Auswahl der wissenschaftlichen Literatur zum Thema „Suivi des pathogènes“

Une étude sur les parasitoses intestinales a été réalisée au niveau des provinces de Taounate, Béni Meilal et Tiznit [Maroc]. Elle a porté sur un échantillon de 1682 personnes, représentatif des deux milieux urbain et rural. Pour chaque prélèvement de selles, trois examens directs entre lame et lamelle ont été pratiqués ainsi qu’un examen selon la technique qualitative de Kato. Cette étude a montré qu’environ deux tiers des habitants du milieu rural des trois provinces sont parasités, alors qu’en milieu urbain environ une personne sur deux l’est. La similitude dans les trots provinces est en faveur de la généralisation des résultats trouvés au reste des provinces du pays. Parmi les groupes de parasites trouvés, le groupe des amibes vient en tète, suivi des flagellés puis des helminthes. Quant aux espèces pathogènes, c’est Entamoeba histolytîca dans le groupe des amibes qui a été le plus fréquemment rencontré. Tous les cas positifs ont été traités par le médicament spécifique

Background: Early initiation of appropriate antibiotics is key to the effective management of severe bacterial infections. The initiation of targeted antibiotic therapy is possible only when the causative organism is isolated. As a result, antibiotics are usually administered on an empirical basis guided by the clinical presentation, local antibiotic guidelines and other relevant histories. Generally, empirical antibiotics differ for both community- and hospital-acquired infections (HAIs), as a result of which common HAI pathogens such as Pseudomonas aeruginosa should be deliberately targeted, because most routine antibiotics are ineffective against them. Methodology: This was a retrospective cross-sectional study involving the review of the clinical consults sent to clinical microbiologists at the University of Benin Teaching Hospital (UBTH) between January and December 2022. The consults were analyzed for the initial diagnosis, reasons for the invitation and empirical antibiotics administered. Other relevant informations were obtained from the laboratory records. Susceptibility profiles of P. aeruginosa isolates were compared with the empirical antibiotics administered. Discordant empirical antibiotic therapy was defined as the administration of antibiotic regimen with no anti-pseudomonal activity. Results: Of the 256 consults received over the period of study, P. aeruginosa was isolated from 57 (22.3%) patients as pathogens. Out of this, 24.6% (n=14) received at least one anti-pseudomonas antibiotic, which puts the total discordant rate at 75.4%. Metronidazole (22.7%) and ceftriaxone-sulbactam (Tandak) (21.5%) were the most commonly prescribed empirical antibiotics. The most common reason for consultation was a diagnosis of sepsis at 40.2% followed by pan-resistant isolates at 34.8% Conclusion: Although the commonly prescribed antibiotics in our setting are broad spectrum, they lack coverage for P. aeruginosa which is one of the most common pathogens implicated in HAIs. French title: Taux de discordance entre les antibiotiques empiriques administrés et la sensibilité aux antimicrobiens dans les infections causées par Pseudomonas aeruginosa dans un hôpital tertiaire au Nigeria Contexte: L'instauration précoce d'un traitement antibiotique approprié est essentielle à la prise en charge efficace des infections bactériennes graves. L’instauration d’une antibiothérapie ciblée n’est possible que lorsque l’organisme causal est isolé. En conséquence, les antibiotiques sont généralement administrés sur une base empirique, guidée par la présentation clinique, les directives locales en matière d'antibiotiques et d'autres antécédents pertinents. En général, les antibiotiques empiriques diffèrent à la fois pour les infections nosocomiales et celles nosocomiales (IAS), de sorte que les agents pathogènes courants des IAS, tels que Pseudomonas aeruginosa, doivent être délibérément ciblés, car la plupart des antibiotiques courants sont inefficaces contre eux. Méthodologie: Il s'agit d'une étude rétrospective transversale portant sur la revue des consultations cliniques adressées aux microbiologistes cliniciens de l'Hôpital Universitaire du Bénin (UBTH) entre janvier et décembre 2022. Les consultations ont été analysées pour le diagnostic initial, les raisons de l’invitation et antibiotiques empiriques administrés. D'autres informations pertinentes ont été obtenues à partir des dossiers de laboratoire. Les profils de sensibilité des isolats de P. aeruginosa ont été comparés à ceux des antibiotiques empiriques administrés. Une antibiothérapie empirique discordante a été définie comme l’administration d’un régime antibiotique sans activité anti-pseudomonas. Résultats: Parmi les 256 consultations reçues au cours de la période d'étude, P. aeruginosa a été isolé comme pathogène chez 57 (22,3%) patients. Sur ce total, 24,6% (n=14) ont reçu au moins un antibiotique antipseudomonas, ce qui porte le taux discordant total à 75,4%. Le métronidazole (22,7%) et la ceftriaxonesulbactam (Tandak) (21,5%) étaient les antibiotiques empiriques les plus couramment prescrits. Le motif de consultation le plus fréquent était un diagnostic de sepsis à 40,2% suivi d'isolats pan-résistants à 34,8%. Conclusion: Bien que les antibiotiques couramment prescrits dans notre contexte soient à large spectre, ils manquent de couverture pour P. aeruginosa qui est l'un des plus courants agents pathogènes courants impliqués dans les IAS.

