Auswahl der wissenschaftlichen Literatur zum Thema „Lymphomes – Génétique“

Le syndrome d’activation macrophagique (SAM) ou syndrome hémophagocytaire est une pathologie compliquant soit certains déficits immunitaires d’origine génétique, soit certaines maladies hématologiques (essentiellement des lymphomes non hodgkiniens), infectieuses (herpèsvirus, bactéries, parasites) ou auto-immunes (lupus, maladie de Still). Il se caractérise par une suractivation aiguë du système immunitaire et plus particulièrement des lymphocytes T cytotoxiques et des cellules histiocytaires/macrophagiques, déclenchant une production massive de cytokines pro-inflammatoires avec fièvre, pancytopénie, organomégalie, altérations du bilan hépatique et de la coagulation. Une défaillance multiviscérale est fréquente, nécessitant la prise en charge en réanimation et mettant souvent en jeu le pronostic vital, avec une mortalité qui reste dans certains cas à près de 50 %. Le SAM implique souvent le rein, par le biais d’une nécrose tubulaire aiguë, d’une néphropathie interstitielle inflammatoire ou d’une glomérulopathie sévère, responsable de syndrome néphrotique. La mise en évidence de ce syndrome n’est pas toujours facile chez un patient avec un tableau de sepsis ou de choc septique, mais elle peut guider la prise en charge thérapeutique, notamment l’initiation d’un traitement par chimiothérapie ou immunosuppresseurs, selon l’étiologie identifiée.

Les lymphocytes T présentent des fonctions lytiques puissantes et leur adressage spécifique aux cellules tumorales afin de les détruire est un enjeu majeur. Leur ingénierie par transfert d’une construction génétique codant un fragment d’anticorps spécifique de la molécule CD19, exprimée par les lymphocytes B, fusionné à une unité de transduction d’un signal T a conduit à des résultats cliniques importants dans des formes avancées de lymphomes. Ces lymphocytes T modifiés, appelés CAR-T cells, ou plus simplement CAR pour chimeric antigen receptor, ont reçu une approbation par la Food and drug administration américaine en 2017 pour les deux premiers médicaments de thérapie cellulaire : le Kymriah™ et le Yescarta™. Ces CAR, conçus pour le traitement d’hémopathies malignes, permettent d’envisager la construction d’autres CAR dirigés, eux, contre des tumeurs solides. De nouvelles générations de CAR visent à mieux contrôler leur prolifération et à améliorer leurs fonctions in vivo grâce à la mise en place de mécanismes d’inactivation inductibles. Le développement des multi-CAR, des CAR spécifiques de plusieurs cibles, et leur combinaison aux inhibiteurs de points de contrôle immunitaires ouvrent une nouvelle ère pour l’immunothérapie des tumeurs.

Parmi les Encéphalopathies Spongiformes Transmissibles (EST), la tremblante du mouton est un modèle d’infection naturelle, caractérisé par la diversité des souches d’agent de transmission, par un rôle majeur des facteurs génétiques de réceptivité/sensibilité et par une transmission interindividuelle fréquente. La voie de contamination naturelle semble être orale. Chez des ovins génétiquement sensibles (PrPVRQ/VRQ) (premiers symptômes observés vers 20 à 24 mois), la PrPsc a été détectée dans les plaques de Peyer iléales dès l’âge de 21 jours. L’ensemble des formations lymphoïdes secondaires est envahi entre l’âge de 3 et 6 mois. Dans les tissus lymphoïdes, la PrPsc s’accumule d’abord dans les cellules CD 68+ (cellules dendritiques ou macrophages) puis dans les cellules folliculaires dendritiques. A partir des plexus nerveux myentériques, la PrPsc gagnerait le système nerveux central par les nerfs sympathiques et parasympathiques. Les cellules de Schwann pourraient jouer un rôle majeur dans ce transfert. L’envahissement du névraxe débute vers 9 à 10 mois d’âge, dans le noyau dorsal du nerf vague et dans les segments médullaires T4–T9. A partir des organes lymphoïdes et/ou nerveux, la PrPsc contamine d’autres tissus en particulier placentaire et musculaire. Les modalités de contamination, sanguine versus nerveuse, restent hypothétiques. L’accumulation de PrPsc dans le trophoblaste placentaire de brebis infectées, est déterminée par le génotype PrP du foetus. Dans les muscles d’ovins en phase d’incubation ou en phase clinique, la PrPsc est détectable dans des structures particulières, les fuseaux neuromusculaires, mais à des concentrations environ 5000 fois inférieures à celles détectées dans l’obex d’ovins en phase clinique. Chez les ovins, ces résultats (nature des tissus atteints, cinétique) sont étroitement dépendants du génotype PrP de l’hôte et probablement de la souche d’EST. L’extension à d’autres modèles animaux ou humains doit donc être réalisée avec prudence.

