Dissertationen: „Écologie des communauté“

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Chalmandrier, Loic. „De la communauté à la méta-communauté, décrypter les patrons de diversité“. Thesis, Université Grenoble Alpes (ComUE), 2015. http://www.theses.fr/2015GREAV033/document.

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Les patrons de diversité caractérisent la structure de la diversité des communautés, c'est-à-dire sa valeur, sa distribution et son changement dans l'espace et le temps. Leur étude peut amener des informations importantes sur les processus écologiques qui en sont à l'origine. Cependant de nombreuses hypothèses de travail sont faites lors de leur analyse. L'idée générale de cette thèse est qu'en remettant en cause ces hypothèses, un certain nombre de développements liés aux indices de diversité et aux modèles nuls deviennent possibles et permettent de mieux comprendre les processus écologiques à l'origine des patrons de diversité fonctionnelle ou phylogénétique. Le premier chapitre est consacré à l'étude des patrons de diversité fonctionnelle des communautés végétales alpines à de multiples échelles spatiales et organisationnelles. Le second chapitre s'intéresse aux perspectives méthodologiques amenés par les nombres de Hill. Dans le dernier chapitre, on s'intéresse aux enjeux méthodologiques d'un nouveau type de données de communautés : l'ADN environnemental
Patterns of community diversity refers to the structure of diversity, i.e. its quantification, its distribution and its turnover in space and time. Its study is likely to shed the light on the assembly rules that determined the structure of communities. However, numerous ecological assumptions are often made when studying diversity patterns. What motivated the work was the perspective that by relaxing these assumptions, a number of developments linked to diversity indices and null models are possible and can help to understand the impact of multiple ecological processes on phylogenetic and functional diversity patterns. In a first part we studied the pattern of functional diversity of alpine plant communities as a function of spatial and organizational scales. In the second part, we studied the methodological perspectives brought by the Hill numbers. In a third part, we addressed the main methodological issues of a new type of community data: environmental DNA

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Fanfard, Sandrine. „Relation " communauté-ressource " : cas des communautés marines d'invertébrés benthiques qui exploitent les débris grossiers dérivés de plantes terrestres“. Thesis, Paris 6, 2016. http://www.theses.fr/2016PA066678/document.

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Dérivants ou submergés, les débris grossiers dérivés de plantes terrestres fournissent de l'énergie et des nutriments pour les écosystèmes marins. En considérant cette matière organique allochtone, l'objectif de ma thèse est de décrire le processus d'assemblage d'une communauté autour d'une ressource trophique et de considérer en retour l'effet de la diversité et de la composition observée au sein de cette communauté sur la dynamique d'exploitation de la ressource. Pour ce faire, j'ai combiné des expériences in situ et la modélisation avec l'intention de parvenir à une description cohérente et quantitative du lien écogéochimique entre la biodiversité et le fonctionnement des écosystèmes. En utilisant de la litière de feuilles et du bois mort, cette approche a permis: (i) de montrer l'importance des interactions biotiques dès le début du processus d'assemblage de la communauté, (ii) de faire le lien explicite entre la consommation des ressources et la dynamique de populations des consommateurs, et (iii) de tester comment la transformation des ressources est affectée par la diversité observée au sein des communautés
Either adrift or submerged, coarse debris derived from terrestrial plants provide energy and nutrients for marine ecosystems. By considering this allochtonous organic material, the goals of my PhD were to describe the assembly process of macrobenthic communities around food sources and to consider the feedback effect of the observed communities on the geochemical fate of the resource. To do so, I combined in situ experiments and modelling with the intention to build a consistent, quantitative description of the ecogeochemical link between biodiversity and ecosystem functioning. Using leaf litter and dead wood, this approach allowed: (i) to show the importance of biotic interactions from the beginning of the community assembly process, (ii) to make the explicit connection between the resource consumption and the population dynamics of the consumers, and (iii) and to test how resource processing is affected by the specific diversity of the communities

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Carré, Gabriel. „Biodiversité, paysages et conservation de la communauté d'abeilles dans les agrosystèmes“. Avignon, 2008. http://www.theses.fr/2008AVIG0607.

