and stocking rates had a 3 fold increase in intensive areas, whereas extensive areas had a 1.6 fold increase. Crop specialized areas lose more than half of their original fodder area, and tripled the average farm size and more than quadrupled their labor productivity. Non-dominated livestock areas lose 30% of initial livestock population, and half of their initial fodder area. Second, the study of synergies and trade-offs revealed that gains in efficiency and economies of scale, often compromised other dimensions, e.g. through increased environmental impacts. The spatial analysis of relationship between performance and impacts revealed two types of synergies linked to the type of impact, either land or product-based. Both of which were in trade-off. Third, we showed that the provision of services was spatially structured and based on three types of service bundles, determined by different rates of change in intensification variables. Changes towards grazing systems resulted in higher provision of environmental and cultural services, whereas changes towards intensive systems resulted in higher levels of social services; but this was achieved at the cost of environmental services. This PhD thesis furthered the understanding on the temporal trajectories of livestock sector across areas in France. This knowledge could help to improve livestock sustainability. Our work provided knowledge on the drivers that shaped current intensification patterns and the provision of cultural, environmental and social services. It could be used to examine options for desirable longterm changes of the livestock sector

La résistance bactérienne aux antibiotiques impacte la santé humaine, animale et l’agriculture au niveau international. Les Entérobactéries productrices de bêta-lactamases à spectre étendu (EBLSE), des bactéries multi-résistantes aux antibiotiques, sont une priorité sanitaire pour le Sud-Ouest de l’Océan Indien (SOOI), à savoir Madagascar, Maurice, Mayotte, Les Seychelles, l’Union des Comores et La Réunion. L’objectif général de cette thèse était d’identifier, parmi les trois compartiments de l’approche One Health (homme, animal, environnement), le principal réservoir d’EBLSE dans le SOOI. La prévalence d’EBLSE a été estimée pour chaque compartiment pris indépendamment (approche sectorielle) et par une approche holistique les connectant spatialement et temporellement. Ces deux approches ont permis d’identifier les animaux d’élevage comme le probable réservoir principal d’EBLSE dans le SOOI. L’approche holistique suggère une perméabilité des trois compartiments à Madagascar. Si l’hypothèse d’un réservoir majeur d’EBLSE chez les animaux d’élevage est plausible, sa contribution à la colonisation humaine pourrait varier entre les territoires du SOOI. En effet, l’exposition de l’homme à ce réservoir pourrait être limitée pour les territoires à revenu élevé (Seychelles, La Réunion) mais substantielle pour les territoires à revenu faible (Madagascar, Union des Comores), particulièrement en l’absence de sécurité des aliments, de système d’assainissement et d’accès à l’eau potable. Quantifier la contribution relative du compartiment animal d’élevage dans la colonisation par les EBLSE de l’homme en population générale dans les pays à faible revenu constitue un axe de recherche essentiel. De ces connaissances découlera une meilleure adaptation des stratégies de contrôle de l’antibiorésistance dans le SOOI et plus généralement dans les territoires à faible revenu qui pourraient être des amplificateurs de ce phénomène sanitaire
Bacterial antibiotic drug resistance is a worldwide health issue affecting human, animal, and agriculture. Extended-spectrum bêta-lactamase-producing Enterobacteriaceae (ESBL-E), mutidrug-resistant bacteria, are a main health priority for the South-western Indian Ocean (SWIO) composed of islands (i.e. Madagascar, Maurice, Mayotte, Les Seychelles, l’Union des Comores et La Réunion). The main objective of this PhD thesis was estimating the ESBL-E prevalence in the three « One Heath approach » compartments (human, animal, environment) in order to identify the main ESBL-E reservoir in IO. This prevalence was independently estimated for each compartment by a sectorial approach and by a holistic approach connecting all compartments spatially and temporally.Both approaches suggest that livestock could be the main ESBL-E reservoir in IO and point out permeability between these three compartments in Madagascar. If the idea of a main reservoir of ESBL-E in livestock seems plausible, its