Dissertations / Theses: 'Abc-F'

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Demay, Fanny. "Mécanismes moléculaires impliqués dans la protection du ribosome contre les antibiotiques." Electronic Thesis or Diss., Université de Rennes (2023-....), 2023. https://ged.univ-rennes1.fr/nuxeo/site/esupversions/c2dfb8a5-d6bc-41e6-858f-912fcbc4864b.

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Abstract:

Le travail effectué se concentre sur la caractérisation d’un mécanisme de résistance décrit chez E. faecium. La mutation d'un seul nucléotide sur le gène eat(A) conduit à la substitution d'un acide aminé (T450I) codant pour la forme variante de la protéine Eat(A)v. Cette mutation entraîne une résistance croisée pour différents antibiotiques (Lincosamides, Streptogramines A et Pleuromutilines) qui ciblent tous le centre de transfert peptidique du ribosome. Eat(A) fait partie des protéines ABC-F dont certaines sont des Protéines de Protection du Ribosome, alors que le rôle de la forme sauvage reste inconnu. L’objectif de cette thèse est de caractériser l’activité biologique des deux formes de la protéine Eat(A). La mutation à l'origine du phénotype de résistance est située 3 résidus en amont de l'un des deux sites d'hydrolyse de l'ATP. Une différence dans l'activité ATPase entre la forme native et la forme variante de la protéine peut être à l'origine du mécanisme de résistance. Pour répondre à ces questions, nous avons mis au point une méthode de purification pour obtenir suffisemment de protéine soluble pour effectuer des essais in vitro. Nous avons étudié l'impact de la mutation T450I sur l'activité ATPase des protéines, révélant l’importance de l’isoleucine dans l’activité biologique. Nous avons également développé un système de traduction in vitro à partir d’extraits S30 d’E. faecium pour étudier l'impact des deux protéines Eat(A) sur la traduction en suivant la synthèse de la GFP, avec ou sans antibiotiques. Enfin, nous avons entrepris la caractérisation des interactions entre les deux formes d'Eat(A) et le ribosome d'E. faecium en utilisant la technologie cryo-EM
The work carried out focuses on the characterisation of a resistance mechanism described in E. faecium. A single nucleotide mutation in the eat(A) gene leads to the substitution of an amino acid (T450I) coding for the variant form of the Eat(A)v protein. This mutation leads to cross-resistance to different antibiotics (Lincosamides, Streptogramins A and Pleuromutilins) which all target the peptide transfer centre of the ribosome. Eat(A) is one of the ABC-F proteins, some of which are Ribosome Protection Proteins, while the role of the wild type remains unknown. The aim of this thesis is to characterise the biological activity of the two forms of the Eat(A) protein. The mutation causing the resistance phenotype is located 3 residues upstream of one of the two ATP hydrolysissites. A difference in ATPase activity between the native and the variant form of the protein may be at the origin of the resistance mechanism. To address these questions, we developed a purification method to obtain sufficient soluble protein for in vitro assays. We studied the impact of the T450I mutation on the ATPase activity of the proteins, revealing the importance of isoleucine in the biological activity. We also developed an in vitro translation system using E. faecium S30 extracts to study the impact of the two Eat(A) proteins on translation by monitoring GFP synthesis, with or without antibiotics. Finally, we undertook the characterisation of the interactions between the two forms of Eat(A) and the E. faecium ribosome using cryo-EM technology

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Sharkey, Liam Karl Robert. "Functional insights into ABC-F proteins that mediate antibiotic resistance in Gram-positive bacteria." Thesis, University of Leeds, 2015. http://etheses.whiterose.ac.uk/12924/.

