Auswahl der wissenschaftlichen Literatur zum Thema „Processus épidémique“

L’auteur présente chez un patient obsessionnel suivi en analyse depuis plusieurs années l’incidence des périodes de confinement et déconfinement lors de l’épidémie de Covid-19 sur sa symptomatologie. La paradoxalité de l’amélioration sous la contrainte du confinement est soulignée. La reprise du processus thérapeutique, auparavant indéfiniment distancié, a permis, plusieurs mois après le déconfinement, d’aborder des problématiques existentielles libératrices. La résolution progressive de ses troubles en lien avec sa gémellité est enfin envisageable.

L’épidémie de Covid-19, au-delà de mettre en évidence l’obésité comme facteur pronostique important, modifie grandement la prise en charge de cette maladie chronique. L’expérimentation article 51 Espace médical nutrition et obésité (EMNO) a dû intégrer des outils numériques pour maintenir les parcours de soins. Cette démarche a également été enrichie par l’apport d’un outil d’éducation thérapeutique digital. L’ensemble du processus de prise en charge a ainsi été réalisé malgré la situation, avec un retour très positif des patients inclus dans l’expérimentation. En contexte épidémique, le maintien des parcours de soins d’une maladie chronique comme l’obésité peut ainsi être assuré avec l’apport du numérique tout en dépassant le simple cadre de la téléconsultation et du suivi en y associant une approche pédagogique digitale.

Depuis décembre 2019 le monde a dû faire face à une nouvelle maladie nommée : Covid-19. Sa dissémination rapide a imposé à l’Organisation mondiale de la santé de déclarer le statut de pandémie mondiale. La réponse des services d’urgence français à cette catastrophe sanitaire était cruciale. Elle a dû intégrer la notion d’urgence inhérente à la multiplication des nouveaux cas, mais également la nécessité d’une réponse organisée et d’une modulation continuelle de celle-ci sur une période jusqu’alors inconnue. Nous présentons dans cet article un schéma d’organisation et un retour d’expérience, d’un service d’urgence de centre hospitalier universitaire (CHU), établissement de santé de référence (ESR) pour le risque épidémique et biologique pour faire face à l’épidémie. Nous exposons les grandes lignes d’une réorganisation structurelle de notre service, la modification du circuit patient en amont de la filière des urgences et en aval, mais également la modification de nos pratiques de soins. Cette réorganisation a dû prendre en compte la notion de contagiosité avec la nécessité d’une séparation précoce en deux filières de soins, effectuée grâce à un processus de prétriage et de triage en amont de la filière. L’un des points clés de cette organisation a été l’évolutivité des définitions des cas suspects au cours du temps et au gré de l’évolution de la connaissance de ce virus et de sa dissémination. Cela a nécessité une adaptabilité de notre filière et une réévaluation quasi quotidienne de cette organisation associée à une information, une formation et un entraînement du personnel de cette structure.

Résumé Le sida, la syphilis et la stigmatisation La genèse des politiques et des préjugés Cet article présente certaines similitudes et différences entre l'épidémie de syphilis vénérienne, survenue à la fin du XVe et au début du XVIe siècle et celle de sida de la dernière décennie. L'auteur tente de démontrer que la stigmatisation des gens atteints du sida est un processus syntaxique du langage qui prend racine dans la précédente épidémie de syphilis et qui oriente la façon de penser et la formulation de politiques. Les individus stigmatisés servent à renforcer une idéologie de plus en plus problématique qui fait appel simultanément à la désapprobation divine et à la décadence morale. Les exemples sont tirés de récentes décisions du gouvernement de la Colombie-Britannique.

Les opérateurs de systèmes d’assainissement ont activement contribué, avec leurs partenaires scientifiques, aux travaux destinés à mieux comprendre et lutter contre l’extension de la pandémie de Covid- 19. Les études menées dans l’urgence depuis la fin de 2019 ont rapidement permis de quantifier l’ARN du SARS-CoV-2 dans ces systèmes, évaluer la performance d’abattement du virus par les traitements, étudier sa viabilité dans les milieux, et tester la faisabilité d’une surveillance épidémiologique via la quantification de l’ARN du virus dans les eaux usées. Malgré les fortes concentrations d’ARN viral mesurées pendant les pics épidémiques, pouvant atteindre plusieurs millions de copies de génome par litre, les résultats disponibles à ce jour indiquent une absence de détection de forme viable de ce virus dans les eaux usées, et les mesures de génome viral indiquent une performance d’abattement très significative des filières de traitement des eaux et des boues. Ces études mettent ainsi en évidence le rôle essentiel des systèmes d’assainissement en tant que barrière à la diffusion de SARS-CoV-2 dans l’environnement, tout en soulignant le potentiel offert par les eaux usées dans la surveillance de la circulation de maladies infectieuses dans les populations raccordées à ces systèmes. Des travaux sont toutefois encore nécessaires, notamment pour confirmer l’absence de SARSCoV- 2 infectieux dans les réseaux d’assainissement, standardiser les méthodes analytiques afin de rendre comparables les résultats des laboratoires entre eux, et mieux caractériser la relation entre concentration de l’ARN du virus dans les eaux usées et indicateurs épidémiologiques, afin de pouvoir estimer le taux d’infection dans une population à partir d’une quantification dans les eaux usées.

