Auswahl der wissenschaftlichen Literatur zum Thema „Interféron Typer I“

L'immunothérapie est un traitement qui consiste à administrer des substances qui vont stimuler les défenses immunitaires de l'organisme afin de lutter contre différentes maladies, en particulier certains cancer hématologiques (autrement dit, du sang), les maladies dégénératives et les maladies de système. Par extension, l'immunothérapie désigne également toute thérapie utilisant des protéines produites par les cellules du système immunitaire, en particulier les immunoglobulines, sans que l'objectif de cette thérapie soit nécessairement la stimulation de l'immunité. Les premiers essais d'immunothérapie remontent aux années 1970 et utilisaient des anticorps polyclonaux. Actuellement différentes molécules sont utilisées, en premier lieu les immunoglobulines monoclonales, les interférons et les interleukines. On distingue deux types d'immunothérapies : l'immunothérapie locale dont les applications sont peu fréquentes et l'immunothérapie générale beaucoup plus fréquente.

S’interroger sur la recyclabilité d’un emballage revient à s’interroger sur toutes les étapes qu’il va parcourir dès lors qu’il est jeté dans la poubelle de tri, jusqu’à sa réintroduction dans un nouveau cycle de production. De nombreuses marques investissent pour concevoir et mettre sur le marché des emballages recyclables. Pour être recyclés, il faut qu’ils soient au préalable correctement triés par les consommateurs puis dans les centres de tri. Le tri constitue une étape complexe à évaluer en termes de performances puisque l’emballage se retrouve mélangé à d’autres déchets, dans des configurations variées (souillé, écrasé…), et passe dans plusieurs équipements de tri dont chacun a une fonction spécifique (mais aussi des limites) et oriente les déchets vers leur prochaine destination. Les essais à échelle pilote réalisés, sur un équipement de tri vu unitairement ou en centre de tri à vide, déconnectés d’un environnement réel, sont souvent insuffisants pour s’assurer qu’un emballage rejoindra le bon flux matière à recycler. Pour accompagner ces marques sur l’évaluation de la triabilité de leurs emballages, Veolia a développé une approche qui utilise la technologie RFID (identification par radio fréquence, radio frequency identification en anglais). L’utilisation de la RFID pour tracer les emballages en centre de tri permet d’avoir une perception représentative de leur comportement réel au sein des équipements (emballage au sein d’un flux de déchets, suivi du cheminement complet de l’emballage à travers tous les équipements se succédant dans le procédé) et de ne pas interférer avec le fonctionnement normal de l’usine. La méthodologie de validation de l’utilisation de la RFID pour évaluer la triabilité d’un emballage en centre de tri est présentée. Des résultats types d’essais illustrent la démarche proposée.

Cette recherche-action propose d’approfondir les dispositifs pédagogiques partant de l’hypothèse que certains apprentissages se développent davantage dans des processus d’imprégnation/expérience de cas réels que dans des processus d’acquisition/transmission. L’auteure présente avec cette casuistique une approche de semi-immersion en atelier qui permet aux étudiants d’évaluer leur progression à chaque étape, tout en élaborant pour leur marque une réflexion sur la construction du processus stratégique, et à l’enseignant de pallier les carences en amont et en aval, tout en référant aux modèles théoriques sur lesquels ils doivent se baser pour construire leur argumentaire. Elle énonce les avantages et les défis qu’implique ce choix, forçant l’enseignant à surpasser la dimension purement académique et à réinventer pour chaque marque et donc pour chaque équipe un univers référentiel propre sans pour autant interférer dans la progression individuelle de l’apprenant sur sa zone proximale de développement comme la définit Vygotski (1997). This research proposes to deepen our understanding of pedagogical methods based on the assumption that certain types of learning are best developed during experiential learning processes / experiences of real time situations rather than via acquisition / transmission processes. With this casuistic, the author presents a workshop utilising a semi-immersion approach that allows students to evaluate their own progress at each stage, whilst reflecting on the construction of the strategic process of their brand. This approach also allows the teacher to overcome deficiencies in both the upstream and downstream analyses, while referring to the theoretical models on which the students need to use in order to build their arguments. The author outlines the benefits and challenges involved in this choice: forcing the teacher to surpass the purely academic dimension and reinvent for each brand, and therefore for each team a proper referential system without interfering in the individual learner’s progress i.e. in his/her zone of proximal development as defined by Vygotsky (1997).

