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Thematische Bibliographien / Rna 3 / Zeitschriftenartikel

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Zeitschriftenartikel zum Thema „Rna 3“

Autor: Grafiati

Veröffentlicht am 27. Juni 2021

Zuletzt aktualisiert am 13. Februar 2022

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1

Manley, J. L., N. J. Proudfoot und T. Platt. „RNA 3'-end formation“. Genes & Development 3, Nr. 12b (01.12.1989): 2218–22. http://dx.doi.org/10.1101/gad.3.12b.2218.

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2

Olagunju, Temitayo Adebanji, Chisom Ezekannagha und Andreas Gisel. „3’-Tag RNA-sequencing“. EMBnet.journal 26, A (08.07.2021): e968. http://dx.doi.org/10.14806/ej.26.a.968.

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3

Desai, Kevin K., Craig A. Bingman, Chin L. Cheng, George N. Phillips und Ronald T. Raines. „Structure of RNA 3′-phosphate cyclase bound to substrate RNA“. RNA 20, Nr. 10 (26.08.2014): 1560–66. http://dx.doi.org/10.1261/rna.045823.114.

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4

O'TOOLE, A. S. „Stability of 3' double nucleotide overhangs that model the 3' ends of siRNA“. RNA 11, Nr. 4 (01.04.2005): 512–16. http://dx.doi.org/10.1261/rna.7254905.

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5

LI, Z. „Co-evolution of tRNA 3' trailer sequences with 3' processing enzymes in bacteria“. RNA 11, Nr. 5 (01.05.2005): 567–77. http://dx.doi.org/10.1261/rna.7287505.

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6

Zheng, Dinghai, Xiaochuan Liu und Bin Tian. „3′READS+, a sensitive and accurate method for 3′ end sequencing of polyadenylated RNA“. RNA 22, Nr. 10 (10.08.2016): 1631–39. http://dx.doi.org/10.1261/rna.057075.116.

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7

Terenzi, Silvia, Ewa Biała, Nhat Quang Nguyen-Trung und Peter Strazewski. „Amphiphilic 3′-Peptidyl-RNA Conjugates“. Angewandte Chemie International Edition 42, Nr. 25 (30.06.2003): 2909–12. http://dx.doi.org/10.1002/anie.200350926.

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8

GOULD, Allan R., und Robert H. SYMONS. „Cucumber Mosaic Virus RNA 3“. European Journal of Biochemistry 126, Nr. 2 (03.03.2005): 217–26. http://dx.doi.org/10.1111/j.1432-1033.1982.tb06769.x.

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9

Mahy, B. W. J. „RNA genetics vols. 1–3“. Virus Research 12, Nr. 4 (April 1989): 393–94. http://dx.doi.org/10.1016/0168-1702(89)90096-8.

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10

Scott, Daniel D., und Chris J. Norbury. „RNA decay via 3′ uridylation“. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Gene Regulatory Mechanisms 1829, Nr. 6-7 (Juni 2013): 654–65. http://dx.doi.org/10.1016/j.bbagrm.2013.01.009.

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11

Choi, Y. S., W. Patena, A. D. Leavitt und M. T. McManus. „Widespread RNA 3'-end oligouridylation in mammals“. RNA 18, Nr. 3 (30.01.2012): 394–401. http://dx.doi.org/10.1261/rna.029306.111.

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12

Potenza, Nicoletta, Loredana Moggio, Giovanna Milano, Vincenzo Salvatore, Benedetto Di Blasio, Aniello Russo und Anna Messere. „RNA Interference in Mammalia Cells by RNA-3’-PNA Chimeras“. International Journal of Molecular Sciences 9, Nr. 3 (12.03.2008): 299–315. http://dx.doi.org/10.3390/ijms9030299.

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13

Moritz, B., und E. Wahle. „Simple methods for the 3' biotinylation of RNA“. RNA 20, Nr. 3 (21.01.2014): 421–27. http://dx.doi.org/10.1261/rna.042986.113.

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14

Ohlson, J., J. S. Pedersen, D. Haussler und M. Ohman. „Editing modifies the GABAA receptor subunit 3“. RNA 13, Nr. 5 (01.05.2007): 698–703. http://dx.doi.org/10.1261/rna.349107.

