Auswahl der wissenschaftlichen Literatur zum Thema „Médecine prédictive – Méthodes statistiques“

Le principal problème auquel font face les banques lors de la décision de l’octroi de crédit est leur incapacité à déterminer avec certitude si le client va honorer ou non ses engagements. Depuis toujours, cette décision de l’octroi du crédit repose sur l’évaluation préalable de l’agent de crédit. En effet, une détection précoce des difficultés de l’entreprise se fait à l’aide des outils de prévision du risque de défaillance qui s’appuient tous sur l’analyse du passé pour prédire l’avenir de l’entreprise. Cette analyse repose essentiellement sur l’exploitation des états de synthèse de l’entreprise qui restent une source d’informations incontournable pour la détection des difficultés des entreprises. Parmi ces méthodes de prévision, on trouve les réseaux de neurones artificiels. Cette technique est utilisée dans de nombreuses disciplines notamment la médecine, le marketing, la finance et constitue une alternative intéressante aux techniques statistiques traditionnelles pour le traitement des données comme (la régression logistique, analyse discriminante, etc..).

Contexte : Le curriculum de médecine de la Faculté de médecine de l’Université de Montréal connait plusieurs mutations majeures, dont l’adoption d’une nouvelle approche relationnelle dite de partenariat avec le patient et ses proches. L’approche repose sur le postulat du patient considéré comme acteur en possession d’un savoir important pour la formation des médecins. En conséquence, la présente recherche exploratoire décrit la révision des vignettes cliniques des dossiers d’apprentissage par problèmes qui parcourent tout au long du premier cycle de la formation médicale. But : Cette recherche présente le processus de révision d’une partie du curriculum du programme de premier cycle en médecine (programme MD) intégrant des patients formateurs, des étudiants en médecine à une équipe interdisciplinaire en sciences de la santé et de sciences humaines et sociales. Méthodes : Une méthode mixte a été employée mobilisant 24 répondants appartenant à cinq groupes différents (étudiants de médecine, patients, éthiciens, spécialistes des sciences sociales, professeurs de médecine). Ils ont répondu à un questionnaire comprenant des questions à réponse chiffrées et des espaces pour commentaires écrits. Les distributions des scores des cinq groupes ont été comparées à l’aide du test non-paramétrique de Mann–Whitney. Les commentaires des répondants ont fait l’objet d’une analyse qualitative thématique. Résultats : Les cinq groupes soulignent l’importance de ne pas discriminer ou stéréotyper les groupes sur la base de leur origine culturelle. Les professeurs expriment majoritairement la nécessité d’investir plusieurs heures de travail supplémentaire pour s’approprier le nouveau contenu. Les spécialistes en sciences sociales font référence à la nécessité d’une approche systémique pour la formation médicale. Les patients abordent la transmission des connaissances expérientielles et les étudiants sont peu critiques et cherchent des réponses claires, concrètes, clairement explicitées. Les résultats des analyses statistiques ne sont pas significatifs. Conclusion : La recherche a permis de mettre en évidence la valeur ajoutée de l’implication de chacun des groupes dans un processus de révision d’une partie du curriculum. La contribution des patients a démontré une valeur ajoutée particulière en proposant une vision et une sensibilisation à la complexité des situations cliniques et au vécu expérientiel de la maladie et de la vie avec la maladie.

Introduction: Evidence-based medicine (EBM) is the conscientious,explicit, and judicious use of the current best evidence in decision-making for the care of patients. Teaching best evidence practicein residency should include both formal or freestanding content,as well as integration into clinical scenarios and patient care.We sought to assess the attitudes, experience and knowledge ofEBM in urology residency training across Canada.Methods: An anonymous, cross-sectional, self-report questionnairewas completed by a convenience sample of 29 residents,including all chief urology residents in English-speaking programsacross Canada. The survey included both open-ended and closedendedquestions designed to assess familiarity and attitudes towardsEBM and potential barriers to developing EBM skills in a surgicaltraining program. Questions were formatted to determine the understandingof statistical and analytical concepts, as well as familiarityof available EBM resources. Descriptive and correlative statisticswere used to analyze the responses.Results: The response rate was 100%. An overwhelming majorityof residents felt that EBM is an important component of the urologyresidency and journal club was the most common vehiclefor discussing best evidence concepts. However, there was significantvariation in the presence of freestanding, formal curriculaacross programs, with only 28% of residents signifying thatthey received any formal training in their program. The apparentlevel of understanding of important EBM terminology and resourcesappears to be limited. The most frequently stated barriers to incorporatingEBM curricula into urology training were time constraintsand a perceived lack of expert educators.Conclusion: This self-report survey of urology chief residents identifiedthe overwhelming acceptance of the importance of EBM intheir training. Although best evidence practices appears to beaddressed in journal clubs and in real-life clinical experiences,the obvious lack of familiarity and understanding of EBM contentand resources would suggest a need for redoubling efforts to ensureappropriate exposure and instruction in our training programs.Introduction : La médecine factuelle vise l’utilisation consciencieuse,explicite et judicieuse des meilleures données actuellesdans le processus décisionnel concernant les soins aux patients.L’enseignement de cette approche factuelle aux étudiants en résidencedoit inclure du contenu officiel et indépendant, ainsi quedes exercices d’intégration dans des scénarios cliniques et despratiques de soins. Nous avons tenté d’évaluer les attitudes, l’expérienceet les connaissances vis-à-vis la médecine factuelle dansles programmes de résidence en urologie au Canada.Méthodologie : Un questionnaire anonyme d’auto-évaluation glo -bale a été rempli par un échantillon de commodité comprenant29 résidents, y compris tous les chefs-résidents des programmesd’urologie des universités anglophones du Canada. Le sondagecomprenait des questions ouvertes et fermées visant à évaluer leniveau de familiarité et les attitudes vis-à-vis la médecine factuelleet les obstacles pouvant nuire au développement de compétencesen médecine factuelle dans un programme de formation en chirurgie.Les questions étaient formulées de manière à permettre de déterminerle niveau de compréhension des concepts statistiques etanalytiques, ainsi que le niveau de familiarité avec les ressourcesexistantes de la médecine factuelle. Les réponses ont été analyséesà l’aide de méthodes statistiques descriptives et corrélatives.Résultats : Le taux de réponse obtenu était de 100 %. Une majoritéécrasante de résidents croyait que la médecine factuelle était unecomposante cruciale de leur formation en urologie et que l’examenen groupe d’articles publiés (Journal Club) représentait le moyenle plus fréquent de discuter des concepts de la médecine factuelle.Néanmoins, on a noté une variation significative dans la présencede contenu indépendant et officiel dans les différents programmes;en effet, seulement 28 % des résidents ont indiqué recevoir uneformation officielle dans le cadre de leurs études. Le niveau appa -rent de compréhension des principaux termes et ressources liés àla médecine factuelle semble limité. Les obstacles les plus souventmentionnés à l’intégration d’un contenu sur la médecine factuelledans la formation en urologie étaient les contraintes de temps etun manque perçu d’éducateurs bien versés sur le sujet.Conclusion : Ce sondage mené auprès de chefs-résidents en urologiea permis de montrer que ces derniers valorisent grandementle rôle de la médecine factuelle dans leur formation. Même si lespratiques factuelles semblent être abordées dans les groupes d’exa -men d’articles et les expériences cliniques réelles, le manque évidentde familiarité et de compréhension des concepts et desressources liés à la médecine factuelle porte à croire qu’il fautredoubler les efforts afin de s’assurer que les résidents soientThe status of evidence-based medicine education in urology residencyKirk Roth MD; D. Robert Siemens MD, FRCSC suffisamment exposés à cette approche et reçoivent la formation requise pendant leur résidence.