Epidemiological modelling and epidemic threshold analysis in the networks are widely used for the control and prediction of infectious disease spread. Therefore, the prediction of the epidemic threshold in networks is a challenge in epidemiology where the contact network structure fundamentally influences the dynamics of the spread. In this paper, we design and experiment a new general structural and spectral prediction approach of the epidemic threshold. This more captures the full network structure using the number of nodes, the spectral radius, and the energy of graph. With data analytic and data visualization technics, we drive simulations overall on 31 different types and topologies networks. The simulations show similar qualitative and quantitative results between the new structural prediction approach of the epidemic threshold values compared to the earlier MF, HMF and QMF widely used benchmark approaches. The results show that the new approach is similar to the earlier one, further captures the full network structure, and is also accurate. The new approach offers a new general structural and spectral area to analyse the spreading processes in a network. The results are both fundamental and practical interest in improving the control and prediction of spreading processes in networks. So these results can be particularly significant to advise an effective epidemiological control policy. La modélisation épidémiologique et l'analyse du seuil épidémique dans les réseaux sont largement utilisées pour le contrôle et la prévision de la propagation des maladies infectieuses. Par conséquent, la prédiction du seuil épidémique dans les réseaux est un challenge en épidémiologie où la structure du réseau de contact influence fondamentalement la dynamique de la propagation. Dans cet article, nous concevons et expérimentons une nouvelle approche générale de prédiction structurelle et spectrale du seuil épidémique. Cette approche capture davantage la structure complète du réseau en utilisant le nombre de nœuds, le rayon spectral et l'énergie du graphe. Grâce à des techniques d'analyse et de visualisation des données, nous effectuons des simulations sur 31 types et topologies de réseaux différents. Les simulations montrent des résultats qualitatifs et quantitatifs similaires entre la nouvelle approche de prédiction structurelle des valeurs seuils épidémiques et les approches de référence MF, HMF et QMF largement utilisées précédemment. Les résultats montrent que la nouvelle approche est similaire à la précédente, qu'elle capture davantage la structure complète du réseau et qu'elle est également précise. La nouvelle approche offre un nouveau domaine structurel et spectral général pour analyser les processus de diffusion dans un réseau. Les résultats présentent un intérêt à la fois fondamental et pratique pour l'amélioration du contrôle et de la prévision des processus de propagation dans les réseaux. Ces résultats peuvent donc être particulièrement importants pour être support d'une politique de contrôle épidémiologique efficace.

En l’an vingt-deux de l’ère Jian’an, une épidémie dévastatrice a sévi, laissant une empreinte profonde sur le paysage littéraire en emportant cinq des Sept Lettrés de Jian’an. Cet événement majeur, souvent négligé dans les récits historiques, a durablement marqué l’histoire littéraire.Cette étude explore la réflexion de Cao Pi sur l’immortalité à travers l’écriture, en examinant dans quelle mesure sa rétrospection nostalgique vers les membres de son cénacle perdus lors de cette épidémie a contribué à la remémoration et à la « fabrique » de l’ère littéraire Jian’an dans l’histoire chinoise, tout en anticipant les prémices de la critique littéraire. Elle met en évidence que ce processus est collectif, impliquant à la fois les auteurs de l’ère Jian’an et les lettrés des Six Dynasties qui les commémorent, imitent, réinventent, évaluent, révisent et compilent, cherchant à perpétuer leur mémoire tout en enrichissant leur propre écriture, pour lutter contre la mort et prévenir l’oubli.

Contexte : Dans la majeure partie de l'Afrique, la maladie mentale est considérée comme une épidémie silencieuse en raison d'obstacles structurels et systémiques tels qu'une infrastructure de soins de santé inadéquate, un nombre insuffisant de spécialistes de la santé mentale, la stigmatisation et la discrimination liées à la maladie mentale et le manque d'accès à tous les niveaux de soins. La souffrance et l'invalidité continues dues à la maladie mentale nécessitent de nouveaux traitements et une recherche continue dans le domaine du traitement et de la thérapie de la santé mentale. Les comités d'éthique de la recherche sont conscients de l'importance de cet aspect, mais la route vers cet avenir innovant est semée de dilemmes éthiques ainsi que de questions éthiques, juridiques et des implications sociales. Il y a un besoin urgent d'avoir des lignes directrices qui guident l'éthique de la recherche impliquant des participants en santé mentale. Méthodes : : Des lignes directrices ont été élaborées pour l'examen éthique des protocoles de recherche en santé mentale dans le but d'accroître l'équité et l'accès à la santé en Afrique et dans d'autres pays à faible revenu. Nous avons analysé systématiquement 13 outils d'évaluation de programmes, de recherche et de politiques à la lumière de la santé mentale et des attributs culturels. Résultats: Un outil d'évaluation de 54 items a été créé pour guider le processus d'évaluation du protocole de recherche en santé mentale en tenant compte des facteurs éthiques, de genre et socioculturels en Afrique. Conclusions: Les thèmes émergents, à savoir la gouvernance de la recherche, le contexte et la justification, la méthodologie et l'impact éthique de la recherche qui constituent la base de l'outil d'évaluation, sont liés aux principes bioéthiques de respect de l'autonomie, de bienfaisance, de non-malfaisance et de justice. Lorsqu'ils sont appliqués à l'évaluation d'une étude, ils ne font pas que souligner ces principes, ils améliorent leur application et augmentent l'accès à une santé équitable en Afrique et dans d'autres milieux à faibles ressources, quels que soient les contextes variés. Mots-clés : Bioéthique, Santé mentale, Éthique de la recherche, Examen éthique ; genre

Clostridium difficile est une bactérie entéropathogène responsable de diarrhées nosocomiales post-antibiotiques et de colites pseudomembraneuses. Ces dernières années, l'incidence et la gravité des infections à C. difficile ont significativement augmenté en Amérique et en Europe. Cette évolution semble être liée à l'émergence puis à la dissémination très rapide d'un clone particulièrement virulent de PCR-ribotype 027. Les facteurs de virulence majeurs de C. difficile sont les toxines TcdA et TcdB qui sont responsables des lésions intestinales. Cependant, l'étape de colonisation de l'intestin par la bactérie est considérée comme un pré-requis à l'infection. Afin de mieux comprendre les mécanismes d'hypervirulence de la souche 027, nous nous sommes focalisés sur l'étude du processus de colonisation intestinal de cette souche en le comparant à celui de la souche non épidémique 630∆erm. Dans un premier temps, nous avons étudié le rôle de la protéine de liaison à la fibronectine FbpA. La caractérisation in vitro et in vivo d'un mutant d'inactivation de fbpA, nous a permis de montrer l'implication de cette protéine dans le processus de colonisation de la souche non épidémique 630∆erm. La difficulté à obtenir un mutant dans la souche épidémique 027 R20291 ne nous a pas permis de comparer les propriétés adhésives de FbpA entre les deux souches. Dans un deuxième temps, nous avons étudié les caractéristiques des protéines flagellaires FliC, FliD, FlgE et MotB. Nous avons montré que les flagelles agissent en tant qu'adhésines chez la souche 027 et que ce rôle est moins important chez la souche 630∆erm. Nous avons également montré que les flagelles sont impliqués dans des processus cellulaires autres que l'adhésion et la colonisation. Selon une étude transcriptomique d'un mutant ∆FliC de la souche 027 R20291, il s'est avéré que la flagelline est aussi impliquée dans la production de toxines, la sporulation et dans l'adaptation de la bactérie aux conditions de stress. Une étude complémentaire serait nécessaire afin de mieux comprendre le système de régulation qui régi ces différents processus cellulaires.Finalement, nous avons effectué une analyse transcriptomique de la cinétique de colonisation in vivo de la souche 027. L'étude a révélé l'expression précoce des gènes de toxines et de sporulation au cours du processus d'infection. Elle nous a également permis d'identifier des gènes spécifiques à la souche 027 qui sont exprimés lors du processus infectieux. Ces gènes pourraient éventuellement être impliqués dans la virulence de C. difficile 027 et pourraient constituer de nouvelles pistes d'étude.

