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Dissertationen zum Thema „Protéines liant les odorants“
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El, kazzy Marielle. „Etude fondamentale pour l'optimisation des performances d'un nez bioélectronique basé sur des protéines liant les odorants“. Electronic Thesis or Diss., Université Grenoble Alpes, 2023. http://www.theses.fr/2023GRALV105.
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La détection de molécules odorantes et de composés organiques volatils (COVs) fait l'objet d'une demande croissante dans divers domaines tels que l’industrie alimentaire, la parfumerie, le diagnostic médical, la surveillance environnementale, etc. Bien que précises et fiables, les méthodes les plus couramment employées - la chromatographie en phase gazeuse couplée à la spectrométrie de masse et les panels de nez humain ou encore des nez de chiens dressés- présentent un certain nombre d'inconvénients notamment en termes de coût et de temps. En réponse à ces contraintes, les nez électroniques (NEs) sont alors apparus comme des outils prometteurs pour l’analyse de COVs. Inspirés du nez biologique, ces dispositifs biomimétiques se composent généralement d'un ensemble de capteurs chimiques à réactivité croisée combinés à un système de reconnaissance des formes. Au cours des trois dernières décennies, les nez électroniques ont démontré leur potentiel significatif pour l'analyse des COV dans de nombreux domaines. Toutefois, l'une des principales faiblesses de la plupart des NEs existants est leur sélectivité limitée. Pour répondre à cette problématique, les efforts de recherche se sont multipliés au cours de la dernière décennie pour explorer l'utilisation de matériaux biologiques issu du système olfactif comme matériaux de détection afin d'améliorer les performances des NEs. Dans ce contexte, notre équipe au sein du laboratoire Systèmes Moléculaires et Nanomatériaux pour l'Energie et la Santé (SyMMES, UMR 5819), a conceptualisé un nez bioélectronique utilisant l’imagerie par résonance de plasmons de surface comme technique de transduction et employant de petits peptides comme matériaux de détection. Cette technologie a conduit à la création d'Aryballe, une société qui a réussi à miniaturiser et à commercialiser le dispositif. Ce projet de thèse fait partie du projet ANR OBP-Optinose (ANR-18-CE42-0012) et vise principalement à explorer le potentiel des protéines liant les odorants (OBPs) en tant que nouveaux matériaux de détection pour le développement de nez bioélectroniques.Au cours de la thèse, nous avons utilisé une combinaison d'OBPs de type sauvage et d’OBPs plus sélectives, qui ont été conçues et génétiquement modifiées pour avoir des propriétés de liaison spécifiques pour certains COVs cibles. Notre approche expérimentale consistait à étudier les divers paramètres susceptibles d’impacter les performances des biocapteurs à base d'OBP pour la détection de COVs en phase gazeuse. Ainsi, dans un premier temps, nous avons entrepris une caractérisation complète des couches d'OBP immobilisée en surface. Nous avons commencé par évaluer la stabilité des protéines en phase gazeuse, un élément crucial pour assurer leur activité. Ensuite, nous avons approfondi notre analyse en examinant la densité et l'orientation des OBPs après leur dépôt sur la surface d’or de la puce. Car ces facteurs peuvent impacter la sensibilité de notre système. Nous avons également examiné l’impact du glycérol sur les couches d’OBPs. En outre, nous avons réalisé des recherches approfondies sur le mécanisme d'hydratation des couches d'OBP qui nous ont permis de mieux comprendre comment les conditions d'humidité influencent la réactivité des biocapteurs. Enfin, nous avons démontré les bonnes performances du nez bioélectronique à base d’OBP en phase gazeuse en termes de sélectivité, stabilité et répétabilitéThe detection of odorant molecules and volatile organic compounds (VOCs) is the subject of growing demand in various fields such as food industry, perfumery, medical diagnostics, environmental monitoring and so on. Although accurate and reliable, the most commonly used methods - gas chromatography coupled with mass spectrometry and panels of human noses or trained dogs- have a number of drawbacks, particularly in terms of cost and time. In response to these limitations, electronic noses (eNs) have emerged as promising tools for the analysis of VOCs. Inspired by the biological nose, these biomimetic devices generally consist of a set of cross-reactive chemical sensors combined with a pattern recognition system. Over the past three decades, eNs have demonstrated their great potential for VOC analysis in many areas. However, one of the main weaknesses of most existing eNs is their limited selectivity. In response to this problem, research efforts have multiplied over the last decade to explore the use of biological materials from the olfactory system as sensing materials in order to improve the performance of eNs. In this context, our team at the Molecular Systems and Nanomaterials for Energy and Health laboratory (SyMMES, UMR 5819), has conceptualized a bioelectronic nose using surface plasmon resonance imaging as a transduction technique and employing small peptides as sensing materials. This technology led to the creation of Aryballe, a company that has successfully miniaturized and commercialized the device. This thesis project is a part of the ANR project OBP-Optinose (ANR-18-CE42-0012), which aims to explore the potential of odorant binding proteins (OBPs) as novel sensing materials for the development of bioelectronic noses.During the thesis, we used a combination of wild-type and more selective OBPs, which were designed and genetically modified to have specific binding properties for target VOCs. Our experimental approach was to study various parameters that could have an impact on the performance of OBP-based biosensors for the detection of VOCs in the gas phase. First, a complete characterization of the OBP layers after immobilization on surface was carried out. The stability of the proteins in the gas phase was assessed, which is crucial to ensure their activity. The density and orientation of the OBPs were also studied since they may have impact on the sensitivity of the system. In addition, the impact of glycerol and humidity on the OBP layers was investigated. In particular, in-depth research into the hydration mechanism of the OBP layers was carried out, which enabled us to gain a better understanding of how humidity influences the reactivity of the biosensors. Finally, we demonstrated the good performance of OBP-based bioelectronic nose in the gas phase in terms of selectivity, stability, and repeatability
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Derijard, Benoît. „Protéines liant le GTP chez la myxobactérie stigmatella aurantiaca“. Poitiers, 1993. http://www.theses.fr/1993POIT2281.
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L'etude decrite dans le present manuscrit constitue une base de travail qui devrait permettre la mise a jour d'un des maillons de la chaine, probablement complexe, de la communication cellulaire chez l'organisme relativement simple qu'est la myxobacterie stigmatella aurantiaca. Par analogie au systeme de transduction des eucaryotes, nous avons pu mettre en evidence dans un premier temps, une proteine membranaire liant le gtp, appelee proteine g54, dont neuf aminoacides ont pu etre determines. Cet element de sequence presente des homologies avec une autre gtpase membranaire isolee chez pseudomonas fluorescens et escherichia coli. Lepa, indispensable a la croissance cellulaire mais dont la fonction reste cependant a determiner. Dans un second temps, nous avons pu isoler et sequencer le gene d'une nucleoside diphosphate kinase. Cette enzyme, qui constitue la principale source de gtp intracellulaire, est impliquee dans le developpement de la drosophile et la proliferation de metastases dans differents modeles eucaryotes. L'etude du role de cette enzyme dans le developpement de s. Aurantiaca est egalement motivee par la mise en evidence d'interactions etroites entre la ndp kinase et diverses gtpases, dont les proteines g membranaires et transductrices, chez les eucaryotes. Le clonage du gene codant pour la proteine g54 devrait permettre de determiner si cette proteine joue effectivement un role dans la transduction des siganux chez s. Aurantiaca, et si tel est le cas d'etudier ses interactions avec la ndp kinase
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Joulie, Michael. „Recherche de nouvelles protéines humaines se liant à l'ADN méthylé“. Phd thesis, Université Paris Sud - Paris XI, 2011. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00660690.
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L'épigénétique est un composant essentiel du fonctionnement des génomes eucaryotes. Les divers phénomènes épigénétiques modifient l'état chromatinien et participent à la plasticité du génome, mais aussi au maintien de son identité fonctionnelle à travers les générations cellulaires. Parmi ces processus, la méthylation de l'ADN joue un rôle fondamental dans la régulation de l'expression des gènes.Chez les mammifères, la méthylation de l'ADN est associée à la répression transcriptionnelle, et elle remplit au moins trois fonctions essentielles. Premièrement, elle permet de réprimer les séquences répétées afin de préserver l'intégrité du génome. Deuxièmement, la méthylation contrôle l'expression des gènes soumis à l'empreinte parentale, qui sont des régulateurs cruciaux du développement et de la vie adulte. Enfin, la méthylation permet de réprimer certains gènes tissu-spécifiques dans les organes où ils doivent être silencieux. En plus de ces rôles physiologiques, la méthylation est liée au cancer. En effet, des patrons de méthylation anormaux sont fréquemment observés dans les cellules tumorales, et ces anomalies participent à la transformation cellulaire par plusieurs mécanismes.La méthylation exerce ces effets par l'intermédiaire de protéines dédiées, qui reconnaissent spécifiquement l'ADN méthylé et contrôlent la transcription en modulant la chromatine. Trois familles de protéines liant l'ADN méthylé sont connues chez les mammifères, et elles totalisent entre elles neuf membres. De nombreux arguments suggèrent que cette liste est encore incomplète, et que des protéines humaines liant l'ADN méthylé restent à découvrir. Dans cette optique, nous avons opté pour deux types d'approches distinctes, une approche basée sur la littérature et une approche génétique. L'étude des protéines candidates ne nous a pas permis d'identifier de nouvelles protéines liant l'ADN méthylé et l'approche génétique par phage display a révélé deux protéines intéressantes, CHD3 et HMGB1 qui doivent désormais être validées par des approches in vivo et in vitro.Par ailleurs, nous avons entrepris l'étude de la régulation des éléments répétés par la protéine Zbtb4 chez la souris. Les expériences préliminaires indiquent une possible régulation des satellites mineurs par Zbtb4. Le rôle de cette régulation sera, par la suite, approfondi.
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Joulie, Michaël. „Recherche de nouvelles protéines humaines se liant à l'ADN méthylé“. Thesis, Paris 11, 2011. http://www.theses.fr/2011PA112157/document.
