Academic literature on the topic 'Agents pathogènes respiratoires'

Contexte : Les éclosions provoquent une morbidité et une mortalité importantes dans les établissements de soins de santé. Les méthodes de dépistage actuelles permettent de cerner des agents pathogènes respiratoires viraux spécifiques, mais l’approche de la gestion des éclosions reste générale. Objectifs : Notre objectif était d’examiner les tendances spécifiques aux agents pathogènes dans les éclosions respiratoires, y compris la façon dont le taux d’attaque, le taux de létalité et la durée de l’éclosion diffèrent par agent pathogène entre les hôpitaux, et les établissements de soins de longue durée et les maisons de retraite en Ontario. Méthodes : Les éclosions d’infections respiratoires confirmées dans les hôpitaux et les établissements de soins de longue durée ou les maisons de retraite de l’Ontario signalées entre le 1er septembre 2007 et le 31 août 2017 ont été extraites du Système intégré d’information sur la santé publique (SIISP). Les taux d’attaque médians, la durée des éclosions et les taux généraux de létalité des éclosions spécifiques à un pathogène ont été comparés dans les deux types d’établissements. Résultats : Au cours de la période de surveillance de 10 ans, 9 870 éclosions respiratoires confirmées ont été signalées dans les hôpitaux et les établissements de soins de longue durée ou les maisons de retraite de l’Ontario. La grippe était à l’origine de la plupart des éclosions (32 % dans les établissements de soins de longue durée et les maisons de retraite, 51 % dans les hôpitaux), mais ces éclosions étaient plus courtes et présentaient des taux d’attaque inférieurs à ceux de la plupart des éclosions non grippales dans les deux types d’établissements. Le métapneumovirus humain, bien que peu fréquent (moins de 4 % des éclosions), présentait des taux de létalité élevés dans les deux types d’établissements. Conclusion : Les taux d’attaque et les taux de létalité variaient selon l’agent pathogène, tout comme la durée de l’éclosion. L’élaboration de conseils propres à la gestion des éclosions, qui tiennent compte de l’agent pathogène et de l’établissement de soins de santé, pourrait être utile pour limiter la charge des éclosions respiratoires.

Human coronaviruses, which hitherto were causative agents of mild respiratory diseases of man, have recently become one of the most important groups of pathogens of humans the world over. In less than two decades, three members of the group, severe acute respiratory syndrome (SARS) coronavirus (CoV), Middle East respiratory syndrome (MERS)-CoV, and SARS-COV-2, have emerged causing disease outbreaks that affected millions and claimed the lives of thousands of people. In 2017, another coronavirus, the swine acute diarrhea syndrome (SADS) coronavirus (SADS-CoV) emerged in animals killing over 24,000 piglets in China. Because of the medical and veterinary importance of coronaviruses, we carried out a review of available literature and summarized the current information on their properties and diversity. Coronaviruses are single-stranded RNA viruses with some unique characteristics such as the possession of a very large nucleic acid, high infidelity of the RNA-dependent polymerase, and high rate of mutation and recombination in the genome. They are susceptible to a number of physical agents and several chemical agents used for disinfection procedures in hospitals and laboratories. They exhibit considerable genetic and host diversity, causing diseases of gastrointestinal and respiratory system in a wide range of vertebrate hosts including humans. The high prevalence of coronaviruses in domestic and wild animals, especially bats and birds, and the propensity for their genomes to undergo mutation and recombination may lead to emergence of new coronaviruses that could pose a serious threat to human and animal health. Keywords: coronaviruses; SARS-CoV; MERS-CoV; SARS-Cov-2; properties; diversity; review French Title: Coronavirus: revue de leurs propriétés et de leur diversité Les coronavirus humains, qui étaient jusqu'à présent des agents responsables de maladies respiratoires bénignes de l'homme, sont récemment devenus l'un des groupes les plus importants d'agents pathogènes humains dans le monde entier. En moins de deux décennies, trois membres du groupe, le