Dissertationen: „Protéome bactérien“

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Coquet, Laurent. „Survie de Yersinia ruckeri dans les bassins piscicoles sous la forme de biofilm, incidence de l'adhésion sur le protéome bactérien“. Rouen, 2002. http://www.theses.fr/2002ROUES026.

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Yersinia ruckeri est l'agent responsable de la yersiniose, une maladie rencontrée dans certaines exploitations piscicoles. Trois souches ont été isolées d'une pisciculture normande, principalement sur les parois des bassins et dans les sédiments, suggérant un mode de survie sous la forme de biofilm. Cette hypothèse a été confirmée par la forte capacité de la souche majoritaire à coloniser des matériaux. Cette souche est apparue sensible à l'acide oxolinique et à la fluméquine mais néanmoins plus résistante qu'une souche de collection. Les souches immobilisées dans un modèle in vitro de biofilm et fixées naturellement sur le bois, ont présenté une forte résistance aux antibiotiques par rapport aux bactéries libres. Par une approche protéomique, il a été montré que l'immobilisation induisait la sous-expression de protéines flagellaires et la sur-expression de protéines de stress. Certaines de ces modifications pourraient contribuer à la résistance des bactéries fixées aux antibiotiques
Yersinia ruckeri is the causal agent of yersiniosis, a serious infectious disease in the rainbow trout farms. Three strains have been isolated from a fish farm, essentially from the tank wall surface and from sediments, suggesting a survival in a biofilm status. This hypothesis has been confirmed by the high ability of the majority strain to form biofilms on materials. This environmental strain was sensitive to oxolinic acid and flumequine but exhibited a lower susceptibility to antibiotics as compared to a collection strain. Agar-entrapped and adherent cells were more resistant to antibiotics than plancktonic cells. .

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Ramos, Cruz Ana Raquel. „Characterization of the surface of segmented filamentous bacteria from the unicellular to filamentous stage“. Electronic Thesis or Diss., Université Paris Cité, 2024. http://www.theses.fr/2024UNIP5192.

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Khemiri, Arbia. „Protéome total, membranome et surfaceome de legionella pneumophila philadelphia : Caractérisation du protéome « biofilm »“. Rouen, 2008. http://www.theses.fr/2008ROUES028.

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Legionella pneumophila est une bactérie naturelle du milieu aquatique qui survit aussi bien sous la forme libre, en biofilm ou en parasitant des protozoaires. Cette bactérie à Gram-négatif est l’agent responsable de la légionellose. L’infection pulmonaire, se fait suite à une inhalation d’aérosols générés par les circuits d’airs conditionnés ou d’eaux chaudes dans lesquels la bactérie prolifère de façon privilégiée sous la forme de biofilms. Très peu de données étant disponibles sur le protéome de L. Pneumophila, nous avons dans un premier temps cartographié différents compartiments de la bactérie : protéome total, protéome membranaire et protéome associé à la surface (surfaceome). Notre étude sur le membranome a permis de localiser plusieurs protéines hypothétiques dont on ne connaissait pas la localisation cellulaire jusqu’alors. Nous avons pu également mettre en évidence la présence de plusieurs porines majoritaires. L’étude du surfaceome nous a permis d’établir une liste non exhaustive mais néanmoins importante de protéines spécifiques à Legionella, susceptibles d’être des antigènes de surfaces intéressants dans le cadre du développement de biocapteurs. Nos différentes cartes protéomiques ont révélé aussi la présence des deux protéines eucaryote-like Lcy et Omp32. Ces protéines pourraient appartenir à un complexe bactérien proche du complexe mitochondrial MPTP. Une étude bioinformatique du génome de L. Pneumophila a permis de montrer la présence d’une troisième protéine (TspO) qui présente de fortes homologies avec la protéine PBR du système mitochondriale MPTP. La fonction de ce complexe bactérien est en encore inconnu mais pourrait être impliqué dans l’induction de l’apoptose de la cellule hôte. Une étude différentielle du protéome total des bactéries planctoniques et cultivées en biofilms (formés sur des coupons d’acier inoxydable) a montré l’accumulation et l’apparition de plusieurs protéines hypothétiques à fonction inconnue chez les bactéries cultivées en biofilm. Parmi ces protéines, nous avons identifié le facteur RpoN et deux protéines hypothétiques, Lpg0563 et Lpg1809. Les recherches d’homologies montrent que ces deux polypeptides sont uniques à L. Pneumophila
Legionella pneumophila is a Gram negative bacterium found world-wide in fresh-water environments, where it persists in a free-living or biofilm-associated state. L. Pneumophila causes the severe pneumonia Legionnnaires’disease. Few data are available on the proteome of L. Pneumophila. In this manuscript, we report the whole proteome and the protein maps of outer membrane proteins (membranome) and surface-associated proteins (surfaceome) of the bacterium. These studies allowed to locate some hypothetical proteins within the outer membrane and at the cell surface. We also identified several majority porins and some proteins which seems specific to Legionella. Among them, some surface-associated proteins might be used for the development of new biosensors. The genome of L. Pneumophila reveals the presence of a high number of genes coding for eukaryotic-like proteins. By using database searches, homology investigations and proteomic approaches, we pointed out the presence in L. Pneumophila of three proteins whose sequences share similarities with that of eukaryotic polypeptides, i. E. , Lpg0211 (TspO), Lpg1974 (Omp32) and Lpg1982 (Lcy). In eukaryotes, the corresponding proteins (PBR, VDAC and cyclophilin) participate to the formation of the mammalian mitochondrial permeability transition pore (MPTP), a complex involved in cell apoptosis. In Legionella, we hypothesized that these proteins are recruited in a multiprotein complex close to the MPTP, which may regulate intracellular survival and/or proliferation. Finally, we compared the proteome of planktonic bacteria with that of biofilm counterparts (formed on stainless steel coupons). Results showed that some proteins were accumulated by sessile organisms. We also identified two hypothetical proteins (Lpg0563s and Lpg1809) that were specifically produced by biofilm cells. Researches of homology showed that Lpg0563 and Lpg1809 are specific to L. Pneumophila

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Rueff, Anne-Stéphanie. „Role de protéines associées au cytosquelette bactérien“. Phd thesis, Université Paris Sud - Paris XI, 2011. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00633025.

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Le cytosquelette bactérien des homologues d'actine (protéines de la famille MreB) joue un rôle majeur dans la morphogénèse cellulaire. Des homologues de MreB sont retrouvés chez la plupart des espèces bactériennes non sphériques, où ils sont essentiels pour la viabilité cellulaire. Les bactéries à Gram-positif ont généralement plusieurs isoformes. L'organisme modèle Bacillus subtilis en possède trois : MreB, Mbl et MreBH, tous trois impliqués dans la détermination de la forme de la cellule. Le postulat actuel est une organisation, des complexes de synthèse du peptidoglycane, le long des parois latérales par les filaments hélicoïdaux des MreB-like. Cependant, les mécanismes moléculaires et les protéines effectrices impliqués dans cette fonction ne sont pas encore élucidés. Par analogie avec les rôles de l'actine eucaryote, des implications dans d'autres processus cellulaires cruciaux et la présence de partenaires protéiques sont également attendus pour les actines procaryotes. Afin d'explorer les rôles des protéines MreB chez B. subtilis nous avons généré, par des criblages génomiques double hybride chez la levure, un réseau d'interaction protéine-protéine centré sur MreB, Mbl et MreBH. Une vérification systématique et drastique de toutes les interactions obtenues lors des criblages a été réalisée afin d'éliminer les faux positifs. Les interactions identifiées révèlent des liens entre les protéines MreB-like et seize protéines issues de catégories fonctionnelles variées ou de fonction inconnue. Une étude exploratoire a été menée pour huit des protéines partenaires par des approches in silico et in vivo et nous a permis de sélectionner une seule interaction à caractériser plus en détail. Nous nous sommes principalement intéressés à l'interaction physique et directe entre MreB et DapL, une protéine essentielle vraisemblablement impliquée dans la voie de biosynthèse des précurseurs du peptidoglycane, par analogie à DapE d'E. coli. La caractérisation approfondie de DapL a confirmé son essentialité dans la synthèse du peptidoglycane. Bien que l'interaction MreB-DapL ait été confirmée biochimiquement, son rôle biologique exact n'a pas été élucidé. Cependant, nous avons mis en évidence d'autres interactions entre MreB et DapG, LysA et MurE, des enzymes également impliquées dans les étapes précoces de la synthèse du peptidoglycane. L'existence de telles interactions renforce le rôle du cytosquelette MreB de B. subtilis dans l'orchestration des machineries de synthèse de la paroi cellulaire.

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Marois, Eric. „Analyse de l'induction de gènes de poivron par la protéine AvrBs3 de xanthomonas campestris pv vesicatoria“. Paris, Institut national d'agronomie de Paris Grignon, 2002. http://www.theses.fr/2002INAP0005.

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Xanthomonas campestris pv. Vesicatoria (Xcv) est un pathogène du Poivron et de la Tomate. Grâce à leur système de sécrétion de type III, les bactéries "injectent" des protéines effectrices, telles AvrBs3, dans les cellules-hôtes. AvrBs3 provoque l'hypertrophie des cellules du mésophylle des plantes sensibles, tandis que les plantes résistantes reconnaissent AvrBs3 et montent une réaction de défense. L'objectif de ce travail était de comprendre la fonction et le mécanisme d'action d'AvrBs3 dans la plante sensible. AvrBs3 est adressé au noyau cellulaire et possède un domaine d'activation de la transcription indispensable à sa fonction, ce qui en fait un activateur potentiel de gènes de l'hôte. Un crible différentiel nous a permis d'isoler 13 gènes induits par AvrBs3 (upa), dont 9 au moins ont des homologues impliqués dans l'élongation cellulaire. D'autre part, upa12 et upa13 codent des facteurs de transcription (FT) potentiels. Upa13 est un probable FT de la famille ERF, se liant à la boîte GCC et activant l'expression d'un gène rapporteur sous le contrôle d'une boîte GCC. Upa12 est un probable FT de la famille AP2 capable de contrecarrer l'activité d'Upa13, sans toutefois se lier à la boîte GCC. Upa12 pourrait être un répresseur de certains gènes de défense de plante. Le profil d'induction par différentes formes d'AvrBs3 des gènes upa a été examiné. Ces expériences suggèrent que les 17. 5 répétitions d'un motif de 34 acides aminés que possède AvrBs3 déterminent l'éventail de gènes que la protéine peut induire. En outre, l'induction de 4 gènes upa ne requiert pas la néosynthèse de protéines. Ces gènes sont donc candidats à une induction directe par AvrBs3. Deux de leurs promoteurs ont été réduits à de courtes séquences conférant à un gène rapporteur l'inductibilité par AvrBs3. Ce travail suggère qu'AvrBs3 est un facteur de transcription permettant aux bactéries de manipuler le génome de leur hôte, et permet une meilleure compréhension du mécanisme d'action d'AvrBs3.

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Pawlak, Barbara. „Mécanisme de sécrétion des protéines chez myxococcus xanthus : étude de la sécrétion d'une protéine étrangère après clonage du gène en aval d'un promoteur inductible“. Rouen, 1991. http://www.theses.fr/1991ROUES005.

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Nous avons étudié le mécanisme de sécrétion de Myxococcus xanthus, bactérie à gram-négatif, en utilisant comme sonde une protéine étrangère, la phosphatase hyperacide de Escherichia coli, qui est partiellement sécrétée chez M. Xanthus. Nous devions tout d'abord cloner son gène, appA, sous contrôle d'un promoteur inductible. En utilisant le gène lact comme gène rapporteur, nous avons comparé l'efficacité d'induction de deux promoteurs chez M. Xanthus, l'un endogène, le promoteur carQRs, inductible par la lumière, et l'autre exogène, le promoteur hybride tac, inductible par l'IPTG chez E. Coli en présence du gène répresseur lacIq: le système lacIq ptac est fonctionnel et inductible par l'IPTG chez M. Xanthus, mais le promoteur carQRs est plus fort chez M. Xanthus. Malgré de nombreux essais, nous ne sommes cependant pas parvenu à obtenir une souche de M. Xanthus chez laquelle la production de phosphatase hyperacide était inductible par la lumière. Nous avons alors clone le gène appA en aval du promoteur tac, puis obtenu une souche de M. Xanthus chez laquelle la production de phosphatase était inductible par l'IPTG. Par dosage, après induction, de l'activité appA dans les cellules et dans le surnageant, au cours du temps, et à trois niveaux d'induction différents, nous avons obtenu des cinétiques de sécrétion de la phosphatase hyperacide chez M. Xanthus dont l'analyse nous a permis de poser les bases d'un modèle de sécrétion chez M. Xanthus

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Gervais, Marie-Laure. „Etude des intéractions protéine-protéine par double hybride bactérien : applications en agro-alimentaire et en santé“. Phd thesis, Université d'Angers, 2010. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00555532.

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Les interactions entre protéines sont un enjeu majeur en recherche. Hautement spécifiques, elles régulent l'organisation cellulaire, ainsi que les réponses aux stimuli extérieurs ; ce sont des cibles idéales des agents thérapeutiques. Diverses techniques d'étude sont disponibles, mais peu d'entre elles permettent d'analyser simultanément plusieurs interactions. L'objectif de ce travail est d'utiliser le double hybride bactérien pour découvrir de nouveaux partenaires de 2 régulateurs de la prolifération tumorale humaine, p21 et STAT3, et en parallèle pour déterminer la fonction de MtSAP1, impliquée dans la germination et la réponse aux stress abiotiques chez Medicago truncatula. L'analyse des partenaires potentiels de l'oncogène STAT3 et de l'inhibiteur p21 suggère l'existence de nouveaux mécanismes moléculaires de la tumorogenèse auxquels participerait STAT3, et permet d'envisager de nouvelles hypothèses quant au rôle de p21. Un nouveau complexe, p21/prohibitine2, est étudié mais sa fonction reste supposée : il pourrait agir comme corégulateur transcriptionnel et/ou réguler la protéolyse de p21. L'étude du gène MtSAP1 et des partenaires d'interactions suggèrent fortement que MtSAP1 serait induit par l'hypoxie : elle jouerait un rôle considérable dans la détoxification et la tolérance de la plante au stress. Ce travail, appuyé par la littérature, met en évidence un lien fonctionnel entre p21, STAT3 et MtSAP1 au cours de l'hypoxie dans les cellules cancéreuses humaines. La confirmation de cette hypothèse permettrait d'approfondir les mécanismes de protection cellulaire face à l'hypoxie, tant au sein des tumeurs humaines que lors de la tolérance de Medicago truncatula.

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Favini-Stabile, Sandy. „Études biochimiques et structurales des interactions entre la protéine MreB, homologue bactérien de l'actine, et les enzymes Murs impliquées dans le mécanisme de formation de la paroi des bactéries“. Thesis, Grenoble, 2013. http://www.theses.fr/2013GRENV085.

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Les résistances aux antibiotiques sont de plus en plus fréquentes et la thérapie des patients infectés par des souches multi-résistantes devient très complexe et délicate, voire dans certains cas inefficace. Il devient donc urgent de trouver des antibiotiques innovants et ainsi repousser la menace renaissante d'épidémie bactérienne.Pour ce faire, la biosynthèse du peptidoglycane – l'un des composants majeurs de la paroi des bactéries, est une cible qui a amplement fait ses preuves dans la lutte contre les infections bactériennes et reste d'intérêt thérapeutique. Des études récentes ont en effet suggéré que ce processus impliquerait des complexes macromoléculaires dont l'intégrité pourrait être perturbée par de nouveaux antibiotiques. En particulier, il a été suggéré que les ligases Mur – qui participent à la synthèse de l'unité monomérique du peptidoglycane dans le cytoplasme, feraient partie d'un complexe multipartite impliquant probablement la transglycosylase MurG et la protéine du cytosquelette MreB. En outre, ces enzymes ne sont à l'heure actuelle la cible d'aucun antibiotique médical, malgré leur intérêt thérapeutique largement reconnu.Les travaux réalisés lors de cette thèse ont permis de montrer par résonance plasmonique de surface et par dot blot, que les ligases MurD, MurE, MurF interagissent toutes avec MurG et MreB, ces dernières formant elles-mêmes un complexe. En revanche, aucune interaction n'a été détectée entre les ligases. Un criblage de conditions de cristallogenèse a été effectué afin de déterminer l'empreinte cristallogénique et cristallographique des protéines seules ainsi que des complexes potentiels dans le but de déterminer la structure cristallographique de l'un des complexes étudiés. Grâce à ce criblage, la structure par diffraction aux rayons X des trois ligases a pu être résolue, suggérant que leur flexibilité conformationnelle pourrait être importante dans les interactions protéiques, et l'analyse cristallographique de jeux de diffraction pouvant correspondre aux complexes MreB-MurE et MreB-MurF est en cours.Ces résultats marquent les premiers pas dans la caractérisation de la machinerie cytoplasmique de la biosynthèse du peptidoglycane, ouvrant la porte à de nouvelles cibles thérapeutiques
Resistance to antibiotics is increasingly frequent and therapy for patients infected by multi-resistant strains is more and more complicated and delicate, nay sometimes inefficient. Therefore, there is an urgent need for novel antibiotics to stave off the resurgent threat of bacterial epidemics.The relatively well-known mechanism of bacterial cell wall formation remains a pathway of prime interest in the search for therapeutic targets. Strikingly, recent studies have suggested that the biosynthesis of its main component, peptidoglycan, would involve macromolecular protein-protein complexes. Particularly, Mur ligases were suggested to form a multipartite complex which would recruit transglycosidase MurG and bacterial actin homolog MreB as well. Interestingly, these enzymes are targetted by none of the antibiotics in clinical use.The work carried out during this PhD showed by surface plasmon resonance and dot blot techniques that MurD, MurE, and MurF all recognize MurG and MreB, but not each other, whilst the two latter proteins interact. A crystallogenesis screening allowed to determine the crystallogenic fingerprints of single proteins and potential complexes, aiming for the crystal structure of one of the Mur complexes. Thanks to this screening, the structures of MurD, MurE, MurF were solved, suggesting that the conformational flexibility of their C-terminal domain might be involved in complex formation and stability. In addition, two data sets which could correspond to MreB-MurE and MreB-MurF complexes are still beeing processed.These results mark a further step in the characterization of the cytoplasmic peptidoglycan machinery, opening up towards novel therapeutic targets which would impair the integrity of the macromolecular complex

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Corneloup, Alix. „La dissémination des séquences REP dans les génomes bactériens : caractérisation des activités des protéines TnpAREP“. Thesis, Toulouse 3, 2016. http://www.theses.fr/2016TOU30201.

