Dissertationen zum Thema „Pisciculture – France“

L'un des débouchés de l'élevage de la carpe Cyprinus carpio L. Appelé à se développer est la transformation, en particulier la production de filets. La maturation sexuelle diminue les indices de condition et les rendements de filetage des femelles. Une formule est établie entre la température (degrés jours) et la masse des femelles pour déterminer le stade de maturité. Pour assurer une disponibilité constante de carpes et alimenter un atelier de filetage hors des périodes de pêche, l'utilisation de cages flottantes pour la production ou le stockage est testé. L'obtention de carpe de taille commercialisable est avancée de trois a quatre mois par rapport à la production extensive. Deux modèles prévisionnels de croissance sont établis et leur validité est testée. Les problèmes d'alimentation et de diminution d'effectifs, limitant la production, sont discutés. L'influence de la culture en cages sur la qualité de l'eau et des sédiments est évaluée. Un bilan des pertes de matières, d'azote et de phosphore (nourriture et fèces) révèle que les éléments sont rapidement réutilisés par les milieux eutrophes. L'influence des milieux sur les élevages est étudiée. La toxicité globale de l'eau est mise en relation avec l'évolution des effectifs en cages. Le fouling sur les filets d'élevage est quantifie. La modélisation de son développement en fonction du temps d'immersion et de la taille des mailles constitue un outil prédictif. L'intégration d'une nouvelle pratique d'élevage intensif en cages flottantes dans le système
Fish producers are trying to develop new products and processing of carp Cyprinus carpio L. To market fillets seems to be one the solutions that finds customer acceptance. Sexual maturation lowered condition index and filleting yield for females. A relationship was determined between temperature (degree-days) and female total weight to characterize maturation stages. Floating net cages were used to grow or maintain carp for regular availability of fish. Market size carp was obtained three or four months earlier than in extensive production. Two predictive models of carp growth were established and their validity was tested. The influence of food acceptance and of decreasing number of fishes densities limiting production are discussed. The impact of the cages on water and sediment quality were assessed. The budget of solid matter, nitrogen and phosphorus (from both food and faeces) revealed that these elements are rapidly utilized in eutrophic ponds. The impact of environmental conditions on fish culture was investigated. Global toxicity of water was put in relation to the fish densities in the cages. Fouling on floating net cages was quantified. A predictive model of fouling development was determined as a bivariable logistic function of submersion time and net surface. A possibility for combining intense rearing in floating net cages and extensive fish production is described. Advantages and disadvantages are discussed

Ce travail est une approche de la constitution et de l'evolution des differents compartiments de l'etang, en relation avec une fertilisation minerale ou organique, dans des bassins de pisciculture semi-intensive. 6 a 16 bassins, de 500 a 1500 m#2, situes dans la region de dombes (france), sont suivis pendant 4 saisons de production. Les principales variables physico-chimiques etudiees sont: la temperature, le ph, les formes azotees, le phosphore, les parametres de mineralisation. Une etude ponctuelle concernant les relations physico-chimiques entre l'eau et le sediment a ete realisee en 1984. Pour le compartiment vegetal, le phytoplancton est suivi quantitativement par le biais de la concentration en pigments chlorophylliens et fait l'objet de plusieurs determinations quantitatives. Des etudes ponctuelles sont realisees sur le periphyton et les macrophytes. Le zooplancton est evalue par la determination des abondances absolues et relatives des familles de crustaces. La fertilisation phosphatee permet une stimulation du compartiment phytoplanctonique, qui se repercute sur les consommateurs primaires et secondaires, dans la mesure ou le reseau trophique le permet. En effet, de nombreux blooms algaux a cyanophycees, constituant des impasses trophiques pour le systeme, sont observes dans les bassins, en liaison presumee avec des desequilibres chimiques. De ce fait, les productions piscicoles obtenues, qui atteignent 540 kg/ha (carpe et tanche), ne sont pas toujours correlees a la fertilisation minerale ou organique apportee. Du point de vue methodologique, ce travail montre les limites et les apports d'une etude systemique pour la connaissance de l'ecosysteme etang

Les étangs piscicoles lorrains extensifs ont été étudiés pour définir les modèles saisonniers de fonctionnement écologique interne. Les relations étang/milieu récepteur ont été abordées dans le cas du plancton de l'étang de Lindre exporté dans la Seille. Dans un même contexte de richesse trohique, la morphologie des étangs influence les modèles saisonniers du plancton. La très faible profondeur permet la colonisation estivale des macrophytes. Dans les étangs plus profonds, des blooms de Cyanobactéries ne peuvent être contrôlés par le zooplancton. La typologie et la richesse trophique de l'étang de Lindre tendent à favoriser un bilan net positif d'exportation de la biomasse planctonique, fortement influencé par la vidange. La partie amont de la Seille représente un challenge environnemental pour le plancton exporté par le Lindre. La dégradation de ce matériel biologique exporté et la dérive d'espèces toxiques nécessite une surveillance accrue de la qualité de la Seille
The aim of the study was to define a descriptive plan of extensive fish-breeding ponds functioning and to understand ponds-river interactions concerning plankton export and drift from the pond of Lindre (Lorraine) through the river Seille. In a same eutrophic context, morphology of ponds influenced the seasonal pattern of plankton. A very low depth allowed summer colonization of hydrophytes. In deeper ponds, Cyano bacteria bloom couldn't be controlled by plankton-exported biomass. But the upstream part of the river Seille represented an environmental challenge for this exported organic matter. The degradation of this planktonic matter, the drift of Cyanobacteria, and especially their death in the upstream part of the river Seille, displayed the necessity of an acute survey with rregard to the incurrent risk (toxicity)

