Academic literature on the topic 'Analyse des séquences biologiques'
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Journal articles on the topic "Analyse des séquences biologiques"
1
CORPET, F., and C. CHEVALET. "Analyse informatique des données moléculaires." INRAE Productions Animales 13, HS (December 22, 2000): 191–95. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2000.13.hs.3837.
Full textAbstract:
Les données biologiques, en particulier les séquences d’ADN, s’accumulent extrêmement rapidement. Pour exploiter toutes ces données, une nouvelle science est née, la bioinformatique. Accéder de manière rapide et fiable aux données disponibles dans les banques internationales et analyser les données expérimentales produites à grande échelle nécessitent des outils informatiques puissants et en perpétuel développement. Assembler les séquences brutes, trouver les unités fonctionnelles des séquences génomiques, comparer les séquences entre elles, prédire les structures et les fonctions des macromolécules, comprendre les interactions entre les gènes et leurs produits en termes de réseaux métaboliques mais aussi d’évolution des espèces : toutes ces questions nécessitent l’utilisation de la bioinformatique et son développement.
2
Kim, Mi Hyun. "Analyse phraséologique des séquences NA." Études de Langue et Littérature Françaises 120 (December 15, 2019): 373–404. http://dx.doi.org/10.18824/ellf.120.13.
Full text
3
Buccellato, Patricia. "Les séquences d'adjectifs en position prénominale : analyse expérimentale." Recherches anglaises et nord-américaines 27, no. 1 (1994): 17–28. http://dx.doi.org/10.3406/ranam.1994.1282.
Full textAbstract:
Sequences of Adjectives in Prenominal Position : Instrumental Analysis After a study based almost exclusively on the written mode, it seemed necessary, amongst other things, to see whether the punctuation of these sequences, or its absence, leads the speaker to producer different spoken patterns. The instrumental analysis reveals the great variety of means employed in the production of these sequences. In order to describe, to identify and to distinguish between them, we have had to devise an accentual hierarchy based on the accentable syllable, a syllable capable of melodic or rhythmic activation.
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Abou Haidar, Laura. "Analyse prosodique du discours pédagogique des enseignants de FLE." SHS Web of Conferences 138 (2022): 06001. http://dx.doi.org/10.1051/shsconf/202213806001.
Full textAbstract:
Cette étude a pour objectif d’identifier et d’analyser quelques phénomènes prosodiques remarquables dans le discours pédagogique des enseignants de français langue étrangère (FLE). Elle se base sur l’analyse d’échantillons audio de cours enregistrés dans un centre universitaire de FLE. Les résultats préliminaires qui sont présentés dans cette contribution vont dans le sens d’une organisation prosodique spécifique mise en place par les enseignants dans les macro-séquences monologales, avec un couplage d'indices fréquentiels, temporels, et d'intensité. L’analyse explore trois types de séquences du discours pédagogique : les locations de type "(X) c'est-à-dire (Y)", les proéminences lexicales, et les mots-outils alors, et, mais, donc, ponctuants sonores du discours. Cette contribution présente des résultats préliminaires qui mettent en lumière des stratégies prosodiques qui semblent caractéristiques du discours pédagogique des enseignants.
5
CHARDON, P. "Le polymorphisme du complexe majeur d’histocompatibilité." INRAE Productions Animales 13, HS (June 22, 2020): 63–67. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2000.13.hs.3812.
Full textAbstract:
Le complexe majeur d’histocompatibilité est une région chromosomique riche en locus qui témoigne de l’évolution des génomes. Des duplications et réarrangements de cinq exons ancestraux ont donné naissance, chez les vertébrés, à plusieurs dizaines de gènes, dont les gènes d’histocompatibilité, et ont favorisé l’apparition de nouvelles fonctions biologiques comme la réponse immunitaire adaptative. Après l’émergence des mammifères, les gènes d’histocompatibilité ont continué à évoluer et certains ont acquis une fonction spécifique. Les gènes d’histocompatibilité sont caractérisés par un polymorphisme exceptionnel résultant de mécanismes actifs de génération de la diversité. Les multiples copies des gènes constituent un réservoir de séquences favorisant la création de nouveaux allèles. La variabilité est aussi entretenue par une transmission des haplotypes qui favorise les hétérozygotes.
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Jeanmonod, Daniel, André Schlüssel, and Jacques Gamisans. "Analyse de la Flore Corse: Aspects Biologiques." Candollea 66, no. 1 (January 2011): 5–25. http://dx.doi.org/10.15553/c2011v661a1.