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Les génomes bactériens contiennent de nombreuses séquences répétées qui ont un rôle majeur dans la plasticité et l'évolution des génomes. Parmi elles, les séquences REP sont de courtes séquences d'ADN, trouvées en grand nombre dans des régions intergéniques de plusieurs espèces bactériennes. Ces séquences ont la particularité de présenter des structures en tige boucle précédées par un tétranucléotide conservé. Elles peuvent exister seules mais sont majoritairement groupées dans des clusters consécutifs appelés BIME. De nombreux rôles ont été attribués aux REP/BIME dans la physiologie de la cellule : elles sont notamment impliquées dans la régulation de l'expression des gènes et elles constituent des sites de fixation pour plusieurs protéines de l'hôte. Toutefois, leur origine et le mécanisme de leur dissémination dans les génomes ne sont pas connus. Récemment, un gène codant une protéine (TnpAREP) apparentée aux transposases de la famille des séquences d'insertions IS200/IS605 a été identifiée en association avec des REP/BIME au sein de structures appelées REPtron. Il a été alors proposé que les REP/BIME pourraient être des éléments transposables non-autonomes mobilisables par la protéine TnpAREP. Cette protéine fait partie de la superfamille des enzymes HuH comprenant des Relaxases, des protéines Rep des phages/plasmides à réplication en cercle roulant et certaines transposases. Elles utilisent le motif HuH (Histidine - résidu hydrophobe - Histidine) pour coordonner des cofacteurs métalliques ainsi que des résidus tyrosines pour leur activité catalytique. Comme pour les transposases HuH de la famille IS200/IS605, TnpAREP reconnait spécifiquement des substrats ADN simple brin. Elle est active in vitro sur des séquences structurées contenant des REP/BIME sous forme simple brin et celle-ci clive au niveau d'un dinucléotide spécifique. Des données cristallographiques suggèrent que TnpAREP serait monomérique, contrairement aux transposases d'IS200/IS605 qui sont des dimères obligatoires. Cela pose de nombreuses questions sur le site catalytique de l'enzyme ainsi que sur le mécanisme de prolifération des REP/BIME dans les génomes bactériens, d'autant plus qu'aucune activité de TnpAREP n'a été décrite in vivo. Mes premiers résultats portent sur la caractérisation du site catalytique de TnpAREP d'E. coli et ont permis d'exclure la possibilité d'un site catalytique hybride comme dans le cas des protéines Rep de certains plasmides. J'ai pu mettre en évidence une activité in vivo de TnpAREP : son expression sous contrôle d'un promoteur inductible à un effet toxique et induit la réponse SOS chez E. coli. J'ai également développé un test pour cartographier des sites de clivage de TnpAREP in vivo et montré que l'enzyme est capable de cliver les deux brins des plasmides et de l'ADN chromosomique. De plus, une excision d'un BIME a pu être observée dans ces conditions. J'ai aussi construit des souches bactériennes permettant d'étudier l'évolution expérimentale des REP/BIME in vivo dont les résultats sont en cours d'analyse. Enfin, nous avons élargi notre étude à un sous-groupe de TnpAREP associées à un autre type de REP/BIME. Cette analyse comparative nous a permis non seulement de généraliser des propriétés observées avec TnpAREP d'E. coli, mais aussi de révéler des caractéristiques spécifiques de ce sous-groupe
In spite of their compact size, bacterial genomes carry many repetitive sequences, often important for genome function and evolution. Among them, REPs are short DNA found at high copy number in intergenic regions in many bacterial species. These sequences can form stem-loop structures preceded by a conserved tetranucleotide. They can exist as individual units but also as complex consecutive clusters called BIMEs. REP/BIMEs are known to interact with different proteins and several important roles have been attributed to these sequences in cell physiology. However, their origin and dissemination mechanisms are poorly understood. Recently, a first example of prokaryotic domesticated transposases (TnpAREP) was found associated with REP/BIME sequences in structure called REPtron. REP/BIMEs might represent a special type of non-autonomous transposable element mobilizable by TnpAREP. TnpAREP is member of the HuH enzymes superfamily including Relaxases, Rep proteins of RCR plasmids/ss phages and some transposases. These transposases are fundamentally different from classical transposases. They use HuH motif (Histidine-hydrophobe-Histidine) to coordinate metal cofactor and tyrosine residues (Y) as nucleophile for catalysis. TnpAREP shares certain similarities to Y1 HuH transposases encoded by the IS200/IS605 family which processes only ssDNA substrates. Analysis of E. coli TnpAREP activity in vitro also shown the strict requirement of structured single stranded REP/BIME DNA substrates. Cleavage in vitro occurs at a specific dinucleotide. In contrast to Y1 HuH transposases which are obligatory dimers, E. coli TnpAREP is a monomer as shown by structural studies. Furthermore, TnpAREP activities have never been described in vivo. This raises questions about its catalytic sites and also the way by which it promotes REP/BIME proliferation within their host genomes. The first objective of my PhD was to characterize the TnpAREP catalytic site. My results exclude the possibility of a second catalytic site as observed for REP protein of some plasmid families. Here I show that in vivo, expression of TnpAREP under control of an inducible external promoter is toxic to E. coli cells and induces SOS response, the effect depending on catalytic activity of the protein. I have developed an assay to map TnpAREP cleavage sites in vivo and show that it can cleave both DNA strands on plasmid and bacterial chromosome. In these conditions, an excision of BIME could be observed. I also constructed bacterial strains to perform REP/BIME experimental evolution, results are under analysis. Finally, we are extending our analysis to a subgroup of TnpAREP that are associated with another type of REP/BIME. This comparative analysis not only permitted to generalize some properties observed with E. coli TnpAREP but also revealed some interesting distinct characteristics of this subgroup

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Boucrot, Emmanuel. „Analyse moléculaire de SifA, une protéine de virulence de Salmonella typhimurium“. Aix-Marseille 2, 2004. http://www.theses.fr/2004AIX22067.

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Dominique, Manon. „Effets pharmacologiques d'une protéine bactérienne mimétique d'hormones satiétogènes : la protéine ClpB sur le comportement alimentaire“. Thesis, Normandie, 2019. http://www.theses.fr/2019NORMR072/document.

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L’étude du microbiote intestinal et de ses produits de sécrétion est un domaine de recherche en expansion en raison des perspectives thérapeutiques que cela peut ouvrir pour les maladies nutritionnelles telles que l’obésité ou les TCA. La Caseinolytic peptidase B (ClpB) est une protéine bactérienne produite par les entérobactéries qui présente un mimétisme moléculaire avec l’α-MSH, un neuropeptide anorexigène signalant la satiété au niveau de l’hypothalamus. Des études récentes ont cherché à évaluer si la protéine ClpB pouvait induire des effets anorexigènes similaires à ceux de l’α-MSH, en situation physiopathologique et dans des modèles de troubles nutritionnels. Dans ce contexte, l’objectif de cette thèse a été d’étudier les potentiels effets pharmacologiques de la protéine ClpB, intacte ou fragmentée sur les différents mécanismes de régulation de la prise alimentaire impliquant l’axe microbiote-intestin-cerveau et l’influence des nutriments. La première étude a évalué in vitro l’impact de trois macronutriments sur la production et l’expression de la protéine ClpB par les bactéries E. coli : seul l’apport protéique augmentait significativement la production de ClpB. Nous avons montré que la ClpB augmentait la sécrétion de PYY par les cellules entéro-endocrines intestinales de rat en culture. La deuxième d’étude a été réalisée chez des souris dans un modèle d’anorexie (ABA). La restriction alimentaire, avec ou sans activité physique, augmentait la concentration plasmatique de ClpB, qui était associée à une augmentation de la proportion d’entérobactéries dans le microbiote, ce qui suggère son implication possible dans la physiopathologie de l’anorexie mentale. Enfin, la troisième étude a évalué in vivo chez le Rongeur, les effets pharmacologiques de la protéine ClpB sur la prise alimentaire. La prise alimentaire était réduite par l’injection de ClpB intacte ou fragmentée, mais pas par son fragment de 25 kDa. Ces résultats confortent le rôle de la protéine ClpB, produite par les entérobactéries, dans la régulation physiologique de la prise alimentaire et incitent à poursuivre l’étude de son implication dans les troubles anorexiques et son application thérapeutique dans les situations d’excès de poids
The study of the gut microbiota and especially the effect of its secretory products is an expanding field of research in order to open therapeutic perspectives for nutritional diseases such as obesity or TCA. Among these molecules, the Caseinolytic peptidase B (ClpB) is a bacterial protein having a molecular mimicry in common with α-MSH, a neuropeptide whose anorectic actions are peripheral and central and possible via a microbiota-intestinal-brain communication. Current studies attempt to demonstrate whether this molecular mimicry can confer similar anorectic effects at the ClpB protein. The aim of this thesis was studied the potential pharmacological effects of ClpB protein the regulation of eating behavior. Given that the composition of the gut microbiota is dependent on the food present, the first study was evaluated in vitro the impact of three types of macronutrients on the production and expression of the ClpB protein by E. coli bacteria. Then, it was evaluated whether this protein could influence the secretion of satietogenic peptides like PYY by intestinal enteroendocrine cells using a primary culture of rat intestinal cells. Previous studies of U 1073 laboratory have shown that this protein has been found at the plasma level, the second study was performed in mice submitted to an anorexia model (ABA) to clarify the impact of dietary restriction on the ClpB protein, to better understand its possible involvement in the physiopathology of anorexia nervosa. Finally, the third study was evaluated the pharmacological effects of ClpB protein on food intake in vivo in rodents. The impact of the natural fragmentation of this protein and particularly of one of its fragments on food intake was also evaluated

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Jouault, Albane. „Altérocine : une protéine antibiofilm secrétée par la bactérie marine Pseudoalteromonas sp. 3J6“. Electronic Thesis or Diss., Lorient, 2019. http://www.theses.fr/2019LORIS588.

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Le biofilm est un mode de vie qui confère aux bactéries une protection contre les agents antimicrobiens et pose un problème de santé publique qui nécessite de trouver une alternative aux traitements actuels. La bactérie marine Pseudoalteromonas sp. 3J6 et ses exoproduits (SN3J6) montrent une activité antibiofilm contre des bactéries marines et terrestres. Une protéine, nommée altérocine, a été extraite du SN3J6. Bien que présente chez plusieurs autres souches de Pseudoalteromonas, son rôle est encore inconnu dans les bases de données. Ce projet a été consacré à l’étude de l’altérocine. Les caractéristiques de cette protéine ainsi que celles de son gène, alt, ont dans un premier temps été étudiées. Le gène alt n’est pas organisé en opéron et plusieurs promoteurs potentiels ont été identifiés. Il est exprimé préférentiellement durant la phase stationnaire. Il code une protéine de 139 résidus incluant un peptide signal prédit, qui permettrait la sécrétion de l’altérocine mature (119 résidus). Aucune homologie de séquence n’a été observée entre l’altérocine et les protéines de fonction connue des bases de données. Afin de détecter plus facilement l’altérocine dans le surnageant de culture, des anticorps anti-altérocine ont été obtenus. Nous avons dans un second temps confirmé l’activité antibiofilm de l’altérocine par une production hétérologue chez une autre souche de Pseudoalteromonas et en comparant les biofilms obtenus en présence des surnageants de culture de cette souche et de sa souche mère. Nous avons montré que l’altérocine est un nouveau type de protéine antibiofilm dont la structure et le mode d’action restent à déterminer pour l’utiliser comme agent antibiofilm
The biofilm lifestyle gives bacteria a protection against antibacterial agents and leads to public health problems that require an alternative to current treatments. The marine bacterium Pseudoalteromonas sp. 3J6 and its exoproducts (SN3J6) display an antibiofilm activity against various bacteria from marine or terrestrial origin. A protein from SN3J6, named alterocin, was partially purified. Although the protein is found in several other Pseudoalteromonas strains, its function remains unknown. In this work, we studied the alterocin. We investigated the protein and gene characteristics at first. The gene alt, coding alterocin, is not part of an operon and several potential promoters were identified. According to our results, its expression seems subject to regulation as it is mainly expressed in stationary phase. It encodes a 139-residue protein with a putative leader peptide, which would allow the secretion of mature alterocin as a 119-residue protein. No sequence homology has been found between alterocin and other proteins of known function in data bases. Anti-alterocin antibodies were produced for an easily detection method. In a second time, we confirmed the antibiofilm activity of alterocin by heterologous production in another Pseudoalteromonas strain and comparing biofilms obtained in the presence of culture supernatants of either this strain or the parental strain. In this work, we showed that the alterocin is a new type of antibiofilm protein whose structure and mechanism of action remain to be elucidated to use it as antibiofilm agent

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Cantaloube, Sylvain. „Architecture et essentialité des complexes de biosynthèse des acides mycoliques de la bactérie pathogène Mycobacterium tuberculosis“. Toulouse 3, 2010. http://thesesups.ups-tlse.fr/808/.

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Les acides mycoliques sont des constituants majeurs de l'enveloppe mycobactérienne. La voie essentielle de biosynthèse des acides mycoliques fait intervenir deux systèmes d'élongation d'acides gras : FAS-II (plusieurs enzymes) et FAS-I (méga-enzyme qui possède tous les domaines catalytiques). Il a été montré que des enzymes de FAS-II interagissent entre elles pour former des complexes d'élongation. Ces travaux complètent l'interactome de la voie de biosynthèse en intégrant dans le réseau d'interaction de nouveaux partenaires par des techniques de double et triple hybride chez la levure et de co-immunoprécipitation. Les alignements des structures des enzymes de FAS-II sur celle de mFAS-I nous ont permis de proposer un modèle original de l'interactome de la voie de biosynthèse des acides mycoliques. Enfin, nous avons étudié les interactions homotypiques des réductases du système (MabA et InhA) et montré que l'homomultimérisation à l'interface a4a5 est essentielle à la survie des mycobactéries, faisant de cette interface une cible dans la recherche d'antituberculeux
Mycolic acids are major constituents of mycobacteria envelope. The essential mycolic acids biosynthesis pathway use two fatty acids elongation systems : FAS-II (several enzymes) and FAS-I (mega-enzyme which has all the catalytic domains). It was shown that FAS-II enzymes interact with themselves to form elongation complexes. This study completes the biosynthesis pathway interactome. New partners were integrated to the interactions network thanks to yeast double and triple hybrid and co-immunoprecipitation. Structural alignments between FAS-II enzymes and mFAS-I allow us to propose an original interactome model of the mycolic acids biosynthesis pathway. Finally, we have studied homotypic interactions of the system reductases (MabA and InhA). We have shown that a4a5 interface homomultimersiation is essential for mycobacteria survival. So, this interface is a new target to find new antituberculous drugs

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Périn, Olivier. „Etude du changement conformationnel de la protéine FapR : cible potentielle pour de nouvelles molécules antibiotiques contre des bactéries Gram positives“. Paris 7, 2009. http://www.theses.fr/2009PA077122.

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Le répresseur FapR (Fatty acids and phospholipids Regulator) contrôle l'expression génétique d'enzymes impliquées dans la synthèse des acides gras et des phospholipides chez plusieurs bactéries Gram positives. La liaison du malonyl-coA, un intermédiaire de cette voie de synthèse, provoque un changement de conformation qui régule sa fixation à l'ADN. Pour étudier le mécanisme de dérépression, des outils spécifiques permettant l'analyse structurale détaillée de la transition ont été développés et ont permis la proposition d'un modèle pour la transition de FapR qui semble être gouvernée par un déplacement de populations représentatives, modulé par la liaison à ses partenaires et facilité par son importante flexibilité intrinsèque. L'étude de l'énergétique de la transition a été entamée par le développement d'une nouvelle méthode de calcul d'énergie libre. Les structures intermédiaires du chemin ont permis la définition d'une coordonnée réactionnelle universelle et des contraintes centrées sur ces points ont été utilisées pour l'échantillonnage. L'utilisation d'une coordonnée indépendante du potentiel de biais provoque des incertitudes lors de la construction du profil et à nécessité le développement d'une version dérivée de WHAM, WHAM-m, qui permet de réduire ces incertitudes et de produire rapidement des profils plus précis. Afin de maintenir l'effet répresseur de FapR, nous avons tenté de substituer le malonyl-CoA à l'aide d'expériences de criblage virtuel. Après sélection, les touches virtuelles ont été testées par dénaturation thermique avec sonde fluorescente et les molécules les plus prometteuses sont en cours de co-cristallisation. Identifier un antagoniste du malonyl-CoA capable d'empêcher le changement conformationnel de se produire est un défi intéressant et permettrait de moduler ou de bloquer la voie de synthèse des lipides
FapR ("Fatty acids and phospholipids Regulator") repressor controls the genetic expression of enzymes involved in the synthesis of fatty acids and phospholipids and is conserved among several Gram-positive bacteria. Upon malonyl-CoA binding, a metabolite of this pathway, a conformational change occurs which regulates the binding of FapR on DNA. To investigate the derepression mechanism, specific tools were developed to analyze the structural details of the FapR transition and allowed us to propose a model for this transition which seems to be governed by a shift of population modulated by the binding of its partners facilitated by the intrinsic flexibility of FapR. The energetic aspect of the transition was initiated by the development of a new method for free energy calculation. Intermediate structures were used to define a universal reaction coordinate and constraints centered on this points were used for the sampling. A reaction coordinate independent of the biasing potential raises uncertainties during the calculation of the profile needing the development of a derived version of WHAM, WHAM-m, which allows to reduce those uncertainties and produces profiles rapidly and accurately. To maintain FapR repression, we tried to substitute malonyl-CoA using virtual screening experiments. After selection, virtual hits were tested by thermal-shift assay and promising candidates are now subjected to co-crystallization. Identify an antagonist able to prevent the conformational change is an interesting challenge and could modulate or block the lipids biosynthesis

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Pesset, Bénédicte. „Conception, synthèse et vectorisation d'inhibiteurs potentiels de la protéine bactérienne TonB“. Thesis, Strasbourg, 2012. http://www.theses.fr/2012STRAJ089/document.

