Auswahl der wissenschaftlichen Literatur zum Thema „Tag résistant“

Les troubles anxieux des sujets âgés de plus de 65 ans ont une prévalence estimée entre 3,2 % et 14,2 % et représentent une source de souffrance importante, de baisse d’autonomie et impliquent un surcoût pour la société. Les troubles anxieux des sujets âgés sont fréquents mais souvent sous-diagnostiqués du fait d’une expression différente par rapport aux jeunes (nécessitant l’utilisation des mesures validées chez les sujets âgés) et de la comorbidité somatique et psychiatrique fréquentes. La plupart de ces troubles anxieux ont débuté avant l’âge de 41 ans (90 %) moins de 1 % débutent après l’âge de 65 ans. Parmi les troubles anxieux des sujets âgés les phobies spécifiques (incluant l’agoraphobie) et le trouble anxieux généralisé (TAG) seraient les plus fréquents suivis de PTSD. La prévalence de l’agoraphobie est élevée et son expression suggère un sous-type de l’âge avancé. Plusieurs barrières sont source de sous-diagnostique et donc de sous traitement pour les troubles anxieux des personnes âgées : la dépression comorbide (fréquente et source de résistance au traitement), les troubles cognitifs, les troubles somatiques (présents chez plus de 80 % des sujets > 65 ans) ainsi que la difficulté à différentier les symptômes de l’anxiété des personnes âgés des changements psychologiques et physiques survenant avec le processus du vieillissement (ex. pattern du sommeil). Les troubles anxieux des personnes âgées sont source d’une plus grande difficulté dans la vie quotidienne, d’une faible adhésion aux traitements et sont à risque élevé de dépression comorbide et de suicide, de chutes, d’impotence physique et fonctionnelle et de solitude. Par ces différentes voies, les troubles anxieux sont source d’augmentation de la dépendance des personnes âgées. Ces données impliquent l’importance d’une détection appropriée de ces troubles fréquents chez les personnes âgées et la mise en place des traitements adaptés ainsi que des mesures de prévention efficaces.

Le hip-hop englobe quatre expressions artistiques qui sont constitutives de la culture hip-hop : le dj’ing, le rap, le breakdance et le graffiti. Le rap est une forme de « parler-chanter » exécuté sur des rythmes de bases produits par le Disc Jockey (DJ). Le breakdance est l’expression corporelle du hip-hop, c’est une danse à dimension athlétique, dont l’esthétique se base sur la rupture du flux dans des mouvements amples et fluides. Le graffiti correspond à l’art graphique du hip-hop, ces peintures se donnent à voir généralement sur le mobilier urbain au travers de fresques colorées, mais bien souvent le graffiti reprend sous une forme quasi hiéroglyphique le pseudonyme de l’auteur. Il se distingue du tag par l’usage des techniques de spray, la superposition des couleurs ainsi que par des effets d’ombrage (Bazin 1998). Étymologiquement, « hip-hop », serait la composante de deux termes en anglais hip, qui est issu de l'argot de la rue, le jive talk, qui signifie « être dans le vent, être branché » et to hop qui se traduit littéralement par le verbe danser. Il existe aussi la possibilité que le terme hip-hop soit repris des onomatopées dans la langue anglaise et qui sont présentes dans le langage rap, ainsi on retrouve « hip » qui consiste à encourager et « hop » qui est l'onomatopée qui désigne l'action de sauter. Ces termes étaient utilisés et scandés par les DJ’s habitués à prendre le microphone afin d’encourager les danseurs et haranguer la foule lors des block parties (Toop 1984). D’un point de vue historique et compte tenu de l’hétérogénéité des éléments constitutifs de la culture hip-hop, il est complexe d’indiquer avec précision le moment fondateur de cette expression culturelle même si les années 1970 font consensus dans la communauté des chercheurs. Cependant, d’un point de vue géographique, le ghetto du Bronx apparaît comme le lieu de naissance de la culture hip-hop, d’ailleurs la Smithsonian Institution et le National Museum of American History ont reconnu le « 1520 Sedgwick Avenue » dans le Bronx comme « lieu d’invention » de la culture hip-hop. En effet, les différents éléments de la culture hip-hop se donnaient à voir de façon simultanée dans les block parties du Bronx. Ces fêtes improvisées prenaient place dans les écoles, les centres communautaires, les maisons abandonnées ou bien encore dans les jardins publics. Elles constituaient le moment de loisir privilégié d’une jeunesse délaissée voulant s’épanouir dans un New York en pleine mutation et qui n’offrait alors que peu d’opportunité, de joie et de plaisir (Chang 2005). Pour la jeunesse afro-américaine et caribéenne, habitant le ghetto et victimes collatérales des coupes budgétaires et de la rénovation urbaine, le hip-hop et notamment ces block parties constituaient un moyen d’exprimer une autre façon de vivre le ghetto par la création d’un exutoire salvateur qui leur permist d’appréhender de façon plus ludique les problèmes quotidiens auxquels ils étaient confrontés. Véritable remix urbain des cultures vernaculaires afro-américaines et caribéennes, le hip-hop se nourrit autant de son hybridité que des objets que pouvait lui fournir l’environnement urbain en matières de décors et de lieux d'inspiration, mais également en matières de technologie (spray, sonorisation, hifi) (Gilroy 2003 ; Rose 1994). De plus, l’influence au niveau musical, plastique et rhétorique ne se limite pas à l’Amérique du Nord et la Caraïbe, les civilisations asiatiques, par exemple font également figure de ressources dans lesquels puisent les hip-hoppers. Aujourd’hui en tant qu’objet culturel transnational, on constate la capacité du hip-hop à s’adapter au contexte culturel et social dans chaque partie du globe où il s’exprime (Mitchell 2001). Ces transformations et ces aspects hybrides