La procréation médicale assistée (PMA) s’est imposée dans le paysage de la santé reproductive au fil du temps. Dans cet article, nous proposons une revue des connaissances actuelles sur le devenir des grossesses et des nouveaunés issus de ces traitements. Les grossesses multiples constituent encore actuellement la complication majeure des traitements de fécondation in vitro (FIV) et la prévention de celles-ci reste une priorité. L’étude du devenir obstétrical et néonatal des grossesses singletons après FIV montre qu’elles sont associées à des issues défavorables spécifiques, qui semblent néanmoins s’atténuer au cours du temps. La congélation embryonnaire étant de plus en plus utilisée en PMA, l’article aborde plus spécifiquement la comparaison des issues des grossesses après transfert d’embryons frais et congelés, en dissociant les deux types de préparations endométriales habituellement utilisées pour le replacement des embryons congelés, le cycle spontané ou substitué. Les transferts d’embryons frais sont associés à un risque accru d’accouchement prématuré et de petit poids néonatal, alors que les transferts d’embryons congelés s’accompagnent d’une incidence accrue de prééclampsie, en particulier dans les cycles substitués ainsi que d’un risque augmenté de poids néonatal accru pour l’âge gestationnel et de macrosomie. Le climat hyperœstrogénique accompagnant la stimulation ovarienne lors des replacements embryonnaires frais pourrait interférer avec les premières étapes de la placentation et être associé avec une diminution du poids à la naissance. Des modifications épigénétiques liées au processus de congélation et décongélation embryonnaire ont également été évoquées comme hypothèse pour rendre compte de l’incidence accrue de macrosomie suite à un transfert d’embryon congelé. L’hypothèse généralement retenue pour expliquer l’incidence accrue de prééclampsie après replacement d’em-bryon congelé dans les cycles substitués est l’absence de corps jaune et donc de sécrétion de substances vasoactives telles que la relaxine jouant un rôle important dans les premières étapes de la placentation. Les pathologies hypertensives liées à la grossesse sont encore majorées dans les traitements avec recours au don d’ovocytes où l’embryon entièrement allogénique pourrait induire une réponse immunitaire maternelle altérée. L’évolution continue des techniques de PMA rend difficile l’extrapolation des données issues d’anciennes techniques à celles pratiquées à ce jour. Ceci encourage à poursuivre les études concernant tant les issues obstétricales et néonatales après FIV que le devenir à long terme des enfants issus de la FIV.

Chlamydia trachomatis est une bactérie intracellulaire obligatoire, qui se développe principalement dans cellules épithéliales des muqueuses du tractus génital. Asymptomatiques dans la plupart des cas, les infections par ce pathogène peuvent entrainer des inflammations pelviennes. L’inflammation peut elle-même engendrer des fibroses et mener à une infertilité tubaire chez les femmes. Il est important d’étudier la réponse des cellules épithéliales, qui constituent la première ligne de défense contre l’infection par C. trachomatis, pour mieux comprendre ses manifestations pathologiques dans le tractus génital féminin (FGT). À cette fin, nous avons mis au point un protocole simplifié pour isoler une fraction très pure de cellules épithéliales primaires, à partir du FGT de patientes subissant une hystérectomie. Nous avons observé que ces cellules épithéliales primaires étaient moins permissives à l'infection par C. trachomatis que la lignée cellulaire classiquement utilisée en laboratoire, i.e. la lignée HeLa. Nous avons montré que la différence de milieu de culture et l'ajout de sérum dans les cultures de cellules HeLa, expliquent une grande partie de ces différences. Cependant, testées dans des milieux identiques, les cellules épithéliales primaires issues de l’ectocol se sont révélées moins permissives que les cellules HeLa vis-à-vis du développement de C. trachomatis. Enfin, les cellules épithéliales primaires exprimaient globalement davantage de cytokines pro-inflammatoires, au niveau basal et après infection à C. trachomatis, que les cellules HeLa, suggérant une forte capacité des cellules épithéliales primaires à monter une réponse inflammatoire. Nous nous sommes ensuite attachés à comprendre pourquoi l'interféron de type I (IFN-I) agissait-t-il en synergie avec l’infection par C. trachomatis vis-à-vis de la réponse pro-inflammatoire des cellules. Nous avons démontré que l'IFN-I, mais pas C. trachomatis, augmentait l'expression de plusieurs récepteurs de reconnaissance de motifs bactériens. L’extinction de l’expression du récepteur TLR3, ou la délétion de ce gène, empêche la synergie entre l’IFN-I et C. trachomatis. Nous avons identifié la voie de signalisation intermédiaire entre l’activation du récepteur de l’IFN-I et l’expression du TLR3, ainsi que la signalisation en aval de l’activation de TLR3, qui aboutit à l’expression des cytokines pro-inflammatoires interleukines-6 et 8. Ainsi, l'IFN-I exacerbe la réponse inflammatoire de l'hôte déclenchée par l'infection à C. trachomatis via une augmentation de l’expression du TLR3. La synergie entre l’IFN-I et les bactéries à stimuler la signalisation pro-inflammatoire des cellules épithéliales pourrait jouer un rôle dans les lésions tissulaires qui résultent de l’infection chez certaines patientes