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La multiplication des résistances aux antibiothérapies actuelles et l’utilisation potentielle de bactéries pathogènes dans le cadre d’attentats bioterroristes rendent nécessaire la recherche de nouvelles cibles biologiques et la découverte de nouvelles stratégies antibiotiques. Dans ce contexte, les mécanismes d’assimilation du fer chez les bactéries à Gram négatif sont des cibles particulièrement prometteuses. Le fer est en effet un élément essentiel à la vie, mais peu biodisponible. Les bactéries ont donc développé des mécanismes efficaces pour subvenir à leurs besoins en fer. Ces mécanismes de transport nécessitent un apport d’énergie fourni par une machinerie bactérienne complexe, la machinerie TonB. La protéine TonB, qui joue un rôle central dans le fonctionnement de cette machinerie, est la cible de notre approche. Nous souhaitons séquestrer cette protéine dans le périplasme grâce à des composés peptidiques fonctionnalisés par des hétérocycles de type isoindole ou 1,2,4-triazine. La conception et la synthèse de ces molécules sont présentées dans ce manuscrit, ainsi que leurs perspectives de vectorisation en utilisant une stratégie dite du "cheval de Troie". Notre contribution à la mise au point d’un test d’affinité in vitro est également abordée
The increasing resistances to the current antibiotherapies, and the potential use of pathogenic bacteria as biological weapons led us to the absolute necessity of discovering new biological targets and new antibiotic strategies. In this context, iron uptake pathways of Gram negative bacteria are promising targets. Indeed, iron is an essential nutrient, but it has a low bioavailability. Bacteria have developed efficient iron uptake pathways in order to proliferate. Iron is transported in the bacterial cell by specific outer membrane transporters and thanks to the energy provided by a complex molecular machinery, called TonB. The TonB protein, which is the keystone of this machinery, is a key target for the development of new antibiotics. We would like to sequester this protein in the periplasm thanks to molecules constituted of a peptidic moiety and a heterocyclic moiety such as isoindole or 1,2,4-triazine. The conception and the synthesis of these compounds are presented in this document, as well as their possibilities to be vectorized using a “Trojan Horse” strategy. Our contribution to the development of an in vitro test of affinity is presented as well

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Bou, Haidar Naila. „Développement d’un pansement à libération contrôlée d’une protéine spécifique anti-biofilm bactérien. Application aux plaies chroniques“. Thesis, Normandie, 2019. http://www.theses.fr/2019NORMR087.

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Le biofilm bactérien constitue un obstacle majeur à la cicatrisation des plaies. Par ailleurs, il est responsable de l’émergence d’une résistance et d’une tolérance accrues aux antibiotiques. Par conséquent, le développement de systèmes de délivrance contrôlée d’un agent ciblant la structure du biofilm apparaît comme une approche thérapeutique alternative indispensable et urgente pour la prise en charge des plaies chroniques. A travers cette étude, nous avons développé des systèmes membranaires pour pansements libérant une protéine, la dispersine B (DB),capable de cibler de manière sélective la matrice du biofilm, en créant un microenvironnement délétère pour le biofilm bactérien. Pour ce faire, nous nous sommes intéressés aux membranes asymétriques (MAs) à base de polyesters biodégradables tels que le poly(3-hydroxybutyrate-co-4-hydroxybutyrate), le poly (butylène succinate-co-butylène adipate) (PBSA), et l’acide polylactique. En incorporant dans la solution de polymère des agents porogènes hydrophiles (APs), nous avons pu obtenir des MAs à porosité élevée, un réseau poreux interconnecté, perméables au dioxygène et à l’eau vapeur. En utilisant l’albumine de sérum bovin, nous avons pu montrer que la capacité de piégeage de la protéine et sa libération contrôlée à partir des MAs de PBSA était influencée par la structure de celles-ci et la présence d’APs résiduels. Les études in vitro ont montré une très grande efficacité anti-biofilm à la fois en inhibition et en dispersion (jusqu’à 80%). Les tests standards normalisés de cytotoxicité in vitro ont montré que les MAs de PBSA non chargées et chargées en DB répondaient aux critères de cytocompatibilité exigées pour une application de type pansement
Bacterial biofilms are a major obstacle to the wound healing process. In addition, they are responsible for the emergence of resistance and tolerance to antibiotics. Hence, the development of controlled drug delivery systems targeting the bacterial biofilm appears as an urgent and essential alternative therapeutic approach for the effective management of chronic wound. In this work, we developed wound dressings in which a protein, dispersin B (DB), is released capable of selectively targeting the biofilm matrix, creating a deleterious microenvironment for the bacterial biofilm. To this end, we were interested in asymmetric membranes (AMs) from biodegradable polyesters such as the poly(3-hydroxybutyrate-co-4-hydroxybutyrate), the poly (butylene succinate-co-butylene adipate) (PBSA) and the polylactic acid. By the incorporation of hydrophilic porogen agents (PA), we were able to obtain AMs with a high level of porosity, exhibiting a porous interconnected network and oxygen and water vapor permeability. Using bovine serum albumin as a model protein, we demonstrated that protein loading and release from the PBSA AMs were affected by the membrane structure and the presence of residual PA. In vitro studies showed highest antibiofilm efficiency both in inhibition and dispersion (up to 80%). Normalized in vitro cytotoxicity standard assays revealed that unloaded and DB-loaded PBSA membranes met cytocompatibility criteria required for wound dressing applications

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Nazaret, Fanny. „Régulation redox chez la bactérie symbiotique Sinorhizobium meliloti : Caractérisation du régulateur transcriptionnel SydR et analyse du protéome S-glutathionylé“. Electronic Thesis or Diss., Université Côte d'Azur, 2024. http://www.theses.fr/2024COAZ6023.

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Les interactions plantes-bactéries jouent un rôle majeur dans le développement et la santé des plantes. La mise en place et le maintien de ces interactions reposent sur la capacité des bactéries à s'adapter à leurs hôtes et aux variations de leur environnement. Les bactéries de la famille des Rhizobiaceae développent une interaction symbiotique avec des plantes de la famille des légumineuses, favorisant l'enrichissement des sols en azote. Cette symbiose est initiée dans la rhizosphère par un dialogue moléculaire, suivi par l'infection des racines et la formation de nodosités, où les bactéries se différencient en bactéroïdes fixateurs d'azote. Au cours des différentes étapes de la symbiose entre Sinorhizobium meliloti et Medicago truncatula, différentes espèces actives de l'oxygène (ROS) sont produites par la plante, et la défense antioxydante bactérienne est un déterminant essentiel au succès de l'interaction. Les ROS peuvent également jouer le rôle de signal et induire des modifications post-traductionnelles réversibles au niveau des cystéines redox-actives des protéines, contribuant à réguler leur activité. Ainsi, les ROS produites aux différentes étapes de l'interaction permettraient d'activer des voies de signalisation régulant la symbiose. Cependant, les mécanismes de régulation redox chez S. meliloti et leur importance dans l'interaction symbiotique restent largement méconnus.Au cours de l'évolution, les bactéries ont développé des protéines senseurs des ROS, tels que des régulateurs transcriptionnels (TRs) redox-sensibles. Les TRs de la famille MarR sont impliqués dans la régulation de fonctions variées, notamment chez les bactéries associées aux plantes. Chez S. meliloti, nous avons identifié le régulateur SydR, dont l'oxydation inhibe l'activité de fixation à l'ADN via la formation d'un pont disulfure inter-moléculaire. L'étude d'un mutant ΔsydR a montré que SydR est crucial pour l'infection et le développement des nodosités lors de la symbiose avec M. truncatula. Une analyse transcriptomique a révélé que SydR contrôle un régulon de gènes codant diverses hydrolases, oxydoréductases et protéines de réponse au stress. De plus, la surexpression de certains de ces gènes est spécifiquement responsable du phénotype symbiotique du mutant ΔsydR.Nous avons également cherché à identifier les protéines de S. meliloti susceptibles d'être S-glutathionylées. En effet, la formation d'un pont disulfure entre une cystéine et le glutathion (GSH) fait partie des modifications post-traductionnelles redox-dépendantes pouvant réguler l'activité des protéines. Le GSH a été décrit comme étant particulièrement important au cours de la symbiose S. meliloti - M. truncatula, suggérant que des voies de signalisation redox-dépendantes importantes pour l'interaction impliquent des protéines S-glutathionylées. Afin d'identifier ces protéines chez S. meliloti, nous avons développé une approche de protéomique redox. La mise au point d'un protocole expérimental nous a permis d'obtenir le premier protéome S-glutathionylé de S. meliloti, ouvrant la voie à des analyses fonctionnelles qui permettront de caractériser le rôle de cette modification en symbiose. En conclusion, l'ensemble des travaux menés sur SydR et le protéome S-glutathionylé de S. meliloti nous ont permis de mettre en évidence l'importance de la régulation redox chez la bactérie symbiotique, validant l'hypothèse d'un lien étroit entre la production de ROS détectée au cours de la symbiose et la régulation de voies de signalisation déterminantes pour l'interaction symbiotique
Plant-bacteria interactions are essential for plant health and development. The establishment and maintenance of these interactions rely on the ability of bacteria to adapt to their hosts and environmental variations. In particular, Rhizobiaceae bacteria are involved in symbiotic interactions with legume plants, contributing to soil nitrogen enrichment. This symbiosis is initiated in the rhizosphere with a molecular dialogue, followed by root infection and nodule formation, where bacteria differentiate into nitrogen-fixing bacteroids. During the several steps of the symbiosis between Sinorhizobium meliloti and Medicago truncatula, Reactive Oxygen Species (ROS) are produced by the plant, and bacterial antioxidant defense is a key determinant for successful interaction. ROS can act as signal molecules and induce reversible post-translational modifications involving redox-active cysteines of proteins that may regulate their activities. Thus, ROS produced at several steps of the interaction may activate signaling pathways regulating symbiosis. However, the mechanisms of redox regulation in S. meliloti and their importance in the symbiotic interaction remain largely unknown.As part of their evolution, bacteria have evolved ROS-sensing proteins, such as redox-sensing transcriptional regulators (TRs). TRs of the MarR family are involved in the regulation of various functions, particularly in plant-interacting bacteria. In S. meliloti, we identified SydR, whose oxidation inhibits DNA-binding activity via the formation of an inter-molecular disulfide bond. Study of a ΔsydR mutant showed that SydR is crucial for symbiotic infection and nodule development in interaction with M. truncatula. Transcriptomic analysis revealed that SydR controls a regulon of genes encoding various hydrolases, oxidoreductases and stress response proteins. Moreover, the overexpression of certain of these genes is specifically responsible of the symbiotic phenotype of the ΔsydR mutant.We also aimed to identify S. meliloti proteins that are susceptible to S-glutathionylation. Indeed, the formation of a disulfide bond between a cysteine and glutathione (GSH) is part of redox-dependent post-translational modifications that may regulate protein activities. GSH has been described as particularly important during the S. meliloti - M. truncatula symbiosis, suggesting that relevant redox-dependent signaling pathways during the interaction may involve S-glutathionylated proteins. To identify these proteins in S. meliloti, we developed a redox proteomics approach. Our experimental protocol allowed us to analyze the first S-glutathionylated proteome of S. meliloti, enabling future functional analyses to characterize the role of this modification in symbiosis. In conclusion, our work on SydR and the S-glutathionylated proteome in S. meliloti highlight the importance of redox regulation in the symbiotic bacterium, thus supporting the hypothesis of a close link between ROS production detected during symbiosis and regulation of key signaling pathways regulating the symbiotic interaction

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Rouanet, Carine. „Investigation du mécanisme d'action du système de régulation impliquant PecS chez la bactérie phytopathogène Erwinia chrysanthemi“. Paris 7, 2002. http://www.theses.fr/2002PA077167.

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El, Ghazouani Abdelnasser. „Étude biochimique et fonctionnelle de la protéine PerR de bacillus subtilis : un senseur bactérien du peroxyde d’hydrogène“. Grenoble 1, 2007. http://www.theses.fr/2007GRE10225.

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La métalloprotéine PerR (Peroxyde resistance Regulator), homodimère de 2 fois 16,5 kDa, est un facteur de la transcription. PerR est le senseur du peroxyde d'hydrogène chez plusieurs microorganismes. PerR de Bacil/us subtilis a été isolée sous sa forme apo avec la présence d'un ion Zn2+ par monomère. Dans des conditions de culture non contrôlées, PerR est en partie oxydée de manière aléatoire. La spectrométrie de masse et la spectroscopie RPE nous ont permis de relier la capacité de fixation du métal régulateur (Fe2+ ou Mn2l et l'oxydation de PerR. Notre travail a permis de mettre au point un protocole d'expression conduisant de manière reproductible à une forme totalement réduite. Ceci a permis la détermination précise de l'affInité de la protéine pour le métal régulateur et l'ADN. La forme apo-PerR-Zn a été cristallisée et cette structure révèle un site structural à zinc avec une coordination tétraédrique par les quatre cystéines de la protéine (motif Zn(Cys)4)' Ce site verrouille le domaine de dimérisation, favorisant ainsi la stabilité du dimère. Le rôle structural de ce site a été confirmé par des expériences biochimiques qui mettent en évidence une réactivité faible vis-à-vis d'H202. Des études en spectroscopie de fluorescence ont montré des changements conformationnels de PerR en solution après métallation et fixation à l'ADN. La formation du complexe ADN-PerR a été étudiée de manière détaillée et a permis de mettre en évidence deux nucléotides et trois acides aminés essentiels dans cette interaction. Enfin, nos travaux sur la forme oxydée de PerR ont mis en évidence que le résidu 2-oxo-histidine est le marqueur biologique de l'oxydation de PerR
The PerR (Peroxyde resistance Regulator) metalloprotein is a transcription factor described as a H202 sensor in many micro-organisrns. The PerR protein from Bacillus subtilis, isolated in its apo form contains one Zn2+ ion per monomer. Under normal growth conditions, PerR is partially oxidised and inactive in terros of DNA binding. Mass spectrometry and EPR spectroscopy allowed us to connect the metal binding capacity ofPerR towards Fe2+ or Mn2+ and its oxidation state. A new expression protocol which leads to a fully reduced form of the protein has been established. It allows the reliable determination of the affmity of the protein for the regulatory metal and the DNA target. The apo-PerR-Zn form has been crystallized and the structure reveals that the Zn2+ ion is part of a structural site. The zinc atom is coordinated in a tetrahedral geometry by the four cysteine residues of the protein (Zn(Cys) 4)' This site locks the dirnerization domain and increases the dirner stability. The structural role of the zinc site has been confirmed by biochemical experiments which showed a poor reactivity toward H202. Fluorescence spectroscopy experiments indicated conformational changes of PerR during manganese incorporation and DNA binding. The formation of the DNA-PerR complex has been studied in more details. Two nucleotides and three amino acids have been shown to be crucial in this interaction. Finally, our work on the oxidized form of PerR showed that the 2-oxo-histidine modified residue is the biological marker ofPerR oxidation

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Berkane, Emir. „Étude de l'interaction entre GpJ, une protéine du bactériophage Lambda et LamB, une protéine de la membrane externe des bactéries gram-négatives“. Toulouse 3, 2005. http://www.theses.fr/2005TOU30005.

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La fixation du bactériophage Lambdasur son récepteur cellulaire, LamB, est dûe à une protéine de sa queue appelée gpJ. Le but des travaux est d'étudier l'interaction entre le bacteriophage lambda et LamB à travers l'étude du complexe entre LamB et gpJ exprimée en protéine de fusion. La formation d'un complexe entre la partie C-terminale de gpJ et LamB sauvage, ainsi que de mutants a pu être confirmée non seulement au travers de travaux de BLM, une technique d'électrophysiologie, mais également de SDS-PAGE et d'immunodétection. Ces travaux montrent également que des résidus présents sur les boucles extracellulaires L4, L6 et L9 ne sont pas nécessaires à la fixation de gpJ alors qu'ils le sont pour celle du bacteriophage Lambda
The bacteriophage lambda is a virus which infects bacteria carrying the LamB protein in their outer membrane. GpJ, a protein of the tail of the phage, is involved in the binding to LamB. The study of the interaction between gpJ expressed as fusion protein and LamB was performed in order to investigate the interaction between the bacteriophage Lambda and LamB. The interaction between the C-terminal extremity of gpJ and LamB was also demonstrated on planar lipid bilayer experiments, an electroph-ysiological technic, and on SDS-PAGE and immunodetection. Furthermore, the use of variants of LamB allowed to demontrate that the C-terminal fragment of gpJ does not bind to residues on the outer loops L4, L6 and L9 that are necessary for the interaction with the bacteriophage Lambda

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Exley, Rachel Mary. „Etude des fonctions cellulaires de la protéine L24 de Bacillus subtilis : localisation et interaction avec les acides nucléiques“. Paris 11, 2002. http://www.theses.fr/2002PA112166.

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L'analyse de la structure du chromosome bactérien constitue un élément essentiel pour la compréhension de l'organisation de la cellule. La molécule d'ADN doit être organisée afin de permettre sa condensation et ses multiples activités vitales. L'objectif du Laboratoire du Chromosome Bactérien est d'identifier et de caractériser les protéines associées au nucléoi͏̈de de Bacillus subtilis et de déterminer les mécanismes par lesquels ces protéines organisent et régulent les activités du chromosome. Cette thèse a essentiellement porté sur l'étude de la protéine L24 de B. Subtilis. Cette protéine a été identifiée dans les nucléoi͏̈des isolés puis purifiée et caractérisée comme affine pour l'ADN. Etant capable de condenser fortement l'ADN in vitro, L24 participerait à l'organisation de l'ADN in vivo. Par ailleurs, c'est une protéine ribosomique, impliquée dans l'organisation de l'ARN 23S pendant la biogenèse des ribosomes. Ce travail a été entrepris dans le but de préciser le rôle de L24 dans la cellule bactérienne. Afin de mieux comprendre sa fonction cellulaire, une étude approfondie de la localisation sub-cellulaire a été effectuée en faisant appel à la microscopie à fluorescence et électronique. La protéine L24 se situe dans le cytoplasme mais également dans les nucléoi͏̈des et ainsi se localise avec ses cibles cellulaires, l'ADN et l'ARN 23S. L'analyse de la séquence en acides aminés de L24 a montré que cette protéine ne possède aucun motif connu d'attachement aux acides nucléiques, mais deux domaines putatifs, dits 'domaines ribosomiques' ont été mis en évidence. Les polypeptides correspondants à ces deux domaines ont été surproduits et leurs interactions avec les acides nucléiques ont été analysées. Ces expériences indiquent que l'attachement de L24 à l'ADN et à l'ARN, s'effectue par la région N-terminale. L'ensemble des résultats obtenus lors de cette étude est en faveur d'un rôle de la protéine L24 dans l'organisation des acides nucléiques dans la cellule bactérienne
The bacterial chromosome must be correctly organized and condensed so as to be contained within the cell whilst permitting vital cellular activities. The research interest of the 'Laboratoire du Chromosome Bactérien' is the identification of the factors that are implicated in the organization and the structure of the chromosome of Bacillus subtilis. Several nucleoid associated proteins have been identified in the laboratory, including HBsu, LrpC and L24. L24 of B. Subtilis is a DNA- and RNA- binding protein. This protein was purified from isolated nucleoid fractions and has many of the in vitro properties of nucleoid associated proteins. In addition, L24 is a ribosomal protein which, by analogy to L24 of E. Coli, binds to the 23S rRNA in ribosome assembly. The principal focus of this thesis has been to investigate the in vivo functions of the L24 protein of B. Subtilis, in particular to try to determine its role in chromosome organization during cell growth. A study of the localization of L24, using fluorescence and electron microscopy techniques, has shown that L24 localizes in both the cytoplasm and the nucleoid regions and thus appears to localize with its target molecules, DNA and 23S rRNA. In mid exponential phase, L24 is concentrated predominantly at the cell poles, in regions overlapping with the polar nucleoid regions and in stationary phase L24 is dispersed throughout the cell. Analysis of the amino acid sequence of L24 reveals that this protein contains no recognizable RNA or DNA binding motifs, however two putative domains called 'ribosomal domains' were revealed in the sequence of L24. Polypeptides corresponding to these domains were purified and their interactions with nucleic acids were analyzed. These experiments suggest that the N-terminal region of L24 mediates binding to DNA and RNA. The totality of results obtained support the idea that L24 has a role in the organization of nucleic acids in the bacterial cell

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El, khoury Takla. „Recherche des substrats et des activateurs d'une nouvelle famille de protéine kinase bactérienne“. Thesis, Université Grenoble Alpes (ComUE), 2016. http://www.theses.fr/2016GREAV003.