coronavirus (CoV) du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS), le syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS)-CoV et le SRAS-COV-2, sont apparus, provoquant des épidémies qui ont touché des millions et des personnes. a coûté la vie à des milliers de personnes. En 2017, un autre coronavirus, le coronavirus du syndrome de la diarrhée aiguë du porc (SADS) (SADS-CoV) est apparu chez des animaux tuant plus de 24000 porcelets en Chine. En raison de l'importance médicale et vétérinaire des coronavirus, nous avons effectué une revue de la littérature disponible et résumé les informations actuelles sur leurs propriétés et leur diversité. Les coronavirus sont des virus à ARN simple brin avec certaines caractéristiques uniques telles que la possession d'un très grand acide nucléique, une infidélité élevée de la polymérase dépendante de l'ARN, et un taux élevé de mutation et de recombinaison dans le génome. Ils sont sensibles à un certain nombre d'agents physiques et à plusieurs agents chimiques utilisés pour les procédures de désinfection dans les hôpitaux et les laboratoires. Ils présentent une diversité génétique et hôte considérable, provoquant des maladies du système gastro-intestinal et respiratoire dans un large éventail d'hôtes vertébrés, y compris les humains. La forte prévalence des coronavirus chez les animaux domestiques et sauvages, en particulier les chauves-souris et les oiseaux, et la propension de leurs génomes à subir des mutations et des recombinaisons peuvent conduire à l'émergence de nouveaux coronavirus qui pourraient constituer une menace sérieuse pour la santé humaine et animale. Mots-clés: coronavirus; SARS-CoV; MERS-CoV; SRAS-CoV-2; Propriétés; la diversité; la revue

Coronaviruses are important pathogens reported in humans and animals. A novel coronavirus, formally known as Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2), was identified as a cause of pneumonia cases in Wuhan, China, in late 2019. Since its outbreak in China, it has disproportionately affected many countries. Coronavirus disease 2019 (COVID-19) was officially declared a pandemic on March 11, 2020 and remains a global concern. A spectrum of disease severity has been reported with a variable course of illness from mild upper respiratory symptoms, pneumonia to acute respiratory distress syndrome (ARDS), shock, multiorgan dysfunction and death. The worldwide dissemination of the virus justifies the global efforts in identifying potential treatment strategies and a vaccine for improved clinical and long-term outcomes. This article will reflect on human viral replication and transmission, variable clinical presentation, assessment, treatment and discussion of complications. Isolation precautions according to infection prevention and control including protective apparel will be discussed with emphasis on criteria for discontinuation of transmission precaution. Resume Les coronavirus sont des agents pathogènes importants signalés chez les humains et les animaux. Un nouveau coronavirus, officiellement connu sous le nom de coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2), a été identifié comme une cause de cas de pneumonie à Wuhan, en Chine, à la fin de 2019. Depuis son apparition en Chine, il a touché de nombreux pays de manière disproportionnée. La maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) a été officiellement déclarée pandémie le 11 mars 2020 et reste une préoccupation mondiale. Un éventail de gravité de la maladie a été signalé, avec une évolution variable de la maladie allant de symptômes respiratoires supérieurs légers, de la pneumonie au syndrome de détresse respiratoire aiguë (SDRA), au choc, au dysfonctionnement de plusieurs organes et à la mort. La diffusion mondiale du virus justifie les efforts mondiaux visant à identifier des stratégies de traitement potentielles et un vaccin pour améliorer les résultats cliniques et à long terme. Cet article se penchera sur la réplication et la transmission du virus chez l'homme, la présentation clinique variable, l'évaluation, le traitement et la discussion des complications. Les précautions d'isolement en fonction de la prévention et du contrôle de l'infection, y compris les vêtements de protection, seront examinées en mettant l'accent sur les critères d'interruption de la précaution de transmission.