Le cancer bronchopulmonaire (CBP) est la première cause de mortalité par cancer en France et dans le monde, mais son pronostic tend à s’améliorer depuis une dizaine d’années grâce à de nouvelles classes de traitements : l’immunothérapie et les thérapies ciblées. L’immunothérapie stimule le système immunitaire afin d’engendrer une réponse antitumorale. Ces molécules peuvent être prescrites chez la plupart des patients avec un CBP non à petites cellules (CBNPC) métastatique et entraînent parfois des réponses tumorales majeures et durables pouvant dépasser les 24 mois. Toutefois, cette efficacité concerne entre 20 et 50 % des patients selon la ligne de traitement. Les thérapies ciblées sont des traitements oraux visant les cellules tumorales porteuses d’anomalies génétiques spécifiques (addictions oncogéniques) et intéressent moins de 15 % des patients avec CBNPC, majoritairement les non-fumeurs. Les deux principales sont les mutations du gène de l’epithelial growth factor receptor (EGFR) et les réarrangements d’anaplastic lymphoma kinase (ALK). Ces anomalies peuvent être diagnostiquées en quelques jours, parfois sur un prélèvement sanguin (biopsie liquide pour détecter les mutations EGFR). Les thérapies ciblées améliorent la survie globale des patients dont la médiane dépasse les 30 mois. Toutefois, ces deux classes de traitement entraînent des toxicités spécifiques, fréquentes mais souvent bénignes. Les hospitalisations en réanimation des patients porteurs de CBNPC sont croissantes. L’amélioration du pronostic de ces patients est à prendre en compte lors de la discussion d’admission en réanimation sans conduire à des prises en charge déraisonnables.

Les lymphomes sont des cancers parmi les plus fréquents chez l’Homme et le chien. Ils présentent de fortes homologies du point de vue clinique, histologique et de la réponse aux traitements. Dans le contexte actuel, les méthodes de séquençage de nouvelles générations (NGS) permettent l’identification de nombreuses altérations génétiques nécessaires pour le diagnostic, le pronostic et le développement de thérapies ciblées. Pourtant, le développement de nouvelles molécules rencontre une forte proportion d’échec lors des études cliniques. Ce constat est en partie dû à l’utilisation de modèles non représentatifs de la maladie telle qu’elle se présente chez l’Homme. Chez le chien, la sélection artificielle imposée par l’homme fait qu’aujourd’hui, de nombreuses races présentent des prédispositions aux lymphomes et même à certains sous-types. Cette caractéristique fait du chien un modèle spontané pertinent aussi bien pour l’étude des bases génétiques des lymphomes que pour le développement de nouvelles molécules pour l’Homme via des essais cliniques vétérinaires. Mon travail de thèse a consisté à caractériser génétiquement les lymphomes canins pour proposer des modèles prédictifs des lymphomes homologues humains. Suite à une étape de collecte d’un grand nombre de prélèvements de chiens atteints de lymphomes, j’ai travaillé sur l’amélioration d’un test de diagnostic des sous-types B ou T de lymphomes basé sur la technique d’amplification appelé PARR. J’ai également montré une transmission familiale de lymphomes chez le Bouvier bernois, ce qui m’a permis d’effectuer une étude d’association génétique (GWAS) comportant 63 chiens atteints et 167 indemnes. J’ai pu ainsi identifier plusieurs loci sur les chromosomes 9, 15 et 23, ce dernier incluant le gène MYD88 connu pour être impliqué dans les lymphomes humains. J’ai également découvert par différentes approches NGS (RNA-Seq et Capture ciblée) des altérations génétiques récurrentes partagées entre l’Homme et le chien. Parmi celles-ci, j’ai identifié des fusions de gènes entre des immunoglobulines et les cyclines D : 3 cas pour CCND3 et 1 cas pour CCND1. J’ai également retrouvé la forte récurrence d’altérations impliquant les oncogènes KDR, MYC ou UBR5 ainsi que les gènes suppresseurs de tumeur POT1, PTEN ou TP53. Ces évènements étant associés chez l’Homme à des lymphomes agressifs ou résistants aux traitements, les lymphomes canins présentent donc un intérêt majeur en tant que modèle spontané. Enfin, j’ai mis en place des essais de molécules in vitro, réalisables à partir de la lignée CLBL-1 ou de cultures primaires caractérisées par NGS. Cette étape préliminaire permet d’envisager des essais cliniques vétérinaires avec des chiens de propriétaire, atteints de lymphomes. Cette démarche s’intègre dans le concept « One health » dont l’objectif est de faire bénéficier ces recherches à la médecine humaine et vétérinaire