reflètent l’ « état d’esprit » du hip-hop qui se veut être un espace expérimental non exclusif où les problèmes contemporains et les forces ancestrales fonctionnent ensemble, simultanément, devenant dès lors une figure du métissage (Laplantine et Nous 2001) Néanmoins, malgré l’extraordinaire pluralité des acteurs et des expressions que mobilise la culture hip-hop, il est intéressant d’observer que les hip-hoppers représentent bien souvent des secteurs marginalisés dans leur propre société et qu’ils sont au centre de revendications sociales et égalitaires (Osumare 2007). Bien souvent, le hip-hop constitue la bande sonore d’activistes et il accompagne et/ou porte des pédagogies alternatives en direction des jeunesses de rue (Ailane 2011). Il n’existe pas a priori un cadre d’analyse spécifique de la culture hip-hop en sciences humaines et sociales. Il est un objet d’étude complexe et plurivoque, sans cesse en train de se reformuler, il intègre de nouvelles modalités autant au niveau musical, corporel que dansé. Les causes de cette dynamique seraient à comprendre par sa distribution géographique qui le diversifie d’autant plus. Mais encore, en y regardant de plus près, le hip-hop occupe une place relative dans la vie de ses adeptes, certains le considèrent comme un simple loisir (écouter de la musique par exemple) voire l’identifient à un sport (pour certains pratiquants de breakdance), ou bien l’embrassent tel un mode de vie (les activistes du mouvement hip-hop). Selon les acteurs, le lieu d’expression et le contexte, le hip-hop se donne donc à voir de manière non-monolithique ; il présente inévitablement des variations qui rendent difficile son étude de façon trop généraliste. Il est, compte-tenu de cette hétérogénéité dans la pratique, difficile de se saisir du hip-hop, a fortiori, lorsqu’il s’agit de le mobiliser dans une recherche en sciences sociales. L’approche ethnographique et l’immersion dans l’univers micro-cosmique des hip-hoppers est ainsi souvent privilégiée (Condry 2006 ; Forman 2002 ; Pardue 2008 ; Perullo 2011). Toutefois, l’anthropologie et la sociologie urbaine sont souvent mobilisées pour aborder le hip-hop car en tant que culture urbaine, il permet d’accéder à une lecture de l’univers urbain par le récit que font les hip-hoppers de leur quotidien et l’usage qu’ils font des espaces publics. Le hip-hop peut être considéré comme une ressource fertile pour les chercheurs s’intéressant aux « marges urbaines ». Cette approche n’est pas dénuée de biais car bien souvent, le logiciel utilisé pour analyser les pratiques hip-hop est associé aux problématiques liées aux « pathologies urbaines », violence, trafic, délinquance, exclusion/inclusion, stigmatisation, marginalisation, mettant dès lors de côté, ou du moins minimisant, l’innovation culturelle et sociale dont font preuve les groupes juvéniles. Par ailleurs, les théoriciens des « cultures juvéniles » ont trouvé dans le hip-hop un terrain fertile pour mettre en mouvement leurs pensées. Dans la lignée des cultural studies, les chercheurs ont privilégié les approches qui analysent les rapports entre le hip-hop, considéré sous sa dimension de « subculture résistante » et la culture dite dominante. Cette perspective se concentre notamment autour de problématiques liées à l’authenticité. Bennet (1999) les oppose selon deux points de vue. Le premier consiste à penser l’authenticité dans le hip-hop à travers la préservation de ses origines en tant que culture de rue afro-américaine. Le second point de vue se développe sur une autre conception du hip-hop, considéré comme la construction d’un « lien » qui permettrait le « dialogue » entre les populations afro-diasporiques liées par l’expérience de l’esclavage. Ces deux tendances bien qu’opposées, ont toutefois le large défaut de considérer le hip-hop comme une expression essentiellement afro-centrée et elles évacuent un pan important de hip-hoppers qui ne sont pas noirs et/ou qui ne se revendiquent pas d’une communauté afro-diasporique. L’enjeu des recherches actuelles sur le hip-hop serait donc d’interroger également la dynamique culturelle provoquée par la relocalisation de ces musiques noires dans un contexte global, marqué par le capitalisme occidental et la circulation rapide d’images culturelles dans des lieux dans lesquels elles ont trouvé un nouvel écho

Cette thèse a été financée par l'ANRT, elle a pour objectif de concevoir et réaliser des antennes spécifiques pour des objets connectés. Plus précisément, l'application finale est dédiée au domaine sportif, afin de récolter les statistiques d’un footballeur amateur grâce à un ballon connecté et une chevillère connectée. Le coeur technologique de ce dispositif est basé sur la RFID. L'architecture du système comporte : une antenne lecteur placée sur le pied du joueur capable de communiquer avec des étiquettes insérées dans le ballon. A la fin du match, les statistiques récoltées par les capteurs sont envoyées par la liaison BLE pour les afficher sur un totem. Deux objectifs principaux sont visés dans ces travaux de thèse : le premier aborde la conception d'antennes large bande et multistandards pour lecteurs, capable de minimiser l'influence du corps humain sans sacrifier la portée, le second objectif est la conception d'antennes résistantes aux chocs mécaniques pour les étiquettes
This thesis was funded by the ANRT. The main goal is to design a specific antennas for connected objects. The final application is dedicated for the sport, in order to collect the performance of an amateur football player by using a connected ball and a connected strap. This device is based on the passive RFID. The system is composite of: a wearable antenna placed on the ankle, able to communicate with RFID tags inserted inside the ball. At the end of the match, the statistics collected by the sensors are sent by using BLE connection to a totem in order to display them. Two main objectives are targeted in this thesis: the first one is designing a broadband and multistandard antennas for readers, able to minimize the influence of the human body without sacrificing reading distance, the second objective is designing a resistant antennas for RFID tags

Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo), l'agent causal de bactériose vasculaire du riz (BLB), injecte des protéines de liaison à l'ADN, appelées Transcription Activator-Like Effectors (TALEs) dans les cellules hôtes afin de moduler l'expression de gènes cibles. Certains TALEs agissent comme des facteurs de virulence majeurs, indispensables à la mise en place du BLB et ciblent des gènes de sensibilité du riz. Les TALEs majeurs de Xoo ciblent universellement les gènes de sensibilité de la famille SWEET. Il existe dans la nature un polymorphisme des séquences ADN des gènes SWEET reconnues par les TALEs qui confère une résistance à la maladie. L’utilisation de la technologie TALEN a permis d'introduire artificiellement ce type de mutation dans le promoteur du gène de sensibilité SWEET14 le rendant insensible aux TALEs et conférant une résistance à certaines souches de Xoo asiatiques. La caractérisation des populations de Xoo africaines montrent qu'elles sont distinctes de celles d’Asie. L’objectif du projet de thèse était de créer à l'aide des technologies d'édition des génomes des sources de résistances efficaces contre un large panel de Xoo maliennes.Dans une première partie, l'édition des boites ADN de SWEET14 ciblées par des TALEs majeurs de souches africaines a effectivement permis d'obtenir des résistances contre les souches utilisant le TALE TalF (initialement appelé Tal5) mais pas contre celles utilisant TalC. La caractérisation du répertoire de TALEs des souches maliennes par des approches fonctionnelles (sensibilité des lignées éditées, expression de SWEET14 et autres gènes cibles de TALEs) et in silico (séquençage du génome de 8 souches) à révélé une diversité fonctionnelle de ces répertoires et la présence simultanée quasi systématique de versions actives et redondantes de TalF et TalC. La caractérisation de la sensibilité de variétés de riz locales aux souches de Xoo maliennes a montré que ces dernières possèdent un large spectre de virulence et qu'à une exception près, toutes les variétés testées sont sensibles au BLB. L'édition en multiplex par la technique CRISPR/Cas9 des boites TalF et TalC a aboli l'induction de SWEET14 en réponse à une souche malienne. Cependant, les lignées correspondantes sont restées sensibles à cette souche. Dans la dernière partie, pour expliquer ce résultat, nous avons postulé l'existence d'au moins un gène de sensibilité, cible de TalC et redondant avec SWEET14. Une approche bioinformatique a permis d'identifier un locus dont plusieurs caractéristiques en faisaient un candidat intéressant. Ce locus, nommé ATAC (pour Alternative TalC Target) est composé de deux gènes, ATAC1 et ATAC2 induits de façon bidirectionnelle par TalC. Nous avons montré qu'ATAC2, qui code pour un facteur de transcription bHLH atypique potentiellement impliqué dans l’élongation cellulaire et l'immunité chez le riz, se comporte comme un locus de sensibilité lorsqu'il est induit par des TALE artificiels dans un système gain de fonction. Nous avons édité simultanément le promoteur SWEET14 et le locus ATAC. Ces éditions devraient empêcher la reconnaissance du promoteur SWEET14 et du locus ATAC par TalC et TalF afin de conférer une résistance large au BLB au Mali
Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo), the causal agent of bacterial leaf blight of rice (BLB), injects DNA binding proteins called Transcription Activator-Like Effectors (TALEs) into host cells to manipulate plant genes expression. Some TALEs behave as major virulence factors essential for BLB to occur by binding directly to target DNA boxes of rice susceptibility genes and inducing their expression. Xoo major TALEs universally target susceptibility genes of the SWEET family. In nature, polymorphism in the DNA sequence of SWEET genes recognized by TALEs confers resistance to BLB. Using the TALEN technology, this type of mutations has been artificially introduced in the promoter of the SWEET14 susceptibility gene to make it TALE-unresponsive and confer resistance to some Asian Xoo. The characterizations of Malian Xoo populations show that they are distinct from the Asian ones. The PhD project aimed to create broad tailored BLB resistance against Malian Xoo using genome editing technologies.First, editing SWEET14 DNA boxes targeted by major TALEs of African strains indeed yielded resistance against strains relying on TalF (initially named Tal5) but not against those relying on TalC. The characterization of Malian strains TALE repertoires using functional (edited lines susceptibility assays, SWEET14 and other TALE target expression studies) and in silico (genome sequencing of 8 strains) approaches uncovered functional diversity in these repertoires and, the almost systematic, simultaneous presence of active and redundant versions of TalF and TalC. In susceptibility assays of local rice varieties, Malian Xoo strains exhibited a broad virulence spectrum and, with one exception, all tested varieties were susceptible to BLB. Multiplex editing of TalF and TalC target boxes with the CRISPR/Cas9 technology abolished SWEET14 induction in response to a Malian strain. However the corresponding rice lines remained susceptible to this strain. Finally, to explain these results, we postulated the existence of, at least, a TalC target susceptibility gene redundant with SWEET14. Bioinformatics analysis identified a rice locus with several features electing it as a high priority candidate. This locus named ATAC (Alternative TalC Target) is composed of two genes, ATAC1 and ATAC2, bidirectionally upregulated by TalC. We further showed that ATAC2 which is predicted to code for an atypical bHLH transcription factor potentially involved in rice cell elongation and immunity, behaves as a susceptibility gene upon artificial TALEs-mediated induction in a gain of function assay. We used the CRISPR/Cas9 system to simultaneously edit the SWEET14 promoter and the ATAC locus. These mutations should prevent the recognition of the SWEET14 promoter and the ATAC locus by TalC and TalF, compromise their transcriptional induction and ultimately provide broad BLB resistance in Mali

