Dissertations / Theses: 'Analyse et identification moléculaire'

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Balloul, Jean-Marc. "Identification, analyse biochimique, et clonage moléculaire d'un antigène protecteur de Schistosoma mansoni." Lille 1, 1987. http://www.theses.fr/1987LIL10130.

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Verdier, Yann. "Sélection, identification et caractérisation partielle d'antigènes du spermatozoïde du renard (Vulpes vulpes) en vue de leur utilisation dans un vaccin contraceptif." Nancy 1, 2002. http://docnum.univ-lorraine.fr/public/SCD_T_2002_0307_VERDIER.pdf.

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Gautier, Nicolas. "Caractérisation et analyse d'un épitope T CD4 de la protéine IE1 du cytomégalovirus, et des fonctions effectrices de clones T CD4 anti-IE1." Toulouse 3, 1996. http://www.theses.fr/1996TOU30216.

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Abstract:

Les lymphocytes t cd4#+ specifiques de la proteine ie1 du cmv sont susceptibles de jouer un role important dans le controle d'une infection latente a cmv. L'analyse des interactions cmh/antigene/tcr et des fonctions effectrices exercees par les lymphocytes t cd4 est une etape dans la comprehension du role de la reponse t cd4 anti-cmv. Dans ce but, notre etude englobe la caracterisation et l'analyse d'epitopes t cd4 de la proteine ie1 du cmv, l'analyse des fonctions effectrices de ces clones t et le role des cytokines secretees. Une digestion enzymatique de la proteine recombinante gst-ie1(86-491) suivi d'une analyse par hplc-ms combinee a des tests de lymphoproliferation a permis l'identification d'un epitope presente par hla-dr8 correspondant au 14-mere 162-dkremwmacikelh-175. Un autre epitope ie1(86-105) presente par hla-dr3 a necessite la synthese de peptides chevauchants. La synthese d'analogues tronques, etendus et disubstitues par des residus alanine ont permis de definir la sequence optimale de l'epitope correspondant au 14-mere ie1(162-175) avec un core central de l'epitope situe sur la sequence ie1(164-171). Dans cette sequence, le domaine m166-w167 constitue le site principal d'interaction avec la molecule de cmh, et les domaines r164-e165 et m168-a169 les sites principaux d'interaction avec le tcr. D'autre part, la disubstitution des domaines c170-i171 et i158-v159 augmentent l'immunogenicite de l'epitope suggerant l'effet negatif de la chaine laterale de certains residus sur la reconnaissance t. Le profil de secretion de cytokines montre que les clones t cd4#+ diriges contre la proteine ie1 sont de type th1-th0. De plus, ils possedent une activite cytotoxique restreinte par hla-dr. Au laboratoire, nous avons montre que les cytokines secretees ifn-gamma et tnf-alpha agissent en synergie dans le controle du cmv in vitro. Enfin, l'analyse de la reponse du clone t cd4 specifique du peptide ie1(158-175) en presence des analogues disubstitues montre une correlation des differentes fonctions effectrices: proliferation, secretion de cytokines et cytotoxicite

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Glasser, Anne-Lise. "Contribution à l'étude des relations structures-fonctions des acides ribonucléiques de transfert de cellules eucaryotes : analyse, identification et rôle de nouveaux nucléosides hypermodifiés." Dijon, 1993. http://www.theses.fr/1993DIJOS019.

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Abstract:

Les ARNt se caractérisent par la présence d'une grande variété de nucléosides modifiés. Selon leur positionnement et leur structure chimique, les nucléosides modifiés confèrent, en partie du moins, son identité a l'ARNt qui les contient. La caractérisation chimique de certains nucléosides hypermodifiés a été entreprise pour tenter d'élucider les relations entre la structure de ces nucléosides et leur fonction biologique. La stratégie analytique mise au point et utilisée dans cet objectif réside essentiellement en un ensemble de méthodes combinées chromatographiques et spectrométriques permettant, à partir d'ARNt, l'isolement, la purification et l'identification de mono nucléosides de structures inconnues. A l'aide de ces méthodes et après avoir établi une bibliothèque des paramètres chromatographiques et spectraux de plus de 50 nucléosides de référence, nous avons déterminé la structure chimique de nouveaux nucléosides modifiés. L'étude conduite sur les ARNT méthionine initiateurs (ARNt#Met #i) de plusieurs espèces de levures et de végétaux, nous a ainsi permis de découvrir et d'identifier deux purines hypermodifiées localisées en position 64 et de structures chimiques inédites: adénosine et guanosine phosphoribosylées. Nous avons pu montrer qu'une telle modification purique peut etre considérée comme un marqueur de ces ARNt#M#e#ti. Son role biologique serait d'empêcher l'ARNt#M#e#ti d'être entrainé vers les étapes de l'élongation protéique. Nous avons également mis en évidence et établi la structure d'un autre nucléoside hypermodifié, la 2-o-methyl-5-carbomoylmethyluridine (ncm#5um), localisé en position 34 (wobble) d'un nouvel isoaccepteur l'ARNt#l#e#u (ncm#5umaa) isolé de la levure saccharomyces cerevisiae. Nous avons alors montre qu'une telle structure chimique entraine une reconnaissance unique et spécifique du seul codon leucine UUA

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Trape, Sébastien. "Les Mugilidae des côtes ouest-africaines : identification moléculaire, phylogénie et bio-écologie du recrutement des juvéniles dans un estuaire hypersalé." Montpellier 2, 2009. http://www.theses.fr/2009MON20163.

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Abstract:

La persistance de la sécheresse depuis les années 1970 en Afrique de l'Ouest a particulièrement affecté le fonctionnement des écosystèmes côtiers. Dans certains estuaires cette perturbation a engendré une inversion du gradient de salinité et l'apparition de zones hypersalées (salinité > 60). Afin d'appréhender l'impact de ces changements environnementaux sur le recrutement et la croissance des juvéniles dans les milieux estuariens, les patrons spatio-temporels de recrutement (structures de taille et distributions d'abondance) de toutes les espèces de mulets ont été étudiés dans l'estuaire inverse du Sine Saloum (Sénégal). La croissance des juvéniles a été mesurée grâce aux microstructures journalières des otolithes. La taxonomie des Mugilidae en Afrique de l'Ouest étant confuse et les critères morphométriques nécessaires à l'identification des juvéniles encore inconnus, nous avons dans un premier temps (1) élaboré une phylogénie moléculaire des espèces, (2) développé une méthode génétique pour l'identification des juvéniles et enfin (3) mis au point une clef d'identification morphométrique. Les analyses moléculaires ont révélé l'existence d'une nouvelle espèce sur les côtes ouest africaines (Chelon bandialensis) et montré que Mugil ashanteensis et Mugil metzeleaari précédemment confondues avec Mugil cephalus et Mugil curema constituent deux espèces valides. Les patrons spatio-temporels du recrutement des juvéniles ont révélé que Liza dumerili dominait très largement le peuplement en représentant 89 % des captures totales. Les décalages entre les périodes de recrutement des espèces expliquent la colonisation d'un même environnement par des espèces proches. La croissance des juvéniles de L. Dumerili, plus élevée avec les faibles salinités (moyenne 36), met en exergue les contraintes apportées par l'hypersalinisation
The persistence of the drought since the 1970s in West Africa has particularly affected the functioning of coastal ecosystems. This perturbation has conducted to reverse salinity gradients in some estuaries and the appearance of hypersaline areas (salinity > 60). To get some insights about the consequences of these environmental changes on the recruitment and the growth of juveniles in estuarine ecosystems, spatio-temporal patterns of recruitment (size structures and abundance distributions) of all Mugilidae species have been studied in the inverse Sine Saloum estuary (Senegal). The growth has been measured using otolith daily microincrements. The taxonomy of West African Mugilidae being confused and the morphological criteria necessary for identifying juveniles yet unknown, in a first step we have (1) carried out a molecular phylogeny of the mullet species, (2) developed a genetic method for identifying juveniles and finally (3) developed a morphometric identification key for juveniles. Molecular analyses have revealed the existence of a new mugilid species along the West African coasts (Chelon bandialensis) and shown that Mugil ashanteensis and Mugil metzeleaari previously confounded with Mugil cephalus and Mugil curema are valid species. The spatio-temporal patterns of recruitment of juveniles have revealed that Liza dumerili largely dominated the assemblage, representing 89% of the total catches. The gaps between recruitment periods of the species explain the colonisation of a same environment by close related species. The juvenile growth of L. Dumerili, higher in low salinities (mean 36), highlights constraints associated with hypersalinity

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Gervais, Julie. "Identification et analyse fonctionnelle des effecteurs tardifs impliqués dans la colonisation systémique du colza par Leptosphaeria maculans." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2017. http://www.theses.fr/2017SACLS346/document.

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Abstract:

Leptosphaeria maculans est un champignon pathogène, responsable de l’une des principales maladies du colza (Brassica napus), la nécrose du collet. Le cycle de vie infectieux de L. maculans est particulièrement complexe. Après l’infection primaire des feuilles et des cotylédons, le champignon développe une longue phase de vie endophytique dans la tige. Cette phase de vie, qui est entièrement asymptomatique, dure plusieurs mois, avant que la nécrose ne se développe à la base de la tige, préjudiciable à l'élaboration du rendement. Durant cette phase, le colza peut présenter une « résistance adulte » limitant l'apparition et la gravité des symptômes. Alors que les gènes fongiques exprimés au cours de l’infection primaire du colza sont largement étudiés, très peu de connaissances étaient disponibles concernant la phase de colonisation systémique. Pour expliquer la capacité du champignon à coloniser la tige sans induire de symptômes, nous avons donc émis l’hypothèse que L. maculans exprimait à ce stade des effecteurs, c'est-à-dire des petites protéines sécrétées, interférant avec le système de défense de la plante. L’objectif de ma thèse était d'identifier de tels effecteurs et de les caractériser afin de mieux comprendre la colonisation systémique du colza par le champignon. Un des enjeux sous-jacents de cette thèse était aussi d'identifier de nouvelles résistances permettant la reconnaissance spécifique de ces effecteurs, qui pourraient expliquer, au moins en partie, la résistance adulte observée dans certaines variétés.Par une approche transcriptomique, j'ai pu identifier 307 effecteurs candidats "tardifs", spécifiquement exprimés lors de la colonisation de la tige et 107 effecteurs "précoces", spécifiquement exprimés lors de la colonisation des cotylédons. J’ai confirmé que les gènes codant des effecteurs précoces de L. maculans sont spécifiquement localisés dans les régions pauvres en gènes et riches en éléments répétés du génome fongique. A l'inverse les gènes codant des effecteurs candidats tardifs sont absents de ces régions et sont localisés dans les régions riches en gènes du génome. Les effecteurs de L. maculans ont donc une localisation génomique distincte en fonction de leur profil d'expression.Une analyse approfondie de cinq de ces effecteurs tardifs a permis de montrer leur conservation dans les populations naturelles de L. maculans et leur implication dans la suppression de la mort cellulaire végétale. Ces résultats associés à l'analyse de leur profil d'expression dans des échantillons de tige issus du champ au cours d'une saison culturale ont permis de proposer le modèle suivant: L. maculans coloniserait la tige de colza en sécrétant des effecteurs supprimant la mort cellulaire et donc interférant avec les défenses de la plante. A la fin de la saison culturale, la diminution de l'expression de ces effecteurs permettrait au champignon de passer d'un stade de vie biotrophe à un stade de vie nécrotrophe et d’induire la nécrose au collet. Cette transition entre les deux modes de vie serait donc basée sur un équilibre entre effecteurs supprimant la mort cellulaire et effecteurs induisant la mort cellulaire.Dans le but d'identifier de nouvelles sources de résistance spécifiques et/ou faciliter l’identification de résistances quantitatives dans le matériel végétal, j'ai créé des souches fongiques sur-exprimant précocement des effecteurs tardifs. Avec ces souches transformées j'ai évalué par test cotylédonnaire une grande collection de génotypes de colza pour identifier de potentielles relations de type gène-pour-gène. Une variété présentant une réponse hypersensible à un effecteur tardif a ainsi pu être identifiée, le contrôle monogénique de cette réponse a été validé et sa cartographie génétique effectuée dans deux descendances. Cette approche permet donc effectivement d'identifier de nouvelles sources de résistances pour lutter efficacement contre la nécrose du collet
Leptosphaeria maculans is a pathogenic fungus, responsible for one of the main diseases of oilseed rape (Brassica napus), the stem canker disease. The infectious life cycle of L. maculans is especially complex. After the primary infection of leaves and cotyledons, the fungus develops a long endophytic stage in the stem. This infection stage, which is entirely asymptomatic, lasts several months before necrosis develops at the stem base, responsible of yield loss. At this stage, the oilseed rape may exhibit "adult resistance" limiting the onset and severity of symptoms. While the fungal genes expressed during the primary infection are extensively studied, very little knowledge was available concerning the systemic colonization. To explain the ability of the fungus to colonize the stem without inducing symptom, we have therefore hypothesized that L. maculans expressed effectors, i.e. small secreted proteins, interfering with the plant defense system.The objective of my thesis was to identify such effectors and to characterize them to better understand the systemic colonization of oilseed rape by L. maculans. One of the underlying challenges of this thesis was also to identify new resistances allowing the specific recognition of these effectors expressed during stem colonization, and which may explain, at least in part, the adult resistance observed in some varieties.Using a transcriptomic approach, I was able to identify 307 "late" effector candidates specifically expressed during stem colonization and 107 "early" effector candidates specifically expressed during cotyledon colonization. I confirmed that the genes encoding early effectors of L. maculans are specifically localized in gene-poor regions and rich in repeated elements of the fungal genome. Conversely, late candidate effectors are absent from these regions and are located in regions rich in genes of the genome. L. maculans effectors have thus a distinct genomic localization based on their expression profile.A detailed analysis of five of these late effectors showed their conservation in the natural populations of L. maculans and their involvement in the suppression of plant cell death. These results, associated with the analysis of their expression profile in stem samples from the fields during a growing season, allowed us to propose the following model: L. maculans would colonize systemically the oilseed rape stem by secreting effectors suppressing cell death and thus interfering with plant defenses. At the end of the growing season, the decreased expression of these effectors would allow the fungus to switch from a biotrophic to a necrotrophic lifestyle and to induce stem canker. This transition between the two ways of life would therefore be based on a balance between effectors suppressing and effectors inducing cell death.In order to identify new specific sources of resistance and / or to facilitate the identification of quantitative resistances in plant material, I created fungal strains over-expressing late effectors during cotyledon colonization. With these transformed strains I evaluated by cotyledonary test a large collection of oilseed rape genotypes to identify potential gene-for-gene. A variety with a hypersensitive response to a late effector was thus identified, the monogenic control of this response was validated and its genetic mapping carried out in two progenies. This approach therefore effectively enables the identification of new sources of resistance for effective control of L. maculans

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Taupin, Vanessa. "La différenciation sporale chez les microsporidies : imagerie 3D et isolement des stades de développement, analyse de l'expression différentielle de protéines structurales et première identification des glycanes." Phd thesis, Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand II, 2006. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00702783.

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Abstract:

La microsporidie, Encephalitozoon cuniculi, parasite intracellulaire, est un pathogène opportuniste. Des reconstructions tridimensionnelles à partir de coupes sériées ont permis de visualiser les différents stades cellulaires au cours de la sporogenèse. L'immunolocalisation de protéines pariétales couplée à l'hybridation in situ des ARNm correspondants ont révélé leur expression différentielle durant le développement intracellulaire. L'étude sur la glycosylation des protéines a permis de démontrer l'absence de N-glycosylation et l'existence d'une voie de O-mannosylation. Semblables à celles des champignons, les chaînes sont linéaires d'une longueur maximale de 8 mannoses liés en alpha1,2 et les mannoprotéines sont localisées dans le capuchon polaire. Des protéines fucosylées sont présentes dans la paroi sporale. La mise au point d'un protocole de séparation des stades sporogoniques en gradient de densité, offre des perspectives d'analyses biochimiques comparatives

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Rouhan, Germinal. "Systématique phylogénétique du genre Elaphoglossum Schott ex J. Sm (Elaphoglossaceae, Monilophytes) : approches morphologique, moléculaire, et implications biogéographiques pour la région de l'Océan Indien." Paris, Muséum national d'histoire naturelle, 2005. http://www.theses.fr/2005MNHN0029.