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7
Prin, L. "Mastocytes, basophiles, éosinophiles Analyse des marqueurs biologiques." Revue Française d'Allergologie et d'Immunologie Clinique 36, no. 8 (December 1996): 889–96. http://dx.doi.org/10.1016/s0335-7457(96)80109-2.
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8
Chrétien, Pascale. "Les biomarqueurs : analyse critique des tests biologiques." Revue du Rhumatisme 78 (October 2011): S157—S160. http://dx.doi.org/10.1016/s1169-8330(11)70031-x.
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9
Conein, Bernard. "Conversation et interaction sociale. Analyse de séquences d'offre et d'invitation." Langages 21, no. 81 (1986): 111–20. http://dx.doi.org/10.3406/lgge.1986.2481.
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10
Quesada, Isariebel, Yusmel Gonzalez, Sylvie Schetrite, Hélène Budzinski, Karyn Le Menach, Olivier Lorain, Nicolas Manier, et al. "PANACÉE : évaluation du fonctionnement d’un bioréacteur à membranes immergées traitant des effluents hospitaliers d’oncologie." Revue des sciences de l’eau 28, no. 1 (April 21, 2015): 1–6. http://dx.doi.org/10.7202/1030001ar.
Full textAbstract:
Dans le cadre du projet ANR « Panacée » nous suivons le fonctionnement d’un Bioréacteur à membrane (BaM) sur le site de l’hôpital Purpan (service d’hématologie, CHU Toulouse). Les objectifs de ce projet se placent sur 3 niveaux: i) l’identification et la quantification de molécules, utilisées dans les traitements des cancers, dans les effluents des services correspondants, ii) la mesure d’effets biologiques (éco/géno/cytotoxiques et perturbateurs endocriniens) de ces effluents, iii) le développement d’un procédé de traitement constitué d’une combinaison de traitements biologiques et physicochimiques. Sont présentés les protocoles d’échantillonnage, les analyses des paramètres physicochimiques et la quantification des molécules pharmaceutiques effectuées sur 125 molécules, permettant de « décrire » la variabilité de l’effluent hospitalier. Du point de vue du traitement, le BaM a été opéré à 40 jours d’âge de boues et l’étude a consisté à évaluer l’effet du temps de séjour hydraulique (TSH), les autres paramètres étant égaux par ailleurs. Deux campagnes de traitement ont été menées pour des TSH = 24 et 48 h. Les différences observées ne sont pas forcément attribuables à la différence de TSH. D’un point de vue hydraulique les performances de filtration obtenues sont satisfaisantes dans les conditions opératoires adoptées (pas de rétrolavage, filtration séquencée). Les performances de traitement en regard des paramètres de qualité d’eau restent conformes aux normes de rejet d’une eau usée traitée. Les analyses chimiques quantitatives montrent des abattements des molécules par le traitement BaM très variables, pouvant aller d’un abattement total, à de la « production » de molécules, plaidant en faveur de phénomènes de déconjugaisons. Sur ces mêmes échantillons, des batteries de tests d’écotoxicité ont été appliquées. Ces tests mettent en évidence un abattement de l’écotoxicité globale. Une conclusion partielle sur la pertinence du traitement est proposée.
Dissertations / Theses on the topic "Analyse des séquences biologiques"
1
El, Zant El Kadhi Nahla. "Recherche de motifs relationnels dans des séquences : application aux séquences biologiques." Paris 13, 2005. http://www.theses.fr/2005PA132037.
Full textAbstract:
Ce travail présente différentes méthodes pour la recherche des motifs dans les séquences. Il existe deux types de méthodes à savoir, la recherche des mots exacts et la recherche des mots approchés. Nous avons développé une nouvelle méthode de recherche qui tire profit de la méthode de KARP, MILLER et ROSENBERG. Notre méthode consiste à chercher les mots relationnels répétés dans une séquence. Nous avons appliqué notre méthode sur plusieurs types de séquences biologiques.
2
Khodji, Hiba. "Apprentissage profond et transfert de connaissances pour la détection d'erreurs dans les séquences biologiques." Electronic Thesis or Diss., Strasbourg, 2023. http://www.theses.fr/2023STRAD058.
