Academic literature on the topic 'Analyse de similarité de séquence'
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Journal articles on the topic "Analyse de similarité de séquence"
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Grange, Marie-Françoise. "Paysage resnaisien ou variations autour de la mise en espace du temps." Cinémas 5, no. 1-2 (February 28, 2011): 135–46. http://dx.doi.org/10.7202/1001010ar.
Full textAbstract:
À travers l’étude de l’imbrication de l’espace et du temps dans une séquence d’Hiroshima, mon amour (Alain Resnais, 1959), cette analyse s’attache à démontrer en quoi l’économie de trace définit la séquence et comment elle la constitue en une métaphore du travail mémoriel.
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SINAGA, SITI HARDIYANTI, ZULHERMAN ZULHERMAN, and HESTI FIBRIASARI. "ANALYSE CONTRASTIVE DES EXPRESSIONS DU BUT EN FRANÇAIS ET EN INDONÉSIEN." HEXAGONE Jurnal Pendidikan, Linguistik, Budaya dan Sastra Perancis 5, no. 2 (January 26, 2017): 245. http://dx.doi.org/10.24114/hxg.v5i2.4663.
Full textAbstract:
Le but de cette recherche est pour savoir les expression du but qui sont trouvées en français et en indonésien. En trouvant ces expressions, on trouve aussi sa différente et sa similarié. La théorie que l’on utilise dans cette recherche est celle de Albert Hamon (1987) et Hasan Alwi (2003). La méthode de cette recherche est la méthode qualitative. La méthode qualitative est un procés la recherche qui produit la donnée descriptive comme le mot à l’écrit ou à l’oral des personnes observées. Cette méthode de recherche va expliquer une condition de vérité et donner la priorité à la donnée que la théorie. Pour analyser les données, l’auteur utilise les livres de français et d’indonésien pour trouver et résoudre les formulations du problémes. Le résultat de la recherche indique qu’il existe 7 expression du but en indonésien et 23 expression du but en francais. On trouve finalement les différences parmi ces deux langues. Les expressions du but en indonésien sont toujours suivies ou se trouve entre deux propositions. Tandis que les expressions du but en français, elles sont suivies par le nom et les modes. Les modes sont l’infinitif et le subjonctif. C’est vraiment différent avec l’indonésien, où il ne connait pas le mode. Les expressions du but peuvent être en forme de préposition mais les expressions du but en français ne connaissent pas la préposition dans leurs expressions du but. On trouve aussi la similarité entre tous les deux. Les similarités se trouvent à la fonction des expressions du but trouvées. Les fonctions sont pour unir deux ou plus de propositions. A côté de cela, il existe aussi une similarité selon sa position. La position des expressions du but est au bout d’une phrase ou bien au centre de la phrase. Mots clés: expression du but, contrastive, similarité, différence.
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Mentari, Mentari, Marice Marice, and Hesti Fibriasari. "ANALYSE DE LA SÉQUENCE NARRATIVE DANS LE ROMAN VINGT MILLE LIEUES SOUS LES MERS PAR JULES VERNE." HEXAGONE Jurnal Pendidikan, Linguistik, Budaya dan Sastra Perancis 5, no. 1 (June 28, 2016): 102. http://dx.doi.org/10.24114/hxg.v5i1.3916.