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Les protéines kinases sont responsables de la phosphorylation des protéines, une modification post-traductionnelle qui contrôle ainsi de manière très efficace et presque instantanée une multitude de processus cellulaires. Elles sont impliquées dans la régulation des voies métaboliques dans les organismes permettant leurs adaptations aux changements environnementaux. Chez les procaryotes, l'existence de sérine/thréonine et tyrosine kinases est resté pendant longtemps un sujet de controverse. Cependant, au cours des deux dernières décennies, de nombreuses études ont montré que ces types de phosphorylation (Ser/Thr/Tyr) existent chez les bactéries et sont impliqués dans la régulation d'une grande variété de processus biologiques. En plus de protéines kinases apparentés à des enzymes eucaryotes, les bactéries ont également des protéines kinases spécifiques n’ayant aucune ressemblance structurale avec des protéines eucaryotes ce qui, lorsqu’elles sont essentielles, les qualifient en tant que cible pour de nouveaux agents antimicrobiens. YdiB est une nouvelle protéine kinase bactérienne de Bacillus subtilis. La localisation d’YdiB a été étudiée par immunofluorescence révélant sa présence à proximité de la membrane plasmique. L'interaction d’YdiB avec les phospholipides a été étudiée par des essais de flottation et résonance plasmonique de surface. Ceci révèle la présence d'une interaction stable et forte entre la kinase et deux phospholipides: la phosphatidylsérine et la phosphatidyléthanolamine. En outre, la constante d'affinité (KD) entre YdiB et la phosphatidylsérine a été identifiée et est de l’ordre de 13.3x10-9 M. De plus, ces deux phospholipides, ainsi que leur têtes polaires, sont capables d'induire de manière significative l'autophosphorylation d’YdiB.Par ailleurs, le rôle d’YdiB dans la croissance bactérienne en particulier lors d’un stress oxydant a également été étudié dans la souche sauvage et dans le mutant ∆ydiB. Dans des conditions de stress oxydant, la souche ∆ydiB est incapable de survivre alors qu’une complémentation conditionnelle de ce mutant a permis de restaurer un profil de croissance normale de la bactérie. Cela révèle le rôle important joué par YdiB dans la résistance bactérienne au stress oxydant. En outre, des protéines impliquées dans la résistance au stress oxydant comme la superoxide dismutase F (SodF) et superoxide dismutase A (SodA) ont été testés comme substrats potentiels pour YdiB. Par des tests de trans-phosphorylation, nous avons pu montrer que SodA pourrait être un substrat potentiel pour YdiB expliquant ainsi son implication dans la résistance au stress oxydatif dans Bacillus subtilis
Protein kinases are responsible of protein phosphorylation, a post-translational modification and a very effective and almost instantaneous control of a multitude of cellular processes. They are involved in the regulation of metabolic pathways in living organisms enabling their adaptation to environmental changes. In prokaryotes, the existence of serine/threonine and tyrosine kinases was, for a long time, a subject of controversy. However, over the past two decades, many studies have shown that these types of phosphorylation (Ser/Thr/Tyr) do exist in bacteria and are involved in the regulation of a wide variety of biological processes. In addition to protein kinases related to eukaryotic enzymes, bacteria also have some specific protein kinases having no structural resemblance to their eukaryotic homologues which, if essential, made them a possible target for new antimicrobial agents. YdiB is a novel bacterial protein kinase from Bacillus subtilis. In situ localisation of YdiB has been studied by immunofluorescence which reveals its presence near the plasma membrane. The interaction of YdiB with the membrane phospholipids was assessed by flotation assay and surface plasmon resonance demonstrating the presence of a stable and strong interaction between the kinase and two phospholipids: phosphatidylserine and phosphatidylethanolamine. In addition, the affinity constant (KD) between YdiB and phosphatidylserine was found to be equal to 13.3 x 10-9 M. Moreover, these two phospholipids or just their charged headgroups were able to significantly induce the autophosphorylation of YdiB.On the other hand, the role of YdiB in the bacterial growth especially under oxidative stress was also studied in the wild-type strain and in ∆ydiB mutant. Under oxidative stress conditions, the deleted strain was unable to survive whereas a conditional complementation of ∆ydiB mutant was able to restore a normal growth profile for the bacterium. This reveals the important role played by YdiB in the bacterial resistance to oxidative stress. In addition, protein involved in the resistance to oxidative stress like Superoxide dismutase F (SodF) and superoxide dismutase A (Sod A) were tested as potential substrates for YdiB. Doing the trans-phosphorylation assay, we were able to prove that Sod B could be a potential substrate for YdiB thus explaining its involvement in the resistance to oxidative stress in Bacillus subtilis

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Ronez, Florian. „Exploration fonctionnelle et valorisation industrielle de la protéine de choc thermique bactérienne Lo18“. Thesis, Dijon, 2012. http://www.theses.fr/2012DIJOS015.

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La bactérie lactique Oenococcus oeni qui fait partie de la flore d’intérêt du vin, est responsable de la fermentation malolactique. Au cours de son développement dans le vin, Oenococcus oeni est confronté à des conditions physicochimiques drastiques (présence d’éthanol, pH 3,5, basse température, présence de composés soufrés, …). Sa capacité à s’adapter à ces conditions défavorables en fait un bon modèle d’étude de la réponse à de multiples stress chez les bactéries lactiques (Guzzo et al., 2000). L’un des mécanismes de résistance d’O. oeni fait intervenir une protéine de choc thermique de faible masse moléculaire ou sHsp (small Heat shock protein) nommée Lo18. La protéine Lo18 possède une activité de chaperon ATP-indépendante. C'est-à-dire que son association avec une protéine en cours de dénaturation permet de protéger la protéine et d’empêcher son agrégation. De plus elle est capable de s’associer avec les bicouches lipidiques et de stabiliser la structure lipidique.Les sHsp se caractérisent par la présence d’une région d’environ 90 acides aminés appelée α-cristallin impliquée dans l’activité de chaperon moléculaire in vitro. En général, les extrémités N- et C- terminales jouent un rôle essentiel dans le processus d’oligomérisation qui est nécessaire à l’activité chaperon. Dans l’optique d’étudier la relation entre la structure et la fonction de la sHsp Lo18, son activité et son oligomérisation ont été caractérisées à différents pH. Les résultats ont montré que le pH influe sur l’oligomérisation de Lo18 et également son activité de chaperon moléculaire. Des protéines Lo18 modifiées dans le domaine α-cristallin ont également été caractérisées. Elles ont permis de démontrer qu’une substitution d’acide aminé dans ce domaine altère l’activité de Lo18. Enfin des formes tronquées de Lo18 pour ses deux portions N- et C- terminales ont été construites, surproduites chez Escherichia coli, puis purifiées par chromatographie d’affinité hydrophobe.La capacité de Lo18 à empêcher l’agrégation des protéines et à stabiliser les membranes lipidiques nous a conduit à tester l’impact de Lo18 d’une part sur la surproduction in vivo chez Escherichia coli de protéines hétérologues d’intérêt, et d’autre part sur la formation d’un caillé laitier riche en caséine et lipides.La surproduction hétérologue de protéines chez E. coli est utilisée pour produire de grandes quantités de protéines à faibles couts. Cependant cette production n’est pas toujours efficace car l’accumulation d’une même protéine dans la cellule de la bactérie conduit souvent à son agrégation et à sa dégradation. Il apparait nécessaire de développer des systèmes permettant d’améliorer la solubilité des protéines surproduites chez E. coli. Nous avons donc testé les potentialités de Lo18 dans ce système, et montré une augmentation de la solubilité de protéines d’intérêt coproduites avec la sHsp Lo18 et/ou la Hsp GroEL/ES.Le lait comporte quatre composants dominants : l’eau, les matières grasses, les protéines et le lactose. En technologie fromagère, la coagulation correspond à une déstabilisation de l’état micellaire des protéines majoritaires du lait: les caséines. La prise en gel est suivie d’une phase d'égouttage, la synérèse, qui correspond à la perte d’une partie du lactosérum hors du gel. Les propriétés de chaperon moléculaire de la protéine Lo18 ont permis d’influencer l’agrégation des caséines in vitro. Nous avons donc appliqué Lo18 au modèle caillé laitier et décelé des applications industrielles possibles. Nous avons notamment montré en laboratoire une accélération de la phase de prise en gel, et une accélération du processus de synérèse. En modèle fromager nous avons mis en évidence que Lo18 permet de diminuer le taux d’humidité dans les fromages de type « pâtes molles »
The lactic acid bacteria Oenococcus oeni is part of the flora of interest in wine. It is responsible for malolactic fermentation. During its development in the wine, Oenococcus oeni is facing drastic physicochemical conditions (presence of ethanol, pH 3.5, low temperature, presence of sulfuric compounds). Its ability to adapt to these conditions makes of it a good model to study the response to multiple stress in lactic acid bacteria (Guzzo et al., 2000). One mechanism of resistance of O. oeni involves a Heat shock protein (Hsp) of low molecular weight or sHsp (small Heat shock protein) called Lo18.Lo18 protein has a chaperone activity ATP-independent. It is to say that its association with a protein during denaturation can protect the protein and prevent its aggregation. In addition Lo18 is able to bind with lipid bilayers and stabilize the lipidic structure.The sHsp are characterized by the presence of a region of about 90 amino acids, called α-crystallin, involved in molecular chaperone activity in vitro. In most cases, the N-and C-termini regions play an essential role in the oligomerization process that is necessary for the chaperone activity.In order to study the relationship between structure and function of Lo18, its activity and oligomerization were characterized at different pH. The results showed that the pH affects the oligomerization of Lo18 and also its molecular chaperone activity. Lo18 modified proteins in their α-crystallin region was also characterized. They have shown that a single amino acid substitution alters the activity of Lo18. Finally truncated forms of Lo18 in its two portions N-and C-termini were constructed, overproduced in Escherichia coli and purified by hydrophobic affinity chromatography.The ability of Lo18 to prevent aggregation of proteins and stabilize lipid membranes led us to test the impact of Lo18 for heterologous overproduction in Escherichia coli, and also in the formation of a curd milk rich in casein and fat.Overproduction of heterologous proteins in E. coli is widely used to produce large amounts of protein at low cost. However, this production is not easy because the accumulation of a protein in bacteria’s cell often leads to its aggregation and degradation. It appears necessary to develop systems to improve the solubility of proteins overproduced in E. coli. We therefore tested the potential of Lo18 in this system, and showed an increase in the solubility of proteins of interest coproduced with the sHsp Lo18 and / or the Hsp system GroEL / ES.Milk has four dominant components: water, fat, protein and lactose. In cheese technology, coagulation is a destabilization of the micellar state of the major proteins of milk: the caseins. Jellyfication phase is followed by a dripping phase called syneresis, which corresponds to the loss of part of the whey out of the gel.The properties of the sHsp Lo18 influenced the aggregation of the caseins in vitro. So we applied Lo18 on the curd milk model and detected possible industrial applications. In particular, we showed in laboratory an acceleration of the jellyfication phase, and an acceleration of the syneresis. In cheese model we have shown that Lo18 is able to reduce the humidity rate in cheeses

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Escoubas, Jean-Michel. „Etude de l'élément transposable bactérien IS1 : mise en évidence de la protéine impliquée dans la réaction de transposition“. Toulouse 3, 1992. http://www.theses.fr/1992TOU30077.

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La sequence d'insertion is1 est composee de deux sequences inversees repetees (29 pb) situees de part et d'autre de deux cadres de lecture chevauchants (insa et insb). Ces cadres de lecture sont transcrits, sous forme d'un arnm polycistronique, a partir du promoteur pirl. Le gene, insa, produit une proteine affine pour l'adn se fixant de facon specifique sur les extremites inversees repetees. Elle joue un role de represseur dans la transposition. Le produit du deuxieme gene, insb, n'a pu etre detecte et aucune proteine susceptible d'assurer les fonctions de transposition n'avait ete mise en evidence. La caracterisation du mode de production de la transposase et l'etude du controle de l'activite d'is1 ont ete les deux axes directeurs de nos recherches. Nous nous sommes tout d'abord attaches a montrer que la transposase est le produit d'une fusion traductionnelle entre les deux genes d'is1 effectuant selon un mecanisme deja decrit chez les retrovirus. Pour cela nous avons mis en evidence la production d'une proteine (insab) issue de la fusion traductionnelle des cadres de lecture insa et insb. La production constitutive de cette proteine s'accompagne d'une tres forte augmentation de la frequence de transposition de l'element. Nous avons egalement montre que la mobilisation d'is1 est regie par le rapport entre la transposase et le represseur, et non par la quantite absolue de transposase. Nous avons elabore une nouvelle famille de vecteurs plus appropries a l'etude de la transposition d'is1. Ces plasmides nous ont permis de confirmer que la sur-transcription des cadres de lecture d'is1 est sans effet sur son activite de transposition. Par ailleurs, nous avons montre que la surproduction de transposase est toxique pour la cellule. Enfin, des resultats recents montrent que, dans certaines conditions (surproduction de transposase), la presence des deux extremites de l'element n'est pas indispensable a la transposition d'is1

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Bouet, Jean-Yves. „Caractérisation du gène ndd du bactériophage T4. Etude de l'effet de la protéine NDD sur le nucléoi͏̈de bactérien“. Toulouse 3, 1996. http://www.theses.fr/1996TOU30139.

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Chez la bacterie escherichia coli, l'adn genomique est constitue d'une molecule circulaire de 4,6 10#6 paires de bases. Cette molecule d'adn doit etre organise pour permettre a la fois sa condensation dans la cellule et les activites transcriptionnelles et replicatives continuelles caracteristiques des procaryotes. Cependant l'organisation generale des chromosomes bacteriens est encore largement enigmatique. Les travaux presentes dans ce memoire s'inscrivent dans le cadre de l'analyse a grande echelle du nucleoide bacterien. Nous nous sommes interesse a l'etude d'un phenomene physiologique induit par le bacteriophage t4, la disruption nucleaire. En effet, en quelques minutes, le produit du gene phagique ndd est capable de detruire completement l'organisation du nucleoide. La proteine ndd pourrait donc etre un moyen d'investigation de la structure et de l'organisation du chromosome bacterien. L'introduction generale presente les donnees acquises concernant la structure et l'organisation du chromosome bacterien. Les principaux resultats obtenus au cours de ce travail sont publies. Le premier article (gene, 1994) concerne l'identification du gene ndd et sa conservation importante parmi l'ensemble de la famille des bacteriophages t-pairs. Le second article (mol. Microbiol. , 1996) presente les effets physiologiques de l'expression du gene ndd clone. Les resultats obtenus ont permis de montrer que la proteine ndd est, a elle seule, capable de provoquer le phenomene de disruption nucleaire. Cette desorganisation complete du nucleoide, accompagnee d'une importante letalite des cellules, est realise sans la moindre destruction de l'adn chromosomique. L'ensemble des resultats est consistant avec une alteration specifique d'elements structuraux du nucleoide provoquee par la proteine ndd. D'autre part, l'etude de la proteine ndd thermosensible a permis de montrer qu'elle possede, in vitro, une activite de liaison a l'adn double brin. Les donnees presentees dans ce memoire sont discutees dans le dernier chapitre. Elles confirment amplement notre hypothese d'utiliser ndd comme moyen d'investigation de la structure du chromosome bacterien

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Tian, Xudong. „Etude des undécaprényl-pyrophosphate phosphatases dans la biogenèse de l’enveloppe et la physiologie bactérienne“. Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2019. http://www.theses.fr/2019SACLS531.