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L'épigénétique est un composant essentiel du fonctionnement des génomes eucaryotes. Les divers phénomènes épigénétiques modifient l’état chromatinien et participent à la plasticité du génome, mais aussi au maintien de son identité fonctionnelle à travers les générations cellulaires. Parmi ces processus, la méthylation de l’ADN joue un rôle fondamental dans la régulation de l’expression des gènes.Chez les mammifères, la méthylation de l'ADN est associée à la répression transcriptionnelle, et elle remplit au moins trois fonctions essentielles. Premièrement, elle permet de réprimer les séquences répétées afin de préserver l’intégrité du génome. Deuxièmement, la méthylation contrôle l’expression des gènes soumis à l’empreinte parentale, qui sont des régulateurs cruciaux du développement et de la vie adulte. Enfin, la méthylation permet de réprimer certains gènes tissu-spécifiques dans les organes où ils doivent être silencieux. En plus de ces rôles physiologiques, la méthylation est liée au cancer. En effet, des patrons de méthylation anormaux sont fréquemment observés dans les cellules tumorales, et ces anomalies participent à la transformation cellulaire par plusieurs mécanismes.La méthylation exerce ces effets par l'intermédiaire de protéines dédiées, qui reconnaissent spécifiquement l'ADN méthylé et contrôlent la transcription en modulant la chromatine. Trois familles de protéines liant l'ADN méthylé sont connues chez les mammifères, et elles totalisent entre elles neuf membres. De nombreux arguments suggèrent que cette liste est encore incomplète, et que des protéines humaines liant l'ADN méthylé restent à découvrir. Dans cette optique, nous avons opté pour deux types d’approches distinctes, une approche basée sur la littérature et une approche génétique. L’étude des protéines candidates ne nous a pas permis d’identifier de nouvelles protéines liant l’ADN méthylé et l’approche génétique par phage display a révélé deux protéines intéressantes, CHD3 et HMGB1 qui doivent désormais être validées par des approches in vivo et in vitro.Par ailleurs, nous avons entrepris l’étude de la régulation des éléments répétés par la protéine Zbtb4 chez la souris. Les expériences préliminaires indiquent une possible régulation des satellites mineurs par Zbtb4. Le rôle de cette régulation sera, par la suite, approfondiEpigenetic phenomena are key contributors to the function of eukaryotic genomes. These processes act on chromatin, and they are used to render the genome dynamic, but also stable throughout successive rounds of cell division. Among epigenetic processes, DNA methylation is especially well known for its role in the regulation of gene expression.In mammals, DNA methylation is strongly correlated with transcriptional repression, and fulfills at least three essential roles. First, it maintains repeated sequences transcriptionally silenced, thus ensuring the stability of the genome. Second, it is responsible for the proper regulation of parentally imprinted genes, which are crucial regulators of embryonic development and adult life. Finally, DNA methylation ensures that some tissue-specific genes are kept inactive in the organs in which they should be repressed. Besides these roles in the physiology of normal cells, DNA methylation has strong links to cancer. Indeed the pattern of DNA methylation on the genome is frequently altered in cancer cells, and these anomalies contribute to transformation by several mechanisms.DNA methylation does not control transcription directly, but instead acts via a set of dedicated proteins that specifically recognize methylated DNA and repress transcription by acting at the chromatin level. At present, three families of such proteins, totalling 9 members altogether, are known in humans. However, several lines of evidence suggest that the list is not exhaustive, and that other human proteins that bind methylated DNA remain to be found. This was the goal of the current project.To this end, we opted for two distinct types approaches, an approach based on literature and a genetic approach. The study of candidate proteins does not allow us to identify new methylated DNA binding proteins and the genetic approach by phage display revealed two proteins of interest, HMGB1 and CHD3 that must now be validated by in vivo and in vitro approaches.Furthermore, we studied the regulation of DNA repeats by Zbtb4 in mice. Preliminary results show a regulation of minor satellites by Zbtb4. The role of this regulation will be analyse further in the future
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Guiraudie, Gaëlle. „Caractérisation de protéines liant des composés à effet apaisant chez le porc“. Tours, 2003. http://www.theses.fr/2003TOUR4020.
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L'olfaction est une modalité sensorielle qui peut être utilisée pour réduire le stress engendré par les conditions d'élevage en porcheries industrielles. Pour comprendre le mécanisme de codage, nous avons utilisé des composés apaisants(acides gras et stéroi͏̈des)comme sondes, pour rechercher leurs protéines olfactives de liaison au sein des trois types de muqueuses olfactives. Quatre lipocalines, possédant toutes des propriétés de liaison différentes pour les composés apaisants, ont été identifiées et caractérisées. L'implication des odeurs maternelles dans le comportement d'apaisement a conduit à l'étude des continuités odorante et protéique trans-natale. Les trois protéines majeures de l'aire olfactive ont été sur-exprimées en cellules de levure Pichia pastoris et soumises à divers tests de liaisons avec les composés apaisants. Ce travail démontre le rôle fondamental de premier filtre sélectif que jouent les protéines olfactives dans la détection de signaux apaisants.
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Cristiani, Giulia. „Etude des mécanismes moléculaires de la capture des odorants chez l'être humain : comparaison des interactions biochimiques entre odorants et variants de protéines de liaison aux odeurs“. Versailles-St Quentin en Yvelines, 2005. http://www.theses.fr/2005VERS0013.
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Le rôle des protéines de liaison aux odeurs OBP (Odorant Binding Protein) situées dans le mucus nasal chez les mammifères n'a pas encore été clairement élucidé. Elles appartiennent à la famille des lipocalines. Le but de ce travail était de déterminer les spectres d'affinités des OBP humaines pour des odorants divers, afin de voir s'ils recouvrent le panel d'odorants perçus par l'être humain, cela, dans le but de déterminer le rôle potentiel des 3 OBP humaines hOBP-2A, hOBP-2AB et hOBP-2B, très homologues (89 à 95 %), dans la discrimination des odorants chez l'Homme. Les OBP recombinantes ont été produites par les cellules de levures Pichia pastoris puis purifiées par chromatographie échangeuse d'anions et précisément caractérisées avant de subir les tests fonctionnels de fixation de molécules odorantes. Les résultats obtenus ont été comparés à ceux publiés pour le variant hOBP-2A en utilisant les mêmes ligands. Les constantes d'affinité sont de l'ordre du micromolaire et les 3 OBP humaines ont une affinité marquée pour les aldéhydes et les acides gras à longue chaîne et montrent des différences d'affinité entre elles. Leurs structures tridimensionnelles ont été modélisées afin d'interpréter les données fonctionnelles. Le variant hOBP-2B révèle une différence structurale par rapport aux deux autres, ce qui est corrélé aux résultats fonctionnels. Les spectres de liaison aux odorants des 3 OBP humaines ne sont peu différents ne couvrent pas tout le panel d'odorants perçus par l'Homme, suggérant que les OBP n'ont pas un rôle majeur dans la discrimination des odeurs mais pourraient avoir une fonction dans l'interaction avec les récepteurs olfactifsThe function of Odorant Binding Protein located in the mammal nasal mucus is stinn unknown They belong to the lipocalin structural superfamily. The aim of this work was to investigate the odorant binding specificity of human OBP, to determine whether they take into account the diversity of perceived odorant molecules, and whether these very homologous proteins (hOBP-2A, -2AB and -2B) are involved in human odorant discrimination. Binding affinity of hOBP-2B and -2AB for different odorants were be compared to the already known properties of hOBP-2A. Recombinant proteins were produced by the heterologous expression systems : Pichia pastoris and purified by anion exchange chromatography purification, thoroughly characterised proteins were submitted to functional studies. Binding of odorants was measured by displacement of a hydrophobic fluorescent probe. Results obtained for hOBP-2B and -2AB were compared to those already published for -2A with the same odorant panel. As for hOBP-2A, measured affinities were in the micromolar range and OBPs showed a strong affinity for aldehydes and long chain fatty acids, exhibiting some differences from one OBP to another. Their 3D structures were modelled by homology with the human tear lipocalin in order to interpret the binding data. HOBP-2B revealed a structural difference, in correlation with the functional data. This work revealed that the slighlty different ligand binding spectrum of the 3 human OBP does not represent the large odorant diversity, suggesting that OBP do not have a major function in odorant discrimination in the human species. Nevertheless, OBP complexed with odorant might have a function in odorant receptor activation
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Parmentier, Marc. „Etude de deux protéines neuronales liant le calcium: la calbindine D28k et la calrétinine“. Doctoral thesis, Universite Libre de Bruxelles, 1990. http://hdl.handle.net/2013/ULB-DIPOT:oai:dipot.ulb.ac.be:2013/213100.
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Colote, Soudhir A. „Approche des relations structure-fonction de protéines se liant à l'actine par la méthode de génie génétique“. Montpellier 2, 1991. http://www.theses.fr/1991MON20063.
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Les proteines liant l'actine jouent un role regulateur en modulant la vitesse de polymerisation des actines g et l'organisation tridimensionnelle, intracellulaire des filaments d'actines. Elles font partie integrante de l'appareil contractile et definissent aussi la morphologie cellulaire. Ces proteines sont souvent presentes sous differents isoformes dans differents types cellulaires et s'affairent a des taches differentes. Leurs expressions varient dans des conditions physiologiques differentes et dans des cas pathologiques. Nous avons choisi trois de ces proteines: les tropomyosines, la gelsoline et la fodrine, pour une etude structure-fonction de ces molecules en utilisant les techniques du genie genetique. Dans un premier temps, nous avons utilise differentes methodes de clonage des adnc qui nous ont permis de constituer des outils. Ensuite, nous avons effectue une etude de type phyletique pour permettre, dans le cas des tropomyosines, de definir les regions specifiques de chaque isoforme. Puis nous avons regarde l'expression differentielle des isoformes de tropomyosine correspondant a l'etat differencie et non differencie d'une cellule en utilisant la lignee: hl60 ou u937 comme modeles. Nous avons, par la suite, mis au point une methode de clonage generale qui pourrait etre appliquee au clonage des proteines se liant a l'actine, basee sur des interactions proteine-proteine directes. D'autre part, au cours de ces travaux, nous avons mis au point quelques techniques de purification des acides nucleiques en utilisant la chromatographie liquide a haute performance
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Millet, Isabelle. „Récepteurs pour les IgA et propriétés biologiques des facteurs liant les IgA : iga-bf“. Lyon 1, 1988. http://www.theses.fr/1988LYO1T156.
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Phichith, Denis. „Caractérisation fonctionnelle d'un heptapeptide cyclique inhibiteur d'activités β-lactamases et de protéines liant la pénicilline“. Compiègne, 2005. http://www.theses.fr/2005COMP1575.
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A partir d'une enzyme, la β-Iactamase, nous avons généré un anticorps antiidiotypique à activité β-Iactamase que nous avons nommé 9G4H9. En comparant les résidus essentiels à l'activité catalytique de la β-Iactamase, nous avons proposé un modèle de site actif pour l'anticorps 9G4H9 dans lequel nous avons identifié les résidus arginine 24, sérine 26, lysine 27, sérine 28 et acide glutamique en position 98 susceptible d'être impliqués dans l'activité catalytique. Nous avons montré l'implication de tous les résidus identifiés dans l'activité catalytique hormis le résidu lysine en position 27. L'anticorps 9G4H9 a servi de cible pour la sélection d'un peptide inhibiteur par phage-display, nommé Pep90, d'activités β-Iactamases et d'activités parentes. Au cours de cette étude, nous avons caractérisé les modalités d'interaction de Pep90 respectivement avec l'anticorps catalytique 9G4H9, le scFv 9G4H9, différentes classes de β-Iactamases et DD-peptidases9G4H9, a catalytic antibody displaying β-lactamase-Iike activity, has been elicited by the anti-idiotypic approach using β-Iactamase as first antigen. We proposed an active site model for antibody 9G4H9 in which we find residues arginine 24, serine 26, lysine 27, serine 28 and glutamic acid 98 that could be involved in β-Iactamase activity. We showed that ail the residues are involved in catalysis except residue lysine 27. Ln the second part of the work, antibody 9G4H9 was used as target to screen β-Iactamase activity inhibitor among cyclic heptapeptide bank displayed on bacteriophage M13. One of the phage-displayed peptide (pep90) issued from the selection procedures was shown to be a competitive inhibitor of the β-Iactamase activity of the anti-idiotypic antibody, with a Ki = 38uM. We showed that Pep90 interact with several class of penicillin-binding protein, thus opening routes to the design of antibiotic-like molecules
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Jacquet, Eric. „Relations structure-fonction du domaine d'ef-tu liant les nucleotides guanyliques : mutation de la val20, residu homologue a la position 12 de la p21“. Paris 6, 1988. http://www.theses.fr/1988PA066307.
