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Adams, John D. W. "PCR amplification of Azospirillum 16S rDNA from natural environments." Thesis, University of Newcastle Upon Tyne, 1998. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.297528.
Full text
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Cheon, Ji Hoon. "Characterization and monitoring of microbial diversity in anaerobic bioreactor based on 16S rDNA." 京都大学 (Kyoto University), 2006. http://hdl.handle.net/2433/143997.
Full textAbstract:
Kyoto University (京都大学)0048
新制・課程博士
博士(工学)
甲第12307号
工博第2636号
新制||工||1372(附属図書館)
24143
UT51-2006-J299
京都大学大学院工学研究科都市環境工学専攻
(主査)教授 津野 洋, 教授 武田 信生, 教授 田中 宏明
学位規則第4条第1項該当
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Toledo, Bethânia Figueiredo Barbosa de [UNESP]. "Identificação de estirpes de rizóbios por seqüenciamento parcial dos genes 16S rDNA e nifH." Universidade Estadual Paulista (UNESP), 2008. http://hdl.handle.net/11449/92670.
Full textAbstract:
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:08Z (GMT). No. of bitstreams: 0
Previous issue date: 2008-10-29Bitstream added on 2014-06-13T18:54:07Z : No. of bitstreams: 1
toledo_bfb_me_jabo.pdf: 494396 bytes, checksum: 73007bbe5afed3d92412924b6ebe8b81 (MD5)Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
A crescente demanda de alimentos causada pelo aumento populacional, aliado a alto custo de fertilizantes industrializados e impacto ambiental causado por eles leva, mundialmente, à utilização em grande escala de inoculantes de bactérias fixadoras de nitrogênio. Os inoculantes utilizados no Brasil (coleção SEMIA- IPAGRO) ainda não estão suficientemente caracterizados geneticamente. O objetivo deste trabalho foi avaliar e confrontar as seqüências parciais dos genes 16S rDNA e nifH de 26 estirpes padrões já classificadas, com 70 estirpes de rizóbios recomendadas e autorizadas para a produção de inoculantes no Brasil. Para esta finalidade, a partir das amostras de DNA extraídos destas bactérias foram realizadas reações de PCR com oligonucleotídeos iniciadores relativos à região codificadora do gene 16S rDNA e do nifH, sendo então seqüenciadas com o objetivo de detectar diferenças nucleotídicas entre as diferentes bactérias estudadas. Para a comparação dos resultados do seqüenciamento com a consulta de similaridade de nucleotídeos no BLASTn, foram geradas árvores filogenéticas através de ferramentas de bioinformática. Foi observado que a classificação taxonômica das estirpes SEMIA recomendadas para inoculação de leguminosas previamente disponível na FEPAGRO, com base em propriedades morfológicas e especificidade hospedeira, não foi confirmada em todas as estirpes pelos sequenciamentos parciais dos genes estudados. Sugerimos revisão da classificação destas estirpes. Concluímos também que a consulta de similaridade ao BLASTn pelo seqüenciamento parcial dos genes 16S rDNA e nifH é, na maioria dos casos, consistente com a classificação proposta pela construção de árvores filogenéticas destas sequências. Estas ferramentas apresentaram-se muito confiáveis para obtenção de classificação em nível de gênero das estirpes estudadas.
The growing demand for food caused by population growth, combined with high cost of fertilizers and industrial environmental impacts caused by them leading, worldwide, the large scale use of inoculants different nitrogen-fixing bacteria. The inoculants used in Brazil (SEMIA-IPAGRO collection) are not yet sufficiently characterized genetically. The purpose of this study was to evaluate and compare the sequences of partial 16S rDNA and nifH of 26 strains already classified, with 70 strains of rhizobia recommended and authorized for the production of inoculants in Brazil. For this purpose, from DNA samples taken from these bacteria were performed with PCR reactions with primers on the coding region of the gene 16S rDNA and nifH, and sequencing with the aim of detecting nucleotide differences between different bacteria studied. To compare the results of the consultation of similarity of sequences of nucleotides in BLASTn, phylogenetic trees were generated through bioinformatics tools. It was observed that the taxonomic classification of strains SEMIA recommended for inoculation of legumes previously available in FEPAGRO, based on morphological properties and host specificity, it wasn’t confirmed in all strains by partial sequencing of the genes studied. We suggest reviewing the classification of these strains. We concluded that the similarity of the consultation BLASTn by partial sequencing of 16S rDNA and nifH is, in most cases, consistent with the classification proposed by the construction of phylogenetic trees of these sequences. These tools were very reliable for obtaining classified in the genus level of strains studied.
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Netto, Osmar Vaz de Carvalho. "Identificação de bactérias contaminantes de fermento de cachaça por seqüenciamento do gene 16S rDNA." Universidade de São Paulo, 2007. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11138/tde-08082007-164157/.
Full textAbstract:
A cachaça é uma bebida típica brasileira produzida a partir da destilação do caldo de canade- açúcar fermentado principalmente por Saccharomyces cerevisiae. Grande parte da produção nacional é artesanal, e não há uma preocupação por parte dos produtores quanto ao controle microbiológico da fermentação. Este trabalho objetivou caracterizar a comunidade bacteriana contaminante do fermento utilizado na produção de cachaça. Foram coletadas quatro amostras em um alambique artesanal. A primeira (NA) foi coletada um ano anterior às outras três e utilizada como controle. As restantes foram coletadas ao final do primeiro dia de fermentação (NP), após quinze (NS) e trinta dias (NT) utilizando o mesmo fermento. Um total de 587 seqüências de 16S rDNA foram analisadas, sendo 81 da amostra NA, 177 da amostra NP, 159 da amostra NS e 170 da amostra NT. As análises das seqüências revelaram a presença de 17 gêneros e 27 espécies, além de 27 bactérias não conhecidas. Cento e setenta unidades taxonômicas operacionais (UTOs) foram identificadas utilizando o software DOTUR com uma distância evolucionária de 0.03. Quarenta e três UTOs foram identificadas na amostra controle (NA), 38 na NP, 57 na amostra NS e 38 na terceira amostra (NT). Das 170 UTOs identificadas, apenas dezessete foram identificadas duas vezes em diferentes amostras e somente uma, identificada como Lactobacillus hilgardii, foi identificada três vezes, evidenciando uma grande dinâmica populacional bacteriana durante o processo fermentativo. Análises estatísticas utilizando o software S-LIBSHUFF indicaram diferenças significativas na composição bacteriana entre amostras. Foram encontradas espécies/gêneros ainda não descritas na literatura em fermentos de cachaça, como Weissella cibaria, Leuconostoc citreum e algumas espécies de Lactobacillus. Além destas, várias bactérias não conhecidas também foram identificadas. Os resultados revelaram que a comunidade de bactérias contaminantes do processo fermentativo é muito mais complexa do que se conhecia, com características heterofermentativas e produção de congêneres que provavelmente refletem na qualidade da bebida. Este é o primeiro relato da utilização do método de seqüenciamento do gene 16S rDNA para determinar contaminantes bacterianos em fermentados de cana-de-açúcar para produção de cachaça.Cachaça is a typical Brazilian spirit made from sugar cane fermented mainly by Saccharomyces cerevisiae. The production is mostly artisanal, and there is no microbiological control during the fermentation process. The objective of this study was to assess the bacterial community associated with the ferment used in the production of cachaça. Four ferment samples were collected from an artisanal still. The first one (NA), was collected one year previously to the other three and constituted a control reference. The remaining three samples were collected at the end of the first day of fermentation (NP), and fifteen (NS) and thirty days (NT) after using this same ferment. A total of 587 16S rDNA sequences were analyzed, being 81 sequences from the NA sample, 177 from NP, 159 from NS, and 170 from the NT sample. Sequence analyses revealed the presence of 17 genus and 27 species plus 27 unknown species. One hundred and seventy operational taxonomic units (OTUs) were identified using the DOTUR software using a cut-off evolutionary distance of 0.03. Forty three were identified in the control (NA) sample, 38 in the NP, 57 in NS, and 38 in the third (NT) sample. Of the 170 OTUs, only seventeen were detected twice in different samples and only one, identified as Lactobacillus hilgardii, was identified thrice, indicating a dynamic nature of the bacterial community during the fermentation process. Statistical analysis using the software S-LIBSHUFF indicated significant differences in the bacterial composition among samples. Our analyses also allowed to identify several bacteria not yet described as contaminants of the cachaça ferment, such as Weissella cibaria, Leuconostoc citreum and some Lactobacillus species. In addition, several unknown bacteria were also detected. The results revealed a much larger bacterial contaminant community present in the fermentative process of cachaça than previously reported with heterofermentative ability to produce secondary compounds which probably influence the quality of the final beverage. This is the first report on the utilization of the 16S rDNA sequencing method to assess the bacterial diversity of sugar cane fermentation for the production of cachaça.
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Toledo, Bethânia Figueiredo Barbosa de. "Identificação de estirpes de rizóbios por seqüenciamento parcial dos genes 16S rDNA e nifH /." Jaboticabal : [s.n.], 2008. http://hdl.handle.net/11449/92670.
Full textAbstract:
Orientadora: Eliana Gertrudes de Macedo LemosBanca: Maria José Valarini
Banca: Jaime Maia dos Santos
Resumo: A crescente demanda de alimentos causada pelo aumento populacional, aliado a alto custo de fertilizantes industrializados e impacto ambiental causado por eles leva, mundialmente, à utilização em grande escala de inoculantes de bactérias fixadoras de nitrogênio. Os inoculantes utilizados no Brasil (coleção SEMIA- IPAGRO) ainda não estão suficientemente caracterizados geneticamente. O objetivo deste trabalho foi avaliar e confrontar as seqüências parciais dos genes 16S rDNA e nifH de 26 estirpes padrões já classificadas, com 70 estirpes de rizóbios recomendadas e autorizadas para a produção de inoculantes no Brasil. Para esta finalidade, a partir das amostras de DNA extraídos destas bactérias foram realizadas reações de PCR com oligonucleotídeos iniciadores relativos à região codificadora do gene 16S rDNA e do nifH, sendo então seqüenciadas com o objetivo de detectar diferenças nucleotídicas entre as diferentes bactérias estudadas. Para a comparação dos resultados do seqüenciamento com a consulta de similaridade de nucleotídeos no BLASTn, foram geradas árvores filogenéticas através de ferramentas de bioinformática. Foi observado que a classificação taxonômica das estirpes SEMIA recomendadas para inoculação de leguminosas previamente disponível na FEPAGRO, com base em propriedades morfológicas e especificidade hospedeira, não foi confirmada em todas as estirpes pelos sequenciamentos parciais dos genes estudados. Sugerimos revisão da classificação destas estirpes. Concluímos também que a consulta de similaridade ao BLASTn pelo seqüenciamento parcial dos genes 16S rDNA e nifH é, na maioria dos casos, consistente com a classificação proposta pela construção de árvores filogenéticas destas sequências. Estas ferramentas apresentaram-se muito confiáveis para obtenção de classificação em nível de gênero das estirpes estudadas.
Abstract: The growing demand for food caused by population growth, combined with high cost of fertilizers and industrial environmental impacts caused by them leading, worldwide, the large scale use of inoculants different nitrogen-fixing bacteria. The inoculants used in Brazil (SEMIA-IPAGRO collection) are not yet sufficiently characterized genetically. The purpose of this study was to evaluate and compare the sequences of partial 16S rDNA and nifH of 26 strains already classified, with 70 strains of rhizobia recommended and authorized for the production of inoculants in Brazil. For this purpose, from DNA samples taken from these bacteria were performed with PCR reactions with primers on the coding region of the gene 16S rDNA and nifH, and sequencing with the aim of detecting nucleotide differences between different bacteria studied. To compare the results of the consultation of similarity of sequences of nucleotides in BLASTn, phylogenetic trees were generated through bioinformatics tools. It was observed that the taxonomic classification of strains SEMIA recommended for inoculation of legumes previously available in FEPAGRO, based on morphological properties and host specificity, it wasn't confirmed in all strains by partial sequencing of the genes studied. We suggest reviewing the classification of these strains. We concluded that the similarity of the consultation BLASTn by partial sequencing of 16S rDNA and nifH is, in most cases, consistent with the classification proposed by the construction of phylogenetic trees of these sequences. These tools were very reliable for obtaining classified in the genus level of strains studied.
Mestre
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Ziegler, Katie. "Phylogenetic Analysis of a Group of Enteric Bacteria Based on 16S rDNA Gene Sequencing." Miami University Honors Theses / OhioLINK, 2004. http://rave.ohiolink.edu/etdc/view?acc_num=muhonors1111684418.
Full text
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Wood, Jacqueline. "Analysis of bacterial populations from the rumen by means of 16S rDNA directed oligonucleotides." Thesis, University of Aberdeen, 1997. http://digitool.abdn.ac.uk/R?func=search-advanced-go&find_code1=WSN&request1=AAIU100186.
Full textAbstract:
The overall aim of this work was to develop molecular based techniques that would allow the identification and quantification of Prevotella spp. in samples of rumen fluid. This was achieved by developing two methods, both based on PCR amplification of 16S rDNA extracted from rumen and faecal samples. The first method involved the amplification of microbial DNA with universal primers, followed by probing with either a Bacteroides Prevotella specific oligonucleotide (Bac/Pre) or a universal oligonucleotide. Comparison with control DNA extracted from pure cultures allowed the relative abundances of Bacteroides and Prevotella spp. to be calculated for samples of rumen fluid and faecal material. In rumen fluid samples the abundance of Bacteroides and Prevotella spp. ranged from 12 to 22% in samples from sheep and up to 36% in a sample of cow rumen fluid. In the faecal samples only 2 to 6% of the total bacteria population belonged to Bacteroides and Prevotella spp. A second method based on PCR-RFLP was developed for the identification of different Bacteroides/Prevotella ribotypes in rumen fluid and faecal samples. The combination of the two techniques allows the Bacteroides and Prevotella spp. present in the rumen to be comprehensively studied and were used to follow changes occurring in the rumen of two sheep whose diets were changed from a high barley diet to a high hay diet. Considerable variation in the Bacteroides and Prevotella population was found between the two animals during the experiment. For example, when both animals were being fed the high hay diet, one animal had 43% of the Bacteroides/Prevotella population belonging to ribotype 7, whereas the other animal contained no DNA belonging to ribotype 7. This work clearly demonstrates the use of the molecular techniques to study changes occurring within the complex ecosystem, such as the rumen. The development of additional 16S rDNA directed oligonucleotides specific for other rumen bacteria could allow all the major rumen bacteria to be investigated using the techniques presented here.
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ARAÚJO, Livia Caroline Alexandre de. "Caracterização molecular das linhagens de Zymomonas mobilis da coleção de micro-organismos UFPEDA." Universidade Federal de Pernambuco, 2014. https://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/17179.
Full textAbstract:
Submitted by Fabio Sobreira Campos da Costa (fabio.sobreira@ufpe.br) on 2016-06-29T12:07:11Z
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Dissertação Livia Araujo.pdf: 1983609 bytes, checksum: cbba526737c10f6743b3fd015372721a (MD5)Made available in DSpace on 2016-06-29T12:07:11Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Dissertação Livia Araujo.pdf: 1983609 bytes, checksum: cbba526737c10f6743b3fd015372721a (MD5) Previous issue date: 2014-02-20
CAPEs
Zymomonas mobilis vem despertando um grande interesse no meio científico, industrial e biotecnológico devido ao seu alto potencial fermentativo. Do ponto de vista taxonômico, Z. mobilis é a única espécie do gênero Zymomonas, e é subdivida em três subespécies: Z. mobilis subsp. mobilis, Z. mobilis subsp. pomaceae e Z. mobilis subsp. francensis. A diferenciação destas subespécies é baseada em testes fisiológicos. Estes testes consomem tempo e são frequentemente duvidosos. Por isso, técnicas moleculares são propostas como uma alternativa rápida e confiável para diferenciação destas bactérias. O presente estudo teve como objetivo realizar a caracterização molecular das 32 linhagens de Zymomonas mobilis depositadas na Coleção de Microrganismos UFPEDA, através da análise das sequências do gene 16S rDNA e ARDRA. As linhagens foram cultivadas em meio SSDL por 24 horas à 30º, seguida de centrifugação e extração de DNA cromossômico. As reações de PCR foram realizadas com iniciadores e condições específicas para a amplificação do gene 16S rDNA. Os produtos do gene 16S rDNA amplificados foram purificados, sequenciados e clivados com as enzimas de restrição Hae III, NdeII e StuI. Os dados obtidos pelo sequenciamento do gene 16S rDNA foram analisados, comparados e alinhados, pelo programas BLASTn e MultiAlin, com sequências de linhagens de Z. mobilis previamente depositadas no banco de dados GenBank. Um dendograma foi construido através do programa ClustalW pelo método de neighbor-joining Os perfis de restrição teórico das enzimas de restrição Hae III, NdeII e StuI foram gerados a partir do WebCutter 2.0. Dendogramas foram construídos a partir da matriz de similaridade genética de Jaccard, calculada pela análise dos perfis de restrição teóricos de cada enzima. A análise das sequências obtidas no presente estudo revelou o elevado grau de conservação no gene 16SrDNA, confirmando a relação de proximidade das linhagens de Zymomonas mobilis depositadas na Coleção de Micro-organismos UFPEDA e a aproximidade com a Z. mobilis subsp. mobilis LMG445, sugerindo que as linhagens desta coleção pertencem a esta subespécie.Além disso, conclui-se que a análise do perfil restrição teórico do gene 16S rDNA possibilita a diferenciação de Z. mobilis,a nível de subespécie, mas não é eficaz para analisar a variabilidade genética entre as linhagens de Z. mobilis UFPEDA. Baseados nestes resultados, outros marcadores filogenéticos devem ser empregados para analisar a variabilidade genética destas linhagens, possibilitando um melhor conhecimento da diversidade desta bactéria.