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15

Rouleau, Samuel, Jean-Pierre Sehi Glouzon, Andrea Brumwell, Martin Bisaillon und Jean-Pierre Perreault. „3′ UTR G-quadruplexes regulate miRNA binding“. RNA 23, Nr. 8 (04.05.2017): 1172–79. http://dx.doi.org/10.1261/rna.060962.117.

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16

Mitchell, David, Andrew J. Renda, Catherine A. Douds, Paul Babitzke, Sarah M. Assmann und Philip C. Bevilacqua. „In vivo RNA structural probing of uracil and guanine base-pairing by 1-ethyl-3-(3-dimethylaminopropyl)carbodiimide (EDC)“. RNA 25, Nr. 1 (19.10.2018): 147–57. http://dx.doi.org/10.1261/rna.067868.118.

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17

Su, W., S. V. Slepenkov, M. K. Slevin, S. M. Lyons, M. Ziemniak, J. Kowalska, E. Darzynkiewicz, J. Jemielity, W. F. Marzluff und R. E. Rhoads. „mRNAs containing the histone 3' stem-loop are degraded primarily by decapping mediated by oligouridylation of the 3' end“. RNA 19, Nr. 1 (27.11.2012): 1–16. http://dx.doi.org/10.1261/rna.034470.112.

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18

Huang, Fenix W. D., Wade W. J. Peng und Christian M. Reidys. „Folding 3-Noncrossing RNA Pseudoknot Structures“. Journal of Computational Biology 16, Nr. 11 (November 2009): 1549–75. http://dx.doi.org/10.1089/cmb.2008.0194.

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19

Vasserot, Alain P., Ingrid Hoffmann, Karim Tabiti und Max L. Birnstiel. „3? Processing of histone RNA precursors“. Molecular Biology Reports 14, Nr. 2-3 (1990): 211–12. http://dx.doi.org/10.1007/bf00360478.

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20

Hein, Pyae P., Murali Palangat und Robert Landick. „RNA Transcript 3′-Proximal Sequence Affects Translocation Bias of RNA Polymerase“. Biochemistry 50, Nr. 32 (16.08.2011): 7002–14. http://dx.doi.org/10.1021/bi200437q.

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21

Hendricks, Robert T., Stacey R. Spencer, James F. Blake, Jay B. Fell, John P. Fischer, Peter J. Stengel, Vincent J. P. Leveque et al. „3-Hydroxyisoquinolines as inhibitors of HCV NS5b RNA-dependent RNA polymerase“. Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters 19, Nr. 2 (Januar 2009): 410–14. http://dx.doi.org/10.1016/j.bmcl.2008.11.060.

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22

Young, Benjamin, und Thomas R. Cech. „Specificity for 3′,5′-linked substrates in RNA-catalyzed RNA polymerization“. Journal of Molecular Evolution 29, Nr. 6 (Dezember 1989): 480–85. http://dx.doi.org/10.1007/bf02602919.

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23

Didiano, D., und O. Hobert. „Molecular architecture of a miRNA-regulated 3' UTR“. RNA 14, Nr. 7 (29.05.2008): 1297–317. http://dx.doi.org/10.1261/rna.1082708.

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24

Ryan, K., A. Khleborodova, J. Pan und X. P. Ryan. „Small molecule activators of pre-mRNA 3' cleavage“. RNA 15, Nr. 3 (20.01.2009): 483–92. http://dx.doi.org/10.1261/rna.1262509.

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25

Wilusz, J. E., und D. L. Spector. „An unexpected ending: Noncanonical 3' end processing mechanisms“. RNA 16, Nr. 2 (09.12.2009): 259–66. http://dx.doi.org/10.1261/rna.1907510.

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26

KUFEL, J. „3'-processing of yeast tRNATrp precedes 5'-processing“. RNA 9, Nr. 2 (01.02.2003): 202–8. http://dx.doi.org/10.1261/rna.2145103.

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27

Davila Lopez, M., und T. Samuelsson. „Early evolution of histone mRNA 3' end processing“. RNA 14, Nr. 1 (12.11.2007): 1–10. http://dx.doi.org/10.1261/rna.782308.

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28

Tanaka, N., und S. Shuman. „Structure-activity relationships in human RNA 3'-phosphate cyclase“. RNA 15, Nr. 10 (18.08.2009): 1865–74. http://dx.doi.org/10.1261/rna.1771509.