Les Protozoaires sont des parasites de petite taille, de forme diverses parmi lesquels on distingue les Protozoaires intestinaux (Amibes, Flagellés, Coccidies, Ciliés et Microsporidies) qui sont les plus répandus. Selon l’OMS, les parasitoses intestinales constituent un problème de santé publique dans le monde en général et en Afrique en particulier. Les formes graves sont généralement provoquées par certains protozoaires intestinaux à savoir Entamoeba histolytica, Giardia intestinalis et Trichomonas intestinalis qui jouent un rôle dans la survenue du syndrome dysentérique. C’est dans ce contexte que cette étude est menée dans l’objectif est d’évaluer la prévalence des Protozoaires digestifs selon leur degré de pathogénicité chez les patients. La mise en évidence des parasites a été effectuée par la technique de Formolether et de l’examen à l’état frais. Cette étude a montré que sur 11500 patients, 3922 soit 34,1% étaient parasités. Parmi les patients parasités le sexe féminin était prédominant avec un pourcentage de 57,51%. La tranche d’âge la plus touchée est celle comprises entre 20 à 29 ans (39,4%), les enfants de moins de 1 an étaient moins touchés (1,2%). Le parasite le plus représentatif est le kyste d’Entamoeba histolytica 30,40% suivi de Trichomonas intestinalis 1,4%. L’amibiase, la giardiose et la trichomonose restent les protozooses les plus pathogènes associées à l’hygiène défectueuse et du péril fécal. Protozoa are parasites of small size, of various shapes, among which we distinguish the intestinal Protozoa (Amoeba, Flagellates, Coccidia, Ciliates and Microsporidia) which are the most widespread. According to WHO, intestinal parasitosis is a public health problem in the world in general and in Africa in particular. The severe forms are generally caused by certain intestinal protozoa namely Entamoeba histolytica, Giardia intestinalis and Trichomonas intestinalis which play a role in the occurrence of dysenteric syndrome. It is in this context that this study is being carried out with the objective of assessing the prevalence of digestive protozoa according to their degree of pathogenicity in patients. The detection of the parasites was carried out by the formalin-ether technique and the examination in the fresh state. This study showed that out of 11,500 patients, 3,922 or 34.1% were parasitized. Among the parasitized patients the female sex was predominant with a percentage of 57.51%. The most affected age group is between 20 to 29 years old (39.4%), children under 1 year old were less affected (1.2%). The most representative parasite is the Entamoeba histolytica cyst 30.40% followed by Trichomonas intestinalis 1.4%. Amebiasis, giardiasis and trichomoniasis remain the most pathogenic protozoa associated with poor hygiene and faecal hazard.

Les Salmonelles se retrouvent parmi les agents pathogènes multirésistants qui suscitent une grande inquiétude au Centre Hospitalier de Référence Nationale (CHU-RN) de N’Djamena. Ils sont responsables des toxi-infections alimentaires et de la fièvre typhoïde. Le but de cette étude était d’actualiser la connaissance sur la présence, la diversité et l’antibiorésistance de Salmonella spp dans le milieu hospitalier au Tchad. Au total, 341 spécimens de selles des patients hospitalisés et externes ont été collectés entre août 2018 et févier 2019. L’identification des souches de Salmonella a été réalisée à l’aide de la galérie Api 20E et confirmée par l’automate compact VITEK® 2TM 15 au Tchad et sur le milieu XLT4 de l’institut Pasteur en France. Les isolats ont été caractérisés à l'aide d’un sérotypage en utilisant le Kit de Kauffmann-White. Les tests de sensibilité aux antimicrobiens ont été réalisés selon les directives de EUCAST. Les résultats montrent que le phénotype de résistance aux bêta-lactamases à spectre étendu (BLSE) a été signalé dans 42% des isolats. Environ 2% (6/314) des échantillons étaient positifs pour Salmonella. Parmi les 6 sérovars identifiés, Salmonella enteritidis (50%) était le plus commun, suivi de S. colindale (33,3%) et S. grampian (16,7). 100% des isolats (6) étaient résistants à au moins un antimicrobien. La résistance a été le plus fréquemment observée à l'amoxicilline-acide clavulanique, Cotrimoxazole et à la Tétracycline (100%). De plus, une diminution de sensibilité au ceftriaxone (83,3%) et l’aztreoname (83,3%) a été observée. Nos résultats ont indiqué une augmentation de la contamination par Salmonella et l’apparition des isolats résistants à plusieurs antimicrobiens dans le CHU. Salmonella spp are among the pathogens and multi-resistant agents that are causing great concern at the National Reference General Hospital (HGRN) in N'djamena. They are responsible for food poisoning and typhoid fever. This study has aimed to update knowledge on the presence, diversity and antibiotic resistance of Salmonella spp in hospitals in Chad. A total of 341 stool specimens from inpatients and outpatients were collected between August 2018 and February 2019. The identification of Salmonella strains was carried out using the Api 20E gallery and confirmed by the VITEK® 2TM 15 compact automaton in Chad and on the XLT4 medium at the Pasteur Institute in France. Isolates were characterized by serotyping using the Kauffmann-White Kit. Antimicrobial susceptibility testing was performed according to EUCAST guidelines. Extended-spectrum beta-lactamase (ESBL) resistance phenotype was reported in 42% of isolates. About 2% (6/314) of the samples were positive for Salmonella. Among the 6 sérovars identified, Salmonella enteritidis (50%) was the most common, followed by S. colindale (33.3%) and S. grampian (16.7). 100% of isolates (6) were resistant to at least one antimicrobial. Resistance was most frequently observed to amoxicillin-clavulanic acid, Cotrimoxazole and Tetracycline (100%). Moreover, a decrease in sensitivity to ceftriaxone (83.3%) and aztreonam (83.3%) was observed. Our results indicated an increase in Salmonella contamination and the appearance of isolates resistant to several antimicrobials in the CHU.