Full textAbstract:
L'utilisation généralisée des technologies à haut débit dans le domaine biomédical génère d'énormes quantités de données, notamment la nouvelle génération de technologies de séquençage du génome. L'alignement multiple de séquences sert d'outil fondamental pour analyser ces données, avec des applications dans l'annotation des génomes, prédiction des structures et fonctions des protéines, ou la compréhension des relations évolutives, etc. Toutefois, divers facteurs, tels que des algorithmes d'alignement peu fiables, une prédiction de gènes incorrecte, ou des séquençages génomiques incomplets, ont tendance à compromettre la précision des alignements multiples de séquences. Dans cette thèse, nous nous intéressons à l'évaluation de la qualité des données en utilisant des techniques d'apprentissage profond. Nous proposons des modèles basés sur les réseaux de neurones convolutifs pour l'identification d'erreurs dans les représentations visuelles des alignements. Notre objectif principal est de proposer un outil d'assistance aux experts du domaine dans leurs études, où la fiabilité des alignements est cruciale. Ainsi, nous nous sommes intéressés à fournir des explications fiables pour les prédictions de nos modèles en exploitant l'intelligence artificielle explicable (XAI). Plus particulièrement, nous avons exploité les explications visuelles comme fondement pour un mécanisme de transfert d'apprentissage visant principalement à améliorer la capacité d'un modèle à discerner les caractéristiques les plus pertinentes dans les données d'entrée. Enfin, nous avons proposé de nouvelles métriques conçues pour permettre l'évaluation de cette capacité. Les premiers résultats suggèrent que notre approche parvient à trouver un bon équilibre entre la complexité d'un modèle, sa performance, et son explicabilité, et qu'elle peut être exploitée dans des domaines où la disponibilité des données est limitée et la compréhension des résultats est crucialeThe widespread use of high throughput technologies in the biomedical field is producing massive amounts of data, notably the new generation of genome sequencing technologies. Multiple Sequence Alignment (MSA) serves as a fundamental tool for the analysis of this data, with applications including genome annotation, protein structure and function prediction, or understanding evolutionary relationships, etc. However, the accuracy of MSA is often compromised due to factors such as unreliable alignment algorithms, inaccurate gene prediction, or incomplete genome sequencing. This thesis addresses the issue of data quality assessment by leveraging deep learning techniques. We propose novel models based on convolutional neural networks for the identification of errors in visual representations of MSAs. Our primary objective is to assist domain experts in their research studies, where the accuracy of MSAs is crucial. Therefore, we focused on providing reliable explanations for our model predictions by harnessing the potential of explainable artificial intelligence (XAI). Particularly, we leveraged visual explanations as a foundation for a transfer learning framework that aims essentially to improve a model's ability to focus on underlying features in an input. Finally, we proposed novel evaluation metrics designed to assess this ability. Initial findings suggest that our approach achieves a good balance between model complexity, performance, and explainability, and could be leveraged in domains where data availability is limited and the need for comprehensive result explanation is paramount
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Diop, Awa. "Analyse des séquences des génomes bactériens en tant que source d'information taxonomique." Thesis, Aix-Marseille, 2018. http://www.theses.fr/2018AIXM0276/document.
Full textAbstract:
L’Identification rapide et la classification microbienne précise sont cruciales en microbiologie médicale pour la surveillance de la santé humaine et animale, établir un diagnostic clinique approprié et choisir des mesures thérapeutiques et de contrôle optimales. Cependant, les seuils universels utilisés pour la définition des espèces ne sont pas applicables à de nombreux genres bactériens. C'est notamment le cas des espèces du genre Rickettsia, qui expriment peu de caractéristiques phénotypiques distinctives. Compte tenu de la disponibilité des séquences de près de 100 génomes de Rickettsia, nous avons voulu évaluer une gamme de paramètres taxonomiques basés sur l’analyse des séquences génomiques afin de mettre au point des recommandations pour la classification des isolats au niveau de l’espèce et du genre. En comparant le degré de similarité des séquences de 78 génomes de Rickettsia et 61 génomes de 3 genres étroitement apparentés en utilisant 4 paramètres génomiques, nous avons montré que les outils taxonomiques basés sur les séquences génomiques sont simples à utiliser et rapides, et permettent une classification taxonomique fiable et reproductible des isolats de rickettsies avec des seuils spécifiques. Les résultats obtenus nous ont permis d'élaborer des recommandations pour la classification des isolats de rickettsies au niveau du genre et de l'espèce. À l'aide de la taxono-génomique, nous avons également pu décrire 17 nouvelles espèces bactériennes associées à l'homme. L'utilisation des outils génomiques est donc parfaitement adaptée à la classification taxonomique et peut changer radicalement notre vision de la taxonomie et de l'évolution bactérienne à l'avenirRapid identification