Ce travail est consacre a l'etude du climat du plateau de la dombes, region de france recouverte de 10 000 ha d'etangs exploites traditionnellement en pisciculture extensive et de l'influence de ce climat sur l'eau de ces etangs et leur exploitation. Il comprend d'abord une etude aussi complete et detaillee que possible du climat de la region, etude elaboree a partir des observations et des releves du reseau meteorologique national. Sont successivement analyses : - la pluviometrie, qui conditionne pratiquement seule le remplissage des etangs puis le maintien du niveau de l'eau pendant la periode estivale, et la repartition spatiale de cette pluviometrie. - la temperature de l'air qui conditionne celle de l'eau. A travers elle, les possibilites d'elevage des differentes especes de poissons sont evoquees ainsi que les periodes de l'annee les plus propices a ces elevages. - les autres descripteurs climatiques : le soleil, le vent et les phenomenes qui leur sont lies comme l'evaporation, ensemble des facteurs qui interferent directement ou indirectement dans la structure thermique des masses d'eau. Les manifestations de ce "climat local" sont ensuite replacees dans le schema de la circulation d'ensemble qui regit la zone temperee et donc la france. Il apparait que la succession des temps sur la dombes est commandee par la dynamique generale des masses d'air, particulierement par le passage des anticyclones mobiles polaires. Ces derniers sont responsables a la fois des variations de pression, du vent, de la temperature
This work is a study of la dombes'climate and its influence on pond water management, in this french region covered with 10 000 ha of traditionnally managed fish ponds. First, a detailed survey of the regional climate is reported on, based upon observations and measurements from the national weather service. Different parameters are analysed : - rainfall and its geographical distribution, a very important parameter for pond fill up and water level maintenance during summer; - air temperature, which governs the water temperature, and determines the fish species which can be raised and the most favorable rearing periods in the year. - other climatic descriptors : solar radiation, wind characteristics and related processes like evaporation, factors affecting directly or indirectly the thermal structure of water bodies. These "local climate" features are then replaced in the pattern of low-level circulation, which governs climate characteristics in the temperate zone, and therefore in france. Weather successions in la dombes appear to be ordered by general airmass dynamics, and especially by the polar mobile highs. The latter are responsible at the same time for pressure variations, wind, temperature, cloudiness, rain, in brief for permanent weather variability. The local factors in the resulting weather is only responsible for some increase or reduction in

Les etangs de pisciculture du forez (loire, france) subissent actuellement les effets des fertilisations appliquees regulierement depuis plus de cinquante ans. L'accumulation dans le sediment d'une quantite importante de phosphore apporte sous forme de scories provoque des proliferations de cyanobacteries pendant l'ete. Les biomasses sont parfois importantes, et les consequences souvent desastreuses pour le peuplement piscicole. Suite a l'arret des fertilisations phosphatees (debut 1990), des amendements de chaux (250 kg/ha de cao) ont ete effectues en 1993-1994, pour provoquer le relargage precoce de phosphore et stimuler la croissance des algues presentes a cette periode de l'annee. La diversification temporaire du peuplement observee suite au relargage n'est pas associee a une augmentation de la biomasse algale. La hausse de la teneur en orthophosphates apres le chaulage profite finalement aux cyanobacteries, qui dominent pendant tout l'ete. En 1997-1998, des fertilisations azotees a base d'une solution liquide de nitrate d'ammonium ont ete effectuees pour re-equilibrer le rapport azote/phosphore. Des apports tardifs induisent la diversification du peuplement, avec le developpement pendant l'ete de nombreuses especes de chlorophytes aux depens des cyanobacteries. Jusqu'en 1995, la dynamique estivale se resumait generalement a l'enchainement des genres : volvox aphanizomenon anabaena microcystis. Les apports tardifs d'azote provoquent l'apparition de differents genres de chlorophytes (volvox, chloromonas, scenedesmus, pediastrum,) limitant durablement l'abondance des cyanobacteries. Ces fertilisations a base d'azote directement disponible dans la masse d'eau constituent donc une methode d'intervention efficace et peu onereuse. Non seulement elles limitent la periode a risque constituee par la presence des cyanobacteries, mais elles prolongent la periode de croissance du peuplement piscicole en favorisant un meilleur fonctionnement de la chaine alimentaire.

L’étude historique des pratiques de pêche à la ligne représente un champ de recherche privilégié pour l’utilisation conjointe du social et de l’environnemental. Dans les années 1960 les pêcheurs à la ligne font preuve d’une véritable conscience écologique. Mais cet état de fait n’est pas du « donné » mais du « construit ». La question centrale consiste donc à se demander si un siècle avant l’apparition de l’écologie politique en France, il y a eu une sensibilisation aux problèmes environnementaux par la pratique d’une activité qui met les citoyens aux prises avec le problème de la qualité de leur environnement proche ? Entre le deuxième tiers du XIXe siècle et les années 1940, la pêche à la ligne a évolué : d’une pratique élitiste à une activité de plus en plus populaire. Dans cette évolution, le rôle des hommes et des femmes et des différentes catégories socio-économiques a varié selon les époques et les régions. Les facteurs, les rythmes et la géographie de la prise de conscience des pêcheurs à la ligne de la nécessité de protéger leur environnement sont différents selon les espaces envisagés. Certaines régions, telles que le nord de la France, ont connu un développement précoce de la pêche à la ligne. Cette multitude de réseaux sociaux a donné naissance à un nouveau rapport des hommes à leur environnement, doublé de sociabilités inédites
By the 1960s, anglers in France had come to display a real environmental consciousness. The aim of this thesis is to show this consciousness had a long history. Anglers in France, a century before the rise of political ecology, exhibited a growing sensibility to environmental problems that came directely from their experiences of the quality of their surroundings as they fished. In this thesis, I show that between 1829 and 1941, the practise of angling evolved from an elitist to a more working-class form of leisure. I also examine how the respective roles of men and women of different social classes changed over time and acoording to place. In addition, I explore the factors, rhythms and geography of this new environmental awareness. It gave rise to some unexpected developments with, for example, the working classes playing a major role in the movement of the protection of nature in France

