Zeitschriftenartikel zum Thema „Évolution bactérienne“

La stabilité biologique de l'eau potable dans un réseau est à l'heure actuelle un souci majeur pour tout responsable du traitement et de la distribution de l'eau. Les nouvelles filières de traitement introduisant l'ozonation ont induit la formation de molécules biodégradables. La filtration sur Charbon Actif en Grains (CAG) après l'étape d'ozonation a permis d'améliorer la qualité de l'eau. Toutefois, est apparue plus clairement la notion de risque de prolifération bactérienne sur réseau. Le Carbone Organique Dissous Biodégradable (CODB) représentant ces composés devient alors un paramètre indispensable à contrôler. L'objectif de notre étude est de caractériser sur un réseau réel les facteurs influençant la stabilité biologique de l'eau dans les réseaux; notamment ceux limitant (le désinfectant bactériostatique) ou favorisant (le CODB) le développement bactérien. Le réseau étudié, situé dans l'ouest de la France en Bretagne, totalise 50 km de conduites. Il est alimenté par une station traitant une eau de retenue selon une filière classique comportant une ozonation suivie d'une filtration sur CAG. Le temps de transit maximal de l'eau est proche de 8 jours. Nos résultats complètent et confirment ceux de CAPELLIER et al. (1992) instigateurs de notre étude, indiquant que ce réseau est le siège d'une vie biologique active. La cinétique de trois critères de qualité: le désinfectant, le CODB et la flore bactérienne, a été étudiée en fonction du temps de transit, ce qui a permis de tirer les conclusions suivantes: - la consommation du désinfectant est totale après 100 h de transit; - particulièrement pendant les saisons les plus chaudes, le CODB est consommé après un pic observé en début de réseau; - la flore bactérienne en suspension, revivifiable sur gélose et totale, croît pendant 100 à 150 h de transit, après quoi elle tend à se stabiliser, voire décroître. Une relation entre le CODB et la flore bactérienne en suspension n'a pu être établie sur ce réseau pour les périodes étudiées. Par contre, les bactéries libres et le désinfectant résiduel semblent bien liés. Les influences de la saison et du temps de transit ont pu être démontrées. Néanmoins, d'autres paramètres de l'eau ou des facteurs comme la structure du réseau et l'hydraulique du système ont probablement une influence non négligeable sur l'évolution de la qualité de l'eau et donc sur nos résultats.

Nous présentons un homme de 58 ans avec un tableau clinique de méningo-encéphalite. Le CT-scan cérébral montre un pneumencéphale. Malgré l'absence de signes cliniques habituels, une mastoïdite à Streptoccus pneumoniae était à l'origine de cette infection bactérienne du système nerveux central. Une mastoïdectomie et paracentèse avec antibiothérapie ciblée durant six semaines ont permis une évolution favorable. Bien que rares chez l'adulte, les mastoïdites aiguës et leurs complications doivent être suspectées lors d'encéphalite.

Introduction Les méningites bactériennes sont sources de complications et de séquelles dont les atteintes neurologiques auditives. Objectif : Evaluer l’apport de la corticothérapie dans la réduction de la survenue des séquelles neurologiques auditives au cours de l’épidémie de méningites bactériennes survenue à Niamey en 2015. Méthodologie : Il s’agit d’une étude prospective effectuée chez des malades atteints de la méningite au service d’infectiologie de l’Hôpital National de Niamey (HNN), de mars à juin 2015. Nous avons inclus tous les patients âgés de 0 à 15 ans atteints de la méningite bactérienne et ayant bénéficié ou pas d’une corticothérapie en plus du traitement étiologique et symptomatique. Résultats : L’épidémie a concerné 1013 patients : 807 patients avant l’introduction de la dexaméthasone et 206 patients après l’introduction de celle-ci. Nous avons enregistré 157 cas (15,5%) de complications neurologiques auditives avant l’introduction de la corticothérapie. Sur les 206 patients ayant bénéficié de la corticothérapie, la tranche d’âge la plus représentée était celle de 5 à 15 ans avec 146 patients (70,9%). Le sexe masculin prédominait avec 56,8 % des cas. Une hyperleucorachie a été notée chez tous nos patients. Tous ces patients présentaient une hypoglycorachie et une hyperprotéinorachie. Les sérogroupes retrouvés étaient Neisseria meningitidis W135 dans 23,8% des cas et Neisseria meningitidis C dans 76,2% des cas. A l’issue de notre étude 11 patients ont présenté des complications auditives (1,1%) : 2 cas de surdités et 9 cas d’hypoacousies qui ont connu une évolution favorable. Conclusion : La dexaméthasone réduit la survenue des complications auditives au cours des méningites bactériennes dues au Neisseria meningitidis

Les cellulites orbitaires sont définies par une infection aigue du contenu orbitaire qui touche plus fréquemment l'enfant. Nous rapportons deux cas cliniques de cellulite orbitaire chez deux enfants âgés respectivement de 8 et 11 ans qui avaient présenté une cellulite orbitaire secondaire à une conjonctivite bactérienne non traitée. Dans les deux cas : La tomodensitométrie orbitaire avait mise en évidence une cellulite orbitaire diffuse et l'analyse bactériologique du prélèvement avaient mise en évidence le staphylococcus aureus. Le traitement comportait une antibiothérapie par voie locale et orale. L'évolution était favorable au bout de 7 jours de traitement avec résorption complète de la cellulite. La cellulite orbitaire est une affection peu fréquente. Son évolution est toujours grave en l'absence d'un traitement.

Abstract HISTORIQUE: En pédiatrie, la fièvre est l’une des raisons de consultation les plus fréquemment rencontrée. Au Centre mère-enfant du CHU de Québec, un protocole est en place pour orienter la prise en charge des enfants de 0 à 36 mois avec fièvre sans foyer. Avant février 2012, le proto-cole impliquait d’administrer un antibiotique chez tous les patients avec critères laboratoire d’infection bactérienne. Par contre, l’incidence des bactériémies occultes et des infections bactériennes sévères ayant significa-tivement diminué depuis la vaccination extensive contre le pneumocoque, un nouveau protocole a été mis en place afin de diminuer le traitement antibiotique des patients avec fièvre sans foyer. OBJECTIFS: Objectif principal : Parmi les enfants ayant des critères d’antibiothérapie empirique selon l’ancien protocole, comparer le nom-bre de patients ayant eu une modification de traitement (début ou modification d’une antibiothérapie intraveineuse) avant et après l’implantation du nouveau protocole.Objectif secondaire : Chez les enfants ayant une infection bactérienne sévère diagnostiquée lors du suivi, déterminer si l’évolution est similaire chez ceux ayant reçu ou non une antibiothérapie empirique. MATÉRIELS ET MÉTHODE: Il s’agit d’une étude rétrospective de non-infériorité. Tous les enfants de 3 à 36 mois qui se sont présentés à l’urgence et qui ont été référés en médecine de jour avec un diagnostic de fièvre sans foyer ont été recrutés. Les résultats de l’investigation initiale, le diagnostic final, le nombre de visites en médecine de jour, la durée d’hospitalisation, l’initiation d’une antibiothérapie et la présence de complications graves ont été répertoriés afin de comparer les 2 groupes. RÉSULTATS: Sur les 282 patients étudiés, 1 enfant dans le groupe pré-implantation et 2 enfants dans le groupe post-implantation ont eu une modification de traitement en cours de suivi (1 infection urinaire avec germe résistant dans le groupe pré-implantation et 2 bactériémies dans le groupe post-implantation). Aucun patient étudié n’a eu une évolution défavorable (choc, sepsis sévère, défaillance multiviscérale, décès) et aucune différence statistiquement significative n’a été observée dans le nombre d’échec au traitement, le taux d’hospitalisation et le nombre de visites en médecine de jour entre les 2 groupes. CONCLUSION: Avec cette étude, nous avons démontré qu’il est sécuri-taire de ne pas administrer d’emblée un antibiotique à large spectre chez les enfants de 3 à 36 mois avec bon état général se présentant à l’urgence avec fièvre sans foyer.

