Dissertations / Theses: 'Analyse de similarité de séquence'

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Lannes, Romain. "Recherche de séquences environnementales inconnues d’intérêt médical/biologique par l’utilisation de grands réseaux de similarité de séquences." Electronic Thesis or Diss., Sorbonne université, 2019. http://www.theses.fr/2019SORUS232.

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Abstract:

L’objectif de cette thèse a été d’identifier des micro-organismes encore inconnus présents dans divers environnements et de caractériser certains de leurs métabolismes. Cette diversité non identifiée, à la fois taxonomique et fonctionnelle, est communément appelée matière noire microbienne. J’ai utilisé et développé de nouvelles méthodes de réseaux, et notamment des réseaux de similarité de séquences, afin d’exploiter de très grands jeux de données de séquences, issus de projets de métagénomique. En particulier, mon travail a mis en évidence le rôle écologique de micro-organismes ultra-petits dans certaines voies métaboliques autotrophes des océans. Il montre également que les CPR et DPANN, bactéries et archées ultra-petites récemment découvertes, participent à la dynamique des communautés microbiennes via des systèmes de quorum sensing homologues à ceux d’organismes mieux caractérisés. Une application des réseaux de similarité de séquences à des données de métabarcoding a également révélé une diversité jusque là inconnue d’Holozoa, qui pourrait nous permettre de mieux comprendre la transition vers la multicellularité des Metazoa. Enfin, j’ai développé une méthode et un logiciel destiné à la recherche d’homologues distants de protéines d’intérêt dans de très grands jeux de données, tels que ceux issus de la métagénomique. Cette méthode, maintenant validée, devrait permettre de rechercher des séquences appartenant à des organismes encore inconnus et très divergents, dans l’espoir de découvrir de nouveaux phylums profonds, voire même de nouveaux domaines du vivant
The objective of this thesis was to identify as yet unknown microorganisms present in various environments and to characterize some of their metabolisms. This unidentified diversity, both taxonomic and functional, is commonly referred to as microbial dark matter. I have used and developed new network methods, including sequence similarity networks, to exploit very large sequence datasets from metagenomic projects. In particular, my work has highlighted the ecological role of ultra-small micro-organisms in some autotrophic metabolic pathways in the oceans. It also shows that CPR and DPANN, recently discovered ultra-small bacteria and archaea, participate in the dynamics of microbial communities through quorum sensing systems similar to those of better characterized organisms. An application of sequence similarity networks to meta-barcoding data also revealed a previously unknown diversity of Holozoans, which could allow us to better understand the transition to multicellularity of Metazoans. Finally, I have developed a method and software for searching for remote homologs of proteins of interest in very large datasets, such as those from metagenomics. This method, now validated, should make it possible to search for sequences belonging to still unknown and very divergent organisms, in the hope of discovering new deep branching phyla, or even new domains of life

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Jachiet, Pierre-Alain. "Étude de l'évolution combinatoire des gènes par l'analyse de réseaux de similarité de séquence." Thesis, Paris 6, 2014. http://www.theses.fr/2014PA066358/document.

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Abstract:

L’accumulation récente de données de séquences génomiques a montré que l’évolution des gènes n’est pas strictement arborescente. De nombreux processus évolutifs, comme l’exon shuffling, la fusion de gènes ou la recombinaison illégitime remodèlent les gènes, créant des structures composites, formées de parties dont les histoires évolutives sont différentes. Le développement de réseaux de similarité de séquences fournit un cadre analytique permettant d’étudier l’impact de ces processus sur l’évolution moléculaire, en structurant les relations de ressemblance entre séquences et en formalisant en termes de graphes la détection de gènes (triplets intransitifs) et de familles de gènes (cliques minimales séparatrices) composites. La taille des jeux de données actuels, de l’ordre de plusieurs millions de séquences, a également requis le développement de nouveaux outils et méthodes : parallélisation des comparaisons de séquences, visualisation de très grands réseaux par simplification en communautés de Louvain et identification de grands cycles. Appliquées à des jeux de données de génomes eucaryotes et viraux, ces méthodes ont démontré la présence de gènes composites dans tout le vivant et les éléments génétiques mobiles. En proportion, les gènes composites sont plus nombreux dans les génomes eucaryotes ; en nombre absolu, ils sont plus nombreux à être portés par des virus. Chez ces derniers, la distribution fonctionnelle des gènes composites est biaisée (enrichissement dans les familles essentielles pour la perpétuation du cycle viral), et les éléments des gènes composites trouvent même parfois leurs origines dans le matériel génétique de classes virales différentes. Plus généralement, l’étendue des processus combinatoires, en révélant des liens évolutionnaires autres que les liens d’homologie au sens fort, justifie une étude pluraliste des relations de similarité entre séquences
The recent accumulation of genomic sequence data has shown that gene evolution is not strictly tree-Like. Many evolutionary processes, like exon shuffling, gene fusion or nonhomologous recombination remodel genes by creating composite structures that are made from parts with different evolutionary histories. The development of sequence similarity networks provides an analytical framework to study the impact of these processes on molecular evolution, by structuring the resemblance relationships between sequences and by formalizing, in terms of graph theory, the detection of composite genes (intransitive triplets) and gene families (clique minimal separators). The size of current data sets, typically several million sequences, has also required the development of new tools and methods: sequence comparison parallelization, large networks visualization with Louvain communities and large cycles identification. When applied to eukaryotic and viral genome data sets, these methods have shown that composite genes are found throughout cellular organisms and mobile genetic elements. Proportionally, composite genes are more numerous in eukaryotic genomes; in absolute number, they are more numerous in viruses. In the latter, composite genes functional distribution is biased (enrichment of genes families that are essential for the perpetuation of the viral cycle), and the various parts of composite genes sometimes even originate from the genetic material of different viral classes. More generally, the extent of combinatorial processes, by unravelling other evolutionary bonds than homology bonds in the strictest sense, legitimates a pluralistic study of similarity relationships between sequences

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Chilowicz, Michel. "Recherche de similarité dans du code source." Phd thesis, Université Paris-Est, 2010. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00587628.

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Abstract:

La duplication de code source a de nombreuses origines : copie et adaptation inter-projets ou clonage au sein d'un même projet. Rechercher des correspondances de code copié permet de le factoriser dans un projet ou de mettre en évidence des situations de plagiat. Nous étudions des méthodes statiques de recherche de similarité sur du code ayant potentiellement subi des opérations d'édition telle que l'insertion, la suppression, la transposition ainsi que la factorisation et le développement de fonctions. Des techniques d'identification de similarité génomique sont examinées et adaptées au contexte de la recherche de clones de code source sous forme lexemisée. Après une discussion sur des procédés d'alignement de lexèmes et de recherche par empreintes de n-grams, est présentée une méthode de factorisation fusionnant les graphes d'appels de fonctions de projets au sein d'un graphe unique avec introduction de fonctions synthétiques exprimant les correspondances imbriquées. Elle utilise des structures d'indexation de suffixes pour la détermination de facteurs répétés. Une autre voie d'exploration permettant de manipuler de grandes bases indexées de code par arbre de syntaxe est abordée avec la recherche de sous-arbres similaires par leur hachage et leur indexation selon des profils d'abstraction variables. Des clones exacts de sous-arbres de forte proximité dans leurs arbres d'extraction peuvent alors être consolidés afin d'obtenir des correspondances approchées et étendues. En amont et en aval de la recherche de correspondances, des métriques de similarité sont définies afin de préselectionner les zones d'examen, affiner la recherche ou mieux représenter les résultats

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Le, Sage Daniel. "Poursuite d'objets par analyse d'une séquence d'images couleur." Grenoble INPG, 1989. http://www.theses.fr/1989INPG0040.

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Abstract:

Ce travail s'inscrit dans le cadre de l'analyse du mouvement par l'image. La demarche est la suivante: une scene dynamique est filmee au moyen d'une camera video, puis, les images ainsi acquises, sont analysees hors ligne sur un poste de travail qui associe la video et l'informatique. Des outils d'assistance au depouillement de ces sequences sont proposes

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Colombo, Tristan. "Algorithmes pour la recherche de classes de gènes en relations fonctionnelles par analyse de proximités et de similarités de séquences." Phd thesis, Université de la Méditerranée - Aix-Marseille II, 2004. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00008447.

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Abstract:

Notre étude porte sur les transporteurs ABC dans les génomes bactériens complets. L'analyse bioinformatique du répertoire de ces systèmes comprend l'identification des partenaires, l'assemblage, la reconstruction des systèmes incomplets, la classification en sous-familles, et l'identification du substrat transporté. Cette thèse propose des outils permettant l'étude de ces problèmes par l'utilisation de méthodes informatiques. Les hypothèses biologiques employées sont que : (i) des gènes voisins sur le chromosome peuvent être impliqués dans un même processus métabolique s'ils ont été conservés au cours de l'évolution, et (ii) des gènes présentant des similarités de séquence peuvent permettre la synthèse de protéines de même fonction. Trois études ont été menées sur le répertoire des transporteurs ABC : * L'exploration du voisinage chromosomique. D'après l'hypothèse selon laquelle plus les gènes conservés dans le voisinage d'un transporteur sont proches, plus leur lien fonctionnel avec le transporteur est fort, on essaye d'identifier le substrat transporté ou des associations de gènes. Ce problème est traité par une méthode de résolution issue des problèmes de satisfaction de contraintes. * La classification. Les transporteurs ABC sont classés par grandes catégories en fonction des molécules qu'ils transportent (sucres, ...). Pour chaque domaine, en représentant les relations d'homologie par un graphe, la recherche des zones de forte densité permet de déterminer des sous-classes de substrat. * La reconstitution des systèmes incomplets. Les transporteurs ABC sont assemblés en utilisant la proximité chromosomique des gènes codant pour les domaines et la compatibilité des sous-familles de domaines. Lorsque la proximité n'est pas respectée, on utilise une stratégie développée à partir d'une méthode d'analyse de graphes pour assembler les domaines et prédire des systèmes actifs. Ces méthodes, en complément de l'identification des partenaires et de l'assemblage, permettent une étude fonctionnelle des transporteurs ABC. Elles pourraient être appliquées à d'autres systèmes biologiques.

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Colombo, Tristan [Renaud Guillaume]. "Algorithmes pour la recherche de classes de gènes en relations fonctionnelles par analyse de proximités et de similarités de séquences." Aix-Marseille 2, 2004. http://www.theses.fr/2004AIX22075.

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Gautier, Christian. "Analyse statistique et évolution des séquences d'acides nucléiques." Lyon 1, 1987. http://www.theses.fr/1987LYO19034.

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Abstract:

Une description statistique des regions des genomes codant pour les proteines (les "parties codantes") est presentee. La methodologie utilise a la fois une modelisation de l'information et des outils de description. Les schemas entite-association constituent un outil de representation des relations logiques entre des jets biologiques. La description des sequences a utilise essentiellement des methodes multivariees et des statistiques non parametriques. Ces analyses montrent l'existence de biais importants dans l'usage du code ainsi que dans certaines relations de voisinage entre bases. Ces biais peuvent s'interpreter, au moins en partie, comme resultant de contraintes liees aux differents processus moleculaires auxquels participent ces sequences. Chez e. Coli, le processus de traduction a ete clairement mis en cause. Une repercussion de ces contraintes sont la nature de la proteine codee a pu etre mise en evidence dans plusieurs cas. L'observation de biais tres differents dans des sequences homologues (en particulier mitochondrial) a permis de discuter de la stationnarite du processus evolutif

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Roux, Stéphane. "Analyse en ondelettes de l'auto-similarité de signaux en turbulence pleinement développée." Aix-Marseille 2, 1996. http://www.theses.fr/1996AIX22086.

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Abstract:

Nous nous sommes interesses au phenomene d'intermittence en turbulence pleinement developpee ; pour cela, nous nous sommes appuyes sur l'analyse en ondelettes de differents champs turbulents tels que les champs de vitesse, de pression et de dissipation. L'ensemble de nos resultats montre que la description multifractale generalement admise pour rendre compte de ce phenomene dans les flots a tres grands nombres de reynolds n'est pas valide. En particulier, la recherche d'un processus de cascade a mis en evidence une absence d'invariance d'echelle des champs de vitesse et de dissipation. Nous avons de plus montre que ce dernier ne presente pas un caractere auto-similaire. Cette observation remet en cause, non seulement la plupart des modeles de cascade d'energie, mais aussi la validite de l'hypothese de similarite locale formulee par kolmogorov et obukhov (ko62) reliant la statistique des fluctuations des champs de vitesse et de dissipation. L'etude des statistiques des coefficients de la transformee en ondelettes restreinte aux maxima de son module, revele la nature log-normale a toute echelle des fluctuations de ces champs. Neanmoins, contrairement au modele log-normal de kolmogorov et obukhov, les parametres des gaussiennes n'evoluent pas de maniere logarithmique dans les echelles mais de maniere plus complexe. L'utilisation de la transformee en ondelettes pour la detection et la caracterisation des filaments de vorticite dans le champ de pression nous a permis de montrer que ces evenements ne sont pas correles et suivent une loi de poisson. La contribution statistique de ces filaments ne suffit pas a rendre compte totalement du phenomene d'intermittence

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Rossi, Sabina. "Analyse pollinique de la séquence lacustre Pléistocène de Piànico-Sèllere (Italie)." Aix-Marseille 3, 2003. http://www.theses.fr/2003AIX30044.

