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Dissertations / Theses on the topic 'Anaerobe E.coli K12'
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Chaudhary, Nida. "Anaerobic fermentation of glycerol by Escherichia coli K12 for the production of ethanol." Thesis, McGill University, 2010. http://digitool.Library.McGill.CA:8881/R/?func=dbin-jump-full&object_id=92278.
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2
Simonte, Francesca Maria [Verfasser], and J. [Akademischer Betreuer] Gescher. "Untersuchung zur anaeroben Regulation des prp-Operons in Escherichia coli K12 im Hinblick auf die Entwicklung eines Propionatbiosensors / Francesca Maria Simonte ; Betreuer: J. Gescher." Karlsruhe : KIT-Bibliothek, 2016. http://d-nb.info/111427335X/34.
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3
Malik, Noor-e.-Mobeen. "Homologous intermolecular recombination in Escherichia coli K12." Thesis, University of Cambridge, 2000. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.621901.
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4
Hough, Melinda Terace. "Streptomycin and Escherichia coli K12 MG1655 cell death." Thesis, University of Edinburgh, 2008. http://hdl.handle.net/1842/24714.
Full textAbstract:
To investigate the molecular changes induced by streptomycin, spotted cDNA microarrays representing 99.6% of the E. coli K12 MG1655 genome were employed. Changes to the transcriptome were detected within 10-minutes of drug addition. Following 30-minutes of treatment, 172 transcripts representing 4% of the genome were differentially regulated; although rpsL, the molecular target of streptomycin, was not affected. A striking, and almost complete, induction of three key stress responses were observed: heat shock, phage shock, and drug sensitivity. Members of the heat shock response were most enriched; hsIS was consistently the highest up-regulated transcript. The most significant of the few uncharacterized transcripts observed was yccV, a hemi-methylated oriC DNA-binding protein. Surprisingly, a lack of coordination between the induction of the anaerobic metabolism transcriptional regulator, fnr, and its downstream targets was observed. Transcripts associated with the energy-rich processes of motility, chemotaxis, and anaerobic metabolism were repressed. To determine whether hsIS or yccV played a critical role in streptomycin-induced cell death, unmarked knock-out mutants were engineered and characterized. During mutant engineering, a previously undescribed large scar sequence was identified and sequenced. Neither mutant exhibited a reduction in fitness, change in the minimum inhibitory concentration, or dose-response when compared to the parent strain. These two targets may be important in the overall mechanism of streptomycin lethality, but are not solely responsible for it. The work presented herein provides a detailed picture of the immediate molecular response of E. coli K12 MG1655 to streptomycin and suggests that its antibiotic action as a whole is more complex than the interaction of a single compound with a single target.
5
Brown, Angela. "An ecotoxicogenomic study in Escherichia coli K12-MG1655." Thesis, University of Newcastle Upon Tyne, 2005. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.417436.
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6
Picksley, S. M. "Inducible recombination and DNA repair in Escherichia coli K12." Thesis, University of Nottingham, 1985. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.332729.
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7
Hagan, Nicola Frances Petrina. "Analysis of the Escherichia coli K12 RuvC recombination protein." Thesis, University of Nottingham, 1996. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.321461.
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8
PEBORDE, JEAN PASCAL. "Etude biochimique et immunologique du lipopolysaccharide d'escherichia coli k12." Toulouse 3, 1989. http://www.theses.fr/1989TOU30074.
Full textAbstract:
Detection du lipopolyoside (lps) au cours de la purification de proteines issues d'escherichia coli. Mise au point d'une technique elisa par inhibition, application au controle de la purification de l'hormone de croissance humaine (hgh) produite par e. Coli. Comportement chromatographique du lps sur differents supports et au cours de la purification de l'hgh. Etude des interactions lps/proteines dans le cas de la serumalbumine et de l'hgh
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Clugston, C. K. "Amplification of an IS1-flanked unit in Escherichia coli K12." Thesis, University of Glasgow, 1986. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.234833.
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10
Iobbi-Nivol, Chantal. "Mise en évidence d'une seconde nitrate réductase chez Escherichia coli K12." Aix-Marseille 2, 1989. http://www.theses.fr/1989AIX22069.
Full textAbstract:
Nous avons mis en evidence chez e. Coli l'existence d'une seconde nitrate reductase, appelee nitrate reductase z. Une etude biochnimique, montre que si cette enzyme presente de nombreuses proprietes similaire's a celles de la nitrate reductase a, leur sensibilite a la trypsine et leur comportement electrophoretique sur gel de polyacrylamide en conditions non denaturantes les differencient nettement. Une etude immunologique a mis en evidence l'existence d'epitopes communs et distincts entre elles. De plus, cette etude montre que la biosynthese des deux complexes enzymatiques est regulee de facon differente: une des fonctions de la nitrate reductase z serait d'assurer le transfert des electrons vers le nitrate lors de la transition aerobiose-anaerobiose. Les genes de structure des deux nitrates reductases sont tres homologues, identiques en taille et organisees de facon similaire. Leurs regions regulatrices sont par contre differentes. L'etude des sequences du gene narh de l'operon narghji, nous a conduits a reconsiderer le mecanisme fonctionnel de la nitrate reductase a. Chaque sous-unite de la nitrate reductase z semble posseder la meme fonction que la sous-unite qui lui est homologue dans le nitrate reductase a. A l'issu de ce travail, nous proposons que les operons narghji et parzywv proviennent d'une duplication de genes ancestraux qui aurait ete suivie d'une evolution divergente
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Elmore, M. J. "Studies on the regulation of potassium efflux in Escherichia coli K12." Thesis, University of Aberdeen, 1992. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.592399.
Full textAbstract:
Aspects of the regulation of potassium efflux in Escherichia coli have been studied; in particular the mechanism by which NEM induces efflux. NEM induces efflux only in strains in which kefB and/or kefC are present. NEM-induced efflux via KefC is greater than via KefB, and the two gene products do not appear to interact. Mutant KefC alleles causing spontaneous efflux were studied. Plasmid-borne kefC+ allele can restore NEM-induced efflux to a strain lacking both kefB and kefC. NEM inhibits potassium uptake. An unc strain depleted of ATP by glucose starvation still gave NEM-induced efflux. Depletion by addition of iodoacetate inhibited NEM induced efflux but restoration of the ATP pool did not restore efflux. Similarly iodoacetate induced NEM-induced efflux in an ATP replete unc+ strain. Iodoacetate alone elicits slow potassium efflux. Addition of uncoupler did not inhibit the NEM effect. The NEM-induced efflux system can transport Rb+. The main target of NEM and iodoacetate is the intracellular glutathione pool; NEM does not elicit efflux in a glutathione-deficient strain unless glutathione is added exogenously. Reaction with iodoacetate (or a similar reagent) with glutathione prevents reaction of NEM with glutathione and hence the NEM effect. HPLC and TLC have been used to identify products of reaction of sulphydryl reagents with glutathione.
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Oxbek, B. "The effect of imperfect mixing on the performance of Escherichia coli K12." Thesis, Swansea University, 1993. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.638386.
Full textAbstract:
The facultative anerobic nature of Escherichia coli allows the study of the effects of oxygen on growth, metabolism and enzyme expression in a deliberately poorly mixed fermentation system that mimic conditions found in industrial fermenters. A methionine auxotroph of Escherichia coli, NCIMB 9481, grown on a defined medium, was used to investigate scale-down fermentations. Two approaches were taken to investigate this problem. The first involved the construction, characterisation and operation of a laboratory fermentation system. The continuous fermentation system consisted of a 2 L stirred tank reactor (CSTR) which is linked to a 0.5 L recirculating plug flow tubular reactor (PFTR). The second approach involved the development of a general mathematical model to describe the growth of Escherichia coli in the combined system (CSTR + PFTR). The model based on Monod kinetics, took into account the mixing environment in the reactor and was able to predict the oxygen sensitive substrate (glucose) consumption, endogenous metabolism, biomass formation, metabolic end-product formation (ethanol, acetic acid and carbon dioxide), and the expression of the malate dehydrogenase enzyme. The growth of Escherichia coli in the combined system and its physiological response to variations in recirculation rate, aeration rate, initial substrate concentration were then investigated. These results, when compared with those predicted by the simulation, demonstrated that the model gave an accurate prediction of microbial product formation with the exception of the metabolic end-products. Simulations were then used to explore the mixing characteristics of the combined system. In particular the response of the microbe to mixing as expressed by the volume fraction (εT), (VPFTR/(VPFTR+ VCSTR)), and the recirculation ratio (R). The results show that εT significantly effects the performance of Escherichia coli. The recirculation ratios (R) only effect the system at high dilution rates where system deviates from CSTR mixing theory.
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Burgess, Sherese E. "Identifying Oxidative changes in E coli K12 under photocatalytic stress by TiO2." DigitalCommons@Robert W. Woodruff Library, Atlanta University Center, 2012. http://digitalcommons.auctr.edu/dissertations/305.