Zymomonas mobilis has attracted great interest in the scientific, industrial and biotechnological medium due to its high fermentation potential. The taxonomic viewpoint, Z. mobilis is the only species of the genus Zymomonas , and is subdivided into three subspecies : Z. mobilis subsp. mobilis, Z. mobilis subsp. pomaceae and Z. mobilis subsp. francensis. The differentiation of these subspecies is based on physiological tests. These tests are time consuming and often unreliable. Therefore, molecular techniques are proposed as a fast and reliable alternative to differentiation of these bacteria. This study aims to perform molecular characterization of 32 strains of Zymomonas mobilis deposited in the Collection of Microorganisms UFPEDA by sequence analysis of 16S rDNA gene and the theoretical restriction profile of this gene. The strains were grown in SSDL for 24 hours at 30 ° , followed by centrifugation and extraction of chromosomal DNA . PCR reactions were performed with primers and specific conditions for amplification of the 16S rDNA gene. The amplified products of 16S rDNA were purified, sequenced, and cleaved with restriction enzymes Hae III, NdeII and StuI . The data obtained by 16S rDNA gene were analyzed, compared and aligned by BLASTn and MultiAlin programs with sequences of strains of Z. mobilis previously deposited in the GenBank databas . A dendogram was constructed using the program ClustalW method by neighbor-joining. Profiles theoretical restriction of restriction enzyme Hae III, NdeII and StuI were generated from WebCutter 2.0. Dendrograms were constructed from the genetic Jaccard similarity matrix, calculated by analyzing the theoretical restriction profiles of each enzyme. The analysis of the sequences obtained in this study revealed the high degree of conservation in 16SrDNA gene, confirming the close relationship of strains of Zymomonas mobilis deposited in the Collection of Micro-organisms UFPEDA and closeness with Z. mobilis subsp. mobilis LMG445, suggesting that the strains in this collection belong to this subespécie. In addition, it is concluded that the theoretical restriction profile analysis of the 16S rDNA gene allows differentiation of Z. mobilis , the level of subspecies , but it is not effective to analyze the genetic variability between strains of Z. mobilis UFPEDA . Based on these results , other phylogenetic markers should be employed to analyze the genetic variability of these strains , allowing a better understanding of the diversity of this bacteria.
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Naamala, J., SK Jaiswal, and FD Dakora. "Microsymbiont diversity and phylogeny of native bradyrhizobia associated with soybean (Glycine max L. Merr.) nodulation in South African soils." Systematic and Applied Microbiology, 2016. http://encore.tut.ac.za/iii/cpro/DigitalItemViewPage.external?sp=1001977.
Full textAbstract:
Abstract
The genetic diversity and identification of slow- and fast- growing soybean root nodule
bacterial isolates from different agro-climatic regions in Mpumalanga, Limpopo and Gauteng
Provinces of South Africa were evaluated. The 16S-rDNA-RFLP analysis of 100 rhizobial
isolates and eight reference type strains placed the isolates into six major clusters, and
revealed their site-dependent genomic diversity. Sequence analysis of single and concatenated
housekeeping genes (atpD, glnII and gyrB), as well as the symbiotic gene nifH captured a
considerably higher level of genetic diversity and indicated the dominance of Bradyrhizobium
diazoefficiens and Bradyrhizobium japonicum in Mpumalanga, Limpopo and Gauteng Provinces. Gene sequence similarities of isolates with type strains of Bradyrhizobium ranged
from 97.3 to 100% for the 16S rDNA, and 83.4 to 100% for the housekeeping genes. The
glnII gene phylogeny showed discordance with the other genes, suggesting lateral gene
transfer or recombination events. Concatenated gene sequence analysis showed that most of
the isolates did not align with known type strains and might represent new species from South
Africa. This underscores the high genetic variability associated with soybean Bradyrhizobium
in South African soils, and the presence of an important reservoir of novel soybean-nodulating
bradyrhizobia in the country. In this study, the grouping of isolates was influenced by site
origin, with Group I isolates originating from Limpopo Province and Group II and III from
Mpumlanga Province in the 16S rDNA-RFLP analysis.
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Saraiva, Pedro Miguel Pinheiro. "Bacterial diversity in groundwater samples from Estremenho Karst Massif (Portugal) revealed by 16S rDNA pyrosequency." Master's thesis, Universidade de Aveiro, 2016. http://hdl.handle.net/10773/18544.
Full textAbstract:
Mestrado em Biologia Molecular e CelularGroundwater provides an important freshwater source, that is many times overexploited and suffer pressures from superficial pollution. Therefore, it is of major interest to go further in the understanding of these environments. The present study examined, for the first time, the composition and diversity of bacterial communities present in groundwater from the Estremenho kart massif (Central-Western Portugal), through culture-independent molecular approaches, DGGE and pyrosequencing based on 16 rDNA sequences). Results showed that this particular environment was generally dominated by Proteobacteria (61.83%), with special relevance to Thiobacterales Rhodocyclales, Burkholderiales and Neisseriales (Betaproteobacteria) Orders; Sphingomonadales (Alphaproteobacteria) Order, Xanthomonadales and Acidiferrobacterales (Gammaproteobacteria) Orders. Other less abundant phyla included the Bacteroidetes, (Sphingobacteriia), Actinobacteria (Acidimicrobiia), Acidobacteria, Firmicutes (Bacilli), Elusimicrobia (Elusimicrobia), Gemmatimonadetes all normally present in freshwaters. Results from both molecular approaches showed a similar clustering observed for some samples, characterized by a direct influence from surface environments and indicating an impact from pollution sources, corroborated by the dominant taxa in those samples: genera Limnohabitans and Sphingopyxis and members of the order Sphingobacteriales, commonly related to superficial and polluted waters. These data suggest an interaction of direct impact of surface land use/land cover on groundwater bacterial communities. This study is the first research for the determination of the composition and characterization of the bacterial communities from one of the biggest and most important karst massif in Iberian Peninsula.
A água subterrânea constitui uma importante fonte de água doce, que muitas vezes é sobre explorada e impactada pela poluição superficial. É por isso, de grande interesse a compreensão deste ambiente. Neste sentido, o presente estudo pretendeu analisar pela primeira vez a composição e diversidade de comunidades bacterianas presentes nas águas subterrâneas do Maciço Calcário Estremenho (Centro-Oeste Portugal), através de abordagens moleculares independentes de cultura DGGE e Pirosequenciação. Os resultados revelaram que este ambiente em particular é geralmente dominado pelo filo Proteobacteria (61,83%) com especial relevância para as ordens Thiobacterales, Rhodocyclales, Burkholderiales e Neisseriales (Betaproteobacteria); Sphingomonadales (Alphaproteobacteria) e Xanthomonadales, Acidiferrobacterales (Gammaproteobacteria). Entre outros filos com menos representatividade como Bacteroidetes (Sphingobacteriia), Actinobacteria (Acidimicrobiia), Acidobacteria, Firmicutes (Bacilli), Elusimicrobia (Elusimicrobia), Gemmatimonadetes, todas elas presentes normalmente em águas doces. Os resultados de ambas as abordagens moleculares mostraram um agrupamento semelhante observado para algumas amostras, caracterizado por uma influência direta dos ambientes superficiais e indicando um impacto de fontes de poluição, corroborado pelos taxa dominantes nessas amostras: gêneros Limnohabitans e Sphingopyxis e membros da ordem Sphingobacteriales, normalmente relacionadas com águas superficiais e poluídas. Estes dados sugerem um impacto direto do uso de terras em comunidades de bactérias de águas subterrâneas. Este trabalho assume-se como o primeiro estudo na determinação da composição e caracterização das comunidades bacterianas de um dos maiores e mais importantes sistemas cársicos da Península Ibérica.
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LIMA, Juliana Falcão de Araújo. "Identificação de cepas de Mycobacterium spp. utilizando abordagem molecular baseada em PCR para alvo 16S-23S do rDNA." Universidade Federal de Pernambuco, 2010. https://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/1338.
Full textAbstract:
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Previous issue date: 2010Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior
A tuberculose (TB) continua a ser um grave problema de saúde pública. O Brasil, segundo a Organização Mundial da Saúde, ocupa o 18º lugar entre os 22 países responsáveis por 80% do total de casos de tuberculose no mundo. O diagnóstico definitivo da tuberculose é dado pela presença do bacilo através da baciloscopia ou cultura. A cultura apresenta uma sensibilidade maior comparada à baciloscopia, porém necessita de quatro a oito semanas para a multiplicação do bacilo, retardando o diagnóstico definitivo da doença, e os resultados muitas vezes não informam de maneira adequada o direcionamento das decisões clínicas. Os métodos moleculares são úteis para diagnóstico e estudos epidemiológicos da tuberculose. A tipagem molecular é, assim, uma ferramenta epidemiológica importante no controle das infecções. Regiões do genoma do Mycobacterium contém informações específicas da espécie ou mesmo de variantes de cepas. As regiões espaçadoras que separam os gene codificados pelo 16S, 23S e 5S caracterizadas por um alto grau de variação de seqüência e tamanho, tanto a nível de gênero quanto espécie. Esta diversidade deve-se, principalmente, a variação no número e no tipo de seqüência do tRNA encontrada no interior das regiões espaçadoras, sendo exploradas em estudos discriminatórios. O objetivo do estudo é identificar as cepas de Mycobacterium spp. através da técnica de PCR utilizando como alvo a região espaçadora 16S-23S rDNA (ITS-PCR). Para isso foram utilizadas cepas de micobactérias isoladas de meio de cultura específico, provenientes de amostras clínicas coletadas de pacientes diagnosticados com tuberculose doença e infecção por outras micobactérias, encaminhados de hospitais públicos do estado de Pernambuco, para confirmação diagnóstica laboratorial através dos exames convencionais de baciloscopia e cultura. A identificação dos bacilos foi realizada observando a velocidade de crescimento da(s) colônia(s) e pela provas bioquímicas (niacina, catalase, PNB e TCH). As micobactérias não tuberculosas foram identificadas utilizando a técnica molecular de PRA-hsp65, através da colaboração com o Laboratório de Micobactérias da Universidade Federal do Rio de Janeiro. Foram analisados 20 isolados clínicos confirmados por testes bioquímicos e fenotípicos, a maioria proveniente de enfermaria (65%). A média de idade dos pacientes foi de 38,5, estando dentro da média nacional, entre 20 e 49 anos. A maioria sendo do sexo masculino, 65% (n=13), que se justifica por ser o grupo mais exposto à doença. A ITS-PCR e PRA-hsp65 apresentaram concordância de 85,7% e 100%, respectivamente. O sistema de ITS-PCR foi capaz de identificar as cepas de Mycobacterium spp. isoladas em meio de cultura. A ITS-PCR se mostra uma ferramenta útil para auxiliar na diferenciação das infecções causadas por TB e por MNT e pode ser utilizada como ferramenta molecular complementar no diagnóstico diferencial quando os testes convencionais apresentam-se inconclusivos
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Lostak, Tracy Karon. "Genetic variation in the 16s mitochondrial rDNA gene from Texas and Oklahoma populations of Amblyomma maculatum." [College Station, Tex. : Texas A&M University, 2008. http://hdl.handle.net/1969.1/ETD-TAMU-2957.
Full text
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Täte, Mareike [Verfasser]. "Kulturelle sowie 16S rDNA basierte Untersuchungen der aeroben und anaeroben Keimflora des equinen Uterus / Mareike Täte." Hannover : Bibliothek der Tierärztlichen Hochschule Hannover, 2011. http://d-nb.info/1019427396/34.
Full text
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Lesack, Kyle. "Nomenclature errors in public 16s rDNA gene databases : strategies to improve the accuracy of sequence annotations." Thesis, University of British Columbia, 2017. http://hdl.handle.net/2429/62456.
Full textAbstract:
Obtaining an accurate representation of the microorganisms present in microbial ecosystems presents a considerable challenge. Microbial communities are typically highly complex, and may consist of a variety of differentially abundant bacteria, archaea, and microbial eukaryotes. The targeted sequencing of the 16S rDNA gene has become a standard method for profiling membership and biodiversity of microbial communities, as the bacterial and archaeal community members may be profiled directly, without any intermediate culturing steps. These studies rely upon specialized 16S rDNA gene reference databases, but little systematic and independent evaluation of the annotations assigned to sequences in these databases has been performed.
This project examined the quality of the nomenclature annotations provided by the 16S rDNA sequences in three public databases: The Ribosomal Database Project, SILVA, and Greengenes. To do that, first three nomenclature resources – the List of Prokaryotic Names with Standing in Nomenclature, Integrated Taxonomic Information System, and Prokaryotic Nomenclature Up-to-Date – were evaluated to determine their suitability for validating prokaryote nomenclature. A core-set of valid, invalid, and synonymous organism names was then collected from these resources, and used to identify incorrect nomenclature in the public 16S rDNA databases. To assess the potential impact of misannotated reference sequences on microbial gene survey studies, the misannotations identified in the SILVA database were categorized by sample isolation source. Methods for the detection and prevention of nomenclature errors in reference databases were examined, leading to the proposal of several quality assurance strategies for future biocuration efforts. These included phylogenetic methods for the identification of anomalous taxonomic placements, database design principles and technologies for quality control, and opportunities for community assisted curation.Science, Faculty of
Graduate
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Mires, López Roxana Eva. "Identificación de la microflora bacteriana cecal del cuy (Cavia porcellus) mediante análisis del gen 16S rDNA." Bachelor's thesis, Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2012. https://hdl.handle.net/20.500.12672/15627.
Full textAbstract:
Publicación a texto completo no autorizada por el autorEl documento digital no refiere asesor
Realiza la identificación molecular de bacterias presentes en el ciego del cuy mediante técnicas moleculares. ADN genómico bacteriano fue obtenido a partir de200 uL de contenido cecal de cuy. Fragmentos de 728 pares de bases del gen 16S rDNA fueron amplificados a partir de un pool de ADN genómico bacteriano mediante PCR. Los productos de PCR fueron clonados al azar en PGEM–T vector plasmid (Promega), transformados en Escherichia coli JM109 y 50 colonias fueron seleccionadas al azar y secuenciadas en ambos sentidos en un secuenciador automático ABI 3130 Genetic Analyzer. Dieciséis secuencias únicas del gen 16S rDNA fueron obtenidas mostrando altos grados de similaridad (> 95%) y un valor de e (e value -140) con secuencias de bacterias previamente descritas en bases de datos del GeneBank, Blast server for bacterial identification, Ribosomal database project y BiBi database indicando la presencia de Escherichia coli, Escherichia albertii, Shigella sp., Shigella sonnei, Shigella boydii y Hafnia alveien contenido cecal de cuy. El presente trabajo ha demostrado la presencia de bacterias del genero Escherichia, Shigella y Hafnia en el contenido cecal del cuy mediante el secuenciamiento del gen 16S rDNA.
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Koller, Francisco Fernando de Castilho. "Discriminação de ambientes aquáticos poluídos e não poluídos através da amplificação e clivagem do rDNA 16S." reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS, 2002. http://hdl.handle.net/10183/3472.
Full textAbstract:
O crescimento desordenado da população e a expansão mal planejada das cidades, tem levado a precariedade das condições de saneamento e abastecimento hídrico, tornando a água um importante meio de desenvolvimento e transporte de microrganismos, muitos destes patogênicos. Desta maneira, torna-se necessário além da busca de soluções, o monitoramento eficiente e constante dos níveis e focos de contaminação. O presente trabalho teve como objetivo principal diferenciar ambientes aquáticos poluídos de não poluídos por contaminação de origem fecal, através de padrões moleculares. Para tanto foram escolhidos os arroios Feijó e Carvão, localizados na região metropolitana de Porto Alegre, Rio Grande do Sul, de onde foram coletadas amostras de água no verão e no inverno de 2001, submetidas a determinação do número mais provável (NMP) de coliformes totais e fecais, através da fermentação em tubos múltiplos. No Arroio Feijó foram observados índices de coliformes fecais superiores ao arroio Carvão, portanto o primeiro foi considerado modelo de ambiente aquático poluído e o segundo, não poluído. Seguiu-se a extração do DNA total das amostras brutas, amplificação do rDNA 16S pela PCR e clivagem destes com as enzimas de restrição Rsa I, Taq I e Alu I. Os padrões de clivagens observados com Rsa I sugerem a discriminação destes ambientes, uma variação sazonal foi observada entre as amostras de verão e inverno. O método mostrou-se sensível para uma análise comparativa entre estruturas de comunidades bacterianas em ambientes aquáticos.
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Biscola, Vanessa. "Interações entre bactérias láticas produtoras de bacteriocinas e a microbiota autóctone de charque." Universidade de São Paulo, 2011. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/9/9131/tde-06062013-154005/.