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Abstract:

L'analyse pollinique de la séquence sédimentaire de Piànico-Sèllere, intégrée avec des études stratigraphiques, sédimentologiques, paléontologique et géochronologiques, a permis de reconstituer les changements environnementaux au cours d'un complexe interglaciaire du Pléistocène Moyen. La succession inclut des dépôts lacustres (Formation de Piànico) qui comprennent 4 unités, dont une laminée annuellement (varves carbonatées). La durée de l'intervalle couvert par les dépôts lacustres avoisine 18 000 ans. La datation K/Ar d'un téphra a donné un âge de 779±13 ka. L'analyse pollinique a montré l'existence d'une longue période dominée par des forêts mésothermophiles, suivie par des phases à Pinus/prairies steppiques alternant avec des phases à caducifoliées. Les transitions entre différents types de végétation ont lieu en 200-300 ans. L'interglaciaire couvert par la séquence varvée a été corrélé avec le stage isotopique marin 19 et au complex Cromérien de la stratigraphie continentale
Pollen analysis of the sedimentary succession of Piànico-Sèllere, integrated with stratigraphical, sedimentological, paleontological, geochronological studies, provided evidence of environmental changes during a complex interglacial of the Middle Pleistocene. The succession includes lacustrine deposits (Piànico Formation) consisting of 4 units, of which one annually laminated (calcite varves). The time span represented by the lacustrine deposits is about 18,000 years. These deposits contain a tephra layer, which has a K/Ar date of 779±13 ka. Pollen analysis indicates the presence of a long time period dominated by mesothermophilous forest vegetation, followed by alternating conifers/steppic grasslands and broad-leaved forests. The transitions between different vegetation assemblages occurred over 200-300 years. The interglacial represented by the varved sequence has been correlated with the marine oxygen isotopic stage 19 and with the Cromerian complex of the continental stratigraphy

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Bicep, Cédric. "Métagénomique intégrative : étude de la diversité génétique par des méthodes de réseaux de similarité de séquence et application au microbiome intestinal humain." Paris 6, 2013. http://www.theses.fr/2013PA066778.

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Abstract:

Le nombre de génomes complets et de métagénomes ne cesse d’augmenter, et se chiffre en milliers. Les séquences d’eucaryotes, de procaryotes et d’éléments génétiques mobiles ainsi obtenues sont riches en information au sujet de l’évolution microbienne. Les méthodes comparatives utilisées pour étudier une telle quantité de données sont néanmoins encore assez limitées. Dans cette thèse, j’ai développé de nouveaux outils et de nouveaux protocoles exploitant les propriétés topologiques des réseaux de similarité de séquence. Ces avancées méthodologiques ont permis (i) de détecter et de visualiser les transferts latéraux de gènes entre souches bactériennes et éléments génétiques mobiles, (ii) d’analyser l’évolution combinatoire d’un prophage marin contenu dans l’ADN de la proie bactérienne d’une cellule de protiste isolée de l’environnement, (iii) d’améliorer plusieurs étapes de l’analyse des données massives de séquençage à haut débit, grâce à un protocole testant la qualité biologique des lectures assemblées en transcriptomique, et grâce à des méthodes de tri autorisant la comparaison de plusieurs centaines de milliers de séquences au sein d’un même réseau de similarité. En appliquant ces méthodes à des données du microbiome intestinal humain, j’ai ainsi analysé l’interaction fonctionnelle entre les éléments génétiques mobiles et leur hôtes bactériens, et suggéré que les éléments génétiques mobiles de la flore intestinale jouent un rôle encore sous-évalué dans la santé humaine
The number of completely sequenced genomes and metagenomes keeps growing, and reaches several thousands. The sequences from eukaryotes, prokaryotes and mobile genetic elements they contain are full of information about microbial evolution. The comparative methods that are used for studying such a large amount of data are however still rather limited. In this thesis, I have developed new tools and new protocols that exploit the topological properties of sequence similarity networks. These methodological novelties have allowed (i) detecting and visualizing lateral gene transfers between bacterial strains and mobile genetic elements, (ii) analyzing the combinatorial evolution of a marine prophage, found in the DNA of a bacterium that was predated by a protist cell isolated from the environment, (iii) improving several steps of the analysis of massive data from high-throughput sequencing, with a protocol that estimates the biological quality of reads assembly in metatranscriptomics and with sorting methods that allow the comparison of several hundreds of thousand sequences within the same similarity network. I have also applied these methods to sequence data from human gut microbiome, analyzed the functional interaction between mobile genetic elements and their bacterial hosts and suggested that mobile genetic elements from the intestinal flora play a role in human health that is still underestimated

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Bernacchi, Serena. "Analyse de la déstabilisation de la séquence TAR et de sa séquence complémentaire par la protéine NCp7 de VIH-1." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2002. http://www.theses.fr/2002STR13164.

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Abstract:

L'implication de NCp7 dans de nombreuses étapes du cycle de réplication rétroviral fait de cette protéine une cible idéale pour la conception d'agents anti-VIH-1. Par son activité de protéine chaperone, NCp7 permet de stimuler le premier saut de brin lors de la transcription inverse de l'ARN génomique. Cette étape, qui requiert une hybridation entre la séquence TAR et sa séquence complémentaire cTAR, situées aux extrémités 3' de l'ARN génomique et de l'ADN proviral, nécessite une importante déstabilisation intramoléculaire de ces séquences. A l'aide d'oligonucléotides marqués à leurs extrémités 3' et 5' par des chromophores, nous avons analysé par spectroscopie de fluorescence et d'absorption le rôle de NCp7 dans cette déstabilisation. Ce travail nous a également permis de mettre en évidence l'existence d'un couplage excitonique entre les deux sondes. Ce couplage est dû à l'extrême proximité des deux sondes et provoque une variation des propriétés spectrales. Il représente ainsi un outil apte à déceler tout changement structural aux extrémités de la tige de TAR. En présence de NCp7, l'ensemble de nos résultats suggère qu'une concentration saturante de peptide active l'ouverture transitoire des paires des bases dans les parties les moins stables des oligonucléotides, et déplace l'équilibre vers les formes ouvertes des tiges-boucles en augmentant les effets de fraying spécifiques aux extrémités de TAR. Cette activation est strictement dépendante des deux doigts de zinc présents dans la NCp7
Due to its critical involvement in several key steps of the retroviral cycle, the nucleocapsid protein, NCp7, represents an ideal target for a chemotherapy against HIV-1. Due to its chaperone activity, NCp7 dramatically stimulates HIV-1 minus strand transfer during genomic RNA reverse transcription. During this step, in a reaction mediated by base-pairing of the TAR sequence with its complementary sequence cTAR, localized at the 3' ends of RNA and DNA reactants, these highly stable stem-loops sequences have to be unfolded. In order to examine the nature and the extent of the helix detabilizing activity of NCp7 upon TAR and its derivatives by fluorescence and absorbance techniques, we have used doubly labelled sequences. Here we report that in the closed form of the stem, the two probes are held close together, inducing the formation of a ground state intramolecular heterodimer and leading to important spectral changes. This heterodimer can be used to investigate short-range modifications of the stem structure. Taken together our data show that a saturating amount of NCp7 activate the transient opening of base-pairs in the least stable parts of the stem, and shift the equilibrium toward open species, suggesting that NCp7 enhances fraying of the stem terminus. This destabilisation effect clearly depends on zinc-fingers motifs

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Petitcunot, Pierre. "Problèmes de similarité et spectre étendu d'un opérateur." Thesis, Lille 1, 2008. http://www.theses.fr/2008LIL10046/document.

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Abstract:

Dans ce mémoire on s'intéresse à quelques problèmes de similarités ainsi qu'au spectre étendu d'un opérateur. Dans la première partie, on donne des critères de similarité à certaines classes d'isométries partielles et on obtient par exemple le résultat suivant. Soit T un opérateur sur H un espace de Hilbert. T est similaire à la somme directe d'un opérateur de Jordan et d'une isométrie si et seulement si T est à puissances bornées, T a une ascente finie et il existe un opérateur S E [appartenant à] B(H) à puissances bornées tel que Tn Sn Tn =Tn , pour tout n de N . Ces résultats peuvent être vus comme des résultats partiels pour un problème ouvert posé par Badea et Mbekhta en 2005. Dans la seconde partie, on obtient un critère de similarité conjointe à deux contractions qu'on applique pour obtenir des résultats de perturbation d'opérateurs conjointement similaires à des contractions. Le spectre étendu d'un opérateur est traité dans le dernier chapitre. Quelques liens avec d'autres spectres d'un opérateur sont proposés avant d'étudier le comportement du spectre étendu de certaines classes d'opérateurs. Enfin, on utilise le spectre étendu pour donner des critères d'hypercyclicité qu'on comparera à celui de Godefroy-Shapiro
Ln this thesis, we study some similarity problems and the extended spectrum of an operator. ln the first part, we give criteria of similarity to some classes of partial isometries. For example, we obtain the following result. Let T be an operator on H an Hilbert space. T is similar to the direct sum of a Jordan operator and an isometry if and only if T is power-bounded, T has a finite as cent and there exists a power~bounded operator S E B(H) so that TnsnTn = Tn, for all n of No This results can be seen as partial results to an open problem of Badea and Mbekhta (2005) . ln the second part, we obtain a criterion of joint similarity to two contractions that we apply to have results of pertubation of operators jointly similar to contractions. The extended spectrum is the subject of the last part. Some of its links with other spectra of an operator are proposed before studying the behaviour of the extended spectrum of sorne classes of operators. Finally we use the extended spectrum to give criteria of hypercyclicity that we will compare to a criterion of Godefroy and Shapiro

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Crouzil, Alain. "Perception du relief et du mouvement par analyse d'une séquence stéréoscopique d'images." Toulouse 3, 1997. http://www.theses.fr/1997TOU30228.

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Abstract:

Ce travail se situe a la fois dans le cadre de la vision tridimensionnelle et de l'analyse du mouvement. La premiere partie est consacree a la reconstruction tridimensionnelle a partir d'un couple stereoscopique d'images. Apres avoir rappele les techniques relatives au calibrage d'un capteur stereoscopique binoculaire, nous proposons une mesure de correlation utilisant les vecteurs gradients des images afin de realiser une mise en correspondance dense. Puis, nous proposons une methode d'appariement stereoscopique qui se caracterise par une approche hierarchique avec une verification bi-directionnelle souple et par l'utilisation de la correlation des gradients. La deuxieme partie est consacree a l'analyse du mouvement tridimensionnel. Afin de realiser la mise en correspondance temporelle dans une sequence d'images, nous proposons d'etendre la methode d'appariement stereoscopique. Puis, nous decrivons la fusion des resultats temporels et stereoscopiques afin d'obtenir a tout instant, un ensemble de points 3d et leurs correspondants a l'instant suivant. Enfin, nous abordons le probleme d'estimation des parametres du mouvement d'un objet rigide en proposant une methode d'estimation de la transformation rigide 3d/3d qui combine les statistiques robustes et la contrainte de conservation des distances.

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Lefèvre, Sébastien. "Détection d'évènements dans une séquence vidéo." Tours, 2002. http://www.theses.fr/2002TOUR4023.

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Abstract:

Le problème abordé ici concerne l'indexation de données multimedia par la recherche d'extraits pertinents. Nos travaux se focalisent sur l'analyse de séquences vedéo afin d'y détecter des évènement prédéfinis. La recherche de ces évènements étant contextuelles, nous proposons une architecture et des outils génériques et rapides pour la mise en oeuvre de systèmes d'indexation spécifiques. Nous insistons notamment sur les problèmes suivants : la segmentation temporelle des données, la séparation du fond et des objets, la structuration du fond, le suivi des objets (rigides ou non, avec ou sans apprentissage) et l'analyse des données audio. Afin de résoudre ces différents problèmes, les outils génériques que nous proposons sont basés sur des analyses semi-locales, des approches multirésolution, des modèles de Markov cachées et la méthode des contours actifs. L'architecture et les outils introduits ici ont été validés au travers de plusieurs applications
Here we are concerned by multimedia data indexing by use of pertinent sample searching. Our work focuses on video sequence analysis in order to detect some predefined events. This search being contextual, we propose an architecture and some rapid tools, both generic, for building specific indexing systems. We deal in particular with the following problems : data temporal segmentation, background and object separation, background structure extraction, object tracking (rigid or non-rigid objects, with or without learning) and audio data analysis. In order to solve these different problems, the generic tools we are proposing are based on semi-local analyses, multiresolution approaches, hidden Markov models, and the active contour method. The architecture and the tools introduced here have been validated through several applications

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Ravot, Nicolas. "Analyse et diagnostic de réseaux filaires complexes par réflectométrie." Paris 11, 2007. http://www.theses.fr/2007PA112142.

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Abstract:

L’évolution des technologies et des modules de communications entraine une complexité croissante des systèmes embarqués. Les dispositifs deviennent de plus en plus intelligents et utilisent de plus en plus de capteurs et d’actionneurs. Les liaisons filaires se multiplient et leur complexité suit celle des systèmes, puisqu’elles viennent en support pour le transfert des données et l’alimentation en énergie. Une structure filaire standard contient de nombreux tronçons de câbles reliés entre eux par de multiples connecteurs. Les systèmes embarqués peuvent être soumis à des contraintes externes qui peuvent compromettre leur bon fonctionnement, simplement à cause d’un connecteur ou d’une liaison défaillante. De nombreuses problématiques apparaissent actuellement faisant référence à des défaillances liées aux lignes de transmission. Un outil permettant de diagnostiquer rapidement, automatiquement et précisément l’état d’un réseau filaire est donc d’une grande aide pour les opérations de maintenance ou de contrôle. La solution proposée dans cette thèse permet d’analyser et diagnostiquer l’état d’un réseau filaire complexe sans apporter la moindre ambigüité. Nous avons donc développé une nouvelle méthode, appelée réflectométrie distribuée par séquences M, plus efficace et fiable pour l’analyse des réseaux et qui prends en compte différents aspects tels que l’intégration, la précision et performances. En effet la distributivité d’une fonction de diagnostic permet d’appréhender l’ensemble d’un réseau et de garantir une analyse des réflectogrammes sans mauvaise interprétation. Cette méthode, purement numérique, est une solution adéquate pour une application embarquée
The evolution of technologies and the communication modules involve a growing complexity of the embedded systems. These systems are smarter and use more and more sensors and others components. The increase of embedded systems implies the increase of wired network that is the physical support for the data transfer and devices supply. A wired network is composed of several kinds of cables and connectors. These systems can operate in different environments and conditions that can induce failures, because of a defective cable. Nowadays, several problems begin to appear in the wired networks. A tool for diagnosing a wired network would be greatly helpful for maintenance and monitoring. The proposed solution in this thesis allows analysing and diagnosing the health of a wired network without ambiguities. We have developed a new method, called distributed reflectometry by M-sequences, which is more effective and more reliable for analysing wired networks and which considers different aspects such as integration, precision and performance. Indeed, the diagnosis function distribution in a wired network allows apprehending a complete network and guarantees a simple reflectograms analysis without incorrect interpretations. This original method, purely numerical, is an adequate solution for embedded applications

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Ruiz, Manuel. "Analyse bioinformatique standardisée IMGT des relations séquence-structure des immunoglobulines et récepteurs T." Montpellier 2, 2001. http://www.theses.fr/2001MON20166.