Clostridium difficile est une bactérie entéropathogène responsable de diarrhées nosocomiales post-antibiotiques et de colites pseudomembraneuses. Ces dernières années, l'incidence et la gravité des infections à C. difficile ont significativement augmenté en Amérique et en Europe. Cette évolution semble être liée à l'émergence puis à la dissémination très rapide d'un clone particulièrement virulent de PCR-ribotype 027. Les facteurs de virulence majeurs de C. difficile sont les toxines TcdA et TcdB qui sont responsables des lésions intestinales. Cependant, l’étape de colonisation de l’intestin par la bactérie est considérée comme un pré-requis à l’infection. Afin de mieux comprendre les mécanismes d’hypervirulence de la souche 027, nous nous sommes focalisés sur l’étude du processus de colonisation intestinal de cette souche en le comparant à celui de la souche non épidémique 630∆erm. Dans un premier temps, nous avons étudié le rôle de la protéine de liaison à la fibronectine FbpA. La caractérisation in vitro et in vivo d’un mutant d’inactivation de fbpA, nous a permis de montrer l’implication de cette protéine dans le processus de colonisation de la souche non épidémique 630∆erm. La difficulté à obtenir un mutant dans la souche épidémique 027 R20291 ne nous a pas permis de comparer les propriétés adhésives de FbpA entre les deux souches. Dans un deuxième temps, nous avons étudié les caractéristiques des protéines flagellaires FliC, FliD, FlgE et MotB. Nous avons montré que les flagelles agissent en tant qu’adhésines chez la souche 027 et que ce rôle est moins important chez la souche 630∆erm. Nous avons également montré que les flagelles sont impliqués dans des processus cellulaires autres que l’adhésion et la colonisation. Selon une étude transcriptomique d’un mutant ∆FliC de la souche 027 R20291, il s’est avéré que la flagelline est aussi impliquée dans la production de toxines, la sporulation et dans l’adaptation de la bactérie aux conditions de stress. Une étude complémentaire serait nécessaire afin de mieux comprendre le système de régulation qui régi ces différents processus cellulaires.Finalement, nous avons effectué une analyse transcriptomique de la cinétique de colonisation in vivo de la souche 027. L’étude a révélé l’expression précoce des gènes de toxines et de sporulation au cours du processus d’infection. Elle nous a également permis d’identifier des gènes spécifiques à la souche 027 qui sont exprimés lors du processus infectieux. Ces gènes pourraient éventuellement être impliqués dans la virulence de C. difficile 027 et pourraient constituer de nouvelles pistes d’étude
Clostridium difficile is an enteropathogenic bacterium that causes post-antibiotic nosocomial diarrhea and pseudomembranous colitis. During the last decade, the incidence and the severity of C. difficile infections have significantly increased in America and Europe. This evolution seems to be related to the emergence and to the rapid dissemination of a particularly virulent clone of PCR-ribotype 027. The main virulence factors of C. difficile are the TcdA and TcdB cytotoxins which are responsible for intestinal lesions. However, the intestinal colonization by the bacterium is considered as an indispensible step for infection.To better understand the hypervirulence mechanisms of strain 027, we focused on the study of intestinal colonization process of this strain compared to the colonization process of the non-epidemic strain 630Δerm. First, we studied the role of the fibronectin binding protein FbpA. In vitro and in vivo characterization of a mutant FbpA showed the involvement of this protein in the colonization process of the non-epidemic strain 630Δerm. The difficulty of obtaining a mutant in the epidemic strain R20291 027 does not allow us to compare the adhesive properties of FbpA between the two strains.In a second step, we studied the characteristics of flagellar proteins FliC, FliD, FlgE and MotB. We showed that the flagella have a role in the adhesion and colonization of strain 027 and that this role is less important in strain 630Δerm. We also showed that flagella are involved in other cellular processes than adhesion and colonization. A transcriptomic study of a FliC mutant in 027 R20291 shows that flagellin is also involved in toxin production, sporulation and in the adaptation of bacteria to stress conditions. Further study should be performed to better understand the regulation system that governs these different cellular processes. Finally, we performed a transcriptomic analysis of the kinetic of in vivo colonization of the 027 R20291 strain. The study revealed a very early expression of toxin and sporulation genes during the first stages of the infection process. This analysis also allowed us to identify some genes, specific to 027 strains, which appeared regulated during the infection process. These genes could be involved in the virulence of C. difficile 027 strains and could provide new issues of study to better understand C. difficile virulence

L'objectif principal de cette thèse est r analyse conjointe de la dynamique endémo-épidémique récente de la méningite cérébrospinale au Mali en relation avec les distorsions géographiques de qualité de la surveillance épidémiologique. Dans un premier temps, les modifications profondes du système de santé malien au cours de la décennie 1990 et du début des années 2000, sont confrontées à la reproduction du système de soins et de certaines configurations spatiales spécifiques à cet Etat sahélien. Dans un deuxième temps, sont examinées les conditions de possibilité d'un discours géographique sur la méningite cérébrospinale dans un contexte de pluralisme thérapeutique tel que celui du Mali, qui ne fonde la détection des cas que sur le seul système institutionnel de soins. Dans un troisième temps, la persistance et la diffusion spatiale de la méningite cérébrospinale au Mali sont évaluées, dans le but de contribuer au débat sur les stratégies vaccinales de riposte à la maladie.