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La valine 20 du facteur d'elongation eftu est substituee par une glycine par mutagenese dirigee. Cette mutation a des consequences sur l'activite gtp asique et sur la vitesse d'association-dissociation du complexe eftu (gly 20)-gdp. Les etudes d'homologie des sequences primaires indiquent que le residu val 20 de eftu correspond a la position 12 de la proteine p21 codee par les genes ras humains
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Gueydan, Cyril. „Caractérisation et clonage de protéines liant la séquence régulatrice de la traduction du messager du TNF“. Doctoral thesis, Universite Libre de Bruxelles, 1998. http://hdl.handle.net/2013/ULB-DIPOT:oai:dipot.ulb.ac.be:2013/212042.
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Borsu, Laetitia. „Découverte du gène AROM, "Antisense RNA Overlapping MCH gene" : caractérisation d'une nouvelle famille de protéines liant les acides nucléiques“. Nice, 2000. http://www.theses.fr/2000NICE5477.
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Chez les mammifères, le gène de la MCH pour " melanin concentrating hormone", code pour deux peptides le NEI et la MCH. Ce gène est impliqué dans de nombreuses fonctions comme la réponse au stress et le contrôle de la prise alimentaire. Nous avons mis en évidence dans des cellules PC12 non stimulées l'expression d'ARN de hauts poids moléculaires contenant les séquences du gène MCH. En combinant les techniques de Northern blot, RACE PCR et RT-PCR, nous avons établi que ces ARN sont transcrits à partir des séquences du brin d'ADN complémentaire au gène de la MCH. Ce gène appelé AROM pour " antisense RNA overlapping MCH gene " est conservé chez le rat, la souris et l'homme. Dans les cellules PC12 traitées au lithium et au NGF, l'expression du gène MCH est régulée par des mécanismes post-transcriptionnels. Les ARN antisens AROM pourraient interagir avec les ARNm MCH, les hybrides ainsi formés modifieraient leur maturation ou leur dégradation. En effet, de nombreux exemples d'ARN antisens sont décrits comme régulateurs de l'expression de gènes "sens". Plusieurs phases ouvertes de lecture ont été identifiées à partir des ARNm AROM. Elles sont la conséquence d'épissages alternatifs et du choix de sites d'initiation de transcription. La protéine la plus longue a été appelée AROM-p64. Les séquences des phases ouvertes de lecture AROM présentent des homologies avec les motifs RRM/leucine-zipper et un domaine d'une hélicase de procaryotes. Grâce à des anticorps dirigés contre les extrémités de la protéine p64, nous avons identifié ces protéines AROM dans les cellules PC12 et les testicules de rat. (. . . )
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Barou, Emilie. „De l'ingénierie de protéines de liaison aux odorants à la détection électrochimique de molécules volatiles : vers la conception de biocapteurs et nez électroniques“. Thesis, Dijon, 2014. http://www.theses.fr/2014DIJOS045.
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La détection de molécules odorantes représente un enjeu important dans divers domaines tels que l’industrie alimentaire, le diagnostic médical et la sécurité du territoire, par exemple. En effet, les odorants, présents par milliers dans notre environnement, véhiculent de nombreuses informations, via leur nature chimique ou leur concentration. Notre système olfactif est capable de discriminer des milliers de molécules différentes via des mécanismes biochimiques impliquant l’association de nombreux partenaires protéiques et un codage combinatoire de l’information. Ces biomolécules, qui englobent notamment les récepteurs olfactifs et les protéines de liaison aux odorants (OBP), constituent une source intéressante d’éléments de détection pour la conception de biocapteurs. Les OBP sont de petites protéines solubles présentent dans le mucus nasal à des concentrations de l’ordre du millimolaire. Leur poche de liaison hydrophobe leur confère la capacité de lier de façon réversible les molécules odorantes. Leur robustesse et leur manipulation aisée en font de bonnes candidates pour l’élaboration de biocapteurs. Au cours de ce travail, nous nous sommes intéressés à la détection de molécules odorantes en associant des OBP comme biorécepteur et l’électrochimie comme méthode de transduction. Par une méthode de mutagenèse dirigée, nous avons montré qu’en modifiant un seul des acides aminés dans la poche de liaison de deux OBP de rat (rOBP2 et rOBP3), il était possible de moduler leurs affinités envers les odorants. En parallèle, nous avons décrit la détection qualitative et quantitative de molécules volatiles à partir d’OBP. Nous avons montré que rOBP3 lie la 2-méthyl-1,4-naphtoquinone (MNQ), une sonde électrochimique. La quantité de MNQ déplacée de la poche de liaison de rOBP3 par la 3-isobutyl-2-méthoxypyrazine (IBMP), un odorant modèle, a été mesurée par voltammétrie cyclique à vagues carrées. Nous avons déterminé les constantes de dissociation des complexes rOBP3 / MNQ et rOBP3 / IBMP. Les valeurs mesurées par électrochimie ont été confirmées par compétition avec une sonde fluorescente et par titration calorimétrique isotherme. En combinant cette nouvelle méthode analytique à des variants de rOBP3 qui présentent des profils de liaison différents et complémentaires, nous avons détecté sélectivement chacun des constituants d’un mélange ternaire d’odorants. Ces travaux, qui allient ingénierie des OBP et électrochimie, offrent des perspectives intéressantes dans le domaine des nez électroniquesThe detection of odorant molecules has become an important challenge in different research area, such as the food industry, medical diagnostics and homeland security. Indeed, the thousands of odorants in our environment provide information on their chemical nature or their concentration. Human olfactory system is capable of discriminating thousands of different molecules thanks to biochemical mechanisms involving multiple protein receptor partners and a combinatorial coding. These biomolecules that include olfactory receptors and odorant-binding proteins (OBP) represent an interesting source of detectors for the design of biosensors. OBPs are small soluble proteins present in nasal mucus at millimolar concentrations. Their hydrophobic binding pocket gives them the ability to reversibly bind odorant molecules. OBPs are robust and easy to produce and are thus good candidates for the design of biosensors. In this work, we focused on the detection of odorant molecules associating OBPs as a bioreceptor and electrochemistry as a transduction method. Using site-directed mutagenesis, we have shown that by substituting a single amino acid in the binding pocket of two rat OBPs (rOBP2 and rOBP3), it is possible to modulate their binding affinities towards odorants. In parallel, we described a qualitative and quantitative method for the detection of volatile molecules using OBPs. We have shown that rOBP3 binds 2-methyl-1,4-naphtoquinone (MNQ), an electrochemical probe. The amount of MNQ displaced from the binding pocket of rOBP3 by the model odorant 3-isobutyl-2-methoxypyrazine (IBMP), was measured using square-wave voltammetry. We determined the dissociation constants of the rOBP3 / MNQ and rOBP3 / IBMP complexes. These values measured by electrochemistry were confirmed by a competitive fluorescent assay and isothermal titration calorimetry. By combining this new analytical method to rOBP3 variants with different and complementary binding profiles, we were able to selectively detect each of the components of a ternary mixture of odorants. This work, that combines the engineering of OBPs and electrochemistry, offers us interesting perspectives in the field of electronic noses
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Roussel-Gervais, Audrey. „La protéine liant l'ADN méthylé ZBTB4 localise aux péri-centromères et contrôle la réponse au point de contrôle mitotique“. Sorbonne Paris Cité, 2015. http://www.theses.fr/2015USPCC137.
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La perte de ZBTB4 caractérise les cancers de stade -avancé et favorise la survie des cellules suite aux dommages à l'ADN et la progression métastasique. Mes travaux de thèse ont porté sur l'identification des mécanismes moléculaires associant ZBTB4 au cancer. Ces travaux m'ont permis de montrer que la perte de ZBTB4 induit des défauts de ségrégation des chromosomes. ZBTB4 régule la transcription de gènes du SAC comme BUBRJ, MAD2LI et AuroraB. Ainsi, la perte de ZBTB4 accélère la transition métaphase-anaphase en condition physiologique, ainsi qu'après l'activation du SAC dans des cellules en mitose par traitement au nocodazole, malgré la présence de chromosomes mal alignés. ZBTB4 localise également aux régions péri-centromériques et semble importante pour la transcription des séquences satellites péri-centromériques pendant la mitose. Il est possible que sa localisation aux péri-centromères, ainsi que son rôle dans la transcription des satellites en mitose, jouent un rôle dans la déstabilisation du kinétochore dans les cellules sous-exprimant ZBTB4. De plus, les souris Zbtb4 développent davantage de papillomes que les souris Zbtb4 suite à l'induction de tumeurs de la peau par traitement au DMBA/TPA. Ces éléments viennent confirmer in vivo chez la souris un rôle de ZBTB4 dans la formation des tumeurs. La dérégulation des protéines du SAC, de même que la dérégulation de la transcription des satellites, sont souvent retrouvées dans les cancers et causent de l'aneuploïdie. La perte de ZBTB4 participe à la progression tumorale en favorisant la présence de cellules aneuploïdes, causant de l'instabilité génomique et favorisant la diversité génétique des cellules cancéreusesZBTB4 is a mammalian transcription factor with Zinc fingers and a BTB/POZ domains, which can bind methylated CpGs, as well as certain unmethylated consensus sequences. ZBTB4 is frequently downregulated in human cancers, for reasons that are unclear. To address the potential role of ZBTB4 we depleted it from human cells in culture, this led to heightened chromosome missegregation, as evidenced by increases in lagging chromosomes, micronuclei, and binucleation. We could detect a defect in the mitotic checkpoint, which was weakened in cells lacking ZBTB4, maybe as a direct consequence of decreased checkpoint protein abundance. To validate our findings in a more physiological setting, we generated mice. Primary Zbtb4⁻/⁻cells show the satine signs of genome instability seen in human cells in culture. The Zbtb4⁻/⁻ animals are viable and fertile, but smaller than their littermates and with reduced organ size. In addition, we report that mice lacking ZBTB4 are more susceptible to DMBA/TPA-induced skin carcinogenesis. Our results show that the epigenetic regulator ZBTB4 is essential for genome stability in mammals. Its loss in cancer cells may be under positive selection because it promotes faster genome evolution in the tumour cells
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Bearzatto, Bertrand. „Etude du rôle des protéines liant le calcium dans la physiologie cérébelleuse: modification sélective de leur expression dans le cervelet par transgénèse“. Doctoral thesis, Universite Libre de Bruxelles, 2005. http://hdl.handle.net/2013/ULB-DIPOT:oai:dipot.ulb.ac.be:2013/210992.
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Poisot, Emilie. „Recrutement des complexes des groupes Polycomb et trithorax sur la chromatine : Dissection fonctionnelle des complexes liant les séquences d(GA)n des éléments de mémoire épigénétique“. Versailles-St Quentin en Yvelines, 2010. http://www.theses.fr/2010VERS0022.