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François, Édouard. "Interprétation qualitative du mouvement à partir d'une séquence d'images." Rennes 1, 1991. http://www.theses.fr/1991REN10062.

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Abstract:

Ce mémoire traite de l'analyse et de l'interprétation du contenu dynamique d'une scène observée par une caméra qui peut être aussi bien statique que mobile. L'approche proposée repose sur l'exploitation exclusive du mouvement apparent dans l'image, et sur l'utilisation d'outils et de modèles statistiques. Le problème implique fondamentalement une étape de segmentation au sens du mouvement. Il est en effet nécessaire de délimiter les régions dans l'image ayant un mouvement apparent différent avant de pouvoir localiser les objets effectivement mobiles ou de pouvoir identifier leur mouvement. Une nouvelle méthode de segmentation au sens du mouvement dans une séquence d'images a été développée. Elle ne requiert pas l'estimation explicite du champ des vitesses apparentes, et permet l'obtention de partitions stables et reliées dans le temps grâce a une approche de régularisation statistique. Ainsi l'interprétation du mouvement peut être effectuée en considérant plus de deux images successives. La caractérisation du contenu dynamique de la scène repose sur une étape intermédiaire réalisant un étiquetage qualitatif générique du mouvement. Celle-ci passe par la mise en place de descripteurs adaptes lies a la géométrie du champ de vitesse apparent, introduits suite a un développement linéaire du champ de vitesse. Un jeu de symboles ou étiquettes correspondant a des configurations cinématiques données est alors défini a partir de ces descripteurs. Le passage numérique-symbolique (des valeurs des descripteurs aux étiquettes qualifiant le mouvement 3d des régions analysées) est résolu par une approche statistique, reposant sur l'utilisation de tests de vraisemblance. Deux tâches d'analyse de scène dynamique ont été abordées : la détection des éléments effectivement mobiles d'une scène observée par une camera en mouvement ; l'identification de trois types de mouvement utiles a la détection d'obstacles pour la navigation d'un véhicule, mouvement approchant, éloignement, mouvement latéral. L'analyse n'implique aucune mesure 3d. Un ensemble significatif d'expérimentations a été mené. Des résultats tout a fait probants ont été obtenus sur des séquences d'images réelles correspondant a des situations complexes de scène d'extérieur

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Nakouné-Yandoko, Emmanuel. "Orthobunyavirus de la République Centrafricaine : détection, séquençage et analyse phylogénétique." Nancy 1, 2007. http://docnum.univ-lorraine.fr/public/SCD_T_2007_0160_NAKOUNE-YANDOKO.pdf.

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Abstract:

La famille des Bunyaviridae regroupe plus de 350 virus transmis par des arthropodes, classés en cinq genres. La prévalence de ces virus en République Centrafricaine est mal connue et mérite des études moléculaires afin mettre en place un diagnostic fiable, de mieux caractériser les vecteurs et d'identifier les réservoirs qui sont le plus souvent inconnus. Etant donnée la diversité de ces virus, seuls les virus du genre Orthobunyavirus ont été caractérisés dans cette étude. La caractérisation génomique de Bunyaviridae a été réalisée par le séquençage de segments encadrés par des amorces consensus pour un diagnostic d'espèce. Parmi les orthobunyavirus isolés à l'Institut Pasteur de Bangui (RCA), 12 souches classées dans six sérogroupes ont été incluses dans cette étude. Des couples d'amorces définies dans notre laboratoire ont permis d'amplifier et d'obtenir une séquence complète du segment S de dix souches virales. Une séquence partielle de la glycoprotéine G2 (segment M) de ces souches a également été obtenue. L'organisation génétique du segment S de ces souches de RCA recoupe celle des sérogroupes Bunyamwera, California et Simbu. Leur génome est constitué de deux cadres ouverts et chevauchants de lecture qui codent une protéine de la nucléocapside et une protéine non structurale. La comparaison des séquences nucléiques du segment S et de la protéine G2 des souches de RCA à celle de la souche de référence Bunyamwera NC_001927 montre une différence de 5 % à 15 % et 3,3 % à 42,2 % respectivement. Les séquences des protéines N et G2 de la souche M'Poko ArB365 ont été les plus divergentes (15 % et 42,2 % de différence respectivement). L'arbre phylogénétique construit avec les séquences de la protéine N est monophylétique tandis que celui obtenu avec les séquences de la protéine G2 ne l'est pas
The Orthobunyavirus genus is composed of segmented negative sense RNA viruses that are responsible for mild to severe human diseases. To date, no molecular studies of Bunyaviridae of the genus Orthobunyavirus from Central Africa have been reported, and their classification relies on serological testing. We have designed and evaluated four new primer pairs for amplification by RT -PCR and sequencing of the complete genomic small (S) RNA segments often Orthobunyavirus viruses isolated from Central African Republic (CAR) and pertaining to 5 different serogroups. Phylogenetic analysis showed that these 10 viroses belong to the Bunyamwera serogroup. The S segment sequences differ from those of the Bunyamwera virus reference strain by 5-15 % at the nucleotide level, and both overlapping reading frames encoding nucleocapsid (N) and non-structural (NS) protein were evident in sequenced genomes. Partial sequencing of M segment was also performed and inversely to the S fragment, the obtained phylogenetic p-ee was not monophyletic as M'Poko strain was highly divergent. This study should improve diagnosis and surveillance of African bunyaviruses

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Buisson, Olivier. "Analyse de séquence d'images haute résolution : application à la restauration numérique de films cinématographiques." La Rochelle, 1997. http://www.theses.fr/1997LAROS016.

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Abstract:

Cette thèse présente une technique de restauration numérique de films anciens. L'utilisation des technologies numériques fait disparaitre les détériorations (rayures, poussières) que la restauration traditionnelle (chimico-mécanique) ne peut effacer. La restauration numérique des films doit, en phase finale, restituer les images numériques sur films pour les diffuser à nouveau en salle. Cette restitution impose une numérisation haute résolution des images (2000 x 1500 pixels) et la réalisation de traitements spécifiques pour préserver la qualité visuelle des images cinématographiques afin de respecter cette contrainte, nous avons mis en œuvre une technique originale de restauration en deux étapes : détection préalable des détériorations puis, correction des zones détectées. La phase de détection utilise un détecteur spatial fondé sur les principes de la morphologie mathématique en niveaux de gris combiné avec un détecteur spatio-temporel basée sur l'estimation de mouvement. Pour estimer correctement les mouvements de grande amplitude des séquences d'images haute résolution, nous avons élaboré une technique d'estimation de mouvement multi-résolutions. L’originalité de cette corrélation itérative réside dans l'utilisation, pour accélérer le processus de recherche, de projections de radon. Après détection des détériorations, les zones détectées sont corrigées. Cette phase de correction utilise une technique d'interpolation polynomiale qui permet de reconstruire les basses fréquences des signaux, comme les régions homogènes et les contours. Une technique itérative d'estimation des séries de Fourier permet alors de reconstruire les hautes fréquences des textures. Ces deux phases de détection et de correction d'images cinématographiques ont été validées sur un prototype industriel.

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Romanet, Patrick. "Prédiction de la structure secondaire des protéines par analyse spectrale de la séquence d'hydrophobicité." Grenoble 1, 1999. http://www.theses.fr/1999GRE10139.

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Abstract:

Ce travail presente trois methodes de prediction de la structure secondaire des proteines par analyse spectrale de la sequence d'hydrophobicite. Une etude comparative preliminaire sur 41 echelles d'hydrophobicite ainsi que sur differentes methodes d'analyse spectrale classiques et parametriques a ete menee pour determiner l'echelle optimale et la methode spectrale la mieux adaptee a chaque type de prediction. Les parametres des methodes de prediction ont ete evalues a partir d'une base de donnees, comportant 1028 chaines peptidiques ayant moins de 25% d'homologie (223157 residus). Les trois methodes mises au point consistent en : 1) une prediction globale sur une proteine ou un segment proteique, donnant 53. 5% de bonnes predictions selon quatre conformations : helices alpha (h), feuillets beta (b), structures aleatoires (c) et helices plus feuillets (hb), 2) une prediction localisee des helices et des feuillets sans tenir compte des residus de structure aleatoire (80% de bonnes predictions selon trois conformations : h, b et hb) et 3) une prediction acide amine par acide amine (41. 75% de bonnes predictions sur trois conformations : h, b et c). Pour cette derniere methode, on peut calculer la fiabilite de prediction de chaque residu. L'introduction d'un seuil augmente la fiabilite de prediction sur un nombre reduit de residus (par exemple en fixant le seuil de prediction des helices a 70% on obtient 65. 5% de bonnes predictions sur 8. 31% des residus).

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Guardiola, Mathilde. "Convergence en conversation : La similarité linguistique comme indice d'alignement et d'affiliation." Thesis, Aix-Marseille, 2014. http://www.theses.fr/2014AIXM3067.

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Abstract:

Cette thèse questionne les manifestations de la convergence (i.e. le rapprochement entre les productions des participants) au niveau interactionnel. Pour cela, les termes d'alignement (défini en rapport avec l'activité en cours) et d'affiliation (l'expression d'un même stance par les participants) sont empruntés à l'Analyse Conversationnelle. Le corpus utilisé est le CID-Corpus of Interational Data, corpus de conversation (interaction non-contrainte, hautement coopérative et globalement symétrique).Nous interrogeons le lien entre la convergence et la similarité lexicale, grâce à l'analyse d'une collection de 300 hétéro-répétitions (recueillie grâce à un outil d'aide au repérage des répétitions). Nous proposons ensuite une analyse quantitative de l'évolution des réponses des auditeurs, puis une analyse qualitative de discours rapportés directs, phénomènes susceptibles de faire émerger de l'affiliation. Nous montrons que les hétéro-répétitions lexicales et les discours rapportés « en écho » (discours rapportés produits par l'auditeur de la narration) peuvent être utilisés (entre autres) pour exprimer l'alignement et l'affiliation, ce qui, en cas de ratification, crée les conditions propices à l'émergence d'un moment de convergence interactionnelle. Nous montrons également que ces mêmes phénomènes peuvent servir à créer le désalignement temporaire nécessaire à l'engagement dans une séquence oblique convergente. Ainsi, ce travail décrit l'établissement et le fonctionnement de séquences convergentes, à travers l'étude de phénomènes interactionnels méconnus
This thesis investigates the manifestations of convergence (i.e. the rapprochement between the participants' productions) at the level of interaction. With this aim, the terms of alignment (defined in relation to the current activity) and affiliation (display of the same stance by both participants) are borrowed from Conversation Analysis. The conversational corpus (non-constrained, highly cooperative and globally symmetrical interaction) used is the CID-Corpus of Interactional Data. Firstly, the link between convergence and lexical similarity is investigated thanks to the analysis of a collection of 300 other-repetitions (collected using a tool to assist in the detection of OR). Secondly, storytelling is studied and a quantitative analysis of the evolution of listeners' responses is proposed together with a qualitative analysis of direct reported speech phenomena, which are likely to make affiliation emerge. These analyses show that lexical other-repetitions and "echo" reported speech (reported speech which is produced by the listener of the narrative) can be used by participants to, inter alia, express alignment and affiliation, which, in case of ratification, creates the adequate conditions for the emergence of interactional convergence. The same phenomena can be used to create the temporary disalignment necessary to engage in an oblique (and potentially convergent) sequence. This work then describes the establishment and the conduct of convergent sequences through the analysis of interactional phenomena

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Knikker, Ronnie. "Analyse expérimentale de la combustion turbulente prémélangée pour la simulation aux grandes échelles." Châtenay-Malabry, Ecole centrale de Paris, 2002. http://www.theses.fr/2002ECAP0741.

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Abstract:

La simulation numérique est un outil important pour mieux comprendre et prédire les systèmes de combustion industriels, où interviennent des phénomènes physiques complexes à des échelles caractéristiques très variées. La simulation des grandes échelles (LES), où les grandes structures de l’écoulement sont calculées explicitement et l’effet des plus petites est modélisé, apparaît alors comme une approche particulièrement prometteuse. Elle nécessite Donc de disposer de modèles décrivant l’action des échelles non-résolues sur les échelles calculées. Le principal objectif de cette thèse est le développement et la validation de modèles de sous-mailles pour la simulation de la combustion turbulente prémélangée. L’étude expérimentale d’une flamme turbulente en V stabilisée derrière un obstacle a été réalisée au moyen de techniques de mesures avancées. Des visualisations du front de flamme instantané effectuées par fluorescence induite par laser ont permis l’analyse de la modélisation de sous-maille du taux de réaction. L’interaction de la flamme avec une onde acoustique a été étudiée car son mécanisme est considéré comme une étape importante dans le développement des instabilités de combustion. De larges structures cohérentes de la flamme ont été observées, ainsi que de fortes contributions du taux de réaction de sous-maille phénomènes qui doivent être reproduits par les modèles LES. Des analyses détaillées des données expérimentales ont conduit au développement d’un modèle basé sur la courbure de la flamme résolue. Ce modèle prédit une action importante du modèle de sous-maille dans les régions où le front de flamme résolu est fortement courbé, en accord avec les expériences. Un second modèle, basé sur le concept de similarité, désormais classique en modélisation pour la simulation des grandes échelles des écoulements non-réactifs, a également été proposé et testé. Un complément attractif à ce modèle a été développé par une extension originale de la théorie des fractals à là LES des écoulements réactifs. La modélisation fractale du taux de réaction de sous-maille est discutée et analysée à partir des données expérimentales. Une formulation dynamique de ce modèle a également été étudiée. Enfin, l’approche LES analysée dans ce travail a été implantées dans un code de calcul numérique existant et des premiers calculs de la configuration expérimentale ont été réalisés. Les aspects critiques de ces simulations sont discutés et les premiers résultats du modèle de similarité proposé sont comparés aux données expérimentales et à un modèle de sous-maille exitant.

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Tetley, Romain. "Analyse mixte de protéines basée sur la séquence et la structure - applications à l'annotation fonctionnelle." Thesis, Université Côte d'Azur (ComUE), 2018. http://www.theses.fr/2018AZUR4111/document.