Lymphomas are among the most common cancers in humans and dogs. They show strong clinical, histological and response homologies to treatments. In the current context, new generation sequencing (NGS) methods allow identification of many genetic alterations needed for the diagnosis, prognosis and development of targeted therapies. However, the development of new molecules encounters a high proportion of failure in clinical studies. This finding is due in part to the use of models that are not reflect all aspects of the disease occurring in humans. In dogs, artificial selection done by humans means that today, many breeds have predispositions to lymphomas and even to certain subtypes. This characteristic makes the dog a relevant spontaneous model both for the study of the genetic basis of lymphomas and for the development of new molecules for humans with veterinary clinical trials. My thesis work consisted in the genetic characterization of canine lymphomas to propose predictive models of human homologous lymphomas. Following a collection step of a large number of lymphomas cases, I worked on the improvement of a diagnostic test to subtype B or T lymphomas based on amplification called PARR. I also showed a familial transmission of lymphomas in the Bernese Mountain Dog, which allows me to perform a genome-wide association study (GWAS) comprising 63 affected dogs and 167 healthy dogs. I identified several loci on chromosomes 9, 15 and 23, the last one including the MYD88 gene known to be involved in human lymphomas. I have also discovered by different NGS approaches (RNA-Seq and Capture targeted) recurrent genetic alterations shared between the Man and the dog. Among these, I have identified gene fusions between immunoglobulins and cyclins D: 3 cases for CCND3 and 1 case for CCND1. I also found strong recurrences of alterations involving the oncogenes KDR, MYC or UBR5 as well as the tumor suppressor genes POT1, PTEN or TP53. Since these events are associated with aggressive or resistant lymphomas in humans, canine lymphomas are thus of major interest as a spontaneous model. Finally, I have carried out in vitro tests of molecules, which can be carried out from the CLBL-1 cell line or from primary cell cultures characterized by NGS. This preliminary step allows us to consider veterinary clinical trials with owners dogs with lymphomas. This approach is part of the "One Health" concept, which aims to bring this research to human and veterinary medicine

Les lymphomes se caractérisent par une très grande hétérogénéité cellulaire conduisant à utiliser des approches unicellulaires. Notre travail de thèse a été de mettre au point la technique de microdissection unicellulaire et d'optimiser les méthodes d'amplification de l'ADN pour analyse à l'échelon d'une cellule de plusieurs événements moléculaires. Nous avons adapté une méthode de pré-amplification génomique (PEP-PCR) permettant, à partir d'un lymphocyte, l'étude combinée du réarrangement des gènes du TCRγ (sensibilité 28 %), des IgH (sensibilité 40 % ), et des translocations t(14 ; 18) ou t(11 ; 14). Nous avons appliqué cette méthode à différentes problématiques. Tout d'abord à l'étude des lymphomes bigénotypiques : l'incidence d'un double réarrangement majoritaire des gènes IgH et TCRγ était parmi les 398 lymphomes analysés de 13 % pour les lymphomes B et de 10 % pour les lymphomes T. L'analyse combinée de 4 lymphomes représentatifs a montré dans 2 cas (1 syndrome de Sézary et 1 lymphome du manteau) qu'il s'agissait de "vrais" lymphomes bigénotypiques (la même cellule portant les 2 réarrangements) et dans 2 cas (un lymphome B diffus à grandes cellules et un lymphome T angio-immunoblastique) que chaque réarrangement était porté par 2 populations différentes. La deuxième application a permis le suivi évolutif moléculaire d'un patient porteur successivement d'un lymphome du MALT (Epstein Barr Virus, EBV négatif), d'une maladie de Hodgkin (EBV +) et d'un lymphome B diffus à grandes cellules (EBV+). Nous avons prouvé l'homogénéité clonale de la population lymphomateuse qui était morphologiquement et phénotypiquement hétérogène. Enfin la dernière application a porté sur l'étude de la t(14 ; 18) dans les lymphomes B folliculaires cutanés. Au total, l'analyse combinée de plusieurs gènes après microdissection unicellulaire permet de corréler à l'échelon d'une cellule sa morphologie, sa localisation, son phénotype, son génotype et ses anomalies moléculaires