Full textAbstract:
O charque é um produto cárneo tipicamente brasileiro, salgado e seco ao sol, ainda produzido de maneira artesanal. Durante sua produção há uma etapa de fermentação, realizada pela microbiota naturalmente presente na matéria-prima, o que dificulta a padronização do produto, e pode influenciar negativamente em suas características sensoriais e qualidade microbiológica. O controle da etapa de fermentação do charque seria uma alternativa para minimizar este problema e, neste contexto, as bactérias láticas produtoras de bacteriocinas se enquadram de forma interessante. A microbiota autóctone de charque inclui principalmente bactérias láticas e micro-organismos halofílicos e halotolerantes, sendo assim, este produto apresenta potencial como fonte para o isolamento de novas bactérias láticas produtoras de bacteriocinas. Assim, este trabalho teve por objetivo isolar e identificar culturas de bactérias láticas produtoras de bacteriocinas naturalmente presentes no charque, caracterizar parcialmente as bacteriocinas produzidas por essas culturas, avaliar seu potencial de aplicação neste produto para a melhoria de sua qualidade microbiológica e avaliar seu efeito na ecologia microbiana do charque, nas diferentes etapas de sua fabricação. Através da técnica de tripla camada em ágar foi isolada uma cepa de Lactococcus lactis subsp. lactis apresentando o gene codificador para nisina Z e com capacidade de inibir, in vitro, micro-organismos medianamente e altamente halotolerantes isolados de charque, além de outros micro-organismos deteriorantes e patogênicos importantes em alimentos, como Lactobacillus spp., Listeria monocytogenes e Staphylococcus aureus. A bacteriocina produzida pela cepa isolada neste estudo também possui características interessantes para sua aplicação na bioconservação de alimentos, como resistencia ao calor, presença de agente químicos e altos teores de NaCl, além de não ser afetada pelo pH. A aplicação dessa cepa em charque modelo resultou na redução de até 2 ciclos log na população de micro-organismos halotolerantes, indicando apresentar um potencial de aplicação como agente de bioconservação do produto. Os ensaios de avaliação da ecologia microbiana, empregando DGGE, indicaram que a fermentação natural do charque ocorreu com a participação de bactérias láticas dos gêneros Lactobacillus, Streptococcus, Lactococcus e de micro-organismos halotolerantes do gênero Staphylococcus. Além disso, os estudos referentes à dinâmica populacional demonstraram que a adição da cepa bacteriocinogênica ao charque não influenciou, de forma qualitativa, as populações presentes no produto.Charqui is a Brazilian traditional meat product, salted and sun-dried, still manufactured without control of the fermentation step, which is performed by the indigenous microbiota. This fact interferes on the standardization of the product and can negatively affect the sensorial properties and microbiological quality. The application of a known microbiota would be an alternative to minimize this problem and the bacteriocin-producing lactic acid bacteria can can fit in this purpose. The charqui indigenous microbiota mainly includes lactic acid bactéria and halophilic and halotolerant microorganisms, therefore, this product presents a potencial as a source for the isolation of new bacteriocin-producing lactic acid bacteria. The aim of the present work was to isolate and identify bacteriocin-producing lactic acid bacteria from charqui, characterize the bacteriocins produced by the isolated culture, evaluate its potential as biopreservative in charqui and its influence on the microbial populations during the manufacture of the product. A bacteriocinogenic Lactococcus lactis subsp. lactis strain was isolated from charqui through the triple-layer agar technique. This strain produces a nisin-like bacteriocin capable to inhibit in vitro medium and highly halotolerant bacteria isolated from charqui and other food-borne pathogenic and spoilage microorganisms. The application of this strain for charqui manufacturing caused a reduction of up to 2 log in the halotolerant bacteria population, evidencing its potential application for charqui biopreservation. Studies in the populational dynamics using DGGE indicated that the presence of the bacteriocinogenic strain did not affect the microbial populations in the product.
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Oberreuter, Helene. "FT-IR spectroscopic identification and infraspecific diversity of coryneform bacteria in relation to 16S rDNA sequence analysis." [S.l. : s.n.], 2001. http://deposit.ddb.de/cgi-bin/dokserv?idn=962146374.
Full text
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Rodriguez, Wong Carolina Yolanda. "Identificación de la microflora bacteriana ruminal de la alpaca (vicugna pacos) mediante análisis del gen 16s RDNA." Bachelor's thesis, Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2012. https://hdl.handle.net/20.500.12672/3966.
Full textAbstract:
El presente estudio se dirigió a la identificación molecular de bacterias presentes en el compartimiento 1 de alpacas Huacaya mediante secuenciamiento del gen 16S rRNA. ADN genómico bacteriano fue extraído a partir de licor ruminal de 4 alpacas adultas de la raza Huacaya. Fragmentos de 728 bases del gen 16S rDNA fueron amplificados mediante PCR y clonados en un vector de expresión PGEM-T (Promega), transformados en Escherichia coli JM109 y secuenciados en un analizador genético ABI 3130. Cincuenta clonas fueron secuenciadas dando como resultado un total de 24 secuencias únicas del gen 16S ARNr. El análisis de las 24 secuencias únicas indicaron altos grados de identidad (> 95%, > e-140) con secuencias de bacterias previamente descritas en bases de datos del GeneBank, Blast server for bacterial identification, Ribosomal data base Project y BiBi database. Los resultados indican la presencia de Ruminococcus flavefaciens, Ruminococcus bromi, Clostridium thermocellum, Succiniclasticum ruminis, Sporobacter mitidis, Fastidiosipila sanguinis en el compartimiento 1 de la alpaca.Tesis
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Rodriguez, Wong Carolina Yolanda, and Wong Carolina Yolanda Rodriguez. "Identificación de la microflora bacteriana ruminal de la alpaca (vicugna pacos) mediante análisis del gen 16s RDNA." Bachelor's thesis, Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2012. http://cybertesis.unmsm.edu.pe/handle/cybertesis/3966.
Full textAbstract:
El presente estudio se dirigió a la identificación molecular de bacterias presentes en el compartimiento 1 de alpacas Huacaya mediante secuenciamiento del gen 16S rRNA. ADN genómico bacteriano fue extraído a partir de licor ruminal de 4 alpacas adultas de la raza Huacaya. Fragmentos de 728 bases del gen 16S rDNA fueron amplificados mediante PCR y clonados en un vector de expresión PGEM-T (Promega), transformados en Escherichia coli JM109 y secuenciados en un analizador genético ABI 3130. Cincuenta clonas fueron secuenciadas dando como resultado un total de 24 secuencias únicas del gen 16S ARNr. El análisis de las 24 secuencias únicas indicaron altos grados de identidad (> 95%, > e-140) con secuencias de bacterias previamente descritas en bases de datos del GeneBank, Blast server for bacterial identification, Ribosomal data base Project y BiBi database. Los resultados indican la presencia de Ruminococcus flavefaciens, Ruminococcus bromi, Clostridium thermocellum, Succiniclasticum ruminis, Sporobacter mitidis, Fastidiosipila sanguinis en el compartimiento 1 de la alpaca.Tesis
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Al, Masalma Mouhamad. "Molecular and cultural analysis of the bacterial flora associated with brain abscesses." Thesis, Aix-Marseille 2, 2011. http://www.theses.fr/2011AIX20663/document.
Full textAbstract:
Les abcès cérébraux sont des infections potentiellement mortelles, entraînant souvent des séquelles graves. La prise en charge médicale en reste empirique en raison d’un manque de connaissance approfondie des microorganismes responsables de cette condition. Dans la plupart des laboratoires microbiologiques, le diagnostic d’abcès cérébral est basé sur la culture du pus recueilli chirurgicalement. Malheureusement, cette procédure a de nombreuses limites et ne permet l’identification que d’une petite partie de la population microbienne en cause. L’amplification par PCR et le séquençage du gène codant la fraction 16S de l’ADN ribosomal ont récemment été utilisées pour surmonter les limites de la culture, et ont été démontré leur efficacité dans la documentation des infections bactériennes. Malheureusement, cette procédure présente un degré de discrimination limité en cas d’infection polymicrobienne. Des études métagénomiques de flores complexes de l’homme, basées sur une combinaison de PCR, clonage et séquençage des produits de PCR se sont avérées utiles pour évaluer la diversité bactérienne des flores dentaires, vaginales et intestinales. Nous avons appliqué cette technique à des échantillons d’abcès cérébral pour étudier la flore associée à cette maladie. Dans une première étape, nous avons réalisé une enquête en utilisant la culture et les techniques moléculaires. Le but de cette étude était d’analyser et d’évaluer les bactéries de la flore responsable des abcès cérébraux, en comparant la culture à trois techniques moléculaires basées sur le gène 16S rDNA, incluant le séquençage direct, le clonage suivi de séquençage par méthode de Sanger, et le séquençage direct des produits de PCR par pyroséquençage. Cette enquête a déterminé que la variété des espèces bactériennes associée aux abcès cérébraux est beaucoup plus grande que précédemment décrite, et inclut de nombreuses bactéries anaérobies et des bactéries incultivables de la flore buccale. Cette étude préliminaire a identifié 49 agents bactériens différents, et a permis l’identification de 27 bactéries jamais détectées auparavant dans des abcès du cérébraux, dont 15 n’avaient jamais été cultivées. Un tel nombre d’espèces bactériennes impliquées dans les abcès cérébraux a motivé l’étude de 51 nouveaux spécimens dans le but de décrire plus en détail la flore associée aux abcès cérébraux en fonction de leurs étiologies. Ainsi, nous avons effectué une analyse métagénomique, basé sur le gène 16S rDNA, de 51 patients ayant développé un abcès cérébral. Notre stratégie a été beaucoup plus discriminatoire et a permis à l’identification d’un plus grand nombre de bactéries que la culture et l’amplification et le séquençage direct de l’ANRr 16S. La combinaison des données de 71 patients (20 de la première étude et 51 de la deuxième étude) a permis l’identification de plusieurs associations à l’aide de la méthode de data mining.En outre, notre étude a permis l’identification de deux nouvelles bactéries, la première étant une nouvelle espèce de genre Staphylococcus (Staphylococcus massiliensis) et la seconde étant une bactérie anaérobie qui représente une nouvelle espèce dans un nouveau genre au sein du phylum des Bacteroidetes (Phocaeicola abscesses). En outre, nous avons décrit deux cas inhabituels d’abcès du cerveau, à Mycoplasma hominis après curetage utérin, et à Nocardia carnea chez un greffé rénal. Malgré les limites inhérentes à la procédure de clonage, nos résultats suggèrent que le clonage et le séquençage de gène DNAr 16S est une méthode très performante pour identifier les agents bactériens associés aux abcès cérébrauxBrain abscess is a life-threatening infection with frequent serious sequelae. The medical management remains empirical due to a lack of comprehensive knowledge of the microorganisms responsible for this condition. In most microbiology laboratories the diagnosis of brain abscess is based on culture from pus collected surgically. Unfortunately, this procedure has many limitations and reveals only a small portion of the true microbial population. PCR-amplified 16S rDNA sequencing has recently been used to overcome the limitations of culture-based bacterial detection in brain abscess pus, and it was demonstrated to be effective in the documentation of monomicrobial infections. Unfortunately, this procedure failed to discriminate among polymicrobial floras.Metagenomic studies of complex human floras using a combination of 16S rDNA PCR and cloning-sequencing of PCR products proved useful to evaluate the bacterial diversity of dental, vaginal and intestinal floras. Thus, we applied this technique to brain abscess samples to study the flora associated with this condition. In a first step, we performed an investigation using culture and molecular techniques. The purpose of this investigation was to analyze and evaluate the bacterial flora responsible for brain abscess by comparing standard culture technique to three techniques using 16S rDNA amplification, that is, direct sequencing, multiple sequencing following cloning, and multiple sequencing via high throughput pyrosequencing. This investigation has determined that the variety of brain abscess-associated bacterial species is much larger than previously reported, and it includes many anaerobes and uncultured bacteria from the oral cavity flora. This preliminary study identified 49 distinct brain abscess bacterial agents, and enabled the identification of 27 bacteria never detected before in brain abscess, 15 of which were uncultured.Such a high number of bacterial species involved in brain abscess prompted the study of 51 new specimens in an effort to describe further the flora associated with brain abscesses and their etiologies. Thus, we performed a 16S rDNA-based metagenomic analysis of cerebral abscesses from 51 patients. Our strategy was significantly more discriminatory and enabled the identification of greater number of bacterial taxa, than culture and conventional 16S rDNA PCR/sequencing, respectively. The combination of data from 71 patients (20 from the first study and 51 from the second study) enabled the identification of several associations using the data mining analysis. Also, these studies permitted the identification of two novel bacteria, the first being a novel Staphylococcus species (Staphylococcus massiliensis) and the second being a novel anaerobic bacterium that represents a novel species in a new genus within the phylum Bacteroidetes (Phocaeicola abscesses). In addition, we reported tow unusual cases of brain abscess, the first case was a Mycoplasma hominis brain abscess following uterus curettage and the second case was a Nocardia carnea infection in a kidney transplant recipient patient.Despite limitations inherent to the cloning procedure, our results suggest that cloning and sequencing of PCR-amplified 16S rDNA is a highly valuable method to identify bacterial agents of brain abscesses
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Ritchie, Lauren Elizabeth. "Molecular characterization of intestinal bacteria in healthy cats and a comparison of the fecal bacterial flora between healthy cats and cats with inflammatory bowel disease (IBD)." [College Station, Tex. : Texas A&M University, 2008. http://hdl.handle.net/1969.1/ETD-TAMU-3081.
Full text
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Ferreira, Campos Felipe. "Diversidade de bactérias associadas ao muco do zoantídeo Palythoa Caribaeorum (Cnidaria, Anthozoa) do litoral sul de Pernambuco." Universidade Federal de Pernambuco, 2011. https://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/9117.
Full textAbstract:
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Previous issue date: 2011Faculdade de Amparo à Ciência e Tecnologia do Estado de Pernambuco
O zoantídeo Palythoa caribaeorum é um cnidário colonial cujo os pólipos são conectados por um espesso tecido que possui partículas minerais incorporadas e habita extensas áreas dos recifes costeiros no Brasil. Este zoantídeo é popularmente conhecido por "baba-de-boi", por secretar um muco muito viscoso. O muco produzido por corais, animais que são filogeneticamente próximos ao zoantídeos, consiste de um conjunto complexo de Eukarya Archaea e Bacteria. O objetivo deste estudo foi realizar uma caracterização taxonômica da microbiota presente no muco de colônias saudáveis e branqueadas de P. caribaeorum. O muco foi coletado nos recifes costeiros de Porto de Galinhas e de Suape, litoral sul de Pernambuco, em 2010. O isolamento das bactérias foi realizada utilizando o meio Ágar Marinho. O PCR dos segmentos 16S rDNA foi realizado utilizando os primers universais 27F e 1492R. O Sequênciamento dos fragmentos foi realizado no sequênciador ABI 3100 e a qualidade das sequências foram verificadas usando o programa Sequencing analysis 3.4 e, então, comparadas com as sequencias depositadas no GenBank usando o algoritmo Blastn. Um total de 50 amostras de bactérias isoladas de colônias saudáveis e branqueadas foram analisadas. O grupo dominante foi -Proteobacteria com 36 isolados (72%), seguido por - Proteobacteria e Actinobacteria com seis isolados (12%) cada, e Firmicutes com dois isolados (4%). O gênero Vibrio foi o mais comum (50%), corroborando trabalhos anteriores em que este gênero foi o mais comum associado aos cnidários. Sequências de alguns isolados foram relacionados ao nível de espécie (97%) aos já depositados no GenBank, entre elas, espécies com potencial biotecnológico interessante, como bactérias do gênero Alcanivorax, que usa hidrocarbonetos derivados do petróleo como fonte de carbono e energia; e bactérias dos gêneros Vibrio, Photobacterium, Pseudomonas, Micrococcus e Pseudoalteromonas, grupos conhecidos por produzir compostos antimicrobianos e potentes toxinas marinhas. Algumas das sequências dos isolados foram relacionados com patógenos de seres humanos como V. alginolyticus e V. proteolyticus, e outras relacionadas a espécies do gênero Pseudoalteromonas, que podem ter participação no fenômeno do branqueamento. Outros isolados podem representar novas espécies uma vez que suas seqüências mostrou uma baixa similaridade com os taxa já conhecidos e muitos deles foram registrados pela primeira vez no muco de P. caribaeorum. É importante intensificar os estudos de diversidade microbiana neste zoantídeo para entender melhor o papel dessas bactérias nas propriedades farmacológicas do muco
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Hansen, Mario Jens. "Genotyp-Identifizierung und Wechselwirkungen an zwei Populus-Chimären." Doctoral thesis, Humboldt-Universität zu Berlin, Landwirtschaftlich-Gärtnerische Fakultät, 2005. http://dx.doi.org/10.18452/15385.