Les étangs piscicoles sont simultanément des espaces économiques de production par l’intermédiaire d’une pisciculture extensive encore fortement empreinte de traditions, et des écosystèmes majeurs pour la végétation et la reproduction des oiseaux d’eau en France. Les capacités d’accueil des étangs pour l’avifaune sont évidemment tributaires des pratiques piscicoles qu’il s’agit de replacer dans des perspectives historiques et socio-économiques. L’approche spatiale adoptée tend à explorer les interactions existant entre trois compartiments du système étang piscicole, complexe et variable d’une région à une autre : - la nidification de l’avifaune - les ceintures de végétation aquatique - la gestion piscicole, dont les modalités conditionnent les potentialités économiques et écologiques. L’analyse comparative de cinq systèmes piscicoles en Sologne, Brenne, Bresse, Territoire de Belfort et Champagne humide a pour objet de décrire l’adaptation spécifique de l’activité piscicole à des contextes géo-historiques particuliers. Elle permet de dégager les conditions dans lesquelles s’articulent, se complètent ou se concurrencent production piscicole et accueil de l’avifaune avec son utilisation éventuelle par la chasse, sur un même espace : l’étang, à la définition ambiguë et évolutive. Les différentes modalités ainsi décrites d’équilibres entre pratiques ou éventuellement de conflits d’usages, servent de cadre à une réflexion sur la complémentarité des multiples fonctions de l’étang. Elles posent la question d’actualité de la multifonctionnalité des espaces largement en débat dans le monde agricole et forestier
The piscicultural ponds are simultaneously economic areas of production by the intermediary of an extensive pisciculture, still strongly marked by traditions, and major ecosystems for the vegetation and the reproduction of water birds in France. The reception capacities of the ponds avifauna are obviously dependent on piscicultural practices which have to be replaced in their historical and socio-economic points of view. The adopted space approach tends to explore the existing interactions between three compartments of the piscicultural system, complex and variable from one area to another: - nesting of the avifauna - belts of aquatic vegetation - the piscicultural management, whose methods condition the economic and ecological potentialities. The comparative analysis of five piscicultural systems in the Sologne, Brenne, Bresse, Territory of Belfort and Wet Champagne has the aim of describing the specific adaptation of the piscicultural activity to their particular geohistorical contexts. It makes it possible to release the conditions under which piscicultural production and reception of the avifauna are set out, supplemented or compete with the possible use by hunting, on the same space: the pond, with its ambiguous and evolutionary definition. The various methods thus described, of balances between practices or possibly of user-conflicts, are used as a framework on a reflexion on the complementarity of the multiple functions of ponds. They pose the topical question of the multifonctionality of spaces largely in debate in the agricultural and forest world

Les étangs sont des milieux artificiels, principalement à vocation piscicole, qui présentent un patrimoine naturel de grand intérêt. Traditionnement extensive, la pisciculture enregistre depuis quelques décennies d'importants progrès techniques qui peuvent constituer un facteur de dégradation de ce patrimomine biologique. Dans le contexte européen de conservation des milieux et des espèces (Directive Habitats 92/43/CEE), ce travail a pour objectif d'analyser les paramètres naturels et liés à la gestion piscicole susceptibles d'influencer la végétation des étangs de la Brenne (région Centre, département de l'Indre). L'approche spatiale adoptée va de l'échelle du compartiment à une vision fonctionnelle de l'écosystème "étang" par la mise en évidence de liens entre les facteurs anthropiques, les caractéristiques physiques et physico-chimiques de l'eau et du sédiment, et les communautés végétales. Une attention particulière a été portée à une hydrophyte méconnue, rarissime en Europe Occidentale et dont les populations sont majoritairement situées en Brenne : Caldesia parnassifolia (L. ) Parl. (Alismataceae). Les résultats portant sur les caractéristiques physiques, les pratiques piscicoles, la qualité de l'eau et les associations phytosociologiques permettent d'aboutir à quatre typologies indépendantes qui ont été croisées. Cependant , le croisement des données floristiques et environnementales par analyse canonique des correspondances donne des résultats plus pré cis que le croisement manuel de ces typologies. Les activités humaines ne sont pas les seuls facteurs pertinents expliquant la composition floristique des étangs et la présence de Caldesia parnassifolia : la qualité de l'eau, les caractéristiques physiques et édaphiques, l'environnement proche des étangs jouent également un rôle important.

