Thematische Bibliographien / Viruses of microbes

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Auswahl der wissenschaftlichen Literatur zum Thema „Viruses of microbes“

Autor: Grafiati

Veröffentlicht am 21. Dezember 2024

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Zeitschriftenartikel zum Thema "Viruses of microbes"

Debarbieux, Laurent, Matthias Fischer und Tessa Quax. „Viruses of Microbes“. Viruses 9, Nr. 9 (20.09.2017): 263. http://dx.doi.org/10.3390/v9090263.

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Quax, Tessa E. F., Marianne De Paepe und Karin Holmfeldt. „Viruses of Microbes 2020: The Latest Conquest on Viruses of Microbes“. Viruses 13, Nr. 5 (30.04.2021): 802. http://dx.doi.org/10.3390/v13050802.

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Engevik, Kristen A., und Melinda A. Engevik. „Partners in Infectious Disease: When Microbes Facilitate Enteric Viral Infections“. Gastroenterology Insights 12, Nr. 1 (01.02.2021): 41–55. http://dx.doi.org/10.3390/gastroent12010005.

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The lumen of the gastrointestinal tract harbors a diverse community of microbes, fungi, archaea, and viruses. In addition to occupying the same enteric niche, recent evidence suggests that microbes and viruses can act synergistically and, in some cases, promote disease. In this review, we focus on the disease-promoting interactions of the gut microbiota and rotavirus, norovirus, poliovirus, reovirus, and astrovirus. Microbes and microbial compounds can directly interact with viruses, promote viral fitness, alter the glycan structure of viral adhesion sites, and influence the immune system, among other mechanisms. These interactions can directly and indirectly affect viral infection. By focusing on microbe–virus interplay, we hope to identify potential strategies for targeting offending microbes and minimizing viral infection.

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Simmons, Alison. „Genes, viruses and microbes“. Nature 466, Nr. 7307 (August 2010): 699–700. http://dx.doi.org/10.1038/466699a.

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Roossinck, Marilyn J. „Even viruses can be beneficial microbes“. Microbiology Australia 33, Nr. 3 (2012): 111. http://dx.doi.org/10.1071/ma12111.

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Although viruses are almost always thought of as pathogens, most viruses probably do not cause disease, and some provide essential benefits to their hosts. Beneficial viruses are found in a wide variety of hosts including bacteria, insects, plants, fungi and other microbial eukaryotes, and humans and other animals. Beneficial viruses can confer tolerance to stress such as heat, cold and drought; they can prevent or attenuate infection by pathogenic microbes; they can act as bioweapons to allow their hosts access to new territory; and they have been critical in the evolution of their hosts. In spite of their bad reputation, viruses could be used to benefit humans and their food sources in novel ways.

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Rowe, Raymond C. „Microbes, viruses and verse – microbial musings“. Drug Discovery Today 7, Nr. 20 (Oktober 2002): 1032–33. http://dx.doi.org/10.1016/s1359-6446(02)02466-2.

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Kim, Tae-Dong, und Hajime Unno. „The roles of microbes in the removal and inactivation of viruses in a biological wastewater treatment system“. Water Science and Technology 33, Nr. 10-11 (01.05.1996): 243–50. http://dx.doi.org/10.2166/wst.1996.0681.

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The objective of this research is to clarify the mechanism for virus removal in an activated sludge process. The roles of microbes, i.e. bacteria, protozoa and metazoa, which form activated sludge were investigated using poliovirus as a model virus. In a bacteria cultures, the virus concentration decreased in the first one hour after which no further decrease was observed. This phenomenon is explained by the interaction of bacterial floc and virus where virus was removed by reversible adsorption. On the other hand, in the mixed culture of bacteria and protozoa, or of bacteria and metazoa, the virus removal process was observed to proceed in two first-order processes. In the first stage, virus was removed from the liquid phase by adsorption onto the floc, whereas in the second stage, virus is removed by predation of the other microbes, i.e. protozoa or metazoa. Moreover, the floc-forming ability and the feeding manner of the microbes strongly affected the virus removal. Especially, a filter feeder microbe was more effective in virus removal than a detritus feeder microbe. Among the microbes used in the experiments, P. erythrophthalma which had a large mouth and a strong filter-feeding ability as well as a high floc-forming ability showed the most efficient virus removal.

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Dominguez-Huerta, Guillermo, Ahmed A. Zayed, James M. Wainaina, Jiarong Guo, Funing Tian, Akbar Adjie Pratama, Benjamin Bolduc et al. „Diversity and ecological footprint of Global Ocean RNA viruses“. Science 376, Nr. 6598 (10.06.2022): 1202–8. http://dx.doi.org/10.1126/science.abn6358.

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DNA viruses are increasingly recognized as influencing marine microbes and microbe-mediated biogeochemical cycling. However, little is known about global marine RNA virus diversity, ecology, and ecosystem roles. In this study, we uncover patterns and predictors of marine RNA virus community- and “species”-level diversity and contextualize their ecological impacts from pole to pole. Our analyses revealed four ecological zones, latitudinal and depth diversity patterns, and environmental correlates for RNA viruses. Our findings only partially parallel those of cosampled plankton and show unexpectedly high polar ecological interactions. The influence of RNA viruses on ecosystems appears to be large, as predicted hosts are ecologically important. Moreover, the occurrence of auxiliary metabolic genes indicates that RNA viruses cause reprogramming of diverse host metabolisms, including photosynthesis and carbon cycling, and that RNA virus abundances predict ocean carbon export.

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Carrillo Farga, Ana María. „Ideas: The microbes and viruses that made history“. UNESCO Courier 2020, Nr. 3 (31.07.2020): 46–47. http://dx.doi.org/10.18356/32d09142-en.

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Toussaint, Ariane, David Prangishvili und Ian J. Molineux. „Introduction to special issue on viruses and microbes“. Virology 434, Nr. 2 (Dezember 2012): 137. http://dx.doi.org/10.1016/j.virol.2012.11.006.

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Mehr Quellen

Dissertationen zum Thema "Viruses of microbes"

Coves, Marion. „Les dynamiques hôte-virus dans les digesteurs anaérobies sous l'effet d'un stress abiotique“. Electronic Thesis or Diss., université Paris-Saclay, 2024. http://www.theses.fr/2024UPASB040.