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Au moins trois mécanismes sont connus pour influer sur le maintien des profils d’expression des gènes: l’état chromatinien, les modifications épigénétiques liées aux protéines du groupe Polycomb (PcG) et Trithorax (trxG), et les ARN non codants (ARNnc). Les gènes du PcG et trxG maintiennent l’identité au cours du temps par des processus épigénétiques figeant un état transcriptionnel déterminé qui constitue la « mémoire cellulaire ». Les trois protéines Batman (BAN), Trithorax-like (GAF) et Pipsqueak (PSQ) font partie de complexes de mémoire cellulaire qui lient l’ADN. Le premier objectif de ma thèse était d’affiner la description des complexes contenant BAN, GAF et PSQ fixés sur leurs cibles. J’ai montré l’existence de plusieurs complexes, indiquant qu’il existe une combinatoire dans ces complexes en fonction de la cible. En réalisant une extinction ciblée de l’une ou l’autre de ces protéines, j’ai étudié leur hiérarchie de recrutement. L’élargissement de cette étude à d’autres protéines PcG et trxG a permis ensuite de modéliser le recrutement des différents complexes de mémoire. J’ai parallèlement étudié le lien existant entre la formation de l’hétérochromatine et les ARN non codants (ARNnc). A l’aide de mutants affectant des voies de production d’ARNnc, j’ai montré qu’ils participent à la localisation d’HP1 sur chromosomes polytènes et donc à la formation de hétérochromatine. L’ensemble de ces études a permis de caractériser la complexité des relations entre BAN, GAF et PSQ et de définir leur importance respective dans le recrutement différentiel de complexes PcG ou trxG, mais aussi de contribuer à établir le lien entre les ARNnc et la formation de l’hétérochromatineAt least three important mechanisms are known to maintain gene expression patterns: the chromatine state, the epigenetic modifications due to the Polycomb ( PcG) and Trithorax ( TrxG ) groups proteins, and non coding RNAs (ncRNAs). The PcG and trxG genes maintain cell identity through epigenetic modifications of chromatin, thereby maintaining a predefined transcriptional state that establishes "cell memory". Three proteins, i. E. Batman (BAN), Trithorax-like (GAF) and Pipsqueak (PSQ) are components of a DNA-binding cell memory complex. The first goal of my thesis was to refine the description of complexes containing BAN, GAF and PSQ bound to their targets. I showed the existence of several complexes, suggesting a combinatory composition of these complexes depending on the target. Using dsRNA-driven extinction of each of the three proteins, I determined the hierarchy of their recruitment. The extension of this approach to other PcG and trxG proteins lead us to propose a new model for the recruitment of several of the memory complexes. I also studied the link between heterochromatin formation and ncRNAs. By using mutants affecting pathways of ncRNAs production, I showed that they participate in the localization of the heterochromatin protein HP1 on polytene chromosomes and thus in the formation of heterochromatin. All these studies allowed us to characterize the complexity of relations between BAN, GAF and PSQ and to define their respective contribution in the differential recruitment of PcG or TrxG complexes, but also to contribute to establishing the link between the ncRNAs and heterochromatin
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Arbeloa, del Moral Ana. „Spécificité de substrat et partenaires des D,D-transpeptidases intervenant dans la polymérisation du peptidoglycane et la résistance aux bêta-lactamines chez Enterococcus faecalis“. Paris 7, 2005. http://www.theses.fr/2005PA077002.
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Brimau, Fanny. „Rôle des odorants-binding protein dans le mécanisme de transduction olfactive : implication de modifications post-traductionnelles dynamiques dans la spécificité de liaison avec les ligands“. Thesis, Tours, 2010. http://www.theses.fr/2010TOUR4038/document.
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Les OBP sont des petites protéines solubles qui se lient avec des molécules odorantes et phéromonales. Le rôle des OBPs n’est pas complètement compris. Une hypothèse suggère que l’OBP solubilise et transporte les ligands aux récepteurs olfactifs et la liaison entre les molécules odorantes et l’OBP est non spécifique. Une autre hypothèse suggère que le complexe formé est une liaison spécifique entre une molécule odorante donnée et une OBP spécifique. Ce travail de thèse montre que les OBPs sont impliquées dans la première étape de la discrimination des odeurs. Dans un premier temps, nous avons montré l’implication de la Phe35 et la Tyr 82 dans la sortie du ligand par l’OBP. Dans un second temps, nous avons mis en évidence la présence de différentes isoformes d’OBP et de VEG qui diffèrent par les modifications post-traductionnelles (phosphorylation et GlcNAcylation) a la fois sur les protéines natives extraites de la muqueuse respiratoire et sur les protéines recombinantes produites par P.pastoris et CHO. Ces isoformes sont capables de discriminer des molécules odorantes et phéromonales. Les OBPs ne sont pas des transporteurs passifs car elles assurent un fin codage des molécules odorantes ou phéromonales avant l’interaction de ce complexe avec un récepteur spécifiqueOBPs are small soluble proteins that bind with odorant molecules and pheromones. The role of OBP is not completely understood. A hypothesis suggests that OBP solubilize and transport the ligands to olfactory receptors and the binding between odorant molecule and OBP is unspecific. An other hypothesis suggest that the complex formed is the specific binding between a given odorant molecule and a specific OBP. This work of thesis show that OBP are involved in the first step of odorant discrimination. Initially, we have showed the involvement of the Phe35 and Tyr 82 in the uptake of ligands by OBP. Second, we have given rise to the presence of various isoform of OBP and VEG that differ by post-translational modifications (phosphorylation and GlcNAcylation) both on natives proteins extract of respiratory mucosa and on recombinants proteins produce by P. pastoris and CHO. These isoforms are able to discriminate of odorant molecules and pheromones. OBPs are not passives carriers because they ensure a fine coding of odorant molecules and pheromones before interaction of this complex with specific receptor
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Lefrère, Valérie. „La protéine se liant au poly(A) des ARNm (PABP) de Drosophile : structure du gène et expression au cours du développement“. Toulouse 3, 1991. http://www.theses.fr/1991TOU30263.
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Le role de l'extremite 3 polyadenylee des arnm dans la regulation de leur metabolisme semble lie a son association a une proteine specifique, appelee la poly(a)-binding proteine (pabp). La forte conservation de cette proteine au cours de l'evolution laisse penser qu'elle joue un role important dans cette regulation. Il semble qu'elle soit impliquee dans le controle de la stabilite et de l'efficacite de l'initiation de la traduction de certains arnm. Par criblage d'une banque d'adnc embryonnaires de drosophile avec une sonde adnc humaine, nous avons isole deux classes d'adnc pabp, differant par leur extremite 3 non traduite, et correspondant a un arnm unique possedant une region 3 non traduite longue. L'hybridation in situ de chromosomes polytenes de glandes salivaires a permis de montrer que ce messager resultait de la transcription d'un gene unique localise a la position 55b sur le bras droit du second chromosome. Ce gene est compose de cinq exons, dont deux correspondant aux deux regions 5 et 3 non traduites. L(arnm pabp comprend un cadre de lecture de 1722nt codant pour une proteine de 64 kda; il est accumule dans les oocytes, herite maternellement et present a tous les stades du developpement etudies. La coloration d'embryons entiers, soit par hybridation in situ avec une sonde adnc, soit grace a un serum polyclonal dirige contre la proteine surproduite chez e. Coli, montre une accumulation transitoire de l'arnm et de la proteine au pole posterieur de l'embryon, juste avant le bourgeonnement des cellules polaires. Cette localisation particuliere de l'arn et de la proteine pabp laisse penser que cette proteine pourrait etre impliquee dans la traduction de l'arnm nanos, dont l'accumulation au pole posterieur est determinante pour une differenciation correcte de la region abdominale de l'embryon de drosophile
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Hégarat, Nadia. „Purification par affinité de complexes natifs multiprotéiques liant les acides nucléiques : exemples d'un répresseur de la transcription et de protéines impliquées dans la réparation de l'ADN“. Paris 11, 2007. http://www.theses.fr/2007PA11T026.
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Santerre, Maryline. „Étude de l'action sur l'épissage de protéines nucléaires se liant à la région de l'ARN du virus VIH-1 contenant le site d'épissage A7 et role de ces protéines sur d'autres sites accepteurs d'épissage de VIH-1“. Thesis, Nancy 1, 2010. http://www.theses.fr/2010NAN10115/document.
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L'épissage est une étape clef de la multiplication du VIH-1. Par utilisation de 4 sites donneurs et 8 sites accepteurs d'épissage, plus de 40 ARNm différents sont produits. Une approche protéomique nous a permis d'identifier de nouvelles protéines interagissant avec la région de l'ARN viral contenant le site A7. Nous avons démontré l'interaction directe avec l'ARN viral de 5 des protéines identifiées (nucléoline, hnRNP A1/B, hnRNP H et hnRNP K). Nous avons montré que hnRNP K a plusieurs sites de fixation dans la région du site A7 et que hnRNP A1et hnRNP K se lient de façon coopérative. Nous avons montré un effet inhibiteur de hnRNP K sur l'épissage au site A7. Comme la protéine hnRNP A1 est un régulateur négatif de plusieurs sites accepteurs d'épissage (A1, A2, A3, A7), nous avons testé si la protéine hnRNP K pouvait renforcer l'inhibition à ces sites. En fait, hnRNP K active l'épissage in vitro des introns entre le site donneur D1 et les sites accepteurs A1, A2 et A3. Nous avons montré que la protéine hnRNP K renforce fortement l'activité de ASF/SF2 au site A2, ce qui indique que selon le contexte, la protéine hnRNP K peut être activatrice ou inhibitrice de l'épissage du VIH-1. J'ai observé de plus que la surexpression de la protéine hnRNP K dans des cellules HeLa, transfectées avec le plasmide p PSP contenant le virus VIH-1 dépourvu de ses capacités d'encapsidation, produit un changement très marqué de l'épissage alternatif de l'ARN PSP, ce qui confirme la forte influence de hnRNP K sur l'épissage alternatif du VIH-1. L'augmentation de la concentration cellulaire de hnRNP K dans les cellules HeLa conduit aussi à une diminution de la protéine virale Nef. La protéine hnRNP K intervient donc non seulement dans la régulation du site A7, mais aussi dans celle de la majorité des sites d'épissage régulés de l'ARN du VIH. L'action de cette protéine sur plusieurs des sites d'épissage montre que la protéine hnRNP K est probablement un régulateur général de l'épissage de VIH-1HIV-1 pre-mRNA splicing depends upon 4 donor and 8 acceptor sites, which are used in combination to produce more than 40 different mRNAs. To further characterize nuclear factors involved in these processes, we purified RNP complexes formed by incubation of SLS2-A7 transcripts in HeLa cell nuclear extracts by affinity chromatography to identify new associated proteins. We showed that, in addition to the well known hnRNP A1 inhibitor of site A7, nucleolin, hnRNP H and hnRNP K interact directly with SLS2-A7 RNA. We demonstrated that hnRNP K has multiple binding sites in the vicinity of site A7 and that binds cooperatively to hnRNP A1 to the A7 RNA region and limits the A7 utilization in vitro. As hnRNP A1 is a negative regulator of several HIV-1 splicing sites (A1, A2, A3), we tested whether hnRNP K may also reinforce hnRNP A1 inhibition at these sites. Surprisingly, hnRNP K activated in vitro splicing of the D1-A1, D1-A2 and D1-A3 introns. Interestingly, hnRNP K was found to reinforce strongly the ASF/SF2 activity at site A2, which indicates that depending on the splicing site hnRNP K can be a splicing activator or inhibitor. To test how hnRNP K influences the relative utilization of HIV-1 splicing sites in cellulo, we used plasmid p PSP containing all the HIV-1 splicing sites and tested the effect of over-expression in HeLa cells on alternative splicing of the PSP RNA. Doubling the amount of hnRNP K in HeLa cells led to a drastic change of the PSP RNA alternative splicing, which confirms the strong influence of hnRNP K on alternative splicing. Moreover, increase of cellular concentration of hnRNP K strongly decrease the viral Nef protein production. hnRNP K protein affects A7 splicing regulation but also regulates the majority of regulated splicing sites of HIV. By extension of the study of hnRNP K effect to other HIV-1 splicing sites, we discovered that hnRNP K is a general regulator of HIV-1 splicing
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Dupré, Denis J. „Récepteur liant le facteur activateur de plaquettes étude de la désensibilisation à long terme par un agoniste ou un agoniste inverse“. Thèse, Université de Sherbrooke, 2004. http://savoirs.usherbrooke.ca/handle/11143/4187.