Le microbiologiste peut être confronté à la prise en charge età la gestion d’échantillons contenant ou susceptibles de contenirdes micro-organismes potentiellement utilisables dans le cadred’actions bioterroristes ou militaires mais aussi ceux prélevés chezdes patients atteints d’un pathogène émergent. Une liste des 12principaux agents utilisables dans le contexte du risque biologiquea été établie par le G7 lors d’une réunion en décembre 2004 etcomprend Bacillus anthracis, Yersinia pestis, Francisella tularensis,Brucella spp., Burkholderia mallei, Coxiella burnetti, les toxinesde Clostridium botulinum, l’entérotoxine B de Staphylococcusaureus, la ricine extraite de Ricinus communis, le virus de la variole(Variola major), les Alphavirus des encéphalites équines et lesvirus des fièvres hémorragiques (virus Ebola, virus de la fièvrede Lassa…). A ces micro-organismes s’ajoutent certains pathogènes émergents susceptibles de provoquer des maladies gravesou de se propager dans la collectivité et nécessitant des mesuresde confinement adaptées, comme les Coronavirus responsablesdu SRAS (syndrome respiratoire aigu sévère) et du MERS-Cov(Middle East Respiratory Syndrom-Coronavirus). Au cours desquinze dernières années, les alertes sanitaires successives liées auSRAS, au charbon, à la grippe pandémique de 2009, au MERSCoronavirus, à la maladie à virus Ebola en 2014-2015 ont soulignéla nécessité d’un travail de coopération entre les microbiologistes,qu’ils soient bactériologistes ou virologistes, les spécialistes dela biosécurité et les hygiénistes afin de garantir un dispositif deréponse adaptée permettant une réponse analytique fiable et rapide,mais également une organisation et une logistique compatibles avecles règles de biosécurité et la prise en charge rapide des patients

OBJECTIVE: To discuss the pharmacology, pharmacokinetics, spectrum of activity, clinical trials, and adverse effects of levofloxacin and sparfloxacin, two new fluoroquinolone antibiotics. DATA SOURCES: Literature was identified by a MEDLINE search from January 1985 to September 1997. Abstracts and presentations were identified by review of program abstracts from the Interscience Conference on Antimicrobial Agents and Chemotherapy from 1988 to 1996. STUDY SELECTION: Randomized, controlled clinical studies were selected for evaluation; however, uncontrolled studies were included when data were limited for indications approved by the Food and Drug Administration (FDA). In vitro data were selected from comparison trials whenever available. Only in vitro trials that provided data on the minimum inhibitory concentrations required to inhibit 90% of isolates were used. Data from North American studies were selected whenever available. DATA EXTRACTION: Data were evaluated with respect to in vitro activity, study design, clinical and microbiologic outcomes, and adverse drug reactions. DATA SYNTHESIS: Levofloxacin and sparfloxacin are active against pathogens frequently involved in community-acquired upper and lower respiratory tract infections, including Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae, Moraxella catarrhalis, Mycoplasma pneumoniae, Legionella pneumophila, and Chlamydia pneumoniae. Both compounds have enhanced activity compared with ciprofloxacin against most gram-positive bacteria, including enterococci, streptococci, and staphylococci, and retain good activity against most Enterobacteriaceae and Pseudomonas aeruginosa. Sparfloxacin has greater anaerobic activity than levofloxacin, which is more active than ciprofloxacin or ofloxacin. Although many clinical studies are available only in abstract form, the clinical data demonstrate that these new quinolones are effective for most community-acquired upper and lower respiratory tract infections, urinary tract infections, gonococcal and nongonococcal urethritis, and skin and skin structure infections. FDA-approved indications are limited for both compounds to date. CONCLUSIONS: Levofloxacin and sparfloxacin have improved gram-positive activity compared with that of older fluoroquinolones, and are administered once daily. Sparfloxacin-associated photosensitivity may limit its therapeutic usefulness. Clinical trials confirm that these agents are as effective as traditional therapies for the management of community-acquired pneumonia, acute exacerbations of chronic bronchitis, sinusitis, urinary tract infections, acute gonococcal and nongonococcal urethritis, and skin and skin structure infections. OBJETIVO: Discutir la farmacología, farmacocinética, espectro