Full textAbstract:
The inactivation of E. coli K12 (ATCC 27325) and the changes in protein content and protein oxidation during the photocatalytic inactivation with titanium oxide, Degussa P25, was investigated under long wavelength U’! (365 nm) light. The bacterial suspensions were challenged with UV light (365 nm) for 0, 15, 30, and 60 mm, samples collected serially diluted, plated, incubated and enumerated to determine rate of inactivation. The protein was recovered from these bacterial suspensions by centrifugation and the protein content determined by the Lower method and the extent of oxidation determined by treatment with 2,4-dinitorphenyihydrazien and measuring the absorbance at 427 nm. The recovered proteins were also characterized by sodium dodecyl sulfate poly acrylamide gel electrophoresis (SDA PAGE) and Western Blotting. The decrease in protein content and degree of protein oxidation was found to parallel cell inactivation.
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Blakely, Garry William. "The regulation and stability of insertion sequence IS1 in Escherichia coli K12." Thesis, Queen's University Belfast, 1989. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.335291.
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Naom, Isam Said. "Molecular and functional analysis of the sbcC gene of Escherichia coli K12." Thesis, University of Nottingham, 1991. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.294029.
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Benson, Fiona Elizabeth. "Molecular cloning and analysis of the ruv gene of Escherichia coli K12." Thesis, University of Nottingham, 1988. http://eprints.nottingham.ac.uk/30593/.
Full textAbstract:
Mutations in the ruv gene of Escherichia coli K-12 result in an increased sensitivity to agents that damage DNA. Studies presented in this thesis demonstrate that the ruv gene product is required for conjugational recombination in certain genetic backgrounds. From this it was inferred that the role of the ruv gene product was in the recombination repair of daughter strand gaps and double strand breaks in damaged DNA. In addition, the ruv gene product is shown to be required for the efficient recovery of F' transconjugants in certain genetic backgrounds, suggesting that recombination between transferred F' and the recipient chromosome may be an obligatory event in these strains. Expression of ruv is regulated as part of the SOS response to DNA damage, by the lexA and recA gene products. The ruv gene product appears not to have any major role in its own regulation, however the basal level of expression of other SOS genes is increased in strains carrying ruv mutations. The ruv gene has been cloned on a 10.4kb HindIII fragment into the low copy number vector pHSG4l5, to give plasmid pPVA101, which has been demonstrated to complement the UV sensitivity of strains carrying any of the 10 different ruv mutations tested. Analysis of the proteins synthesised by pPVA101, its deletion derivatives, and derivatives with Tnl1000 insertions inactivating the ruv gene, allowed the identification of the ruv coding region, and suggested that the ruv gene encoded a 4lkd protein. In addition, regions of the cloned DNA coding for two further proteins of approximately 24kd and 33kd were identified. The sites of insertion of Mud(Ap)Rlac and Tn10 elements in the ruv gene were mapped, which allowed the direction of transcription to be determined, and suggested that the 4lkd protein may be cotranscribed with the 24kd protein from a promoter upstream of the smaller protein. This was substantiated by the demonstration that two of the ruv mutations studied were chromosomal inversions, one of which had its end point within the coding region for the 24kd protein, and by the isolation of an SOS inducible promoter derived from the region upstream of the 24kd protein. The nucleotide sequence of the ruv region revealed two open reading frames, designated ruvA and ruvB, with coding potential for proteins of 22087 daltons and 37177 daltons respectively, corresponding to the proteins with molecular weights estimated as 24kd and 41kd from SOS-polyacrylamide gels. A possible promoter, and two sequences with homology to the LexA binding site consensus sequence were identified upstream of the coding region of the 22kd protein. An amino acid sequence within the proposed RuvB protein was identified with homology to ATP binding sites of other proteins 950involved in DNA metabolism.
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Pöplau, Petra. "Interaktionen zwischen löslichen Komponenten des flagellenspezifischen Typ III-Sekretionssystems von Escherichia coli K12." Diss., lmu, 2007. http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bvb:19-79082.
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Green, Stephen Mark. "Purine nucleotide biosynthesis in Escherichia coli K12 : molecular biology of the purB gene." Thesis, University of Southampton, 1992. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.316409.
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Liébart, Jean-Claude. "Mecanisme d'integration de l'adn du bacteriophage mu dans le chromosome d'escherichia coli k12." Paris 6, 1987. http://www.theses.fr/1987PA066184.
Full text
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Liébart, Jean-Claude. "Mécanisme d'intégration de l'ADN du bactériophage Mu dans le chromosome d'Escherichia coli K12." Grenoble 2 : ANRT, 1987. http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb37607449h.
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Tsilibaris, Virginie. "A la recherche de la fonction des systèmes toxine-antitoxine chromosomiques d'E. coli K12." Doctoral thesis, Universite Libre de Bruxelles, 2008. http://hdl.handle.net/2013/ULB-DIPOT:oai:dipot.ulb.ac.be:2013/210519.
Full textAbstract:
Les systèmes toxine-antitoxines (TA) sont abondants dans la majorité des génomes bactériens séquencés à ce jour. Ces systèmes codent une toxine stable qui inhibe soit la transcription, soit la traduction, et une antitoxine qui contrecarre l’effet de la toxine par formation d’un complexe avec celle-ci. L’antitoxine est instable suite à sa dégradation continue par les protéases ATP-dépendantes. Afin de maintenir un ratio antitoxine :toxine constant en condition normale de croissance, l’expression des systèmes TA est régulée négativement au niveau transcriptionnel par le complexe toxine-antitoxine.Au début de notre travail, cinq systèmes TA étaient identifiés dans le chromosome d’E. coli. Il avait été montré par notre laboratoire que parmi ces systèmes, seul yefM-yoeB était activé en condition de surproduction de la protéase ATP-dépendante Lon. Ce résultat était surprenant puisque Lon était connue pour dégrader également l’antitoxine RelB du système chromosomique relBE. Un des objectifs de notre travail était de comprendre les mécanismes sous-jacents à cette spécificité. Nous avons montré que l’antitoxine YefM était dégradée à la fois par Lon et les protéases ClpAP et ClpXP. Nous avons également montré qu’en condition de surproduction de Lon, YefM était fortement instable (t1/2~ 10 min. vs 60 min en condition normale). Cette instabilité accrue permet donc l’activation du système yefM-yoeB, c’est-à-dire la libération de la toxine YoeB du complexe qu’elle forme avec YefM. Nous avons également avons montré que le t1/2 de RelB n’était pas affecté par la surproduction de Lon, ce qui explique pourquoi le système relBE n’est pas activé dans ces conditions. Notre hypothèse était qu’un cofacteur soit nécessaire à la dégradation de RelB par Lon et que celui-ci serait limitant dans nos conditions expérimentales. Le crible génétique que nous avons réalisé n’a cependant pas permis d’identifier de cofacteur de dégradation ni de régulateur transcriptionnel en trans du système relBE.
Un deuxième volet de notre travail de thèse a consisté en l’étude de la fonction des systèmes TA chromosomiques. L’hypothèse prévalente au début de notre travail était que les systèmes TA soient intégrés dans les voies adaptatives de réponses au stress. Cependant, le résultat de leur activation était controversé. L’hypothèse du groupe de Gerdes était que leur activation mène à un état bactériostatique réversible alors que le groupe d’Engelberg-Kulka montrait que le système mazEF était un système de mort programmée. Afin d’éclaircir le rôle des cinq systèmes TA dans la physiologie d’E. coli, nous avons testé l’effet de nombreux stress sur la croissance et la viabilité de souches sauvages et de souches délétées de ces systèmes. Aucune des conditions que nous avons testées n’a entraîné une diminution de la viabilité excluant de manière définitive l’hypothèse de la mort programmée. De plus, l’inhibition de croissance causée par ces différents stress s’est avérée être indépendante des cinq systèmes, de même que la phase de récupération suivant les différents stress. Enfin, nos expériences de compétition ont clairement démontré que les cinq systèmes ne procuraient aucun avantage sélectif aux bactéries dans des conditions de compétition en carence nutritive. Les systèmes TA étudiés dans ce travail ne jouent donc aucun rôle dans l’adaptation aux stress que nous avons testé puisqu’ils n’améliorent ni l’aptitude (fitness), ni la compétitivité des bactéries dans ces conditions.
Doctorat en Sciences
info:eu-repo/semantics/nonPublished
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Sharples, Gary John. "Molecular organisation and functional analysis of the chromosomal ruv region of Escherichia coli K12." Thesis, University of Nottingham, 1990. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.276350.
Full text
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Giffard, P. M. "A study of the effects of a novel rpoA mutation (phs) in Escherichia coli K12." Thesis, University of Aberdeen, 1986. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.377599.
