Um die anderen Arten von Veröffentlichungen zu diesem Thema anzuzeigen, folgen Sie diesem Link: Ribosomal maturation.
Dissertationen zum Thema „Ribosomal maturation“
Geben Sie eine Quelle nach APA, MLA, Chicago, Harvard und anderen Zitierweisen an
Machen Sie sich mit Top-37 Dissertationen für die Forschung zum Thema "Ribosomal maturation" bekannt.
Neben jedem Werk im Literaturverzeichnis ist die Option "Zur Bibliographie hinzufügen" verfügbar. Nutzen Sie sie, wird Ihre bibliographische Angabe des gewählten Werkes nach der nötigen Zitierweise (APA, MLA, Harvard, Chicago, Vancouver usw.) automatisch gestaltet.
Sie können auch den vollen Text der wissenschaftlichen Publikation im PDF-Format herunterladen und eine Online-Annotation der Arbeit lesen, wenn die relevanten Parameter in den Metadaten verfügbar sind.
Sehen Sie die Dissertationen für verschiedene Spezialgebieten durch und erstellen Sie Ihre Bibliographie auf korrekte Weise.
1
Nord, Stefan. „The importance of maturation factors in 30S ribosomal subunit assembly“. Doctoral thesis, Umeå universitet, Institutionen för molekylärbiologi (Teknisk-naturvetenskaplig fakultet), 2010. http://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:umu:diva-35890.
Der volle Inhalt der QuelleAnnotation:
The assembly of the ribosome is a complex process that needs to be highly efficient to support maximum growth. Although the individual subunits of the ribosome can be reconstituted in vitro, such a reaction is inefficient in comparison to the assembly rate in vivo. What differentiates the in vivo from the in vitro assembly is primarily the presence of ribosome assembly proteins. These are proteins that assist in the assembly of the ribosomal subunits but are not part of the mature ribosome. In bacteria, the ribosome assembly proteins include rRNA processing enzymes and rRNA/ribosomal protein (r-protein) modifying enzymes. One set of ribosome assembly proteins, the ribosome maturation factors, have been difficult to classify due to their differences in structure and their apparent lack of similarities with regard to function. As part of this thesis, the previously uncharacterized RimP (ribosome maturation) protein formerly known as P15A or YhbC, was studied. Deletion of the rimP gene affected the growth rate more severely at 44°C than at 37°C and 30°C. Polysome profile analysis revealed a decrease in the amount of translating ribosomes and a corresponding increase in the amount of free 50S and 30S ribosomal subunits. The disproportionate large increase in 50S relative to 30S subunits indicated a 30S assembly defect. RimP was shown to localize to the 30S ribosomal subunit, and an accumulation of 17S rRNA, a precursor to 16S rRNA, supports a role for RimP in 30S subunit maturation. The results from in vitro reconstitution experiments have given valuable insights in the assembly of the 30S subunit. By using a recently developed method, the role of ribosome maturation factors Era, RimM and RimP during in vitro reconstitutions of the 30S subunit was investigated. Era was found to increase the incorporation rate for most of the late binding r-proteins, while RimM and RimP had more specific effects. RimM increased the incorporation rate for r-proteins S19 and S9 and inhibited the incorporation of S13 and S12, whereas RimP increased the incorporation rate primarily for S12 and S5. A comparison of the ribosome maturation factors RimP and RbfA (ribosome binding factor A) revealed structural similarities between the N-terminal domain of RimP and the single domain of RbfA. RbfA is a 15 kDa protein that was found to high copy-suppress a dominant C23U 16S rRNA mutation giving rise to cold-sensitivity in E. coli. A number of chromosomal suppressor mutations that increased the growth rate of an rbfA null mutant were isolated. The five strongest suppressor mutations were localized to the rpsE gene, for r-protein S5 and resulted in amino acid substitutions in three positions: G87A, G87S, G91A, A127V and A127T. These alterations improved translation and the processing of 16S rRNA in the rbfA null mutant. Moreover, they also suppressed the slow growth of the C23U rRNA mutant at 30, 37 and 44°C.Monteringen av ribosomen är en komplex process som måste vara effektiv för cellen skall kunna växa så fort som möjligt. Det är visat sedan tidigare att ribosomens två subenheter kan monteras ihop in vitro och sedan vara del av en ribosom som gungerar vid proteinsyntes, dock är den typen av rekonstrueringsreaktioner mycket ineffektiva i jämförelse med vad som krävs in vivo. Skillnaden mellan dessa två tillstånd är primärt in vivo-reaktionens närvaro av hjälpproteiner. Hjälpproteinerna assisterar monteringen av ribosomens subenheter men är själva inte en del av den färdiga ribosomen. Inom denna klass av proteiner återfinns proteiner som t.ex. processerar ribosomalt RNA och proteiner som modifierar ribosomalt RNA och ribosomala protein. En klass av hjälpproteiner, mognadsfaktorerna, har varit svåra att klassificera på grund av strukturella olikheter och en brist på funktionella likheter. En del i detta avhandlingsarbete var karaktäriseringen av den tidigare okända mognadsfaktorn RimP, tidigare kallad YhbC eller P15A. En deletion av rimP hade störst påverkan på tillväxthastigheten vid 44°C, men effekter kunde även ses vid 30°C och 37°C. En analys av den ribosomala statusen visade på en minskning av ribosomer aktiva i translation och en motsvarande ökning av fria 50S- och 30S-subenheter. Den oproportionerligt höga ökningen av fria 50S-subenheter, i relation till 30S-subenheter, indikerade att något var fel i monteringen av 30S-subenheten. RimP-proteinet återfanns lokaliserat till fria 30S-subenheter, och en ökning av omoget 16S ribosomalt RNA i en stam som saknar RimP stödjer dess roll i monteringen av 30S-subenheten. Rekonstrueringsexperiment In vitro har gett många värdefulla ledtrådar till hur 30S-subenheten monteras ihop. Genom att använda en nyligen utvecklad metod kunde vi undersöka hur mognadsfaktorerna Era, RimM och RimP påverkade monteringen av ribosomens 30S subenhet in vitro. Era ökade inkorporeringshastigheten av många av de ribosomala proteiner som inkorporeras sent i monteringen av 30S, medans RimM och RimP uppvisade mer specifika effekter. RimM ökade inkorporeringshastigheten för de ribosomala proteinerna S19 och S9, men dessutom inhiberade RimM inkorporeringen av de ribosomala proteinerna S13 och S12. RimP uppvisade den tydligaste effekten av de undersökta proteinerna genom att kraftigt öka 8 inkorporeringshastigheten för det ribosomala proteinet S12, och ökade även inkorporeringshastigheten för det ribosomala proteinet S5. En jämförelse av de två mognadsfaktorerna RbfA och RimP visade på strukturella likheter mellan RimP:s N-terminala domän och den enda domänen hos RbfA. RbfA är ett 15 kDa protein som upptäcktes som en hög-kopiesupressor av en dominant C23U-mutation i 16S ribosomalt RNA som leder till köld-känslighet hos E. coli. Ett antal kromosomala supressormutationer som ökade tillväxthastigheten för en mutant som saknar RbfA isolerades och de fem starkaste av dessa lokaliserades till rpsE genen som kodar för det ribosomala proteinet S5. Mutationerna gav upphov till aminosyra utbyten i tre positioner i S5: G87A, G87S, G91A, A127T och A127V. Förändringarna i S5 förbättrade translationen och processningen av 16S ribosomalt RNA i mutantensom saknar RbfA. Dessutom förbättrade mutationerna tillväxthastigheten hos C23U-mutanten vid 30, 37 och 44°C.
2
Trinquier, Aude. „Coupling between transfer RNA maturation and ribosomal RNA processing in Bacillus subtilis“. Thesis, Université de Paris (2019-....), 2019. http://www.theses.fr/2019UNIP7066.
Der volle Inhalt der QuelleAnnotation:
La synthèse des protéines cellulaires requiert à la fois des ribosomes fonctionnels et des ARN de transfert (ARNt) matures comme molécules adaptatrices. Les ribosomes sont de larges complexes ribonucléoprotéiques dont la biogenèse représente la plupart de la transcription cellulaire et consomme une majeure partie de l’énergie de la cellule. Par conséquent, la biogenèse des ribosomes fait l’objet d’une régulation importante afin d’ajuster le nombre de ribosomes aux besoins de la cellule et de dégrader efficacement les particules défectueuses qui pourraient interférer avec la traduction. Les ARNs ribosomiques (ARNr) et les ARNt sont tous deux transcrits sous formes de précurseurs et sont universellement maturés pour devenir fonctionnels pour la traduction. Ce travail de thèse a permis de mettre en évidence un couplage entre la maturation des ARNt et la biogenèse des ribosomes chez la bactérie modèle à Gram positif Bacillus subtilis. Ainsi, l’accumulation d’ARNt immatures lors d’une déplétion en enzymes de maturation, abolit spécifiquement la maturation en 3’ de l’ARNr 16S par l’endoribonucléase YqfG/YbeY, dernière étape dans la formation de la petite sous-unité ribosomique (30S). Nous avons mis en évidence que ce défaut de maturation résultait d’un défaut d’assemblage tardif du 30S coïncidant avec des changements d’expression de plusieurs facteurs d’assemblage du ribosome. Nous avons montré que cette modulation d’expression provenait d’effets transcriptionel et post-transcriptionel. De façon inédite, nos résultats indiquent que l’accumulation d’ARNt immatures est perçue par RelA (le facteur de la réponse stringente), déclenchant la production de (p)ppGpp. Nous avons observé que cette synthèse de (p)ppGpp et la baisse concomitante des niveaux de GTP cellulaire, inhibe la maturation de l’ARNr 16S en 3’, probablement via un blocage des GTPases impliquées dans l’assemblage des ribosomes. L’inhibition de la maturation de l’ARNr 16S côté 3’ est supposée conduire, par la suite, à une dégradation des particules partiellement assemblées par la RNase R. Ainsi, nos résultats supportent un modèle où RelA jouerait un rôle central ; en percevant une déficience de maturation des ARNt et en ajustant, en conséquence, la biogenèse des ribosomes via la production de (p)ppGpp. Ce mécanisme de couplage permettrait de maintenir un équilibre fonctionnel entre ARNt et ARNr, les deux composants majeurs de la machinerie de traductionCellular protein synthesis both requires functional ribosomes and mature transfer RNAs (tRNAs) as adapter molecules. The ribosomes are large essential ribonucleoprotein complexes whose biogenesis accounts for most of cellular transcription and consumes a major portion of the cell’s energy. Ribosome biogenesis is therefore tightly adjusted to the cellular needs and actively surveilled to rapidly degrade defective particles that could interfere with translation. Interestingly, tRNAs and ribosomal RNAs (rRNAs) are both transcribed from longer primary transcripts and universally require processing to become functional for translation. In this thesis, I have characterized a coupling mechanism between tRNA processing and ribosome biogenesis in the Gram-positive model organism Bacillus subtilis. Accumulation of immature tRNAs during tRNA maturase depletion, specifically abolishes 16S rRNA 3’ processing by the endonuclease YqfG/YbeY, the last step in small ribosomal subunit formation. We showed that this maturation deficiency resulted from a late small subunit (30S) assembly defect coinciding with changes in expression of several key 30S assembly cofactors, mediated by both transcriptional and post-transcriptional effects. Interestingly, our results indicate that accumulation of immature tRNAs is sensed by the stringent factor RelA and triggers (p)ppGpp production. We showed that (p)ppGpp synthesis and the accompanying decrease in GTP levels inhibits 16S rRNA 3’ processing, most likely by affecting GTPases involved in ribosome assembly. The inhibition of 16S rRNA 3’ processing is thought to further lead to degradation of partially assembled particles by RNase R. Thus, we propose a model where RelA senses temporary slow-downs in tRNA maturation and this leads to an appropriate readjustment of ribosome biogenesis. This coupling mechanism would maintain the physiological balance between tRNAs and rRNAs, the two major components of the translation machinery
3
Akhtar, Y. „Studies on the maturation pathway of ribosomal precursor RNA : Analysis of Xenopus ribosomal RNA synthesised by transcription in vitro“. Thesis, University of Liverpool, 1987. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.382054.
Der volle Inhalt der Quelle
4
Durovic, Peter Vincent. „Characterisation of a novel pathway for ribosomal RNA maturation in Sulfolobus acidocaldarius“. Thesis, University of British Columbia, 1993. http://hdl.handle.net/2429/41498.
Der volle Inhalt der QuelleAnnotation:
Since the initial proposition that the archaebacteria form a primary kingdom as
distinct as that of the eubacteria or the eukaryotes, sequence data generated from the
ribosomal RNA genes have flooded the databases and periodicals. Phylogenetic trees based on
these sequences have been constructed to map the finest details of topology and branching
order within the archaebacteria. Yet, despite the plethora of sequence data, relatively little was
discovered regarding rRNAgene regulation, transcript processing and requirements for mature
ribosome function. The aim of this study is to analyze possible novel regulatory mechanisms
in the rRNA genes of the extremely thermoacidophilic archaebacterium Sulfolobus
acidoccddccrius.
