Dissertationen zum Thema „Épidémiologie des maladies respiratoires“

Enquete epidemiologique menee a paris et dans sa banlieue. Influence des variables: temperature, pression, humidite relative, precipitation, vent. Les symptomes sont surtout affectes par les oxydes d'azote, les basses temperatures et un gradient vertical de temperature eleve, durant les jours qui precedent leur apparition

Les maladies pulmonaires constituent de par le monde un problème majeur de santé chez le porc en croissance élevé dans des conditions confinées et selon un mode intensif. La pneumonie et la pleurésie représentent les deux affections pulmonaires les plus fréquentes. La recherche de moyens de prévention nécessite une connaissance approfondie de leur épidémiologie. L'objectif de cette thèse est d'identifier les facteurs associés à la pneumonie et à la pleurésie. Afin de s'assurer de la validité des méthodes à adopter pour évaluer le statu d'infection des animaux vivants par des pathogènes respiratoires ainsi que des catégories d'animaux à prélever, ceux études observationnelles préliminaires on été menées. Une enquête analytique a ensuite été réalisée pour identifier les déterminants de la pneumonie et de la pleurésie. Le rôle des facteurs infectieux et non infectieux dans explication de ces deux maladies a été mise en évidence. Mycoplasma hyopneumoniae et le sous H1N1 des virus influenza porcins jouent un rôle majeur dans l'explication de la pneumonie tandis qu'Actinobacillus pleuropneumoniae constitue l'agent central de la pleurésie. Le virus du syndrome dysgénésique et respiratoire porcin intervient dans le développement et la sévérité d'atteinte à l'égard des deux maladies. Des facteurs ayant trait à la conduite et aux pratiques d'élevage, à l'hygiène et aux conditions de logement du porc ont été mises en évidence comme éléments associés à la pneumonie et à la pleurésie. En regard des résultats obtenus, des mesures de maîtrise et de prévention des maladies pulmonaires peuvent être proposées
Respiratory diseases are a major health issue for pigs reared under confined conditions in intensive systems worldwide. Pneumonia and pleuritis are the two most frequent lung alterations. The aetiology of these diseases is complex and multifactorial. A better knowledge of the epidemiology of lung diseases is needed to implement adequate control strategies. The aim of the present work is to identify herd-factors associated with lung diseases, particularly pneumonia and pleuritis in slaughtered pigs from farrow-to-finish farms. Two preliminary observational studies were carried out to assess the relevance of different sampling methods to determine the infectious status of the pigs and to identify the category of pigs which must be sampled in a further analytical study. In a second step, a cross-sectional study was carried out in 143 herds to identify the risk factors for pneumonia and pleuritis. Infectious and noninfectious factors were founded to be associated with lung diseases. Mycoplasma hyopneumoniae, H1N1 subtype of swine influenza viruses are the major pathogens involved in pneumonia whereas Actinobacillus pleuropneumoniae is the main agent associated with pleuritis. Porcine respiratory and reproductive syndrome virus acts on both types of lung lesions. Noninfectious factors related to management and husbandry practices, hygiene and housing conditions are also involved in pneumonia and pleuritis. All these results would be helpful to define appropriate herd health management programmes targeting the reduction of respiratory disease incidence

L'objectif était de produire des connaissances épidémiologiques descriptives et analytiques sur les troubles respiratoires des veaux non-sevrés en système d'élevage allaitant de l'Ouest de la France : incidence, formes cliniques et impact économique. Les observations ont été menées dans 150 exploitations des Pays de la Loire de 1999 à 2003. Les forces des associations entre l'apparition des troubles et les facteurs de risque ont été quantifiées. Le taux d'incidence en période hivernale était de 1,89 cas pour 1000 veaux-jours exposés. Suite aux troubles respiratoires, 12% des exploitants perdaient environ 20% de leur revenu annuel. La vaccination telle que pratiquée par les éleveurs n'était pas toujours associée à un niveau d'incidence des troubles respiratoires plus faible. L'exposition simultanée au virus respiratoire syncytial bovin avec Mycoplasma bovis et souvent avec le virus parainfluenza de type 3 était associée à un niveau de risque élevé d'apparition de troubles respiratoires.

Une rt-pcr nichee localisee sur le gene de la nucleocaproteine (n) a ete mise au point pour detecter le virus respiratoire syncytial bovin (vrsb). Lors d'une etude terrain, cet outil est apparu plus sensible que les techniques conventionnelles (detection d'antigenes, culture). Lors d'infections experimentales de veaux immunocompetents, l'arn viral a pu etre detecte jusqu'a 13 jours apres l'apparition des symptomes alors que le vrsb n'etait isole que pendant les 5 premiers jours. Cette rt-pcr nichee a permis de demontrer que le vrsb persistait dans les nuds lymphatiques (nl) pulmonaires apres infection. Le vrsb a ete recherche entre 18 et 71 jours post inoculation dans de nombreux tissus nerveux et lymphoides. Des arn viraux genomique (n) et messagers (m) codant pour n, la glycoproteine g (g), et la proteine de fusion f (f), ont ete detectes de facon constante et jusqu'a j71 a partir des nl tracheobronchiques et mediastinaux. Les resultats obtenus par coculture entre les cellules des nl et des cellules epitheliales de cornets nasaux bovins suggerent que le virus se trouvait sous forme de particule infectieuse. L'expression des proteines f et g, a ete demontree dans les nl par immunomarquage. Les etudes morphologiques et immunocytochimiques suggerent que le vrsb persiste dans les lymphocytes b et dans quelques macrophages. La diversite et l'evolution du vrsb ont ete evaluees a partir de 54 souches europeennes ou nord americain et comparees aux sequences de 33 souches recensees dans les banques de donnees, sur des segments de n, f ou g. Cette etude demontre une evolution continue et simultanee du vrsb sur les segments etudies de n, g et f depuis 1967. De plus une forte pression de selection a pu etre mise en evidence sur un segment de g. A partir d'isolats francais recents, des mutations ont ete detectees dans une zone immunodominante, la region centrale hydrophobe de l'ectodomaine qui entraineraient la disparition de 2 ponts disulfures et d'une helice.

Le but de ce travail a ete de developper de nouvelles techniques rapides, simples et fiables d'identification immunochimique des mycoplasmes rencontres chez les ruminants. La premiere partie decrit une technique d'identification par dot immunobinding sur membrane de filtration (mf dot) a l'aide de serums hyperimmuns specifiques. Cette technique permet en 2 a 3 heures l'identification, directement a partir de bouillon de culture, de l'ensemble des especes, sous-especes et serogroupes rencontres frequemment ou occasionnellement chez les ruminants. Sa specificite a ete comparee a celle des tests de reference. Dans une seconde partie, les relations antigeniques entre les especes, sous-especes, les serogroupes et les biotypes ainsi que les variations antigeniques au sein de chacun ont ete etudiees par mf dot, parmi deux groupes biochimiques de mycoplasmes, comprenant les principaux mycoplasmes pathogenes pour les ruminants. Dans une troisieme partie, ont ete selectionnes des anticorps monoclonaux specifiques et representatifs de l'ensemble des variantes, d'une part du biotype small colony de la sous-espece mycoplasma mycoides subsp. Mycoides, agent de la peripneumonie contagieuse bovine et d'autre part de l'espece mycoplasma bovis, agent de pneumopathies, d'arthrites et de mammites chez les bovins. Utilises dans des tests de dot immunobinding, ces anticorps monoclonaux assurent une identification certaine, peu onereuse et facilement decentralisable des deux principaux mycoplasmes pathogenes des bovins

L’objectif principal de cette thèse était d’enrichir les connaissances sur les effets respiratoires de la pollution atmosphérique chez les personnes âgées pour lesquelles peu de données sont disponibles. Les objectifs spécifiques étaient: (1) Etudier les associations entre la pollution de l'air extérieur de proximité et la santé respiratoire des personnes âgées (2) Etudier les associations entre la pollution de l'air intérieur mesuré de façon objective (dans les ménages français et dans les maisons de retraite Européennes) et la santé respiratoire de ces personnes (3) Explorer l'hypothèse d'une plus grande susceptibilité des personnes âgées vis-à-vis de la pollution de l'air extérieur et intérieur. Pour cela les données issues de trois études épidémiologiques ont été utilisées : l’étude des 3C dans le cadre de l’investigation des effets de la pollution de l’air extérieur, la campagne "logements" de l’OQAI et l’étude Européenne GERIE avec l’objectif d’investiguer les effets de la pollution de l’air intérieur. Nos résultats sont cohérents avec les rares données de la littérature et suggèrent qu'une exposition à la pollution de l'air même à des concentrations réduites serait significativement liée à l'augmentation de la prévalence d'indicateurs de santé respiratoire chez la personne âgée particulièrement de symptômes évocateurs de BPCO tels que les essoufflements, la dyspnée, la toux et les crachats chroniques ainsi que les sifflements évocateurs d’asthme. Certaines associations étaient plus prononcées chez les sujets les plus âgés, ce qui appuie l'hypothèse d'une plus grande sensibilité des personnes âgées vis-à-vis de leur exposition à la pollution de l'air
The main objective of this thesis was to increase knowledge on the respiratory effects of air pollution in the elderly where few data are available. Specific objectives were: (1) To study the relationship between proximity air pollution and respiratory health in elderly (2) To study the relationship between indoor air pollution measured objectively (in French households and in European nursing homes) on respiratory health of elderly (3) to explore the hypothesis of higher susceptibility of the elderly to the effects of outdoor and indoor air pollution. Data from three epidemiological studies based on samples of a general population were used: the three cities study (3C) in the investigation of the effects of outdoor air pollution, the campaign of the French Observatory for Indoor Air Quality (OQAI) and "GERiatric study In Europe on health effects of air quality in nursing homes"(GERIE) to investigate effects of indoor air pollution. Our results are consistent with previous data and suggest that exposure to air pollution (outdoors and indoors), even at lower concentrations, could be significantly related to high prevalence of respiratory health outcomes among elderly more specifically symptoms suggestive of Chronic Obstructive Pulmonary Disease (COPD) such as breathlessness, dyspnea, chronic cough and phlegm, and wheezes suggestive of asthma. The most consistent results were obtained for breathlessness and dyspnea. Some associations were more pronounced in older subjects, this support the hypothesis of greater susceptibility of elderly regarding exposure to air pollution