Background: Prompt antibiotic treatment of sepsis improves the outcome, but dependence on clinical diagnosis for empiric therapy leads to overuse of antibiotics which in turn promotes the emergence of antibiotic resistance. Blood culture takes time and molecular diagnosis may not be available or affordable. The use of procalcitonin (PCT) as a biomarker to guide antibiotic therapy in adults is less established compared to children. This study was therefore designed to evaluate the usefulness of PCT as a biomarker to aid early commencement of antibiotics among adult patients with sepsis in a tertiary healthcare facility in Lagos, Nigeria. Methodology: Three hundred patients with clinical diagnosis of sepsis made by the managing physicians were recruited for the study. Criteria used for clinical diagnosis of sepsis include tachycardia, tachypnea, fever or hypothermia and presence of leukocytosis, bandemia or leucopenia. The patients were selected using systematic consecutive sampling methods. A sepsis work-up including quick sequential organ failure assessment (qSOFA), white blood cell count (WCC), aerobic blood culture and estimation of serum PCT levels were done for all the participants. Data were analysed using the Statistical Package for Social Sciences (SPSS) for windows version 25.0. Sensitivity, specificity, positive, and negative predictive values, accuracy and likelihood ratio of PCT against blood culture, WCC and qSOFA score were determined. Association between variables was measured using Fisher exact test (with Odds ratio and 95% confidence interval). P-value ˂0.05 was considered statistically significant. Results: There were 127 (42.3%) males and 173 (53.7%) females with the mean age of 44.9±14.5 years. Majority (96.2%, n=75/78) of the patients who were culture positive for bacterial pathogens had PCT level ≥10ng/ml, which showed statistically significant association of bacteraemia with PCT level (OR=1362.5, 95% CI=297.9-6230.5, p˂0.0001). At PCT cut-off value of 0.5ng/ml, the negative predictive value of 100% almost confirms absence of systemic bacterial infection. The high sensitivity, specificity, positive predictive value, negative predictive value,accuracy and likelihood ratio of 94.9%, 98.6%, 96.2%, 98.2%, 97.7%, and 69.9 respectively recorded at PCT level of 10ng/ml indicates that this cut-off level is strongly diagnostic of systemic bacterial infection. Conclusion: In this study, we observed that PCT levels were significantly higher in patients with positive culture (bacteraemia) and PCT was able to differentiate bacterial sepsis from non-bacterial infections. The findings of this study support the usefulness of PCT as a biomarker for early diagnosis of systemic bacterial infections in adult patients. French title: Évaluation de la procalcitonine en tant que biomarqueur de la septicémie bactérienne chez la population adulte dans un établissement de soins de santé tertiaires à Lagos, au Nigeria Contexte: Un traitement antibiotique rapide de la septicémie améliore les résultats, mais la dépendance au diagnostic clinique pour le traitement empirique conduit à une surutilisation des antibiotiques qui à son tour favorise l'émergence de la résistance aux antibiotiques. L'hémoculture prend du temps et le diagnostic moléculaire peut ne pas être disponible ou abordable. L'utilisation de la procalcitonine (PCT) comme biomarqueur pour guider l'antibiothérapie chez l'adulte est moins établie que chez l'enfant. Cette étude a donc été conçue pour évaluer l'utilité de la PCT en tant que biomarqueur pour faciliter le début précoce des antibiotiques chez les patients adultes atteints de septicémie dans un établissement de soins de santé tertiaire à Lagos, au Nigeria. Méthodologie: Trois cents patients avec un diagnostic clinique de septicémie posé par les médecins traitants ont été recrutés pour l'étude. Les critères utilisés pour le diagnostic clinique du sepsis comprennent la tachycardie, la tachypnée, la fièvre ou l'hypothermie et la présence d'une leucocytose, d'une bandémie ou d'une leucopénie. Les patients ont été sélectionnés à l'aide de méthodes d'échantillonnage consécutifs systématiques. Un bilan de septicémie comprenant une évaluation séquentielle rapide des défaillances d'organes (qSOFA), une numération des globules blancs (WCC), une hémoculture aérobie et une estimation des taux sériques de PCT a été effectué pour tous les participants. Les données ont été analysées à l'aide du package statistique pour les sciences sociales (SPSS) pour Windows version 25.0. La sensibilité, la spécificité, les valeurs prédictives positives et négatives, la précision et le rapport de vraisemblance de la PCT par rapport à l'hémoculture, le WCC et le score qSOFA ont été déterminés. L'association entre les variables a été mesurée à l'aide du test exact de Fisher (avec rapport de cotes et intervalle de confiance à 95 %). La valeur P ˂0,05 a été considérée comme statistiquement significative. Résultats: Il y avait 127 (42,3%) hommes et 173 (53,7%) femmes avec un âge moyen de 44,9±14,5 ans. La majorité (96,2%, n=75/78) des patients dont la culture était positive pour les agents pathogènes bactériens avaient un taux de PCT ≥ 10ng/ml, ce qui a montré une association statistiquement significative de la bactériémie avec le taux de PCT (OR=1 362,5, IC à 95%=297,9-6230.5, p˂0.0001). À la valeur seuil PCT de 0,5ng/ml, la valeur prédictive négative de 100% confirme presque l'absence d'infection bactérienne systémique. La sensibilité élevée, la spécificité, la valeur prédictive positive, la valeur prédictive négative, l'exactitude et le rapport de vraisemblance de 94,9%, 98,6%, 96,2%, 98,2%, 97,7% et 69,9 respectivement enregistrés au niveau PCT de 10 ng/ml indiquent que cette réduction- hors niveau est fortement le diagnostic d'une infection bactérienne systémique. Conclusion: Dans cette étude, nous avons observé que les taux de PCT étaient significativement plus élevés chez les patients ayant une culture positive (bactériémie) et que la PCT était capable de différencier la septicémie bactérienne des infections non bactériennes. Les résultats de cette étude confirment l'utilité de la PCT en tant que biomarqueur pour le diagnostic précoce des infections bactériennes systémiques chez les patients adultes.