The three ribosomal RNA genes were cloned and sequenced. The gene organization was
confirmed to differ from that of the halophilic archaebacteria and the eubacteria: the 5S gene
was not linked to the 16S and 23S operon, and the operon lacked recognizable tRNA
sequences. Southern hybridization unveiled, and sequence data confirmed a long-standing
confusion regarding species identity. The previously published Sulfolobus acidocaldarius 5S
sequence was shown to have been attributed to the wrong species.
Mapping experiments showed that both transcripts initiated downstream of a
previously defined archaebacteria! promoter sequence. While sequence data showed the 5S
transcript start site and end site to be coincidental with the mature 5S termini, the 16S-23S
transcript was shown to contain a 143 nucleotide transcribed leader sequence, a 138
nucleotide intergenic sequence, and a trailer sequence of at least 105 nucleotides. Inverted
repeat sequences within these transcribed non-coding regions allow for the formation of
numerous stem-loops conforming to a semi-conserved archaebacterial structure. While no
processing took place within the 5S transcript, extensive processing of the 16S-23S transcript
was observed. Of the 12 processing sites mapped, only 6 could be accounted for in the context
of precursor processing and maturation events known directly or inferred by analogy from the
halophilic archaebacteria and the eubacteria. Alignment of the remaining sites revealed a
non-trivial sequence and structural similarity. If the novel processing indeed took place in the postulated context, it would mark a
radical departure from the expected maturation mechanism thought to predate the speciation
of archaebacteria and eubacteria. To examine this possibility, in vitro transcripts from
judiciously selected DNA fragments were subjected to cell-free extract. Analysis of the resultant
cleavage products confirmed the presence not only of a novel processing activity mediated by a
ribonucleoprotein complex but also of a novel processing pathway. Based on the locations of
the novel processing sites within the primary 16S-23S transcript, a model for transcriptional
regulation independent of polycistronic linkage is presented.Medicine, Faculty of
Medical Genetics, Department of
Graduate
5
Intine, Robert V. A. „Structural features of the 5' ETS in Schizosaccharomyces pombe essential for ribosomal RNA maturation“. Thesis, National Library of Canada = Bibliothèque nationale du Canada, 1999. http://www.collectionscanada.ca/obj/s4/f2/dsk1/tape7/PQDD_0006/NQ40374.pdf.
Der volle Inhalt der Quelle
6
Braun, Christina [Verfasser], und Jorge [Akademischer Betreuer] Perez-Fernandez. „Functional characterization of Pol5 in the maturation of both ribosomal subunits / Christina Braun ; Betreuer: Jorge Perez-Fernandez“. Regensburg : Universitätsbibliothek Regensburg, 2020. http://d-nb.info/1220080578/34.
Der volle Inhalt der Quelle
7
Teubl, Fabian [Verfasser], und Joachim [Akademischer Betreuer] Griesenbeck. „Structural and Functional Studies on the Role of Noc3p for Large Ribosomal Subunit Maturation in Saccharomyces cerevisiae / Fabian Teubl ; Betreuer: Joachim Griesenbeck“. Regensburg : Universitätsbibliothek Regensburg, 2020. http://d-nb.info/1223198138/34.
Der volle Inhalt der Quelle
8
TAVERNITI, VALERIO. „RNA MATURATION/DEGRADATION IN MYCOBACTERIA: IN VIVO AND IN VITRO CHARACTERIZATION OF RNASE J AND RNASE E“. Doctoral thesis, Università degli Studi di Milano, 2011. http://hdl.handle.net/2434/151782.
Der volle Inhalt der QuelleAnnotation:
Escherichia coli and Bacillus subtilis have very different sets of ribonucleases, in particular the presence of RNase E and RNase J, respectively, that have been used to explain significant differences in RNA metabolism between these the two model organisms. However, these studies might have somewhat polarized our view of RNA metabolism, while recent works outline models of RNA degradation that are more similar than has been thought. In fact, the recent characterization of RNase Y as the scaffold for the degradosome assembly in B. subtilis lead to the consideration that RNA degradation in B. subtilis might begin through an endonucleolitycal cleavage, followed by exonucleolytical degradation.
In this work, we have identified a functional RNase J in Mycobacterium smegmatis and characterized its in vitro 5’-3’ exo- and endonucleolytic activities. Furthermore, we constructed two mutants in M. smegmatis rnj: a conditional and a knock out mutant, thus demonstrating that in M. smegmatis the gene is not essential, contrary to the RNase J1 function in B. subtilis.
In M. smegmatis RNase J co-exists with RNase E, a configuration that enabled us to study how these two key nucleases collaborate. A conditional mutant in the rne gene was constructed, demonstrating that this function is essential for M. smegmatis, as it is in E. coli. Moreover, a conditional mutant in Mycobacterium tuberculosis, confirmed its essentiality also in this organism.
We studied the respective roles of the M. smegmatis RNase J and RNAse E ribonucleases in the 5’ end maturation of the katG transcript, previously demonstrated to derive from an endoribonucleolytic processing. Here we find that RNase E is responsible of the specific cleavage of the 5’ katG end.
Further, we show that RNase E and RNase J are involved in the 5’ end processing of all three ribosomal RNAs. Thus the maturation pathways of rRNAs in M. smegmatis are quite different from those observed in both E. coli and B. subtilis. Studying organisms containing different combinations of key ribonucleases can thus significantly broaden our view of the strategies directing RNA metabolism used by various organisms.
9
Dumont, Julien. „Contrôle des divisions asymétriques et de l'arrêt CSF dans l'ovocyte de souris : rôles de la GTPase Ran, de la Formine-2 et de p90rsk“. Paris 6, 2006. http://www.theses.fr/2006PA066357.
Der volle Inhalt der Quelle
10
Bertrand, Alexis. „Caractérisation fonctionnelle de mutations somatiques compensatrices d'elF6 dans le contexte du syndrome de Shwachman- Diamond“. Electronic Thesis or Diss., université Paris-Saclay, 2024. http://www.theses.fr/2024UPASL089.
Der volle Inhalt der QuelleAnnotation:
Le syndrome de Shwachman Diamond (SDS) est une ribosomopathie génétique rare entraînant une altération de la synthèse protéique associée à de nombreux symptômes, notamment une insuffisance médullaire et une neutropénie pouvant évoluer vers un syndrome de myélodysplasie ou une leucémie myéloïde aiguë. Les mutations bialléliques du gène SBDS sont responsables de plus de 90 % des cas de SDS et nous avons récemment identifié des mutations bialléliques EFL1 comme une nouvelle cause génétique de SDS. SBDS et EFL1 évincent le facteur elF6 de la sous-unité ribosomale pré60S, permettant à cette dernière d'interagir avec la sous-unité 40S pour former le ribosome mature 80S. L'acquisition naturelle d'événements génétiques somatiques au fil du temps participe au développement des maladies liées à l'âge et au développement des cancers. Cependant, dans les maladies mendéliennes, ces événements peuvent, dans de rares cas, contrer l'effet délétère de la mutation germinale et conférer un avantage sélectif aux cellules somatiquement modifiées, un phénomène appelé sauvetage génétique somatique (SGR). Nous avons récemment montré que plusieurs événements génétiques somatiques affectantl'expression ou la fonction d'elF6 sont fréquemment détectés dans les clones sanguins de patients atteints de SDS mais pas chez les individus sains, suggérant un mécanisme de SGR. Alors que la plupart de ces mutations somatiques induisent une déstabilisation de elF6 ou une haploinsuffisance d'EIF6, une mutation récurrente (N106S) n'affecte pas l'expression/stabilité d'elF6 mais réduit sa capacité à interagir avec la sous-unité 60S. Afin d'étudier plus en détail les conséquences fonctionnelles de l'haploinsuffisance de EIF6 et de la mutation N106S dans un contexte de SDS, j'ai introduit via CRISPR/Cas9 ces mutations dans des lignées fibroblastiques immortalisées de patients SDS et de contrôle. Ces modèles cellulaires originaux ont permis de déterminer l'impact de la mutation N106S sur la la localisation et la fonction d'elF6 mais aussi de préciser les effets de ces mutations sur plusieurs aspects du « fitness » cellulaire, notamment la biogenèse des ribosomes, le taux de traduction et la prolifération cellulaire. Dans l'ensemble, le développement de ce modèle a aidé à caractériser comment la mutation N106S et l'haploinsuffisance somatique de elF6 confèrent un avantage sélectif dans les cellules déficientes en SBDS ou EFL1Shwachman Diamond syndrome (SDS) is a rare genetic ribosomopathy leading to impaired protein synthesis, which causes numerous symptoms including bone marrow failure and neutropenia that can evolve to myelodysplasia syndrome or acute myeloid leukaemia. Biallelic mutations in the SBDS gene are responsible of above 90% of the SDS cases and we recently identified biallelic EFL1 mutations as a novel cause of SDS. SBDS together with EFL1 remove the anti-association factor elF6 from the pre60S ribosomal subunit, allowing its interaction with the 40S subunit to form the mature ribosome 80S. Natural acquisition of somatic genetic events over time participâtes to age-related diseases and cancer development. However, in Mendelian diseases these events can, in rare case, counteract the deleterious effect of the germline mutation and provide a sélective advantage to the somatically modified cells, a phenomenon dubbed Somatic Genetic Rescue (SGR). We recently showed that several somatic genetic events affecting the expression or function of elF6 are frequently detected in blood clones from SDS patients but not in healthy individuals, suggesting a mechanism of SGR. While most of these somatic mutations induce elF6 destabilization or EIF6 haploinsufficiency, one récurrent mutation (N106S) did not affect the expression of elF6 but rather impact its ability to interact with the 60S subunit. In order to further investigate the functional conséquences of ElF6 haploinsufficiency and N106S mutation in a context of SDS, I introduced via CRISPR/Cas9 these mutations in immortalized fibroblastic cell line from SDS patients and control. These original cellular models hâve made it possible to détermine the impact of the N106S mutation on the localisation and function of elF6 and also to clarify the effects of these mutations on several aspects of cellular fitness, in particular ribosome biogenesis, translation rate and cell prolifération. Overall, the development of these cellular models has helped to characterise how the somatic N106S mutation and elF6 haploinsufficiency confer a sélective advantage in cells déficient in SBDS or EFL1
11
Carron, Coralie. „Maturation des pré-ribosomes humains et nucléologenèse post-mitotique“. Toulouse 3, 2010. http://thesesups.ups-tlse.fr/1102/.
Der volle Inhalt der QuelleAnnotation:
Principalement étudiée chez la levure Saccharomyces cerevisiae, la biogenèse des ribosomes est un processus ubiquitaire encore peu décrit chez les mammifères. Les études menées ces dernières années dans ces organismes ont décrit de nouvelles étapes de maturation des ARNr au sein des métazoaires. Les différences dans les étapes de ce processus entre homme et levure ainsi que le nombre croissant de maladies liées à des défaut de biogenèse des ribosomes soulèvent l'intérêt de l'étude de ces mécanismes dans des organismes pluricellulaires, en particulier chez l'homme. Le but de ma thèse consistait à préciser les étapes de la maturation et de l'assemblage de petite sous-unité ribosomique, dont la production est plus simple que celle de la grande sous-unité. Pour cela, je me suis intéressée à deux orthologues humains de facteurs pré-ribosomiques de S. Cerevisiae, Enp1p et Tsr1p, intervenant à des étapes distinctes, i. E. Précoce et nucléaire pour Enp1p, et tardive et cytoplasmique pour Tsr1p. Les résultats obtenus ont montré la conservation de ces protéines en tant que facteurs pré-ribosomiques requis pour la maturation de la petite sous-unité chez l'homme. Nous avons ainsi décrit une nouvelle étape de maturation de l'ARNr 18S dans les cellules humaines, le pré-ARNr 21S-C, ainsi qu'un couplage export-maturation de la particule pré-40S spécifique à l'homme. Lors de la perte d'expression de la bystine et de certaines protéines ribosomiques, nous avons observé de manière inattendue un défaut de résorption des corps pré-nucléolaires en sortie de mitose. Les corps pré-nucléolaires (ou PNBs) sont des structures transitoires, décrites jusque là comme des plates-formes d'assemblage pour la reformation des nucléoles. Nos résultats mettent en évidence pour la première fois que la maturation des ribosomes reprend au sein même des PNBs. Ceci nous amène à proposer que ce soit ce mécanisme qui oriente la résorption ordonnée et progressive des PNBs en début de phase G1. De manière intéressante, la perte d'expression de certaines protéines ribosomiques impliquées dans la DBA entraîne des défauts de résorption des PNBs ainsi qu'un délai dans la progression en phase G1, ce qui soulève la question de la conséquence des défauts de la réorganisation post-mitotique du noyau dans les mécanismes physiopathologiques. L'ensemble de ces résultats mettent donc en exergue des spécificités de la biogenèse des ribosomes chez les mammifères et précisent une partie des mécanismes mis en œuvre lors de la nucléologenèse post-mitotique. Ils ouvrent ainsi un nouvel axe de recherche pour explorer des liens entre des défauts de biogenèse des ribosomes et le développement de pathologiesMostly studied in the yeast S. Cerevisiae, ribosome biogenesis is a ubiquitous process, which is still poorly described in mammals. Recent studies performed in these organisms have revealed new maturation steps in mammals. These differences between yeast and human pre-rRNA processing together with the increasing number of diseases linked to ribosome biogenesis defects have fueled interest for these mechanisms in pluricellular organisms, especially Human. The objective of this thesis was to better define the mechanism underlying assembly and maturation of the small subunit, the production of which is simpler than that of the large subunit. This study was focused in two human orthologs of yeast pre-ribosomal factors, Enp1p and Tsr1p, known to be required at distinct steps of 40S particle maturation, i. E. Early and nuclear step for Enp1p and late and cytoplasmic step for Tsr1p. Our results show that these two proteins have conserved functions in mammalian small subunit biogenesis compared to yeast. However, we also find differences in the coordination between the export and the maturation of the pre-40S particle, and we describe a new 18S rRNA processing intermediate in human cells, the 21S-C pre-rRNA. After depletion of bystin or ribosomal protein, we unexpectedly observed a defect in pre-nucleolar bodies resorption at the end of the mitosis. Pre-nucleolar bodies (PNBs) are transient structures, described as assembly platforms for nucleoli reformation. Our results show for the first time that ribosome maturation is reactivated in PNBs. This leads us to propose that the ordered and progressive resorption of PNBs at the unset of the G1 phase is directed by pre-rRNA processing. Interestingly, depletion of some ribosomal proteins involved in DBA prevents resorption of PNBs and delays progression through G1 phase, which raises the issue of the possible involvement of post-mitotic nuclear organization defects in pathophysiological mechanisms. These results highlight ribosome biogenesis specificities in mammals and define part of post-mitotic nucleologenesis mechanisms
12
Schillewaert, Stéphanie. „Etude de la maturation et de l'assemblage du ribosome eucaryote: caractérisation fonctionnelle de nouveaux facteurs trans-“. Doctoral thesis, Universite Libre de Bruxelles, 2011. http://hdl.handle.net/2013/ULB-DIPOT:oai:dipot.ulb.ac.be:2013/209826.