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29

DICHTL, B. „Functions for S. cerevisiae Swd2p in 3' end formation of specific mRNAs and snoRNAs and global histone 3 lysine 4 methylation“. RNA 10, Nr. 6 (01.06.2004): 965–77. http://dx.doi.org/10.1261/rna.7090104.

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30

Hollerer, Ina, und Andreas E. Kulozik. „The best of 25 years: mRNA 3′end processing“. RNA 21, Nr. 4 (16.03.2015): 640–41. http://dx.doi.org/10.1261/rna.050062.115.

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31

Winter, Julia, und Sven Diederichs. „Argonaute-3 activates the let-7a passenger strand microRNA“. RNA Biology 10, Nr. 10 (Oktober 2013): 1631–43. http://dx.doi.org/10.4161/rna.26424.

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32

Chaudhury, Arindam, George S. Hussey und Philip H. Howe. „3'-UTR-mediated post-transcriptional regulation of cancer metastasis“. RNA Biology 8, Nr. 4 (Juli 2011): 595–99. http://dx.doi.org/10.4161/rna.8.4.16018.

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33

Gamper, Howard, und Ya-Ming Hou. „tRNA 3′-amino-tailing for stable amino acid attachment“. RNA 24, Nr. 12 (14.09.2018): 1878–85. http://dx.doi.org/10.1261/rna.068015.118.

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34

Teramoto, T., Y. Kohno, P. Mattoo, L. Markoff, B. Falgout und R. Padmanabhan. „Genome 3'-end repair in dengue virus type 2“. RNA 14, Nr. 12 (24.10.2008): 2645–56. http://dx.doi.org/10.1261/rna.1051208.

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35

Song, M. G., und M. Kiledjian. „3' Terminal oligo U-tract-mediated stimulation of decapping“. RNA 13, Nr. 12 (27.09.2007): 2356–65. http://dx.doi.org/10.1261/rna.765807.

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36

Remus, Barbara S., Agata Jacewicz und Stewart Shuman. „Structure and mechanism ofE. coliRNA 2′,3′-cyclic phosphodiesterase“. RNA 20, Nr. 11 (19.09.2014): 1697–705. http://dx.doi.org/10.1261/rna.046797.114.

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37

Zheng, Dinghai, Hana Cho, Wei Wang, Xavier Rambout, Bin Tian und Lynne E. Maquat. „3′READS + RIP defines differential Staufen1 binding to alternative 3′UTR isoforms and reveals structures and sequence motifs influencing binding and polysome association“. RNA 26, Nr. 11 (12.08.2020): 1621–36. http://dx.doi.org/10.1261/rna.076133.120.

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38

Kupsco, J. M., M. J. Wu, W. F. Marzluff, R. Thapar und R. J. Duronio. „Genetic and biochemical characterization of Drosophila Snipper: A promiscuous member of the metazoan 3'hExo/ERI-1 family of 3' to 5' exonucleases“. RNA 12, Nr. 12 (19.10.2006): 2103–17. http://dx.doi.org/10.1261/rna.186706.

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39

Chen, Gang, Brent M. Znosko, Xiaoqi Jiao und Douglas H. Turner. „Factors Affecting Thermodynamic Stabilities of RNA 3 × 3 Internal Loops†“. Biochemistry 43, Nr. 40 (Oktober 2004): 12865–76. http://dx.doi.org/10.1021/bi049168d.

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40

Dimock, Kenneth, Erling W. Rud und C. Yong Kang. „3'-Terminal sequence of human parainfluenza virus 3 genomic RNA“. Nucleic Acids Research 14, Nr. 11 (1986): 4694. http://dx.doi.org/10.1093/nar/14.11.4694.

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41

Dimock, Kenneth, Erling W. Rud und C. Yong Kang. „3′-Terminal sequence of human parainfluenza virus 3 genomic RNA“. Nucleic Acids Research 14, Nr. 18 (1986): 7512. http://dx.doi.org/10.1093/nar/14.18.7512.

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42

Zaug, A. J., J. Lingner und T. R. Cech. „Method for Determining RNA 3' Ends and Application to Human Telomerase RNA“. Nucleic Acids Research 24, Nr. 3 (01.02.1996): 532–33. http://dx.doi.org/10.1093/nar/24.3.532.