Objectives: Student Assessment of Education, is an institutional standard in a growing number of universities. CAMES instituted it in one of its repositories, but no data was available at our university. The aim was to evaluate the teaching of medical imaging course in master’s 2 by students with a view to making improvements Methods: cross-sectional study of the evaluation of a teaching by students on the teaching unit “pathology in medical imaging” provided to students in master 2 of medicine. The results were obtained through a paper survey for guided responses and an electronic survey for free comments. The variables studied were: the gender of students, the response rate, participation in teaching, overall evaluation of teaching, achievement of teaching objectives, teaching content, pedagogy used, knowledge control and organization of teaching. The statistical tests used were the student’s test after converting the responses into quantitative data with 0 = not at all, 1 = rather no, 2 = rather yes, 3= quite satisfactory. Results: a total of 237 out of 426 regularly enrolled students answered the survey, ie a response rate of 55.63%. There were 52.32% girls (124). One hundred and fifty-two students (65.52%) had attended all classes. The overall assessment of the teaching was considered satisfactory by 90.90% of the students. The satisfactory rate was over 80% for all items except that of materiel conditions (78.18%) entering into the pedagogy used. The objectives were clearly defined and those stated were met 100%. The introduction of syllabi and formal tutorials were the students ‘request. Conclusion: this evaluation of teaching showed a fairly satisfactory rate expressed by the student with an average of 96.84%. However, areas of improvement were mentioned by them and must be taken into account for quality education RÉSUMÉ Objectif : L’évaluation de l’enseignement par les étudiants (EEE), est une norme institutionnelle dans un nombre croissant d'universités. Le CAMES (Conseil Africain et malgache pour l’Enseignement Supérieur) l’a institué dans un de ses référentiels, mais aucune donnée n’a été disponible dans notre université. Le but était d’évaluer l’enseignement du cours d’imagerie médicale en master 2 par les étudiants en vue d’apporter des améliorations. Méthodes : Étude transversale d’Évaluation d'un Enseignement par les Étudiants (EEE) sur l’unité d’enseignement « pathologie en imagerie médicale » dispensée aux étudiants en master 2 de médecine. Les résultats ont été obtenus à travers un questionnaire papier pour les réponses guidées et un questionnaire électronique pour les commentaires libres. Les variables étudiées étaient : le genre des étudiants, le taux de réponse, la participation aux enseignements, l’évaluation globale de l’enseignement, l’atteinte des objectifs de l’enseignement, le contenu de l’enseignement, la pédagogie utilisée, le contrôle de connaissance et l’organisation de l’enseignement. Les tests statistiques utilisés étaient le test de Student après avoir converti les réponses en données quantitatives avec 0 = pas du tout ; 1 = plutôt non, 2 = plutôt oui ; 3 = tout à fait satisfaisant. Résultats : Au total 237 sur 426 étudiants régulièrement inscrits ont répondu au questionnaire soit un taux de réponse de 55,63 %. Il y avait 52,32% de filles (124). Cent cinquante-deux étudiants (65,52 %) avaient assisté à tous les cours. L’évaluation globale de l’enseignement, était jugée satisfaisante par 90,90% des étudiants. Le taux de satisfaction était au-dessus de 80 % pour tous les items sauf celui des conditions matérielles (78,18%) entrant dans la pédagogie utilisée. Les objectifs étaient clairement définis et ceux énoncés étaient respectés à 100%. L’introduction des syllabi et de TD formalisés constituaient la requête des étudiants. Conclusion : cette évaluation de l’enseignement a montré une satisfaction exprimée par les étudiants avec une moyenne de 96,84 %. Cependant des pistes d’améliorations ont été évoquées par ceux-ci et doivent être prises en compte pour un enseignement de qualité.

INTRODUCTION: This exploratory study was intended to shed light on Canadian academics’ participation in, knowledge of and attitudes towards Open Access (OA) journal publishing. The primary aim of the study was to inform the authors’ schools’ educational and outreach efforts to faculty regarding OA publishing. The survey was conducted at two Canadian comprehensive universities: Brock University (St. Catharines, Ontario) and Wilfrid Laurier University (Waterloo, Ontario) in 2014. METHODS: A Web-based survey was distributed to faculty at each university. The data was analyzed using descriptive statistics. LIMITATIONS: Despite the excellent response rates, the results are not generalizable beyond these two institutions. RESULTS: The Brock response rate was 38 percent; the Laurier response rate was 23 percent from full-time faculty and five percent from part-time faculty. Brock and Laurier faculty members share common characteristics in both their publishing practices and attitudes towards OA. Science/health science researchers were the most positive about OA journal publishing; arts and humanities and social sciences respondents were more mixed in their perceptions; business participants were the least positive. Their concerns focused on OA journal quality and associated costs. CONCLUSION: While most survey respondents agreed that publicly available research is generally a good thing, this study has clearly identified obstacles that prevent faculty’s positive attitudes towards OA from translating into open publishing practices. INTRODUCTION : Cette étude exploratoire tente de mieux comprendre la participation, les connaissances et les attitudes des universitaires canadiens envers la publication en libre accès. Le but premier de cette étude est d’éclairer les campagnes éducatives et de sensibilisation concernant la publication en libre accès auprès des institutions des auteurs. Un sondage a été mené en 2014 à deux universités à vocation générale canadiennes : Brock University (St. Catherine, Ontario) et Wilfrid Laurier University (Waterloo, Ontario). MÉTHODES : Un sondage en ligne a été envoyé au corps professoral de chaque université. Les données ont été analysées à l’aide de statistiques descriptives. LIMITES : Malgré l’excellent taux de réponse, les résultats ne peuvent être généralisés au-delà des deux universités. RÉSULTATS : Le taux de réponse de Brock était de 38%; celui de Laurier était de 23% pour les professeurs à temps plein et 5% pour les professeurs à temps partiel. Les professeurs des deux universités partagent quelques caractéristiques quant à leurs pratiques et attitudes envers le libre accès. Les chercheurs en médecine et en sciences de la santé étaient les plus positifs envers la publication dans des revues en libre accès; les répondants des arts, sciences humaines et sciences sociales avaient des opinions mixtes; les participants en gestion étaient les moins positifs. Leurs inquiétudes portaient sur la qualité des revues en libre accès et les coûts associés. CONCLUSION : Malgré le fait que la plupart des répondants croient qu’il est bon que la recherche soit disponible au grand public, cette étude identifie clairement des obstacles qui empêchent les professeurs de passer d’attitudes positives envers le libre accès à des pratiques concrètes de publication ouverte.