contribution to human colonisation could differ between SWIO territories. Indeed, human direct and/or undirect exposure to this reservoir could be reduced in high-income countries (i.e. Seychelles, La Réunion) but significant for low-income countries (i.e. Madagascar, Union des Comores). In the absence, or reduced application, of food safety, sanitation, and drinking water access, the exposure to ESBL-E from livestock could be substantial in SWIO low-income countries. Consequently, the relative contribution of livestock in human ESBL-E subsequent colonisation could be significant in low-income countries but currently understudied. Research on that topic should strengthen antibiotic drug resistance control measures in low sanitation contexts

Le compostage est un procédé aérobie de stabilisation de la matière organique (MO). Les transformations de la MO conduisent à des émissions gazeuses (NH3, N2O, CH4, CO2) et une perte d'azote utile pour la fertilisation. La variété des pratiques et les différences de nature des substrats modifient la vitesse de dégradation de la MO, la qualité finale du compost produit et la part d'émissions sous forme de polluants gazeux. L'optimisation du procédé nécessite la prédiction de ces transformations ou la réalisation d'essais empiriques. Cette thèse analyse les interactions entre les processus biologiques, biochimiques, physico-chimiques et thermodynamiques majeurs à l'origine de la stabilisation de la MO et des émissions gazeuses de CO2, H2O, NH3, N2O. Elle se focalise sur le compostage par aération passive en andain d'effluents d'élevage. La méthode s'appuie sur la modélisation dynamique, semi-empirique, du procédé et sur des expérimentations sur des andains de petite taille. Dans un premier temps, l'impact des interactions entre les facteurs clés du compostage, soit la biodégradabilité du carbone, la disponibilité de l'azote, l'humidité et la porosité, sur la cinétique et la stœchiométrie des émissions gazeuses est analysé à partir de données acquises en conditions contrôlées et sur une plateforme de compostage à la Réunion sur des périodes allant de 20 à 80 jours. Les facteurs ont été hiérarchisés : l'effet de la porosité couplé à l'effet de l'humidité joue le rôle majeur dans la régulation des transformations de la MO et des émissions gazeuses. Les effets de la porosité, de l'humidité et du type de structurant sur les transformations de la MO, observés en conditions commerciales, confirment les observations en conditions contrôlées. Alors que les écarts de répétabilité en conditions contrôlées sont faibles sur les températures et bilans de masse, ces écarts deviennent élevés en conditions de reproductibilité sur le terrain. Dans un deuxième temps, un modèle dynamique de compostage a été développé simulant la stabilisation du carbone et de l'azote ainsi que les émissions gazeuses de CO2, H2O, NH3 et N2O. Ce modèle est composé de quatre modules couplés. Le premier simule les cinétiques d'oxydation de la MO par une population microbienne hétérotrophe produisant du CO2 et de la chaleur. Le deuxième décrit les échanges thermiques se déroulant lors du compostage, à l'origine de l'aération passive de l'andain et des cinétiques de température interne et d'évaporation d'H2O. Le troisième module décrit le transfert d'oxygène au sein de l'andain modulé par la porosité et l'humidité. Le quatrième module simule les transformations et la stabilisation de l'azote ainsi que les cinétiques d'émissions d'NH3 et de N2O. Le système global représentant un andain de compostage en aération naturelle est considéré comme homogène en termes de composition et de caractéristiques thermiques. Lors de la phase thermophile, le facteur limitant le plus rapidement l'organisation de la MO est la disponibilité de l'azote. L'abaissement de la porosité entraîne une diminution des pertes gazeuses par l'augmentation de l'organisation de la MO. Le fractionnement initial de la MO ainsi que la teneur initiale en biomasse microbienne sont les facteurs clés pour prédire les cinétiques d'organisation du carbone et de l'azote. Les paramètres spécifiques des émissions d'NH3, d'H2O et de N2O sont initialisés en fonction de la nature du substrat et des caractéristiques physiques de l'andain. La calibration du modèle reste à améliorer, et par la suite le modèle devra être validé en condition industrielles. Les effets modélisés de la porosité, de l'humidité et du type de structurant sur les transformations de la MO permettent d'envisager l'usage du modèle pour optimiser le compostage d'effluents d'élevage.