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Le WEB2086 figure parmi les molécules ayant une activité inverse élevée pour le récepteur du PAF. Cette molécule a déjà été utilisée comme traitement pour l'asthme et représente une avenue intéressante pour une potentielle thérapie anti-cancéreuse. Nos résultats suggèrent que le WEB2086 permet la diminution de l'expression de son récepteur, le PAFR.Le même phénomène est observé avec l'agoniste PAF. Ces deux ligands n'ont cependant pas toutes les mêmes caractéristiques pharmacologiques. Nous avons donc décidé d'étudier les différentes voies de signalisation et de circulation intracellulaires activées suite à une stimulation au PAF ou au WEB2086.Le PAFR, qui peut être désensibilisé par les PKC, est phosphorylé suite à une stimulation au PAF ou au WEB2086 par des PKC d'isoformes différentes. Il semble que les PKC [bêta], [thêta] et [zêta] soit préférablement utilisées par le WEB2086, alors que les PKC [delta], [alpha], [epsilon] et [zêta] sont stimulées lorsque les récepteurs sont en mis présence de PAF. Les mécanismes régissant la signalisation et la circulation intracellulaire du PAFR ne sont pas connus. Nos travaux tentent d'élucider ces mécanismes, en comparant les voies de signalisation induites par le PAF et le WEB2086.Le mécanisme de circulation intracellulaire permettant la dégradation du PAFR utilise la voie des endosomes précoces et tardifs lors de la stimulation au PAF. Cependant, le mécanisme est différent suite à une stimulation au WEB2086. Les récepteurs sont ciblés à la dégradation indépendamment du type de ligand utilisé, soit un agoniste ou un agoniste inverse. L'utilisation d'inhibiteurs du protéasome et des lysosomes a permis d'établir que ces deux systèmes sont utilisés pour diminuer l'expression du récepteur du PAF. La compréhension des mécanismes de la régulation négative du PAFR et de la signalisation induite par les agonistes inverses donneront des outils pour la mise en place de modèles généraux de la régulation du récepteur et faciliteront le développement de thérapies ciblant efficacement la signalisation du récepteur.--Résumé abrégé par UMI.
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Antignac, Aude. „Analyse des souches de Neisseria meningitidis de sensibilité diminuée à la pénicilline G“. Paris 7, 2003. http://www.theses.fr/2003PA077005.
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Cao-Lormeau, Van-Mai. „Virus de la dengue et moustiques vecteurs : protéines se liant au virus de la dengue dans les extraits de cellules cibles et des glandes salivaires de moustiques vecteurs“. Polynésie française, 2006. http://www.theses.fr/2006POLF0001.
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La dissémination du virus de la dengue (DENV) dans les tissus du moustique et sa transmission à l'homme via la salive infectante sont deux événements clés du cycle de transmission. Afin d'identifier les protéines susceptibles d'être impliquées dans la dissémination virale chez le vecteur, vous avons recherché celles capables de se lier au DENV, dans des extraits de cellules C6/36 d'Ae. Albopictus et de glandes salivaires (EGS) d'Ae. Aegypti et d'Ae. Polynesiensis. Ces protéines sont des candidats au rôle de récepteur ou corécepteur au DENV, lesquels constituent des cibles pour l'élaboration de stratégies de blocage de la transmission virale. De plus, les EGS contenant à la fois des protéines issues du tissu de la glande et des protéines salivaires, notre étude propose des premières pistes pour l'identification de complexes "DENV/protéines salivaire". Au sein de ces complexes, des épitopes conformationnels neutralisants contre les quatre sérotypes de dengue pourraient être identifiésDengue virus (DENV) dissemination into mosquito tissues and virus transmission to the human host through vector saliva are key events of DENV transmission cycle. In order to bring new elements for the identification of the molecules involved in DENV dissemination into mosquito tissues, we investigated the presence of DENV-binding proteins in extracts from either Ae. Albopictus C6/36 cells or Ae. Aegypti and Ae. Polynesiensis salivary glands (SGE). This study pave the way for the identification of receptors or coreceptors for DENV, those might be targets for transmission blocking strategies. SGE not only contain salivary gland tissue-stemmed proteins but also salivary proteins, therefore “DENV/salivary protein” complexes might have been detected in our study. By enabling a list of already characterized Ae. Aegypti salivary proteins, we suggest some tracks for the identification of such complexes; those might contain new conformational DENV-neutralizing epitopes
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Stuhl-Gourmand, Laetitia. „Role de Naca et de ses partenaires moléculaires dans la différenciation érythroïde normale et pathologique des syndromes myélodysplasiques“. Thesis, Aix-Marseille 2, 2010. http://www.theses.fr/2010AIX20661/document.
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L’érythropoïèse est un processus complexe qui aboutit à la formation de 100 milliards de globules rouges/jour. Elle est finement régulée pour permettre d’adapter la production de globules rouges aux besoins en oxygène des tissus périphériques. La compréhension des processus complexes mis en jeu lors de la régulation de l’érythropoïèse requière l’étude de nouveaux acteurs moléculaires tel que la protéine NACA (chaîne alpha du complexe associé aux polypeptides naissants), mise en évidence comme un régulateur positif de la différenciation érythroïde humaine. Nous avons identifié ERGIC-53 comme nouvel interacteur de NACA. ERGIC-53 est une lectine mannose spécifique membranaire impliquée dans le transport des glycoprotéines du Réticulum Endoplasmique (RE) vers le compartiment ERGIC (Endoplasmic Reticulum Golgi Intermediate Compartment). Nous avons démontré que ERGIC-53 et NACA participent à la régulation du trafficking de l’EPO-R. NACA est aussi un régulateur négatif de l’apoptose médié par FADD. Nous avons initié l’étude de NACA dans les Syndromes Myélodysplasiques de bas risque (ES-MDS) présentant une déficiente de l’érythropoïèse due à l’apoptose des progéniteurs érythroïdes. Nous avons démontré que la transduction de NACA des progéniteurs CD34+ de ES-MDS restore la différenciation érythroïde et augmente la survie des progéniteurs érythroïdes. De plus, cette étude suggère que la quantification du mRNA NACA pourrait être un nouveau marqueur prédictif de réponse au traitement par rhEPO. En conclusion, notre travail a souligné qu’une simple molécule de la machinerie cellulaire est impliquée dans la différenciation érythroïde normale et des ES-MDSThe erythropoiesis is a complex process that leads to the formation of 100 billion red cells per day. It is finely regulated to adjust the production of red blood cells according to oxygen needs of peripheral tissues. To understand the complex processes involve in the regulation of erythropoiesis, it requires the study of molecular actors such as the NACA protein (the alpha chain of the nascent polypeptide-associated complex), highlighted as a positive regulator of erythroid human differentiation. We have identified ERGIC-53 as a novel interactor of NACA. ERGIC-53 is a lectin mannose-specific membrane involved in the transport of glycoproteins from the Endoplasmic Reticulum (ER) to the ERGIC compartment (Golgi Endoplasmic Reticulum Compartment Intermediate). We have shown that ERGIC-53 and NACA are involved in the regulation of trafficking of EPO-R. NACA may be also a negative regulator of apoptosis mediated by FADD. We investigated the role of NACA in early stages of myelodysplastic syndromes (ES-MDS) which have ineffective erythropoiesis due to apoptosis of erythroid progenitors. We have demonstrated that transduction of NACA in CD34 + progenitor cells from ES-MDS restores erythroid differentiation and increased survival of erythroid progenitors. Moreover, this study suggests that the level of mRNA NACA may be a new predictive marker of response to rhEPO treatment. In conclusion, our work highlighted that a molecule of the cellular machinery is involved in erythroid differentiation of both normal and ES-MDS CD34+ cells
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Naville, Danielle. „Purification et caractérisation partielles d'une protéine liant IGF1 et appartenant au complexe de 145K circulant dans le plasma humain : étude de son activité biologique sur les cellules de Leydig de porc immature en culture en présence de IGF1“. Lyon 1, 1988. http://www.theses.fr/1988LYO1T120.
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Billard, Lise-Marie. „Expression des gènes codant les protéines liant l'ADN méthylé (MBD) dans les cancers du sein : implication des MBD dans la répression transcriptionnelle de gènes suppresseurs de tumeurs BRCA1 et CDX1“. Lyon 1, 2003. http://www.theses.fr/2003LYO1T083.
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Assrir, Nadine. „Analyse des intéractions moléculaires entre deux protéines liant des histones, HIRA et HIRIP3 (HIRA-interacting protein 3) et leur partenaires respectifs, la protéine chaperon d'histones Asf1 et la sérine-thréonine kinase CK2“. Paris 11, 2004. http://www.theses.fr/2004PA11T048.
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Hoyaux, Daphné. „Contribution à l'étude de l'expression des protéines de la famille S100 liant le calmcium dans le cerveau murin et humain au cours de processus neurodégénératifs: les Corps Amylacés et la Sclérose Latérale Amyotrophique“. Doctoral thesis, Universite Libre de Bruxelles, 2002. http://hdl.handle.net/2013/ULB-DIPOT:oai:dipot.ulb.ac.be:2013/211378.
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Camborde, Laurent. „Caractérisation fonctionnelle de différents effecteurs candidats de l'oomycete Aphanomyces euteiches, parasite racinaire des légumineuses“. Thesis, Toulouse 3, 2020. http://www.theses.fr/2020TOU30227.