Un protocole simple de coloration par la méthode couplée DAPI-INT en microscopie à épifluorescence, associé à une lecture des préparations par caméra et vidéo-Imprimante, permet la mesure de paramètres biologiques impliqués directement dans les processus de dégradation de la matière organique en rivière : numérations de microflore totale, nombre de cellules physiologiquement actives (réduisant l'INT), nombre de cellules avec réserves de PHB, dimensions cellulaires et répartition en classes de taille aboutissant à l'évaluation de la biomasse carbonée. Tous les comptages et mesures sont réalisés à partir de clichés d'imprimante thermique, ce qui assure une reproductibilité et une comparaison entre échantillons plus objective qu'à partir de seules observations directes. Cette méthode permet de différer soit les comptages (échantillons fixés au formol après incubation à l'INT), soit surtout les mesures de dimensions cellulaires (archivage des clichés pour une exploitation ultérieure).Son application au cas de la rivière Charente montre une évolution particulière de la biomasse bactérienne en aval des rejets de l'agglomération d'Angoulême. La mise en évidence de cellules de grande taille (biovolume moyen de 0,3 µm3) et d'une population plus active pourrait traduire une modification physiologique de micro-organismes autochtones réagissant à des conditions de milieu particulières (rejets d'effluents carencés en azote).

Les échanges de phosphore à l'interface eau-sédiment ont été étudiés dans la retenue Al Massira. La campagne de prélèvements a été menée pendant la faible oxygénation des eaux profondes au mois d'octobre 1991. Les mesures des échanges de phosphore ont été réalisées in situ en chambre benthique. Les valeurs de pH sont élevées et reflètent clairement l'influence de la nature géologique du bassin versant sur la composition chimique des eaux. Ce bassin versant, formé essentiellement de roches sédimentaires calcaires, est vraisemblablement à l'origine des concentrations élevées en calcium mesurées dans les chambres benthiques. En période de faible oxygénation, on note une augmentation des teneurs en phosphore particulaire dans les eaux surnageantes en raison de la présence de complexes calcium-phosphore, fer-phosphore et manganèse-phosphore. En période d'anoxie, la réduction de ces complexes est accompagnée d'une aug- mentation des teneurs en phosphore. La densité bactérienne et la concentration en phosphore total et notamment en orthophosphates suivent une évolution temporelle comparable. Une fraction non négligeable du phosphore particulaire serait liée aux bactéries. Des mesures drastiques de déphosphatation du tributaire Oum Errbia doivent être prises pour éviter la dissociation des complexes Ca, Fe, Mn-Phosphore et le relargage de phosphore biodisponible.

Les étapes de désinfection de l'eau, telles que l'ozonation et la chloration, génèrent des sous-produits d'oxydation de nature variée. Ces composés sont soupçonnés d'être toxiques à plus ou moins long terme. Certains d'entre eux sont, de plus, facilement biodégradables et favorisent donc une reviviscence bactérienne dans le réseau de distribution. Enfin, à cause de leurs caractéristiques organoleptiques, ils peuvent conduire à la détérioration de la qualité sensorielle de l'eau distribuée. La recherche de plusieurs sous-produits d'oxydation dans l'eau potable a pu être effectuée grâce à de nouvelles techniques d'analyse quantitative par chromatographie en phase gazeuse: il s'agit des aldéhydes et des cétones de faible poids moléculaire, des acides haloacétiques et de certains céto-acides. Ces composés ont été recherchés dans des usines comportant une étape d'ozonation. L'influence de ce traitement sur la formation des aldéhydes et des céto-acides est démontrée dans cette étude. L'ozonation multiplie la concentration totale d'aldéhydes par un facteur variant de 2 à 4 suivant les usines et les trois céto-acides recherchés ont été trouvés en quantités importantes dans des eaux ozonées. La filtration sur charbon, lorsqu'elle existe, s'avère efficace pour l'élimination de ces composés. Les trois acides chloroacétiques sont présents dans des eaux chlorées, en sortie d'usines appliquant des taux de chloration assez importants. Enfin, I'évolution de ces sous-produits d'oxydation tout au long d'un réseau de distribution a pu être expliquée par leur biodégradabilité.

L'effet du pH (6.2, 7.2, 8.4, 9.6), de la température (4 °C, 12 °C, 23 °C) et du rayonnement solaire a été étudié expérimentalement sur les évolutions des abondances d'Escherichia coli 0126 : B16 et d'autres bactéries pathogènes d'intérêt sanitaire : Salmonella typhimurium et Aeromonas hydrophila. En eau usée épurée, les résultats obtenus montrent que la température et le rayonnement solaire sont parmi les facteurs responsables des variations des abondances de ces bactéries dans les milieux aquatiques. Les faibles valeurs de température (4 °C) favorisent la survie d'E. coli et de S. lyphimurlum et réduisent celle d'A. hydrophila. Les faibles valeurs de température (4 °C) augmentent non seulement la survie bactérienne d'E. coli et de S. typhimurium mais limitent les effets nocifs des pH alcalins (pH 9.6) sur la diminution des abondances de ces bactéries. Parmi les pH alcalins étudiés, le pH 9.6 entraîne la plus forte diminution du temps de survie vis-à-vis d'E. coli, de A. hydrophila et de S. typhimarlam. A pH 9.6, les T90 obtenus à une température de 12 °C sont respectivement de 23, 20 et 33 heures. Le rayonnement solaire joue également un rôle important dans la réduction des abondances bactériennes et ce d'autant plus que le pH est élevé. Dans l'eau usée épurée par lagunage, ajustée à pH 9.6 et exposée au rayonnement solaire, les T90 d'E coli, d'A. hydrophila et de S. typhimarium sont respectivement de 6, 4 et de 6 heures. L'effet combiné du pH et du rayonnement est beaucoup plus important sur la réduction des abondances bactériennes que si l'un des facteurs agit isolément.