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L’enveloppe des bactéries à Gram négatif est composée de plusieurs polysaccharides dont certains, comme le peptidoglycane et les lipopolysaccharides, sont essentiels à leur survie et sont impliqués dans les interactions entre ces bactéries et leur environnement (e.g. résistance à des agents antimicrobiens et reconnaissance par le système immunitaire de l’hôte). La biosynthèse de ces polymères nécessite la translocation de leurs sous-unités à travers la membrane interne, ce qui requiert un lipide "porteur", l’undécaprényl phosphate (C55-P). Ce lipide est formé par la déphosphorylation de son précurseur, l’undécaprényl pyrophosphate (C55-PP), qui est lui-même généré par synthèse de novo ou par un recyclage. Chez Escherichia coli, les protéines membranaires BacA, YbjG, PgpB et LpxT présentent une activité C55-PP phosphatase et participe donc de façon redondante au recyclage du C55-P. Pour mieux comprendre le rôle physiologique spécifique de ces protéines dans la biogénèse de l’enveloppe, notre travail a porté sur l’étude des mécanismes d’action, de la fonction et de la régulation de deux de ces enzymes, PgpB et LpxT.L’activité de la protéine PgpB a été caractérisée in vivo et in vitro afin de mieux comprendre son rôle et sa capacité à participer à deux voies métaboliques essentielles, le recyclage du C55-P et la biosynthèse du phosphatidylglycérol. Nous avons mis en évidence des résidus d’acides aminés qui étaient essentiels à la catalyse des deux substrats naturels et d’autres qui n’avaient pas le même rôle dans l’hydrolyse des deux substrats, nous permettant de proposer des mécanismes différenciés. En outre, des données calorimétriques ont montré que PgpB pouvait être grandement stabilisée par la liaison d’un substrat. Hypothétiquement, le changement structural sous-jacent serait susceptible de libérer de l’énergie mobilisée pour le flip du produit à travers la membrane. La protéine LpxT est responsable d’une modification constitutive des lipopolysaccharides en transférant le phosphate libéré du C55-PP sur la partie lipide A. Dans certaines conditions de stress, l’activité de LpxT est spécifiquement inhibée par un petit peptide (PmrR) pour permettre à d’autres modifications de s’opérer. Nous avons montré que la modification catalysée par LpxT était déterminante pour permettre à E. coli de résister aux acides biliaires et de coloniser efficacement le tractus intestinal de l’hôte. LpxT constitue ainsi un point de contrôle clé chez E. coli pour résister à différent agents antimicrobiens qui ciblent les lipopolysaccharides mais qui possèdent des propriétés physico-chimiques opposées. En outre, nous avons montré que LpxT et PmrR formaient un complexe stable mais que de façon inattendue, cette liaison n’inhibait pas l’activité phosphotransférase de l’enzyme in vitro. Nous proposons que PmrR inhibe l’activité de LpxT in vivo en modifiant sa capacité à interagir avec ses partenaires de la voie de biosynthèse des lipopolysaccharides. La biogénèse des polymères de l’enveloppe est absolument nécessaire à la survie des bactéries et les modifications structurales de ces éléments sont autant de stratégies plus ou moins spécifiques qui participent au fitness et à un mode de vie particulier des bactéries. Les C55-PP phosphatases qui participent activement à ces processus constituent ainsi autant de cibles potentielles intéressantes pour la conception de nouveaux antibiotiques
The bacterial cell envelope is composed of many polysaccharides such as the peptidoglycan and the lipopolysaccharides (LPS) that are required for survival and are involved in the interactions that the bacteria establish with their surroundings, including antimicrobial resistance and host immune system recognition. The biosynthesis of these polymers requires the translocation of the sugar sub-units across the plasma membrane, which implies an essential lipid carrier, the undecaprenyl phosphate lipid (C55-P). This lipid is generated by the dephosphorylation of its precursor, C55-PP, itself arising from either de novo synthesis or recycling. The Escherichia coli bacterial species possesses four membrane proteins (BacA, YbjG, PgpB and LpxT) exhibiting a C55-PP phosphatase activity, which all contribute redundantly to C55-P recycling. To highlight the specific physiological role of these enzymes in the cell wall biogenesis, our work was focused on the characterization of the mechanism of action, the function and the regulation of two of these phosphatases, PgpG and LpxT.The PgpB activity was characterized both in vivo and in vitro to decipher its role and ability to participate in two essential metabolic pathways, the C55-P recycling and the phosphatidylglycerol biosynthesis. We identified essential residues of PgpB involved in the hydrolysis of both natural substrates, C55-PP and PGP, and some others that function differently in the hydrolysis of these two lipids, allowing us to propose different reaction mechanisms for this enzyme. In addition, calorimetric data showed that substrate binding greatly stabilized the PgpB protein. Hypothetically, the underlying structural change would release energy allowing translocation of the lipid across the membrane. LpxT is responsible for a constitutive modification of the LPS by transferring the phosphate released from C55-PP to lipid A. Under certain environmental stresses, the LpxT activity is specifically inhibited by a small peptide (PmrR), thereby allowing other modifications of the lipid A structure to take place. We showed that the LpxT-dependent modification accounts for bile acids resistance in E. coli and is critically important for E. coli colonization in the host’s gut. LpxT constitutes a key critical control point in E. coli to resist different antimicrobial agents with opposite physical-chemical properties but which all target the LPS. In addition, we demonstrated that PmrR forms a stable complex with LpxT, but unexpectedly, this binding did not inhibit the phosphotransferase activity of the enzyme in vitro. We propose that PmrR inhibits LpxT activity in vivo by modulating its ability to interact with its protein partners that are involved in LPS biosynthesis. The biogenesis of cell wall polymers is essential for bacterial survival and structural changes in these components participate more or less specifically to the fitness and particular lifestyles of bacteria. The C55-PP phosphatases which participate actively in these processes therefore constitute interesting potential targets for new antibiotics design

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Rioux, Jean-Baptiste. „Du génome à la protéine : caractérisation d'une nouvelle actin-like chez Magnetospirillum Magneticum AMB-1“. Thesis, Aix-Marseille 2, 2011. http://www.theses.fr/2011AIX22016/document.

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Les bactéries magnétotactiques synthétisent des organites spécialisés appelés magnétosomes. Ils sont composés d'un cristal magnétique entouré d'une membrane et de protéines spécifiques. Arrangés en chaîne dans la bactérie, ils orientent la bactérie dans le champ magnétique, ce qui simplifierait sa recherche d’environnements microaérophiles. Dans le génome de toutes les souches magnétotactiques séquencées, l'îlot génomique de magnétotaxie contient les gènes impliqués dans la formation des magnétosomes. Nous avons procédé à l’annotation du génome de la souche magnétotactique marine QH-2 et montré que la région du génome codant les gènes de la magnétotaxie n'est, dans ce cas, pas définie comme un îlot génomique, bien qu’elle ait été acquise par transfert latéral de gènes. Dans le génome de M. magneticum AMB-1, nous avons identifié un nouvel îlot génomique de petite taille que nous avons appelé l'îlet de magnétotaxie portant 7 gènes homologues à des gènes liés à la synthèse des magnétosomes. Pour répondre à la question de la fonction biologique de cet îlet génomique, nous avons examiné le rôle de l'un des sept gènes, mamK-like. MamK-like exprimée dans E. coli forme des filaments, comme observé pour MamK. La polymérisation in vitro des deux protéines est également comparable, mais présente des différences structurales. En outre, nous démontrons que mamK-like est transcrite dans AMB-1 de type sauvage et dans le mutant ΔmamK. Par immuno-marquage, nous montrons la présence d'un filament dans le mutant ΔmamK, probablement dû à MamK-like. Nous émettons l'hypothèse que ce filament contribue à maintenir l’organisation en chaîne des magnétosomes dans la souche mutante
Magnetotactic bacteria synthesise specialised organelles called magnetosomes. They are composed of a magnetic crystal surrounded by a lipid bilayer and specific proteins. Arranged in chains, they orient magnetotactic bacteria in the geomagnetic field, thereby simplifying their search for their microaerophilic environments. In each sequenced magnetotactic strain, the magnetotaxis genomic island contains the genes involved in magnetosomes formation. Our annotation of the newly sequenced genome of the magnetotactic strain QH-2 shows that the region coding the magnetotaxis genes is not a genomic island, though it has been acquired by lateral genes transfer. In the genome of M. magneticum AMB-1 we identified a new, small genomic island we termed the magnetotaxis islet, encoding 7 genes homologous to genes related to the magnetosomes synthesis. To assess the question of the biological function of this genomic islet, we further investigated the role of one of the seven genes, mamK-like. Filaments were observed in E. coli cells expressing MamK-like-Venus fusion by fluorescence microscopy. In vitro polymerization of both isoforms is comparable, though some differences are present at the structural level. In addition, we demonstrate that mamK-like is transcribed in AMB-1 wild-type and ΔmamK mutant cells. Immunolabelling assay using an anti-MamK antibody reveals the presence of a filament in the ΔmamK mutant. We hypothesise that this filament is due to MamK-like and that it helps maintaining a chain-like organisation of magnetosomes in the mutant strain

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Lautier, Thomas. „Rôle de la protéine associée au nucléoïde Fis dans le contrôle de la virulence chez la bactérie phytopathogène Erwinia chrysanthemi“. Lyon, INSA, 2007. http://theses.insa-lyon.fr/publication/2007ISAL0116/these.pdf.

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Erwinia chrysanthemi est une entérobactérie phytopathogène causant des pertes économiques importantes. Une colonisation efficace de l’hôte requiert l’action séquentielle des facteurs de virulence dont certains sont requis dans les étapes précoces de l’infection, d’autres, par contre, agissent dans les étapes tardives. Cette thèse a consisté à caractériser le rôle de la protéine associée au nucléoïde Fis dans le contrôle de la virulence chez E. Chrysanthemi. La protéine Fis est requise pour une synthèse appropriée des facteurs de virulence impliqués aussi bien dans les phases précoces que tardives de l’infection. L’action de Fis sur la majorité de ces facteurs se fait en partie par un mécanisme direct. Le mutant fis présente un pouvoir pathogène in planta fortement diminué. Fis a donc un rôle pivot dans la coordination de la synthèse des principaux facteurs de virulence d’E. Chrysanthemi
Erwinia chrysanthemi is a Gram-negative bacterium that causes soft rot in plants and attacks a wide range of plant species, including many crops of economical importance. Efficient host colonisation requires a sequential action of various virulence factors. Some of these factors are required in the early steps of infection, whereas other factors act in later steps. The main aim of this thesis was to evaluate the role of the nucleoid associated protein Fis in the control of Erwinia chrysanthemi virulence. Fis protein is required for appropriate synthesis of various early and late virulence factors. The mechanism used by Fis is mainly direct. Moreover, a fis mutant is severely impaired in virulence. Together, these data indicate that Fis plays a pivotal role in the coordination of the synthesis of the main virulence factors of E. Chrysanthemi during pathogenesis

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Tran, Thi-Nguyen-Ny. „Détection des bactéries anciennes à partir de la pulpe dentaire“. Thesis, Aix-Marseille 2, 2011. http://www.theses.fr/2011AIX20662.

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Il a été démontré que la pulpe dentaire pouvait constituer un matériel de choix pour la paléomicrobiologie. Au début de ce travail de thèse, nous avons envisagé de rechercher les bactéries bactériémiques chez les mammifères à partir de la pulpe dentaire de dents contemporaines et anciennes. Au préalable, il était nécessaire de classer les dents modernes et anciennes mises à notre disposition par les zoologues et en particulier de déterminer l’espèce à laquelle les dents anciennes appartenaient car il est souvent difficile de différencier morphologiquement des dents appartenant à des espèces proches. Deux méthodes ont été utilisées pour réaliser cette partie de notre travail: la première méthode moléculaire avec comme outil, le gène séquençage du cytochrome b et la seconde protéomique par analyse des profils peptidiques de la pulpe dentaire. Les résultats obtenus ont confirmé que la pulpe dentaire peut constituer une source d’ADN ancien et de protéines anciennes.Dans un deuxième travail, faisant suite aux travaux effectués dans le laboratoire, en collaboration avec différentes équipes d’anthropologues, nous avons mis en place une technique de détection simultanée à haut débit d’ADN bactérien ancien combinée à une PCR «suicide». Cette technique appliquée à la pulpe dentaire de dents humaines anciennes a été utilisée pour détecter sept pathogènes. Les résultats obtenus par cette technique moléculaire attestent de la présence simultanée d’ADN de Y. pestis et de B. quintana dans la pulpe dentaire de dents prélevées sur des restes humains dans les sépultures de Bondy, France (XIème - XVème) et de Venise, Italie (XIVème - XVIème). Ces données suggèrent la transmission de Y. pestis par le pou de corps, vecteur connu de B. quintana, au cours des épidémies de peste ancienne. Les résultats obtenus ont confirmé ceux obtenus par cinq autres équipes que Y. pestis est l'agent responsable de la «Peste Noire». Les résultats de notre travail de Thèse contribuent à la paléomicrobiologie
The dental pulp has been demonstrated to be a suitable specimen on which to base paleomicrobiology studies. At the initiation of this Thesis work, we aimed to detect bacteria in the dental pulp extracted from contemporary and ancient mammals’ teeth. In mammals, the first task was the classification of species to which the teeth belong. In a first work, we have accomplished this task by two methods used in parallel: the molecular method based on cytochrome b gene sequencing and proteomic method by the dental pulp MALDI TOF mass spectrometry peptide profiling. The results of this work demonstrated that dental pulp is a source for studying both ancient DNA and ancient proteins. In a second work, following previous publications, we detected bacterial DNA from dental pulp of ancient human teeth using a multiplex high-throughput “suicide” PCR to detect seven pathogens (Yersinia pestis, Bacillus anthracis, Borrelia recurrentis, Bartonella quintana, Rickettsia prowazekii, Salmonella enterica Typhi and Poxvirus). We demonstrated the simultaneous presence of Y. pestis DNA and B. quintana DNA in dental pulp specimens collected from burials in Bondy, France dating 11th-15th and burials in Venice, Italy dating 14th-16th. This result may suggest the transmission of Y. pestis by the body louse, the known vector of B. quintana. Also, these results reinforce the large corpus of data produced by five different teams (Pusch et al., 2004 ; Cerutti et al., 2007 ; Bianucci et al., 2009 ; Haensch et al. 2010 ; Wiechmann et al. 2010) that the agent of the Black Death is Y. pestis. Our results herein contributed to the works in paleomicrobiology

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Roger, Magali. „Etude biophysique, structurale et fonctionnelle d'une protéine à cuivre issue de la bactérie acidophile Acidithiobacillus ferrooxidans“. Thesis, Aix-Marseille, 2015. http://www.theses.fr/2015AIXM4717.

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Les protéines à cuivre jouent un rôle crucial dans de nombreux processus biologiques essentiels à la vie tels que la respiration. De nombreuses études ont été menées afin de décrypter le lien entre la structure de leur centre actif, les propriétés électroniques qui en découlent et la fonction de ces protéines.Les travaux réalisés au sein du laboratoire sur l’étude de la chaîne respiratoire d’un organisme acidophile, A. ferrooxidans, ont permis de mettre en évidence une protéine à cuivre (AcoP), appartement à la vaste famille des cuprédoxines, indispensable au fonctionnement de cette voie. Une approche pluridisciplinaire mêlant des méthodes de spectroscopies, d’électrochimie, de cristallographie aux rayons X combinée à des expériences de mutagénèse dirigée, a permis de dévoiler la présence d’un centre cuivre atypique associé à des propriétés électroniques et d’oxydoréduction rarement retrouvées au sein de cette vaste famille. Le rôle d’une telle protéine au sein de la chaîne respiratoire d’A. ferroxidans a par la suite fait l’objet de notre attention. AcoP interagit avec le cytochrome c et l’enzyme terminale de la chaîne respiratoire, la cytochrome c oxydase. L’étude du complexe cytochrome c – AcoPcytochrome c oxydase nous a permis de proposer un rôle d’AcoP dans le recrutement du cytochrome c au sein de ce complexe, ainsi que dans le transfert d’électron entre ces deux partenaires. Ces travaux de recherche démontrent que l’étude de la biodiversité permet non seulement la découverte de nouveaux systèmes permettant la vie dans des environnements extrêmes, mais également la découverte de nouvelles protéines aux propriétés remarquables
Copper proteins play key roles in many biological processes, such as in respiratory chains. Although many studies have been carried out to decipher the relationship between their active site structure, electronic properties and function, these features are still not fully understood. Previous studies on the respiratory chain of an acidophilic organism, Acidithiobacillus ferrooxidans, have revealed the presence of a new copper-binding protein: AcoP. This cupredoxin is critical for the correct functioning of this respiratory pathway. Using site-directed mutagenesis and a wide-range of biophysical approaches, electrochemistry and X-ray crystallography, we can show that an unconventional copper-active site in AcoP might underlie its rare electronic and redox features. The function of such a protein in the respiratory chain of A. ferrooxidans has subsequently raised our curiosity. It was shown that AcoP interacts with cytochrome c and the cytochrome c oxidase. We showed that AcoP could act as a linker between the cytochrome c and the cytochrome c oxidase, by recruiting the former, and could also participate in the electron transfer between these two partners. This work shows how exploring biodiversity leads to the discovery of new systems that allow life in extreme environments, as well as of new proteins with remarkable features

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Hanemian, Mathieu. „Rôle de la protéine CLV1 dans la sensibilité d'Arabidopsis thaliana à la bactérie phytopathogène Ralstonia solanacearum“. Toulouse 3, 2012. http://thesesups.ups-tlse.fr/2754/.

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Les mécanismes moléculaires associés au développement de la maladie causée par la bactérie phytopathogène R. Solanacearum sont relativement peu connus à ce jour. La recherche de mutants d'Arabidopsis incapables de développer des symptômes de flétrissement associée à la maladie a mené à l'identification de gènes dit de sensibilité. Les produits de ces gènes peuvent être des cibles de facteurs de virulence aussi bien que des composantes végétales requises pour la " fitness " de la bactérie. Le gène CLAVATA1 (CLV1), très étudié dans le contexte du développement, code pour une protéine appartenant à la famille des récepteurs kinase possédant un domaine extracellulaire riche en leucine. Cette protéine joue un rôle crucial dans le maintien d'une population de cellules souches au niveau du méristème caulinaire donnant naissance à toute la partie aérienne de la plante. La mutation clv1 entraîne une résistance accrue à R. Solanacearum associée à une réduction de la croissance bactérienne in planta. Mes travaux de thèse ont consisté à élucider les mécanismes sous-tendant la résistance accrue conférée par la mutation du gène CLV1 en utilisant différents types d'approche (génétique, moléculaire et transcriptomique). Nous avons été capables de démontrer l'implication de facteurs de transcription de la famille de gènes NF-YA, eux-mêmes contrôlés par les microARNs miR169, dans la résistance accrue des mutants clv1. Ces résultats démontrent que la protéine CLV1 est une composante requise pour l'établissement de la maladie causée par R. Solanacearum. Mes travaux de thèse mettent en lumière une nouvelle fonction de cette protéine et illustrent la grande diversité des rôles biologiques de protéines de type récepteur-kinase
The molecular mechanisms associated to disease development caused by the phytopathogenic bacteria Ralstonia solanacearum are poorly understood. Search for mutants altered in their response to the pathogen led to the identification of some susceptibility genes including targets of virulence factors as well as plant components required for pathogen fitness. The CLAVATA1 (CLV1) gene, extensively studied for its role in plant development, encodes a receptor-like kinase with a leucin-rich repeat extracellular domain. This protein plays indeed a key role in maintaining a pool of stem cell within the shoot apical meristem. The clv1 mutation leads to an increased resistance to R. Solanacearum, associated with a decrease of in planta bacterial growth. The aim of my PhD work was the understanding of the mechanisms underlying the increased resistance conferred by the clv1 mutation in using different approach (molecular, genetic and transcriptomic). We have been able to demonstrate the implication of the NF-YA transcription factor family, controlled by microRNA miR169, in the increased resistance of these mutants. These results demonstrate that the CLV1 protein is a required component for the establishment of the disease caused by R. Solanacearum. And illustrate the wide diversity of functions fulfilled by receptors kinases

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Largillière, Justine. „Architecture moléculaire et dynamique de protéines histone-like de bactérie et d’archée“. Thesis, Orléans, 2020. http://www.theses.fr/2020ORLE3052.