Contexte : La Loi sur les agents pathogènes humains et les toxines et le Règlement sur les agents pathogènes humains et les toxines exigent que les incidents de laboratoire soient signalés au système de surveillance de déclaration des incidents en laboratoire au Canada de l’Agence de la santé publique du Canada. L’objectif du présent rapport est de décrire les incidents de laboratoire concernant des expositions survenues au Canada en 2020 et les personnes affectées par ces incidents. Méthodes : Les incidents survenus en laboratoire en 2020 dans des laboratoires canadiens autorisés ont été analysés. Le taux d’incidents d’exposition a été calculé et des statistiques descriptives ont été effectuées. Les incidents d’exposition ont été analysés selon le secteur, type d’activité, type d’événement, cause fondamentale et agent pathogène ou toxine. Les personnes affectées ont été analysées selon l’éducation, la voie d’exposition, le secteur, le rôle et l’expérience en laboratoire. Le temps écoulé entre l’incident et la date du rapport a également été analysé. Résultats : Quarante-deux incidents touchant 57 personnes ont été signalés au système de surveillance de déclaration des incidents en laboratoire au Canada en 2020. Aucune infection contractée en laboratoire n’a été soupçonnée ou confirmée. Le taux d’exposition annuel était de 4,2 incidents pour 100 permis en vigueur. La plupart des cas d’exposition sont survenus pendant les activités de microbiologie (n = 22, 52,4 %) ou ont été signalés par le secteur hospitalier (n = 19, 45,2 %). L’erreur de procédure (n = 16, 27,1 %) et les incidents liés à un objet tranchant ou pointu (n = 13, 22,0 %) étaient les incidents les plus fréquemment signalés. La plupart des personnes touchées ont été exposées par inhalation (n = 28, 49,1 %). Ils travaillaient à titre de techniciens ou de technologues (n = 36, 63,2 %). Les problèmes liés aux procédures opératoires normalisées étaient la cause fondamentale la plus courante (n = 24, 27,0 %), suivie des interactions humaines (n = 21, 23,6 %). Le nombre médian de jours entre les cas d’exposition et la date de déclaration était de six jours. Conclusion : Le taux d’incidents en laboratoire était plus faible en 2020 qu’en 2019, quoique la pandémie en cours ait pu contribuer à cette diminution en raison de la fermeture de lieux de travail non essentiels, notamment des laboratoires, pendant une partie de l’année. Le type d’incident le plus fréquent était l’erreur de procédure, tandis que les problèmes liés au non-respect des procédures opératoires normalisées et les interactions humaines étaient les causes fondamentales les plus citées.

Ce travail reprend des données accumulées au centre international de recherche-développement sur l'élevage en zone subhumide (CIRDES) lors de suivis épidémiologiques. Les prévalences de Trypanosoma vivax, Trypanosoma congolense et Trypanosoma brucei obtenues à l'aide du test ELISA de détection des antigènes circulants ont été comparées chez des animaux infectés ou non par Trypanosoma theileri. Le but était de mettre en évidence l'existence d'éventuelles réactions sérologiques croisées entre T. theileri et les trypanosomes pathogénes. Les résultats obtenus montrent l'absence d'interaction des infections à T. theileri avec le diagnostic des trypanosomes pathogènes par détection des antigènes circulants.

L’examen parasitologique de 738 bovins de types zébu, taurin et de leurscroisements (zébu x taurin) du nord du Togo, d’âge compris entre 1 et12 mois, a permis de mettre en évidence plusieurs agents pathogènes et vecteursappartenant à différents groupes de parasites (piroplasmes, trypanosomes,nématodes, tiques et glossines) et d’évaluer leur fréquence relative(Babesia : 16,9 p. 100 de prévalence ; Trypanosoma : 11,0 p. 100 ; stronglesdigestifs : 46,4 p. 100). Les actions pathogènes de ces parasites sur leurs hôtesont été évaluées par la mesure du taux d’hématocrite (29,3 p. 100 enmoyenne) qui s’est élevé en fin de saison sèche (31,1 p. 100) et dans leszones d’application d’insecticides épicutanés sur le bétail (29,6 p. 100) où lesanimaux étaient suivis dans le cadre du Projet régional de lutte contre la trypanosomoseanimale (Plta). Au plan épidémiologique, le parasitisme desbovins a varié en fonction des zones éco-géographiques, des saisons, du suivides animaux par le Plta, des races, du type d’élevage et de l’âge des animaux.Il a pu être confirmé que la trypanosomose et la strongylose étaient des fléauximportants, en revanche Babesia sp. s’est révélée comme un hémoparasitedont l’impact sur la santé des veaux avait été sous-estimé.