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Les virus des microbes sont des acteurs majeurs dans divers écosystèmes, affectant la structuration et la dynamique des communautés microbiennes. Cependant, ils restent peu explorés dans le domaine de la digestion anaérobie (DA). Les écosystèmes de ces processus sont très sensibles aux perturbations, entraînant inhibition et diminution de la production de méthane. Cette thèse aborde l'interaction entre des perturbations abiotiques, la composition des communautés microbienne et virale et la performance du procédé.La dynamique des populations virales a été étudiée dans des digesteurs anaérobies, grâce au séquençage ‘shotgun' du métavirome. L'objectif était d'évaluer si la production de virus tempérés peut être déclenchée par des stress abiotiques connus pour inhiber la DA, via l'induction de provirus. Un second objectif était de déchiffrer de nouvelles paires virus-hôtes, grâce à des approches bioinformatiques. Nous avons constaté que les diversités des procaryotes et des virus étaient élevées, l'ordre Clostridiales dominant la communauté procaryote et la classe Caudoviricetes dominant la communauté virale. De nombreux virus et hôtes ont été identifiés comme étant différentiellement abondants dans des conditions perturbatrices, avec une bonne cohérence entre les dynamiques des hôtes et celles des virus. Nos résultats n'ont montré aucun impact significatif de ces stress abiotiques sur l'induction de prophage, ce qui indique que les virus pourraient avoir eu des effets modérés et sans rupture au fil du temps, plutôt que des effets massifs et soudains.Par ailleurs, cette étude étend les connaissances sur la DA et confirme l'importante diversité et la nouveauté des virus de la DA. Le génome d'un nouveau virus en forme de fuseau a été annoté manuellement avec d'autres génomes viraux. Cela pourrait conduire à l'établissement d'une nouvelle famille de virus d'archées méthanogènes
Viruses of microbes are major players in various ecosystems, influencing the structure and dynamics of microbial communities. Despite this, their presence and impact in anaerobic digestion (AD) processes remain underexplored. AD ecosystems are highly sensitive to disturbances, which can lead to inhibition and reduced methane production. In this PhD work, I investigated the interplay between abiotic disturbance, microbial community composition - including viromes - and AD process performance. I monitored viral population dynamics in anaerobic digesters using metavirome shotgun sequencing. One objective was to determine whether abiotic stresses known to inhibit AD can trigger the production of temperate viruses through provirus induction. Another aim was to identify novel virus-host pairs by employing bioinformatics approaches. The results revealed high diversity among both prokaryotes and viruses, with Clostridiales dominating the prokaryotic community and Caudoviricetes prevailing in the microbial viruses. Numerous viruses and hosts showed differential abundance under disturbing conditions, with a strong concordance between host and virus dynamics. Contrary to expectations, abiotic stresses did not significantly induce prophages, suggesting that viruses may exert a more gradual influence over time rather than causing abrupt “time bomb” effects. Additionally, this study expands the knowledge on AD, highlighting the significant diversity and novelty of AD viruses. I identified new virus-host pairs and annotated manually the genome of a novel spindle-shaped virus, along with other viral genomes. This may lead to the creation of a new family of viruses infecting methanogenic archaea

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Zayed, Ahmed Abdelfattah. „Microbe-Environment Interactions in Arctic and Subarctic Systems“. The Ohio State University, 2019. http://rave.ohiolink.edu/etdc/view?acc_num=osu1562494472055278.

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Baurès, Isabelle. „Caractérisation moléculaire de l’éliciteur et analyse des partenaires requis pour la résistance à des virus contrôlée par le gène Rx de pomme de terre chez les plantes cultivées“. Thesis, Evry-Val d'Essonne, 2008. http://www.theses.fr/2008EVRY0001.

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Le gène de résistance (Rx) au virus X de la pomme de terre (PVX) code pour une molécule réceptrice qui interagit avec la protéine de capside (CP) du PVX conférant ainsi une résistance à la plante. Les mécanismes de résistance sont encore peu compris. Dans ce projet, nous nous intéressons à la caractérisation de cette interaction. Le premier objectif est de caractériser l’élicitation par la CP. Nous avons d’abord mutagénéisé deux acides aminés clés de la CP du PVX et montré que le niveau de la réponse par Rx est dépendant de l’affinité de l’éliciteur avec le récepteur. Nous montrons également que les CP de virus proches du PVX, présentant des variations naturelles de séquences, sont capables d’induire une résistance par Rx. Le second objectif est d’identifier les partenaires de cette résistance. Une collection de mutants EMS de tomates portant le gène Rx a été générée. Trois plantes présentant un défaut de résistance vis-à-vis du PVX ont été isolées et sont en cours de caractérisation
In potato, the resistance gene (Rx) encodes a protein that confers resistance against Potato virus X (PVX). The trigger of the resistance is the recognition of PVX coat protein (CP). The mechanisms of this resistance are not well understood. In this project we investigate two different aspects of this interaction. The first goal of this project is to characterize the CP elicitor. In the first approach we mutagenized key amino acids in the PVX CP and showed that the affinity between elicitor and receptor modulates the intensity of the Rx response. In the second approach we showed that other viruses related to PVX with natural sequence variations in the CP are able to induce Rx mediated resistance. The second goal of this project is to identify genes required for Rx mediated resistance a collection of EMS mutants tomato (cv Micro-Tom) carrying the Rx gene has been generated and screened for restored susceptibility to PVX. Three mutants were identified and characterized

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Mougari, Saïd. „Les virophages et leurs virus géants“. Thesis, Aix-Marseille, 2019. http://theses.univ-amu.fr.lama.univ-amu.fr/191122_MOUGARI_242gmgihl385pqg850mu249uauon_TH.pdf.