La duplication interne en tandem au sein du gène du Fms-like tyrosine kinase 3 (FLT3) est l’une des mutations les plus fréquemment observées dans les leucémies aiguës myéloblastiques (LAM). Elle est corrélée à un mauvais pronostic. Des inhibiteurs de tyrosine kinase anti-FLT3 (FLT3-ITK) sont en cours de développement mais les premiers essais cliniques ont été décevants. Les rémissions sont de courte durée, et si une clairance leucémique sanguine est observée, la LAM persiste au sein de la moelle osseuse. Dans ce travail, nous avons démontré que les cytokines activatrices de STAT5, telles que l’interleukine-3 et la thrombopoïétine, et les basses pressions en oxygène, telles que celles observées au sein de la niche hématopoïétique augmentent l’expression et l’activité du récepteur tyrosine kinase AXL qui protège les cellules de LAM FLT3-ITD de l’apoptose induite par le FLT3-ITK quizartinib (AC220). Nous avons démontré dans un modèle murin que les cellules de LAM FLT3-ITD « knock-down » pour AXL sont plus sensibles au quizartinib, et que cette différence se révèle spécifiquement dans un modèle de prise de greffe hématopoïétique. La combinaison de stratégies inhibitrices du FLT3-ITD et d’AXL permettra d’améliorer l’efficacité des FLT3-ITK en atteignant la fraction de cellules responsable des rechutes, nichée dans son microenvironnement. A l’issue, nous avons démontré que le gilteritinib (ASP2215), double FLT3/AXL-ITK est plus efficace que le quizartinib pour atteindre ces cellules leucémiques médullaires. Enfin, nous avons démontré que la combinaison d’un anticorps monoclonal anti-AXL avec un FLT3-ITK ou de la cytarabine était une stratégie thérapeutique prometteuse dans les LAM FLT3-ITD ou sauvage
Internal tandem duplication in Fms-like tyrosine kinase 3 gene (FLT3-ITD) is the most frequent mutation observed in acute myeloid leukemia (AML), and correlates with poor prognosis. FLT3 tyrosine kinase inhibitors (FLT3-TKI) have been promising for therapeutic strategies but clinical trials have revealed rarely long-lasting remission with persistent leukemic cells present in the bone marrow. In this work, we show that the hematopoietic niche microenvironment protects FLT3-ITD AML cells from FLT3-TKI quizartinib (AC220) through convergent up-regulation of AXL expression and activity. Cytokine-dependent activation of STAT5 enhances AXL gene transcription and expression, while low O2 concentration up-regulates AXL protein levels. Moreover, cytokines such as thrombopoietin or interleukin-3 directly activate AXL. RNA interference-based inhibition of AXL expression in FLT3-ITD AML cells allowed a selective purge of leukemic cells within their microenvironment when combined with FLT3-TKI in immuno-compromised mice. Altogether, our data support a strategy combining FLT3-TKI and anti-AXL therapy to eradicate FLT3-ITD AML cells, including those protected by the hematopoietic niche. In such a setting, we performed a study to test the efficacy of gilteritinib (ASP2215) and we showed in vitro and in vivo that this dual FLT3/AXL-TKI is more efficient to eradicate leukemic cells in their microenvironment than quizartinib which is a more specific FLT3-TKI. Finally, we also studied an anti-AXL monoclonal antibody on primary AML cells and showed that its efficacy could be interesting with FLT3-TKI and cytarabine in both FLT3-wild type and FLT3-ITD AML

La bactériose vasculaire du riz, causée par la bactérie à Gram-négatif Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo), est une des maladies les plus dévastatrices des cultures de riz en Afrique de l'Ouest et en Asie. Grâce à son système de sécrétion de type III, Xoo injecte ses effecteurs de type TAL ("Transcription Activator-Like") au sein de la cellule végétale hôte. Grâce à leurs signaux de localisation nucléaire (NLS), les TALE sont ensuite importés au noyau où ils ont la capacité de se fixer, par le biais de leur région centrale composée de répétitions en tandem, au promoteur d'un gène hôte au niveau d’une séquence appelée EBE (pour "Effector Binding Element"), et d’initier la transcription via leur domaine d'activation (AD). Xoo est ainsi capable de moduler l'expression des gènes de la plante en détournant sa machinerie transcriptionnelle et d'induire des gènes dits de sensibilité (S) qui favorisent le développement de la bactérie et donc de la maladie. Dans certains cas, les TALE peuvent activer des gènes dits exécuteur (E) dont l'expression entraîne des réactions de défenses de la plante et provoque la résistance. Des analyses de diversité génétique ont montré que Xoo comprend deux lignées correspondant aux souches Africaines et Asiatiques. Elles se distinguent notamment par le nombre de gènes tal qu'elles possèdent, mais aussi par le type de résistance qu’elles élicitent. De fait, aucune des races identifiées en Afrique n’a été retrouvée en Asie.L'objectif de cette thèse était d'identifier des sources de résistance chez le riz afin d’apporter de nouvelles stratégies de contrôle de la bactériose vasculaire du riz en Afrique. Des analyses préliminaires avaient permis de mettre en évidence par une approche de gain de fonction, plusieurs