Full textAbstract:
RÉSUMÉ Le but de cette recherche est de savoir les types de la séquence narrative : la situation initiale, l’événement perturbateur, l’aggravation, la lutte, la situation finale et la variées de séquence narrative qui se trouve dans le roman Vingt Mille Lieues sous les Mers par Jules Verne. La méthode de cette recherche est la méthode descriptive qualitative. Les donnés de cette recherche utilisent le roman Vingt Mille Lieues sous les Mers par Jules Verne au mois de janvier – mars 2016. Le résultat de cette recherche montre que les formes de séquence narrative dans le roman Vingt Mille Lieues sous les Mers par Jules Verne sont la situation finale, la lutte, l’aggravation, l’événement perturbateur, et la situation initiale. Mais, la situation initiale parfois n’existe pas à chaque chapitre, car le roman Vingt Mille Lieues sous Les Mers par Jules Verne est un roman d’aventure qui a des liens l’histoire entre les chapitres et les autres chapitres. Alors, l’histoire du roman Vingt Mille Lieues sous les Mers par Jules Verne commence par l’aggravation, car l’aggravation exprime en analysant en détail le rôle de tous les éléments du récit; l’acte qui provoque un conflit; comment les différends plus de chiffres séparés, avec un pic progressivement à travers les questions de conflit complexes et il y a 3 variées séquence narrative qui peut être trouvé dans le roman Vingt Mille Lieues sous les Mers par Jules Verne, entre autre : v, w, x, y, z, trouvées dans le roman au chapitre I et IV. Ensuite, w, x, y, z, trouvées dans le roman au chapitre II, VI, VIII et IX. Enfin, x, y, z, trouvée dans le roman au chapitre III, V et VII. Mots-clés : Séquence Narrative, Roman
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Etienne, Laurent, Thomas Devogele, and Alain Bouju. "Analyse de similarité de trajectoires d'objets mobiles suivant le même itinéraire." Ingénierie des systèmes d'information 14, no. 5 (October 28, 2009): 85–106. http://dx.doi.org/10.3166/isi.14.5.85-106.
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Aurier, Philippe. "Analyse de la structure des marchés Le point sur les modèles." Recherche et Applications en Marketing (French Edition) 8, no. 2 (June 1993): 79–104. http://dx.doi.org/10.1177/076737019300800205.
Full textAbstract:
Cet article fait le point sur les modèles d'analyse de structures de marchés et propose un cadre théorique permettant d'intégrer leur diversité. Nous distinguons les modèles d'analyse de structures de marché selon qu'ils analysent des relations entre alternatives de choix au niveau des jugements du consommateur (modèles de substituabilité) ou au niveau des comportements réels sur le marché (modèles de concurrence). Enfin, nous considérons le problème de la non-symétrie de la relation entre deux alternatives de choix, au niveau des concepts théoriques (similarité, substituabilité et concurrence) et au niveau des modèles permettant de la prendre en compte.
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Cottignies, Alain, and Jean-Yves Lesouef. "Analyse ISSR de similarité entre quelques espèces des genres Ruscus et Semele." Le Journal de botanique 21, no. 1 (2003): 3–6. http://dx.doi.org/10.3406/jobot.2003.1950.
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KIM, Huiteak. "Présentation du personnage dans le texte et analyse de séquence." Societe d'Etudes Franco-Coreennes 91 (May 15, 2020): 135–57. http://dx.doi.org/10.18812/refc.2020.92.135.
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Nicol-Pichard, S. "Analyse pollinique d’une séquence tardi et postglaciaire à Tourves (Var, France)." Ecologia mediterranea 13, no. 1 (1987): 29–42. http://dx.doi.org/10.3406/ecmed.1987.1609.
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Garneau, Michelle. "Paléoécologie d’un secteur riverain de la rivière Saint-Charles : analyse macrofossile du site archéologique de la Grande Place, à Québec." Géographie physique et Quaternaire 51, no. 2 (November 30, 2007): 211–20. http://dx.doi.org/10.7202/033119ar.
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RÉSUMÉDes recherches archéologiques réalisées dans la basse-ville de Québec ont eu pour objectif d'identifier 1) les différentes périodes d'occupation du secteur depuis l'arrivée des Européens, et 2) l'emplacement du village iroquoïen de Stadaconé mentionné par Jacques Cartier dans le récit de ses voyages. L'analyse paléoécologique détaillée d'une séquence organique a permis de préciser le contexte géomorphologique du paléorivage de la rivière Saint-Charles. La séquence analysée provient d'une dépression dans laquelle se sont accumulés des débris organiques en raison des mauvaises conditions de drainage causées par le rehaussement d'environ 2 mètres du niveau marin relatif il y a 2000 ans (transgression Mitis). Des cordons de sable correspondant au niveau des hautes mers furent déposés sur le replat de la terrasse Mitis. Coincées entre la falaise et les cordons sableux, des cédrières tourbeuses se sont développées dans ces dépressions humides.