Full textAbstract:
An Escherichia coli strain carrying the phs mutation was isolated by other workers who were interested in determining the role of the Na /H antiport in pH homeostasis. The mutation was observed to cause impaired growth on L-glutamate amd melibiose and was also reported to cause a sensitivity to alkaline conditions due to an impairment in pH homeostasis. Since uptake of both glutamate and melibiose is energised by a Na+ gradient, these observations were interpreted as evidence that the phs mutation impairs Na+ /H+ antiport activity, and so by implication, that the Na+ /H+ antiport is involved in pH homeostasis in E. coli. In work for this thesis, evidence was accumulated that the phs mutation does not affect Na+ /H+ antiport activity. Proline uptake, which is energised by a Na+ gradient, was found to be normal in a mutant strain. Also, arabinose uptake via two different transport systems, neither of which is energised by a Na+ gradient, was found to be impaired by the mutation. K+ uptake by Na+ loaded cells, a phenomenon which is thought to give a measure of Na+ /H+ antiport activity, was not affected by the mutation. Studies on growth under alkaline conditions indicated that growth is not impaired by the mutation. Evidence was obtained however, that the phs mutation causes filamentation under these conditions. There is a possibility that this may be due to an effect on the penicillin-binding protein content of the cell envelope. Investigations of the effect of the mutation on pH homeostasis suggested that it affects either pH homeostasis, or the validity of the techniques used for determining the cytoplasmic pH. In view of the mapping of the mutation to the gene coding for the α-subunit of RNA polymerase (Rowland et al, 1985), the effects of the mutation on transcription were studied. It was found that the mutation dramatically impairs transcription of genes under the positive regulation of the AraC gene product. An examination of the effect of the mutation on transcription from a variety of different promotors showed that the transcription defect is highly selective. Some evidence was obtained that the mutation impairs the process of positive regulation. To test this, the effect of the mutation on transcription from AraC independent derivatives of an AraC dependent promoter was determined. In the absence of AraC, the mutation had no effect. In the presence of AraC, complex effects were observed. It was concluded that the mutation affects the process of positive regulation or CRP-cAMP mediated derepression of this promoter.
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Tennoune, Naouel. "Validation du concept du mimétisme moléculaire entre les protéines d'E. Coli K12 et l'α-MSH." Rouen, 2013. http://www.theses.fr/2013ROUES043.
Full textAbstract:
La régulation de la prise alimentaire et le maintien de l’homéostasie énergétique mettent en jeu des interactions entre les organes périphériques et le système nerveux central. Des autoanticorps (autoAc) dirigés contre les peptides régulateurs de l’appétit, dont le neuropeptide anorexigène l’α-MSH, ont été identifiés chez des patients souffrant de troubles du comportement alimentaire (TCA). Cependant, l’origine de ces autoAc reste inconnue. Une étude in silico a montré la présence des séquences similaires entre l’α-MSH et les protéines du microbiote intestinal, ce qui suggère que le microbiote intestinal pourrait être à l’origine des autoAc dirigés contre l’α-MSH selon le concept du mimétisme moléculaire. Le but de ce projet était de valider le concept de mimétisme moléculaire entre les protéines bactériennes et l’α-MSH. Dans une première partie, nous avons identifié par étude protéomique, à partir d’extraits protéiques de la bactérie E. Coli K12, la protéine bactérienne ClpB. Nous avons montré que la ClpB possède une homologie conformationnelle avec l’α-MSH. Après l’immunisation de souris avec la protéine ClpB, un effet sur le poids, la prise alimentaire ainsi que l’anxiété ont été observés. Nous avons démontré que la protéine ClpB stimulait la sécrétion d’autoAc anti α-MSH de classe G. De plus, l’affinité des IgG anti α-MSH était également modulée par la protéine ClpB. Ces résultats valident le concept du mimétisme moléculaire entre la protéine bactérienne ClpB et l’α-MSH. Dans une seconde partie, nous avons approfondi l’étude du concept du mimétisme moléculaire en tenant compte des différences liées au sexe chez le Rat. En effet, les TCA touchent plus, les femmes que les hommes. Après gavage des rats mâles et femelles avec la bactérie E. Coli K12 durant 21 jours, nous avons montré que la bactérie E. Coli K12 est commensale chez les rats femelles alors qu’elle ne l’est pas chez les mâles. De plus, nous avons obtenu une augmentation du taux d’IgG anti α-MSH chez les rats femelles, alors que nous avons noté une augmentation d’IgM anti α-MSH chez les mâles. Cependant, l’affinité des IgG anti α-MSH a augmenté chez les femelles, tandis qu’elle est resté inchangée chez les mâles. Le taux des IgG anti ACTH a été également mesuré. En effet, les IgG anti ACTH étaient plus élevés chez les femelles que chez les mâles avant le gavage, par contre l’affinité des IgG anti ACTH après le gavage était augmentée pour les deux groupes. Nos résultats montrent que les bactéries commensales chez les femelles, et non pas chez les mâles peuvent constituer un risque microbien dans le développement des TCA. Dans une troisième partie nous avons étudié l’hypothèse que les protéines du microbiote intestinal puissent avoir un effet direct sur le comportement alimentaire et ce en fonction de la phase de croissance des bactéries au cours de nutrition régulière. Un modèle de culture d’E. Coli K12 sur 60 heures a été développé par administration de nutriments toutes les 12 heures afin de mimer les nutriments apportés par l’alimentation pendant les repas. Les protéines extraites à partir de la phase de croissance (repas) et de la phase stationnaire (satiété). Par étude protéomique, nous avons identifié des protéines surexprimées dans la phase exponentielle et stationnaire de la croissance bactérienne. L’administration des protéines de chaque phase chez le Rat à jeûn, a induit une augmentation de la prise alimentaire chez les rats recevant les protéines cytoplasmiques exponentielles. Cependant, l’injection de protéines membranaires en phase stationnaire diminuait la prise alimentaire. Une activation neuronale par le marquage de c-fos dans l’hypothalamus des rats a également été observée après l’administration des protéines bactériennesPeripheral and central regulatory peptides play important roles in mechanisms of appetite and body weight control. Recently autoantibodies (autoAbs) directed against appetite-regulating neuropeptides have been identified in subjects with eating disorders, suggesting that they may be involved in the mechanisms of altered appetite, but the origin of these autoAbs is unknown. Insilico study showed sequence homologies between α-melanocyte-stimulating hormone (α-MSH), a neuropeptide critically involved in the regulation of energy metabolism and proteins of gut microbiota. It suggests that gut microbiota can stimulate production of autoAbs against α-MSH by molecular mimicry. The aim of this project was to validate the molecular mimicry concept between gut microbiota proteins and α-MSH. In the first part, we applied a proteomic approach to identify if proteins of Escherichia coli (E. Coli) K12, a commensal strain of gut bacteria, may have molecular mimicry with α-MSH. We determine that E. Coli ClpB protein has conformational mimicry with α-MSH and that immunization of mice with ClpB stimulates production of anti-α-MSH IgG accompanied by increased food intake and body weight and lower anxiety in mice. We also showed that providing E. Coli K12 by gavage in rats increases body weight and plasma levels of ClpB and α-MSH-reactive IgG. Finally, we showed that anti-ClpB IgG are present in humans and that their plasma levels correlate with psychopathological traits in patients with eating disorders. Thus, bacterial proteins-stimulated production of IgG cross-reacting with peptide hormones appears as a molecular mechanism underlying bacterial control of host feeding behavior and emotion. In second part, to study gender differences observed in ED, we compared effects of chronic gavage with E. Coli K12 on the production of autoAbs against these melanocortin peptides between female and male rats. We found that prior to gavage, E. Coli K12 cDNA was detected in feces of female but not male rats. During gavage phase, body weight was increased in E. Coli exposed female rats but decreased in male rats. Independently to E. Coli treatment, plasma levels of anti- α-MSH and ACTH- IgG were higher in female than male rats. After gavage, female rats responded to E. Coli by increasing α-MSH IgG but male rats α-MSH IgM. Furthermore, E. Coli-treated females showed increased affinities of IgG for α-MSH which was not observed in males, but affinity of IgG for ACTH was increased in both female and male rats, although with different affinity kinetics. IgG from both control and E. Coli treated female rats enhanced more efficiently than IgG from male rats α-MSH-induced cAMP production by melanocortin 4 receptor expressing cells. Thus, these data show that the response to E. Coli K12 to produce autoAbs against melanocortin peptides is gender-dependent suggesting that presence or absence of E. Coli K12 as gut commensals may represent a gender-related risk factor relevant to eating disorders. Finally we studied if gut microbiota proteins can directly influence eating behaviour. Dynamics of bacterial growth depend on nutrients availability suggesting that it may differentially affect host control of food intake. We showed that repetitive nutrients provision to commensal E. Coli K12 bacteria modifies their proteomes so that the relative amount of bacterial enzymes involved in catabolic vs. Anabolic processes were elevated in the stationary phase indicating increased bacteria-derived energy substrates to the host. Furthermore, intraperitoneal administration of E. Coli proteins from the exponential phase increased but from the stationary phase decreased food intake in overnight fasted rats. In free feeding rats, E. Coli proteins increased c-fos expression in the hypothalamic ventromedial nucleus. These data show that nutrients-triggered changes of E. Coli proteome may increase satiety signalling to the host supporting involvement of gut microbiota in host control of food intake
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Wang, Yingying, and 王瑩瑩. "Bacterial degradation of ortho-dimethyl phthalate ester and adaptationof escherichia coli K12 to carbon-limited growth." Thesis, The University of Hong Kong (Pokfulam, Hong Kong), 2004. http://hub.hku.hk/bib/B29514794.