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L’intensification agricole à l’échelle paysagère est désignée comme l’une des causes principales du déclin des pollinisateurs dans les agroécosystèmes. De nombreux travaux ont montré l’impact négatif de cette intensification sur les communautés d’abeilles sauvages, mais des questions demeurent concernant la généralisation de ces résultats. Mon travail se place dans les agroécosystèmes avec une lecture réciproque de l’effet des parcelles cultivées et des espaces non-cultivées sur la communauté d’abeilles. Une première étude caractérise l’impact du paysage sur la communauté d’abeilles présentes dans les parcelles d’une culture. L’expérimentation a été réalisée dans 5 pays européens sur des cultures entomophiles annuelles dans le cadre du programme intégré ALARM. L’autre étude se place dans les milieux semi-naturels d’une seule zone géographique et caractérise les paramètres explicatifs de la nidification de la faune d’abeilles terricoles. Ce travail conduit au sud-ouest de Toulouse a mis à profit une technique innovante d’échantillonnage de la faune émergente du sol. Pour chaque étude, nous avons procédé en deux étapes, avec l’analyse de l’abondance et la diversité des abeilles et des analyses basées sur leurs traits fonctionnels, c’est-à-dire les caractéristiques des taxons qui ont un lien avec leurs fonctions dans l’écosystème. La première partie de mon travail a permis de clarifier différents types d’interactions entre le paysage et la communauté d’abeilles présente dans les cultures. Certains sous-genres étaient favorisés par des habitats semi-naturels uniquement, d’autres par des habitats urbains uniquement, et d’autres encore par une combinaison d’habitats urbains, agricoles et semi-naturels. Les abeilles favorisées par les habitats semi-naturels uniquement étaient plus vulnérables et moins abondantes que les abeilles favorisées par les habitats urbains seuls et ces dernières étaient les plus abondantes. Les espèces capturées dans les parcelles avaient des traits différents de ceux de la faune potentiellement en activité sur l’ensemble du pays durant notre étude : les abeilles des cultures annuelles étaient majoritairement eusociales et polylectiques et cette réponse était stable d’un pays à l’autre, indiquant une adaptation de ces communautés aux perturbations environnementale. La seconde partie de mon travail a apporté des éléments de réponse sur les choix des sites de nidification des abeilles terricoles dans les zones semi-naturelles. Il ressort de ce travail que certains concepts d’écotones ne s’appliquent que partiellement aux abeilles terricoles puisque les diversités α et β n’étaient pas plus importantes au niveau des écotones que des milieux adjacents, et que les espèces dans les écotones n’étaient pas non plus la somme des populations présentes dans les habitats adjacents. La diversité α augmentait avec l’abondance locale des plantes dicotylédones et dans les milieux non gérés, tandis qu’elle diminuait dans les habitats gérés. La diversité théorique β était plus faible dans les écotones adjacents à des cultures que dans ceux adjacents à des milieux semi-naturels ou dans ces milieux, ce qui indique que la simple gestion des bords de champs n’est pas suffisante pour conserver la biodiversité des abeilles terricoles et que celle-ci nécessite de préserver des espaces de milieux semi-naturels de prairies ou de bois. La communauté d’abeilles terricoles a des besoins de nidifications différents en fonction du niveau de socialité: l’abondance et la richesse spécifique des abeilles solitaires n’étaient pas expliquées par les habitats, alors que l’abondance des abeilles sociales était restreinte à des sols durs et avec le moins possible de couverture végétale et ce groupe était structuré par les communautés végétales
Agricultural intensification at the landscape scale is considered to be the main driver of pollinator decline in agroecosystems. Several studies have demonstrated this effect on wild bee communities, but some questions remain regarding the broad generalisation of this result. My work deals with the impact of the landscape context of crop fields in relation to semi-natural habitats on the wild bee communities in agroecosystems. A first study was conducted in five annual entomophilous crops, each located in one of five European countries in the framework of the ALARM project. A second study was conducted in a single geographical area (southwest of Toulouse, France) in semi-natural habitats and ecotones to assess which habitat features could explain the features of the ground-nesting bee community using large emergence traps. For each study, we assessed the impact of habitats on (i) bee abundance and diversity and (ii) the functional traits of the bee species, i. E. Their caracteristics related with their functions in ecosystems. The results of the first study clarified the different kinds of interaction between the landscape context and the bee fauna of annual crop fields. Observed differences of bee abundance and diversity were due to differential response to surrounding habitats, and we characterized taxa that were positively affected by semi-natural habitat only, those favored by urban habitat only, and those favored by a combination of natural, urban and crop habitats. Bees favoured by urban and mixed habitats were abundant and less vulnerable overall than bees favoured only by semi-natural habitat. The trait distribution of the species captured in crop fields was different from that of the countrywide summer bee fauna as species captured in annual crop fields were consistently more eusocial and polylectic, and this response was stable among the 5 country-crop combinations. Clearly, bee species found in flowering annual crops are characterized by their high capacity to adapt to environmental disturbances. The results of my second study on ground-nesting bee diversity were not in agreement with classical results on ecotones as the α and β diversities were not higher in ecotones compared to semi-natural habitats, nor were the species in ecotones resulting solely from the species in adjacent habitats. The α diversity of ground-nesting bees increased with the local abundance of dicotyledons and was higher in unmanaged habitatsand lower in managed habitats. The theorical β diversity was lower in ecotones adjacent to crops than in those adjacent to semi-natural habitats and in forest or natural grassland habitats. The preservation of semi-natural habitats should therefore be recommended to preserve the ground-nesting bee diversity rather than the sole management of field crop margins. The ground-nesting bee community had different nesting requirements depending upon their sociality level: Neither the abundance nor the species richness of solitary ground-nesting bees was explained by habitat characteristics, but the abundance of social ground-nesting bees was associated withspecific soil elements, such as a high soil hardness and low ground cover, and their community was structured by habitats and the community of flowering plants