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Catarig, Andra-Teodora. "ASPECTS GÉNÉRIQUES DE LA PRESSE QUOTIDIENNE D’INFORMATION GÉNÉRALE." Professional Communication and Translation Studies 2 (May 9, 2023): 3–10. http://dx.doi.org/10.59168/fzfe1059.
Full textAbstract:
La prémisse de notre démarche réside dans l’observation rapportée à l’existence d’une perception sur le discours institutionnel de type signature, selon laquelle il est encadré dans la sphère du discours publicitaire. En dépit de leur similarité, déterminée par le même émetteur (l’entreprise) et par la construction identique (le slogan), on considère que cette acception ne correspond pas à la réalité de la situation de communication spécifique à l’entreprise. Par conséquent on s’évertue à délimiter les deux types de discours, en procédant à une analyse comparative reposant sur les points suivants: la fonction, le but, l’orientation, la configuration, l’aspect sémantique, l’envergure temporelle
Dissertations / Theses on the topic "Analyse de similarité de séquence"
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Lannes, Romain. "Recherche de séquences environnementales inconnues d’intérêt médical/biologique par l’utilisation de grands réseaux de similarité de séquences." Electronic Thesis or Diss., Sorbonne université, 2019. http://www.theses.fr/2019SORUS232.
Full textAbstract:
L’objectif de cette thèse a été d’identifier des micro-organismes encore inconnus présents dans divers environnements et de caractériser certains de leurs métabolismes. Cette diversité non identifiée, à la fois taxonomique et fonctionnelle, est communément appelée matière noire microbienne. J’ai utilisé et développé de nouvelles méthodes de réseaux, et notamment des réseaux de similarité de séquences, afin d’exploiter de très grands jeux de données de séquences, issus de projets de métagénomique. En particulier, mon travail a mis en évidence le rôle écologique de micro-organismes ultra-petits dans certaines voies métaboliques autotrophes des océans. Il montre également que les CPR et DPANN, bactéries et archées ultra-petites récemment découvertes, participent à la dynamique des communautés microbiennes via des systèmes de quorum sensing homologues à ceux d’organismes mieux caractérisés. Une application des réseaux de similarité de séquences à des données de métabarcoding a également révélé une diversité jusque là inconnue d’Holozoa, qui pourrait nous permettre de mieux comprendre la transition vers la multicellularité des Metazoa. Enfin, j’ai développé une méthode et un logiciel destiné à la recherche d’homologues distants de protéines d’intérêt dans de très grands jeux de données, tels que ceux issus de la métagénomique. Cette méthode, maintenant validée, devrait permettre de rechercher des séquences appartenant à des organismes encore inconnus et très divergents, dans l’espoir de découvrir de nouveaux phylums profonds, voire même de nouveaux domaines du vivantThe objective of this thesis was to identify as yet unknown microorganisms present in various environments and to characterize some of their metabolisms. This unidentified diversity, both taxonomic and functional, is commonly referred to as microbial dark matter. I have used and developed new network methods, including sequence similarity networks, to exploit very large sequence datasets from metagenomic projects. In particular, my work has highlighted the ecological role of ultra-small micro-organisms in some autotrophic metabolic pathways in the oceans. It also shows that CPR and DPANN, recently discovered ultra-small bacteria and archaea, participate in the dynamics of microbial communities through quorum sensing systems similar to those of better characterized organisms. An application of sequence similarity networks to meta-barcoding data also revealed a previously unknown diversity of Holozoans, which could allow us to better understand the transition to multicellularity of Metazoans. Finally, I have developed a method and software for searching for remote homologs of proteins of interest in very large datasets, such as those from metagenomics. This method, now validated, should make it possible to search for sequences belonging to still unknown and very divergent organisms, in the hope of discovering new deep branching phyla, or even new domains of life
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Jachiet, Pierre-Alain. "Étude de l'évolution combinatoire des gènes par l'analyse de réseaux de similarité de séquence." Thesis, Paris 6, 2014. http://www.theses.fr/2014PA066358/document.