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HU est une protéine bactérienne qui est impliquée dans de nombreuses fonctions liées à l'ADN. Elle est présente sous forme de trois dimères chez E. coli (deux homodimères et un hétérodimère). Lorsque les deux homodimères sont mélangés in vitro, ils échangent leurs chaînes pour former l'hétérodimère. Mon travail a consisté à caractériser, structuralement et cinétiquement, ce mécanisme d'échange qui peut être décrit comme une réaction d’ordre 2 se déroulant en 3 étapes : d'une conformation native (N2) de chaque homodimère à une conformation intermédiaire (I2, partiellement dissociée et déstructurée), puis la formation d'un tétramère transitoire (étape limitante) qui se dissocie finalement en deux hétérodimères. Les résidus considérés comme étant les déterminants structuraux permettant la transition entre N2 et I2 ont pu être déterminés. Ces résidus, enfouis dans N2, forment un patch hydrophobe sur la surface de I2. Ce patch peut être impliqué dans la reconnaissance des chaînes de HU et permettrait la formation du tétramère. MC1 participe à l'organisation du génome de plusieurs archées, à la transcription de l'ADN et à la division cellulaire par des mécanismes inconnus. Nous présentons la structure d'un complexe formé par MC1 avec un ADN de 15 paires de bases. Alors que la protéine a besoin d'adapter sa conformation légèrement, l'ADN subit une courbure dramatique et une torsion impressionnante. Une telle conformation en V du complexe et un modèle structural de MC1 avec un ADN plus long nous ont amené à proposer un nouveau mode de liaison de la protéine en tant qu’« enrouleur ». Des expériences de diffraction RX et de SAXS ont été réalisées sur ce complexe. Malheureusement, la structure n'a pas pu être résolue en raison du manque de données de diffraction et les données SAXS ont invalidé le modèle. Ces résultats confirment que MC1 est une protéine atypique, qui stabilise de multiples conformations en V de l'ADN de manière flexible et dynamique
HU is an essential bacterial protein that is involved in many functions related to DNA. It is present as three dimers in E.coli (two homodimers and one heterodimer). If the two homodimers are mixed in vitro, they exchange their chains to spontaneously form the heterodimer. My work was to characterize, structurally and kinetically, this exchange mechanism that can be described as a second order reaction of three successive steps : from a native conformation of each homodimer into an intermediate homodimer conformation (partially unfolded and dissociated), followed by the formation of a transient tetramer (limiting step) which finally dissociates into two heterodimers. The key residues allowing the protein to switch from the native to the intermediate state has been determined. Whereas, there are buried in the native conformation, they are forming a hydrophobic patch at the surface of the intermediate one. This patch could mediate the association of the intermediate conformation in order to form the tetramer.MC1 participates in the genome organization of several archaea and in DNA transcription and cellular division through unknown mechanisms. We discuss the solution structure of a complex formed by MC1 with a strongly distorted 15 base pairs DNA. While the protein just needs to adapt slightly its conformation, the DNA undergoes a dramatic curvature and an impressive torsion. Such a V-turn conformation of the complex lead us to propose a new binding mode for the protein as a wrapper and a structural model of MC1 with a longer DNA. XR diffraction and SAXS experiments were then carried out on this new complex. Unfortunately, the structure could not be solved due to the lack of diffraction data and the SAXS data invalidated the model. These results confirm that MC1 is an atypical protein, which stabilizes multiple V-turn conformations of the DNA in a flexible and dynamic manner

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Samba, Louaka Ascel Régis. „Détermination de la voie de signalisation cellulaire eucaryote détournée par la protéine bactérienne Cif“. Toulouse 3, 2009. http://thesesups.ups-tlse.fr/614/.

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Cif est une protéine produite par certaines souches d'Escherichia coli entéropathogènes (EPEC). Ces bactéries disposent d'un arsenal d'effecteurs qui sont injectés dans la cellule hôte par une seringue moléculaire (le système de sécrétion de type III). Cif est l'un de ces effecteurs qui appartient à la famille des cyclomodulines. Cette dernière est composée de molécules bactériennes capables de moduler le cycle cellulaire des cellules eucaryotes. Dans les cellules épithéliales, Cif provoque un arrêt du cycle cellulaire (effet cytostatique) à la transition G2/M qui est associé à l'accumulation de la forme inactive de CDK1, inducteur universel de mitose. Cet effet est à l'origine de l'appellation Cif, Cycle inhibiting factor. J'ai démontré que l'effet cytostatique n'est pas uniquement la conséquence d'un arrêt des cellules à la transition G2/M. En effet, suivant la phase du cycle cellulaire lors de l'infection des cellules avec une EPEC qui exprime Cif, la translocation de Cif peut provoquer un arrêt en G1/S ou en G2/M. Ces arrêts sont associés à la stabilisation de protéines p21waf1 et p27kip1, qui régulent les complexes CDK/cyclines responsables des transitions des phases G1/S et G2/M du cycle cellulaire. Nous avons récemment démontré que des homologues fonctionnels de Cif étaient présents dans d'autres bactéries tels que Burkholderia pseudomallei, Yersinia pseudotuberculosis, Photorhabdus asymbiotica (pathogènes humains) et Photorhabdus luminescens (symbiote d'un nematode pathogène d'insecte). Ces protéines, qui partagent une structure commune et un même site catalytique, appartiennent à la superfamille des cystéine protéases et acétyl transférases. Même si le lien entre cette activité enzymatique et l'arrêt du cycle cellulaire reste à découvrir, on peut néanmoins définir Cif comme une nouvelle famille de protéines partagée par des souches phylogénétiquement très éloignées, pathogènes d'organismes variés, d'insectes comme de mammifères. .
The cycle inhibiting factor (Cif) belongs to a family of bacterial toxins, the cyclomodulins, that deregulate the host cell cycle. Upon injection into the host cell by pathogenic Escherichia coli, Cif inhibits G2/M transition via sustained inhibition of the mitosis inducer CDK1. I show that Cif induces not only G2 but also G1 cell cycle arrest depending on the stage of cells in the cell cycle during the infection. Those arrests were associated with stabilization of the cyclin-dependent kinase (CDK) inhibitors p21waf1 and p27kip1. CDKs complexes promote of the cell cycle transitions at both G1/S and G2/M. We recently demonstrated that functional Cif homologs are present in human pathogenic bacterial strains such as Burkholderia pseudomallei, Yersinia pseudotuberculosis, Photorhabdus asymbiotica and in symbiotic (for nematode) pathogenic (for insect) bacteria Photorhabdus luminescens. Those proteins, that share similar structures and catalytic sites, belong to the superfamily of enzymes including cystein proteases and acetyltransferases. Although the link between the activity and the cell cycle arrest remain to established, Cif proteins form a growing family of cyclomodulins that interact with very distinct hosts including insects, nematodes and humans. .

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Debroas, Didier. „Activité protéolytique des bactéries du rumen : étude de l'hydrolyse des protéines des parois végétales“. Vandoeuvre-les-Nancy, INPL, 1992. http://www.theses.fr/1992INPL009N.

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Les bactéries protéolytiques sont essentiellement du genre bactéroïdes rumincola, streptococcus bovis butyrivibrio fibrisolvens et clostridium bifermentans. Les enzymes protéolytiques synthétisées par clostridium bifermentans s 17/2 sont essentiellement des cystéines protéases. Une part de l'activité est due à des métallo et serine proteases. L'activite enzymatique est maximale entre ph 7 et 8,5. Elle se maintient à un niveau élevé (sup. 79%) sur le plage de ph assez large (ph 5 a 9). L'activité protéolytique est activée par le glucose et réprimée par les sources azotées (acides amines, peptides et ammoniac). Cette souche a une énergie de maintenance égale à 0,304 g de glucose/g de bactéries/h. Les taux de dégradation in sacco de l'arabinose et du galactose sont fortement corrélés à la disparition de l'azote pariétal. La disparition au préalable d'une partie de ces deux oses semble nécessaire à la dégradation de l'azote pariétal. Les cocultures in vitro des bactéries protéolytiques et cellulolytiques améliorent la dégradation de l'azote pariétal qui est maximale lors de la fermentation de la luzerne par ruminococcus albus associé à bactéroïdes ruminicola. Le galactose et l'arabinose provoquent une diminution de l'activité protéolytique de bactéroïdes ruminicola. L'activité protéolytique de butyrivibrio fibrisolvens est réduite en présence de concentrations croissantes en glucose, cellobiose, xylose, galactose et arabinose. Au contraire des concentrations croissantes en glucose et en cellobiose améliorent l'activité protéolytique de s. Bovis. Les acides phénoliques ont un effet inhibiteur

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Menacer, Youcef. „Mécanisme membranotrope de l'ovotransferrine sur membranes modèles de bactéries : impact du chauffage à sec de la protéine“. Thesis, Rennes 1, 2017. http://www.theses.fr/2017REN1S144/document.

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L'emploi des agents antibactériens est un moyen important d'une part dans la lutte contre les infections bactériennes et d'autre part pour conserver les produits alimentaires jusqu'à leur consommation. La perte d'efficacité des antibiotiques par le développement de résistance bactérienne ainsi que la toxicité des conservateurs synthétiques rend nécessaire le développement de nouveaux produits antibactériens naturels. Les protéines et les peptides antibactériens agissant sur les membranes bactériennes paraissent une alternative pour limiter l'instauration de résistances bactériennes. L'ovotransferrine est une protéine du blanc d'œuf ayant des propriétés membranotropes responsable entre autre de son activité antibactérienne. L'objectif de cette thèse est d'étudier les mécanismes membranotropes de l'ovotransferrine vis-à-vis des membranes externe et cytoplasmique d'E. coli en utilisant respectivement des monocouches de LPS (lipopolysaccharides) et de phospholipides comme modèles membranaires expérimentales. L'ovotransferrine possède une capacité d'insertion dans la monocouche de LPS qui dépend de la concentration protéique, de la compacité de la monocouche et de la conformation des molécules de LPS. L'ovotransferrine s'adsorbe faiblement à la monocouche de phospholipides. Ainsi, les monocouches sont perturbées par la désorganisation des lipides. L'analyse comparative de l'ovotransferrine chauffée à sec avec la forme native a montré la conservation des structures secondaire et tertiaire avec une augmentation de l'hydrophobie de surface et probablement de la flexibilité et une affinité plus élevée aux interfaces hydrophiles/hydrophobes (eau/air). L'activité membranaire de l'ovotransferrine est accrue après son chauffage à sec. La capacité d'insertion dans la monocouche de LPS est amplifiée avec une affinité plus importante. Une capacité d'insertion dans la monocouche de phospholipides est générée pour la forme chauffée à sec associée à une adsorption plus élevée. L'ovotransferrine chauffée à sec induit des perturbations plus importantes des monocouches à des concentrations protéiques plus faibles
The use of antibacterial agents is very important, firstly, on the fight against bacterial infections, and secondly, to keep food products until its consumption. The loss of antibiotics effectiveness through the development of bacterial resistance and the toxicity of synthetic preservatives necessitates the development of new natural antibacterial products. Antibacterial proteins and peptides acting on the bacterial membranes appear as an alternative to limit the introduction of bacterial resistances. Ovotransferrin is an egg-white protein with membranotropic properties responsible among other things for its antibacterial activity. The aim of this thesis is to study the membranotropic mechanisms of ovotransferrin towards the outer and cytoplasmic membranes of E. coli using respectively monolayers of LPS (lipopolysaccharides) and phospholipids as experimental membrane models. Ovotransferrin has an insertion capacity in LPS monolayer that is dependent on protein concentration, monolayer compactness, and LPS molecule conformation. Ovotransferrin weakly adsorbs to the monolayer of phospholipids. Thus, the monolayers are disturbed by the disorganization of the lipids. Comparative analysis of dry-heated ovotransferrin with the native form showed conservation of secondary and tertiary structures with an increase of surface hydrophobicity and probably of flexibility and higher affinity to hydrophilic/hydrophobic interfaces (water/air). The insertion capacity in the LPS monolayer is amplified with greater affinity. Insertion capacity in the phospholipid monolayer is generated for the dry heated form associated with higher adsorption. Dry-heated ovotransferrin induces greater disruption of monolayers at lower protein concentrations

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Groisillier, Agnès. „L'enzyme malolactique : étude moléculaire du gène et de la protéine, application à la phylogénie des bactéries lactiques“. Bordeaux 2, 1999. http://www.theses.fr/1999BOR20695.

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L'enzyme malolactique est responsable de la transformation de l'acide L-malique en acide L-lactique et CO2. Elle est spécifique des bactéries lactiques et possède une grande similitude avec les enzymes maliques de différents organismes. Cependant, son mécanisme réactionnel reste énigmatique. La séquence nucléique du gène de l'enzyme malolactique est connue seulement pour les espèces Lactococcus lactis et Œnococcus œni. Dans un premier temps, la séquence de la région centrale du gène de l'enzyme malolactique a été obtenue pour 13 espèces différentes de bactéries lactiques appartenant aux genres Lactobacillus, Leuconostoc, Œnococcus et Pediococcus. Un arbre phylogénétique a été construit à partir de ces séquences. Les relations qui existent entre les gènes des enzymes malolactiques sont différentes de celles qui existent entre les gènes ARNr 16S. Le génome des bactéries lactiques n'évolue pas uniformément. D'après la comparaison des séquences protéiques des 13 fragments des enzymes malolactiques, certains acides aminés conservés pourraient intervenir dans le site actif de l'enzyme. Ce fragment de gène de l'enzyme malolactique a été également utilisé pour l'identification et la détection de certaines espèces de bactéries lactiques. Deux techniques, l'hybridation sur tache et l'amplification spécifique, ont été testées avec succès. Dans une seconde partie, une comparaison des enzymes maliques et malolactiques a été réalisée. Pour cela, la purification de l'enzyme malolactique de Viniflora œnos et la séparation des activités enzyme malique et enzyme malolactique chez la souche E. Coli pMDML transformée avec le gène de l'enzyme malolactique de Lactococcus lactis ont été obtenues. L'étude de certains effecteurs et la mutagenèse dirigée ont ensuite permis de mettre en évidence des résidus et des régions protéiques nécessaires pour le bon fonctionnement de l'enzyme malolactique de Lactococcus lactis.

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Celma, Louisa. „Mécanismes moléculaires de la transformation génétique naturelle chez la bactérie pathogène Helicobacter pylori“. Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2019. http://www.theses.fr/2019SACLS089.

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Helicobacter pylori est une bactérie à Gram-négatif qui colonise la muqueuse de l’estomac humain. Elle se distingue des autres bactéries par un nombre de gènes très limité et de nombreuses particularités physiologiques et biochimiques. Elle provoque des infections associées à différentes maladies gastro-duodénales (ulcères et cancers). Depuis quelques années, une recrudescence de multi-résistances aux antibiotiques est observée. La transformation naturelle est l’un des processus clés qui les propage. Il s’agit d’un mécanisme de transfert horizontal de gènes qui permet aux bactéries de s’adapter à leur environnement, en internalisant des fragments d’ADN exogène à travers leur membrane, puis en les intégrant dans le chromosome par recombinaison homologue. Mes travaux ont visé à étudier de façon structurale et fonctionnelle trois protéines d’H. pylori décrites comme étant essentielles dans le processus de transformation naturelle: NucT, DprA et ComFc. La première partie de ce travail s’est concentrée sur la nucléase périplasmique NucT, supposée être impliquée dans la transformation chez H. pylori. Cependant, la délétion de son gène a permis de démontrer qu’elle ne joue en fait qu’un rôle mineur dans ce processus. La résolution de sa structure 3D a permis de mieux comprendre sa spécificité pour les acides nucléiques simple brin. Dans la seconde partie, la protéine DprA, responsable du chargement de la recombinase RecA sur l’ADN internalisé, a été étudiée. DprA d’H. pylori n’est composée que de 2 des 3 domaines qui constituent habituellement DprA, et fixe aussi bien l’ADN double brin que l’ADN simple brin mais uniquement via son domaine RF. Malgré son homologie structurale avec le domaine WH de liaison à l’ADN, le domaine C-terminal de HpDprA n’a pas d’affinité pour l’ADN. Nous avons mis en évidence des acides aminés conservés dans ce domaine dont l’étude pourrait permettre de comprendre son rôle. Enfin, une étude structurale de la protéine ComFc dont la délétion du gène entraîne la disparition totale de la capacité de transformation d’H. pylori a été réalisée. L’obtention de sa structure 3D a permis de mettre en évidence la présence d’un domaine catalytique phosphoribosyl-transférase ainsi que d’un domaine en doigt en zinc. Ce dernier pourrait être responsable de la capacité de ComFc à fixer l’ADN. Le substrat naturel de cette enzyme reste à découvrir.L’ensemble de ce travail a permis de contribuer à une meilleure compréhension à l’échelle moléculaire du mécanisme de transformation génétique naturelle d’H. pylori. L’avancement sur ces connaissances pourrait à long terme aider à réduire la propagation des multi-résistances par l’élaboration de nouvelles thérapies.Mots-clés : H. pylori, transformation naturelle, NucT, DprA, ComFc, interaction protéine-ADN
Helicobacter pylori is a Gram-negative bacterium that colonizes the mucus of the human stomach. It is distinguished from other bacteria by a limited number of genes and many physiological and biochemical characteristics. It causes infections associated with various gastro-duodenal diseases (ulcers and gastric cancers). In recent years, an increase in multi-resistance to antibiotics has been observed. Natural transformation is one of the key processes that spreads these multi-resistances. It is a horizontal gene transfer mechanism that allows bacteria to adapt to their environment by internalizing exogenous DNA fragments through their membrane and then integrating them into the chromosome by homologous recombination. My work aimed to study in a structural and functional approach three proteins of H. pylori described as essential in the natural transformation process: NucT, DprA and ComFc. The first part of this work focused on periplasmic nuclease, NucT, which is supposed to be involved in transformation in H. pylori. However, the deletion of its gene has shown that it actually plays only a minor role in this process. The resolution of its 3D structure has led to a better understanding of its specificity for single-stranded nucleic acids. In the second part, the protein DprA, responsible for loading RecA recombinase onto internalized DNA, was studied. HpDprA is composed of only 2 of the 3 domains that usually constitute DprA, and binds both double-stranded and single-stranded DNA but only via its RF domain. Despite its structural homology with the WH DNA binding domain, the C-terminal domain of HpDprA has no affinity for DNA. We have identified conserved amino acids in this domain that could be studied to understand its role. Finally, a structural study of ComFc, whose deletion of the gene leads to the total disruption of the transformation capacity of H. pylori, has been carried out. The acquisition of its 3D structure has highlighted the presence of a phosphoribosyl transferase catalytic domain as well as a zinc finger domain. The latter could be responsible for capacity of ComFc to bind DNA. The natural substrate of this enzyme remains to be discovered.All this work has contributed to a better knowledge at the molecular level of the natural genetic transformation mechanism of H. pylori. Advancing this knowledge could in the long term help to reduce the spread of multiresistance through the development of new therapies.Keywords: Helicobacter pylori, natural transformation, NucT, DprA, ComFc, protein-DNA interaction

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Nars, Guillaume. „Dynamique fonctionnelle des protéines : études d'une lipase et d'une protéine A de la membrane externe de bactérie“. Thesis, Toulouse 3, 2015. http://www.theses.fr/2015TOU30111/document.