<p><strong>ABSTRACT</strong></p><p><strong>Background:</strong> The Winter–Tozer equation for estimating free phenytoin concentration is biased and imprecise. Alternative predictive equations are available, but most remain unvalidated.</p><p><strong>Objectives:</strong> To assess the bias and precision of the Winter–Tozer equation and selected derivative equations in predicting free phenytoin concentration and to derive new equations with better predictive performance.</p><p><strong>Methods:</strong> A retrospective chart review (for patients with samples drawn for free phenytoin concentration between September 2008 and September 2013) was conducted for 3 subpopulations (critical care, general medicine, neurology) in one hospital. Patients were included if older than 18 years with values for free phenytoin concentration available and were excluded if phenytoin was not at steady state or if they were undergoing hemodialysis or receiving enzyme inhibitors or inducers that would affect phenytoin clearance. The predictive performance measures used were mean prediction error (MPE), root mean square error, and Bland–Altman plots. Spearman rank correlation and multiple linear regression were performed with log-transformed data.</p><p><strong>Results:</strong> In total, 133 patients were included (70 men [53%]; mean age ± standard deviation 64 ± 19 years; serum creatinine 90.4 ± 64.0 μmol/L; albumin 26.4 ± 7.0 g/L). In the combined population, the Winter–Tozer equation (MPE 1.7 μmol/L, 95% confidence interval [CI] 1.5 to 1.9) and the Anderson equation (MPE 0.5 μmol/L, 95% CI 0.3 to 0.7) overpredicted free phenytoin concentration, whereas the first Kane equation tended to underpredict free phenytoin (MPE –0.2 μmol/L, 95% CI –0.4 to 0.0), and the second Kane equation significantly underpredicted free phenytoin (MPE –0.3 μmol/L, 95% CI –0.5 to –0.1). In each subpopulation, the Winter–Tozer equation overpredicted true concentration with greater bias and imprecision. All equations performed poorly in the critical care subpopulation. Only albumin (R2 = 0.09) and total phenytoin concentration (R2 = 0.53) were correlated with free phenytoin concentration. The equation derived by multiple linear regression exhibited significantly less bias and imprecision than the Winter–Tozer equation in the validation set (p &lt; 0.05). A new, user-friendly equation, specific to the authors’ patient population, was derived, which had an albumin coefficient of 0.275.</p><p><strong>Conclusions:</strong> Relatively poor predictive performance of the Winter–Tozer and derivative equations calls for more precise and less biased equations. The novel equations presented here, which had better predictive performance for free phenytoin concentration and were based on a large sample of adult patients, should be further validated in other institutions.</p><p><strong>RÉSUMÉ</strong></p><p><strong>Contexte :</strong> L’équation de Winter–Tozer qui permet d’estimer le taux de phénytoïne libre est biaisée et imprécise. Il existe des équations prédictives de rechange, mais la plupart ne sont pas validées.</p><p><strong>Objectifs :</strong> Évaluer le biais et la précision de l’équation de Winter Tozer et des équations dérivées choisies pour la prédiction du taux de phénytoïne libre et produire de nouvelles équations dotées d’une meilleure capacité prédictive.</p><p><strong>Méthodes :</strong> Une analyse rétrospective des dossiers médicaux (de patients chez lesquels on a mesuré la concentration de phénytoïne libre entre septembre 2008 et septembre 2013) a été menée au sein de trois sous-populations (soins intensifs, médecine générale et neurologie) dans un seul hôpital. Les patients retenus étaient des adultes âgés de plus de 18 ans dont le dossier contenait des données sur la concentration de phénytoïne libre. Les patients étaient exclus si la concentration de phénytoïne n’était pas à l’équilibre, s’ils étaient traités par hémodialyse ou s’ils prenaient des inhibiteurs ou des inducteurs enzymatiques ayant un effet sur la clairance de la phénytoïne. Les mesures de capacité prédictive comprenaient : l’erreur de prédiction moyenne, l’erreur quadratique moyenne et les graphiques de Bland–Altman. La corrélation des rangs de Spearman et une régression linéaire multiple ont été réalisées à partir de données transformées en log.</p><p><strong>Résultats :</strong> Au total, 133 patients ont été retenus (70 hommes [53 %]; âge moyen ± écart-type de 64 ± 19 ans; créatinine sérique de 90,4 ± 64,0 μmol/L; albumine sérique 26,4 ± 7,0 g/L). Dans l’ensemble de la population, l’équation de Winter–Tozer (erreur de prédiction moyenne de 1,7 μmol/L, intervalle de confiance [IC] à 95 % de 1,5 à 1,9) et l’équation d’Anderson (erreur de prédiction moyenne de 0,5 μmol/L, IC à 95 % de 0,3 à 0,7) ont surestimé la concentration de phénytoïne libre; la première équation de Kane avait tendance à sous-estimer le taux de phénytoïne libre (erreur de prédiction moyenne de –0,2 μmol/L, IC à 95 % de –0,4 à 0,0)] et la seconde équation de Kane a significativement sous-estimé le taux de phénytoïne libre (erreur de prédiction moyenne de –0,3 μmol/L, IC à 95 % de –0,5 à –0,1). Pour chacune des sous populations, l’équation de Winter–Tozer surévaluait la concentration réelle et était plus biaisée et moins précise. Aucune équation n’a obtenu de bons résultats pour la sous-population en soins intensifs. Seules l’albumine sérique (R2 = 0,09) et la concentration totale de phénytoïne (R2 = 0,53) étaient corrélées à la concentration de phénytoïne libre. L’équation obtenue par régression linéaire multiple était beaucoup moins biaisée et imprécise que l’équation de Winter–Tozer parmi l’ensemble de validation (p &lt; 0,05). Une nouvelle équation, plus simple à utiliser, spécifique à la population de patients des auteurs, a été produite, avec un coefficient d’albumine de 0,275.<strong> </strong></p><p><strong>Conclusion :</strong> Les capacités prédictives relativement mauvaises de l’équation de Winter–Tozer et des équations qui en découlent soulignent l’importance d’adopter des équations plus précises et moins biaisées. Les nouvelles équations mises de l’avant dans la présente étude, équations qui affichent une meilleure capacité prédictive pour la concentration de phénytoïne libre et qui s’appuient sur un important échantillon de patients adultes, doivent être validées dans d’autres établissements.</p>