Full textAbstract:
L’accumulation récente de données de séquences génomiques a montré que l’évolution des gènes n’est pas strictement arborescente. De nombreux processus évolutifs, comme l’exon shuffling, la fusion de gènes ou la recombinaison illégitime remodèlent les gènes, créant des structures composites, formées de parties dont les histoires évolutives sont différentes. Le développement de réseaux de similarité de séquences fournit un cadre analytique permettant d’étudier l’impact de ces processus sur l’évolution moléculaire, en structurant les relations de ressemblance entre séquences et en formalisant en termes de graphes la détection de gènes (triplets intransitifs) et de familles de gènes (cliques minimales séparatrices) composites. La taille des jeux de données actuels, de l’ordre de plusieurs millions de séquences, a également requis le développement de nouveaux outils et méthodes : parallélisation des comparaisons de séquences, visualisation de très grands réseaux par simplification en communautés de Louvain et identification de grands cycles. Appliquées à des jeux de données de génomes eucaryotes et viraux, ces méthodes ont démontré la présence de gènes composites dans tout le vivant et les éléments génétiques mobiles. En proportion, les gènes composites sont plus nombreux dans les génomes eucaryotes ; en nombre absolu, ils sont plus nombreux à être portés par des virus. Chez ces derniers, la distribution fonctionnelle des gènes composites est biaisée (enrichissement dans les familles essentielles pour la perpétuation du cycle viral), et les éléments des gènes composites trouvent même parfois leurs origines dans le matériel génétique de classes virales différentes. Plus généralement, l’étendue des processus combinatoires, en révélant des liens évolutionnaires autres que les liens d’homologie au sens fort, justifie une étude pluraliste des relations de similarité entre séquencesThe recent accumulation of genomic sequence data has shown that gene evolution is not strictly tree-Like. Many evolutionary processes, like exon shuffling, gene fusion or nonhomologous recombination remodel genes by creating composite structures that are made from parts with different evolutionary histories. The development of sequence similarity networks provides an analytical framework to study the impact of these processes on molecular evolution, by structuring the resemblance relationships between sequences and by formalizing, in terms of graph theory, the detection of composite genes (intransitive triplets) and gene families (clique minimal separators). The size of current data sets, typically several million sequences, has also required the development of new tools and methods: sequence comparison parallelization, large networks visualization with Louvain communities and large cycles identification. When applied to eukaryotic and viral genome data sets, these methods have shown that composite genes are found throughout cellular organisms and mobile genetic elements. Proportionally, composite genes are more numerous in eukaryotic genomes; in absolute number, they are more numerous in viruses. In the latter, composite genes functional distribution is biased (enrichment of genes families that are essential for the perpetuation of the viral cycle), and the various parts of composite genes sometimes even originate from the genetic material of different viral classes. More generally, the extent of combinatorial processes, by unravelling other evolutionary bonds than homology bonds in the strictest sense, legitimates a pluralistic study of similarity relationships between sequences
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Chilowicz, Michel. "Recherche de similarité dans du code source." Phd thesis, Université Paris-Est, 2010. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00587628.