TALE de la souche Malienne MAI1 ayant une activité potentielle d'avirulence sur les variétés de riz IR64, CT13432 et FKR47N. Afin de confirmer ces résultats, une approche par perte de fonction a été entreprise, consistant à cribler une banque de mutants BAI3Δtal générés dans la souche Burkinabè BAI3, dont le TALome (répertoire de gènes tal) est très proche de celui de MAI1, sur chacune des trois variétés résistantes. Ces travaux ont permis de valider le rôle d’avirulence de TalD et TalI sur les variétés IR64 et CT13432, respectivement. Il a également été démontré que la résistance de CT13432 aux souches MAI1 et BAI3 résultait de la combinaison de deux mécanismes de résistance, l'un reposant sur l'induction, médiée par TalI, d'un gène exécuteur encore inconnu, et l'autre sur un allèle du gène de résistance Xa1. Dans un second temps, afin d'approfondir nos connaissances sur la résistance conférée par IR64 aux souches Africaines de Xoo, le criblage d'une population de lignées recombinantes de génération F11, provenant du croisement entre la variété résistante IR64 et la variété sensible Azucena, a été mené. Cette étude a permis de confirmer deux QTL, qABB-7 et qABB-11, préalablement rapportés dans une autre étude, et d'identifier quatre nouveaux QTL de résistance aux souches Africaines de Xoo. Pour finir, des analyses de type RNAseq ont été réalisées sur la variété résistante IR64 et la variété sensible Nipponbare, dont les génomes séquencés sont disponibles, afin de caractériser leur transcriptome en réponse à des souches Africaines de Xoo. L'activité d'avirulence de TalD chez IR64 ayant été démontrée, une comparaison de l'expression différentielle des gènes indu its par MAI1 et BAI3 avec le mutant BAI3ΔtalD a été effectuée, permettant d'identifier de potentiels gènes E candidats expliquant la résistance TalD-dépendante de IR64. Ces travaux représentent une première étape dans le développement de nouvelles stratégies basées sur le déploiement de sources de résistance durables afin de lutter contre la bactériose vasculaire du riz en Afrique
Bacterial Leaf Blight (BLB), caused by the Gram-negative bacterium Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo), is one of the most devastating diseases of rice in West Africa and Asia. Xoo injects through its type-III secretion system a full cocktail of TAL ("Transcription Activator-Like") effectors into the host plant cell. By means of their nuclear localization signals (NLS) TALEs are next imported into the host nucleus where they bind through central tandem repeats to host promoter targets at a sequence called EBE ("Effector Binding Element"), with the final aim of initiating gene transcription thanks to their activation domain (AD). Xoo is thus able to modulate the expression of plant genes by hijacking the plant transcriptional machinery and induce so-called susceptibility (S) genes that favor the development of the bacterium and disease consequently. In some cases, TALEs can activate so-called executor (E) genes whose expression leads to plant defense reactions and results in resistance. Genetic diversity analyses have shown that Xoo is comprised of two lineages that corresponding to strains from Africa for one and Asian strains for the other. African and Asian Xoo differ in their number of tal genes, but also in the type of resistance they elicit. Noteworthy, none of the races identified in Africa have been found in Asia.The objective of this thesis was to identify sources of resistance in rice in order to provide new strategies for the control of BLB in Africa. In a gain-of-function approach, preliminary analyses identified several TALEs of the Malian strain MAI1 with potential avirulence activity on the rice varieties IR64, CT13432 and FKR47N. To further confirm these results, a loss-of-function approach was undertaken, consisting in the inoculation of a library of BAI3Δtal mutants deriving from the Xoo Burkinabe strain BAI3, whose TALome (tal genes repertoire) is very similar to that of MAI1, on each of the three resistant varieties. This work validated the avirulence role of TalD and TalI on the matching rice varieties IR64 and CT13432, respectively. We also showed that the resistance exhibited by CT13432 against MAI1 and BAI3 results of the combination of two resistance mechanisms, one based on the TalI-mediated induction of an as yet unknown executor gene, and the other on an allele of the Xa1 resistance gene. In a second step, in order to deepen our knowledge on the resistance conferred by IR64 to African Xoo strains, the screening of a population of recombinant inbred lines of F11 generation, resulting from the cross between the resistant variety IR64 and the susceptible variety Azucena, was conducted. This study confirmed two QTL, qABB-7 and qABB-11, previously reported in another study, and also identified four new QTL of resistance against African Xoo strains. Finally, RNAseq analyses were performed on the resistant variety IR64 and the susceptible variety Nipponbare, which genomes are sequenced, to characterize their transcriptome in response to African Xoo. The avirulence activity of TalD in IR64 being demonstrated, a comparison of the differential expression of genes induced by MAI1 and BAI3 with the BAI3ΔtalD mutant was performed, allowing the identification of potential candidate E-genes induced by TalD in IR64. This work represents a first step in the development of new strategies based on the deployment of sustainable sources of resistance to control BLB in Africa