Chaque année, deux à trois millions de musulmans de plus de 180 pays à travers le monde affluent vers l'Arabie Saoudite pour l'accomplissement du grand pèlerinage à la Mecque, appelé communément le "Hajj". Les virus, et particulièrement celui de la grippe, sont les causes les plus fréquentes d'infections respiratoires aiguës chez les pèlerins.Nous avons décidé de réaliser une étude bibliographique afin de rechercher des preuves de l'efficacité des mesures non pharmaceutiques de prévention des infections respiratoires pendant le Hajj. En résumé, bien que le lavage des mains soit fréquent parmi les pèlerins, le port du masque reste un défi majeur et la distanciation sociale, visant à réduire les contacts avec les personnes infectées, difficilement réalisable pendant le séjour en Arabie Saoudite. Les données sur l'efficacité de ces mesures non pharmaceutiques dans le contexte du Hajj sont limitées et les résultats sont contradictoires, soulignant la nécessité d'études supplémentaires.En 2012 et 2013, nous avons conduit une étude prospective afin d'évaluer sur la même cohorte de pèlerins la prévalence de virus et de bactéries pouvant être responsables d'infections respiratoires aiguës, avant le départ de France pour le Hajj et au retour d'Arabie Saoudite. Nous avons ainsi démontré l'acquisition par les pèlerins de virus respiratoires, principalement rhinovirus, coronavirus (non MERS-CoV) et les virus grippaux, pendant leur séjour en Arabie Saoudite. Aucun n'a été testé positif pour le MERS-CoV. Aussi, une proportion importante de pèlerins a été infectée par Streptococcus pneumoniae, alors que leur couverture vaccinale contre le pneumocoque est faible
Annually, over two million Muslims from more than 180 countries gather in the Kingdom of Saudi Arabia to perform the pilgrimage to Mecca, also known as the "Hajj". Respiratory viruses, and especially influenza virus, are the most common cause of acute respiratory infection among pilgrims.We conducted a review to summarize the evidence related to the effectiveness of non-pharmaceutical interventions in preventing the spread of respiratory infectious diseases during the Hajj. Overall, although hand hygiene compliance is high among pilgrims, face mask use and social distancing remain difficult challenges. Data about the effectiveness of these measures at the Hajj are limited, and results are contradictory, highlighting the need for future large-scale studies.In 2012 and 2013, we conducted for the first time a prospective longitudinal study of pilgrims, to determine the prevalence of viruses and bacteria potentially responsible for acute respiratory symptoms, before departing from France for the Hajj and before leaving Saudi Arabia. We thus demonstrated the acquisition of respiratory viruses, most notably rhinovirus, coronaviruses (other than MERS-CoV), and influenza viruses, by pilgrims during their stay in Saudi Arabia. None of the pilgrims was positive for MERS-CoV. Also, while vaccination coverage against pneumococcal infection is low among pilgrims, many of them have acquired Streptococcus pneumoniae

Les infections aiguës des voies respiratoire inférieures (ALRI) sont un problème persistant et dominant de santé publique. De nombreux virus peuvent causer une ALRI, y compris le virus respiratoire syncitial, le virus de la grippe, le virus parainfluenza, le rhinovirus, l'enterovirus, l'adénovirus et le coronavirus. Depuis l'épidémie de SRAS en 2004 et les épidémies récentes de grippe aviaire H5N1 hautement pathogène, la transmission des virus zoonotiques à l'homme pose un problème majeur de santé publique, car les contacts rapprochés entre l'animal et l'homme ou entre les hommes faciliteraient le réassortiment et la recombinaison entre les virus pour générer des nouveaux virus qui pourraient passer la barrière d'espèce. L'introduction de ces nouveaux virus dans la population immunologiquement naïve pourrait être à l'origine d'épidémies ou de pandémies. . Par ailleurs, de nouveaux virus comme le métapneumovirus humain, les coronavirus humains NL63 et HKU1, et le bocavirus humain, ont été identifiés grâce au développement des nouvelles techniques moléculaires. Toutes ces approches ont changé le profil étiologique des ALRI. Pour mieux identifier les causes d'épidémies, il est nécessaire de surveiller la distribution et l'évolution génétique des virus respiratoires. L'objectif de ce travail a été dicté en priorité par la nécessité de développer des méthodes rapides, spécifiques et sensibles de diagnostic pouvant détecter non seulement des pathogènes viraux importants mais également de nombreuses co-infections virales. Les objectifs de ce travail étaient de développer différentes techniques moléculaires multiplexées et de mettre en place une plateforme de diagnostic des virus respiratoires. La stratégie a été de développer de nouvelles techniques en rapport avec les types de virus à détecter: (1) virus prioritaires comme la grippe aviaire H5N1 ou le virus pandémique SOI-H1N1v, détectés par RT-PCR en temps réel et multiplexée; (2) virus à haute prévalence de circulation dans la population possédant une diversité génétique élevée, détectés par RT-PCR multiplexée ; virus rares et émergents, détectés et étudiés par micropuce ADN et séquençage à haut-débit
Acute respiratory infections (ARIs) are one persistent and Worldwide problem to public health and the leading cause of morbidity and mortality in developing countries. In China, nearly 21 million cases occur every year [1]. Numerous viruses can cause ALRI, including respiratory syncitial virus, influenza virus, parainfluenza virus, rhinovirus, adenovirus and coronavirus [2-12]. Since the outbreak of SARS in 2004 and the recent epidemics of highly pathogenic avian influenza H5N1 virus in China [13-15] as well as in other countries of Southeast Asia, the transmission of zoonotic viruses from animals to human has become a big concern to public health because the increasing close contacts of animal-human and human-human would largely facilitate the reassortment and recombination of viruses to generate new viruses which could cross the species barrier. The introduction of new viruses to immune naïve population would cause epidemics or pandemics. Meanwhile, new viruses like human metapneumovirus, human coronaviruses NL63 and HKU1, and human bocavirus, were identified as the result of development of new molecular techniques. All these approaches have largely changed the etiological profile in ARI. To better react in case of epidemics, it is necessary to monitor the distribution and the genetic evolution of respiratory viruses. Sustained global surveillance project was required to improve the capacity in many developing countries to detect endemic, epidemic and newly emerging respiratory pathogens [16]. To set up such project, reliable and standardized diagnostic methods were requested. With sequencing and phylogenetic analysis, the project could identify a wide variety of agents, to differentiate highly pathogenic viruses from less virulent seasonal respiratory viruses and to identify new emerging viruses. Meanwhile, the epidemiological and etiological profile of ARI should be thoroughly studied to describe the background and set up a baseline for epidemic alert. In 2006, the project "Surveillance and Investigation of Endemic Situations in South-East Asia (SISEA)" was implemented (http://www. Hku. Hk/respari/research_07. Htm), which supported my PhD work. Shanghai, as the biggest metropolis of China, is an important center for population migration and with distinct four seasons including very cold winter

Lors d’une épidémie de maladie émergente, la recherche épidémiologique devrait démarrer immédiatement, et mener à des bases de données standardisées pouvant être concaténées pour permettre une méta-analyse. Paradoxalement, les sciences de l'information, pleinement utilisées dans la détection des événements de santé, sont très peu utilisées à cette étape critique. D’abord, sur le modèle l’épidémie de SRAS, nous avons effectué une revue de la littérature correspondante afin d’identifier les types d’études réalisées suite à l’épidémie et la chronologie de la dissémination des résultats scientifiques. Nos analyses ont montré que la plupart de ces études étaient des études descriptives et qu’une grande majorité des études ont été publiées après l’épidémie. Nous avons également montré que les études soumises pendant l’épidémie ont un délai de publication significativement plus court. Ensuite, nous nous sommes intéressé au développement d’un prototype permettant de construire rapidement des questionnaires standardisés et de lancer immédiatement une enquête en ligne. Ce travail s’appuie sur l’analyse systématique des variables utilisées dans la littérature publiée lors de l’épidémie de SRAS. Une interface web a été mise en place pour construire des questionnaires, lancer des enquêtes en ligne et recueillir des données en temps réel. En conclusion, à travers un exemple d’épidémie de maladie émergente, nous avons analysé la complexité de l’investigation épidémiologique et le long délai de la dissémination de ses résultats lors d’une épidémie. En réponse, afin de faciliter et d’accélérer l’investigation épidémiologique, nous avons développé le prototype d’un système d’information

Les infections respiratoires aigues (IRA) et les gastro-entérites aigues (GEA) sont les infections les plus fréquentes chez les enfants, leur incidence augmentant lors de la fréquentation de centres de garde. L’objectif de notre étude était d’estimer le risque de transmission des IRA et des GEA des enfants fréquentant les centres de garde à leurs parents. Nous avons par ailleurs décrit les mesures de prévention utilisées par les familles afin de prévenir la transmission de ces infections à domicile. Notre étude est rétrospective, basée sur des enfants de 12 à 60 mois fréquentant les Centres de la Petite Enfance (CPE) de plus de 60 places de la Grande région de Québec, Canada, ainsi que leurs parents. 374 foyers et 608 participants ont été inclus. L’incidence des IRA et des GEA est respectivement 19 et 8,7 épisodes pour 100 enfants-mois. Les deux types d’infections sont fréquemment acquises par les parents soit environ une fois sur trois. Les GEA chez les parents entrainent plus fréquemment de l’absentéisme au travail que les IRA (60% vs 34%), cet absentéisme étant légèrement plus long (23% vs 15% absent ≥2 jours). Les habitudes rapportées concernant les mesures de prévention des infections au sein des familles sont pratiquement les mêmes pour les IRA et GEA. Le lavage des mains au savon reste la principale mesure évoquée dans les deux cas. Ainsi, le risque de transmission des infections respiratoires et digestives aux parents via leur enfant n’est pas négligeable de même que leur impact. Les IRA sont plus fréquentes chez les enfants mais l’absentéisme parental au travail est plus important suite à la transmission des GEA. Nos résultats suggèrent que les mesures de prévention à domicile méritent une grande attention, un renforcement de l’éducation aux familles et une évaluation par des études prospectives.