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Abstract:

Members of the ABC-F subfamily of ATP-binding cassette (ABC) proteins mediate resistance to a broad array of clinically-important antibiotic classes that target the ribosome of Gram-positive pathogens. The mechanism by which the ABC-F proteins mediate antibiotic resistance is poorly defined, although two hypotheses have been proposed; drug efflux and ribosomal protection. Here, this mechanism of resistance was investigated using a combination of bacteriological and biochemical techniques. Results obtained from the bacteriological assays provided preliminary data in support of ribosomal protection. Subsequently, the heterologous expression and purification of two ABC-F proteins, Vga(A) and Lsa(A), allowed the function of these proteins to be assessed in staphylococcal transcription-translation (T/T) reactions. Addition of Vga(A) and Lsa(A) to T/T assays subject to antibiotic inhibition caused drug specific, dose-dependent, rescue of translation. Several previously described resistance phenotypes attributed to these proteins were successfully recapitulated in T/T assays, corroborating the idea that rescue of translation observed in vitro is representative of the action of these proteins in whole cells. Finally, ribosome binding assays showed Lsa(A) to be capable of displacing antibiotics from staphylococcal ribosomes. Collectively, the experiments described in this thesis provide the first direct evidence to support a mechanism of ARE ABC-F resistance based on ribosomal protection.

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Ousalem, Farès. "Rôles physiologiques et fonctionnels des facteurs de traduction appartenant à la famille ABC-F et leur implication dans la résistance aux antibiotiques." Thesis, Université de Paris (2019-....), 2020. http://www.theses.fr/2020UNIP7015.

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Abstract:

Les protéines de la famille ABC-F, universellement retrouvées chez les procaryotes et les eucaryotes, interagissent avec le ribosome. La souche Escherichia coli (MG1655) possède 4 ABC-F paralogues nommés EttA, YheS, YbiT et Uup. J’ai étudié ici le rôle physiologiques et fonctionnels des protéines ABC-F d’E. coli et la protéine MsrD de Streptococcus pneumoniae qui est synthétisée dans E. coli. Mes travaux ont montré que les protéines ABC-F sont importantes pour les bactéries dans des conditions de stress spécifiques. Les bactéries délétées du gène ettA sont plus sensibles au stress salin, les bactéries délétées du gène uup sont plus sensibles au stress acide tandis que la surexpression de la protéine YheS ou MsrD dans les bactéries leurs confèrent une résistance aux macrolides. J’ai également démontré que le gène ettA est important pour la croissance d’E. coli dans des conditions de stress salin et de faible concentration en phosphate quand les acides aminés, le malate ou fumarate sont utilisés comme seule source de carbone. La délétion du gène ettA rend les bactéries plus sensibles au stress salin et engendre une dérégulation de certains gènes liés au métabolisme du malate / glyoxylate ainsi que des gènes impliqués dans l'activité ribosomique. La souche délétée du gène ettA sous-exprime le gène de la malate synthase aceB par une régulation post-transcriptionnelle. La sous-expression de la malate synthase dans des bactéries favorise leurs croissances dans le milieu glyoxylate. La délétion du gène ettA a aussi induit une surexpression de facteur de modulation des ribosomes (RMF) dans le milieu LB, ce qui a provoqué une augmentation de la formation des ribosomes 100S
Proteins belonging to the ABC-F family are found in prokaryotes as well as eukaryotes. They interact with the ribosome and are considered as translation factors. The Escherichia coli strain (MG1655) has 4 ABC-F paralogs named: EttA, YheS, YbiT and Uup. Here I present a study of the physiological and functional role of E. coli ABC-F proteins and the Streptococcus pneumoniae MsrD protein. My work has shown that the ABC-F proteins studied are important for bacteria adaptation to stress conditions. Bacteria deleted from the ettA gene are more sensitive to salt stress, bacteria deleted from the uup gene are more sensitive to acid stress while the overexpression of the protein YheS or MsrD in bacteria provide resistance to macrolides. I also demonstrated that the ettA gene is important for the growth of E. coli under conditions of saline stress at low phosphate concentration when the amino acids, malate or fumarate are used as the only carbon source. The deletion of the ettA gene makes bacteria more sensitive to salt stress and causes dysregulation of certain genes linked to the malate / glyoxylate metabolism and genes involved in ribosomal activity. The deleted strain of the ettA gene under-expresses the malate synthase aceB gene by post-transcriptional regulation. The under- expression of malate synthase in bacteria promotes their growth in the glyoxylate medium. The deletion of the ettA gene also induced overexpression of ribosome modulation factor (RMF) in LB medium, which caused an increase in the formation of 100S ribosomes

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Guimarães, Carla Patrícia Pinto. "Os transportadores ABC peroxissomais : estrutura e função da ALDP." Tese, Porto : Edição do Autor, 2004. http://catalogo.up.pt/F?func=find-b&local_base=UPB01&find_code=SYS&request=000093324.