La biomasse et la production primaire phytoplanctonique, ainsi que la biomasse et l'activité bactérienne hétérotrophe, ont été suivies au cours de deux cycles annuels dans le tronçon de la Meuse situé entre la frontière franco-belge et Dinant. Tous ces paramètres présentent des évolutions saisonnières marquées avec des minima hivernaux et des maxima durant l'été. L'analyse des résultats expérimentaux met en évidence le couplage entre la production primaire et la production bactérienne. Un modèle microbiologique de la dégradation bactérienne de la matière organique en milieu aquatique a été développé; il est basé sur l'étude de la cinétique des étapes successives de l'interaction entre matière organique et micro-organismes qui la dégradent. Ce modèle de biodégradation a été appliqué au cas du tronçon de Meuse étudié en tenant compte d'une hydrodynamique simplifiée. L'ensemble des valeurs des paramètres pris en compte dans ce modèle, qui permet de calculer les variations saisonnières de la biomasse et de la production bactérienne, a été déterminé expérimentalement ou sur base de simutations d'expériences de biodégradation. Les résultats des calculs de ce modèle déterministe des activités microbiotogiques sont en assez bon accord avec tes résultats expérimentaux.

Au cours de son évolution, l’homme a acquis des mécanismestrès complexes et diversifiés pour se protéger contre l’agressionde parasites tels que les bactéries. La peau est le premier obstacleauquel la bactérie doit faire face. Cette structure de nature légèrement acide, sèche, colonisée par une microflore de bactériesnon pathogènes, et constituée dans sa partie la plus externe decellules mortes constamment éliminées, n’est pas favorable audéveloppement des bactéries pathogènes. Toutefois certainesbactéries peuvent franchir cette barrière en raison d’altérationsdiverses telles que des coupures et des brûlures. La bactérie doitalors faire face au tissu lymphoïde sous-cutané constitué d’unensemble de cellules spécialisées dont le rôle est d’éliminer lesbactéries e

Les sepsis constituent un problème de santé publique dans le monde, particulièrement dans les pays en développement. Cette étude a pour objectif de décrire les caractéristiques épidémiologiques, cliniques, et évolutives des sepsis observés au service des maladies infectieuses du CHU Yalgado Ouédraogo. Patients et méthode : il s’agit d’une étude transversale descriptive à collecte rétrospective portant sur les patients souffrant de sepsis hospitalisés dans le service des maladies infectieuses du CHU Yalgado Ouédraogo de Ouagadougou du 1er janvier 2015 à 31 décembre 2019. Résultats : Un total de 81 dossiers a été colligé. Les patients provenaient majoritairement de la ville de Ouagadougou (96%). L’âge moyen était de 32 ans±9. Quarante-sept patients étaient de sexe masculin contre 34 de sexe féminin soit un sex ratio =1,4. Douze pour cent des patients étaient infectés par le VIH. Sur le plan clinique, la fièvre était retrouvée chez 63% de nos patients. La fréquence cardiaque était supérieure à 90 cycles/mn chez 73% des patients ; la fréquence respiratoire était supérieure à 20 cycles/mn chez 80% des patients ; une leucopénie (300 à 3 300/mm3) a été retrouvée chez 17%. L’hyperleucocytose (12 000 à 31 480/mm3) a été retrouvée chez 10%. Les signes de sévérité du sepsis étaient retrouvés chez 29,6% des patients. Les signes de gravité étaient dominés par les défaillances des fonctions supérieures (obnubilation ou coma) et les défaillances de la coagulation (thrombopénie inférieure à 100 000/mm3). Les causes de sepsis étaient dominées par la dengue (42%), le paludisme (23%), et les infections bactériennes (14%). Les bactéries isolées à l’hémoculture étaient dominées par les entérobactéries (41,6%) dont la moitié était productrice de Bétalactamase à spectre élargi (BLSE). Une souche productrice de carbapénèmase a été observée parmi les souches d’Escherichia coli. Seize pour cent des souches bactériennes étaient des souches de Staphylococcus aureus dont une souche méticillinorésistante (SARM). Vingt-deux décès ont été enregistrés soit une létalité de 27%. Conclusion : la dengue, le paludisme et les infections bactériennes étaient les causes les plus fréquentes de sepsis dans le service des maladies infectieuses. La prévalence élevée de souches productrices BLSE, et l’émergence de souche résistantes aux carbapénèmes sont préoccupantes et imposent la prise de mesure visant à améliorer l’hygiène hospitalière et la prescription des antibiotiques. Aussi la gravité des sepsis commande la mise en place d’unités de soins intensifs dans les services de maladies infectieuses pour leur prise en charge.

L’étude a porté sur les effets des amendements organiques sur la gale bactérienne et la pourriture apicale de la tomate en milieu réel à l’Ouest du Burkina Faso. Un essai a été mis en place dans un dispositif en bloc de Fisher complètement randomisé. Il a comporté huit (08) traitements constitués des fertilisants organiques et minéraux tous répétés quatre (04) fois. L’incidence de la maladie et sa sévérité ont été évaluées ainsi que l’effet des traitements sur la qualité des fruits. La progression est relativement faible avec les déchets ménagers compostés associés aux engrais minéraux. La maladie est plus sévère avec les différents fertilisants pris individuellement. Dans l’ensemble, la maladie est évolutive avec tous les traitements. The study focused on the effects of organic amendments on bacterial scab and apical rot of tomato in a real environment in western Burkina Faso. Indeed, a trial was set up in a completely randomized Fisher block design. It included eight (08) treatments consisting of organic and mineral fertilizers all repeated four (04) times. The incidence of the disease and its severity were evaluated as well as the effect of the treatments on the quality of the fruits. The disease is progressive with all treatments. However, the progression is relatively low with composted household waste associated with mineral fertilizers. The disease is more severe with the different fertilizers taken individually.

Du lait de quartier (n = 828) a été prélevé chez 207 femelles dromadaires (Camelus dromedarius) en lactation, provenant de troupeaux du Borana, au sud-ouest de l’Ethiopie, et élevées de manière traditionnelle. L’objectif de l’étude a été de décrire la prévalence des mammites et certaines étiologies bactériennes chez le dromadaire. Le California mastitis test (Cmt) a été utilisé comme test de dépistage et des examens bactériologiques ont été effectués pour identifier les agents pathogènes impliqués dans les mammites. La numération cellulaire somatique du lait de quartier des chamelles a également été déterminée. Vingt-cinq quartiers (12,1 p. 100) ont été trouvés non productifs parmi les 828 examinés. Un pourcentage de correspondance de 100 p. 100 a été trouvé pour les échantillons classés 3+ et 2+ avec Cmt, alors qu’un pourcentage de correspondance de 35, 71 et 85 p. 100 a été relevé pour ceux classés respectivement 0, traces et 1+ avec Cmt. Une association significative a été observée dans le lait de quartier des chamelles entre les classements positifs obtenus avec Cmt et la présence d’agents pathogènes principaux. La numération cellulaire somatique a été comprise entre 3 x 105 et 1,5 x 107 leucocytes par millilitre de lait. Les moyennes du comptage cellulaire ont montré une évolution numérique positive en fonction des classes croissantes du Cmt avec Anova. Parmi les femelles en lactation examinées, quatre (1,9 p. 100) cas cliniques de mammites ont été détectés. Des bactéries pathogènes ont été présentes dans 171 échantillons (74 p. 100) de lait de quartier examiné positif avec Cmt. Parmi les principaux agents pathogènes isolés ont été trouvées des espèces de Staphylococcus, Streptococcus, Micrococcus, Corynebacterium et Bacillus, ainsi que Actinomyces pyogenes, Escherichia coli et Pasteurella haemolytica.