Le but de ce travail etait de montrer la faisabilite d'un elevage de juveniles d'anguilles en eau recyclee; le circuit ferme a permis de gerer la qualite physicochimique de l'eau (temperature, teneurs en composes azotes et oxygene dissous): les conditions optimales de maintenance des animaux ont ete definies; les meilleurs resultats sont obtenus avec une nourriture naturelle, distribuee 2 fois par jour; l'etude de la nutrition des anguillettes a permis de determiner la prise d'aliment (environ 1/4 est perdu lors de la distribution), la digestibilite (environ 80 pour cent), l'utilisation de l'aliment pour la croissance, l'evolution de la composition corporelle (remplacement des proteines par les lipides); il est apparu que la qualite de l'aliment et la quantite proposee etaient les determinants principaux de la croissance. La determinatioon des besoins metaboliques et des pertes energetiques par l'excretion ont permis d'etablir un bilan energetique approximatif d'anguillettes de 1,5 g de poids moyen

La Grande Brenne, région piscicole de 520 km2 située dans l'Indre, est une zone humide continentale d'intérêt écologique majeur. Notre objectif est de documenter l'histoire de ses étangs, de son territoire, de son peuplement et des relations sociétés/milieux qui ont conduit a la genèse de son paysage emblématique. Une approche globale a été privilégiée intégrant, dans un cadre chronologique long, l'utilisation croisée de données textuelles, planimétriques, archéologiques et paléo-environnementales (palynologie, dendrochronologie). Le choix de la pisciculture en étangs à partir du Moyen Âge est certes une réponse sociétale aux contraintes environnementales locales mais il s'inscrit avant tout dans les dynamiques économiques de l'époque. La pratique se développe entre Ie 13e et le 16e siècle. Ce mouvement n'est pas uniquement porté par les élites rurales mais également par les classes populaire et moyenne. On trouve son origine dans l'augmentation des besoins alimentaires des populations urbaines et certainement dans l'introduction d'un produit innovant, la carpe danubienne. Les prospections ont révèlé un patrimoine archéologique dominé par les témoins d'activités sidérurgiques aux périodes pré-médiévales. L'existence d'un district minier antique est supposée. Par ailleurs, les données textuelles et palynologiques indiquent la présence à cette époque d'un milieu plus boisé qu'aujourd'hui. Le caractère humide du milieu, peut-être favorisé par les déboisements médiévaux, à été fortement accentue par l'endiguement du réseau hydrographique lié aux créations d'étangs. La Brenne peut des lors être qualifiée de zone humide artificielle formée au cours des périodes historiques.

Afin de faciliter la mise sur pied d'un plan de gestion piscicole de la riviere Dordogne et d'envisager la realisation d'amenagements, plusieurs recherches ont ete realisees. Le but du present travail est de mettre au point une methode d'analyse qui facilite l'etablissement d'un diagnostic piscicole et la mise en place de procedures de gestion adaptees. La premiere partie definit les principaux aspects de la vie piscicole a travers l'analyse des phenomenes de reproduction des exigences d'abris et de nourrissage. Dans la seconde partie, directement issue des conclusions de la premiere, les methodes et les techniques d'etudes sont mises en place. La troisieme partie definit le cadre de l'etude : - la riviere Dordogne et ses caracteristiques morphologiques et dynamiques (de cette etude sont issus les descriptifs des principaux facies rencontres), - la physicochimie des eaux, - la biologie du cours d'eau et plus particulierement l'etude du peuplement piscicole a travers l'utilisation du milieu par especes. La quatrieme partie traite de l'habitabilite de la riviere pour les differentes especes de poissons. Un nouvel indice (indice de qualite globale de l'habitat) est propose et sa fiabilite est analysee et critiquee pour la riviere Dordogne. La derniere partie constitue l'application de la methode d'analyse pro- posee, a la mise en place d'un plan de gestion sur un troncon type de la riviere Dordogne. Enfin, la conclusion reprend les principaux resultats presentes dans cette etude
In order to make easy the realization of a piscicult management plan of the river Dordogne and to consider the realization of gradings, several searches have been realized. The purpose of this work is to develop an analysis method which makes easy the establishment of a piscicult diagnostic and the development of adapted gestion procedures. The first part states clearly the principal aspects of the piscicult life through of the phenomena's reproduction analysis of requirements'shelters and nourishment. In the second part, directly derived from the conclusions of the first, methods and technics of studies are established. The third part defines the study range : - the Dordogne river and its morphological characteristics and dynamics (descriptives of principal facies meted are derived from this study), - water's physiocochemistry, - the course biology and specially the piscicult peopling study through surrounding utilization by species. The fourth part talks about habitability of the river for the different fishes species. A new indication (indication of total quality of habitat) is suggested and its reliability is analysed and criticized for the river dordogne. The last part forms the application of the suggested analysis method for the putting of gestion plan on a pattern stump of river Dordogne. Finally, the end takes again the principal results presented in this study

Le changement climatique est un phénomène global pour lequel de nombreuses études ont été menées sur de nombreux compartiments. A l’échelle européenne comme à l’échelle méditerranéenne ainsi qu’à l’échelle locale de la Corse, les mêmes conséquences sont observées et toutes les tendances confirment les conclusions du Groupement d’experts Intergouvernemental sur l’Evolution du Climat. Nous subissons une augmentation générale des températures ainsi qu’une amplification des fréquences et de l’intensité des évènements météorologiques extrêmes. Ces changements appliquent de fortes contraintes au milieu naturel. Les cours d’eau de Corse et les organismes qui y sont associés y sont également soumis.Face à ce constat, les travaux de recherche développés dans le cadre de cette thèse tentent d’apporter des connaissances supplémentaires sur les conséquences du changement climatique sur les cours d’eau de Corse et les poissons qui peuplent ces hydrosystèmes.Une nouvelle synthèse climatique comparant la période 1960-1984 à la période 1985-2020 est proposée et montre dans quelle proportion le réchauffement climatique impacte la région corse et quelles sont les zones les plus touchées par ses conséquences. L’intensification des périodes de sècheresse est abordée. Une attention particulière est accordée aux espèces de poissons d’eau douce pour lesquelles nous avons proposé une comparaison de la vitesse de croissance dans un contexte de changement climatique.Enfin, dans des travaux de recherche appliquée, nous proposons un outil d’aide à la décision à destination des gestionnaires des cours d’eau de Corse afin de leur permettre d’être alerter par un écart aux modèles proposés. Ces modèles servent de valeurs de référence mis au point à partir de résultats de recensements piscicoles pratiqués partout en Corse depuis la fin des années 80
Climate change is a global phenomenon for which numerous studies have been carried out on many compartments. On a European scale as well as on a Mediterranean scale and on the local scale of Corsica, the same consequences are observed and all the trends confirm the conclusions of the Intergovernmental Panel on Climate Change. We are experiencing a general increase in temperatures as well as an increase in the frequency and intensity of extreme weather events. These changes apply strong constraints to the natural environment. Corsica's waterways and their associated organisms are also subject to them.Faced with this observation, the research work developed within the framework of this thesis attempts to provide additional knowledge on the consequences of climate change on Corsican rivers and the fish that populate these hydrosystems.A new climatic synthesis comparing the period 1960-1984 with the period 1985-2020 is proposed and shows in what proportion global warming is impacting the Corsican region and which areas are most affected by its consequences. The intensification of drought periods is discussedParticular attention is paid to freshwater fish species for which we have proposed a comparison of growth rates in the context of climate change.Finally, in applied research work, we propose a decision-support tool for managers of Corsican rivers to enable them to be alerted by a deviation from the proposed models. These models serve as reference values developed from the results of fish surveys carried out throughout Corsica since the late 80’s