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Les oomycètes sont des microorganismes eucaryotes capables d'infecter des plantes ou des animaux. Lors de l'interaction avec leur hôte, les oomycètes produisent des molécules, appelées effecteurs, capables d'interagir avec des composants moléculaires des cellules de l'hôte afin de perturber les réponses de défense et ainsi favoriser le développement du microorganisme. Les Crinklers (CRNs) et les protéines à domaine RxLR représentent les deux grandes familles d'effecteurs cytoplasmiques décrites chez les oomycetes. La grande majorité de ces effecteurs ont cependant un mode d'action encore inconnu. Chez l'oomycète parasite racinaire des légumineuses Aphanomyces euteiches, il apparait que seuls les CRNs sont présents. En se basant sur des travaux précédemment publiés par notre équipe, nous proposons une revue sur le rôle de certains effecteurs engendrant des dommages sur l'ADN des cellules hôtes. De précédent travaux portant sur le Crinkler AeCRN5 ont démontré que cet effecteur possédait un domaine fonctionnel de translocation dans la cellule végétale et impactait fortement la croissance racinaire. Mes travaux révèlent que cet effecteur se lie à l'ARN de la cellule hôte et perturbe la biogenèse de petits ARN impliqués dans la défense ou dans la croissance de la plante. De plus, nous avons pu mettre en évidence une nouvelle classe d'effecteurs potentiels composée de petites protéines sécrétées appelées SSP, spécifiques d'Aphanomyces euteiches. Les premières analyses sur ces SSP ont montré que AeSSP1256 augmente la sensibilité de la plante hôte. L'analyse fonctionnelle de cet effecteur a révélé que AeSSP1256 est capable de se lier à l'ARN ainsi qu'à une RNA helicase de la plante, perturbant son activité et engendrant un stress nucleolaire, perturbant la biogénèse des ribosomes. Ces travaux mettent en évidence que les acides nucléiques peuvent être la cible de différents types d'effecteurs et démontrent que deux effecteurs de familles différentes sont capables de se lier aux ARN afin de perturber des mécanismes de défense et de croissance de la plante, favorisant le développement du microorganismeOomycetes are eukaryote pathogens able to infect plants and animals. During host interaction, oomycetes secrete various molecules, named effectors, to counteract plant defence and modulate plant immunity. Crinklers (CRNs) and RxLR proteins represent the two main classes of cytoplasmic effectors described in oomycetes to date. Most of these effectors have not been yet characterized. In the root rot pathogen of legumes Aphanomyces euteiches, only the CRNs are present. Based on a previous study reported by our research group, we published an opinion paper focused on the emergence of DNA damaging effectors and their role during infection. Previous experiments indicated that one of these Crinklers, AeCRN5, harboured a functional translocation domain and dramatically disturbed root development. Here we reveal that AeCRN5 binds to RNA and interferes with biogenesis of various small RNAs, implicated in defence mechanisms or plant development. Additionally, comparative genetic analyses revealed a new class of putative effectors specific to Aphanomyces euteiches, composed by a large repertoire of small-secreted protein coding genes (SSP). Preliminary results on these SSPs point out that AeSSP1256 enhances host susceptibility. Functional characterisation of AeSSP1256 evidenced that this effector binds to RNA, relocalizes a plant RNA helicase and interferes with its activity, causing stress on plant ribosome biogenesis. This work highlights that various effector target nucleic acids and reveals that two effectors from distinct family are able to interact with plant RNA in order to interfere with RNA related defence mechanisms and plant development to promote pathogen infection
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Philippe, Jules. „Pneumococcus morphogenesis and resistance to beta-lactams“. Thesis, Grenoble, 2014. http://www.theses.fr/2014GRENV018/document.
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Streptococcus pneumoniae, le pneumocoque, est une bactérie pathogène qui entraîne le décès de plus d'un million et demi de personnes dans le monde chaque année. Les β-lactamines sont très utilisées pour traiter les infections à pneumocoques. Ces antibiotiques inhibent la synthèse du peptidoglycane, une molécule géante constituant un réseau de chaînes glycopeptidiques qui englobe la cellule, lui confère sa forme et lui permet de maintenir son intégrité face à la pression osmotique. Le mécanisme d'action des β-lactamines est bien connud'un point de vue biochimique. En revanche, la réponse physiologique empêchant la multiplication des bactéries traitées est mal connue. Au cours de ma thèse, j'ai étudié les mécanismes moléculaires de la morphogenèse du pneumocoque par des approches de biochimie et de microbiologie. Un modèle de morphogenèse est proposé intégrant mes résultats à la littérature et permettant de formuler des hypothèses sur la réponse physiologique de S. pneumoniae aux β-lactaminesStreptococcus pneumoniae, the pneumococcus, is a bacterial pathogen that causes more than 1.5 million deaths each year in the world. β-Lactams are widely used to treat patients with pneumococcal infections. These antibiotics inhibit the synthesis of the peptidoglycan, a giant molecule constituting a mesh of aminosugar strands encasing the cell. This main constituent of the cell wall allows cells to maintain their integrity under the turgor pressure, and endows bacteria with their shape. The action of β-lactams is well understood from a biochemical point of view. However, a complete understanding of the physiological response of treated bacteria remains elusive. In this thesis, I investigated the molecular mechanisms of the morphogenesis of S. pneumoniae using methods of biochemistry and microbiology. A morphogenesis model is built based on my results and the literature, which permits to emit hypotheses concerning the response of the pneumococcus to β-lactams
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Palud, Amandine. „Liquid-liquid phase separation mediated by low complexity sequence domains promotes stress granule assembly and drives pathological fibrillization“. Thesis, Paris 6, 2015. http://www.theses.fr/2015PA066560/document.
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Il a été observé que l’altération des fonctions des granules de stress, entités cytoplasmiques non-membranaires composées d’ARN et de protéines liant l’ARN (RBPs), peut conduire au développement de maladies telles que la sclérose latérale amyotrophique, la démence fronto-temporale, la myopathie à inclusions et la maladie de Paget des os. Ces pathologies sont caractérisées par un dépôt cytoplasmique d’inclusions solides enrichies en RBPs et comprenant des fibrilles. Une connexion génétique a été suggérée entre la persistance des granules de stress et l’accumulation de ces inclusions pathologiques dans le cytoplasme des patients. Dans mon manuscrit de thèse, il est mis en évidence le fait que la protéine hnRNPA1, dont les mutations entrainent les maladies mentionnées plus haut, subit une séparation de phases entre deux liquides connue également sous l’appellation « Séparation de Phases Liquide-Liquide » (LLPS) dans des gouttelettes enrichies en protéines. Bien que le domaine composé d’une séquence à faible complexité (Low Complexity sequence Domains ou LCD) soit suffisant pour obtenir cette séparation de phases, les domaines de liaison à l’ARN y contribuent également en présence d’ARN. Cela a permis d’envisager l’existence de plusieurs mécanismes intervenant dans la régulation de l’assemblage de ces granules. Un autre résultat a mis en exergue le fait que la formation de fibrilles n’est pas une obligation pour permettre la séparation de phases mais que les gouttelettes, enrichies en protéines, entrainent, par ailleurs, une augmentation de la formation de ces fibrilles. La séparation de phases liquide-liquide induite par le domaine composé d’une séquence à faible complexité semble contribuer à l’assemblage des granules de stress et à leurs propriétés liquides. Finalement, cette étude propose d’établir une réelle corrélation entre la formation des granules de stress qui deviennent persistants et l’accumulation d’inclusions pathologiques dans le cytoplasme des patientsStress granules are membrane-less organelles composed of RNA-binding proteins (RBPs) and RNA. Functional impairment of stress granules has been implicated in amyotrophic lateral sclerosis, inclusion body myopathy, Paget’s disease of bone and frontotemporal dementia; these diseases are characterized by solid, fibrillar, cytoplasmic inclusions that are rich in RNA binding proteins (RBPs). Genetic evidence suggests a link between persistent stress granules and the accumulation of pathological inclusions. In this thesis manuscript, I demonstrate that the disease-related RBP hnRNPA1 undergoes liquid-liquid phase separation (LLPS) into protein-rich droplets mediated by a low complexity sequence domain (LCD). While the LCD of hnRNPA1 is sufficient to mediate LLPS, the folded RNA recognition motifs contribute to LLPS in the presence of RNA, potentially giving rise to several mechanisms for regulating assembly of stress granules. Importantly, while not required for LLPS, fibrillization is enhanced in protein-rich droplets. I suggest that LCD-mediated LLPS contributes to the assembly of stress granules and their liquid properties, and provides a mechanistic link between persistent stress granules and fibrillar protein pathology in disease
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Cambuli, Francesca Maria. „Study of Musashi1-Expressing cells and of Musashi1 function in mouse intestinal physiopathology“. Thesis, Lyon, École normale supérieure, 2012. http://www.theses.fr/2012ENSL0794.
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L’épithélium intestinal est une monocouche de cellules qui tapisse la lumière intestinale, constitué d’un compartiment différencié, les villosités dans l’intestin grêle et les plateaux épithéliaux dans le colon, et d’un compartiment prolifératif, les cryptes de Lieberkühn. Ce tissue se renouvelle de façon rapide et continue tout au long de la vie de l’individu, grâce à la présence de cellules souches adultes dans le fond des cryptes. Ces cellules s’autorenouvellent et donnent naissance à des progéniteurs prolifératifs (capables d’engendrer les différents cytotypes épithéliaux) qui se différencient tout en migrant vers le compartiment différencié. Mon travail de these a porté sur l’étude d’une marqueur putatif de ces cellules souches épithéliales intestinales: Musashi1 (Msi1).Dans ce contexte, mon premier axe d’étude s’est focalisé sur l’isolement et la caractérisation des cellules souches épithéliales intestinales chez la souris. Pour cela, nous avons généré des souris transgéniques exprimant la protéine fluorescente GFP sous le contrôle du promoteur de Msi1. Les cellules souches intestinales de ces souris coexpriment donc Msi1 et la GFP. Ce modèle a été validé et nous à permis de isoler les cellules GFP/Msi1 positives dans l’intestin. A l'aide de différentes approches cellulaires et moléculaires, nous avons confirmé leur nature de cellules souches et nous avons apporté des nouvelles données sur la composition de la zone proliférative de l’épithélium intestinal murin.Le second axe de mes travaux de thèse a porté sur l’étude de la fonction de Msi1 dans l'homéostasie de l’épithélium intestinal chez la souris, par son sur-expression tous au long de l’épithélium. Nous avons montré que la sur-expression de cette protéine, qui est un régulateur des voies Wnt et Notch, perturbe l’architecture intestinale, a propriétés pro-prolifératives et un potentiel tumorigèniqueThe intestinal epithelium is a monolayer of cells surrounding the intestinal lumen. It consists of a differentiated compartment, the villi in the small intestine and a flat surface in the colon, and a proliferative compartment, the crypts of Lieberkühn. This tissue self-renews rapidly and continuously throughout life, due to the presence of adult stem cells in the bottom of the crypts. These cells are capable of self-renewing and give rise to proliferating progenitors (capable of generating all the different epithelial cytotypes) that differentiate and migrate toward the differentiated compartment. My thesis focused on the study of the intestinal epithelial stem cells marker Musashi1 (Msi1).In this context, the first part of my thesis work focused on the isolation and characterization of the intestinal epithelial stem cells that express Msi1 in the mouse. For this, we generated transgenic mice expressing the fluorescent protein GFP under the control of the promoter of Msi1. The intestinal stem cells of these mice co-express Msi1 and GFP. This model has been validated and allowed us to isolate GFP+/Msi-expressing cells in the intestine. By using different cellular and molecular approches, we confirmed their nature of stem cells and provided new data on the composition of the proliferative zone in the murine intestinal epithelium.The second part of my thesis has focused on the study of the function of Msi1 in the intestinal epithelium homeostasis in the mouse, by its over- and ectopic expression all along the epithelium. We have shown that the over-expression of this protein, which is a regulator of the Wnt and Notch pathways, perturbs the intestinal architecture, has pro-proliferative properties and tumorigenic potential
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Richard, Audrey. „Oncolytic H-1 parvovirus NS1 protein : identifying and characterizing new transcriptional and posttranslational regulatory elements“. Phd thesis, Université du Droit et de la Santé - Lille II, 2011. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00826936.
