Auswahl der wissenschaftlichen Literatur zum Thema „Ecologie et stabilité des communautés“

But : Ce texte vise à montrer le rôle de la diplomatie traditionnelle dans le cadre de maintien de la paix entre les communautés transfrontalières du Nord-Cameroun et de la partie septentrionale du Nigéria. Les communautés ciblées sont entre autre les Peuls, les Mafa et les Kanouri. Pour cela, il faut noter que les relations entre ces communautés sont fondées sur trois périodes distinctes à savoir : la période précoloniale, coloniale et post colonial. À chacune des périodes, ces dernières ont entretenu des relations basées sur plusieurs aspects et malgré les différends qui les ont opposés. Méthodologie : La méthodologie de ce travail s’appuie en grande partie sur la démarche empirique. Ceci à travers le terrain effectué dans les Etats du Nord-Est tels que Borno, Gombe et Adamawa et dans ceux du Nord-Ouest du Nigéria à l’instar de Kano, Kaduna et Sokoto. Pour ce qui de la partie septentrionale du Cameroun, ces enquêtes ont été faits dans les régions de l’Extrême-Nord, le Nord et l’Adamawa. Subséquemment, l’exploitation et l’analyse de ces données permet de montrer que, nonobstant les différentes frontières artificielles imposées par les colonisateurs allemands, anglais et français contre le gré des communautés Peules, Mafa et Kanouri, ces dernières continuent d’entretenir des relations. Résultats: Ces divers échanges politique, économique, social et militaire initiés de part et d’autres parties septentrionales permettent de prévenir et de résoudre leurs conflits. En plus de cela, la culture reste un élément fondamental dans le cadre de renforcement de leurs liens. C’est sur elle que ces communautés du Nord-Cameroun et du Nord-Nigéria s’appuient pour utiliser les mécanismes endogènes de prévention et de résolution de leurs conflits. Contribution unique à la théorie, aux politiques et à la pratique : En se basant sur la théorie de la coopération internationale, ce travail permet de montrer que cette diplomatie est fondamentale pour le maintien de la paix et de la stabilité entre ces communautés transfrontalières.

Le Développement Durable et plus précisément la Responsabilité Sociétale d’Entreprise (RSE) comporte une dimension sociale qui fait évoluer les politiques RHau sein des sociétés qui ont choisi de s’engager dans cette voie.Le pilier «social» du Développement Durable comporte les relations avec les communautés locales, les règles de gouvernance et de transparence de même que la gestion des RH. Malheureusement, pour améliorer sa visibilité et sa réputation, l’entreprise priorise trop souvent les dons à des organismes de charité et néglige la dimension RH. Alors quel devrait Assurer la stabilité des emplois, encourager la mobilité à l’interne, et aussi partager ses employés avec des compétiteurs et des entreprises d’autres secteurs d’activité.

RésuméL’observation du champ de la mémoire urbaine de Jérusalem à partir du seul cadre bâti de la vieille ville est un mode de questionnement historiographique, qui consiste à élargir l’approche historique d’un territoire à une sociologie des appropriations urbaines. L’article part du constat de la permanence de la stabilité de l’image de la vieille ville de Jérusalem pour effectuer une étude des modalités d’appropriation de cette dernière par les deux communautés juive et arabe. L’article s’attache à décrire la construction de l’esthétique urbaine autour de la ville sainte dans la période du Mandat Britannique liée à la présence d’administrateurs occidentaux, avant qu’elle ne soit appropriée, transmise et véhiculée par différents courants et agents de la mémoire, israéliens et palestiniens. On ne décrit pas seulement un conflit de mémoire autour des valeurs symboliques de la ville sainte. On interroge les régimes d’historicité de la mémoire soumises aux contingences économiques contemporaines et la place des temporalités sociales dans l’écriture de l’histoire d’un territoire.

Résumé Cet article examine quelques idées concernant ce que j’appelle une éthique de la mémoire publique. Plus exactement, il considère comment les citoyens devraient apprendre à se souvenir du mal politique commis et subi dans des sociétés marquées par les circonstances de la réconciliation, dans lesquelles la stabilité politique et les pratiques démocratiques sont mises en péril par des souvenirs collectifs qui alimentent l’antipathie mutuelle et le ressentiment entre les citoyens d’un même État. Comment des communautés démocratiques fonctionnelles peuvent-elles être réparées ou créées à nouveau lorsqu’elles ont été fracturées par des hostilités historiques ? Cet article examine un certain nombre de réponses possibles à cette question en utilisant une conception délibérative de ce qu’une communauté démocratique fonctionnelle devrait être. Cette conception s’incarne en gros dans deux normes démocratiques : l’impartialité et l’inclusion. C’est en référence à ces deux normes que l’article discute différentes tentatives actuelles de remplacer les anciennes histoires nationales, qui s’appuyaient sur les mythes civiques, par des histoires multiculturelles qui les refusent.