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Roerig, Peter. "Molekulare und biochemische Charakterisierung humaner peroxisomaler ABC-Transporter /." Aachen : Shaker, 2001. http://bvbr.bib-bvb.de:8991/F?func=service&doc_library=BVB01&doc_number=012949492&line_number=0001&func_code=DB_RECORDS&service_type=MEDIA.

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Müller, Stefan. "Überkompensatorische Schmerzensgeldbemessung? : ein Beitrag zu den Grundlagen des Paragraph 253 Abs. 2 BGB n. F. /." Karlsruhe : VVW, 2007. http://bvbr.bib-bvb.de:8991/F?func=service&doc_library=BVB01&doc_number=015725938&line_number=0001&func_code=DB_RECORDS&service_type=MEDIA.

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Villette, Solange. "Étude du rôle des thiorédoxines f dans la mort cellulaire programmée et en réponse à divers stress abiotiques chez la plante modèle Arabidopsis thaliana." Thèse, Université de Sherbrooke, 2015. http://hdl.handle.net/11143/6815.

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Abstract:

La mort cellulaire programmée, ou MCP, est un processus dynamique où les cellules ont la capacité de déclencher et de contrôler leur propre mort. Elle est essentielle et présente chez tous les organismes multicellulaires. Chez les plantes, la MCP permet le développement optimal (ex : formation du xylème, morphologie des feuilles, etc.) de la plante tout en protégeant contre divers stress biotiques et abiotiques (ex : la sécheresse, la chaleur, les UV, etc.). Malgré les avancées de ces dernières années, peu de gènes impliqués dans la mise en place de la MCP induite par les UV-C ont été identifiés chez les plantes. L'objectif était donc de caractériser ces gènes chez Arabidopsis thaliana. L'un des candidats est le gène BI-1, pour Bax Inhibitor-1. Il code pour un facteur anti-apoptotique de la MCP animale également retrouvé chez Arabidopsis thaliana. BI-1 régule aussi le taux de calcium du réticulum endoplasmique, ainsi que la formation des espèces réactives de l'oxygène (ROS), permettant l'activation de la réponse de la cellule au stress. L'expression de ce gène suite à une exposition aux UV-C est augmentée, faisant de lui un candidat pour la réponse aux UV-C. Une fusion du promoteur du gène AtBI-1 au gène rapporteur de la luciférase (pAtBI-1::luciférase) a été insérée dans le génome d'Arabidopsis. Une plante homozygote pour l'insertion de l'ADN-T, 5PL20E, a été isolée. Cette lignée parentale a été ensuite mutagénéisée, et un crible effectué sur la descendance exposée aux UV-C a permis d'identifier un mutant, 2017, dont l'expression de la luciférase était modifiée. Le premier objectif de ce projet était de caractériser ce mutant et de déterminer le lien potentiel avec la régulation de BI-1. Dans une deuxième partie, nous nous sommes intéressés aux rôles des thiorédoxines (TRX) dans la MCP végétale. Ces protéines sont présentes chez tous les organismes vivants. Elles régulent les activités de beaucoup d'enzymes en réduisant leurs ponts disulfures. Peu représentées chez l'homme (deux gènes), elles ont néanmoins un rôle de protection dans la voie de signalisation de l'apoptose. Par contre, chez Arabidopsis, une vingtaine de gènes codant pour les thiorédoxines sont connus. Suite à un autre crible aux UV-C d'une banque de mutants d'insertion, un nouveau mutant pour lequel l'insertion de l'ADN-T était dans le promoteur du gène codant pour la thiorédoxine f1 (AtTRX f1) a été identifié. Chez Arabidopsis, deux gènes codent pour les TRX f. Ces protéines ont d’abord été étudiées en tant que régulateur d’enzymes du cycle de Calvin. Plus récemment, d’autres fonctions ont été attribuées, surtout à la TRX f1. Nous avons obtenu de simples mutants pour les deux gènes et produit par croisement des doubles mutants, pour étudier l'implication des TRX f dans la MCP végétale induite par les UV-C (ultraviolets de type C), le MV (methyl viologen) et l'ABA (acide abscissique). En parallèle, des surexpresseurs de la TRX f1 ont été analysés pour ces mêmes stress abiotiques. L'objectif était de déterminer s'il y a une redondance de fonction entre les deux gènes, puisque ces deux protéines, de la même sous-famille, sont localisées au niveau des chloroplastes. Suite à une induction de la MCP par l'un des stress abiotiques, les réponses observées chez les simples mutants sont similaires à celles des plantes sauvages. Par contre, les doubles mutants paraissent plus résistants aux divers stress, alors que les surexpresseurs semblent nettement plus sensibles que les plantes sauvages. Enfin, un dernier axe a été développé sur le rôle des TRX f dans le contrôle des voies de synthèse et de dégradation de l'amidon pour l'ensemble des plantes de notre essai. Il s'avère que les surexpresseurs produisent une plus grande quantité d'amidon que les plantes sauvages. À l'opposé, les simples mutants ont moins d'amidon au niveau des différents tissus étudiés que les plantes sauvages, et les doubles mutants n'en présentent quasiment pas. La présence d'une quantité plus importante d'amidon chez les surexpresseurs de TRX f influence la sensibilité de ces plantes aux stress abiotiques. À l'inverse, les doubles mutants sont plus résitants à ces mêmes stress, où cette quantité d'amidon est fortement diminuée pour ces plantes.