Cette thèse regroupe quelques travaux concernant des problèmes de rupture pour des processus stochastiques. Dans la première partie, nous nous intéressons au problème d'estimation, à partir de [dollar]n[dollar] observations indépendantes d'un processus de Poisson non-homogène, de la position de ce que nous appelons une rupture lisse (un endroit où la fonction d'intensité du processus passe d'un niveau à un autre d'une manière continue, mais sur un intervalle tellement petit, que sa longueur [dollar]delta_n[dollar] peut être considérée comme convergeant vers~[dollar]0[dollar]). Nous montrons que dans le cas où [dollar]delta_n[dollar] converge vers [dollar]0[dollar] moins vite que [dollar]1/n[dollar] (cas lent), notre modèle est localement asymptotiquement normal (avec une vitesse non standard), et que dans le cas où [dollar]delta_n[dollar] converge vers [dollar]0[dollar] plus vite que [dollar]1/n[dollar] (cas rapide), notre modèle est non régulier et se comporte comme un modèle de rupture classique. Tous ces résultats sont obtenus en utilisant la méthode d'analyse de rapport de vraisemblance de Ibragimov et Khasminskii, qui garantit également la convergence des moments des estimateurs considérés. Par contre, pour pouvoir appliquer cette méthode dans le cas rapide, nous avons dû d'abord l'adapter à la topologie [dollar]M_1[dollar] sur l'espace de Skorokhod des fonctions càdlàg, ainsi que développer quelques outils pour l'étude de convergence des fonctions dans cette topologie. La deuxième partie de la thèse traite de la détection de rupture dans la régularité höldérienne. Nous étudions la détection de rupture épidémique dans la régularité d'un [dollar]n[dollar]-échantillon de fonctions aléatoires i.i.d. de régularité höldérienne globale [dollar]alpha[dollar] sous l'hypothèse nulle. Sous l'hypothèse alternative, un segment d'échantillon de localisation et de longueur [dollar]l^star
This Ph.D. thesis gathers some works concerning change-point problems for stochastic processes. In Part one, we are interested in the problem of the estimation, from [dollar]n[dollar] independent observations of an inhomogeneous Poisson process, of the location of what we call a smooth change-point (a point in which the intensity function of the process switches from one level to another smoothly, but over such a small interval, that its length [dollar]delta_n[dollar] can be considered as converging to~[dollar]0[dollar]). We show that in the case where [dollar]delta_n[dollar] goes to zero slower than [dollar]1/n[dollar] (slow case), our model is locally asymptotically normal (though with an unusual rate), and that in the case where [dollar]delta_n[dollar] goes to zero faster than [dollar]1/n[dollar] (fast case), our model is non-regular and behaves like a classic change-point model. All these results are obtained using the likelihood ratio analysis method of Ibragimov and Khasminskii, which equally yields the convergence of moments of the considered estimators. However, in order to apply this method in the fast case, we first had to adapt it to the topology [dollar]M_1[dollar] on the Skorokhod space of càdlàg functions, as well as to develop some tools for the study of convergence of functions in this topology. The Part two deals with the detection of a change in the Hölder regularity. We study the detection of an epidemic change in the regularity of an [dollar]n[dollar]-sample of i.i.d. random functions with Hölder regularity [dollar]alpha[dollar] under null hypothesis. Under the alternative hypothesis, a segment of the sample of an unknown location and length [dollar]l^star

Dans cette thèse nous contribuons à répondre aux questions sur les processus dynamiques sur réseaux temporels. En particulier, nous etudions l'influence des représentations de données sur les simulations des processus épidémiques, le niveau de détail nécessaire pour la représentation des données et sa dépendance des paramètres de la propagation de l'épidémie. Avec l'introduction de la matrice de distributions du temps de contacts nous espérons pouvoir améliorer dans le futur la précision des prédictions des épidémies et des stratégies d'immunisation en intégrant cette représentation des données aux modèles d'épidémies multi-échelles. De plus nous montrons comment les processus épidémiques dynamiques sont influencés par les propriétés temporelles des données
In this thesis we contribute to provide insights into questions concerning dynamic epidemic processes on data-driven, temporal networks. In particular, we investigate the influence of data representations on the outcome of epidemic processes, shedding some light on the question how much detail is necessary for the data representation and its dependence on the spreading parameters. By introducing an improvement to the contact matrix representation we provide a data representation that could in the future be integrated into multi-scale epidemic models in order to improve the accuracy of predictions and corresponding immunization strategies. We also point out some of the ways dynamic processes are influenced by temporal properties of the data