Full textAbstract:
La duplication de code source a de nombreuses origines : copie et adaptation inter-projets ou clonage au sein d'un même projet. Rechercher des correspondances de code copié permet de le factoriser dans un projet ou de mettre en évidence des situations de plagiat. Nous étudions des méthodes statiques de recherche de similarité sur du code ayant potentiellement subi des opérations d'édition telle que l'insertion, la suppression, la transposition ainsi que la factorisation et le développement de fonctions. Des techniques d'identification de similarité génomique sont examinées et adaptées au contexte de la recherche de clones de code source sous forme lexemisée. Après une discussion sur des procédés d'alignement de lexèmes et de recherche par empreintes de n-grams, est présentée une méthode de factorisation fusionnant les graphes d'appels de fonctions de projets au sein d'un graphe unique avec introduction de fonctions synthétiques exprimant les correspondances imbriquées. Elle utilise des structures d'indexation de suffixes pour la détermination de facteurs répétés. Une autre voie d'exploration permettant de manipuler de grandes bases indexées de code par arbre de syntaxe est abordée avec la recherche de sous-arbres similaires par leur hachage et leur indexation selon des profils d'abstraction variables. Des clones exacts de sous-arbres de forte proximité dans leurs arbres d'extraction peuvent alors être consolidés afin d'obtenir des correspondances approchées et étendues. En amont et en aval de la recherche de correspondances, des métriques de similarité sont définies afin de préselectionner les zones d'examen, affiner la recherche ou mieux représenter les résultats
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Le, Sage Daniel. "Poursuite d'objets par analyse d'une séquence d'images couleur." Grenoble INPG, 1989. http://www.theses.fr/1989INPG0040.
Full textAbstract:
Ce travail s'inscrit dans le cadre de l'analyse du mouvement par l'image. La demarche est la suivante: une scene dynamique est filmee au moyen d'une camera video, puis, les images ainsi acquises, sont analysees hors ligne sur un poste de travail qui associe la video et l'informatique. Des outils d'assistance au depouillement de ces sequences sont proposes
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Colombo, Tristan. "Algorithmes pour la recherche de classes de gènes en relations fonctionnelles par analyse de proximités et de similarités de séquences." Phd thesis, Université de la Méditerranée - Aix-Marseille II, 2004. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00008447.
Full textAbstract:
Notre étude porte sur les transporteurs ABC dans les génomes bactériens complets. L'analyse bioinformatique du répertoire de ces systèmes comprend l'identification des partenaires, l'assemblage, la reconstruction des systèmes incomplets, la classification en sous-familles, et l'identification du substrat transporté. Cette thèse propose des outils permettant l'étude de ces problèmes par l'utilisation de méthodes informatiques. Les hypothèses biologiques employées sont que : (i) des gènes voisins sur le chromosome peuvent être impliqués dans un même processus métabolique s'ils ont été conservés au cours de l'évolution, et (ii) des gènes présentant des similarités de séquence peuvent permettre la synthèse de protéines de même fonction. Trois études ont été menées sur le répertoire des transporteurs ABC : * L'exploration du voisinage chromosomique. D'après l'hypothèse selon laquelle plus les gènes conservés dans le voisinage d'un transporteur sont proches, plus leur lien fonctionnel avec le transporteur est fort, on essaye d'identifier le substrat transporté ou des associations de gènes. Ce problème est traité par une méthode de résolution issue des problèmes de satisfaction de contraintes. * La classification. Les transporteurs ABC sont classés par grandes catégories en fonction des molécules qu'ils transportent (sucres, ...). Pour chaque domaine, en représentant les relations d'homologie par un graphe, la recherche des zones de forte densité permet de déterminer des sous-classes de substrat. * La reconstitution des systèmes incomplets. Les transporteurs ABC sont assemblés en utilisant la proximité chromosomique des gènes codant pour les domaines et la compatibilité des sous-familles de domaines. Lorsque la proximité n'est pas respectée, on utilise une stratégie développée à partir d'une méthode d'analyse de graphes pour assembler les domaines et prédire des systèmes actifs. Ces méthodes, en complément de l'identification des partenaires et de l'assemblage, permettent une étude fonctionnelle des transporteurs ABC. Elles pourraient être appliquées à d'autres systèmes biologiques.
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Colombo, Tristan [Renaud Guillaume]. "Algorithmes pour la recherche de classes de gènes en relations fonctionnelles par analyse de proximités et de similarités de séquences." Aix-Marseille 2, 2004. http://www.theses.fr/2004AIX22075.