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Abstract:

Elaphoglossum Schott ex J. Sm. (Elaphoglossaceae) est l’un des genres de Monilophytes les plus diversifiés. Cette diversité spécifique est paradoxalement associée à une morphologie générale simple et uniforme. L’objectif de cette Thèse est de proposer une hypothèse phylogénétique qui permette de clarifier la taxinomie du genre. Des caractères morphologiques et moléculaires ont été analysés. Les résultats confirment la monophylie du genre et suggèrent la reconnaissance de 5 clades majeurs. Les résultats phylogénétiques sont également utilisés pour expliquer la distribution actuelle du genre et plus particulièrement l’origine des taxons de l’Océan Indien. Compte tenu de l’âge de la radiation estimé ici au Cénozoïque, l’hypothèse avancée soutient qu’il s’est produit de multiples dispersions à longue distance depuis le centre de diversité actuel Néotropical vers la région de l’Afrique et de l’Océan Indien. Enfin, les taxons de cette dernière région font l’objet d’une révision taxinomique
Elaphoglossum Shott ex J. Sm. (Elaphoglossaceae) is one of the most diversified Monilophyte genera. This great diversity is paradoxically associated to a simple and uniform general morphology. The aim of this thesis is to propose for the first time a supported phylogenetic hypothesis to clarify the taxonomy of the genus. To do that, morphological and molecular characters were analysed from a sample of 123 species. The results confirm the monophyly of the genus and suggest that it contains five well supported main clades. The phylogenetic tree resulting from this analysis was also used to examine biogeography of the genus, especially the origin of species in the Indian Ocean area. Because the genus radiated during the Cenozoic, long-distance dispersal probably best explains sister-group relationships between the diversity center of the Neotropics with the Paleotropical region of the Indian Ocean. Finally, the taxa from the latter region are revised

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Saumonneau, Amélie. "Etude d'un complexe de régulation transcriptionnelle du gène d'un transporteur de glucose chez la Vigne : identification de gènes "ASR", analyse fonctionnelle de leurs regions promotrices et caractérisation moléculaire de ces protéines régulatrices." Poitiers, 2007. http://www.theses.fr/2007POIT2279.

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Abstract:

Les protéines ASR sont impliquées dans les réponses aux stress abiotiques et beaucoup de processus de développement, comme la maturation. Cependant, leurs fonctions biologiques restent inconnues. L’ADNc d’une protéine ASR de Vigne, VvMSA, est isolée par l’approche du simple hybride. Elle agit comme un facteur de transcription à l’égard du promoteur du gène VvHT1. Le clonage du gène entier VvMSA révèle l’existence d’une famille multigénique d’ASR, chez la Vigne. Une étude fonctionnelle de leurs promoteurs est réalisée par délétions des promoteurs et fusions en amont du gène rapporteur Luciférase par expression transitoire dans des protoplastes de Vigne. L’expression conférée par les promoteurs VvMSA, est régulée par les sucres et induite par l’ABA et le stress au froid. La caractérisation biochimique de VvMSA a montré la présence de 2 isoformes protéiques se différenciant par une délétion de 5 acides aminés provoquant une différence de mobilité électrophorétique. Des analyses in vitro et in vivo ont prouvé la phosphorylation des 2 isoformes de VvMSA. L’hypothèse impliquant VvMSA dans un complexe de régulation transcriptionnelle est étudiée. Par une approche de double hybride, un partenaire protéique nommé VvDREB est isolé. La technique de BiFC a confirmé l’interaction de VvMSA et de VvDREB et la formation exclusive de ce complexe dans le noyau. Les résultats obtenus montrent l’implication des glucides, de l’ABA et des stress abiotiques dans la régulation transcriptionnelle des gènes VvMSA. La caractérisation biochimique de VvMSA et son interaction avec VvDREB suggèrent leur intervention dans un complexe régulateur de l’expression génique en réponse aux stress abiotiques
The ASR proteins are involved in plant response to abiotic stresses as well as in developmental processes such as ripening. However, biological functions of these proteins remain unknown. The one-hybrid approach allowed isolating, a grape ASR, VvMSA, witch is a putative transcription factor of VvHT1. In grapevine, cloning of VvMSA genes revealed one polymorphism in this multigenic family. The functional analysis of promoter regions is performed by progressive deletions and their fusion upstream to luciferase reporter gene. The constructions expression in grape protoplasts demonstrated a sugar regulation and ABA/cold stress induction of VvMSA expression. VvMSA Biochemical characterization showed two isoforms of the protein differing by a lack of five amino acids in one of them. In vitro and in vivo experimentation also revealed the phosphorylation of isoforms. VvMSA presents the functional characteristics of a regulatory protein, but does not display any domain specific for transcription factor. This suggests its involvement in a complex for transcriptional regulation. By the means of two-hybrid screening using VvMSA as bait, a partner of this protein is isolated. It is belonging to the DREB proteins family, involved in plant response to water, salt and osmotic stresses. By BiFC approach, we confirmed the interaction between VvMSA and VvDREB and provided the exclusive nuclear localization of their complex. The obtained results allow us to consider grape ASR as non-histone chromosomal proteins, that might act as downstream components of a common signal transduction pathway involved in the responses of plant cells to environmental factors mediated by sugar and ABA signaling

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Seesao, Yuwalee. "Caractérisation des Anisakidae dans les poissons marins : développement d’une méthode d’identification par séquençage à haut-débit et étude de prévalence." Thesis, Lille 2, 2015. http://www.theses.fr/2015LIL2S043/document.

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Abstract:

Les genres Anisakis, Pseudoterranova, Hysterothylacium et Contracaecum, membres de la famille des Anisakidae, sont des nématodes dont les larves sont présentes chez de nombreuses espèces de poissons et céphalopodes. Ces larves peuvent induire des pathologies digestives et/ou allergiques chez l’Homme. En France, la consommation des produits de la pêche, surtout crus ou peu cuits est en augmentation. Ce travail de thèse s’intègre dans le programme ANR Fish-Parasites, financé par l’ANR (ANR-10-ALIA-004). Il a pour but d’évaluer les risques liés à la consommation des produits de la pêche et pour objectif principal d’étudier la répartition des Anisakidae dans les produits de la pêche. _x000D_Le plan d’échantillonnage a été établi suite à une analyse de type risk-ranking utilisant les données de consommation, l’origine géographique, des données de prévalence déjà existantes sur les Anisakidae. Au total, 1768 poissons appartenant à 18 espèces ont été collectés. L’ensemble des organes a été disséqué pour isoler les parasites. Ceux-ci ont été identifiés selon 2 méthodes : i) analyse individuelle par séquençage Sanger pour les organes ayant moins de 11 nématodes ii) analyse en pool par séquençage à haut débit (HTS) pour le reste. Le développement de plusieurs outils (création d’une base de séquences de référence, conception des amorces, mise au point de la préparation de matrice de séquençage et développement d’un pipeline d’analyse automatisé) a été nécessaire pour la mise en place de la méthode HTS. A partir des résultats obtenus, une acquisition et une structuration des données de prévalence des parasites potentiellement pathogènes pour l’Homme et présents dans les produits de la pêche couramment consommés a pu être réalisée.Sur 1 768 poissons échantillonnés, deux espèces n’étaient pas du tout parasitées : plies (Pleuronectes platessa) et saumon Atlantique (Salmo salar) d’élevage. 43,30 % des poissons n’étaient pas infectés par des Anisakidae. Sur la totalité des poissons, 28,62 % étaient infectés au niveau des viscères ; 22,96% dans les viscères et les filets et 5,49 % n’étaient infectés par des Anisakidae que dans les filets.Les cinq espèces de poisson dont la prévalence dans les filets était la plus élevée étaient : la lingue bleue (100 %), la cardine franche (70 %), le lieu noir (63 %), la baudroie (61 %) et le merlu (60 %).Les Anisakidae les plus identifiés étaient : Anisakis simplex, Anisakis pegreffii, Hysterothylacium aduncum, Pseudoterranova krabbeii.Anisakis a été retrouvé dans toutes les localisations et généralement de façon plus importante, Contracaecum a été retrouvé principalement dans le foie, Hysterothylacium dans la cavité corporelle et Pseudoterranova dans les filets et la cavité corporelle.Anisakis simplex était présent dans toutes les zones de pêches sauf dans le golfe du Lion. La zone des eaux féringiennes était la zone dans laquelle la diversité des Anisakidae était la plus importante sur une seule espèce de poisson échantillonnée (lingue bleue).L’étude statistique logistique multivariée a montré que la variable espèce et la variable taille du poisson influencent la prévalence d’Anisakis et Pseudoterranova dans les filets.Le HTS sur le PGM™ Ion Torrent s’est révélé être un outil puissant et innovant permettant l’analyse d’un grand nombre d‘échantillons d’Anisakidés à moindre coût, en peu de temps et avec un résultat équivalent à la méthode individuelle par séquençage Sanger
Anisakis, Pseudoterranova, Hysterothylacium and Contracaecum genera, members of the Anisakids family, are nematodes which larvae are recovered from numerous fish and cephalopods species. These larvae may induce digestive and/or allergic pathologies in human being. In France, the consumption of fishery products, mostly raw or undercooked is increasing. This PhD work is part of the research program Fish-Parasites funded by the ANR (ANR-10-ALIA-004). It aimed to assess risks related to fishery products consumption and its main goal was to study the distribution of Anisakids in fishery products.The sampling plan was based on a risk-ranking analysis using data on fishery products consumption, fishing areas and prevalence data from previous work on Anisakids. A total of 1 768 fish from 18 species were collected. All the organs were dissected for parasites isolation. Parasites were identified using two approaches : i) single analysis by Sanger sequencing for organs containing less than 11 nematodes ii) pooled analysis by high throughput sequencing (HTS) for the remaining. The development of numerous tools (database creation with reference sequences, primers design, set up of the sequencing template preparation and development of an automatic analytical pipeline) was necessary for the HTS method set up. From the sequencing results, acquisition and structuring of the prevalence data has been carried out on parasites potentially pathogenic for human being and recovered from commonly consumed fishery products.On 1 768 sampled fish, two species were not parasitized at all: plaice (Pleuronectes platessa) and aquacultured Atlantic salmon (Salmo salar). 43.30 % of the fish were not infected by Anisakids. Concerning infected fish, 28.62% were contaminated in the visceral organs; 22.96% in both visceral organs and fillets and, finally, 5.49% of the fish were infected by Anisakids only in fillets.The five fish species with an elevated prevalence in their fillets were by decreasing values: blue ling (100 %), megrim (70 %), saithe (63 %), monkfish (61 %) and hake (60 %). The most identified Anisakids were: Anisakis simplex, Anisakis pegreffii, Hysterothylacium aduncum, Pseudoterranova krabbeii.Anisakis has been recovered in all the localisations and generally in higher quantities, Contracaecum has mainly been recovered from the liver, Hysterothylacium from the corporal cavity and Pseudoterranova from both fillets and corporal cavity. Anisakis simplex was isolated from all the fishing areas except for the Lion Gulf and it was the genus with the most important number of individuals. The zone of Feroan waters was the region with the most important diversity of Anisakids into a single sampled fish species (blue ling).The multivariate logistic statistical study showed that the fish species and size affect the prevalence of Anisakis and Pseudoterranova in fish fillets.HTS with the PGM™ Ion Torrent proved to be a powerful and innovative tool for the analysis of large numbers of Anisakids samples with low cost, in a shorter time and with a result equivalent to the individual method of Sanger sequencing

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Eb-Levadoux, Yvan. "Identification des ligands biologiques de l’uranium dans les gonades de Danio rerio. : Impact sur leur fonctionnalité." Thesis, Pau, 2017. http://www.theses.fr/2017PAUU3016.

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Abstract:

L’uranium (U) est naturellement présent à l’état de trace dans l’eau (µg.L-1), sa concentration pouvant atteindre localement quelques mg.L-1 du fait des activités anthropiques. Plusieurs études écotoxicologiques sur Danio rerio ont mis en évidence la toxicité, e.g. le stress oxydant, la génotoxicité mais aussi la reprotoxicité (i.e. moins de pontes et d’œufs pondus chez les poissons contaminés) de l’U dont les mécanismes ne sont pas connus.L’objectif de cette étude est de contribuer à la compréhension de la reprotoxicité de l’U par l’élucidation de mécanismes moléculaires perturbés après contamination. Pour cela, des investigations ont été menées sur les ovaires de poissons zèbre Danio rerio, reproduits (R) ou non (NR), après exposition par voie directe en condition de laboratoire à des concentrations représentatives d’environnements contaminés.Ce travail de thèse a été divisé en deux volets. Un premier volet analytique avait pour but la poursuite des développements de méthodes pour l’identification des complexes U-protéines en condition non dénaturante, autour du couplage de techniques de séparation (chromatographie d’exclusion stérique SEC, électrophorèse hors gel OGE) et de détection sensible par spectrométrie de masse élémentaire (ICP MS) et moléculaire (ESI MS). Le second volet a été dédié à l’étude de la reprotoxicité de l’U à l’échelle moléculaire, avec i) l’étude des complexes natifs U-protéines (approche métallomique), et ii) l’analyse différentielle de l’expression des protéines (approche protéomique).Les développements analytiques ont permis de garder le tampon physiologique et non dénaturant d’extraction pour l’étape de séparation OGE, améliorant le taux de recouvrement en U. En écotoxicologie, les principaux résultats montrent que l’ovaire est un organe accumulateur de l’U et que le statut de reproduction a une influence sur le niveau d’accumulation (R
Uranium (U) is naturally presents at trace level (µg.L-1) in aquatic environment; its concentration can increase up to a few mg.L-1 due to human activities. Several ecotoxicological studies have shown uranium toxicity in contaminated zebrafishes Danio rerio, e.g. oxidative stress, genotoxicity and reprotoxicity (i.e. lower number of spawn and eggs laid) but mechanisms are not well known.The objective of this study is to contribute to the understanding of uranium reprotoxicity by elucidating the disrupted molecular mechanisms after contamination. Therefore, investigations have been carried out on ovaries from reproduced (R) and non-reproduced (NR) zebrafishes after waterborne exposure in laboratory conditions at environmentally relevant concentrations.This project was divided into two parts. Firstly, analytical investigations were carried out to continue the development of non-denaturing methods for U-protein identification by coupling separative techniques (size exclusion chromatography SEC, off gel electrophoresis OGE) with elemental (ICP MS) and molecular (ESI MS) sensitive mass spectrometry detection. Secondly, studies of U reprotoxicity were investigated by studying i) native U-protein complexes (metallomics approach) and ii) differential analysis of protein expression (proteomics approach)Analytical developments allowed keeping the physiological and non-denaturing extraction buffer for OGE separation step, improving U recovery. In ecotoxicology, the major results showed that ovary is an U accumulating organ and that the reproduction status modifies the accumulation level (R

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Ben, Hafsia Khaoula. "Identification des micro-mécanismes de déformation du PET amorphe et semi-cristallin in situ au cours d’un essai mécanique." Thesis, Université de Lorraine, 2016. http://www.theses.fr/2016LORR0081/document.