La France compte de nombreux étangs (environ 251 000), construits le plus souvent par l’aménagement d’un barrage sur un cours d’eau de tête de bassin, dans des fonds de vallées argileux, pour la production de poissons. La Lorraine est une région riche en étangs et ces derniers sont le plus souvent localisés sur des cours d’eau temporaires dans des bassins versants agricoles et/ou forestiers. Ces cours d’eau ont un fonctionnement écologique basé sur l’intégration, par les réseaux trophiques détritiques, des ressources organiques allochtones. Or, les étangs constituent des zones lentiques biogènes : la matière organique (MO) autochtone (constituée entre autres par le plancton, les macrophytes, les fèces produits par le biote) peut modifier les équilibres – souvent fragiles – de ces écosystèmes aquatiques de tête de bassin. L’objectif de ce travail de thèse est d’étudier l’influence des étangs de barrage sur le recyclage et l’intégration de la MO allochtone et autochtone par les réseaux trophiques basaux aquatiques des cours d’eau de tête de bassin. Premièrement, ce travail a porté sur l’étude de la décomposition des litières (et des communautés associées) en amont et en aval d’étangs localisés sur des bassins soit agricoles, soit forestiers. Nos résultats mettent en exergue l’intérêt de la prise en compte de l’occupation du sol sur le bassin versant pour appréhender au mieux l’effet des étangs sur les processus de décomposition des litières. Nous montrons ainsi que l’étang de barrage entraîne une diminution de la vitesse de décomposition des litières, en lien notamment avec une diminution de la biomasse fongique, uniquement dans les cours d’eau en milieu agricole. Sur les cours d’eau forestiers, ce sont essentiellement les communautés de macroinvertébrés qui semblent influencées, et de manière plus marquée qu’en milieu agricole, avec une diminution des taxons les plus sensibles aux pollutions organiques. Puis, nous avons cherché à préciser les processus de décomposition des litières dans les cours d’eau temporaires de tête de bassin versant entravés ou non par un étang. Notre choix s’est porté sur les cours d’eau en milieu forestier afin de limiter les effets confondants liés à d’autres perturbations humaines. Dans ces conditions, nos résultats montrent que la présence d’un étang tend à augmenter la vitesse de décomposition des litières. Cela serait dû à un meilleur conditionnement des litières et également à une modification des communautés de déchiqueteurs en aval de l’étang. En revanche, l’effet de l’étang sur l’intégration des ressources allochtones par les réseaux trophiques détritiques nécessite la prise en compte des conditions hydrologiques se présentant à l’aval du barrage. Il s’agit là d’un résultat original révélant que l’impact de l’étang est plus marqué sur les communautés de déchiqueteurs et sur leur action de dégradation des litières lorsque le cours d’eau passe en régime permanent à l’aval de l’étang. Enfin, nous nous sommes intéressés à la modification des niches trophiques à partir de l’étude des signatures isotopiques des communautés de macro-invertébrés de cours d’eau entravés ou non par un étang. Nos résultats montrent que l’étang influence majoritairement les signatures isotopiques des biofilms et des matières en suspension. En lien avec cette observation, nous remarquons que les niches isotopiques des différentes guildes trophiques de macro-invertébrés sont modifiées à l’aval de l’étang. Ce résultat souligne ainsi que l’ensemble des guildes trophiques ici étudiées consomment et intègrent les ressources autochtones produites au sein même de l’étang. Pour résumer, ce travail a mis en évidence les interactions complexes entre étang et cours d’eau de tête de bassin. Il souligne de fait la nécessité de prendre en compte l’occupation du sol sur les bassins versant et le régime hydrologique du cours d’eau pour conclure sur l’effet de l’étang sur le fonctionnement écologique des cours d’eau de tête de bassin
In France there are more than 250,000 ponds. Most often, they are dam reservoirs constructed on headwater streams in clay valleys for fish production and thus named fishponds. In Lorraine region, most of the numerous fishponds are located on temporary streams (i.e. periodically dry during summer time) in agricultural and/or forested catchments. These streams have an ecological functioning based on the integration of allochthonous organic matter (OM) resources by the basal detrital food webs. Yet, fishponds constitute biogenic lentic systems that favor autochthonous OM production (e.g. plankton, macrophytes, faeces). Consequently, fishponds could disrupt the fragile balances in these headwater stream ecosystems. The goal of my thesis was to study the effect of fishpond on the recycling and the integration of allochthonous and autochthonous OM by the aquatic food webs within headwater streams. First, we studied the litter decomposition (and the associated communities) between upstream and downstream fishponds located in agricultural or forested catchments. Our results indicate the needs to take into account the catchment land uses to grasp the fishpond effect on litter decomposition. We found that in agricultural catchments fishponds lead to a decrease of the litter breakdown rate in association with a fungal biomass decrease. In forested catchments, the macro-invertebrate assemblages are more affected than in agricultural catchments, showing a decrease of the most sensitive taxa to organic pollution. Secondly, we focused on litter processes in temporary headwater streams hampered or not by a fishpond. To this end, we worked on forest streams to exclude confounding anthropogenic effects. In this environment our results indicate that the presence of a fishpond tends to increase litter breakdown rate. It can be related with a better litter conditioning and to the shredder assemblage’s modification downstream from the fishpond. Furthermore, fishpond effect on the integration of allochthonous resources by food webs was found to be highly dependent on hydrological conditions downstream from the fishpond. This original result highlights that the impact of the fishpond seems to be greater on the shredder assemblages and on their litter breakdown activities when the stream show important hydrological modifications (i.e. become permanent downstream from the fishpond). Finally, in order to analyze the modification of trophic niches, we studied benthic macroinvertebrate isotopic signatures in streams hampered or not by a fishpond. Our results indicate that fishpond mainly influenced the isotopic signatures of biofilms and suspended OM. In line with this result, isotopic niches of the different macroinvertebrate trophic guilds are also modified downstream from the pond. Consequently we may suggest that all the studied trophic guilds consume and integrate autochthonous resources produced into the fishpond. In summary, our work highlights complex interactions between fishpond and headwater streams and underlines the needs to take into account the catchment land use and the stream hydrology before concluding on the fishpond effect on stream functioning