La bactériose vasculaire du riz, causée par la bactérie à Gram-négatif Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo), est une des maladies les plus dévastatrices des cultures de riz en Afrique de l'Ouest et en Asie. Grâce à son système de sécrétion de type III, Xoo injecte ses effecteurs de type TAL ("Transcription Activator-Like") au sein de la cellule végétale hôte. Grâce à leurs signaux de localisation nucléaire (NLS), les TALE sont ensuite importés au noyau où ils ont la capacité de se fixer, par le biais de leur région centrale composée de répétitions en tandem, au promoteur d'un gène hôte au niveau d’une séquence appelée EBE (pour "Effector Binding Element"), et d’initier la transcription via leur domaine d'activation (AD). Xoo est ainsi capable de moduler l'expression des gènes de la plante en détournant sa machinerie transcriptionnelle et d'induire des gènes dits de sensibilité (S) qui favorisent le développement de la bactérie et donc de la maladie. Dans certains cas, les TALE peuvent activer des gènes dits exécuteur (E) dont l'expression entraîne des réactions de défenses de la plante et provoque la résistance. Des analyses de diversité génétique ont montré que Xoo comprend deux lignées correspondant aux souches Africaines et Asiatiques. Elles se distinguent notamment par le nombre de gènes tal qu'elles possèdent, mais aussi par le type de résistance qu’elles élicitent. De fait, aucune des races identifiées en Afrique n’a été retrouvée en Asie.L'objectif de cette thèse était d'identifier des sources de résistance chez le riz afin d’apporter de nouvelles stratégies de contrôle de la bactériose vasculaire du riz en Afrique. Des analyses préliminaires avaient permis de mettre en évidence par une approche de gain de fonction, plusieurs TALE de la souche Malienne MAI1 ayant une activité potentielle d'avirulence sur les variétés de riz IR64, CT13432 et FKR47N. Afin de confirmer ces résultats, une approche par perte de fonction a été entreprise, consistant à cribler une banque de mutants BAI3Δtal générés dans la souche Burkinabè BAI3, dont le TALome (répertoire de gènes tal) est très proche de celui de MAI1, sur chacune des trois variétés résistantes. Ces travaux ont permis de valider le rôle d’avirulence de TalD et TalI sur les variétés IR64 et CT13432, respectivement. Il a également été démontré que la résistance de CT13432 aux souches MAI1 et BAI3 résultait de la combinaison de deux mécanismes de résistance, l'un reposant sur l'induction, médiée par TalI, d'un gène exécuteur encore inconnu, et l'autre sur un allèle du gène de résistance Xa1. Dans un second temps, afin d'approfondir nos connaissances sur la résistance conférée par IR64 aux souches Africaines de Xoo, le criblage d'une population de lignées recombinantes de génération F11, provenant du croisement entre la variété résistante IR64 et la variété sensible Azucena, a été mené. Cette étude a permis de confirmer deux QTL, qABB-7 et qABB-11, préalablement rapportés dans une autre étude, et d'identifier quatre nouveaux QTL de résistance aux souches Africaines de Xoo. Pour finir, des analyses de type RNAseq ont été réalisées sur la variété résistante IR64 et la variété sensible Nipponbare, dont les génomes séquencés sont disponibles, afin de caractériser leur transcriptome en réponse à des souches Africaines de Xoo. L'activité d'avirulence de TalD chez IR64 ayant été démontrée, une comparaison de l'expression différentielle des gènes indu its par MAI1 et BAI3 avec le mutant BAI3ΔtalD a été effectuée, permettant d'identifier de potentiels gènes E candidats expliquant la résistance TalD-dépendante de IR64. Ces travaux représentent une première étape dans le développement de nouvelles stratégies basées sur le déploiement de sources de résistance durables afin de lutter contre la bactériose vasculaire du riz en Afrique
Bacterial Leaf Blight (BLB), caused by the Gram-negative bacterium Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo), is one of the most devastating diseases of rice in West Africa and Asia. Xoo injects through its type-III secretion system a full cocktail of TAL ("Transcription Activator-Like") effectors into the host plant cell. By means of their nuclear localization signals (NLS) TALEs are next imported into the host nucleus where they bind through central tandem repeats to host promoter targets at a sequence called EBE ("Effector Binding Element"), with the final aim of initiating gene transcription thanks to their activation domain (AD). Xoo is thus able to modulate the expression of plant genes by hijacking the plant transcriptional machinery and induce so-called susceptibility (S) genes that favor the development of the bacterium and disease consequently. In some cases, TALEs can activate so-called executor (E) genes whose expression leads to plant defense reactions and results in resistance. Genetic diversity analyses have shown that Xoo is comprised of two lineages that corresponding to strains from Africa for one and Asian strains for the other. African and Asian Xoo differ in their number of tal genes, but also in the type of resistance they elicit. Noteworthy, none of the races identified in Africa have been found in Asia.The objective of this thesis was to identify sources of resistance in rice in order to provide new strategies for the control of BLB in Africa. In a gain-of-function approach, preliminary analyses identified several TALEs of the Malian strain MAI1 with potential avirulence activity on the rice varieties IR64, CT13432 and FKR47N. To further confirm these results, a loss-of-function approach was undertaken, consisting in the inoculation of a library of BAI3Δtal mutants deriving from the Xoo Burkinabe strain BAI3, whose TALome (tal genes repertoire) is very similar to that of MAI1, on each of the three resistant varieties. This work validated the avirulence role of TalD and TalI on the matching rice varieties IR64 and CT13432, respectively. We also showed that the resistance exhibited by CT13432 against MAI1 and BAI3 results of the combination of two resistance mechanisms, one based on the TalI-mediated