Les inselbergs sont des affleurements rocheux caractérisés par la précarité de leurs facteurs édaphiques et microclimatiques. Ce sont des biotopes dont les espèces qui les colonisent ont la capacité de s’adapter à ce type d’environnement. C’est ce qui justifie l’étude sur Caralluma adscendens qui est l’une des espèces fréquentes sur les inselbergs du Burkina Faso. L’objectif de cette étude est de contribuer à la connaissance de l’écologie et des mécanismes d’adaptation de l’espèce à l’environnement xérique. Pour ce faire, une caractérisation des communautés végétales à C. adscendens s’est faite à l’aide de données floristiques collectées sur la base d’un échantillonnage orienté. Pour l’étude des mécanismes d’adaptation, plusieurs caractères physiologiques et morphologiques ont été évalués. Le cortège floristique des communautés végétales à C. adscendens est de 57 espèces réparties dans 45 genres et 23 familles dont les Poaceae (30%), les Fabaceae-Faboideae (12%) et les Cyperaceae (7%) sont les mieux représentées. Les mécanismes d’adaptation mis en place par l’espèce sont, la réduction des feuilles en feuilles vestigiales, le transfert des stomates des feuilles aux tiges, le nombre réduit de stomate par mm² et la grande capacité de rétention d’eau de l’espèce. Ces résultats témoignent la résistance de l’espèce à une perte d’eau importante et sa capacité à s’adapter à un environnement xérique. Inselbergs are rocky outcrops characterised by precarious edaphic and microclimatic factors. They are biotopes in which the species that colonise them are able to adapt to this type of environment. This justifies the study of Caralluma adscendens, which is one of the most common species found on inselbergs of Burkina Faso. The aim of this study was to contribute to our knowledge of the ecology and adaptation mechanisms of the species to the xeric environment. To this end, the plant communities of C. adscendens were characterised using floristic data collected on the basis of targeted sampling. Several physiological and morphological characteristics were assessed to study the adaptation mechanisms. The floristic assemblage of plant communities with C. adscendens comprises 57 species in 45 genera and 23 families, of which Poaceae (30%), Fabaceae-Faboideae (12%) and Cyperaceae (7%) were the best represented. The adaptation mechanisms put in place by the species were the reduction of leaves to vestigial leaves, the transfer of stomata from the leaves to the stems, the reduced number of stomata per mm² and the species' high water retention capacity. These results demonstrate the species' resistance to significant water loss and its ability to adapt to a xeric environment.

Comment peut-on mesurer l’impact des actions entreprises pour améliorer l’offre active de services sociaux et de santé en français dans les communautés francophones en situation minoritaire? Un questionnaire mesurant premièrement les comportements individuels de l’offre active et deuxièmement la perception du soutien organisationnel à faire de l’offre active a été créé. La validité de contenu de la Mesure de l’offre active de services en françaisen contexte minoritaire a été établie à l’aide d’une recension d’écrits, de consultations menées auprès d’expertes et d’experts et d’un sondage Delphi pancanadien. Sa fidélité a été examinée à partir de données recueillies auprès de récents diplômés en santé et en service social. L’outil démontre une bonne consistance interne et des études auprès d’un plus large échantillon sont nécessaires pour augmenter la confiance envers sa stabilité temporelle. Il s’agit des premiers pas d’une démarche visant à mesurer l’évolution des comportements d’offre active à la suite d’activités de formation ou de changements organisationnels en faveur de services en français. Une telle mesure est aussi susceptible d’être utile dans les recherches visant à saisir les déterminants de ces comportements d’offre active.

Les corporations de jeunes et les corporations carnavalesques, c'est a dire de l'homo ludens, ainsi que les corporations des métiers ou de marchands ont bénéficié d'une recherche historique abondante, alors que les corporations tant socio-religieuses que celles des paroisses n'ont retenu l'attention que depuis peu de temps. Ces derniéres sont pourtant devenues de plus en plus importantes en Europe au bas Moyen Age. Alors que ces associations bénévoles jouaient une quantité de r^les pour leurs membres ou leurs communautés cet article recherche le rôle qu'elles jouent dans le changement politique et religieux lors d'une période de crise. La période qui suit la peste noire voit des changements radicaux de la structure sociale aussi bien dans les zones rurales que dans les villes. Les corporations sont manifestement des institutions qui doivent jouer un rôle lors d'une révolution (la révolte des paysans en 1381) ou en période d'hérésie (les Lollards); elles peuvent également être des forces de stabilité et de médiation dans leurs communautés. En évaluant leur rôle politique et religieux, cet article étudie l'hypothése de Gabriel Le Bras qui déclare que les associations apportent la bonne entente dans les communautés lorsqu'elles sont accessibles à tous les résidents, elles appliquent leurs statuts et elles autorisent la participation du curé de la paroisse. Si, d'autre part, les corporations créent une oligarchie, elles peuvent contrôler la communauté à leurs propres fins. Nous avons recherché la composition de la liste des membres et les activités des corporations en matiére de religion et de politique. Notre conclusion est la suivante: les guildes rurales ont tendance à rester ouvertes quant aux membres et à être apolitiques et religieusement conservatrices. Dans les villes marchandes toutes les corporations sont religieusement conservatrices, mais dans certaines de ces villes une ou même plusieurs corporations sont formées et elles dominent l'administration de la ville. Ces corporations au nombre limité de membres ne sont pas nécessairement à l'origine des dissidences dans la communauté, comme prédit dans l'hypothése de Le Bras. A cause de la forte accentuation des régles de comportement entre membres, les villes hantées par la discorde s'addressent à la guilde d'élite pour régler les bagarres entre membres à l'intérieur même des structures de la corporation plutôt que dans le contexte de la politique de la ville.

Résumé Depuis les dernières années, les historiens du Canada anglais se sont beaucoup intéressés au problème de la famille canadienne au XIXe siècle. La majorité de ces études porte sur les populations rurales et urbaines de l'Ontario et elle se préoccupe surtout des réactions diverses de ces communautés aux changements économiques et sociaux. Deux genres de populations ont été ainsi isolées: une première, flottante et migratoire, qui cherche constamment de nouveaux horizons, et une seconde, résidante et persistante, qui réagit différemment aux changements en tentant d'adapter son mode de vie aux conditions qui existent plutôt que de repartir comme la précédente. C'est ce deuxième groupe qui fait l'objet de cette recherche. L'auteur étudie ici le phénomène de la permanence dans l'Ontario rural, et ce, à travers l'exemple d'un canton particulier du comté de Peel, le Toronto Gore. Il traite, entre autre, de la façon dont on accumule la terre; il s'intéresse à la manière dont on l'administre et il s'arrête assez longuement aux divers modes de la transmission des biens dans la famille. Selon lui, cette étude des ménages permanents — et ils constituent près de la moitié de l'ensemble — tend à démontrer que, d'une part, les liens familiaux contribuent grandement à attacher les individus à un coin de pays et que, d'autre part, l'acquisition d'une terre à l'époque s'avère d'importance primordiale. Nul doute, cet élément de stabilité dans la population mérite beaucoup plus d'attention que l'on ne lui en a accordée jusqu'à maintenant.