Background: The relationship between a preceptor and a learner is complex and can be prone to conflict. The issue of conflict in experiential education has been studied in medicine, nursing, social work, and education; however, conflict between pharmacy preceptors and learners has not been described. Objective: To describe types of conflict between pharmacy preceptors and learners, the outcomes of such conflict, the impacts on the preceptor-learner relationship, and conflict-resolution strategies. Methods: An anonymous electronic survey of pharmacist preceptors and pharmacy residents in British Columbia was conducted. The survey included various types of questions to enrich the quality of responses (e.g., Likert scale, ranking, and requests for comments). Descriptive statistics were used. Results: Forty-nine participants completed the survey from the preceptor’s perspective, 12 from the learner’s perspective, and 4 from both perspectives. Sixty percent of preceptors (32/53) and 75% of learners (12/16) admitted experiencing conflict. Preceptors (n = 27) cited the learner’s professionalism (74%), knowledge/skills (59%), communication issues (59%), personal issues (56%), and punctuality/ attendance (52%) as causes of conflict. Learners, however (n = 12), cited differing expectations (67%), teaching versus learning style preferences (50%), and communication issues (67%) as causes of conflict. The majority of preceptors and learners indicated that conflict had negatively affected the relationship; however, most preceptors (69% [18/26]) and learners (50% [6/12]) agreed or strongly agreed with the statement, “I have generally felt comfortable working with preceptors/learners after a conflict.” More learners than preceptors felt that the learner’s ability to perform was negatively affected by the conflict (92% [11/12] versus 52% [13/25]). Preceptors were more likely to take initiative to resolve conflict. Verbal communication was the method of conflict resolution preferred by both preceptors and learners. Most preceptors and learners indicated that they felt that conflicts were generally resolved. Conclusions: Conflict was common in the pharmacy preceptor-learner relationship. Pharmacy preceptors and learners had different perspectives about the causes and outcomes of conflict. RÉSUMÉ Contexte : La relation entre le précepteur et l’apprenant est complexe et peut entraîner des conflits. Le problème du conflit dans le domaine de l’éducation expérientielle a été étudié en médecine, en infirmerie, en travail social et en éducation; cependant, il n’existe aucune description des conflits entre les précepteurs et les apprenants en pharmacie. Objectif : Décrire les types de conflits entre les précepteurs en pharmacie et les apprenants, les conséquences de tels conflits ainsi que les impacts sur la relation précepteur-apprenant et les stratégies de résolution de conflit. Méthodes : Une enquête électronique anonyme a été menée auprès de précepteurs et de résidents en pharmacie en Colombie-Britannique. L’enquête comprenait diverses questions visant à enrichir la qualité des réponses (p. ex., échelle de Likert, classement et demandes de commentaires). L’étude s’appuie sur des statistiques descriptives. Résultats : Quarante-neuf participants ont répondu à l’enquête en adoptant le point de vue du précepteur, 12 en adoptant celui de l’apprenant et 4 ont adopté le point de vue de l’apprenant et du précepteur. Soixante pour cent des précepteurs (32/53) et 75 % des apprenants (12/16) ont admis traverser des conflits. Les sources de conflits citées par les précepteurs (n = 27) sont le professionnalisme de l’apprenant (74 %), les connaissances et compétences (59 %), les problèmes de communication (59 %), les problèmes personnels (56 %) ainsi que la ponctualité et la présence (52 %). Quant aux apprenants (n = 12), ils ont cité des attentes divergentes (67 %), des préférences de style d’enseignement ou d’apprentissage (50 %) et des problèmes de communication (67 %) comme causes de conflit. La majorité des précepteurs et des apprenants ont indiqué que ces conflits avaient affecté la relation; cependant, la plupart des précepteurs (69 % [18/26]) et des apprenants (50 % [6/12]) étaient d’accord ou fortement d’accord avec l’énoncé suivant : « En général, je me suis senti à l’aise de travailler avec des précepteurs ou des apprenants après un conflit. » Un plus grand nombre d’apprenants que de précepteurs ont perçu que le conflit avait perturbé la capacité de l’apprenant (92 % [11/12] par rapport à 52 % [13/25]). Les précepteurs étaient plus enclins à faire preuve d’initiative pour résoudre le conflit. La communication verbale était la méthode de résolution de conflit préférée des précepteurs et des apprenants. La plupart des précepteurs et des apprenants ont indiqué ressentir que les conflits étaient généralement résolus. Conclusions : Le conflit était répandu dans la relation précepteur et apprenant en pharmacie. Les précepteurs en pharmacie et les apprenants avaient différents points de vue sur les causes et les conséquences de ces conflits.

<p><strong>ABSTRACT</strong></p><p><strong>Background:</strong> Symptomatic venous thromboembolism (VTE) occurs in about 1% of patients within 3 months after admission to a medical unit. Recent evidence for thromboprophylaxis in an unselected medical inpatient population has suggested only a modest net benefit. Consequently, guidelines recommend careful risk stratification to guide thromboprophylaxis.</p><p><strong>Objectives:</strong> To compare candidacy for thromboprophylaxis according to 4 risk stratification models: a regional preprinted order (PPO) set used in the study institution, the Padua Prediction Score, and the IMPROVE predictive and associative risk assessment models.</p><p><strong>Methods:</strong> A retrospective review of health records was undertaken for patients with no contraindication to pharmacologic thromboprophylaxis who were admitted to the internal medicine service of a teaching hospital between April and July 2013.</p><p><strong>Results:</strong> Of the 298 patients in the study cohort, 238 (80.0%) received pharmacologic thromboprophylaxis on admission, ordered according to the regional PPO. However, according to the Padua and the IMPROVE predictive risk assessment models, only 64 (21.5%) and 21 (7.0%) of the patients, respectively, were eligible for thromboprophylaxis at the time of admission. On the basis of risk factors identified during the subsequent hospital stay, 54 (18.1%) of the patients were eligible for thromboprophylaxis according to the IMPROVE associative model. Chance-corrected agreement between the PPO and the published risk assessment models was generally poor, with kappa coefficients of 0.109 for the PPO compared with the Padua Prediction Score and 0.013 for the PPO compared with the IMPROVE predictive model.</p><p><strong>Conclusions:</strong> These data suggest that quantitative models such as the Padua Prediction Score and the IMPROVE models identify more patients at low risk of venous thromboembolism than do in-hospital qualitative risk assessment models. Adoption of these guideline-based risk assessment models for predicting thromboembolic risk in medical inpatients could reduce the use of pharmacologic thromboprophylaxis from 80% to as low as 7%. Further external prognostic validation of risk assessment models and impact analysis studies may show improvements in safety and resource utilization.</p><p><strong>RÉSUMÉ</strong></p><p><strong>Contexte :</strong> La thromboembolie veineuse symptomatique se produit chez environ 1 % des patients dans les trois mois suivant leur admission à un service médical. Des données récentes portant sur la thromboprophylaxie chez une population non sélectionnée de patients hospitalisés ne suggéraient qu’un modeste avantage. Par conséquent, les lignes directrices recommandent une stratification du risque rigoureuse pour guider l’emploi d’une thromboprophylaxie.</p><p><strong>Objectifs :</strong> Comparer l’admissibilité à la thromboprophylaxie en fonction de quatre modèles de stratification du risque : un ensemble d’ordonnances préimprimées adopté dans une région et utilisé dans l’établissement à l’étude, le score prédictif de Padua et les modèles prédictifs et associatifs d’évaluation du risque issus de l’étude IMPROVE.</p><p><strong>Méthodes :</strong> Une analyse rétrospective des dossiers médicaux a été menée auprès des patients ne présentant pas de contre-indication à la thromboprophylaxie médicamenteuse qui ont été admis au service de médecine interne d’un hôpital universitaire entre avril et juillet 2013.</p><p><strong>Résultats :</strong> Parmi les 298 patients de l’étude de cohorte, 238 (80,0 %) ont reçu une thromboprophylaxie médicamenteuse au moment de l’admission, prescrite conformément à l’ensemble d’ordonnances préimprimées en usage dans la région. Or, respectivement selon les modèles prédictifs d’évaluation du risque Padua et IMPROVE, seuls 64 (21,5 %) et 21 (7,0 %) des patients étaient admissibles à la thromboprophylaxie au moment de l’admission. En fonction de facteurs de risques identifiés pendant le séjour subséquent à l’hôpital, 54 (18,1 %) des patients étaient admissibles à la thromboprophylaxie selon le modèle associatif IMPROVE. L’accord corrigé pour le hasard entre l’ensemble d’ordonnances préimprimées et les modèles d’évaluation du risque publiés était généralement faible, les coefficients de kappa étant de 0,109 pour l’ensemble d’ordonnances préimprimées comparé au score prédictif de Padua et de 0,013 pour l’ensemble d’ordonnances préimprimées comparé au modèle prédictif IMPROVE.</p><p><strong>Conclusions :</strong> Ces données suggèrent que les modèles quantitatifs comme le score prédictif de Padua et les modèles IMPROVE permettent de dépister plus de patients qui sont à faible risque de thromboembolie veineuse que ne le permettent les modèles qualitatifs d’évaluation du risque propres aux hôpitaux. L’adoption de ces modèles d’évaluation du risque mis de l’avant dans des lignes directrices pour prédire les risques d’événements thromboemboliques chez les patients médicaux hospitalisés pourrait réduire l’utilisation de la thromboprophylaxie médicamenteuse, qui pourrait passer de 80 % à aussi peu que 7 %. De plus amples validations externes quant à la valeur prédictive des modèles d’évaluation du risque et des études d’analyse d’impact pourraient montrer des améliorations à la sécurité et une réduction de l’utilisation des ressources.</p>