Allèle : une des formes alternatives d'un locus. Dans une cellule diploïde, il y a deux allèles pour chaque locus (un allèle transmis par chaque parent), qui peuvent être identiques. Dans une population, on peut avoir plusieurs allèles pour un locus.Annotation structurale : repérage des coordonnées des diverses structures dans le génome, telles que les gènes.Annotation fonctionnelle : renseignements sur les fonctions des séquences, le plus souvent pour les gènes.BAC : Bacterial Artificial Chromosome. Vecteur de clonage permettant l’obtention de clones bactériens contenant un grand fragment d’ADN génomique (taille > 100 kb*). Les BAC assemblés en contigs* sont à la base des cartes physiques du génome.Carte cytogénétique : carte des chromosomes. Réalisée par localisation visuelle (FISH*) au microscope de fragments d’ADN sur les chromosomes au stade métaphase de la mitose.Carte d’hybrides irradiés : réalisée en testant par PCR la présence ou l’absence de fragments d’ADN dans une collection de clones d’hybrides irradiés (RH*). Deux fragments d’ADN sont proches sur le génome s’ils sont trouvés fréquemment dans les mêmes clones.Carte génétique : obtenue par l’étude de la ségrégation dans des familles ou des populations, de marqueurs polymorphes, soit moléculaires, soit phénotypiques, deux séquences étant d’autant plus proches qu’elles sont souvent transmises ensemble lors de la méiose.Clonage positionnel : stratégie visant à identifier un gène responsable de l’expression d’un phénotype en utilisant des informations de position sur le génome.Contig : ensemble de clones (le plus souvent des BAC*) ou de lectures de séquence ordonnés grâce à des informations sur leur parties chevauchantes.Cosmide : vecteur de clonage permettant l’obtention de clones bactériens contenant des fragments d’ADN génomique de taille avoisinant les 50 kb*.CNV : Copy Number Variation ; polymorphisme du génome correspondant à la variation du nombre de copies d’une séquence, pouvant dans certains cas contenir un ou plusieurs gènes.Déséquilibre gamétique : pour deux loci quelconques, c'est le fait que la fréquence des haplotypes* estimée pour tous les gamètes est différente de celle attendue à partir du produit des fréquences alléliques de chaque locus. Synonyme : déséquilibre de liaison. Contraire de : équilibre gamétique.Dominance : qualificatif de l’effet d'un allèle, dont une copie suffit à l'expression du phénotype* approprié. L’allèle A est dominant sur l’allèle a si l’hétérozygote* Aa a le même phénotype* que l’homozygote AA.EST : Expressed Sequence Tag : séquences étiquettes (partielles) de transcrit, obtenues par séquençage aléatoire d’ARN.Evaluation génomique : évaluation de la valeur génétique d’individus d’après leurs génotypes pour un ensemble de loci distribués sur le génome, d’après des équations établies à partir des performances d’individus de référencephénotypés et génotypés.Expression génique : études visant à estimer le niveau de production (expression) des gènes en fonction d’états physiologiques ou de tissus différents.Exon : fraction de la partie codante d’un gène eucaryote. Les gènes des organismes eucaryotes sont le plus souvent fractionnés en plusieurs séquences d’ADN dans le génome, les exons, séparés entre eux par d’autres séquences (introns*).FISH : Fluorescent In Situ Hybridisation. Hybridation de sondes d’ADN marquées à l’aide d’un fluorochrome, sur des chromosomes au stade métaphase de la mitose. Permet la réalisation de la carte cytogénétique.Fingerprinting : technique permettant d’estimer très grossièrement la similarité entre des séquences d’ADN sans les séquencer, par la comparaison des longueurs de bandes produites par des enzymes de restriction coupant l’ADN à des sites précis.Fosmide : vecteur de clonage permettant l’obtention de clones bactériens contenant des fragment d’ADN génomique de taille déterminée et égale à 40 kb*.FPC : FingerPrint Contig* ; contig* de clones (généralement des BAC*) ordonnés par la technique du fingerprinting, afin d’obtenir une carte physique du génome.Génotype 1 : constitution génétique d'un individu. 2. Combinaison allélique* à un locus particulier, ex: Aa ou aa.Haplotype : combinaison allélique spécifique pour des loci appartenant à un fragment de chromosome défini.Héritabilité au sens strict : proportion de la variance phénotypique due à la variabilité des valeurs génétiques = proportion de la variance phénotypique due à la variance génétique additive.Hétérozygote : individu ayant des allèles non identiques pour un locus* particulier ou pour plusieurs loci. Cette condition définit l’ «hétérozygotie». Contraire de: homozygote.Homologues : séquences similaires en raison d’une origine évolutive commune.Hybride irradié : cellule hybride obtenue par fusion entre cellules hôte d’une espèce et donneuse d’une autre espèce, contenant une fraction aléatoire du génome de l’espèce donneuse, après cassures par irradiation, reconstitution aléatoire de chromosomes ou insertion dans des chromosomes de la cellule hôte et rétention partielle. Deux séquences proches sur le génome sont en probabilité dans les mêmes clones RH*, tandis que deux séquences distantes ont une probabilité faible d’être conservées ensemble.IBD : pour identity by descent. Identité entre deux chromosomes (ou parties de chromosomes), liée à leur descendance d’un même chromosome ancestral.Indel : Insertion – deletion ; polymorphisme de présence ou absence d’un ou plusieurs nucléotides.Intron : séquence non-codante dans les gènes, séparant les exons, qui codent pour une protéine.Kb : kilobase ; séquence de mille paires de bases (pb*).Locus (pl. : loci) : Site sur un chromosome. Par extension, emplacement d’un gène ou d’un marqueur génétique sur un chromosome.Marqueur génétique : séquence d'ADN dont le polymorphisme est employé pour identifier un emplacement particulier (locus) sur un chromosome particulier.Mate-pair : séquences appariées (1 à 10 kb* de distance), produites en circularisant les fragments d’ADN, puis par séquençage à travers le point de jointure.Mb : mégabase ; séquence d’un million de paires de bases (pb*) de longueur.Orthologues : séquences homologues* entre deux espèces.Paired-end : séquences appariées produites par la lecture des deux extrémités de courts fragments d’ADN (moins de 500 pb*) dans le cas des nouvelles technologies de séquençage.Paralogues : séquences homologues* résultat de la duplication d’une séquence ancestrale dans le génome. Il s’agit de deux (ou plus) séquences similaires par homologie dans un même génome.Pb : paire de base ; unité de séquence d’ADN, représentée par une base et sa complémentaire-inverse sur l’autre brin.Phénotype : caractère observable d'un individu résultant des effets conjugués du génotype et du milieu.Phylogénomique : utilise les méthodes de la génomique et de la phylogénie. Par la comparaison de génomes entiers, permet de mettre en évidence des pertes et gains de gènes dans les génomes, ainsi que leur variabilité moléculaire, afin (entre autres buts) d’aider à prédire leur fonctions.Plasmide : vecteur de clonage permettant l’obtention de clones bactériens contenant des fragment d’ADN génomique de taille allant de 500 pb* à 10 kb* environ.Polymorphisme d'ADN : existence de deux ou de plusieurs allèles* alternatifs à un locus.Puce à ADN ou puce pangénomique : Système permettant pour un individu le génotypage simultané de très nombreux marqueurs génétiques (de quelques milliers à quelques centaines de milliers).QTL : abréviation de locus à effets quantitatifs (de l’anglais Quantitative Trait Locus).Récessivité : qualificatif de l’effet d'un allèle, où l'homozygotie* est nécessaire pour l'expression du phénotype* approprié. opposé de : dominance*.RH : Radiation Hybrid (hybride irradié*)Sanger (méthode de) : méthode de séquençage publiée en 1977 (Sanger et al 1977) et encore utilisée de nos jours avec les séquenceurs à électrophorèse capillaire.Scaffold : ensemble de contigs* de séquence reliés entre eux par des informations apportées par des lectures appariées (mate-pairs* ou paired-ends*).Sélection assistée par marqueurs (abréviation : SAM) : utilisation d’un jeu restreint de marqueurs de l'ADN pour améliorer la réponse à la sélection dans une population : les marqueurs sont choisis comme étroitement liés à un ou plusieurs loci cibles, qui sont souvent des loci à effets quantitatifs ou QTL*.SNP : polymorphisme d'un seul nucléotide à une position particulière de la séquence d’ADN (abréviation de l’anglais Single Nucleotide Polymorphism).Supercontig : nom alternatif pour les scaffolds*.WGS : Whole Genome Shotgun ; production de lectures de séquence d’un génome entier de manière aléatoire.

