Academic literature on the topic 'Agrumes – Fléaux – La Réunion (France ; île)'

La surveillance des maladies de plantes est un enjeu majeur de la sécurité alimentaire. Bien que les méthodes de surveillance aient été grandement améliorées au cours de la dernière décennie, notamment avec la surveillance basée sur le risque, mettre en place une surveillance efficace n’est pas évident dans certaines régions. La Réunion est un excellent exemple de ces territoires où l'organisation de la surveillance des maladies des plantes est un défi en raison de sa position de DROM, avec un paysage très hétérogène et de faibles ressources. Depuis 2012, le Huanglongbing (HLB), causé par la bactérie Candidatus Liberibacter, est en réémergence dans les vergers d’agrumes de la Réunion et les services de l'État doivent organiser la surveillance d'un parcellaire agrumicole fragmenté, hétérogène et ce en tenant compte des politiques locales. Nous montrerons ici les méthodes développées pour améliorer la connaissance de la parcelle, et ainsi mieux comprendre les voies épidémiologiques potentielles. L'approche de photo-interprétation d'images satellites et de confirmation sur le terrain a permis de consolider la base de données incomplète existante. Nous montrerons également comment la surveillance basée sur le risque peut guider l'échantillonnage. Dans le cadre de la surveillance du HLB à la Réunion, une liste des parcelles les plus connectées a été utilisée pour cibler l'échantillonnage des zones les plus susceptibles d'être des nœuds épidémiologiques. Nous avons pu montrer grâce à des algorithmes d'apprentissage que l'altitude et la connectivité sont des variables d'importance majeure pour expliquer l'état de santé des agrumes. De plus, l’implication des jardins des particuliers dans l’épidémie a été mise en évidence, appuyant le fait que la seule surveillance du compartiment agricole n’était pas suffisante. Une évaluation du système de surveillance a également été réalisée en utilisant la méthode OASIS. Cela nous a permis de mettre en lumière le bon fonctionnement du noyau de la chaine de surveillance malgré des prises de positions dans l’organisation centrale à définir et une communication auprès du grand public qui reste à améliorer
Plant disease surveillance is a major food safety issue. Although surveillance methods have been greatly improved in the last decade, especially with risk-based surveillance, implementing effective surveillance is not obvious in some regions. Reunion Island is an excellent example of such territories where organizing plant disease surveillance is a challenge due to its position as a DROM, with a very heterogeneous landscape and limited resources. Since 2012, Huanglongbing (HLB), caused by the bacterium Candidatus Liberibacter, is re-emerging in citrus orchards in Reunion Island and the state services have to organize the surveillance of a fragmented, heterogeneous citrus landscape and this taking into account local policies. We will show here the methods developed to improve the knowledge of the landscape, and thus better understand the potential epidemiological pathways. The approach of photo-interpretation of satellite images and field confirmation has allowed to consolidate the existing incomplete database. We will also show how risk-based surveillance can guide sampling. In the context of HLB surveillance in Reunion, a list of the most connected orchards was used to target sampling of areas most likely to be epidemiological nodes. We were able to show through learning algorithms that elevation and connectivity are variables of major importance in explaining the health status of citrus. Furthermore, the involvement of home gardens in the epidemic was highlighted, supporting the fact that the surveillance of the agricultural compartment alone was not sufficient. An evaluation of the surveillance system was also carried out using the OASIS method. This allowed us to highlight the good functioning of the core of the surveillance chain, despite the fact that positions in the central organization need to be defined and communication with the general public needs to be improved