Der volle Inhalt der QuelleAnnotation:
La synthèse du ribosome est un processus compliqué, très hiérarchisé et essentiel à toutes les cellules vivantes. La complexité de ce processus tient notamment au fait que les différentes étapes de la biogenèse du ribosome eucaryote sont temporellement et spatialement organisées dans des compartiments cellulaires différents (le nucléole, le nucléoplasme et le cytoplasme). Il est toutefois connu que le pré-ARNr 35S (le précurseur de trois des quatre ARNr, les ARNr 18S, 5.8S et 25S) est pris en charge dès sa synthèse par des facteurs impliqués dans sa maturation. Ainsi, la formation d’un ribosome requiert l’association, sur le transcrit naissant, des facteurs de synthèse, au nombre de 400. Ces facteurs essentiels interagissent transitoirement avec l’ARNr et ne font pas partie des particules ribosomiques matures impliquées dans la traduction. Leur rôle est d’assister le remodelage constant du pré-ribosome et le processus d’assemblage des sous-unités.Parmi ces facteurs de synthèse, nous avons caractérisé en détail, chez la levure et chez l’homme, la protéine Las1 impliquée dans la maturation des deux extrémités de l’ITS2, séquence qui sépare les ARNr 5.8S et 25S/28S. Chez la levure, en absence de la protéine Las1, les analyses de profils de polysomes révèlent un déficit de sous-unité 60S et l’apparition d’« halfmères ». Les techniques de purification d’affinité et de gradient de sédimentation nous indiquent que Las1 est associée aux pré-ribosomes 60S et qu’elle interagit avec de nombreux facteurs de synthèse de la petite, de la grande sous-unité ou des deux. De plus, Las1 copurifie avec des pré-ribosomes qui contiennent aussi les exoribonucléases 5’-3’ Rat1/Rai1 et Xrn1. Rai1 coordonne la maturation aux deux extrémités de l’ARNr 5.8S. Nous suggérons que Las1 appartient à un macrocomplexe connectant spatialement des sites de clivages éloignés sur la séquence primaire du pré-ARNr qui seraient rapprochés suite au reploiement de l’ITS2.
Un autre aspect de ce travail de thèse consiste en l’étude de l’assemblage des particules ribonucléoprotéiques et plus spécifiquement du pré-ribosome et des sous-unités ribosomiques eucaryotes. Nous avons utilisé la technique d’immunoprécipitation de chromatine (Ch-IP) pour caractériser l’assemblage d’une structure appelée le « SSU processome ». Celui-ci correspond à un pré-ribosome en formation ainsi que l’assemblage des protéines ribosomiques sur l’ARNr naissant.
Enfin, nous avons étudié le rôle d’une plateforme d’activation de méthyltransférases d’ARN et de protéines, la protéine Trm112 dans la ribogenèse. Nous avons montré que chez la levure, Trm112 est impliquée dans la synthèse du ribosome et dans la progression de la mitose. En absence de cette protéine, les pré-ARNr sont dégradés par un mécanisme de surveillance. Trm112 copurifie avec plusieurs facteurs de synthèse du ribosome dont la méthyltransférase Bud23, impliquée dans la modification post-transcriptionnelle de l’ARNr18S. Trm112 est requise pour cette méthylation et nous postulons que la protéine Bud23 est incapable de se lier aux pré-ribosomes en l’absence de Trm112.
Doctorat en Sciences
info:eu-repo/semantics/nonPublished
13
Bordonné, Rémy. „Structure et expression de genes mitochondriaux de la levure saccharomyces cerevisiae : etude de la maturation des produits de transcription du dna mitochondrial“. Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 1987. http://www.theses.fr/1987STR13187.
Der volle Inhalt der Quelle
14
Soudet, Julien. „Étude de la maturation cytoplasmique de la petite sous-unité ribosomique chez Saccharomyces cerevisiae“. Toulouse 3, 2009. http://thesesups.ups-tlse.fr/2286/.
Der volle Inhalt der QuelleAnnotation:
Les ribosomes constituent un des acteurs majeurs du mécanisme de traduction dans toute cellule vivante. La synthèse des ribosomes est un processus complexe commençant par la transcription d'un pré-ARN ribosomique (ARNr) contenant les futurs ARNr matures ainsi que des séquences qui vont être coupées tout au long de la biogenèse des sous-unités ribosomiques. Chez Saccharomyces cerevisiae, ce ne sont pas moins de 200 facteurs qui interviennent tout au long de ce processus. Nous nous sommes intéressés plus précisément à l'étape cytoplasmique de maturation de la petite sous-unité ribosomique, consistant en une coupure endonucléolytique permettant de passer d'un pré-ARNr 20S contenu dans une particule pré-40S à un ARNr 18S mature contenu dans une sous-unité 40S. Cette sous-unité mature peut ensuite initier la traduction. Le modèle initial proposait que la maturation de la petite sous-unité fût un prérequis à l'initiation de la traduction. Nos expériences ont permis d'observer qu'une fraction du pré-ARNr 20S cosédimente avec les complexes de 80S et polysomes. Cette fraction de pré-ARNr 20S est augmentée dans certains mutants où l'on bloque la maturation de la petite-sous unité dans le cytoplasme. Nous avons confirmé l'existence de ribosomes contenant des particules pré-40S et interagissant avec des ARNm par des approches biochimiques. Ainsi, nos données suggèrent que des sous-unités ribosomiques non matures peuvent initier la traduction. Ces ribosomes aberrants sont alors dégradés via le No Go decay, un mécanisme de contrôle-qualité des ARNs cytoplasmiques. Ainsi, le No Go Decay fonctionnerait comme le mécanisme ultime de contrôle-qualité des sous-unités ribosomiques 40SRibosomes constitute one of the major actors of the mechanism of translation in any living cell. The synthesis of ribosomes is a complex process beginning with the transcription of a pre-ribosomal RNA (rRNA) containing future mature rRNAs as well as sequences that are eliminated during ribosome biogenesis. In Saccharomyces cerevisiae, no less than 200 factors are implicated in this process. We were more precisely interested in the cytoplasmic step of the small ribosomal subunit maturation consisting of an endonucleolytic cleavage of the 20S pre-rRNA contained in a pre-40S particle and leading to the mature 18S rRNA contained in the 40S ribosomal subunit. The initial model was that 40S ribosomal subunit maturation might be a pre-requisite for translation initiation. Our experiments have led to the observation that a fraction of 20S pre-rRNA co-sediments with 80S complexes and polysomes. This 20S pre-rRNA fraction can be increased in mutants impaired in the cytoplasmic step of 40S ribosomal subunit maturation. By biochemical approaches, we confirmed the occurrence of ribosomes containing pre-40S particles and mRNAs. Thus, our data suggest that pre-40S particles can initiate translation. These aberrant ribosomes are then degraded via the No Go decay pathway involved in the quality control of some cytoplasmic RNAs. No-Go Decay would function as an ultimate quality control mechanism of the 40S ribosomal subunit
15
Halladjian, Maral. „Etude de la fonction de l'hélicase Prp43 dans la synthèse des ribosomes et des connexions entre synthèse et maturation du pré-ARN ribosomique chez la levure“. Thesis, Toulouse 3, 2017. http://www.theses.fr/2017TOU30156.
Der volle Inhalt der QuelleAnnotation:
Dans les cellules eucaryotes, la biogenèse des ribosomes débute par la transcription des unités répétées d'ADN ribosomique (ADNr) par l'ARN polymérase I (Pol I). Ce processus génère un transcrit primaire (pré-ARNr), qui contient les séquences correspondant aux ARNr matures 18S, 5.8S et 25S. Le quatrième ARNr (5S) est transcrit indépendamment par Pol III. Le pré-ARNr s'associe de manière co-transcriptionnelle avec des protéines ribosomiques et de nombreux facteurs de maturation pour former une grande particule pré-ribosomique précoce appelée " particule 90S ". Cette particule précoce subit des étapes complexes de maturation générant les particules pré-40S et pré-60S à l'origine des deux sous-unités ribosomiques matures. Une partie de mes travaux de thèse a consisté en l'étude de l'hétérodimère Rpf2-Rrs1 chez la levure. Cet hétérodimère est connu pour son rôle essentiel dans le recrutement au sein des pré-ribosomes de la RNP 5S, une particule contenant l'ARNr 5S associé aux protéines ribosomiques RpL5 et RpL11. Nous avons révélé que Rpf2 et Rrs1 interagissent avec la chromatine de l'ADNr par des expériences d'immunoprécipitation de chromatine (ChIP) et que cette interaction ne dépend pas de l'intégrité des particules pré-ribosomiques. De plus, Rpf2 et Rrs1 interagissent avec des sous-unités de la Pol I et avec plusieurs facteurs associés à la chromatine de l'ADNr in vivo. Ces données suggèrent que le complexe Rpf2-Rrs1 est impliqué dans la régulation de la transcription Pol I en plus de sa fonction dans l'assemblage des pré-ribosomes. Nous avons observé par des expériences d'étalements de Miller que la perte d'expression de Rpf2 et Rrs1 est corrélée avec de fortes perturbations dans l'organisation des unités d'ADNr. Grâce à des expériences de " run-on ", une technique permettant d'évaluer la présence de Pol I actives sur l'ADNr in vivo, j'ai pu montrer par ailleurs que la perte d'expression de Rpf2 et Rrs1 affecte fortement le niveau de transcription Pol I. Des expériences complémentaires suggèrent que le complexe Rpf2-Rrs1 semble être présent sur l'ADNr en absence de transcription Pol I et a la capacité d'interagir directement avec l'ARN Pol I purifiée in vitro. Ces résultats suggèrent que le complexe Rpf2-Rrs1 joue un rôle crucial dans la coordination fonctionnelle entre transcription de l'ADNr et assemblage des particules pré-ribosomiques chez la levure. Une autre partie de mes travaux de thèse a porté sur l'étude de l'hélicase Prp43p. Prp43p est une hélicase à boite DEAH impliquée à la fois dans la synthèse des ribosomes et dans l'épissage des pré-ARNm. Cette hélicase interagit avec des protéines à domaine G-patch qui stimulent son activité enzymatique in vitro par un mécanisme inconnu. Durant ma thèse, nous avons pu montrer que l'activation de Prp43 par des protéines à domaine G-patch semble être en lien avec le mode unique de liaison de l'ATP par cette famille d'hélicases. Des données structurales indiquent que la base purique de la molécule d'ATP est empilée entre l'arginine 159 (R159) du domaine RecA1 et la phénylalanine 357 (F357) du domaine RecA2 dans le site actif de Prp43. L'étude in vitro d'un mutant de Prp43 portant une substitution du résidu F357 en alanine (F357A), nous a permis de montrer que l'absence de l'empilement de la base de l'ATP avec le résidu F357 découple les activités ATPase et hélicase de Prp43. En revanche, la substitution du résidu R159 en alanine affecte à la fois les activités ATPase et hélicase de l'enzyme. Nous avons observé par ailleurs que le mutant R159A induit le même phénotype que celui résultant de l'absence de la protéine Gno1, un des partenaires à domaine G-patch de Prp43. Ce résultat suggère fortement que les défauts de maturation observés en l'absence de Gno1 résultent d'un défaut d'activation de l'activité hélicase de Prp43. Ainsi l'empilement de la base nucléotidique entre les résidus F357 et R159 parait important pour l'activité et la régulation de cette famille d'hélicasesIn eukaryotic cells, ribosome synthesis begins with the transcription of ribosomal DNA (rDNA) by RNA polymerase I (Pol I). This process generates a primary transcript (pre-rRNA), containing the sequences corresponding to the mature 18S, 5.8S and 25S rRNAs. The fourth rRNA (5S) is transcribed independently by RNA Pol III. The pre-rRNA associates co-transcriptionally with some ribosomal proteins and many maturation factors to generate a large initial pre-ribosomal particle called the 90S particle. This particle undergoes a complex maturation process generating the pre-40S and pre-60S particles that will generate the mature ribosomal subunits. The first part of my thesis work consisted in the study of the Rpf2-Rrs1 heterodimer in yeast. This heterodimer is known to be essential for the maturation of pre-60S particles through the recruitment of the 5S RNP, a module containing the 5S rRNA associated to ribosomal proteins RpL5 and RpL11. We showed that Rpf2 and Rrs1 interact with rDNA chromatin using chromatin immunoprecipitation (ChIP) experiments and that this interaction does not depend on the integrity of the pre-ribosomal particles. Moreover, both Rpf2 and Rrs1 interact with Pol I subunits and with several rDNA chromatin-associated factors in vivo. These data suggest a function of the Rpf2-Rrs1 heterodimer in the regulation of Pol I transcription in addition to its role in the maturation of pre-60S particles. Interestingly, we observed using Miller spread experiments that loss of expression of Rpf2 or Rrs1 is correlated with strong perturbations in the organization of rDNA units. Using the "run-on" experiment, a technique allowing to determine the occupancy of active polymerases on the rDNA units, I further showed that loss of expression of Rpf2 or Rrs1 strongly affects Pol I transcription in yeast cells. Additional experiments suggest that the Rpf2-Rrs1 complex is present on rDNA units in absence of Pol I transcription in vivo and interacts with purified Pol I in vitro. These data strongly suggest that the Rpf2-Rrs1 heterodimer is a prime candidate to plays a crucial role in the functional coupling between rDNA transcription and pre-ribosome assembly in yeast cells. The second part of my thesis work focused on the study of the Prp43 helicase in yeast. Prp43 is a helicase from the DEAH/RHA family required for both the synthesis of ribosomes and the splicing of pre-mRNAs. Prp43 interacts with G-patch domain-containing proteins which activate its enzymatic activity in vitro by an unknown mechanism. During my thesis, we showed that the activation of Prp43 by G-patch proteins seems to be linked to the unique nucleotide binding mode of this helicase family. Previous structural data showed that the base of the ATP molecule is stacked between two residues, R159 of the RecA1 domain and F357 of the RecA2 domain in the active site of Prp43. The in vitro study of a Prp43 mutant bearing a substitution of F357 to an alanine (F357A) showed that the lack of stacking of the nucleotide base to the F357 residue uncouples the NTPase and helicase activities of Prp43 in vitro. In contrast the substitution of R159 to an alanine (R159A) reduced both the ATPase and helicase activities of the enzyme. We observed in addition that the Prp43 R159A mutation induces the same phenotype as the one resulting from the absence of Gno1, one of the G-patch domain-containing partners of Prp43. This result strongly suggests that the processing defects observed in the absence of Gno1 result from a failure to activate the Prp43 helicase. Overall we propose that the stacking of the ATP base between residues R159 and F357 is important for the activity and regulation of this helicase family
16
Pantazi, Asimina. „Understanding tumour suppressive responses upon inhibition of ribosome maturation“. Thesis, University of Edinburgh, 2018. http://hdl.handle.net/1842/31416.