induction of an as yet unknown executor gene, and the other on an allele of the Xa1 resistance gene. In a second step, in order to deepen our knowledge on the resistance conferred by IR64 to African Xoo strains, the screening of a population of recombinant inbred lines of F11 generation, resulting from the cross between the resistant variety IR64 and the susceptible variety Azucena, was conducted. This study confirmed two QTL, qABB-7 and qABB-11, previously reported in another study, and also identified four new QTL of resistance against African Xoo strains. Finally, RNAseq analyses were performed on the resistant variety IR64 and the susceptible variety Nipponbare, which genomes are sequenced, to characterize their transcriptome in response to African Xoo. The avirulence activity of TalD in IR64 being demonstrated, a comparison of the differential expression of genes induced by MAI1 and BAI3 with the BAI3ΔtalD mutant was performed, allowing the identification of potential candidate E-genes induced by TalD in IR64. This work represents a first step in the development of new strategies based on the deployment of sustainable sources of resistance to control BLB in Africa

Chez les patients infectés par des souches VIH-1 multirésistantes, l’interruption totale de traitement peut permettre la réémergence de souches plus sensibles. Cependant, le temps nécessaire peut être très long et délétère, et le retour rapide de la souche multirésistante à la reprise du traitement conduit à l’échec en l’absence de molécules pleinement actives. D’autres contextes d’interruptions comme le simple changement de molécule peut avoir également des conséquences négatives. Nous avons également étudié l’impact des interactions existant entre les TAMs, la K65R et la L74I/V. Ces interactions peuvent être d’ordre purement fonctionnel ou ne concerner que les mécanismes de résistance. Les interactions entre TAMs conduisent à l’émergence de deux profils distincts. Ces profils interfèrent eux mêmes avec les mutations en position 74. L’émergence de toutes ces mutations dépend d’un complexe équilibre entre phénomènes de résistance et capacité réplicative du virus.

Le projet a permis d’identifier des répertoires de protéines interagissant avec différentes espèces d’acides nucléiques caractéristiques des virus chez cinq espèces animales (Homme, souris, poulet, drosophile, nématode). Ces protéines représentent des candidats pour remplir des fonctions de récepteurs de l’immunité innée ou de molécules antivirales. Certaines d’entre elles ont été conservées au cours de l’évolution, ce qui m’a permis de tester leur fonction dans la drosophile. J’ai réalisé un crible impliquant des infections avec cinq virus différents sur 100 protéines conservées. Ce crible m’a permis d’identifier huit protéines dont l’inhibition impacte la réplication virale. Deux d’entres elles, CG5641 et Zn72D, sont nécessaires pour la réplication des virus de type picornavirus (CrPV). Le candidat le plus intéressant identifié est cependant la protéine Tao, dont l’inhibition entraîne une augmentation de la réplication de virus appartenant à plusieurs familles, chez la drosophile et dans les cellules de mammifères
Antiviral response largely relies on the recognition of viral nucleic acids. The aim of the project was to characterize the range of nucleic acid binding proteins in the context of viral infection in flies. We identified a wide repertoire of proteins, which recognize viral nucleic acids in five species (human, mouse, chicken, fruit fly and roundworm). Among these proteins, there are ones, which are conserved in insects and humans, and therefore their function can be easily studied in the fruit fly model. Afterwards, we have performed a large screen in flies to study more precisely the function of 100 proteins in infection with 5 different viruses. We have found eight promising candidates as a result of this screen. We identified two Drosophila proteins CG5641 and Zn72D, which are also present in humans, as proviral factors. We also identified a protein Tao, which is conserved in humans, and is antiviral against several types of viruses

L'alimentation en eau constitue le principal facteur limitant la croissance, voire la survie des
plantes. Les modèles climatiques prévoient pour les 50 à 100 années à venir une baisse des
précipitations et des températures estivales accrues dans la moitié sud de la France. La durée
de vie d'une forêt de pin maritime, de sa plantation jusqu'à la coupe d'exploitation est
justement de 50 ans. Il est donc important de savoir si ces organismes pourront faire face à ces
brusques changements climatiques ; en d'autres termes si les variétés améliorées plantées
aujourd'hui pourront maintenir le niveau actuel de productivité dans un milieu plus pauvre en
eau, et tolérer des épisodes de sécheresse intense. La capacité de ces organismes à faire face à
ces perturbations brutales dépendra à la fois de leur plasticité phénotypique et de leur diversité
génétique. Dans le cadre de cette thèse, nous avons étudié la plasticité moléculaire du système
racinaire de jeunes plants de pin maritime élevés en milieu hydroponique et soumis à un stress
osmotique par ajout de polyéthylène glycol. Un plan factoriel croisant deux écotypes (France
et Maroc) par cinq niveaux de stress a permis d'analyser les réponses du transcriptome et du
protéome à court et long terme. Nos investigations ont porté sur l'accumulation des transcrits
de 7000 gènes et de 1200 protéines. L'analyse statistique des données a permis d'identifier
des gènes dont la plasticité moléculaire est génétiquement contrôlée, révélant des stratégies de
réponse différentes de chaque écotype. La valeur adaptative de ces gènes pourra alors être
confirmée par l'interprétation des patrons de diversité nucléotidique de ces gènes candidats.