Nous avons étudié les effets de l'exposition à de multiples polluants de l'air intérieur sur la santé allergique et respiratoire. Les éléments à considérer pour étudier ce phénomène étaient, d'une part, les corrélations entre polluants et d'autre part leurs effets potentiellement additifs et synergiques. Les analyses menées chez les adultes ont montré que les prévalences des symptômes allergiques et respiratoires étaient plus élevées dans les logements les plus multi-pollués, notamment par les composés organiques volatils (COV). En particulier, les effets sanitaires des COV étaient plus importants lorsque dans le logement il y avait aussi des allergènes d'animaux en excès. Les analyses menées chez les enfants ont montré qu'il était difficile de séparer les effets des différents polluants. Cependant, une mauvaise qualité d'air dans les écoles était associée à une augmentation du risque de symptômes respiratoires. Des analyses prenant en compte l'exposition totale à la pollution ont mis en cause des effets combinés des polluants physico-chimique sur la fonction respiratoire des enfants. Au total, la prise en compte de la pollution multiple a permis de mettre en avant l'effet délétère de certains polluants combinés à d'autres substances, alors que leurs effets isolés n'étaient pas détectés. Nos études ont montré que des associations étaient observées à des concentrations plus faibles que celles observées dans les études toxicologiques, impliquant les effets additifs et synergiques entre les polluants. En conclusion, nos résultats ont mis en évidence des effets combinés entre des polluants variés sur la santé allergique et respiratoire des adultes et des enfants.

Introduction :Les pesticides sont des composés toxiques et fréquemment utilisés. Les utilisateurs professionnels et la population générale y sont exposés. L'objectif de ce travail est de vérifier si les expositions entraînent des effets respiratoires chroniques dans la population libanaise. Matériel et méthodes : Plusieurs études ont été conduites. 1-Une étude préliminaire transversale pour l'évaluation de l'étendue du problème sur le terrain libanais, concernant l'éducation et les moyens de protection des travailleurs de pesticides, et l'apparition chez eux de symptomes d'intoxication en comparaison à la population générale. 2-Une étude de type avant-après, comparant les effets sur les fonctions respiratoires de l'exposition professionnelle industrielle aux pesticides. 3-Une étude cas-témoins d'asthme et bronchite chronique chez les adultes et leur association aux pesticides. 4-Une étude transversale chez les enfants associant les symptomes respiratoires chroniques et l'asthme à l'exposition aux pesticides. Résultats : La connaissance des pesticides est insuffisante dans la population générale et chez les agriculteurs ; ces derniers ne prennent pas assez de mesures de prévention. Ils sont plus à risque de développer des symptomes respiratoires ou autres. Dans une industrie de conditionnement des pesticides, les travailleurs ont une fonction respiratoire inférieure à celle d'autres travailleurs. L'étude en population générale a aussi montré une association entre les expositions domestiques ou environnementales et l'apparition de problèmes respiratoires chroniques tels que l'asthme et la bronchite chronique. Les enfants, de leur côté, sont aussi à risque de développer des problèmes respiratoires chroniques, l'asthme en particulier, en cas d'exposition aux pesticides. Conclusion : Les études épidémiologiques menées au Liban ont montré des associations significatives entre tout type d'exposition aux pesticides et les troubles respiratoires.

En Afrique, la pathologie fébrile dominée par le paludisme avait laissé jusqu’à présent peu de place à l’étude des infections respiratoires aigües et à la circulation des virus grippaux. Mon travail de thèse a donc été consacré à ce champ de la santé laissé pour compte. Bénéficiant de la qualité d’un système de surveillance sentinelle, j’ai pu étudier la diffusion du virus A(H1N1) pandémique à travers le pays et m’interroger aussi sur son impact en termes de mortalité sur la population malgache. Mais pour mieux documenter les infections respiratoires, je me suis aussi intéressé à développer une étude prospective en milieu hospitalier. Les résultats des deux premières années font l’objet ce travail de thèse alors que l’étude se poursuit. Mais déjà j’ai pu documenter la fréquence plus importante d’agents étiologiques pour lesquelles une vaccination est disponible et également la part des infections virales sur une plus forte activité d’hospitalisation pour des infections respiratoires
The African continent is thought be burdened with a very heavy load of malaria. So, not surprisingly, acute respiratory infections and circulation of influenza viruses had received relatively little attention. My PhD work has been devoted to this specific field of the infectious diseases. With the support of the sentinel surveillance system, I was able to study the spread of influenza A (H1N1) pandemic through the country and also ask about its impact on the Malagasy mortality. But to better describe respiratory infections, I have carried out a prospective study in some hospital wards. The results of the first two years of the study are presented in this work although the study is not currently finished. However I have already been able to show the higher frequency of etiologic agents for which a vaccine is available and also the viral infection load in relation with a higher activity hospitalization for respiratory infections

Les affections respiratoires n'avaient jamais été analysées dans leurs dimensions sociales et spatiales auparavant. L'étude passe par l'analyse de la distribution des facteurs de risque associés à ces maladies, en particulier le tabagisme. Les disparités spatiales d'affections respiratoires (mortalité, morbidité) sont ensuite décrites tandis que les disparités socio-spatiales de cet ensemble morbide sont étudiés dans un troisième temps. Une telle analyse confirme l'intérêt d'une démarche géographique en santé. Les inégalités sont très importantes et forment des structures spatiales fortes. La santé respiratoire joue ainsi un rôle de marqueur des dynamiques spatiales du territoire français. On note en particulier une forte composante régionale, indépendamment du niveau d'urbanisation ou de la composition sociale des zones. La mise en évidence de ces organisations spatiales et socio-spatiales permet d'ouvrir de nouvelles perspectives de recherche en épidémiologie et en sciences sociales.

La paratuberculose est une affection due au developpement de m. Paratuberculosis dans l'intestin des ruminants. Zoonose potentielle, cette maladie entraine des pertes economiques graves. Les travaux exposes dans cette these portent sur l'epidemiologie, le diagnostic et la prophylaxie de cette affection. Les enquetes effectuees montrent que la maladie peut etre consideree comme preoccupante dans 50% des departements francais et que sa prevalence dans le departement du rhone est de 7%. Sur le plan du diagnostic, les recherches sur la faisabilite des coprocultures de groupe et sur la fiabilite d'un test pcr/sonde nucleique n'ont pas donne les resultats esperes. La reproduction experimentale de la maladie chez le mouton ainsi que l'etude des aspects anatomopathologiques et des differentes techniques de diagnostic chez les caprins ont permis toutefois de preciser les modalites de depistage de l'infection paratuberculeuse chez les petits ruminants. Dans le domaine de la prophylaxie, les travaux realises ont porte sur la sterilisation du colostrum et sur la possibilite, grace a un test e. L. I. S. A. , d'attribuer aux cheptels bovins une qualification sanitaire vis-a-vis de la paratuberculose

Introduction Le Québec accueille 50 000 immigrants annuellement dont 30 % viennent d’Afrique et 27 % d’Asie. Dans les dix dernières années, 200 à 600 enfants ont été adoptés annuellement, majoritairement de l’Asie. Plusieurs régions d’origine des immigrants sont endémiques pour des parasites. C’est pourquoi l’immigration influence fortement l’épidémiologie de ces maladies. La giardiase, la filariose, la schistosomiase, la strongyloïdose et la malaria sont les plus prévalentes. Il existe peu de données sur les maladies parasitaires chez les immigrants au Québec. Cette étude vise à décrire l’épidémiologie de cette problématique dans la province. Méthode Une étude descriptive transversale a été privilégiée. Les immigrants ayant consulté au centre des maladies tropicales de l’Université McGill et les enfants de la clinique d’adoption de l’hôpital Maisonneuve-Rosemont ont été ciblés. Une grille standardisée a été utilisée pour la collecte des données dans la base de données de GeoSentinel et les dossiers médicaux. Des analyses descriptives et inférentielles fournissent un profil des immigrants atteints et des facteurs associés. Résultats Au moins un parasite se trouve chez 32 % (202/638) des immigrants à l’étude. Les parasitoses les plus prévalentes chez ces cas sont la strongyloïdose (28%), la filariose (21%), la schistosomiase (17%), et la malaria (12%). Le tiers des cas sont des demandeurs d’asile et 43 % (86/202) viennent de l’Afrique subsaharienne. Une proportion élevée d’infection, 50 % (27/56), se trouve chez les Haïtiens. Chez 15 % (73/499) des enfants adoptés, on trouve au moins un parasite; la giardiase et la strongyloïdose sont les plus prévalentes. La majorité (292/499) des enfants à l’étude viennent de la Chine et 69 % (22/32) des enfants Haïtiens sont infectés par des parasites. Discussion et conclusion La littérature appuie nos résultats. La population immigrante est en croissance au Québec ce qui est une des richesses de la province. Par contre, c’est une population qui est vulnérable au niveau de la santé. Environ 1/3 des immigrants et 1/6 des enfants adoptés sont atteints par des parasitoses. Plus de la moitié (57 %) des immigrants atteints sont infectés par des parasites qui ont des conséquences importantes. Des interventions ciblant cette population sont recommandées afin de diminuer ce fardeau.