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Abstract:

Selon leur formulation et leur mise en forme et grâce à leur complexité microstructurale induite, les polymères thermoplastiques bénéficient d’une grande diversité de propriétés thermomécaniques. Cependant, l’évolution de la microstructure de ces matériaux au cours de leur utilisation reste difficile à identifier. Afin de mieux comprendre les modifications microstructurales ayant lieu au cours de sollicitations thermomécaniques, différentes techniques non destructives de caractérisation en temps réel et in situ ont été développées. Dans ce contexte, un Poly (Ethylène Téréphtalate) (PET) amorphe et semi-cristallin a été étudié afin de mettre en évidence l’effet de la microstructure sur les propriétés macroscopiques du matériau. Pour ce faire, plusieurs couplages de techniques expérimentales de caractérisation ont été mis en œuvre tels que la spectroscopie Raman et la diffraction/diffusion des rayons X couplées au système de VidéoTraction™ ou la spectroscopie Raman couplée à la calorimétrie différentielle à balayage (DSC) pour une caractérisation des micromécanismes de déformation et du comportement thermique du matériau respectivement. Le suivi de différentes bandes vibrationnelles judicieusement identifiées a permis d’établir un nouveau critère robuste et capable de mesurer avec exactitude le taux de cristallinité du matériau ou de remonter aux températures caractéristiques de sa morphologie (Tg, Tc, Tcc, Tf) grâce aux informations extraites d’un spectre Raman. De plus, un système de caractérisation relaxationnelle par un couplage de la spectroscopie diélectrique dynamique avec un essai de traction a été utilisé afin de mettre en évidence l’effet de la mobilité moléculaire sur la déformation élasto-visco-plastique du PET. D’un point de vue mécanique, les principaux micromécanismes de déformation ont été étudiés en temps réel pendant un essai de traction à différentes températures et vitesses de déformation vraies constantes : l’orientation macromoléculaire, l’endommagement volumique, le développement de mésophase et la cristallisation induite sous contrainte, ont été observés et quantifiés in situ en utilisant les couplages précédents au synchrotron Petra III de Hambourg et au synchrotron Elettra de Trieste. En parallèle, une étude de la mobilité moléculaire (paramètre déterminant à la prédominance de tel ou tel micromécanisme de déformation) a été menée via des analyses relaxationnelles réalisées au cours de la déformation du matériau. En complément, des expériences en temps réel, des études post mortem par les techniques précédemment citées et par radiographie X, microscopie électronique à balayage et tomographie X ont été réalisées afin d’apprécier l’influence de la relaxation mécanique du PET
According to their formulations and forming processes and thanks to the complexity of their induced microstructure, thermoplastic polymers show a wide range of thermomechanical properties. However, the identification of the evolution of the microstructure of these materials during their use remains difficult. To better understand the microstructural changes occurring during thermomechanical loadings, various in situ and non-destructive techniques of characterization have been used. In this context, a Poly (Ethylene Terephthalate) (PET) amorphous and semi-crystalline was studied in order to highlight the effect of the microstructure on the macroscopic properties of the material. This way, different coupling systems combining several experimental characterization techniques have been implemented such as Raman spectroscopy and X-rays diffraction/scattering coupled to the VidéoTraction™ system or Raman spectroscopy coupled with differential scanning calorimetry (DSC) for the characterization of the deformation micro-mechanisms and the thermal behavior of the material respectively. Monitoring specific vibrational bands thoroughly identified allowed the establishment of a new robust criterion which enables to accurately measure the crystallinity ratio of the material and the identification of the characteristic temperatures of its morphology (Tg, Tc, Tcc, Tm). In addition, a relaxational characterization system by coupling dynamic dielectric spectroscopy to a tensile test has been used in order to highlight the effect of molecular mobility on the elasto-visco-plastic deformation of PET. From a mechanical point of view, the main deformation micro-mechanisms have been studied in real time during a tensile test at different temperatures and constant true strain rates: macromolecular orientation, volume damage, development of mesophase and strain induced crystallization were observed and quantified in situ using the coupled characterization technics presented previously at Petra III (Hambourg) and Elettra (Trieste) synchrotrons. In parallel, a study of the molecular mobility (a determining parameter for the predominance of one deformation micromechanism to another) was conducted via relaxational analysis performed during the deformation of the material. In addition to in situ experiments, post mortem analysis by the previously mentioned technics and by X radiography, scanning electron microscopy and X tomography were performed to assess the influence of the mechanical relaxation of the polymer

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Rimelen, Valérie. "Analyse moléculaire et phénotypique du myélome multiple." Besançon, 2004. http://www.theses.fr/2004BESA3011.

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Le myélome multiple (MM) est une hémopathie maligne caractérisée par l'accumulation de plasmocytes tumoraux dans la moelle osseuse. L'objectif de ce travail était de caractériser la nature des précurseurs tumoraux dans le MM en focalisant notre intérêt sur le compartiment cellulaire des lymphocytes B circulants. Le réarrangement des gènes des chaînes lourdes des immunoglobulines (lgH) constitue un marqueur de clonalité, utilisé pour la détection des cellules tumorales dans les Iymphoproliférations B. Nous avons développé des techniques de PCR [polymerase chain reaction] IgH qualitative et quantitative, dans le but d'évaluer l'existence et la proportion de cellules B Iymphocytaires appartenant au clone néoplasique. Nos résultats indiquent que les lymphocytes B circulants n'appartiendraient pas au clone néoplasique pour la grande majorité d'entre-eux. D'autre part, l'évaluation cinétique de la charge tumorale que nous avons réalisée dans le sang et dans la moelle osseuse des patients après autogreffe de cellules souches hématopoïétiques périphériques, suggère que le compartiment sanguin n'est pas le réservoir de la maladie. Ces résultats indiquent également que la PCR IgH quantitative pourrait constituer un indicateur de l'évolution clinique dans le MM. L'analyse phénotypique montre que les cellules plasmocytaires des MM et des gammopathies bénignes n'expriment pas le CD19, suggérant que la perte d'expression de cet antigène peut constituer un événement précoce de la myélomagenèse. L'analyse des cellules B CD19+ sur sang périphérique total de patients atteints de MM a montré une réduction quantitative des cellules B naïves CD19+CD27- par rapport au groupe témoin. Cette diminution de la Iymphopoïèse B pourrait participer à l'immunosuppression caractéristique dans le MM. La mesure quantitative par RT PCR de l'expression de gènes impliqués dans la différenciation B, a été validée dans différentes lignées cellulaires. Nous avons mis en évidence la diminution de l'expression de pax-5, responsable de l'activation du gène codant pour la synthèse de la protéine CD19, au niveau des cellules CD34+ de cytaphérèse de MM. Nos résultats ouvrent des perspectives pour la recherche des précurseurs myélomateux en ciblant plutôt la population proliférante plasmoblastique ou pré-plasmoblastique
The multiple myeloma (MM) is characterized by the accumulation of tumoral plasma cells in bone marrow. Our objective was to determine the nature of the tumoral precursors in the MM while focusing on the circulating B lymphocytes. The molecular analysis of the immunoglobulin heavy chain (IgH) gene rearrangement shows that the circulating B lymphocytes might not belong, for most of them, to the neoplasic clone. However, the quantitative IgH PCR we developed seems to be an indicator for the MM clinical evolution. Our phenotypic analysis shows that the CD19+CD27- naive B cells have decreased in MM patients when compared with the witness group. After validation in various celllines of the expression quantification of the 7 genes implied in the B-cell differentiation, we have identified the decrease of the pax-5 gene expression at the CD34+ hematopoietic stem cells level of the MM leukapheresis

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Nadeau, Larochelle Corinne. "Identification de la base moléculaire de l'antigène érythrocytaire de haute fréquence PEL." Thesis, Université Laval, 2013. http://www.theses.ulaval.ca/2013/30375/30375.pdf.

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Abstract:

En 2013, la Société internationale de médecine transfusionnelle (ISBT) reconnaît 33 groupes sanguins et 339 antigènes érythrocytaires différents, dont plus de 297 sont déjà associés à un groupe sanguin. Les autres antigènes sont classés dans des séries et des collections en attendant la découverte de leur base moléculaire. En 1996, Geoff Daniels et collaborateurs identifiaient l’antigène PEL. À la suite de cette découverte, des travaux ont démontré qu’il est présent chez plus de 99,9% de la population en général et que le phénotype PEL négatif semble être spécifique à la population québécoise. À la lumière des caractéristiques connues à propos de l’antigène PEL, des analyses génomiques et protéomiques ont été effectuées dans le but de découvrir sa base moléculaire. Cependant, l’analyse des ARN messagers séquencés, ainsi que les résultats obtenus lors des expériences en protéomique, n’ont pas permis d’identifier la base moléculaire de l’antigène PEL.

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Chapy, Hélène. "Identification fonctionnelle et moléculaire d'un transporteur de psychotropes et substances d'abus." Thesis, Sorbonne Paris Cité, 2015. http://www.theses.fr/2015PA05P603.

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Abstract:

Le système nerveux central est un organe privilégié et protégé, notamment grâce à l’existence des barrières histologiques entre le sang et les tissus nerveux. La barrière-hémato encéphalique (BHE) et la barrière hémato-rétinienne (BHR) séparent respectivement le parenchyme cérébral et la rétine des composés contenus dans l’espace vasculaire, grâce à l’expression de jonctions serrées et de transporteurs membranaires permettant une régulation spécifique des échanges entre le sang et le parenchyme nerveux. Ce travail a porté sur l’étude d’un nouveau transporteur de cations organiques mis en évidence fonctionnellement à la BHE de la souris. Ce transporteur appartenant très probablement à la superfamille des solute carrier (SLC), fonctionne comme un antiport proton. Actuellement, sa présence ne peut être démontrée que de façon fonctionnelle car son identité moléculaire est encore inconnue. Cet antiport proton constitue un nouvel acteur de la perméabilité cérébrale et ouvre une nouvelle voie d’accès au cerveau. Nous nous sommes tout d’abord attachés à approfondir les connaissances fonctionnelles de ce transporteur en étudiant de nouveaux substrats et tissus d’expression. Le transport cérébral de psychotropes a été étudié in vivo par la technique de perfusion carotidienne in situ chez la souris et in vitro grâce à une lignée de cellules endothéliales cérébrales humaines immortalisées (hCMEC/D3). Nous avons démontré que la haute perméabilité cérébrale de la cocaïne fait intervenir à la fois une diffusion passive et surtout une diffusion médiée par un antiport proton. La vitesse d’entrée des substances d’abus dans le cerveau est associée à un plus fort risque d’addiction et fait de ce transporteur un nouvel acteur critique de la régulation du passage cérébral. En effet, d’autres substances comme la nicotine et certaines amphétamines comme le MDPV et l'ecstasy sont également des substrats de cet antiport. Ce transporteur apparaît comme une cible pharmacologique potentielle dans la prise en charge de toxicomanies. Malgré la diversité chimique et pharmacologique d’interactions des composés avec cet antiport, les concentrations nécessaires pour l’inhiber dépassent celles retrouvées dans le sang. Pour aider l’identification d’inhibiteurs sélectifs et efficaces nous avons développé un modèle pharmacophorique d’inhibiteurs du transporteur à partir de données générées in vitro et de l’approche FLAPpharm. Ce modèle semble prédictif de nouveaux composés pouvant constituer de meilleurs inhibiteurs de ce transporteur. L’étude des échanges in vivo au niveau du tissu nerveux nous a menés à étudier l’impact de transporteurs ABC et de l’antiport-proton au niveau cérébral et rétinien à l’aide de substances spécifiques ou de substrats mixtes comme le vérapamil. L’antiport proton est fonctionnel au niveau de la BHR et transporte notamment la clonidine, le DPH et le vérapamil. Cependant, dans le cas d’un substrat mixte P-gp et SLC (ex : vérapamil), ce transport d’influx n’est visible à la BHE que lorsque la P-gp est neutralisée. Au contraire, à la BHR l’influx lié à cet SLC est visible naturellement. L’impact de la P-gp à la BHR étant 6.3-fois plus faible ce processus est probablement moins masqué. Cette étude illustre la difficulté actuelle de prédire l’impact fonctionnel d’un transporteur pour des substrats multi-spécifiques et l’existence d’une priorisation du transport. Enfin, nous avons essayé d’identifier l’antiport proton au niveau moléculaire par une méthode de photo-activation à l’aide d’un composé adapté. Cette méthode s’est avérée efficace pour fixer une molécule sur le transporteur, permettant par la suite de l’isoler plus facilement. En conclusion, ce travail a permis de mettre en évidence l’importance de l’antiport proton dans la distribution cérébrale de psychotropes et d’ouvrir de nouvelles perspectives dans l’addiction et la compréhension du transport de substrats multi-spécifiques
The central nervous system is a privilege organ protected by histological barriers between the blood and the nervous tissue. The blood-brain barrier (BBB) and the blood-retinal barrier (BRB) separate cerebral parenchyma and retina from the circulating blood and both express tight junctions and membrane transporters, allowing a precise regulation of the exchanges between the blood and nervous tissues. We studied a new cationic transporter functionally evidenced at the mouse BBB. This molecularly unknown transporter belong to the solute carrier super family (SLC) and is a proton antiporter. It could constitute a new actor in the cerebral permeability and may be a new brain access pathway. First, we worked on the functional identification studying new substrates and new localization. Psychotropic brain transport was studied in vivo by brain in situ perfusion on mouse and in vitro with human immortalized endothelial cells (hCMEC/D3). We showed that cocaine brain entry depends on passive diffusion but also mainly on a proton antiporter. Brain entry rate of drugs of abuse is associated with modulation of addiction liability, making this transporter a new component of brain entry of cocaine, and also nicotine and some amphetamines such as ecstasy and MDPV. This proton antiporter appears to be a new potential target in addiction. Various chemical entities interact with this transporter; however concentrations used to inhibit the transporter are much higher than the one possibly found in the blood. In order to help find or design new selective and potent inhibitors, we developed a pharmacophore model of the proton antiporter inhibitors using in vitro data and the FLAPpharm approach. The model predicts well new possible inhibitors of this transporter. We also studied the impact of the ABC transporters and the proton antiporter at the BBB and the BRB using specific or multi-specific substrates such as verapamil. The proton antiporter is functionally expressed at the BRB and transports clonidine, DPH and verapamil. However, for the multi-specific (P-gp and SLC) compound verapamil, influx transport by the proton antiporter is visible at the BBB only when P-gp efflux is neutralized. On the contrary, at the BRB, the proton antiporter influx is always visible. This is certainly due to the lower impact (by 6.3 fold) of P-gp at the BRB compared to the BBB. These results show the difficulty to predict the functional impact of a transporter for multi-specific compounds and a probable transport prioritization. Finally we worked on the molecular identification of the proton antiporter using a photolabeling method. This work evidenced the importance of the proton antiporter in the brain distribution of psychotropic and drugs of abuse and opened toward new perspectives in addiction and transport comprehension

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Cibik, Recep. "Leuconostocs isolés de fromages traditionnels francais : identification classique et moléculaire, caractérisation biochimique et moléculaire du système autolytique." Dijon, 2000. http://www.theses.fr/2000DIJOS017.

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Abstract:

La diversité moléculaire de 220 souches de leuconostoc a été analysée par rapd. Cinq groupes ont été définis regroupant la majorité des souches étudiées. Cette technique a également permis de distinguer les souches de ln. Citreum. Des séquences d'adnr 16s et des hybridations in situ utilisant une sonde spécifique du genre leuconostoc (sauf ln. Fallax) ont permis i) d'établir une collection de souches correctement identifiées et ii) de confirmer la classification des souches aux profils rapd atypiques. Un test pcr, base sur des amorces spécifiques ciblant les régions variables des adnr 16s, a été développé. Il permet d'identifier rapidement et précisément les souches de ln. Mesenteroides, ln. Citreum, ln. Lactis et w. Paramesenteroides. Le comportement autolytique de 59 souches de leuconostoc a été étudié. Le taux d'autolyse est variable selon les souches et compris entre 7 et 44%. Deux bandes majeures correspondant aux peptidoglycane hydrolases (pgh) ont été détectées par SDS-PAGE renaturante. L'analyse de spécificité a révélé deux types de PGH : une glycosidase et une amidase (ou une peptidase). Le gène (lnmur) de ln citreum 22R, codant pour une PGH, a été clone et séquence. Lnmur a une masse moléculaire de 23,9 kDa et ne possède pas de séquence spécifique permettant son ancrage a son substrat. Une protéine chimère composée de lnmur et de la partie C-terminale de AcmA de L. Lactis a été construite. Cette enzyme est capable de complémenter une mutation de acmA chez l. Lactis.