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Abstract:

Dans cette thèse, l'emphase est mise sur la réconciliation de l'analyse de structure et de séquence pour les protéines. L'analyse de séquence brille lorsqu'il s'agit de comparer des protéines présentant une forte identité de séquence (≤ 30\%) mais laisse à désirer pour identifier des homologues lointains. L'analyse de structure est une alternative intéressante. Cependant, les méthodes de résolution de structures sont coûteuses et complexes - lorsque toutefois elles produisent des résultats. Ces observations rendent évident la nécessité de développer des méthodes hybrides, exploitant l'information extraite des structures disponibles pour l'injecter dans des modèles de séquence. Cette thèse produit quatre contributions principales dans ce domaine. Premièrement, nous présentons une nouvelle distance structurale, le RMSDcomb, basée sur des patterns de conservation structurale locale, les motifs structuraux. Deuxièmement, nous avons développé une méthode pour identifier des motifs structuraux entre deux structures exploitant un bootstrap dépendant de filtrations. Notre approche n'est pas un compétiteur direct des aligneurs flexibles mais permet plutôt de produire des analyses multi-échelles de similarités structurales. Troisièmement, nous exploitons les méthodes suscitées pour construire des modèles de Markov cachés hybrides biaisés vers des régions mieux conservées structurellement. Nous utilisons un tel modèle pour caractériser les protéines de fusion virales de classe II, une tâche particulièrement ardue du fait de leur faible identité de séquence et leur conservation structurale moyenne. Ce faisant, nous parvenons à trouver un certain nombre d'homologues distants connues des protéines virales, notamment chez la Drosophile. Enfin, en formalisant un sous-problème rencontré lors de la comparaison de filtrations, nous présentons un nouveau problème théorique - le D-family matching - sur lequel nous démontrons des résultats algorithmiques variés. Nous montrons - d'une façon analogue à la comparaison de régions de deux conformations d'une protéine - comment exploiter ce modèle théorique pour comparer deux clusterings d'un même jeu de données
In this thesis, the focus is set on reconciling the realms of structure and sequence for protein analysis. Sequence analysis tools shine when faced with proteins presenting high sequence identity (≤ 30\%), but are lack - luster when it comes to remote homolog detection. Structural analysis tools present an interesting alternative, but solving structures - when at all possible- is a tedious and expensive process. These observations make the need for hybrid methods - which inject information obtained from available structures in a sequence model - quite clear. This thesis makes four main contributions toward this goal. First we present a novel structural measure, the RMSDcomb, based on local structural conservation patterns - the so called structural motifs. Second, we developed a method to identify structural motifs between two structures using a bootstrap method which relies on filtrations. Our approach is not a direct competitor to flexible aligners but can provide useful to perform a multiscale analysis of structural similarities. Third, we build upon the previous methods to design hybrid Hidden Markov Models which are biased towards regions of increased structural conservation between sets of proteins. We test this tool on the class II fusion viral proteins - particularly challenging because of their low sequence identity and mild structural homology. We find that we are able to recover known remote homologs of the viral proteins in the Drosophila and other organisms. Finally, formalizing a sub - problem encountered when comparing filtrations, we present a new theoretical problem - the D-family matching - on which we present various algorithmic results. We show - in a manner that is analogous to comparing parts of two protein conformations - how it is possible to compare two clusterings of the same data set using such a theoretical model

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Chernyshova, Elizaveta. "Expliciter et inférer dans la conversation : modélisation de la séquence d’explicitation dans l’interaction." Thesis, Lyon, 2018. http://www.theses.fr/2018LYSE2132/document.

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Abstract:

Cette thèse porte sur la co-construction de la signification en interaction et les manifestations des processus interprétatifs des participants. En s’intéressant au processus d’explicitation, c’est-à-dire le processus par lequel un contenu informationnel devient explicite dans la conversation, elle propose une étude pluridimensionnelle de la séquence conversationnelle en jeu dans ce processus. La co-construction de la signification est ici abordée comme relevant d’une transformation informationnelle et de l’inférence.Nos analyses ont porté sur un corpus de français parlé en interaction, en contexte de repas et apéritifs entre amis. A partir d’une collection de séquences d’explicitation, définies comme des configurations dans lesquelles une inférence estsoumise à validation, ce travail propose une analyse multidimensionnelle, portant un double regard sur les données : celui de l’analyse conversationnelle et celui d’une modélisation de la pratique d’explicitation. Ainsi, nous proposons de parcourir cettepratique selon trois axes d’analyse : (a) une analyse séquentielle, s’intéressant au déploiement de la séquence d’explicitation et des éléments la composant, (b) une analyse reposant sur une modélisation de la gestion informationnelle dans cetteséquence, et (c) une analyse des formats linguistiques employés pour l’exhibition du processus inférentiel. Un des enjeux de ce travail l’élaboration d’un modèle conversationnaliste pour la gestion informationnelle et son application à l’analyse desdonnées de langue parlée en interaction
This dissertation deals with the co-construction of meaning in interaction and the ways in which conversationalists exhibit their interpretative processes. The focus of this study is the process of explicitation, i.e. the process through which an informational content becomes explicit in conversation. By offering a multi-level analysis of conversational sequences engaged in this practice, the study approaches the co-construction of meaning from the point of view of informational transformation and inference.The analyses presented here have been conducted on a corpus of spoken French in interaction, within the setting of informal encounters between friends around a meal or a drink. The explicitation sequence is defined as a conversational pattern where an inference is being submitted for confirmation. Starting from a collection of these sequences, this study offers a twofold approach: that of conversation analysis, and that of modeling of the conversational sequence. The practice of making a content explicit is here being explored according to three analytical lines: (a) the sequential analysis, focusing on the deployment of the explicitation sequence and its components; (b) the analysis according to a device elaborated by means of modeling information management in these sequences; and (c) the analysis of the linguistic designs used when exhibiting the inference. One of themain challenges of the present study is that of a proposition of a conversationalist model, dealing with information management and its enforcement through analysis of talk in interaction

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Abbadi, Abdelilah. "Synthèse et analyse conformationnelle de tripeptides dérivés de la séquence signal Asn-Xxx-Ser codant pour la N-glycosylation des protéines." Vandoeuvre-les-Nancy, INPL, 1988. http://www.theses.fr/1988NAN10058.

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Sidibe, Assitan. "Effet de ligands de G-quadruplexes sur la séquence terminale des télomères." Paris, Muséum national d'histoire naturelle, 2012. http://www.theses.fr/2012MNHN0017.

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Abstract:

Les télomères sont des complexes nucléoprotéiques situés à lʼextrémité des chromosomes. Le rôle des télomères dans la protection du génome, et leur implication dans la sénescence et le cancer en font une cible privilégiée dans la lutte contre le cancer. Une stratégie originale consiste à bloquer lʼaccès de lʼextrémité télomérique aux protéines nécessaires à sa réplication et à sa stabilité comme par exemple la télomérase qui est activée dans 85% des cancers ou les protéines POT1 et TRF2 qui protègent lʼextrémité télomérique. A cause de la répétition en guanines du brin G, lʼextrémité des télomères peut former des structures en quadruplexes de guanines (G- quadruplexes) dont la stabilisation par des ligands spécifiques (Ligands G4) bloque la réplication des télomères et altère son intégrité. Le traitement de cellules tumorales par des ligands G4 provoque une dysfonction télomérique associée à une dissociation des protéines POT1 et TRF2 et conduit à une apoptose ou une sénescence des cellules. Lʼanalyse de la séquence terminale de lʼextrémité télomérique par la méthode STELA (Single Telomere Length Analysis) montre que la séquence terminale du brin C se termine majoritairement par la séquence ATC-5ʼ. La protéine POT1 est responsable de la résection du brin C des télomères en recrutant une exo- nucléase capable de créer le substrat simple-brin pour la télomérase. La déplétion de POT1 par ARN interférence provoque une dérégulation de la terminaison du brin C. Nous avons étudié au cours de notre travail lʼeffet de ligands G4 sur la séquence terminale du brin C télomérique au niveau des télomères du chromosome XpYp et au niveau de lʼensemble des télomères en utilisant une modification de la technique de STELA. Nos résultats montrent quʼune faible concentration des dérivés de la série des pyridines dicarboxamides provoque un effet mineur mais significatif au niveau de la séquence terminale des télomères XpYp et au niveau de lʼensemble des télo- mères dans la lignée HT1080. Au contraire, une concentration plus importante ne modifie pas la séquence terminale du brin C dans les cellules HT1080, A549 et HeLa, mais induit un stress réplicatif. Lʼeffet modeste de ces ligands sʼexplique par une activité de dissociation incomplete de la protéine POT1 des télomères comparativement à sa déplétion par ARN interférence. En effet, nous avons également montré que la déplétion quasi complète de POT1 par shARN induit une randomisation de la séquence terminale du brin C
The role of telomeres in protecting the genome, and their involvement in senescence and cancer make them a prime target in the fight against cancer. An original strategy is to block the access of proteins to the telomeric end necessary for replication and stability, such as telomerase which is activated in 85% of cancers or TRF2 and POT1, proteins that protect the telomeric end. Because of the guanine repetition on the G strand, telomeric ends can form quadruplex structures in guanine (G-quadruplexes) whose stabilization by specific ligands (G4 ligands) blocks the replication of telomeres and alters its integrity. Treatment of tumor cells with G4 ligands causes a dysfunction associated with the dissociation of telomeric proteins POT1 and TRF2 and leads to apoptosis or cell senescence. The analysis of the telomeric end terminal sequence by the STELA method (Single Telomere Length Analysis) shows that the C-terminal sequence of the strand ends mainly by the sequence ATC-5 ʼ. POT1 protein is responsible for the resection of the C strand of telomeres by recruiting an exonuclease capable of creating a single-stranded substrate for telomerase. Depletion of POT1 by RNA interference causes a deregulation of the C strand end. We studied in our work the effect of G4 ligands on the terminal sequence of the telomeric C strand at the telomere of chromosome XpYp and at all telomeres using a modification of the technique of STELA. Our results show that a low concentration of derivatives of the pyridine dicarboxamides series causes a minor but significant effect on the terminal sequence of XpYp telomeres and of all telomeres in HT1080 cell line. On the contrary, a higher concentration does not alter the C strand termination in HT1080, A549 and HeLa cells but induces a replicative stress. The modest effect of these ligands can be explained by an incomplete activity of dissociation of the protein POT1 of telomeres compared to its depletion by RNA interference. Indeed, we also showed that the nearly complete depletion of POT1 by shRNA randomizes the terminal sequence of the C strand

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Thomarat, Fabienne. "Analyse phylogénétique du génome complet de la microsporidie Encephalitozoon cuniculi." Lyon 1, 2002. http://www.theses.fr/2002LYO10072.

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Abstract:

Les microsporidies sont des eucaryotes unicellulaires, parasites intracellulaires obligatoires de nombreux animaux et prostites. Dépourvues de mitochondries, elles ont longtemps été considérées comme des eucaryotes primitifs ayant divergé avant l'endosymbiose à l'origine des mitochondries, en accord avec les premières phylogénies moléculaires. Mais de nouvelles phylogénies moléculaires et la découverte d'un gène d'origine mitochondriale dans leur génome, suggèrent qu'elles sont en réalité des champignons ayant évolué plus rapidement que les autres eucaryotes, peut-être en raison de leur mode de vie parasitaire. L'accélération de leur vitesse d'évolution aurait entraîné leur positionnement à la base des eucaryotes dans certains arbres en raison d'un artefact méthodologique, le phénomène d'attraction des longues branches. Le séquençage du génome complet de la microsporidie Encephalitozoon cuniculi (Katinka et al. , Nature 2001) nous a permis d'étudier son histoire évolutive à l'aide de méthodes phylogénétiques. Nous avons montré que plusieurs gènes présents dans ce génome proviennent du génome mitochondrial, confirmant la présence passée de mitochondries. La majorité des proteines codées par ces gènes sont typiquement impliquées dans une même fonction essentielle des mitochondries. Ce résultat a contribué à l'hypothèse émise par Katinka et al. De l'existence chez les microsporidies d'un organite résiduel dérivé de E. Cuniculi a été réalisée. Certaines soutiennent sa proche parenté avec les champignons, mais la majorité la place à la base des eucaryotes. L'accélération de la vitesse d'évolution de ces proteines semble l'un des paramètres majeurs expliquant ce résultat

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Zhang, Xu. "Analyse de la similarité du code source pour la réutilisation automatique de tests unitaires à l'aide du CBR." Thesis, Université Laval, 2013. http://www.theses.ulaval.ca/2013/29841/29841.pdf.

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Abstract:

Réutiliser les tests unitaires automatiquement est une solution pour faciliter le travail de certains développeurs. Dans notre recherche, nous proposons une ébauche de solution en utilisant le raisonnement à base de cas (Case Based reasoning - CBR) issu du domaine de l’intelligence artificielle. Cette technique tente de trouver le cas le plus similaire dans une base de cas pour ensuite, après modifications, le réutiliser pour résoudre un nouveau problème. Nos travaux de recherche se concentrent sur l’analyse de la similarité du code dans l’optique de réutiliser des tests unitaires. Nous porterons donc une attention particulière à l’élaboration d’une technique de comparaison des classes adaptées au contexte des tests. Plus précisément, dans ce mémoire, nous aborderons les questions suivantes: 1. Trouver la classe la plus similaire dans le but de réutiliser ses tests unitaires (travaux principaux); 2. Trouver les méthodes similaires entre les deux classes similaires; 3. Chercher les tests réutilisables en fonction de la similarité des méthodes de ces deux classes. Pour ce faire, nous mènerons des expérimentations afin de trouver les meilleures attributs (caractéristiques) permettant de comparer deux classes. Ces attributs doivent être choisis en considérant le contexte particulier des tests qui ne sont pas les mêmes que pour, par exemple, détecter du code dupliqué. Cette recherche nous permet de proposer un premier algorithme d’analyse de la similarité des classes qui fonctionne assez bien dans le contexte de notre expérimentation. Nous avons également étendu le processus à la sélection et la réutilisation de tests à l’aide d’une technique simple permettant de vérifier que l’algorithme d’analyse de similarité des classes peut potentiellement fonctionner et s’intégrer à un processus complet. Nos travaux montrent qu’il est possible de réutiliser des tests unitaires, bien que l’algorithme reste à être améliorer. Nous proposons d’ailleurs plusieurs pistes à ce sujet.
Automatically reusing unit tests is a possible solution to help developers with their daily work. Our research proposes preliminary solutions using case base reasoning (CBR), an approach coming from artificial intelligence. This technique try to find the most similar case in a case base to reuse it after some modifications against some new problems to solve. Our works focus on the similarity analysis of a program code with the goal of reusing unit tests. Our main focus will be on the elaboration of a technique to compare classes in the test context. To be more precise, in the thesis, we will discuss: 1. How to find the most similar class for which it will be possible to reuse its tests (main focus); 2. How to find similar methods between the new class and the most similar one; 3. Find which test could be reused considering the similarity of the methods. To achieve this, we will run some experiments to find the bests attributes (characteristics) to compare two classes. Those attributes must be chosen considering the specific context of testing. For example, those characteristics are not the same as for finding duplicated code. This research propose an algorithm to analyze the similarity of classes. Our experiment shows that this algorithm works quite well in the context of the experiment. We also extended the experiment to see if it could possibly work within the whole process of selection and reuse of unit tests. We did this by using some simple techniques that could certainly be refined. In fact, our works demonstrate that it is possible to reuse unit tests despite the fact that our algorithm could be perfected and we suggest some improvements about it.