Les @entérovirus (Picornaviridae) sont des agents infectieux communs divisés en 5 espèces (Poliovirus et Entérovirus humains A à D) qui regroupent actuellement 89 sérotypes. Ces virus à ARN positif simple brin, sont responsables de syndromes infectieux variés incluant des infections des voies respiratoires hautes ou basses chez l'adulte ou l’enfant. Actuellement l’importance épidémiologique, les caractéristiques cliniques ainsi que les mécanismes physiopathologiques des infections respiratoires par les entérovirus restent à préciser. La première partie de notre travail a eu pour objectif d’évaluer le rôle étiologique potentiel des picornavirus à tropisme respiratoire chez 192 enfants âgés de moins de 36 mois et hospitalisés pour bronchiolite. Un agent viral a été identifié chez 138 (72. 5%) des 192 enfants étudiés. Les virus les plus fréquemment détectés étaient respectivement le Virus Respiratoire Syncytial (VRS) (30%), les Rhinovirus (RVH) (21%), les entérovirus (EV) (9%), et les Métapneumovirus humains (MPVh) (4%). Les RVH et les EV sont apparus comme étant la seule cause de l'infection virale de l’arbre respiratoire dans 57 (30%) des 192 jeunes enfants, tandis qu’une co-infection avec du RVH ou du EV a été détectée dans 25 (13%) des 192 jeunes enfants (30 vs. 13%, P<10-3). Ces données suggèrent que les picornavirus (RVH et EV) à tropisme respiratoire seraient l'une des principales causes virales de bronchiolite en France. Dans une seconde étude, nous avons analysé 252 cas d’infections pédiatriques à EV diagnostiqués chez 11509 enfants. Les souches d’EV ont été isolées dans des échantillons naso-pharyngés grâce à la culture virale, et identifiées par séroneutralisation. Les syndromes respiratoires (79 (31%) des 252 infections à EV) associés à une infection par un EV sont apparus comme étant la deuxième plus fréquente pathologie pédiatrique après la méningite (111 (44%) des 252 cas) (44 vs 31%, p <10-3). Les EVs ont contribué aux infections respiratoires bases dans 54 % des 79 cas d’infection à EV. La bronchiolite a été la pathologie la plus souvent diagnostiquée dans les infections respiratoires à EV (34 (43%) des 79 cas, p <10-3), survenant le plus souvent chez les enfants âgés de 1-12 mois (P = 0. 0002). Les echovirus 11, 6 et 13 ont été les souches les plus fréquemment identifiées dans les infections respiratoires (24, 13 et 11%, respectivement). L’analyse phylogénétique du gène codant pour la protéine de capside VP1 a révélé la circulation concomitante ou successive de souches distinctes EV à tropisme respiratoire au cours du même mois ou de la période épidémique. Ces résultats indiquent que les infections des voies respiratoires représentent 30% des cas des infections pédiatriques à entérovirus. De plus, la circulation concomitante ou successives de souches génétiquement distinctes d’EV indique la possibilité d’infections respiratoires répétées au sein de la même saison épidémique, et suggère la possibilité de mécanismes de recombinaison génétique entre des souches d’EV d’espèces A ou B. Afin d’identifier les mécanismes qui peuvent réguler le développement de l’inflammation des muqueuses respiratoires au cours de l’infection des voies aériennes basses par les EVs, nous avons étudié les profils et les niveaux de production de « CC et CXC chimiokines » de cellules épithéliales pulmonaires humaines primaires (SAEC), infectées par deux souches sauvages d’EV à tropisme respiratoire. L’exposition des SAEC à l'interféron gamma (INF-γ) et aux virus sauvages de type Coxsackie B5 ou ECHO 30 induit une augmentation significative de la production de RANTES qui est synergique par rapport celle obtenue par l’infection virale ou par l’INF-γ seul. Nous avons observé que l'infection réplicative des entérovirus dans les SAEC induisait une augmentation dose et temps-dépendante des ARNm, et des protéines RANTES, MCP-1 et l'IL-8. La sécrétion de ces chimiokines est significativement augmenté à 48 ou 72 heures suivant l’infection dans les cultures traitées par de faibles doses d’INF-γ, et ceci comparativement aux cellules non infectées (P <0,001). Les chimiokines produites par les SAEC en réponse à l’infection virale ont montrés une forte activité chimiotactique pour les éosinophiles humains du sang périphérique. En outre, nous avons observé une infection productive par les entérovirus à tropisme respiratoire dans les éosinophiles. Ceux-ci ont spécifiquement sécrété des niveaux significatifs de RANTES et MCP-1,et ceci 24 heures après l'infection. Par conséquent, le processus inflammatoire induit par les entérovirus semble être déclenché par l'infection de cellules épithéliales, et amplifié par des mécanismes déclenchés par l’INF-γ ainsi que par la sécrétion de chimiokines par les éosinophiles recrutés dans la lumière bronchique. En conclusion, nos travaux indiquent que les EVs sont une cause fréquente d'infection des voies respiratoires chez les enfants, et qu’ils sont capables d’induire au cours de l’infection des cellules de l'épithélium bronchique, une sécrétion spécifique de chimiokines de type RANTES, MCP-1 et IL-8. Ces résultats suggèrent l’importance du rôle des entérovirus dans le développement de pathologies respiratoires chez les enfants immunocompétents
Enteroviruses (EV) (Picornaviridae) are among the most common viruses infecting human beings worldwide. These viral agents are associated with a wide range of human pathologies, including upper respiratory but also lower respiratory tract infections resulting in bronchitis, pneumonia or bronchiolitis in adults or in infants. In the first study, we assessed the potential role of the respiratory picornaviruses as causative agents of bronchiolitis in 192 infants ≤36 months of age and hospitalized for acute bronchiolitis. The detection of common respiratory viruses (respiratory syncytial virus, influenza virus A and B, parainfluenza virus I, II, III, and adenovirus) was performed using classical immunofluorescence antigens and cell culture detection assays in nasopharyngeal aspirates whereas the detection of human metapneumovirus (HMPV) rhinoviruses and enteroviruses was performed by molecular techniques. A potential causative virus was detected in 72. 5 % of the 192 study infants. RSV (30%), rhinovirus (21%), enterovirus (9%), influenza virus A (6%) and human metapneumovirus (4%) were the most frequent causative agents detected. Rhinoviruses or enteroviruses were detected as the only evidence of respiratory viral tract infection in 57 (30%) of 192 infants, whereas rhinovirus or enterovirus occurred in mixed viral infection detected in 25 (13%) of 192 study cases (30 vs. 13%, p<10-3). Our data suggest that respiratory picornaviruses are one of the leading etiological causes of bronchiolitis in French infants. In the second part our investigations, we analysed 252 EV-related infection cases (median age, 5. 1 years) diagnosed among 11,509 consecutive children visiting emergency departments within a 7-year period in the North of France. EV strains were isolated from nasopharyngeal samples by viral cell culture, identified by seroneutralization assay and genetically compared by partial amplification and sequencing of the VP1 gene. The respiratory syndromes (79 (31%) of 252 EV infections) appeared as the second more frequent EV induced pediatric pathologies after meningitis (111 (44%) of 252 cases) (44 vs. 31%, P<10-3), contributing to lower respiratory tract infection (LRTI) in 43 (54%) of 79 EV respiratory infection cases. Bronchiolitis was the most frequent EV induced LRTI (34 (43%) of 79 cases, P<10-3) occurring more often in infants aged 1-12 months (P=0. 0002) with spring-fall seasonality. Viruses ECHO 11, 6 and 13 were the more frequently identified respiratory strains (24, 13 and 11%, respectively). The VP1 gene phylogenetic analysis showed the concomitant or successive circulation of genetically distinct EV respiratory strains (species A or B) during the same month or annual epidemic period. Our findings indicated that respiratory tract infections accounted for appreciatively 30% of EV-induced paediatric pathologies, contributing to LRTIs in 54% of these cases. Moreover, the concomitant or successive circulation of genetically distinct EV strains indicated the possibility of paediatric repeated respiratory infections within the same epidemic season. To identify the mechanisms that can regulate the development of airway mucosa inflammation during EV respiratory lower tract infection, we investigated the production of chemokines by EV-infected bronchial epithelial cells. Cultures of primary human small airway epithelial cell (SAEC) were infected by wild-type respiratory EV strains, demonstrating a replicative and productive infection by Coxsackievirus B5 and Echovirus 30 strains. Exposure of SAEC to gamma interferon (INF-γ), in combination with Coxsackievirus B5 and Echovirus 30 infection, induced a significant increase in RANTES production that was synergistic with respect to that obtained by EV-infection or INF-γ treatment alone. We observed that the replicative infection of the SAEC by Coxsackievirus B5 and Echovirus 30 wild-type viruses induced dose and time-dependent increases in mRNA and protein secretion for RANTES, MCP-1 and IL-8. The protein secretion of these chemokines appeared to be significantly increased at 48 or 72 hours post-infection in cultures treated by low-doses of INF-γ comparatively to mock-infected cells (P<0. 001), and was correlated to the viral replication activity. SAEC-derived chemokines exhibited a strong chemotactic activity for normal human blood eosinophils. Furthermore, we observed an EV productive infection in eosinophils, which specifically released significant levels of RANTES and MCP-1, 24 hours post-infection. Therefore, the inflammatory process in EV-induced bronchiolitis appears to be triggered by the infection of epithelial cells and further amplified via mechanisms driven by INF-γ and by the secretion of eosinophil chemokines. Altogether, our findings suggest that EVs are a common cause of respiratory tract infections in paediatric patients, where they can induce the release of chemokines by bronchial epithelial cells, which may significantly contribute to the various histologic and inflammatory features of EV-induced airway disease