Chlamydia trachomatis is an obligate intracellular bacterium, which grows mainly in epithelial cells of the mucous membranes of the genital tract. Asymptomatic in most cases, infections with this pathogen can lead to pelvic inflammations. The inflammation itself can lead to fibrosis and tubal infertility in women. To better understand the pathological manifestations in the female genital tract (FGT), it is important to study the response of epithelial cells, which constitute the first line of host defense against C. trachomatis infection. To this end, we developed a simplified protocol to isolate a very pure fraction of primary epithelial cells from the FGT of patients undergoing hysterectomy. We observed that these primary epithelial cells were less permissive to C. trachomatis infection than the cell line classically used in laboratories, i.e. HeLa cells. We have shown that the difference in culture medium and the addition of serum in HeLa cell cultures explain a large part of these differences. However, when tested in an identical culture medium, primary ectocervical epithelial cells were found to be less permissive than HeLa cells towards C. trachomatis infection. Finally, primary epithelial cells expressed overall more pro-inflammatory cytokines, both basally and after C. trachomatis infection, than HeLa cells, suggesting a strong capacity of primary epithelial cells to mount an inflammatory response. We then focused on understanding why type I interferon (IFN-I) acts synergistically with C. trachomatis infection towards the pro-inflammatory response of epithelial cells. We demonstrated that IFN-I, but not C. trachomatis, increased the expression of several bacterial pattern recognition receptors (PRRs). Expression silencing of TLR3 receptor, or deletion of this gene, prevented synergetic effect between IFN-I and C. trachomatis. We also identified the intermediate signaling pathway between IFN-I receptor activation and TLR3 expression, as well as the signaling downstream of TLR3 activation, which results in the expression of the pro-inflammatory cytokines interleukin-6 and 8. Based on these data, we conclude that IFN-I exacerbates the host inflammatory response triggered by C. trachomatis infection via increased TLR3 expression, and that this synergetic effect between IFN-I and bacteria on pro-inflammatory signaling in epithelial cells may play a role in the tissue damage that results from infection in some of the patients

Les interférons (IFNs) de type I sont des cytokines qui jouent un rôle capital dans les défenses immunes, antivirales et antiprolifératives de l'organisme. En se liant à leur récepteur de surface, composé des deux sous-unités IFNAR1 et IFNAR2, ils induisent la cascade de signalisation JAK/STAT qui aboutit à leur effets biologiques. L'objectif de ma thèse était d'identifier des mécanismes de régulation de la signalisation des IFNs. Dans ce contexte, nous nous sommes intéressés à la palmitoylation du récepteur de l'IFN de type I, une modification lipidique souvent impliquée dans le trafic et la signalisation des protéines. Par marquage métabolique au palmitate tritié, nous avons montré qu'IFNAR1 et IFNAR2 sont palmitoylées. Le domaine cytoplasmique d'IFNAR1 contient deux cystéines, Cys463 et Cys502, qui sont des sites potentiels de palmitoylation. A l'aide de mutants sur chacune de ces cystéines, nous avons montré qu'IFNAR1 est palmitoylée uniquement sur sa cystéine la plus proche de la membrane plasmique, la Cys463. Un mutant non palmitoylé dans lequel cette cystéine a été remplacée par une alanine nous a permis de constater que la palmitoylation d'IFNAR1 n'est pas impliquée dans son trafic intracellulaire, dans son endocytose ni dans sa stabilité, mais qu'en revanche elle joue un rôle crucial dans l'activation de la voie de signalisation JAK/STAT. De façon concordante, la palmitoylation d'IFNAR1 est requise pour l'activation transcriptionnelle des gènes induits spécifiquement par l'IFN-a. Par contre, un défaut de palmitoylation n'influence nullement l'activité antiproliférative de l'IFN-a, en dépit du rôle de cette modification dans la signalisation.

L'interféron de type I (IFN) est une famille de cytokine avec des propriétés antivirales et immunomodulatrices. Alors que les effets antiviraux de l'IFN sont bien caractérisés, leurs propriétés immunomodulatrices le sont moins. Nous avons examiné en profondeur les effets de l'IFN de type I sur le développement, l'homéostasie, et la fonction des cellules Treg. Nous avons utilisé des souris chimériques reconstituées avec une mixture de moelle osseuse de souris normale (WT) et de souris sans le récepteur de l'IFN(IFNAR)KO, et des souris femelles hétérozygotes exprimant une délétion d'IFNAR spécifiquement sur les Treg. Dans ces deux modèles, la signalisation d'IFNAR favorise le développement de la lignée Treg dans le thymus et leur survie dans la périphérie. Nous avons également généré des souris chimériques en utilisant le foie f¿tal de souris scurfy, les Treg dérivés de IFNAR KO ont été incapables de contrôler l'activation des cellules T effectrices et l'inflammation des tissus. Nous avons aussi examiné les effets pendant l'infection avec le virus chorioméningite lymphocytaire chronique (LCMV). Nous avons démontré que le pourcentage de V?5+ Treg était significativement réduit chez les souris IFNAR KO. Nous avons également examiné l'effet pendant Encéphalomyélite auto-immune expérimentale (EAE). Suite à l'induction de l'EAE, les souris chimériques WT/IFNAR KO développent une maladie plus sévère que les souris WT/WT. Nous montrons aussi que les souris avec une délétion conditionnelle de IFNAR dans les Tregs développent une forme très grave de l'EAE. Ces résultats démontrent que la signalisation via IFNAR est nécessaire pour la fonction de suppressive des Treg dans l'EAE