RésumésLe pouvoir royal chrétien éthiopien a produit, entre le xie et le milieu du xxe siècle, nombre de documents écrits témoignant de donations de terre et de transferts de privilèges accordés aux institutions religieuses et aux grands du royaume. Bien que seule émettrice d’actes écrits, l’autorité royale a manifesté peu d’intérêt pour le devenir de ces documents : elle ne les a pas conservés, ne les dotait d’aucune marque externe de validation et acceptait relativement facilement qu’ils soient modifiés. Ce paradoxe se résout après une étude approfondie des pratiques qui permirent la production, puis la conservation de cette documentation. Ainsi, le pouvoir royal mettait en place des comités ad hoc qui se déplaçaient dans les provinces afin d’y faire promulguer les actes, ou émettait ceux-ci depuis le camp royal pour les dépêcher ensuite vers les institutions concernées. La mise par écrit et l’archivage étaient délégués aux institutions religieuses, qu’elles soient bénéficiaires directes des actes ou qu’elles fonctionnent comme des centres administratifs régionaux. Il est encore difficile de percevoir des scansions chronologiques dans ces processus. Néanmoins, un changement radical s’opère à partir de la décennie 1720 : les personnes privées s’arrogent le droit de faire écrire en langue vernaculaire leurs transferts de droits. La stabilité de la société gondarienne et la professionnalisation des scribes dans les églises ont permis à ces derniers de devenir les notaires de leurs communautés tout en servant les intérêts de la petite noblesse. La bureaucratie éthiopienne échappe au monopole du pouvoir souverain pour servir la communauté des propriétaires fonciers.

Cet article introduit le concept de la résilience dans la pensée systémique des transitions contextualisé par rapport à la situation sociale que vivent les populations de l’Est de la RD Congo ; La notion de résilience correspond à la capacité d'un système à intégrer une perturbation dans son fonctionnement, sans changer de structure qualitative. L'un de ses intérêts est qu'elle relativise le caractère positif d'un certain nombre de concepts systémiques, tel que la stabilité et l'équilibre. Un système sera dit résilient lorsqu'il est capable de se maintenir alors qu'il est affecté par des perturbations.L’Est de la RD Congo présente une instabilité grandissante de risques, et une grande incertitude sur le futur. Les populations sont frappées par des chocs multiples, comme les conflits armés systémiques, les violences inter-ethniques, l’épidémie à virus Ebola ou les viols liés au genre, qui ont un impact direct sur les moyens d’existence des populations. (UNICEF, OECD 2014)Comment envisager l’intervention systémique des transitions en incluant le courant de pensée de la résilience au sein des populations de l’Est de la RD Congo ?Le social est devenu intenable pour la majorité des Congolais. Il l’est surtout pour la jeunesse en ce moment où les fondamentaux de l’économie s’effondrent. Il s’est particulièrement aggravé ces deux dernières décennies suite aux guerres répétitives avec son lot des millions de morts des civils et la misère dans laquelle baigne l'écrasante majorité de la population. Il faut une réflexion méthodique, ordonnée et approfondie de la nature de l’être congolais. (MUTINGA, 2001, p.13)Cet état d'instabilité est nourri, entre autres, par des vagues successives des crises humanitaires chroniques, des violations graves des droits de l'Homme, l'exploitation illégale des ressources naturelles, l’ingérence de la communauté internationale, l’impunité décriée par tous et de tout temps, et la faiblesse des systèmes judiciaire et pénitentiaire. (JACQUEMOT, 2009, p.83)L’analyse systémique des transitions que nous allons appliquer à l’Est de la RD Congo utilisera les concepts de risque, de résilience et approche des moyens d’existence durables pour les communautés.

Les écosystèmes de dunes littorales offrent des opportunités pour l'étude des successions végétales et
des processus de colonisation. Le littoral dunaire atlantique français se développe sur environ 500
kilomètres du nord au sud. La végétation de dune grise est présente sur la partie de dune fixée, sous la forme de pelouse rase à plantes xérotolérantes. Un observatoire des mousses et des lichens sur neuf dunes non boisées du littoral atlantique de la France a été mis en place afin d'identifier les patrons de distribution des espèces de mousses et lichens en fonction des dynamiques du milieu.
L'analyse des patrons de distribution de la végétation sur la zone d'étude, le long d'un transect allant de la plage à la frange forestière, montre que les mousses et lichens se distribuent en cinq communautés à stratégies de vie identifiables par leurs traits biologiques ainsi que leur relation significative avec certains paramètres pédologiques. La position de chaque groupe dans certaines parties de dunes traduit des modifications dans la composition chimique de la couche superficielle du
substrat par la mise en évidence des gradients trophique, d'acidification et de décalcification de la plage à la dune boisée.
L'approche diachronique par le suivi des communautés de mousses et de lichens, ainsi que les relations entre les analyses de sol et les espèces et certains traits communs de réponse des espèces aux perturbations, suggèrent que la structure des communautés et les mécanismes participant à la fixation du milieu sont reliés aux conditions abiotiques du milieu qui varient en fonction du temps, aux stratégies de vie des espèces et aux perturbations. Les différentes communautés mises en évidence reflètent trois états de stabilité.
L'analyse des interactions biotiques au sein des communautés confirme que les lichens prennent une
part importante dans les processus de maturation de l'écosystème. De part leur zonation spatiale précise, leurs organisations et leurs rôles éventuels dans l'écosystème, les communautés bryolichéniques terricoles peuvent être considérées comme ayant un rôle clé de voûte dans le fonctionnement des dunes grises.
Les communautés bryolichéniques terricoles permettent de préciser une typologie des dunes littorales et d'évaluer leurs états dynamiques. Les résultats obtenus peuvent contribuer à obtenir un diagnostic écologique sur les dunes. Ils rendent possible des décisions de gestion du milieu et confirment l'intérêt du rôle indicateur des mousses et lichens pour le gestionnaire.