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Les virophages sont des virus satellites-like qui dépendent de la co-infection de leur cellule hôte avec un virus géant pour se multiplier. Ils sont actuellement classés dans la famille des Lavidaviridae. Dans la première partie de cette thèse, toutes les données actuelles concernant la découverte, l’isolement et la diversité, le cycle de réplication, l’origine, l’implication dans différents systèmes de défense viraux et cellulaires, ainsi que la classification et la définition des virophages, ont été regroupées dans une revue de littérature scientifique. La deuxième partie de cette thèse a contribué à l’expansion de la famille des virophages grâce à l’isolement de deux nouveaux membres de cette famille. La troisième partie de ce travail se focalise sur les interactions entre les virophages d’un côté et leurs virus géants et cellules hôtes de l’autre côté. Dans un premier projet, nous avons développé un protocole de manipulation génétique des virus géants afin d’étudier le système de défense MIMIVIRE qui protège les mimivirus du groupe « A » contre le virophage Zamilon. Les travaux réalisés dans ce projet confirment le rôle crucial de la séquence MIMIVIRE dans le mécanisme d’interférence et mettent le point sur l’importance fonctionnelle de l’intégrité structurelle de cette séquence dans la résistance aux virophages. Dans un autre projet, nous avons décrit pour la première fois un phénomène d’expansion de la gamme d’hôte chez un virophage, ainsi que le mécanisme génétique impliqué dans ce phénomène. Nos résultats soulignent un impact écologique potentiel de cette adaptation en démontrant une capacité du virophage à induire l’extinction de son nouveau virus géant hôte
Virophages are satellite-like viruses that require the presence of a giant virus co-infecting their host cell to replicate. They are currently classified in the family Lavidaviridae. In the first section of this thesis work, we presented in the form of a review, an update of all the knowledge regarding virophage discovery, isolation and diversity, replication cycle, origin, involvement in viral and cellular host-defense systems, as well as their classification and definition. The second section of this thesis contributes to the expansion of the virophage family by isolating and characterizing two new members. The third section of this thesis focuses on the study of interactions between virophages with their giant viruses and host cells. First, we have developed a protocol for genetic manipulation of giant viruses to study the MIMIVIRE system that protects mimiviruses belonging to lineage « A » from Zamilon virophage. The results presented in this part confirm the crucial role of MIMIVIRE in the interference mechanism. We additionally highlighted the functional role of the structural integrity of the MIMIVIRE sequence in the process of resistance to Zamilon. Second, we described for the first time, a host range expansion in a virophage. We were also able to identify the genetic component involved in this mechanism. Moreover, the results presented in this study highlight a potential ecological impact of this host adaptation by demonstrating a capacity of the mutant virophage to cause the extinction of its giant virus host

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Van, Munster Manuela. „Caractérisation biologique et moléculaire de virus infectant les pucerons et évaluation de leur potentiel comme biopesticides“. Montpellier 2, 2002. http://www.theses.fr/2002MON20160.

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Mocaër, Pierre-Yves. „From gene to ecosystem : an integrative study of polysaccharide depolymerases bound to marine viruses“. Thesis, Sorbonne université, 2019. http://www.theses.fr/2019SORUS553.

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Les virus constituent une force motrice pour le fonctionnement des écosystèmes marins. En tuant leur hôte par lyse cellulaire, ils influencent la diversité microbienne et les cycles biogéochimiques globaux. Dans cette étude, je me suis intéressé à l’implication des polysaccharide dépolymérases (ou EPS dépolymérases) associées aux virus de bactéries (phages) dans la régulation des activités virales et leurs conséquences sur la biogéochimie océanique. Ces enzymes confèrent aux phages la faculté de dégrader les exopolysaccharides (EPS) excrétés par leurs hôtes avant d’atteindre leurs récepteurs membranaires. Nous avons étudié de façon intégrative, du gène à l’écosystème, les EPS dépolymérases associées à 2 phages modèles (Podoviridae). Une combinaison d’approches a révélé que les gènes codant pour ces activités sont génétiquement éloignés des séquences connues. Une étude approfondie de l’une de ces enzymes (Dpo31, associée au phage de Cobetia marina) suggère son appartenance aux glycoside hydrolases et révèle une architecture moléculaire nouvelle. De plus, une expérience en microcosme a montré que les dépolymérases virales réduisent la biodisponibilité des EPS et participent à la production de matière réfractaire dans le milieu naturel. Compte tenu de la prédominance des virus dans l’océan, ce processus jusqu'ici négligé pourrait avoir des implications biogéochimiques importantes
Viruses represent a driving force for the functioning and evolution of marine ecosystems. Through the lysis of their hosts, viruses profoundly influence the diversity and biogeochemistry of the ocean. In this study, I investigated the implications of polysaccharide depolymerases (or EPS depolymerases) associated to bacterial viruses (phages) in the regulation of viral activities and their consequences on ocean biogeochemistry. They confer to phages the ability to degrade the exopolysaccharides (EPS) excreted by their hosts in order to access their membrane receptors. Here, we studied integratively, from gene to ecosystem, the EPS depolymerases associated to 2 model phages (Podoviridae). A combination of approaches revealed that the genes encoding these activities are genetically distant from known sequences. An in-depth study showed that the enzyme Dpo31 (associated to Cobetia marina phage) is a glycoside hydrolases and revealed a novel molecular architecture. In the ocean, bacterial EPS constitute a significant pool of dissolved organic carbon. A microcosm experiment showed that viral depolymerases reduce the bioavailability of EPS and contribute to the production of refractory matter in the natural environment. Considering the predominance of viruses in the sea, this, so far, neglected process could have important implications for the functioning of the ocean

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Ory, Pascaline. „Interactions entre les virus, les flagellés et les bactéries au sein du réseau microbien planctonique du bassin de Marennes-Oléron“. Thesis, La Rochelle, 2010. http://www.theses.fr/2010LAROS294.