Le cancer de l’endomètre est le plus fréquent des cancers gynécologiques pelviens. L’envahissement ganglionnaire constitue l’un des principaux facteurs pronostiques mais le rôle des curages ganglionnaires reste débattu.Nous avons construit le score PREGE (Prédiction du Risque d’Envahissement Ganglionnaire dans le cancer de l’Endomètre), à partir d’une base de données de près de 20000 cancers de l’endomètre, après la sélection de caractéristiques individuelles (race et âge) et tumorales définitives, obtenues sur la pièce d’hystérectomie (type, grade et extension locale) significativement associées à l’existence de métastase ganglionnaire. Le score PREGE a été validé sur une base de données multicentrique française (AUC dans les populations de développement et de validation de 0,80 et 0,79 respectivement). Le score était correctement calibré.En utilisant les données préopératoires (IRM et biopsie d’endomètre), les capacités de discrimination du score PREGE étaient conservées. Différents seuils d’intérêt pour la décision clinique ont été définis. Avec un seuil de 100 points, la valeur prédictive négative était de 100%.Dans aucun quantile du score PREGE, la survie spécifique n’était supérieure chez les patientes ayant eu une lymphadénectomie. Toutefois, avec un seuil prédit d’envahissement ganglionnaire supérieur à 20%, nous avons mis en évidence un bénéfice de la lymphadénectomie emportant au moins 10 ganglions.L’utilisation du score PREGE pour la sélection des patientes atteintes d’un cancer de l’endomètre candidates à une lymphadénectomie pourrait permettre de réduire le recours à cette intervention morbide sans altérer la survie spécifique
Endometrial cancer is the most common malignancy of the female genital tract. Lymph node metastasis is one of the most important prognostic factors. However, the therapeutic role of lymphadenectomy is still debated.We developed the score PREGE, able to predict lymph node metastasis based on pathological hysterectomy characteristics in endometrial cancer. Data from almost 20,000 patients who underwent hysterectomy and lymphadenectomy were analyzed and significant prognostic features were selected: final pathological characteristics (histologic type, grade and primary site tumoral extension) and patients’ characteristics (age and race). In a French multicentric cohort, the nomogram showed good discrimination (AUC=0.79 ) and was well calibrated.Lymph node metastasis prediction by the score using preoperative data was as accurate as that obtained using the final tumor characteristics. With a cut-off value of 100 points for the total score, the negative predictive value was 100%.Patients were clustered into quintiles according to their lymph node metastasis probability. The cancer related survival was compared based on whether patients underwent lymphadenectomy. In the five quintile groups, the specific survival rate was significantly higher in the patients who did not undergo lymphadenectomy. However, when lymph node letastatic probabilityexceeded 20%, specific survival was higher in patients in whom at least 10 lymph nodes were removed.PREGE score could be useful to select few patients who will really benefit from lymphadenectomy and avoid lymphadenectomy in most patients with endometrial cancer

