Dissertations / Theses on the topic 'Acides ribonucléiques'

Les ARNt se caractérisent par la présence d'une grande variété de nucléosides modifiés. Selon leur positionnement et leur structure chimique, les nucléosides modifiés confèrent, en partie du moins, son identité a l'ARNt qui les contient. La caractérisation chimique de certains nucléosides hypermodifiés a été entreprise pour tenter d'élucider les relations entre la structure de ces nucléosides et leur fonction biologique. La stratégie analytique mise au point et utilisée dans cet objectif réside essentiellement en un ensemble de méthodes combinées chromatographiques et spectrométriques permettant, à partir d'ARNt, l'isolement, la purification et l'identification de mono nucléosides de structures inconnues. A l'aide de ces méthodes et après avoir établi une bibliothèque des paramètres chromatographiques et spectraux de plus de 50 nucléosides de référence, nous avons déterminé la structure chimique de nouveaux nucléosides modifiés. L'étude conduite sur les ARNT méthionine initiateurs (ARNt#Met #i) de plusieurs espèces de levures et de végétaux, nous a ainsi permis de découvrir et d'identifier deux purines hypermodifiées localisées en position 64 et de structures chimiques inédites: adénosine et guanosine phosphoribosylées. Nous avons pu montrer qu'une telle modification purique peut etre considérée comme un marqueur de ces ARNt#M#e#ti. Son role biologique serait d'empêcher l'ARNt#M#e#ti d'être entrainé vers les étapes de l'élongation protéique. Nous avons également mis en évidence et établi la structure d'un autre nucléoside hypermodifié, la 2-o-methyl-5-carbomoylmethyluridine (ncm#5um), localisé en position 34 (wobble) d'un nouvel isoaccepteur l'ARNt#l#e#u (ncm#5umaa) isolé de la levure saccharomyces cerevisiae. Nous avons alors montre qu'une telle structure chimique entraine une reconnaissance unique et spécifique du seul codon leucine UUA

L'etude des arn par rmn est limitee par leur distribution inhomogene de protons et la faible resolution des spectres de correlations 1 3c- 1h, rendant particulierement difficile l'attribution et leur caracterisation structurale. Il est demontre que l'utilisation de la correlation croisee csa-dipolaire apporte un important gain en resolution et en sensibilite pour ces experiences. Ces avantages ont ete appliques aux principales experiences permettant l'attribution et la mesure des parametres structuraux et dynamiques dans les arn de tailles importantes. L'etude quantitative des phenomenes de relaxation induits par cette correlation croisee permet, d'une part, de determiner simplement la conformation des sucres, et d'autre part, apporte la premiere caracterisation experimentale des csa dans les bases nucleiques des arn en solution. Dans les biomolecules paramagnetiques la mesure de ces vitesses de relaxation croisee permet d'obtenir de nouvelles contraintes structurales a longue portee, particulierement interessantes pour la determination de la structure des arn. Une approche est proposee pour generaliser cette methode aux biomolecules ne possedant pas de site naturel de fixation aux ions paramagnetiques. Dans une seconde partie, il est propose un protocole de calcul de structure optimise pour la determination de la topologie des ponts disulfures a partir des contraintes rmn. Une etude des possibilites et limitations de cette methode, indique qu'elle est generale et peut etre appliquee des les premiers stades des etudes rmn des proteines riches en ponts disulfures. Les applications a deux toxines riches en ponts disulfures resistantes aux endoproteases, apportent de nouvelles informations structurales et biochimiques pour ces familles de proteines.