Lymphomas consist of heterogenous cells making necessary the use of unicellular analysis. So, we have developed single cell microdissection and adapted PCR analysis to study at single cell level several molecular events. After a whole genome amplification step, we have designed a single cell combined TCR γ (sensibility, 28 %), IGH (sensibility, 40 %) gene analysis and t(14 ; 18) detection. We applied this method to analyse different problems. Firstly the bigenotypic lymphomas : we have observed a dual genotype in 13 % of B-cell lymphomas among the 398 lymphoma cases. This single cell combined PCR approach allowed to identify, among 4 cases studied, 2 true bigenotypic lymphomas (one Sézary Syndrome and one mantle cell lumphoma) as both IgH and TCR γ monoclonal rearrangements were detected in the same cells. Conversely, in the 2 other cases (one diffuse large B-cell lymphoma and one angio-immunoblastic T-cell lymphoma), large CD22 + single cells exhibited only the monoclonal IgH rearrangement but not the TCR γ gene that was detected in CD3+ single cells. Secondly this approach was found useful for the molecular follow-up of different lymphoproliferations arising in same patient. We studied a patient who have presented first MALT Lymphoma (EBV -) then mediastinal Hodgkin disease (EBV +) and at last large B-cell lymphoma of the colon (EBV+). Our method, proved the common clonal origin of large cells despite the fact that they were morphologically and phenotypically (CD30 + or-, CD22 + or -, EBV+ or -) different. Lastly, we studied the t(14 ; 18) in follicular B-cells lymphoma by comparing 2 techniques (real-time PCR, Taqman vs "classic" PCR). Finally, this single cell/multiple gene analysis makes it possible to attribute specific genetic abnormalities, such as translocations and/or oncogenic alterations, to lymphoid cells defined both by their location, morphology, phenotype and their antigen receptor gene rearrangement

Le lymphome des cellules du manteau (LCM) est un lymphome d’une rare agressivité causée par la translocation chromosomique t(11; 14)(q13; q32) juxtaposant le locus de la cycline D1 (CCND1) sur le chr 11 avec le locus de la chaîne lourde de l'immunoglobuline (IgH) sur le chr 14. En conséquence, une cycline D1 proto-oncogène devient active alors qu’elle n’est pas exprimée dans les cellules-B normales. L’hypothèse initiale semble indiquer une influence directe du fort enhancer IgH sur le promoteur du gène CCND1 afin de surexprimer sa transcription. Quoi qu’il en soit, le locus CCND1 peut être éloigné jusqu'à 200kb du point de cassure du chromosome. Nous avons montré que le locus 11q13 relocalise depuis la périphérie du noyau jusque au centre actif de transcription et au nucléole (Allinne et al., 2014). Ce phénomène qui mène à l’activation du locus entier, suggère un mécanisme epigénétique de régulation des gènes dans les LCM plutôt que simplement un simple effet enhancer-promoteur. Plusieurs nouveaux traitements contre le MCL ont été proposés, y compris les inhibiteurs d’histone deacetylase (HDACis) qui impliquent des mécanismes épigénétiques. Dans les lignées cellulaires LMC, les HDACis sont décrites comme aillant des effets antiprolifératifs, et paradoxalement, le niveau d’expression protéique de la cycline D1 dans la cellule diminue. Jusqu'à présent, il n'y a pas une compréhension claire de ce phénomène, de même que les mécanismes d’action des HDACis reste inconnus. Pour ces raisons, une étude du « paysage épigénétique » sur les loci 11q13 et 14q32 devrait fortement améliorer notre connaissance sur les mécanismes de surexpression de la cycline D1 dans les LMC. L’objectif de ce travail est d'étudier la structure de la chromatine dans le locus réarrangé (11; 14)(q13; q32) dans des cellules LMC par rapport au locus 11q13 et 14q32 dans les lymphocytes humains normaux. Nous avons ensuite étudié l'effet de différentes HDACis sur le locus réarrangé (11; 14)(q13; q32) à plusieurs niveaux: l'acétylation des histones / la méthylation de la chromatine ainsi que sa conformation et l'expression des gènes. Nous avons montré que t(11:14)(q13; q32) conduit à la surexpression de CCND1 avec un groupe de gènes couvrant plus de 15 Mb autour du point de translocation. Les mêmes gènes, sensibles à la dérégulation par la translocation t(11; 14, réagissent au traitement HDACi en augmentant leur expression. Nos résultats indiquent que bien que HDACi stimule la désagrégation de l'hétérochromatine sur l'ensemble du génome, les promoteurs de gènes restent à l'abri de ces effets
Mantle cell lymphoma (MCL) is a rare aggressive lymphoma caused by the chromosome translocation t(11;14)(q13;q32) juxtaposing the cyclin D1 (CCND1) locus on chr 11 with the immunoglobulin heavy chain (IgH) locus on chr 14. As a result, a proto-oncogene cyclin D1 which is not expressed in normal B-cells, becomes active. The initial hypothesis favored direct influence of the strong IgH enhancer on CCND1 gene promoter to upregulate its transcription. However, the CCND1 locus may be as far as 200 kb from the chromosome breakpoint. We have shown that 11q13 locus relocalizes from the nucleus periphery towards the transcriptionally active center and nucleolus (Allinne et al., 2014). This may lead to activation of the entire locus, suggesting an epigenetic mechanism of gene regulation in MCL, rather than just simple