Der volle Inhalt der QuelleAnnotation:
Ribosome biogenesis is an essential biological process that is required for cell division and growth. Cancer cells alter their physiology in order to meet their excessive growth demands and therefore maintain abnormal metabolism and homeostasis. Under normal conditions, ribosome biogenesis is tightly regulated to maintain adequate ribosomal content of the cell. However, several oncogenes promote this process and elevated ribosome biogenesis is often found in cancer cells, where it can support the high biosynthetic demand of these cells. Hence, ribosome biogenesis is a process that might provide candidate targets for therapeutic intervention. The main aim of this research was to assess whether inhibition of late stage biogenesis of the 60S ribosomal subunit would result in tumour suppressive responses in normal and cancer cells. We focused upon two GTPases, EFL1 and LSG1, that catalyse the last two cytoplasmic reactions in the maturation of the 60S subunit. We observed that RNAi-based silencing of the GTPases in human lung fibroblasts triggered growth arrest and senescence, which was mediated by the p16 and p53 pathways. Inhibition of these pathways revealed that loss of p53 could bypass the senescence response. However, when cells were plated at low density, knockdown of LSG1 conferred a tumour suppressive response, even in the absence of p53. Knockdown of LSG1 in MCF-10A mammary epithelial cells that lack the p16 locus also induced a robust senescence response and this was also observed in transformed derivatives of MCF-10A cells. Preliminary data obtained in a 3D mammosphere culture model also revealed that inhibition of 60S maturation could elicit an antiproliferative response. Taken together, these data indicate that at least some cancer cells would be responsive to a therapy based upon inhibition of 60S subunit biogenesis. We further characterised the senescence response that was obtained through knockdown of LSG1 by performing gene expression analysis. This revealed a minimal Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) that was restricted to members of the TGF-β family and lacked the canonical pro-inflammatory cytokines and chemokines that are found in the SASP of cells undergoing oncogene-induced senescence (OIS). Surprisingly, we also observed a dramatic increase in expression of multiple genes in the cholesterol biosynthesis pathway, although inhibition of this pathway indicated that cholesterol biosynthesis was not required for the senescence response. Further insight into the mechanisms of induction of the ribosomal stress senescence response was sought through pilot CRISPR screen and reverse phase protein array (RPPA) analyses. These revealed some interesting leads that will direct future studies.
17
Choque, Élodie. „Les étapes précoces de la biogenèse du ribosome chez Saccharomyces cerevisiae“. Toulouse 3, 2012. http://thesesups.ups-tlse.fr/1717/.
Der volle Inhalt der QuelleAnnotation:
Les ribosomes sont des assemblages ribonucléoprotéiques responsables de la traduction des ARNm en protéines. Plus de 200 facteurs nucléiques et protéiques sont requis pour la production et l'assemblage des sous-unités matures du ribosome eucaryote. La biogenèse des ribosomes est un processus complexe comprenant de nombreuses étapes, coordonnées dans le temps et l'espace. Elle débute par la transcription de l'ADNr par l'ARN Pol. I au sein du nucléole. De nombreux facteurs de maturation vont s'assembler sur le transcrit naissant pour former la particule pré-ribosomique précoce. La formation correcte de cette particule est requise pour les clivages co-transcriptionnels aux sites A0, A1 et A2 qui permet la formation des précurseurs de la petit (pré-40S) et de la grande (pré-60S) sous-unité du ribosome. Au cours de ma thèse, je me suis attachée à caractériser précisément le rôle de deux protéines nucléolaires, Nop19p (YGR251W) et Efg1p (YGR271C-A), dans la biogenèse du ribosome. J'ai montré que ces facteurs s'associent physiquement aux particules pré-ribosomiques précoces. Leur absence entraîne l'accumulation d'un précurseur aberrant, le pré-ARNr de 23S, qui résulte d'un clivage direct au site A3. Cela induit un défaut de production de la petite sous-unité du ribosome et aboutit à la mort de la cellule. Nop19p, protéine essentielle, est requise lors des clivages précoces aux sites A0, A1 et A2 du pré-ARNr. Nos résultats montrent qu'elle est nécessaire à l'assemblage de Utp25p au sein du SSU Processome et au désassemblage de l'hélicase à ARN Dhr2p après les étapes précoces de maturation. L'observation du profil de sédimentation des particules ribosomiques en absence de Efg1p montre l'apparition d'une particule de 50S qui a précédemment été décrite comme un intermédiaire potentiel de la petite sous-unité du ribosome. L'apparition de cette particule spécifique, en absence de Efg1p, est concordante avec l'accumulation du pré-ARNr de 23S dont le devenir est toujours discuté. Cette particule de 50S pourrait donc être soit un intermédiaire spécifique de la petite sous-unité du ribosome soit un SSU Processome mal assemblé sujet à dégradationRibosomes are ribonucleoparticles responsible for mRNA translation into protein. In eukaryotes, more than 200 nucleic and proteic factors are required for production and assembly of mature ribosomal subunits. Ribosome biogenesis is a highly complex process including numerous steps, coordinated in time and space. It begins with the rDNA transcription by RNA Pol. I in the nucleolus. Many maturation factors will fit together on the nascent transcript to form the SSU Processome, a pre-ribosomal particle. The proper production of this particle is required for A0, A1 and A2 co-transcriptional cleavages, which lead to the production of small (pre-40S) and large subunit precursors (pre-60S). During my PhD, I have focused to characterize the precise role of two nucleolar proteins, Nop19p (YGR251w) and Efg1p (YGR272c-a), in ribosome biogenesis. I have shown that these factors are physically associated with early pre-ribosomal particles. Their absence lead to the accumulation of an aberrant precursor, 23S pre-rRNA, resulting from a direct cleavage of the nascent transcript in A3. It induces a production defect of the small ribosomal subunit ending to cell death. Nop19p, an essential protein, is required for early A0, A1 and A2 cleavages of the pre-rRNA. Our results show that it is needed for assembly of Utp25p in SSU Processome and for disassociation of RNA helicase Dhr2p after A0, A1and A2 cleavages. Observation of ribosomal particles sedimentation profiles in absence of Efg1p show the emergence of a 50S particle, previously described as a putative intermediate of small subunit. Appearance of this specific particle, in absence of Efg1p, is consistent with 23S pre-rRNA accumulation, whose fate is still in dispute. This 50S particle could be either a specific intermediate of small ribosomal subunit or an improperly assembled SSU Processome to be degraded
18
Savino, Tulia Maria. „NOP 52, une nouvelle protéine impliquée dans la maturation de l'ARNR : séquence, localisation, recrutement en fin de mitose de nucléole“. Paris 5, 2000. http://www.theses.fr/2000PA05S010.
Der volle Inhalt der QuelleAnnotation:
La biogenese des ribosomes met en jeu des machineries recrutees au niveau des genes ribosomiques en fin de mitose. Ces machineries sont peu connues chez les mammiferes. Dans cette etude, nous avons identifie une nouvelle proteine nucleolaire humaine, nop52. Nous avons clone nop52 par criblage d'une banque d'expression. La sequence de nop52 montre qu'elle est conservee et homologue d'une proteine de levure, rrp1 (rrna processing protein 1), impliquee dans l'exclusion de l'its2 de l'arnr. Nop52 se localise dans le composant granulaire du nucleole pendant l'interphase, a la peripherie des chromosomes pendant la mitose et dans les pnb (pre nucleolar body) a la transition telophase/g1. Nous demontrons que les proteines impliquees dans la maturation des arnr forment differents pnb selon qu'elles participent aux etapes precoces ou tardives. Nous avons etabli qu'il existe un ordre de recrutement de ces proteines dans le nucleole et nous proposons que leur cinetique d'adressage est en rapport avec leur fonction. Nous avons suivi par microscopie 4-d dans des cellules vivantes, la formation des pnb et l'assemblage du nucleole. Nos donnees montrent que : les pnb se forment a la peripherie des chromosomes et restent attaches a la chromatine condensee. La fibrillarine et nop52, presentent une cinetique differente d'adressage vers le nor. Cet adressage se fait par des flux a partir des pnb et non par fusion des pnb avec le nucleole comme il etait communement admis. Les pnb contenant la fibrillarine ont une duree de vie plus courte que ceux contenant nop52. Nous proposons que l'assemblage et le desassemblage des pnb controlent le recrutement des proteines dans le nucleole, et nous suggerons que les pnb sont des sites de retention dependants de la presence de pre-arnr. Enfin, nous avons observe le regroupement des territoires chromosomiques differents dans un seul domaine nucleolaire. Cette etude permet de mieux comprendre l'assemblage d'un domaine fonctionnel du noyau : le nucleole.
19
Graindorge, Jean-Sébastien. „Implication de la GTPase Efl1 dans une étape de maturation cytoplasmique des sous-unités 60S de levure“. Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2004. http://www.theses.fr/2004STR13162.