Les pratiques d’élevage courantes effectuées en production vache-veau sont nécessaires, mais certaines d’entre elles peuvent causer de la douleur ou du stress aux animaux. Les données disponibles sur la façon dont elles sont réalisées ainsi que sur les stratégies en place qui réduisent l'impact négatif sur le bien-être animal dans les élevages vache-veau du Québec sont rares. Les objectifs de cette étude étaient donc 1) de décrire la façon dont les producteurs vache-veau réalisent les pratiques d'élevage courantes associées à la douleur et au stress (gestion du vêlage, castration, écornage, identification des animaux, sevrage et euthanasie); 2) d'évaluer l'utilisation de stratégies alternatives et de méthodes de gestion de la douleur ainsi que d’identifier les facteurs associés avec leur utilisation; et 3) de déterminer si ces pratiques sont en conformité avec les recommandations et les exigences décrites dans les normes canadiennes. Un questionnaire bilingue en ligne et sur papier administré en 2019 évaluant les pratiques des entreprises réalisées en 2018 a été rempli par 156 producteurs vache-veau de différentes régions du Québec. Dans l'ensemble, les entreprises avaient une médiane de 36,5 vaches adultes. Après un vêlage difficile assisté, 44,4% des producteurs ont déclaré avoir utilisé une méthode de gestion de la douleur pour au moins une vache ou un veau. La castration à l’élastique était la méthode de castration la plus commune (97,4%). La principale méthode d'écornage utilisée par les répondants était la pâte caustique (43,4%). Au total, 39,7% et 16,4% des producteurs ont administré un médicament pour la gestion de la douleur à au moins un veau lors de l'écornage et de la castration, respectivement. Aucun répondant n'a rapporté avoir marqué au fer des bovins. Le sevrage par séparation complète était la méthode de sevrage la plus répandue (54,2%). La mort naturelle due à une maladie chronique ou à la vieillesse était le type de décès à la ferme le plus courant chez les vaches adultes (40,9%). Environ un tiers des répondants (28,8%) a euthanasié au moins un animal en 2018. L’arme à feu était la méthode d'euthanasie la plus utilisée (63,6%). Les pratiques mises en œuvre étaient pour la plupart conformes aux normes de l’industrie canadienne du bœuf. L'utilisation de méthodes de gestion de la douleur ainsi que la prise de décision d'euthanasier en temps opportun représentent les principales lacunes à combler pour améliorer le bien-être des animaux dans les entreprises vache-veau du Québec.
Common husbandry practices that are carried out in cow-calf production are necessary, but some of these practices can cause pain or stress to animals. Data availability on how they are performed as well as the strategies that reduce the negative impact on animal welfare implemented in Quebec cow-calf operations are sparse. The objectives of this study were therefore 1) to describe how cow-calf producers perform common husbandry practices normally associated with pain and stress (calving management, castration, dehorning, animal identification, weaning, and euthanasia); 2) to assess the use of alternative strategies and pain mitigation practices as well as factors associated with their use; and 3) to determine if these practices are in compliance with the recommendations and requirements described by the Canadian guidelines. An online and paper-based bilingual questionnaire administered in 2019 evaluating on-farm practices carried out in 2018 was completed by 156 Quebec cow-calf producers from different regions. Overall, operations had a median of 36.5 adult cows. After an assisted difficult calving, 44.4% of producers reported having given pain mitigation at least to a cow or a calf. Band castration was the most used castration method (97.4%). More than half of respondents (62.5%) reported having > 75% of polled calves. The main dehorning method used by respondents was caustic paste (43.4%). A total of 39.7% and 16.4% of producers administered a pain mitigation drug to at least one of their calves undergoing dehorning or castration, respectively. No respondent reported the use of iron branding for cattle. Traditional abrupt weaning was the most reported weaning method (54.2%). Natural death from chronic disease or old age was the most common type of on-farm death in adult cows (40.9%). Less than a third of respondents euthanized at least one animal (28.8%) in 2018. The gunshot was the most reported euthanasia method (63.6%). As hypothesized, practices carried out were mostly in compliance with the Canadian beef industry guidelines. The use of pain mitigation practices and stress-reducing methods as well as timely euthanasia decisions represent the main shortcomings that should be addressed to improve the welfare of animals in Quebec cow-calf operations.