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Verdier, Yann. "Sélection, identification et caractérisation partielle d'antigènes du spermatozoïde du renard (Vulpes vulpes) en vue de leur utilisation dans un vaccin contraceptif." Nancy 1, 2002. http://docnum.univ-lorraine.fr/public/SCD_T_2002_0307_VERDIER.pdf.

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Bornot, Aurélie. "Analyse et prédiction de la relation séquence - structure locale et flexibilité au sein des protéines globulaires." Phd thesis, Université Paris-Diderot - Paris VII, 2009. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00583885.

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Abstract:

La prédiction in silico de la structure tridimensionnelle d'une protéine à partir de sa séquence en acides aminés constitue un défi scientifique d'intérêt majeur. Il est à présent admis que les structures protéiques peuvent être décrites à partir d'un répertoire limité de structures locales récurrentes. Cette observation a conduit au développement de techniques de prédiction de la structure 3D par assemblage de fragments. Ces techniques sont aujourd'hui parmi les plus performantes. Dans ce contexte, la prédiction des structures locales constitue une première étape vers la prédiction de la structure 3D globale d'une protéine. Mon travail de thèse porte principalement sur l'étude des structures protéiques locales à travers deux thèmes : (i) la prédiction des structures locales à partir de la séquence et (ii) l'analyse de la prédictibilité des structures locales en fonction de la flexibilité des structures protéiques. Ces études reposent sur une bibliothèque de 120 fragments chevauchants de 11 résidus de long précédemment développée au sein du laboratoire. Une méthode de prédiction des structures locales à partir de la séquence avait également été mise en place et permettait d'obtenir un taux de prédiction correct de 51 %. La prise en compte de données évolutionnaires couplée à l'utilisation de Machines à Vecteurs de Support a permis d'améliorer la prédiction des structures locales jusqu'à 63 % de prédiction correctes. De plus, un indice de confiance permettant d'évaluer directement la qualité de la prédiction et ainsi d'identifier les régions plus ardues à prédire a été mis au point. Par ailleurs, la structure des protéines n'est pas rigide. Ainsi, j'ai étendu notre analyse à l'étude la prédictibilité structurale des séquences d'acides aminés en fonction de leur flexibilité structurale au sein des protéines. Une analyse des propriétés dynamiques des structures locales a été menée en s'appuyant sur (i) les B-facteurs issus des expériences de cristallographie et (ii) les fluctuations du squelette polypeptidique observées lors de simulations de dynamique moléculaire. Ces analyses de la relation flexibilité-structure locale ont conduit au développement d'une stratégie de prédiction originale de la flexibilité à partir de la séquence. Nos différentes approches constituent une première étape vers la prédiction de la structure tridimensionnelle globale d'une protéine.

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Foglino, Maryline. "L' aminopeptidase d'Escherichia coli : séquence nucléotidique du gène PEPN et analyse fonctionnelle de sa région régulatrice." Aix-Marseille 2, 1987. http://www.theses.fr/1987AIX22012.

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Abstract:

Le gene pepn codant pour l'aminopeptidase n d'escherichia coli a ete entierement sequence. L'extremite s' du messager a ete localisee par cartographie a la nuclease s1 et l'extremite 3' par des experiences de "northern blot". Le gene pepn est soumis a des controles multiples s'exercant a un niveau pretraductionnel. Des deletions dans la region promoteur ont ete construites "in vitro" et les differentes constructions ont ete reinserees sur le chromosome d'e. Coli au locus mal pq afin d'etudier leur effet "in vivo" sur l'expression du promoteur pepn. Les auteurs proposent un modele permettant d'expliquer la regulation de l'expression pepn par le taux de pi. Pepn et pncb sont deux genes divergents dont les promoteurs sont distants de 160 paires de base. Ils ont montre que la partie centrale de la region regulatrice situee entre ces deux promoteurs joue un role dans leur expression et leur regulation

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Joly, Alexis. "Recherche par similarité statistique dans une grande base de signatures locales pour l'identification rapide d'extraits vidéo." La Rochelle, 2005. http://www.theses.fr/2005LAROS144.

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Abstract:

Le domaine de l'indexation vidéo par le contenu s'intéresse à l'ensemble des techniques utiles pour analyser et exploiter des stocks de vidéos sans passer par des descriptions textuelles extérieures aux documents dont on dispose. Plus particulièrement, les travaux de cette thèse traitent du problème de la détection de copies basée sur le contenu. Pour résoudre conjointement les problèmes de qualité et de rapidité de la détection, liés à l'augmentation de la taille du catalogue de référence, nous avons proposé une méthode complète et efficace. Celle-ci tient compte à la fois des aspects traitement de l'image, des aspects base de données et de leurs interactions. La première partie du mémoire est consacrée à la présentation du contexte particulier de la détection de copies en vidéo et aux signatures utilisées pour caractériser le contenu des vidéos. L'originalité de notre approche est qu'elle est basée sur l'utilisation conjointe de signatures locales et d'une mesure de similarité globale calculée après la recherche des signatures similaires dans la base. Cette mesure globale n'est pas un simple vote comme dans les approches classiques car elle est précédée d'une étape de recalage originale entre l'objet candidat et les objets retournés par la recherche dans la base. La deuxième partie présente le coeur théorique du travail. Il s'agit d'une nouvelle méthode d'indexation et de recherche de descripteurs numériques s'intégrant dans le cadre de la recherche par similarité approximative. Il a en effet récemment été montré qu'une faible perte contrôlée dans la qualité des résultats de la recherche pouvait permettre des accélérations importantes du temps de recherche. Le principe de la technique présentée est d'étendre ce paradigme à la recherche à -près, contrairement aux autres approches qui s'intéressent uniquement à la recherche approximative des K plus proches voisins. L'originalité est de déterminer les régions pertinentes de l'espace selon un modèle théorique des distorsions que subissent les descripteurs, par des requêtes dites statistiques. Seule une portion de l'espace donnant une probabilité forte et contrôlée de trouver la réponse cherchée est visitée. Celle-ci est déterminée par une courbe de Hilbert et la partition qu'elle induit, simplifiant ainsi fortement l'accès à la base de descripteurs. L'évaluation expérimentale de la technique a montré que celle-ci est sous-linéaire avec un comportement asymptotique linéaire (mais que l'on observe que pour des tailles de base énormes) et que les performances en qualité sont stables. Il est également montré que les requêtes statistiques apportent une accélération conséquente par rapport aux requêtes à -près exactes. La troisième partie est consacrée à l'évaluation du système dans son ensemble et à la présentation de trois applications. Les expérimentations ont tout d'abord montré que le modèle théorique, bien que simple, permet un contrôle suffisant de la probabilité de retrouver un descripteur dans la pratique. Elles ont ensuite montré que la recherche approximative des descripteurs était particulièrement rentable lorsque l'on utilise des signatures locales puisque la perte de certains descripteurs n'influencent que très peu la qualité globale de la détection tout en accélérant fortement la recherche. Il a enfin été montré que la méthode globale était quasiment invariante à de très fortes augmentations de la quantité de vidéos dans la base (jusqu'à trois ordres de grandeur). L'approche proposée a été complètement intégrée et validée dans un système applicatif réel dont l'ampleur est sans précédent (le catalogue de référence contient jusqu'à 40 000 heures de vidéo, soit 500 fois plus que la moyenne des quantités utilisées dans l'état de l'art). Cela a soulevé des questionnements relatifs à l'utilisation des résultats issus de catalogues de référence aussi volumineux et d'envisager des pistes pour en extraire des informations de nature sémantique
Content-based video indexing deals with techniques used to analyse and to exploit video databases without needs of any additional textual description. The work presented in this report is focused more precisely on content-based video copy detection, which is one of the emerging multimedia applications for which there is a need of a concerted effort from the database community and the computer vision community. To overcome the difficulties due to the use of very large databases, both in terms of robustness and speed, we propose a complete original and efficient strategy. The first part of this report presents the particular context of copy detection and the signatures used to describe the content of the videos. The originality of our method is that it is based both on local signatures and on a global similarity measure computed after the search in the signatures database. This similarity measure is not only a vote like other classical local approaches but it includes a registration step between candidate objects and objects retrieved by the search. The second part presents the main contribution of the thesis: A new indexing and retrieval technique belonging to the approximate similarity search techniques family. Recent works shows that trading quality for time can be widely profitable to speed-up descriptors similarity search. Whereas all other approximate techniques deal with K Nearest Neighbors search, the principle of our method is to extend the approximate paradigm to range queries. The main originality consists in determining relevant regions of the space according a theoritical model for the distortions undergone by the signatures. The method allows to determine the optimal region of the space with a high controlled probability to contain the good answer. This search paradigm is called statistical query. In practice, to simplify the access to signatures, the relevant regions are determined by using an Hilbert space filling curve and the space partition that induces. The experiments show that the technique is sublinear in database size with an assymptotically linear behavior (but only for huge databases) and that the quality performances are stable. Furthermore, they highlight that statistical queries provide a very high speed-up compared to classical exact range queries. The third part is focused on the global system assessment and the description of three applications. The experiments show that the simple theoretical distortion model is efficient enough to control the effective probability to retrieve a descriptor. They also point out that approximate similarity search is particularly profitable when using local signatures since the lost of some search results does not affect the global robustness of the detection. Furthermore, the detection results are almost invariant to strong database size growing (three orders of magnitude). The proposed approach was integrated in a difered real-time TV monitoring system which is able to control 40 000 hours of videos. The high quantity and variability of the results of this system open new data mining perspectives

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Meng, Arnaud. "Étude de la symbiose dans le plancton marin par une approche transcriptome et méta-transcriptome." Thesis, Paris 6, 2017. http://www.theses.fr/2017PA066478/document.

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Abstract:

Les relations symbiotiques entre organismes sont essentielles pour l’évolution de la bio- diversité et le fonctionnement des écosystèmes. En milieu terrestre ou en milieu marin benthique les symbioses sont assez bien décrites. Si dans le plancton marin, les relations entre hôtes hétérotrophes et symbiontes photosynthétiques sont des phénomènes observés dès le 19ème siècle, les mécanismes fonctionnels qui régissent ces symbioses restent largement inconnus. C’est le cas de la symbiose entre certaines espèces de radiolaires et leurs symbiontes dinoflagellés. Il s’agit d’un modèle symbiotique, composé de deux unicellulaires eucaryotes, sur lequel je me suis concentré au cours de cette thèse. Ces deux organismes sont connus pour être largement répandus dans les océans et pour leur importance au sein des écosystèmes marins, et il est donc important de mieux caractériser ces symbioses afin d’approfondir nos connaissances de ces organismes. Grâce aux technologies de séquençage haut-débit il est désormais possible d’obtenir, pour ces organismes non cultivables mais isolés depuis l’environnement, une quantité sans précédent d’information génomique. Ces approches représentent une opportunité de décrypter les mécanismes à l’oeuvre dans ces interactions symbiotiques. Mon travail de thèse a combiné la création d’outils bioinformatiques dédiés à l’analyse de données de transcriptomique des holobiontes de radiolaires et dinoflagellés et l’étude de ce modèle de symbiose. Ce travail de doctorat contribue à une meilleure compréhension des mécanismes d’adaptation fonctionnelle et évolutive des organismes photosymbiotiques marins
Symbiotic associations between organisms are essentials in biodiversity evolution and ecosystems functioning. In terrestrial environments or in the benthic marine environment, the symbioses encountered are fairly well described and studied. In the marine plankton, photosymbioses are phenomena described and observed since the 19th century. However, if the actors of these associations begin to be identified, the fundamental functional mechanisms for the establishment and the maintenance of these symbioses remain largely unknown. This is particularly true for the symbiotic association between symbiotic radiolarians and their dinoflagellate photosymbionts, two unicellular eucaryotes, which I was interested in during this thesis. These two organisms are known to be widespread in the oceans and for their key role in marine ecosystems, and it is therefore important to characterize these symbiotic events in order to deepen our knowledge of these organisms. Thanks to high-throughput sequencing technologies it is now possible to obtain an unprecedented amount of data for these unicellular organisms that are not cultivable and need to be directly isolated from the environment. These new technologies represent a unique opportunity to better characterized the mechanisms involved in these intimate cellular interactions. My Ph.D. work has combined the implementation of bioinformatics protocols and tools dedicated to the assembly and analysis of RNA-seq data as well as to the study of holobiont transcriptomes of radiolarians and dinoflagellates. This thesis contributes to a better understanding of the mechanisms of functional and evolutionary adaptation of marine photosymbiotic organisms

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Cayèré, Cécile. "Modélisation de trajectoires sémantiques et calcul de similarité intégrés à un ETL." Electronic Thesis or Diss., La Rochelle, 2022. http://www.theses.fr/2022LAROS042.