Avant-Propos : Anomalies génétiques Les anomalies génétiques sont observées depuis toujours par les éleveurs et ont été décrites depuis longtemps par les chercheurs. Toutefois, elles ont toujours eu une situation à part dans la sélection des espèces d’élevage. Si la sélection s’est structurée, organisée, raffinée, elle n’a le plus souvent concerné que des caractères économiquement importants mais dits « quantitatifs », c’est-à-dire des caractères au déterminisme génétique complexe soumis à la fois à des effets du milieu et un nombre important de gènes. Parfois, des gènes à effet majeur ont également été pris en compte (gène culard, gène « sans cornes », coloration, absence de plumes…). Mais les anomalies ont toujours été considérées comme un problème inévitable, éventuellement à cacher. Elles ont été peu prises en compte en sélection, elles ne font pas l’objet de déclarations dans le cadre du contrôle de performances usuel et, au contraire, jusqu’à récemment, faisaient plutôt l’objet d’éliminations, volontairement ou non, sans déclaration. Considérées comme rares, elles ont été intégrées dans les incompressibles pertes d’élevage. La situation se complique en général lorsqu’un reproducteur largement diffusé s’avère porteur d’une anomalie. L’anomalie change alors de statut : d’inconvénient inéluctable mais peu important, elle apparaît comme un problème majeur pour les éleveurs, source de contentieux, porteur d’une mauvaise image. Son éradication rapide devient prioritaire, et l’élimination des reproducteurs porteurs est généralement préconisée. Au cours des années 1990 et 2000, quelques cas dans l’espèce bovine, finalement peu nombreux, ont marqué les esprits par l’impact qu’ils ont eu dans les populations concernées quand les meilleurs taureaux du moment se sont révélés porteurs. De plus, aucun réseau « du déclarant au généticien » n’étant mis en place, il a fallu du temps entre la déclaration des premiers cas et la disponibilité d’un test moléculaire permettant une éradication réellement efficace. Les anomalies génétiques sont inéluctables. Elles résultent de mutations de l’ADN qui sont un phénomène normal source de la diversité génétique. Souvent neutres, parfois fonctionnelles, les mutations peuvent dans des cas rares être responsables d’anomalies. Les populations d’élevage étant des populations génétiquement petites (malgré des effectifs physiques parfois très élevés), elles présentent des conditions favorables pour la diffusion et l’expression de ces anomalies, du fait de la dérive génétique et de la consanguinité. Contrairement à ce qui est parfois supposé, la sélection ne crée pas les anomalies, mais elle peut favoriser leur diffusion (l’augmentation de leur fréquence allélique et l’apparition de cas), de façon analogue aux antibiotiques qui ne créent pas de résistance, mais sélectionnent les populations bactériennes résistantes. On pense également à tort que les populations génétiquement petites présentent plus d’anomalies. Il est plus exact de dire qu’à effectif d’animaux identique, les populations génétiquement petites présentent un nombre d’anomalies différentes plus faible, mais un nombre de cas par anomalie plus élevé. Alors que la sélection est un modèle de rationalité, les anomalies sont longtemps restées hors de ce cadre. Une des raisons était sans doute le manque d’outils pour les éliminer. Une mise en place progressive depuis quinze ans et une accélération certaine des techniques de dépistage depuis le début des années 2010 a permis de définir un nouveau cadre pour intégrer les anomalies dans le processus de sélection. Tout d’abord, il est essentiel de disposer d’un système d’observation des anomalies. Les cas étant souvent rares et dispersés, il est essentiel que ce système soit largement implanté sur le terrain et que les informations soient centralisées, de façon à détecter les émergences le plus tôt possible, à partir de cas considérés éventuellement à tort comme sporadiques. Différents observatoires dédiés, souvent distincts du contrôle de performances classique, ont été mis en place à travers le monde et dans différentes espèces d’élevage ou de compagnie. Nous présentons dans ce dossier l’Observatoire National des Anomalies Bovines – ONAB ; https://www.onab.fr/ – (Grohs et al 2016) et la situation chez le porc (Riquet et al 2016). Ces dispositifs ont réellement montré toute leur efficacité lorsque les outils moléculaires les plus récents, de génotypage et séquençage, ont été disponibles, permettant de caractériser rapidement une anomalie à partir de quelques cas (Duchesne et al 2016). Ces outils génomiques peuvent même être utilisés pour orienter la recherche des anomalies avant leur observation (Fritz et al 2016). Enfin, il convient d’insister sur le fait que l’analyse de cas mais aussi de leurs ancêtres n’est possible que si d’excellentes collections d’échantillons sont stockées, comme c’est le cas pour l’ONAB ou pour le Centre de Ressources Biologiques pour les animaux domestiques (CRB-Anim ; https://www.crb-anim.fr/). La situation est bien sûr très variable selon les espèces. L’impact d’une anomalie, et donc la prise de conscience des sélectionneurs, est plus élevé dans les espèces conduites en race pure et quand l’individu a une forte valeur. L’espèce bovine est caractérisée par un double réseau de phénotypage associé au conseil en élevage et au travers des vétérinaires, par une conduite en race pure quasi-exclusive, par une sélection puissante, devenue génomique. Elle connaît une évolution récente favorisant la détection des anomalies. La situation est également très avancée chez le chien, une espèce bénéficiant d’une bonne supervision vétérinaire et organisée en de nombreuses races pures d’effectifs génétiques très petits et souvent sujettes à des anomalies spécifiques. Aujourd’hui, la situation a beaucoup évolué, de sorte qu’un nombre croissant d’anomalies est mis en évidence, dans toutes les races, quel que soit le mode de reproduction prédominant (monte naturelle ou insémination artificielle). En revanche, leur prise en compte reste encore partielle, et rarement à la hauteur (c’est-à-dire parfois trop, parfois trop peu) de leur importance réelle. Nous proposons dans Boichard et al (2016) différentes approches pour inclure les anomalies de façon objective dans la sélection. Pour le chercheur, les anomalies sont des objets d’étude hors du commun. L’anomalie, en provoquant une perturbation sévère en dehors de la gamme physiologique normale, permet parfois de comprendre un mécanisme habituellement peu variable et donc peu étudiable autrement. On comprend ainsi mieux le rôle des gènes au travers de leurs effets lorsqu’ils sont mutés. Les mécanismes mis en jeu touchent souvent des voies fondamentales du vivant et, à ce titre, sont souvent transposables entre espèces. Les connaissances sont bien sûr bien plus avancées chez l’Homme ou les espèces modèles comme la souris et nous bénéficions de ces informations pour caractériser rapidement les mutations découvertes dans les espèces d’élevage. Mais parfois, une anomalie observée dans une espèce d’élevage peut aussi contribuer à résoudre des questions chez l’Homme, par exemple pour des maladies très rares alors que la structure des populations d’élevage avec de grandes familles permet l’étude de cas familiaux. Il arrive alors que l’espèce d’élevage, de même que le chien, prenne le rôle d’espèce modèle de pathologies humaines.