Les forêts tropicales sont confrontées à des perturbations anthropiques fréquentes et intenses, telles que l'exploitation sélective - l'abattage de quelques arbres dans des forêts anciennes, tandis que le reste du peuplement se régénère naturellement. De nombreuses études ont été menées sur la reconstitution des stocks de carbone et de bois, en raison d'un intérêt pour l'atténuation du changement climatique et la rentabilité de l'exploitation. Malgré le rôle crucial de la biodiversité pour le maintien et le fonctionnement des écosystèmes - et sa valeur intrinsèque - peu d'études ont été menées sur l'impact de l'exploitation sélective sur la biodiversité. Par conséquent, cette thèse vise à caractériser la réponse de la diversité et de la composition des arbres à l'exploitation forestière dans les forêts tropicales américaines.Grâce aux inventaires forestiers (1986-2021, diamètre à hauteur de poitrine ≥ 10 cm) de la station de Paracou (Guyane française), nous avons construit un cadre bayésien de modélisation des trajectoires de la diversité et de la composition des arbres après exploitation : Paracou a été perturbé par des traitements sylvicoles de différentes intensités en 1986-1987. Nous avons propagé l'incertitude associée à la détermination botanique et aux mesures des traits fonctionnels, et modélisé les trajectoires de diversité et de composition taxonomique, phylogénétique et fonctionnelle des arbres au niveau de l'espèce, par rapport à leurs niveaux pré-perturbation. En outre, nous avons évalué l'effet des caractéristiques des communautés d'arbres pré-perturbation, des conditions biophysiques et des propriétés de la perturbation sur nos trajectoires d'attributs forestiers. Deuxièmement, nous avons utilisé une version simplifiée du cadre de modélisation susmentionné sur des inventaires forestiers à long terme provenant de parcelles situées au Costa Rica et dans trois pays amazoniens (Observatorio de los Ecosistemas Forestales de Costa Rica et Tropical managed Forest Observatory). Nous avons modélisé leurs trajectoires de diversité et de composition taxonomique et fonctionnelle après exploitation au niveau du genre, à partir desquelles nous avons extrait des indicateurs sur la période d'inventaire de chaque site. Nous avons ensuite évalué l'effet de la structure de la communauté d'arbres pré-perturbation et des propriétés de la perturbation sur ces indicateurs. Bien que plus variables dans la seconde étude ayant une portée géographique plus large, nous avons observé des tendances similaires dans les deux études : la diversité a majoritairement augmenté après exploitation et les communautés d'arbres sont principalement passées de stratégies de conservation à des stratégies d'acquisition des ressources. Ces changements semblent provenir du recrutement abondant et momentané d'espèces de début de succession présentant des caractéristiques d'acquisition des ressources, ce qui leur confère un avantage compétitif lorsque l'intensité de perturbation - i.e., disponibilité de la lumière et de l'espace - augmente. En effet, les changements de diversité et composition ont augmenté dans les deux études avec l'intensité de perturbation, alors que les autres descripteurs n'ont pas eu d'effet significatif. Troisièmement, suite à l'importance de l'intensité de perturbation dans les études précédentes, nous avons développé un cadre commun de modélisation des trajectoires de forêts perturbées à travers un gradient d'intensité de perturbation. Nous avons testé notre approche de modélisation sur des inventaires forestiers de long-terme du Costa Rica et de Guyane française, après exploitation sélective, agriculture, et coupe à blanc suivie d'un feu.Ces résultats ouvrent des perspectives sur les méthodes d'évaluation de la réponse forestière aux perturbations, la réponse des forêts elle-même et ses processus écologiques sous-jacents, et l'intérêt des forêts perturbées pour les plans de gestion et de conservation forestières
Tropical forests face more frequent and intense anthropogenic disturbances, such as selective logging, namely the felling and harvesting of a few commercially valuable trees in old-growth forests, while the remaining stand is left for natural regeneration. Many studies focused on this regeneration, particularly on the recovery of carbon and timber stocks, most likely due to a strong interest in climate change mitigation and logging profitability. However, despite the crucial role of biodiversity for ecosystem maintenance and functioning - and its intrinsic value - there have been few studies on the impact of selective logging on biodiversity. Therefore, this thesis - organised in three studies - aimed at characterising the response of tree diversity and composition to logging in tropical American forests.First, we drew upon the long-term forest inventories (1986-2021, trees with a diameter at breast height ≥ 10 cm) from Paracou experimental station to build a Bayesian modelling framework of tree diversity and composition trajectories after selective logging. Paracou is located in French Guiana and was disturbed by silvicultural treatments of different intensities in 1986-1987. We propagated in our Bayesian framework the uncertainty associated with botanical determination and functional trait measurements, and modelled Paracou trajectories of taxonomic, phylogenetic and functional tree diversity and composition at the species level, relatively to their pre-disturbance levels. Additionally, we assessed the effect of pre-disturbance tree community characteristics, biophysical conditions and disturbance properties on our forest attribute trajectories. Second, we used a simplified version of the aforementioned Bayesian modelling framework on long-term forest inventories from sample plots located in Costa Rica and three Amazonian countries (respectively belonging to the Observatorio de los Ecosistemas Forestales de Costa Rica and the Tropical managed Forest Observatory). We modelled their post-logging trajectories of taxonomic and functional tree diversity and composition at the genus level, from which we extracted indicators solely over the inventory timespan of each site. We then assessed the effect of pre-disturbance tree community structure and disturbance properties on such indicators. While more variable in the second study with a broader geographical scope than in the first one, we observed similar trends in both studies: diversity mostly increased after logging and tree communities mainly shifted from resource-conservative strategies to resource-acquisitive strategies. Such changes appeared to be driven by the abundant and transient recruitment of early-successional species with acquisitive trait values, which provided them with a competitive advantage as disturbance intensity - i.e., light and space availability - increased. Indeed, changes in diversity and composition increased in both studies with disturbance intensity whereas disturbance selectivity, pre-disturbance tree community characteristics and biophysical conditions had no significant effect. Third, building up on the paramount importance of disturbance intensity in the two previous studies, we developed an original Bayesian hierarchical model of recovery trajectories, considering disturbed forests in a common framework, through a disturbance intensity gradient. We tested our modelling approach on data from two long-term experiments in Costa Rica and French Guiana, set up after selective logging, agriculture, and clearcutting and fire.Overall, these results opened various perspectives on the methods used to evaluate forest response to disturbance, the forest response itself and the ecological processes underlying forest succession, and how disturbed forests could be considered in forest management and conservation plans