enhancer-promoter effect.Several new treatments are proposed for MCL, including histone deacetylase inhibitors (HDACis) with epigenetic mechanism of action. In MCL cell lines, HDACis were shown to have antiproliferative effects, and paradoxically, they decreased the cyclin D1 protein level in the cells. Until now, there is no clear understanding of this phenomenon, nor of HDACis mechanism of action. Therefore, a study of «epigenetic landscape» in 11q13 and 14q32 loci should significantly advance our knowledge about the mechanisms of cyclin D1 upregulation in MCL.The purpose of the present work was to study chromatin structure in the rearranged (11;14)(q13;q32) locus in MCL cells as compared to the 11q13 and 14q32 loci in normal human lymphocytes. We then studied the effect of different HDACis on the rearranged (11;14)(q13;q32) locus at several levels: histone acetylation / methylation, chromatin conformation and gene expression.We have shown that t(11:14)(q13;q32) translocation leads to overexpression of CCND1 along with a group of genes spanning over 15 Mb around the translocation point. The same genes, sensitive to deregulation by t(11;14) translocation, react to the HDACi treatment by increasing their expression. Importantly, while HDACi stimulates genome-wide disaggregation of heterochromatin, genes’ promoters stay shielded from its effect

Le lymphome cutané primitif (LCP) CD30+ est une lymphoprolifération maligne de phénotype T. Son oncogenèse reste à ce jour inconnue. Le but de ma thèse est d'identifier des gènes exprimés spécifiquement dans les LCP CD30+ afin de comprendre les mécanismes d'oncogenèse et également d'identifier des marqueurs diagnostics ou thérapeutiques. Des banques d'ADNc soustraites par SSH (Soustractive Suppressive Hybrididation) entre des LCP CD30+ et des lymphocytes sanguins. Ces banques sont ensuite criblées par des techniqes de Dot Blot avec des sondes radiomarquées spécifiques des échantillons étudiés. Les clones sélectionnés sont enfin validés par PCR en temps réel. Nous avons ainsi mis en évidence cinq gènes surexprimés dans les LCP CD30+ : THW,p120caténine, SPARC, PTTG1, CD30 et cinq gènes sousexprimés : humanine, CIN85, Bcl11B, CD30 L et CD30s. Il reste à vérifier si ces gènes sont responsables de l'oncogenèse ou s'ils sont uniquement des phénotypes des LCP CD30+
The CD30+ Primary Cutaneous Lymphoma (PCL) is a malignant T-cells lymphoproliferation. Its oncogenesis remains currently unknown. The aim of my thesis is to identify genes expressed specifically in CD30+ PCL in order to understand the mechanisms of oncogenesis and also to identify diagnostic or therapeutics markers. The substracted libraries of cDNA are obtained by SSH (suppressive substractive hybridisation) between CD30+ PCL and blood lymphocytes. These libraries are then screened by dot blot techniques with specific radiolabelled probes of the studied samples. The selected clones are finally validated by real time PCR. We have thus found five genes over expressed in CD30+ PCL : THW, p120catenin, SPARC, PTTG1, and CD30 and five genes under expressed : humanin, CIN85, Bcl11B, CD30L and CD30s. It remains to be checked if these genes are responsible for oncogenesis or if they are uniquely phenotypes of CD30+PCL

Les lymphomes cutanés primitifs (LCP) sont des lymphoproliférations malignes, strictement localisées à la peau lors du diagnostic. Les lymphomes T cutanés primitifs CD30 positifs à grandes cellules (LTCP CD30+) représentent 9 % des LCP. Le pronostic des LTCP CD30+ est favorable, contrairement à celui des mycosis fongoi͏̈des transformés en lymphome T cutané à grandes cellules (MF-T). La méconnaissance cytogénétique de LTCP CD30+ et MF-T a conduit notre équipe à rechercher des anomalies chromosomiques associées à ces lymphoproliférations. Nous avons choisi d'utiliser l'hybridation génomique comparative (CGH) qui permet d'identifier de manière globale l'ensemble des déséquilibres génétiques présents dans une tumeur. D'autre part, nous avons réussi à établir un protocole de mise en culture des LTCP dans le but d'obtenir des chromosomes tumoraux et ainsi d'étudier leur caryotype par le marquage en bandes G et en couleurs multiples. Nous avons réalisé une étude CGH sur une série de 17 tumeurs LTCP CD30+ et nous avons mis en évidence une distribution non-aléatoire des anomalies chromosomiques entre LTCP CD30+ non-récidivants et récidivants. LTCP CD30+ non-récidivants ne présentent soit aucune anomalie, soit une seule anomalie. En revanche, les LTCP CD30+ récidivants arborent en moyenne huit déséquilibres. Des gains sur les chromosomes 1,9 et 17 et des délétions sur les chromosomes 6, 8 et 18 sont observés de façon récurrente. Nous avons ensuite réalisé une étude par CGH sur six tumeurs de MF-T. Nos premiers résultats montrent que le profil des anomalies chromosomiques de MF-T est différent du profil des LTCP CD30+. Même si des études cytogénétiques et moléculaires complémentaires sont nécessaires pour augmenter le nombre de LTCP étudiés ainsi que pour caractériser les régions minimales de délétion et de gain, les travaux présentés dans cette thèse ont abouti à des résultats originaux dont l'exploitation pourrait mettre en évidence de gènes impliqués dans la lymphomagenèse des LTCP