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Duplay, Pascale. "Approche génétique de la topologie fonctionnelle de la protéine affine du maltose chez Escherichia coli K12." Grenoble 2 : ANRT, 1986. http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb375973415.
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Bonnefoy, Violaine. "Nitrate réductases chez Escherichia coli K12 : régulation de l'operon nar GHJI et mise en évidence de l'isoenzyme narZ." Aix-Marseille 2, 1988. http://www.theses.fr/1988AIX22004.
Full textAbstract:
La biosynthese de la nitrate reductase d'escherichia coli est etudiee grace a une fusion d'operons entre le promoteur de l'operon nar ghji codant pour cet enzyme et les genes lac. Induite par le nitrate en anaerobiose, controlee positivement par le produit du gene fnr et autoregulee. Des mutants dee regulation, constitufifs, d'une part, dereprimes vis-a-vis de l'oxygene d'autre part, ont ete isoles. La zone de regulation de l'operon nar est compose de 2 ou 3 domaines: 1) le site de fixation du complexe represseur-corepresseur, responsable du controle par le nitrate, 2) le site de fixation de l'autoregulateur qui chevauche le domaine precedent, 3) le site de fixation de la proteine fnr, par l'intermediaire de laquelle le controle par l'oxygene se fait
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Larsonneur, Fanny. "Characterisation of new chaperone-usher fimbriae : the Yad fimbriae." Sorbonne Paris Cité, 2015. http://www.theses.fr/2015USPCC122.
Full textAbstract:
Très répandus dans la nature, les biofilms sont fréquemment des perturbateurs des processus industriels et peuvent également remettre en cause la sécurité sanitaire dans le domaine médical. La formation de biofilms débute par une étape d'adhésion associée à une importante variété de facteurs extracellulaires qui vont permettre la reconnaissance d'un grand nombre de ligands différents. Parmi ces adhésines, la famille des chaperone-usher constitue un groupe hétérogène et abondant de structures extracellulaires qui participent à la colonisation bactérienne de nombreux environnements. Un des axes de recherche de notre laboratoire vise à identifier et caractériser les acteurs moléculaires permettant à la bactérie modèle E. Coli d'adhérer aux surfaces et de former des biofilms. Cette bactérie possède une dizaine de chaperone-usher "cryptiques" en conditions classiques de laboratoire, mais fonctionnelles lorsqu'elles sont exprimées. Nous nous sommes concentrés sur un fimbriae formant des « fagot» lorsqu'il est exprimé chez E. Cou K-12 : le fimbriae Yad. Notre travail a débuté par une caractérisation structurale de Yad permettant d'identifier YadN comme la piline majeure formant la structure principale du fimbriae et YadC comme la lectine reconnaissant un sucre : le xylose. Un second axe d'étude a permis de mieux comprendre la complexité du réseau de régulation de yad mettant en jeux de nombreux régulateurs ainsi que des facteurs environnementaux tels que l'oxygène ou la température. Le xylose étant un des constituants principal de la biomasse végétale et l'expression de yad étant maximale en condition anaérobie et à des températures inférieures à 37°C, une étude dans la rhizosphère des plantes a été réalisée. Des expériences de compétitions de colonisations bactériennes dans la rhizosphère de graines de maïs germées ont ainsi démontré que les bactéries exprimant Yad colonisent mieux que la souche sauvage. Ces résultats suggèrent donc que le fimbriae Yad participe à la survie d' E. Coli à l'extérieur de son hôte, dans son habitat secondaireBacterial cell surface proteins and appendages mediate adhesion to surfaces or host tissues. Initial adhesion is thus a key step in colonization and biofilm formation pro cesses leading to infection. The chaperone-usher family includes many fimbriae promoting interaction with host specific epithelial cell surfaces as well as colonisation of secondary habitats such as plants. Our laboratory objective is to characterize E. Coli arsenal of adhesins since they allow certain microorganisms to survive in the host or on surfaces, to understand their role in E. Cou biology. We recently identified seven E. Cou K-12 chaperone-usher fimbriae silenced under classical laboratory conditions but functional when constitutively expressed. One of these fimbriae is produced upon the expression of the yad operon and forms a network of surfaces appendages forming bundles connecting bacteria. This structural organisation is responsible for the capacity of the Yad fimbriae to induce adhesion to abiotic and biotic surfaces. We undertook a functional characterisation of these fimbriae, thus identifying their structural components. We demonstrate that they promote adhesion of E. Coli to xylose through the lectin, YadC, located at die tip of the fimbriae. The study of yad regulation showed that it is strongly repressed by the nucleoid-associated protein H-NS. Additionally, we demonstrated that a complex regulatory network involving multiple regulators and environmental factors such as temperature and oxygenation also participate in the control of yad expression. Indeed, yad expression is highly increased in anaerobic conditions and at 30°C. Those results and Yad affinity for xylose prompt us to assay Yad involvement in rhizosphere colonization. Yad expressing bacteria colonize the rhizosphere more efficiently in competition experiments with the wild¬type strain. Those results show that E. Con possesses a large arsenal of adhesion factors, which expression is controlled by environmental conditions that could modulate its ability to colonize and persist
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Azevedo, Leandro Augusto da Cunha. "Estudo sobre as mudanças fenotípicas conferidas por plasmídios R provenientes de Klebsiella pneumoniae e Escherichia coli em transconjugantes de E. coli K12-R23." Universidade do Estado do Rio de Janeiro, 2011. http://www.bdtd.uerj.br/tde_busca/arquivo.php?codArquivo=6152.
Full textAbstract:
Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e TecnológicoPlasmídios são DNA extracromossômicos, com capacidade de se duplicarem de forma independente das células que os albergam, e são responsáveis pela expressão de uma variedade de características, como fatores de virulência. O material do presente estudo se constituiu da cepa receptora E. coli K12-R23, e de cepas de Klebsiella pneumoniae e de Escherichia coli, doadoras de plasmídios R e transconjugantes. O objetivo do presente estudo foi analisar os fenótipos conferidos em cepas transconjugantes de ambas bactérias pela transferência de plasmídios R de cepas doadoras para a receptora. Para a análise dos fenótipos, utilizaram-se, nas cepas do estudo, algumas variáveis: sensibilidade a antimicrobianos e a ERO, aderência a células HEp-2, e formação de slime e de biofilme. O marcador da presença de plasmídio, neste trabalho, foi a presença de resistênca à gentamicina nas cepas doadoras. Os resultados indicaram que houve transferência de plasmídio, pois as cepas transconjugantes de K. pneumoniae e de E. coli apesentaram este marcador (foram resistentes à gentamicina); além disso, as cepas transconjugantes mostraram perfis distintos da receptora em relação à sensibilidade aos antimicrobianos, às ERO, aos padrões de aderência às células HEp-2 e à formação de slime, apesar de a formação de biofilme nestas cepas não ter sofrido modificações. Observou-se, contudo, que várias características das cepas doadoras não foram encontradas nas cepas transconjugantes de E. coli e de K. pneumoniae.
Plasmids are extrachromosomal DNA that have the ability to duplicate independently of the host cells. Plasmids are responsible for the expression of a variety of characteristics of the cells, such as virulence factors. The present study utilized a receptor strain of E. Coli K12-R23 and strains of Klebsiella pneumoniae and E. coli which were R plasmids donor strains and transconjugant ones. The objective of this study was to analyze the attributed phenotypes of transconjugant strains in both bacteria caused by transference of R plasmids from the donor strains to the receptor ones. In order to analyze these phenotypes, the following variables were selected: sensitivity to antimicrobials and ROS, adherence to HEp-2 cells, and slime and biofilm structures. The marker of the presence of plasmids was gentamycin resistance in the donor strains. The observed results indicated that there was plasmid transfer; given that Klebsiella pneumoniae and E. coli strains presented the marker (e.g. they became resistant to gentamycin). Moreover, transconjugant strains have showed distinct profiles from the receptor strain concerning sensitivity to antimicrobials, ROS, adherence patterns to HEp-2 cells and slime structure. On the other hand, the biofilm structure of these strains did not present modifications. Yet, it was observed that several characteristics of the donor strains were not found in the transconjugant strains of E. coli and K. pneumoniae.