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Gautier, Christian. "Analyse statistique et évolution des séquences d'acides nucléiques." Lyon 1, 1987. http://www.theses.fr/1987LYO19034.
Full textAbstract:
Une description statistique des regions des genomes codant pour les proteines (les "parties codantes") est presentee. La methodologie utilise a la fois une modelisation de l'information et des outils de description. Les schemas entite-association constituent un outil de representation des relations logiques entre des jets biologiques. La description des sequences a utilise essentiellement des methodes multivariees et des statistiques non parametriques. Ces analyses montrent l'existence de biais importants dans l'usage du code ainsi que dans certaines relations de voisinage entre bases. Ces biais peuvent s'interpreter, au moins en partie, comme resultant de contraintes liees aux differents processus moleculaires auxquels participent ces sequences. Chez e. Coli, le processus de traduction a ete clairement mis en cause. Une repercussion de ces contraintes sont la nature de la proteine codee a pu etre mise en evidence dans plusieurs cas. L'observation de biais tres differents dans des sequences homologues (en particulier mitochondrial) a permis de discuter de la stationnarite du processus evolutif
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Roux, Stéphane. "Analyse en ondelettes de l'auto-similarité de signaux en turbulence pleinement développée." Aix-Marseille 2, 1996. http://www.theses.fr/1996AIX22086.
Full textAbstract:
Nous nous sommes interesses au phenomene d'intermittence en turbulence pleinement developpee ; pour cela, nous nous sommes appuyes sur l'analyse en ondelettes de differents champs turbulents tels que les champs de vitesse, de pression et de dissipation. L'ensemble de nos resultats montre que la description multifractale generalement admise pour rendre compte de ce phenomene dans les flots a tres grands nombres de reynolds n'est pas valide. En particulier, la recherche d'un processus de cascade a mis en evidence une absence d'invariance d'echelle des champs de vitesse et de dissipation. Nous avons de plus montre que ce dernier ne presente pas un caractere auto-similaire. Cette observation remet en cause, non seulement la plupart des modeles de cascade d'energie, mais aussi la validite de l'hypothese de similarite locale formulee par kolmogorov et obukhov (ko62) reliant la statistique des fluctuations des champs de vitesse et de dissipation. L'etude des statistiques des coefficients de la transformee en ondelettes restreinte aux maxima de son module, revele la nature log-normale a toute echelle des fluctuations de ces champs. Neanmoins, contrairement au modele log-normal de kolmogorov et obukhov, les parametres des gaussiennes n'evoluent pas de maniere logarithmique dans les echelles mais de maniere plus complexe. L'utilisation de la transformee en ondelettes pour la detection et la caracterisation des filaments de vorticite dans le champ de pression nous a permis de montrer que ces evenements ne sont pas correles et suivent une loi de poisson. La contribution statistique de ces filaments ne suffit pas a rendre compte totalement du phenomene d'intermittence
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Rossi, Sabina. "Analyse pollinique de la séquence lacustre Pléistocène de Piànico-Sèllere (Italie)." Aix-Marseille 3, 2003. http://www.theses.fr/2003AIX30044.