Primary cutaneous lymphomas (PCL) are malignant non-Hodgkin's lymphoproliferations, presenting in the skin at the time of diagnosis. Primary cutaneous CD30-positive large T-cell lymphomas (CD30+ CTCL) represent 9 % of all PCL. The prognosis of CD30+ CTCL is usually favourable, in contrast to mycosis fungoI͏̈DE transformed to CD30+ CTCL (MF-T). As cytogenetic abnormalities that could play a role in CD30+ CTCL and MF-T remain unknown, we investigated the chromosomal aberrations involved in these lymphoproliferations by the use of comparative genomic hybridization (CGH) In addition, we established a protocol for PCL cell culture in order to obtain tumour chromosomes spreads allowing karyotype analysis by G-banding and multicolour fluorescence in situ hybridization. CGH study was performed in a series of 17 CD30+ CTCL tumour skin samples. We demonstrated that chromosomal abnormalities were non-randomly distributed between relapsing and non-relapsing CD30+ CTCL tumours. In relapsing tumours several chromosome alterations were identified, whereas in non-relapsing tumours no chromosome aberration or only one chromosome abnormality was observed. In relapsing tumours, the mean number of chromosome imbalances is 8 per tumour sample. Gains affecting chromosomes 1,9 and 17, and losses on chromosomes 6, 8 and 18 are detected recurrently in CD30+ CTCL cells. Moreover in a series of six MF-T tumour samples was also performed a CGH analysis. In this preliminary study our results showed differences between chromosome imbalances found in CD30+ CTCL and MF-T. Although further molecular and cytogenetic studies of PCL tumours are required to increase the number of tumor samples analysed and to define minimal chromosome region of deletion and gain, data presented here provide original insight into chromosomal events that may be significant in explaining PCL pathogenesis and could lead to the identification of genes implicated in PCL progression

Le locus des chaînes lourdes des immunoglobulines est une structure génétique complexe qui subit de nombreux remaniements géniques au cours de la maturation B mais aussi au cours des modèles tumoraux que sont les lymphomes B. Les lymphomes de la zone marginale (MZL) comportent 3 sous-types selon le territoire infiltré : les lymphomes spléniques de la zone marginale (SMZL), les lymphomes ganglionnaires de la zone marginale (NMZL) et les lymphomes des tissus lymphoïdes liés aux muqueuses ou lymphomes de MALT (Mucosa-Associated Lymphoid Tissue). Les MZL partagent parfois des caractéristiques communes avec le lymphome lymphoplasmocytaire/maladie de Waldenström (LPL/WM). Notre travail a consisté en l’étude du réarrangement génique de la chaîne lourde de l’immunoglobuline des MZL et du LPL/WM. Dans un premier temps, nous avons réalisé une analyse génétique sur des prélèvements médullaires de 11 cas de SMZL et 14 cas de LPL/WM. Le répertoire IGHV, les profils mutationnels et l’analyse des HCDR3 ont prouvé qu’il s’agissait de deux maladies distinctes provenant de deux compartiments cellulaires ayant des expositions à l’antigène différentes Dans un deuxième temps, nous avons effectué une comparaison des profils IGHV et une recherche de la mutation MYD88 L265P pour 92 ZML et 31 cas LPL/WM, à partir de matériel tumoral issu du territoire initial d’infiltration. Nous avons montré que les SMZL, NMZL et LPL/WM sont des entités distinctes ayant des histoires d’exposition antigénique différentes et que la mutation L265P de MYD88 est fortement associée au diagnostic de LPL/WM. Nous avons mis en évidence des critères génétiques IGHV spécifiques pour chacun d’entre eux. Enfin, nous proposons des clés diagnostiques non ambiguës pour ces lymphomes. Nous discutons l’hypothèse d’une stimulation antigénique chronique dans la survenue de ces lymphomes dans un modèle d’infection chronique en rapport étroit avec le contexte auto-immun ainsi que l’origine cellulaire des SMZL, NMZL et LPL/WM. Les perspectives de ce travail sont d’étudier les voies de signalisation impliquées dans la physiopathologie de ces lymphomes