La structure de communautés bactériennes de biofilms épilithiques a été caractérisée par typage moléculaire d'une partie du gène codant pour la molécule d'ARNr 16S. Dans ces agrégats phototrophes dominés par des algues eucaryotes et des cyanobactéries, 51% des taxons que nous avons détectés étaient affiliés au groupe des plastes et cyanobactéries, membres des Bacteria, et donc révélés par les amorces “universelles” utilisées. La méthode de typage utilisée, la PCR-DGGE (Polymerase Chain Reaction – Denaturing Gradient Gel Electrophoresis), n'est donc elle-même pas en cause et s'est avérée un bon outil pour comparer la diversité obtenue sur des assemblages naturels de différents sites (diversité β. Sur l'ensemble des biofilms analysés, les communautés apparaissent relativement diversifiées (indices de Simpson : 0,039 – 0,094 et de Shannon : 3,50 – 4,78) mais moins riches (23 OTUs – Operational Taxonomic Unit – en moyenne) que les communautés bactériennes du plancton ou du sol. Avec moins de 10% de taxons retrouvés dans 50% des cas traités, la composition de ces communautés apparaît fortement conditionnée par la répartition inter sites. Ainsi sur un tronçon de rivière (la Garonne, France), une forte différenciation de la composition bactérienne benthique (moins de 50 % de similarité) est observée entre des zones situées en amont et en aval d'importants rejets urbains (Toulouse). En excluant les OTUs associées aux plastes et cyanobactéries, 11 des 63 taxons détectés ne sont retrouvés que dans des communautés prélevées en amont de rejets anthropiques, 13 en aval. L'évolution temporelle de communautés d'assemblages naturels a été suivie durant 7 mois consécutifs dans des conditions prolongées de faibles débits. Sur cette période, deux pics de biomasse épilithique sont détectés (autour de 25 g. M-2). Sous l'influence de facteurs saisonniers (température, lumière), la composition des communautés bactériennes diffère significativement d'un pic à l'autre (moins de 30 % de similarité). Lors de la phase de colonisation proprement dite, l'évolution du nombre de taxons détectés et l'apparition de nouveaux taxons indiquent, en accord avec un modèle établi sur d'autres types de biofilms, une succession des communautés bactériennes. Certains taxons présentent des occurrences particulières au cours de la succession et ont des traits biologiques qui s'apparentent à des stratégies démographiques de type pionnier (Spirosoma) ou compétiteur (Nitrospira ou Dechloromonas). L'ensemble suggère que les communautés bactériennes de ces biofilms phototrophes répondent à une combinaison de changements allogènes et autogènes
Epilithic bacterial community structure was studied using 16S rRNA gene based fingerprinting methods. In these algae and cyanobacteria dominated aggregates, 51 % of the detected taxa were affiliated to plastids and cyanobacteria being revealed by universal primers. The fingerprint methods, PCR-DGGE (Polymerase Chain Reaction – Denaturing Gradient Gel Electrophoresis), is thus not involved and proved to be a relevant tool for comparing bacterial diversity for natural assemblages from different sites (β diversity Among all analysed samples, communities appeared to be diversified (Simpson and Shannon diversity indices ranging from 0. 039 to 0. 094 and from 3. 50 to 4. 78, respectively), but less rich (around 23 OTUs – Operational Taxonomic Unit) than planctonic and soil communities. With less than 10 % of the OTUs detected in 50 % of the treated cases, community composition seemed to be highly conditioned by inter-sites repartition. Over a river section (River Garonne, France), an important differentiation of benthic bacterial communities (less than 50 % similarity) was observed between communities collected up- and downstream of an important urban centre (Toulouse, France). Excluding the particular OTUs affiliated to plastids and cyanobacteria, 11 taxa out of 63 were only detected upstream, and 13 downstream. Temporal bacterial community changes of natural assemblages were studied over an undisturbed seven month low water period. Two biomass peaks were recorded (around 25 g. M-2). Bacterial community DGGE profiles differed between the two biomass peaks and shared only 30% common OTUs, suggesting the influence of seasonal factors (light, temperature) on these communities. During the biomass accrual phase, bacterial richness and the appearance of new OTUs fitted a conceptual model of bacterial succession in biofilms. During succession, five OTUs (corresponding to Dechloromonas sp. , Nitrospira sp. , and three different Spirosoma spp. ) exhibited particular patterns and were present only during clearly defined successional stages, suggesting differences in life-history strategies (pioneer vs competitive strategies) for epilithic bacteria. Thus, in these naturally occurring epilithic biofilm assemblages, bacteria appeared to react through a combination of both allogenic (seasonal) and autogenic changes