de actividad, estudios clínicos, y efectos adversos de la levofloxacina y la sparfloxacina, dos nuevos antibióticos del grupo de las fluoroquinolonas. FUENTES DE INFORMACIÓN: Se investigó la literatura desde el año 1985 hasta septiembre del año 1997 usando MEDLINE como base de datos. También se identificaron extractos y presentaciones que fueron publicadas en la Conferencia Interciencia de Agentes Antimicrobianos y Quimioterapia desde los años 1988 al 1996. SELECCIÓN DE FUENTES DE INFORMACIÓN: Se seleccionaron estudios clínicos controlados donde la asignación del tratamiento de estudio se hizo al azar. También se incluyeron estudios no controlados cuando la información sobre la eficacia de estos medicamentos en infecciones para las cuales ellos están indicados era limitada. Además se evaluó información in vitro reportada en los estudios comparativos revisados. Sólo se usaron estudios in vitro que proveían información acerca de la CMI90. Por último, en lo que fue posible, se revisó información obtenida de estudios realizados en Norte América. MÉTODO DE EXTRACCIÓN DE INFORMACIÓN: La información obtenida fue evaluada usando como parámetros la actividad in vitro, diseño del estudio, resultados clínicos y microbiólogicos, y reacciones adversas a los medicamentos involucrados. SÍNTESIS: La levofloxacina y la sparfloxacina son eficaces contra patógenos frecuentemente involucrados en infecciones del tracto respiratorio superior e inferior adquiridos en la comunidad. Ellos incluyen el Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae, Moraxella catarrhalis, Mycoplasma pneumoniae, Legionella pneumophila, y Chlamydia pneumoniae. Cuando ambos medicamentos fueron comparados con la ciprofloxacina, se demostró su actividad incrementada contra la mayoría de las bacterias gram-positivos, incluyendo enterococos, estreptococos, y estafilococos, reteniendo buena actividad contra la mayoría de las Enterobacteriacias y Pseudomonas aeruginosa. La sparfloxacina posee mayor actividad anaeróbica que la levofloxacina, la cual es más activa que la ciprofloxacina o la ofloxacina. Aunque muchos de los estudios clínicos realizados sólo se encuentran disponibles en forma de extractos, la información clínica demuestra que estas quinolonas nuevas son eficaces para el tratamiento de la mayoría de las infecciones del tracto respiratorio superior e inferior adquiridas en la comunidad, infecciones del tracto urinario, uretritis no gonococal o gonococal, e infecciones de la piel y estructuras de la piel. Estos dos medicamentos se encuentran actualmente indicados para el tratamiento de un número limitado de infecciones. CONCLUSIONES: La levofloxacina y la sparfloxacina han mejorado la actividad de las fluoroquinolonas tradicionales contra las bacterias gram-positivos, y se pueden administrar una vez al día. La fotosensibilidad asociada a la sparfloxacina puede limitar su utilidad terapéutica. Los estudios clínicos confirman que estos agentes son tan efectivos como las terapias tradicionales para el manejo de la neumonía adquirida en la comunidad, exacerbaciones agudas de la bronquitis crónica, sinusitis, infecciones del tracto urinario, uretritis no gonococal o gonococal sobre el uso de estos medicamentos en determinadas infecciones e infecciones de la piel y estructuras de la piel. OBJECTIF: Présenter les notions pharmacologiques, pharmacocinétiques, le spectre d'activité, les études cliniques, et les réactions indésirables de deux nouvelles fluoroquinolones, la levofloxacine et la sparfloxacin. REVUE DE LITTÉRATURE: La littérature pertinente a été retrouvée par une recherche MEDLINE débutant en 1985 jusqu'au mois de septembre 1997. Les résumés et les présentations ont été extraites des programmes de l'Interscience Conference on Antimicrobial Agents and Chemotherapy de 1988 à 1996. SÉLECTION DES ÉTUDES: Les études randomisées et contrôlées ont été sélectionnées pour évaluation. Certaines études non contrôlées ont aussi été retenues lorsqu'elles présentaient des données portant sur les indications approuvées par l'Administration des Drogues et Alimentaires (ADA). Les données in vitro ont été sélectionnées à partir des études comparatives lorsque disponibles. Seules les études in vitro présentant les CMI90 ont été utilisées. En autant que possible, des données nordaméricaines ont été utilisées. SÉLECTION DE L'INFORMATION: Les informations ont été évaluées en tenant compte de l'activité in vitro, du devis des études, de révolution clinique et microbiologique, et des réactions