The immunoglobulin heavy chain locus (IgH) is a complex genetic structure that undergoes many genetic recombinations during B cell maturation and B cell lymphomas. Marginal zone lymphomas (MZL) are B cell neoplasms with common morphologic and pathogenic features. Three distinct subtypes are described, based on the primary infiltrated organ: splenic MZL (SMZL), nodal MZL (NMZ and extranodal MZL of mucosa-associated lymphoid tissue (MALT lymphoma). MZLs share common characteristics with lymphoplasmacytic lymphoma (LPL). Here, we analysed the IGHV gene repertoire consisting in determination of IGHV usage, somatic mutation pattern, distribution of mutations and analysis of VDJ junction. We, first, compared 11 cases of SMZL and 14 cases of LPL/WM on homogeneous material consisting of infiltrated bone marrow trephine biopsies. In a second step, we performed a retrospective analysis of IGHV gene sequences and identified the occurrence of MYD88 L265P mutations from MZLs and 31 LPL/WMs from tumor material of initial infiltration. We highlighted specific genetic criteria for SMZL, NMZL and LPL/WM. Altogether, we showed that SMZLs, NMZLs, and LPL/WM are distinct entities with different antigen exposure histories and that the MYD88 L265P mutation is nearly restricted to LPL/WMs. We evidenced the specific features of the IGVH gene repertoire of each of these three entities. We also proposed unambiguous diagnosis keys for these lymphomas. We discuss the hypothesis role a continuous antigenic stimulation as a important player in the occurrence of these tumours. We also discuss their relationship with autoimmunity and speculate on their normal counterpart. Future directions of this work would be to focus on the NF-kappa B signaling pathways involved in the emergence of the clonal transformed B cells

Les cytokines sont d'importants médiateurs dans la physiopathologie des lymphomes hodgkiniens (LH). A partir d'une cohorte de 464 patients, nous avons évalué l'impact pronostique de onze SNPs parmi les gènes de cytokines : IL10 (rs1800890, rs1800896, rs1800871, rs1800872), TNFA (rs1800629) ; IL6 (rs1800795) ; IL1B (rs16944) ; ILRN (rs419598) ; INFG (rs2430561) ; IL12 (rs3212227) ; CCL17 (rs223828). Le génotypage du SNP de l'IL12 montre une distribution différente de celle attendue dans la population générale selon le test de Hardy-Weinberg. Ce résultat suggère que les variations génétiques de l'IL12 pourraient être impliquées dans la susceptibilité au LH. Les patients porteurs du génotype IL10-1082AA présentent un taux de rémission complète au traitement initial supérieur aux patients présentant un autre génotype (95% vs. 88% P = .02). Pour les patients de stade avancé III-IV, le taux de survie globale à 6 ans est statistiquement différent entre les génotypes IL10-592AA/CC/AC et IL10-819TT/CC/CT (100%, 94%, 78%, P = .03). Ce résultat est retrouvé pour les patients porteurs de LH n'exprimant pas l'EBV. Pour les LH EBV négatif, le taux de survie sans progression à 6 ans est différent en fonction du génotype du TNFA-308AA/GG/AG (100%, 84%, 68%, P = .03). Il n'a été pas retrouvé de corrélation entre les génotypes et les dosages plasmatiques de l'IL-10, TNFA, IL-1RA, IL-6. Cette étude montre que le ''fond génétique immun'' est important à prendre en considération pour définir le pronostic des patients. Le rôle des SNPs de l'IL10 et du TNFA dans les LH EBV négatif devra être confirmé ainsi que l'influence des variations génétiques de l'IL12 dans la susceptibilité au LH.

Les lymphomes malins non -Hodgkiniens constituent un ensemble hétérogène de lymphoproliférations malignes. L'étude des anomalies cytogénétiques acquises de ces tumeurs a permis de comprendre, à travers le modèle des lymphomes de Burkitt, le rôle joué par les gènes d'immunoglobulines dans la génèse de ces maladies. Le déplacement, dans le locus de gène d'immunoglobulines, d'un proto-oncogène, a pour résultat l'expression anormale d'une protéine qui devient alors capable de transfomer la cellule. Nous avons rapporté que les translocations impliquant la région 3q27 étaient des translocations fréquentes, sous estimées en raison du caractère télomérique de la translocation principale, t(3;14) (q27; q32). Ce modèle comprend aussi deux translocations variantes de moindre fréquence , t(2;3)(p12; q27) et t(3;22)(q27; q11). Nous avons émis l'hypothèse que la région 3q27 pourrait correspondre à la localisation d'un nouvel oncogène, impliqué dans la survenue de ces tumeurs. Nous avons cloné cette translocation à partir de l'ADN d'un malade porteur d'une t(3;14) et identifié un cluster de points de cassure : 14 des 17 premiers malades analysés ont un réarrangement localisé dans un fragment EcoR1 de 3,3 kilobases. Nous avons isolé un gène, LAZ3, codant une protéïne à doigts de zinc, conservée au cours de l'évolution, dont la dérégulation pourrait être responsable du développement de ces tumeurs. Nous avons étudié les réarrangements de ce gène chez un grand nombre de malade et montré qu'ils étaient associés préférentiellement au lymphome B diffus à grandes cellules.