Full textAbstract:
L'analyse pollinique de la séquence sédimentaire de Piànico-Sèllere, intégrée avec des études stratigraphiques, sédimentologiques, paléontologique et géochronologiques, a permis de reconstituer les changements environnementaux au cours d'un complexe interglaciaire du Pléistocène Moyen. La succession inclut des dépôts lacustres (Formation de Piànico) qui comprennent 4 unités, dont une laminée annuellement (varves carbonatées). La durée de l'intervalle couvert par les dépôts lacustres avoisine 18 000 ans. La datation K/Ar d'un téphra a donné un âge de 779±13 ka. L'analyse pollinique a montré l'existence d'une longue période dominée par des forêts mésothermophiles, suivie par des phases à Pinus/prairies steppiques alternant avec des phases à caducifoliées. Les transitions entre différents types de végétation ont lieu en 200-300 ans. L'interglaciaire couvert par la séquence varvée a été corrélé avec le stage isotopique marin 19 et au complex Cromérien de la stratigraphie continentalePollen analysis of the sedimentary succession of Piànico-Sèllere, integrated with stratigraphical, sedimentological, paleontological, geochronological studies, provided evidence of environmental changes during a complex interglacial of the Middle Pleistocene. The succession includes lacustrine deposits (Piànico Formation) consisting of 4 units, of which one annually laminated (calcite varves). The time span represented by the lacustrine deposits is about 18,000 years. These deposits contain a tephra layer, which has a K/Ar date of 779±13 ka. Pollen analysis indicates the presence of a long time period dominated by mesothermophilous forest vegetation, followed by alternating conifers/steppic grasslands and broad-leaved forests. The transitions between different vegetation assemblages occurred over 200-300 years. The interglacial represented by the varved sequence has been correlated with the marine oxygen isotopic stage 19 and with the Cromerian complex of the continental stratigraphy
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Bicep, Cédric. "Métagénomique intégrative : étude de la diversité génétique par des méthodes de réseaux de similarité de séquence et application au microbiome intestinal humain." Paris 6, 2013. http://www.theses.fr/2013PA066778.
Full textAbstract:
Le nombre de génomes complets et de métagénomes ne cesse d’augmenter, et se chiffre en milliers. Les séquences d’eucaryotes, de procaryotes et d’éléments génétiques mobiles ainsi obtenues sont riches en information au sujet de l’évolution microbienne. Les méthodes comparatives utilisées pour étudier une telle quantité de données sont néanmoins encore assez limitées. Dans cette thèse, j’ai développé de nouveaux outils et de nouveaux protocoles exploitant les propriétés topologiques des réseaux de similarité de séquence. Ces avancées méthodologiques ont permis (i) de détecter et de visualiser les transferts latéraux de gènes entre souches bactériennes et éléments génétiques mobiles, (ii) d’analyser l’évolution combinatoire d’un prophage marin contenu dans l’ADN de la proie bactérienne d’une cellule de protiste isolée de l’environnement, (iii) d’améliorer plusieurs étapes de l’analyse des données massives de séquençage à haut débit, grâce à un protocole testant la qualité biologique des lectures assemblées en transcriptomique, et grâce à des méthodes de tri autorisant la comparaison de plusieurs centaines de milliers de séquences au sein d’un même réseau de similarité. En appliquant ces méthodes à des données du microbiome intestinal humain, j’ai ainsi analysé l’interaction fonctionnelle entre les éléments génétiques mobiles et leur hôtes bactériens, et suggéré que les éléments génétiques mobiles de la flore intestinale jouent un rôle encore sous-évalué dans la santé humaineThe number of completely sequenced genomes and metagenomes keeps growing, and reaches several thousands. The sequences from eukaryotes, prokaryotes and mobile genetic elements they contain are full of information about microbial evolution. The comparative methods that are used for studying such a large amount of data are however still rather limited. In this thesis, I have developed new tools and new protocols that exploit the topological properties of sequence similarity networks. These methodological novelties have allowed (i) detecting and visualizing lateral gene transfers between bacterial strains and mobile genetic elements, (ii) analyzing the combinatorial evolution of a marine prophage, found in the DNA of a bacterium that was predated by a protist cell isolated from the environment, (iii) improving several steps of the analysis of massive data from high-throughput sequencing, with a protocol that estimates the biological quality of reads assembly in metatranscriptomics and with sorting methods that allow the comparison of several hundreds of thousand sequences within the same similarity network. I have also applied these methods to sequence data from human gut microbiome, analyzed the functional interaction between mobile genetic elements and their bacterial hosts and suggested that mobile genetic elements from the intestinal flora play a role in human health that is still underestimated
Books on the topic "Analyse de similarité de séquence"
1
E, Hugli T., and Protein Society Meeting, eds. Techniques in protein chemistry. San Diego: Academic Press, 1989.