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L’importance des compartiments microbiens dans le fonctionnement trophique et biogéochimique des écosystèmes marins a amené à nous poser les objectifs suivants : caractérisation des virus, des bactéries et des flagellés et de leurs interactions dans le bassin de Marennes Oléron. Différentes approches ont été suivies : 1) une approche in situ avec des suivis mensuels (2006 et 2007) a permis de caractériser les dynamiques des compartiments microbiens et situer leur place dans le fonctionnement général du bassin en comparaison avec celui d’Arcachon. La succession des modes de fonctionnement trophique suggère l’importance du réseau microbien dans ces bassins. A Marennes, spatialement homogène, le lien établi entre le bactérioplancton et le virioplancton varie selon une échelle interannuelle et saisonnière modulé par un lien ponctuel entre les virus avec le phytoplancton. 2) une approche in vitro a permis de cibler les processus régissant les dynamiques des virus, des flagellés et de bactéries ainsi que leurs interactions. Les impacts de la bactériolyse virale et de la bactérivorie ont été étudiés suivant différents facteurs de variabilité : périodes trophiques, pression de prédation et influence d’apports benthiques. De manière générale, la composition des communautés bactériennes, par la sensibilité de certains groupes, est influencée par la lyse virale et la bactérivorie. La production bactérienne, elle, varie suivant le mode trophique, stimulée en période de type herbivore par la présence des flagellés alors qu’en période de multivorie ils entrainent une perte d’au moins 16% de la production quotidienne. Enfin, la remise en suspension du biofilm benthique lors d’une phase de marée tend à stimuler l’activité globale de la boucle microbienne
Planktonic microbial compartments are important in the trophic and biogeochemical functioning of marine ecosystems. This assessment brought us to place these objectives: characterization of virus, bacteria and flagellate compartments and their interactions in Marennes-Oléron Bay (France). Two different approaches have been followed: 1) In situ annual surveys were performed in 2006 and 2007 in order to characterize microbial compartments dynamics and to place them within the bay functioning, compared to Arcachon Bay. The succession of trophic models implied the importance of the microbial food web in both bays. In Marennes Oléron Bay, spatially homogeneous, large inter annual and inter seasonal variations are observed considering the strength of the common link between virioplankton and bacterioplankton. These variations are related to the occurrence of an occasional interaction of phytoplankton. 2) In vitro experiments allow to focus on the processes controlling the dynamics of viruses, flagellates and bacteria and their interactions. The impacts of viral bacteriolysis and flagellate bacterivory are assessed considering environmental variability factors: trophic models, predation pressure and influence of benthic contribution. The bacterial community composition is always influenced by viral lysis and bacterivory due to the sensitivity of bacterial groups. However, bacterial cellular production evolves differently with a stimulation by flagellates during herbivorous food web while bacterivory induces daily production loss of 16% during multivorous food web. Finally, the resuspension of benthic organic components during tide phase tends to increase the microbial loop activity

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Declercq, Marion. „Host RNA degradation pathways and influenza A virus interplay : identification of a major role of the cellular exonuclease ERI1 in the influenza A virus life cycle“. Thesis, Université de Paris (2019-....), 2019. https://theses.md.univ-paris-diderot.fr/DECLERCQ_Marion_va1.pdf.

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Les mécanismes de dégradation de l'ARN représentent un processus cellulaire central. En effet, ils contrôlent la stabilité et la qualité de l'ARN et, par conséquent, régulent l'expression des gènes. D’une part, la régulation de la stabilité des transcrits est un élément essentiel au maintien de l’homéostasie cellulaire mais aussi à l’établissement d’une réponse cellulaire adaptée en cas d’infection virale. D’autre part, le succès de l’infection virale dépend fortement de la capacité du virus à prendre le contrôle des machineries d’expression géniques cellulaires. De ce fait, les virus doivent interagir avec les machineries cellulaires de dégradation de l’ARN afin de contrôler à la fois, l’expression des gènes cellulaires, et celle des gènes viraux. De nombreuses études rapportent l’existence d’une interface majeure d’interaction entre les machineries eucaryotes de dégradation de l’ARN et les protéines virales. Les virus ont non seulement la capacité d’échapper aux voies cellulaires de dégradation, mais ils peuvent également manipuler ces mécanismes cellulaires de dégradation de l’ARN afin de promouvoir leur propre réplication.Les virus influenza de type A (IAV) sont des agents pathogènes majeurs responsables d'épidémies annuelles et de pandémies occasionnelles. Pour leur cycle de réplication, les IAV dépendent de nombreuses protéines cellulaires et établissent ainsi un vaste et complexe réseau d’interactions avec le protéome cellulaire. Par ailleurs, plusieurs études rapportent l’existence de liens étroits entre les IAV et les machineries de dégradation de l’ARN. Ainsi, identifier les interactions mises en jeu lors du cycle viral participe à une meilleure compréhension du cycle viral, nécessaire au développement de stratégies antivirales. Nous avons recherché des interactions entre les protéines virales impliquées dans la réplication des IAV et un ensemble de 75 protéines cellulaires portant des activités exoribonucléases et/ou associées aux mécanismes de dégradation de l'ARN. Au total, 18 protéines ont été identifiées comme interagissant avec au moins une des protéines virales testées. Par ailleurs, l'analyse du réseau d'interaction a mis en évidence un ciblage spécifique et préférentiel des voies de dégradation de l'ARN par les protéines des IAV. Enfin, parmi les interacteurs validés, un criblage par ARN interférence a identifié neuf facteurs comme étant nécessaires à la multiplication virale.Nous avons choisi de nous concentrer sur l’exoribonucléase 1 (ERI1), identifiée comme interacteur de plusieurs composants des RNPv (RiboNucleoProtéine virale) (PB2, PB1 et NP). ERI1, via ses différents rôles dans l’homéostasie des petits ARN régulateurs, dans la maturation des ARN ribosomiques ou dans la maturation et la dégradation des ARNm histones possède un rôle central dans le contrôle de l’expression génique. En explorant l’interaction entre ERI1 et les protéines virales au cours de l’infection, nous avons mis en évidence que i) ERI1 favorise la transcription virale et que, pour ce faire, ses deux activités - liaison à l’ARN et exonucléase - sont nécessaires, ii) ERI1 interagit avec les protéines virales de manière dépendante de l’ARN, iii) ERI1 interagit avec les RNPv, iv) les protéines virales interagissent avec une forme d'ERI1 associée aux ARNm histones. Ainsi, nos données tendent vers un modèle dans lequel ERI1 associée aux ARNm histones est cooptée par la polymérase virale en transcription, favorisant ainsi la multiplication des IAV par un mécanisme qui reste cependant encore à déterminer. Ainsi, le ciblage de ERI1 par les IAV représente un autre exemple du détournement des machineries de dégradation de l’ARN par les virus, visant à créer un environnement cellulaire favorable à la réplication virale
RNA decay is a central cellular process as it regulates RNA stability and quality and thereby gene expression, which is essential to ensure proper cellular physiology and establishment of adapted responses to viral infection. Global takeover of gene expression machineries and rewiring of the cellular environment is key to the success of viral infection. Cellular proteome and viral replication are tightly connected and cellular RNA processing, stability, quality and decay accordingly influence the fate of the viral cycle. Growing evidence points towards the existence of a large interplay between eukaryotic RNA turnover machineries and viral proteins. Viruses not only evolved mechanisms to evade those RNA degradation pathways, but they also manipulate them to promote viral replication.Influenza A viruses (IAV) are major pathogens responsible for yearly epidemics and occasional pandemics. To complete their viral cycle, IAVs rely on many cellular proteins and establish a complex and highly coordinated interplay with the host proteome. Growing evidence supports the existence of a complex interplay between IAV viral proteins and RNA decay machineries. Unraveling such interplay is therefore essential to gain a better understanding of the IAV life cycle, required for the development of antiviral strategies. This led us to systematically screen interactions between viral proteins involved in IAV replication and a selected set of 75 cellular proteins carrying exoribonucleases activities or associated with RNA decay machineries. A total of 18 proteins were identified as interactors of at least one viral protein tested. Analysis of the interaction network highlighted a specific and preferential targeting of RNA degradation pathways by IAV proteins. Among validated interactors, a targeted RNAi screen identified nine factors as required for viral multiplication. We chose to focus on the 3’-5’ exoribonuclease 1 (ERI1), found in our screen as an interactor of several components of the vRNPs (viral RiboNucleoProtein) (PB2, PB1 and NP). The ERI1 protein is a major player in the control of cellular gene expression as it is essential for the maturation and decay of histone mRNA, maturation of 5.8S rRNA and miRNA homeostasis in mammalian cells. Exploring the interplay between ERI1 and viral proteins during the course of IAV infection we found that i) ERI1 promotes viral transcription, and both of its activities – RNA binding and exonuclease – are required, ii) ERI1 interacts with viral proteins in an RNA dependent manner, iii) ERI1 interacts with the transcribing vRNPs, iv) viral proteins interact with a form of ERI1 that is associated to histone mRNA. Ultimately, our data point to a model where ERI1 associated to histone mRNA is co-opted by the transcribing viral polymerase, thereby promoting IAV multiplication, through a mechanism that remains to be precisely determined. Targeting of ERI1 by IAV is another example further supporting the intricate interplay between IAV and RNA decay machineries, used to rewire cellular gene expression in order to create a favorable environment for viral replication