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Abstract:

Cette dernière décennie, nous avons pu constater une montée en popularité des applications mobiles basées sur la localisation des téléphones. Ces applications collectent des traces de mobilité qui retracent le déplacement des utilisateurs au cours du temps. Dans le projet régional DA3T, nous faisons l’hypothèse que l’analyse des traces de mobilité de touristes peut aider les aménageurs dans la gestion et la valorisation des territoires touristiques. L’objectif est de concevoir des méthodes et des outils d’aide à l’analyse de ces traces. Cette thèse s’intéresse au traitement des traces de mobilité et propose une plateforme modulaire permettant de créer et d’exécuter des chaînes de traitement sur ces données. Au fil des modules d’une chaîne de traitement, la trace de mobilité brute évolue en trajectoires sémantiques. Les contributions de cette thèse sont : (i) un modèle de trajectoire sémantique multi-niveau et multi-aspect et (ii) deux mesures calculant la similarité entre deux trajectoires sémantiques s’intéressant aux dimensions spatiales, temporelle et thématique. Notre modèle (i) est utilisé comme modèle de transition entre les modules d’une chaîne de traitement. Nous l’avons mis à l’épreuve en instanciant des trajectoires sémantiques issues de différents jeux de données de domaines variés. Nos deux mesures (ii) sont intégrées à notre plateforme comme modules de traitement. Ces mesures présentent des originalités : l’une est la combinaison de sous-mesures, chacune permettant d’évaluer la similarité des trajectoires sur les trois dimensions et selon trois niveaux de granularité différents, l’autre est la combinaison de deux sous-mesures bidimensionnelles centrées autour d’une dimension en particulier. Nous avons évalué nos deux mesures en les comparant à d’autres mesures et à l’avis de géographes
Over the last decade, we have seen a rise in popularity of mobile applications based on phone location. These applications collect mobility tracks which describe the movement of users overtime. In the DA3T regional project, we hypothesise that the analysis of tourists’ mobility tracks can help planners in the management and enhancement of tourist areas. The objective is to design methods and tools to help analyse these tracks. This thesis focuses on the processing of mobility tracks and proposes a modular platform for creating and executing processing chains on these data. Throughout the modules of a processing chain, the raw mobility track evolves into semantic trajectories. The contributions of this thesis are: (i) a multi-level and multi-aspect semantic trajectory model and (ii) two measures that compute the similarity between two semantic trajectories along spatial, temporal and thematic dimensions. Our model (i) is used as a transition model between modules of a processing chain. We tested it by instantiating semantic trajectories from different datasets of various domains. Our two measures (ii) are integrated in our platform as processing modules. These measures present originalities: one is the combination of sub-measures, each allowing to evaluate the similarity of trajectories on the three dimensions and according to three different levels of granularity, the other is the combination of two bidimensional sub-measures centred around a particular dimension. We evaluated our two measures by comparing them to other measures and to the opinion of geographers

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Cabestaing, François. "Détection de contours en mouvement dans une séquence d'images : conception et réalisation d'un processeur câblé temps-réel." Lille 1, 1992. http://www.theses.fr/1992LIL10010.

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Abstract:

Dans ce travail, nous présentons la conception et la réalisation d'un processeur spécifique dédié à l'analyse de scènes dynamiques: le STREAM, Système Temps-Réel d'Extraction et d'Analyse du mouvement. Ce processeur permet la détection en temps-réel des contours de tous les objets en mouvement se déplaçant dans une scène observée par une caméra fixe. Nous avons évalué l'efficacité de plusieurs algorithmes permettant d'extraire d'une séquence d'images les contours des objets en mouvement, en adaptant au cas des contours mobiles divers critères de comparaison utilisés en traitement d'images statiques. Cette étude nous a permis de sélectionner la méthode de détection la plus adaptée au traitement de scènes réelles. L'algorithme retenu a été partitionné en opérateurs simples qui ont été implantés sur une série de cartes électroniques communicant par l'intermédiaire de liens vidéo numériques. L'efficacité du processeur STREAM a été vérifiée dans le cadre de deux expérimentations liées à l'amélioration de la sécurité dans les systèmes de transport en commun de voyageurs

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Tourancheau, Alan. "Analyse bio-informatique de données de séquençage de nouvelle génération pour l'étude transcriptomique d'enzymes du métabolisme." Doctoral thesis, Université Laval, 2016. http://hdl.handle.net/20.500.11794/27295.

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Abstract:

Les UDP-glucuronosyltransférases (UGT), enzymes catalysant la réaction de glucuronidation, sont impliquées dans le métabolisme de nombreux substrats endogènes (p. ex. bilirubine et hormones stéroïdiennes) et exogènes (p. ex. agents anticancéreux et médicaments d’autres classes) grâce à leur expression, entre autres, dans les tissus du métabolisme des médicaments tels que le foie, les reins et le tractus gastro-intestinal. Ainsi, une vue d’ensemble et détaillée du transcriptome des UGT humaines apparait comme une condition importante à l’établissement de la signature métabolique d’un individu. Dans le cadre de mon projet de recherche de doctorat, nous avons mis à jour le transcriptome des dix gènes UGT humains dans des tissus normaux et tumoraux du métabolisme par séquençage de nouvelle génération d’ARN ciblés (Capture-Seq). Pour cela, des tissus de foie, de rein, d’intestin et de côlon ainsi que des tissus d’endomètre, de sein et de prostate ont été analysés. Après alignement sur le génome de référence humain (hg19), 234 nouveaux évènements d’épissage ont été identifiés. Tous les transcrits codants pour les enzymes UGT1 et UGT2 déjà connues ont été observés, ainsi que plus de 130 nouveaux transcrits présentant des structures variables et des fonctions biologiques potentiellement diverses. Ainsi, nos travaux révèlent que l’ensemble des gènes UGT est sujet à l’épissage alternatif. Ces résultats ont permis de proposer une structure génomique révisée des locus UGT ainsi que d’établir le vaste répertoire des transcrits pour chaque gène UGT dans les tissus étudiés. Enfin, l’ensemble du transcriptome des gènes UGT a été quantifié dans les principaux tissus du métabolisme des médicaments. Les résultats indiquent que les transcrits alternatifs représentent une part non négligeable et très variable du transcriptome UGT, c’est-à-dire de 6 à 100 % de l’expression génique, et qu’ils sont exprimés de façon tissu spécifique. De plus, ces données suggèrent un remodelage du transcriptome UGT en présence de néoplasie pouvant affecter la capacité de glucuronidation tumorale comparativement au tissu sain. Le programme complexe d’épissage alternatif régulant l’expression et la fonction des protéines alternatives UGT jouerait un rôle important dans la détermination de la capacité de détoxification d’un organe, affectant potentiellement la réponse aux médicaments et à d’autres composés éliminés par cette voie métabolique. La connaissance approfondie du transcriptome des UGT est cruciale afin de mieux comprendre les éléments fonctionnels des locus UGT et d’établir leur rôle dans le métabolisme des médicaments et dans la réponse à divers composés endogènes.
UDP-glucuronosyltransferases (UGT) catalyze the reaction of glucuronidation. These enzymes are involved in the metabolism of many endogenous (e.g. bilirubin and steroid hormones) and exogenous substrates (e.g. many anticancer agents and drugs of other classes). They are expressed, among others, in the tissues of drug metabolism of such as the liver, kidneys and gastrointestinal tract tissues. A comprehensive and detailed view of the human UGT transcriptome emerges as a key condition for the establishment of the metabolic signature of an individual. As part of my PhD research project, we uncover the transcriptome landscape of the 10 human UGT gene loci in normal and tumoral metabolic tissues by targeted RNA next-generation sequencing (Capture-Seq). For this, liver tissues, kidney, small intestine and colon as well as endometrial tissues, breast and prostate were analyzed. Alignment on the human hg19 reference genome identifies 234 novel exon-exon junctions. We recover all previously known UGT1 and UGT2 enzyme-coding transcripts and identify over 130 structurally and functionally diverse novel UGT variants. Our work establish for the first time that all UGT genes are subject to alternative splicing. We further expose a revised genomic structure of UGT loci and provide a comprehensive repertoire of transcripts for each UGT gene. Finally, the entire transcriptome of UGT genes was quantified in the major drugs metabolism tissues (liver, kidney and intestine). The results indicate that alternative transcripts represent a significant part of the UGT transcriptome varying from 6-100% of UGT gene expression. Data also uncover a remodelling of the UGT transcriptome occurring in a tissue- and tumor-specific manner. The complex alternative splicing program regulating UGT expression and protein functions is likely critical in determining detoxification capacity of an organ and stress-related responses, with significant impact on drug responses and diseases.

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Kachi-Akkouche, Djemaa. "Une approche géométrique pour l'analyse d'une séquence d'images monoculaires." Compiègne, 1996. http://www.theses.fr/1996COMP878S.

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Abstract:

La géométrie projective est un puissant formalisme à potentiel très riche pour l'analyse et la résolution des problèmes liés à la vision par ordinateur. Le travail réalisé s'inscrit dans le cadre de l'analyse d'une séquence d'images monoculaires obtenues par déplacements d'une caméra dans une scène polyédrique. Notre approche est une technique d'auto-calibration qui ne nécessite aucune connaissance a priori concernant la caméra et l'environnement dans lequel elle se déplace. Pour la mise en correspondance des segments de droites entre deux images d'une même séquence, nous avons adopté une méthode originale basée sur le calcul des invariants projectifs. Chaque segment de droite de l'image est représenté, de façon unique, par une paire de paramètres invariants. Ces paramètres sont inchangés par les différentes transformations projectives provoquées par le mouvement de la caméra. Nous rapportons ainsi le problème de l'appariement du plan image à l'espace des paramètres invariants. Par cette approche, nous montrons une réelle utilisation des invariants projectifs dans la résolution du problème de la mise en correspondance des segments de droites. Pour l'estimation des paramètres intrinsèques de la caméra ainsi que son mouvement, nous exposons dans un cadre projectif la correspondance entre les images d'un plan, qui est une simple homographie. Nous établissons, par la suite, une relation linéaire entre l'homographie et la matrice fondamentale. Cette matrice est directement liée aux caractéristiques et au mouvement de la caméra. D’un point de vue pratique, nous examinons des méthodes numériques permettant de calculer l'homographie et la matrice fondamentale à partir des primitives mises en correspondance. De nombreux résultats pratiques, simulations et exemples réels, complètent ce travail

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Deret, Sophie. "Analyse des particularités structurales des chaînes isolées d'immunoglobulines monoclonales responsables de complications rénales et multiviscérales." Poitiers, 1997. http://www.theses.fr/1997POIT2353.

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Abstract:

La reponse immunitaire a mediation humorale se traduit par la production d'immunoglobulines (ig) dont la diversite de structure leur permet de se lier a un tres grand nombre de determinants antigeniques. Cependant, la production d'ig peut avoir des consequences pathologiques. Ce travail concerne les complications renales et multiviscerales dues a la production d'une sous-unite d'ig monoclonale dans des contextes de maladies immunoproliferatives. Nous avons etudie les particularites structurales de chaines d'ig responsables de la maladie de depots de chaines legeres d'ig (lcdd), et de chaines legeres d'ig responsables de l'atteinte tubulaire proximale, ou syndrome de fanconi. Le developpement d'un programme informatique a permis d'extraire les donnees des sequences d'ig contenues dans une banque de reference (kabat), mais aussi de traiter de nouvelles sequences (determination du sous-groupe de variabilite). L'alignement des sequences pathogenes avec celles de la banque kabat et celles de la banque de chaines legeres monoclonales isolees etablie par f. Stevens, a permis de reperer des residus particuliers. Nous avons construit des modeles des domaines variables des chaines legeres pathogenes, par modelisation moleculaire par homologie et cristallographie, pour comprendre l'implication de tels residus au niveau tridimensionnel. Dans la lcdd, les chaines legeres appartenant au sous-groupe de variabilite vi sont toutes issues de l'allele l12a du gene l12. L'analyse des modeles revele l'exposition au solvant de residus hydrophobes inhabituels au niveau des cdr. Elle suggere que des interactions hydrophobes jouent un role dans leur precipitation tissulaire. Les chaines legeres responsables du syndrome de fanconi caracterise par des inclusions cristallines sont toutes issues du gene o2/o12. De plus, elles possedent un acide amine hydrophobe ou non polaire expose au solvant au niveau du cdr-l1 ou cdr-l3. La plupart des chaines legeres responsables du syndrome de fanconi resiste a la proteolyse par la cathepsine b sauf l'une d'entre elles qui presente un residu basique tres accessible au solvant qui pourrait faciliter la coupure par cette enzyme. L'analyse structurale des chaines legeres monoclonales permet d'elaborer des hypotheses concernant les mecanismes de leur toxicite tissulaire.

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Penaud, Stéphanie. "Analyse de la séquence génomique et Etude de l'adaptation à l'acidité de L. delbrueckii ssp. bulgaricus ATCC11842." Phd thesis, INAPG (AgroParisTech), 2006. http://pastel.archives-ouvertes.fr/pastel-00002283.

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Le travail décrit dans cette thèse a commencé à un moment où peu de données génétiques sur Lactobacillus delbrueckii ssp. bulgaricus (L. bulgaricus) étaient disponibles. Le séquençage du génome de la souche ATCC 11842, en collaboration avec le Génoscope, était en cours. La première partie de cette thèse décrit le travail effectué sur l'annotation et l'analyse du génome. Cette dernière suggère que L. bulgaricus est en voie de spécialisation à une niche écologique restreinte, le milieu lait. Elle révèle également que L. bulgaricus possède peu de systèmes de régulation et de résistance aux stress environnementaux. Ces résultats nous ont conduit à faire l'hypothèse que L. bulgaricus serait un bon modèle pour identifier les mécanismes essentiels pour l'adaptation à l'acidité (ATR). La deuxième partie de la thèse décrit les études menées sur l'ATR de L. bulgaricus par différentes approches complémentaires. Les résultats transcriptomiques mettent en évidence que l'expression de 20% des régulateurs ainsi que celle de 50% des transporteurs d'ions de L. bulgaricus est modifiée par l'ATR. En revanche, aucun des 5 facteurs s ni des 5 systèmes à deux composants du génome ne présente une expression variable. L'analyse protéomique par électrophorèse bidimensionnelle révèle 19 protéines dont l'abondance est affectée par l'ATR, parmi lesquelles les protéines chaperons et des protéines impliquées dans la biosynthèse des acides gras. L'ensemble des résultats suggère que l'ATR de L. bulgaricus fait intervenir de multiples régulateurs, des phénomènes d'atténuation de la transcription, et des régulations posttranscriptionnelles et post-traductionnelles. Ces résultats préliminaires nécessitent cependant des analyses complémentaires pour déterminer quelle partie des réponses visualisées est réellement à la base de la résistance accrue à l'acidité acquise après adaptation.

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Penaud, Stéphanie. "Analyse de la séquence génomique et étude de l'adaptation à l'acidité de L. Delbrueckii ssp. Bulgaricus ATCCC11842." Paris, Institut national d'agronomie de Paris Grignon, 2006. http://www.theses.fr/2006INAP0013.