and precise microbial classification are crucial in medical microbiology for human and animal health monitoring, appropriate clinical diagnosis and selection of optimal therapeutic and control measures. Indeed, the universal used for the definition of species are not applicable to many bacterial genera. This is particularly true of species of the genus Rickettsia which are strictly intracellular alpha-proteobacteria that express few phenotypic characteristics. Given the availability of genomic sequences of nearly 100 rickettsial genomes, we wanted to evaluate a range of taxonomic parameters based on genomic sequence analysis, to develop guidelines for the classification of Rickettsia isolates at the genus and species levels. By comparing the degree of similarity of the sequences of 78 genomes from Rickettsia species and 61 genomes from 3 closely related genera using several genomic parameters, we have shown that genome-based taxonomic tools are simple to use and fast, and allow for a reliable and reproducible taxonomic classification of isolates within species of the genus Rickettsia, with specific thresholds. The obtained results enabled us to develop guidelines for classifying rickettsial isolates at the genus and species levels. Using taxono-genomics, we have also been able to describe 17 new human-associated bacterial species on the basis of a combination of genomic analysis and phenotypic properties. The use of genomic tools is therefore perfectly adapted to taxonomic classification and can dramatically change our vision of taxonomy and bacterial evolution in the future
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Balaguer, Patrick. "Détection non isotopique de sondes nucléiques : application à la réaction d'hybridation et d'amplification (PCR) : [Polymerase Catalysed Reaction]." Montpellier 2, 1989. http://www.theses.fr/1989MON20050.
Full textAbstract:
Les reactions de bioluminescence peuvent etre utilisees pour detecter des sequences specifiques d'adn apres hybridation avec une sonde nucleique. Differents marqueurs comme la cytosine sulfone, la fluoresceine et la biotine peuvent etre incorpores dans l'adn ou dans des oligonucleotides et etre detectes par des anti-corps ou de l'avidine lies a des enzymes. La detection par bioluminescence sur filtre de nitrocellulose offre une sensibilite comparable aux meilleures methodes non radioactives mais apporte surtout une mesure rapide, quantitative et facilement realisable par des films polaroid ou une camera video. La detection n'altere pas le filtre et permet la reutilisation de celui-ci. La luminescence peut etre utilisee pour detecter des reactions d'hybridations effectuees en solution mais la sensibilite est inferieure a celle obtenue sur filtre. L'amplification enzymatique permet de produire en grande quantite du materiel a detecter. L'incorporation de biotine-utp ou l'utilisation d'oligonucleotides amorces biotinylees dans la reaction d'amplification produit des molecules d'adn marquees qui peuvent etre detectees directement sans aucune etape de separation. Ce dosage est semi-quantitatif et rapide (1 heure)
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Benhamida, Sabria. "Mots interdits dans les séquences biologiques." Marne-la-Vallée, 2000. http://www.theses.fr/2000MARN0086.
Full textAbstract:
Cette these, situee dans le cadre de la bio-informatique, presente des methodes permettant la recherche de mots dans des sequences biologiques. Cette recherche se formalise par deux concepts. Le premier est la comparaison des sequences donnant lieu a la resolution des problemes d'alignement exact et approche entre une sequence a de symboles et un motif p. Une extension de ce probleme est le traitement des alignements entre une sequence a et une expression rationnelle r donnee par son automate. Le deuxieme concept est la recherche de mots interdits dans les sequences permettant de detecter les regions de faible entropie dans les sequences d'adn. On definit ici l'entropie comme le nombre de facteurs distincts presents dans une region. Ce calcul est effectue sur des sequences d'adn vues comme des textes sur l'alphabet des nucleotides a, c, g, t et realise a l'aide de la creation d'index de tous les facteurs interdits presents dans le texte. Les structures de donnees les mieux adaptees pour generer ces index sont les arbres et les automates de suffixes. Ils ont une taille lineaire par rapport a la taille du texte et le temps d'acces a un facteur w du texte est o (longueur (w)). L'utilisation des automates compacts des suffixes permet un gain en espace memoire grace a la compression. Cela offre la possibilite de construire des index de sequences deux fois plus grand qu'avec des automates de suffixes. En biologie, grace a ces structures de donnees, nous avons cree des paysages et nous avons effectue des analyses probabilistes sur les chromosomes de la levure saccharomyces cerevisiae. Nous avons aussi developpe et exploite une methode basee sur la mesure d'entropie de portions de sequences. Cette methode permet de detecter des zones contenant un nombre important ou faible de mots interdits. Utilisee pour la comparaison des sequences, cette methode permet de trouver des similarites indetectables avec les methodes classiques d'alignement
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Gîrdea, Marta. "De nouvelles méthodes pour l'alignement des séquences biologiques." Phd thesis, Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2010. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00833311.