La spectrométrie de masse (MS) s'est imposée depuis quelques années comme une méthode essentielle pour la caractérisation des biomolécules. Le développement de nouveaux analyseurs à ultra-haute résolution et grande précision de mesure de masse, tels que la résonance cyclotronique des ions à transformées de Fourier (FTICR), ont amélioré la sélectivité de la méthode. Afin de faciliter la caractérisation d'échantillons complexes dans de nombreux domaines, la MS peut être couplée à des méthodes séparatives telles que l'électrophorèse capillaire (CE). La CE est la méthode électrophorétique la plus performante en termes de résolution, d'efficacité et de capacité de pics tout en étant très rapide. Le couplage CE-MS a été développé pour un grand nombre d'analytes et permet d'obtenir une sensibilité optimale de la MS grâce au recours d'une interface sheathless permettant l'utilisation de nano-débit. Cependant, pour pouvoir combiner les performances de séparation de la CE, la haute sélectivité et sensibilité de l'interface sheathless avec l'ultra-haute résolution du FTICR-MS, il est nécessaire de relever les défis techniques liées aux propriétés intrinsèques de la CE et du FTICR telles que la rapidité de la séparation, la haute efficacité des pics et le temps d'acquisition de la MS. Les travaux présentés dans ce manuscrit présentent donc la mise en place du couplage CE FTICR-MS, nouveau au laboratoire, et son application dans l'étude de biomolécules, et notamment la caractérisation des modifications post-transcriptionnelles des acides ribonucléiques (ARN). Une étude du couplage a tout d'abord été réalisée à l'aide de standards, puis un premier transfert de méthode a été effectué sur des échantillons biologiques déjà décrits dans la littérature. Divers développements de méthodes sont ensuite présentés tels que l'optimisation de la préparation d'échantillon, et le développement de nouveaux outils bio-informatiques permettant d'aller plus loin dans la caractérisation de ces modifications et dans la complexité des échantillons. Enfin, le couplage CE-FTICR-MS ainsi que des derniers développements de méthode ont été mis en application sur des échantillons plus complexes et dont les modifications post-transcriptionnelles ne sont pas décrites dans la littérature. L'utilisation du couplage CE-FTICR-MS pour la caractérisation des ARN a notamment permis d'identifier une modification post-transcriptionnelle inconnue dans un de ces échantillons complexes et peu étudiés dans la littérature
Mass spectrometry (MS) has emerged in recent years as benchmark method for the characterization of biomolecules. The development of new analyzers with ultra-high resolution and high mass accuracy, such as Fourier Transform Ion Cyclotron Resonance (FTICR), has improved the selectivity of the method. To ease the characterization of complex samples, MS can be coupled with separative methods such as capillary electrophoresis (CE). CE is the most powerful electrophoretic method in terms of resolution, efficiency and peak capacity, and is very fast. The CE-MS coupling has been developed for a large number of analytes and allows to obtain an optimal sensitivity of MS thanks to the use of a sheathless interface allowing the use of nanoflow rates. However, in order to combine the separation performances of CE, the high selectivity and sensitivity of the sheathless interface with the ultra-high resolution and the high mass accuracy of FTICR-MS, it is necessary to address the technical challenges related to the intrinsic properties of CE and FTICR such as the speed of separation, high peak efficiency and MS acquisition time. The work presented in this manuscript presents the implementation of the CE-FTICR-MS hyphenation and its application for the study of biomolecules, and in particular the characterization of post-transcriptional modifications of ribonucleic acids (RNA). A study of the CE-FTICR-MS hyphenation was first performed using standards, then a first method transfer was performed on biological samples already described in the literature. Various method developments are then presented such as the optimization of the sample preparation, and the development of new bioinformatics tools allowing to go further in the characterization of these modifications and in the complexity of the samples. Finally, the CE-FTICR-MS hyphenation as well as the latest method developments were applied on more complex samples, and whose post-transcriptional modifications are not described in the literature. The use of the CE-FTICR-MS hyphenation for the characterization of RNA enabled the identification of an unknown post-transcriptional modification in one of these complex samples that has not been previously studied in the literature

Les aminoglycosides, des dérivés aminés de saccharides, interfèrent avec le mécanisme de synthèse des protéines chez les bactéries en se fixant au site de décodage de l'ARN de transfert aminoacylé (site A) situé en 3' de l'ARN ribosomique 16S. Au cours de ce travail de thèse, les structures de trois complexes entre des fragments d'ARN incorporant le site A et les aminoglycosides paromomycine, tobramycine et généticine, ont été résolues par cristallographie aux rayons X à 2,40-2,54 Å. L'analyse des structures montre que la reconnaissance et la fixation spécifiques des aminoglycosides au site A font intervenir de nombreuses liaisons hydrogène directes et pontées par des molécules d'eau. Dans ces structures, la partie néamine commune aux aminoglycosides (cycles I et II) s'intercale dans l'hélice de manière similaire : le cycle I (non plan) forme une pseudo paire de bases avec l'adénine 1408 ; la néamine oblige les adénines 1492 et 1493 à pointer hors de l'hélice. La comparaison des structures 3D de ces trois complexes offre des explications moléculaires aux différents résultats de biochimie et de microbiologie, ainsi qu'à certains phénomènes de résistances et de toxicités. Les conformations du site A et des aminoglycosides au sein de ces complexes sont similaires à celles du site A et de la paromomycine au sein de la sous-unité ribosomique 30S. Ainsi, la stratégie développée permet une description des interactions et des modes de fonctionnement des aminoglycosides proche du contexte naturel mais plus précise, essentielle à notre connaissance du système ARN/aminoglycoside. De ces résultats découlent des lignes directrices laissant envisager sous un jour nouveau la conception d'antibiotiques moins sujets aux résistances et moins toxiques.