La Brenne est une région qui abrite aujourd’hui une biodiversité remarquable et de nombreuses espèces emblématiques des zones humides, parmi lesquelles la Cistude d’Europe Emys orbicularis occupe une place particulière. Cette espèce a été largement favorisée par les activités humaines passées. Les étangs, tous artificiels, ont vu s’installer et se développer depuis le Moyen Âge une des plus importantes populations de France. Cette espèce, dont la répartition française fut plus large, a subi d’importantes réductions essentiellement en raison des modifications des pratiques agricoles et l’utilisation, voire la disparition, des milieux aquatiques et terrestres nécessaires à son cycle de vie. Les Réserves naturelles sont des lieux de préservation du patrimoine naturel. La biologie de la conservation s’attache à proposer des mesures de préservation sur la base d’études scientifiques. Ce travail s’inscrit dans cette démarche sur une espèce pourtant déjà largement étudiée. Cette dernière considération nous a amené à porter nos recherches sur des éléments nouveaux pour l’espèce. Ainsi, nous avons souhaité tout d’abord étudier les facteurs liés aux sites de ponte : l’incubation in situ, les émergences et les premiers moments de vie des nouveau-nés qui quittent le nid. Puis, nous avons étudié les populations dans les étangs sous le prisme de la qualité des milieux aquatiques. Concernant notre premier objectif, jusqu’à présent les sites de ponte étaient considérés, et donc gérés, comme des lieux à optimiser pour la ponte des femelles. Or, il s’avère que l’utilisation de cet habitat terrestre par l’espèce va bien au-delà. En effet, la plasticité de la phénologie des émergences, liée à une faible mobilité des jeunes qui sortent du nid et leur utilisation du milieu, nous oblige à revoir nos considérations de gestion de ces habitats, tout du moins dans le contexte particulier (édaphique, climatique et météorologique) de la Brenne. L’étude des populations par la qualité des eaux nous apporte des premiers résultats, notamment sur la présence de mercure à des doses connues pour causer des troubles chez d’autres groupes d’espèces. L’origine de ce mercure ne semble pas imputable aux activités humaines locales, mais il semble issu du cycle global du mercure et une entrée dans la chaîne alimentaire liée à la gestion par les assecs réguliers. Sans avoir démontré d’impact sur la reproduction des cistudes, nous avons mis en évidence une corrélation qui incite à porter une attention à ce phénomène de présence de mercure dans les organismes vivants des étangs de Brenne. La présence d’algues sur les tortues aquatiques est connue depuis longtemps. Toutefois, nos résultats mettent en évidence une phénologie du recouvrement de la carapace différente selon les classes d’âge et les sexes. La modification des pratiques piscicoles, vers une intensification, apparait comme le facteur agissant sur la présence et la colonisation des cistudes par les algues, par une eutrophisation des milieux (étangs). De même que pour le mercure, bien que nous ayons mis en évidence des corrélations entre la couverture algale et la condition corporelle des femelles ou encore leur capacité de reproduction, ces premiers résultats sont à poursuivre afin de connaitre l’impact à long terme sur cette espèce longévive. En Brenne, les populations de cistudes sont encore importantes mais des variables telles que le taux de juvéniles dans les populations, la présence de mercure, le recouvrement parfois très important en algues, doivent nous inciter à maintenir notre vigilance pour cette espèce, et poursuivre le travail dans le cadre de la biologie de la conservation. Ceci accompagné de valorisations et de partages de ces connaissances et des expériences de gestion
“Brenne” is a French wetland area which shelters a remarkable biodiversity and many emblematic species, among which the European pond turtle Emys orbicularis is particularly abundant. This species has been largely favored by past human activities. In Brenne, all ponds are man-made and have allowed the development, since the Middle Age, of one of the largest European pond turtle population in France. The distribution of this species has strongly decreased mainly because of changes in agricultural practices and the use of the aquatic and terrestrial environments necessary for its life cycle. Nature Reserves are important areas dedicated to the preservation of the natural heritage. One of the goal of biological conservation is to propose preservation measures based on scientific studies. E. orbicularis has been the subject of many of such studies. We choose to carry out our research on new elements for the species. First, we investigated parameters related to nesting sites: incubation under natural environment, emergence and postemergence behaviors of hatchlings. Second, we studied the populations under the prism of the quality of the aquatic environments. Generally, nesting sites were mainly considered as critical areas for egg-laying by females. However, it turns out that the use of this terrestrial habitat by the species is more important. Indeed, the plasticity of emergence phenology linked to a low mobility of hatchlings strongly suggest to change management practices of these habitats, at least in the particular context (edaphic, climate and weather) of Brenne. The study of the influence of water quality on populations allowed to highlight important patterns. Mercury levels in European pond turtle can reach doses known to cause disorders. The origin of this mercury does not seem to be linked to local human activities, but appears to originate from its global cycle. However, the Hg bioavailability is stimulated by local management practices, characterized by drainage periods. We have highlighted a correlation between the concentration of mercury and female reproduction (gravidity) which stimulates future research. A focus on algal epibiosis indicates that a large part of individuals are covered by algae. The presence of algae on aquatic turtles has been known for a long time. However, our results highlight differences of the algal epibiosis between ages and sexes. Intensive fish-farming appears to be responsible of the presence and prevalence of algae on turtles. Intensification of fish-farming practices causes an eutrophication of the environments. We also found correlations between algal cover and body condition and reproduction in adult females. These results should be pursued in order to know the long-term impact on this long-lived species. In Brenne, populations of European pond turtle are still large but some aspects such as proportion of juveniles, presence of mercury, or algal epibiosis deserve future studies in the field of conservation biology, with an emphasis on knowledge and management experiences sharing