Der volle Inhalt der QuelleAnnotation:
La biogenèse des ribosomes est un processus complexe qui a lieu principalement dans le noyau mais aussi dans le cytoplasme. Les travaux présentés dans cette thèse ont eu pour objectif d'élucider la fonction de Efl1, une GTPase cytoplasmique putative homologue de EF-2 et impliquée dans la biogenèse de la sous-unité 60S. En effet la délétion de EFL1 conduit à une baisse des sous-unités 60S corrélée à des défauts de maturation des ARNr 25S et 5. 8S. D'autre part, une simple mutation ponctuelle du gène TIF6 codant pour un facteur d'assemblage de la sous-unité 60S est capable de compenser l'absence de EFL1. La déplétion de Tif6 provoque les mêmes phénotypes moléculaires que la délétion de EFL1. De plus si Tif6 est normalement localisée dans le nucléole, elle est relocalisée à 50% dans le cytoplasme dans une souche Defl1. L'ensemble de ces données nous a permis d'élaborer un modèle selon lequel Efl1 permet, au cours d'une étape de maturation cytoplasmique des sous-unités 60S, la libération de Tif6 des pré-particules 60S et son recyclage vers le noyau. Ce modèle est étayé par un test in vitro montrant la libération de Tif6 des particules 60S en présence de Efl1. Nous avons aussi pu montrer in vitro que Efl1 est bien une GTPase et que son activité est liée au centre GTPasique des ribosomes. En supposant que Efl1 puisse servir de moteur moléculaire pour permettre des réarrangements structuraux, nous avons sondé le centre GTPasique de particules issues de souches sauvage, révertante et Defl1. Cependant les seules modifications conformationnelles observées dans l'ARNr semblent être liées à un déficit nucléolaire de Tif6 au cours de la biogenèse. Par ailleurs l'analyse par spectrométrie de masse des constituants présents dans les pré-particules 60S issues des trois souches différentes montre qu'aucun facteur d'assemblage ne semble être déficitaire dans une souche Defl1Ribosomal biogenesis is a complex process that occurs principally in the nucleus but also in the cytoplasm. Works present in this thesis had the elucidation of Efl1 function as an object. Efl1, an homologue of EF-2, is a putative cytoplasmic GTPase implied in 60S subunit biogenesis. EFL1 deletion leads to 60S subunits decrease and defaults in 25S and 5. 8S rRNA processing. On the other hand, a single mutation on TIF6, which codes for a 60S subunit assembling factor, is able to compensate for EFL1 deletion. Tif6 depletion and EFL1 deletion present similar molecular phenotypes. Furthermore Tif6, which is localized in the nucleolus in wild-type strain, is relocated at 50% in the cytoplasm of the Defl1 strain. Those datas allowed us to propose that Efl1 promots Tif6 release from 60S particles during a late cytoplasmic step of 60S biogenesis. After its release, Tif6 is recycled in nucleolus. This model is support by an in vitro test showing that Tif6 is released from 60S particles in the presence of Efl1. We have also shown with in vitro tests that Efl1 is a GTPase whose activity is linked to its binding on the GTPase center domain of ribosomes. To verify if Efl1 can act as a molecular motor to generate structural rearrangements like EF-2, we have probed this region in three contexts : wild-type, revertant and Defl1. We observed conformationnal differences on 60S particles from a Defl1 strain but they seem to be linked to the lack of Tif6 in nucleolus during 60S biogenesis. To finish, analysis by mass spectroscopy of proteinic components from 60S preparticles do not show any assembling factor deficit in the Defl1 context but allowed us to identify three unknown factors
20
Rouquette, Jacques. „Export nucléaire des pré-ribosomes“. Toulouse 3, 2005. http://www.theses.fr/2005TOU30250.
Der volle Inhalt der QuelleAnnotation:
Le ribosome est composé de la sous-unité 40S (ARNr de 18S et environ 30 protéines), et de la sous-unité 60S (ARNr de 5,8S, 25S/28S et 5S et environ 40 protéines). Les étapes de maturation des pré-ribosomes se déroulent tout au long du transport dans le noyau, jusqu'à l'étape de translocation nucléocytoplasmique, étape essentielle est spécifique aux eucaryotes. Dans un premier temps, nous avons étudié la fonction des nucléoporines dans le transport des particules pré-40S chez S. Cerevisiae. Ce projet a abouti à une cartographie complète des nucléoporines requises dans le trafic nucléocytoplasmique des particules pré-40S et des mRNP. La translocation de ces particules requiert des ensembles distincts indiquant des modes d'export différents. Dans un deuxième temps, l'étude du transport des pré-ribosomes a été étendue aux mammifères. Pour la première fois, nous avons montré l'existence d'un précurseur de l'ARNr de 18S exporté dans le cytoplasme des mammifères, comme chez S. CerevisiaeThe ribosome is composed of the 40S subunit (18S rRNA associated with about thirty proteins), and the 60S subunit (5. 8S, 25S/28S and 5S rRNAs and approximatively forty proteins). Different maturation steps take place as pre-ribosomal particles are transported through the nucleus, from the nucleolus to the nucleoplasm, until nucleocytoplasmic translocation. On a first stage, we studied nucleoporins function in pre-40S particle transport using budding yeast mutant strains. This project has given rise to a complete inventory of nucleoporins required in both pre-40S particle and mRNP nucleocytoplasmic trafficking. Translocation of pre-ribosomal particles and mRNPs through the NPC needs distinct nucleoporins complexes, partially overlapping, indicating different export pathways. On a second stage, we extended the study of pre-ribosome transport to mammalian cells. For the first time, we show the existence of a new 18S rRNA precursor, exported to the cytoplasm, like in yeast
21
Barbezier, Nicolas. „Étude de la synthèse et de la maturation des précurseurs dicistroniques ARNt-snoARN chez Arabidopsis thaliana“. Perpignan, 2006. http://www.theses.fr/2006PERP0762.
Der volle Inhalt der QuelleAnnotation:
Les C/D snoARN sont des petits ARN nucléolaires présents chez tous les eucaryotes et les archae qui guident la méthylation de nucléotides sur les ARNr ou d’autres ARN cellulaires. In vivo les snoARN sont complexés avec quatre protéines dont la fibrillarine responsable de la méthylation. Chez les plantes les tsnoARN sont un nouveau type d’organisation génomique de snoARN, dont l’expression génère un précurseur dicistronique ARNt-snoARN. Ceci suggère un nouveau mode de maturation de snoARN qui impliquerait des facteurs de la biogenèse des ARNt. Le but de ce travail est d’identifier l’endonucléase responsable de la maturation du prétsnoARN et de rechercher d’autres facteurs impliqués dans la synthèse et la maturation des tsnoARN. Lors de ce travail, nous avons montré que les tsnoARN sont répandus chez les plantes et que leurs transcriptions dépendaient de l’ARN polymérase III qui synthétise les ARNt. In vivo des mutations de l’ARNt du tsnoARN comme l’inactivation des gènes de la tRNASEZ et d’un homologue de RNT1P n’affectent pas l’expression du snoARN. Pour contourner les problèmes éventuels de redondance génique, nous avons donc créé un système in vitro qui reproduit la maturation du prétsnoARN basé sur l’utilisation d’extraits nucléaires d’inflorescences de choux fleur. Nous avons alors montré que la maturation du prétsnoARN s’effectue par deux voies distinctes dont une seule implique la tRNaseZ. Enfin l’étude de prétsnoARN mutés dans les boîtes C ou D impliqués dans la reconnaissance des protéines du complexe snoRNP suggère que le système in vitro mis au point reproduit l’assemblage de ces particulesSmall nucleolar RNAs of class C/D (C/D snoRNAs) represent a large class of small non coding RNAs guiding methylation of ribosomal RNAs and other cellular RNAs. In plants more than a hundred genes have been identified in Arabiodopsis thaliana. Most of them are organised in clusters and expressed as polycistronic precursors that must be processed by endonuclease and exonuclease to liberate the snoRNA. A variation to these, unique to plants, are the dicistronic glycine tRNA-C/D snoRNA genes. In this work, we searched to identify the endonuclease responsible for tsnoRNA maturation and more factors involved in the tsnoRNA synthesis and maturation. To study the transcription and maturation pathway in vivo, we created transgenic plants expressing mutants of these tsnoRNAs. We show that dicistronic tRNA-snoRNA precursor is synthesised by RNA polymerase III system and is further processed to produce the tRNA and the snoRNA separated products. To study this step, we developed nuclear extracts from cauliflower inflorescence that accurately process the dicistronic tsnoRNA precursor in vitro. In addition we have evidence that these extracts allows assembly of the small nucleolar ribonucleoprotein (snoRNP) that is essential for snoRNA stability and activity
22
Sims, Lynn. „Biochemical Studies of ABCE1“. Doctoral diss., University of Central Florida, 2012. http://digital.library.ucf.edu/cdm/ref/collection/ETD/id/5501.
Der volle Inhalt der QuelleAnnotation:
The growth and survival of all cells require functional ribosomes that are capable of protein synthesis. The disruption of the steps required for the function of ribosomes represents a potential future target for pharmacological anti-cancer therapy. ABCE1 is an essential Fe-S protein involved in ribosomal function and is vital for protein synthesis and cell survival. Thus, ABCE1 is potentially a great therapeutic target for cancer treatment. Previously, cell biological, genetic, and structural studies uncovered the general importance of ABCE1, although the exact function of the Fe-S clusters was previously unclear, only a simple structural role was suggested. Additionally, due to the essential nature of ABCE1, its function in ribosome biogenesis, ribosome recycling, and the presence of Fe-S within ABCE1, the protein has been hypothesized to be a target for oxidative degradation by ROS and critically impact cellular function. In an effort to better understand the function of ABCE1 and its associated Fe-S cofactors, the goal of this research was to achieve a better biochemical understanding of the Fe-S clusters of ABCE1. The kinetics of the ATPase activity for the Pyrococcus abyssi ABCE1 (PabABCE1) was studied using both apo- (without reconstituted Fe-S clusters) and holo- (with full complement of Fe-S clusters reconstituted post-purification) forms, and is shown to be jointly regulated by the status of Fe-S clusters and Mg2+. Typically, ATPases require Mg2+, as is true for PabABCE1, but Mg2+ also acts as a unusual negative allosteric effector that modulates ATP affinity of PabABCE1. Comparative kinetic analysis of Mg2+ inhibition shows differences in the degree of allosteric regulation between the apo- and holo-PabABCE1 where the apparent Km for ATP of apo-PabABCE1 increases >30 fold from ~30 [micro]M to over 1 mM when in the presence of physiologically relevant concentrations of Mg2+. This effect would significantly convert the ATPase activity of PabABCE1 from being independent of cellular energy charge to being dependent on energy charge with cellular [Mg2+]. The effect of ROS on the Fe-S clusters within ABCE1 from Saccharomyces cerevisiae was studied by in vivo 55Fe labeling. A dose and time dependent depletion of ABCE1 bound 55Fe after exposure to H2O2 was discovered, suggesting the progressive degradation of Fe-S clusters under oxidative stress conditions. Furthermore, our experiments show growth recovery, upon removal of the H2O2, reaching a growth rate close to that of untreated cells after ~8 hrs. Additionally, a corresponding increase (~88% recovery) in the ABCE1 bound 55Fe (Fe-S) was demonstrated. Observations presented in this work demonstrate that the majority of growth inhibition, induced by oxidative stress, can be explained by a comparable decrease in ABCE1 bound 55Fe and likely loss of ABCE1 activity that is necessary for normal ribosomal activity. The regulatory roles of the Fe-S clusters with ABCE1 provide the cell a way to modulate the activity of ABCE1 and effectively regulate translation based on both cellular energy charge and the redox state of the cell. Intricate overlapping effects by both [Mg2+] and the status of Fe-S clusters regulate ABCE1's ATPase activity and suggest a regulatory mechanism, where under oxidative stress conditions, the translational activity of ABCE1 can be inhibited by oxidative degradation of the Fe-S clusters. These findings uncover the regulatory function of the Fe-S clusters with ABCE1, providing important clues needed for the development of pharmacological agents toward ABCE1 targeted anti-cancer therapy.Ph.D.
Doctorate
Biology
Sciences
Biomedical Sciences
23
Al, Kadri Yasmine. „Étude de la fonction du complexe Bms1p/Rcl1p dans les étapes précoces de la synthèse des ribosomes et des connexions entre synthèse et maturation du pré-ARN ribosomique chez Saccharomyces cerevisiae“. Toulouse 3, 2014. http://www.theses.fr/2014TOU30099.