Les nouvelles technologies de séquençage des génomes ont permis de révéler l’extraordinaire diversité des séquences virales dans des groupes d’hôtes jusque-là largement inexplorés. Ainsi, notre connaissance des virus d’arthropodes, infectant les animaux les plus diversifiés et abondants sur Terre, était jusque-là essentiellement réduite à des espèces d’intérêt économique et médical. Les nouvelles données de diversité virale chez les arthropodes illustrent le besoin d’étendre l’inventaire viral à l’échelle de l’écosystème et d’inclure les virus comme une composante essentielle de leur fonctionnement et de leur évolution.Dans ces travaux de thèse, j’ai développé et appliqué deux approches d’étude de la diversité virale chez des arthropodes, ainsi que de la circulation des virus dans des écosystèmes, en me focalisant sur des espèces d’intérêt agronomique : i) une approche virus-centrée par fouille de bases de données nucléotidiques, en recherchant la présence d’un groupe de petits virus à ADN inféodés aux arthropodes, les densovirus ii) une approche arthropode-centrée, utilisant une méthode séquençage haut débit de génomes viraux (métagénomique virale) pour analyser des communautés virales associées à des arthropodes de différents niveaux trophiques échantillonnés dans des agroécosystèmes.Mes résultats ont permis de :(i) Mettre en évidence que les densovirus sont largement présents dans l’ensemble du règne animal - notamment chez une grande diversité d’arthropodes - et qu’ils sont très diversifiés génétiquement, ce qui a permis de mieux appréhender histoire évolutive de ce groupe de virus ;(ii) Découvrir de nouveaux virus chez certains ravageurs de cultures : le tétranyque tisserand (Tetranychus urticae, Acarien) provenant de populations de laboratoires, ainsi que le puceron vert du pois (Acyrthosiphon pisum, Hémiptère), le phytonome de la luzerne (Hypera postica, Coléoptère) et l’armigère de la tomate (Helicoverpa armigera, Lépidoptère) provenant de populations naturelles échantillonnées dans des cultures de luzerne et des prairies. Ces études ont permis de mettre en évidence la présence de viromes spécifiques de chaque espèce d’arthropode et de caractériser la distribution de certains virus dans des communautés d’arthropodes d’un même écosystème. Plus de 60 nouvelles espèces de virus d’arthropodes et de plantes ont été découvertes. Leurs liens évolutifs avec des espèces de virus connues ont été caractérisés par des analyses phylogénétiques.(iii) Enfin, les travaux menés en (ii) ont également permis d’optimiser la méthodologie permettant d’obtenir et d’analyser des viromes obtenus à partir d’échantillons multiplexés, optimisant notamment l’étape d’attribution taxonomique des séquences obtenues par séquençage à haut débit, réduisant ainsi leur proportion en « matière noire » inhérente aux analyses des viromes
High throughput sequencing technologies have revealed the extraordinary diversity of viral sequences in hitherto largely unexplored host groups. Thus, our knowledge about arthropod viruses, infecting the most diverse and abundant animals on Earth, was hitherto essentially reduced to species of economical and medical interest. New data on viral diversity in arthropods illustrate the need to expand viral inventory at the scale of the ecosystem and to include viruses as an essential component of their functioning and their evolution.In my thesis, I developed and applied two approaches to study the diversity of viruses in arthropods and how virus circulate in ecosystems, focusing on species of agronomic interest: (i) a virus-centered approach by exploring nucleotidic sequence databases, searching for the presence of a group of small DNA viruses infecting arthropods, the densoviruses (ii) an arthropod-centered approach at the scale of the ecosystem, using a viral metagenomic method to analyze viral communities associated with arthropods from different trophic levels from the same agroecosystems.My results showed that:(i) Densoviruses are spread throughout the animal kingdom - particularly in a wide diversity of arthropods - and are highly diverse genetically, which led to a better understanding of the evolutionary history of this group of viruses;(ii) A number of new viruses can be described in pests: the spider mite (Tetranychus urticae, Acari) from laboratory populations, as well as the green pea aphid (Acyrthosiphon pisum, Hemiptera), the alfalfa weevil (Hypera postica, Coleoptera) and the cotton bollworm (Helicoverpa armigera, Lepidoptera) from natural populations sampled from alfalfa crops and grasslands. These studies also highlighted that specific viromes are associated with each pest species, and I characterized the distribution of some of these viruses in arthropod communities. In total, more than 60 new species of arthropod and plant viruses were discovered. Their evolutionary links with known virus species was characterized by phylogenetic analyzes.(iii) The work realized in (ii) also contributed to optimize a methodology to prepare and analyze viromes from multiplexed samples, that is particularly suitable to optimize the taxonomic allocation of sequences and thus reduce the "dark matter" that is inherent to viral metagenomics analyses

Le carbone suie représente un produit réfractaire et chimiquement complexe de la combustion incomplète de combustibles fossiles et de la biomasse. La déposition atmosphérique de carbone suie peut être significative dans la Baie de Villefranche (France). Cependant, son rôle pour les microorganismes marins n’est pas suffisamment étudié. Avec l’utilisation du carbone suie standard et de la cytometrie de flux, du microscope confocale et du microscope électronique à balayage, on a mis en évidence que les virus et les bactéries adhèrent dans les heures suivantes aux particules de carbone suie et que l’ abondance de virus en forme libre diminue avec la concentration de carbone suie. En conditions expérimentales le pourcentage de bactéries et virus attachés varie après 10 heures entre 22 - 54 % et 51 – 72 % respectivement des abondances totales. À travers le flux vertical, cela peut déterminer une soustraction des microorganismes de la surface de l’eau. La production bactérienne augmente avec l’augmentation de concentrations de carbone suie, probablement en résultat de soit la diminution de la lyse virale et soit de l’utilisation du carbone suie en tant que substrat. Avec l’application d’une PCR ciblée pour le gêne 16S rRNA et une électrophorèse sur gel à gradient dénaturant, on a relevé que la composition de la communauté de bactérie en forme libre est différente de celle des bactéries attachées aux particules. Les résultats suggèrent que les bactéries puissent utiliser le carbone suie en tant que source de carbone et que le carbone suie modifie les interactions entre virus et bactéries. De conséquence, le carbone suie a une influence sur les processus dans le réseau trophique microbien