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Gleber, Conrad David. "The effect of AZT and AZT prodrugs on escherichia coli K12 analyzed in static phase by fluorospectroscopy /." Tallahassee, Fla. : Florida State University, 2010. http://purl.fcla.edu/fsu/lib/digcoll/undergraduate/honors-theses/2181941.
Full textAbstract:
Thesis (Honors paper)--Florida State University, 2010.Advisor: Dr. D. Tyler McQuade, Florida State University, College of Arts and Sciences, Dept. of Chemistry and Biochemistry. Includes bibliographical references.
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Stafslien, Shane J. "Preliminary Investigation of Escherichia Coli K12 Biofilm Inhibition on an Antimicrobial Polysiloxane Coating using Whole Transcriptome Profiling." Thesis, North Dakota State University, 2012. https://hdl.handle.net/10365/26642.
Full textAbstract:
Whole transcriptome profiling was examined in E. coli K12 when cultured on the surface of a pure polysiloxane coating (Sil) and a polysiloxane coating containing a tethered quaternary ammonium compound (QSil) shown to inhibit biofilm formation. An optimized protocol was developed for isolating high quality RNA from the surface of these coatings prepared in multi-well plates. DNA microarray data obtained from the Sil and QSil coatings revealed that 222 genes were differentially expressed between these two surfaces by a factor of at least 2-fold and with a 90% level of confidence. Several genes of the lsr operon, which encode the various components of the AI-2 based quorum sensing system, were repressed on the QSil coating surface. The QSil coatings ability to effectively interfere with the AI-2 based quorum sensing system was most likely the primary factor that contributed to the impairment of E. coli K12 biofilm formation on that surface.
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Bonnefoy, Violaine. "Nitrate réductases chez Escherichia coli K12 régulation de l'opéron narGHJI et mise en évidence de l'isoenzyme NarZ /." Grenoble 2 : ANRT, 1988. http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb376120618.
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Clavel, Thierry. "Le système Tol-Pal d'Escherichia coli K12 : organisation génétique et relation avec la synthèse de la capsule bactérienne." Lyon 1, 1996. http://www.theses.fr/1996LYO10227.
Full textAbstract:
Le systeme tol-pal d'escherichia coli k-12 est implique dans le maintien de l'integrite de la membrane externe et intervient dans l'entree de molecules de haut poids moleculaire telles que les colicines du groupe a ou l'adn des bacteriophages filamenteux. L'alteration de l'une des proteines tolq, tolr, tola, tolb ou pal rend les cellules sensibles aux sels biliaires, provoque l'excretion de proteines periplasmiques et modifie la morphologie des cellules (colonies mucoides). Les unites de transcription de la region tol-pal ont ete identifiees a l'aide de fusions d'operons realisees entre les genes tol-pal et le gene lacz. Deux operons contigus ont ete mis en evidence: orf1tolqtolrtola et tolbpalorf2. L'inactivation des genes orf1 et orf2 a permis d'etablir que les produits de ces genes ne sont pas impliques dans le maintien de l'integrite de la membrane externe ou dans l'entree des colicines du groupe a et de l'adn des bacteriophages filamenteux. L'expression de l'operon orf1tolqtolrtola est activee par la proteine capteur rcsc qui intervient dans la regulation de la synthese de la capsule bacterienne. Certaines alterations de la surface cellulaire telles que celles provoquees par des mutations dans les genes tol ou pal induisent la synthese de capsule. Le systeme tol-pal pourrait donc participer aux mecanismes de defense de la cellule vis-a-vis des agressions de l'environnement telles que la dessiccation ou la phagocytose par les cellules eucaryotes, en etant intimement couple a la synthese de la capsule bacterienne
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BEJAR, SAMIR. "Etudes de la region du terminus du chromosome d'escherichia coli k12 : replication et controle de la division cellulaire." Toulouse 3, 1986. http://www.theses.fr/1986TOU30190.
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Silvestro, André. "Etude de la triméthylamine N-oxyde réductase enzyme terminale d'un système transporteur d'électrons anaérobie chez Escherichia coli K12." Aix-Marseille 2, 1989. http://www.theses.fr/1989AIX22001.
Full textAbstract:
Etude de la trimethylamine-n-oxyde reductase inductible (tmao reductase) chez escherichia coli: regulation, structure quaternaire et analyse de certaines de ses proprietes biochimiques. L'enzyme s'est revelee etre une molybdoenzyme. Les mutants chlorate resistants sont defectueux pour l'activite nitrate reductase et tmao reductase. L'utilisation d'un nouveau systeme de complementation a permis de mettre en evidence le role joue par le cofacteur a molybdene dans la reactivation in vitro de la nitrate, reductase et de la tmao reductase du mutant chlb. La localisation periplasmique de la tmao reductase inductible a permis de differencier cette enzyme de la tmao reductase constitutive qui est essentiellement membranaire
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Béjar, Samir. "Etudes de la région du terminus du chromosome d'Escherichia coli K12 réplication et contrôle de la division cellulaire." Grenoble 2 : ANRT, 1986. http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb375957931.
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De, Roubin Marie-René. "Biosynthèse de la D-anlanyl-D-alanine, précurseur du peptidoglycane bactérien, et sa régulation chez Escherichia coli K12." Grenoble 2 : ANRT, 1987. http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb37609505n.
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Madiraju, Kartik. "On the prediction of power outputs in a microbial fuel cell employing Escherichia coli K12 as the biocatalyst." Thesis, McGill University, 2013. http://digitool.Library.McGill.CA:80/R/?func=dbin-jump-full&object_id=119442.
Full textAbstract:
The lack of access to clean electricity and water in developing nations has given importance to the development of low-cost, widely applicable energy technologies. Microbial fuel cells are being explored as potential sources of clean electricity. A microbial fuel cell (MFC) is a device, in which bacteria produce electrons by oxidizing organic material, which are shuttled from the anode to the cathode, producing a current; the only byproducts of this process are respiratory waste in the form of water and carbon dioxide. Although significant advances have been made in optimizing MFCs for power output, power outputs are not always reproducible, and most importantly, MFC performance is not yet predictable under different operating conditions. These two challenges are prerequisites to the commercialization of MFC technology. In this study, a single-chamber MFC employing E.coli K12 as the biocatalyst was used to optimize power outputs and operating conditions, and demonstrate the reproducibility of MFC data. This prototype MFC was able to produce a maximum of 100 mW/m3 of reactor volume, at optimized electrode distance (2.54 cm), ionic strength of 0.5, and using a culture electrochemically activated for three generations. The data was reproducible with maximum standard errors of ± 15 mW/m3. Using this basis, a new fuel cell design was introduced, in which the anode electrode surface was increased and reactor volume was decreased. To investigate the prediction of MFC performance under different operating conditions, the new MFC model was used in a 3-level, three factor (substrate concentration, ionic strength, and medium pH) Box-Behnken experimental design. A statistical model was constructed, which could reliably predict power outputs in the MFC with less than 10% error. The statistical model optimized operating conditions in the MFC (pH 9, NaCl concentration of 15 g/L, substrate concentration of 5 g/L), corresponding to a power density of 1027 mW/m3. The effect of dimensionless quantities on MFC performance was briefly investigated: higher Schmidt values resulted in lower power densities, indicating the negative impact of increased viscosity on mass transport; all Reynolds values resulted in washout, but increases in power densities were still observed during flow regime transitions; finally, power decreased with increase Peclet values, indicating that convective mass transport was removing substrate and bacteria faster than reactions could occur. The results of this study contribute to the scale-up of MFC technology based on the prediction of MFC performance, the ability to produce repeatable results, and the demonstration of MFC performance as a function of dimensionless, scale independent parameters. This work furthers scholarship in a crucial area of MFC research, necessary for the technology's widespread application.Le manque d'accès à l'électricité et à l'eau potable parmi les pays en développement augmente l'importance de l'innovation en domaine de technologie verte et énergie renouvelable, afin d'introduire une technologie qui est applicable à grande échelle. En tant que tel, les piles à combustible microbien sont présentement recherchées. Une pile à combustible microbien (PCM) est un appareil dans lequel les bactéries sont utilisées à oxyder les molécules organiques, afin de libérer des électrons; ces électrons sont transférés hors de la cellule à l'anode jusqu'au cathode, produisant le courant. Les seuls sous-produits de ce processus sont de l'eau et du dioxyde de charbon. Quoique le domaine de recherche en PCM ait avancé, notamment en optimisation de la production d'électricité, les puissances de sortie ne sont pas toujours reproductibles de façon fiable, et il est présentement impossible de prédire la performance des PCM aux conditions opératoires différentes. La résolution de ces deux défis est considérée parmi les questions le plus importantes de la recherche en PCM. Pendant cette étude, une PCM à un seul compartiment, à l'emploi de l'E. coli K12 comme catalyseur biologique, a été construite au but d'optimiser la production d'électricité et les conditions opératoires, et pour démontrer des données reproductibles. Ce prototype était capable de produire une puissance maximale de 100 mW/m3 (volume du réacteur), aux conditions suivants : espace de 2.54 cm entre les électrodes, force ionique de 0.5, et culture électrochimique de troisième génération. Les données étaient reproductibles avec erreur minimale (± 15 mW/m3). Étant donné ces résultats, un prototype nouveau, de moins volume, était introduit, avec un anode de graphite en format pinceau. Une plan d'expérience Box-Behnken (trois facteurs de trois niveaux chaque) était conçu afin de prédire la performance de la PCM aux conditions opératoires différentes (concentration de substrat, concentration de NaCl, et pH). Un modèle statistique était construit, capable de prédire la puissance électrique de la PCM avec erreur minimale (moins de 10%). Selon le modèle, les conditions opératoires optimales (pH 9, concentration de NaCl 15 g/L, concentration de lactose 5 g/L) ont correspondu à une puissance de 1027 mW/m3. L'effet des quantités sans dimensions sur la performance de PCM était recherché brièvement : lorsque le valeur de Sc augmentait, la puissance décroisse, indiquant l'effet négatif de la viscosité élevée sur le transport de la masse en PCM; les valeurs de Re examinés ont tous résulté en dilution extrême de la culture en PCM, mais l'accroissement de puissance été observé pendant les transitions d'un régime d'écoulement à l'autre; finalement, la puissance électrique décroissaient lorsque le valeur de Pe augmentait, un effet qui indique que la transport de masse en PCM était trop fort. Les résultats de cette étude montent les efforts en commercialisation des PCM, ayant contribué les données sur la prédiction de la performance des PCM qui sont reproductibles, et la description de relations entre la performance des PCM et les quantités sans dimension. La recherche présentée ici avance un parti crucial du domaine de PCM.