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43

Nashimoto, M. „RNA heptamers that direct RNA cleavage by mammalian tRNA 3' processing endoribonuclease“. Nucleic Acids Research 26, Nr. 11 (01.06.1998): 2565–72. http://dx.doi.org/10.1093/nar/26.11.2565.

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44

Yi, MinKyung, und Stanley M. Lemon. „3′ Nontranslated RNA Signals Required for Replication of Hepatitis C Virus RNA“. Journal of Virology 77, Nr. 6 (15.03.2003): 3557–68. http://dx.doi.org/10.1128/jvi.77.6.3557-3568.2003.

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Annotation:

ABSTRACT We describe a mutational analysis of the 3′ nontranslated RNA (3′NTR) signals required for replication of subgenomic hepatitis C virus (HCV) RNAs. A series of deletion mutants was constructed within the background of an HCV-N replicon that induces the expression of secreted alkaline phosphatase in order to examine the requirements for each of the three domains comprising the 3′NTR, namely, the highly conserved 3′ terminal 98-nucleotide (nt) segment (3′X), an upstream poly(U)-poly(UC) [poly(U/UC)] tract, and the variable region (VR) located at the 5′ end of the 3′NTR. Each of these domains was found to contribute to efficient replication of the viral RNA in transiently transfected hepatoma cells. Replication was not detected when any of the three putative stem-loop structures within the 3′X region were deleted. Similarly, complete deletion of the poly(U/UC) tract abolished replication. Replacement of a minimum of 50 to 62 nt of poly(U/UC) sequence was required for detectable RNA replication when the native sequence was restored in a stepwise fashion from its 3′ end. Lengthier poly(U/UC) sequences, and possibly pure homopolymeric poly(U) tracts, were associated with more efficient RNA amplification. Finally, while multiple deletion mutations were tolerated within VR, each led to a partial loss of replication capacity. The impaired replication capacity of the deletion mutants could not be explained by reduced translational activity or by decreased stability of the RNA, suggesting that each of these mutations may impair recognition of the RNA by the viral replicase during an early step in negative-strand RNA synthesis. The results indicate that the 3′-most 150 nt of the HCV-N genome [the 3′X region and the 3′ 52 nt of the poly(U/UC) tract] contain RNA signals that are essential for replication, while the remainder of the 3′NTR plays a facilitating role in replication but is not absolutely required.

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Shimizu, S., M. Ohki, N. Ohkubo, K. Suzuki, M. Tsunoda, T. Sekiguchi und A. Takenaka. „RNA splicing related proteins; crystal structure of RNA 3′-terminal phosphate cyclase“. Acta Crystallographica Section A Foundations of Crystallography 64, a1 (23.08.2008): C307. http://dx.doi.org/10.1107/s0108767308090181.

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46

Gruber, Andreas R., Georges Martin, Walter Keller und Mihaiela Zavolan. „Cleavage factor Imis a key regulator of 3′ UTR length“. RNA Biology 9, Nr. 12 (Dezember 2012): 1405–12. http://dx.doi.org/10.4161/rna.22570.

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47

Lee, Dooyoung, Daechan Park, June Hyun Park, Jong Heon Kim und Chanseok Shin. „Poly(A)-specific ribonuclease sculpts the 3′ ends of microRNAs“. RNA 25, Nr. 3 (27.12.2018): 388–405. http://dx.doi.org/10.1261/rna.069633.118.

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Nicholson, B. L., B. Wu, I. Chevtchenko und K. A. White. „Tombusvirus recruitment of host translational machinery via the 3' UTR“. RNA 16, Nr. 7 (27.05.2010): 1402–19. http://dx.doi.org/10.1261/rna.2135210.

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Newman, M. A., V. Mani und S. M. Hammond. „Deep sequencing of microRNA precursors reveals extensive 3' end modification“. RNA 17, Nr. 10 (17.08.2011): 1795–803. http://dx.doi.org/10.1261/rna.2713611.

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50

Harnisch, Christiane, Simona Cuzic-Feltens, Juliane C. Dohm, Michael Götze, Heinz Himmelbauer und Elmar Wahle. „Oligoadenylation of 3′ decay intermediates promotes cytoplasmic mRNA degradation inDrosophilacells“. RNA 22, Nr. 3 (19.01.2016): 428–42. http://dx.doi.org/10.1261/rna.053942.115.

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