Les auteurs rapportent deux cas cliniques de péritonite à Kocuria rhizophila, un germe peu fréquent mais pathogène, survenus dans un centre de dialyse sur une période de trois mois en 2022. Ces cas ont nécessité la dépose du cathéter de dialyse péritonéale, illustrant la gravité potentielle de ces infections. Les auteurs décrivent les caractéristiques clinico-biologiques de ces péritonites et soulignent la difficulté de distinguer Kocuria des autres cocci Gram positif, comme les staphylocoques, en raison de leur ressemblance morphologique, et la nécessité d’une identification précise pour un traitement approprié. La discussion aborde la fréquence et la gestion des péritonites à Kocuria en France, basée sur une étude observationnelle de cohorte utilisant les données du Registre de Dialyse Péritonéale de Langue Française (RDPLF) entre janvier 2018 et mai 2023. Cette étude a révélé que les péritonites à Kocuria représentaient 3,5% des péritonites documentées, Kocuria rhizophila étant le plus fréquemment identifié. L’étude met en évidence un taux important de récidives et la nécessité fréquente de retirer le cathéter, soulignant la gravité de ces infections. Conclusion : Les auteurs suggèrent qu’en cas de péritonite à Kocuria rhizophila, une dépose-repose rapide du cathéter pourrait être envisagée en raison du taux élevé de récidives. Ils appellent également à une vigilance accrue et à un suivi rapproché des patients traités conservativement par antibiothérapie pour minimiser le risque de récidive et d’échecs techniques, indiquant un besoin de stratégies thérapeutiques adaptées face à ce pathogène spécifique.

Les foyers de cowdriose caprine éclatent sur toute la Basse-Terre et la Grande-Terre, sans réelles fluctuations saisonnières. Le cycle épidémiologique de la maladie est caractérisé par un équilibre instable entre un stock de Cowdria très pathogène, une tique vectrice largement répandue mais très faiblement infectée et une population de chèvres créoles comprenant des lignées plus résistantes que d'autres. Les symptômes sont les suivants : fièvre élevée, symptômes nerveux suivis de la mort si un traitement antibiotique n'est pas administré rapidement. Le seul diagnostic de certitude repose sur l'examen microscopique du cerveau. La meilleure façon de lutter contre la cowdriose est de traiter régulièrement les animaux avec des acaricides.

Détection et quantification de bactéries à faible taux par SPRi Résumé: Le protocole standard pour le diagnostic des bactéries dans le domaine médical et agro-alimentaire reste la culture microbienne, qui prend plusieurs jours pour identifier l'agent pathogène. Cependant, ces temps de latence ne sont pas compatibles avec l'urgence d'analyser rapidement la présence de bactéries pathogènes. Il ya un besoin croissant de vouloir développer de nouveaux outils pour identifier les bactéries pathogènes en un temps plus court. Afin atteindre cet objectif, la technologie de l'imagerie par Résonance des Plasmons de Surface (SPRi) a été utilisée avec succès pour la détection spécifique durant leur croissance des populations bactériennes en utilisant des protéines et/ou des anticorps comme molécule de bio reconnaissance des surfaces bactériennes. Ainsi, la détection spécifique de un à plusieurs milliers de pathogènes/ml peut être réalisé en quelques heures seulement. Dans le présent travail, plusieurs souches bactériennes ont été utilisées comme modèle : Streptococcus pneumoniae R6, Escherichia coli K12 ; ainsi que des agents pathogènes réels (Salmonella enteritidis) apportant la preuve que cette méthode peut être élargie à d'autres souches. Les résultats peuvent être quantitatifs par l'établissement d'une courbe d'étalonnage, permettant ainsi de remonter à la concentration initiale d'un échantillon contaminé. La stratégie développée au cours de ce travail se base sur le couplage simultané de la culture bactérienne et de la détection/identification spécifique, en utilisant l'imagerie SPR. Mots clés en français : Imagerie par résonance plasmonique de surface (SPRi), Streptococcus pneumoniae, E.coli K12, Salmonella enteritidis, croissance bactérienne, interactions, détection, capture, diagnostic, agro-alimentaire, pathogènes.