Type I Interferons (IFNs) are a family of cytokines with antiviral and immunomodulatory properties. While the antiviral effects of IFNs are well characterized, their immunomodulatory properties are less clear. We examined the effects of type I IFN on development, homeostasis, and function of Treg cells. We used mixed bone marrow (BM) chimeras between WT and IFNαβ receptor (IFNAR) KO mice, and heterozygous female mice expressing a Treg-specific deletion of the IFNAR. IFNAR signaling promoted the development of the Treg lineage in the thymus and their survival in the periphery. IFNAR KO Treg from chimeric mice displayed a more naïve phenotype. In mixed chimeras with Scurfy fetal liver, Treg derived from IFNAR KO BM were unable to control T effector cell activation and tissue inflammation. We also examined the potential effects during Chronic Lymphocytic Choriomeningitis Virus infection. We demonstrated that the percentage of Vβ5+ Treg was significantly reduced in IFNAR KO mice, and that the IFNAR functions in a Treg cell intrinsic manner. We also studied the effect during Experimental autoimmune encephalomyelitis (EAE). Following induction of EAE, WT / IFNAR KO chimeras develop more severe disease than the WT/WT chimeras. Mice with a conditional deletion of the IFNAR in Treg rapidly developed a very severe form of EAE. These results demonstrate that signaling via the IFNAR is required for Treg suppressor function in EAE. Collectively, these studies demonstrate that under certain condition including stress, chronic infection, and autoimmune disease, IFNAR signaling is essential to maintain Treg development, homeostasis, and function

La sarcolectine (SCL) a été isolée pour la première fois en 1968. C’est une protéine de 55 kDa composée de 469 acides aminés. Elle fut d’abord appelée TAI (Tissue Antagonist of Interferon) parce qu’elle lève l’activité antivirale établie de l’interféron. La sarcolectine se trouve en quantité anormalement élevée dans beaucoup des tumeurs et outre l’inhibition de l’activité antivirale établie de l’interféron, elle se fixe sur de nombreux sucres et maintient en culture des lignées cellulaires dans un milieu exempt de sérum de veau fœtal. La sarcolectine est donc un facteur de croissance qui active l’ADN cellulaire et induit la prolifération cellulaire. Dans ce travail, nous avons exploré le rôle qu’elle peut jouer dans le système immunitaire humain. Le traitement de 30 échantillons de cellules mononucléaires de sang périphérique avec la SCL montre que certains répondent faiblement et d’ autres fortement. Le pic d’activation qui survient entre 6 et 7 jours de culture de ces cellules nécessite la présence des monocytes/macrophages car en leur absence les lymphocytes T ne prolifèrent pas. La SCL augmente aussi l’expression membranaire du récepteur de l’IL-2 (CD25), du récepteur CD28 de co-stimulation des lymphocytes T4, et active les lymphocytes T4 mémoires de phénotype CD3+CD4+CD45RO+. Cette activation du récepteur CD25 de l’IL-2 ne s’accompagne pas de la sécrétion de l’IL-2 dans le milieu de culture. Le traitement des cellules mononucléaires du sang périphérique avec la SCL et les anticorps anti-CD3 et anti-CD28 montre une inhibition totale ou partielle de prolifération des lymphocytes T. Nous avons aussi constaté que la SCL est un bon inducteur des cytokines pro et anti-inflammatoires. Elle induit aussi l’augmentation des ARNm qui codent pour l’IFN- et l’IFN-, ainsi que la sécrétion de ces cytokines dans le milieu de culture des cellules mononucléaires de sang périphérique. Cette production des IFN dans le milieu de culture est précoce quand les cellules sont activées en présence de l’IL-2 exogène. ’autre part, nous avons aussi établi que la SCL active les récepteurs de la réponse immunitaire innée présents à la surface membranaire des cellules du système immunitaire, plus spécialement les récepteurs de type Toll ou TLRs et en l’occurrence TLR-3 et TLR-9. TLR-3 reconnaît les dsRNA viraux, tandis que TLR-9 reconnaît les motifs CpG non méthylés des ADN bactériens et viraux. Le traitement prolongé des cellules mononucléaires de sang périphérique montre également la sécrétion de novo de la SCL qui agit en feed-back contre l’interféron produit dans le milieu de culture, formant une boucle d’activation/inhibition du système immunitaire. En résumé, la SCL peut être considérée comme un immunomodulateur qui stimule les cellules immunitaires, active les TLRs 3 et 9 et produit des cytokines pro et anti-inflammatoires