La Fibrillation Atriale (FA) est une maladie cardiaque complexe aux proportions épidémiques. Elle se caractérise par une activation électrique chaotique et créé un environnement hémodynamique propice à la formation de caillots et à l'augmentation du risque d'accidents vasculaires cérébraux (AVC) ischémiques. Bien qu'il existe des traitements et interventions préventives visant à réduire l'incidence d'AVC, ils impliquent une augmentation du risque d'autres complications médicales ou consistent en des procédures invasives. C'est pourquoi les tentatives de stratification du risque d'AVC dans la FA sont d'une importance cruciale pour la prise de décision clinique. Malgré cela, les scores de risque actuellement utilisés ne reposent que sur des informations élémentaires du patient et sont peu performants. Aucun marqueur connu ne reflète le processus mécanique de l'AVC, tandis que de plus en plus de données sont collectées de façon routinière sans être utilisées. Bien que de nombreuses études cliniques suggèrent que l'Atrium Gauche (AG) joue un rôle important dans l’occurrence d'AVC, celles-ci ce basent sur des mesures subjectives pour le vérifier. En contraste, nous souhaitons exploiter l'avancée des méthodes de stratification d'imagerie médicale pour valider cette intuition.Pour cela, nous traduisons le lien existant entre l'anatomie de l'AG et le risque d'AVC en un problème géométrique, nous permettant ainsi de bénéficier d'un riche historique de ressources théoriques et appliquées sur l'analyse de formes. Nous passons en revue les nombreuses facettes de l'analyse de formes, et réalisons que, bien que puissantes, les méthodes existantes manquent d'interprétations cliniquement significatives. Nous nous basons néanmoins sur ces outils généraux pour construire une représentation compacte spécifique à l'AG qui permet une meilleure interprétation des résultats. Cette première tentative nous permet d'identifier les éléments clés d'une solution réaliste à l'étude de l'AG. Parmi eux, tout outil que nous construirons devra être suffisamment rapide et robuste pour être adaptés a de potentiels large études prospectives. Puisque l'étape cynétiquement déterminante du processus réside dans la segmentation sémantique des parties anatomiques de l'AG, nous nous concentrons sur l'utilisation de réseaux de neurones spécifiquement conçus pour les surfaces afin d'accélérer ce problème. En particulier, nous montrons que passer la courbure principale des formes en entrée des réseaux de neurones est un meilleur choix que ce qui est actuellement utilisé, quelle que soit l'architecture. Au fur et à mesure de l'amélioration itérative de notre pipeline, nous approfondissons l'utilisation de la segmentation sémantique et de la représentation compacte en proposant un ensemble de caractéristiques géométriques expressives décrivant l'AG -- parfaitement alignées avec les attentes des cliniciens tout en offrant la possibilité d'une analyse quantitative robuste. Nous utilisons ces caractéristiques locales et mettons en lumière les relations complexes entre la forme de l'AG et l'incidence d'AVC, en effectuant une analyse statistique ainsi qu'une classification à l'aide de méthodes basées sur les arbres de décision. Les résultats fournissent des informations précieuses pour la prédiction d'AVC : une liste de caractéristiques de forme directement liées aux patients victimes; des caractéristiques qui expliquent d'importants indicateurs de troubles hémodynamiques; et une meilleure compréhension de l'impact du remodelage de l'AG lié à l'état de la FA. Enfin, nous discutons d'autres utilisations possibles des outils développés dans ce travail, de l'étude de cohortes plus importantes à l'intégration dans des analyses multimodales, en passant par une potentielle analyse de sensibilité précise de simulation hémodynamiques, une étape précieuse pour une compréhension exhaustive du processus mécanique de l'AVC
Atrial Fibrillation (AF) is a complex heart disease of epidemic proportions. It is characterized by chaotic electrical activation which creates a haemodynamic environment prone to clot formation and an increase in risk of ischemic strokes. Although treatments and interventions exist to reduce stroke incidence, they often imply an increase in risk of other complications or consist in invasive procedures. As so, attempts of stratifying stroke risk in AF is of crucial importance for clinical decision-making. However, current widely used risk scores only rely on basic patient information and show poor performance. Importantly, no known markers reflect the mechanistic process of stroke, all the while more and more patient data is routinely available. In parallel, many clinical experts have hypothesized that the Left Atrium (LA) has an important role in stroke occurrence, yet have only relied on subjective measures to verify it. In this study, we aim at taking advantage of the evolving patient imaging stratification to substantiate this claim. Linking the anatomy of the LA to the risk of stroke can directly be translated into a geometric problem. Thankfully, the study and analysis of shapes knows a long-standing mathematical history, in theory as well as application, of which we can take full advantage. We first walk through the many facets of shape analysis, to realise that, while powerful, global methods lack clinically meaningful interpretations. We then set out to use these general tools to build a compact representation specific to the LA, enabling a more interpretable study. This first attempt allows us to identify key facts for a realistic solution to the study of the LA. Amongst them, any tool we build must be fast and robust enough for potentially large and prospective studies. Since the computational crux of our initial pipeline lies in the semantic segmentation of the anatomical parts of the LA, we focus on the use of neural networks specifically designed for surfaces to accelerate this problem. In particular, we show that representing input shapes using principal curvature is a better choice than what is currently used, regardless the architecture. As we iteratively update our pipeline, we further the use of the semantic segmentation and the compact representation by proposing a set of expressive geometric features describing the LA which are well in line with clinicians expectations yet offering the possibility for robust quantitative analysis. We make use of these local features and shed light on the complex relations between LA shape and stroke incidence, by conducting statistical analysis and classification using decision tree based methods. Results yield valuable insights for stroke prediction: a list of shape features directly linked to stroke patients; features that explain important indicators of haemodynamic disorder; and a better understanding of the impact of AF state related LA remodelling. Finally, we discuss other possible use of the set of tools developed in this work, from larger cohorts study, to the integration into multi-modal models, as well as opening possibilities for precise sensitivity analysis of haemodynamic simulation, a valuable next step to better understand the mechanistic process of stroke

Cette thèse porte sur l'élaboration d'outils de géométrie riemannienne et de leur application en vue de la modélisation longitudinale de sujets atteints de maladies neuro-dégénératives. Dans une première partie, nous prouvons la convergence d'un schéma numérique pour le transport parallèle. Ce schéma reste efficace tant que l'inverse de la métrique peut être calculé rapidement. Dans une deuxième partie, nous proposons l'apprentissage une variété et une métrique riemannienne. Après quelques résultats théoriques encourageants, nous proposons d'optimiser la modélisation de progression de sujets comme des géodésiques sur cette variété
This PhD proposes new Riemannian geometry tools for the analysis of longitudinal observations of neuro-degenerative subjects. First, we propose a numerical scheme to compute the parallel transport along geodesics. This scheme is efficient as long as the co-metric can be computed efficiently. Then, we tackle the issue of Riemannian manifold learning. We provide some minimal theoretical sanity checks to illustrate that the procedure of Riemannian metric estimation can be relevant. Then, we propose to learn a Riemannian manifold so as to model subject's progressions as geodesics on this manifold. This allows fast inference, extrapolation and classification of the subjects

Nous proposons une nouvelle approche pour évaluer la responsabilité d'un médicament dans la survenue d'un événement indésirable. Cette approche est basée sur la fonction logistique, dans laquelle 7 critères d'imputabilité sont pondérés dans un modèle de régression utilisant un consensus d'expert comme référence. Un échantillon de 30 observations d'événements indésirables (32 couples médicament-effet indésirable) a été sélectionné dans les données de la base de la Pharmacovigilance Française. La probabilité de responsabilité de chaque médicament a été évaluée par un premier groupe d'experts (référence). Un second groupe d'experts a évalué les sept critères d'imputabilité. La pondération statistique a été réalisée en utilisant un modèle de régression linéaire avec le logit(p) comme variable dépendante et les critères d'imputabilité comme variables explicatives. Après s'être assuré de la validité et de la fiabilité de la nouvelle méthode, une version finale et opérationnelle a été proposée
We propose a new approach for the assessment of adverse drug reactions (ADRs), based on the logistic function, in which seven operational criteria were weighted in a regression model by using a consensus of experts as gold standard. A sample of 30 ADRs involving to 32 suspect drugs was randomly selected from the French pharmacovigilance database. The probability of drug causation was assessed by consensus by a first group of five senior experts using global introspection. This probability was used as gold standard. A second group of five senior experts assessed the seven criteria for each case. The statistical weighting was performed by using a multi-linear regression with logit(p) as dependent variable and the 7 seven judgement as independent variables. After assessment of the validity and reliability of the new method, a final and operational version was retained and proposed as routine tool

Une methode originale basee sur la classification automatique est proposee pour segmenter les images des series dynamiques. Un test rigoureux et original est propose pour determiner le nombre de facteurs independants statistiquement significatifs contenus dans une serie d'images scintigraphiques. En microscopie electronique les methodes d'analyse multivariee peuvent etre utilisees pour la classification de series d'images de macromolecules et pour la reconstruction en 3 dimensions