Der volle Inhalt der QuelleAnnotation:
Dans les cellules eucaryotes, la synthèse des ribosomes débute dans le nucléole par la transcription de l'ADN ribosomique (ADNr) par l'ARN polymérase I (pol. I). Cette transcription génère un transcrit ribosomique primaire précurseur des ARNr matures 18S, 5. 8S et 25S. Ce transcrit s'associe de manière co-transcriptionnelle avec certaines protéines ribosomiques, un grand nombre de facteurs d'assemblage et de maturation et des petites particules ribonucléoprotéiques pour générer une grande particule pré-ribosomique initiale. Celle-ci subit un processus de maturation complexe qui débute dans le nucléole et se termine dans le cytoplasme où se forment les sous-unités ribosomiques matures. La synthèse des ribosomes est l'un des processus cellulaires les plus coûteux en énergie, il doit donc faire l'objet d'une régulation minutieuse et être coordonné aux autres processus cellulaires fondamentaux. Comme mentionné précédemment, la synthèse des ribosomes fait intervenir environ 200 facteurs d'assemblage et de maturation des particules pré-ribosomiques. La fonction de l'énorme majorité d'entre eux reste encore inconnue et un des challenges actuels dans le domaine est de comprendre leur rôle moléculaire précis. Une partie de mes travaux de thèse a consisté en une étude structure/fonction du complexe Bms1p/Rcl1p impliqué dans la synthèse des ribosomes chez la levure. Rcl1p et Bms1p sont deux protéines nucléolaires essentielles qui forment un complexe requis pour la maturation de la petite sous-unité ribosomique (40S). Bms1p est une GTPase et Rcl1p est une endoribonucléase qui catalyse le clivage du pré-ARNr au site A2, l'étape qui sépare les deux voies de maturation conduisant aux sous-unités ribosomiques 40S et 60S. L'équipe de notre collaborateur Sébastien Fribourg (IECB, Bordeaux) a résolu la structure cristallographique de Rcl1p en complexe avec un fragment de Bms1p et a identifié les résidus situés à l'interface entre les deux protéines. La substitution de certains de ces acides aminés affecte l'interaction entre Bms1p et Rcl1p in vitro et induit des défauts de maturation des pré-ARNr in vivo. Nous avons montré que ces défauts sont probablement dus à un problème d'incorporation de Rcl1p dans les particules pré-ribosomiques. En effet, Bms1p et Rcl1p sont importées dans le noyau sous forme d'un complexe grâce à la séquence de localisation nucléaire (NLS) de Bms1p. Les deux protéines sont ensuite recrutées simultanément au sein des pré-ribosomes après l'incorporation des modules UTP-A et UTP-B mais indépendamment du recrutement de Rrp5p. Nos résultats suggèrent par ailleurs que la liaison de Bms1p au GTP n'est pas nécessaire au recrutement du complexe. Suite au clivage en A2, les deux protéines sont ensuite toutes les deux dissociées des particules pré-40S avant l'incorporation de Rio2p. Nos données indiquent donc que l'interaction directe entre Bms1p et Rcl1p est cruciale pour l'incorporation du complexe dans les pré-ribosomes chez la levure. Une autre partie de mes travaux de thèse a porté sur l'étude de la protéine Rpf2p, un composant des particules pré-ribosomiques pré-60S requis pour la synthèse de la grande sous-unité ribosomique. Différentes données de la littérature suggèrent que Rpf2p interagit avec des facteurs associés à la chromatine de l'ADNr. Nous avons confirmé certaines de ces interactions et nos résultats suggèrent par ailleurs que Rpf2p est associée in vivo à la chromatine de l'ADNr et plus particulièrement aux copies transcriptionnellement actives. Ces données suggèrent que Rpf2p pourrait intervenir dans des mécanismes de modification de la chromatine nécessaires à la transcription par l'ARN Pol. I et en effet, des expériences de " run-on " nucléaire indiquent que la perte d'expression de Rpf2p affecte la transcription par l'ARN pol. I. Ces résultats préliminaires suggèrent que Rpf2p pourrait intervenir dans le couplage fonctionnel entre transcription de l'ADNr et maturation des particules pré-ribosomiquesIn eukaryotic cells, ribosome synthesis begins with the transcription of ribosomal DNA (rDNA) by RNA polymerase I (Pol. I) in the nucleolus. This transcription generates a primary transcript precursor to the mature 18S, 5. 8S and 25S. This transcript is co-transcriptionally associated with some ribosomal proteins, many assembly and maturation factors and a set of small ribonucleoprotein particles to generate a giant initial pre-ribosomal particle. This particle undergoes a complex maturation process which begins in the nucleolus and ends in the cytoplasm where the formation of mature ribosomal subunits occurs. Ribosome synthesis is one of the most energy-consuming cellular processes; it must be highly regulated and tightly coordinated with other fundamental cellular processes. As previously mentioned, ribosome synthesis involves around 200 dedicated to the assembly and maturation of pre-ribosomal particles. However, the function of the vast majority of them is still unknown and current challenges in the field are to understand their precise molecular role. Part of my thesis work consisted in the study of the structure / function of the Bms1p/Rcl1p complex involved in ribosome synthesis in yeast. Rcl1p and Bms1p are two essential nucleolar proteins that form a complex required for the maturation of the small ribosomal subunit (40S). Bms1p is a GTPase and Rcl1p is an endoribonuclease which catalyzes the cleavage of the pre-rRNA at site A2; the step which separates the two maturation pathways leading to the formation of ribosomal subunits 40S and 60S. The team of our collaborator Sébastien Fribourg (IECB, Bordeaux) has solved the crystal structure of Rcl1p in complex with a fragment of Bms1p and identified residues at the interface between the two proteins. The substitution of some of these amino acids affects the interaction between Rcl1p and Bms1p in vitro and induces defects in the maturation of pre-rRNA in vivo. We have shown that these defects are probably due to a problem in Rcl1p incorporation into pre-ribosomal particles. Indeed, Bms1p and Rcl1p are imported into the nucleus as a complex via the nuclear localization sequence (NLS) of Bms1p. Both proteins are then recruited simultaneously into pre-ribosomes after incorporation of UTP-A and UTP-B modules but independently of Rrp5p incorporation. Our results also suggest that the GTP-binding to Bms1p is not required for the recruitment of the complex. Following A2 cleavage, the two proteins are both released from pre-40S particles before Rio2p incorporation. Therefore, our data indicate that the direct interaction between Bms1p and Rcl1p is crucial for the incorporation of the complex into pre-ribosomes in yeast. Another part of my thesis work focused on the study of Rpf2p protein, a component of the pre-60S ribosomal particles required for the synthesis of the large ribosomal subunit. Various data from the literature suggest that Rpf2p interacts with rDNA chromatin associated factors. We have confirmed some of these interactions and our results suggest that Rpf2p is associated in vivo with rDNA chromatin and more particularly to transcriptionally active copies. These data suggest that Rpf2p could be involved in mechanisms of chromatin modification required for transcription by RNA Pol. I and indeed, nuclear "run-on" experiments indicate that the loss of Rpf2p expression affects transcription by RNA pol. I. These preliminary results suggest that Rpf2p could be involved in the functional coupling between rDNA transcription and maturation of pre-ribosomal particles
24
Clery, Antoine. „Etude structurale et fonctionnelle de motifs en "K-turn" présents dans les ARN, rôle dans l'assemblage et le mécanisme d'action de particules ribonucléoprotéiques impliquées dans la maturation des ARN“. Nancy 1, 2006. http://www.theses.fr/2006NAN10108.
Der volle Inhalt der QuelleAnnotation:
La snoRNP U3 est une particule ribonucléoprotéique nucléolaire qui est requise pour la synthèse de l'ARN ribosomique de la petite sous-unité, l'ARNr 18S. Le snoRNA U3 contient 2 domaines (5' et 3'). Nous avons étudié le rôle d'interactions formées entre le domaine 5' et le pré-ARNr dans la production de l'ARNr 18S. Le snoRNA U3 est associé à des protéines. Deux sites d'ancrage des protéines sont contenus dans le domaine 3' (les motifs C'/D et B/C). Ils adoptent une structure particulière en "K-turn" et fixent chacun la protéine Snu13 qui permet le recrutement des protéines Nop1, Nop56 et Nop58 sur le motif C'/D et Rrp9 sur le motif B/C. Nous avons identifié les déterminants de l'ARN requis pour la fixation de Snu13p et identifié les éléments de chaque motif permettant la fixation des protéines distinctes, en particulier Rrp9p sur le motif B/C. Le motif de reconnaissance de Snu13p ayant des homologies avec ceux des protéines L7Ae d'archaea, et SBP2 de vertébrés, nous avons comparé les spécificités d'interaction de ces 3 protéines avec l'ARN. Enfin, nous avons étudié des changements de conformations du pré-ARN ribosomique lors de sa maturationIn eukarya, the nucleolar U3 snoRNP plays a crucial role in 18S rRNA maturation. U3 snoRNA contains 2 domains (5' and 3'). We studied the role for 18S rRNA production of base-pair interactions formed between its 5' domain and the pre-rRNA. U3 snoRNA binds several proteins. Its 3' domain contains two protein anchoring sites (the C'/D and B/C motifs). They adopt a peculiar K-turn structure and each K-turn binds protein Snu13. Binding of this protein is required for recruitment of proteins Nop1, Nop56 and Nop58 on the C'/D motif and of protein Rrp9 on the B/C motif. We determined the RNA determinants, required for the specific recruitment of these proteins, in particular Rrp9p. The RNA binding domain of protein Snu13p has strong homologies with those of the archaeal L7Ae and vertebrate SBP2 proteins. We compared the RNA binding specificity of these 3 proteins. Finally, we studied RNA conformational changes in pre-ribosomal RNAs during the maturation process
25
Raoelijaona, Raivoniaina. „Compréhension des rôles des complexes Nob1/Pno1 et RPS14/Cinap dans la maturation cytoplasmique de la petite sous-unité ribosomique (pré-40S) chez les eucaryotes“. Thesis, Bordeaux, 2019. http://www.theses.fr/2019BORD0221/document.
Der volle Inhalt der QuelleAnnotation:
Les ribosomes sont des complexes nucléoproétiques responsables de la traduction. Chez les eucaryotes, la biogenèse du ribosome est un processus complexe très régulé qui fait intervenir un nombre important de facteurs d’assemblages (~200). La construction d’un ribosome est initiée dans le nucléole puis continue dans le nucléoplasme et se termine dans le cytoplasme. La maturation cytoplasmique de la petite sous-unité ribosomale implique la dissociation séquentielle des facteurs d’assemblage tardifs et la maturation finale de l’ARNr 18S. Ce processus est catalysé par l’endonucléase Nob1 qui assure la coupure de l’extrémité 3’ du précurseur de l’ARNr 18S (pré-18S) aboutissant à sa forme mature. Ce mécanisme est coordonné par la protéine Pno1 qui est le partenaire de Nob1. Des informations détaillées sur l’architecture des particules pré-ribosomiques nous ont permis de mieux comprendre les différents intermédiaires de la biogenèse. Cependant, certains aspects fonctionnels comme la conformation adoptée par Nob1 pour assurer la coupure du site D du pre-18S reste encore flou. L’objectif de mon travail a été de mieux comprendre les aspects très tardifs de la maturation cytoplasmique du ribosome. Pour ce faire, nous avons redéfini l’organisation modulaire de l’endonucléase Nob1 chez les eucaryotes pour ensuite étudier son mode d’interaction avec son partenaire Pno1. Des tests fonctionnels in vitro ont été effectués pour étudier le rôle de Pno1 dans la régulation de la coupure par Nob1.Nos résultats nous ont permis de montrer que le domaine catalytique de Nob1 adopte une conformation atypique. En effet le domaine PIN est composé de deux fragments (res 1-104 and 230-255) séparé par une boucle interne qui est importante pour la reconnaissance avec son partenaire Pno1. Nos études nous ont également montré que Pno1 inhibe l’activité de Nob1 probablement en reconnaissant directement l’ARNr substrat, masquant ainsi le site de coupure de l’endonucléase. Ces résultats sont complémentaires et cohérents avec les données structurales de cryo-EM de la particule pré-40S humaine récemment publiées. En effet, Nob1 est dans une conformation incapable de couper le pré-ARNr puisque son domaine catalytique se retrouve à une distance d’environ 30Å de son ARN substrat. Ce phénomène implique donc des changements de conformations ou encore la nécessité de protéine accessoire pour déplacer certains facteurs. La protéine Cinap est impliqué dans la maturation de l’ARNr 18S. Nos études d’interaction avec les protéines localisées au niveau de la plateforme (à savoir RPS14, RPS26, le complexe Nob1/Pno1) ont permis de montrer que Cinap pouvait former un complexe tripartite avec l’endonucléase Nob1 et son partenaire Pno1. De plus, Cinap est capable de reconnaitre RPS26 dans un complexe RPS14-dépendant. Il est important de noter que RPS26 est un composant de la petite sous-unité qui remplace Pno1 dans le ribosome mature. De ce fait le recrutement de RPS26 au sein du pré-ribosome nécessite la dissociation de Pno1 et cet échange serait assurée par Cinap. Sur la base des travaux effectués, nous pouvons proposer un modèle de maturation où la formation du complexe Cinap/Pno1 induirait un changement de conformation permettant à Nob1 de reconnaitre son substrat et donc de catalyser la coupure du site D qui aboutit à la maturation de l’ARNr 18S et donc à la production de la sous-unité 40S matureRibosomes are translational machineries universally responsible of protein synthesis. In eukaryote, ribosome assembly is a complex and highly regulated process that requires coordinated action of more than 200 biogenesis factors. Ribosome assembly is initiated in the nucleolus, continues in the nucleoplasm and terminates in the cytoplasm. The cytoplasmic maturation events of the small ribosomal subunit are associated with sequential release of the late assembly factors and concomitant maturation of the pre-rRNA. During final maturation of the small subunit, the pre-18S rRNA is cleaved off by the endonuclease Nob1, which activity is coordinated by its binding partner Pno1. Detailed information on pre-ribosomal particle architectures have been provided by structural snapshots of maturation events. However, key functional aspects such as the architecture required for pre-rRNA cleavage have remained elusive. In order to better understand these late steps of cytoplasmic pre-40S maturation, we first redefine the domain organization of Nob1, then study its binding mode with Pno1 using different tools such as sequence analysis, structure prediction and biochemical experiments and, we then performed functional assay to elucidate the role played by Pno1 during the pre-18S rRNA maturation.Our results have shown that eukaryotic Nob1 adopts an atypical PIN domain conformation: two fragments (res 1-104 and 230-255) separated by an internal loop, which is essential for Pno1 recognition. We also found out that Pno1 inhibits Nob1 activity likely by masking the cleavage site. Our findings further support the recently published cryo-EM structure of the pre-40S, where Nob1 displays an inactive conformation. Moreover, 18S rRNA 3’-end cleavage has to happen and this implies structural rearrangement or requirement of some accessory proteins such as Cinap, an atypical kinase involved in pre-18S processing. Studying the interplay between proteins localized in the pre-40S platform (RPS14, RPS26, Nob1/Pno1 complex) has shown that Cinap is able to form a trimeric complex with Nob1 and its binding partner Pno1. Furthermore, Cinap can recognize RPS26 in a RPS14-dependent manner, which had already been studied with its yeast counterpart. It is important to note that RPS26 is the ribosomal protein replacing Pno1 in the mature ribosome. Our finding clearly suggests a mechanism where RPS26 recruitment to the ribosome requires Pno1 dissociation. This exchange would be carried out by Cinap. Therefore, we can suggest a simplified model as follow: upon binding with Pno1, the newly formed complex (Cinap/Pno1) will trigger a conformational change, which will allow the endonuclease Nob1 to reach its substrate (D-site) and perform its cleavage resulting in mature 18 rRNA generation
26
Torchet, Claire. „Etude du role particulier joue par le gene rrp5 dans la maturation des arn ribosomaux chez la levure saccharomyces cerevisiae“. Paris 11, 2000. http://www.theses.fr/2000PA112120.