La modification posttranscriptionnelle des acides ribonucléiques (ARNs) est une étape de maturation conservée dans tous les domaines du vivant. Mes travaux de thèse ont porté sur la caractérisation fonctionnelle et structurale de flavoenzymes impliquées dans la modification des ARN de transfert (ARNt) : les dihydrouridines synthases (Dus) dictant la formation de dihydrouridine via la flavine mononucléotide (FMN) et TrmFO responsable de la méthylation en C5 de l'uridine 54 via la flavine adénosine dinucléotide (FAD) ainsi que le methylènetétrahydrofolate. Afin d'élucider le mécanisme de TrmFO, nous avons élaboré une apoenzyme grâce à une simple mutation qui est efficacement reconstituée in vitro. Nous avons chimiquement synthétisé l'intermédiaire catalytique qui consiste en un FAD-iminium comportant un methylène sur le N5 de l'isoalloxazine. Cette espèce synthétique a été caractérisée par spectrométrie de masse et absorption UV-visible. La reconstitution de TrmFO avec cette molécule restore l'activité in vitro sur un ARNt transcrit prouvant le rôle du FAD comme agent méthylant via une méthylation réductrice. Dus2 réduit spécifiquement U20 et est constituée d'un Dus domaine néanmoins, chez les mammifères un double-stranded RNA-binding domaine (dsRBD) est présent. Afin de comprendre la fonction de cette organisation modulaire, nous avons montré que seule l'enzyme sauvage est active contrairement aux domaines isolés. Nous avons résolu les structures cristallographiques des deux domaines suggérant une redistribution des charges positives en surface. Ce dsRBD dicte la reconnaissance de l'ARNt en se fixant à la tige acceptrice/Tpsi. Ceci est régulé par une extension N-terminal, mis en évidence par des mutations, des titrations RMN ainsi qu’une structure cristallographique en complexe avec un ARN de 22 nucléotides. Ce travail illustre l’acquisition d’un dsRBD au cours de l’évolution dont la fonction est étendu à la reconnaissance des ARNts
Posttranscriptional modification of ribonucleic acids (RNAs) is a crucial maturation step conserved in all domains of life. During my thesis, I have brought structural and functional insights on flavoenzymes involved in transfer RNA (tRNA) modifications: dihydrouridine synthase (Dus) responsible for dihydrouridine formation using flavin mononucleotide (FMN) and TrmFO responsible for C5 methylation of uridine position 54 relying on flavin adenosine dinucleotide (FAD) and methylenetetrahydrofolate. To elucidate the chemical mechanism of TrmFO we designed an apoprotein via a single mutation that could be reconstituted in vitro with FAD. Furthermore, we chemically synthesized the postulated intermediate active species consisting of a flavin iminium harboring a methylene moiety on the isoalloxazine N5 that was further characterized by mass spectrometry and UV-visible spectroscopy. Reconstitution of TrmFO with this molecule restored in vitro activity on a tRNA transcript proving that TrmFO uses FAD as a methylating agent via a reductive methylation.Dus2 reduces U20 and is comprised of a canonical Dus domain however, mammals have an additional double-stranded RNA-binding domain (dsRBD). To bring functional insight for this modular organization, we showed that only full length human Dus2 was active while its isolated domains were not. tRNA recognition is driven by the dsRBD via binding the acceptor and TΨ stem of tRNA with higher affinity then dsRNA as evidenced by NMR. We further solved the X-ray structures for both domains showing redistribution of surface positive charges justifying the involvement of this dsRBD for tRNA recognition in mammalian Dus2. This was attributed to a peculiar N-terminal extension proven by mutational analysis and an X-ray structure of dsRBD in complex with 22-nucleotide dsRNA. Altogether our work illustrates how during evolution, Dus2 enzymes acquired an engineered dsRBD for efficient tRNA binding via a ruler mechanism