indésirables. RÉSUMÉ: La levofloxacine et la sparfloxacine sont actives contre les pathogènes fréquemment rencontrés dans les infections respiratoires hautes et basses acquises en communauté dont les Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae, Moraxella catarrhalis, Mycoplasma pneumoniae, Legionella pneumophila, et le Chlamydia pneumoniae. Ces deux produits ont une activité accrue contre les bactéries gram-positif par rapport à la ciprofloxacine dont notamment l'enterocoque, les streptocoques, et les staphylocoques. Ils conservent une bonne activité contre les entérobactéries et le Pseudomonas aeruginosa. La sparfloxacin a une activité antianaérobie supérieure à celle de la levofloxacine, laquelle est supérieure à celle de la ciprofloxacin ou de l'ofloxacine. Bien que plusieurs études cliniques ne soient disponibles que sous forme de résumé, les données cliniques indiquent que ces nouvelles quinolones sont efficaces contre la plupart des infections respiratoires, hautes ou basses, acquises en communauté, les infections des voies urinaires, les urétrites gonococciques et non gonococciques, et les infections de la peau et des tissus mous. Cependant, les indications approuvées par l'ADA sont actuellement restreintes. CONCLUSIONS: La levofloxacine et la sparfloxacine présentent une activité améliorée contre les bactéries gram-psoitif par rapport aux fluoroquinolones plus anciennes. Elles offrent aussi la commodité d'une prise uniquotidienne. La photosensibilité associee à la sparfloxacine peut cependant limiter son utilité clinique. Les études disponibles confirment une efficacité comparable aux thérapies traditionnelles dans le traitement de la pneumonie acquise en communauté, de l'exacerbation de la bronchite chronique, de la sinusite, des infections des voies urinaires, de l'urétrite gonococcique et non gonococcique, et les infections de la peau et des tissus mous.

DOSSIER : Spécificités de l’élevage de ruminants en montagne Avant-propos Dans le cadre de l’organisation d’une séance annuelle commune, l’Académie d’Agriculture de France et l’Académie Vétérinaire de France ont choisi pour 2013 le thème de l’élevage en montagne (séance publique du 17 avril 3013). Sur fond de crise, d’évolution des politiques agricoles européennes et de fluctuation des revenus des éleveurs, l’Académie d’Agriculture, et plus particulièrement la section « Production Animale », réfléchit sur les conditions de restauration de perspectives positives pour l’élevage ; elle assume l’hypothèse qu’une clé est l’ancrage territorial de cette activité, associé à un effort d’imagination pour valoriser des produits propres à combler l’attente des citoyens. Choisir en premier lieu d’approfondir l’évolution de l’élevage en montagne et d’en analyser quelques traits spécifiques est un prologue tout indiqué pour cette réflexion. De manière convergente l’Académie Vétérinaire, confrontée à la déprise territoriale du métier de vétérinaire notamment dans les zones dites difficiles ou défavorisées que représentent certaines régions de montagne, a relevé de manière frappante les risques associés, sur les plans sanitaire et épidémiologique, aux systèmes de transhumance et de mise en commun des troupeaux toutes générations confondues, loin de leurs « camps de base » et des yeux attentifs de leurs propriétaires. Rassembler des troupes issues d’exploitations multiples, c’est aussi favoriser les échanges de leurs agents pathogènes respectifs risquant ainsi d’exposer brutalement à de tels agents des jeunes peu ou pas immunisés. Dans les milieux de montagne la détection précoce des maladies est rendue difficile par la dissémination des animaux sur de vastes territoires. Loin de toute vision rousseauiste sur la salubrité et la paix des alpages, l’élevage de montagne est de plus confronté à des prédateurs tolérés voire défendus par les profanes (ours et loup) et à la mitoyenneté avec une faune sauvage porteuse d’agents pathogènes non contrôlés, parfois responsables de zoonoses (agent de la brucellose, notamment). Le thème de l’élevage des ruminants en montagne était donc particulièrement bienvenu pour cette séance commune. L’Editeur d’« Inra Productions Animales », René Baumont, a bien voulu reconnaître l’intérêt des travaux présentés en cette occasion sur quelques aspects géographique, technique, économique, historique et sanitaire, même s’ils ne traitent qu’une partie des problèmes de l’élevage en montagne. Grâce à ses exigences, et à celles des lecteurs critiques des articles, ce dossier a pris figure et pourra