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Nelva, Pasqual Jean-Sébastien. „Exploration des réseaux d'interactions en écologie : de la structure vers la dynamique : signification des analyses des matrices de communauté en écologie des estuaires“. Thesis, Bordeaux, 2014. http://www.theses.fr/2014BORD0114/document.

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Le concept de réseau d'interactions est central en Écologie et différents modèles et méthodes ont été utilisés. Ce travail de thèse met en relation deux approches développées par des courants séparés : l'étude des matrices de communauté et les analyses entrée-sortie. Il confronte leurs hypothèses aux propriétés fondamentales des écosystèmes estuariens. Il précise explicitement les liens entre les différentes matrices, ainsi que la signification des mixed trophic impacts. Les matrices de la storage et de la throughflowanalyses sont reliées à des jacobiennes de modèles à compartiments dont les flux sont contrôlés par les compartiments donneurs ou receveurs. Contrairement à ce qui est le plus souvent présenté dans la littérature, l'analyse des mixed trophic impacts est ici interprétée en terme de présence-absence du compartiment considéré. Avec les données disponibles sur les réseaux trophiques de cinq estuaires européens, des matrices qualitatives et quantitatives sont construites afin de réaliser des analyses de sensibilité. Ces premières explorations montrent des niveaux d'incertitudes très élevés, et ceci même pour le signe des prédictions. Par ailleurs, ce travail de thèse approfondit les possibilités d'étude de dynamiques transitoires à partir de la matrice de communauté. Il souligne des éléments importants qu'il est nécessaire de prendre en compte lorsque ces approches sont choisies
Networks are a key concept in ecology and a number of models and methods have been used. This PhD dissertation links two approaches, the community matrix and input-output analyses, which have been developed by separate streams of theory. It compares their assumptions with important features of estuarine systems. It explicitly analyses the links between the matrices and the significance of the mixed trophic impacts analysis. Matrices of storage and throughflow analyses are linked to Jacobian matrices of donor or recipient controlled compartment models. Unlike most of what can be seen in the litterature, here the mixed trophic impacts are interpreted as the effects of a compartment being present or absent. Using available data in the case of five European estuaries, qualitative and quantitative matrices are built in the aim of performing sensitivity analyses. First explorations reveal high levels of uncertainties, even in the sign of the predictions. Furthermore, this work examines in more details the possibilities to explore transient dynamics from the community matrix. This PhD dissertation emphasises important features which are necessary to consider when choosing such approaches

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Modéran, Julien. „Estuaire de la Charente : structure de communauté et écologie trophique du zooplancton, approche écosystémique de la contamination métallique“. Phd thesis, Université de La Rochelle, 2010. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00541019.