Les ARN non-codants ont été découverts au cours des dernières décennies et sont impliqués dans de nombreux processus biologiques. La compréhension des mécanismes qui permettent à ces ARN de remplir leur fonction est essentielle, tant au niveau fondamental que dans la perspective d’applications thérapeutiques. La Résonance Magnétique Nucléaire (RMN) des liquides est un outil d’analyse unique qui permet de caractériser la structure et la dynamique des ARN. L’objectif de cette thèse est le développement de nouvelles méthodes RMN pour décrire la dynamique complexe des ARN. Une attention particulière est portée sur le précurseur du micro ARN let-7, un système biologique intéressant car la dérégulation de let-7 pertube le développement et la différenciation cellulaire et conduit au développement de maladies cellulaires telles que le cancer. Cet ARN a une structure en tige et boucle. En raison de sa taille et de la flexibilité inhérente à sa grande boucle, l’étude de cet ARN par RMN est complexe et innovante. Dans un premier temps, ce manuscrit décrit la mise en place d’un protocole expérimental de production d’échantillons d’ARN hautement concentrés et très purs pour la RMN. Ensuite, une nouvelle stratégie d’attribution des spectres RMN est exposée. Elle s’applique aux ARN composés de grands éléments non structurés. Ces méthodes sont utilisées pour étudier la structure et la dynamique du précurseur du micro ARN let- 7. Des données expérimentales ont été mesurées sur cet ARN à partir de deux techniques analytiques : la diffusion de rayons X aux petits angles et la spectroscopie RMN (couplages dipolaires résiduels externes ou induits par le champ). Ces données expérimentales sont utilisées pour sélectionner un ensemble de conformations parmi une base de données générée par des simulations de dynamique moléculaire. L’ensemble sélectionné est choisi pour représenter au mieux les données expérimentales. À partir de l’analyse structurelle de cet ensemble de conformations et d’expériences RMN qui caractérisent des phénomènes d’échange lents au sein de l’ARN, nous avons pu proposer une hypothèse : la combinaison de transitions dynamiques rapides et lentes au sein de la grande boucle de l’ARN permet d’expliquer la capacité de cet ARN à interagir avec différentes protéines
Non-coding RNAs have appeared in the last decades as central elements of numerous biological processes and understanding how they can perform their function is essential both at the fundamental level and in the perspective of potential applications. Solution- state Nuclear Magnetic Resonance (NMR) methods are a unique way to characterize the structure and dynamics of RNAs and thus shed light on their intrinsic plasticity. This thesis focuses on the development of novel methodologies to describe complex dynamics occurring in RNA with a particular focus on the let-7 micro RNA precursor an interesting system as the deregulation of let-7 can perturb cell development and differentiation and lead to the development of cell-based diseases such as cancer. Due to its size and the flexibility inherent to large RNA loop, the study of the let-7 miRNA precursor remains at the forefront of biological NMR. This work addresses the implementation of an enzymatic production protocol of high concentrated and very pure RNA sample for NMR spectroscopy and the development of new strategies for resonance assignment of RNAs with large non-helical dynamic elements. These methods are used to investigate the structure and dynamics of the let-7 micro RNA precursor. A combination of Small-Angle X-Ray scattering and NMR spectroscopy experimental data (Residual Dipolar Couplings either externally or field-induced) were measured. These experimental data are used in an ensemble optimization method to selectively refine models generated by extensive all-atom molecular dynamics simulations. The selected ensemble is in good agreement with the NMR experimental data. From the structural analysis of the selected ensemble and Chemical Exchange Saturation Transfer experiments, we propose a hypothesis that correlates fast and slow exchange processes happening in the non-helical region of the RNA with its ability to interact with regulatory proteins

La modification posttranscriptionnelle des acides ribonucléiques (ARNs) est une étape de maturation conservée dans tous les domaines du vivant. Mes travaux de thèse ont porté sur la caractérisation fonctionnelle et structurale de flavoenzymes impliquées dans la modification des ARN de transfert (ARNt) : les dihydrouridines synthases (Dus) dictant la formation de dihydrouridine via la flavine mononucléotide (FMN) et TrmFO responsable de la méthylation en C5 de l'uridine 54 via la flavine adénosine dinucléotide (FAD) ainsi que le methylènetétrahydrofolate. Afin d'élucider le mécanisme de TrmFO, nous avons élaboré une apoenzyme grâce à une simple mutation qui est efficacement reconstituée in vitro. Nous avons chimiquement