Les communautés écologiques présentent une diversité importante d'organismes et d'interactions. Comprendre le fonctionnement de ces différents types d'interactions constitue l'un des enjeux majeurs de l'écologie des communautés. Cependant, une large majorité des travaux s'intéressant à ces questions s'est focalisée sur les différents types d'interactions séparément. Cette thèse cherche à comprendre comment le couplage entre différents types d'interactions affecte la dynamique des communautés naturelles. Au travers d'une approche théorique, des modèles simples de communautés comprenant deux types d'interactions sont construits. Ces communautés sont constituées de trois espèces : une espèce basale, plante, interagissant avec un antagoniste, herbivore et un mutualiste, pollinisateur. Nous décrivons comment l'effet indirect entre interactions antagonistes et mutualistes affecte les dynamiques écologiques et évolutives des communautés face à une perturbation. Nous montrons que la relation entre pollinisateurs et herbivores à des conséquences importantes pour le maintien éco-Évolutif de la communauté et pour sa stabilité. Nous étudions ensuite la dynamique évolutive de traits particuliers, qui sont impliqués dans chaque type d'interactions. Certains traits attractifs ou de défense des plantes, affectent à la fois les interactions avec les pollinisateurs et les herbivores. Nous montrons comment les pressions de sélection opposées dues à la pollinisation et à l'herbivorie modifient l'évolution de ces traits et peuvent amener à la diversification des plantes
Ecological communities involve an amazing diversity of organisms and interactions. Understanding how this diversity of interaction types (competition, mutualism or predation) affects the ecological and evolutionary dynamics of natural systems is an important challenge of community ecology. However, a large majority of works in community ecology theory considers interaction types separately. This thesis focus on the interplay between antagonism and mutualism. With a theoretical approach, small community models, including antagonistic and mutualistic interactions are built. These communities contain three species : one basal species (a plant) with an antagonist (herbivore) and a mutualistic species (pollinator). First, we study how the indirect effect between the two interaction types affects the ecological and evolutionary dynamics of communities in the currency of a disturbance. Second, we study the evolutionary dynamics of special traits, that are involved in each interaction type. Attractive traits or defensive traits of plants affect both interaction with pollinators and herbivores. We depict how the opposite selective pressures due to pollination and herbivory modify the evolution of these traits and show that they can lead to evolutionary diversification of plants. Following this diversification, the coevolutionary emergence of complex interaction networks is studied

Les communautés du coralligène dominées par des gorgonaires ont été sévèrement affectées par des évènements de mortalités massives liés au réchauffement de la Méditerranée. Pour évaluer la contribution des bactéries associées à l’holobionte Paramuricea clavata à son fonctionnement et sa santé, il est apparu primordial de caractériser le compartiment microbien naturel de ce gorgonaire tempéré.Dans ce contexte, l’objectif général de cette thèse était de décrire les interactions existant entre la gorgone rouge P. clavata et ses bactéries associées en Méditerranée nord-occidentale. Les analyses entreprises par des techniques culture-indépendantes basées sur l’analyse des ADN ribosomiques 16S bactériens ont inclus (i) la caractérisation de la variation spatio-temporelle des communautés bactériennes, (ii) la localisation des bactéries dans les tissus de l’hôte, (iii) l’évaluation de la stabilité des associations gorgones-bactéries en conditions de stress et (iv) la détermination de la spécificité d’hôte des bactéries dominantes entre différentes espèces de gorgonaires sympatriques (Eunicella singularis, Eunicella cavolini et Corallium rubrum). Les résultats obtenus ont établi que P. clavata et son microbiote forment un holobionte au sein duquel hôte et bactéries vivent en étroite association, stable dans le temps et l’espace ou en conditions de stress. Les communautés bactériennes associées sont principalement endosymbiotiques et dominées par un ribotype bactérien appartenant à un genre nouveau de la famille des Hahellaceae qui semble présenter une forte spécificité d’hôte. Ces résultats suggèrent un rôle particulier de ce genre bactérien chez les holobiontes gorgonaires
Coralligenous communities dominated by gorgonian species have been severely affected by diseases and mass mortality events linked to the current warming trends reported for the Mediterranean Sea. The characterization of the natural microbial compartment of this temperate gorgonian species becomes a crucial step in the evaluation of the bacterial contribution to health and functioning of the Paramuricea clavata holobiont.Under these circumstances, the global aim of this PhD work was to describe the interactions existing between the red gorgonian P. clavata and its associated bacteria in the Northwestern Mediterranean basin. The culture-independent analyses based on the bacterial 16S ribosomal DNA included (i) the characterization of spatiotemporal variation of the bacterial communities, (ii) the localization of the bacteria within host tissues, (iii) the evaluation of the stability of gorgonian-bacterial associations under stress conditions and (iv) the determination of the host-specificity of dominant bacteria in different sympatric gorgonian species (Eunicella singularis, Eunicella cavolini and Corallium rubrum).The results of this study highlighted that P. clavata and its microbiota form a holobiont in which host and bacteria live in close association. This association is spatiotemporally stable and maintained under stress conditions. Associated bacterial communities are mostly endosymbiotic and dominated by a bacterial ribotype belonging to a new genus within the Hahellaceae family that seems to be host-specific. These results suggest a particular role of this bacterial genus in the gorgonian holobionts