Der volle Inhalt der QuelleAnnotation:
La biogenese des ribosomes est un processus complexe qui fait intervenir un grand nombre de facteurs agissant en trans. L'objectif de ce travail a ete d'etudier chez la levure saccharomyces cerevisiae le role particulier joue par un de ces facteurs, la proteine rrp5p, dans la maturation des arn ribosomaux. Rrp5p est en effet le seul facteur connu qui soit simultanement requis pour la maturation du pre-arnr aux sites a 0, a 1, a 2 et a 3, et par consequent pour la synthese des arnr matures 18s et 5. 8s. Les travaux realises lors de cette these, et en particulier l'analyse de deux alleles mutants du gene rrp5 que nous avons construits, ont montre que les fonctions de rrp5p dans la maturation des arnr 18s et 5. 8s peuvent etre separees l'une de l'autre. Ainsi, les deux formes mutantes affectent la synthese de l'arnr 18s sans alterer la formation de l'arnr 5. 8s. De plus, nous avons montre que les defauts de maturation du pre-arnr 35s en arnr matures sont differents pour les deux mutants. L'analyse de la sequence proteique de rrp5p a montre que celle-ci est presque entierement constituee de la repetition de deux type de motifs : des motifs putatifs de liaison aux arn et des motifs intervenant dans des interactions proteine-proteine. Nous avons identifie un partenaire de rrp5p en recherchant des suppresseurs en multicopie d'un des alleles mutants du gene rrp5. Il s'agit de l'arn helicase putative rok1p qui est impliquee dans la synthese de l'arnr 18s. Ce resultat suggere que les proteines rrp5p et rok1p interagissent au cours des clivages qui conduisent a la formation de l'arnr 18s. Nous avons egalement montre que la proteine rrp5p peut-etre separee en deux parties qui, en agissant en trans, peuvent fonctionnellement remplacer la proteine entiere. Dans une souche exprimant cet allele bipartite, seul le clivage au site a 2 est inhibe. Ce qui nous a conduit a emettre l'hypothese selon laquelle rrp5p pourrait etre l'endonuclease responsable du clivage au site a 2.
27
Fayet-Lebaron, Eléonore. „Caractérisation de la fonction moléculaire du petit ARN nucléolaire H-ACA, snR30, dans la biogenèse des ribosomes chez Saccharomyces cerevisiae“. Toulouse 3, 2009. http://thesesups.ups-tlse.fr/1246/.
Der volle Inhalt der QuelleAnnotation:
Les petits ARN nucléolaires (snoARN) à boîtes H/ACA représentent une classe d'ARN non-codant très abondante, très conservée mais aussi extrêmement diversifiée. Tandis que de nombreux ARN à boîtes H/ACA sont responsables de la pseudo-uridylation des ARN ribosomiques et des snARN de la machinerie de l'épissage, le groupe grandissant des ARN "orphelins" participe aux clivages nucléolytiques des précurseurs ribosomiques (pré-ARNr), à la synthèse des télomères et très certainement à d'autres processus nucléaires. Appartenant à ce dernier groupe, le petit ARN nucléolaire snR30 est connu depuis longtemps comme étant essentiel à l'accumulation de l'ARNr 18S chez S. Cerevisiae. En revanche, les mécanismes moléculaires à la base de cette fonction restent encore inconnus. Grâce à une approche à la fois génétique et biochimique, nous avons démontré que durant la maturation des pré-ARNr, deux séquences conservées présentes dans la tige-boucle à l'extrémité 3' de snR30 s'hybrident avec deux courtes séquences du pré-ARNr localisées au niveau d'une région interne de l'ARNr 18S, uniquement présente chez les Eucaryotes. Cette nouvelle interaction entre snR30 et l'ARNr 18S est essentielle à la production de ce dernier et ils forment une structure snoARN-ARN cible totalement nouvelle pour les snoARN à boîtes H/ACA. D'autre part, nous avons aussi mis en évidence qu'outre les motifs de reconnaissance de l'ARNr 18S, la partie distale de la tige-boucle à l'extrémité 3' de snR30 contient des séquences additionnelles essentielles pour la maturation de l'ARNr 18S qui pourraient probablement être le lieu de fixation de protéines indispensables à la maturation du pré-ARNr. De précédentes expériences ont révélé la présence de trois protéines spécifiques à la ribonucléoparticule de snR30 en complément des quatre protéines communes à tous les snoARN à boîtes H/ACA. Dans un dernier temps, nous avons donc mis au point une nouvelle technique de purification par affinité qui, à terme, pourrait être un bon outil pour identifier les protéines spécifiques de la ribonucléoparticule de snR30 et ainsi pourrait permettre d'approfondir le mécanisme d'action de ce snoARN à boîtes H/ACA dans les étapes de clivages nucléolytiques du pre-ARNrRibosome synthesis takes place in the nucleolus where many box H/ACA snoRNAs direct pseudouridylation of rRNAs. The U17/snR30 box H/ACA snoRNA, instead of directing rRNA modification, functions in the nucleolytic processing of the precursor rRNA (pre-rRNA) and is required for accumulation of mature 18S rRNA. We have identified two short sequence motifs in the 18S rRNA that can base-pair with two evolutionarily conserved sequences elements, m1 and m2 motifs, of the yeast Saccharomyces cerevisiae snR30. Mutations in the 18S sequences disrupting the base-pairing with the m1 or m2 motifs of snR30 inhibit the accumulation of the mature 18S rRNA. However, compensatory mutations introduced into m1 or m2 motifs of snR30 restore 18S rRNA processing. The m1 and m2 motifs that constitute the opposite strands of an internal loop of U17/snR30 base-pair with short 18S sequences preceding and following a conserved stem-loop structure in the middle of the 18S rRNA. Further functional mapping of yeast snR30 indicated that its 3'-terminal hairpin contains additional essential elements. Thus I developed a novel tandem affinity purification method in order to identify the putative snR30-specific snoRNP proteins
28
Fils-Lycaon, Bernard. „Maturation et postmaturation de la cerise (prunus avium l. , var. Bigarreau napoleon) sur l'arbre : caracterisation physico-chimique, synthese proteique, degagements gazeux“. Orléans, 1988. http://www.theses.fr/1988ORLE2003.
Der volle Inhalt der QuelleAnnotation:
La confrontation des cinetiques d'evolution des criteres physico-chimiques permet de mesurer de profonds changements metaboliques a la veraison, a la maturite commerciale et au point de fletrissement. Un modele est propose dans lequel la cerise subit un phenomene de senescence continu au cours duquel se greffent aux 3 stades physiologiques etudies, differentes expressions du genome caracteristiques des etapes classiques associees au vieillissement des fruits
29
Davila, Gallesio Jimena [Verfasser], Markus [Akademischer Betreuer] Bohnsack, Jörg [Gutachter] Enderlein, Gerhard [Gutachter] Braus, Blanche [Gutachter] Schwappach, Michael [Gutachter] Meinecke, Michael [Gutachter] Thumm und Ralf [Gutachter] Ficner. „The roles of RNA helicases and other ribosome biogenesis factors during small subunit maturation / Jimena Davila Gallesio ; Gutachter: Jörg Enderlein, Gerhard Braus, Blanche Schwappach, Michael Meinecke, Michael Thumm, Ralf Ficner ; Betreuer: Markus Bohnsack“. Göttingen : Niedersächsische Staats- und Universitätsbibliothek Göttingen, 2020. http://d-nb.info/1211556816/34.
Der volle Inhalt der Quelle
30
Clerget, Guillaume. „Caractérisation des propriétés d’un mutant de la protéine Rrp9p de la snoRNP U3 de levure Saccharomyces cerevisiae et mise en évidence d’un réseau de protéines au sein du complexe de maturation précoce des ARNr“. Thesis, Université de Lorraine, 2015. http://www.theses.fr/2015LORR0315/document.
Der volle Inhalt der QuelleAnnotation:
La biogenèse des ribosomes est un processus complexe et dynamique requérant l’intervention d’une multitude de facteurs d’assemblage et de maturation pour permettre la maturation du pré-ARNr et l’assemblage des protéines ribosomiques. Chez les eucaryotes, la biogenèse de la petite sous-unité ribosomique 40S, débute dans le nucléole par la transcription d’un long précurseur contenant 3 des 4 futurs ARNr matures. Le pré-ARNr 18S est modifié par un ensemble de snoRNP à boîtes C/D et H/ACA et libéré par une série de clivages précoces au niveau des sites A0, A1 et A2. Ces clivages se déroulent au sein d’un macro-complexe, le SSU-processome. Celui-ci s’assemble de manière séquentielle à l’extrémité 5’ du pré-ARNr et est composé d’une multitude de facteurs intervenant dans la maturation, notamment de la snoRNP U3, une snoRNP à boîtes C/D qui joue un rôle de chaperon du pré-ARNr. En effet, le snoARN U3 est impliqué dans la formation de 5 appariements avec le pré-ARNr permettant de positionner correctement les sites de clivages A0, A1 et A2. En plus des 4 protéines cœur retrouvées au sein des snoRNP à boîtes C/D, la snoRNP U3 possède une protéine supplémentaire essentielle à la viabilité cellulaire, Rrp9p. En C-terminal, Rrp9 présente un enchainement de 7 domaines WD40 s’organisant en une structure « beta propeller ». Pour définir le rôle essentiel de cette protéine, nous avons généré des mutants et testé leur fonction. Nous avons ainsi pu montrer que le résidu R289 de Rrp9p est important pour les étapes de clivages précoces du pré-ARNr aux sites A1 et A2. De plus, nous avons identifié de nouveaux partenaires de la protéine Rrp9p au sein du processome et montré que le résidu R289 est impliqué dans une interaction directe avec le facteur Rrp36p. Lorsque ce résidu est muté, certains des défauts de croissance cellulaire liés à la stabilisation des appariements établis entre le pré-ARNr et le snoARN U3 par mutation du snoARN U3 sont fortement renforcés, montrant un lien fonctionnel entre Rrp9p et ces appariements. Nous avons mis en évidence un réseau d’interaction au sein du processome impliquant les protéines Rrp9p, Rrp36p, Sgd1p et Rrp5p : Rrp9p interagit avec Rrp36p et Sgd1p, et ces deux dernières interagissent ensemble, ainsi qu’avec Rrp5p. Les domaines responsables de ces interactions ont été étudiésRibosome biogenesis is a complex and dynamic process requiring several assembly and maturation factors needed for processing of the pre-rRNA and assembly of the ribosomal protein. In eukarya, biogenesis of the 40S small subunit starts in the nucleolus with the transcription of a long pre-rRNA, containing 3 out of the 4 future rRNAs. The 18S pre-rRNA is modified by several C/D or H/ACA box snoRNPs and processed by endonucleolytic cleavages at sites A0, A1 and A2 sites. These early cleavages occur within a huge complex termed the SSU-processome. The processome assembles at the 5’ extremity of the pre-rRNA, and contains multiple factors, including the U3 snoRNP, a C/D box snoRNP chaperoning the pre-rRNA. Indeed, the U3 snoRNA is involved in formation of 5 intermolecular helix with the pre-rRNA, which defines the A0, A1 and A2 cleavage sites. In addition to the four C/D box snoRNP core proteins, the U3 snoRNP contains additional protein, Rrp9p, required for cell viability. The Rrp9p C-terminal extremity folds into a beta propeller structure. To try to decipher the Rrp9p role, we mutated several surface residues of the beta propeller protein and the effects of the mutations on cell growth were tested. Through this approach, we found that the R289 residue is important for the maturation events at A1 and A2 sites. Moreover, we identified new protein partners of Rrp9p within the processome and showed that R289 residue is involved in a direct interaction with Rrp36p. We identified a network of protein-protein interactions including Rrp9p, Rrp36p, Sgd1p and Rrp5p : Rrp9p interacts with Rrp36p and Sgd1p, Rrp36p and Sgd1p interact together and with Rrp5p. Some of the protein domains involved in the interactions were identified. In addition, the R289A mutation in Rrp9p has a strong negative effect on growth with mutations in U3 snoRNA that destabilize the U3 snoRNA/pre-rRNA interaction
31
Bussiere, Cyril Luc Cassien. „Late cytoplasmic maturation of the large ribosomal subunit“. Thesis, 2011. http://hdl.handle.net/2152/ETD-UT-2011-05-2811.