synthétisé l'intermédiaire catalytique qui consiste en un FAD-iminium comportant un methylène sur le N5 de l'isoalloxazine. Cette espèce synthétique a été caractérisée par spectrométrie de masse et absorption UV-visible. La reconstitution de TrmFO avec cette molécule restore l'activité in vitro sur un ARNt transcrit prouvant le rôle du FAD comme agent méthylant via une méthylation réductrice. Dus2 réduit spécifiquement U20 et est constituée d'un Dus domaine néanmoins, chez les mammifères un double-stranded RNA-binding domaine (dsRBD) est présent. Afin de comprendre la fonction de cette organisation modulaire, nous avons montré que seule l'enzyme sauvage est active contrairement aux domaines isolés. Nous avons résolu les structures cristallographiques des deux domaines suggérant une redistribution des charges positives en surface. Ce dsRBD dicte la reconnaissance de l'ARNt en se fixant à la tige acceptrice/Tpsi. Ceci est régulé par une extension N-terminal, mis en évidence par des mutations, des titrations RMN ainsi qu’une structure cristallographique en complexe avec un ARN de 22 nucléotides. Ce travail illustre l’acquisition d’un dsRBD au cours de l’évolution dont la fonction est étendu à la reconnaissance des ARNts
Posttranscriptional modification of ribonucleic acids (RNAs) is a crucial maturation step conserved in all domains of life. During my thesis, I have brought structural and functional insights on flavoenzymes involved in transfer RNA (tRNA) modifications: dihydrouridine synthase (Dus) responsible for dihydrouridine formation using flavin mononucleotide (FMN) and TrmFO responsible for C5 methylation of uridine position 54 relying on flavin adenosine dinucleotide (FAD) and methylenetetrahydrofolate. To elucidate the chemical mechanism of TrmFO we designed an apoprotein via a single mutation that could be reconstituted in vitro with FAD. Furthermore, we chemically synthesized the postulated intermediate active species consisting of a flavin iminium harboring a methylene moiety on the isoalloxazine N5 that was further characterized by mass spectrometry and UV-visible spectroscopy. Reconstitution of TrmFO with this molecule restored in vitro activity on a tRNA transcript proving that TrmFO uses FAD as a methylating agent via a reductive methylation.Dus2 reduces U20 and is comprised of a canonical Dus domain however, mammals have an additional double-stranded RNA-binding domain (dsRBD). To bring functional insight for this modular organization, we showed that only full length human Dus2 was active while its isolated domains were not. tRNA recognition is driven by the dsRBD via binding the acceptor and TΨ stem of tRNA with higher affinity then dsRNA as evidenced by NMR. We further solved the X-ray structures for both domains showing redistribution of surface positive charges justifying the involvement of this dsRBD for tRNA recognition in mammalian Dus2. This was attributed to a peculiar N-terminal extension proven by mutational analysis and an X-ray structure of dsRBD in complex with 22-nucleotide dsRNA. Altogether our work illustrates how during evolution, Dus2 enzymes acquired an engineered dsRBD for efficient tRNA binding via a ruler mechanism

L’ARN 7SK est devenu un paradigme d'ARN non codants régulateurs de la transcription. Les années précédentes, notre laboratoire a montré qu’il s’associe à la protéine HEXIM1 et au facteur de transcription P-TEFb (Positive Transcription Elongation Factor b) au sein d’un même complexe. Il en résulte une inactivation du P-TEFb. Ces interactions sont dynamiques, elles sont en perpétuelle formation/dissociation. Des traitements qui inhibent la transcription entraînent la séparation de l’ARN 7SK et du P-TEFb ce qui provoque une accumulation de la forme active de ce dernier. L’ARN 7SK libéré n’est pas dégradé mais s’intègre à d’autres snRNP7SK que nous avons caractérisées. Grâce à une purification des snRNP7SK, nous avons identifié des composants de ces 7SK snRNP : hnRNPQ/R et hnRNPA. Lors d’une inhibition transcriptionnelle, la liaison de l’ARN 7SK à ces hnRNPs augmente. Par ailleurs, l’absence de ces protéines perturbe la dissociation du P-TEFb. Ces protéines sont donc indispensables à l’équilibre dynamique du P-TEFb. Ces hnRNP sont déjà connues pour être engagées dans la maturation des ARN pré-messagers. Cette observation constitue une nouvelle illustration du couplage existant entre transcription et maturation des pré-messagers.