Full textAbstract:
Zwei Populus-Pfropfchimären (MA und AI), die aus P. x canadensis ‘Marilandica’ (M), P. maximowizcii x P. trichocarpa ‘Androscoggin’ (A) and P. nigra L. ’Italica’ (I) aufgebaut sind, wurden für Untersuchungen zur Laub- und Blütenblattentwicklung genutzt. In MA bildet M die äußere Lage (L1) und ihr Derivat, die Epidermis, während die inneren Lagen (L2, L3 etc.) von A gebildet werden. Bei AI stammt die L1 von A und L2, L3 etc. werden von I gebildet. Die genotypisch andersartige Epidermis bedingt bei Periklinal-Chimären morphologische Effekte wie zum Beispiel einen Fruchtknoten in einigen MA-Blüten. Morphologische Besonderheiten verschiedener Gewebe sowohl von M und A als auch von MA wurden verglichen, um festzustellen, wie sie durch die Gewebetransplantation verändert oder beeinflusst wurden und, um mögliche Genotyp- Interaktionen oder -Wechselwirkungen in einem Gewebe ausfindig zu machen. Für die Genotypidentifizierung in verschiedenen Organen wurde die RAPD-PCR getestet. Einer von 20 getesteten 10mer Zufallsprimern (GGAGTGGACA) ermöglichte bei der Verwendung von DNA aus Blattmaterial die Erzeugung verschiedener Bandenmuster für M und A. Bei der Verwendung von MA-Blattmaterial zeigte sich eine Kombination der Muster von M und A, sodass ein Chimärennachweis für das MA-Blattmaterial erbracht wurde. Für ein übertragbares System wurde die spezifische PCR getestet. Unter Verwendung spezifischer Primer für die 16s-rDNA zeigten die PCR-Produkte einheitliche Banden und nach anschließender Sequenzierung eine weitgehende Übereinstimmung der phylogenetischen Verwandtschaft von I, M und A. Weiterhin wurden die kernkodierten rDNA Bereiche ITS 1 und ITS 2 zwischen 18S und 25S getestet. Für I, M und A konnten jeweils zwei Banden von unterschiedlicher Größe und Sequenz ermittelt werden, die vermutlich auf funktionierende rDNA aber auch auf Pseudogene (beschnitten) in niedriger Kopienzahl hinweisen. Die ITS-Regionen von I, M und A wurden charakterisiert, um einen Einblick in die Struktur und Phylogenie der Salicacaee-Familie zu erhalten. Aus den Sequenzunterschieden konnten für I und A spezifische Primerpaare abgeleitet werden, die für die Identifizierung von I und A in AI und MA verwendet werden können. Mittels A-Marker konnte nachgewiesen werden, dass Fruchtknoten aus MA-Blüten neben M-Gewebe auch den A-Genotyp enthalten.Two Populus graft chimeras (MA and AI) produced of P. x canadensis ‘Marilandica’ (M), P. maximowizcii x P. trichocarpa ‘Androscoggin’ (A) and P. nigra L. ’Italica’ (I) were used for investigations of leaf and flower development. In MA the exogenous layer (L1) forms the epidermis and is derived from M while inner layers (L2, L3 etc.) descend from A whereas in AI L1 is formed by A while L2, L3 etc. descend from I. The exogenous epidermis of the periclinal chimeras imposes morphological effects such as an extra female sex in some of the MA flowers. The morphological characteristics of different plant tissues of parents and chimera were compared to determine how they were modified or altered by the tissue transplantation and possibly identify co-existing or interacting genotypes in one tissue. RAPD-PCR was tested for its usefulness to amplify polymorphic fingerprints including donor specific DNA fragments. One random 10mer primer (GGAGTGGACA) out of 20 tested revealed the amplification of patterns including donor specific DNA bands using extracts from leaf tissues of the M and A parents that were combined using extract from leaf tissue of the MA chimera. This indicates that the leaves of the MA chimera are formed by tissues of M and A. However, the inherent disadvantage of RAPD-PCR is the reproducibility of PCR product generation. Therefore the discriminative potential of the ITS region located between the rRNA genes was investigated. The application of specific 16S ribosomal DNA (rDNA) primers for amplification and sequencing of PCR products revealed a closely phylogenetic relationship between I, M and A. Consequently the ITS1 and ITS2 of nuclear rDNA between 18S and 25S were used. The amplified fragments were purified, cloned in E. coli and sequenced. Analyses of multiple clones demonstrated extensive paralogy within and between I, M and A ITS operons. For each parent were at least two rDNA operons as well as multiple paralogous sequences within operons identified. The use of PCR and sequence analyses showed that one of the operons encodes a putative expressed (functional) rDNA whereas the second encodes a pseudogen (truncated) in low copy number. We also characterized the ITS regions of I, M and A to gain insights into structure and phylogeny of the Salicacaee family. Based on sequence divergence primers were designed for A and I and used for the identification of A in MA carpels.
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Colares, GeÃrgia Barguil. "Diversidade e estrutura de comunidades microbianas associadas à rizosfera de Rhyzophora mangle do manguezal do Rio Pacoti, zona leste da costa cearense." Universidade Federal do CearÃ, 2010. http://www.teses.ufc.br/tde_busca/arquivo.php?codArquivo=6987.
Full textAbstract:
CoordenaÃÃo de AperfeiÃoamento de Pessoal de NÃvel SuperiorOs manguezais sÃo ecossistemas costeiros que ocorrem em regiÃes de clima tropical e subtropical, sujeitos a aÃÃo das marÃs. SÃo regiÃes de extrema importÃncia para a reproduÃÃo de espÃcies, atuam como aparadores da linha da costa e possuem espÃcies vegetais endÃmicas, conhecidas como mangue. Os manguezais geralmente sÃo Ãreas bastante populosas, estando sujeitos a diversos impactos antrÃpicos, como a descarga de esgotos nÃo-tratados, o desmatamento das espÃcies vegetais e assoreamento dos rios. Esses impactos afetam as populaÃÃes de animais, vegetais e de micro-organismos habitantes dessas Ãreas, acarretando uma perda de diversidade desses organismos. Os micro-organismos do solo dos manguezais representam uma considerÃvel parcela das atividades de ciclagem de nutrientes e decomposiÃÃo de detritos, tendo fundamental importÃncia para o equilÃbrio dos ecossistemas. Entretanto, estudos de diversidade e estrutura dessas comunidades de micro-organismos em solos de manguezais sÃo ainda escassos pela dificuldade de cultivo desses seres em laboratÃrio. Com o avanÃo da biologia molecular, suas tÃcnicas de estudo de diversidade utilizando o gene do rRNA 16S, houve a oportunidade de se estudar comunidades microbianas que nÃo seriam acessadas por mÃtodos de cultivos tradicionais. Deste modo, este estudo visa investigar a estrutura e a diversidade das comunidades microbianas do solo da rizosfera de Rhizophora mangle do manguezal do Rio Pacoti, localizado na regiÃo metropolitana de Fortaleza, atravÃs da tÃcnica de Eletroforese em Gel de Gradiente Desnaturante (DGGE), assim podendo obter perfis de diversidade e caracterizar as comunidades microbianas habitantes do manguezal, compararando os dados obtidos com as variÃveis ambientais e caracterÃsticas do solo. Os resultados mostraram que as comunidades microbianas de solos do manguezal sÃo semelhantes em nÃmero de UTOs, mas diferem em composiÃÃo. As variÃveis fÃsico-quÃmicas e as caracterÃsticas do solo sÃo responsÃveis pelas diferenÃas na composiÃÃo e estrutura das comunidades microbianas, apesar de que o efeito rizosfÃrico determina a ocorrÃncia de muitas UTOs em comum entre os diferentes pontos de coleta. As anÃlises de diversidade das comunidades mostraram que estas estÃo em equilÃbrio por nÃo haver dominÃncia de UTOs e por apresentarem similaridades entre os pontos e perÃodos analisados. Em conclusÃo, os solos da rizosfera de Rhizophora mangle do manguezal do Rio Pacoti abrigam comunidades microbianas diversas, em equilÃbrio, que diferem em estrutura e composiÃÃo
Mangroves are coastal ecosystems which occur in tropical and subtropical regions, subjected to tidal action. These ecosystems are very important for species reproduction and act as shoreline protectors. Mangroves are usually highly populated areas and are exposed to various human impacts, such as the discharge of untreated sewage, deforestation and river silting. These impacts affect populations of animals, plants and microorganisms that inhabit these areas, causing a loss of diversity. The mangrove soil microorganisms represent a considerable portion of the activities of nutrient cycling and decomposition of waste with a fundamental importance for the ecosystem balance. However, studies focusing on the diversity and structure of microorganism communities in mangroves soils are still limited by cultivation techniques. With the advance of the molecular biology techniques, using the gene encoding the 16S subunit of the ribosomal RNA, the study of microbial communities that would not be accessed by traditional methods of cultivation was enabled. Thus, this study aims to investigate the structure and diversity of soil microbial communities from the rhizosphere of Rhizophora mangle from the Pacoti River, located in the metropolitan region of Fortaleza, using Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE), obtaining diversity profiles and characterizing the mangrove microbial communities and to compare it to the data obtained from the environmental variables and soil characteristics. Results showed that the mangrove soils microbial communities are similar in number of OTUs, but differ in composition. The physical and chemical variables and soil characteristics are responsible for the differences in the microbial communities‟ composition and structure, although the rhizosphere effect determines the occurrence of various OTUs in common among the sampling sites. The communities‟ diversity analysis showed that they are in balance due to the fact that there is no dominance of OTUs and the communities present spatial and temporal similarities. In conclusion, the Rhizophora mangle rhizosphere soils of the Pacoti River mangrove harbor diverse and stable microbial communities that differ in structure and in composition
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Perim, Júlia Elídia de Lima. "Diversidade microbiana envolvida na ciclagem do nitrogênio em solos de cultivo de cana-de-açúcar no estado de São Paulo." Universidade de São Paulo, 2016. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11138/tde-28112016-175102/.
Full textAbstract:
O Brasil é o maior produtor mundial de cana-de-açúcar, sendo o Estado de São Paulo responsável por mais de 50% do total desta produção. Esta cultura tem um enorme impacto sobre a agricultura brasileira e devido a isto, uma melhor compreensão da composição da comunidade microbiana relacionada a ciclagem do nitrogênio (N) nestes solos é de grande importância para o aprimoramento no cultivo da cana-de-açúcar. No entanto, pouco se sabe sobre a relação entre grupos microbianos e essa cultura. Este trabalho visou determinar variações nas comunidades microbianas que participam das transformações do N nos solos de três áreas utilizadas para a produção de cana-de-açúcar (A, F e J), as quais apresentam uma gama de diferentes condições de manejo e características do solo. Cada área foi analisada em triplicatas, e o DNA extraído do solo foi utilizado para metodologias de sequenciamento de segunda geração (metagenômica e sequenciamento do gene 16S rDNA), PCR quantitativo (qPCR) e polimorfismo dos fragmentos terminais de restrição (T-RFLP). A maioria das sequências derivaram de bactérias (98%; base de dados M5NR); seis etapas do ciclo do nitrogênio foram anotadas pela plataforma MG-RAST (base de dados SEED): amonificação do nitrato e nitrito (ANN); fixação de nitrogênio; desnitrificação; óxido nítrico sintase; redução dissimilatória do nitrito e assimilação de amônia. Este último passo mencionado foi o mais abundante (28%) (genes gltb e gltD) e está diretamente relacionado a multiplicação microbiana nos solos.. O segundo processo mais abundante foi ANN (genes nir e nar), responsável por consumir este substrato durante o ciclo. Proteobacteria, Chloroflexi, Verrucomicrobia e Cyanobacteria estão presentes em todas as etapas do ciclo, representando microrganismos que podem participar das vias de transformação do N e, ademais, foi possível descrever um core microbiano (nível de ordem) representado por Sphingomonadales. Algumas variáveis ambientais, como a aplicação de torta de filtro e a produtividade mostraram uma correlação significativa com a estrutura da comunidade microbiana. Isto também foi encontrado para algumas características do solo como fósforo, magnésio e matéria orgânica. Além disso, identificou-se uma alta abundância de microrganismos carregando genes que codificam enzimas da via de redução do nitrato e nitrito. Portanto, apesar de sua complexidade, o estudo das funções microbianas de nitrogênio em solos cultivados com cana-de-açúcar é inovador por acessar de forma conjunta todas as comunidades envolvidas neste ciclo, caracterizadas por sequenciamento, o que evita os problemas inerentes ao cultivo microbiano, além de permitir inferir sobre a hierarquia das variáveis ambientais que influem sobre esse grupos microbianos.Brazil is the largest world\'s producer of sugarcane and State of São Paulo accounts for over 50% of this production. This crop has a huge impact on Brazilian agriculture and due to this great importance, a better understanding of the composition of the microbial community related to cycling of nitrogen (N) in these soils is of utmost importance for the improvement in the cultivation of sugarcane. However, little is known about the relationship between microbial groups and this crop. This study aimed to determine changes in microbial communities that participate in the transformation of N in soils derived from three areas used for sugarcane production (named A, F and J), which have a range of different management conditions and soil characteristics. Each area was analyzed in triplicate, and the extracted DNA was used to develop next generation sequencing (shotgun metagenomics and 16S rDNA), quantitative PCR (qPCR) and terminal restriction fragment length polymorphism (T-RFLP). Most of the sequences derived from Bacteria (98%; M5NR database); six stages of nitrogen cycle were annotated by MG-RAST plataform (SEED database): nitrate and nitrite ammonification (NNA); nitrogen fixation; denitrification; nitric oxide synthase; dissimilatory nitrite reductase and ammonia assimilation. This last mentioned step was the most abundant (28%) (gltB and gltD genes) and is directly linked to microbial growth in soil, since the final product of the reaction is glutamate. The second most abundant process was NNA (nir and nar genes), responsible for consuming this substrate during the cycle. Proteobacteria and Chroloflexi are present at all stages of the cycle, representing microorganisms that can participate in the N transformation and, moreover, it was possible to describe a microbial core (at an order level) represented by Sphingomonadales. Some environmental variables, such as the application of filter cake and productivity showed a significant correlation with the structure of the microbial community. This was also found for certain soil characteristics such as phosphorus, magnesium and organic matter. In addition, it was identified a high abundance of microorganisms carrying genes encoding the enzymes for nitrate and nitrite reduction pathway. Therefore, despite its complexity, the study of microbial functions of nitrogen in soils cultivated with sugarcane is innovative by accessing jointly all communities involved in this cycle, characterized by sequencing, which avoids the problems inherent in microbial cultivation and allows to infer about the hierarchy of environmental variables that influence this microbial groups.
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Fishman, Ross H. "The Molecular Analysis of the Biofilm of Proximal Incipient Caries in Young Permanent Teeth." The Ohio State University, 2009. http://rave.ohiolink.edu/etdc/view?acc_num=osu1244847351.
Full text
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Martinati, Juliana Camargo [UNESP]. "Análise filogenética de linhagens de Xylella fastidiosa de diferentes hospedeiros baseada na sequencia da região intergênica 16S-23S rDNA." Universidade Estadual Paulista (UNESP), 2003. http://hdl.handle.net/11449/87733.
Full textAbstract:
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Previous issue date: 2003-05-22Bitstream added on 2014-06-13T19:28:40Z : No. of bitstreams: 1
martinati_ja_me_rcla.pdf: 362018 bytes, checksum: 52f2a691f2a1ec67ccf4b3cf6fda2d9e (MD5)Linhagens de Xylella fastidiosa de diferentes hospedeiros, incluindo citros, café, pêssego, videira entre outros, foram utilizadas para construir uma relação filogenética a partir da análise de seqüências completas de nucleotídeos do espaço intergênico 16S-23S rDNA. Dadas as dificuldades encontradas frente ao uso dos primers utilizados para o sequenciamento da região genômica em questão, fez-se necessária a construção de novos primers baseada em dados após alinhamento e comparação com as seqüências disponibilizadas pelo NCBI e com as obtidas neste trabalho. Os primers propostos previamente para amplificação da região 16S-23S em Xylella fastidiosa, foram também testados sem muito sucesso uma vez que produzem fragmentos muito extensos e, para a obtenção de seqüências adequadas seria necessário o uso de outras técnicas moleculares mais dispendiosas para obtenção da seqüência completa, o que levaria tempo e custo maiores. Os métodos utilizados tanto para alinhamento de seqüências bem como a construção da árvore filogenética são baseados no princípio cladístico. As seqüências completas do espaço intergênico obtidas, revelaram um nível de variação de bases maior do que a encontrada em seqüências do gene 16S do mesmo organismo (99,0 a 100%), com valores de similaridade que variam em torno de 80 a 100%. A linhagem originada de plantas de pêra, que apresentou uma maior discrepância nos valores, foi tomada como um grupo externo aos dos outros hospedeiros. Baseado no cladograma apresentado, os resultados revelaram que as linhagens de citros e café puderam ser separadas quando se usa o método cladístico de análise, já pela metodologia baseada em princípios fenéticos esta separação não foi possível. Foi possível também agrupar os isolados em três... .
The phylogenetic relationships among Xylella fastidiosa isolates from different hosts were studied, using primers specific for the 16S-23S rDNA intergenic spacer region. Strains isolated from a wide range of host plants were studied - citrus, coffee, grapevine, elm, periwinkle, and others. Current methods for sequencing the 16S-23S spacer regions are laborious because of the large fragment obtained when using the specific primers. Nevertherless, the sequences obtained with this primers did not contribute with significant information, as only partial sequences were obtained. It's necessary other methods to complement in order to obtain a complete sequence of the spacer region. This methods include cloning and the use of internal primers. In order to establish an easier method to sequencing the spacer region, were constructed a new primer pair to facilitated the sequencing and the sequences obtained was complete. The 16S-23S intergenic spacer region analysis showed a higher level of variation than that found in 16S sequences, with similarity values ranging from 80% to 100%. The pear strain, that showed the most variable values, was used as the outgroup. The cladogram constructed by using cladistic methods allowed the grouping of three major clusters: the citrus-coffee-some grapevines- mulberry, the periwinkle-ambrosia, and the others hosts. The citrus and coffee strains could be phylogeneticly separated from this method while by the 16S sequences and the 16S-23S by the phenetic method they couldn't. A phenogram based on similarity data is useful for observing relationships based on share characters. However, its does not necessarily represent the evolutionary histry of the taxa. With the cladistic approach, hypothetical genealogical relationships among Xylella fastidiosa strains... (Complete abstract, click electronic address below).