Le mucus est propulse des voies aeriennes peripheriques vers le nasopharynx sous l'effet des mouvements des cils respiratoires. L'alteration d'un de ces deux facteurs peut etre responsable d'une diminution de la clairance mucociliaire. De nombreuses anomalies ultrastructurales de l'axoneme ciliaire ont ete decrites. Nous avons mene differentes etudes afin de preciser l'etendue et le role des anomalies ciliaires dans les pathologies respiratoires acquises et congenitales. Les etudes methodologiques ont porte sur: 1) l'effet toxique sur l'epithelium respiratoire des anesthesiques locaux utilises pour les prelevements; 2) la determination du niveau de prelevement de l'epithelium respiratoire pour le diagnostic des dyskinesies ciliaires; 3) la mise au point d'une technique de deciliation sur trachee isolee des bovins; 4) l'etude immunohistochimique des cellules ciliees recueillies par brossage; 5) le role eventuel d'une pathologie ciliaire congenitale dans la survenue des bronchectasies diffuses de l'adulte; 6) la toxicite ciliaire de la fumee de tabac chez des patients ayant une bronchopathie chronique; 7) la toxicite d'un anticholinergique a effet bronchodilatateur; 8) l'heterogeneite genetique des anomalies ultrastructurales ciliaires au cours du syndrome de kartagener

Les maladies d’origine tellurique sont difficilement contrôlables par la lutte chimique ou variétale et se caractérisent par des processus et des échelles spatio-temporelles différents de ceux des maladies aériennes. En particulier, les modes de dispersion des agents pathogènes du sol permettent l’apparition et le maintien d’une forte structure spatiale de ces maladies, qui se développent souvent sous forme de foyers. Cette agrégation influence à la fois la dynamique temporelle des épidémies et la relation dégâts-dommages, ce qui en fait un élément important du raisonnement des méthodes de lutte. L’objectif de cette thèse est de comprendre et de modéliser le développement spatio-temporel des épidémies d’origine tellurique afin d’en déduire des stratégies de gestion susceptibles de limiter les risques associés, en particulier en agissant sur la structure spatiale de ces maladies. Pour ce faire, deux modèles ont été développés. Le premier, spatialement explicite et assez détaillé biologiquement a été paramétré en conditions contrôlées dans le cas du piétin-échaudage du blé. Le test de ce modèle à l’aide de données issues du champ montre une bonne précision malgré un biais positif et indique des pistes pour améliorer la valeur prédictive du modèle. Le second modèle, plus simple et plus générique, utilise la théorie de la hiérarchie pour simuler le développement d’épidémies à plusieurs échelles spatiales simultanément. Il permet de tester des hypothèses concernant le fonctionnement des épidémies et les liens entre incidences à différentes échelles, et en particulier l’effet de la structure spatiale du peuplement hôte et de l’inoculum primaire sur la dynamique etl ‘agrégation de la maladie. Dans le cas du piétin-échaudage, pour lequel nous avons montré l’importance de la structure spatiale de l’inoculum primaire, ces simulations conduisent à préconiser des semis différents en fonction du rang dans la succession culturale
Soilborne diseases are difficult to control by fungicides or resistant cultivars ; they are characterized by processes and spatio-temporal scales that can be different from those of aerial pathogens. In particular, the dispersal processes of soiborne pathogens result in the appearance and persistence of strong spatial patterns, namely disease foci. Aggregation inflences both the temporal dynamics of diseases and their relation to crop losses thus making spatial pattern an important factor when assessing control methods. The objectives of this study were to understand and model the spatio-temporel develoment of soilborne epidemics in order to determine control strategies that may reduce disease risk through an effect on spatial pattern. To that end, two models were developed. The first one is spatially explicit and biologically realistic ; its parameters were measured for take-all disease of wheat. The model was tested with field data ; this showed that the model is precise but overestimates disease development. This test also provided possible avenues for improving the predictive ability of the model. The second model is simpler and more genetic ; it uses hierarchy theory in order to simulate disease spread across multiple spatial scales. Hypotheses concerning the behaviou of epidemics and the relationships between disease incidences at different spatial scales culd be tested using this model for example the effect of the host and inoculum spatial structures on disease dynamics and aggregation. In the case of take-all disease of wheat –for which we have demonstrated the importance of the spatial pattern of primary inoculum- the simulation results advocate for different sowing patterns according to the rank of consecutive wheat crops

De nombreuses etudes ont incremine actinobacillus actinomycetemcomitans (a. A. ) dans les maladies parodontales et plus specifiquement dans la parodontite aigue juvenile (paj). L'objectif de cette etude etait de determiner, dans un premier temps, la prevalence et la distribution de a. A. Dans la cavite buccale de sujets normaux et de sujets presentant une paj (4000 prelevements). Dans un second temps, la transmission de ce microorganisme a ete etudiee par la determination des biotypes, des serotypes et des genotypes des souches isolees sur les differents membres d'une meme famille. Quarante sept familles et 136 sujets ont participe a cette etude. Ces travaux ont permis d'optimiser la procedure de prelevement, d'isolement et identification de a. A. , la mise au point d'une sonde d'adn qui s'est revelee un excellent moyen d'identification de a. A. Dans des prelevements polybacteriens. Les etudes de biotypes, de serotype et de genotypes ont clairement montre la transmission de ce microorganisme entre conjoint et parfois entre enfants. Cette constatation pourrait expliquer les frequentes recidives apres traitement, observees chez les sujets presentant une paj. Le conjoint normal est un porteur sain qui pourrait jouer le role de reservoir et recontaminer le patient atteint de paj

Cette thèse illustre l'apport de la démarche épidémiologique à la transfusion et à l'hémovigilance conçue comme système de surveillance de santé publique. Les lacunes dans les connaissances sur les incidents transfusionnels liés à la contamination bactérienne des produits sanguins labiles (ITCB), la plus fréquente des infections post-transfusionnelles, indiquaient la nécessité d'études. L'étude cas-témoins sur les contaminations bactériennes par les produits sanguins labiles (PSL) au sein du réseau d'hémovigilance (Bacthem) a été basée sur l'inclusion des ITCB parmi toutes les suspicions notifiées en France durant deux ans. Les ITCB étaient d'issue mortelle pour 15 % des 41 cas, tous liés à des bacilles Gram négatifs. La transfusion de plaquettes, et de globules rouges quand le receveur avait une pancytopénie, étaient fortement associées au risque. Le rôle du traitement du receveur par immunosuppresseurs, la durée de conservation des produits et le nombre de dons antérieurs élevé chez le donneur ont été suggérés. L'étude de l'éviction des 15 premiers millilitres du don de sang total suggère que cette procédure réduirait le taux de contamination des dons de 2,2 à 0,6 %. Les déterminants de la contamination étaient l'établissement de transfusion sanguine préleveur, l'âge du donneur supérieur à 35 ans et l'absence de répétition de la phase de nettoyage de l'antisepsie cutanée. Ces résultats ouvrent des perspectives pour la recherche sur la prévention des ITCB. L'éviction des premiers millilitres et l'amélioration des procédures d'antisepsie devraient réduire le risque de contamination des PSL. L'indication préférentielle de PSL à plus faible risque devrait être envisagée. Les progrès qui pourraient résulter de l'intégration de fonctions épidémiologiques dans le système d'hémovigilance sont développés
This thesis illustrates the contribution of the epidemiologic approach to transfusion and haemovigilance, a public health surveillance system. Transfusion-refated bacterial contamination (TRBC) is the first cause of infection related to transfusion. Limitation of knowledge indicated the need for studies. The case-control study on TRBC within the haemovigilance network (Bacthem) was based on the inclusion of TRCB among all suspected cases notified in France during two years. TRBC was letal for 15 % of 41 cases, all related to Gram negative rods. Transfusion of platelet concentrates, and of red cells when the recipient had pancytopenia, were strongly associated with TRBC risk. Suggested determinants were recipient treatment by potent immunosuppressive drugs, LBP shelf-life and numerous previous donations in the donor. The study of diversion of the first 15 mL of whole-blood donation suggests that this collection procedure may reduce donation contamination rates from 2. 2 to 0. 6 %. Contamination determinants were the collecting blood bank, the donor's age above 35 and the lack of repetition of the cleaning stage of antisepsis. Results open avenues for research for preventing TRBC. Excluding the first millilitres and improving the phlebotomy site preparation may reduce donation contamination rates. Indicating low-risk LBP in high risk recipients should be considered. Integrating epidemiology should lead to improvements of the haemovigilance system