Full textAbstract:
L'alignement de séquences biologiques est une technique fondamentale en bioinformatique, et consiste à identifier des séries de caractères similaires (conservés) qui apparaissent dans le même ordre dans les deux séquences, et à inférer un ensemble de modifications (substitutions, insertions et suppressions) impliquées dans la transformation d'une séquence en l'autre. Cette technique permet de déduire, sur la base de la similarité de séquence, si deux ou plusieurs séquences biologiques sont potentiellement homologues, donc si elles partagent un ancêtre commun, permettant ainsi de mieux comprendre l'évolution des séquences. Cette thèse aborde les problèmes de comparaison de séquences dans deux cadres différents: la détection d'homologies et le séquençage à haut débit. L'objectif de ce travail est de développer des méthodes d'alignement qui peuvent apporter des solutions aux deux problèmes suivants: i) la détection d'homologies cachées entre des protéines par comparaison de séquences protéiques, lorsque la source de leur divergence sont les mutations qui changent le cadre de lecture, et ii) le mapping de reads SOLiD (séquences de di-nucléotides chevauchantes codés par des couleurs) sur un génome de référence. Dans les deux cas, la même idée générale est appliquée: comparer implicitement les séquences d'ADN pour la détection de changements qui se produisent à ce niveau, en manipulant, en pratique, d'autres représentations (séquences de protéines, séquences de codes di-nucléotides) qui fournissent des informations supplémentaires et qui aident à améliorer la recherche de similarités. Le but est de concevoir et d'appliquer des méthodes exactes et heuristiques d'alignement, ainsi que des systemes de scores, adaptés à ces scénarios.
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Dugnolle, Patrick. "Outils mathématiques appliqués à l'analyse stoechiométrique d'une séquence vidéo-microscopique de cicatrisation in vitro en contraste de phase." Université Joseph Fourier (Grenoble), 2000. http://www.theses.fr/2000GRE10031.
Full textAbstract:
Cette these porte sur le developpement d'outils permettant la confrontation entre certaines representations mathematiques de la migration et de la proliferation cellulaire et les donnees experimentales extraites d'un processus de cicatrisation in-vitro. Le premier chapitre introduit la notion d'independance cellulaire par un processus de markov et decrit un modele theorique du deplacement aleatoire et du dedoublement periodique. Par une analyse mathematique de la propagation d'un front migratoire rectiligne, l'objectif est de definir un estimateur des donnees representatives des cellules prenant part a l'activite colonisatrice en appliquant la notion de stchiometrie a l'equation de conservation d'un flux cellulaire, le deuxieme chapitre presente un enregistrement videomicroscopique, et definit les outils de traitements d'images necessaires aux calculs de la densite et du flux cellulaire. La mise en evidence d'un bruit thermique d'acquisition video implique l'utilisation d'une methode de debruitage : la transformation en ondelettes engendrees par dilatation d'une b-spline constitue un outil efficace. La detection des cellules par les valeurs localement maximales du signal est une methode simple et robuste. L'echantillonnage temporel permet de se placer sous l'hypothese de detection des mouvements minimaux. La combinaison de ces approches evite les problemes difficiles de segmentation du signal lumineux. Le troisieme chapitre est consacre a la mise en uvre de la methode et a la presentation des resultats obtenus, jusqu'a l'estimation du temps de doublement de la population cellulaire etudiee. Le quatrieme chapitre decrit les conditions de validation et presente une estimation des incertitudes. Ce travail theorique se situe a l'interface entre representations mathematiques et etudes experimentales des mecanismes biologiques. Il a pour objectif de fonder un ensemble d'outils efficaces permettant une quantification systematique du processus de cicatrisation in-vitro.
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Ronfard, Remi. "Analyse automatique de film - Des séquences d'images aux séquences d'actions." Habilitation à diriger des recherches, Université de Grenoble, 2009. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00450230.