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Carvalho, Elen Bethleen de Souza, and 92-99187-9362. "Estudo da microbiota da rizosfera do guaranazeiro (Paullinia cupana Kunth var.sorbilis (Mart.) Ducke) pelo sequenciamento do gene 16S rDNA." Universidade Federal do Amazonas, 2015. http://tede.ufam.edu.br/handle/tede/5832.
Full textAbstract:
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license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5)Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2017-08-24T13:58:51Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Tese - Elen B. S. Carvalho.pdf: 1542638 bytes, checksum: 747fad508eb1974ab20e86fd0cfa2904 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5)
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CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico
The production of guarana in the Amazon region faces unfavorable phytosanitary conditions due to the presence of anthracnose, a disease caused by Colletotrichum spp. Taking into account the existing dynamics in plant-microorganism interaction took place this study to identify and verify the wealth and bacterial diversity associated with the rhizosphere of guarana with and without symptoms of antracnose. April 2011 were collected at the Fazenda da AMBEV located in Maués-AM district, guarana the rhizospheres with and without symptoms of antracnose. To extraction of genomic total DNA of bacteria uncultured present in the rhizosphere of guarana with symptoms of the disease and asymptomatic. The bacteria were identified by sequencing the 16S rDNA gene using as molecular tool the pyrosequencing and bioinformatics resources. The results indicate that the rhizosphere Sound guarana is richer and diverse in relation to the patient guarana. The predominant Filo was the Bacteroidetes in both physiological conditions of guarana, followed by Proteobacteria, Actinobacteria and Acidobactérias. The predominant genera accessed in the rhizosphere of the patient guarana were Chryseobacterium, Flavobacterium, Pedobacter, Sphingobacterium and healthy plants were represented by Rhizomicrobium, Acidicaldus, Sphingomonas and Rhodoplanes.Os common genres will rhizosphere of sick and healthy guarana were represented by Pseudomonas, Taibaiella, Mucilaginibacter, Candidatus Koribacter, Granulicella and Acidothermus.The presence of Colletotrichum spp appears to influence the composition of the microbiota rhizosphere of guarana.
A produção do guaraná na Região Amazônica enfrenta condições fitossanitárias desfavoráveis devido à presença da antracnose, uma doença causada pelo fungo Colletotrichum spp. Levando em consideração a dinâmica existente na interação planta-microrganismos realizou-se este estudo para identificar e verificar a riqueza e diversidade bacteriana associada à rizosfera de guaranazeiros com e sem sintomas da antracnose.Em Abril de 2011, foram coletadas na Fazenda da AMBEV, localizada no município de Maués-AM, rizosferas do guaranazeiro com e sem sintomas da antracnose. Realizou-se a extração do DNA genômico total das bactérias não cultiváveis presentes na rizosfera do guaranazeiro que apresentavam sintomas da doença e das assintomáticas.As bactérias foram identificadas por meio do sequenciamento do gene 16S rDNA utilizando-se como ferramenta molecular o pirosequenciamento e os recursos da bioinformática. Os resultados obtidos indicam que a rizosfera do guaranazeiro sadio é mais rica e diversa em relação ao guaranazeiro doente.O Filo predominante foi o Bacteroidetes nas duas condições fisiológicas do guaranazeiro, seguido das Proteobactérias, Acidobactérias e Actinobactérias. Os gêneros predominantes acessados na rizosfera do guaranazeiro doente foram as Chryseobacterium, Flavobacterium, Pedobacter, Sphingobacterium e em plantas sadias foram representados pelos Rhizomicrobium, Acidicaldus, Sphingomonas e Rhodoplanes.Os gêneros comuns á rizosfera do guaranazeiro doente e sadio foram representadas pelas Pseudomonas, Taibaiella, Mucilaginibacter, Candidatus Koribacter, Granulicella e Acidothermus. A presença do fungo Colletotrichum spp parece influenciar na composição da microbiota da rizosfera do guaranazeiro.
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Martinati, Juliana Camargo. "Análise filogenética de linhagens de Xylella fastidiosa de diferentes hospedeiros baseada na sequencia da região intergênica 16S-23S rDNA /." Rio Claro : [s.n.], 2003. http://hdl.handle.net/11449/87733.
Full textAbstract:
Orientador: Siu Mui TsaiBanca: Marco Aurelio Takita
Banca: Mauricio Bacci Junior
Resumo: Linhagens de Xylella fastidiosa de diferentes hospedeiros, incluindo citros, café, pêssego, videira entre outros, foram utilizadas para construir uma relação filogenética a partir da análise de seqüências completas de nucleotídeos do espaço intergênico 16S-23S rDNA. Dadas as dificuldades encontradas frente ao uso dos primers utilizados para o sequenciamento da região genômica em questão, fez-se necessária a construção de novos primers baseada em dados após alinhamento e comparação com as seqüências disponibilizadas pelo NCBI e com as obtidas neste trabalho. Os "primers" propostos previamente para amplificação da região 16S-23S em Xylella fastidiosa, foram também testados sem muito sucesso uma vez que produzem fragmentos muito extensos e, para a obtenção de seqüências adequadas seria necessário o uso de outras técnicas moleculares mais dispendiosas para obtenção da seqüência completa, o que levaria tempo e custo maiores. Os métodos utilizados tanto para alinhamento de seqüências bem como a construção da árvore filogenética são baseados no princípio cladístico. As seqüências completas do espaço intergênico obtidas, revelaram um nível de variação de bases maior do que a encontrada em seqüências do gene 16S do mesmo organismo (99,0 a 100%), com valores de similaridade que variam em torno de 80 a 100%. A linhagem originada de plantas de pêra, que apresentou uma maior discrepância nos valores, foi tomada como um grupo externo aos dos outros hospedeiros. Baseado no cladograma apresentado, os resultados revelaram que as linhagens de citros e café puderam ser separadas quando se usa o método cladístico de análise, já pela metodologia baseada em princípios fenéticos esta separação não foi possível. Foi possível também agrupar os isolados em três... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo).
Abstract: The phylogenetic relationships among Xylella fastidiosa isolates from different hosts were studied, using primers specific for the 16S-23S rDNA intergenic spacer region. Strains isolated from a wide range of host plants were studied - citrus, coffee, grapevine, elm, periwinkle, and others. Current methods for sequencing the 16S-23S spacer regions are laborious because of the large fragment obtained when using the specific primers. Nevertherless, the sequences obtained with this primers did not contribute with significant information, as only partial sequences were obtained. It's necessary other methods to complement in order to obtain a complete sequence of the spacer region. This methods include cloning and the use of internal primers. In order to establish an easier method to sequencing the spacer region, were constructed a new primer pair to facilitated the sequencing and the sequences obtained was complete. The 16S-23S intergenic spacer region analysis showed a higher level of variation than that found in 16S sequences, with similarity values ranging from 80% to 100%. The pear strain, that showed the most variable values, was used as the outgroup. The cladogram constructed by using cladistic methods allowed the grouping of three major clusters: the citrus-coffee-some grapevines- mulberry, the periwinkle-ambrosia, and the others hosts. The citrus and coffee strains could be phylogeneticly separated from this method while by the 16S sequences and the 16S-23S by the phenetic method they couldn't. A phenogram based on similarity data is useful for observing relationships based on share characters. However, its does not necessarily represent the evolutionary histry of the taxa. With the cladistic approach, hypothetical genealogical relationships among Xylella fastidiosa strains... (Complete abstract, click electronic address below).
Mestre
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ANTONIO, Cec?lia de Souza. "Ocorr?ncia de bact?rias endof?ticas associadas a variedades de cana-de-a??car cultivadas nos estados: Alagoas e Pernambuco." Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro, 2010. https://tede.ufrrj.br/jspui/handle/jspui/1535.
Full textAbstract:
Submitted by Jorge Silva (jorgelmsilva@ufrrj.br) on 2017-04-18T20:10:31Z
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2010 - Cec?lia de Souza Ant?nio.pdf: 1613209 bytes, checksum: e560fdd88ef8707b79c6d4b0120730ec (MD5)Made available in DSpace on 2017-04-18T20:10:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2010 - Cec?lia de Souza Ant?nio.pdf: 1613209 bytes, checksum: e560fdd88ef8707b79c6d4b0120730ec (MD5) Previous issue date: 2010-04-20
CAPES
The sugar cane is one of the major agricultural products in Brazil. The crop is able to associate with diazotrophic bacteria (fix nitrogen from the air), that may be located inside the plant tissue (entophytic). The diazotrophic bacteria are capable of promoting growth of sugar cane by means of biological nitrogen fixation (BNF) or production of hormones. But little is known about populations of these bacteria present in sugar cane. This work aimed to study diversity of the population and identify the isolates by molecular and physiological methods, as well as to assess the effectiveness of some isolates to promote plant growth of sugar cane in the field. In solid potato media, there were observed the formation of seven groups, with 95% of similarity, showing the great colonies morphology variation. Many isolates showed similar characteristics to the genus Gluconacetobacter, when analyzed in semi-solid LGI-P media and solid Potato-P and LGI-P media. Two isolates were most efficient in the endolar synthesis with production over 49 ?g/mL. All isolates were classified as Gram negative. Of the 36 isolates, 27.5% were similar to the standard strain RB 11366 (Burkholderia tropica), 45% to BR 11281 strain (Gluconacetobacter diazotrophicus) and 5% to the other patterns BR 11335 (Herbaspirillum seropedicae), BR 11504 (Herbaspirillum rubrisubalbicans) and BR 11145 (Azospirillum amazonense). Through the comparison of the sequencing of 16S rDNA with the NCBI GenBank isolate 215 was identified as belonging to species Gluconacetobacter diazotrophicus, the 179-1a belonging to Burkholderia tropica and the isolated 151-B, 211-A, and 219 to the gender Burkholderia. The inoculated strains 160-1 and 215 promoted an increase in the straw dry biomass (up to 0.7 Mg ha-1) and total nitrogen of flag leaf (above 69,7 kg ha-1), respectively in the tested varieties RB 72454 and RB 918,639. Only the 160-1 isolate was able to promote increase in biomass in the RB 867515 variety. Stalk yield was higher for the variety RB 918639 with 191.96 Mg ha-1.
A cana-de-a??car ? um dos principais produtos agr?colas do Brasil. A cultura ? capaz de se associar as bact?rias diazotr?ficas (fixam nitrog?nio do ar), que podem estar no interior do tecido da planta (endof?ticas). As bact?rias diazotr?ficas endof?ticas s?o capazes de promover o crescimento da cana-de-a??car por meio da fixa??o biol?gica do nitrog?nio (FBN) ou pela produ??o de fitorm?nios. Mas pouco se conhece sobre as popula??es presentes destas bact?rias em cana-de-a??car. O presente trabalho visou estudar a diversidade da popula??o e identificar estes isolados, atrav?s de m?todos moleculares e fisiol?gicos, assim como avaliar a efici?ncia de alguns isolados na promo??o de crescimento vegetal de plantas de cana-de-a??car no campo. Foi observada em meio s?lido Batata, com 95% de similaridade, a forma??o de sete grupos mostrando a grande varia??o morfol?gica de col?nias neste meio testado. Muitos isolados apresentaram caracter?sticas similares ao g?nero Gluconacetobacter, quando analisados em meio semi-s?lido LGI-P e s?lido Batata-P e LGI-P. Dois isolados foram mais eficientes na s?ntese de ind?les com produ??es acima de 49 ?g/mL. Todos os isolados foram classificados como Gram negativos. Dos 36 isolados avaliados, 27,5% foram semelhantes ? estirpe padr?o RB 11366 (Burkholderia tropica); 45% a BR 11281 (Gluconacetobacter diazotrophicus) e 5% aos demais padr?es BR 11335 (Herbaspirillum seropedicae), BR 11504 (Herbaspirillum rubrisubalbicans) e BR 11145 (Azospirillum amazonense). Atrav?s da compara??o do seq?enciamento do gene 16S rDNA com o NCBI GenBank o isolado 215 foi identificado com pertencente a esp?cie de Gluconacetobacter diazotrophicus , o 179-1A com pertencente a esp?cie Burkholderia tropica e os isolados 151-B, 211-A e 219 ao g?nero Burkholderia. As estirpes 160-1 e 215 inoculadas promoveram aumento na produ??o de biomassa seca da palha (acima de 0,7 Mg.ha-1) e nitrog?nio total da folha bandeira (acima de 69,7 kg.ha-1), respectivamente nas variedades RB 72454 e RB 918639 testadas. Apenas o isolado 160-1 foi capaz de promover um aumento de biomassa seca na variedade RB 867515. A produ??o de colmos foi maior para a variedade RB918639 com 191,96 Mg.ha-1.
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Walsh, Kerry A. "Characterising the microbial community associated with a constructed wetland treating landfill leachate at Pitsea landfill site using 16S rDNA analysis." Thesis, University of East London, 2002. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.274628.
Full text
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CARVALHO, José Roberto Santo de. "Ecologia microbiana de reatores UASB submetidos a diferentes condições de operação para tratar efluente têxtil." Universidade Federal de Pernambuco, 2016. https://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/20169.
Full textAbstract:
Submitted by Fabio Sobreira Campos da Costa (fabio.sobreira@ufpe.br) on 2017-07-31T14:41:08Z
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Dissertação_Mestrado_Roberto_Carvalho_2016.pdf: 4128480 bytes, checksum: d7d2a90680981c944fb1c8f51356fdf0 (MD5)Made available in DSpace on 2017-07-31T14:41:08Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) Dissertação_Mestrado_Roberto_Carvalho_2016.pdf: 4128480 bytes, checksum: d7d2a90680981c944fb1c8f51356fdf0 (MD5) Previous issue date: 2016-06-28
FACEPE
Neste trabalho foi realizado um estudo da ecologia microbiana com o objetivo de entender a composição e a dinâmica da comunidade microbiana formada em dois reatores do tipo UASB, correlacionando os parâmetros ambientais obtidos no monitoramento prévio com os parâmetros biológicos identificados ao longo da pesquisa. Um dos reatores foi planejado para ser operado em regime totalmente anaeróbio e o outro em condição microaerofílica. Ambos foram operados com efluente têxtil sintético durante 3 fases (Fase I – condições normais do efluente sintético; Fase II – adição de salinidade no afluente; Fase III – Adição de sulfato no afluente), ao final de cada fase foram coletadas amostras da biomassa da manta de lodo, como também uma amostra da biomassa aderida ao aerador apenas na fase III e por fim amostra do inóculo utilizado. Através das técnicas de PCR-DGGE foi possível obter uma pré-visualização da diversidade das amostras servindo como uma ferramenta para selecionar as amostras que seguiriam para sequenciamento do 16S rDNA utilizando a plataforma Illumina. As amostras coletadas foram exploradas geneticamente e analisadas por ferramentas de bioinformática (filtros de qualidade, análise de cluster, taxonomia entre outros), e por fim foram inferidas as informações fenotípicas das culturas identificadas. As amostras apresentaram índice de diversidade de microrganismos Simpson 1-D entre 0,8751 e 0,9806, onde os filos mais abundantes em todas as fases de operação foram Proteobacteria (13,17 – 44,21%), Firmicutes (7,12 - 41,94%), Bacteroidetes (13,05 – 26,17%) e Chloroflexi (2,51 – 4,77%). Os gêneros Trichococcus, Syntrophus, Methanosaeta foram influenciados positivamente pela adição de salinidade e sulfato com aumento significativo na abundância relativa nas fases II e III. Foram identificados gêneros aptos a catalisar a quebra do corante presente no efluente, como também foram encontrados exclusivamente na biomassa do reator micro aerado, espécies do gênero Brevundimonas, reportados na literatura por possuir algumas espécies aptas a realizar mineralização de alguns tipos de aminas aromáticas que são subprodutos tóxicos da degradação do corante.
In this paper is presented a study of microbial ecology with the objective to understand the composition and dynamics of microbial community formed in two UASB reactors, correlating the environmental parameters obtained in early monitoring with the biological parameters identified during the research. One of them is completely anaerobic (R1) and the other is microaerophilic (R2). The reactors were operated with synthetic textile effluent along 3 operational phases (Phase I - normal conditions of the synthetic effluent; Phase II - addition of salinity in the inffluent; Phase III – sulphate addition in the inffluent). At the end of each phase, biomass samples were collected from the sludge blanket, also, a sample of biomass attached to the aerator was collected ate the end of phase III, and finally, a sample of inoculum, used in both reactors, was collected. Through PCR -DGGE techniques was able a preview of the diversity of samples serving as a tool to select which samples went to the 16S rRNA sequencing using the Illumina platform. The samples were explored genetically and analyzed by bioinformatic tools (quality filters, cluster analysis, taxonomy among others), and finally was inferred the phenotypic information about the identified cultures. The samples showed good diversity of microorganisms (Simpson 1-d between 0.8751 and 0.9806), the most abundant phyla in all operating phases were Proteobacteria (13.17% to 44.21%), Firmicutes (7.12% to 41.94%), Bacteroidetes (13.05% to 26.17%) and Chloroflexi (2.51% to 4.77%). The genera Trichococcus, Syntrophus, Methanosaeta were positively influenced by the addition of salinity and sulfate with a significant increase in relative abundance in phases II and III. These genres have metabolic characteristics that complement each other indicating a possible syntrophic environment between these genera. Some genera able to catalyze the breakdown of dye were identified, as well, was identified in the sample of the biomass attached to aerator, species of genus Brevundimonas, reported in literature as bacterial species able to degrading some types of aromatic amines, which are toxic byproducts of azo dye degradation.