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La compréhension de la fonction des protéines et des systèmes biologiques passe par une connaissance fine des mécanismes moléculaires sous-jacents. La cristallographie et la résonance magnétique nucléaire permettent d'appréhender ces mécanismes au niveau atomique en fournissant des informations sur la structure et sur la dynamique des macromolécules biologiques. Nous nous sommes ainsi intéressés à deux protéines, la lipase lip2 de la levure Yarrowia lipolytica et la protéine membranaire OmpA de la bactérie Klebsiella pneumoniae. Nous avons recherché des conditions d'expression de la protéine lip2 marquée uniformément ou spécifiquement sur une boucle (appelée " lid ") afin d'en étudier la dynamique. Des conditions de marquage uniforme à l'azote 15 de lip2 recombinante dans Yarrowia lipolytica ont été mises au point, mais le marquage acide aminé spécifique n'a pu être réalisé à cause de phénomènes de dilution isotopique trop importants dans cette levure. Nous avons résolu par cristallographie aux rayons X la structure du domaine C-terminal de la protéine OmpA et étudié sa dynamique en solution par RMN (techniques de relaxation 15N). Nous avons caractérisé la dynamique de son domaine N-terminal membranaire reconstitué en liposomes par RMN du solide : en utilisant la rotation à l'angle magique à 60kHz et à la détection 1H sur un spectromètre 1 GHz, nous avons pu attribuer une majorité des résonances du tonneau ? et établir un profil de paramètre d'ordre des vecteurs NH. Des expériences de protéolyse ménagée ont révélé par ailleurs un site de coupure unique à la trypsine au sein de la boucle extracellulaire L3. Enfin, une première caractérisation de la protéine complète exprimée dans la membrane externe d'Escherichia coli a été entreprise par RMN du solide sur membranes externes natives
Understanding the function of proteins and biological systems requires an accurate knowledge of the underlying molecular mechanisms. Crystallography and nuclear magnetic resonance provide a detailed description of these mechanisms, with an atomic resolution, by providing data on both structures and motions. We investigated two proteins, the lip2 lipase from the yeast Yarrowia lipolytica and the membrane protein OmpA from the bacteria Klebsiella pneumoniae. We tried to produce lip2 with uniform and amino-acid specific stable isotope labelling on its functional loop (the lid) for NMR experiments. The homologous recombinant expression in Yarrowia lipolytica turned out to be the most efficient for uniform labelling but failed for specific labelling due to extensive isotope scrambling. We solved the structure of OmpA C-terminal domain by X-ray crystallography, and analyzed its dynamics in solution by NMR (15N relaxation techniques). We characterized its transmembrane N-terminal domain in proteoliposomes by solid state NMR: using state of the art ultra-fast MAS (60 kHz), 1H detection and a 1 GHz spectrometer, we could assign most ?-barrel resonances and establish a NH order parameter profile. In a complementary approach, we used proteolysis to reveal a unique trypsin cleavage site on the extracellular loop 3. Finally, a first characterization of the full-length protein expressed in the outer membrane of Escherichia coli was initiated by solid state NMR on intact outer membranes

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Lallemand, Mathilde. „Dissection des interactions entre les composants du système de sécrétion de type II chez la bacterie phytopathogène Erwinia chrysanthemi (Dickeya dadantii)“. Phd thesis, INSA de Lyon, 2011. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00665584.

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Le système de sécrétion de type II (T2SS) est largement répandu chez les bactéries à Gram négatif. Il permet la sécrétion d'enzymes lytiques et de toxines. Chez la bactérie phytopathogène Erwinia chrysanthemi, les pectinases, sécrétées par ce système appelé Out, dégradent la pectine, provoquant les symptômes de pourriture molle. La sécrétion par le T2SS se passe en 2 étapes : les protéines traversent la membrane interne par le système Sec ou le système Tat. Une fois dans le périplasme, elles sont repliées et transloquées par le T2SS à travers la membrane externe. Le système Out est composé de 14 protéines intégrées ou associées à l'une des deux membranes. Son assemblage et son fonctionnement restent obscurs. Une plateforme serait formée dans la membrane interne par OutE, -F, -L, -M et -C. Ces trois derniers composants sont des protéines bitopiques dont la stœchiométrie et le rôle sont inconnus. Pour identifier des interactions entre ses composants, nous avons utilisé le double-hybride bactérien, basé sur la reconstitution de l'activité d'adénylate cyclase. Nous avons démontré que le domaine de type ferrédoxine, situé en C-terminus d'OutL et d'OutM, est directement impliqué dans l'homo- et l'hétérodimérisation de ces protéines. Une interaction entre les régions périplasmiques d'OutC et d'OutD a été aussi détectée (Login et al., 2010). Pour mieux analyser les multiples interactions au sein du T2SS, des expériences de triple-hybride ont été réalisées en co-exprimant différentes combinaisons des régions solubles de trois composants. Nos résultats suggèrent qu'OutL empêche l'interaction entre OutC et OutD. Par ailleurs, OutL est impliquée dans l'activation de l'ATPase OutE, le moteur du système (Camberg et al., 2007). OutL serait donc impliquée dans la transmission du signal entre le périplasme et le cytoplasme et pourrait intervenir dans la dissociation du complexe OutD/OutC. Afin d'analyser le rôle des segments transmembranaires (TMS) de composants du T2SS, nous avons adapté la technique du double-hybride. Le domaine de la protéine rapporteur Cya a été fusionné au N-terminus du TMS et BlaM au C-terminus. BlaM sert à contrôler la topologie correcte des fusions dans la membrane. Plusieurs interactions bi-partenaires entre les TMS d'OutC, OutL et OutM ont été ainsi détectées. Ce travail a été complété par une étude in vitro (pull-down) et par mutagenèse dirigée. Ces interactions TMS-TMS pourraient intervenir dans la transmission du signal du périplasme vers le cytoplasme à travers la membrane interne.

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Normand, Christophe. „Etude des interactions de la transposase de la séquence d'insertion bactérienne IS911 avec ses extrémités“. Toulouse 3, 2004. http://www.theses.fr/2001TOU30145.

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Estellon, Johan. „Développements méthodologiques pour l'identification in silico des métalloprotéines dans les protéomes bactériens : le cas des protéines à centre Fer-Soufre“. Thesis, Grenoble, 2012. http://www.theses.fr/2012GRENV046/document.

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Jusqu’à 40% des protéines sont connues pour fixer des métaux, ces hétéroatomes jouant un rôle capital dans la régulation, la catalyse ou le maintien de la structure de ces protéines. Ces métalloprotéines sont ubiquitaires et d’une importance primordiale dans les trois domaines du vivant. Cependant, les méthodes actuelles dédiées à l’identification des membres de cette grande famille dans les protéomes bactériens sont soit inadaptées pour des approches à grande échelle, soit présentent des performances relativement limitées en l’absence d’une structure tridimensionnelle résolue. Dans ce contexte, différents outils d’analyse de séquence ont été testés, en recherchant des descripteurs de ces protéines (e.g. motifs, domaines conservés, empreintes phylogénétiques). Pour pallier le relatif manque de sensibilité de ceux-ci, de nouveaux descripteurs ont été construits, dédiés spécifiquement à l’identification des protéines à centre fer-soufre : (i) des profils de co-conservation des ligands du métal et (ii) des profile-HMMs adaptés à la détection d’homologues distants. Les pouvoirs prédictifs respectifs de ces catégories de descripteurs ont été évalués sur un jeu de protéines fer-soufre expertisé, en les considérant soit séparément soit en combinaison. L’ensemble de ces descripteurs a finalement été intégré dans un modèle linéaire généralisé en utilisant la technique d’elastic-net. Le modèle prédictif obtenu a été évalué sur le protéome complet d’Escherichia coli, sur lequel il atteint une précision de 89% et une sensibilité de 83%. Enfin, il a été appliqué à environ 300 protéomes pour explorer différentes relations biologiques comme l’abondance relative des protéines Fe-S et la tolérance à l’oxygène des organismes auxquelles elles appartiennent
Up to 40% of all proteins are known to bind metals, the intrinsic metal atoms providing catalytic, regulatory and/or structural roles critical to their functions. These metalloproteins are ubiquitous and of major importance within the three domains of life. However, current methods dedicated to identifying members of this large family within bacterial proteomes are either not suitable for large-scale approach or are of relatively limited performance when no 3D structural template is available. Within this context, different sequence analysis tools relying on different category of protein descriptors (e.g. patterns, conserved domains, phylogenetic prints) were assessed. To overcome their relative lack of sensibility, new descriptors, specific towards iron-sulfur proteins identification were built: (i) co-conservation profiles of the metal ligands and (ii) tailored profile-HMMs for remote homologs detection. Their respective predictive power towards the identification of a manually curated iron-sulfur proteins dataset were assessed, either separately or in combination. All relevant descriptors were finally gathered into a generalized linear model by using the elastic-net method. The predictive model has been evaluated on Escherichia coli whole proteome resulting in a precision of 89% and a recall of 83%. Eventually, it has been applied to 300 proteomes allowing investigating different biological relationships, such as iron-sulfur proteins relative abundances and the oxygen dependency of bacterial organisms

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Luciano, Jennifer. „Caractérisation d'une protéine à P-loop conservée, YvcJ, et étude de son implication dans la compétence chez B. Subtilis“. Aix-Marseille 2, 2007. http://theses.univ-amu.fr.lama.univ-amu.fr/2007AIX22083.pdf.

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Les protéines à P-loop (boucle de fixation des nucléotides) possèdent une séquence consensus appelée motif A de Walker. Elles sont très représentées dans les organismes procaryotes et eucaryotes et sont souvent impliquées dans des processus cellulaires clés. Parmi ce type de protéines, on retrouve des NTPases et des kinases de petites molécules ou métabolites. Un grand nombre de protéines à P-loop n'ayant pas de fonction attribuée, certaines d'entre elles pourraient être impliquées dans des régulations ou des signalisations cellulaires encore inconnues. Chez Bacillus subtilis, le gène yvcJ code pour une protéine contenant un motif A de Walker extrêmement conservé et un motif B de Walker généralement retrouvé chez des NTPases. Ce gène est conservé dans plus d'une centaine de bactéries et est souvent associé à des gènes impliqués dans le transport et/ou l'utilisation des sucres. Nous avons donc entrepris la caractérisation biochimique de cette protéine ainsi que la détermination de sa fonction cellulaire. Nous avons tout d'abord montré qu'elle était capable de fixer les nucléotides (ATP et GTP), par des expériences de protéolyse ménagée et de fluorescence et qu'elle était également capable de les hydrolyser. Nous avons ensuite montré que son activité était bien due aux motifs A et B de Walker, en comparant les paramètres cinétiques de mutants de ces deux motifs à ceux de la protéine sauvage. Ensuite, des tests de phosphorylation à partir d'extraits bruts de B. Subtilis ont été effectués en présence d'ATP radioactif, et ceux-ci ont montré la présence d'une bande radioactive (~20 kDa) dépendante de l'ajout d'YvcJ. Nous avons observé que la présence de cette bande dépendait des conditions de croissance (milieu et phase de croissance). Les résultats obtenus suggèrent que le rôle physiologique de la protéine YvcJ pourrait avoir un lien avec le passage de la bactérie en phase stationnaire de croissance, c'est-à-dire lorsqu'il y a une diminution de la quantité de nutriments. Le substrat marqué est apparemment membranaire mais le cytoplasme et la membrane sont nécessaires pour obtenir ce signal dépendant d'YvcJ. Les différentes approches biochimiques employées ne nous ayant pas permis d'identifier le substrat phosphophorylé, nous avons entrepris de caractériser la fonction cellulaire d'YvcJ par une approche physiologique. Pour cela, une souche délétée pour le gène yvcJ a été construite et un criblage phénotypique a été réalisé. Nous avons alors observé que l'absence d'yvcJ entraînait une diminution de l'efficacité de transformation de B. Subtilis (facteur 50). Une analyse transcriptomique a montré que l'expression des gènes régulés par ComK, le facteur de transcription de la compétence, était réprimée dans le mutant, et que la surproduction de ComK compensait le défaut de compétence de la souche délétée pour yvcJ. Nous essayons actuellement de caractériser précisément le rôle d'yvcJ dans les différentes voies de régulation conduisant au développement de la compétence
The phosphate binding loop (P-loop) or Walker motif A is commonly found in nucleotidebinding proteins, like NTPases and some kinases which are usually involved in essential cellular processes. The genes encoding for P-loop-containing proteins are abundantly present in prokaryote and eukaryote genomes but many of them remain of unknown function. In Bacillus subtilis, the gene yvcJ is encoding for a protein that contains a P-loop extremely conserved in N-terminal of its sequence and a Walker B motif that is mainly found in NTPases. This gene is conserved in more than one hundred bacteria and is most often associated with genes encoding for proteins involved in sugar transport and/or utilization. The objective of this thesis was to determine if YvcJ was actually a P-loop-containing protein and what is its cellular function. Firstly, we showed that YvcJ was able to bind nucleotides (ATP and GTP) and to hydrolyse them. Several site-directed mutants were generated and we showed that the enzymatic activity of YvcJ was mediated by the Walker A and B motifs. Secondly, phosphorylation assays of B. Subtilis crude extracts with radioactive ATP revealed the presence of a labelled band (~20 kDa) depending on the addition of the protein YvcJ. We observed that this phosphorylation signal was dependent on the growth conditions (medium and growth phase). All these observations suggested that physiological function of YvcJ could have a link with the adaptive responses of the end of the exponential growth phase, when nutrients become limiting. The radioactive band was mainly found in the membrane fraction but the cytoplasm and the membrane fraction were both necessary to obtain this signal. Unfortunately, due to the instability of the signal, it was not possible to isolate and identify it by traditional biochemical techniques. In order to determine its cellular function, we performed several physiological assays with an yvcJ mutant strain and showed that deletion of yvcJ results in 50-fold decreased competence ability. A transcriptomic analysis showed that expression of genes controlled by ComK, the main competence transcription regulator, was repressed in the yvcJ mutant strain. Furthermore, an overexpression of ComK suppressed the competence phenotype of the yvcJ mutant. We are now trying to identify the precise role of YvcJ in the regulatory pathways involved in competence development

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Mhammedi, Alaoui Amina. „Caractérisation d'une protéase bactérienne impliquée dans le contrôle de la lyse-lysoénie du bactériophage Mu“. Doctoral thesis, Universite Libre de Bruxelles, 1997. http://hdl.handle.net/2013/ULB-DIPOT:oai:dipot.ulb.ac.be:2013/212202.

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Rossotti, Mélanie. „Etudes spectroscopiques d'une protéine périplasmique impliquée dans un nouveau mécanisme de résistance bactérienne au cuivre“. Electronic Thesis or Diss., Aix-Marseille, 2022. http://www.theses.fr/2022AIXM0576.

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Le cuivre est un microélément essentiel puisqu’il participe à de nombreux processus cellulaires. Il peut également être une arme cytotoxique s’il se retrouve en excès par rapport aux besoins cellulaires. Il est nécessaire et vital pour les organismes de réguler sa concentration cellulaire. CopI est une protéine de 15 kDa qui a été identifiée chez Rubrivivax gelatinosus. Cet organisme est dépourvu du mécanisme de résistance au cuivre qui implique la cuivre oxydase CueO et le système CusCFBA et a donc développé un nouveau mécanisme de résistance. Il a été montré que CopI est impliquée dans ce nouveau mécanisme. Elle est aussi retrouvée dans des bactéries pathogènes pour l’Homme qui ne possède pas le système de résistance classique, et d'autres qui possède les deux systèmes. Cette protéine appartient à la famille des cuprédoxines et peut fixer trois ions Cu(II) dans : un site N-terminal de géométrie plan-carrée, un site cuprédoxine, et un site supposé localisé dans une région très conservée riche en histidines et méthionines. La délétion de ces derniers sites induit la perte de la résistance au cuivre tandis que la délétion du site N-terminal n’a pas d’effet. Cependant le mécanisme d’action et la structure de cette protéine ne sont pas connus. Au cours de ma thèse, j’ai étudié la fixation du Cu(I) et du Cu(II) à la protéine sauvage et à différents mutants et les transferts d’électron possibles. Mes résultats suggèrent que CopI joue un rôle dans l’oxydation du Cu(I) périplasmique très toxique. Je me suis également attelée à la détermination de la structure en solution de CopI par RMN ainsi qu’à l’étude de la géométrie locale du site cuprédoxine par spectroscopie RPE avancée
Copper is an essential microelement as it participates in many cellular processes but can also be a cytotoxic weapon if found in concentrations higher than the cellular needs. It is therefore necessary and vital for organisms to control its cellular concentration. CopI is a 15 kDa protein that was identified in a photosynthetic purple proteobacterium, Rubrivivax gelatinosus. This organism lacks the well-known copper resistance mechanism involving the copper oxidase CueO and the export system CusCFBA and therefore has developed a new resistance mechanism. It was shown that CopI is directly involved in this new mechanism. CopI is also found in human pathogenic bacteria such as Vibrio cholerae, which also lacks the classical resistance system, and Pseudomonas aeruginosa, which has both systems. It has been shown that this protein belongs to the cupredoxin family and can bind up to three Cu(II) ions in: a cupredoxin site, a N-terminal site with square-planar geometry and a site assumed to be located in the highly conserved histidine/methionine rich region. The deletion of the cupredoxin or the His/Met site induces the loss of copper resistance in the bacterium while the deletion of the N-terminal site has no effect. However, the mechanism of action and the structure of the protein remain unknown. During my PhD, I studied the Cu(II) and Cu(I) binding on the native protein and different mutants and the possible electron transfers. My results suggest that CopI plays a role in the oxidation of periplasmic Cu(I). I have also worked on determining the structure of CopI in solution by NMR as well as studied the local geometry of the cupredoxin site by advanced EPR spectroscopy

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Louesdon, Séverine. „Amélioration de la stabilité biologique de bactéries lactiques et bifidobactéries lyophilisées et caractérisation des réponses physiologiques associées“. Thesis, Paris, AgroParisTech, 2013. http://www.theses.fr/2013AGPT0034.