Der volle Inhalt der QuelleAnnotation:
In all life ribosomes are the ribonucloprotein machines in charge of decoding the genetic code and synthesizing proteins. In eukaryotes, ribosomes are pre-assembled in the nucleus and exported to the cytoplasm where the final maturation steps occur prior to their partaking in translation. My dissertation work focused on aspects of the last two known steps of the pre-60S subunit cytoplasmic maturation. In the penultimate step, the anti-association factor Tif6 is released from 60S by the concerted action of the translocase-like GTPase Efl1 and Sdo1. The release of Tif6 is necessary for the ultimate maturation step, which involves release of the export adaptor Nmd3 by the ribosomal protein Rpl10 and the putative GTPase Lsg1.
Nmd3 is an essential export adaptor of the 60S subunit. Nmd3 binds to the ribosome in the nucleolus and is the last known trans-acting factor to be released from the subunit in the cytoplasm. In order to gain a better understanding of the molecular events leading to the release of Nmd3 from the 60S subunit I set out to identify the binding site of Nmd3 on 60S. In a collaboration with Dr Joachim Frank’s laboratory, we obtained a cryo-EM model of Nmd3 in a complex with 60S showing Nmd3 binding to the subunit joining face of the ribosome. This work provided the first visualization of an export factor on a ribosomal subunit.
The release of the anti-association factor Tif6 requires the translocase-like GTPase Efl1. Mutations in a loop of Rpl10 which embraces the P site tRNA trapped Tif6 on the subunit. These Rpl10 mutants could be suppressed by Tif6 mutants which have weakened affinity for the subunit. Mutations in Efl1 which suppress these Rpl10 mutants were also obtained. These suppressing mutations in Efl1 mapped to regions on the translocases eEF2 and EF-G important for conformational changes during translation. These results highlight molecular signaling between the P site, involving a loop of Rpl10, and Tif6, 90Å away. I propose that Efl1 promotes a translocation-like event during biogenesis of the 60S subunit prior to its first round of bona fide translation.text
32
Lo, Kai-Yin 1978. „Nuclear export and cytoplasmic maturation of the large ribosomal subunit“. 2009. http://hdl.handle.net/2152/10682.
Der volle Inhalt der QuelleAnnotation:
The work in this thesis addresses the general problem of how ribosomal subunits are exported from the nucleus to mature in the cytoplasm. There are three parts in this dissertation. In the first part, I asked questions about the specificity for export receptors in the nuclear export of the large (60S) ribosomal subunit in yeast. In principle, I tethered different export receptors that are known to work in various unrelated export pathways to the ribosome by fusing them to the trans-acting factor Nmd3. Interestingly, all the chimeric receptors were able to support export, although to different degrees. Moreover, 60S export driven by these chimeric receptors was independent of Crm1, an export receptor that is essential for 60S export in wild-type cells. The second question I addressed in this project was whether or not a nuclear export signal could be provided in cis on ribosomal proteins (Rpls) rather than in trans by a transacting factor. The nuclear export signal (NES) of Nmd3 was fused to different ribosomal proteins and tested for support of 60S export. Several Rpl-NES fusion constructs worked to promote 60S export. Rpl3 gave the best efficiency. In conclusion, these results imply unexpected flexibility in the 60S export pathway. This may help explain how different export receptors could have evolved in different eukaryotic lineages. In the second part of my thesis, I identified the assembly pathway for the base of the ribosome stalk. The stalk is an important functional domain of the large ribosomal subunit because of its requirement for interaction with translation factors. Mrt4 is a nuclear paralog of P0, which is an essential part of the stalk. Here, I identified Yvh1 a novel ribosome biogenesis factor that is required for the release of Mrt4. Yvh1 is a conserved dual phosphatase, but the C-terminal zinc-binding domain rather than the phosphatase function was required for its activity to release Mrt4. Mrt4 localizes in the nucleus and nucleolus in the wild-type cells, but was persistent on cytoplasmic 60S subunits in yvh1[Delta] cells. The persistence of Mrt4 on the 60S subunits blocked the loading of P0 and assembly of the stalk. I also found the binding of Yvh1 depended on Rpl12, a protein that binds together with P0 to form the base of the stalk. Deletion of Rpl12 phenocopied yvh1[Delta]. These data identified the function of Yvh1 as a release factor of Mrt4. I also showed that the function of Yvh1 is conserved in human cells. In my final project, I analyzed the interdependence and order of the known cytoplasmic maturation events of the 60S subunit. 60S subunits require several maturation steps in the cytoplasm before they become competent in translation. There are four major steps involving two ATPases, Drg1 and Ssa1, and two GTPases, Efl1 and Lsg1. In my study, I ordered these steps into one serial pathway. Drg1 releases Rlp24 in the earliest step of 60S maturation in the cytoplasm. Truncation of the C-terminus of Rlp24 blocked cytoplasmic maturation of the large subunit by preventing the recruitment of Drg1 and led to a secondary defect in the release of Arx1 because of a failure to recruit Rei1. Deletion of REI1 mislocalized Tif6 from the nucleus and nucleolus to the cytoplasm and deletion of ARX1 suppressed the Tif6 mislocalization, indicating that the release of Arx1 was required for Tif6 release downstream. I found that mutation of efl1 or sdo1, the known release factors for Tif6, also blocked Nmd3 release. Tif6-V192F, which could bypass the growth defects of efl1 or sdo1 mutants, suppressed the defect of Nmd3 recycling. These results showed that the release of Tif6 was a prerequisite for Nmd3 release. Thus, the release of Nmd3 is downstream of the Tif6 release step. In conclusion, I have ordered the events of cytoplasmic maturation with Drg1 as the first step after ribosome export, followed by Rei1/Jji1 and then Sdo1/Efl1. The release of Nmd3 by Lsg1 appears to be the last step of ribosome maturation in the cytoplasm. Thus, the two ATPases Drg1 and Ssa work first and then the two GTPases Efl1 and Lsg1 work in a linear pathway of 60S maturation in the cytoplasm.text
33
Kallstrom, George Harvester. „Defining the late 60S ribosomal subunit maturation pathway from the nucleolus to the cytoplasm“. 2002. http://wwwlib.umi.com/cr/utexas/fullcit?p3101216.
Der volle Inhalt der Quelle
34
Tai, Lin-ru, und 戴伶如. „Crucial role of the cytoplasm nature of human ribosomal protein S20 for the maturation and functioning of the eukaryotic small subunit ribosome“. Thesis, 2013. http://ndltd.ncl.edu.tw/handle/19586010372465789780.
Der volle Inhalt der QuelleAnnotation:
博士國立陽明大學
生命科學系暨基因體科學研究所
102
By Western blotting analysis and the immunofluorescence microscopy observation, we identified that ribosomal protein S20 is a cytoplasmic protein. To view the importance of the cytoplasm nature of S20, we created a nuclear resident S20NLS mutant protein and examined its behavior with respect to small subunit assembly and function. Using an energy depletion and recovery approach to shuttle S20NLS between the nucleus and the cytoplasm, we showed that the joining of S20 to the pre-40S subunit in the cytoplasm was essential for creating a functional small subunit. In addition, we demonstrated that the cytoplasm nature of S20 was required for the late maturation of 18S rRNA using a combining approach of the siRNA knock-down and a co-transfection assay. Furthermore, the Arg62, Arg83, and Arg87 within the putative β-stranded ribbon structure of S20 were involved in the maturation. Our results suggest that the late joining of S20 in the cytoplasm is crucial for 18S rRNA maturation and for making a functionally proficient subunit. It also implies that the order of eukaryotic ribosomal protein assembly may probably execute in a similar order as imposed by the rules of the prokaryotic ribosome map.
35
Aguilar, Lisbeth C. „Uncovering parallel ribosome biogenesis pathways during pre-60S subunit maturation“. Thèse, 2014. http://hdl.handle.net/1866/11288.
Der volle Inhalt der QuelleAnnotation:
Paralogs are present during ribosome biogenesis as well as in mature ribosomes in form of ribosomal proteins, and are commonly believed to play redundant functions within the cell. Two previously identified paralogs are the protein pair Ssf1 and Ssf2 (94% homologous). Ssf2 is believed to replace Ssf1 in case of its absence from cells, and depletion of both proteins leads to severely impaired cell growth. Results reveal that, under normal conditions, the Ssf paralogs associate with similar sets of proteins but with varying stabilities. Moreover, disruption of their pre-rRNP particles using high stringency buffers revealed that at least three proteins, possibly Dbp9, Drs1 and Nog1, are strongly associated with each Ssf protein under these conditions, and most likely represent a distinct subcomplex. In this study, depletion phenotypes obtained upon altering Nop7, Ssf1 and/or Ssf2 protein levels revealed that the Ssf paralogs cannot fully compensate for the depletion of one another because they are both, independently, required along parallel pathways that are dependent on the levels of availability of specific ribosome biogenesis proteins. Finally, this work provides evidence that, in yeast, Nop7 is genetically linked with both Ssf proteins.Les paralogues sont présents lors de la biogenèse des ribosomes ainsi que dans les ribosomes matures sous forme de protéines ribosomiques, et sont généralement censées jouer des fonctions redondantes dans la cellule. Deux paralogues précédemment identifiées sont la paire de protéines Ssf1 et Ssf2 (94 % d'homologie). Ssf2 remplacerait Ssf1 en cas d’absence du dernier dans la cellule, et l’absence des deux protéines diminue la croissance cellulaire. Nos résultats révèlent que, dans des conditions normales, les paralogues Ssf s’associent à des ensembles de protéines similaires, mais avec différentes stabilités. De plus, la perturbation de leurs particules pré-rRNP à l’aide de tampons de haute stringence a révélé qu'au moins trois protéines, probablement Dbp9, Drs1 et Nog1, sont fortement associées à chaque protéine Ssf dans ces conditions, et très probablement représentent des sous-complexes distincts. Dans cette étude, les phénotypes cellulaires observés lors de la déplétion des protéines Nop7, Ssf1 et/ou Ssf2 ont révélé que les paralogues Ssf ne peuvent pas compenser entièrement pour la diminution de l'autre, car ils sont, indépendamment l’un de l’autre, nécessaires le long de voies de biogénèse ribosomale parallèles qui dépendent des niveaux de protéines impliqués dans la biogénèse des ribosomes disponibles. Enfin, ce travail fournit des preuves que, dans la levure, Nop7 est génétiquement lié aux deux protéines Ssf.
36
Cléroux, Katherine. „Dissecting the dynamic of Noc2p and its partners in pre-60S particles maturation“. Thèse, 2014. http://hdl.handle.net/1866/11823.
Der volle Inhalt der QuelleAnnotation:
Plusieurs études ont permis la caractérisation de la structure et de la fonction du ribosome. En ce qui attrait à la biogénèse du ribosome, nombreux aspects restent à être découverts et compris de façon plus dynamique. En effet, cette biogénèse englobe une variété de voies de modifications et d’assemblages requises pour la maturation des ARNr et pour leurs liaisons avec les protéines ribosomales. De ce fait, les protéines Noc ont été caractérisées comme des facteurs d’assemblages et ont permis la découverte d’une des premières indications sur l’ordre spatio-temporel de la maturation du ribosome. Ainsi, en utilisant la levure comme modèle, notre objectif est d’étudier d’avantage l’échange des complexes composés des protéines Noc ainsi que leur localisation intranucléaire. Ainsi, la nature des interactions de Noc2p avec Noc1p et Noc3p et l’influence de l’arrêt du transport intranucléaire ont été étudiés en utilisant des promoteurs inductibles, la microscopie à fluorescence, des immunobuvardages, qRT-PCR et des purifications par affinité.Several studies have been performed to characterize the ribosome as far as to understand its structure and its function. However, major aspects of ribosome biogenesis remain elusive or gave only a static picture of the process. In fact, ribosome biogenesis involves dynamic processing and assembly pathways that are required for rRNA modification and folding, in addition to rRNA binding with some ribosomal proteins. One set of assembly factors, the Noc proteins, allowed one of the first indications about the spatio-temporal ordering of ribosome maturation. By using yeast as model, our objective is to provide a dynamic picture of the Noc proteins complexes exchange and nuclear localization by determining the nature of Noc2p interactions with Noc1p and Noc3p and by studying the influence of reversibly arrested intranuclear transport on these proteins and on Rix7p, an AAA-ATPase. In order to achieve these aims, inducible promoter, fluorescent microscopy, western blot, qRT-PCR and affinity purification analyses were used.
37
Davila, Gallesio Jimena. „The roles of RNA helicases and other ribosome biogenesis factors during small subunit maturation“. Doctoral thesis, 2019. http://hdl.handle.net/21.11130/00-1735-0000-0005-13BE-0.
Der volle Inhalt der Quelle