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Mejcher-Atassi, Sonja. "Reading across modern Arabic literature and art : three case studies: JabraÌ„ IbraÌ„hiÌ„m JabraÌ„, Ê¿Abd- al-RahÌ£maÌ„n MuniÌ„f, Etel Adnam." Thesis, University of Oxford, 2005. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.422478.

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Kraus, Katharina. "Der Bewährungswiderruf gemäß 56 f Abs. 1 Satz 1 Nr. 1 StGB und die Unschuldsvermutung : das Urteil des Europäischen Gerichtshofs für Menschenrechte im Fall Böhmer und seine Auswirkungen /." Münster : Lit, 2007. http://deposit.d-nb.de/cgi-bin/dokserv?id=3020208&prov=M&dok_var=1&dok_ext=htm.

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Ritter, Rüdiger. "Michael F. Runowski, Polnische Orgelmusik nach 1945. Einführung und ausgewählte Beispiele, Saarbrücken (VDM Verlag Dr. Müller) 2009, 83 S., zahlreiche Notenbeispiele und Abb., ISBN 978-3-639-11690-8 [Rezension]." Internationale Arbeitsgemeinschaft für die Musikgeschichte in Mittel- und Osteuropa an der Universität Leipzig, 2012. https://ul.qucosa.de/id/qucosa%3A16091.

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Abstract:

Rezension: Michael F. Runowski, Polnische Orgelmusik nach 1945 Zwar kann die moderne polnische Musik aufgrund des seit 1956 existierenden und seinerzeit so spektakulären Festivals Warszawska Jesien [Warschauer Herbst] auch im Ausland als immerhin in groben Grundzügen bekannt gelten. Da aber – wie Runowski selbst hervorhebt– geistliche Musik auf diesem Festival nie eine größere Rolle spielte, blieb dieser Bereich polnischen Musikschaffens nicht nur im Ausland, sondern auch in Polen selbst einem breiteren Publikum verborgen. Umso interessanter ist die Existenz einer durchgehenden polnischen Orgelmusiktraditionseit Kriegsende bis heute, und doppelt interessant ist diese Existenz angesichts der Spannung zwischen katholischem Glauben und kommunistischem System in der Volksrepublik Polen.

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Pinďáková, Nikola. "Charakterizace ABC-F proteinu Sco0636 u Streptomyces coelicolor." Master's thesis, 2018. http://www.nusl.cz/ntk/nusl-392501.