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2
An introduction to risk calculation in genetic counselling. Oxford: OUP, 1991.
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3
J, Bishop M., and Rawlings Christopher J. 1954-, eds. DNA and protein sequence analysis: A practical approach. Oxford: IRL Press at Oxford University Press, 1997.
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4
Knut, Reinert, ed. Biological sequence analysis using the SeqAn C++ library. Boca Raton: Chapman & Hall/CRC Taylor & Francis, 2009.
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5
Gogol-Döring, Andreas. Biological sequence analysis using the SeqAn C++ library. Boca Raton: Chapman & Hall/CRC Taylor & Francis, 2009.
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6
L, Smith Cassandra, and Human Genome Project, eds. Genomics: The science and technology behind the Human Genome Project. New York: Wiley, 1999.
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7
D, Baxevanis Andreas, and Ouellette B. F. Francis, eds. Bioinformatics: A practical guide to the analysis of genes and proteins. 2nd ed. New York, NY: Wiley-Interscience, 2001.
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8
Gene cloning and DNA analysis: An introduction. 5th ed. Oxford, UK: Blackwell Pub., 2006.
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9
Techniques in protein chemistry. San Diego: Academic Press, 1989.
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10
Problems and Solutions in Biological Sequence Analysis. Cambridge University Press, 2006.
Find full textBook chapters on the topic "Analyse de similarité de séquence"
1
Delcambre, Isabelle. "Chapitre VII. Analyse de la séquence didactique." In L’exemplification dans les dissertations, 191–224. Presses universitaires du Septentrion, 1997. http://dx.doi.org/10.4000/books.septentrion.48186.
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2
KARBOU, Fatima, Guillaume JAMES, Philippe DURAND, and Abdourrahmane M. ATTO. "Seuils et distances pour la détection de neige avec les séries d’images Sentinel-1." In Détection de changements et analyse des séries temporelles d’images 1, 139–58. ISTE Group, 2022. http://dx.doi.org/10.51926/iste.9056.ch5.
Full textAbstract:
Dans ce chapitre, nous abordons l'estimation de l'étendue de la neige humide à l'aide de la méthode de seuillage de rétrodiffusion de Nagler. Nous examinons également certaines autres options intéressantes pour améliorer la détection de neige humide en explorant l'utilisation de métriques de similarité (comme le rapport de corrélation croisée normalisée, la distance de Hausdorff et certaines autres fonctions de distance d'images plus raffinées). Plusieurs distances sont calculées et testées sur une base de données de séries chronologiques d'images Sentinel-1 SAR de différentes tailles au-dessus des Alpes françaises. Le métriques résultantes sont évoquées et comparées à la méthode de Nagler, ainsi qu'à des données indépendantes.
3
PHAM, Minh-Tan, and Grégoire MERCIER. "Détection de changements sur les graphes de séries SAR." In Détection de changements et analyse des séries temporelles d’images 1, 183–219. ISTE Group, 2022. http://dx.doi.org/10.51926/iste.9056.ch7.
Full textAbstract:
Nous proposons d'exploiter l'interaction entre des points-clés/caractéristiques dans un modèle de graphe pondéré pour développer une nouvelle méthode de suivi de texture afin de traiter la tâche de détection de changements. Dans ce chapitre, nous montrons que les points-clés d'extrema locaux sont susceptibles de capturer les informations radiométriques et contextuelles importantes de l'image. Leur interaction peut être codée par un modèle de graphe basé sur leurs mesures de similarité, qui ne néessitent que des petits patchs de pixels autour des point&-clés. Qui plus est, le graphe construit est capable de caractériser à la fois des informations d'intensité et de géométrie à partir du contenu d'images, donc pertinentes pour le suivi de texture. À cette fin, si un graphe est construit à partir d'une des deux images SAR, le niveau de changement entre celle&-ci peut être mesuré d'après le degré auquel l'information de l'autre image reste conforme à la structure du graphe en question. Cette remarque conduit à notre stratégie proposée de suivi de texture pour la détection de changements.