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Les estuaires sont des systèmes hautement dynamiques où interagissent des processus biogéochimiques complexes qui influent sur le devenir de la matière organique et non organique. La confrontation des eaux fluviales et marines induit des changements rapides des principaux facteurs structurant la distribution des organismes vivants et gouvernant la spéciation de certains éléments traces entre phase particulaire et dissoute, ex : gradient de salinité, teneurs en matières en suspension (MES). Ce travail vise à étudier l'estuaire de la Charente, principal fleuve influançant le bassin de Marennes-Oléron (première zone ostreicole française) afin (i) de caractériser la structure de la communauté zooplanctonique en relation avec les paramètres environnementaux, (ii) le fonctionnement de la base du réseau trophique de l'estuaire (identification des sources de matière organique exploitée par les organismes zooplanctoniques et suprabenthiques) et (iii) d'établir un état de contamination par les métaux des compartiments biotiques. L'estuaire de la Charente se distingue par des concentrations en MES extrêmement élevées, présentant néanmoins une contribution importante de la matière organique (efflorescence phytoplanctonique printanière en zone mésohaline et production microphytobenthique). La zone de turbidité maximale semble correspondre à un écotone qui contrôle les flux de matière organique et la distribution des organismes. Le mélange physique des particules issues des systèmes dulcicoles et marins adjacents à l'estuaire avec cette forte charge de matériel resuspendu conduit à une homogénéisation des signatures isotopiques et métalliques particulaires en été et automne le long du gradient de salinité. Les quatre assemblages zooplanctoniques identifiés sont structurés spatialement par la salinité et la concentration en MES et temporellement par les variations de température et de débit fluvial. Malgré la dominance quantitative du matériel détritique au sein du pool de matière organique particulaire (MOP), il semble que les 5 taxons planctoniques ou suprabenthiques dominants étudiés (Eurytemora affinis, Acartia spp., Daphnia spp., Neomysis integer, Mesopodopsis slabberi) présentent une sélectivité importante vis-à-vis de sources primaires distinctes. Cette succession spatio-temporelle d'espèces sélectives conduit à une multiplication des flux trophiques et semble ainsi optimiser à l'échelle annuelle l'exploitation de la MOP disponible. Les concentrations en Cd, Cu, Hg, Pb, V et Zn ont par ailleurs été mesurées dans près de 40 taxons estuariens (zooplancton, benthos, poissons). Malgré des concentrations en métaux dissous et particulaires plus faibles que dans les grands estuaires européens subissant une pression anthropique importante (Seine, Gironde), les niveaux de contamination mesurés dans les différents compartiments biotiques semblent globalement équivalents. Les évènements brefs (crue hivernale, efflorescence phytoplanctonique printanière) altèrent toutefois fortement ce schéma général en modifiant les sources primaires de matière organique disponibles et les concentrations métalliques particulaires (Cd notamment).

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Leloup, Julie. „Etude de la communauté microbienne sulfato-réductrice (portant le gène dsrAB) dans les vasières de l'estuaire de Seine“. Rouen, 2004. http://www.theses.fr/2004ROUES015.

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Dans les vasières de l'estuaire de Seine (France), les microorganismes sulfato-réducteurs (portant le gène dsrAB) jouent un rôle primordial dans les cycles biogéochimiques du soufre et du carbone, mais également dans la spéciation des métaux lourds. Ces microorganismes constituant un groupe polyphylétique, nous avons choisi un gène fonctionnel comme marqueur moléculaire : le gène dsrAB, codant l'enzyme clé de la respiration du sulfate. Nous avons développé un outil de biologie moléculaire, la PCR compétitive, pour la quantification de ce gène dans les sédiments de l'estuaire de Seine. Ainsi, nous avons étudié la distribution et la dynamique annuelle des MSR, couplées au taux de sulfato-réduction (TSR), dans deux vasières marine et d'eau douce de l'estuaire de Seine. Les maxima d'abondance des MSR et du TSR se localisent dans les quinze premiers centimètres des sédiments, tout au long de l'année. La dynamique des MSR suit une évolution saisonnière avec une prédominance pour les mois d'été, et la température, l'apport en carbone organique dissout, ainsi que les processus sédimentaires, ont été identifiés comme des paramètres forçants. Une analyse phylogénétique des séquences dsrAB présentes dans les sédiments marins et d'eau douce, montre que la diversité des séquences varient selon le site, en relation avec les caractéristiques chimiques du sédiment, comme la salinité et la concentration en sulfate
In the mudflats of the Seine estuary (France), sulfate-reducing microorganisms (SRM) play an important role in the sulfur and carbon cycles, but also in metal cycles. As these microorganisms constitute a polyphyletic group, we have chosen a functional gene as a molecular marker: the dsrAB genes that encode for the key enzyme of sulfate respiration. A molecular tool, the competitive PCR, was developed for the quantification of the dsrAB genes in the Seine estuary sediments. Thus, the annual distribution and dynamic of SRM, coupled to the sulfate reduction rate (SRR), were investigated in both marine and freshwater mudflats. The maximum abundance of the dsrAB genes and SRR, were located in the first fifteen centimetres of the sediment, throughout the year. The dynamic of the SRM shows a seasonal evolution with a predominance of the activity during the early summer, the temperature, organic matter supply, but also the sedimentary process, were identified as important factors. A phylogenetic study of the dsrAB genes retrieved from both the marine and freshwater sediments, shows that the diversity of the sequences in the both sites was different, and could be related with the chemical characteristics of the sediments, such as the salinity and the sulfate concentration