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La production inductrielle de ferments nécessite une étape de stabilisation qui affecte la qualité des cellules. Ce phénomène étroitement lié à l’espèce, voire à la souche bactérienne considérée, dépend également des conditions mises en œuvre lors de la conduite du procédé de production. Dans ce contexte, ce travail de thèse vise à améliorer les performances de Lactobacillus buchneri R1102 et Bifidobacteium longum R0175 à la lyophilisation et au stockage, et à identifier les réponses physiologiques associées.Dans une première partie, l’effet du temps de récolte sur les caractéristiques membranaires et les performances industrielles de Lb. Buchneri R1102 et B. lolngum R0175 a été anlysé. Une récolte en phase stationnaire conduit à une meilleure tolérance au cours de la congélation pour B. longum R0175 mais ne permet pas de maintenir une activité acidifiante élevée pour Lb. Buchneri R1102. Ces résultats sont reliés à une rigidificatioin de la membrane et à une augmentation de la proportion en acides gras saturés et cycliques en phase stationnaire de croissance.Dans une deuxième étape, les cellules de Lb. Buchneri R1102 ont été soumises à différentes conditions de stress osmotique. Un stress osmotique avec du KCl 0.1 M augmente la survie au cours de la lyophilisation mais ne modifie les caractéristiques membranaires des cellules. Un ajout de KCl 0.6 M en début de fermentation améliore la survie au cours du stockage à l’état lyophilisé. Ce phénomène est expliqué par une rigidification de la membrane lié à une augmentation de la concentration en acides gras cycliques et à une accumulation de bétaïne intracellulaire.Dans une troisème partie, l’effet de différentes atmosphères de culture sur l’état physiologique et les performances de Lb. Buchneri R1102 et B. longum R0175 a été étudié.Pour Lb. Buchneri R1102, l’apport d’air accélère significativement la croissance et la concentration bactérienne (air à 1.2 vvm) en fluidifiant les membranes cellulaires et en orientant le flux métabolique vers la production d’acétate. A l’inverse, l’apport d’azote ou d’un mélange de gaz N2H2 allonge les fermentations en diminuant le potentiel d’oxydoréduction. Enfin, l’apport des gaz air, N2 et N2H2 dégrade l’activité acidifiante de Lb. Buchneri R1102 mais augmente sa survie au cours du stockage, en lien avec des modifications de composition an acides gras et de synthèse protéique. Pour B. longum R0175, une concentration cellulaire plus élevée est obtenue lorsqu’un bullage N2 ou N2CO2 est effectué en début de culture. L’activité acidifiante des ferments est préservée au cours du procédé pour toutes les conditions testées, en lien avec une augmentation de la proportion d’acides gras insaturés et cycliques, mais sans variation de fluidité membranaire.Enfin, une meilleure survie cellulaire est obtenue lorsque les cellules sont cultivées avec du N2CO2 pendant toute la fermentation.Ce travail se conclut par la validation, à l’échelle pilote, des conditions conduisant à une amélioration de la stabilité biologique des ferments lyophilisés, tout en préservant les performances des fermentations
Industrial starter’s production requires a stabilization step that affects the quality of the cells. This phenomenon is closely linked to the used species and strains, and depends on the procedures applied during the production process. In this context, this thesis aims at improving the performances of Lactobacillus buchneri R1102 and Bifidobacterium longum R0175 during freeze-drying and storage, and to identify the corresponding physiological responses.In the first part of this work, the effect of the harvesting time on membrane characteristics and industrial performances of Lb. buchneri R1102 and B. longum R0175 has been analyzed. Harvesting the cells in stationary phase led to a better tolerance during freezing of B. longum R0175 but did not allow the maintenance of elevated acidification activity for Lb. buchneri R1102. These results have been related to a rigidification of the membrane and to an increase of the proportion of saturated and cyclic fatty acids in cellular membranes of cells recovered in stationary growth phase.In a second step, cells of Lb. buchneri R1102 have been submitted to different conditions of osmotic stress in order to improve their performances. An osmotic stress with 0.1 M KCl increased the cells survival during freeze-drying, without changing their membrane characteristics. In addition, adding 0.6 M KCl in the beginning of the fermentation improved the survival during storage on freeze-dried form. This phenomenon was explained by a rigidification of the membrane that was linked to an increase of cyclic fatty acids content and intracellular betaine concentration.The third part was devoted to the study of the effect of various gaseous atmospheres during the cultures, on the physiological state and the performances of Lb. buchneri R1102 and B. longum R0175. For Lb. buchneri R1102, aeration (air at 1.2 vvm) significantly accelerated the growth and the final cell concentration by increasing membrane fluidity and by directing metabolic flux towards acetate production. Conversely, adding nitrogen or the gas mixture N2H2 delayed the fermentations by decreasing redox potential. Lastly, injecting different gases (air, N2, N2H2) decreased acidification activity Lb. buchneri R1102 but increased its survival during storage, as a result of modifications of fatty acids composition and proteins synthesis. For B. longum R0175, a higher cell concentration was obtained when the culture medium was bubbled with N2 or N2CO2 at the beginning of the fermentation. In addition, acidification activity of these starters was well maintained for all tested conditions, which was linked to an increase of unsaturated and cyclic fatty acids proportion, but without any change in membrane fluidity. Lastly, a better cell survival was obtained for cells grown with N2CO2 all along the fermentation.Finally, this work is concluded finish with the validation, at pilot scale, of the conditions leading to an improvement of the biological stability of freeze-dried starters, while maintaining their performances during fermentation

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Duong, Franck. „La protéase alcaline de Pseudomonas aeruginosa : modèle d'etude de la secrétion des protéines par la voie ABC-dépendante“. Aix-Marseille 2, 1994. http://www.theses.fr/1994AIX22031.

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Pseudomonas aeruginosa est une bacterie a gram negatif pathogene opportuniste responsable d'infections graves en milieu hospitalier. La secretion de la plupart des proteines de cet organisme depend du peptide signal et de la voie generale, tandis que la protease alcaline utilise une voie de secretion distincte. Un fragment d'adn de 9 kb, appele determinant apr, contient l'information permettant la synthese et la secretion de cette metalloprotease chez e. Coli. La caracterisation de ce determinant a permis d'identifier le gene de structure de la protease alcaline et de son inhibiteur, ainsi que trois genes (aprd, apre, aprf) necessaires a la secretion. Les proteines apr/d/e/f sont homologues aux proteines prt de l'appareil de secretion des proteases d'erwinia chrysanthemi et hly de l'appareil de l'hemolysine d'e. Coli. Aprd appartient a la vaste famille des transporteurs abc (pour atp binding cassette). La protease alcaline est depourvue de peptide signal et possede un signal de secretion localise a l'extremite c-terminale, dans les 30 derniers residus. Des experiences de complementation heterologue ont permis d'etudier les relations fonctionnelles entre les systemes apr, prt et hly. Des fusions entre l'hemolysine et la protease alcaline montrent que le signal c-terminal est le premier facteur determinant la specificite et l'efficacite de la complementation. La decouverte que la lipase de pseudomonas fluorescens est egalement secretee par un transporteur abc montre que cette voie est largement repandue chez les bacteries a gram negatif et concerne des proteines aux fonctions tres diverses

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Malet, Julien. „Altération du protéome de la cellule hôte en réponse à l'infection par listeria monocytogenes“. Thesis, Sorbonne Paris Cité, 2016. http://www.theses.fr/2016USPCC165/document.

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Listeria monocytogenes est une bactérie pathogène responsable de la listériose chez l’homme. Cette bactérie est capable d’envahir et de se répliquer dans des cellules phagocytaires et non-phagocytaires de l’hôte. De fait, Listeria interagit et interfère avec de nombreux composants cellulaires au cours de sa réplication. Mon projet de thèse s’est focalisé sur les altérations du protéome des cellules infectées par Listeria. Je me suis en particulier intéressé à l’activation de protéases de l’hôte et aux dégradations de certains facteurs cellulaires en réponse à l’infection.Une analyse protéomique de cellules humaines traitées avec la Listeriolysine O (LLO), une toxine secrétée par Listeria formant des pores dans les membranes cellulaires, nous a permis d’identifier plusieurs dizaines de facteurs cellulaires dégradés en réponse à l’exposition à cette toxine.Nous avons pu confirmer la dégradation de ces protéines dans le contexte d’une infection par Listeria in vitro (dans un modèle de cellules en culture) et in vivo (dans un modèle animal). Nous anticipons que la dégradation de ces protéines, impliquées dans différentes fonctions cellulaires, joue un rôle au cours de l’infection par Listeria en modifiant la physiologie des cellules hôte.Nous avons en parallèle mis en évidence que Listeria interfère avec le fonctionnement des lysosomes. Nous avons montré que la LLO déstabilise les lysosomes des cellules hôtes et induit leur perméabilisation. Ceci permet la libération de certaines protéases lysosomales, telles que les cathepsines, dans le cytosol des cellules hôte. Ces cathepsines, une fois libérées, pourraient alors cliver différentes protéines cytosoliques et ainsi modifier la physiologie des cellules infectées.L’ensemble de mes travaux a permis de montrer que Listeria interfère avec le fonctionnement de nombreuses protéases de l’hôte et induit la dégradation de plusieurs facteurs cellulaires. Ces cibles dégradées constituent une nouvelle classe de protéines dont nous pouvons maintenant tester le rôle potentiel dans l’infection. Mes travaux ont d’autre part permis de montrer que d’autres toxines bactériennes, similaires à la LLO, induisent également des altérations du protéome des cellules hôtes. Ceci suggère que les mécanismes identifiés avec Listeria sont conservés entre différentes classes de pathogènes bactériens
Listeria monocytogenes is a foodborne pathogen responsible for human listeriosis which invade and replicate in both phagocytic and non-phagocytic cells. Listeria intracellular life cycle involves interference with host cell components. My PhD project aims to characterize host cell proteome modifications in cells infected by Listeria. I focused my research on host proteases activation and the degradation of host cell proteins in response to infection. A proteomic analysis performed on cells treated with purified Listeriolysin O (LLO), a pore forming toxin secreted by Listeria, identified more than 90 proteins degraded in response to the toxin. We validated the degradation of these proteins using both in vitro and in vivo models of Listeria infection. We anticipate that the degradation of these proteins can significantly impact the infection process through the modification of host cell physiology. In parallel, we identified that Listeria impairs lysosomal functions. We demonstrate that extracellular Listeria, via LLO secretion, alter lysosomal integrity in epithelial cells. LLO induces lysosomal membrane permeabilization and the release of lysosomal proteases in the host cytosol. The release of such proteases, which remain transiently active, may alter cellular physiology by degrading different cytosolic factors. Altogether, my results highlight how Listeria reshapes the host proteome by altering the activation or localization of host proteases and by inducing protein degradations. My data also establish that other bacterial toxins close to LLO also induce proteome modifications, thus unveiling that these mechanisms are shared among different class of bacterial pathogens

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Bergé, Célia. „Étude biochimique et structurale de composants essentiels à la biogenèse du pilus du système de sécrétion de type IV de la bactérie Helicobacter pylori“. Thesis, Lyon, 2017. http://www.theses.fr/2017LYSE1336.

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Helicobacter pylori est une bactérie qui colonise les cellules épithéliales gastriques humaines. Une des conséquences de cette infection est l'induction de cancers de l'estomac dans 1 à 3 % des cas, via l'injection d'une cytotoxine appelée CagA qui dérégule les voies de signalisation des cellules cibles. Cette injection, dont le mécanisme est encore inconnu, se fait grâce à un système de sécrétion de type IV (T4SS). Le pilus du cagT4SS est encore mal caractérisé. Les protéines CagI, CagL et CagH sont essentielles à la fonctionnalité du cagT4SS et à la biogenèse du pilus. De plus les trois protéines forment un sous-complexe dont les détails moléculaires n'ont pas encore été élucidés. Par conséquent mes études se sont focalisées sur ces trois protéines, leurs interactions et leur relation structure/fonction. J'ai mis en évidence que CagL interagissait directement avec CagI et CagH avec une affinité de l'ordre du micromolaire et que CagI et CagH n'interagissaient pas entre elles. La caractérisation de ces interactions a permis notamment d'identifier un complexe CagL-CagI. Afin de comprendre les détails structuraux de ce complexe, j'ai entrepris deux études structurales. La première consiste à déterminer les résidus de CagL impliqués dans l'interface d'interaction avec CagI par RMN. La seconde étude se focalise sur la détermination de la structure 3D du complexe CagI-CagL par microscopie électronique. Pour cela j'ai purifié le complexe CagI-CagL, monodisperse et stable en solution. Nous avons collecté des images du complexe par cryoEM et généré des classes 2D. Cette étude a permis pour la première fois de caractériser les interactions entre CagL-CagI-CagH et d'obtenir des informations structurales du complexe CagI-CagL
Helicobacter pylori is a bacterium that colonizes the human stomach in half of the world population. It is estimated that 20% and 3% of patients develop peptic ulcer and gastric cancer, respectively. For these reasons, H. pylori was identified as a group 1 carcinogen by the World Health Organization (WHO) in 1994. The most virulent strains of H. pylori carry a type IV secretion system (Cag-T4SS) responsible for the injection of the oncoprotein CagA into gastric epithelial cells. One remarkable feature of the cagT4SS is its external pilus which composition is not clear. CagL, CagH and CagI proteins are critical components of the Cag-T4SS because these proteins are necessary for CagA translocation and are involved in pilus formation. Moreover CagL forms a sub-assembly with CagI and CagH but the molecular details of the complex are still to be discovered. Our objective is to better understand the molecular basis of CagLIH complex by interaction and structural study. CagL interacts with CagI and CagH with a with Kds of 5 µM. CagI does not interact with CagH. The structural study of CagL/CagI complex has been investigated by a two-pronged approach. First I have purified the CagL/CagI complex and collected cyo-EM micrographs. In parallel I have collected NMR spectra of CagL in the presence of CagI and identify the changes in the spectra to determine the residues involved in the interaction. In this study we have, for the first time, characterize the CagL-CagI-CagH interactions and obtained structural informations of the CagI-CagL complex

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Remigi, Philippe. „Évolution et fonction de la famille d'effecteurs de type III gala de la bactérie phytopathogène ralstonia solanacearum“. Toulouse 3, 2011. http://thesesups.ups-tlse.fr/1585/.

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La bactérie phytopathogène Ralstonia solanacearum possède, parmi son répertoire d'effecteurs de type III, une famille de sept protéines nommées GALA. Les GALA sont collectivement requises pour le pouvoir pathogène de R. Solanacearum sur différentes plantes hôtes. De plus, les GALA sont homologues à des protéines à domaine F-box, impliquées dans le système ubiquitine-protéasome des eucaryotes. Les GALA pourraient donc permettre à la bactérie de manipuler la stabilité de certaines protéines végétales lors de l'infection. Au cours de ce travail, nous avons montré que les membres de la famille GALA ont subi une divergence fonctionnelle au cours de l'évolution. En intégrant des analyses bioinformatiques avec des données expérimentales, nous avons montré que les GALA possédaient des spécificités fonctionnelles, notamment dans leur contribution au pouvoir pathogène sur différents hôtes. Cette divergence fonctionnelle a sans doute permis la conservation de cette famille d'effecteurs dans les différentes souches de R. Solanacearum. Nous avons ensuite analysé la fonction de virulence de GALA7 qui est un facteur de spécificité d'hôte sur Medicago truncatula. Une analyse structure-fonction a été initiée dans le but d'identifier les acides aminés nécessaires à la fonction de cet effecteur au cours de l'infection. En parallèle, l'étude de plantes transgéniques exprimant GALA7 indique que cet effecteur semble posséder une activité E3-ubiquitine ligase dans les cellules végétales. Enfin, des interacteurs potentiels des GALA ont été identifiés lors d'un crible double-hybride chez la levure. Notre travail fournit ainsi de nouvelles perspectives sur les forces sélectives agissant au cours de l'évolution des effecteurs de type III et contribue à une meilleure compréhension de la fonction des GALA lors de l'infection
The plant pathogenic bacterium Ralstonia solanacearum possesses a large repertoire of type III effectors, among which a family of seven proteins called GALAs. GALAs are collectively required for the virulence of R. Solanacearum on different host plants. Interestingly, GALAs are homologous to plant F-box proteins which are involved in the eukaryotic ubiquitine-proteasome system. Thus GALAs could enable R. Solanacearum to manipulate the stability of some plant proteins during infection. Through this work, we demonstrated that the GALA family members underwent functional divergence during evolution. Integrating bioinformatics studies along with experimental data, we showed that GALA proteins display functional specificities and show differential requirement for pathogenicity on different hosts. This functional divergence likely contributed to the remarkable conservation of the GALA family among R. Solanacearum strains. We then analyzed more specifically the virulence function of GALA7 which had been shown to be a host specificity factor on Medicago truncatula. A structure-function analysis was initiated in order to identify the amino-acids which are required for GALA7 function during infection. Using transgenic plants expressing GALA7, we showed that this effector is probably an active E3-ubiquitine ligase enzyme within plant cells. Finally, using a yeast two-hybrid screen, we identified several putative GALA interactors. Our work thus provides new insights into the selective forces driving the evolution of type III effectors and contributes to a better understanding of GALA functions during infection

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Bleriot, Camille. „Rôle de la protéine RcnB dans l'homéostasie des métaux nickel, cobalt et cuivre chez la bactérie Escherichia coli“. Phd thesis, INSA de Lyon, 2010. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00614986.

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Les métaux sont omniprésents sur la planète et sont devenus nécessaires à tous les organismes vivants au cours de l'évolution. Cependant, la quantité de métal présent dans les cellules doit être très finement régulée car une quantité trop importante de métaux peut générer une toxicité. Pour assurer cette homéostasie, les cellules doivent être capables de réguler l'import et l'efflux des métaux par l'expression dynamique de protéines spécifi ques impliquées dans ces flux ioniques. Chez la bactérie modèle Escherichia coli, la toxicité du nickel et du cobalt est neutralisée par l'action de la pompe RcnA, protéine membranaire capable d'exporter les ions Ni2+ et Co2+ hors de la cellule. La production de RcnA est contrôlée par le métallorégulateur RcnR capable de détecter ces ions en cas d'excès et d'induire, en réponse à ce signal, l'expression du gène rcnA. Récemment, notre équipe a identi fié un nouveau gène que nous avons rebaptisé rcnB (précédemment yohN ). Ce gène fait partie de l'opéron rcnAB et est, comme rcnA, impliqué dans l'homéostasie des ions Ni2+ et Co2+. A l'inverse de rcnA, une souche mutante délétée de rcnB est plus résistante au nickel et au cobalt et cela est directement corrélée à une plus faible accumulation de métal dans les cellules. Le gène rcnB code pour une petite protéine monomérique de 10 kDa localisée dans le périplasme et ne possédant pas d'homologues décrits à l'heure actuelle. Aucune fixation des ions Ni2+ et Co2+ n'a été mise en évidence pour la protéine RcnB. Elle peut en revanche interagir avec les ions Cu+ et Cu2+ aussi bien in vitro que in vivo et un lien avec les systèmes de résistance au cuivre de E. coli a été mis en évidence. Or, le cuivre confère des propriétés d'oxydo-réduction particulières aux protéines qui pourraient être directement liées à la fonction de RcnB. Des investigations complémentaires sont nécessaires pour préciser la fonction exacte de RcnB, mais ce travail a mis en évidence le premier membre d'une nouvelle famille de protéines accessoires associées aux pompes d'efflux des ions métalliques.

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Dissertationen zum Thema „Protéome bactérien“

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