Le proto-oncogène BCL6, localisé en 3q27, code pour un répresseur transcriptionnel qui joue un rôle crucial dans le développement normal et pathologique des centres germinatifs en régulant la différenciation, la survie et les fonctions lymphocytaires B. L'objectif de ce travail était de préciser l'implication de BCL6 dans les différents processus constitutifs de l'oncogénèse des lymphomes de phénotype B. Nous avons montré que (1)les réarrangements de BCL6 ne conduisent pas nécessairement à sa surexpression, que (2) les lymphomes avec une t(3 ;14)(q27 ;q32) se distinguent par leur origine cellulaire et les processus oncogéniques mis en jeu, que (3) les mutations somatiques de l'intron 1 de BCL6 ne sont pas corrélées à l'expression de la protéine dans les lymphomes folliculaires, et que (4) les mutations somatiques ont une distribution inter-allélique distincte en cas de translocation de BCL6, suggérant que le mécanisme à l'origine des mutations est également impliqué dans la survenue de la translocation
The BCL6 proto-oncogene, located on 3q37 chromosome, encodes a nuclear transcriptional repressor, which plays a pivotal role in germinal center formation, regulation of B-cell function, differentiation and survival. The aim of this study was to clarify the role of BCL6 during the development of B-cells lymphomas. In this work, we demonstrated that (1) BCL6 expression in lymphomas is largely inependant of chromosome 3q27 rearrangements and is more related to the histological subtype, (2) lymphomas with t(3;14)5q27;q32) are characterized by a common cell of origin and the involvement of similar oncogenic mechanisms, (3) acquired somatic mutations of the first BCL6 intron do not correlate to the protein expression in follicular lymphomas, (4) the translocated BCL6 allele revealed significantly higher mutations when compared to the untranslocated allele, indicating that the two events, i. E somatic mutations and translocations may have linked origins

Nous avons cloné la région de cassure en 3q27 et identifié un « cluster » de points de cassure de 3 kb nommé MTC (« Major Translocation Cluster »). Nous avons isole un gène, LAZ3 (également dénommé BCL6), impliqué dans les translocations chromosomiques de la bande 3q27, qui concerne 30 à 40% des Lymphomes Diffus à Grandes Cellules (LDGC) et 13% des Lymphomes Folliculaires (LF). Nous observons que les translocations en 3q27 n'affectent pas la capacité codante de ce gène mais le placent sous le contrôle de promoteurs hétérologues constitutifs. Un travail en collaboration, a permis la définition d'une séquence nucléotidique qui, in vitro, fixe spécifiquement la protéine LAZ3. La protéine LAZ3 de 79 kDa présente 6 motifs en doigts de zinc dans sa partie C-terminale séparés par des liaisons H/C qui l'apparentent aux protéines de la famille Krüppel. Les 120 acides aminés N-terminaux de LAZ3, globalement hydrophobes, représentent un domaine récemment caractérisé comme un domaine d'interaction protéine-protéine, nommé BTB/POZ (Bric à Brac, Tramtrack, Broad complex/Poxvirus Zinc finger), retrouvé parmi des protéines se liant à l'actine ou à l'ADN. L'utilisation en immunofluorescence d'anticorps polyclonaux dirigés contre 2 domaines de la protéine LAZ3, montre la capacité potentielle de cette protéine à former des structures nucléaires discrètes de forme et de taille variable. Une étude définissant les domaines participant à la localisation nucléaire de la protéine montre que le domaine BTB/POZ est requis pour la localisation nucléaire ponctuée de ce facteur. LAZ3 présente également des propriétés de régulateur transcriptionnel, la région BTB/POZ pouvant agir comme un domaine autonome de répression. De par sa localisation nucléaire ponctuée et sa capacité à réprimer la transcription, LAZ3 ressemble très fortement aux protéines de Drosophile du groupe Polycomb, impliquées dans la répression transcriptionnelle de la chromatine et à deux autres protéines BTB/POZ(GAGA et E(var)3-93D) qui sont responsables du phénomène de décondensation de la chromatine. En conclusion, la fonction de LAZ3 qui demeure assez mystérieuse, n'est probablement pas celle d'un facteur de transcription classique.