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Masquida, Benoît. "Identification, caractérisation et études structurales d'ARN non-codants." Habilitation à diriger des recherches, Université Louis Pasteur - Strasbourg I, 2007. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00271873.

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Ouazzani, Chahdi Abdeljawad. "Les plasmides IncHI1: analyse moléculaire du réplicon RepHI1B." Doctoral thesis, Universite Libre de Bruxelles, 1996. http://hdl.handle.net/2013/ULB-DIPOT:oai:dipot.ulb.ac.be:2013/212394.

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Chapuis, Julien. "Identification de déterminants génétiques impliqués dans la composante vasculaire de la MA, par analyses transcriptomiques, génétiques et moléculaires." Phd thesis, Université du Droit et de la Santé - Lille II, 2008. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00326304.

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Abstract:

Identification de déterminants génétiques impliqués dans la composante vasculaire de la MA, par analyses transcriptomiques, génétiques et moléculaires
La maladie d'Alzheimer (MA) est une maladie dégénérative du cerveau qui provoque la démence, avec une perte graduelle de mémoire, du jugement, et des fonctions cognitives. Cette maladie apparaît généralement chez les personnes âgées de plus de 65 ans, mais certaines formes moins fréquentes peuvent apparaître plus précocement. Les bases génétiques et moléculaires de la MA sont encore mal connues. L'hérédité des formes à début précoce est liée à des mutations dans trois gènes différents: le gène du précurseur de la protéine amyloïde (APP) sur le chromosome 21, le gène de la préséniline 1 (PS1) sur le chromosome 14 et le gène de la préséniline 2 (PS2) sur le chromosome 1. Cependant, ces mutations expliquent moins de 1% des cas de MA. Dans la grande majorité des cas, la génétique apparaît beaucoup plus complexe car résultant de l'interaction entre des facteurs environnementaux et divers gènes de susceptibilité. Malgré le consensus sur l'importance de la composante génétique de la MA, seul l'allèle ε4 du gène de l'apolipoprotéine E (APOE) a été retrouvé comme un facteur constant de vulnérabilité. Toutefois, plus de 200 gènes ont déjà été proposés comme déterminants génétiques de la MA, mais aucun consensus n'a pu être obtenu pour l'un d'entre eux en raison du manque de robustesse des associations observées au sein de populations indépendantes. Tout d'abord, nous avons cherché à reproduire l'association entre la MA et des polymorphismes localisés dans 3 gènes candidats (VEGF, PON1 et GAB2). Deuxièmement, afin la sélection de nouveaux gènes candidats, nous avons combiné les informations issues de carte génétique avec le profil d'expression de gènes. Cette stratégie résulte de deux grandes observations: (i) l'expression de nombreux gènes est modifiée au cours de l'étiologie de la MA, (ii) les polymorphismes dans les promoteurs de l'APOE, PS1, PS2 et APP gènes ont été associés à l'apparition de la MA. Par conséquent, nous avons supposé que les gènes situés dans les régions chromosomiques définies par des études de liaisons génétiques et présentant une expression différentielle entre des patients et des témoins, pourraient constituer des gènes candidats implique dans la MA. Nous avons effectué l'analyse transcriptomique de 2741 gènes situés dans les régions chromosomiques d'intérêt définies dans le cadre de la MA. Les niveaux de l'expression génique ont été évalués à partir d'ARN totaux provenant de tissus cérébraux post-mortem de malades et de témoins. Cent six gènes ont été retrouvés différentiellement exprimés. Ensuite, nous avons évalué, au sein de ces gènes, l'impact de polymorphismes sur le risque de développer la MA. Le polymorphisme le plus intéressant, situé sur le gène IL33, a été associé à la MA dans 3 populations cas-témoins indépendantes. En outre, nous avons pu montrer une implication de ce gène dans un processus physiopathologie touchant le réseau vasculaire cérébral au cours de la MA. De façon intéressante, IL33 est préférentiellement exprimé dans les cellules vasculaires. En effet, un nombre croissant de données suggèrent un rôle central des facteurs de risque cardiovasculaire, de la modification des parois artérielles, amenant à une hypoperfusion chronique du cerveau et au développement de la physiopathologie de la maladie. Ces données sont basées sur des études épidémiologiques, physiopathologiques, de neuro-imagerie, de neuropathologiques et d'études pharmacologiques. Toutes ces observations indiquent qu' une altération du réseau vasculaire pourrait être un facteur important dans le processus conduisant à la neurodégénérescence chronique dans la MA.

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Djelouadji, Zoheira. "Identification moléculaire et génotypage des mycobactéries du complexe Mycobactérium tuberculosis." Aix-Marseille 2, 2008. http://www.theses.fr/2008AIX20700.

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Abstract:

Le complexe Mycobacterium tuberculosis (MTC) est composé de sept espèces, Mycobacterium tuberculosis, Mycobacterium africanum, Mycobacterium bovis, Mycobacterium canettii, Mycobacterium microti, Mycobacterium caprae et Mycobacterium pinnipedii responsables de tuberculose humaine et animale. Ces espèces montrent une valeur d’hybridation ADN:ADN ≥ 90% et une moyenne d’identité nucléotidique ≥ 99%. La séquence des gènes ARNr 16S et rpoB ne permet pas de les dissocier. Ces données suggèrent que les membres du MTC forment une espèce bactérienne unique comprenant des clones préférentiels de certains hôtes. La transmission inter-espèce des clones du MTC est favorisée par les possibilités de contacts entre les différentes espèces de mammifères. Plusieurs familles génétiques de M. Tuberculosis, responsables d’épidémies majeures ont été identifiées, telle que la famille Beijing qui est très répandue dans les pays d'Asie et se répand dans le monde entier avec des clones hyper-virulents suite à la perte de certains gènes. L’identification des espèces du MTC repose actuellement sur quelques caractères phénotypiques et la détection de polymorphismes spécifiques d’espèce dans certains gènes. L’identification repose aussi sur la variation du nombre de tandem repeats (VNTR) ou d’unités mycobactériennes répétées (MIRU). Ces derniers sont aussi utilisés pour le génotypage qui repose sur l’analyse de profile de restriction ou d’amplification. Ces méthodes sont longues et exigent une grande quantité de matériel bactérien. Dans ce travail, nous avons développé le séquençage de l’exact tandem repeat D (ETR-D) comme méthode d'identification des espèces du MTC. Cette méthode est un nouvel outil d’identification rapide. Nous avons ensuite mis au point le génotypage de M. Tuberculosis par Multispacer Sequence Typing (MST), méthode basée sur le séquençage de plusieurs régions intergéniques. La méthode s'est avérée être sensible, précise et reproductible et a permis l’assignement des isolats dans des lignées phylogéographiques. La méthode MST a contribué à résoudre un épisode de contamination croisée dans le laboratoire ainsi qu’à élucider la transmission nosocomiale dans un service de pédiatrie. L’identification et le génotypage du MTC sont maintenant transférés en routine dans le diagnostic du laboratoire. Notre travail sert de base au développement de nouvelles technologies
The Mycobacterium tuberculosis complex (MTC) comprises seven host-associated bacterial species, Mycobacterium tuberculosis, Mycobacterium africanum, Mycobacterium bovis, Mycobacterium canettii, Mycobacterium microti, Mycobacterium caprae and Mycobacterium pinnipedii responsible for human and animal tuberculosis. These seven species exhibit DNA: DNA hybridization value ≥ 90% and an average nucleotide identity ≥ 99%. They are indistinguishable by 16S rRNA and rpoB gene sequencing. These data suggest that MTC members form an unique bacterial species comprising clones with preferred host species. Cross-species transmission of MTC clones is driven by the opportunities of contacts between various mammal species. Several genetic families of M. Tuberculosis population responsible for major outbreaks have been identified such as the Beijing family which is highly prevalent in Asian countries and is spreading worldwide with hyper-virulent clones concurrent with the accumulation of evolutionary events. Identification of MTC organisms currently relies upon a few phenotypic traits, and the detection of species-specific single nucleotide polymorphisms in a few genes. Also, Variable Tandem Repeats (VNTR) and Mycobacterial interspersed repetitive units (MIRU) have been used for MTC organisms identification and genotyping, based on the analysis of restriction or amplification profiles. These methods are timeconsuming and require a large amount of infectious materials. In this work, we developed the exact tandem repeat D (ETR-D) sequencing as a single–step method for the identification of MTC organisms at the species level. This method offers a new rapid tool which circumvents the current expensive and polyphasic approaches. We then developed a Multispacer Sequence Typing (MST) for M. Tuberculosis, a genotyping method based on the sequencing of several intergenic regions. The method proved to be sensitive, accurate and reproducible and allowed the assignment of isolates into phylogeographical lineages. MST helped to resolve crosscontamination episode in the laboratory and nosocomial transmission in paediatric ward. 4 MTC identification and genotyping are now transferred into routine diagnosis in the laboratory. Our work constitutes the basis for on-going further developments using new technologies

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Fournier, Pierre-Edouard. "Identification et phylogénie des rickettsies du groupe boutonneux." Aix-Marseille 2, 1999. http://theses.univ-amu.fr.lama.univ-amu.fr/1999AIX20657.pdf.

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Chapuis, Julien. "Identification de déterminants génétiques impliqués dans la composante vasculaire de la Maladie d'Alzheimer, par analyses transcriptomiques, génétiques et moléculaires." Lille 2, 2008. http://www.theses.fr/2008LIL2S013.

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Abstract:

La maladie d'Alzheimer (MA) est une maladie dégénérative du cerveau qui provoque la démence, avec une perte graduelle de mémoire, du jugement, et des fonctions cognitives. Cette maladie apparaît généralement chez les personnes âgées de plus de 65 ans, mais certaines formes moins fréquentes peuvent apparaître plus précocement. Les bases génétiques et moléculaires de la MA sont encore mal connues. L'hérédité des formes à début précoce est liée à des mutations dans trois gènes différents: le gène du précurseur de la protéine amyloïde (APP) sur le chromosome 21, le gène de la préséniline 1 (PS1) sur le chromosome 14 et le gène de la préséniline 2 (PS2) sur le chromosome 1. Cependant, ces mutations expliquent moins de 1% des cas de MA. Dans la grande majorité des cas, la génétique apparaît beaucoup plus complexe car résultant de l'interaction entre des facteurs environnementaux et divers gènes de susceptibilité. Malgré le consensus sur l'importance de la composante génétique de la MA, seul l'allèle ε4 du gène de l'apolipoprotéine E (APOE) a été retrouvé comme un facteur constant de vulnérabilité. Toutefois, plus de 200 gènes ont déjà été proposés comme déterminants génétiques de la MA, mais aucun consensus n'a pu être obtenu pour l'un d'entre eux en raison du manque de robustesse des associations observées au sein de populations indépendantes. Tout d'abord, nous avons cherché à reproduire l'association entre la MA et des polymorphismes localisés dans 3 gènes candidats (VEGF, PON1 et GAB2). Deuxièmement, afin la sélection de nouveaux gènes candidats, nous avons combiné les informations issues de carte génétique avec le profil d'expression de gènes. Cette stratégie résulte de deux grandes observations: (i) l'expression de nombreux gènes est modifiée au cours de l'étiologie de la MA, (ii) les polymorphismes dans les promoteurs de l'APOE, PS1, PS2 et APP gènes ont été associés à l'apparition de la MA. Par conséquent, nous avons supposé que les gènes situés dans les régions chromosomiques définies par des études de liaisons génétiques et présentant une expression différentielle entre des patients et des témoins, pourraient constituer des gènes candidats implique dans la MA. Nous avons effectué l'analyse transcriptomique de 2741 gènes situés dans les régions chromosomiques d'intérêt définies dans le cadre de la MA. Les niveaux de l'expression génique ont été évalués à partir d'ARN totaux provenant de tissus cérébraux post-mortem de malades et de témoins. Cent six gènes ont été retrouvés différentiellement exprimés. Ensuite, nous avons évalué, au sein de ces gènes, l'impact de polymorphismes sur le risque de développer la MA. Le polymorphisme le plus intéressant, situé sur le gène IL33, a été associé à la MA dans 3 populations cas-témoins indépendantes. En outre, nous avons pu montrer une implication de ce gène dans un processus physiopathologie touchant le réseau vasculaire cérébral au cours de la MA. De façon intéressante, IL33 est préférentiellement exprimé dans les cellules vasculaires. En effet, un nombre croissant de données suggèrent un rôle central des facteurs de risque cardiovasculaire, de la modification des parois artérielles, amenant à une hypoperfusion chronique du cerveau et au développement de la physiopathologie de la maladie. Ces données sont basées sur des études épidémiologiques, physiopathologiques, de neuro-imagerie, de neuropathologiques et d'études pharmacologiques. Toutes ces observations indiquent qu' une altération du réseau vasculaire pourrait être un facteur important dans le processus conduisant à la neurodégénérescence chronique dans la MAbz

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Vanhoye, Damien. "Analyse évolutive, moléculaire et fonctionnelle des peptides antimicrobiens des amphibiens." Paris 6, 2004. http://www.theses.fr/2004PA066326.

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Misson, Julie. "Le signal phosphate chez "Arabidopsis thaliana" : analyse génétique et moléculaire." Aix-Marseille 1, 2004. http://www.theses.fr/2004AIX11060.

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Abstract:

Le phosphate est un nutriment essentiel pour le développement et le métabolisme des plantes. La plante a développé de nombreuses réponses pour croître au mieux dans des sols souvent limitant en cet élément. Pour avoir une vision globale de ces réponses, nous avons effectué une analyse transcriptionnelle chez "Arabidopsis thaliana" pour identifier toutes les cibles du phosphate. Environ 700 gènes modulés en carence en Pi ont été classifiés le type de régulation (induction, répression), la localisation de l’expression, la cinétique d’induction et leur fonction. Ces données constituent une mine de renseignements qui permettront de guider de futures recherches pour comprendre les stratégies de la plante et les mécanismes moléculaires mis en jeu pour répondre à la carence en phosphate. Un gène cible particulier, le transporteur de phosphate à haute affinité Pht1;4 a été caractérisé à partir de lignées d’insertion mutante pour ce gène. Nous avons pu déterminer le rôle de ce transporteur parmi tous ses homologues de la famille Pht1. Très fortement induit en condition de carence, il permet d’augmenter la capacité d’absorption de phosphate de la plante de 40% dans ces conditions. L’une des lignées, pht1;4-1, possède un gène rapporteur GUS fusionné au promoteur de ce gène cible du phosphate et a permis d’établir le profil d’expression de ce gène dans les couches cellulaires externes de la racine en condition de carence. Nous l’avons utilisé comme témoin de la carence en phosphate dans un crible génétique pour identifier des mutants touchés dans la régulation par le phosphate. Dans la descendance de graines de pht1;4-1 mutagenéisées, nous avons isolé cinq mutants par (phosphate abnormal response) qui présentaient un gain d’expression de Pht1;4 sur milieu riche en phosphate. Leur caractérisation montre qu’ils sont affectés dans diverses réponses au phosphate et sont probablement touchés dans la régulation transcriptionnelle ou post-transcriptionnelle du gène
Phosphate is an essential nutrient for plant development and metabolism. Plants have developed numerous responses in order to grow in soils often limiting in this element. In order to have a global vision of these responses, we have performed a transcriptional analysis on "Arabidopsis thaliana" to identify the targets of phosphate. The 700 genes found modulated by Pi have been classified following their functions and their regulation (induction/repression by Pi starvation, root/leaves expression, « early » or « late » modulation using transfer experiments). A Pi-starvation-induced gene, the high affinity Pi transporter Pht1;4 has been characterized. Using insertion mutants lines, we have shown the role of this transporter among its homologues from the Pht1 family. It contributes to 40% of Pi uptake capacity of the Pi starved plant. One of the insertion line, pht1;4-1, contains a GUS reporter gene fused to the Pht1;4 promoter, allowing the determination of the expression pattern of this gene in external cell layers of the root only in Pi limiting condition. We have used this line as a visual control of Pht1;4 regulation in a genetic screen to identify mutants deregulated in Pi signal transduction pathway. In the progeny of pht1;4-1 mutagenized seeds, we have isolated five mutants par (phosphate abnormal response), which exhibited a constitutive expression of Pht1;4 independently of the Pi supply condition. Their characterization shows that they are affected in various Pi starvation responses and are probably mutated in the transcriptional or post-transcriptional regulation of this gene

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Kaas, Quentin. "Analyse structurale des récepteurs d'antigènes dans IMGT et modélisation moléculaire." Montpellier 2, 2005. http://www.theses.fr/2005MON20168.