La couverture neigeuse arctique peut atteindre jusqu'à un tiers de la surface terrestre. Cet environnement, chimiquement très dynamique, est en interaction avec tous les compartiments environnementaux : l’atmosphère, le sol, les aquifères, et ce influence la biosphère toute entière. Durant les dernières décennies, la neige a été reconnue comme étant un réservoir de microorganismes. Pourtant l’écologie des microbes du manteau neigeux reste mal comprise. L’objectif principal de cette thèse est donc de caractériser le manteau neigeux en tant qu’écosystème fonctionnel, par définition une communauté d’organismes vivants, en conjonction avec la composante non vivante de leur environnement et agissant comme un système. Pour cela, la composition taxonomique et fonctionnelle des communautés microbiennes a été analysée via la technologie de séquençage haut débit pour deux types de modèles de manteau neigeux : une neige saisonnière d’eau douce d’un manteau neigeux terrestre (Ny--‐Alesund, Svalbard) et une couverture neigeuse saline sur la glace de mer (Nuuk, Greenland). Le premier objectif est de caractériser l’hétérogénéité des communautés microbiennes en relation avec les fluctuations conditions environnementales. La composition des communautés microbiennes du manteau neigeux est très variable en fonction de l’avancement dans la saison du printemps vers l’été et en fonction de la profondeur. La corrélation entre les fonctions microbiennes et les conditions environnementales soutient l’hypothèse que les communautés microbiennes interagissent avec les fluctuations des conditions en abiotiques de leur habitat. Le second objectif concerne la spécificité des communautés microbiennes du manteau neigeux ; si le manteau neigeux est un écosystème fonctionnel alors les communautés microbiennes le composant devraient présenter des caractéristiques spécifiques liées à leur adaptation aux conditions de cet habitat, malgré la variabilité. La comparaison de la distribution fonctionnelle entre la neige et des environnements distants (polaires ou non) ainsi que des environnements en interaction proche permet de confirmer une spécificité des communautés microbiennes de la neige. Le troisième objectif se concentre sur la sélection environnementale ; étant donné que l’existence d’une communauté microbienne spécifique implique que des processus de sélection se réalisent au sein du manteau neigeux. La comparaison de la distribution de la structure (quels microorganismes sont présents) et la fonction (que sont-ils capables de faire ?) des communautés microbiennes en fonction de la source des microorganismes au sein d’un manteau neigeux couvrant la glace de mer révèle que la communauté est largement influencée mais diffère de leur source en réponse aux conditions environnementales spécifiques. Les résultats préliminaires des analyses metagénomiques et metatranscriptomiques ont révélé qu’il existe une grande variabilité entre les communautés présentes et potentiellement actives au sein du manteau neigeux. Bien que des limitations conceptuelles et techniques persistent, les méthodes de séquençages haut-débit basées sur les molécules d’ARN sont des outils prometteurs pour décrire les réponses à court terme des communautés microbiennes du manteau neigeux aux variations des conditions environnementales. Finalement, une approche mécanistique préliminaire basée sur la mise en place de microcosmes de neige artificielle et des microorganismes modèles a été développée afin de déterminer les processus de colonisation au sein du manteau neigeux. Alors que de nombreuses questions demeurent concernant l’activité microbienne et les interactions complexes de communautés, les études menées durant cette thèse ont permis de soutenir l’hypothèse que la neige est un écosystème fonctionnel
The Arctic seasonal snowpack can extend at times over a third of the Earth’s land surface. This chemically dynamic environment interacts with different environmental compartments such as the atmosphere, soil and meltwater, and thus, strongly influences the entire biosphere. During the last decades, snow has been recognized as a microbial reservoir. The ecology of snow microorganisms however remains poorly understood. The main goal of this thesis was to investigate the snow as a functional ecosystem; i.e. a community of living organisms in conjunction with the non--‐living component of their environment and interacting as a system. In order to do so, microbial community taxonomic and functional composition of snow samples from two arctic snowpack models: seasonal snow from terrestrial fresh water snowpack (Ny--‐Alesund, Svalbard) and sea ice snow cover (Nuuk, Greenland) was analyzed using high throughput sequencing technologies. The first objective addressed microbial community heterogeneity in relation with fluctuating environmental conditions. Snow microbial community composition was highly variable during spring season and depth. The relationship between microbial functions and environmental conditions supports the hypothesis that the snow microbial community interacts with the abiotic variability characteristic of their habitat. The second objective addressed snow community specificity; if the snowpack is a functional ecosystem, then the microbial communities inhabiting it should have specific features related to their adaptation to the conditions of this environment, despite variability. The comparison of functional distribution between snow and both remote (polar and non polar) and closely interacting environments provided evidence of snowpack microbial community specificity. The third objective focused on environmental selection, given that the existence of a specific snow microbial community implies that one or more selective processes occur in the snowpack. Comparing the distribution of microbial community structure and function as related to the source of the microorganisms in a sea ice snow cover revealed that snow microbial communities were largely influenced by, yet differed from their seeding sources in response to specific environmental conditions. Mechanistic approaches with model microorganisms in snow microcosms were developed during this thesis and, based on preliminary results, will help to determine colonization processes within snowpack. Finally, preliminary results in the first section of Chapter 4 also showed that a high variability exists between the microorganisms present within the snowpack, and those that are active. Although technical and conceptual issues remain, RNA based high throughput sequencing was evaluated as an encouraging tool to evaluate short--‐term responses of microbial communities to environmental fluctuations. While numerous questions remain about microbial activity and complex community interactions, the results from this thesis support the hypothesis that snow is a functional ecosystem