Sarcolectin (SOL) is a 55 kDa protein with 469 aminoacids, isolated in the first time in 1968. Abnormally elevated in most tumors, SCL is a cell growth factor which activates cell DNA, induces cell proliferation, and antagonises antiviral effect of interferon. In this issue, we explored the SCL effects on the human immune system. The SCL treatment cf 30 peripheral blood mononuclear samples (PBMC) showed two types of celI stimulation: a low and a hight one. This cell stimulation picked up after 6 or 7 days of culture in the presence of monocytes/macrophages, because in the absence of these cells, no effect was observed. The SCL-stimulated PBMC exhibited CD3+CD4+CD45RO+ memory T4 lymphocytes proliferation with CD25 and CD28 celI surface receptor over-expression, and with pro and anti-inflammatory cytokines including IFN-α/β and TLR-3 and TLR-9 mRNA over-expression. TLR-3 recognises viral double-stranded RNA and TLR-9 senses un-methylated CpG DNA

Les cellules dendritiques (DC) tiennent une place centrale dans l'initiation des réponses immunitaires et dans le contrôle du développement des tumeurs. La sous-population cDC1 suscite aujourd'hui en grand intérêt de par ses fonctions d'activation de réponses cytotoxiques par présentation croisée d'Ag aux lymphocytes T (LT) CD8+ ainsi que son implication dans l'immunité antitumorale et la réponse aux immunothérapies chez la souris. Le rôle des cDC1 chez l'Homme est cependant peu décrit. Les cDC1 murines et humaines sont aussi connues pour produire de larges quantités d'interféron (IFN) de type III (IFN-III), aussi appelés IFN-λ. Tout comme les IFN-I avec lesquels ils partagent la même voie de signalisation, les IFN-III ont un rôle antiviral bien décrit. Des modèles murins ont également suggéré un rôle antitumoral, mais ces IFN n'ont jamais été étudiés dans un contexte de cancer chez l'Homme. Il est donc crucial de comprendre les mécanismes expliquant l'impact pronostique positif des cDC1 ainsi que le rôle des IFN-III dans l'immunité antitumorale, en particulier pour le développement de nouvelles approches thérapeutiques. Nous avons démontré pour la première fois l'infiltration des tumeurs humaines de sein et d'ovaire par diverses sous-populations de DC. Les cDC1 sont particulièrement enrichies par rapport au sang des patientes et forment de nombreuses interactions avec les LT CD8+ dans les tumeurs. Une approche de bio-informatique a permis de révéler que les cDC1 représentent l'unique population de DC associée à une meilleure survie des patients dans la majorité des cancers du TCGA. De façon intéressante, la signature de réponses aux IFN-I et III est enrichie dans les tumeurs de sein fortement infiltrées par les cDC1 mais pas par les autres sous-populations. L'expression des gènes codant pour l'IFN-λ1 ou le récepteur aux IFN-III est également associée à une meilleure survie sans rechute dans le cancer du sein. De plus, nous avons démontré la capacité des cDC1 à produire de l'IFN-III sans aucune réactivation ex vivo. Ce résultat indique clairement que dans un contexte de réponse immunitaire antitumorale chez l'Homme, la synthèse d'IFN-III est une spécificité des cDC1 comparées aux autres sous-populations. La présence d'IFN-III dans les surnageants tumoraux a été confirmée au niveau protéique et démontrée comme étant fortement corrélée avec l'IL-12p40, les CXCR3-L, le CX3CL1 et le TNF-α. Ces données soulèvent alors l'hypothèse de l'association entre l'IFN-III, produit dans le microenvironnement tumoral par les cDC1, et la présence de cytokines et chimiokines impliquées dans le recrutement et l'activation de lymphocytes cytotoxiques tels que les LT CD8+ ou cellules NK. Notre étude apporte des informations détaillées quant à la nature des différentes sous-populations de DC infiltrant les tumeurs humaines de sein et d'ovaire et démontrent pour la première fois la production d'IFN-III par les cDC1. L'association de ces cellules et des IFN qu'elles produisent avec une meilleure survie des patientes confirme l'intérêt de développer de nouvelles immunothérapies ciblant les cDC1, en particulier dans le cancer du sein
Dendritic cells (DCs) represent a promising target for the development of new immunotherapies because of their central role in the initiation and the control of immunity. The rare cDC1 population is under considerable scrutiny because their murine counterparts called CD8α+ DCs are essential for cross-presentation to CD8+ T cells, antitumor immunity and response to immunotherapies. In contrast, the role of human cDC1 in cancer has not been investigated as extensively as in mice. They were identified in several tumors and transcriptomic analyses revealed their association with a favorable patient outcome. They also represent a major source of type III interferon (IFN-III), also called IFN-λ, playing a crucial role in viral infections, similarly to IFN-I that share the same signaling pathway. Its antitumor activity was also reported in mouse models, therefore raising questions regarding the use of IFN-IIl in clinical oncology. We believe that understanding the underlying mechanisms of cDC1 favorable prognostic impact and the role of IFN-III in antitumor immunity will be central to design new therapeutic approaches. Here, we demonstrated the infiltration of human primary breast and ovarian tumors by several DC populations and the enrichment of cDC1 compared with patient blood. We also showed for the first time close contacts between cDC1 and T cells in breast tumors. An in silico approach using MCPcouter