Un dossier d’INRA Productions Animales consacré à l’élevage caprin en 2012 peut surprendre. Représentant moins de 1% du produit brut de l’Agriculture Française, cet élevage largement ancré dans son environnement socioculturel local et dans la tradition de terroirs variés, évoque encore, mais de moins en moins, des images du passé comme celle de la «vache du pauvre» ou de la grandmère gardant trois chèvres au bord du chemin. Cet élevage s’est en effet marginalisé au XIXème siècle et dans la première moitié du XXème siècle dans les pays qui s’industrialisaient, notamment en Europe où l’effectif caprin ne représente plus actuellement que 2% du total mondial. De nombreux arguments ont milité pour éditer ce dossier, d’abord la rapide transformation de l’élevage caprin à la fin du XXème siècle et plus encore dans ces premières années du XXIème siècle, ensuite des travaux originaux conduits récemment sur l’espèce caprine, qui sont venus combler le retard important que cette espèce avait accumulé en matière de recherches agronomiques et vétérinaires. A l’échelle mondiale, l’élevage caprin est celui dont les effectifs ont le plus augmenté au cours de ces vingt dernières années (FAOSTAT 2010) : 4ème troupeau mondial avec plus de 900 millions de têtes (470 millions en 1975) derrière les bovins, les ovins et les porcins ; d’après les prévisions, il deviendrait le 3ème autour de 2015. Nombreuses sont les explications à cette situation un peu paradoxale, mais deux sont souvent avancées par les experts. Cette progression actuelle des effectifs caprins s’observe presque exclusivement dans les pays en développement et dans certains pays émergents. Elle serait surtout due aux difficultés que rencontre le maintien de l’élevage des autres espèces domestiques dans ces zones, dans certains cas du fait de l’appauvrissement des éleveurs et des acteurs des filières animales. Cette progression tient aussi au fait que le marché des caprins a une réalité essentiellement locale et que, dans ces conditions, il n’est pas exposé aux crises internationales que le marché des produits des autres espèces a pu subir au cours des quarante dernières années. En Europe, les effectifs caprins sont restés assez stables : 12,5 M de têtes au total, 1,3 M en France dont 1,1 M de femelles laitières âgées de plus d’un an. La France possède le troisième troupeau (10% des effectifs européens), assez loin derrière la Grèce (37%) et l’Espagne (22%). Il convient de noter la progression importante des effectifs caprins en Roumaine et aux Pays-Bas au cours de la dernière décennie. L’élevage caprin européen, et particulièrement l’élevage français, s’est fortement spécialisé en production laitière puisque 75 à 93% environ du produit brut des ateliers caprins en France provient du lait. En effet, la marge brute que dégage la production de chevreaux de boucherie est réduite en raison des coûts des aliments d’allaitement et des aléas liés à la mortalité périnatale. Des avancées dans les techniques d’élevage, notamment dans les domaines de l’alimentation et de la génétique, ont permis des améliorations assez rapides des performances des femelles laitières. La production laitière moyenne des 240 000 chèvres inscrites au contrôle laitier en 2010 était de 842 kg de lait sur une durée moyenne de lactation de 274 jours avec un taux protéique de 32,3 g/kg de lait et un taux butyreux de 37,0 g/kg de lait. Le plus intéressant à noter, c’est qu’en dix ans la production laitière annuelle au contrôle laitier a progressé de 90 kg, le taux protéique de 1,6 g/kg et le taux butyreux de 2,5 g/kg (Institut de l’Elevage 2012). La France est le premier producteur européen de lait de chèvre avec 30% du lait produit. Plus de 80% de ce lait est transformé en fromages. Même si la consommation présente quelques signes d’essoufflement actuellement, l’augmentation de la production de lait de chèvre depuis plus de trente ans et en conséquence celle des fromages a en général été bien absorbée par la demande, en progression malgré quelques périodes tendues. Ce résultat est dû notamment à de nouveaux produits de qualités rhéologique et organoleptique bien adaptées pour conquérir de nouveaux marchés, à l’utilisation de technologies avancées en matière fromagère et à la bonne image de ce fromage (produit festif et de qualité) auprès des consommateurs. Le secteur caprin en France a suivi l’évolution générale des productions animales : mécanisation du travail, simplification des techniques pour réduire le coût de production et pour améliorer l’efficacité du travail, augmentation rapide de la taille des unités de production. Plus de 35% de chèvres laitières appartiennent à des unités de plus de 350 têtes et la production est de plus en plus concentrée dans une région, le Poitou-Charentes, qui produit plus de 50% du lait de chèvre en France et en transforme encore plus. Bref, cette évolution et ces résultats, malgré un contexte qui tend à devenir de moins en moins favorable, s’expliquent par de multiples raisons, entre autres, la mise en place d’une filière bien organisée, des éleveurs motivés et le plus souvent passionnés par leur métier et une coopération étroite et efficace entre la recherche et le développement tant au niveau national que régional. Cette coopération exemplaire a débuté dès les années 1955-1965 avec des pionniers comme G. Ricordeau, à qui l’on doit la mise en évidence du gène sans corne expliquant le taux élevé d’infertilité en caprins, facteur qui a longtemps freiné le développement caprin (Ricordeau 2008) et J.-M. Corteel, qui a beaucoup travaillé sur la mise au point des techniques d’insémination artificielle (Leboeuf 2013). Ils ont su gagner la confiance des éleveurs, même parfois de petites unités. Ce lien s’est poursuivi et développé ensuite grâce à la création de la section caprine de l’Institut technique ovin et caprin (ITOVIC), mais aussi par des relations directes et personnelles entre chercheurs et responsables du développement ou par des réunions informelles autour de certains problèmes que rencontraient les éleveurs.Cette coopération a très bien résisté dans les années 1980, d’une part, aux nouvelles demandes des éleveurs qui donnaient la priorité aux questions socio-économiques suite à la première crise du prix du lait de chèvre en 1981 et, d’autre part, aux évolutions de la politique de l’INRA, qui face aux nouveaux enjeux scientifiques et technologiques, a été conduit à considérer comme moins prioritaire certaines recherches appliquées intéressant le développement. Ainsi, malgré l’évolution des problématiques scientifiques et des relations entre le monde de la recherche et du développement, mais aussi face au développement rapide de la recherche caprine dans les pays émergents, la recherche caprine en France est toujours très active. Un sondage bibliométrique montre que le nombre de publications avec «dairy goat» en mot-clé, de 250 à 300 par an dans les années 1980-1990, s’est accru nettement au début des années 2000 pour se situer actuellement vers les 700 publications par an. Au cours des dix dernières années, les pays qui ont le plus contribué à ces publications ont été la France, donc l’INRA, suivie par les USA, l’Italie et l’Espagne, eux-mêmes suivis par le Brésil, le Mexique et la Turquie. Ce dossier de la revue INRA Productions Animales a donc pour objectif d’illustrer le dynamisme des recherches menées en France sur les caprins, s’il était encore nécessaire de le faire. Le choix des six thèmes de recherche retenus pour constituer ce numéro n’a pas été aisé en raison du nombre de thèmes possibles. L’ambition de ce dossier n’étant pas d’être exhaustif, la rédaction de la revue et son comité se sont mis d’accord pour ne pas retenir de sujets dans les domaines où les publications ont déjà été nombreuses. C’est le cas, par exemple, de la traite des chèvres laitières (Le Du 1989, Marnet et al 2001), du polymorphisme de la caséine alpha chez les caprins (Grosclaude et al 1994, Manfredi et al 1995) ou encore de la reproduction caprine. INRA Production Animales a en effet déjà publié des articles exhaustifs sur la neuro-endocrinologie de la reproduction chez le caprin (Chemineau et Delgadillo 1994), sur le comportement sexuel de cette espèce (Fabre-Nys 2000), sur la production et la conservation de semence de bouc (Leboeuf et al 2003) et récemment sur la maîtrise de la reproduction de l’espèce caprine (Leboeuf et al 2008). Il a été proposé de sélectionner des thèmes novateurs ou riches en résultats récents, qui intéressent le développement de l’élevage caprin en France, mais aussi de portée internationale. Dans ces conditions, il a d’abord été retenu trois thèmes représentant des dimensions basiques de l’élevage : génétique, pathologie, alimentation avec des articles faisant le point sur les dernières avancées dans chaque secteur, et trois autres thèmes originaux et porteurs d’avenir, le pâturage des chèvres laitières hautes productrices, les apports de la modélisation pour comprendre le fonctionnement du troupeau de chèvres laitières et les techniques rationnelles d’élevage caprin en milieu tropical. Le premier article de Manfredi et Ådnøy (2012) sur la génétique des caprins laitiers, est un travail franco-norvégien illustrant la collaboration continue sur ce thème entre les deux pays depuis près de 50 ans. Il fait le point sur les études de génétique polygénique relatives à la production et à la composition du lait. Il traite de l’approche moléculaire qui démarre en caprins et surtout répond à la question d’actualité sur ce que nous pouvons attendre dans les années futures de la sélection génomique en caprins. Le deuxième article de Hoste et al (2012) sur la pathologie caprine, a réuni des spécialistes de l’INRA, des écoles vétérinaires, de l’Anses et de l’Institut de l’Elevage. Il fait le point sur les recherches en cours et leurs applications concernant diverses pathologies infectieuses d’actualité dans le secteur caprin. Ainsi il passe en revue les principales pathologies provoquées par les prions et les virus, par les agents bactériens et la question des parasites gastro-intestinaux. L’article évoque aussi le projet de la mise en place d’un observatoire des maladies caprines en France. Il se termine par une réflexion intéressante soulignant la proximité des agents pathogènes en ovins et caprins et les différences dans les processus morbides chez ces deux espèces. Il en conclut que des études originales sur caprins sont tout à fait fondamentales pour appréhender certains mécanismes pathogéniques. L’article suivant de Sauvant et al (2012) se propose d’actualiser les recommandations alimentaires des caprins publiées en 2007, pour répondre à une demande du développement. Les avancées dans ce domaine proviennent notamment d’une approche modélisée de la connaissance des nombreuxfacteurs de variation du poids vif, de la production laitière et de la composition de lait. Les lois de réponse plus précises aux apports d’aliments concentrés, les nouvelles lois de réponse concernant la sécrétion des acides gras du lait ainsi que les excrétions d’azote et de méthane, ainsi que les valeurs repères applicables sur le terrain concernant le comportement alimentaire, l’acidose et les besoins en eau sont les principales nouveautés. L’alimentation représente, rappelons-le, 70% en moyenne du prix de revient du litre de lait de chèvre. Parmi les trois articles plus spécifiques sur des sujets originaux, figure l’article de Lefrileux et al (2012) sur l’aptitude des chèvres hautes productrices de lait à valoriser les prairies temporaires au pâturage. Il répond à des demandes variées, notamment la demande sociétale pour une conduite d’élevage plus écologique. Or, peu d’information existe sur ce sujet, d’une part, en raison de la diminution de ce mode d’alimentation à cause des problèmes parasitaires rencontrés et, d’autre part, car la chèvre a la réputation d’être une mauvaise utilisatrice du pâturage et d’avoir un comportement très affirmé pour sélectionner son ingéré. Les auteurs montrent qu’il est possible d’obtenir des performances laitières de 1000 – 1100 kg de lait par an et par chèvre avec des régimes alimentaires où plus de 50% des besoins énergétiques sont couverts par le pâturage. L’étude du fonctionnement du troupeau caprin est un sujet qui a déjà été développé à l’INRA (Santucci et al 1994) mais, au cours de ces dernières années, elle a fait l’objet d’avancées importantes grâce à l’utilisation de la modélisation. L’article de Puillet et al (2012) présente un simulateur de fonctionnement du troupeau caprin laitier permettant de tenir compte de la variabilité individuelle des carrières animales et d’étudier comment les conduites de l’alimentation et de la reproduction mises en œuvre par l’éleveur, modulent les performances du troupeau. De tels outils sont appelés à l’avenir à avoir diverses applications au niveau du terrain pour les agents de développement, par exemple pour quantifier le risque biologique associé à certaines conduites d’élevage. Le Centre INRA des Antilles-Guyane travaille depuis plus de 50 ans sur l’amélioration des systèmes de production caprine en milieu tropical (Alexandre et al 1997). Alexandre et al (2012) présentent dans le dernier article de ce numéro une synthèse sur la situation de l’élevage caprin en zone tropicale. Rappelons que 95% des caprins vivent en milieu tropical. A travers leur grande expérience du sujet, ces auteurs proposent des voies d’amélioration très prometteuses grâce à l’apport d’intrants bien réfléchi techniquement et économiquement, à l’utilisation de l’effet mâle en reproduction et à une complémentation à base d’aliments non conventionnels. Les six articles de ce numéro ne doivent pas occulter les autres recherches sur les caprins effectuées par l’INRA ou d’autres organismes. Comme il n’est pas possible d’être exhaustif, citons simplement quelques exemples qui peuvent intéresser le développement : la maîtrise de la reproduction femelle sans utilisation d’hormones pour répondre aux cahiers des charges de certains produits caprins labellisés (Brice et al 2002) ; la monotraite, technique qui a priori séduit les éleveurs en permettant une réduction de charge de travail (Komara et Marnet 2009) ; les risques d’acidose en liaison avec le comportement alimentaire des chèvres laitières, trouble métabolique encore fréquent avec certainstypes de régimes et dont les conséquences économiques peuvent être importantes (Desnoyers et al 2009) ; l’évaluation des systèmes de production caprine (Bossis et al 2008, Toussaint et al 2009) sans oublier les travaux de technologie laitière réalisées par l’ITPLC sur le fromage de chèvre (Raynal-Ljutovac et al 2007a). Il faut noter aussi le début d’études sur le bien-être des caprins (Servière et Morand-Fehr 2012) et le besoin de travaux sur les lactations longues (14 - 20 mois),technique qui séduit de plus en plus d’éleveurs. Nous devons aussi signaler deux documents importants, l’un sur la qualité du lait de petits ruminants (Haenlein et al 2007) et l’autre sur la production et la qualité de la viande caprine (Mahgoub et al 2011) dans lesquels les travaux de recherches français sur l’influence des systèmes d’alimentation sur la qualité du lait de chèvre (Morand-Fehr et al 2007), sur la stabilité à la chaleur de ce lait (Raynal-Ljutovac et al 2007b) et sur la composition lipidique du chevreau (Morand-Fehr et al 2011) sont présentés. Il nous reste à souhaiter que la lecture de ce numéro apporte une somme d’informations originales à tous les lecteurs cherchant à prendre connaissance des dernières avancées de la recherche caprine et que la recherche caprine se maintienne et se développe à l’avenir en France pour répondre aux demandes de la filière, mais aussi en milieu tropical où les caprins jouent un rôle socio-économique essentiel pour certaines populations rurales.