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CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior
The Federal Constitution of Brazil of 1988 in Articles 3, II and 225 maintains that it is the fundamental objective of the Republic to guarantee national development based on sustainability. In this context, the focus of this study is to analyze the performance indicators of fish farming within the Green Free Zone program in light of the results achieved and the economic and environmental perspectives. The fishing activity is on the rise in the State of Amazonas and it is up to the governing bodies to discipline, regulate and foment the demand of the population to ensure food security. Regarding issues of development and relevance for small farmers, livelihood research management is essential in order to mainstream conservation and development efforts in the region. Thus, it owes to the State's power to apply tools to ensure incentives for certain areas and thus achieve the results compatible with economic activity and sustainable use of environmental resources, such as the ZFV. For this, the methodology was adopted for this research, the bibliographical one, using the fish farming in the State of Amazonas and the attributes of the legal legislation that encourage the region, with practical situations and a real context complementing with spastic researches in the scientific literature. In addition, content analysis was applied through interpretations related to the object of this study. However, it has been observed that some obstacles are still present for the immediate growth of fish farming as an inefficient system of innovation, high cost of production, limited investment in research, little accessibility of small fish farmers to information without assistance by technicians and others. Although there are gaps to be filled for strategic action in the field of fish farming, there is no doubt that the results of the ZFV program are indisputable to the regions reached by its limitation to the use of renewable forest products without aggression to the environment, protecting the protection Nature and ensuring socio-economic development. According to data from local and federal governments, since the last five years, fish farming has managed to advance production by 58% and by 2016 reached 21 tons. Today Brazil occupies the 120th place in the world ranking of aquaculture and pisciculture. Industrialization is the strategy that should guide one of the goals of the ZFV program with the achievement of a sustainable product seal, allowing, until 2018, to reach 63 tons, that is, tripling the production scenario.
A Constituição Federal do Brasil de 1988 em seus artigos 3º, II e 225º sustenta que é objetivo fundamental da República a garantia do desenvolvimento nacional baseado na sustentabilidade. A partir desse contexto, o foco deste estudo é analisar os indicadores de desempenho da piscicultura dentro do programa Zona Franca Verde diante dos resultados alcançados e as perspectivas econômicas e ambientais. A atividade pesqueira está em franca ascensão no Estado do Amazonas e cabe aos órgãos atuantes disciplinar, regulamentar e fomentar a demanda da população para assegurar a segurança alimentar. As questões de desenvolvimento e relevância para os pequenos agricultores são imprescindíveis à uma gestão baseada em pesquisa para os meios de subsistência, visando integrar os esforços de conservação e desenvolvimento na região. Assim, deve ao poder do Estado aplicar ferramentas para assegurar incentivos às determinadas áreas e assim alcançar os resultados compatíveis com a atividade econômica e a utilização sustentável dos recursos ambientais, como é o caso da ZFV. Para tanto, nesta pesquisa, adotou-se como metodologia a pesquisa bibliográfica, utilizando a piscicultura no Estado do Amazonas e os atributos da legislação legal que incentivam a região, com situações práticas e um contexto real complementando com pesquisas espaças na literatura científica. De modo suplementar, aplicou-se a análise de conteúdo, por meio de interpretações conexas com o objeto deste estudo. No entanto, pode-se observar que alguns óbices ainda são presentes para o crescimento imediato da piscicultura: um ineficiente sistema de inovação, alto custo de produção, limitado investimento em pesquisa, pouca acessibilidade dos pequenos piscicultores às informações sem assistência por técnicos e entre outros. Muito embora existam lacunas a serem preenchidas para uma ação estratégica no ramo da piscicultura, incontestavelmente, são indiscutíveis os resultados advindos com o programa da ZFV às regiões alcançadas pela sua limitação diante do uso dos produtos florestais renováveis sem agressão ao meio ambiente, resguardando a proteção da natureza e garantindo o desenvolvimento socioeconômico. Segundo os dados dos Governos locais e federais, desde os últimos cinco anos, a piscicultura conseguiu avançar sua produção em 58% e em 2016 alcançou 21 toneladas. Hoje o Brasil ocupa o 120º lugar no ranking mundial de aquicultura e piscicultura. A industrialização é a estratégia a qual deve nortear uma das metas do programa ZFV com a obtenção de um selo de produto sustentável, permitindo, que até 2018, alcance 63 toneladas, ou seja, triplicando o cenário da produção.