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Mondy, Cédric. „De la communauté à l'individu : apport des traits des invertébrés benthiques dans la bio-évaluation des cours d'eau“. Thesis, Université de Lorraine, 2012. http://www.theses.fr/2012LORR0221/document.

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Dans le contexte d'un environnement soumis à des pressions humaines de plus en plus importantes, l'évaluation de la qualité écologique des milieux naturels est devenue un enjeu scientifique, politique et sociétal majeur. Au début des années 2000, les méthodes de bio-évaluation existantes se sont révélées insuffisantes au regard des exigences affichées par la Directive Européenne Cadre sur l'Eau de maintenir ou recouvrer le bon état écologique pour les masses d'eau continentales. En parallèle de cette prise de conscience politique de la nécessité d'une amélioration des méthodes de bio-évaluation, un certain nombre d'auteurs ont plaidé pour une prise en compte explicite des caractéristiques biologiques et écologiques des espèces (i.e. leurs « traits ») de façon à mieux comprendre les processus de mise-en-place et d'organisation des communautés en relation avec les caractéristiques de leur habitat. Le but principal de ce travail de thèse a été d'étudier comment les approches « traits », à plusieurs échelles d'organisation biologique, peuvent permettre d'améliorer la bio-évaluation des cours d'eau Français. Pour cela, nous avons étudié dans un premier temps l'application sur les communautés benthiques de l'approche « traits bio-écologiques potentiels » pour l'évaluation (i) de la qualité écologique, (ii) des risques d'altération et (iii) du degré d'homogénéisation fonctionnelle des cours d'eaux. Ensuite, nous avons exploré le potentiel de nouveaux traits (i.e. isotopiques, stoechiométriques et protéomiques) pour la caractérisation des réponses biologiques des invertébrés benthiques soumis à des pressions anthropiques 'simples' (i.e. acidification et contamination organique). Nos résultats ont démontré que les traits bio-écologiques potentiels permettaient d'améliorer de manière significative l'évaluation du statut écologique des cours d'eaux et des pressions anthropiques qu'ils subissent, à large échelle spatiale (e.g. sur les réseaux nationaux de suivi de la qualité de l'eau). Les analyses isotopique et stoechiométrique ont permis également, sur des problématiques plus locales, de relier des informations sur des traits biologiques (régime alimentaire et développement) aux transferts de nutriments et de matière organique réalisés par les communautés benthiques au sein des systèmes lotiques. Enfin, l'analyse protéomique réalisée le long d'un gradient d'acidification ouvre des perspectives intéressantes pour la mise en place d'un « système expert » précoce des effets d'une détérioration de la qualité de l'eau sur les invertébrés benthiques
In a global change context, ecosystems are subjected to more and more severe human pressures. In this context, optimizing the biomonitoring of natural ecosystems has become a major scientific, political and societal issue. In the early 2000th, most of the freshwater bioassessment methods did not succeed in fulfilling the requirements of the European Water Framework Directive, for efficiently evaluating the ecological status of rivers with the main objective to maintain or to reach the good ecological status for all the water bodies. In the same time, a major advance in community ecology was the explicit consideration of the biological and ecological attributes of species (i.e. their ?traits?) to better explain the role of habitat characteristics in community assembly. The main goal of this PhD work was to establish how trait-based approaches, at different biological scales, could enhance the bioassessment of French streams. We have first focused on the utilization of potential bio-ecological traits of macrobenthic communities for (i) evaluating the ecological quality of rivers, (ii) assessing the risk of significant alteration of benthic assemblages by specific pressure categories and (iii) appraising the human pressure-drived functional homogenization process in benthic communities. We examined the potential of new traits (derived from stable isotopy, stoichiometry and proteomics) for depicting the benthic invertebrate responses to 'simple' anthropogenic pressures (i.e. acidification and organic contamination). We have demonstrated that using potential bio-ecological traits efficiently enhances the ecological monitoring of wadeable rivers, at large spatial scale (e.g. on National survey networks). The stable isotope and stoichiometry analyses, when applied at reach scale, have allowed to link biological traits (i.e. diet and development) to ecological functions provided by macrobenthic communities, such as nutriment and organic matter flows in rivers. Finally, the proteomic analysis, performed along an acidification gradient, has brought out very interesting perspectives for the development of an integrative ?expert system? that early detects the biological effects of water quality alteration on benthic invertebrate assemblages