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Séropian, Audrey. "Analyse de document et identification de scripteurs." Toulon, 2003. http://www.theses.fr/2003TOUL0010.

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Abstract:

Le thème de notre étude se limite à des formulaires dont certains champs sont remplis à l'aide d'une écriture manuscrite. Après avoir élaboré un modèle de formulaire utilisable dans le contexte d'un nombre fini de scripteurs, notre but est ici de créer un module d'identification de scripteur par analyse fractale du style. L'identification de chaque scripteur repose sur l'extraction d'un ensemble de caractéristiques qui doivent être propres à l'auteur du document. Les propriétés d'autosimilarité dans l'écriture sont exploitées. Pour cela, des formes invariantes caractérisant l'écriture d'un scripteur sont extraites au cours d'un processus de compression fractale. Ces formes sont organisées dans une base de référence permettant d'analyser une écriture inconnue dans un processus de Pattern Matching. Les résultats de l'analyse sont évalués par le rapport signal/bruit. Ainsi, il permet en fonction d'un ensemble de bases de référence, d'identifier Fauteur d'un texte
The axe of our study is limited to forms some areas of which are filled by cursive handwriting. After we elaborated a model of form used in a context of finite number of writers, our aim is here to create a process of identification of writer through fractal analysis of handwritten style writer. The identification of each writer depends on the extraction of a set of features that have to be intrinsic of the author of the document. The properties of autosimilarity in the handwriting are used. Some invariant patterns are extracted by the process of fractal compression to characterize the handwriting of the writer. These patterns are organized in a reference base to allow the analyse of an unknown handwriting through a Pattern matching process. The results of this analyze are evaluated by the signal to noise ratio. We can identify the text of a writer that we look for the identity of the author according to the set of reference bases

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Bettenfeld, Glazunova Olga. "Identification moléculaire et étude phylogénétique des bactéries appartenant au genre Streptococcus." Aix-Marseille 2, 2009. http://www.theses.fr/2009AIX20717.

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Abstract:

Les bactéries appartenant au genre Streptococcus sont des cocci Gram-positif, catalase négative. Ce sont des commensales ou pathogènes chez l’homme et les animaux. Actuellement, 69 espèces et 12 sous-espèces ont été décrites. Les streptocoques ont été classifiés au départ sur le type d’hémolyse α, β ou non hémolytiques. Ce critère n’a plus aujourd’hui qu’une valeur d’orientation. La classification de Lancefield, encore utilisée en clinique, distingue 20 groupes sérologiques (désignés par des lettres de A à H et de K à W) définis sur les propriétés antigéniques d’un polysaccharide C présent dans la paroi des bactéries. Certaines espèces étant dépourvues de cet antigène et ne peuvent pas être classées par cette méthode. D’autre part, des isolats appartenant à des sérogroupes différents peuvent être inclus dans une même espèce et un même sérogroupe peut être retrouvé dans des espèces différentes. La classification a été complétée grâce à l’étude des caractères métaboliques. Mais les systèmes commercialisés ne permettent pas d’obtenir une identification au niveau de l’espèce dans tous les cas. Ce manque de discrimination est du au fait que le nombre de caractères biochimiques considérés est en nombre limité, que certains isolats présentent des caractères différents de la souche type et que les systèmes utilisés manquent parfois de reproductibilité. De plus, de nombreuses espèces nouvellement décrites ne sont pas incluses dans la banque de données du fabricant ou possèdent des profils identiques à ceux d’autres espèces ce qui entraîne une mauvaise identification au niveau de l’espèce ou une non identification de l’isolat. Actuellement, deux espèces génétiquement différentes (genomospecies) ont des relations ADN-ADN qui se traduisent à la fois par des valeurs d'hybridation inférieures à 70 % et par une valeur Tm(e) inférieure ou égale à 5 °C et/ou sur un pourcentage d’homologie entre les séquences du gène qui codent l’ARNr de 16S < 97%. Mais la technique d’hybridation ADN/ADN est une technique laborieuse dont les résultats sont parfois discordants entre laboratoires. Ce problème a donné lieu à des discussions controversées sur la définition de certains streptocoques, par exemple Streptococcus anginosus, Streptococcus intermedius, Streptococcus constellatus, les streptocoques appartenant au groupe bovis ou les streptocoques appartenant au groupe mitis. De plus il a été montré que le pourcentage d’homologie entre les séquences du gène codant l’ARNr de 16S permettant de définir une espèce bactérienne était variable en fonction des genres considérés et était souvent > 97%. L’identification bactérienne basée sur la comparaison des séquences du gène codant l’ARN de 16S permet d’obtenir une bonne définition jusqu’au niveau du genre mais est souvent déficiente au niveau de l’espèce car le gène considéré est peu variable et donc peu discriminante. D’autres gènes plus variables ont donc été utilisés pour obtenir une meilleure identification des isolats bactériens et potentiellement une définition de l’espèce bactérienne. En ce qui concerne les streptocoques, les gènes les plus utilisés avant que nous commencions notre travail étaient sodA (gène codant la superoxyde dismutase) et rpoB (gène codant la sous-unité de l’ARN polymérase). Mais les séquences n’étaient pas disponibles pour toutes les espèces reconnues. Notre premier travail a donc consisté à compléter les banques existantes. Nous avons également choisi de séquencer un fragment des gènes gyr B (codant la sous-unité B de l’ADN gyrase) et groEL (codant la protéine de stress de 60 kDa). Nous nous sommes ensuite intéressés au gène recN (codant une protéine de recombinaison/réparation). Nous disposons à ce jour de 6 bases de données pour l’identification et l’étude phylogénétique des streptocoques, les séquences des gènes groEL et recN étant les plus discriminantes. Nous avons appliqué ces différentes approches à 39 isolats du "groupe anginosus" (S. Anginosus, S. Intermedius, S. Constellatus) et montré que l’identification des isolats au sein de ce groupe était complexe et dans la mesure du possible devait être basée sur le séquençage de plusieurs gènes. Nous avons également décrit une nouvelle espèce Streptococcus massiliensis isolée à partir d’une hémoculture sur la base de critères phénotypiques et génotypiques
Bacteria included in the genus Streptococcus are Gram-positive cocci, catalase negative. They are commensal or pathogenic bacteria in humans and animals. At the present time, 69 species and 12 subspecies have been described. Streptococci were first classified on the basis of haemolysis type. Presently, this criterion is only used to direct identification. Lancefield classification, still used in clinical, distinguishes 20 serological groups (designated by letters A to H and K to W) defined on antigenic properties of polysaccharide C present in the bacterial wall. Some species are devoid of this antigen and cannot be classified using this method. On the other hand, isolates belonging to different serogroups can be included in the same species and same serogroup can be found in different species. The classification has been completed through metabolic character study. But the commercialized systems do not always allow identification at the species level. This lack of discrimination is because the number of biochemical characters is considered limited, some isolates have characteristics different from the type strain and systems used sometimes lack reproducibility. More, many newly described species are not included in the database of the manufacturer or species profiles are identical to those of other species leading to a misidentification at the species level or unidentified isolate. Currently, two genetically different species (genomospecies) have DNA-DNA relationships that result in hybridization values < 70 % andm(e) value ≤ 5°C and/or homology percentage between 16S rRNA gene sequences < 97 %. But DNA-DNA relatedness is a labor intensive technique whose results are sometimes discordant between laboratories. This problem has given rise to controversial discussions on the definition of some streptococci, for example Streptococcus anginosus, Streptococcus intermedius, Streptococcus constellatus, streptococci included in the "bovis" or the "mitis" groups. Moreover, it was shown that the percentage of homology between the 16S rRNA gene sequences used to define bacterial species varied according to the considered genera and was often > 97 %. The bacterial identification based on 16S rRNA gene sequence comparison provides a good definition to the genus level but is often deficient at the species level because this gene is somewhat variable and so therefore not discriminator. Other more variable genes were therefore used to obtain a better identification of bacterial isolates and potentially a definition of the bacterial species. Regarding the streptococci, the genes most commonly used before we started our work were sodA (superoxyde dismutase encoding gene) and rpoB ( subunit RNA polymerase encoding gene). But the sequences were not available for all recognized species. Our first task was therefore to complement the existing databases. We also chose to sequence a fragment of gyrB (B subunit of DNA gyrase) and groEL (60 kDa heat shock protein) genes. We then studied the gene recN (recombination/repair protein encoding gene). We have to date 6 databases for identification and phylogenetic analysis of streptococci, the sequences of the genes groEL and recN being the most discriminatory. We applied these different approaches to 39 isolates of the "anginosus group" (S. Anginosus, S. Intermedius, S. Constellatus) and we have shown that identification of isolates within this group was complex and wherever possible should be based on the sequencing of several genes. We also described a new species Streptococcus massiliensis isolated from a blood sample on the basis of phenotypic and genotypic criteria

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Nectoux, Boris. "Analyse spectrale et analyse semi-classique pour l'étude de la métastabilité en dynamique moléculaire." Thesis, Paris Est, 2017. http://www.theses.fr/2017PESC1228/document.

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Abstract:

Dans cette thèse, nous étudions le comportement asymptotique précis à basse température de l’événement de sortie d'un domaine métastable $Omegasubset mathbb R^d$ (point de sortie et temps de sortie) pour le processus de Langevin sur amorti. En pratique, le processus de Langevin sur amorti peut par exemple simuler l'évolution des positions des atomes d'une molécule ou la diffusion d'impuretés interstitielles dans un cristal. Nos résultats principaux concernent le comportement asymptotique précis de la distribution de la loi du point de sortie de $Omega$. Dans la limite d'une petite température, ces résultats permettent de justifier l'utilisation de la formule d'Eyring-Kramers pour modéliser les événements de sortie de $Omega$. La loi d'Eyring-Kramers est par exemple utilisée pour calculer les taux de transition entre les états d'un système dans un algorithme de Monte-Carlo cinétique afin de simuler efficacement les différents états visités par le système. L'analyse repose de manière essentielle sur la distribution quasi stationnaire associée au processus de Langevin sur amorti dans $Omega$. Nos preuves utilisent des outils d'analyse semi-classique. La thèse se décompose en trois chapitres indépendants. Le premier chapitre (rédigé en français) est une introduction aux résultats obtenus. Les deux autres chapitres (rédigées en anglais) sont consacrés aux énoncés mathématiques
This thesis is dedicated to the study of the sharp asymptotic behaviour in the low temperature regime of the exit event from a metastable domain $Omegasubset mathbb R^d$ (exit point and exit time) for the overdamped Langevin process. In practice, the overdamped Langevin dynamics can be used to describe for example the motion of the atoms of a molecule or the diffusion of interstitial impurities in a crystal. The obtention of sharp asymptotic approximations of the first exit point density in the small temperature regime is the main result of this thesis. These results justify the use of the Eyring-Kramers law to model the exit event. The Eyring-Kramers law is used for example to compute the transition rates between the states of a system in a kinetic Monte-Carlo algorithm in order to sample efficiently the state-to-state dynamics. The cornerstone of our analysis is the quasi stationary distribution associated with the overdamped Langevin dynamics in $Omega$. The proofs are based on tools from semi-classical analysis. This thesis is divided into three independent chapters. The first chapter (in French) is dedicated to an introduction to the mathematical results. The other two chapters (in English) are devoted to the precise statements and proofs

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Vinit, Stéphane. "Plasticité post-lésionnelle du réseau nerveux respiratoire : analyse fonctionnelle et moléculaire." Aix-Marseille 3, 2006. http://www.theses.fr/2006AIX30073.

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Abstract:

Ce travail doctoral a permis d'étudier les phénomènes de plasticité anatomo-fonctionnelle et moléculaire survenant après lésion unilatérale cervicale de la moelle épinière. Une section latérale cervicale est suffisante pour abolir l'activité de l'hémidiaphragme ipsilatéral. Néanmoins, après un délai post-lésionnel court (7 jours), une activité phrénique ipsilatérale peut être détectée. Celle-ci dépend de voies descendantes contralatérales croisées, situées latéralement, et de voies afférentes ipsilatérales. A 3 mois post-lésionnels, cette activité est renforcée par des « nouvelles » voies descendantes spinales médianes. Au niveau moléculaire, les neurones respiratoires axotomisés (et d'autres neurones bulbaires non axotomisés) expriment c-Jun en réponse à une hémisection spinale cervicale, ce qui traduit un potentiel de plasticité intrinsèque. Dans la zone lésionnelle, les taux de certains effecteurs de plasticité (GAP-43, BDNF) sont cependant diminués. Ces résultats dans leur ensemble montrent que le réseau respiratoire développe, après lésion spinale, des processus de neuroplasticité qui pourront être exploités dans le cadre de stratégies à «vocation réparatrice »
This doctoral work focuses on anatomo-functional and/or molecular plasticity processes after unilateral high spinal cord injury leading to respiratory deficit. A spinal cord injury restricted to the lateral area was sufficient to abolish hemidiaphragm activity. However, after short post-lesional time-lapse (7 days), an ipsilateral phrenic activity was detected that depends on crossed spinal pathways located laterally in the contralateral spinal cord and on ipsilateral afferents. After 3 months post-injury, this phrenic activity was reinforced by new active median bulbospinal pathways. At the molecular level, the respiratory axotomized neurons (and some non-axotomized neurons) express c-Jun after a spinal cord injury, revealing an intrinsic plasticity potential. Around the spinal injury, the levels of plasticity associated proteins (GAP-43 and BDNF) decreased. These results demonstrate that the respiratory system is endowed with an important plasticity potential after spinal cord injury with interesting potentialities for testing repair strategies

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Dard, Laetitia. "Analyse bioénergétique et moléculaire de la physiopathologie du Syndrome de Costello." Thesis, Bordeaux, 2018. http://www.theses.fr/2018BORD0444.