Les proliférations de cyanobactéries présentent en général d'importantes variations spatiales et temporelles de leur abondance cellulaire et de leur potentiel toxique, ce qui rend très difficile la surveillance de ces microorganismes et l'estimation des risques sanitaires associés à ces événements. Dans ce cadre général, le premier objectif de ma thèse a été de tester différentes stratégies d'échantillonnage pour suivre au mieux l'évolution des abondances cellulaires lors des proliférations de cyanobactéries. Par un échantillonnage à haute fréquence (six points tous les deux jours) réalisé sur un étang piscicole du Forez, nous avons montré que les deux espèces qui proliféraient dans cet écosystème (Microcystis aeruginosa et Aphanizomenon flos-aquae) présentaient des dynamiques spatiales et temporelles de leur abondance cellulaire très contrastées, ne permettant pas de définir une stratégie d'échantillonnage optimale commune aux deux espèces. Si pour ces deux espèces, trois points d'échantillonnage sont au minimum nécessaires pour bien prendre en compte l'hétérogénéité dans la distribution spatiale des cellules, les fréquences d'échantillonnage optimales sont en revanche très variables, allant d'un échantillonnage mensuel ou bimensuel pour Microcystis à un échantillonnage au minimum hebdomadaire pour Aphanizomenon. Le second objectif de ma thèse a été de m'appuyer sur cette stratégie d'échantillonnage à haute fréquence, pour mieux comprendre le développement de la prolifération de M. aeruginosa. Pour ce faire, nous avons estimé les changements spatiaux et temporels intervenant dans la composition génotypique de la population de cyanobactéries (par utilisation de la SSCP sur l'ITS 16S-23S) et dans sa toxicité potentielle (par le dosage des microcystines et l'évaluation de la proportion de cellules possédant le gène mcyB, un des gènes de synthèse de la microcystine). La répartition spatiale de la composition génotypique s'est révélée homogène à l'échelle de l'étang. Il est également apparu qu'au cours de la phase de croissance de la population, cette composition génotypique subissait de nombreux changements à courte échelle temporelle puis restait stable pendant plusieurs semaines lorsque le maximum d'abondance était atteint. Au niveau du potentiel toxique, la proportion de cellules possédant le gène mcyB est resté proche de 60 % durant toute la prolifération avec toutefois, des variations plus importantes pendant le développement du bloom. Aucune relation n'a pu être établie entre les variations observées dans la composition génotypique de la population et celles dans les proportions de cellules toxiques. De même, aucun lien n'a pu être établi entre les variations de diverses variables environnementales (nutriments, température, pluie) et celles de l'abondance cellulaire, de la toxicité potentielle et de la composition génotypique de la population de Microcystis. L'ensemble de ces résultats suggère que d'autres facteurs et processus interviennent probablement dans ces variations et qu'il existe sans doute des interactions très complexes entre toutes ces variables. Enfin, le troisième objectif de ma thèse a été de comparer la composition génotypique et le potentiel toxique de plusieurs populations de Microcystis plus ou moins connectées entre elles. Cette comparaison a permis de montrer l'importance fondamentale des facteurs et processus environnementaux locaux, dans la mise en place et le développement de ces évènements
Generally, cyanobacteria proliferations show great spatial and temporal variations in their cell abundances and potential toxicity, which makes it difficult to control the development of these microorganisms and to predict the health risks associated with these events. Within this scope, the first goal of my PhD thesis was to test different sampling strategies to guarantee the best monitoring of the cell abundances during cyanobacteria proliferations. We made a high frequency sampling (six points every other day) in a shallow lake located in Forez and we evidenced that the two blooming-species (Microcystis aeruginosa and Aphanizomenon flos-aquae) showed strongly contrasted spatial and temporal patterns of their cell abundances precluding having a common optimal sampling strategy for both species. Even if three sampling points were enough to take into account the spatial heterogeneity of Microcystis and Aphanizomenon cells, a monthly or two-monthly sampling was sufficient for Microcystis whereas a weekly sampling was necessary for Aphanizomenon. The second goal was to gain a better understanding of Microcystis proliferation development. To achieve this aim, we estimated spatial and temporal changes in the genotypic composition (using the SSCP method in the 16S-23S ITS) and in the potential toxicity (by measuring the microcystin concentration and proportion of mcyB+ cells). We obtained a homogeneous spatial repartition of the genotypic composition. Moreover, during the growth phase, there were many rapid changes in the genotypic composition whereas this composition remained stable for several weeks where the maximum cell abundance was reached. As for potential toxicity, the proportion of mcyB+ cells remains at around 60 % during the proliferation but we observed higher variations during the growth phase. No relation was found between the variations of the genotypic composition and proportion of toxic cells on the one hand and the variations of several environmental factors (nutrients, temperature, rain) on the other hand, suggesting that other factors may be involved in these variations and that many complex interactions occur between these factors. Finally, the third goal of my PhD thesis was to compare the genotypic composition and the potential toxicity of different Microcystis populations, which were more or less interconnected. This comparison evidenced the great importance of local environmental factors and processes in the beginning and development of these events