Full textAbstract:
Je présente mes activités de recherche en indexation video et en reconnaissance d'actions, et je propose un programme de recherche permettant d'aborder ensemble ces deux questions au cours des prochaines années. Je décris d'abord une série de travaux réalisés dans le cadre du groupe MPEG et des projets DIVAN à l'INA (1998-2000), puis VIBES à l'INRIA (2001-2004), et qui visent à aborder l'indexation video à travers la reconnaissance des styles et conventions de la prise de vues et du montage. Cette première partie est illustrée par deux applications - le découpage d'un journal télévisé en sujets, et l'indexation d'un film de cinéma par son script. Je présente ensuite des travaux réalisés à l'INRIA en 2005-2008 au sein de l'équipe MOVI. Je montre comment nous avons utilisé l'infrastructure GRIMAGE pour (1) apprendre des modèles statistiques 3D d'un petit répertoire d'actions humaines permettant de les reconnaitre lorsqu'elles sont exécutées par d'autres acteurs, sous d'autres points de vue ; (2) découper une séquence d'images 3D en actions primitives reconnaissables; et (3) reconnaître ces mêmes actions selon le point de vue d'une seule caméra. Enfin, je propose quelques pistes pour étendre les résultats précédents afin d'aborder simultanément les deux problèmes de la reconnaissance des actions et des styles de mise en scène dans les films. Je présente les avantages et les difficultés d'une approche unifiée de ces deux problèmes, ainsi que des applications possibles dans les domaines de la fiction interactive, du jeu vidéo et du machinima.
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Cenac, Peggy. "Etude statistique de séquences biologiques et convergence de martingales." Phd thesis, Université Paul Sabatier - Toulouse III, 2006. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00134328.
Full textAbstract:
Le système dynamique Chaos Game Representation associe une suite de lettres dans un alphabet fini, une mesure empirique sur un ensemble. Fournit-elle plus d'informationque les méthodes de comptage de mots classiques ? A
partir d'une caractérisation basée sur la CGR, on propose une nouvelle famille de
tests donnant l'ordre d'une chaîne de Markov homogène.
On définit ensuite une construction d'arbres digitaux de recherche,
inspirés par la CGR, en insérant successivement les préfixes retournés d'une chaîne de Markov. On montre que les longueurs des branches critiques se comportent, au premier ordre, comme si les
séquences insérées étaient indépendantes entre elles.
La dernière partie est consacrée à l'étude de la convergence presque sûre des moments normalisés de tout ordre de martingales vectorielles dans le théorème de la limite centrale
presque sûr. Les résultats sont appliqués aux erreurs d'estimation et de prédiction dans les régressions linéaires et les processus de branchement.
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Tran, Tuan Tu. "Comparaisons de séquences biologiques sur architecture massivement multi-cœurs." Phd thesis, Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00832663.
Full textAbstract:
Rechercher les similarités entre séquences est une opération fondamentale en bioinformatique, que cela soit pour étudier des questions biologiques ou bien pour traiter les données issues de séquenceurs haut-débit. Il y a un vrai besoin d'algorithmes capables de traiter des millions de séquences rapidement. Pour trouver des similarités approchées, on peut tout d'abord considérer de petits mots exacts présents dans les deux séquences, les graines, puis essayer d'étendre les similarités aux voisinages de ces graines. Cette thèse se focalise sur la deuxième étape des heuristiques à base de graines : comment récupérer et comparer efficacement ces voisinages des graines, pour ne garder que les bons candidats ? La thèse explore différentes solutions adaptées aux processeurs massivement multicoeurs: aujourd'hui, les GPUs sont en train de démocratiser le calcul parallèle et préparent les processeurs de demain. La thèse propose des approches directes (extension de l'algorithme bit-parallèle de Wu-Manber, publiée à PBC 2011, et recherche dichotomique) ou bien avec un index supplémentaire (utilisation de fonctions de hash parfaites). Chaque solution a été pensée pour tirer le meilleur profit des architectures avec un fort parallélisme à grain fin, en utilisant des calculs intensifs mais homogènes. Toutes les méthodes proposées ont été implémentés en OpenCL, et comparées sur leur temps d'exécution. La thèse se termine par un prototype de read mapper parallèle, MAROSE, utilisant ces concepts. Dans certaines situations, MAROSE est plus rapide que les solutions existantes avec une sensibilité similaire.
Books on the topic "Analyse des séquences biologiques"
1
L' analyse de séquences. 2nd ed. Paris: Armand Colin, 2007.