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Abstract:

Les mutations germinales activatrices de la voie RAS sont responsables de maladies rares regroupées sous le nom de RASopathies : le Syndrome de Noonan, le Syndrome de Noonan avec de Multiples Lentigines, la Neurofibromatose de type 1, le Syndrome de Malformations Capillaires et Malformations Artério-Veinseuses, le Syndrome Cardio-Facio-Cutané, le Syndrome de Legius et le Syndrome de Costello. Cette thèse s’intéresse au syndrome de Costello causé par une mutation hétérozygote de novo du gène HRAS. Ce syndrome est révélé dans les premiers mois de la vie et se caractérise par un retard de croissance postnatal, des traits du visage épais, un déficit intellectuel, des anomalies cutanées, ainsi qu’une prédisposition à développer des tumeurs. De plus, les patients atteints du syndrome de Costello développent une cardiomyopathie hypertrophique, de l’hypertension, une hypotonie et une myopathie d'origine moléculaire inconnue. En lien avec une association de malade et le service de génétique du CHU de Bordeaux, nous avons mené une exploration des anomalies protéomiques dans les tissus d’une souris modèle du syndrome de Costello ainsi que dans des fibroblastes de patients et des cellules modèles exprimant les formes mutées de HRASG12S et HRASG12A. Cette analyse globale et sans a priori a révélé des altérations au niveau du métabolisme énergétique et plus particulièrement de la composition des mitochondries. Le déficit fonctionnel des mitochondries, centrale énergétique du corps humain, a été caractérisé par des approches de biochimie, de bioénergétique et de biologie cellulaire. De plus, l’analyse des données ‘omiques’ a permis de suggérer une nouvelle hypothèse dans la physiopathologie du syndrome de Costello. Cette hypothèse considère l’implication d’un micro-ARN, le miR-221* dans l’inhibition du métabolisme oxydatif. Les analyses génétiques réalisées sur les cellules de patients et les cellules modèles ont démontré l’inhibition de l’expression de la protéine AMPK, un régulateur majeur du métabolisme mitochondrial, par le miR-221* sous le contrôle de HRASG12S et HRASG12A. Ces découvertes ont permis d’élaborer une stratégie thérapeutique visant à réduire la cardiomyopathie dans le syndrome de Costello. Les analyses précliniques effectuées sur les modèles cellulaires et le modèle murin ont permis d’évaluer l’efficacité d’une stimulation pharmacologique du métabolisme mitochondrial. Cette thèse révèle donc l’implication des mitochondries dans le syndrome de Costello et l’analyse moléculaire réalisée propose une série de données ‘Omiques’ qui permettront de progresser dans la compréhension de cette maladie rare
Germline activating mutations of the RAS pathway are responsible for rare diseases grouped under the name of RASopathies: Noonan Syndrome, Noonan Syndrome with multiple Lentigines, Type 1-neurofibromatosis, Capillaries malformations and arteriovenous malformations syndrome, Cardio-Facio-Cutaneous Syndrome, Legius Syndrome and Costello Syndrome. This Ph.D thesis focuses on Costello syndrome that is caused by a heterozygous de novo mutation of the HRAS gene. This syndrome is revealed in the first months of life and is characterized by postnatal growth retardation, thick facial features, intellectual deficit, skin abnormalities, and a predisposition to developing tumors. In addition, patients with Costello syndrome develop hypertrophic cardiomyopathy, hypertension, hypotonia and myopathy of unknown molecular origin. In connection with a patients association and the genetics department of Bordeaux University Hospital, we conducted an exploration of proteomic abnormalities in the tissues of a mouse model of the Costello syndrome as well as in patients’ fibroblasts and cell models expressing mutated forms of HRASG12S and HRASG12A. This global and unbiased analysis revealed alterations in energy metabolism and more particularly in the composition of mitochondria. The functional deficiency of mitochondria, energy plants of the human body, has been characterized by biochemistry, bioenergetics and cell biology approaches. In addition, the 'omic' analysis of Costello syndrome suggested a new pathophysiology hypothesis that considered the involvement of a microRNA, miR-221* in the alteration of oxidative metabolism. Functional genetic analyzes performed on patient cells and cell models demonstrated the inhibition of the expression of the major mitochondrial metabolism regulator AMPK protein by miR-221* under the control of HRASG12S and HRASG12A. These findings led to the development of a preclinical therapeutic strategy to reduce cardiomyopathy in Costello syndrome. Preclinical investigations performed on the cellular models and the murine model made it possible to evaluate the efficacy of a pharmacological stimulation of mitochondrial metabolism. This thesis thus reveals the involvement of mitochondria in Costello syndrome and the molecular analysis carried out makes available a series of 'Omics' data that will allow progress in the understanding of this rare disease

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El, Hafidi Ali. "Analyse et identification du comportement dynamique de rotors." Besançon, 1989. http://www.theses.fr/1989BESA2026.

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Abstract:

L'analyse prévisionnelle et l'optimisation du comportement dynamique des machines tournantes, souvent régies par des opérateurs dissipatifs et non auto-adjoints, passent généralement par des simulations effectuées sur le modèle mathématique associe. Dans la première partie de ce mémoire, on développe deux méthodes permettant d'identifier les caractéristiques dynamiques de paliers fluides. La première utilise des solutions propres identifiées et la seconde exploite des réponses forcées dues aux balourds. L’amélioration et l'identifiable des caractéristiques des paliers est obtenue par le choix optimal des balourds introduits. Dans le but de choisir le modèle mathématique pour l'identification modale, la seconde partie est consacrée 0 l'analyse des phénomènes de rapprochement des fréquences propres dans le diagramme de Campbell. L’étude est basée sur l'utilisation du sous-espace des modes propres quasi multiples. Dans la troisième partie, on développe une méthode de calcul du comportement de rotors de grandes dimensions dont les phases de lancement ou de ralentissement sont particulièrement longues. La méthode utilise la technique des échelles multiples

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Ruiz, Pascal. "Identification de sources par analyse spectrale et multispectrale." Grenoble INPG, 1990. http://www.theses.fr/1990INPG0073.

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Abstract:

La separation de sources de bruit, signaux aleatoires independants, appelle traditionnellement des techniques d'analyse monodimensionnelle ou multidimensionnelle. L'approche monodimensionnelle consiste a ameliorer le pouvoir de separation des composantes spectrales des differentes sources en presence. L'approche multidimensionnelle complete l'approche precedente, quand les sources ne sont plus frequentiellement separables, et melangees sur un ensemble d'entrees. Les proprietes de la matrice spectrale des entrees sont alors exploitees; ses limites sont egalement mises en evidence. Le probleme de l'identification des sources est resolu en introduisant des statistiques d'ordre superieur a 2 (s. O. S. ). Une methodologie d'identification par analyse multicapteurs est detaillee, puis validee dans des situations reelles. Une strategie globale d'identification des sources est enfin proposee

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Davesne, Donald. "La phylogénie des téléostéens acanthomorphes : approches paléontologique et moléculaire." Paris, Muséum national d'histoire naturelle, 2015. http://www.theses.fr/2015MNHN0017.

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Abstract:

Les acanthomorphes sont un groupe de téléostéens principalement marins comprenant plus de 15000 espèces actuelles. Les relations de parenté entre les grands groupes d'acanthomorphes ont longtemps été très mal connues, jusqu'à l'arrivée des premières analyses utilisant la méthode cladistique sur des données morphologiques au début des années 1990. Les relations de parenté proposées par la morphologie ont par la suite été largement remises en question avec l'avènement de la phylogénie moléculaire une décennie plus tard. Ces nouvelles relations de parenté n'ont jamais été testées sur la base de la morphologie, ce qui a comme conséquence qu'à l'heure actuelle, plusieurs classifications existent en parallèle. De plus, les hypothèses sur les premières divergences de l'arbre des acanthomorphes (qui correspondent à la première phase de diversification du groupe, très certainement au début du Crétacé supérieur) sont contradictoires d'une étude moléculaire à l'autre. Notamment, certaines études moléculaires basées sur les génomes mitochondriaux rejettent la monophylie des acanthomorphes. Dans le cadre de cette thèse, mon objectif était d'aboutir à une hypothèse phylogénétique consensuelle pour la base de l'arbre des acanthomorphes, permettant de réconcilier les résultats moléculaires entre eux et avec la morphologie. Pour l'atteindre, j'ai constitué des jeux de données morphologiques dont l'échantillonnage taxonomique couvre suffisamment la diversité des acanthomorphes pour que les hypothèses moléculaires puissent être testées par la morphologie, ce que les précédents jeux de données morphologiques ne permettaient pas. Ces jeux de données incluaient pour la première fois des taxons fossiles, parmi les plus anciens acanthomorphes connus, présentant des combinaisons d'états de caractères inédites dans la nature actuelle. J'ai en parallèle constitué des jeux de données moléculaires, utilisant de multiples marqueurs mitochondriaux et nucléaires, dans l'objectif de mieux caractériser les sources d'incongruence entre les résultats. L'analyse de mes données morphologiques, mitochondriales et nucléaires a livré des topologies très largement congruentes entre elles. La fiabilité des clades ainsi retrouvés d'une analyse à l'autre est renforcée. C'est le cas par exemple du groupement entre les Gadiformes (morues) et les Zeiformes (saint-pierre). La monophylie des acanthomorphes est soutenue par toutes les données. Enfin, il est démontré que l'inclusion des taxons fossiles est cruciale pour obtenir des résultats cohérents. J'ai ainsi obtenu une phylogénie synthétique des acanthomorphes, proposant des synapomorphies pour les clades jusqu'à présent soutenus uniquement par les données moléculaires. Cette phylogénie est replacée dans un contexte temporel grâce aux taxons fossiles. L'approche intégrative adoptée dans cette thèse est prometteuse pour résoudre d'autres questions phylogénétiques complexes, en particulier pour des noeuds profonds
Acanthomorpha is a group a mainly marine teleosts including more than 15 000 extant species. Acanthomorph interrelationships were almost unknown until the first analyses using cladistic methodology on morphological characters in the beginning of the nineties. The relationships supported by morphology were largely contradicted when molecular phylogenetic studies became available a decade later. The new, "molecular" relationships have never been tested with morphology, which implies that today, several classifications coexist. Moreover, the phylogenetic hypotheses on the first dichotomies of the tree (that is, the first diversification of the group in the early Late Cretaceous) are contradictory from one molecular study to another. For example, some molecular studies based on mitogenomes reject acanthomorph monophyly. My objective during this PhD was to obtain a consensual phylogenetic hypothesis for the base of the acanthomorph tree, allowing reconciling molecular results together and with morphology. In order to obtain this, I constituted morphological datasets with a broad taxonomic sampling covering acanthomorph diversity enough for the molecular hypotheses to be tested by morphology – which previous morphological datasets did not allow. These datasets included fossil taxa for the first time, among which some of the oldest acanthomorphs known on record, that show character state combinations that are extinct today. In parallel, I built molecular dataset using numerous mitochondrial and nuclear markers, in order to better characterize the sources of the incongruence between results. The analysis of my morphological, mitochondrial and nuclear data yielded largely congruent topologies. The clades recovered from one analysis to another have then an increased reliability. For example, Gadiformes (cods) and Zeiformes (dories) are grouped together. Acanthomorph monophyly is supported by all data. The inclusion of fossil taxa is critical to obtain relevant results. In this PhD I obtained a synthetic phylogenetic hypothesis for acanthomorphs, proposing synapomorphies for the "molecular" clades. This phylogeny is replaced in a timeframe thanks to fossil data. The integrative approach I used in my PhD is promising to resolve many other complex phylogenetic questions, especially for deep nodes

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Afdel, Karim. "Conception d'outils d'analyse quantitative d'images pour la biologie moléculaire et la dermatologie." Aix-Marseille 3, 1994. http://www.theses.fr/1994AIX30072.

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Abstract:

On a elabore et mis en uvre des outils informatiques destines a quantifier differentes images biologiques par morphologie mathematique et filtrages. Trois types d'images ont ete analysees. Les images obtenues a partir d'autoradiographies d'electrophoreses en gel (utilisees par les biologistes pour separer les proteines ou acides nucleiques) sont le premier type d'images etudiees. On a montre qu'on pouvait modeliser le profil de ligne moyen des pistes des autoradiographies par des gaussiennes non normalisees en utilisant la methode des moindres carres. L'application de cette methode a un gel contenant trois fragments d'adn de tailles tres proches a permis de valider la methode. Les autoradiographies d'hybridation in situ qui revelent la distribution de molecules d'arn specifiques dans les cellules constituent le deuxieme domaine d'application de cette these. Une procedure de comptage automatique a ete mise en place pour cette etude. L'analyse des textures associee a l'analyse en composante principale a ete appliquee a des images obtenues par transmission optique de corneocytes preleves par scotch test. On a montre que cette approche permettait de quantifier de maniere pertinente la quantite et la qualite de la desquamation

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Hozé, Nathanaël. "Modélisation et méthodes d'analyse de la diffusion et agrégation au niveau moléculaire pour l'organisation sous-cellulaire." Paris 6, 2013. http://www.theses.fr/2013PA066695.

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Abstract:

Dans cette thèse, nous étudions la diffusion et l'agrégation dans le contexte de la biologie cellulaire. Notre objectif est d'obtenir des lois physiques de plusieurs processus tels que l'assemblage des particules ou des lois de la diffusion dans des microdomaines, afin de déterminer comment les processus sous-cellulaires sont construits à partir de l'organisation moléculaire élémentaire. Ce changement d'échelle peut être formulé et analysé à l'aide de plusieurs outils tels que les équations aux dérivées partielles, la physique statistique, les processus stochastiques et des simulations numériques. Nous présentons ici différentes méthodes et nous les appliquons à certaines questions en biophysique, en neurobiologie et en biologie cellulaire, en particulier au trafic de récepteurs sur la membrane cellulaire, l'organisation nucléaire et la dynamique de l'assemblage viral. Dans la première partie, pour obtenir une estimation du coefficient de diffusion effectif d'une particule brownienne se déplaçant entre des obstacles, nous calculons le temps moyen pour qu'une particule brownienne arrive à une petite ouverture définie comme la région de distance minimale entre deux disques de même rayon. La méthode repose sur la transformation conforme de Möbius appliquée à l'équation de Laplace. Ce résultat nous permet de développer des méthodes statistiques pour résoudre un problème d'ingénierie inverse qui consiste à retrouver les paramètres d'une équation stochastique à partir d'un grand nombre de trajectoires courtes. En appliquant cette méthode aux données de superrésolution du trafic des récepteurs, nous identifions un nouveau type d'organisation moléculaire, décrit par des puits de potentiel (partie déterministe de l'équation stochastique). Nous répondons ensuite à une autre question: comment reconstruire des surfaces à partir d'un large nombre de trajectoires stochastiques courtes? En utilisant la formule d'Ito, nous dérivons une nouvelle classe d'équations aux dérivées partielles non linéaires qui nous permettent de reconstruire la surface. Cette partie est illustrée par des exemples numériques. Dans la deuxième partie, nous nous concentrons sur un aspect de l'organisation nucléaire et notre objectif est de modéliser et d'analyser la dynamique des télomères (extrémités des chromosomes) dans le noyau cellulaire. Des résultats expérimentaux ont montré que les télomères de la levure s'organisent dynamiquement en un petit nombre de paquets par un mécanisme qui reste encore largement incompris. Nous utilisons une approche inspirée de la physique statistique pour étudier la dynamique des 32 télomères, que nous modélisons comme des particules browniennes indépendantes qui peuvent aussi former des agrégats. Nous estimons le nombre de paquets et le nombre des télomères par paquet en utilisant des formules exactes dérivées de notre modèle. Nous identifions les paramètres pertinents en comparant nos résultats avec les données expérimentales. En particulier, nous montrons qu'un seul paramètre, le ratio du taux d'association sur le taux de dissociation des télomères, permet d'expliquer la distribution des paquets de télomères dans différentes conditions. Enfin, nous développons un modèle empirique pour étudier l'agrégation de particules à un site de nucléation unique. La distribution des particules en petits paquets avant leur arrivée est la clé pour comprendre la cinétique de l'agrégation. Nous obtenons ces lois en utilisant d'abord un modèle déterministe, puis un processus de sauts stochastique, ce qui nous permet d'obtenir une expression explicite pour le temps moyen de formation du site de nucléation. Nous discutons certaines applications à la formation de la capside du VIH
In the present PhD thesis, we study diffusion and aggregation in the context of cellular biology. Our goal is to obtain physical laws of several processes such as particle assembly or laws of diffusion in microdomains, in order to determine how subcellular processes are constructed from elementary molecular organization. This change of scale can be formulated and analyzed using several tools such as partial differential equations, statistical physics, stochastic processes and numerical simulations. We present here several methods and we apply them to study questions in biophysics, neurobiology and cellular biology. Examples are receptors trafficking on cellular membrane, nuclear organization and the dynamics of viral assembly. In the first part, to obtain an estimation of the effective diffusion coefficient of a Brownian particle moving in between obstacles, we compute the mean time for a Brownian particle to arrive to a narrow opening defined as the region of minimal distance between two disks of identical radius. The method relies on M\"obius conformal transformation applied to the Laplace equation. Using this result, we develop statistical methods to solve a reverse engineering problem which consists in recovering parameters of a stochastic equation from a large number of short trajectories. Applying this method to superresolution data of receptor trafficking, we identify novel molecular organization, which are described as potential wells (deterministic part of the SDE). We next solve a different question: how is it possible to reconstruct surfaces from a large sample of short stochastic trajectories? By using Ito's formula, we derive a new class of nonlinear partial differential equations that allow us to reconstruct the surface. This section is illustrated with numerical examples. In the second part, we focus on an aspect of nuclear organization and our goal is to model and analyze telomere dynamics (ends of the chromosomes) in the cell nucleus. Early experimental findings reveal that yeast telomeres organize dynamically in a small numbers of clusters, yet this process remains poorly understood. Thus, we use a statistical physics approach to study the joint dynamics of the 32 telomeres, that we model as independent Brownian particles that can also form aggregates. We estimate the number of clusters and the number of telomeres per cluster using exact formula that we derive from our model. We identify the relevant parameters by comparing our results with experimental data. In particular, we show that a single parameter - the ratio of the association to the dissociation rate - is sufficient to account for telomere clustering in various conditions. Finally, we develop an empirical model to study particle aggregation to a single nucleation site. The distribution of particles in small clusters before arriving is a key ingredient to derive kinetic laws. We derive these laws using first a deterministic model and then a stochastic jump process, which allows us to obtain also an explicit expression for the mean time that the nucleation site is filled. We discuss some applications to HIV capsid formation

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Burrus, Vincent. "Identification d'éléments intégratifs et potentiellement conjugués chez Streptococcies thermophilus : évolution par échange-acquisition de modules et de domaines." Nancy 1, 2001. http://www.theses.fr/2001NAN10027.