La protection immunitaire contre les infections virales respiratoires nécessite la mise en place de réponses innée et adaptative coordonnées. Durant ce travail de thèse, différents acteurs de ces réponses précoces et tardives ont été étudiés après infection et vaccination. Un modèle murin d’infection nasale par le virus de la vaccine nous a permis d’établir le rôle pivot de cellules dendritiques myéloïdes, exprimant le récepteur de chimiokine CX3CR1, dans l’initiation de la réponse lymphocytaire T. Ces résultats démontrent une coordination précoce des réponses innée et adaptative dans l'induction d'une réponse protectrice. Deux études cliniques ont permis d’étudier différents paramètres immunitaires et de modéliser la réponse induite après vaccination et infection par le virus influenza pandémique A(H1N1)pdm09. L'analyse multiparamétrique de 7 effecteurs de l’immunité adaptative met en évidence une forte hétérogénéité des réponses vaccinales, dépendante de la réponse antigrippale résiduelle. Une analyse en composantes principales identifie 5 profils de réponses adaptatives au vaccin. De plus, un an après vaccination, la mémoire immunitaire présente des caractéristiques similaires à la réponse induite après une infection modérée, alors que la qualité et l'intensité des réponses mémoires sont différentes après une infection sévère par le virus A(H1N1)pdm09. Ces résultats suggèrent qu’un équilibre entre les différents compartiments de la réponse cellulaire, après vaccination ou infection, est essentiel pour la protection immunitaire. Ces travaux ouvrent de nouvelles voies dans le choix des critères d’évaluation de l’efficacité vaccinale et des corrélats de protection
Immune protection against viral respiratory infections requires the induction of synchronized innate and adaptive immune responses. In this thesis, the role of various immune effectors acting in the early and late phases of the immune responses after infection and vaccination was studied. A murine model of vaccinia virus nasal infection allowed us to establish the pivotal role of myeloid dendritic cells expressing the CX3CR1 chemokine receptor in the initiation of specific T cell response. These results demonstrate the existence of an early coordination between innate and adaptive arms of the immune system, which is involved in the induction of a protective response. Data from two clinical studies were used to study various immune parameters after vaccination and infection with pandemic A(H1N1)pdm09 influenza virus and to model the induced responses. A multiparametric analysis of seven effectors of the adaptive immunity shows strong heterogeneity of vaccine-induced immune responses, depending on the residual anti-influenza response. A principal component analysis identifies five profiles of adaptive responses. In addition, a year after vaccination, specific immune memory has similar characteristics to the induced responses detected after a moderate viral infection. However, the quality and intensity of memory responses after pandemic vaccine are different from the one observed after a severe infection with A(H1N1)pdm09 influenza virus. These results suggest that a balance between the different compartments of the cellular immune responses after vaccination or infection is essential for immune protection. This work opens up new ways in the correlates of vaccine efficacy and protection

Les chevaux athlètes sont couramment atteints d’affections respiratoires, touchant principalement les voies respiratoires profondes et à l’origine de contre-performance. Malgré la fréquence de ces affections, les mécanismes impliqués restent méconnus même si le lien entre l’inflammation respiratoire et l’immunité semble incontestable. Les pistes de recherche sont néanmoins nombreuses et les connaissances sur l’étiologie de ces affections nécessitent d’être améliorées. L’objectif global de cette thèse est de mieux comprendre l’impact de l’effort, l’entrainement et l’inflammation sur l’immunité innée respiratoire pulmonaire. Pour cela, la première partie de ce travail a consisté à établir un modèle expérimental d’évaluation de l’immunité innée pulmonaire du cheval, notamment un modèle de stimulation des TLR, récepteurs impliqués dans la reconnaissance des motifs pathogènes. Les macrophages alvéolaires ont été isolés des lavages broncho-alvéolaires des chevaux par adhésion et les conditions de stimulation des TLR 2/6, 3 et 4 ont été mises au point par PCR. La production de cytokines par les macrophages alvéolaires a été quantifiée par ELISA et l’expression des TLR par PCR. Ce modèle expérimental est utilisable dans divers conditions physiologiques ou pathologiques afin d’évaluer la capacité des macrophages alvéolaires à identifier des motifs pathogènes ex vivo. Ce modèle expérimental a été utilisé dans la seconde étape de ce travail afin d’évaluer l’effet de l’effort et l’entrainement sur l’immunité innée respiratoire des chevaux en suivi longitudinal. Un lot de 8 chevaux expérimentaux a été entrainé et des prélèvements respiratoires ont été réalisés à des étapes clés du protocole. Les macrophages alvéolaires ont été isolés et leur réponse immune évaluée selon le protocole préalablement défini. Les résultats de cette étude ont montré un effet modeste de l’effort ponctuel et un effet néfaste et durable de l’entrainement sur l’immunité innée respiratoire, notamment une immunosuppression anti-virale et anti-bactérienne. L’effet de l’inflammation a été évalué sur un lot de chevaux de terrain, souffrant d’affections respiratoires (IAD et infection bactérienne) en utilisant ce même modèle d’évaluation de l’immunité innée respiratoire. Les résultats de cette étude ont montré que la réponse des macrophages alvéolaires de chevaux atteint d’IAD n’est pas significativement différente de celle de chevaux sains tandis la réponse des cellules à la stimulation du TLR 4 est augmentée chez les chevaux atteints d’affections respiratoires. Cependant le nombre réduit de chevaux inclus dans l’étude nous oblige à rester prudent dans l’interprétation de ces résultats. Pour conclure, la réalisation de ces travaux a permis d’établir un modèle expérimental permettant d’évaluer la réponse immunitaire des macrophages alvéolaires face à des mimétiques de pathogènes. L’utilisation de ce modèle a permis de mettre en évidence l’impact négatif de l’entrainement sur l’immunité anti-virale et anti-bactérienne, expliquant en partie la plus grande susceptibilité des chevaux athlètes aux affections pulmonaires durant ces périodes. L’étiologie de l’IAD reste encore floue, des études complémentaires utilisant un effectif plus élevé de chevaux seraient nécessaires pour compléter nos résultats
Lower airway diseases are a common problem in sport and racing horses. Because the innate immunity plays an essential role in lung defense mechanisms against pathogens, we aimed to assess the effect of acute exercise, training and inflammation on pulmonary innate immune responses. In the first step of these PhD research, we evaluate an experimental model to assess equine pulmonary innate immune response which could be used in several conditions. Alveolar macrophages were isolated from broncho-alveolar lavages using an adhesion method and stimulated by TLR 2/6, 3 and 4 agonists. TLR are receptors able to recognize pathogen associated molecular patterns and to induce an immune response. Best conditions of alveolar macrophages stimulations were selected using PCR method. Evaluation of alveolar macrophages response to TLR ligands was performed by measurement of cytokine production in culture supernatants by ELISA. TLR relative expression was quantified by PCR. This experimental model was used in the second step of this work to evaluate the effect of strenuous exercise and training on respiratory innate immunity of horses. A longitudinal study was organized using eight young standardbred horses. Horses were trained and respiratory samplings were performed at different step of the protocol. Results of this study show a moderate effect of strenuous exercise and a negative and prolonged effect of training on alveolar macrophage response against viruses and bacteria. Effect of respiratory inflammation was assessed on owner horses presented at Cirale for respiratory affections. Pulmonary innate immunity was evaluated using the experimental model and compared between healthy horses and horses suffering of IAD and bacterial infection. Results show that alveolar macrophage response of IAD horses was not different from those of healthy horses. Alveolar macrophage response to TLR 4 stimulation was higher in bacterial infection group than in healthy group but the low number of horses included in each group need to take these results with caution. To conclude, this PhD research provides an experimental model to evaluate the ability of alveolar macrophages to recognize pathogens and initiate an immune response. The effect of strenuous exercise and training was assessed using this experimental model and show the negative impact of training on viral and bacterial immunity, which partly explain the high sensitivity of horses to respiratory affections during training periods. Molecular mechanisms involved in IAD stay unknown; complementary studies including higher number of horses should be required to complete these data

Une enquete sero-epidemiologique longitudinale a ete mise en place pour etudier les pneumopathies des petits ruminants au senegal. Associant, pendant 2 annees, suivi serologique vis-a-vis des principaux agents microbiens pneumotropes et suivi clinique respiratoire, cette etude a montre, qu'a l'exception des mycoplasmes a pouvoir pathogene primaire, tous les autres agents sevissent avec des prevalences elevees et que leurs modes de circulation sont regis par la duree de l'immunite qu'ils induisent, par les conditions environnementales et par la pression en virus respiratoires. Malgre la frequence des infections sequentielles par les agents impliques dans la pneumonie enzootique, le suivi clinique revele que seule une faible proportion de ces infections initie effectivement des pneumonies enzootiques. Il montre, par contre, que les infections virales seules s'accompagnent regulierement de symptomes respiratoires benins mais bien reels dont le poids economique, du fait de leur extreme frequence, pourrait etre majeur et justifier une prophylaxie qui devrait prendre en compte le role essentiel des facteurs climatiques dans l'exteriorisation clinique de ces infections

Nous présentons trois cartographies nationales du trachome au Mali, au Burkina Faso et au Sénégal réalisées entre 1994 et 2002 et nous émettons des hypothèses pour expliquer la diminution de l'endémie au Sénégal ainsi que le caractère plus cécitant du trachome des zones les plus humides du sud. L'importance de l'hygiène et de l'accès à l'eau ainsi que le rôle des mouches et de la propreté du milieu sont mis en évidence. La maladie reste fortement liée au bas niveau socio économique et à l'absence d'éducation. Poyur cibler les zones plus touchées nous avons testé une méthode d'appréciation rapide du trachome qui ne devrait être utilisée que dans ce but et non pour des études épidémiologiques. La chirurgie du trichiasis est l'un des éléments de la stratégie "CHANCE" visant à prévenir la cécité due au trachome. La méthode de Trabut reste la technique de référence en Afrique francophone zr doit devenir accessible auu plous grand nombre grâce à une offre de proximité. La distribution d'azithromycine permet de diminuer la prévalence de l'affection. Plusieurs stratégies ont été testées. Avec les taux de prévalence du Mali, la stratégie traitant les femmes et les enfants est aussi efficace que la stratégie de masse. Lorsque les prévalences baisseront, il deviendra moins coûteux de distribuer aux concessions où un enfant est malade. L'amélioration de l'hygiène et de l'environnement doivent impérativement accompagner la pression antibiotique afin d'éviter une réemergence du trachome. Ces mesures sont étroitement dépendantes du développement économique et de l'éducation des femmes. Après avoir décrit la xérophtalmie et ses facteurs de risque, nous rapportons une cartographie de l'affection au Mali et les résultats d'une enquête clinique et biologique au pays Dogon. Une étude d'intervention au même lieu a démontré l'efficacité de la distribution de vitamine A au cours des JNV. Nous avons pu mettre en évidence que la xérophtalmie était un facteur de risque pour le trachome
Résults of trachoma and xerophtalmia surveys in Mali and neibouring countries between 1994 and 2002 are recorded. A brief natural history of the disease and its blinding and disabling consequences is given. A national mapping was performed in Mali, Burkina Faso and Sénégal. Trachoma diminishing in Senegal could be explained by better socio economic conditions. Hypothesis on the more severe blinding consequences of the disease in the southern humid regions are given. A risk factors study emphasises the role of hygiene and water supply. It confirm the effect of flies and domestic cleaneliness. The illness is strongly linked to a bad socio economic conditions and to a low educational level. For targeting places that need to be treated we tested a trachoma rapid assessment method that should not be used for zpidemiological purpose. Trichiasis surgery is one of the arm of the "SAFE" strategy fir preventing trachoma blindness. The Trabut method ; the reference technique in French speaking African countries, should become accessible to all and be offered at the closest level. Azithromycin distribution diminishes trachoma prevalence. Different strategies have been tested. At the Malian prevalence level, treating children and women is so effective as mass treatment. When prevalence will diminish the household targeted strategy will become less costly. Hygien and environment should imperatively be improved when antibiotic will be distributed. If not, a re-emergence of trachoma will be observed. This improvement is strongly linked to economic development and to women education. After describing xerophtalmia and its risk factors we report a mapping study performed in Mali and the results of a clinical and biological study carried out in the Dogon country. Effectiveness of vitamin A distribution during NIDs was demobnstrated by an intervention study in the same place. The diagnostic of xerophtalmia appeared to be associated with active trachoma