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Giloteaux, Ludovic. „Dynamique de la communauté microbienne sulfato-réductrice d'un drainage minier acide riche an arsenic : (Carnoulès, France)“. Pau, 2009. http://www.theses.fr/2009PAUU3027.

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Le phénomène de Drainage Minier Acide (DMA) se produit lorsque des minéraux sulfurés sont exposés à l’air et à l’eau. Ils vont être oxydés entraînant l’acidification des eaux, le relargage de sulfates et la lixiviation de métaux/métalloïdes associés. La production biologique d’H2S par les bactéries sulfato-réductrices (BSR) et la coprécipitation de métaux/métalloïdes sous forme de sulfures métalliques étant des solutions envisagées dans les systèmes de bioréhabilitation, il s’agit de mieux comprendre le rôle des BSR dans le fonctionnement des DMA. Ce travail de recherche visait à étudier la diversité des BSR au sein du DMA de la mine de Carnoulès, contaminée en arsenic, de caractériser leur dynamique spatio-temporelle et de comprendre leur rôle dans les biotransformations de l’arsenic. La mise au point d’une méthode de PCR nichée des gènes codant pour la sulfite-réductase dissimilatrice (dsrAB) a permis la détection des BSR au sein de cet environnement. L’outil développé a servi à étudier la dynamique de la communauté le long du DMA en combinant des approches moléculaires et de corréler leur distribution en fonction des variations physico-chimiques de l’écosystème. L’ensemble de ces travaux a notamment permis de mettre en évidence l’influence du pH, du fer et des formes de l’arsenic sur la dynamique des BSR. Une approche culturale a permis d’établir leur rôle potentiel dans la mobilisation des contaminants. Ainsi, une souche appartenant à une espèce non décrite auparavant a été isolée. La capacité de la souche isolée à croître à des conditions acides et à des concentrations élevées en arsenic ont permis de mieux comprendre le rôle des BSR dans les environnements miniers
Identified as one of the major problems of the world mining industry, Acid Mine Drainage (AMD) occurs when sulfur containing minerals are exposed to air and water by the process of mining extraction. Their oxidization leads to the acidification of waters, releasing of high quantities of sulfates and leaching of associated metals/metalloids such as arsenic. Because sulfate-reducing bacteria (SRB) are able to produce H2S, it is of growing interest in bioremediation systems since metals/metalloids coprecipitate in the form of metallic sulfides. It seems essential to understand the role of the SRB in the AMD functioning. This research work aimed at study the diversity of SRB in the AMD of the former Carnoulès AMD contaminated by arsenic, to characterize their spatio-temporal dynamics and to better understand their role in the bioprocessings of arsenic. The development of a nested PCR method on the dissimilatory sulfite-reductase encoding genes (dsrAB) allowed detecting SRB within this environment. This developed tool, served for studying the dynamics of the community along the AMD by combining molecular approaches and to correlate the SRB distribution according to the physico-chemical variations prevailing in the ecosystem. All these works highlighted the influence of pH, iron and arsenic forms on the SRB dynamics. Afterward, a complementary cultivation approach has been applied to study the SRB mobilization of contaminants. A new SRB strain has been isolated from Carnoulès sediments, representing a new species. The capacity of the strain to grow in acid conditions and at high arsenic concentrations allowed to better understanding the role of the SRB in mining environments

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Sanguin, Hervé. „Développement et validation d'une puce à ADN taxonomique 16S pour la caractérisation et le suivi de la communauté bactérienne rhizosphérique“. Lyon 1, 2006. http://www.theses.fr/2006LYO10027.