La syphilis est une maladie bactérienne transmise sexuellement des femmes enceintes atteintes de syphilis au fœtus. Le diagnostic de syphilis chez les femmes enceintes est confirmé par l’examen VDRL. L’objectif de ces travaux est de montrer le nombre de cas confirmés de syphilis chez les femmes enceintes au Brésil, comme une année de diagnostic, groupe d’âge, régions du Brésil, zone résidentielle, type de test, classification et évolution entre 2009 et 2013. Des données secondaires ont été utilisées par le département informatique de SUS – DATASUS (http://datasus.saude.gov.br). Le plus grand nombre de tests permet un meilleur traitement et une réduction du nombre de cas. Cependant, l’absence de soins préventifs pendant la relation sexuelle induit une augmentation des cas, en particulier chez les femmes en âge de procréer. Les régions où la population est plus importante ont un plus grand nombre de cas. La forte variation des partenaires dans ces domaines entraîne une contamination accrue. Le type de test influence les nombres. Des tests moins spécifiques et plus généraux trouvent des anticorps spécifiques et non spécifiques pour la bactérie. Cela peut modifier les nombres réels. Les soins de santé féminins font à la fois le diagnostic tôt, facilitant le traitement. La syphilis n’est pas directement responsable du nombre plus élevé de décès chez les femmes enceintes.