on the TCGA data sets revealed that cDC1 represented the only DC subset associated with a prolonged overall survival in the majority of solid tumors. Interestingly, type I/III signature was strongly enriched in tumors highly infiltrated only with cDC1. Furthermore, we observed by feature intracytoplasmic flow cytometry analysis a spontaneous production of IFN-λ1 that is restricted to cDC1 in the absence of any ex vivo stimulation in one third of tumors. This result clearly indicates that IFN-λ1 production is a distinct of cDC1 compared with other DC subsets, even in a human tumor context. Notably, a high expression level of genes coding for IFN-III or its receptor was correlated with an increased relapse-free survival in breast cancer. We confirmed the presence of the IFN-λ1 protein in more than 50% of tumors and observed its abundancy compared with other IFN subtypes. IFN-λ1 was strongly correlated with IL-12p40, CXCL9, CXCL10, CXCL11, CX3CL1 and TNF-α. These results raised the hypothesis that IFN-λ1, produced by cDC1 in the TME, could be associated with the production of cytokines and chemokines involved in the recruitment and activation of cytotoxic lymphocytes (NK cells and CD8+ T cells). Our study provides detailed information about the DC compartment infiltrating human breast and ovarian tumors, revealing their potential implication in the antitumor immunity. By focusing on the pathways associated with each DC subset, our findings shed new light on the link between DC population called cDC1 and IFN-I/III signature in tumors. Our clear demonstration of IFN-III production by cDC1 and of its positive impact on the prognosis of cancer patients provides valuable evidences to support the development of new therapeutic strategies targeting cDC1 to amplify the response to immunotherapies, especially in breast cancer

En réponse à une infection, un signal de danger, ou de cytokines inflammatoires, les cellules dendritiques subissent un programme de maturation augmentant leur capacité à activer les lymphocytes T CD4+ et CD8+. Au cours de ce travail nous avons cherché à caractériser la reprogrammation transcriptomique des DC lors de l'infection par le cytomégalovirus murin (MCMV). Nous avons identifié un programme commun de maturation entre les différentes sous-populations de DC spléniques. Nous avons mis en évidence qu'il existe un programme transcriptomique de maturation commun à toutes les sous-populations de DC, induit par tous les stimuli examinés et évolutivement conservé au sein des mammifères. Nous avons également identifié les interférons (IFN) de type I comme des cytokines majeures promouvant la maturation des DC in vivo. La perte spécifique par les DC de la capacité à répondre aux IFN de type I entraine une diminution de la survie des souris lors de l'infection par le MCMV, révélant pour la première fois l'importance des effets intrinsèques cellulaires des IFN de type I sur les DC pour la résistance à une infection virale.Le développement puis l'utilisation d'un nouveau modèle de souris mutante ciblant la sous-population de DC XCR1+ nous a permis de mettre mis en évidence pour la première fois un rôle de ces cellules pour l'activation des lymphocytes T CD8 mémoires (Tm CD8+) dans l'infection par Listeria monocytogenes, et d'identifier les mécanismes sous-jacents. Les DC XCR1+ interagissent in situ avec les Tm CD8+. La synthèse de la chimiokine CXCL9 et la production d'interleukine-12 par les DC XCR1+ attirent et activent de façon optimale les Tm CD8+ qui produisent de l'IFN-γ
Dendritic cells (DC) sense danger, microbial and cytokine signals that drive DC maturation which in turn allows proper activation of T lymphocytes. We characterized the gene expression program of splenic DC in vivo during murine cytomegalovirus (MCMV) infection. We identified a core set of genes commonly regulated in all subsets of mouse spleen DC. This set of genes was regulated upon DC maturation irrespective of the stimuli used and of the responding DC subsets and it was conserved between mouse and human. We identified type I interferon (IFN) as a major cytokine driving the expression of this core gene set in DC subsets. The loss of type I IFN responsiveness selectively in DC resulted in an increased mortality of mice after MCMV infection, unraveling a crucial role of cell-intrinsic responses to type I IFN in DC during a viral infection in vivo.We also developed and studied a new mouse model to target the XCR1+ DC subset in vivo. We found for the first time that XCR1+ DC promote recall of memory CD8 T cells upon secondary Listeria monocytogenes infection in vivo, and we identified the underlying mechanism. XCR1+ DC attract memory CD8 T cells through the secretion of the chemokine CXCL9. This attraction leads to an increase in the IFN-γ production by memory CD8 T cells. XCR1+ DC also induce the proliferation of memory CD8 T cells. This work significantly advanced our understanding of the in vivo functions of DC during infections

La vaccination anti-rougeoleuse a permis de freiner le développement de cette infection responsable de près d'un demi-million de décès par an. Afin de mieux appréhender la biologie du virus de la rougeole (VR), nous avons étudié l'adaptation de ce virus au contexte cellulaire et établi une modélisation mathématique du cycle viral.