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Abstract:

Un élément de 34,7 kb, ICESt1, est intégré dans l'extrémité 3' de l'ORF fda chez la bactérie lactique Streptococcus thermophilus CNRZ368. Cet élément s'excise par recombinaison site-spécifique. En outre, il code un système de conjugaison putatif apparenté à celui de Tn916, un transposon conjugatif (CTn) d'Enterococcus faecalis. ICESt1 serait donc un élément intégratif et conjugatif (ICE). Le séquençage partiel de quatre éléments intégrés au même site qu'ICESt1 dans d'autres souches de S. Thermophilus a révélé l'existence d'un ICE potentiel, ICESt3, et de trois autres éléments dont la structure suggère qu'ils ne seraient ni intégratifs ni conjugatifs (IE). [. . . ]

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Danioux, Chloe. "Régulateurs transcriptionnels chez les archées hyperthermophiles et leurs virus : analyse moléculaire, fonctionnelle et génétique." Phd thesis, Université Pierre et Marie Curie - Paris VI, 2014. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00966549.

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Abstract:

Chez les Archaea, tous les processus informationnels, transcription incluse, sont effectués par des protéines proches de celles des Eukarya. Alors que la machinerie transcriptionnelle des archées a été bien caractérisée structurellement et fonctionnellement, très peu d'informations sont disponibles sur la régulation de son activité. En travaillant à la fois avec des modèles cellulaires (crénarchée hyperthermophile Sulfolobus islandicus) et viraux, nous avons pu réaliser une étude approfondie de trois régulateurs transcriptionnels et mieux comprendre les mécanismes de régulation transcriptionnelle chez les archées. Au cours de cette thèse, deux régulateurs viraux, SvtR et AFV1p06, et un régulateur cellulaire, Sta1, ont été étudiés. Concernant SvtR, codé par le virus SIRV1 qui infecte S. islandicus, nous avons poursuivi la recherche précédente, qui avait permis de déterminer sa structure et sa fonction, en nous focalisant sur la caractérisation de l'ensemble de ses cibles dans le génome viral et sur l'étude de son mécanisme d'action. Pour cela, la séquence du site consensus reconnu par SvtR a été établie à l'aide de la mutagénèse systématique d'un de ses sites déjà caractérisés. Ce site est présent dans les promoteurs de dix gènes de SIRV1 montrant que SvtR pourrait réguler l'activité de plus de 20% des gènes viraux. Ses cibles incluent tous les gènes codant pour les protéines de la capside virale. L'analyse fonctionnelle réalisée sur une partie des sites de liaison de SvtR a permis de démontrer qu'il s'agit d'un régulateur polyvalent agissant, selon la cible, en tant que activateur ou répresseur transcriptionnel. En prenant comme modèle le promoteur du gène gp30, nous avons pu démontrer par plusieurs approches que la régulation de ce promoteur inclut la polymérisation de la protéine depuis son site de liaison principal jusqu'à la TATA-box du promoteur. Il s'agit d'un mécanisme de régulation de transcription à distance original et inédit chez les archées. La structure de l'autre régulateur viral étudié, AFV1p06, codé par le virus AFV1 qui infecte Acidianus hospitalis, révèle la présence au sein de cette protéine d'un domaine en doigt de zinc C2H2, considéré jusqu'à présent comme spécifique des eucaryotes. Nous avons démontré la capacité d'AFV1p06 à se lier à l'ADN avec une préférence pour les régions riches en GC. AFV1p06 est la première DNA binding protéine d'archées de ce type caractérisée in vitro. Le troisième régulateur transcriptionnel, Sta1, est codé par le génome des Sulfolobales. Il est capable d'activer la transcription de gènes viraux, ainsi que du gène chromosomique radA en réponse à un dommage à l'ADN. Pour comprendre son rôle dans la cellule, nous avons tenté de réaliser, sans succès, un mutant knock-out du gène sta1 de S. islandicus RYE15A, ce qui indique que le gène sta1 serait un gène essentiel. L'étude de l'interaction hôte-virus sur le modèle S. islandicus LAL14/1 est un des sujets principaux de notre laboratoire. Le séquençage du génome de cette souche a ouvert la voie pour établir un système génétique. Plusieurs mutants KO de LAL14/1 (pyrEF-; ΔCRISPR1) ont été construits. L'impossibilité d'inactiver un autre gène candidat, topR2, codant pour une réverse gyrase, indique qu'il s'agit d'un gène essentiel. La construction du mutant ΔCRISPR1 est la première étape pour obtenir un dérivé de LAL14/1 dépourvu de système CRISPR, un mutant très utile pour mieux comprendre l'implication des CRISPRs dans le phénotype de résistance de LA14/1 au virus SIRV1 et leur rôle chez les archées en général. L'ensemble des résultats de cette thèse contribue à la meilleure compréhension du fonctionnement moléculaire chez les archées et leurs virus.

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Brosseau, Olivier. "Phylogénie moléculaire et analyse morphométrique des pédicellaires et du test des Cidaroida (Echinodermata, Echinoidea)." Paris, Muséum national d'histoire naturelle, 2005. http://www.theses.fr/2005MNHN0023.

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Abstract:

La dernière révision des Cidaroida (Echinodermata, Echinoidea) date du début du 20e siècle (Mortensen, 1928). Mortensen y développe l'utilisation des pédicellaires à tous les niveaux de classification. Mais ce groupe reste peu étudié et est reconnu pour les difficultés de classification qu'il présente (Smith et Whright, 1989). L'objectif de cette thèse est donc de dégager des méthodes et des axes d'exploration pour une meilleure compréhension de la systématique et de l'histoire évolutive des Cidaroida. Les travaux se divisent en trois parties : 1- une analyse de la variabilité et de l'ontogenèse des pédicellaires ; 2- une étude de la croissance post-larvaire sur des populations de Stylocidaris affinis ; 3- la première phylogénie moléculaire de l'ensemble de groupe (27 taxa de Cidaroida), basée sur l'analyse, en maximum de parcimonie, de deux marqueurs moléculaires (28S-D1 et COI). L'analyse morphométrique des petits pédicellaires globifères permet d'expliquer l'importante variabilité de forme par des allométries statiques. Les différentes catégories de pédicellaires chez Stylocidaris affinis et Prionocidaris sp. Sont interprétées par des processus hétérochroniques. Les conséquences taxonomiques de la variabilité sont discutées. La croissance du test est expliquée par des allométries de croissance qui peuvent conduire à des différences morphologiques importantes en fonction de l'âge du spécimen observé. De plus, les analyses mettent en évidence des changements d'allométries qui correspondent à l'apparition des pores génitaux (maturité sexuelle). L'approche de phylogénie moléculaire apparaît prometteuse pour clarifier les relations de parenté au sein du groupe. La monophylie des Cidaroida est soutenue dans deux analyses. En revanche, les Cidaridae ne sont pas monophylétiques du fait de la présence de Psychocidaris oshimaï (Psychocidaridae) dans le clade. La monophylie du genre Goniocidaris est quant à elle fortement soutenue
The last revision of the Cidaroida (Echinodermata, Echinoidea) dates back to the beginning of the 20th century (Mortensen, 1928). In this work, Mortensen stressed the use of characters of the pedicellariae for classificatory purpose at every level of the taxonomy. Since Mortensen efforts to clarify the taxonomy of the Cidaroida, this group remained seldom studied (Smith et Whright, 1989). It seemed therefore necessary to revaluate the relevance of the morphological characters classically used in the classification of the Cidaroida. In the present study, I explored three main research approaches based on different exploratory methods in order to come to a better understanding of the systematics and evolutionary history of the Cidaroida. First, I investigated the variation and ontogenesis of a number of morphological characters of the pedicellariae. Secondly, I examined the post larval growth in different populations of Stylocidaris affinis. Finally, I used molecular sequences (28S-D1 and COI) to perform the first phylogenetic reconstruction of 27 taxa, representative of the whole group, using the parsimony criterion. Using a morphometric approach, I showed that the observed variability in shape of the globiferous pedicallariae can be explained by static allometries. I also showed that the different types of pedicellariae observed on Stylocidaris affinis and Prionocidaris sp. Can be interpreted in term of heterochronic processes. As a consequence I discussed the taxonomic implication of these results. The test growth was explained by growth allometry that may lead to significant morphological differences. Moreover, drastic changes in allometric patterns were shown to be related to the development of the genital pores at sexual maturity. The phylogenetic reconstruction showed the monophyly of the order Cidaroida. However, the family Cidaridae was monophyletic whereas the genus Goniocidaris was well supported by both Jackknife and Bremer indices

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Karsenty-Mathonnet, Florence. "Identification et conséquences fonctionnelles des mutations sur les gènes du fibrinogène." Paris 11, 2002. http://www.theses.fr/2002PA114807.

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Guigou, Véronique. "Analyse de l'expression des gènes des immunoglobulines humaines en situation physiologique et pathologique." Aix-Marseille 2, 1990. http://www.theses.fr/1990AIX22012.

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Abstract:

Nous nous sommes interesses a l'etude de l'expression du repertoire des genes des immunoglobulines. L'analyse effectuee sur des cellules normales de sang adulte peripherique par la technique d'hybridation in situ a l'aide des sondes nucleotidiques specifiques de chaque famille vh et vk nous a permis de definir un profil moyen d'utilisation du repertoire. Ces donnees de base etablies, l'emergence du repertoire b a ete abordee par analyse de rna totaux de foie ftaux embryonnaire et de clones ebv d'origine diverse. Nous avons mis en evidence: 1) les 1iers genes exprimes au cours de l'ontogenie sont localises les + en 3 du locus vh; 2) la normalisation du repertoire s'effectue au cours du 2eme tiers de la gestation; 3) les anticorps polyspecifiques secretes par certains clones ebv n'expriment pas un sous-groupe vh ou vk particulier. L'analyse des genes des immunoglobulines exprimes dans une maladie autoimmune specifique d'organe, la myasthenie, a ete analysee au niveau des centres germinatifs dans les thymus hyperplasiques. Nous avons montre; 1) ces cellules b hyperactivees ne derivent pas de l'expension clonale d'une cellule activee au sein d'un meme centre germinatif; 2) ces cellules n'expriment pas un repertoire vh ou vk particulier

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El, Kassis Elie. "Identification et caractérisations génétique, physiologique et moléculaire de mutants d'"Arabidopsis thaliana" résistants au sélénate." Montpellier 2, 2005. http://www.theses.fr/2005MON20021.

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Francq, Christian. "Identification et minimalité dans les séries chronologiques." Montpellier 2, 1989. http://www.theses.fr/1989MON20210.

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Abstract:

Pour un processus arma multivarie donne, il existe de multiples representations et les degres ne sont pas uniques. Les causes de la multiplicite des representations sont plus nombreuses et compliquees que dans le cas scalaire et il est necessaire de definir plusieurs types de representation minimale, c'est-a-dire de representation dont les degres sont, en un certain sens, les plus petits possibles. Dans le chapitre 1, nous caracterisons les degres des representations identifiables, a l'aide de la fonction d'autocovariance. Le chapitre 2 est consacre a l'estimation des degres d'un arma univarie a partir d'un estimateur de l'autocorrelation. Le chapitre 3 traite l'estimation des degres dans le cas multivarie. Dans le chapitre 4, nous abordons l'identification des modeles non lineaires par l'etude d'une sous-classe de processus bilineaires. En annexe, nous presentons une methode de generation rapide d'echantilons ordonnes d'une variable reelle permettant de fixer une qualite a priori pour la realisation obtenue

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Touzani, Lotfi. "Mesure et analyse des intensités des transitions Raman de la molécule 12CE4." Dijon, 1993. http://www.theses.fr/1993DIJOS029.

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Abstract:

Nous avons enregistré le spectre Raman stimulé à très haute résolution de la molécule 12CD4 dans la région 1963-2260 cm-1. Les intensités des transitions rovibrationnelles ont été mesurées par ajustement du profil des raies. Les enregistrements étant réalisés sur des intervalles de 1 cm-1 nous avons ensuite procédé au recalage en intensité de ces enregistrements. Puis nous avons analysé les intensités relatives obtenues à l'aide du modèle de polarisabilité developpé au laboratoire. A cet effet un ensemble de programmes a été mis au point permettant l'étude des intensités Raman depuis l'expérience jusqu'a l'analyse des données. La région etudiée est constituée de cinq bandes (#1, #3, 2#2, #2+n#4 et 2#4) qui ont été traitées simultanément compte tenu des fortes interactions. Les données expérimentales nous ont permis de déterminer six paramètres de la polarisabilité. Les intensités mesurées, réparties sur l'ensemble du spectre, ont été reproduites avec une précision de 12%. Nos résultats sont cohérents avec les quelques résultats obtenus antérieurement par simulation et sont confirmés par une approche théorique. Nous avons également simulé des spectres enregistrés par ailleurs, par spectroscopie Raman stimulé et spontané

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Zaragüeta, Bagils René. "Tests morphologique et moléculaire des hypothèses de phylogénie des Clupeomorpha (Teleostei)." Paris, Muséum national d'histoire naturelle, 2002. http://www.theses.fr/2002MNHN0019.