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2
1946-, Miéville Denis, and Université de Neuchâtel. Centre de recherche sémiologique., eds. Les Organisations raisonnées: Analyse de l'articulation de séquences discursives. Neuchâtel: CdRS (Centre de Recherches Sémiologiques), 1992.
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3
Bassene, Emmanuel. Initiation a la recherche sur les substances naturelles: Extraction - analyse - essais biologiques. Dakar (Senegal): Presses Universitaires de Dakar, 2012.
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4
Muller, Claude. Mémento: Les examens de laboratoire : liste des analyses biologiques, prélèvements, résultats normaux et pathologiques, épreuves fonctionnelles, systèmes d'unités internationales. 9th ed. Paris: Maloine, 1992.
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5
Interpretation of protein and isoenzyme patterns in body fluids. New York: Igaku-Shoin, 1991.
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6
J, Makin H. L., Gower D. B, and Kirk D. N, eds. Steroid analysis. London: Blackie Academic & Professional, 1995.
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7
D, Wilson Denise, ed. Examens paracliniques: Cahier de mises en situation. Montréal: Chenelière-éducation, 2010.
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8
S, Deisboeck Thomas, and Stamatakos Georgio S, eds. Multiscale cancer modeling. Boca Raton: Taylor & Francis, 2010.
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9
Workshop on Advanced Methods of Physiological System Modeling (3rd 1988 Marina del Rey, Calif.). Advanced methods of physiological system modeling. New York: Published in cooperation with Biomedical Simulations Resource, University of Southern California, Los Angeles by Plenum, 1989.
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10
The analysis of drugs in biologicalfluids. 2nd ed. Boca Raton: CRC Press, 1995.
Find full textBook chapters on the topic "Analyse des séquences biologiques"
1
MONNERET, Serge, Julien SAVATIER, and Pierre BON. "Microscopie quantitative de phase par analyse de front d’onde." In Imageries optiques non conventionnelles pour la biologie, 7–34. ISTE Group, 2023. http://dx.doi.org/10.51926/iste.9132.ch1.
Full textAbstract:
Ce chapitre présente l’intérêt d’analyser la forme d’un front d’onde dans le plan image d’un microscope optique pour en déduire un ensemble de propriétés d’échantillons transparents. On produit ainsi des cartes d’épaisseur optique conduisant à un contraste marqué, ou encore l’imagerie sélective de composants optiquement anisotropes. Surtout, la méthode est quantitative et permet certaines mesures, comme le suivi de la masse sèche de cellules biologiques vivantes.
2
MORAND, J. J. "Télé-expertise dermatologique en OPEX." In Médecine et Armées Vol. 46 No.1, 27–36. Editions des archives contemporaines, 2018. http://dx.doi.org/10.17184/eac.7366.
Full textAbstract:
La télémédecine permet de soumettre à distance et parfois en temps réel à des experts des dossiers cliniques, biologiques ou radiologiques. À partir d’une sélection de messages internet adressés par des médecins en opération extérieure et/ou en poste isolé, l’intérêt mais aussi les limites de la télé-expertise en dermatologie sont analysés. La qualité du message (analyse sémiologique correcte, anamnèse complète, définition de l’image jointe) et l’expérience de terrain des experts déterminent la pertinence de la réponse. L’importance de la rétro-information est aussi fondamentale pour améliorer l’expertise. Mais la difficulté relève de la fréquente impossibilité d’affirmer un diagnostic étiologique faute d’exploration complémentaire suffisante sur place ou de suivi du malade autorisant un recul évolutif, permettant l’évaluation d’une thérapeutique d’épreuve. La formation à la télémédecine des médecins et infirmiers du Service de santé des armées et une meilleure formalisation des messages peuvent contribuer à l’efficience de ce mode de communication.
Conference papers on the topic "Analyse des séquences biologiques"
1
Gendrot, Cedric, Emmanuel Ferragne, and Anaïs Chanclu. "Analyse phonétique de la variation inter-locuteurs au moyen de réseaux de neurones convolutifs : voyelles seules et séquences courtes de parole." In XXXIVe Journées d'Études sur la Parole -- JEP 2022. ISCA: ISCA, 2022. http://dx.doi.org/10.21437/jep.2022-94.
Full text
2
Daas, M., and K. Dada. "Le flux numérique en implantologie." In 66ème Congrès de la SFCO. Les Ulis, France: EDP Sciences, 2020. http://dx.doi.org/10.1051/sfco/20206601016.