Des recherches en sciences judiciaires ont montré récemment une possible corrélation entre le temps d’entreposage d’échantillons de fluides corporels et la dégradation de l’ARN dans ceux-ci. Le moment où une tache a été déposée sur une scène de crime peut être important pour déterminer la pertinence d’un échantillon dans une enquête. Dans ce mémoire, nous rapportons les profils de dégradation de quatre ARN différents mesurés par RT-qPCR, soit l’ARN ribosomique 18S et les ARNm de la β-actine, de la glyceraldehyde-3-phosphate déhydrogénase et de la cyclophiline A, obtenus de taches de sang, de salive et de sperme, entreposés à la température de la pièce ou au congélateur à -80°C sur une période de 6 mois. Nos résultats montrent une faible variation interindividuelle pour le sang et le sperme, mais une différence importante entre les donneurs pour la salive. De plus, le profil de dégradation est semblable pour tous les transcrits, mais diffère entre les fluides. La congélation des échantillons stabilise les ARN avant leur analyse. Finalement, la quantité d’ARN détecté est en relation avec le temps d’entreposage et pourrait être utilisée afin d’estimer l’âge des échantillons lorsque l’impact des conditions d’entreposage sur la dégradation de l’ARN sera mieux connu.
Recent studies in forensic science have shown a possible correlation between the degradation rate of some RNA transcripts and the age of bloodstains. The time of deposition of a stain can be of major importance to determine the relevance of a sample in a forensic investigation. In this thesis, we describe the degradation profiles of the 18S ribosomal RNA and the β-actin, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase and cyclophilin A mRNAs, measured by RT-qPCR and obtained from dried blood, semen and saliva stains stored at room temperature or frozen at -80°C up to 6 months. Our results showed low inter-individual variation for blood and semen stains, but a high variation was observed between donors for saliva. Moreover, degradation profile of each transcripts was similar, but differed between fluids. Freezing samples prevented RNA degradation over time. Finally, RNA quantity was in relation with the time of storage and could be used to estimate the time since deposition of a stain when the effects of various storage conditions on RNA degradation profiles will be better documented.
Projet de recherche réalisé en collaboration avec la section Biologie/ADN du Laboratoire de sciences judiciaires et de médecine légale (LSJML) de Montréal.

De récentes découvertes montrent le rôle important que joue l’acide ribonucléique (ARN) au sein des cellules, que ce soit le contrôle de l’expression génétique, la régulation de plusieurs processus homéostasiques, en plus de la transcription et la traduction de l’acide désoxyribonucléique (ADN) en protéine. Si l’on veut comprendre comment la cellule fonctionne, nous devons d’abords comprendre ses composantes et comment ils interagissent, et en particulier chez l’ARN. La fonction d’une molécule est tributaire de sa structure tridimensionnelle (3D). Or, déterminer expérimentalement la structure 3D d’un ARN s’avère fort coûteux. Les méthodes courantes de prédiction par ordinateur de la structure d’un ARN ne tiennent compte que des appariements classiques ou canoniques, similaires à ceux de la fameuse structure en double-hélice de l’ADN. Ici, nous avons amélioré la prédiction de structures d’ARN en tenant compte de tous les types possibles d’appariements, dont ceux dits non-canoniques. Cela est rendu possible dans le contexte d’un nouveau paradigme pour le repliement des ARN, basé sur les motifs cycliques de nucléotides ; des blocs de bases pour la construction des ARN. De plus, nous avons dévelopées de nouvelles métriques pour quantifier la précision des méthodes de prédiction des structures 3D des ARN, vue l’introduction récente de plusieurs de ces méthodes. Enfin, nous avons évalué le pouvoir prédictif des nouvelles techniques de sondage de basse résolution des structures d’ARN.
Recent findings show the important role of ribonucleic acid (RNA) within the cell, be it the control of gene expression, the regulation of several homeostatic processes, in addition to the transcription and translation of deoxyribonucleic acid (DNA) into protein. If we wish to understand how the cell works, we first need to understand its components and how they interact, and in particular for RNA. The function of a molecule is tributary of its three-dimensional (3D) structure. However, experimental determination of RNA 3D structures imparts great costs. Current methods for RNA structure prediction by computers only take into account the classical or canonical base pairs, similar to those found in the well-celebrated DNA double helix. Here, we improved RNA structure prediction by taking into account all possible types of base pairs, even those said non-canonicals. This is made possible in the context of a new paradigm for the folding of RNA, based on nucleotide cyclic motifs (NCM): basic blocks for the construction of RNA. Furthermore, we have developed new metrics to quantify the precision of RNA 3D structure prediction methods, given the recent introduction of many of those methods. Finally, we have evaluated the predictive power of the latest low-resolution RNA structure probing techniques.