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Venter, P., T. Venter, N. Luwes, Smidt O. De, and J. F. R. Lues. "Towards the discrimination of milk (origin) applied in cheddar cheese manufacturing through the application of an artificial neural network approach on Lactococcus lactis profiles." Journal for New Generation Sciences, Vol 11, Issue 1: Central University of Technology, Free State, Bloemfontein, 2013. http://hdl.handle.net/11462/632.
Full textAbstract:
Published ArticleAn artificial neural network (ANN) that is able to distinguish between Cheddar cheese produced with milk from mixed and single breed sources was designed. Samples of each batch (4 pure Ayrshire/4 mixed with no Ayrshire milk) were ripened for 92 days and analysed every 14 days. A novel ANN was designed and applied which, based only on Lactococcus lactis counts, provided an acceptable classification of the cheeses. The ANN consisted of a multi-layered network with supervised training arranged in an ordered hierarchy of layers, in which connections were allowed only between nodes in immediately adjacent layers.
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Simões, Tiago Henrique Nogueira. "Triagem de enzimas associadas à biotransformação de hidrocarbonetos a partir de metagenoma de sedimentos contaminados com petroléo e metais pesados." Universidade de São Paulo, 2009. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/87/87131/tde-29042010-101614/.
Full textAbstract:
A metagenômica trouxe novas perspectivas ao estudo de comunidades microbianas no ambiente, permitindo explorar tanto a diversidade taxonômica de microrganismos ainda não-cultivados, como o acesso direto a genes e vias metabólicas. Neste trabalho, foram construídas bibliotecas metagenômicas a partir de amostras de sedimentos de mangue da Baía de Guanabara (RJ), impactadas com hidrocarbonetos de petróleo e metais pesados. Proteobacteria (33,3%), bactérias afiliadas a redutoras-de-sulfato (29,7%) e Firmicutes (20%) representaram os grupos principais nas amostras ambientais, baseado em análises filogenéticas de rDNA 16S, ao passo que isolamentos seletivos utilizando diesel e naftaleno permitiram a recuperação preferencial de delta-Proteobacteria e actinomicetos. Bibliotecas metagenômicas dos sedimentos enriquecidos com óleo diesel, com insertos entre 25 e 35 Kb clonados em fosmídeos, foram triadas para detecção de genes catabólicos de monoxigenases (alkB1) e expressão de epóxido-hidrolases, esterases, lipases e monoxigenases em ensaios de alto desempenho (HTS, high throughput screening). Clones reativos a alkB1 foram detectados, porém não foram funcionais nas condições de HTS testadas. Nas bibliotecas de fosmídeos triadas, vários clones apresentaram atividade enzimática, sendo que dois apresentaram atividade de lipase-esterase com alta seletividade, elevada taxa de conversão de substratos e excesso enantiomérico (ee >99%). Os resultados de HTS comprovaram a eficiência do uso da clonagem direta de DNA ambiental na expressão de vias metabólicas de interesse com potencial de aplicação biotecnológica.Metagenomics brought a new perspective to the study of microbial communities in the environment, enabling access to the taxonomic diversity of uncultured microorganisms, as well as direct access to genes and metabolic pathways. In the current study, metagenomic libraries were constructed from mangrove sediment samples of the Guanabara Bay (RJ, Brazil), impacted with oil hydrocarbons and heavy metals. Proteobacteria (33.3%), sulfate-reducing affiliated bacteria (29.7%) and Firmicutes (20%) represented the main groups in the environmental samples based upon 16S rDNA phylogenetic analysis, whereas selective isolation using diesel and naphtalene yielded delta-Proteobacteria and actinomycetes. Metagenomic libraries of diesel-enriched sediment samples, with 25 to 35 Kb fosmid inserts, were screened for detecting monooxigenase genes (alkB1) and expression of epoxide hydrolases, esterases, lipases and monooxigenases in high throughput screening (HTS) assays. Clones reactive to the alkB1 probe were detected, but were not functional under the HTS conditions used. Several functional clones were detected in the clone library, and two showed lipase-esterase activity with high rates of substrate conversion and enantiomeric ratio (ee >99%). The results obtained on HTS showed the efficiency of the direct cloning of environmental DNA for the expression of metabolic pathways with potential biotechnological application.
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Santos, Thiago Monteiro Araújo dos. "Diversidade genética de bactérias endofíticas associadas a frutos de café (Coffea arabica L.)." Universidade Federal de Viçosa, 2008. http://locus.ufv.br/handle/123456789/5358.
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Previous issue date: 2008-08-22Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico
The complexity and limited knowledge of the epiphytic and endophytic microbiota in coffee cherries, especially the unculturable ones, make it a challenging task the characterization of this microbiodiversity and its possible role as producers of precursors to compounds inherent to higher quality coffees. The present study was conducted to evaluate the diversity of endophytic bacteria in coffee cherries (Coffea arabica L.) from plantations located in North Zona da Mata, Minas Gerais, Brazil. Fragments of 16S rDNA were PCR-amplified using specific primers for the phyla Actinobacteria, Firmicutes, and Proteobacteria classes α, β and γ, using as template metagenomic DNA extracted from coffee cherries. Amplicons were evaluated by Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE) fingerprinting and also used to create a library of 16S rDNA clones. PCR-DGGE showed a variable genetic diversity profile in the DNA sample and revealed at least 38 Operational Taxonomic Units (OTU). PCR products sequenced showed that the endophytic bacterial community is composed, in addition to others, by representatives phylogenetically affiliated to the phyla Firmicutes and Proteobacteria, classes β and γ, for both cultivated and uncultivated microorganisms. The presence of endophytic bacteria belonging to Burkholderia and Klebsiela oxytoca is suggested based on the phylogenetic analyses of sequenced DNA fragments purified from the bands of the xviDGGE gels. A total of 50 clones of endophytic γ-Proteobacteria and 25 clones of endophytic Firmicutes from the 16S rDNA library were partially sequenced and identified. The result of sequence analyses showed three genera of Firmicutes among which 60% showed high identity with Bacillus, 8% with Staphylococcus, and 4% with Paenibacillus. Rarefaction and coverage analyses showed that the number of clones screened from the bacterial clone library was sufficient to reflect the diversity of endophytic Firmicutes in coffee cherries and that the number of unique sequence types sampled from this library approached the total number of unique sequences within the library. The populations of endophytic bacteria in coffee cherries are diverse and cover different phyla. In this study, for the first time, a library of 16S rDNA clones was constructed to access the diversity of endophytic bacteria in coffee cherries, both of culturable and unculturable microorganisms. The functional role of these bacteria in coffee cherries, as well as the genetic and functional diversity of other groups of microorganisms, is under investigation. The knowledge on this diversity is essential to determine the role of endophytic microorganisms in the production and interchange of precursors metabolites associated with the highest quality of the coffee beverage. Additionally, these studies will help the understanding of the physiological and genetic principles involved in the complex host-microorganism and microorganism-microorganism interactions.
A complexidade da microbiota epifítica e endofítica presente em frutos de café e o limitado conhecimento dos microrganismos, especialmente dos nãocultiváveis, dificultam a caracterização da microbiodiversidade e da possível atividade e contribuição dela para a formação de precursores de compostos que definem a qualidade superior da bebida do café. O presente estudo teve como objetivo avaliar a diversidade bacteriana endofítica associada aos frutos de café (Coffea arabica L.) coletados em fazenda localizada na Zona da Mata Norte de Minas Gerais, Brasil. Fragmentos de rDNAs 16S foram diretamente amplificados por Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) a partir de primers específicos para os filos Actinobacteria, Firmicutes e Proteobacteria pertencentes às classes α, β e γ, utilizando, como molde, DNA metagenômico extraído de frutos de café. Os amplicons foram submetidos à Eletroforese em Gel com Gradiente Desnaturante (DGGE) e utilizados para construção de bibliotecas de clones de rDNAs 16S. A PCR-DGGE mostrou variado perfil de diversidade genética na amostra de DNA, com a presença de pelo menos 38 Unidades Taxonômicas Operacionais (UTOs). Os produtos de PCR purificados e seqüenciados mostraram que a comunidade de bactérias endofíticas é composta, entre outros, por representantes relacionados filogeneticamente aos filos Firmicutes e Proteobacteria pertencentes às classes β e γ, dentre os quais se destacam microrganismos cultiváveis e não-cultiváveis. A presença de bactérias endofíticas pertencentes ao gênero Burkholderia e à espécie Klebsiela oxytoca é sugerida com base nas análises filogenéticas realizadas a partir do seqüenciamento de DNA obtido de bandas purificadas do gel de DGGE. Um total de 50 clones positivos da biblioteca de rDNAs 16S de γ-Proteobacteria endofíticas e 25 clones positivos da biblioteca de rDNAs 16S de Firmicutes endofíticos foram parcialmente seqüenciados e identificados. O resultado da análise das seqüências mostrou 3 gêneros de Firmicutes na biblioteca de rDNAs 16S, sendo que 60% mostraram alta identidade com Bacillus, 8% com Staphylococcus e 4% com Paenibacillus. Análises de rarefação e de cobertura mostraram que a biblioteca foi representativa e suficiente para refletir a diversidade de Firmicutes endofíticos de frutos de café e que a seqüência única detectada na amostra aproxima-se do número total de seqüências únicas dentro desta biblioteca. As populações de bactérias endofíticas presentes em frutos de café são diversas e compreendem diferentes filos. Neste estudo foi construída, pela primeira vez, uma biblioteca de clones de rDNAs 16S para acessar a diversidade de bactérias endofíticas, cultiváveis e não-cultiváveis, em frutos de café. O papel funcional dessas bactérias nos frutos de café, assim como a diversidade genética e funcional de outros grupos de microrganismos, continua sendo investigado. O conhecimento dessa diversidade é de fundamental importância para se determinar a participação destes microrganismos na produção e interconversão de metabólitos precursores daqueles que estão associados à qualidade superior da bebida do café. Adicionalmente, esses estudos podem auxiliar no entendimento dos princípios fisiológicos e genéticos envolvidos nas complexas interações microrganismo-hospedeiro e microrganismo-microrganismo.
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Santos, Viviane Piccin dos [UNESP]. "Filogenia molecular de cianobactérias baseada em sequências do 16S-23S-ITS rDNA e PC-IGS: investigação de transferência lateral do PC." Universidade Estadual Paulista (UNESP), 2011. http://hdl.handle.net/11449/87867.
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Previous issue date: 2011-02-17Bitstream added on 2014-06-13T19:28:52Z : No. of bitstreams: 1
santos_vp_me_rcla.pdf: 692384 bytes, checksum: 87577700198a680d7662c5fe0990efe7 (MD5)Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)
As cianobactérias apresentam uma ampla variabilidade fenotípica e ecológica. Porém, esta variabilidade, muitas vezes, não corresponde à sua diversidade genética. Assim, o uso de marcadores moleculares é fundamental para os estudos de filogenia neste grupo. Entretanto, a filogenia molecular enfrenta um desafio na seleção dos marcadores devido à ocorrência relativamente frequente da transferência de genes de forma lateral entre os procariotos. Em cianobactérias os marcadores dos espaçadores dos genes ribossomais (16S-23S-ITS rDNA) e do operon da ficocianina (PC-IGS) estão entre os mais utilizados nestes estudos. Contudo, alguns trabalhos sugerem que o PC-IGS possa ter sito transferido lateralmente em sua história evolutiva. A identificação de morfoespécies dos gêneros Microcystis e Geitlerinema é baseada em caracteres morfológicos que em geral não correspondem à sua variabilidade genética. Com o objetivo de investigar a transferência lateral do operon da ficocianina em Geitlerinema e Microcystis, foram obtidas e comparadas árvores filogenéticas de ambas espécies baseadas nos marcadores PC-IGS e 16S-23S-ITS rDNA. As topologias das árvores obtidas para ambos os marcadores foram muito semelhantes e indicaram que o PC-IGS é estável e indicado para os estudos de taxonomia e filogenia de linhagens de Geitlerinema e Microcystis. Assim, hipótese inicial de transferência lateral foi refutada. Algumas linhagens tiveram seu posicionamento divergente entre um marcador e outro, o que ressalta a importância do uso de mais de um marcador em estudos de filogenia. O marcador PC-IGS apresentou melhor desempenho que 16S-23S-ITS rDNA. As árvores filogenéticas de Geitlerinema baseadas em ambos os marcadores indicaram a ocorrência de espécies crípticas dentre as linhagens estudadas e corroboraram que G. amphibium e G. unigranulatum devem ser consideradas sinonímias...
Cyanobacteria show a wide phenotypic and ecological variability, but frequently this variability does not correspond to their genetic variation. Therefore, the use of molecular markes is critical for phylogenetic studies in this group. At the same time, the selection of molecular markers represents a challenge for the molecular phylogeny due to the horizontal gene transfer, witch is a relatively common process among the prokaryotes. In cyanobacteria, makers for the ribosomal genes spacer (16S-23S-ITS rDNA) and for the phycocyanin operon spacer (PC-IGS) are among of the most used for phylogeny. However, some studies suggest that the PC-IGS marker may have been horizontally transferred during its evolutionary history. The identification of the morphospecies from the genus Microcystis and Geitlerinema is based in their morphological characters, but they generally do not correspond to genetic variability. In order to investigate the possibility of horizontal transfer of the phycocyanin operon in Microcystis and Geitlerinema, phylogenetic trees based on the PC-IGS and 16S- 23S-ITS rDNA were generated and compared. The topologies obtained for both markers were very similar, indicating that the PC-IGS marker is stable and suitable for taxonomical and phylogenetic studies in Microcystis and Geitlerinema. Therefore, the initial hypothesis of horizontal transfer was rejected. Some strains were found to have divergent positions between the trees based on the two molecular markes, witch highlights the importance of using more than one marker in phylogenetic studies. The PC-IGS marker performed better than 16S-23SITS rDNA. The Geitlerinema phylogenetic trees based on both markers indicated the occurrence of cryptic species among the strains and corroborated that G. amphibium and G. unigranulatum should be treated as synonyms. The phylogenetic tree based on PC-IGS formed a monophyletic clade... (Complete abstract click electronic access below)
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Streubel, Anna [Verfasser]. "Entwicklung einer gattungsspezifischen PCR für Mykobakterien mit speziesspezifischer Detektion durch Restriktions-Endonukleasen Anhand des 16S-23S rDNA Gen Spacers / Anna Streubel." Berlin : Medizinische Fakultät Charité - Universitätsmedizin Berlin, 2008. http://d-nb.info/1023261502/34.
Full text
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Santos, Viviane Piccin dos. "Filogenia molecular de cianobactérias baseada em sequências do 16S-23S-ITS rDNA e PC-IGS : investigação de transferência lateral do PC /." Rio Claro : [s.n.], 2011. http://hdl.handle.net/11449/87867.