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Abstract:

The main topic of this diploma thesis is ARE (resistance) proteins from the ABC-F family of the second class of ABC proteins. ARE proteins confer resistance to antibiotics that bind to a large ribosomal subunit and therefore inhibit proteosynthesis. One of the ARE proteins is the Lmr (C) protein, which is part of the linkomycin biosynthesis cluster of Streptomyces lincolnensis, and according to new results, Lmr (C) does not have to be just resistant protein but may have also regulatory function. We decided to study Sco0636, the closest homologue to Lmr (C) in Streptomyces coelicolor, which is a model organism in the study of secondary metabolism. Thanks to the production of color pigments, it is possible to monitor the effect of ARE proteins on secondary metabolism directly on the plates. I prepared the deletion mutant and the strain with constitutive expression of sco0636, and observed the effect on the phenotype. I followed the production of a blue asset and set a minimum inhibitory concentration to selected antibiotics, which bind to the ribosome. I have found that Sco0636 gives high resistance to tiamulin and so it has been named TiaA. The deletion of gene sco0636 accelerated production of actinorodine, and constitutive expression of this gene slowed down production. Keywords: ABC proteins,...

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Borths, Elizabeth Loraine. "Structural and Biochemical Characterization of the Vitamin B₁₂ ABC Transporter, BtuCD-F." Thesis, 2005. https://thesis.library.caltech.edu/9/7/Prologue.pdf.

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Abstract:

BtuCD-F is a binding protein-dependent ABC transporter system that uses the power of ATP hydrolysis to pump vitamin B₁₂ into the cytoplasm of E. coli. The crystal structure of BtuF, the protein that binds vitamin B₁₂ and delivers it to the transporter, BtuCD, has been solved by x-ray crystallography. BtuF is a bi-lobed protein and B₁₂ is bound in a deep cleft formed at the interface between the two lobes. A stable complex between BtuF and BtuCD is demonstrated to form in vitro and was modeled using the individual crystal structures. Two conserved surface glutamates from BtuF may interact with conserved arginine residues on the periplasmic surface of the BtuCD transporter, playing a role in docking and the transmission of conformational changes.

BtuCD has also been reconstituted in vitro into proteoliposomes. In the presence of ATP, BtuCD proteoliposomes can mediate uptake of vitamin B₁₂ in a BtuF dependent fashion. In the absence of ATP, B₁₂ appears to become sequestered between BtuF and BtuCD. The ATPase activity of BtuCD was examined in proteoliposomes as well as in detergent solution. BtuCD has a significant basal rate of hydrolysis under all conditions tested, and B₁₂-bound and apo-BtuF can stimulate that rate. Interestingly, the rate of ATP hydrolysis, as well as the effect of BtuF, vitamin B₁₂ and sodium ortho-vanadate on that rate, is different in each detergent and lipid environment. These results indicate that ABC transporters are highly sensitive to their environment and underline the importance of detergent or lipid choice in functional reconstitution and membrane protein crystallization experiments. Our results lead us to propose a revised model of the ABC transport cycle.

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Corsham, Sabrina F. E. [Verfasser]. "Expression des ABC-Transporters ABCA3 in Zellen der physiologischen Hämatopoese und in maligne transformierten lymphatischen Zellen / vorgelegt von Sabrina F. E. Corsham." 2007. http://d-nb.info/999379763/34.

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Wells, Charles Eugene. "An approach towards the synthesis of Nakadomarin A and Manzamine A Using Pauson-Khand technology." Thesis, 2004. http://hdl.handle.net/2152/29857.

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Abstract:

This dissertation is devoted to our synthetic studies towards the total synthesis of the natural product Nakadomarin A, and Manzamine A using the Pauson-Khand reaction as the key step. Chapter 1 reviews past work using Pauson-Khand technology. Chapter 2 reviews the N-alkyl piperidine family of natural products. Chapter 3 reviews published total syntheses of Manzamine A and Nakadomarin A. Chapter 4 explores our work using the Pauson-Khand reaction to form the ABC rings of Nakadomarin A and subsequent B ring expansion to form the ABC ring core of Manzamine A. Chapter 5 explores our approaches to the furan portion, as well as, our approaches to the macrocyclic F ring. Finally Chapter 6 contains the description of the experiments performed along with relevant analytical data.
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Wang, Jing-Hung. "Monitoring the expression and activity of ABC transporters by radiopharmaceutical and molecular approaches." 2007. http://link.library.utoronto.ca/eir/EIRdetail.cfm?Resources__ID=742312&T=F.