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Tu, Xiao-Wei. "Détection et estimation des objets mobiles dans une séquence d'images." Compiègne, 1987. http://www.theses.fr/1987COMPD063.

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Abstract:

Une méthodologie d’analyse d’une séquence d’images, contenant des objets relativement simples tels que des polyédres mobiles (Blocs), est présentée. Pourquoi les objets polyédriques ? Simplement, parce qu’une scène assez complexe peut être décrite par un ensemble de blocs et qu’un site naturel peut être décomposé en objet approximativement polyédriques. En ce qui concerne les algorithmes de traitements, on sait que les primitives associées aux blocs sont très faciles à extraire (notion de segments de droites, notion d’aire d’une forme polygonale et notion de contour ou de frontière de l’objet). Cette méthodologie permet de détecter des objets mobiles et éventuellement d’estimer les paramètres du mouvement ou de l’objet en mouvement. L’approche générale comporte quatre étapes : la première consiste à appliquer des opérations linéaires et non-linéaires sur les images acquises (par une caméra de type CCD), afin d’éliminer le bruit et d’obtenir des images plus contrastées. Ensuite, le renforcement de contours ayant été effectué par une méthode de relaxation, on applique des procédures de détection, de suivi et de codage de contours qui débouchent sur l’extraction de primitives (segments de droites, angles,. . . ). Parallèlement, un système de contours d’image 3-D est réalisé pour tester le comportement des algorithmes. La deuxième étape permet de construire une structure de données de type « multilistes », déduite des éléments significatifs correspondant aux primitives détectées dans la première étape. Cette structure est bien adaptée à une mise en correspondance ultérieure des primitives. La segmentation est généralement effectuée selon une approche descendante par création d’une structure de donnée « quadtree » qui permet de compléter l’information de la scène. Dans la troisième étape, on effectue la mise en correspondance par une méthode de relaxation discrète, des éléments des structures précédemment construite. A la dernière étape, les primitives, plus précisément les pixels mis en correspondance, sont choisis et utilisés pour estimer les paramètres de mouvement des objets considérés. Des essais expérimentaux effectués sur chaque étape donnent des résultats satisfaisants. Il semble donc que cette démarche soit intéressante.

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Bounliphone, Wacha. "Tests d’hypothèses statistiquement et algorithmiquement efficaces de similarité et de dépendance." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2017. http://www.theses.fr/2017SACLC002/document.

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Abstract:

Cette thèse présente de nouveaux tests d’hypothèses statistiques efficaces pour la relative similarité et dépendance, et l’estimation de la matrice de précision. La principale méthodologie adoptée dans cette thèse est la classe des estimateurs U-statistiques.Le premier test statistique porte sur les tests de relative similarité appliqués au problème de la sélection de modèles. Les modèles génératifs probabilistes fournissent un cadre puissant pour représenter les données. La sélection de modèles dans ce contexte génératif peut être difficile. Pour résoudre ce problème, nous proposons un nouveau test d’hypothèse non paramétrique de relative similarité et testons si un premier modèle candidat génère un échantillon de données significativement plus proche d’un ensemble de validation de référence.La deuxième test d’hypothèse statistique non paramétrique est pour la relative dépendance. En présence de dépendances multiples, les méthodes existantes ne répondent qu’indirectement à la question de la relative dépendance. Or, savoir si une dépendance est plus forte qu’une autre est important pour la prise de décision. Nous présentons un test statistique qui détermine si une variable dépend beaucoup plus d’une première variable cible ou d’une seconde variable.Enfin, une nouvelle méthode de découverte de structure dans un modèle graphique est proposée. En partant du fait que les zéros d’une matrice de précision représentent les indépendances conditionnelles, nous développons un nouveau test statistique qui estime une borne pour une entrée de la matrice de précision. Les méthodes existantes de découverte de structure font généralement des hypothèses restrictives de distributions gaussiennes ou parcimonieuses qui ne correspondent pas forcément à l’étude de données réelles. Nous introduisons ici un nouveau test utilisant les propriétés des U-statistics appliqués à la matrice de covariance, et en déduisons une borne sur la matrice de précision
The dissertation presents novel statistically and computationally efficient hypothesis tests for relative similarity and dependency, and precision matrix estimation. The key methodology adopted in this thesis is the class of U-statistic estimators. The class of U-statistics results in a minimum-variance unbiased estimation of a parameter.The first part of the thesis focuses on relative similarity tests applied to the problem of model selection. Probabilistic generative models provide a powerful framework for representing data. Model selection in this generative setting can be challenging. To address this issue, we provide a novel non-parametric hypothesis test of relative similarity and test whether a first candidate model generates a data sample significantly closer to a reference validation set.Subsequently, the second part of the thesis focuses on developing a novel non-parametric statistical hypothesis test for relative dependency. Tests of dependence are important tools in statistical analysis, and several canonical tests for the existence of dependence have been developed in the literature. However, the question of whether there exist dependencies is secondary. The determination of whether one dependence is stronger than another is frequently necessary for decision making. We present a statistical test which determine whether one variables is significantly more dependent on a first target variable or a second.Finally, a novel method for structure discovery in a graphical model is proposed. Making use of a result that zeros of a precision matrix can encode conditional independencies, we develop a test that estimates and bounds an entry of the precision matrix. Methods for structure discovery in the literature typically make restrictive distributional (e.g. Gaussian) or sparsity assumptions that may not apply to a data sample of interest. Consequently, we derive a new test that makes use of results for U-statistics and applies them to the covariance matrix, which then implies a bound on the precision matrix

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Torkamaneh, Davoud. "Analyse de la variation nucléotidique et structurale chez le soja par une approche de re-séquençage." Doctoral thesis, Université Laval, 2017. http://hdl.handle.net/20.500.11794/27878.

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Abstract:

Le séquençage de nouvelle génération (NGS) a révolutionné la recherche chez les plantes et les animaux de plusieurs façons, y compris via le développement de nouvelles méthodes de génotypage à haut débit pour accélérer considérablement l'étude de la composition des génomes et de leurs fonctions. Dans le cadre du projet SoyaGen, financé par Génome Canada, nous cherchons à mieux comprendre la diversité génétique et l'architecture sous-jacente régissant les principaux caractères agronomiques chez le soja. Le soja est la plus importante culture oléagineuse au monde en termes économiques. Dans cette étude, nous avons cherché à exploiter les technologies NGS afin de contribuer à l'élucidation des caractéristiques génomiques du soja. Pour ce faire, trois axes de recherche ont formé le cœur de cette thèse : 1) le génotypage pan-génomique à faible coût, 2) la caractérisation exhaustive des variants génétiques par reséquençage complet et 3) l’identification de mutations à fort impact fonctionnel sur la base d’une forte sélection au sein des lignées élites. Un premier défi en analyse génétique ou génomique est de rendre possible une caractérisation rapide et peu coûteuse d’un grand nombre de lignées à un très grand nombre de marqueurs répartis sur tout le génome. Le génotypage par séquençage (GBS) permet d'effectuer simultanément l’identification et le génotypage de plusieurs milliers de SNP à l'échelle du génome. Un des grands défis en analyse GBS est d’extraire, d’une montagne de données issues du séquençage, un grand catalogue de SNP de haute qualité et de minimiser l’impact des données manquantes. Dans une première étape, nous avons grandement amélioré le GBS en développant un nouveau pipeline d’analyse bio-informatique, Fast-GBS, conçu pour produire un appel de génotypes plus précis et plus rapide que les outils existants. De plus, nous avons optimisé des outils permettant d’effectuer l'imputation des données manquantes. Ainsi, nous avons pu obtenir un catalogue de 60K marqueurs SNP au sein d’une collection de 301 accessions qui se voulait représentative de la diversité du soja au Canada. Dans un second temps, toutes les données manquantes (~50%) ont été imputées avec un très grand degré d’exactitude (98 %). Cette caractérisation génétique a été réalisée pour un coût modique, soit moins de 15$ par lignée. Deuxièmement, pour caractériser de manière exhaustive les variations nucléotidiques et structurelles (SNV et SV, respectivement) dans le génome du soja, nous avons séquencé le génome entier de 102 accessions de soja au Canada. Nous avons identifié près de 5M de variants nucléotidiques (SNP, MNP et Indels) avec un haut niveau d’exactitude (98,6 %). Ensuite, en utilisant une combinaison de trois approches différentes, nous avons détecté ~92K SV (délétions, insertions, inversions, duplications, CNV et translocations) et estimé que plus de 90 % étaient exacts. C'est la première fois qu'une description complète de la diversité des haplotypes SNP et du SV a été réalisée chez une espèce cultivée. Enfin, nous avons mis au point une approche analytique systématique pour faciliter grandement l’identification de gènes dont des allèles ont fait l’objet d’une très forte sélection au cours de la domestication et de la sélection. Cette approche repose sur deux progrès récents en génomique : 1) le séquençage de génomes entiers et 2) la prédiction des mutations entraînant une perte de fonction (LOF pour « loss of function »). En utilisant cette approche, nous avons identifié 130 gènes candidats liés à la domestication ou à la sélection chez le soja. Ce catalogue contient tous les gènes de domestication précédemment caractérisés chez le soja, ainsi que certains orthologues chez d'autres espèces cultivées. Cette liste de gènes fournit de nombreuses pistes d’investigation pour des études visant à mieux comprendre les gènes qui contribuent fortement à façonner le soja cultivé. Cette thèse permet ultimement une meilleure compréhension des caractéristiques génomiques du soja. En outre, elle fournit plusieurs outils et références génomiques qui pourraient facilement être utilisés dans de futures recherches en génomique chez le soja de même que chez d’autres espèces.
Next-generation sequencing (NGS) has revolutionized plants and animals research in many ways, including the development of new high-throughput genotyping methods to accelerate considerably the composition of genomes and their functions. As part of the SoyaGen project, funded by Genome Canada, we are seeking to better understand the genetic diversity and underlying architecture governing major agronomic traits in soybeans. Soybean is the world's largest oilseed crop in economic terms. In this study, we sought to exploit NGS technologies to help elucidate the genomic characteristics of soybeans. To this end, three main research topics have formed the core of this thesis: 1) low-cost genome-wide genotyping, 2) exhaustive characterization of genetic variants by whole-genome resequencing, and 3) identification of mutations with high functional impact on the basis of a strong selection within the elite lines. A first challenge in genetic or genomic analysis is to make possible a rapid and inexpensive characterization of a large number of lines with a very large number of markers distributed throughout the genome. Genotyping-by-sequencing (GBS) allows simultaneous identification and genotyping of several thousand SNPs on a genome-wide scale. One of the major challenges in GBS analysis is to extract a large catalog of high quality SNP from a mountain of sequencing data and minimize the impact of missing data. As a first step, we have greatly improved the GBS by developing a new bio-informatics analysis pipeline, Fast-GBS, designed to produce a more accurate and faster call of genotypes than existing tools. In addition, we have optimized tools for imputing missing data. For example, we were able to obtain a catalog of 60K SNP markers from a collection of 301 accessions that were representative of soybean diversity in Canada. Second, all missing data (~ 50%) were imputed with a very high degree of accuracy (98%). This genetic characterization was performed at a low cost, less than $ 15 per line. Second, to fully characterize the nucleotide and structural variations (SNV and SV, respectively) in the soybean genome, we sequenced the whole genome of 102 Canadian soybean accessions. We have identified nearly 5M of nucleotide variants (SNP, MNP and Indels) with a high level of accuracy (98.6%). Then, using a combination of three different approaches, we detected ~ 92K SV (deletions, insertions, inversions, duplications, CNVs and translocations) and estimated that more than 90% were accurate. This is the first time that a complete description of the diversity of SNP and SV haplotypes has been carried out in a cultivated species. Finally, we have developed a systematic analytical approach to greatly facilitate the identification of genes whose alleles have undergone a very strong selection during domestication and selection. This approach is based on two recent advances in genomics: (1) whole-genome sequencing and (2) predicting mutations resulting in loss of function (LOF). Using this approach, we identified 130 candidate genes related to domestication or selection in soybean. This catalogue contains all of the previously well-characterized domestication genes in soybean, as well as some orthologues from other domesticated crop species. This list of genes provides many avenues of investigation for studies aimed at better understanding the genes that contribute strongly to shaping cultivated soybeans. This thesis ultimately leads to a better understanding of the genomic characteristics of soybeans. In addition, it provides several tools and genomic resources that could easily be used in future genomic research in soybeans as well as in other species.

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Banine, Fatima. "Clonage et analyse fonctionnelle des éléments régulateurs de la transcription hépatique du gène de l'α2-HS glycoprotéine humaine." Rouen, 1998. http://www.theses.fr/1998ROUES092.

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Abstract:

Le gène humain AHSG code pour la glycoprotéine α2-HS. Ce gène est localisé en position 3q27-29 et comporte 7 exons et 6 introns. Sa transcription est essentiellement hépatique. Dans le cadre de cette thèse, la séquence de sa région promotrice a été déterminée jusqu'au nucléotide -4058 et son point de départ de transcription a été localisé. La séquence du promoteur proximal est hautement conservée entre le gène AHSG humain et son équivalent chez le rat. Des méthodes de gène rapporteur et de retard sur gel ont été utilisées. L'activité transcriptionnelle du promoteur minimal AHSG est très élevée dans le tissu hépatique et apparaît limitée à ce tissu. Quatre éléments modulent cette activité transcriptionnelle. Les effets de ces différents éléments ont été testés sur le promoteur hétérologue tk et le promoteur homologue AHSG. L'élément IV (-4058/-3327) a un effet régulateur négatif seulement dans son contexte normal, c'est-à-dire sur le promoteur AHSG. Il agirait sans doute sur une séquence située juste en aval de lui. L'élément III (-1414/-851) est un élément régulateur négatif, mais qui n'exerce son effet que lorsqu'il est en orientation sens par rapport au promoteur AHSG. L'élément II (-850/-465) agit aussi bien sur le promoteur AHSG que sur le promoteur tk et ceci quelles que soient sa position et son orientation. L'élément II est un enhancer. L'élément I (-338/-274) agit en orientation sens et anti-sens et son effet dépend du promoteur. Lors des expériences de retard sur gel, nous avons pu montrer que cet élément I fixe un facteur NF-1 et un autre facteur qui est fortement exprimé dans les cellules HepG2, mais reste à identifier.