L'analyse génétique d'une souche sauvage, G954-PBL, et d'une souche adaptée par 13 passages en cellules Vero, G954-V13, a mis en évidence uniquement 5 substitutions d'acides aminés. Ces mutations ont affecté la athogénicité de la souche qui est devenue atténuée dans un modèle de souris transgéniques pour l'un des récepteurs du VR. L'adaptation à un contexte cellulaire au cours de la propagation limite la croissance d'une souche dans un autre environnement, sauf dans le cas des souches vaccinales, robustes. Contrairement au dogme établi, les IFN de type I ne semblent pas jouer un rôle majeur dans cette atténuation.
En parallèle, nous avons développé deux approches mathématiques du cycle viral permettant de mieux interpréter les interrelations virus/cellule. A l'échelle moléculaire, nous proposons plusieurs hypothèses du fonctionnement de la polymérase virale, permettant d'établir le gradient d'ARNm critique pour le développement du virus. Dans une optique multi-échelle, nous avons également modélisé l'ensemble du cycle infectieux du VR. Ces travaux constituent les bases d'une approche inédite de la pathogénie de ce virus.
A travers plusieurs approches expérimentales, ces travaux mettent en avant l'aspect complexe du virus de la rougeole et permettent d'envisager de nouvelles pistes thérapeutiques.

Les IFN de type I induisent l'expression de centaines d'ISGs dont certains ont une activité antivirale directe. Ces effecteurs induits par l'IFN inhibent plusieurs étapes du cycle réplicatif du VIH-1, résultant en une puissante inhibition de la réplication du VIH-1 in vitro et une réduction transitoire de la virémie chez les patients traités avec de l'IFN. L'objectif de ce travail a été d'étudier les possibles voies d'échappement du VIH-1, quand il est confronté à cette pression de sélection qui agit sur différentes cibles. Nous avons donc analysé l'évolution du VIH-1 en présence d'IFN dans deux contextes : 1) dans une lignée cellulaire de lymphocytes T traitées avec de l'IFN ; et 2) chez des patients co-infectés VIH-VHC traités avec de l'IFN-Ribavirine et en l'absence de traitement antirétroviral. Au cours de l'étude in vivo, nous avons analysé l'évolution de la population virale chez différents patients par « deep sequencing ». L'objectif ici, était d'identifier les gènes viraux qui ont évolué sous la pression de sélection induite par l'IFN. Le gène pour lequel nous avons vu le plus fréquemment un remplacement de la population virale dominante au cours du temps, fut vpu. Nous avons donc exploré la possibilité que Vpu présent au cours du traitement avec IFN, confère un avantage réplicatif au virus en présence d'IFN en les comparant pour les propriétés connues de Vpu. Nous avons décrit pour 3 des 5 patients que les allèles vpu sélectionnés au cours du traitement avec l'IFN confèrent au virus une meilleure capacité réplicative. Ce phénotype est associé pour deux d'entre eux à une meilleure efficacité à contrecarrer la rétention des virions par le facteur de restriction BST2, induit par l'IFN. En ce qui concerne l'étude in vitro, en forçant le VIH-1 à se répliquer en culture en présence d'IFN, nous avons sélectionné des variants présentant une sensibilité moindre à l'IFN et nous les avons caractérisé génotypiquement et phénotypiquement afin de déterminer les possibles causes d'échappement viral. Nous avons décrit que l'émergence de mutations dans le gène env qui confère une meilleure entrée viral associée à une augmentation d'infectivité, représente une stratégie évolutive efficace qui permet au virus de surmonter les activités antivirales induites par l'IFN, incluant celles qui agissent post-entrée. Les expériences d'optimisation réalisées au cours de cette étude ont permis l'élaboration d'un modèle mathématique de la réplication du VIH et de l'inhibition par l'IFN. Nous avons observé que le principal effet de l'IFN est d'empêcher l'infection par le VIH-1 plutôt que d'inhiber la production de virions dans les cultures cellulaires
Type-I interferon (IFN) induces the expression of hundreds of cellular genes, some of which have direct antiviral activity IFN-induced effectors can restrict numerous steps in the HIV replicative cycle, resulting in potent inhibition of HIV replication in tissue culture and transient reduction of viremia in IFN-treated patients. Overall our project aimed at analyzing the evolution of HIV in the presence of IFN in two situations: i) in tissue culture of T lymphocytes treated by IFN, where the virus is passages to select for resistant variants; and ii)HIV-infected patients, treated by IFN because of a concurrent HCV infection. Concerning the study in vitro, by forcing the HIV to replicate in culture in the presence of IFN, we aimed to select variants with decrease susceptibility to IFN and characterize them genotypically, in order to determine possible escape strategies. For this purpose, initially, culture conditions were optimized to force HIV to replicate in a T-cell line (MT4R5) in the presence of IFNa2. The data collected from these experiments were fitted in a mathematical model of virus replication. This approach allowed to determine several viral and cellular parameters of HIV replication and inhibition by IFN. Genotypic and phenotypic characterization showed the emergence of mutations in env gene, which improves the efficiency viral entry associated with an increased infectivity. This represents an evolutionary strategy that allows the virus to overcome antiviral aetivities induced