Nous étudions un modèle SIR à deux niveaux de mélange, à savoir un niveau global uniformément mélangeant, et un niveau local divisé en deux couches de contacts au sein des foyers et lieux de travail, respectivement. Nous cherchons à développer des modèles réduits qui approchent bien cette dynamique épidémique, tout en étant plus maniables pour l’analyse numérique et/ou théorique.D'abord, nous analysons l’impact épidémique de la distribution des tailles des lieux de travail. Notre étude par simulations montre que, si la moyenne de la distribution des tailles de lieux de travail est fixée, sa variance est un bon indicateur de son influence sur des caractéristiques clés de l’épidémie. Cela nous permet de proposer des stratégies de télétravail efficaces. Ensuite, nous montrons qu’un modèle SIR déterministe, uniformément mélangeant, calibré sur le taux de croissance épidémique fournit une approximation parcimonieuse de l'épidémie.Néanmoins, la précision de ce modèle réduit décroît au cours du temps et n'a pas de garanties théoriques. Nous étudions donc la limite grande population du modèle stochastique à foyers et lieux de travail, que nous formalisons comme un processus à valeur mesure dont l’espace de types est continu. Nous établissons sa convergence vers l’unique solution déterministe d’une équation à valeur mesure. Dans le cas où les périodes infectieuses sont exponentiellement distribuées, une réduction plus forte vers un système dynamique fini-dimensionnel est obtenue.De plus, une étude de sensibilité nous permet de comprendre l’impact des paramètres du modèle sur la performance de ces deux modèles réduits. Nous montrons que la limite grande population du modèle foyer-travail permet de bien approcher l’épidémie, même si certaines hypothèses sur le réseau de contact sont relâchées. De même, nous quantifions l’impact des paramètres épidémiques sur la capacité du modèle réduit uniformément mélangeant à prédire des caractéristiques clés de l’épidémie.Enfin, nous considérons plus généralement des processus de population densité-dépendants. Nous établissons une formule tous-pour-un qui réduit la lignée typique d’un individu échantillonné à un processus spinal inhomogène en temps. Par ailleurs, nous quantifions par couplage la convergence en grande population d'une construction spinale
We study an SIR model with two levels of mixing, namely a uniformly mixing global level, and a local level with two layers of household and workplace contacts, respectively. More precisely, we aim at proposing reduced models which approximate well the epidemic dynamics at hand, while being more prone to mathematical analysis and/or numerical exploration.We investigate the epidemic impact of the workplace size distribution. Our simulation study shows that if the average workplace size is kept fixed, the variance of the workplace size distribution is a good indicator of its influence on key epidemic outcomes. In addition, this allows to design an efficient teleworking strategy. Next, we demonstrate that a deterministic, uniformly mixing SIR model calibrated using the epidemic growth rate yields a parsimonious approximation of the household-workplace model.However, the accuracy of this reduced model deteriorates over time and lacks theoretical guarantees. Hence, we study the large population limit of the stochastic household-workplace model, which we formalize as a measure-valued process with continuous state space. In a general setting, we establish convergence to the unique deterministic solution of a measure-valued equation. In the case of exponentially distributed infectious periods, a stronger reduction to a finite dimensional dynamical system is obtained.Further, in order to gain a finer insight on the impact of the model parameters on the performance of both reduced models, we perform a sensitivity study. We show that the large population limit of the household-workplace model can approximate well the epidemic even if some assumptions on the contact network are relaxed. Similarly, we quantify the impact of epidemic parameters on the capacity of the uniformly mixing reduced model to predict key epidemic outcomes.Finally, we consider density-dependent population processes in general. We establish a many-to-one formula which reduces the typical lineage of a sampled individual to a time-inhomogeneous spinal process. In addition, we use a coupling argument to quantify the large population convergence of a spinal process

On s’intéresse à la modélisation mathématique de dynamiques de populations sur des réseaux d’échange de bovins couplées avec des processus épidémiques.On discute tout d’abord de modèles de métapopulations prenant en compte des dynamiques démographiques locales (immigration, naissances, morts et mouvements d’animaux dus aux échanges entre les nœuds du réseau). Des critères de stabilité sont établis pour des modèles markoviens dans lesquels les dynamiques locales sont déterministes et les transferts entre nœuds sont stochastiques, pour un processus de branchement multitype avec immigration et pour un processus de sauts à espace d'états finis à taux logistiques. Dans les deux derniers cas, on étudie les limites d'échelle des processus en temps fini ainsi que leur stabilité sur des échelles de temps exprimées comme fonctions exponentielles du paramètre d'échelle.Dans une deuxième partie, on réalise un couplage des modèles de sauts considérés avec un processus épidémique SIR (Susceptible --- Infecté --- Rétabli), rendant compte de contacts infectieux locaux et de la propagation d’un pathogène dans le réseau au gré des mouvements d’animaux entre les nœuds. On établit une approximation du processus épidémique par un processus de branchement multitype sur des intervalles de temps fini, puis l'on fournit une méthode de calcul approché de la probabilité d'un épisode épidémique majeur, défini comme l'événement de survie du branchement approchant. On montre ensuite que dans le cas d’un événement épidémique majeur et sous contrainte de stabilité d’un équilibre endémique pour un système déterministe associé, le temps d’extinction de l’épidémie et sa taille totale évoluent de façon au moins exponentielle par rapport au paramètre d’échelle du modèle.On effectue enfin une application numérique des résultats théoriques obtenus sur le modèle SIR couplé avec des dynamiques de population logistiques. On calibre les paramètres démographiques de ce modèle sur le réseau d’échanges de bovins du Finistère observé sur l’année 2015, puis l'on calcule plusieurs indicateurs de la vulnérabilité du réseau induite par les différentes exploitations. Une procédure est détaillée afin de comparer l'efficacité relative de trois types de stratégies de contrôle (dépistage à l’importation, isolation et vaccination) ciblant les exploitations identifiées comme critiques vis-à-vis des indicateurs calculés
This thesis discusses the mathematical modelling of population dynamics on cattle trade networks coupled with epidemic processes.We first consider metapopulation models taking into account local demographic dynamics (immigration, births, deaths and animal movements due to trade between the nodes of the network). Recurrence and ergodicity criteria are stated for Markovian models with deterministic local dynamics and stochastic inter-nodal transferts, for a multitype branching process with immigration and for a jump process with logistic rates on a finite state space. In these last two cases, we study scaling limits of processes over finite time intervals and their stability over time scales that are exponentials of the scaling parameter.In a second part, we define a coupling of the jump population models considered with an SIR (Susceptible --- Infected --- Removed) epidemic dynamics. The resulting process accounts for local infectious contacts and pathogen propagation on the network due to movements of infective animals. We approximate the epidemic process by a multitype branching process on finite time intervals, then provide an iterative method to compute the probability of a emph{major epidemic outbreak}, defined as the event of survival of the approximating branching process. We then show that conditionally on a major epidemic outbreak and under a stability condition for an endemic equilibrium of the associated dynamical system, the extinction time and final size of the epidemic grow at least exponentially with respect to the scaling parameter of the model.We finally perform a numerical application of the theoretical results obtained on the SIR model coupled with logistic population dynamics. Calibrating the demographical model parameters on the 2015 Finistère cattle trade network, we compute indicators of the epidemic vulnerability of the network induced by individual holdings. We detail a protocol to assess the relative efficiency of three types of control strategies (screening at importation, isolation and vaccination) targeting the holdings identified as critical for the computed indicators