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Freeman, Sheryl Susan. "The intersection of policy and practice in one stand-alone vocational school: The ABC story." 2006. http://link.library.utoronto.ca/eir/EIRdetail.cfm?Resources__ID=442507&T=F.

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Förster, Frank Oliver. "Etablierung und Optimierung eines Fluoreszenz-Indikatorassays zur Detektion von Arzneistoff-Interationen mit dem ABC-Transportprotein MRP2 (ABCC2) /." 2006. http://bvbr.bib-bvb.de:8991/F?func=service&doc_library=BVB01&doc_number=015591964&line_number=0001&func_code=DB_RECORDS&service_type=MEDIA.

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Ronaldson, Patrick Thomas. "Functional expression of ATP-binding cassette (ABC) transporters in brain cellular compartments and in glial cells exposed to HIV-1 viral proteins." 2007. http://link.library.utoronto.ca/eir/EIRdetail.cfm?Resources__ID=742526&T=F.

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Huang, Shan-Shi, and 黃善禧. "The effect of F-treatment on the hydriding behaviors and microstructures of gas-atomized AB2 hydrogen storage alloys." Thesis, 1999. http://ndltd.ncl.edu.tw/handle/89051036242101893256.

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Abstract:

碩士
國立臺灣大學
材料科學與工程學研究所
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Zr-based AB2 hydrogen storage alloys prepared by inert gas atomization only have 73% of the discharge capacity of the arc-melting alloys. High solidification rates in atomization process lead the formation of an amorphous phase and dense oxide layers on the surfaces of atomized powders. The outside layers of atomized powders retarded the initial activation rate and decreased the discharge capacities of electrodes. The hydrogenation ability of atomized powders was reduced because hydrogen could not pass through the outside amorphous and oxide layers to form hydrides in the alloy powders. Although F-treatment did not show much improvement on the discharge capacity of arc-melting alloy powders, the atomized powders treated by HF immersion possessed better activation properties and discharge capacities. This was because of the removal of oxide layers on the surfaces by the F-treatment. Larger atomized powders showed a profoundly dendritic structure on the surface as compared to that on smaller powders. They also have a relatively high capacity (305mA/g) after 60min. F-treatment. The F-ions preferably dissolved the oxide layer on the dendrites, and form highways for hydrogen passage. The channels created by F-treatment were able to connect the surfaces and Ni-rich layers inside of atomized powders. F-treatment also enhanced the rate capability of alloy electrodes and lowered the oxygen content of surface layers. F-treated atomized powders after 1-month exposure in air have a high discharge capacity and a good initial activation rate. But after 6 months storage in air, the discharge capacity decayed to that of untreated atomized powders. After immersion in water for 1 month, not only the untreated powders but also the F-treated powders were deteriorated, as caused by the formation of oxide on the surface. According to AES surface analysis of alloy powders, the deterioration of the discharge capacity and activation was due to the fact that the oxide reformed on the new surface created by F-treatment, and retards the hydrogen passage into the atomized powders.

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Schwarzbach, Christian Peter. "Pneumokokken-induzierte neuronale Apoptose : Neuroprotektion durch Inaktivierung des bakteriellen psaC-Gens aus dem ABC-Transporter Psa /." 2006. http://bvbr.bib-bvb.de:8991/F?func=service&doc_library=BVB01&doc_number=014954656&line_number=0001&func_code=DB_RECORDS&service_type=MEDIA.

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Benda, Martin. "A possible functional link between RNA degradation and transcription in Bacillus subtilis." Doctoral thesis, 2020. http://hdl.handle.net/21.11130/00-1735-0000-0005-1492-F.

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Kössler, Philip Bastian. "Regulation der Biosynthese von Sekundärmetaboliten und praktische Nutzung von Pflanzenextraktem am Beispiel von Streptomyces bottropensis und Plasmopara viticola." Doctoral thesis, 2010. http://hdl.handle.net/11858/00-1735-0000-0006-AB1C-F.

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Hoffmann, Guido Wolf. "Repression der cytosolischen GS1 von Zuckerrüben (Beta vulgaris L. var. altissima) durch Antisense-DNA-Konstrukte." Doctoral thesis, 2000. http://hdl.handle.net/11858/00-1735-0000-0006-ABC5-F.

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