by IFN, including those act post-entry. Concerning the study in patients, we analyzed the evolution of HIV populations under treatment by IFN, in 7 HIV-HCV co-infected patients who were not treated for HIV. The aim was to identify HIV genomic regions that could be under selective pressure by IFN in vivo. The gene in which we saw more frequently a replacement of the dominant population over time was vpu, for which in 5 of 7 patients the population present during IFN-treatment carried changes in the N-terminal half of the protein. Changes were seen also for vpr and vif, but concerned fewer patients. We thus explore whether Vpu present during IFN-treatment conferred a replication advantage to the virus in IFN-treated cultures. For 2 of the 5 patients, we described that Vpu present during IFN-treatment confer to the virus a better fitness in presence of IFN associated with a better virions release efficiency, allowing the virus to overcome the antiviral activities induced by IFN

Les IFN-I (interférons de type I), principalement IFN et , constituent un mécanisme de défense primordial de l’hôte contre les pathogènes. Pourtant, dans le cas du VIH-1 (virus de l’immunodéficience humaine), la relation entre les IFN-I et la réplication virale apparaît plus complexe. En effet, si les IFN-I inhibent la réplication du VIH-1 ex vivo, un état d’hyperactivation permanent de la réponse IFN-I a été récemment associé à la progression vers le SIDA ainsi qu’à une forte virémie chez les patients infectés par le VIH-1. De même, la dérégulation de la réponse IFN-I est un critère déterminant dans l’issue pathogénique de certains modèles d’infection virale chez le singe. Si l’hypothèse du rôle pathogénique des IFN-I s’avère correcte, le VIH-1 pourrait avoir évolué afin de se répliquer même en présence d’une telle réponse, qui semble être au final, plus délétère pour l’hôte que pour le virus. L’objectif de ce travail a été d’évaluer la résistance du VIH-1 aux IFN. Dans ce contexte, le VIH-1 a été comparé au VIH-2 et au SIVmac (virus de l’immunodéficience simienne), virus phylogénétiquement proches mais peu ou pas pathogènes pour l’homme, lors de l’infection de plusieurs types cellulaires tels que des lymphocytes, des macrophages et des cellules dendritiques. En accord avec l’hypothèse initiale de travail, les expériences réalisées ont montré que le VIH-1 est capable de se répliquer dans les cellules primaires prétraitées avec des doses d’IFN comparables à celles mesurées in vivo, alors que la réplication des virus VIH-2/SIVmac est complètement bloquée, même à des concentrations très faibles d’IFN. Ce travail a permis de démontrer que le blocage induit par l’IFN s’exerce au niveau des phases précoces de l’infection et plus précisément à l’étape de la transcription inverse. En effet, les données obtenues suggèrent que l’IFN induit l’expression d’un effecteur cellulaire qui affecte différentiellement la stabilité des complexes viraux, ce qui se traduit par un défaut d’accumulation de l’ADN viral plus important pour le VIH-2 et le SIVmac, que pour le VIH-1. La différence de susceptibilité des lentivirus de primates aux IFN-I pourrait ainsi expliquer en partie, les différents niveaux de réplication de ces virus, associés à leurs degrés de pathogénicité in vivo
Type I Interferons (IFN-α/β, herein IFNs) provide an important mechanism of defense against pathogens and regulate in a paracrine and autocrine manner both intrinsic and adaptive immune responses. In the case of HIV-1 however, the relationship between IFNs and viral replication appears more complex. Indeed, if IFNs have been described to interfere with HIV-1 at basically all phases of its life cycle ex vivo, an IFN-induced state is linked to AIDS progression and to high viral loads in HIV-1 infected individuals. Similarly, a deregulated and prolonged IFN production/state seems one of the main distinguishing features between pathogenic and non-pathogenic SIV infection in primate animal models, suggesting that a deregulated IFN-state may be more detrimental to the host than to the virus itself in vivo.If this hypothesis is correct and if HIV-1 plays an active role in the perpetration of this antiviral state, it is possible that HIV-1 may have overall evolved to cope with this environment, remaining able to replicate despite it.To determine whether HIV-1 was better armed to replicate in the presence of an IFN-state environment than other primate lentiviruses, we compared HIV-1 to SIVmac and more importantly to HIV-2 that albeit capable of inducing AIDS in humans does so in a much less aggressive manner. In agreement with the initial hypothesis, our results indicate that HIV-1 is better fit to replicate in primary cells in the presence of amounts of IFN comparable to the ones measured in vivo, while the replication of HIV-2/SIVmac viruses is completely blocked even in the presence of low levels of IFN. By decorticating the effects of IFNs on the early and late phases of the viral life cycle in primary macrophages, we show here that the main target of the differential action of IFNs are the early phases of infection. More specifically, with time kinetics that we determine herein, IFNs induce cellular factor/s that differentially affect the stability of pre-reverse transcription complexes of HIV-2, but not of HIV-1. Our results could underlie a different evolutionary adaptation of primate lentiviruses to interferons that might be responsible for their different pathogenicity in vivo