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Lee, Sungeun. „Virus-host interactions across a soil pH gradient at the community and individual scale“. Thesis, Lyon, 2020. http://www.theses.fr/2020LYSEC020.

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Les virus du sol sont capables d'influencer la structure de la communauté microbienne et le fonctionnement de l'écosystème en affectant l'abondance des cellules hôtes par lyse et par leurs caractéristiques à transférer des gènes entre les hôtes. Bien que notre compréhension sur la diversité et la fonction virales s’améliore, la connaissance des interactions hôte-virus dans le sol reste limitée. Pour mieux comprendre les interactions hôte-virus, un gradient du sol à long terme manipulé par le pH dans lequel la communauté microbienne change à travers, a été étudié. Les principaux objectifs de cette thèse ont consisté à (1) déterminer l'influence de la structure de la communauté microbienne et du pH du soil sur les virus par séquençage d’ADN haut-débit (Chapitre II), (2) déterminer l’infectivité des populations virales à partir de niches de sol co-localisées et non co-localisées avec son hôte grâce à une approche de l’essai de plaque combinée à un séquençage hybride (Chapitre III), (3) identifier les populations virales infectant des groupes fonctionnels microbiens spécifiques du sol, en particulier les méthanotrophes (Chapitre IV) et les nitrifiants (Chapitre V ), à l’aide d’une sonde isotopique stable à l'ADN. Nos premiers résultats ont montré que la structure de la communauté virale change selon le pH du sol, ce qui souligne que la communauté virale est étroitement liée aux populations hôtes. L’analyse de CRISPR systèmes a révélé des interactions virus-hôte dynamiques, avec le nombre et la taille des CRISPR systèmes distincts selon le soil à pH contrasté. L’analyse taxonomique de cette CRISPR systèmes suggère que les virus jouent un rôle essentiel dans la composition et de la fonction de la communauté procaryote du sol. Les processus co-évolutionnaires entre l'hôte (le système de restriction-modification et le CRISPR-Cas système) et les populations virales co-localisées (la mutation d’une séquence espaceur « spacer » et la méthyltransférase codée par le virus) fournissent des preuves de l'adaptation locale et que les interactions virus-hôte jouent un rôle important dans la susceptibilité d'un hôte à l'infection et par conséquent la régulation des populations bactériennes du sol. L'ADN-SIP-métagénomique ciblant des groupes fonctionnels microbiens spécifiques a permis l’analyse des populations hôte-virus individuelles. Le suivi du flux de carbone à travers les populations procaryotes et virales a révélé des interactions actives entre les virus et les hôtes méthanotrophes et nitrifiants, et les préférences de niches de pH du sol. Notre étude a montré une preuve de transfert horizontal de gènes et des gènes métaboliques auxiliaires codés par le virus, indiquant que les virus contribuent de manière significative aux cycles biogéochimiques dans le sol, tels que le carbone (les gènes qui codent pour les familles GH, peptidases et la sous-unité C de méthane monooxygénase particulaire), et l'azote (les gènes qui codent pour la nitrogénase et le cytochrome cd1-nitrite réductase). Dans l’ensemble, ces résultats ont montré que les virus du sol sont des régulateurs importants des communautés microbiennes par la lyse spécifique de l’hôte et des interactions dynamiques virus-hôte
Soil viruses have potential to influence microbial community structure and subsequent ecosystem functioning by directly affecting the abundance of host cells by lysis and through their ability to transfer genes between hosts. Although our understanding of soil viral diversity and functioning has increased, the role of viruses and their interactions with prokaryotes in soil is limited. To gain a better understanding of virus-host interactions in soil, a long-term pH-manipulated soil gradient, which microbial community structure changes across, was investigated. The main objectives of this thesis were to 1) determine the influence of microbial community structure and soil pH on viruses using metagenomics and viromics (Chapter II), 2) determine the infectivity of soil viral populations from co-localized and foreign pH soil niches using a plaque assay approach combined with hybrid metagenomics sequencing (Chapter III) and 3) identify virus populations infecting specific soil microbial functional groups, specifically methanotrophs (Chapter IV) and nitrifiers (Chapter V), using DNA stable isotope probing combined with metagenomic deep sequencing. Viral community structure was found to change with soil pH, demonstrating that viral communities are tightly linked to host populations, but also may have narrow host ranges. Analysis of clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) arrays revealed dynamic virus-host interactions, with the number and size of CRISPR arrays distinct across contrasting pH soil. Profiling of the host-virus linkages between soil pH, suggests that viruses play a critical role in shaping the composition and function of the soil prokaryotic community. Surprisingly, greater infectivity of a host bacterium by virus populations was found when viruses and host bacterium were not co-localized in the same pH soil. Coevolutionary processes between the host and virus populations, such as restriction modification/virus-encoded methyltransferase and CRISPR-Cas system/spacer mutation, provide evidence for local adaptation, and that virus-bacterial host interactions play an integral part in the susceptibility of a host to infection and consequently in the regulation of soil bacterial populations. Targeting specific microbial functional groups via stable isotope probing allowed analysis of individual host-virus populations. Tracking carbon flow through prokaryotic and viral populations revealed active interactions between viruses and methanotroph and nitrifier hosts, and soil pH niche preferences. Evidence of horizontal gene transfer and virus-encoded auxiliary metabolic genes, such as glycoside hydrolase families, peptidases, particulate methane monooxygenase subunit C (pmoC), nitrogenase (nifH) and cytochrome cd1-nitrite reductase, supports that viruses are significant contributors to host functioning and carbon and nitrogen cycling in soil. Overall, this work demonstrated that soil viruses are important regulators of microbial communities through specific host lysis and dynamic virus-host interactions