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H 1 parvovirus (H-1PV) is a little single stranded DNA virus that preferentially replicates in a lytic manner in transformed cells due to their expression profile that meets the requirements for the activation of H¬ 1 PV life cycle unlike normal cells. This feature is known as oncotropism. H 1PV genome is constituted by two transcriptional units. The first one is driven by the proliferation and transformation dependent P4 promoter and allows the expression of both non structural proteins NS1 and NS2, and the second one controls the expression of both capsid proteins VP1 and VP2 through the activation of P38 promoter. H-1PV life cycle tightly depends on NS1 protein that is involved in crucial events, including viral DNA replication, P38 promoter activation as well as cytotoxicity.NS1 protein is regulated at both transcriptional and post translational levels.My thesis aimed at identifying new determining elements for both of these regulations and characterizing their involvement in both H-1PV life cycle and oncotropism.
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Roussel, Céline. „Etude du rôle des chélateurs calciques sur les oscillations du potentiel membranaire neuronal: approche expérimentale et théorique“. Doctoral thesis, Universite Libre de Bruxelles, 2006. http://hdl.handle.net/2013/ULB-DIPOT:oai:dipot.ulb.ac.be:2013/210854.
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Les neurones sont des cellules excitables capables de coder et transmettre l’information sous forme d’oscillations du potentiel membranaire. Cette activité électrique est produite par une modification des flux ioniques transmembranaires. Les neurones constituent un exemple d’oscillateur cellulaire dont la dynamique non linéaire permet l’apparition d’une activité électrique complexe. Dans ce système, les ions calciques sont des messagers intracellulaires importants. Ils servent de médiateur entre un signal électrique et un signal chimique, par une modulation de l’activité enzymatique de certaines protéines. Ils interviennent dans de nombreuses fonctions neuronales, dont l’excitabilité électrique. Un des mécanismes mis en place par les neurones pour contrôler l’homéostasie du calcium intracellulaire provient de protéines cytoplasmiques capables de lier les ions calciques. Ces protéines jouent un rôle de « tampon » du calcium. Cependant, toutes leurs fonctions n’ont pas encore été mises en évidence. C’est l’objectif de notre travail. Nous avons voulu comprendre le rôle joué par une protéine « tampon » particulière, la calrétinine, sur le mode de décharge électrique d’un neurone où elle est exprimée en abondance, le grain cérébelleux. Pour cela, nous avons utilisé une approche théorique et expérimentale. Au niveau théorique, nous avons élaboré un modèle mathématique de l’activité électrique du grain cérébelleux, prenant en compte la chélation du calcium intracellulaire. Il permet de clarifier le rôle de la chélation du calcium intracellulaire sur les oscillations du potentiel membranaire. La modélisation de l’activité électrique du grain cérébelleux repose sur le formalisme développé par Hodgkin et Huxley pour l’axone géant de calmar. Dans ce contexte, l’application de la conservation de la charge au circuit équivalent de la membrane cellulaire fournit un système d’équations différentielles ordinaires, non linéaires. Dès lors, notre modèle nous a permis d’étudier l’impact des variations de la concentration de chélateur calcique sur les oscillations du potentiel membranaire. Nous avons ainsi pu constater qu’une diminution de la concentration en chélateur calcique induisait une augmentation de l’excitabilité électrique du grain cérébelleux, sans altérer le régime d’oscillations. Par contre, en augmentant fortement la concentration en chélateur calcique, nous avons montré que le grain cérébelleux changeait de dynamique oscillatoire, montrant des transitions d’un mode de décharge périodique régulier vers des oscillations en salve du potentiel membranaire.
Au niveau expérimental, nous avons vérifié les résultats prévus par le modèle théorique. Nous avons ainsi montré que des grains de souris transgéniques déficientes en calrétinine présentaient une excitabilité électrique accrue par rapport aux grains contrôles.
Puis, en restaurant un niveau de chélation calcique normal dans ces grains, par perfusion intracellulaire de chélateur calcique, nous montrons qu’ils retrouvent un niveau d’excitabilité normal. Ensuite, nous avons introduit dans des grains cérébelleux de souris sauvages, une forte concentration en chélateur calcique exogène. Conformément aux résultats théoriques, nous avons pu observer des transitions vers des oscillations en salve du potentiel membranaire. Enfin, nous avons montré que l’absence de calrétinine affecte les paramètres morphologiques du grain cérébelleux des souris transgéniques déficientes en calrétinine.
En conclusion, ces résultats suggèrent que le mode de décharge des cellules excitables peut être modulé d’une façon importante par les protéines liant le calcium. De ce fait, des changements dans le niveau d’expression et/ou dans la localisation subcellulaire des protéines liant le calcium pourraient aussi jouer un rôle critique dans la régulation de processus physiologiques contrôlés par l’excitabilité membranaire. De plus, les mécanismes que nous avons mis en évidence pourraient être à l’origine d’un nouveau principe de régulation de la signalisation dans les circuits neuronaux et pourraient jouer un rôle fonctionnel dans le contrôle du codage de l’information et de son stockage dans le système nerveux central.
Doctorat en sciences, Spécialisation physique
info:eu-repo/semantics/nonPublished
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Le, Treut Guillaume. „Models of chromosome architecture and connection with the regulation of genetic expression“. Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2016. http://www.theses.fr/2016SACLS411/document.
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Plusieurs indices suggèrent que le repliement du chromosome et la régulation de l’expression génétique sont étroitement liés. Par exemple, la co-expression d’un grand nombre de gènes est favorisée par leur rapprochement dans l’espace cellulaire. En outre, le repliement du chromosome permet de faire émerger des structures fonctionnelles. Celles-ci peuvent être des amas condensés et fibrillaires, interdisant l’accès à l’ADN, ou au contraire des configurations plus ouvertes de l’ADN avec quelques amas globulaires, comme c’est le cas avec les usines de transcription. Bien que dissemblables au premier abord, de telles structures sont rendues possibles par l’existence de protéines bivalentes, capable d’apparier des régions parfois très éloignées sur la séquence d’ADN. Le système physique ainsi constitué du chromosome et de protéines bivalentes peut être très complexe. C’est pourquoi les mécanismes régissant le repliement du chromosome sont restés majoritairement incompris.Nous avons étudié des modèles d’architecture du chromosome en utilisant le formalisme de la physique statistique. Notre point de départ est la représentation du chromosome sous la forme d’un polymère rigide, pouvant interagir avec une solution de protéines liantes. Les structures résultant de ces interactions ont été caractérisées à l’équilibre thermodynamique. De plus, nous avons utilisé des simulations de dynamique Brownienne en complément des méthodes théoriques, car elles permettent de prendre en considération une plus grande complexité dans les phénomènes biologiques étudiés.Les principaux aboutissements de cette thèse ont été : (i) de fournir un modèle pour l’existence des usines de transcriptions caractérisées in vivo à l’aide de microscopie par fluorescence ; (ii) de proposer une explication physique pour une conjecture portant sur un mécanisme de régulation de la transcription impliquant la formation de boucles d’ADN en tête d’épingle sous l’effet de la protéine H-NS, qui a été émise suite à l’observation de ces boucles au microscope à force atomique ; (iii) de proposer un modèle du chromosome qui reproduise les contacts mesurés à l’aide des techniques Hi-C. Les conséquences de ces mécanismes sur la régulation de la transcription ont été systématiquement discutéesIncreasing evidences suggest that chromosome folding and genetic expression are intimately connected. For example, the co-expression of a large number of genes can benefit from their spatial co-localization in the cellular space. Furthermore, functional structures can result from the particular folding of the chromosome. These can be rather compact bundle-like aggregates that prevent the access to DNA, or in contrast, open coil configurations with several (presumably) globular clusters like transcription factories. Such phenomena have in common to result from the binding of divalent proteins that can bridge regions sometimes far away on the DNA sequence. The physical system consisting of the chromosome interacting with divalent proteins can be very complex. As such, most of the mechanisms responsible for chromosome folding and for the formation of functional structures have remained elusive.Using methods from statistical physics, we investigated models of chromosome architecture. A common denominator of our approach has been to represent the chromosome as a polymer with bending rigidity and consider its interaction with a solution of DNA-binding proteins. Structures entailed by the binding of such proteins were then characterized at the thermodynamical equilibrium. Furthermore, we complemented theoretical results with Brownian dynamics simulations, allowing to reproduce more of the biological complexity.The main contributions of this thesis have been: (i) to provide a model for the existence of transcrip- tion factories characterized in vivo with fluorescence microscopy; (ii) to propose a physical basis for a conjectured regulatory mechanism of the transcription involving the formation of DNA hairpin loops by the H-NS protein as characterized with atomic-force microscopy experiments; (iii) to propose a physical model of the chromosome that reproduces contacts measured in chromosome conformation capture (CCC) experiments. Consequences on the regulation of transcription are discussed in each of these studies
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Rodrigue, Jacques. „Synthèse de glycomimétiques sélectifs aux protéines se liant aux β-D-galactopyranosides“. Mémoire, 2010. http://www.archipel.uqam.ca/3717/1/M11651.pdf.
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Les composés glycosidiques sont une classe de molécules organiques sous-estimée en chimie médicinale. En effet, la variété de protéines se liant à ce type de molécules est très grande et plusieurs de ces récepteurs sont impliqués dans des processus physiologiques importants tels que l'adhésion cellulaire, la régulation de la croissance, l'apoptose cellulaire et la xénotransplantation. Plusieurs maladies comme le cancer, la fibrose kystique, les infections virales et bactériennes utilisent les interactions glycoside-protéine dans le but d'envahir notre organisme. Le développement de molécules actives basé sur des glycomimétiques aurait l'avantage d'offrir une sélectivité accrue pour un récepteur en particulier selon la nature du glycoside greffé sur l'élément actif. La synthèse de ce type de molécules utilise des réactions de chimie organique moderne telles que des réactions catalysées par transfert de phase, des couplages au palladium (0) de type Sonogashira et Heck ainsi que des réactions spécifiques à la chimie des sucres comme la réaction de propargylation régiosélective impliquant un acétal d'étain. Deux classes d'inhibiteurs ont été synthétisées soient des S-galactosides et lactosides ainsi que des 2-désoxy-C-galactosides. De plus, le développement d'une méthodologie de synthèse de trisaccharides basée sur une réaction d'allylation stéréosélective impliquant un complexe titane-binol a été étudié. Les diverses études réalisées démontrent bien l'efficacité des molécules synthétisées face à divers récepteurs biologiques dont les galectines et la lectine PA-IL de Pseudomonas aeruginosa.