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Naʼamnieh, Shukrallah. "Entwicklung eines rekombinanten Ganzzellsystems - Klonierung, Coexpression und Mutagenese der Phenylalanin-Dehydrogenase aus Rhodococcus sp. M4 und des malic enzymes aus E.coli K12." [S.l. : s.n.], 2002. http://deposit.ddb.de/cgi-bin/dokserv?idn=966050142.
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Obadia, Brice. "La phosphorylation sur la tyrosine chez escherichia coli K12 : contribution à la caractérisation biochimique et à l'étude du rôle physiologique." Lyon 1, 2005. http://www.theses.fr/2005LYO10292.
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Ce travail s'inscrit dans le cadre de l'étude de la phosphorylation réversible des protéines au niveau de la tyrosine chez Escherichia coli K12. Dans un premier temps, nous avons démontré, pour la première fois, que la tyrosine-kinase Wzc est capable de s'oligomériser in vivo. Ce processus est initié par le domaine C-terminal et est indépendant du niveau de phosphorylation de la proétine. Ensuite, nous avons caractérisé un substrat endogène de la protéine Wzc, la protéine Ugd. Cette protéine possède une activité UDP-glucose déshydrogénase augmentée par phosphorylation. La protéine Wzc a besoin d'être phosphorylée sur la Tyr569 pour phosphoryler la protéine Ugd. Nous avons vérifié le rôle de la proéine Ugd dans la synthèse des exopolysaccharides. Cette protéine est impliquée dans la synthèse de l'acide colanique, et semble phosphorylée au sein de la bactérie. Enfin, nous avons analysé la relation qui existe entre la phosphorylation de la protéine Wzc et la production d'exopolysaccharide. Il a été observé que l'état de phosphorylation de Wzc détermine la taille du polymère synthétisé. Des expériences complémentaires visant à mieux comprendre la régulation de la synthèse des polysaccharides de surface pourraient permettre, à terme, de contrôler la virulence bactérienne
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Mandal, Tikshna Narayani. "Genetic and molecular analysis of the rus gene : an indirect suppressor of the ruv genes of Escherichia coli K12." Thesis, University of Nottingham, 1993. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.284090.
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Hahn, Claudia [Verfasser], and Reinhard [Akademischer Betreuer] Wirth. "Contact killing of Escherichia coli K12 and Staphylococcus cohnii on copper containing and alloyed materials / Claudia Hahn ; Betreuer: Reinhard Wirth." Regensburg : Universitätsbibliothek Regensburg, 2017. http://d-nb.info/1142519317/34.
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Charbit, Alain. "Topologie fonctionnelle de lamb : une proteine de membrane externe d'e. coli k12. implications pour la mise au point de vaccins bacteriens." Paris 7, 1990. http://www.theses.fr/1990PA077019.
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L'introduction de la these consiste en une revue sur differents systemes d'expression de peptides etrangers par fusion genetique in vitro a une proteine porteuse, en insistant sur l'immunogenicite des proteines hybrides. Les resultats experimentaux portent sur l'etude de lamb, une proteine de la membrane externe d'e. Coli k12 impliquee specifiquement dans l'adsorption de bacteriophages et dans le transport du maltose et des maltodextrines. Ils comportent deux aspects majeurs. D'une part, nous avons aborde l'etude de la topologie et des fonctions de lamb: par analyse de mutations conferant la resistance aux phages. Nous avons identifie plusieurs regions de la proteine impliquees specifiquement dans l'adsorption des phages et fait l'hypothese qu'elles etaient exposees en surface des bacteries. Nous avons montre que certaines de ces regions sont aussi impliquees dans le transport des sucres. Ces travaux nous ont permis de proposer un modele de repliement et d'organisation fonctionnelle de la proteine. Nous avons pu confirmer que plusieurs boucles de la proteine etaient exposees de part et d'autre de la bicouche lipidique, par insertion genetique in vitro en deux etapes d'un epitope etranger en differents sites de lamb. D'autre part, en utilisant lamb comme proteine pilote nous avons mis au point une methode genetique generale qui permet d'exprimer une grande variete de peptides etrangers en surface de bacteries gram#. Nous avons montre que l'insertion genetique d'epitopes viraux dans une boucle exposee de lamb permettait d'induire de fortes reponses anticorps contre ces peptides
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Sandoval, Hernández Daniela Constanza de Lourdes. "Producción de bioetanol a partir de ácidos grasos en cultivos aeróbicos de escherichia coli K12, utilizando ingeniería genética y herramientas de ingeniería metabólica." Tesis, Universidad de Chile, 2014. http://repositorio.uchile.cl/handle/2250/131488.
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Doctora en Ciencias de la Ingeniería, Mención QuímicaLos ácidos grasos son un subproducto de bajo costo, abundante y cuyo producto de degradación puede ser fácilmente convertido en etanol, sin embargo no han sido debidamente considerados en la búsqueda de substitutos para combustibles fósiles. El principal inconveniente de la producción de bioetanol a partir de ácidos grasos en Escherichia coli, es que la síntesis de este metabolito es inactivada en presencia de oxígeno y la degradación de este polímero es más eficiente en presencia de este. Por ello, el primer paso fue realizar una modificación en el gen adhE que permitiera la codificación de un alcohol deshidrogenasa aerotolerante. A continuación y para optimizar la producción de etanol fue necesario considerar factores como el equilibrio redox y la alta conectividad del acetil-CoA, mediante herramientas de modelamiento matemático como el análisis de modos elementales. Como resultado es estos análisis se logró la predicción de la deleción de los genes fdnG (f), pflB (p), nuoG(n), ldhA(l) y ackA-pta (ap), y mediante técnicas basadas en PCR se generaron 3 cepas en E. coli K12 MG1655: fnfp*, fnfpl*y fnfplap*. Al realizar cultivos batch de estas cepas fue posible validar la tendencia predicha por la simulación in silico de un aumento significativo y sostenido en el flujo de etanol a medida que aumenta el número de deleciones, siendo clave la deleción del gen nuoG. Con respecto al crecimiento de las cepas en ácidos grasos, la cepa fnfplap* presentó una tasa de crecimiento y una producción de biomasa significativamente superior a la cepa silvestre de E. coli y a la mutante ΔfadR atoC*, e incluso fue capaz de crecer en desechos industriales del refinamiento de aceites vegetales. En estos cultivos, la tasa de producción de etanol también fue significativamente mayor al valor en ácido palmítico purificado, lo que muestra tanto el potencial de la cepa para ser utilizada a nivel industrial como el efecto del medio de cultivo en la producción de etanol. A pesar de estos resultados, los valores experimentales de producción de etanol no coincidieron con los obtenidos en la simulación, por lo que se realizaron simulaciones con un modelo genómico de E. coli. Estos análisis permitieron, por una parte, obtener información sobre posibles genes para eliminar, de modo de permitir la optimización de la producción de etanol a partir de ácido palmítico en condiciones de cultivo aeróbico, pero sin afectar complejos enzimáticos tan importantes como el de la NADH deshidrogenasa; y por otra, corroborar la hipótesis de que la presencia de oxígeno es indispensable para la degradación de los ácidos grasos. Los resultados de este trabajo de tesis muestran que fue posible producir etanol en un sistema de cultivo aeróbico usando como sustrato ácidos grasos, incluso en aquellos provenientes de desechos industriales, obteniéndose una cepa especializada en consumo de ácidos grasos. Adicionalmente, se mostró que el contenido del medio y la estrategia de cultivo pueden afectar directamente tanto la producción de etanol como de biomasa, hasta el punto de obtenerse niveles atractivos para la industria y el tratamiento de desechos ricos en este polímero.