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Abstract:

La notion de caractère utilisée en analyse cladistique est vague et propre à chaque systématicien. La formalisation du caractère proposée ici distingue la génération des conjectures d'homologie de leur validation et évacue les relations d'ancêtre à descendant et le raisonnement abductif. L'analyse à trois taxons maximise l'homologie ainsi formalisée, la sévérité du test de congruence et la précision de la méthode. L'indice de rétention, seule mesure d'ajustement pertinente, est utilisé dans deux applications originales. NoiseSnapper permet la détection du bruit en analyse cladistique en fixant le seuil d'ajustement à partir duquel le contenu explicatif des caractères est nul. La deuxième application concerne le problème de l'ajustement des cladogrammes à la stratigraphie. Les indices existants sont réfutés et une nouvelle mesure d'ajustement hiérarchique est proposée, le HIFI (Hierarchical Fit Index). Un troisième développement est l'application de l'analyse de saturation aux données morphologiques, qui permet de détecter des artéfacts d'attraction de longues branches et d'optimisation des données manquantes. Dans une deuxième partie de ce travail, les résultats méthodologiques obtenus sont appliqués aux hypothèses de phylogénie des Clupeomorpha. Le test moléculaire montre que les Clupeomorpha constituent le groupe frère des Ostariophysi et propose une redéfinition des Protacanthopterygii, avec une relation de groupe frère entre les ésocoi͏̈des et les salmonidés. Le test morphologique, qui inclut un grand nombre de taxons fossiles, permet de résoudre les relations entre les clades les plus inclusifs de Clupeomorpha et de redéfinir les Ellimmichthyiformes
The cladistic concept of character is loosely defined and every systematicist seems to have its own. The formalisation of the concept of character proposed here makes the distinction between the source of the conjectures of homology and their validation, abandoning ancestor-descendant relationships and abductive interpretation. Three-taxon analysis maximises the homology as defined here, the severity of the test of congruence and the precision of the method. The retention index, the only relevant measure of fit, is used in two original approaches. NoiseSnapper allows the detection of noise in cladistic analysis by identifying the threshold under which characters have no explanatory power. The second application deals with the problem of the fit of cladograms to stratigraphy. All the hitherto defined indices are refuted and a new hierarchical fit index (HIFI) is proposed. A third development is the application of the analysis of saturation to morphological data that allows the detection of artefacts caused by long-branch attraction and by missing data optimization. In the second part of this work, the methodological results are applied to the phylogenetic hypothesis of the Clupeomorpha. The molecular test shows that Clupeomorpha and Ostariophysi are sister-groups and proposes a redefinition of the Protacanthopterygii, with a sister-group relationship between esocoids and salmonids. The morphological test resolves the relationships between the most inclusive clades of the Clupeomorpha and redefines the Ellimmichthyiformes

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Hanns, Elodie. "Analyse et caractérisation moléculaire de l'hypoxie intratumorale de carcinomes épidermoïdes de l'oropharynx." Thesis, Strasbourg, 2014. http://www.theses.fr/2014STRAJ063/document.

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Abstract:

Les carcinomes épidermoïdes des voies aéro-digestives supérieures (VADS) se situent au sixième rang des cancers les plus fréquents dans le monde. Ces tumeurs sont liés à deux facteurs de risque : l’intoxication éthylo-tabagique (80% des cas) et l’infection de l’épithélium des VADS par les papillomavirus humain (HPV) à haut risque oncogène (20% des cas). Ces derniers définissent une sous-population de patients de meilleur pronostic. Une des hypothèses actuellement étudiées, afin d’expliquer la survie améliorée des patients HPV positifs, serait une hypoxie moindre dans ces tumeurs. En effet, les tumeurs des VADS sont fréquemment hypoxiques, et l’hypoxie intratumorale est un facteur de mauvais pronostic. Dans une première partie de cette thèse, nous avons entrepris une caractérisation moléculaire de l’hypoxie intratumorale dans les tumeurs humaines oropharyngées en fonction du statut HPV. Il apparaît que les tumeurs HPV positives présentent un statut hypoxique moindre comparées aux tumeurs HPV négatives. Ces tumeurs se caractérisent également par une abondante vascularisation intratumorale, qui pourrait être à l’origine de ce statut hypoxique moindre. Dans une deuxième partie, nous avons étudié l’adaptation à l’hypoxie de la lignée cellulaire HPV négative SQ20B et la lignée cellulaire HPV positive SCC90. De plus, des modèles de xénogreffes ont été établis à partir de ces mêmes lignées cellulaires et ont été analysés du point de vue de l’hypoxie intratumorale. De façon comparable aux tumeurs HPV positives, les xénogreffes obtenus à partir de la lignée SCC90 montre un statut hypoxique réduit comparés aux xénogreffes SQ20B. Les deux lignées cellulaires s’adaptent également différemment en hypoxie in vitro. La réponse à l’hypoxie dans la lignée SCC90 semble plus dynamique. En effet, la lignée SCC90 tente de s’adapter et de répondre à cet environnement hypoxique en induisant de fort niveau d’expression de gènes comparée à la lignée SQ20B
Head and neck squamous cell carcinoma (HNSCC) represents the sixth most common malignancy worldwide. The major risk factors for HNSCC identified are tobacco use and alcohol consumption (80% of all HNSCC), which seem to have a synergistic effect. A subgroup of HNSCCs (20% of cases), particularly those of the oropharynx, is caused by infection with high-risk types of human papillomavirus (HPV). Human papillomavirus HPV-related oropharyngeal squamous cell carcinoma defines a distinct clinical subgroup of head and neck cancer patients with improved prognosis. Currently, one of the several hypothesis studied to account for their improved survival outcomes could be a distinct hypoxia status compared to their HPV-negative counterpart. Indeed, tumour hypoxia is common in solid tumours including head and neck tumours, and hypoxia is a well-known poor prognosis factor. In first part of this thesis, we have performed a molecular characterisation of tumor hypoxia on cohort of oropharyngeal tumours according to HPV status of the patients. The results support the hypothesis that HPV-related tumours display a lesser hypoxia status compared to HPV-negative oropharyngeal tumours. These HPV-related tumours also characterize by an abundant tumour vascularisation, which could be responsible for a lesser hypoxia status. In a second part, we have studied the ability of the adaptation to hypoxia of the HPV-positive SCC90 cell line and HPV-negative SQ20B cell line. Furthermore, HPV-positive and HPV-negative HNSCC xenograft models have been established and have been analysed about tumor hypoxia. Similar to HPV-related HNSCC, tumours-derived HPV positive cell lines display a reduced hypoxic status compared to tumours-derived HPV negative cell lines. The two cell lines adapt also differently to in vitro hypoxia. In the HPV-positive cell line, the hypoxia response pathways could be more dynamics. Indeed, SCC90 cell lines attempt to adapt and to reply to hypoxic environment inducing highly expression of all of the hypoxia related genes compared to SQ20B cell lines

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Pele, Manuel. "Caractérisation moléculaire et analyse fonctionnelle de la myopathie centronucléaire du labrador retriever." Paris 6, 2006. http://www.theses.fr/2006PA066212.

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Abstract:

Un modèle animal spontané de la myopathie centronucléaire (cnm) humaine a été décrit chez le Labrador retriever. La cartographie du locus cnm nous a permis d'identifier une insertion d'élément répété de type SINE dans l'exon 2 du gène Protein Tyrosine Phosphatase-Like, member A (PTPLA). Cette insertion co-ségrège parfaitement avec la maladie et altère la transcription de l'allèle qui en est porteur. Nous avons également décrit un profil d'expression complexe pour l'allèle PTPLA+. Par analyse phylogénétique, nous avons montré que PTPLA appartient à une famille de 4 protéines conservées chez les métazoaires. Toutes quatre contiennent des signaux de rétention dans le réticulum endoplasmique et pourraient participer à la fonction de celui-ci. Ainsi, nos résultats permettent d'impliquer un gène supplémentaire dans le maintien de l'homéostasie des fibres musculaires et illustrent le potentiel du modèle canin pour l'identification des voies moléculaires impliquées dans les maladies humaines.

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Diene, Seydina Mouhamadou. "Analyse génomique et moléculaire d'isolats cliniques de bactéries multi-résistantes aux antibiotiques." Thesis, Aix-Marseille, 2012. http://www.theses.fr/2012AIXM5049.

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Abstract:

L'augmentation et la dissémination de la résistance aux antibiotiques chez les bactéries à gram-negatif, particulièrement les Entérobactéries, les bactéries du genre Pseudomonas et Acinetobacter, représentent un problème majeur de santé publique au niveau mondial. Les infections nosocomiales causées par les bactéries multi-résistantes (BMR) ont conduit non seulement à une augmentation de la mortalité, de la morbidité, et du coût de traitement, mais aussi continuent de mettre en danger la vie des patients surtout immunodéprimés en milieu hospitalier. Bien entendu, l'utilisation abusive et non contrôlée des antibiotiques a grandement contribué à la large diffusion des déterminants de la résistance; cependant, des études récentes ont démontré que ces déterminants de la résistance pouvaient émerger à partir de sources anciennes et/ou environnementales. Ainsi, face à cette préoccupation mondiale, plusieurs études ont été rapportées avec des recommandations importantes de conduire des études épidémiologiques, moléculaires, et génomiques afin de contrôler la diffusion et l'augmentation de la résistance aux antibiotiques. De plus, durant ces 10 dernières années, nous avons assisté à l'emergence et au développement de nouvelles technologies de séquençage à haut débit coïncidant avec une augmentation exponentielle du nombre de genomes bactériens séquencés
The increase and spread of multidrug-resistant (MDR) gram-negative bacteria especially Enterobacteriaceae, Pseudomonas, and Acinetobacter (E.P.A) species have become a major concern worldwide. The hospital-acquired infections caused by MDR bacteria have led not only to an increase in mortality, morbidity, and cost of treatment, but also continue to endanger the life of patients, especially those immunocompromised. Although the frequent misuse of antibiotic drug has greatly contributed to worldwide dissemination and resistance to antibiotics; recent studies have shown that these resistance determinants could emerge from ancient or environmental sources. Front of this worldwide concern, several studies have been reported with significant recommendations to conduct molecular epidemiology, and genomic studies, in order to control the increase and the dissemination of the antibiotic resistance. Moreover, during these last 10 years, we are witnessing the emergence and development of new technologies of high throughput sequencing and coinciding with an exponential increase of number of bacterial genomes sequenced today. Therefore, it is in this context that the project of this thesis was conducted with three essential objectives: (i) the genome sequencing of clinical MDR bacteria, the analysis and the identification of the mechanisms and the genetic determinants of antimicrobial resistance (ii) the achievement of molecular epidemiology studies from clinical MDR bacteria responsible of outbreak (iii) the development and implementation of molecular tools for monitoring and diagnosis of potential MDR bacteria

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Dumont, Sophie. "Authentification d'arômes naturels par analyse chirale et analyse isotopique du 13C." Lyon 1, 1994. http://www.theses.fr/1994LYO1T225.

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Lepère-Douard, Charlotte. "Analyse du mécanisme d’entrée du virus de l’hépatite B : identification d’un nouveau déterminant de l’infectivité." Rennes 1, 2009. https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00498099.

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Abstract:

Le virus de l’hépatite B (VHB) est un agent pathogène humain, très contagieux, responsable de pathologies hépatiques telles que la cirrhose ou le carcinome hépatocellulaire. A l'heure actuelle, on estime que 2 milliards de personnes ont été infectées par ce virus dans le monde, parmi lesquelles on recense 350 millions de porteurs chroniques. Malgré l’existence d’un vaccin efficace, le nombre de personnes atteintes par la maladie reste élevé. Pour ces dernières, des traitements puissants existent consistant en l’utilisation d’interférons, efficaces dans 30 à 40% des cas, ou d’antiviraux dont l’inconvénient majeur est la sélection de virus résistants au traitement. Le mécanisme d'entrée du VHB dans les hépatocytes est encore inconnu. Dans ce contexte, l'objectif de ma thèse a été d'étudier ce mécanisme afin, notamment, de contribuer au développement de nouvelles thérapeutiques empêchant l'entrée virale. Une des approches utilisées pour étudier le processus d’entrée d’un virus consiste à étudier l’implication de ses protéines de surface dans ce phénomène. Ainsi, nous avons recherché la présence de motifs indispensables au processus d'infection dans ces protéines. Pour cela, nous y avons introduit des mutations puis nous avons analysé leur impact sur la capacité des virus à infecter des cellules saines. Cette stratégie nous a permis d’identifier, au sein de la grande protéine de surface du VHB, un nouveau déterminant de l’infectivité possiblement impliqué dans un processus de fusion permettant à l’enveloppe lipoprotéique virale de fusionner avec une membrane cellulaire afin qu’elle libère sa nucléocapside, contenant l’ADN viral, dans le cytoplasme de la cellule infectée
The hepatitis B virus is an extremely contagious human pathogen responsible for severe hepatic diseases like cirrhosis or hepatocellular carcinoma. Even though infection can be prevented by immunization with an efficient vaccine, about 2 billion people have been infected worldwide, resulting in 350 million chronic carriers that are prone to develop liver diseases. Current treatments consist either in the use of interferon, which modulates antiviral defenses and controls infection in 30 to 40% of cases, or in the use of viral polymerase inhibitors that allow a stronger response to treatment but require long-term utilization and frequently lead to the outcome of resistant viruses. A better understanding of the virus life cycle, and particularly of the mechanism by which the virus enters the cell, could provide background for therapeutics that inhibit the early steps of infection. Then, the objective of my PhD work was to study the mechanism of HBV entry. One approach to decipher viral entry is to interfere with the function of envelope proteins. Therefore, we introduced mutations in HBV surface proteins to identify new motives necessary for viral infectivity. This strategy highlighted the role of a new infectivity determinant, in the HBV large envelope protein, which is probably implicated in a fusion process allowing the release of nucleocapsids into the cytosol of infected cells

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Hanin, Aurélie. "Identification et caractérisation des gènes induits in vivo chez Enterococcus faecalis." Caen, 2010. http://www.theses.fr/2010CAEN2065.

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Abstract:

Enterocoocus faecalis fait partie du microbiote commensal humain, son habitat principal étant le tractus gastro-intestinal. S’il est inoffensif pour des individus en bonne santé, E. Faecalis a récemment émergé en tant que cause majeure d’infections nosocomiales. Dans le but de mieux comprendre le passage de la bactérie d’un état commensal à celui de pathogène, nous avons développé une approche de type R-IVET (Recombination-based in vivo expression technology) pour ce microorganisme. Deux systèmes R-IVET avec différents niveaux de sensibilité ont été construits dans une souche dérivée d’E. Faecalis V583 et testés chez l’insecte Galleria mellonella, dans des modèles murins de septicémie ou de péritonite ainsi que lors d’une croissance en urine. L’ensemble des résultats a conduit à l’identification de 79 gènes dont l’expression est activée in vivo. Parmi ceux-ci, l’opéron ef_3197/6 a été montré comme étant fortement induit chez l’insecte. La délétion de cette structure opéronique a démontré que le système à deux composants codé par ces gènes est essentiel au potentiel pathogène d’E. Faecalis chez G. Mellonella. Le gène ef_0377, induit à la fois dans les modèles insecte et murins a également été étudié plus en détail, ce qui a permis de montrer que ce gène codant une protéine ankyrine était également impliqué dans la virulence. Il en est de même pour le gène ef_3282, codant la sous-unité de liaison à l’ATP ClpC du complexe protéolytique Clp. Ainsi, les différents criblages R-IVET ont permis la mise en évidence de nouveaux facteurs d’E. Faecalis impliqués dans la persistance in vivo et le potentiel de virulence de ce pathogène opportuniste
Enterococcus faecalis is part of the commensal microbiota of humans and its main habitat is the gastrointestinal tract. Although harmless in healthy individuals, E. Faecalis has recently emerged as a major cause of nosocomial infections. In order to better understand the transformation of a harmless commensal into a life-threatening pathogen, we developed a R-IVET approach (Recombination-based in vivo expression technology) for this microorganism. Two R-IVET systems with different levels of sensitivity have been constructed in a E. Faecalis V583 derivative strain and tested in the insect model Galleria mellonella, in mouse bacteremia and peritonitis models and during growth in urine. Our combined results led to the identification of 79 in vivo activated genes. Among them, the ef_3197/6 operon was shown to be strongly induced in the insect host model. Deletion of this operonic structure demonstrated that this two-component system encoded by these genes was essential to the E. Faecalis pathogenic potential in G. Mellonella. Gene ef_0377, induced in both insect and mammalian models, has also been further analyzed and it has been demonstrated that this ankyrin-encoding gene was also involved in E. Faecalis virulence. Gene ef_3282, encoding the ATP-binding subunit ClpC from the Clp proteolytic complexe, has also been demonstrated to be involved in the pathogenic potential of this organism. Thus these different R-IVET screenings led to the identification of new E. Faecalis factors implied in in vivo persistence and pathogenic potential of this opportunistic pathogen

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Dissertations / Theses on the topic 'Analyse et identification moléculaire'

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