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Dauthuille, Dominique. „Etude écopathologique de deux baculovirus pathogènes de Spodoptera Frugiperda (J. E. Smith) (lépidoptère : noctuidae) en prairie guyanaise à Digitaria Swazilandensis Stent“. Paris 6, 1986. http://www.theses.fr/1986PA066484.

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Deux baculovirus, une granulose et une polyédrose nucléaire, isolés de S. F. En Guyane française sont décrits. Les deux maladies sont responsables d'enzooties dans les populations du ravageur en prairie à d. S. La valeur maximale de la mortalité larvaire naturelle engendrée par les deux virus, déterminée après échantillonnage et élevage au laboratoire, est de 32%. La cyclicité de la présence sur une même parcelle de la noctuelle et de ses baculovirus est due au mode de conduite des exploitations agricoles. Les taux de mortalité larvaire par granulose et par polyédrose nucléaire sont variables d'une parcelle à une autre, et un équilibre dynamique se maintient entre les deux viroses. L'introduction d'un mélange des deux virus a permis de montrer que les larves jouent un rôle important dans la dissémination des pathogènes dans la prairie.

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Mehr Quellen

Bücher zum Thema "Viruses of microbes"

May, Suellen. Invasive microbes. New York: Chelsea House, 2007.

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Institute, Howard Hughes Medical, Hrsg. The race against lethal microbes: Learning to outwit the shifty bacteria, viruses, and parasites that cause infectious diseases. Chevy Chase, Md: The Institute, 1996.

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Tsune, Kosuge, und Nester Eugene W, Hrsg. Plant-microbe interactions. New York: McGraw-Hill, 1989.

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Andrew, Scott. Pirates ofthe cell: The story of viruses from molecule to microbe. Oxford: Blackwell, 1987.

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Scott, Andrew. Pirates of the cell: The story of viruses from molecule to microbe. Oxford: Blackwell, 1985.

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Andrew, Scott. Pirates of the cell: The story of viruses from molecule to microbe. Oxford [Oxfordshire]: Basil Blackwell, 1985.

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Andrew, Scott. Pirates of the cell: The story of viruses from molecule to microbe. Oxford, Uk: B. Blackwell, 1987.

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Scott, Andrew. Pirates of the cell: The story of viruses from molecule to microbe. New York: Basil Blackwell, 1985.

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Krasner, Robert I. 20th century microbe hunters. Sudbury, MA: Jones and Bartlett Publishers, 2008.

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Zimmerman, Barry E. Killer germs: Microbes and diseases that threaten humanity. Chicago, Ill: Contemporary Books, 1996.

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Mehr Quellen

Buchteile zum Thema "Viruses of microbes"

Häusler, Thomas. „invincible microbes“. In Viruses vs. Superbugs, 15–47. London: Palgrave Macmillan UK, 2006. http://dx.doi.org/10.1007/978-0-230-55228-9_2.

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Levy, Jay A. „Uncloaking Hidden Viruses“. In Many Faces, Many Microbes, 138–45. Washington, DC, USA: ASM Press, 2014. http://dx.doi.org/10.1128/9781555818128.ch18.

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Wick, Charles H. „Microbes, Fungi, Bacteria, and Viruses“. In Virus Detection, 21–32. Boca Raton: CRC Press, 2023. http://dx.doi.org/10.1201/9781003106623-2.

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De Clercq, Erik D. A. „A Crusade for Drugs to Conquer Viruses“. In Many Faces, Many Microbes, 164–70. Washington, DC, USA: ASM Press, 2014. http://dx.doi.org/10.1128/9781555818128.ch21.

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Seay, Montrell, Savithramma Dinesh-Kumar und Beth Levine. „Digesting Oneself and Digesting Microbes“. In Modulation of Host Gene Expression and Innate Immunity by Viruses, 245–79. Dordrecht: Springer Netherlands, 2005. http://dx.doi.org/10.1007/1-4020-3242-0_11.

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Uldahl, Kristine, und Xu Peng. „Biology, Biodiversity and Application of Thermophilic Viruses“. In Thermophilic Microbes in Environmental and Industrial Biotechnology, 271–304. Dordrecht: Springer Netherlands, 2013. http://dx.doi.org/10.1007/978-94-007-5899-5_10.

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Rees, Paul A. „Protoctists, monerans, fungi, lichens and acellular organisms.“ In Key questions in biodiversity: a study and revision guide, 33–49. Wallingford: CABI, 2021. http://dx.doi.org/10.1079/9781789248630.0003.