Ce manuscrit de thèse vise à étudier la transmission de la fièvre typhoïde à Mayotte en utilisant des approches de modélisation mathématique. Nous introduisons tout d'abord le contexte de notre étude, les problématiques associées et les objectifs de la thèse. Un état de l'art sur la modélisation mathématique de la transmission de la fièvre typhoïde est présenté, mettant en évidence la spécificité de notre approche. Nous proposons un modèle initial en deux versions, déterministe et stochastique, pour décrire la dynamique de transmission de la maladie à Mayotte. Nous explorons le comportement du modèle à travers des simulations numériques dans différents scénarios, en mettant en évidence les facteurs clés de la transmission. Cependant, en raison des limitations du jeu de données disponibles, nous proposons un modèle stochastique simplifié et une méthode d'estimation paramétrique. Cette approche nous permet d'ajuster le modèle aux données disponibles et d'estimer les caractéristiques clés de la transmission de la fièvre typhoïde à Mayotte. En enrichissant notre modèle, nous introduisons de nouvelles extensions. Nous incluons un compartiment pour les individus exposés, prenant en compte la durée d'incubation de la maladie. Les propriétés théoriques de ce modèle sont étudiées et illustrées par des simulations numériques. De plus, nous proposons une méthodologie d'estimation des paramètres adaptée à ce nouveau modèle, et des simulations numériques ont été réalisées pour évaluer la performance de notre approche d'estimation. Nous examinons ensuite l'impact de la pluviométrie sur la transmission de la fièvre typhoïde à Mayotte, en utilisant des données publiques de précipitations. Nous identifions une saisonnalité de la pluie et estimons les paramètres du modèle sous différents régimes. Les résultats soulignent l'importance de cette variable météorologique dans la propagation de l'épidémie.Ce manuscrit ouvre des perspectives de recherche, telles que l'extension du modèle à d'autres maladies infectieuses présentes à Mayotte et sa généralisation à d'autres territoires. Ces travaux contribueront à une meilleure compréhension et gestion des maladies infectieuses à Mayotte et dans d'autres régions similaires
The aim of this thesis manuscript is to study the transmission of typhoid fever in Mayotte using mathematical modelling approaches. We first introduce the context of our study, the associated issues, and the objectives of the thesis. A state-of-the-art review on mathematical modeling of typhoid fever transmission is presented, highlighting the specificity of our approach. We propose an initial model in two versions, deterministic and stochastic, to describe the transmission dynamics of the disease in Mayotte. We explore the behavior of the model through numerical simulations in different scenarios, highlighting key factors of transmission. However, due to the limitations of the available dataset, we propose a simplified stochastic model and a parametric estimation method. This approach enables us to fit the model to the available data and to estimate the key characteristics of typhoid fever transmission in Mayotte. In enriching our model, we are introducing new extensions. We include a compartment for individuals exposed, taking into account the incubation period of the disease. The theoretical properties of this model are studied and illustrated by numerical simulations. In addition, we propose a parameter estimation methodology adapted to this new model, and numerical simulations have been carried out to evaluate the performance of our estimation approach. We then examine the impact of rainfall on the transmission of typhoid fever in Mayotte, using publicly available precipitation data. We identify rainfall seasonality and estimate model parameters under different regimes. The results highlight the importance of this meteorological variable in the spread of the epidemic.This manuscript opens up research perspectives, such as the extension of the model to other infectious diseases present in Mayotte and its generalisation to other territories. This work will contribute to a better understanding and management of infectious diseases in Mayotte and other similar regions

En 2018, lors du congrès mondial sur les pratiques d’accompagnement à la résilience, le docteur David Alexander, spécialiste de la prévention des risques et des catastrophes depuis 1980, présentait les principales catastrophes naturelles qui guettaient l’Europe, dont le risque épidémique, et préconisait des mesures d’évaluation et d’accompagnement éducatif à l’atténuation des risques en vue de préparer des nations « résilientes » à partir de l’exemple du programme INSPIRE. En appui sur nos travaux axés sur la résilience culturelle auprès d’adolescents dits « empêchés de penser », ancrés sur la vision de ce que doivent être les nations résilientes pour 2030 (cf. ONEDUC, UNESCO, agenda mondial en éducation 2030), nous travaillons depuis plus de dix ans sur les méthodes d’accompagnement au processus de résilience chez les jeunes déviants, hébétés (Henrion-Latché, 2015, 2016), par l’étude de discussions philosophiques anthropologiquement situées et didactiquement accompagnées (Henrion-Latché, 2016, 2019). L’approche par la conversation philosophique consiste en l’étude de corpus de discussions par l’extraction des marqueurs discursifs des facteurs favorisant la résilience et des facteurs empêchant la résilience (Henrion-Latché, 2016). Le processus d’animation est projeté dans ses aspects déontologiques (Henrion-Latché - Tozzi, 2016) quand il met en jeu des discussions à visée résiliente avec des jeunes vulnérables. La notion d’acceptabilité sociale y est injectée par les travaux sur la pensée et le bien pensé (Lipman, 1985, Daniel, 2011, 2015) par l’exercice de la pensée critique (Sasseville - Gagnon, 2019). Ces méthodes sont aujourd’hui au cœur de travaux en didactique visant le déploiement de la conversation clinique (Henrion-Latché, 2020) dans les métiers de l’humain en éducation et en formation (Frisch, 2020). Nous proposons dans cette communication de dresser un état des lieux du syntagme de résilience et de le repositionner dans son champ scientifique, de présenter l’actualité de la recherche sur l’accompagnement à la résilience du jeune et des territoires, d’expliciter les enjeux éducatifs et philosophiques de l’accompagnement à la résilience par les notions de discours et de contre-discours mettant en jeu la notion d’acceptabilité sociale (ce que représente un phénomène nouveau, comment l’appréhender, le prévenir, résister et résilier), et de réfléchir collectivement à la place et au rôle des sciences de l’éducation et de la formation dans ces défis de demain.