Dans le cadre d'un programme de lutte biologique contre les insectes foreurs de la canne à sucre à La Réunion, des recherches ont été réalisées sur le cycle de développement du " Foreur Ponctué ", Chilo sacchariphagus (Pyralidae) et la pathogénicité de la polyédrose cytoplasmique (CVP) vis-à-vis de ce Lepidoptère, dans des conditions d'élevage en milieu artificiel à 28% C et dans des conditions naturelles (champs de canne et zone boisée associée). En élevage, dans 90 % des cas, 7 à 8 stades larvaires se succèdent jusqu'à la nymphose obtenue au bout de 41 à 45 jours ; le cycle complet (de l'oeuf à l'adulte) est réalisé en 61 à 65 jours. La pathogénicité du virus est surtout importante aux stades larvaires 1 et 2 où le CPV est la cause d'une mortalité très élevée (doses léthales 50 : respectivement 3 à 25 et 26 à 64 polyédres/larve - doses infectieuses 50 : 8 à 68 et 694 à 1 588 polyèdres-/larve). La chronicité de la maladie ainsi que l'existence de son mode de transmission vertical sont établies. Le virus n'a d'ailleurs que peu d'influence sur les caractéristiques du développement larvaire (stades et durée, paramètres biométriques). Les études d'histologie et de microscopie électronique montrent que la virogénèse est essentiellement localisée dans le tissu épithélial de l'intestin moyen. Dans les conditions naturelles , il est constaté qu'à un taux de polyédrose élevé correspondent une diminution de la population de Foreurs et une réduction importante des dégâts causés à la canne à sucre. Cependant, est simultanément mis en évidence le rôle de 2 autres insectes (Callixena versicolora et Polistes hebraeus) en tant que réservoirs naturels et disséminateurs du virus considéré comme non spécifique de C. Sacchariphagus. (4ème de couverture)

Des travaux ont été menés à la Réunion sur la syndrome de la feuille jaune (YLS) causé par le 'sugarcane yellow leaf virus' (SCYLV). Les caractéristiques agronomiques de cannes à sucre infectées ou non ont été comparées avec trois cultivars de canne à sucre : R570, R577 et R579. Des pertes de la production en tonnage (23%) et en sucre (11%) ont été mises en évidence uniquement pour le cultivar R577. Une enquête a été conduite pour déterminer la progression du YLS à la Réunion. Les taux d'infection ont varié selon le cultivar et selon le site de prélèvement, mais sont restés relativement stables sur une période de 30 mois. Ces résultats suggèrent que le niveau de résistance au YLS diffère selon les cultivars, que les souches de canne à sucre infectées ne récupèrent pas de la maladie après la récolte et que le virus est principalement propagé par la plantation de boutures infectées et non par l'intermédiaire d'insectes vecteurs. La dynamique du SCYLV dans la canne à sucre a également été étudiée. Un mois après la germination des boutures infectées, le virus a été découvert dans toutes les parties de la plante quel que soit le cultivar. Deux espèces de pucerons ont été identifiées sur canne à sucre à la Réunion : Melanaphis sacchari et Rhopalosiphum maidis. La présence du SCYLV a été mise en évidence uniquement dans M. Sacchari. Huit mois après la plantation du cultivar sensible R575 indemne de SCYLV dans une zone infestée par le virus, 24% des plantes étaient infectés par le SCYLV. La variabilité génétique du SCYLV a été analysée avec 48 isolats viraux de la Réunion et 24 isolats originaires d'autres pays. L'analyse phylogénétique a permis de montrer que les régions les plus variables du SCYLV sont les ORFs 1 et 2. En revanche, la région la plus conservée est l'ORF3. En se basant sur la variabilité de l'ensemble du génome, la grande majorité des isolats de la réunion se différencient des isolats d'autres origines. [Résumé de l'auteur]

L'île de la Réunion, qui a servi de cadre à nos travaux, est la seule région du territoire français où sévit le chancre citrique, maladie causée par une bactérie Xanthomonas campestris pathovar citri (X. C. Pv. C. ). L'objet de notre travail étant une meilleure compréhension de l'épidémiologie de cette maladie, nous avons, dans un premier temps, recherché une méthode fiable de détection et d'identification de l'agent pathogène sur les hôtes qu'il contamine. L'étude biochimique et cytologique de soixante-dix-neuf souches de X. C. Pv. C. A révélé que l'hydrolyse et l'assimilation de l'amidon ainsi que l'ouverture du cycle B-lactarne de certains antibiotiques, étaient des caractères communs à toutes les souches. Ceci, nous a amené à élaborer le milieu L. P. A'A, qui ralentit le développement des bactéries saprophytes. L'utilisation de ce milieu en association avec une batterie de 17 tests permet une bonne identification de l'agent causal. Au cours de l'étude épidémiologique, nous avons vérifié que l'infection se produisait, chez les jeunes feuilles, surtout par les stomates et, chez les feuilles matures, plus