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Belfaiza, Jamila. "Contribution à l'étude de la structure et de la régulation de l'expression des gènes de biosynthèse de la méthionine chez Escherichia coli K12." Paris 11, 1986. http://www.theses.fr/1986PA112159.
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Chez Escherichia coli, la voie de biosynthèse de la méthionine est une voie ramifiée dérivant de l'acide aspartique. Les gènes correspondants sont dispersés sur le chromosome et leur expression est réprimée par la méthionine via un aporépresseur, le produit du gène metJ, activé par un corépresseur, la 5-adénosylméthionine. Au cours d'une analyse biochimique, nous avons contribué à l'étude des domaines de l'aspartokinase 11-homosérine déshydrogénase II (AK II-HDH II), enzyme bifonctionnel codé par le gène metL. Nous avons alors proposé un modèle à trois domaines pour l'AK II-HDH II, analogue à celui proposé pour un enzyme isofonctionnel, l'aspartokinase 1-homosérine déshydrogénase I. Nous avons déterminé la séquence du gène metC codant pour la cystathionase et avons comparé la séquence polypeptidique obtenue avec celle d'un enzyme qui catalyse la réaction précédente dans la voie spécifique de la méthionine (produit du gène metB). Nous avons pu mettre en évidence l'existence d'une homologie entre ces deux enzymes qui suggère fortement une origine commune. La comparaison des régions régulatrices des gènes metA, B, C et F a permis de mettre en évidence une région homologue. Il a été suggéré que cette région homologue soit la cible du répresseur. Nous avons pu démontrer que pour l'un des gènes, il en était ainsi par l'isolement de mutations de type opérateur constitutif. Les opérateurs altérés ne reconnaissent plus le répresseur purifié dans un système de transcription-traduction in vitro, alors que la répression est très efficace lorsque l'opérateur du gène metF est de type sauvage. Les études d'interactions du répresseur purifié avec les opérateurs de type sauvage ou altérés par mutation ont été rendues possibles par l'isolement de fusions de gènes. En effet, en particulier, la fusion du gène metF au gène lacZ a grandement facilité la mesure de l'expression du gène metF. NçaisThe branched methionine biosynthetic pathway, in E. Coli K12 derives from aspartate. The corresponding genes are dispersed on the chromosome; their expression is repressed indirectly by methionine, via an aporepressor the metJ gene product, activated by a corepressor, S-adenosylmethionine. We have contributed through a biochemical analysis, to the study of the domains of aspartokinase 11-homoserine dehydrogenase II (AK II-HDH Il), a bifonctional enzyme encoded by the metL gene. We have proposed a three domains model for AK 11-HDH II, analogous to that proposed for an isofunctional enzyme, aspartokinase 1-homoserine dehydrogenase 1. We have determined the nucleotide sequence of the metC: gene encoding cystathionase and have compared the deduced aminoacid sequence with that of an enzyme catalyzing the preceding reaction in the specific methionine pathway (product of the metB gene). We have evidence for homology between these two enzymes, which suggest a common ancestor. The comparison between the regulatory regions of the metA, B, C and F genes has shown a homologous region. It has been suggested that this homologous region is the target of the repressor. We have demonstrated by isolation of operator constitutive mutations for one of the genes that this hypothesis is correct. The altered operators do not recognize the purified repressor in an in vitro transcription-translation system although the repression is efficient with the metF wild type operator. The studies of the interactions of the purified repressor with the wild type or mutated operators were facilitated by the isolation of gene fusions. In particular, the fusion of the metF gene to the lacZ gene has provided a simple measurement of the metF gene expression
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Korea, Charalampia-Georgia. "Caractérisation fonctionnelle de nouvelles adhésines de type "chaperone-usher" fimbriae chez E. Coli K-12." Paris 7, 2010. http://www.theses.fr/2010PA077150.
Full textAbstract:
Plusieurs études ont souligné le rôle important de différents fimbriae dans la formation des biofilms. Ce projet de thèse a visé à l'identification de nouvelles adhésines chezE. Coli K-12, dans la fraction de son génome (34%), qui n'a pas été caractérisée expérimentalement. Les résultats obtenus nous ont permis de caractériser sept opérons,ycbtybg,yfc,yadtyra, sfm etyeh, qui présentent des homologies avec les fimbriae de type 1, membre prototypique de la famille des fimbriae «Chaperone/Usher». A l'aide d'une fusion lacZzeo et des souches exprimant constitutivement chacun de ces opérons, nous avons démontré que, malgré leur, très faible expression en conditions de laboratoire, six sur sept opérons sont fonctionnels et promeuvent l'adhésion sur des surfaces abiotiques et biotiques. L'extraction de ces fimbriae a révélé les unités majeures pour certains de ces appendices, tandis que la microscopie électronique a permis la visualisation des filaments pour ycb etyad. Une analyse détaillée a montré également que d'une part, ces fimbriae potentiels ont des profils d'adhésion et d'affinité pour des sucres distincts, et d'autre part que des interactions physiques avec d'autres adhésines peuvent avoir lieu. De plus, nous avons prouvé que leur expression est sous le contrôle de H-NS et, à l'exception deyad, sous celui de CRP. En conclusion cette étude a mis en évidence que les opérons ycb, yfc, yad, yra, sfm et yeh codent pour des fimbriae cryptiques mais cependant fonctionnels, dont l'expression pourrait, en j conditions environnementales qui restent à déterminer, contribuer à la capacité d' E. Coli à adhérer une grande variété de surfaces et de niches ont d'explorer aussi les propriétés d'autres protéines d'enveloppe de différents types de virus pour l'application virologique fondamentale et cliniqueThe study of the bacteria/surface interactions has revealed the important role played by different fimbriae in biofilm formation. Although extensively studied as a model bacterium, E. Coli K-12 genome still contains 34% of genes of unknown function and we hypothesized that some of them could correspond to functional adhesins. In this project we characterized E. Coli K-12 ycb, ybg, yfc, yad, yra, sfm and yeh operons, which display sequence and organization homologies to type 1 fimbriae exported by the chaperone usher pathway. By using a reporter lacZzeo cassette as well as overexpressing strains we showed that, although they are not or are poorly expressed in laboratory conditions, six of them are j functional when expressed and promote adhesion to various abiotic and/or epithelial cell surfaces. Fimbriae extraction revealed the major subunits for certain appendages, whereas electron microscopy analysis allowed visualization of fimbrial filaments for ycb and yad. While the studied fimbriae display different binding specificities and potentially distinct sugar affinities, we demonstrated the possibility for synergy or interference witth other adhesins such as Ag43 or type 1 fimbriae. We furthermore showed that their régulation is under the negative control of H-NS and, except for yad, subjected to cAMP receptor protein-mediated activation and carbon catabolite repression. These results therefore demonstrate that ycb, yfc, yad, yra, sfm and yeh operons encode cryptic but functional fimbrial adhesins, whose expression, upon still undertermined environmental conditions, could contribute to E. Coli's ability to adhere to a large diversity of surfaces in its various ecological niches
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Miranda, Letícia Passos. "Obtenção e caracterização de linhagem de Escherichia coli adaptada ao glicerol bruto proveniente da síntese de biodiesel por engenharia evolutiva." Universidade Federal de São Carlos, 2016. https://repositorio.ufscar.br/handle/ufscar/8487.