La communication vise à analyser les épidémies de choléra en Italie à la fin du XIXe siècle comme une étude de cas utile pour étudier la relation entre les experts et les décideurs politiques lors les situations d'urgence épidémiques. L’épidémie de 1884-1887 a marqué un tournant décisif dans l’histoire des institutions sanitaires de l’État italien. Le nombre élevé de décès, environ 34.000, a attiré l’attention sans précédent de la presse, alors que l'opinion publique a été particulièrement impressionnée par les effets de la maladie dans les grandes villes comme Naples, qui est devenu rapidement le symbole de la relation entre le choléra et la dégradation hygiénique-environnemental. Sous la pression des événements, le gouvernement a décidé de modifier sa stratégie initiale en matière de santé, passant d'une approche strictement contagionniste à une approche anti- contagionniste, tandis que les questions concernant la santé et la sécurité collectives devenaient de plus en plus centrales dans le débat public et politique. La principale conséquence de l'épidémie a été l'approbation en 1888 d'une vaste réforme sanitaire, qui a conduit à la création d'une Direction de la santé publique au Ministère de l'Intérieur et à la mise en place d'un corps de fonctionnaires hygiénistes au sein de l'administration publique. Le cadre institutionnel créée par la réforme est resté en place pendant environ un siècle, jusqu'à l'entrée en fonction du SSN (Service Sanitaire National) en 1978. L’étude de cas proposée a donc une double portée. D'une part, il permet de vérifier la configuration des épidémies passées en tant que phénomènes d'accélération des processus sociaux et institutionnels. D'autre part, il souligne la capacité des crises épidémiques à avoir des effets durables sur l'organisation institutionnelle et administrative des États. En partant de ces hypothèses, et en utilisant les sources archivistiques et imprimées nécessaires à la réalisation d'une étude historiographique, la question sera abordée sur la base de deux niveaux d'analyse. Le premier entend reconstruire le champ scientifique des experts, avec ses caractéristiques et ses conflits internes. Les mesures sanitaires proposées par les différents groupes d'experts, au-delà de leur attribution à la doctrine contagionniste ou anti-contagionniste, étaient enracinées dans des traditions scientifiques d'origine locale, antérieures à l'Unité nationale et dotées d'une forte valeur identitaire pour les élites médicales régionales. Le domaine médical a produit des indications qui n'étaient pas unanimes, mais qui reflétaient les contrastes présents en son sein et qui n'étaient que partiellement justifiés par des raisons scientifiques. Le deuxième niveau d'analyse explorera la relation entre les experts et les décideurs politiques. Cette relation a été certainement décisive pour le gouvernement central, mais elle a pris forme également au niveau local et périphérique, puisque presque toutes les municipalités et de nombreuses préfectures ont formé des commissions spéciales chargées d'élaborer des mesures sanitaires pour contenir l'épidémie. Les médecins et les hygiénistes ont pu définir le champ des possibilités dans lequel les décideurs politiques pouvaient agir, même si leur rôle, externe à l'administration publique, était peu formalisé sur le plan institutionnel. Les conclusions illustreront les conséquences produit par la relation entre les experts et le pouvoir politique construit entre 1884 et 1887, notamment en ce qui concerne le contenu de la réforme de la santé, les compétences des hygiénistes employés par le Ministère de l'Intérieur et la réglementation sanitaire du commerce international.

Cette communication aborde le processus de professionnalisation par les formations et l’intégration de pratiques de recherche, dans le contexte de la pandémie Covid 19. Le confinement dû a cette épidémie a eu au moins deux impacts directs sur l’acte même de formation-apprentissage : l’explosion du recours au numérique de façon parfois express ; la nécessité de concevoir des formations dites hybrides, pour les professionnels de l’éducation, de la formation, de la recherche, mais dans une réalité parfois déshumanisante, parce que faisant une trop large place à la relation désincarnée. Comment dans un tel contexte maintenir une forme de complexité, une articulation entre recherche, formation et professionnalisation sur des “territoires apprenants” ? Comment maintenir des formes d’analyses permettant de conceptualiser le réel de l’activité sans renoncer à la formation de l’esprit critique et à des pratiques réflexives ? A partir de recherches menées en didactiques et avec les praticiens intervenant dans des métiers de l’humain, nous aborderons la thématique du confinement et les pratiques d’hybridation à travers l’analyse de pratiques et de dispositifs de deux groupes professionnels distincts. Tout d'abord, celui des infirmières de l’éducation nationale et de l’enseignement supérieur (INFENES), qui s'impliquent dans des dispositifs d'analyse de pratiques professionnelles, en formation, pour accompagner les transformations, par des processus de conceptualisation de leur activité avec des outils professionnels numériques. Ensuite, celui des professeurs-documentalistes de l'éducation nationale, qui mettent en œuvre des pratiques d'écriture numérique en utilisant les blogs, pratiques analysées dans un travail de thèse. Nous dégagerons des formes de réflexivité : à soi, à l’objet, à l’Autre ; d’accompagnements médiatisés et favorables à la métacognition ; de mobilisations de ressources de nature variée : matérielles et humaines ; de constructions de savoirs et d’appropriations de connaissances en utilisant des supports, et des médias divers.

Existe Définie comme un des droits fondamentaux de tout être humain, la santé, pour l’OMS, est un état de complet bien-être physique, mental et social et ne consiste donc pas seulement en une absence de maladie ou d'infirmité. Cette redéfinition ambitieuse multiplie, on le voit, les sources de mal-être et autant de nécessaires transitions, à examiner, pour atteindre et maintenir sur toutes ces dimensions un bien-être total. On envisagera dans cette perspective certains modes de transition emblématiques entre ces deux états : ainsi la guérison – sans transition - miraculeuse et instantanée, la guérison comme processus complexe impliquant une gradation des étapes soumises à la véridiction, voire une inscription, avec la maladie, dans la chronicité. Ainsi l’actuelle épidémie pose le problème d’un allongement duratif et inédit des symptômes, dans le cas du « Covid long » : transition interminable vers l’état de santé et dénonçant une illusoire guérison. Mais l’examen, si minutieux soit-il, de la temporalité transitionnelle ne saurait éluder la question des actants, multiples, convergents ou non, du changement, intimement liés à l’économie même des types de transition.