La technologie de pulvérisation magnétron par impulsions de haute puissance (HiPIMS) a été développée et est considérée comme une méthode efficace pour la préparation des films. La technologie HiPIMS permet une bien plus grande flexibilité pour ajuster la structure et les performances du film, conduisant à des films avec des propriétés uniques qui sont souvent irréalisables dans les autres approches PVD. Cependant, le mécanisme sous-jacent du plasma pour soutenir la croissance du film impliqué est actuellement flou. De plus, la technologie HiPIMS est limitée au laboratoire, de nombreux films aux propriétés souhaitables n'ont pas été explorés dans le cadre de la pulvérisation HiPIMS. Dans ce travail, (i) le l’origine de la structure cohérente du plasma haute densité (les « spokes ») dans la décharge HiPIMS et (ii) comment la structure et les propriétés des films de TaC/a-C:H et HfC/a-C:H sont gérées par HiPIMS ont été étudiés. Dans l'étude du mécanisme de formation des « spokes », basée sur la relation de dispersion du plasma HiPIMS et l'évolution du couplage entre deux ondes azimutales, un modèle d'onde induit par couplage a été proposé. Dans l'étude des films TaC/a-C:H et HfC/a-C:H, les états des liaisons chimiques, la structure, la morphologie, les propriétés mécaniques et tribologiques, la stabilité thermique ainsi que la résistance à l'oxydation des films ont été étudiés. En comparaison avec ces films déposés par pulvérisation magnétron DC, il est démontré que la technologie HiPIMS permet une stratégie potentielle pour préparer des films TaC/a-C:H et HfC/a-C:H plus performants en termes de dureté, de coefficient de frottement et de résistance à l'usure, de résistance à l'oxydation et de stabilité thermique en modulant l'état de liaison chimique et la structure nanocomposite des films à travers un plasma réactif
High Power Impulse Magnetron Sputtering technology (HiPIMS) has been developed and considered as an effective method for film preparation. HiPIMS technology allows for much greater flexibility for manipulating film structure and performance, leading to films with unique properties that are often unachievable in the other PVD approaches. However, the underlying plasma mechanism for supporting film growth is currently blurred. Moreover, HiPIMS technology is still stationed in the laboratory, many films with desirable properties have not been explored under HiPIMS framework. In this work, (i) the driven mechanism of high density plasma coherent structure (i.e., spokes) in the HiPIMS discharge and (ii) how the structure and properties of the TaC/a-C:H and HfC/a-C:H films are regulated by HiPIMS were investigated. For the driven mechanism of spokes, based on the dispersion relationship of HiPIMS plasma and the evolution of the coupling between two azimuthal waves, the coupling-induced wave model was proposed. For the TaC/a-C:H and HfC/a-C:H films, the chemical bond states, structure, morphology, mechanical and tribological properties, thermal stability as well as oxidation resistance of the films were investigated. By comparison with DC deposited films, it is demonstrated that HiPIMS technology provides a potential strategy for preparing higher performance TaC/a-C:H and HfC/a-C:H films in terms of hardness, friction coefficient and wear resistance, oxidation resistance and thermal stability by modulating the chemical bonding state and nanocomposite structure of the films through HiPIMS reactive plasma

Le projet a permis d’identifier des répertoires de protéines interagissant avec différentes espèces d’acides nucléiques caractéristiques des virus chez cinq espèces animales (Homme, souris, poulet, drosophile, nématode). Ces protéines représentent des candidats pour remplir des fonctions de récepteurs de l’immunité innée ou de molécules antivirales. Certaines d’entre elles ont été conservées au cours de l’évolution, ce qui m’a permis de tester leur fonction dans la drosophile. J’ai réalisé un crible impliquant des infections avec cinq virus différents sur 100 protéines conservées. Ce crible m’a permis d’identifier huit protéines dont l’inhibition impacte la réplication virale. Deux d’entres elles, CG5641 et Zn72D, sont nécessaires pour la réplication des virus de type picornavirus (CrPV). Le candidat le plus intéressant identifié est cependant la protéine Tao, dont l’inhibition entraîne une augmentation de la réplication de virus appartenant à plusieurs familles, chez la drosophile et dans les cellules de mammifères
Antiviral response largely relies on the recognition of viral nucleic acids. The aim of the project was to characterize the range of nucleic acid binding proteins in the context of viral infection in flies. We identified a wide repertoire of proteins, which recognize viral nucleic acids in five species (human, mouse, chicken, fruit fly and roundworm). Among these proteins, there are ones, which are conserved in insects and humans, and therefore their function can be easily studied in the fruit fly model. Afterwards, we have performed a large screen in flies to study more precisely the function of 100 proteins in infection with 5 different viruses. We have found eight promising candidates as a result of this screen. We identified two Drosophila proteins CG5641 and Zn72D, which are also present in humans, as proviral factors. We also identified a protein Tao, which is conserved in humans, and is antiviral against several types of viruses