Le cancer est la cause la plus fréquente de décès dans le monde, avec 8,2 millions de décès par an. Des études génomiques à grande échelle ont montré que chaque tumeur est caractérisée par un profil génomique unique, conduisant au développement de la médecine de précision, où le traitement est adapté aux altérations génomiques de la tumeur du patient. Dans le cancer du sein précoce HR+/HER2-, les caractéristiques clinicopathologiques des patientes, bien qu’elles aient une valeur pronostique claire, ne sont pas suffisantes pour expliquer entièrement le risque de rechute à distance. L'objectif principal de ce projet de thèse était de déterminer les altérations génomiques impliquées dans la rechute à distance, en plus des paramètres cliniques des patientes, en utilisant des méthodes statistiques et informatiques. Ce projet a été réalisé à partir de données cliniques et génomiques (nombre de copies et mutations) issues des études PACS04 et METABRIC.Dans la première partie de mon projet de thèse, j’ai tout d’abord évalué la valeur pronostique du nombre de copies de gènes prédéfinis (FGFR1, Fibroblast Growth Factor Receptor 1 ; CCND1, Cyclin D1 ; ZNF217, Zinc Finger protein 217 ; ERBB2 ou HER2, Humain Epidermal Growth Factor) ainsi qu’un panel de mutations de gènes « driver ». Les résultats de l’étude PACS04 ont montrés que l’amplification de FGFR1 augmente le risque de rechute à distance alors que les mutations de MAP3K1 diminuent le risque de rechute. Ensuite, un score génomique fondé sur FGFR1 et MAP3K1 a été créé et a permis de déceler trois niveaux de risques de rechute à distance : risque faible (patientes ayant une mutation du gène MAP3K1), risque modéré (patientes n’ayant pas d’altération du nombre de copies de FGFR1 et n’ayant pas de mutation de MAP3K1) et risque élevé (patientes ayant une amplification de FGFR1 et n’ayant pas de mutation de MAP3K1). Enfin, ce score génomique a été validé sur une base de données publique, METABRIC. Dans la seconde partie de mon projet de thèse, de nouveaux biomarqueurs génomiques pronostiques de la survie ont pu être identifiés grâce aux méthodes pénalisées de type LASSO, prenant en compte la structure en bloc des données.Mots-clés : Altération du nombre de copies, mutations, cancer du sein, biomarqueurs, méthode de sélection de variables, réduction de dimension, modèle de Cox
Cancer is the most frequent cause of death in the world, with 8.2 million death / year. Large-scale genome studies have shown that each cancer is characterized by a unique genomic profile. This has led to the development of precision medicine, which aims at targeting treatment using tumor genomic alterations that are patient-specific. In hormone-receptor positive/human epidermal growth factor receptor-2 negative early breast cancer, clinicopathologic characteristics are not sufficient to fully explain the risk of distant relapse, despite their well-established prognostic value. The main objective of this thesis project was to use statistical and computational methods to assess to what extent genomic alterations are involved in distant breast cancer relapse in addition to classic prognostic clinicopathologic parameters. This project used clinical and genomic data (i.e., copy numbers and driver gene mutations) from the PACS04 and METABRIC trial.In the first part of my thesis project, I first evaluated prognostic value of copy numbers of predefined genes including FGFR1, Fibroblast Growth Factor Receptor 1; CCND1, Cyclin D1; ZNF217, Zinc Finger Protein 217; ERBB2 or HER2, Human Epidermal Growth Factor, as well as a panel of driver gene mutations. Results from the PACS04 trial showed that FGFR1 amplification increases the risk of distant relapse, whereas mutations of MAP3K1 decrease the risk of relapse. Second, a genomic score based on FGFR1 and MAP3K1, allowed to identify three levels of risk of distant relapse: low risk (patients with a MAP3K1 mutation), moderate risk (patients without FGFR1 copy number aberration and without MAP3K1 mutation) and high risk (patients with FGFR1 amplification and without MAP3K1 mutation). Finally, this genomic score was validated in METABRIC, a publicly available database. In the second part of my thesis project, new prognostic genomic biomarkers of survival were identified using penalized methods of LASSO type, taking into account the block structure of the data.Keywords: Copy number aberrations (CNA), mutations, breast cancer (BC), biomarkers, variable selection methods, dimension reduction, cox regression

La complexité qui traverse l'épidémiologie sociale et la médecine légale du vivant est de celle que l'on cherche à saisir par la variété des observations et par l'intrication de points de vue et d'échelles différentes - l'individu, le groupe, la société. Les méthodes du biomédical sont encore peu adaptées au traitement de la complexité, à sa représentation qui ne soit pas normative, statistique. Il existe un ensemble d'approches non statistiques, " non classiques ", qui puissent traiter simultanément un grand nombre de dimensions et qui permettent de réduire la complexité apparente en dégageant des objets d'étude spécifique. Nous présentons ici les principes et l'utilisation des techniques de reconnaissance de forme dans le cadre de l'épidémiologie sociale, en les appliquant à la recherche d'une typologie de recours aux soins, sur la base des données de la cohorte SIRS. Nous expliquons en quoi ces approches ont leur place, épistémologiquement et techniquement parlant, aux côtés des méthodes expérimentales classiques type essais randomisés contrôlés. Nous exposons également un autre moyen de réduire la complexité des données, tout en en préservant les qualités topologiques. Nous introduisons en médecine légale la notion de dimension intrinsèque, plus petite dimension nécessaire et suffisante à la description des données, et de techniques non linéaires de réduction de la dimension. Nous en appliquons les principes au cas de l'intégration de sources d'information multiples pour l'estimation de l'âge chez les adolescents migrants. Enfin, nous discutons les avantages et limites de ces approches ainsi que les perspectives qu'elles ouvrent à ces deux disciplines complémentaires
Social epidemiology and clinical legal medicine are hybrid objects that articulate several fields, accounting for social and interpersonal relationships. The complexity that characterizes them both is investigated through different viewpoints, scales and dimensions: the individual scale, the group scale and the society scale. The techniques used in biomedicine are not designed to properly deal with such a complexity, in a non-normative way. A wide range of alternative non-statistical, “non-classical” methods exist that can process simultaneously various dimensions so that we can reduce the apparent complexity of data while discovering scientific objects. Here, we present the principles and the use of clustering techniques, applied to social epidemiology. We applied different clustering techniques on data from the SIRS cohort to build a typology of healthcare utilization in the Paris metropolitan area. From an epistemological and technical viewpoint, we explain why these methods should take place beside other recognized but limited techniques such as randomized controlled trials. We introduce another but complementary kind of complexity reduction technique. The concept of intrinsic dimension is explained – the littlest dimension needed to describe properly data – and nonlinear dimensionality reduction techniques are applied in clinical legal medicine. With these tools, we explore whether the integration of multiple information sources is relevant in age estimation of living migrants. Finally, we discuss the pros and cons of these methods, as well as the opportunities they may create for both fields of social epidemiology and clinical legal medicine