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MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : lectines, fibrose kystique, glycosides, glycomimétigues.
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Hecheima, Michel. „Identification et caractérisation moléculaire des protéines liant l'ARN lors de l'acclimatation au froid chez le blé (Triticum Aestivum L.)“. Mémoire, 2006. http://www.archipel.uqam.ca/1650/1/M9180.pdf.
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Au cours de l'évolution, les espèces vivantes ont dû s'adapter à leur environnement externe afin de pouvoir vivre face aux différents stimuli. De la bactérie jusqu'à l'humain, les organismes qui avaient un avantage évolutif ont pu survivre et assurer la survie de leur espèce. Les plantes sont constamment soumises à des conditions de stress environnementaux qui mettent en péril leur croissance et leur développement. Les basses températures sont parmi ces stress et ils ont un impact économique important au Canada sur les cultures céréalières. Le blé s'acclimate au froid et différents cultivars ont une tolérance au gel variable. Les cultivars de blé d'hiver ont la capacité de résister à une baisse de température allant jusqu'à -27 °C contrairement aux cultivars de printemps. Les gènes modulés par le froid (COR) et leurs régulateurs CBF (Cis repeat Binding Factor) sont des gènes à la base de cette différence de tolérance. Les génotypes de blé qui accumulent le plus les transcrits de CBF1 montrent une plus grande tolérance au froid. Les bases moléculaires expliquant les différences d'expression de CBF sont inconnus. Cela peut être dû à des modifications post-transcriptionelles ou une plus grande stabilité des transcrits. Cette stabilité peut être due aux protéines liant l'ARN. Ces dernières contrôlent aussi plusieurs aspects du métabolisme de l'ARN comme la maturation de ses extrémités, l'épissage, le transport, la localisation et l'efficacité de la traduction. Afin de comprendre le rôle de ces protéines dans la régulation de l'ARN cible, nous avons isolé et séquencé 4 gènes dont leurs protéines contiennent le motif RRM et des domaines auxiliaires riches en glycine. Plusieurs protéines contenant ces domaines auxiliaires sont régulés de façon circadienne tout comme les CBF. L'analyse d'expression démontre que le gène TaGr-rbp était exprimé au cours de l'acclimatation au froid, d'un choc thermique et de stress salin. Un anticorps polyclonal a été obtenu contre la protéine recombinante TaGR-RBP. L'immunobuvardage montre une accumulation jusqu'à 98 jours d'acclimatation chez les cultivars de blé Manitou et Norstar. Le gène a été localisé sur le chromosome 5 du génome du blé. Ce chromosome est reconnu comme porteur de plusieurs gènes impliqués lors de la régulation de la tolérance au gel. Des tests de liaison montrent une intéraction entre la protéine TaGR-RBP et le transcrit de CBF1. L'analyse phylogénique a permis de classifier les gènes isolés du blé dans le sous-groupe des protéines liant l'ARN riche en glycine. Des études de fonction pour surexprimer le gène TaGr-rbp chez les plantes transgéniques sont présentement en cours afin de déterminer la fonction. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Blé, Acclimatation au froid, Stress abiotiques, Protéine liant l'ARN, Protéine riche en glycine.
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Wei, Chih-Chang. „Clonage et caractérisation des protéines liant l'élément de réponse à l'insuline (IREBP) du gène de l'angiotensinogène chez le rat“. Thèse, 2007. http://hdl.handle.net/1866/15428.
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Lefebvre, Jasmine. „Isolement de protéines liant les phospholipides à partir de tissus et du sérum bovins : évidences pour l'implication dans le transport inverse du cholestérol“. Thèse, 2004. http://hdl.handle.net/1866/14784.
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Riols, Mathilde. „Étude de l'effet d'un antagoniste se liant au récepteur à la PTHRP (PTH1R) sur les niveaux d'expression d'ARNm de protéines intervenant dans le transport de calcium via le placenta humain“. Mémoire, 2008. http://www.archipel.uqam.ca/1358/1/M10444.pdf.
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Durant la grossesse, 30 g de calcium de la mère vers le foetus sont transférés à travers
le placenta à raison de 140 mg/Kg/jour pendant le troisième trimestre. Cet apport calcique est primordial au bon développement du foetus notamment dans la formation de ses os et ses dents. De plus, le calcium passant au travers du placenta provient à la fois de la diète maternelle et de la résorption des os maternels afin de subvenir convenablement aux besoins foetaux. Il est donc essentiel que la consommation de calcium par la mère soit suffisante, qu'il y ait une bonne efficacité du transport transplacentaire et que le foetus présente une bonne aptitude à fixer cet ion. Il existe des protéines permettant le transport de calcium comme les canaux TRPV faisant passer le calcium de la circulation maternelle vers le cytoplasme des syncytiotrophoblastes, les CaBPs responsables du transport de calcium dans le cytoplasme, ainsi que la pompe PMCA assurant le transfert du calcium des syncytiotrophoblastes vers la circulation foetale contre le gradient de calcium, aidées potentiellement par l'échangeur Na+/Ca2+. Le but de cette étude est de caractériser la régulation de l'expression de ces protéines responsables du transfert calcique dans le placenta en fonction de la présence ou non de l'action des hormones PTH et PTHrP via le récepteur PTH1R. En effet, ces deux hormones favoriseraient l'expression des protéines à caractère calcium en se liant au récepteur PTH1R. La lignée de cellules de carcinome humain (JEG-3) est traitée ou non avec l'antagoniste aux deux récepteurs PTH (7-34). Les cellules sont traitées pendant 4 jours, et les ARNm sont extraits après 2 et 4 jours de traitement. L'expression des différentes protéines à calcium est quantifiée par PCR en temps réel. On s'attendrait à une diminution de l'expression de celles-ci en absence de signalisation via le récepteur PTH1R puisque PTHrP est un facteur connu pour maintenir le gradient calcique allant de la circulation maternelle à foetale, et que sa concentration dans la circulation augmente fortement au moment où le transport de calcium est à son maximum; et la PTH est également connu pour être un facteur hypercalcémiant. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Placenta, Calcium, Transport, PTH, PTHrP, PTH1R.
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Furic, Luc. „Identification des ARNm liés par les protéines Staufen de mammifères et caractérisation des déterminants structuraux à la base de l'interaction“. Thèse, 2006. http://hdl.handle.net/1866/15238.
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Cappadocia, Laurent. „Étude structurale du mode de liaison des protéines Whirly de plantes à l’ADN monocaténaire“. Thèse, 2010. http://hdl.handle.net/1866/4957.
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Les plantes doivent assurer la protection de trois génomes localisés dans le noyau, les chloroplastes et les mitochondries. Si les mécanismes assurant la réparation de l’ADN nucléaire sont relativement bien compris, il n’en va pas de même pour celui des chloroplastes et des mitochondries. Or il est important de bien comprendre ces mécanismes puisque des dommages à l’ADN non ou mal réparés peuvent entraîner des réarrangements dans les génomes. Chez les plantes, de tels réarrangements dans l’ADN mitochondrial ou dans l’ADN chloroplastique peuvent conduire à une perte de vigueur ou à un ralentissement de la croissance. Récemment, notre laboratoire a identifié une famille de protéines, les Whirly, dont les membres se localisent au niveau des mitochondries et des chloroplastes. Ces protéines forment des tétramères qui lient l’ADN monocaténaire et qui accomplissent de nombreuses fonctions associées au métabolisme de l’ADN. Chez Arabidopsis, deux de ces protéines ont été associées au maintien de la stabilité du génome du chloroplaste. On ignore cependant si ces protéines sont impliquées dans la réparation de l’ADN.
Notre étude chez Arabidopsis démontre que des cassures bicaténaires de l’ADN sont prises en charge dans les mitochondries et les chloroplastes par une voie de réparation dépendant de très courtes séquences répétées (de cinq à cinquante paires de bases) d’ADN. Nous avons également montré que les protéines Whirly modulent cette voie de réparation. Plus précisément, leur rôle serait de promouvoir une réparation fidèle de l’ADN en empêchant la formation de réarrangements dans les génomes de ces organites. Pour comprendre comment les protéines Whirly sont impliquées dans ce processus, nous avons élucidé la structure cristalline d’un complexe Whirly-ADN. Nous avons ainsi pu montrer que les Whirly lient et protègent l’ADN monocaténaire sans spécificité de séquence. La liaison de l’ADN s’effectue entre les feuillets β de sous-unités contiguës du tétramère. Cette configuration maintient l’ADN sous une forme monocaténaire et empêche son appariement avec des acides nucléiques de séquence complémentaire. Ainsi, les protéines Whirly peuvent empêcher la formation de réarrangements et favoriser une réparation fidèle de l’ADN. Nous avons également montré que, lors de la liaison de très longues séquences d’ADN, les protéines Whirly peuvent s’agencer en superstructures d’hexamères de tétramères, formant ainsi des particules sphériques de douze nanomètres de diamètre. En particulier, nous avons pu démontrer l’importance d’un résidu lysine conservé chez les Whirly de plantes dans le maintien de la stabilité de ces superstructures, dans la liaison coopérative de l’ADN, ainsi que dans la réparation de l’ADN chez Arabidopsis. Globalement, notre étude amène de nouvelles connaissances quant aux mécanismes de réparation de l’ADN dans les organites de plantes ainsi que le rôle des protéines Whirly dans ce processus.Plants must protect the integrity of three genomes located respectively in the nucleus, the chloroplasts and the mitochondria. Although DNA repair mechanisms in the nucleus are the subject of multiple studies, little attention has been paid to DNA repair mechanisms in chloroplasts and mitochondria. This is unfortunate since mutations in the chloroplast or the mitochondrial genome can lead to altered plant growth and development. Our laboratory has identified a new family of proteins, the Whirlies, whose members are located in plant mitochondria and chloroplasts. These proteins form tetramers that bind single-stranded DNA and play various roles associated with DNA metabolism. In Arabidopsis, two Whirly proteins maintain chloroplast genome stability. Whether or not these proteins are involved in DNA repair has so far not been investigated. Our studies in Arabidopsis demonstrate that DNA double-strand breaks are repaired in both mitochondria and chloroplasts through a microhomology-mediated repair pathway and indicate that Whirly proteins affect this pathway. In particular, the role of Whirly proteins would be to promote accurate repair of organelle DNA by preventing the repair of DNA double-strand breaks by the microhomology-dependant pathway. To understand how Whirly proteins mediate this function, we solved the crystal structure of Whirly-DNA complexes. These structures show that Whirly proteins bind single-stranded DNA with low sequence specificity. The DNA is maintained in an extended conformation between the β-sheets of adjacent protomers, thus preventing spurious annealing with a complementary strand. In turn, this prevents formation of DNA rearrangements and favors accurate DNA repair. We also show that upon binding long ssDNA sequences, Whirly proteins assemble into higher order structures, or hexamers of tetramers, thus forming spherical particles of twelve nanometers in diameter. We also demonstrate that a lysine residue conserved among plant Whirly proteins is important for the stability of these higher order structures as well as for cooperative binding to DNA and for DNA repair. Overall, our study elucidates some of the mechanisms of DNA repair in plant organelles as well as the roles of Whirly proteins in this process.