Les maladies infectieuses font partie des préoccupations mondiales en santé publique, en particulier en raison de la résistance aux antimicrobiens chez certaines bactéries pathogènes. L'espèce Klebsiella pneumoniae est identifiée comme l'une des bactéries multirésistantes les plus préoccupantes. Corynebacterium diphtheriae, responsable de la diphtérie, reste largement sensible aux antibiotiques de première intention dont la pénicilline et peut être contrôlée par les vaccins, mais ré-émerge lorsque la couverture vaccinale est insuffisante. Parmi les moyens de contrôle des maladies infectieuses, la détection et l'identification précise de ces agents pathogènes, ainsi que leur suivi épidémiologique, jouent un rôle primordial. La mise en œuvre du séquençage génomique a révolutionné le génotypage bactérien grâce à son haut pouvoir discriminant, qui permet la distinction des agents pathogènes à l'échelle des souches. Le séquençage génomique permet également la détection de variants et de leurs caractéristiques importantes, telles que leur virulence ou leur résistance. Les travaux de recherche de cette thèse s'articulent sur deux axes principaux. Le premier axe apporte des analyses bio-informatiques de la structure populationnelle de la résistance aux antibiotiques chez C. diphtheriae. Une étude d'association génomique (GWAS) a été réalisée pour définir les bases moléculaires de la résistance, ainsi que les associations avec la production de toxine diphtérique et d'autres caractéristiques des souches. Un nouveau gène de résistance à la pénicilline a été découvert sur un élément mobile chez C. diphtheriae. Un outil de génotypage a été développé spécifiquement pour C. diphtheriae, pour laquelle les liens entre génotypes et phénotypes cliniques sont mal connus. Cet outil consolide et facilite la détection et le génotypage des principaux facteurs de virulence et des gènes de résistance, ainsi que l'usage des nomenclatures des souches à partir de génomes assemblés. Il permet également de prédire les biovars et la toxicité des souches. Le second axe est consacré à la taxonomie génomique infra-spécifique. Une nouvelle approche de classification et de nomenclature génomiques est proposée en utilisant comme modèle l'espèce K. pneumoniae. Ces travaux détaillent la conception et l'implémentation d'un système de codes-barres qui combine le regroupement par Single Linkage MultiLevel (MLSL) et les LIN (Life Identification Number) codes, tous deux basés sur le même schéma de typage core-genome MLST (cgMLST). Cette approche taxonomique innovante résulte en une nomenclature infra-spécifique précise et stable, qui est de plus largement déployable chez les autres espèces bactériennes. Une étude de la structure phylogénétique de C. diphtheriae a également été réalisée, avec la mise en œuvre d'un système cgMLST sur la base duquel une taxonomie génomique des souches a été proposée. Sur la base des nouveaux apports et concepts précédemment exposés, plusieurs études de cas ont été réalisées : mise en évidence et caractérisation d'une nouvelle espèce bactérienne (C. rouxii), précédemment confondue avec C. diphtheriae ; et épidémiologie génomique de la diphtérie dans différentes régions du monde, ou à partir de sources cliniques humaines et animales. Ces applications de la taxonomie génomique associée à la détection des gènes de résistance aux antibiotiques illustrent le potentiel des méthodes et des outils développés durant cette thèse afin de contribuer à la recherche et à la surveillance génomique des bactéries pathogènes
Infectious diseases are a global public health concern, particularly due to antimicrobial-resistance in some pathogenic bacteria. Klebsiella pneumoniae is one of the most worrying multiresistant bacteria. Corynebacterium diphtheriae, which causes diphtheria, remains largely susceptible to first-line antibiotics, including penicillin, and can be controlled through vaccination, but re-emerges when vaccination coverage is insufficient. Among the effective infection control measures, the accurate detection and identification of these pathogens, as well as their epidemiological monitoring, play a key role. In the recent years, the implementation of whole-genome sequencing (WGS) has revolutionised bacterial genotyping, by providing discrimination at the strain level. Genomic sequencing also enables the detection of variants and their important characteristics, such as virulence or antimicrobial resistance. The research work of this thesis is structured around two main axes. The first axis provides bioinformatic analyses of the population structure of antimicrobial resistance in C. diphtheriae. A genome-wide association study (GWAS) was performed to determine the genetic basis behind the resistance phenotypes, as well as the associations with diphtheria toxin production and other strain characteristics. A new penicillin resistance gene was discovered on a mobile element in C. diphtheriae. A genotyping tool was developed specifically for C. diphtheriae, for which the links between genotypes and clinical phenotypes are poorly known. This tool consolidates and facilitates the detection and genotyping of the main virulence factors and resistance genes, as well as the use of strain nomenclatures from assembled genomes. It also enables the prediction of biovars and toxicity of strains. The second axis relates to infra-species genomic taxonomy. A new approach of genome-based classification and nomenclature of strains was developed using K. pneumoniae as a model. This work describes the design and implementation of a barcoding system that combines Single Linkage MultiLevel (MLSL) clustering and Life Identification Number (LIN) codes, both based on the same core-genome MLST (cgMLST) typing scheme. This innovative taxonomic approach, widely applicable to other bacterial species, yields precise and stable nomenclatures. A study of the phylogenetic structure of C. diphtheriae was also carried out, with the implementation of a cgMLST scheme on the basis of which a genomic taxonomy of strains was proposed. Based on the contributions and concepts presented above, several case studies were carried out: identification and characterisation of a new species (C. rouxii), previously misidentified as C. diphtheriae; genomic epidemiology of diphtheria in different world regions or clinical sources. These applications of genomic taxonomy in combination with antimicrobial resistance gene detection illustrate the potential of the methods and tools developed during this thesis to support genomic research and surveillance of pathogenic bacteria