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Chenouard, Alexis. "Analyse des lymphocytes T folliculaires helper chez les patients tolérant leur greffon rénal." Thesis, Nantes, 2016. http://www.theses.fr/2016NANT1017/document.

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Abstract:

Même si les traitements immunosuppresseurs ont grandement contribué à améliorer la survie du greffon en transplantation, ils comportent des effets secondaires potentiellement graves (cancer, néphrotoxicité, infections…). Certaines équipes de recherche se sont donc intéressées spécifiquement à de très rares patients transplantés rénaux, appelés patients tolérants, qui conservaient une bonne fonction de leur greffon durant des années et ce, en l’absence d’immunosuppresseurs. Plusieurs travaux ont permis de mettre en évidence le rôle primordial des lymphocytes B (LB), avec notamment un défaut de différenciation in vitro des LB en plasmocytes rapporté chez ces patients tolérants. C’est à partir de ce résultat que nous nous sommes intéressés aux lymphocytes T folliculaires helper (TFH), connus comme étant des cellules indispensables à la différenciation des LB. Dans un premier temps, nous avons mis en évidence un défaut quantitatif et qualitatif des TFH chez les patients tolérants comparé à des patients transplantés ayant une fonction stable sous immunosuppresseurs. Aussi, nous avons suggéré une implication des TFH dans l’apparition des anticorps anti-donneur (DSA), ce qui pourrait expliquer la faible proportion d’immunisation anti-donneur reportée chez les patients tolérants. Dans un deuxième temps, nous avons exploré les mécanismes moléculaires mis en jeu en réalisant une analyse transcriptomique haut débit par RNA Sequencing à partir de TFH purifiés. A partir de cette analyse, nous avons pu mettre en évidence plusieurs gènes potentiellement intéressants dans la régulation des TFH et dans l’interaction avec les LB chez les patients tolérants
Immunosuppressive drugs largely contributed to a better graft survival over time in transplantation, but induced serious side effects (cancer, nephrotoxicity, infections…). In this context, some researchers focused on rare renal transplanted recipients, who maintain a good graft function without any immunosuppressive drugs during several years. These patients are named operationally tolerant patients and are of considerable interest to immunologists. Studies on these patients reveal a critical role of B cells, with particularly an in vitro B cell differentiation defect reported in tolerant patients. Based on this report, we focused on blood T follicular helper cells (TFH) which are known to be crucial for supporting B cell differentiation. At first, we reported a qualitative and quantitative TFH defect in tolerant patients compared to transplanted patients with stable graft function under immunosuppression. Moreover, we suggest a potential role of TFH in post graft immunization with donor-specific antibodies (DSA), which could explain the low incidence of post-graft DSA immunization reported in tolerant patients. Secondly, based on a transcriptomic analysis of purified TFH by RNA Sequencing, we have highlighted several TFH genes potentially interesting in tolerant patients, concerning the TFH regulation and the cooperation between TFH and B cells

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Dexter, Émilie. "Modélisation de l'auto-similarité dans les vidéos : applications à la synchronisation de scènes et à la reconnaissance d'actions." Rennes 1, 2009. ftp://ftp.irisa.fr/techreports/theses/2009/dexter.pdf.

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Abstract:

Nous avons abordé dans ces travaux les problématiques de reconnaissance d’actions et de synchronisation de séquences d’images. Nous proposons de calculer les similarités temporelles d'une séquence d’images afin de construire une « matrice d’auto-similarité ». Ces matrices, bien qu’elles ne soient pas strictement invariantes aux changements de vue, sont suffisamment stables lors de ces changements pour fournir des séquences de descripteurs temporels robustes pour la synchronisation et de plus discriminants pour la reconnaissance d’actions. La synchronisation est ensuite réalisée à l’aide de l’algorithme de Dynamic Time Warping. La reconnaissance, quant à elle, fait appel à des stratégies de « sacs-de-mots » afin de représenter les actions comme des ensembles non ordonnés de descripteurs ou comme des histogrammes d’occurrences des descripteurs quantifiés obtenus à l’aide d’un vocabulaire de « mots ». Nous pouvons ensuite appliquer des techniques classiques de classification supervisée. Les méthodes proposées se caractérisent par leur simplicité et leur flexibilité en n’imposant pas, par exemple, l'existence de correspondances de points entre les vues
This PhD work deals with action recognition and image sequence synchronization. We propose to compute temporal similarities of image sequences to build self-similarity matrix. Although these matrices are not strictly view-invariant, they remain stable across views providing temporal descriptors of image sequences useful for synchronization as well as discriminant for action recognition. Synchronization is achieved with a dynamic programming algorithm known as Dynamic Time Warping. We opt for “Bag-of-Features” methods for recognizing actions such as actions are represented either as unordered sets of descriptors or as normalized histograms of quantized descriptor occurrences. Classification is performed by well known classification methods as Nearest Neighbor Classifier or Support Vector Machine. Proposed methods are characterized by their simplicity and flexibility: they do not require point correspondences between views

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Quaeybeur, Clément. "Entre urbanisme et paysage : des territoires de projets. : Analyse d’une séquence urbaine : Euralille 1, Euralille 2, Saint-Sauveur." Thesis, Lille 1, 2016. http://www.theses.fr/2016LIL10218.

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Abstract:

Au cœur du débat qui anime la conception urbaine, la frontière entre les interventions des paysagistes et celle des urbanistes est marquée par des questions de concurrences et de complémentarité (Champy, 2000, Donadieu, 2012). Autour des années 2000, plusieurs balises semblent marquer un « tournant » favorable au croisement disciplinaire. Il s’inscrit dans un mouvement général initié dès le milieu des années 1960 (Estienne, 2010). Il matérialiserait ce que certains avaient énoncé comme « l’alternative du paysage », en faveur d’un sub-urbanisme (Marot, 1995, 1999, 2006), et ce qui pourrait être aujourd’hui identifié comme un « urbanisme de révélation » (Fromonot, 2011). Au cœur de la conception urbaine, quels échanges animent l’interface mise en jeu entre l’urbanisme et le paysage ? La thèse prend corps sur l’analyse d’une séquence urbaine : trois projets lillois qui se succèdent sur un territoire et durant un quart de siècle (1989-2013) : Euralille 1, Euralille 2 et Saint-Sauveur. Dans ce récit, le travail met en évidence les relations qui marquent les travaux réalisés à la fois par les urbanistes et par les paysagistes. Le regard est principalement porté dans les étapes préalables d’assemblages des concepts mobilisés pour construire le projet. La recherche prend corps par une étude de traces, et mêle exploration des documents produits par les concepteurs et analyse des discours formulés. Les travaux proposent une caractérisation des échanges opérés au cœur de l’interface synaptique entre l’urbanisme et le paysage, et ouvre le débat sur la sollicitation du travail du paysagiste ou de la pensée du paysage dans la fabrique de la ville contemporaine
In France, some urban design general discussions focus on the border between the projects made by the urban designer and the one made by the landscape architects (Champy, 2000): between concurrency and complementary (Donadieu, 2012). In the 2000s, we can give a mark on a movement involved in some disciplinary crosses, between landscape and urban design. It takes place into an historic development of the landscape architect profession since the late 1960s (Estienne, 2010). Others observe what they call sub-urbanism (Marot, 1995, 1999, 2006), or “urbanisme de révélation” (Fromonot, 2011). In urban design practices, what kind of exchanges can lay out the interface between landscape and urbanism? This thesis analyses a local urban sequence, one territory in the city of Lille made by three projects over a quarter of a century (1989-2013): Euralille 1, Euralille 2, Saint-Sauveur. The investigation highlights the relations in the works made by the landscape architects and the urban designer. The analysis looks mainly on the opening works and designs, and study as much as graphic documents produced in the studios than the discourse logic associated to the projects. The work shows the exchanges that could organize the synaptic interface between urbanism and landscape design or planning. It opens directions for the consideration of the landscape architect work and the landscape thinking method, in the development of our contemporary cities

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Gouy, Manolo. "Origine et fonction de l'utilisation de la dégénérescence du code génétique chez Escherichia coli : structuration en banque de données et analyse statistique des séquences nucléotidiques." Lyon 1, 1987. http://www.theses.fr/1987LYO10052.

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La degenerescence du code genetique pose le probleme du choix des codons synonymes dans les genes proteiques. Deux aspects de ce probleme ont ete abordes ici pour la bacterie escherichia coli. Le choix des codons a-t-il des consequences fonctionnelles. Quelles sont ses causes et son origine evolutive. Pour ce faire, on a etudie statistiquement la composition en codons des genes proteiques chez e. Coli, ses plasmides et ses phages. Les deux tendances majeures dans l'utilisation des codons chez e. Coli sont (1) la preference vers les codons correspondants aux trna isoaccepteurs majeurs, (2) la preference des codons du type ssu (s=c ou g) et des codons du type wwc sur wwu (w=a ou u). L'intensite de ces deux tendances est tres fortement correlee au degre d'expressivite des genes. Ceci indique que le choix des codons est relie a l'efficacite traductionnelle des genes. Effectivement, divers auteurs ont montre que la vitesse d'elongation de la traduction est sensible a la concentration relative des trna. Les genes de plasmides, en accord avec la grande diversite de leur origine, presentent un tres faible niveau moyen d'adaptation a la distribution cellulaire des trna. Chez les genes de phages les plus fortement exprimes, on retrouve l'adaptation a la distribution cellulaire des trna, quoique l'intensite du biais soit moindre que chez l'hote. Generalement, dans les genomes de coliphages, des structures propres a chaque virus coexistent avec une adaptation a l'hote. Au dela des biais portant sur la composition globale en codons des genes, on a etudie les relations entre codons adjacents. Dans les genes bacteriens, le contexte des codons n'est pas aleatoire. On a detecte un biais dans les dinucleotides situes a la frontiere des codons qui semble lie a l'optimisation de la traduction. On a d'autre part realise un systeme informatique permettant la consultation et l'extraction des donnees des banques de sequences nucleotidiques et proteiques. Ce systeme, nomme acnuc, est installe sur un centre serveur national, mettant ainsi trois grandes banques de donnees a la disposition de la communaute des biologistes francais. Le systeme acnuc est particulierement efficace pour la constitution d'echantillons de sequences nucleotidiques definis sur criteres biologiques.

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Thoisy, Benoît de. "Implication des singes amazoniens dans la circulation et l'évolution des arbovirus et herpesvirus." Paris 7, 2005. http://www.theses.fr/2005PA077200.

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Abstract:

La circulation d'arbovirus amazoniens: Dengue, Mayaro et Fièvre Jaune, a été étudiée dans une communauté de mammifères sauvages de Guyane. Le virus de la Dengue ne circule pas en cycle strictement forestier en Amérique du sud, mais les mammifères des zones périurbaines pourraient être des hôtes accidentels. Les singes seraient eux des réservoirs majeurs des virus de Mayaro et de la Fièvre Jaune. Toutes les autres espèces partageant les microhabitats des vecteurs seraient aussi susceptibles d'être infectées, et pourraient servir de réservoirs. L'ubiquité de ces virus peut être une adaptation aux contraintes écologiques du milieu amazonien, où les communautés de mammifères comprennent des espèces très diverses mais souvent peu abondantes. Or, dès que les habitats sont perturbés par les pressions anthropiques, cette diversité diminue fortement. Un spectre d'hôtes potentiels moins large favoriserait alors l'infection des espèces les plus compétentes, avec pour conséquence une augmentation de la circulation virale et de la virulence des souches, facteurs majeurs à l'origine de l'émergence de ces pathologies. Quatre nouveaux Lymphocryptovirus ont été partiellement séquencés chez les Platyrrhiniens. Les relations phylogéniques croisées entre ces virus et leurs hôtes permettent de conforter en partie les processus de coévolution, à l'origine de la diversification des Herpesviridae. La cospéciation est observée entre les virus et les Platyrrhiniens et Catarrhyniens, mais n'est que partiellement retrouvée à un niveau inférieur. La phylogénie des singes sudaméricains est cependant encore débattue, la diversification des herpesvirus pourrait aider à comprendre celle de leurs hôtes
Circulation of three amazonian arboviruses: Dengue, Mayaro Fever, Yellow Fever, was investigated in a community of wild forest mammals in French Guiana. Dengue virus does not have any strictly sylvatic cycle in South America, but fauna in periurban areas may act as incidental hosts. On the other hand, monkeys are main hosts for Mayaro and Yellow Fever viruses. But most of other species using the microhabitat of potential vectors may also be infected, and could serve as reservoir. Ubiquity of these viruses may be an adaptation to ecological constraints of amazonian ecosystems, where mammal communites are highly diverse, with low densities of many species. Then, as soon as habitats are facing anthropogenic pressures, this diversity decreases: a lower number of potential hosts may favor infection of most efficient reservoir species. The direct consequence is the increase of virus circulation and virulence, expected to directly contribute to disease emergence. Four new Lymphocryptovirus have aIso been identified and partially sequenced in Platyrrhines. Crossing phylogenetic relationships of viruses and their hosts partially support coevolution process, a major feature in Herpesviridae diversification. Cospeciation is oberved between virus and Platyrrhines vs. Catarrhines, but not fully at more recent evolution steps. Nevertheless, phylogeny of neotropical monkeys remains unclear, and diversification of herpesvirus may help to understand taxonomic relationships between their host species

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Ben, Kilani Chiraz. "Analyse des conceptions d'élèves et d'étudiants en cinétique chimique et en catalyse, proposition et test d'une séquence de remédiation." Lyon 1, 2003. http://www.theses.fr/2003LYO10246.

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Abstract:

Le but de ce travail est de mettre en évidence les conceptions et les difficultés d'élèves et d'étudiants en cinétique chimique et en catalyse, de rechercher les causes probables de ces erreurs et de proposer un outil d'enseignement susceptible d'améliorer l'apprentissage de ces matières. Les conceptions et les difficultés ont été détectées à travers des entretiens suivis par des questionnaires soumis aux sujets. L'analyse de la transposition didactique a montré certaines déformations et imprécisions dans le savoir à enseigner. Une étude historique de la construction des concepts de base depuis le 18eme siècle a révélé un certain parallélisme entre plusieurs obstacles épistémologiques et quelques obstacles didactiques. Une séquence de remédiation a été bâtie en tenant compte de l'ensemble des résultats. Son efficacité, mesurée immédiatement après la séquence et huit mois plus tard, a été trouvée satisfaisante

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Dissertations / Theses on the topic 'Analyse de similarité de séquence'

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