Full textAbstract:
Orientador: Maria do Carmo Bittencourt de OliveiraBanca: Luiz Henrique Zanini Branco
Banca: Mariana Cabral de Oliveira
Resumo: As cianobactérias apresentam uma ampla variabilidade fenotípica e ecológica. Porém, esta variabilidade, muitas vezes, não corresponde à sua diversidade genética. Assim, o uso de marcadores moleculares é fundamental para os estudos de filogenia neste grupo. Entretanto, a filogenia molecular enfrenta um desafio na seleção dos marcadores devido à ocorrência relativamente frequente da transferência de genes de forma lateral entre os procariotos. Em cianobactérias os marcadores dos espaçadores dos genes ribossomais (16S-23S-ITS rDNA) e do operon da ficocianina (PC-IGS) estão entre os mais utilizados nestes estudos. Contudo, alguns trabalhos sugerem que o PC-IGS possa ter sito transferido lateralmente em sua história evolutiva. A identificação de morfoespécies dos gêneros Microcystis e Geitlerinema é baseada em caracteres morfológicos que em geral não correspondem à sua variabilidade genética. Com o objetivo de investigar a transferência lateral do operon da ficocianina em Geitlerinema e Microcystis, foram obtidas e comparadas árvores filogenéticas de ambas espécies baseadas nos marcadores PC-IGS e 16S-23S-ITS rDNA. As topologias das árvores obtidas para ambos os marcadores foram muito semelhantes e indicaram que o PC-IGS é estável e indicado para os estudos de taxonomia e filogenia de linhagens de Geitlerinema e Microcystis. Assim, hipótese inicial de transferência lateral foi refutada. Algumas linhagens tiveram seu posicionamento divergente entre um marcador e outro, o que ressalta a importância do uso de mais de um marcador em estudos de filogenia. O marcador PC-IGS apresentou melhor desempenho que 16S-23S-ITS rDNA. As árvores filogenéticas de Geitlerinema baseadas em ambos os marcadores indicaram a ocorrência de espécies crípticas dentre as linhagens estudadas e corroboraram que G. amphibium e G. unigranulatum devem ser consideradas sinonímias... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo)
Abstract: Cyanobacteria show a wide phenotypic and ecological variability, but frequently this variability does not correspond to their genetic variation. Therefore, the use of molecular markes is critical for phylogenetic studies in this group. At the same time, the selection of molecular markers represents a challenge for the molecular phylogeny due to the horizontal gene transfer, witch is a relatively common process among the prokaryotes. In cyanobacteria, makers for the ribosomal genes spacer (16S-23S-ITS rDNA) and for the phycocyanin operon spacer (PC-IGS) are among of the most used for phylogeny. However, some studies suggest that the PC-IGS marker may have been horizontally transferred during its evolutionary history. The identification of the morphospecies from the genus Microcystis and Geitlerinema is based in their morphological characters, but they generally do not correspond to genetic variability. In order to investigate the possibility of horizontal transfer of the phycocyanin operon in Microcystis and Geitlerinema, phylogenetic trees based on the PC-IGS and 16S- 23S-ITS rDNA were generated and compared. The topologies obtained for both markers were very similar, indicating that the PC-IGS marker is stable and suitable for taxonomical and phylogenetic studies in Microcystis and Geitlerinema. Therefore, the initial hypothesis of horizontal transfer was rejected. Some strains were found to have divergent positions between the trees based on the two molecular markes, witch highlights the importance of using more than one marker in phylogenetic studies. The PC-IGS marker performed better than 16S-23SITS rDNA. The Geitlerinema phylogenetic trees based on both markers indicated the occurrence of cryptic species among the strains and corroborated that G. amphibium and G. unigranulatum should be treated as synonyms. The phylogenetic tree based on PC-IGS formed a monophyletic clade... (Complete abstract click electronic access below)
Mestre
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Nyarku, Rejoice E. "Development and analytical validation of a genus-specific Brucella real-time PCR assay targeting the 16S-23S rDNA internal transcribed spacer." Diss., University of Pretoria, 2020. http://hdl.handle.net/2263/77428.
Full textAbstract:
Brucellosis is an economically important bacterial disease of both animals and humans. In sub-Saharan Africa, the diagnosis of the disease remains a challenge. Brucellosis is underreported in South Africa, due to inconsistency in reports of bacteriological and serological tests, which lack adequate sensitivity and specificity in the diagnosis of the disease. They also are ineffective in confirming brucellosis during early stages of the disease.
The aim of this study was to develop a 16S-23S ribosomal deoxyribonucleic acid (rDNA) internal transcribed spacer (ITS) quantitative polymerase chain reaction (qPCR) assay for early diagnosis of brucellosis and as a rapid screening tool. To achieve this, blood, milk and tissue samples were spiked with B. abortus biovar (bv.) 1 (B01988-18 strain) to determine the analytical sensitivity and specificity of the assay. The efficiency was 105% in tissue, 99% in blood, and 93% in milk. The 95% limit of detection (LOD) of the ITS qPCR assay was highest in tissue, followed by blood, then milk; thus (1.45, 13.30 and 45.54 bacterial genome copies/PCR reaction).
Furthermore, the diagnostic performance of the assay was compared to the Brucella cell surface protein real time polymerase chain reaction (BCSP31 qPCR) assay. Out of 56 aborted foetal tissue samples from bovine, ovine and caprine, 33% (19/56) were positive for Brucella spp. The sensitivity and specificity of the ITS qPCR assay were 87% and 95% respectively, compared to the 92% and 89% for the BCSP31 qPCR assay and 47% and 55% for bacterial culture, respectively. The ITS qPCR gave earlier CT’s with a difference in CT (ΔCT) between ITS and BCSP31 ranging between 7.1 and 3.24.
The assay was efficient, sensitive and specific. It detected as little as 1.45 bacterial genome copies/PCR reaction in tissue, making this assay a valuable tool in early detection of the presence of the Brucella pathogen. It is sensitive and specific in the diagnosis of brucellosis.Dissertation (MSc)--University of Pretoria, 2019.
Veterinary Tropical Diseases
MSc
Unrestricted
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Saengkerdsub, Suwat. "Establishment, identification, quantification of methanogenic archaea in chicken ceca and methanogenesis inhibition in in vitro chicken ceca by using nitrocompounds." Thesis, Texas A&M University, 2003. http://hdl.handle.net/1969.1/3999.
Full textAbstract:
In the first phase of this study, the diversity of methanogenic bacteria in avian ceca was found to be minimal. Based on 16S rDNA clone libraries, a common phylotype, designated CH101, ranged between 92.86 to 100 % of the total clones whereas less than 1% of the other phylotypes were found. On the basis of the sequence identity, all of the sequences, except sequence CH1270, are related from 98.97 to 99.45% to 16S rDNA Methanobrevibacter woesei GS. Sequence CH1270 is 97.62% homologous to the sequence identified to uncultured archaeon clone ConP1-11F. Clearly, the predominant methanogen found to reside in the chicken ceca was M. woesei. By using a MPN enumeration method, methanogen counts were found to be in the range of 6.38 to 8.23 log10 organisms per gram wet weight. The 16S rDNA copy number per gram wet weight in the samples was between log10 5.50 and 7.19. The second phase of the study was conducted to observe the effects of selected nitrocompounds and two different feedstuffs on in vitro methane production in chicken cecal contents and rumen fluid. Initially, one of the three nitrocompounds was added to incubations containing cecal contents from laying hens supplemented with either alfalfa or layer feed. Both feed materials influenced volatile fatty acids (VFA) production and also fostered methane production in the incubations although methane was lower (P < 0.05) in incubations with added nitrocompound, particularly nitroethane. Secondly, nitroethane was examined in incubations of bovine or ovine rumen fluid or cecal contents containing either alfalfa or layer feed. Unlike cecal contents, layer feed significantly (P < 0.05) supported in vitro methane production in incubations of both rumen fluids. The results show that nitroethane impedes methane production, especially in incubations of chicken cecal contents. The final phase of this study was carried out to determine the methanogenic establishment in the chicken ceca by the cultural method with the quantitative PCR. The results suggested that methanogens colonized in chicken ceca at a few days after birth. Litter and house flies could be potential sources for methanogenic colonization in broiler chicks.
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SANTANA, Raphael Carlos Ferrer de. "Potencial biotecnológico de actinobactérias da coleção UFPEDA contra Candida spp." Universidade Federal de Pernambuco, 2015. https://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/17208.
Full textAbstract:
Submitted by Irene Nascimento (irene.kessia@ufpe.br) on 2016-06-30T16:59:18Z
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Dissertação- Raphael Santana.pdf: 1198352 bytes, checksum: 2ddd13ab9df70bdaf76d80dd5d481f49 (MD5)Made available in DSpace on 2016-06-30T16:59:19Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Dissertação- Raphael Santana.pdf: 1198352 bytes, checksum: 2ddd13ab9df70bdaf76d80dd5d481f49 (MD5) Previous issue date: 2015-02-24
FACEPE
Actinobactérias são bactérias Gram-positivas formadoras de filamentos ramificados que se destacam pela produção de metabólitos secundários, como antimicrobianos, antitumorais, fitohormônios e corantes naturais. Diante disso, este trabalho teve o objetivo de determinar o potencial biotecnológico de actinobactérias da coleção UFPEDA contra Candida spp. Para avaliação da atividade biotecnológica, 32 actinobactérias foram testadas contra sete isolados clínicos de Candida spp. utilizando diferentes meios de cultura para o crescimento (ALA, ISP-4, AY, ISP-3) e temperaturas (37 ºC ou 45 ºC). No ensaio primário, foi evidenciada atividade apenas quando as actinobactérias foram cultivadas em meio ISP-3 a temperatura de 37 ºC. Dessas, apenas 2 linhagens (6,25 %) apresentaram atividade antifúngica com halo de inibição variando entre 11 mm e 18 mm. As duas linhagens produtoras de metabólitos secundários com atividades antifúngicas não apresentaram diferença estatística, por isso foi selecionada a linhagem G24 por apresentar um pigmento na cor vermelha para dar seguimento às análises. A fermentação da linhagem (G24) foi realizada para avaliar atividade antifúngica, biomassa e pH, durante 5 dias, utilizando diferentes meios (MPE, M1 e ISP-3),sendo tais parâmetros monitorados a cada 24 horas. O melhor meio para produção de metabólitos secundários foi ISP-3 fermentado durante 48 h em pH 7.0, sendo evidenciados halos de inibição de 13 a 18 mm e biomassa de 0,1 g/mL de meio. Estabelecidas às condições, foi realizada a extração do princípio bioativo, sendo evidenciada atividade apenas para biomassa quando extraído em acetato de etila. A concentração mínima inibitória (CMI) do extrato bruto variou de 125 μg/mL a 62,5 μg/mL para Candida spp testadas. Análise Cromatográfica do Extrato Bruto as frações semi-purificadas foram analisadas por cromatografia em camada delgada (CCD) sendo evidenciadas duas frações, uma com atividade antifúngica e outra um corante natural. As características morfológicas do isolado G24 foram analisadas por microscopia óptica, sendo observados esporos verticilados pertencente ao gênero Streptomyces. O gene 16S rDNA foi amplificado e enviado para sequenciamento, sendo identificada como Streptomyces sp. Diante destes resultados, podemos concluir que a linhagem (Streptomyces sp), isolado da rizosfera de Caesalpinia pyramidalis tul, do bioma Caatinga, apresenta uma significativa atividade antifúngica e necessita de estudos espectroscópios para caracterização do composto bioativo e do corante.
Actinobacteria are forming Gram-positive bacteria of branched filaments that stand out for the production of secondary metabolites such as antibiotics, antitumor, phytohormones and naturias dyes. Given this, this study aimed to determine the biotechnological potential of actinomycetes of UFPEDA collection against Candida spp. To evaluate the biotechnological activity, 32 actinomycetes were tested against seven clinical isolates of Candida spp., Using different culture media (ALA, ISP-4, AY, ISP-3) and temperatures (37 ° C and 45 ° C). In the primary test, activity was detected only when the actinomycetes were grown in ISP-medium 3 to a temperature of 37 ° C. Of these, only 2 strains (6.25%) showed antifungal activity with inhibition zone ranging between 11 mm and 18 mm. Fermentation of strain (G24) was used to evaluate antifungal activity, biomass and pH for 5 days, using different media (MPE M1 and ISP-3), these parameters being monitored every 24 hours. The best medium for production of secondary metabolites ISP-3 was fermented for 48 h at pH 7.0, being evidenced inhibition zones 13 to 18 mm and biomass of 0.1 g / ml medium. Established conditions, the extraction of bioactive principle has been performed and demonstrated activity only when biomass extracted into ethyl acetate. The minimum inhibitory concentration (MIC) of the crude extract ranged from 125 mg / mL to 62.5 mg / mL for Candida spp tested. In chemical prospecting, semi-purified fractions were analyzed by thin layer chromatography (TLC) was evidenced two fractions, one with antifungal activity and one with a natural dye. The morphological characteristics of isolated G24 were analyzed by optical microscopy, observed verticilados spores belonging to the genus Streptomyces. The 16S rDNA gene was amplified and sent to sequencing, being identified as Streptomyces sp. Given these results, we can conclude that the line (G24) (Streptomyces sp), isolated from the rhizosphere of Caesalpinia pyramidalis tul, the Caatinga biome, presents a significant antifungal activity and requires spectroscopes studies to characterize the bioactive compound and the dye.
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Neves, Juliana Teixeira de Magalhães. "Características moleculares e identificação de Lactobacillus delbrueckii UFV H2b20." Universidade Federal de Viçosa, 2003. http://www.locus.ufv.br/handle/123456789/10679.
Full textAbstract:
Submitted by Nathália Faria da Silva (nathaliafsilva.ufv@gmail.com) on 2017-06-13T18:17:32Z
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resumo.pdf: 17263 bytes, checksum: 8e51a65fe7d8eecb448411acb64cf05b (MD5)Made available in DSpace on 2017-06-13T18:17:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 resumo.pdf: 17263 bytes, checksum: 8e51a65fe7d8eecb448411acb64cf05b (MD5) Previous issue date: 2003-02-20
Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado de Minas Gerais
A estirpe probiótica Lactobacillus UFV H2b20, previamente classificada como Lactobacillus acidophilus por suas características de fermentação de açúcares, apresentou-se mais semelhante à espécie Lactobacillus delbrueckii, quanto à seqüência de rDNA 16S, o que levou ao questionamento acerca da identidade da linhagem. Para o esclarecimento da real classificação da linhagem, o método de hibridização DNA-DNA foi empregado. A linhagem apresentou 75,2% e 77,4% de reassociação com L. delbrueckii subsp. lactis (ATCC 12315) e L. delbrueckii subsp. delbrueckii (ATCC 9649), respectivamente. Dado que a homologia de 70% ou mais, por esse método, tem sido usada como padrão para agrupamento de bactérias em uma mesma espécie, sugere-se, aqui, que Lactobacillus UFV H2b20 seja, daqui para frente, denominado L. delbrueckii UFV H2b20. Identificada a linhagem, outro objetivo do trabalho era desenvolver um protocolo para detecção in situ de L. delbrueckii. Uma sonda de 26 nucleotídeos (SA) foi construída e testada com outras espécies de Lactobacillus relacionadas geneticamente entre si. Estes estudos demonstraram que a seqüência de assinatura (SA) estava presente em L. delbrueckii UFV H2b20, L. delbrueckii UFV H2b21, L. delbrueckii subsp. delbrueckii e L. delbrueckii subsp. lactis, o que indica ser ela eficaz para ser usada como sonda para rRNA 16S espécie-específica pelo método de FISH. A hipótese de existência de polimorfismos, levantada em trabalhos prévios no rDNA 16S da linhagem, foi confirmada após as análises dos segmentos de DNA clonados e selecionados do banco genômico construído para a linhagem L. delbrueckii UFV H2b20. As seqüências analisadas demonstraram, também, presença de segmentos correspondentes a quatro genes codificadores de rRNA 16S distintos, e seis segmentos distintos para uma mesma região de rRNA 23S, indicando seis operons putativos. Há evidência de, pelo menos, um operon putativo completo seguido de região codificadora de seis tRNAs. Não se detectou região espaçadora longa entre rDNA 16 e 23S.
Lactobacillus UFV H2b20, a probiotic strain, previously identified as Lactobacillus acidophilus due to its sugar fermentation pattern, was found to be more closely related to Lactobacillus delbrueckii regarding its 16S rDNA sequence. It was demonstrated by DNA-DNA hybridization that this strain presented 75.2% and 77.4% of reassociation with L. delbrueckii subsp. lactis ATCC 12315 and L. delbrueckii subsp. delbrueckii ATCC 9649, respectively. These results place Lactobacillus UFV H2b20 within the L. delbrueckii species, for 70% reassociation as measured by the method used has been a standard to cluster bacteria within the same species. A protocol for in situ detection of L. delbrueckii was developed by means of Fluorescent in situ Hybridization, FISH. A probe consisting of 26 nucleotides labeled with rhodamine was designed based on the signature sequence within the rDNA, and was tested against genetically related Lactobacillus species. A species- specific method was obtained capable of discriminating L. delbrueckii strains from other Lactobacillus species. Previous studies raised the hypothesis of polymorphism among the copies of 16S rDNA in L. delbrueckii UFV H2b20. This was confirmed by sequence analysis of rDNA from a gene library of this strain cloned in phage lambda and subcloned in pBluescript. Sequence analyses of cloned fragments demonstrated the presence of at least four distinct genes encoding 16S rRNAs. Distinct fragments containing 23S rRNA related genes indicated six putative rrn operons. One complete putative rrn operon displays a region encoding 6 different tRNAs. Long spacer regions between 16S and 23S rDNA were not detected.
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Andrees, Sebastian [Verfasser]. "Untersuchung des 16S-23S rDNA Spacers der Gattung Nocardia und seine Bedeutung für die Speziesidentifizierung mittels gattungsspezifischer PCR und Restriktionsfragmentlängen-Polymorphismus / Sebastian Andrees." Berlin : Medizinische Fakultät Charité - Universitätsmedizin Berlin, 2011. http://d-nb.info/1025510771/34.
Full text
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Mills, John. "Bacterial Community Analysis of Meat Industry Conveyor Belts." The University of Waikato, 2007. http://hdl.handle.net/10289/2236.