Legionella pneumophila, l’agent responsable de la légionellose est transmissible à l’Homme par les aérosols environnementaux et infecte les macrophages pulmonaires. Après l’exposition à différents stress L. pneumophila est capable de d’entrer dans un état Viable Non Cultivable (VBNC) qui semble être une stratégie de survie. L’objectif de nos travaux était d’étudier l’état VBNC de différentes souches de L. pneumophila après des traitements thermique et chimique et d’évaluer le pouvoir infectieux des formes VBNC envers les macrophages et les cellules épithéliales alvéolaires. Nous avons étudié les profils physiologiques de L. pneumophila de trois souches différentes. Les résultats montrent que pour chaque souche 3 populations peuvent être identifiées, les légionelles viables cultivables, les VBNC et les bactéries mortes. Lorsque soumises aux stress, chaque souche possède un profil physiologique propre et la présence ou non de bactéries VBNC était dépendante du traitement appliqué et de la souche utilisée. La deuxième partie fut relative à l’étude des traitements thermiques de 70°C pendant 30 min et des chocs au dioxyde de chlore de 4, 6 et 7 mg/L pendant 60 min à température ambiante sur ces VBNC. Aucune légionelle VBNC n’est capable de se développer au sein des cellules et aucune croissance sur milieu BCYE n’a été observée après co-culture. La suite de notre étude a été d’étudier le comportement, envers les macrophages, de L. pneumophila revivifiées après culture sur amibes. Les résultats montrent que les légionelles VBNC induites par choc thermique et revivifiées par co-culture sur Acanthamoeba polyphaga sont capables d’infecter de nouveau les macrophages. En conclusion, ces résultats suggèrent que: (i) les formes VBNC de L. pneumophila ne sont pas spontanément infectieuses pour les macrophages et les cellules épithéliales alvéolaires in vitro et (ii) elles peuvent devenir pathogènes pour les cellules humaines après revivification préalable sur A. polyphaga
Legionella pneumophila, the causative agent of legionellosis is transmitted to human through aerosols from environmental sources and invades lung’s macrophages. It also can replicate within various protozoan species in environmental reservoirs. Following exposures to various stresses, L. pneumophila enters a Viable Non Cultivable state (VBNC) which is likely to be a survival strategy. The objective of our work was to study the VBNC forms of several strains of L. pneumophila serogroup 1 obtained after thermal and chemical treatments and to evaluate the infectivity of these VBNC forms against macrophages and alveolar epithelial cells. First we studied the physiological patterns of the three different strains (Philadelphia GFP 008, 044 clinical and environmental RNN). For all strains we observed the presence of VBNC bacteria in the native (non stressed) state. The results show that for each strain, three populations of Legionella can be identified: viable and culturable, VBNC and dead cells. Once submitted to the various stresses, we observed that each strain had its own physiological pattern and the presence (or not) of VBNC bacteria was dependent on the applied treatment and the strain used. The second part was related to the study of the pathogenicity of these VBNC forms against macrophages or epithelial cells. The study focused on heat shock treatment at 70°C for 30 min and chlorine dioxide treatment at 4, 6 and 7 mg/L for 60 min at room temperature. The results show that no Legionella VBNC forms were able to grow within the cells and no growth on BCYE medium was observed after co-culture. Then we investigated the behavior of L. pneumophila resuscitated after culture on ameba within macrophages. The results shows that Legionella VBNC induced by heat shock treatment and resuscitated by Acanthamoeba polyphaga co-culture are able to infect macrophages. In conclusion, these results suggest that: (i) the VBNC forms of L. pneumophila are not infectious for macrophages and alveolar epithelial cells in vitro and; (ii) they can be pathogenic for human cells after revivification by an amoeba (A. polyphaga)

Le mildiou de la vigne, causé par le pathogène Plasmopara viticola, est une maladie cryptogamique pouvant causer de sérieux dégâts sur les récoltes. Pour éviter ces pertes, il est nécessaire de recourir à des produits phytosanitaires. Outre leur coût financier, les questions sur la santé des viticulteurs et des populations vivant à proximité des vignobles, ainsi que la protection de l’environnement ne peuvent être ignorées. Cependant, toutes les variétés de vigne ne présentent pas la même sensibilité au pathogène. En effet, bien qu’elles soient moins appréciées pour leurs qualités organoleptiques, les variétés américaines sont résistantes à cette maladie. Les combiner par croisement variétal avec des espèces européennes peut constituer une alternative viable aux traitements antifongiques. Cependant, pour piloter effacement ces problèmes de sélection variétal, il est nécessaire de mieux appréhender la relation « hôte-pathogène ». C’est dans ce but que l’analyse par spectrométrie de masse a été employée sous différents aspects