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Abstract This chapter contains questions about the classification and characteristics of a wide range of organisms including prokaryotes, protozoa, algae, slime molds, fungi, lichens and disease-causing microbes such as viruses and prions. The questions are divided into three levels: foundation, intermediate and advanced.

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Bratbak, Gunnar, und Mikal Heldal. „Viruses — the New Players in the Game; Their Ecological Role and Could They Mediate Genetic Exchange by Transduction?“ In Molecular Ecology of Aquatic Microbes, 249–64. Berlin, Heidelberg: Springer Berlin Heidelberg, 1995. http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-79923-5_14.

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von Herrath, Matthias G. „Contributions of Viruses and Immunity as Causes of Diabetes and Development of Strategies for Treatment and Prevention of Autoimmune Disease“. In Molecular Mimicry, Microbes, and Autoimmunity, 235–55. Washington, DC, USA: ASM Press, 2014. http://dx.doi.org/10.1128/9781555818074.ch17.

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Kumar, Brajesh, und Kumari Smita. „Phytochemically Functionalized Silver and Gold Nanoparticles to Treat Microbes, Viruses and Cancer“. In Sustainable Agriculture Reviews, 235–52. Cham: Springer International Publishing, 2016. http://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-39306-3_7.

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Konferenzberichte zum Thema "Viruses of microbes"

Sears, Cynthia L. „Abstract IA06: Colon cancer: Microbes and communities in microbiome translation“. In Abstracts: AACR Special Conference on the Microbiome, Viruses, and Cancer; February 21-24, 2020; Orlando, FL. American Association for Cancer Research, 2020. http://dx.doi.org/10.1158/1538-7445.mvc2020-ia06.

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Wallace, Kristin, David N. Lewin, Christine Bookhout, Shaoli Sun, Brianna Bronsky, Chentha Vasu, Brenda J. Hoffman, John A. Baron und Alexander V. Alekseyenko. „Abstract B33: Racial differences in tumor-associated microbes in early colorectal carcinogenesis“. In Abstracts: AACR Special Conference on the Microbiome, Viruses, and Cancer; February 21-24, 2020; Orlando, FL. American Association for Cancer Research, 2020. http://dx.doi.org/10.1158/1538-7445.mvc2020-b33.

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Ternes, Dominik, Martine Schmitz, Léa Grandmougin, Mina Tsenkova, Eric Koncina, Aurélien Ginolhac, Jessica Karta et al. „Abstract A09: Understanding the role of colorectal cancer-associated microbes in colorectal cancer“. In Abstracts: AACR Special Conference on the Microbiome, Viruses, and Cancer; February 21-24, 2020; Orlando, FL. American Association for Cancer Research, 2020. http://dx.doi.org/10.1158/1538-7445.mvc2020-a09.

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Spakowicz, Daniel, Rebecca Hoyd, YunZhou Liu, Janhavi Sahasrabudhe, Malvenderjit J. Singh, Isaac Arefi, Andrew Denney, David Carbone und Xiaokui Mo. „Abstract B30: Intratumoral microbes correlate with tumor-infiltrating lymphocytes in lung cancer RNAseq“. In Abstracts: AACR Special Conference on the Microbiome, Viruses, and Cancer; February 21-24, 2020; Orlando, FL. American Association for Cancer Research, 2020. http://dx.doi.org/10.1158/1538-7445.mvc2020-b30.

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Сидуллина, Светлана Анатольевна, Ирина Константиновна Тухбатуллина und Камиль Рафисович Галеев. „SILVER COLLOID PREPARATIONS IN EXTEMPORALRECIPE - NEW OR WELL FORGOTTEN OLD?“ In Проблемы научно-практической деятельности. Поиск и выбор перспективных решений: сборник статей международной научной конференции (Вологда, Март 2023). Crossref, 2023. http://dx.doi.org/10.58351/230321.2023.37.85.003.

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Препараты на основе серебра эффективно убивают микроорганизмы всех типов: бактерии, грибы, вирусы и паразиты. С введением в ЛОР-практику антибиотиков препараты серебра были необоснованно забыты. В настоящее время установлено, что антибиотики эффективны против ограниченного количества микробов и не действуют на грибы, паразиты или вирусы. В связи с этим врачи снова обратили внимание на препараты серебра. Silver-based preparations effectively kill microorganisms of all types: bacteria, fungi, viruses and parasites. With the introduction of antibiotics into the practice of an otolaryngologist, silver preparations were unreasonably forgotten. Currently, it has been established that antibiotics are effective against a limited number of microbes and do not act on fungi, parasites or viruses. In this regard, doctors again paid attention to silver preparations.

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Williams, Kelly. „Precise prophage mapping.“ In Proposed for presentation at the Viruses of Microbes held July 18-22, 2022 in Guimaraes, Portugal. US DOE, 2022. http://dx.doi.org/10.2172/2003938.

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Pascu, Corina, Viorel Herman, Sara Gatto und Luminita Costinar. „RETROSPECTIVE STUDY OF WEST NILE VIRUS IN ITALY“. In 10th SWS International Scientific Conferences on SOCIAL SCIENCES - ISCSS 2023. SGEM WORLD SCIENCE, 2023. http://dx.doi.org/10.35603/sws.iscss.2023/sv07.31.

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The infectious diseases are mainly the consequence of the existence of the microbialworld, essential for life on our planet. Microbes need a superior animal to multiply andspread to survive. The pathogens are therefore the biological agents responsible for theonset of the disease condition in the host organism. The infectious disease appears to bethe consequence of the interaction between pathogens and specific defense systems,immune response, and nonspecific (inflammation) of the host.West Nile virus (WNV) belongs to the family Flaviviridae and implies the West Nilefever (WNF) a vector-borne disease caused by the group of Arboviruses. The termArbovirus is the acronym for arthropod-borne viruses.Vector-borne diseases are human illnesses caused by parasites, viruses, and bacteria thatare transmitted by vectors, for instance, bloodsucking insects, that can transmitinfectious pathogens between humans or from animals to humans. Mosquitoes typicallyspread WNF. Arboviruses can be found in nature without including man in their cycle,they only infect them accidentally, but the scientific community focuses great attentionand importance on these diseases.In this study, we analyzed the dynamics of the spread WNV in Italy between 2009 and2019 focusing on the virus life cycle which is more likely to be re-activated each yearvia previously infected mosquitoes in some specific regions, especially in northern Italywhere its spread has been observed since 2008. For example, Veneto is one of theItalian regions where WNV is considered endemic, and the greatest intensity ofcirculation was observed, particularly in August.It first analyzed the causes of the disease spreading, underlying the distribution, thefrequency of the re-activations in some peculiar regions, and the determinants, forinstance, the risk factors, of health-related states and events in Italy throughout a periodof ten years.