Full textAbstract:
At the commencement of this study, some sensitive overseas markets were rejecting chilled vacuum-packed New Zealand lamb due to higher than expected total viable counts, and counts of Enterobacteriaceae, a family of bacteria used to indicate sanitary condition. Of the many factors that influence the bacterial composition of chilled lamb in the overseas marketplace, the meat producer can only exert significant control over: Hygiene, ensuring the bacterial viable count on the meat prior to packaging is as low as possible, and comprised of as few species as possible that are capable of anaerobic growth at chilled meat temperatures. Maintaining the pH of the meat within acceptable limits, by careful animal selection and minimal pre-slaughter stress. Refrigeration temperatures, through rigorous maintenance of the cold-chain. The type of preservative packaging used, which is often limited by regulation in the marketplace. Initial work established that the bacterial microbiota present on the meat contact surfaces in the butchering facilities at some premises, in particular conveyor belting, was excessive and comprised of species that contributed to the high counts on the meat reported above. As a means of improving the hygiene of this process, this study investigated the hypothesis that some species of bacteria were able to form biofilms on the conveyor belt contact surfaces, becoming reservoirs for cross-contamination. This hypothesis was not been proven by this work; the results showing that biofilms were not present and that adequate hygiene of these surfaces instead depends on the ability to remove all meat-based residues from them at the completion of each day's processing. For premises operating interlocking belts from one manufacturer (Intraloxreg), a clean-in-place system is now available that is able to achieve this. Premises operating conventional disinfectant and water sanitisation of either continuous or interlocking belts must ensure that meat residue is completely removed before disinfection. The majority of New Zealand meat industry premises can now demonstrate that their hygienic processes in this area are under control. The microbiota of conveyor belting in this study was found to consist of bacteria from five taxonomic groups; the Flavobacteriaceae, the Actinomycetales, the Bacillus/Clostridium group, and the alpha and gamma branches of the Proteobacteria. The genera present on belts from premises whose hygiene was found to be in control did not contain species known to cause food-borne disease or spoilage of vacuum packaged meats. The bacterial viable count remains the most effective method available at this time for monitoring conveyor belt hygiene. Attempts to develop a monitoring system based on microscopy of an in-situ sampling device were unsuccessful due to an inability to penetrate the meat residue matrix. Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE) may offer an alternative for rapid investigation of diversity, but further work is required before this can be validated for routine use.
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MUNDELL, J. NICOLE. "PHYLOGENETIC ANALYSIS OF KENTUCKY STRAINS OF XYLELLA FASTIDIOSA." UKnowledge, 2005. http://uknowledge.uky.edu/gradschool_theses/406.
Full textAbstract:
Phytopathogenic bacterium, Xylella fastidiosa, causes a number of economically important diseases, including Pierces disease (PD) of grape and bacterial leaf scorch (BLS) of a number of landscape trees. In Kentucky (KY), BLS affects a number of shade trees including many oak and maple species. In 2001, PD was diagnosed in grapevines in western KY. Xylella fastidiosa is also detected in many asymptomatic landscape plants and grasses. It was the goal of this research to identify hosts of X. fastidiosa around KY and use phylogenetic analysis to compare sequences of the 16S rDNA and gyrase B (gyrB) genes between samples. This research tests the hypothesis that sequence comparison can identify asymptomatic hosts and vectors that serve as a source of inoculum for pathogenic strains of X. fastidiosa. Plant collections were done in urban areas of KY between 2002 and 2004 and samples were tested for the presence of X. fastidiosa by ELISA and PCR. A number of symptomatic and asymptomatic plants were found to be hosts. Primer sets specifically developed for X. fastidiosa were used to amplify part of the 16S rDNA and the gyrB gene from DNA extracted directly from plant tissue. Sequence data from these specifically amplified products were assembled using Phrap, aligned with ClustalW, then phylogenetic analysis was done with Paup 4.0b10 beta. Comparisons with strains outside of Kentucky were also done using X. fastidiosa sequence obtained from NCBI. Maximum parsimony (MP) trees from the 16S rDNA showed a clade of sequence from oak and grass samples that is an outgroup to sequence from NCBI and other samples in this study. According to BLAST, sequences in this outgroup clade seem to be more closely related to the genera Xanthomonas or Stenotrophomonas than Xylella. However, the gyrB gene MP tree showed sequence from three of the samples that were part of this outgroup clade as being closely related to those X. fastidiosa sequences that are part of the ingroup of both 16S rDNA and gyrB trees. The topology difference between the 16S rDNA and gyrB trees suggest there may have been recombination in the genomic region containing one of these genes.
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Marais, Laurette Marlize. "Characterization of bacteria isolated from a platinum mine tailings dam / Laurette Marais." Thesis, North-West University, 2012. http://hdl.handle.net/10394/8721.
Full textAbstract:
Contamination from various sources has a huge impact on soil health and microbial community composition. Metal contamination of soil in mining scenarios is of concern and is not adequately addressed, particularly with respect to the microbial community. The mining industry is one of the largest contributors to heavy metal contamination of soil in South Africa, especially since the country is one of the major mining countries in the world. Platinum mining is of special importance, since the largest percentage of the world’s reserves of platinum group metals are found and mined in South Africa. Metals from mining activities become irreversibly immobilized in soil systems because they cannot be degraded and has a huge impact on soil systems. In this study, bacteria was isolated from soil samples collected from a platinum mine tailings dam outside Rustenburg. During the warm sampling season (March 2006) most isolates were found, especially in sites 3 and 4. During the colder and drier season (May 2006) there were less isolates. Most of the isolated cultures also displayed a wide temperature growth range, mostly between 24°C - 37°C. Paenibacillus lautus and Bacillus subtilus DN-10 had a growth range between 5°C - 40°C. Culturable metal tolerant bacteria were isolated, purified and identified using 16S rDNA sequences. Nine different species were found namely Paenibacillus lautus strain DS19, Paenibacillus lautus, Paenibacillus sp. C15, uncultured Paenibacillaceae, Bacillus subtilis strain DN-10, Bacillus sp. KDNB5, Bacillus cereus, Stenotrophomonas maltophilia and Alcaligenes sp. DJWH 146-2. The ability of these strains to tolerate metal concentrations were explored by determining their minimum inhibitory concentrations for a selection of metals e.g. aluminum, barium, cobalt, chromium, cadmium, copper, iron, lead, manganese, nickel and mercury. Most isolates were able to tolerate >5mM of the Al\Ni alloy and cobalt. Transmission electron microscopy was used to determine the location of metals inside bacterial cells and electron dispersive X-ray analysis was used to determine the levels of metals inside microbial cells. Bacillus subtilis DN-10 (LDK0306) showed a high MIC (>5mM) for most metals used, except Hg. This strain also had a high percentage (10.26%) of Pb detected in its cells by EDX. This was the highest percentage detected. Plasmids were extracted from the identified strains and can help gain a better understanding of metal tolerance mechanisms used by these isolates.Thesis(MSc (Environmental Sciences))--North-West University, Potchefstroom Campus, 2013
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Zimmermann, Bianca Laís. "Aspectos da relação simbiótica entre as bactérias Wolbachia (Alphaproteobacteria, Rickettsiales) e os isópodos terrestres (Crustacea, Oniscidea)." reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS, 2010. http://hdl.handle.net/10183/28424.
Full textAbstract:
Wolbachia é uma alfaproteobactéria que apresenta simbiose com uma variedade de artrópodos e nematoides, estando entre os mais abundantes gêneros de bactérias intracelulares já descobertos. Na região Neotropical, os estudos sobre tais bactérias e seus hospedeiros, em especial isópodos terrestres, ainda são incipientes. O presente trabalho teve como objetivos: investigar as espécies de isópodos terrestres neotropicais infectados por Wolbachia; analisar a prevalência de infecção, variação genética e relações filogenéticas das linhagens presentes nessas espécies; investigar a simbiose de Wolbachia em nematoides parasitos de tatuzinhos-de-jardim e inferir sobre as possíveis rotas de transmissão horizontal da bactéria entre os isópodos terrestres e os invertebrados que possuam associações ecológicas com os mesmos. A detecção da bactéria foi realizada através de PCRs diagnósticas, utilizando-se o gene 16S rDNA. A infecção pelo simbionte foi registrada pela primeira vez em Atlantoscia floridana e Burmoniscus meeusei. As linhagens de Wolbachia que infectam as espécies nativas de isópodos terrestres, ao contrário das introduzidas, são muito diversas e não se agrupam dentro do Oniclado. Já as sequências presentes em B. meeusei não são relacionadas a nenhuma outra linhagem presente em crustáceos, e nem mesmo fazem parte de qualquer supergrupo conhecido de Wolbachia. Pela primeira vez foi evidenciada a presença da bactéria em um nematoide da família Mermithidae, Agamermis sp., endoparasito do tatu-bola Armadillidium vulgare. Uma vez que as sequências do parasito e do hospedeiro são idênticas, é possível que um evento de transmissão horizontal tenha ocorrido entre ambos. Por fim, a presença de Wolbachia foi examinada em espécies que possuiam relações ecológicas com os isópodos terrestres (predadores, parasitos, foréticos e animais que vivem sob as mesmas condições ecológicas). Entre as espécies associadas, a infecção foi registrada apenas no nematoide parasito e nos ácaros foréticos. Enquanto as linhagens do isópodo hospedeiro e do nematoide se mostraram muito similares, àquelas dos ácaros foréticos não apresentaram relação filogenética com as de seus forontes Balloniscus glaber. Interessantemente, as sequências presentes nos ácaros são proximamente relacionadas com aquelas de B. meeusei, embora mais estudos sejam necessários para esclarecer tal achado.Wolbachia is a genus of alfaproteobacteria whose members live in symbiosis with a variety of arthropods and nematodes. It is among the richest genera of intracellular bacteria discovered to date. In the Neotropical region, studies on these bacteria and their hosts, especially terrestrial isopods, are still in the initial stages. The objectives of the present study were: to investigate the species of Neotropical terrestrial isopods infected by Wolbachia; to analyze the prevalence of infection, genetic variation, and phylogenetic relationships of the lineages present in these isopod species; to investigate the symbiosis of Wolbachia in parasitic nematodes of pillbugs; and to provide information to support inferences about the possible routes of horizontal transmission of the bacteria between the terrestrial isopods and the invertebrates that are ecologically associated with them. The bacteria were detected by means of diagnostic PCR’s, using the 16S rDNA gene. Infection by this symbiont was recorded for the first time in Atlantoscia floridana and Burmoniscus meeusei. The lineages of Wolbachia that infect the native species of terrestrial isopods, in contrast to the introduced species, are very diverse and do not group within the Oniclade. The sequences present in B. meeusei are not related to any other lineage present in crustaceans, nor to any other known supergroup of Wolbachia. This study is the first to demonstrate the presence of these bacteria in a nematode of the family Mermithidae, Agamermis sp., an endoparasite of Armadillidium vulgare. Since the sequences from the parasite and the host are identical, it is possible that a horizontal transmission event occurred between the two. Finally, the presence of Wolbachia was examined in species that are ecologically associated with terrestrial isopods (predators, parasites, phoretic species, and animals that live under the same ecological conditions). Among the associated species, the infection was recorded only in the parasitic nematode and in the phoretic mites. Whereas the lineages of the isopod host and of the nematode proved to be very similar, those of the phoretic mites showed no phylogenetic relationship with those of their phoront Balloniscus glaber. Interestingly, the sequences present in the mites are closely related to those of B. meeusei, although further studies are necessary to clarify this finding.
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Scuderi, Maria Cristina. "Identificazione molecolare di lattobacilli umani ed epidemiologia delle resistenze." Thesis, Universita' degli Studi di Catania, 2011. http://hdl.handle.net/10761/306.
Full textAbstract:
Quarantacinque ceppi di lattobacilli umani sono stati identificati mediante tecniche molecolari (16S rDNA PCR-RFLP; multiplex PCR 16S-ITS-23S rDNA e regione fiancheggiante la 23S rDNA, multiplex PCR sul gene tuf). Le attivita' in vitro verso differenti classi antibiotiche (beta-lattamici, macrolidi, lincosammidi, fluorochinoloni, glicopeptidi e aminoglicosidi) sono state determinate mediante test di microdiluizione in terreno liquido e diffusione in terreno solido. E' stato effettuato lo studio genotipico della resistenza ai chinoloni mediante amplificazione e sequenziamento delle QRDR (Quinolone Resistance Determining Region) dei geni gyrA e parC, codificanti rispettivamente la DNA girasi e la topoisomerasi IV.45 Lactobacillus strains isolated from human were identified by molecular tecniques (16S rDNA PCR-RFLP; multiplex PCR 16S-ITS-23S rDNA and its flancking region; multiplex PCR tuf gene ). In vitro activities were tested by broth microdiluition and agar diffusion against different antimicrobial classes (beta-lactams, macrolides, lincosamides, fluoroquinolones, glycopeptides and aminoglycosides).Genotypic study was performed to investigate quinolone resitance by PCR and sequencing QRDR (Quinolone Resistance Determining Region) of gyrA and parC genes.
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Oliveira, Marcelo Nagem Valério de. "Archaea como componentes da microbiota endofítica de frutos do cafeeiro." Universidade Federal de Viçosa, 2009. http://locus.ufv.br/handle/123456789/5316.
Full textAbstract:
Made available in DSpace on 2015-03-26T13:51:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1
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Previous issue date: 2009-07-13Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico
This is the first study of genetic diversity of the Archaea community associated to coffee fruits (Coffea arabica L.). It was performed in cherry coffee fruits of cultivars Bourbon Amarelo, Bourbon Vermelho, Catuaí Amarelo, Catuaí Vermelho and Catucaí Vermelho in different altitudes. The archaeal diversity during natural drying of depulped grains in cement covered yard was also studied. The addition of proteases during the coffee fruits metagenomic DNA extraction cell lysis step provided better recovery of DNA from Archaea. Comparing different hypervariable regions of 16S rDNA by DGGE (Denaturing Gradiente Gel Electrophoresis), the highest diversity resolution was obtained with the V3 region, for the cultivar Catucaí Vermelho at an altitude of 936m. The Archaea endophytic community analysis in four C. arabica cultivars revealed varied genotypic profiles among the samples. Three samples that showed distinct DGGE profiles were chosen for 16S rDNAs libraries construction. Sequencing of 63 clones revealed 12 OTUs and the prevalence of sequences related to Euryarchaeota phylum, mainly the halophylic genera Halobacterium, Halococcus, and Haloferax. Sequences with high identity with Methanobrevibacter, with the thermophilic Thermoplasma, and sequences related to uncultivated Archaea from marine environment were also found in the Euryarchaeota phylum. Of the four sequences belonging to the Crenarchaeota phylum, three phylogenetically clustered with uncultivated archaea from soil, and one with sequences from a marine environment. Rarefaction curve analysis and the estimated Coberture pointed out that the libraries constructed were large enough to cover the most of Archaea diversity in cherry coffee. The archaeal diversity study during natural drying revealed higher increase in OTUs number beginning at the seventh day up to the last day. Cluster analysis of DGGE fingerprints distinguished the population of the first days of drying from those in the last ones. The absence of physiological studies of uncultivable Archaea, especially in mesophilic environments, limits the knowledge of metabolism of these microorganisms and the determination of endophytes role in coffee fruits. Although, metagenomic studies of microbial community associated to coffee fruits will help to identify archaeal genes and establish relations among the presence of certain microorganisms and precursors of those compounds that make up the aroma and the flavor in the final quality of the beverage.
Este é o primeiro estudo de diversidade genética da comunidade de Archaea associada a frutos de café (Coffea arabica L.). Ele foi realizado em amostras de frutos no estádio cereja das cultivares Bourbon Amarelo, Bourbon Vermelho, Catuaí Amarelo, Catuaí Vermelho e Catucaí Vermelho, em diferentes altitudes. A diversidade de arqueas presentes durante a secagem natural de grãos despolpados em terreiro revestido com cimento também foi estudada. A adição de proteases durante a etapa de lise celular para extração de DNA metagenômico de frutos de café propiciou melhor recuperação de DNA de Archaea. A maior resolução da diversidade na comparação de diferentes regiões hipervariáveis do rDNA 16S por DGGE foi obtida quando se utilizou a região V3 para a amostra da cultivar Catucaí Vermelho em altitude de 936m. A análise da comunidade endofítica de Archaea em quatro cultivares de C. arabica revelou um variado perfil genotípico entre as amostras. Três amostras que apresentaram perfis de DGGE distintos entre si foram escolhidas para construção de bibliotecas de rDNAs 16S. O sequenciamento de 63 clones revelou a existência de 12 UTOs e a prevalência de sequências relacionadas ao filo Euryarchaeota, principalmente de arqueas halofílicas dos gêneros Halobacterium, Halococcus e Haloferax. Ainda no filo Euryachaeota, foram identificadas sequências com alta identidade com Methanobrevibacter, com a hipertermófila Thermoplasma e com sequências relacionadas à arqueas não cultiváveis de ambiente marinho. Das quatro sequências pertencentes ao filo Crenarchaeota, três agruparam filogeneticamente com sequências de arqueas não cultiváveis do solo, e uma com sequências de ambiente marinho. A análise das curvas de rarefação e o cálculo das coberturasmostraram que as bibliotecas construídas foram grandes o suficiente para cobrir a maior parte da diversidade de Archaea presentes em frutos de café cereja. No estudo da diversidade de Archaea durante a seca natural observou-se um aumento do número de UTOs a partir do sétimo dia,permanecendo até o último dia do processo. A análise de agrupamento dos perfis distinguiu as populações presentes nos dias finais de secagem. A ausência de estudos fisiológicos de arqueas não cultiváveis, especialmente de ambientes mesófilos, limita o conhecimento do metabolismo destes micro-organismos e a determinação do papel das endofíticas dos frutos de café. Contudo, estudos metagenômicos da comunidade microbiana associada a frutos de café ajudarão a identificar genes de Archaea e a estabelecer relações entre a presença de determinados micro- organismos e de compostos precursores daqueles que compõe o aroma e sabor na qualidade final da bebida.