Objectif : Nous avons mené une étude prospective, descriptive pour étudier les aspects épidémiologique, clinique, thérapeutique et évolutif des pleurésies purulentes en milieu pneumologique spécialisé à Bamako. Patients et méthode : Du 1er Janvier au 31 décembre 2012 nous avons inclus tous les patients hospitalisés dans le service et/ou vus en ambulatoire (consultations externes) présentant une pleurésie purulente et ayant bénéficié d'au moins une radiographie pulmonaire standard de face et de l'étude bactériologique du liquide pleural. Résultats : La pleurésie purulente représentait 1,95% des pathologies respiratoires dans le service. Le sexe masculin était majoritaire soit 73,3% (22/30) avec un sexe ratio de 2,74. La tranche d'âge la plus observée était de 21 à 40 ans avec 63,3% (19/30). Le syndrome de détresse respiratoire était le plus retrouvé avec 93,3% (28/30) suivi du syndrome d'épanchement liquidien (83,3%). Les pleurésies droites étaient retrouvées dans 60% (18/30) des cas avec une prédominance des cas de moyenne abondance 40%. La culture était stérile chez 76,7% (23/30) des patients et 42,8% des cultures positives concernaient le Staphylococcus aureus L'association Amoxicilline-acide clavulanique + métronidazole + gentamicine 23,3% (7/30) était l'antibiothérapie la plus utilisée, La ponction itérative et la kinésithérapie ont été les gestes pratiqués chez tous les malades. Seul 16,7% (5/30) ont bénéficié d'un drainage thoracique. L'évolution a été favorable chez plus de la moitié des patients soit 60%(18/30nombre patients) des cas et nous avons enregistré 1 cas de décès. Conclusion : Les pleurésies purulentes sont fréquentes chez les sujets jeunes de sexe masculin. La prise en charge reste confrontée à la difficulté d'identification des germes par une antibiothérapie abusive préalable et d'évacuation des épanchements purulents. Le Staphylocoque aureus occupe une place importante des étiologies bactériennes.