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JAWAD, Israa, Adian Abd Alrazak DAKL und Hussein Jabar JASIM. „CHARACTERIZATION, MECHANISM OF ACTION, SOURCES TYPES AND USES OF THE ANTIMICROBIAL PEPTIDES IN DOMESTIC ANIMALS, REVIEW“. In VII. INTERNATIONAL SCIENTIFIC CONGRESSOF PURE,APPLIEDANDTECHNOLOGICAL SCIENCES. Rimar Academy, 2023. http://dx.doi.org/10.47832/minarcongress7-13.

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This review aimed to identify the general characteristics of , mechanism of action, types and uses of antimicrobial peptides in animals, antimicrobial peptides were lass of small peptides that widely exist naturally, they varied greatly in structure, composition are found in the animal's species, and were standard structural features, twenty to sixty residue long, cationic and amphipathic peptides, have a positive charge that interacted with negatively charged molecules on the bacterial cell surfaces, a have an expansive field of inhibitory effects and were made as the first line of protection by both multicellular organisms. An essential component of the innate immune method of various organisms can have broad movement to instantly destroy bacteria, parasites, yeasts, fungi, viruses, and even cancer cells, Several antimicrobial peptides were expressed in the gastrointestinal mucosa of the animals where they can modulate innate immune responses and the intestinal microbial, act some protective microbial species and modulate an immune response. Its interactions with innate immunity and the intestinal microbial reveal attractive drug targets, act as a new therapeutic approach against gastrointestinal infections, damage, and inflammations, and modulate obesity and metabolic diseases. In addition, its acts as a biomarker of gastrointestinal diseases. They have been useful parts of the host's defense systems for a long time. Because microbes become resistant to antimicrobial peptides more slowly than to traditional antibiotics, they could be used as alternative treatments in the future. Several thousand antimicrobial peptides have been isolated from microorganisms, plants, insects, crustaceans, creatures, and even humans. Conclusion: Antimicrobial peptides are small proteins found in plant and animal species. They are the first defense against infections caused by microorganisms. and work against a wide range of bacteria, fungi, and viruses, both gram-positive and gram-negative. They are related together to innate immunity and adaptive immunity.

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Maqueda, M., N. Rodriguez-Cousiño, R. Esteban, E. Zamora und M. Ramírez. „Characterization of a new Saccharomyces cerevisiae dsRNA virus encoding a killer toxin with broad antifungal activity“. In MICROBES IN APPLIED RESEARCH - Current Advances and Challenges. WORLD SCIENTIFIC, 2012. http://dx.doi.org/10.1142/9789814405041_0123.

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Tsygichko, A. A., A. M. Asaturova, M. D. Pavlova und N. S. Tomashevich. „Insecticidal properties of strains of the granulosa virus of the codling moth from the Bioresource collection of FSBI VNIIBZR“. In 2nd International Scientific Conference "Plants and Microbes: the Future of Biotechnology". PLAMIC2020 Organizing committee, 2020. http://dx.doi.org/10.28983/plamic2020.259.

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The insecticidal activity of strains from DBK of the Federal State Budget Scientific Institution VNIIBZR “State Collection of Entomoacarifagi and Microorganisms” was studied with respect to the test object Galleria mellonella L. and with respect to the target insect Cydia pomonella L. It was revealed that strain BZR 14 is promising for further study and development of a laboratory sample based on it.

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Berichte der Organisationen zum Thema "Viruses of microbes"

Williams, Thomas. Microbial Mating-type Matching memory Game. University of Dundee, 2023. http://dx.doi.org/10.20933/100001286.

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Did you know different microbes have different numbers of mating-types? Print and cut out the attached files to see if you can find all the matching mating-types in this fun memory game and discover more about the lives and appearances of viruses, bacteria, fungi, and protists! Play with 1-4 people age 2+, with each game lasting around 5 minutes.

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Avni, Adi, und Kirankumar S. Mysore. Functional Genomics Approach to Identify Signaling Components Involved in Defense Responses Induced by the Ethylene Inducing Xyalanase Elicitor. United States Department of Agriculture, Dezember 2009. http://dx.doi.org/10.32747/2009.7697100.bard.

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Plant-microbe interactions involve a large number of global regulatory systems, which are essential for plants to protect themselves against pathogen attack. An ethylene-inducing xylanase (EIX) of Trichoderma viride is a potent elicitor of plant defense responses, like hypersensitive response (HR), in specific cultivars of tobacco (Nicotiana tabacum) and tomato (Lycopersicon esculentum). The central goal of this proposal was to investigate the molecular mechanisms that allow plants to specifically activate defense responses after EIX treatment. We proposed to identify cellular signaling components involved in the induction of HR by the EIX elicitor. The molecular genetic analysis of the signal transduction pathway that modulates hypersensitive responses is an important step in understanding the induction of plant defense responses. The genes that mediate LeEIX2-EIX dependent activation of resistance mechanisms remain to be identified. We used two approaches to identify the cellular signaling components that induce HR mediated by the EIX elicitor. In the first approach, we performed a yeast two-hybrid screening using LeEix2 as bait to identify plant proteins that interact with it. In the second approach, we used virus-induced gene silencing (VIGS) for a high-throughput screen to identify genes that are required for the induction of LeEIX2-EIX mediated HR. VIGS will also be used for functional characterization of genes that will be identified during the yeast two-hybrid screen. This investigation will shed light on cellular processes and signaling components involved in induction of general plant defense against pathogens and will provide the basis for future biotechnological approaches to improve plant resistance to pathogens. Several genes were indentified by the two approaches. We used the VIGS and yeast two hybrid approaches to confirm that activity of the genes initially identified by different procedure. Two genes inhibit the induction of HR by the fungal elicitor in the different systems; Tobacco-Harpin binding protein 1 and cyclopropyl isomerase.

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