Downy mildew, caused by the Plasmopara viticola pathogen, is a fungal disease which can induce serious harvest damages. To avoid these losses, it is necessary to use phytosanitary treatments. In addition to their financial cost, winegrower’s health issues and the environment protection cannot be ignored. However, all grapevine varieties do not present the same sensitivity to the pathogen. Indeed, despite of poor organoleptic qualities, American varieties are resistant to this disease. Combining them with European species by varietal crossing may be a viable alternative to these treatments. However, to lead efficiently these cross breeding programs, it is necessary to know more about the relationship "host-pathogen". In this context, analysis by mass spectrometry has been used under different aspects

Les gastroentérites aiguës affectent chaque année entre un quart et la moitié des personnes dans le Monde. Elles sont causes de morbidité, de mortalité et de coûts de santé importants. Leur transmission directe ou indirecte via l’eau, les aliments, l’air ou les surfaces inertes dépend de leur étiologie (virale, bactérienne ou parasitaire) et du contexte local. Bogotá et sa région présentent plusieurs spécificités : des eaux usées rejetées en rivière souvent sans ou après seulement un traitement primaire, la mise en décharge des papiers toilettes, couches et protections souillés par les excréments, et une consommation de fruits et légumes faible et limitée à des produits bon marché irrigués par des eaux pouvant être contaminées fécalement. Notre thèse visait à évaluer les flux de certains pathogènes entériques de l’Homme dans l’environnement à proximité de Bogotá et à essayer de relier ces flux à la santé de la population.La thèse a associé trois contributions. Premièrement, une méthode de culture du norovirus humain a été mise au point en utilisant des villosités intestinales isolées de souris comme modèle cellulaire présentant toute la diversité des cellules épithéliales intestinales. Plusieurs concentrations en trypsine ont été testées pour activer les norovirus ; la méthode a été appliquée à des échantillons fécaux et environnementaux. Deuxièmement, les contaminations en E. coli et en pathogènes entériques de l’Homme ont été suivies dans des eaux (lixiviat de décharge, eau de ruissellement, rivière, eau d’irrigation, eau potable), des légumes-feuilles mangés crus (blettes) et l'air (au-dessus d’une décharge, en zone rurale, en zone urbaine) dans la région de Bogotá. Troisièmement, l’impact des contextes socioéconomiques et des pratiques individuelles (alimentation, hygiène et santé) sur les cas de gastroentérites aiguës a été testé à partir d’enquêtes réalisées dans un district de Bogotá et analysées par divers outils (analyse en composante principale, modélisation …).Nous avons montré que les villosités intestinales isolées de souris permettent l'infection et la réplication du norovirus humain. Le virus doit être activé avec de la trypsine et a un cycle réplicatif moyen de 10 h. Les villosités sont efficaces pour obtenir un matériel biologique abondant et sont idéales pour étudier l'activité biologique du norovirus ou générer des anticorps. Elles ont permis de voir des norovirus non détectés par méthode moléculaire dans certains excréments ou échantillons environnementaux ; les échantillons positifs par méthode moléculaire ou en immunodot-blot contenaient quasiment tous des norovirus infectieux. Au niveau régional, les rejets d'eaux usées dans les rivières Bogotá et Balsillas et dans le marais Tres Esquinas contaminent le réseau d'irrigation de La Ramada au nord-ouest de Bogotá en E. coli et potentiellement en pathogènes entériques de l’Homme. Les blettes récoltées dans cette zone étaient fortement contaminées, en contraste d’autres zones de culture. Leur contamination évoluait de leur production à leur achat dans les commerces de proximité, les lavages pouvant être contaminants ou décontaminants, les manipulations sur l’étal des marchands étant contaminantes. L’air était souvent contaminé par E. coli et par Shigella spp., sans pouvoir attribuer à la décharge Doña Juana un rôle particulier. La présence de Shigella spp. était observée parallèlement dans plus de la moitié des selles des personnes diarrhéiques. Les enquêtes réalisées ont montré que la fréquence annuelle des gastroentérites aiguës diminuait avec l’accroissement de l’âge des personnes ; elle semblait plus faible dans les foyers avec personnes âgées, peut-être en lien avec des pratiques plus strictes en matière d’hygiène, alimentaire notamment
Acute gastroenteritis affect between a quarter and a half of people in the World each year. They are responsible for significant morbidity, mortality and healthcare costs. Their direct or indirect transmissions via water, food, air or inert surfaces depend on their aetiology (viral, bacterial or parasitic) and the local context. Bogotá and its region have several specificities: wastewater are often discharged into rivers without or after primary treatment only, the deposit in landfill of toilet papers and diapers soiled by excrement, and the low consumption of fruits and vegetables largely restricted to a handful of relatively cheap products that may be irrigated by surface freshwaters heavily contaminated with faeces. Our PhD aimed to assess the fluxes of some human enteric pathogens in the region of Bogotá and to try to relate these fluxes to the population health. The PhD combined three contributions. First, a method for culturing the human norovirus has been developed using isolated mouse intestinal villi as a cell model exhibiting the full diversity of intestinal epithelial cells. Several concentrations of trypsin were tested to activate noroviruses; the method was applied to faecal and environmental samples. Second, contamination with E. coli and some human enteric pathogens was monitored in water (landfill leachate, runoff water, river, irrigation water, drinking water), leafy vegetables eaten raw (chards) and air (above a landfill, in rural areas, in urban areas) in the Bogotá region. Third, the impact of socioeconomic contexts and individual practices (food, hygiene and health) on cases of acute gastroenteritis was assessed from surveys carried out in