L'objectif de la thèse était d'étudier la composition microbiologique d'environnements intérieurs afind'évaluer les microorganismes, ou profils de microorganismes, liés aux développements de pathologiesrespiratoires, par catégorie de patients (immunodéprimés ou allergiques)Pour cela, des études locales, FIQCS et TIARE, ont respectivement été réalisées aux domiciles de patientsimmunodéprimés (à risque d'infection fongique invasive) et de patients atteints de mucoviscidose (à risqued'aspergillose broncho-pulmonaire allergique). D'autre part, dans le cadre de l'étude ELFE (EtudeLongitudinale Française depuis l'Enfance), des prélèvements provenant de logements de 3200 enfants ontété analysés.Les travaux de ces différentes études ont montré la diversité des logements quant à leur caractéristiquemicrobiologique (diversité des espèces et niveau des concentrations) et ont démontré ainsi l'importance desmesures environnementales aux domiciles pour prévenir les risques infectieux et allergiques
The aim of this work was to study the microbiological composition of indoor environments to assessmicroorganisms, or profiles of microorganisms, related to the development of respiratory diseases, bycategory of patients (immunocompromised or allergie)Local studies, local study, FIQCS and TIARE, were conducted in immunocompromised patients dwellings (atrisk for invasive fungal infection) and in cystic fibrosis patients dwellings (at risk for bronchopulmonaryaspergillosis allergie). A national study (ELFE : Etude Longitudinale Française depuis l'Enfance ) wasconducted too and analyzed 3,200 children' dwellings.The différent studies showed différent contamination levels in dwellings and demonstrated the importanceof environmental measures in the homes to prevent infectious and allergie risks

Une série de trois enquêtes a été menée en population urbaine à Cotonou (Bénin) afin de rechercher des éléments pertinents de l’épidémiologie des AVC. La première avait pour objectif de mesurer la prévalence des AVC, la deuxième devait permettre de déterminer les connaissances et perceptions de l'AVC et la dernière, aider à décrire l'expérience et l'itinéraire thérapeutique des survivants d'AVC. De type transversal, prospectif, descriptif et analytique, ces études ont permis d'atteindre l'ensemble des objectifs ci-dessus évoqués. L'étude de prévalence s'est effectuée porte-à-porte, sur une population de 15155 individus avec une version modifiée de l’outil de l’OMS sur les désordres neurologiques. Le sondage sur les connaissances et perceptions de l'AVC s’est effectué sur la population précédemment évoquée avec un outil réalisé à partir d’une revue de la littérature sur le sujet. L'enquête sur les expériences de la maladie s'est effectuée sur la population des 70 survivants d'AVC confirmés par l'étude de prévalence avec l’EMIC. La prévalence des AVC a été estimée à 4,6/1000 et demeure plus élevée que les prévalences de la région. Les connaissances de l'AVC ne sont pas bonnes dans la population de Cotonou. Quatorze pour cent (14,1 %) savent que le cerveau est l'organe touché en cas d'AVC ; 34,5 % sont au courant que l'hypertension est un facteur de risque d'AVC et 34,4 % pensent que le symptôme d'alerte de l'AVC est la paralysie ou l'hémiplégie. Ce résultat n'est pas surprenant comparativement aux autres études qui dans leur majorité, démontrent une méconnaissance de l'AVC dans les populations des pays développés ou de pays en développement. La vie post-AVC est faite de souffrance chez les survivants, état expliqué par des symptômes physiques et émotionnels dérangeants. Ce constat effectué chez tous les survivants d'AVC de manière générale est exacerbé dans la population de survivants de Cotonou, sans doute à cause de la jeunesse des sujets, mais aussi leur manque de ressources financières, morales face à la maladie. Ces études par leurs résultats renforcent la notion d’épidémie des maladies cardio-vasculaires, annoncée dans les prochaines décennies. Elles doivent servir de base pour la mise en place de recherches approfondies et de plan d’action sur les AVC au Bénin
A series of three studies were conducted in an urban population of Cotonou (Benin) in order to collect relevant information of the epidemiology of stroke. The objective of the first study was to measure the prevalence of stroke, the objective of the second was to determine knowledge and perceptions of stroke and in the last study, the objective was to describe the experience and the therapeutic itinerary of stroke survivors. The studies was cross-sectional, prospective, descriptive and analytical and they helped achieved all the goals mentioned above. The prevalence study was conducted door-to-door, in a population of 15,155 individuals with a modified version of the WHO protocol for neurological disorders. The survey on the knowledge and perceptions of stroke was conducted on the previously mentioned population with a tool made from a review of the literature on the subject. The study on the experience of the disease was conducted with the EMIC on the population of 70 stroke survivors confirmed by the prevalence study. The prevalence of stroke was estimated at 4. 6/1,000 and remains higher than the prevalence reported for the region. Stroke is not well known by the people of Cotonou. Fourteen percent (14. 1%) know that the brain is the organ affected in case of stroke, 34. 5% were aware that hypertension is a risk factor for stroke and 34. 4% think that warning symptom of stroke is paralysis or hemiplegia. This result is not surprising when compared to other studies. The majority of these studies show a lack of awareness of stroke in populations of developed countries as well as in developing countries. Life after stroke is made of suffering among the survivors explained by disturbing physical and emotional symptoms. This observation made in all stroke survivors in general is exacerbated in the population of survivors of Cotonou, probably because of their youth, but also their lack of financial and moral resources to deal with the disease. The results of these studies reinforce ideas about the epidemic of cardiovascular disease announced in the coming decades. They must be the basis for the establishment of extensive research and action plan on stroke in Benin

Après avoir redéfinit en introduction la maladie rare et la médecine générale, l'auteur se pose la question des rôles du médecin généraliste, de ses difficultés et des améliorations possibles dans la prise en charge des malades rares. A partir d'un questionnaire standard, il réalise 9 interviews de différents professionnels intervenant dans la maladie rare, en fait une analyse qualitative par interview et synthétise ses résultats sous forme de mots clés. Puis, il regroupe ces données par thème, en dégageant les éléments marquants et fréquemment évoqués. Les rôles du médecin traitant évoqués sont par ordre de fréquence: l'organisation de la prise en charge spécifique locale autour du patient, l'orientation du patient dans le système de soin, l'auto-formation aux pathologies rencontrées, la communication avec les autres acteurs de santé, le premier recours, la prise en charge globale de l'état de santé des patients. . . Les principaux obstacles à cette prise en charge optimale seraient le manque de temps, de formation et de communication et la crainte de l'erreur. Les moyens d'amélioration les plus cités sont une meilleure formation dédiée à ces maladies et une meilleure communication entre les professionnels de santé; sont aussi évoquées la revalorisation de ces prises en charges plus complexes et la sensibilisation dl grand public. Cette thèse illustre que le rôle du médecin traitant, particulièrement dans la maladie rare dépasse le simple fait de guérir. Ce travail est un recueil d'intuitions subjectives relativement consensuelles, qui pourrait éventuellement servir de base de réflexion sur le modalités de la prise en charge des maladies rares en médecine générale
To introduce, the author defines rare disease and general medicine, then he raises the question of the roles of general practitioner, his difficulties and possible improvements in the care of rare diseases. Using a standard questionnaire, he directs 9 interviews of various professionals involved in the rare disease. He makes a qualitative analyse of each one and summarizes his results in the form of keywords. Then he regroupes the data subject by subject, releasing the most striking aspects or most frequently mentioned. The roles of general practitioner are mentioned in order of frequency: the organization of specifie local support around the patient, the orientation in care system, self-training in enconutered pathologies, communication with other actors in health, primary care, comprehensive care. . . The main obstacles to optimal care are lack of time, training and communication and the fear of mistake. The most cited way of improvement are better training dedicated to these diseases and better communication between health professionals; are also mentioned upgrading these cares who are more complex and public awareness. This thesis illustrates that the role of doctor, particularly in rare disease exceeds the simple fact of healing. This work is a collection of sbjectives intuitions relatively consensuals, which could possibly serve as a thought base about the management of rare diseases in general practice