constituer une base estimable de références pour de nombreux lecteurs intéressés à l’élevage en montagne. Dans le respect de la pluralité professionnelle représentée dans nos académies nous avons demandé à de jeunes chercheurs d’une part, à des professionnels praticiens en activité d’autre part, de présenter différentes facettes des forces et faiblesses de ces systèmes pastoraux. Bruno Martin, avec Michel Lherm et Claude Béranger, dresse un panorama très documenté, dans l’espace et dans le temps, des atouts qui ont permis à des éleveurs dynamiques et imaginatifs demaintenir par leurs initiatives et leur sens de l’entraide la stabilité économique de ces modes de production, tout en assurant un service écologique par la préservation de milieux fragiles, qui légitime des soutiens publics spécifiques. Stabilité, il est vrai, à un niveau de revenus moindre que leurs homologues des plaines, beaucoup plus affectés par la crise de l’élevage. L’avenir de la production de ruminants en montagne passe comme en plaine par la nécessaire maîtrise des coûts, mais surtout par la capacité des filières animales à valoriser les atouts spécifiques de ces territoires notamment autour de la notion de paniers de biens. Marie Dervillé, avec Gilles Allaire, s’interroge sur le devenir de la production laitière de montagne après la suppression en 2015 des quotas laitiers protecteurs. Détaillant les mécanismes de concurrence entre montagne et plaine d’une part, et entre différentes régions de montagne d’autre part, elle montre que la différenciation des productions de montagne par rapport à celles qui peuvent être obtenues en plaine est la stratégie essentielle d’adaptation à la libéralisation des marchés. Développer au niveau d’un territoire une capacité d’innovation et la construction d’une réputation collective, répondant à l’imaginaire des citoyens, conditionnera la survie de la production laitière et fromagère de montagne. Jean-Pierre Alzieu, en collaboration avec Jeanne Brugère-Picoux et Christophe Brard, montre que les dominantes pathologiques sont d’abord et surtout des maladies dites de groupe, principalement d’étiologie infectieuse. Il explicite les raisons de la plus grande susceptibilité sanitaire de ce type de conduite des troupeaux, face à une diversité de maladies (respiratoires, parasitaires ou boiteries entre autres) qui vont trouver dans le pâturage de montagne des conditions favorables à leur propagation. S’il existe au sein du troupeau un ou plusieurs états cliniques avant la montée à l’estive, ceux-ci seront amplifiés et propagés aux autres animaux réunis, d’où l’importance primordiale des mesures prophylactiques en amont et notamment durant l’hivernage. Christophe Roy présente, au regard de ces conditions sanitaires particulières, les contraintes spécifiques à l’activité vétérinaire en montagne. Celles-ci contribuent à une légère découverture du maillage vétérinaire. Or, la veille sanitaire est très importante en montagne, sans doute plus qu’ailleurs étant donné les risques liés à l’élevage dans ces régions. L’auteur nous livre quelques pistes d’adaptation afin de maintenir une offre de service aussi efficace et performante que possible alors que l’engouement pour les produits de montagne, notamment fromagers, appelle une vigilance soutenue. Outre ces avertissements sanitaires, des alertes sont perceptibles : une partie de la production laitière, trop générique, résistera mal à la concurrence des plaines. Des appétits fonciers apparaissent, pas seulement pour des activités de loisir consommatrices de territoires et de ressources en eau : des compétitions nouvelles pour l’accès aux estives apparaissent avec des investisseurs aux capacités financières affirmées. A un titre ou un autre tous les auteurs de ce dossier soulignent néanmoins les atouts de cette production montagnarde, basée sur une culture collective d’acteurs durs au labeur : recours à une ressource herbagère peu coûteuse, utilisation de races locales rustiques, référence à des terroirs évocateurs de dépaysement, robustesse d’une activité fromagère calée sur des appellations contrôlées et dans laquelle les urbains se plaisent à reconnaître une naturalité respectueuse du bien-être animal, au servicedu maintien de milieux et de paysages à préserver. La conjonction d’acteurs de montagne combatifs et sobres, de citoyens avides d’images pastorales devrait favoriser l’acceptation de soutiens financiers spécifiques et la pérennisation économique de systèmes d’élevages ancrés sur ces territoires tout en sachant s’adapter.