one district of Bogotá and analysed by various tools (principal component analysis, modelling …). We have shown that mouse isolated intestinal villi allow the infection and replication of human norovirus. The virus has to be activated with trypsin and has an average replicative cycle of 10 h. Villi are efficient in obtaining abundant biological material and are ideal for studying the biological activity of norovirus or for generating antibodies. They made it possible to see infectious noroviruses not detected by molecular method in several faeces and environmental samples; almost all samples positive by molecular method or immunodot-blot contain infectious noroviruses. At the regional level, the discharges of wastewater in the Bogotá and Balsillas rivers and in Tres Esquinas march contaminate the irrigation network of La Ramada area in the northwest of Bogotá with E. coli and potentially human enteric pathogens. Chards harvested in this area were heavily contaminated, in contrast to other growing areas. Their contamination evolved from their production to their purchase in nearby stores, washings increasing or decreasing their contamination, and handling on the merchant's stalls increasing contamination. The air was often contaminated with E. coli and Shigella spp.; it was not possible to detect a particular contribution of the Doña Juana landfill in pathogen aerosolization. The presence of Shigella spp. was observed in parallel in more than half of the stools of people with diarrhoea. Surveys have shown that the annual frequency of acute gastroenteritis decreases with increasing age; it seemed less common in households with elderly people, possibly due to stricter food hygiene practices. A transmission model of acute gastroenteritis distinguishing contamination from outside the households and contaminations between people in the same households did not show significant differences between neighbourhoods. Used to simulate numerical experiments, it suggests working on much higher numbers of surveys
La gastroenteritis aguda afecta entre una cuarta parte y la mitad de las personas en el mundo cada año. Son responsables de importantes costos de morbilidad, mortalidad y asistencia sanitaria. Sus transmisiones directas o indirectas a través del agua, alimentos, aire o superficies inertes dependen de su etiología (viral, bacteriana o parasitaria) y del contexto local. Bogotá y su región aledaña tienen varias especificidades: las aguas residuales a menudo se vierten a los ríos sin o solo después de un tratamiento primario, el depósito de papel higiénico y pañales sucios con excrementos son dispuestos generalmente en un relleno sanitario, y el bajo consumo de frutas y verduras restringido en gran medida a un puñado de productos relativamente baratos pueden ser irrigados por aguas dulces superficiales muy contaminadas con excrementos. Nuestra tesis doctoral tuvo como objetivo evaluar los flujos de algunos patógenos entéricos humanos en la región de Bogotá y tratar de relacionar estos flujos con la salud de la población. El doctorado combinó tres contribuciones. En primer lugar, se desarrolló un método para cultivar el norovirus humano utilizando vellosidades intestinales aisladas de ratón como modelo celular que exhibe la diversidad completa de células epiteliales intestinales. Se probaron varias concentraciones de tripsina para activar norovirus; el método se aplicó a muestras fecales y ambientales. En segundo lugar, se evidenció la contaminación de E. coli y patógenos entéricos humanos en el agua (lixiviados de vertedero, agua de escorrentía, río, agua de riego, agua potable), vegetales de hoja que se comen crudos (acelgas) y aire (sobre un vertedero sanitario, así como en áreas rurales y urbanas) en la región de Bogotá. En tercer lugar, se evaluó el impacto de los contextos socioeconómicos y las prácticas individuales (alimentación, higiene y salud) frente a los casos de gastroenteritis aguda a partir de encuestas realizadas en una localidad de Bogotá y analizadas mediante diversas herramientas (análisis de componentes principales, modelización…). Con este doctorado, hemos demostrado que las vellosidades intestinales aisladas de ratón permiten la infección y la replicación del norovirus humano. El virus debe activarse con tripsina y tiene un ciclo replicativo promedio de 10 h. Las vellosidades son eficaces para obtener abundante material biológico y son ideales para estudiar la actividad biológica de los norovirus o para generar anticuerpos. Ellas permitieron ver norovirus infecciosos no detectados por método molecular en varias heces y muestras ambientales; casi todas las muestras positivas por método molecular o inmunodot-blot contienían norovirus infecciosos. A nivel regional, los vertidos de aguas residuales en los ríos Bogotá y Balsillas y en el humedal Tres Esquinas contaminan la red de riego La Ramada en el noroeste de Bogotá con E. coli y potencialmete con patógenos entéricos humanos. Las acelgas recolectadas en esta área resultaron muy contaminadas, a diferencia de otras áreas de cultivo. Su contaminación evolucionó desde la producción hasta su compra en las tiendas cercanas, los lavados aumentaron o disminuyeron su contaminación y la manipulación en los puestos de comercio aumentaron la contaminación. El aire a menudo estaba contaminado con E. coli y Shigella spp., sin poder atribuir al relleno sanitario Doña Juana un rol particular. A su vez la presencia de Shigella spp. se observó en paralelo en más de la mitad de las deposiciones de personas con diarrea. Las encuestas demostraron que la frecuencia anual de gastroenteritis aguda disminuye respecto al aumento en edad; parecía menos común en hogares con personas mayores, posiblemente debido a prácticas de higiene alimentaria más estrictas. Un modelo de transmisión de gastroenteritis aguda que distinguió la contaminación fuera de los hogares y las contaminaciones entre personas dentro de los mismos hogares no mostró diferencias significativas entre vecindarios