résistantes, plutôt par blessures. Cependant, aucune subtance inhibitrice de la croissance de X. C. Pv. C. N'a été mise en évidence au sein d'organes résistants. Quatre stades ont été définis au cours de l'évolution des symptômes et l'apparition des deux premiers apparatt liée à la sensibilité de l'hôte. Le diamètre des lésions, observé sur un hôte et en un lieu donné, ne montre pas de différence d'agressivité entre plusieurs souches. Celle-ci serait mieux exprimée par le nombre total de symptômes observés. Sur l'arbre, la progression de la maladie se fait de la base vers le sommet du jeune rameau, et les vents dominants influent sur sa propagation au niveau du verger. Les essais comparatifs de pulvérisation en vergers de diverses molécules chimiques n'ont pas donné de résultats satisfaisants en matière de maîtrise de la maladie. Toutefois, l'hypochlorite de sodium reste un bon désinfectant de surface et son application sur fruits permet d'éviter la dissémination de X. C. P. V. C. Après récolte
Reunion island, where our work took place, is the only french citrus aera where citrus canker occurs. This disease is caused by a bacterium: Xanthomonas campestris pathovar citri (X. C. Pv. C. ). The aim of the present study was a better understanding of the epidemiology of the disease, so, we have, first, researched a reliable detection and identification method of the causal agent on contaminated host tissues. The biochemical and cytological study of seventy-nine strains of X. C. Pv. C. Showed hydrolysis and assimilation of starch and opening the B-lactam cycle of some antibiotics as constant properties of all the strains. That lead us to develop the semi-selective medium L. P. A’. A. Which hinders the development of saprophytic bacteria. Its use combinated with a complementary bank of seventeen bioassays allows a good identification of the causal agent. During the epidemiological study, we have checked the infection took place, in young leaves, specially by wounds. Nevertheless, no ground inhibitor of X. C. Pv. C. Has been discovered in some resistant host parts. Four stages have been described in the symptom evolution and the appearance of the two first seems to be in relation with host sensibility. The diameter of lesions, observed on the same host and in a given aera, does not show difference of aggressivity between several strains. That would be better express by the total number of lesions. On the tree, the disease progress from bottom to top of the young twig and strong winds have an effect upon its spread in an orchard. Orchard spaying comparative assays with some chemicals do not yield satisfying results to contain the disease. However, sodium hypochlorite remains a good surface desinfectant and its application on fruits avoids the post-harvest spread of X. C. Pv. C

Ralstonia solanacearum est une bactérie vasculaire d'origine tellurique dévastatrice chez les Solanacées maraîchères. L'une des difficultés pour la sélection variétale réside dans le contournement de la résistance, en raison de la grande variabilité et plasticité génotypique du pathogène. Trente accessions de tomate, aubergine et piment (Core-TEP) testées vis-à-vis de 12 souches représentatives des phylotypes I, II et III de R. solanacearum (Core-Rs2) ont été classées de très sensibles à très résistantes. Des groupes de souches définis en fonction de leur virulence et agressivité ont été nommés pathoprofils, d'une part, lorsque établis sur les 3 espèces et pathotypes, d'autre part, lorsque établis sur chacune des trois espèces. Aucune résistance universelle n'a pu être mise en évidence chez aucune des trois espèces. Le déterminisme génétique de la résistance à R. solanacearum chez l'aubergine a été étudié sur une population de lignées recombinantes F6 ainsi que sur les générations issues du croisement intraspécifique S. melongena MM738 (S) x AG91-25 (R), testées vis-à-vis de quatre souches du phylotype I. Une carte génétique composée de 119 marqueurs AFLP, SSR et SRAP, positionnés sur 18 groupes de liaisons, pour une longueur totale de 884 cM, a été construite. Les analyses génétiques montrent que la résistance aux souches CMR134, PSS366, GMI1000 est contrôlée par un même gène majeur expliquant jusqu'à 87% de la variance phénotypique. Celui-ci n'est pas détecté vis-à-vis de la souche virulente PSS4 qui contourne cette résistance. Dans ce cas, seul un QTL à effet intermédiaire expliquant jusqu'à 38 % de la variance phénotypique est trouvé sur un autre groupe de liaison.