La maladie sud-américaine des feuilles de l’hévéa (Microcyclus ulei, Ascomycètes), est la plus grave des maladies de l’hévéa. Elle est un obstacle à sa culture à très grande échelle en Amérique latine et constitue une menace sérieuse pour la filière caoutchouc naturel en cas d’introduction en Asie et en Afrique. La lutte s’est orientée définitivement, depuis plus de vingt ans, vers la sélection de clones d’hévéas résistants et vers la culture de l’hévéa dans des zones où les dégâts sont tolérables pour une hévéaculture rentable, mais les études sur l’épidémiologie de la maladie sont peu nombreuses. Ce travail aborde la maladie aux échelles de la feuille et du rameau en conditions naturelles, sur trois clones de sensibilités diverses. Elle montre qu’à de telles échelles, l’incidence clonale sur la dynamique de la maladie est détectable mais minime. L’effet de la phénologie, en relation avec le facteur clonal, ne s’exerce, en revanche, qu’à des échelles supérieures. Le climat, en région équatoriale, n’est quasiment jamais limitant, les infections étant possibles toute l’année. Son influence s’exerce surtout par l’intermédiaire des pluies, qui déclenchent la libération des ascospores et stimulent la production de jeunes feuilles sensibles. Mes résultats indiquent que les ascospores sont à l’origine de la dispersion de la maladie à longue distance et de son apparition dans des zones saines. Les conidies assurent la multiplication du champignon et la propagation de la maladie à courte distance en période de végétation des hévéas. Les infections sont favorisées par l’humectation des feuilles, qui n’est toutefois jamais limitante dans le contexte de l’étude. L’effet du climat est plus perceptible sur les clones sensibles que sur le clone résistant. La disponibilité en inoculum et la réceptivité de l’hôte apparaissent essentiels pour l’installation de la maladie, dont la propagation se révèle assez lente, conditionnée essentiellement par la présence de feuillage réceptif.

Le virus de l'immunodeficience feline (vif) est un lentivirus induisant une immunosuppression letale chez le chat domestique (felis catus). Le mode de transmission du vif le plus probable est la morsure, infligee lors de combats. La dynamique du vif au sein de populations de chats est etudiee par un modele mathematique deterministe. Ce modele montre que lorsque le virus est introduit dans une population, il s'y developpe et s'y maintient toujours. L'infection ne mene ni a l'extinction des individus sensibles, ni a celle de la population totale, mais a un etat d'equilibre stable des effectifs d'individus sensibles et infectes. Les proportions des effectifs d'individus des differentes classes pathologiques dependent des parametres specifiques de la population considerees. Le modele montre egalement que lorsque la population atteint l'equilibre, la reduction de son effectif est faible. Enfin, le taux de transmission, estime a partir du modele, est toujours faible, et differe selon les caracteristiques de la population consideree. La modelisation simultanee de la dynamique du vif et de celle du virus de la leucose feline montre que deux situations sont possibles: la persistance des deux maladies dans la population, ou celle du vif seul. Ces deux situations se font egalement sous la forme d'equilibres stables. L'etude epidemiologique de quatre populations naturelles de chats domestiques vivant dans des environnements contrastes a egalement ete entreprise. Il s'agit de trois populations rurales comprenant approximativement 60, 250 et 300 chats etudiees pendant une periode de quatre ans, et d'une population urbaine de 35 a 75 chats, etudiee pendant trois ans. Des echantillons sanguins ont ete preleves sur des chats captures au moins une fois par an dans chaque population. Des analyses statistiques ont ete menees sur ces resultats serologiques afin d'etudier la dynamique et la circulation de l'infection par le vif dans ces populations (chi-deux et test de tendance, test t, tests non parametriques, analyse multiple des correspondances, regressions logistiques,. . . ). Ces etudes nous ont permis de valider les resultats theoriques obtenus grace au modele mathematique, et montrent que le vif est toujours present dans les quatre populations, avec des taux de prevalence stables, de l'ordre de 10%. Les principaux facteurs de risque sont le sexe, le poids, l'age, les habitudes de vagabondage et le rang hierarchique: les males adultes vagabonds les plus lourds et de rang hierarchique eleve sont les plus a meme d'etre infectes. Ceci est principalement du au mode d'infection par morsure du virus. De ce fait, la probabilite d'infection des individus depend de leur probabilite de mener des combats, et donc de leur statut social. Pour les memes raisons, le taux de prevalence depend des caracteristiques sociales de la population. Le modele mathematique et les resultats des etudes epidemiologiques, en plus des donnees de la litterature, montrent qu'actuellement le vif a un impact faible sur les populations de chats domestiques

Ce mémoire traite des avantages apportes la consanguinité pour la mise en évidence de gènes de susceptibilité à des maladies en utilisant des marqueurs génétiques. Deux types de maladies sont distingués, les maladies monogéniques dues à une mutation sur un gène et les maladies multifactorielles, dans lesquelles des facteurs génétiques et environnementaux peuvent interagir. Pour localiser le gène mute dans une maladie monogénique, on utilise les méthodes de la cartographie génétique et en particulier la méthode des lod scores (morton 1955). Cette méthode d'analyse de liaison génétiques nécessite de disposer de familles avec plusieurs individus atteints de manière a mettre en évidence une corrélation familiale entre le statut maladie et les marqueurs. Pour les maladies récessives, on dispose rarement de familles avec plusieurs individus atteints mais par contre, les malades consanguins sont en général fréquents. La méthode d'homozygosity mapping (lander et botstein 1987) tire partie de la consanguinité en utilisant des malades consanguins pour localiser les gènes impliques dans les maladies récessives. Le principe de la méthode est de rechercher, a l'aide de marqueurs génétiques régulierement espaces sur les génome, une région du génome ou des malades consanguins sont homozygotes. Dans cette thèse, nous avons cherché à définir la distance entre les marqueurs (la maille de filet) qu'il faut choisir pour faire le criblage sur le génome. Nous avons montré que cette maille dépend du nombre de méioses dans la boucle de consanguinité ; plus le nombre de méioses est grand et plus la maille devra être petite. Dans un second temps, nous avons discuté de l'informativité des individus en fonction de leur taux de consanguinité pour détecter une liaison génétique et pour affiner la localisation du gène. Pour les maladies multifactorielles, en utilisant des marqueurs génétiques , on peut déterminer si des gènes candidats (gènes dont la fonction suggère un rôle possible dans la maladie) sont bien des facteurs de risque et comment ils interviennent. Nous avons étudié les proprietés statistiques en présence de consanguinité de deux méthodes couramment employées, le test d'association par comparaison des génotypes au marqueur chez cas et témoins et le test de liaison base sur des paires de germains atteints. Nous avons pu montré que ces deux méthodes sont assez robustes au fait de négliger l'existence de consanguinité dans la population. Cependant, la consanguinité augmente la puissance de détection du rôle d'un gène candidat par l'une et l'autre des méthodes. Le gain de puissance dépend du mode d'action du gène candidat et est surtout important pour des facteurs récessifs ou quasi-récessifs. La thèse comprend deux parties (l'une sur les maladies monogéniques, l'autre sur les maladies multifactorielles) qui s'axent autour d'un article en anglais. Ces deux parties sont précedées d'un chapitre précisant les concepts et notions utilisés.

En vingt ans, l'ADN mitochondrial (ADNmt) s'est imposé comme un acteur majeur de l'anthropologie moléculaire. L'étude des polymorphismes mitochondriaux - considérés comme des marqueurs génétiques neutres - a permis d'une part de révéler la proximité de l'homme avec le chimpanzé et l'Homme de Neandertal et d'autre part de démontrer l'origine africaine de l'Homme moderne. De plus, l'hypothèse dite de l'horloge moléculaire (taux de mutation constant) a permis de proposer des datations pour les ancêtres communs de ces différentes espèces. Cependant, durant la même période, des mutations pathogènes récurrentes de l'ADNmt ont été associées à des nombreuses maladies métaboliques telles que des myopathies, des diabètes ou des pertes de vision. Au cours de cette thèse, nous avons étudié par un travail d'épidémiologie génétique si les polymorphismes mitochondriaux pouvaient influencer les pathologies causées par la mutation A3243G et les mutations du gène OPA1. Par la suite, nous avons étudié l'homogénéité du taux de mutation des lignées européennes de l'ADNmt à partir des données phylogéniques. Au terme de ces travaux nous proposons que (i) certaines lignées mitochondriales (haplogroupe J) ont accumulé des polymorphismes pouvant influencer l'expression des pathologies et ayant pu jouer un rôle dans l'adaptation au climat des populations humaines. (ii) la phylogénie mitochondriale humaine présente un rythme de mutation suivant une horloge moléculaire rapide et stable, mais pouvant néanmoins présenter des irrégularités de tempo sur certaines positions (hot-spot) ou certaines lignées (RO).

L'étude objective des bruits ventilatoires chez l'homme a été reprise depuis trois décennies, dans le but d'en faire une nouvelle méthode d'exploration fonctionnelle respiratoire. Le processus d'acquisition de ces bruits de très faible amplitude étant essentiel, un dispositif de recueil optimisé a été mis au point, et validé pour divers bruits physiologiques. Des procédés informatisés de traitement ont été développés pour analyser les signaux acoustiques dans les domaines temporel et fréquentiel. Après l'élimination des autres bruits physiologiques, les bruits ventilatoires normaux ont été caractérisés chez les volontaires sains des deux sexes. Des relations entre la forme du spectre fréquentiel et le débit ventilatioire ont été mises en évidence. Puis, la méthode a été appliquée chez des patients atteints de diverses pathologies pulmonaires. La visualisation des signaux en temps étendu a été particulièrement efficace pour la détection des bruits adventices, dont la plupart sont également identifiables en représentation amplitude-fréquence-temps. Enfin, la Fonction de Transfert Acoustique du Poumon, étudiant la transmission vers la paroi thoracique d'un bruit blanc généré à la bouche, pourrait être sensible à des modifications parenchymateuses précoces. Les principaux écueils méthodologiques ayant été surmontés, une évaluation planifiée de son pouvoir diagnostique reste à accomplir.