Contexte Ce rapport a pour objectif de présenter les résultats d’une recherche-action visant le développement d’un modèle d’intervention préventive en santé et sécurité du travail (SST) par et pour les préposés aux bénéficiaires (PAB) dans les centres d’hébergement et de soins de longue durée (CHSLD) du Québec. Les PAB sont au cœur des soins prodigués dans les milieux gériatriques. Malheureusement, l’augmentation du nombre de blessures et l’accentuation des problématiques de santé psychologique subies par ce personnel depuis quelques années fragilisent leur situation, ce qui se prouve en termes de faible rétention et de fort absentéisme chronique de ce personnel. Ce projet, qui est issu au départ d’une demande du milieu, visait à implanter une démarche d’intervention dans trois CHSLD du Québec, en nous inspirant d’autres études menées dans d’autres types d’organisation, comme les centres jeunesse. Revue de littérature La littérature scientifique nous enseigne que la participation des travailleurs au développement et à l’implantation de programme de prévention de la SST est une condition clé de leur succès, et ce préférablement à une intervention unilatéralement « classique » davantage axée uniquement sur la formation du personnel. Néanmoins, les CHSLD ne sont pas reconnus comme des milieux innovants, dans lesquels les PAB peuvent participer activement au développement des programmes de formation qui les concerne. La participation des PAB à une intervention préventive en SST, même si elle leur est destinée, apparaît comme un défi particulièrement important et difficile à relever. Objectifs L’objectif principal de cette recherche-action consistait à développer des modalités d’interventions préventives innovantes en matière de SST portées principalement par les PAB en CHSLD, afin d’en tirer des connaissances généralisables à d’autres milieux. Nos objectifs spécifiques visaient à : 1) cerner, dans les CHSLD, les facteurs de risque ainsi que les facteurs de protection présents ; 2) documenter et évaluer un processus mené « pour et par des PAB » qui vise à réduire les contraintes ciblées dans chaque milieu ; 3) documenter et évaluer le processus d’implantation de ces mesures ainsi que la participation des PAB dans la mise en place de la démarche ; 4) documenter les effets attendus des interventions proposées au sein des groupes de soutien à l’intervention (GSI) ; 5) dresser un inventaire des conditions (dimensions contextuelles et organisationnelles) favorables ou défavorables à l’implantation d’une intervention préventive misant sur la participation des préposés aux bénéficiaires. Cadre d’intervention L’étude a pris la forme d’une recherche-action. Selon cette approche, c’est principalement par l’action que l’on peut générer des connaissances scientifiques pour comprendre et changer la réalité sociale des individus et des systèmes, donc d’organisations telles que les CHSLD. Dans cette perspective, la théorie découle donc de l’action. Dans le cadre d’une recherche-action, on vise notamment à garantir que l’objet réponde à la fois aux problèmes pratiques des membres de l’organisation ainsi qu’aux préoccupations théoriques de recherche. Aussi, nous nous sommes appuyé sur le cadre proposé par Goldenhar et al., (2001) pour élaborer la démarche d’intervention. Il s’agit d’un modèle en 3 phases : le développement (l’identification a priori des risques ciblant des priorités sur lesquelles agir), l’implantation (l’implantation d’une intervention cohérente avec ces cibles via un GSI) et l’évaluation de l’intervention (l’étude de l’efficacité de l’intervention). Méthodologie Notre processus méthodologique a suivi le cadre d’intervention précité, soit trois phases de recherche-action : le diagnostic (phase I), l’intervention (phase II) et l’évaluation (phase III), et ce, dans trois CHSLD différents. Mentionnons que nous avons rajouté une phase d’entrevues, à la suite de la pandémie de la COVID-19 (phase I-B). Nous avons réalisé un total de 50 entrevues, soit 36 lors de la phase I (trois sites) et 21 en phase I-B. Nous avons réalisé également des heures d’intervention dans le cadre de la phase II, afin de développer les GSI. Lors des phases II et III, 15 informateurs clés ont été rencontrés sur une base individuelle et volontaire, et ce dans les deux CHSLD où ont été implantés des GSI. Notons que la pandémie a considérablement freiné notre projet et limité la portée de notre action. Il a été décidé, à la suite de la phase I-B, qu’un CHSLD serait supprimé de notre projet, tant les enjeux de recrutement pour les entrevues (phase I-B) et GSI (phase II) semblaient complexes. Résultats Les résultats de la phase I et I-B mettent de l’avant, dans les trois milieux, des facteurs de risque et des facteurs de protection relatifs à la charge de travail, au manque de soutien des collègues ou des supérieurs, à la faible reconnaissance et à la faible autonomie décisionnelle. Ce diagnostic a permis de préciser certaines pistes d’action pour les deux CHSLD participant à la phase II. Nous présentons ces pistes, de même que le processus complexe par lequel nous avons pu (ou non) développer des innovations organisationnelles dans les milieux. Dans le CHSLD du Hameau, quatre mesures ont été retenues (p. ex. : procéder à un exercice de clarification des rôles, des tâches partagées). Au CHSLD du Parvis, quatre mesures ont été aussi retenues (p. ex. élaborer un plan de contingence sur les unités). En guise d’évaluation, nous présentons plusieurs conditions gagnantes et défis identifiés par les acteurs des milieux interrogés. Discussion Notre projet a permis de documenter la complexité de développer des projets participatifs en CHSLD, notamment lorsqu’ils visent les PAB. Un premier facteur de complexité porte sur la structure hiérarchique même de l’organisation, qui donne peu de place et de pouvoir aux PAB, alors même que cette catégorie d’emploi est centrale en CHSLD. Un second facteur a trait à la fragilité importante de ces processus d’innovations lorsque des contraintes extérieures entravent ou bouleversent les pratiques quotidiennes. Certaines contraintes peuvent être importantes et de courte durée (comme la pandémie de la COVID-19), mais d’autres sont relativement récurrentes et fragilisent tout autant le même processus (manque de main-d’œuvre ponctuelle, épidémie d’influenza, visites de qualité, etc.). Des facteurs de soutien sont identifiés, comme l’engagement structuré de l’ensemble de l’organisation envers le projet (des hautes directions comme SAPA aux gestionnaires immédiats), la composition rigoureuse du comité chargé de développer et d’implanter les mesures proposées et le développement d’une perspective de pérennisation à moyen et long terme.