Les élevages avicoles familiaux tels que les basses-cours rurales, les poulaillers urbains et les élevages de volailles de loisir sont un secteur important de la production avicole française. Estimés à 2,5 millions de propriétaires à ce jour, ces élevages sont suspectés de pouvoir transmettre des agents pathogènes aux élevages avicoles commerciaux. Dans cette étude, nous avons étudié le rôle des élevages avicoles familiaux dans la circulation et la transmission d'agents pathogènes aux élevages avicoles commerciaux. Afin de mieux caractériser les acteurs de la filière avicole familiale, une enquête participative nationale a été réalisée afin d'analyser les pratiques d'élevage et d'identifier différentes sous-populations. En parallèle, les prévalences de 14 agents infectieux à tropisme majoritairement respiratoire ayant un intérêt en santé publique et/ou animale ont été estimées. L'identification d'agents pathogènes comme marqueurs d'infection et de transmission a été effectuée en comparant les prévalences entre secteurs familial et commercial. Dans le secteur familial, cinq sous-populations ont été mises en évidence : les poulaillers urbains, les basses-cours traditionnelles, les poulaillers d'étudiants, les élevages familiaux "de compagnie", et les élevages de poules de race et de loisir. Des agents pathogènes comme Mycoplasma synoviae et Avibacterium paragallinarum, présentent une prévalence élevée dans les basses-cours, mais sont rarement identifiés dans les élevages commerciaux, ce qui pourrait en faire des marqueurs pertinents de transmission du secteur familial au secteur commercial. D'une manière générale, les résultats suggèrent un rôle limité des basses-cours dans la contamination des élevages commerciaux. A l'inverse, dans un contexte épizootique d'influenza aviaire, il a été montré que les liens humains entre secteur familial et secteur commercial représentaient un risque de contamination des basses-cours, conduisant ainsi à privilégier l'hypothèse inverse d'une possible contamination des élevages familiaux par les élevages commerciaux
Backyard poultry farming involving for example traditional family flocks and hobby poultry flocks is an important sector of the French poultry production. Today, it is estimated that they represent 2.5 million owners, and they are suspected of transmitting pathogens to commercial poultry farms (and/or humans). In this study, we investigated the role of backyard poultry flocks in the circulation and transmission of pathogens to commercial poultry farms. In order to better characterize the stakeholders in the backyard poultry sector, a national participatory survey was conducted to analyze owners' practices and identify different sub-populations. Simultaneously, the prevalence of 14 pathogens of interest in human and/or animal health and predominantly presenting a respiratory tropism were studied. The identification of pathogens as markers of infection and transmission was carried out by comparing their prevalence levels in the familial and commercial poultry sectors. In the familial poultry sector, five sub-populations were identified: urban poultry, traditional poultry, student poultry, "pet" family poultry, and hobby poultry. Pathogens such as Mycoplasma synoviae and Avibacterium paragallinarum are highly prevalent in French family poultry flocks but are rarely identified in commercial farms. Consequently, they could be considered as relevant markers of transmission from backyard to commercial flocks. In general, the results indicate the limited role of backyard poultry flocks in the contamination of commercial poultry farms. On the contrary, human links existing between backyard and commercial premises were identified as a risk factor for backyard flocks in an epizootic avian influenza context. These results lead us to consider the reverse hypothesis of a possible pathogens transmission from commercial to backyard poultry flocks during epidemics