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Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
Biodiesel is a renewable fuel and its production generate raw glycerol (RG) as main byproduct. The use of RG as carbon source in microorganism cultivations poses as an alternative to add value and reduce the environmental impact of this residue. However, RG impurities (salts, esters, alcohol and soap) can inhibit cell growth. Techniques that aims adapting microorganisms to environments containing contaminants by adaptive evolution have been employed to overcome inhibition problems. Adaptation strategies allows imposing a certain selective pressure upon the population, favoring the appearance of mutants and selection of most beneficial mutations, which will make the cell more suited to develop itself in a hostile environment. This work employed Adaptive Evolution methodology to obtain an E. coli K12 strain adapted to RG concentrated by rotary evaporation (RGRota). Cultivations were carried out in plates (E. coli – USP strain) incubated at 37 ºC, as well as shaken flasks (E. coli – UMinho strain), kept at 37 ºC and 300 rpm, involving transfers to defined media gradually enriched with RGRota. Obtained evolved strain as well as the wild-type strain E. coli – UMinho were characterized in cultivations using 2 L, bench-scale bioreactor, equipped with monitoring and control system. During shaken flask experiments, growth was followed by optical density (OD) readings. In bioreactor cultures, samples were withdrawal to analyze cell concentration of the suspension (OD and dry cell weight), concentrations of glycerol, ethanol and organic acids (liquid chromatography), concentration of viable cells (colony forming units counting) and morphology. Cultures characterization were carried out with E. coli – USP in shaken flasks, the values of maximum specific growth rate (μmax) remained between 0.40 e 0.45 h-1 and they showed little influence of strain or media composition. These results suggest that the selected strain did not have differentiated characteristics from the wild-type strain. For E. coli – UMinho, two adaptation strategies were evaluated: successive transfer during exponential growth phase (OD = ~2.5) and during stationary growth phase (OD = ~10). In both cases cells evolved, showing increased μmax values, with more homogeneous populations being observed for adaptation conducted under the first strategy. After 26 days of adaptation, corresponding to 534 generations, an evolved strain, exhibiting μmax of 0.60 h-1 and capable of growing in medium containing 29 g/L of glycerol from RGRota was selected by the methodology of successive transfers in exponential phase. This growth rate was 27.6 % superior to that achieved by the wild-type strain (0.47 h-1). Evolved and wild-type strains were cultivated in bioreactor, containing defined medium prepared with GBRota to have 40 g/L of glycerol. The evolved one maintained μmáx of 0.61 h-1. Acetate formation was observed, with yield of 0.19 g acetate/g glycerol, which caused growth inhibition and limited biomass yield to 0.26 gbiomass/gglycerol. When the wild-type strain was cultivated in bioreactor, exponential growth started after 24 h of lag phase and it presented μmax of 0.28 h-1, biomass yield of 0,39 gbiomass/gglycerol and acetate yield of 0.19 gacetate/gglycerol. The evolved strain obtained, capable of growing in the biodiesel production residue, showed a μmax value similar to the best results reported in the literature for E. coli adaptation in pure glycerol (0.7 h-1), what demonstrates the successful application of the adaptive evolution methodology. Acetate accumulation can be reduced by Genetic Engineering techniques to manipulate metabolic pathways and this will lead to development of an industrial strain which can be employed as a platform of high value products using unrefined glycerol as substrate.
O biodiesel é um combustível renovável cuja produção gera o glicerol bruto (GB) como principal subproduto. O aproveitamento de GB como fonte de carbono em cultivos de microrganismos se apresenta como uma alternativa para agregar valor e reduzir o impacto ambiental deste resíduo. Contudo, as impurezas do GB (sais, ésteres, álcool e sabão) podem inibir o crescimento das células. Técnicas que visam adaptar os microrganismos via evolução adaptativa a ambientes contendo contaminantes vêm sendo empregadas para contornar problemas de inibição. As estratégias de adaptação permitem impor uma certa pressão seletiva sobre a população, favorecendo o aparecimento de mutantes e a seleção de mutações benéficas, que tornam a célula mais apta a se desenvolver em um ambiente hostil. O trabalho empregou a metodologia de Evolução Adaptativa para obter uma linhagem de E. coli K12 adaptada ao GB concentrado por rotaevaporação (GBRota). Os cultivos foram realizados tanto em placas (linhagem E. coli – USP) incubadas a 37ºC, como em frascos agitados (linhagem E. coli – UMinho), mantidos a 37ºC e 300 rpm, envolvendo transferências para meios definidos gradualmente enriquecidos com GBRota. A linhagem evoluída obtida assim como a linhagem selvagem E. coli – UMinho foram caracterizadas em cultivos em biorreator de bancada de 2 L, dotado de sistema de monitoramento e controle. Durante os experimentos em frascos agitados, o crescimento foi acompanhado por leitura de densidade ótica (DO). Nos cultivos em biorreator, amostras foram coletadas para análises de concentração celular da suspensão (DO e massa seca), da concentração de glicerol, etanol e ácidos orgânicos (por cromatografia líquida), da concentração de células viáveis (por contagem de unidades formadoras de colônia) e de morfologia. Para os cultivos de caracterização da E. coli – USP realizados em frascos agitados, os valores da velocidade máxima específica de crescimento (max) permaneceram entre 0,40 e 0,45 h-1, sendo pouco influenciados pela linhagem ou pela composição dos meios, sugerindo que a metodologia adotada para adaptação em placa não foi eficiente, já que a linhagem selecionada não possuía características diferenciadas em relação à linhagem selvagem. Para a E. coli – UMinho foram avaliadas duas estratégias de adaptação: transferências sucessivas na fase exponencial do cultivo (DO = ~2,5) e na fase estacionária (DO = ~10). Em ambos os casos, as células evoluíram, apresentando aumento nos valores de max., sendo que populações mais homogêneas foram observadas na adaptação realizada pela primeira estratégia. Após 26 dias de adaptação, correspondendo a 534 gerações, foi selecionada pela metodologia de transferências sucessivas na fase exponencial, uma linhagem evoluída apresentando velocidade máxima específica de 0,60 h-1, resultado superior em 27,6% ao da linhagem selvagem (0,47h-1), capaz de crescer em meio contendo ~30 g/L de glicerol proveniente do GBRota. As linhagens selvagem e evoluída foram cultivadas em biorreator contendo meio preparado com GBRota na concentração de 40 g/L de glicerol. A linhagem evoluída manteve o μmáx de 0,61 h-1. Foi observada formação de acetato, com rendimento de 0,19 gacetato/gglicerol, o que causou inibição do crescimento e limitou o rendimento em biomassa a 0,26 gbiomassa/gglicerol. Enquanto que, para a linhagem selvagem o cultivo em biorreator apresentou uma fase lag de 24 h, um max de 0,28 h-1, rendimento em biomassa de 0,39 gacetato/gglicerol e rendimento em acetato 0,19 gacetato/gglicerol. A linhagem evoluída obtida no presente trabalho, capaz de crescer no resíduo da produção de biodiesel, apresenta max semelhante aos melhores resultados relatados na literatura para adaptação de E. coli em glicerol puro (0,7 h-1), demonstrando o sucesso da aplicação da metodologia de evolução adaptativa. O acúmulo de acetato pode ser amenizado utilizando técnicas de Engenharia Genética para manipulação das vias metabólicas e permitindo o desenvolvimento de uma linhagem industrial que poderá ser empregada como plataforma para obtenção de produtos de alto valor agregado usando o glicerol não refinado como substrato.
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Kasler, David R. "Effects of Moderate Electric Field Plus Heat Pretreatment on Bacterial Inactivation in Whole Shell Hen Eggs by Ozone." The Ohio State University, 2015. http://rave.ohiolink.edu/etdc/view?acc_num=osu1434445830.
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Boyer, Véronique. "Un phenomene d'incompatibilite plasmidique chez escherichia coli k12, revele par clonage d'une sequence du plasmide lactose pucl13, intervenant dans la stabilite d'un vecteur chez lactococcus lactis ssp. Lactis." Caen, 1990. http://www.theses.fr/1990CAEN2004.
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Une methode de transfert d'adn chez lactococcus lactis a ete recherchee. Apres avoir teste la transformation protoplastique, nous avons retenu la transformation par electroporation comme etant la methode d'entree d'un adn plasmidique la plus efficace chez cet organisme. Quatre plasmides-vecteurs presentent des efficacites variables et deux d'entre-eux voient leur taille agrandie chez deux souches de l'espece. Des plasmides recombines dans deux vecteurs, contenant des fragments d'adn du plasmide lactose de lactococcus lactis z268 ont ete utilises. Tous ces plasmides sont instables chez lactococcus lactis. Des deletions se produisent entrainant l'exclusion du fragment clone. Un seul plasmide contenant une region particuliere du plasmide lactose transforme efficacement plusieurs souches et se maintient dans son integrite chez celles-ci. Ce plasmide doit contenir l'origine de replication du plasmide lactose, cette replication ne passant pas par un intermediaire d'adn monocatenaire, contrairement aux vecteurs utilises dans cette etude. Cette meme region clonee chez escherichia coli provoque une incompatibilite avec les plasmides coresidents. Il s'agit d'une incompatibilite vectorielle caracterisee par l'exclusion du plasmide portant ce phenotype. La compatibilite est restauree lorsque ce plasmide se delete spontanement
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Co, Debbie. "Contribution à l'étude de la voie de biosynthèse de la méthionine chez la cyanobactérie synechococcus PCC 7942 et identification d'un gène analogue au gène metF d'Escherichia coli K12." Grenoble 2 : ANRT, 1986. http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb37596782m.
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