La production de vanille (Vanilla planifolia, Orchidaceae) est limitée par la pourriture des racines et des tiges (PRT) provoquée par des champignons telluriques du genre Fusarium contre lesquels la lutte chimique ou prophylactique est inefficace. Ce travail décrit finement l'interaction entre les vanilliers et les Fusarium dans le but de développer la lutte génétique. L'analyse moléculaire (gène EF1α et IGS) et la détermination du pouvoir pathogène de 365 souches de Fusarium isolées de vanilliers à La Réunion et à Madagascar ont démontré que les souches pathogènes sur vanillier appartiennent presque toutes au complexe d'espèce F. oxysporum et ont une origine polyphylétique. Les observations en microscopie à champ large et multi-photons démontrent que la colonisation des racines débute au niveau des poils absorbants puis gagne le cortex, mais que le système vasculaire est épargné. Cela conduit à renommer l'agent pathogène en F. oxysporum f. sp. radicis-vanillae (Forv). Dans les interactions incompatibles (souche pathogène et vanillier résistant), l'épaississement et la lignification des parois de l'hypoderme, constitutive et induite par le champignon, joue un rôle significatif dans le blocage de l'invasion mycélienne. Le rôle important des composés phénoliques dans la résistance des vanilliers a été confirmé par les analyses d'expression différentielle de transcrits obtenus de novo par RNA-seq Illumina. Enfin, un test robuste de détermination in-vitro de la résistance à Forv a été validé et de nouvelles sources de résistance génétique à la PRT ont été identifiées. Nos résultats ouvrent des perspectives prometteuses pour la sélection de variétés améliorées de vanilliers
Vanilla is a high value cash crop that is continuously demanded by the agri-food and cosmetics industries for its incomparable flavor. Most of vanilla comes from the cured fruits of V. planifolia G. Jackson, a hemi-epiphytic climbing orchid cultivated in the humid tropics. In all the countries were it is cultivated, the vanilla vines suffer from a root and stem rot (RSR) caused by the soil borne fungus Fusarium oxysporum which dramatically reduces plant production and the durability of plantations. No efficient control method is currently available for this disease. Sources of genetic resistance to RSR exist in few vanilla relatives, but so far no commercial resistant variety has been produced. The purpose of this thesis was to better describe the diversity and histopathology of the causal agent of RSR and to evaluate the potential sources of genetic resistance that could be used in breeding programs. In a first step, a collection of 377 single-spored Fusarium isolates recovered from rotten roots and stems during surveys conducted in 52 vanilla plots from Reunion Island, Madagascar and French Polynesia were characterised. Representative subsets of isolates were genotyped using the Elongation Factor 1α and Intergenic Spacer gene sequences. Their pathogenicity was assayed by root dip inoculation on the susceptible V. planifolia accession pla0001. Results showed that F. oxysporum was the principal species responsible for the disease in the field, although a few F. solani isolates showing slight pathogenicity were also isolated. Fusarium oxysporum isolates were highly polyphyletic regardless of geographic origin or pathogenicity. Remarkably, their pathogenicity varied in gradient between non- pathogenic (about 42% of isolates) to highly pathogenic (14%). In a second step, 254 vanilla accessions comprising 18 species and six types of hybrids were assessed for resistance to RSR in the field (natural inoculum) and in the lab (in-vitro plants inoculated with Fo072). The strong resistance to RSR of all V. pompona accessions and hybrids of V. planifolia X V. pompona or V. phaeantha, were confirmed, and novel sources of resistance to RSR were added including, V. bahiana, V. costariciensis and V. crenulata. Most of the V. planifolia accessions, V. ×tahitensis and V. odorata were susceptible to RSR. However, three inbreeds of V. planifolia showed a high level of resistance to Forv. To our knowledge this is the first report of resistance to RSR in V. planifolia accessions. For the 26 accessions evaluated in both conditions, a strong correlation was observed between long term (9 years) evaluation in the field and ratings on in-vitro plants at 15dpi. Thirdly, we monitored by wide field and multiphoton microscopy the root infection process and the responses of one susceptible accession (V. planifolia pla0001) and two resistant accessions (V. planifolia pla0020 and V. pompona pom0018) to challenge inoculation with the severe isolate Fo072. In the compatible interaction (Fo072 – pla0001) invasion started from penetration of hyphae emitted from germinated conidia in the hairy region of root rapidly colonizing the cortex but never expanded to the vascular bundles up to the 9th dpi. It was therefore suggested to prefix the forma specialis name of the causal agent of RSR with radicis to point out its non-vascular pathogenicity in vanilla. In the two incompatible interactions, the important role played by hypodermis cells for impeding the invasion of the cortex by Fo072 was demonstrated by specific staining and spectral analysis of lignin precursors. Both constitutive and pathogen induced defense mechanism were described in pla0020 and pom0018. The mechanisms included the deposition of lignin in the hypodermal cell wall, entrapment of hyphae in specific hypodemal cells and polyphenolics secretion in intercellular spaces. Further, a de novo transcriptome analysis was experimentedon 8 pooled samples