Full textAbstract:
L’optimisation du résultat esthétique et fonctionnel des restaurations implantaires, la simplification des procédures cliniques et de laboratoire et lamélioration de la prévisibilité des traitements sont les principaux objectifs de l’implantologie moderne. Cette prévisibilité est due en grande partie à l’intégration du flux numérique dans les différents étapes du traitement: analyse esthétique virtuel « Digital Smile Design », meilleure communication avec les patients, prise en compte des paramètres biologiques, esthétiques et fonctionnels, prise dempreinte optique, numérisation des modèles, planification implantaire 3D, chirurgie guidée, optimisation du profil démergence avec les piliers anatomiques personnalisés, mise en place d’une restauration implanto-portée se rapprochant le plus possible des dents naturelles absentes, en se fondant dans son environnement tout en respectant la notion de «Biomimétique». Cette démarche permet donc aujourdhui d’anticiper le résultat de nos traitements, devenus de plus en plus complexes, et d’assurer la pérennité de nos restaurations implantaires à long terme. Le but de notre intervention est de présenter l’intégration de ces nouvelles technologies dans notre pratique quotidienne, du cas simple au plus complexe.
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Maximini, G. "Gestion chirurgicale des défauts osseux verticaux postérieurs." In 66ème Congrès de la SFCO. Les Ulis, France: EDP Sciences, 2020. http://dx.doi.org/10.1051/sfco/20206601010.
Full textAbstract:
L’augmentation de la dimension osseuse verticale est un challenge thérapeutique chirurgical. C’est dans ce domaine que lon compte le plus grand nombre déchecs. La réussite dépend de la prise en compte de deux élément clefs : tout dabord de labsolu nécessité dobtenir un allongement suffisant des lambeaux permettant de suturer sans tension aucune et de contrecarrer ainsi leffet ischémique de la rétraction cicatricielle verticale. Au maxillaire description et vidéo de lincision vestibulaire d’une hauteur égale à la hauteur du déficit osseux. A la mandibule description et vidéo de lincision crestale avec décollement du lambeau lingual jusquau mylohyoidien et désinsertion du périoste de la ligne oblique interne. Description de la technique de Tinti et Benfenati pour lallongement du lambeau lingual. Description et vidéo de lincision vestibulaire mandibulaire avec dissection en épaisseur partielle jusquà la crête puis incision du périoste et décollement en épaisseur totale. Le deuxième élément clef est le choix d’une technique qui privilégie la vascularisation : différentes techniques (greffe on onlay, ROG, split horizontal) seront décrites avec des séquences vidéo et analyse des avantages et des inconvénients. En résumé : deux maitres mots : gestion des tissus mous et vascularisation.
Reports on the topic "Analyse des séquences biologiques"
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Campbell, Bryan, and Michel Magnan. Vers la nouvelle bioéconomie: La biofabrication comme initiative stratégique de développement économique pour le Québec. CIRANO, September 2022. http://dx.doi.org/10.54932/jqgh2110.
Full textAbstract:
Globalement, la bioéconomie peut être définie comme le domaine de l'économie basée sur les produits, services et processus dérivés des ressources biologiques. À cet égard, la biologie de synthèse réfère aux caractéristiques d’un domaine dérivé de la biologie qui s’est développé au cours des trente dernières années grâce aux progrès de la génétique appliquée et de la bio-ingénierie. Certains prédisent que l'économie future sera principalement une bioéconomie basée sur ces techniques émergentes, lesquelles sont cohérentes avec la décarbonisation de notre économie. Nous décrivons d’abord la réalité internationale de la « Révolution Bio » et tentons d’évaluer la position du Québec. Par la suite, nous présentons des politiques de soutien à la bioéconomie de diverses juridictions. Une étude de cas d’une entreprise de Montréal nous permet de mettre en évidence les problèmes auxquels elle a dû faire face pour attirer le capital financier nécessaire à sa croissance. Outre le financement, un autre enjeu critique dans le domaine est la montée en charge (scalability en anglais) des processus de transformation. Nous explorons davantage cet enjeu en agro-technologie, secteur à haut potentiel mais dont la réalisation comporte plusieurs défis socio-économiques. Cette analyse sert de toile de fond à nos recommandations qui portent sur l'élaboration d'une feuille de route pour le soutien gouvernemental à la biologie de synthèse.