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La rhizosphère est un habitat microbien complexe, où les exsudats racinaires (rhizodépots) favorisent une intense activité microbienne. La communauté bactérienne joue un rôle majeur dans le fonctionnement biologique de la rhizosphère, mais sa caractérisation est encore très incomplète, limitée par la puissance des méthodes d’étude actuelles. L’objectif de cette thèse était de développer une puce à ADN taxonomique (600 sondes) ciblant l’ADNr 16S pour la caractérisation et le suivi de la communauté bactérienne, particulièrement rhizosphérique. Des protocoles de définition de sondes spécifiques ont été développés et le seuil de sensibilité de l’outil a été déterminé. La puce à ADN a été validée expérimentalement avec une cinquantaine de souches pures et par clonage séquençage. Elle a été utilisée pour étudier les bactéries associées à deux monocultures de graminée (maïs et blé). Un effet rhizosphère a été montré chez le maïs, avec une prédominance d’Agrobacterium dans la rhizosphère et des Acidobacteria, Bacteroidetes, Verrucomicrobia et particulièrement les Planctomycetes dans le sol environnant. L’outil a aussi permis de mettre en évidence une variabilité inter-plante. Dans le cas du blé, la monoculture conduit à un déclin de la maladie du piétin-échaudage du blé. Il s’est accompagné de changements de structure de la communauté bactérienne, confirmant la présence de Pseudomonas antagonistes producteurs d’antibiotiques et révélant des groupes bactériens appartenant aux Alphaproteobacteria, Betaproteobacteria, Planctomycetes, Acidobacteria, Chloroflexi et Firmicutes. Ces travaux ont démontré l’aptitude de cette puce à ADN haut débit à caractériser et différencier des communautés bactériennes rhizosphériques, préalable à une meilleure compréhension des relations entre communauté bactérienne et statut biologique du sol
The rhizosphere is a complex microbial habitat, where root exudates (rhizodeposits) lead to intense microbial activity. The bacterial community plays an important role in the biological functioning of rhizosphere, but its description remains incomplete with current analysis methods. The objective of this work was the development of a 16S rDNA-based taxonomic microarray (600 probes) for characterizing and monitoring the bacterial community, especially in the rhizosphere. Protocols were developed for the design of probes and the sensitivity of the tool was determined. The microarray was validated experimentally using about 50 strains and by comparison with cloning sequencing. It was used to assess bacteria colonizing monoculture maize and wheat. In the case of maize, a rhizosphere effect was shown, with the predominance of Agrobacterium in rhizosphere and Acidobacteria, Bacteroidetes, Verrucomicrobia and especially Planctomycetes in bulk soil. Inter-plant variability was also evidenced. In the case of wheat, crop monoculture leads to the decline of take-all disease. This is paralleled by modifications of bacterial community structure, confirming the presence of antibitiotic-producing antagonistic Pseudomonas and evidencing bacterial groups belonging to Alphaproteobacteria, Betaproteobacteria, Planctomycetes, Acidobacteria, Chloroflexi and Firmicutes. This work demonstrates the microarray potential for characterizing and discriminating between rhizosphere bacterial communities, a prerequisite for a better understanding of the relationships between bacterial community and soil biological status

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Darnis, Gérald. „Structure de la communauté de zooplancton du plateau du MacKenzie (mer de Beaufort)“. Thesis, Université Laval, 2007. http://www.theses.ulaval.ca/2007/24258/24258.pdf.

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L’objectif de mon étude était de décrire à l’aide d’analyses multivariables et d’espèces indicatrices la biogéographie automnale du zooplancton du sud-est de la Mer de Beaufort en 2002. Une communauté néritique, caractérisée par un régime herbivore et le taxon dominant Pseudocalanus spp., occupait le plateau du Mackenzie et la baie de Franklin. Deux communautés océaniques, représentées principalement par des omnivores et des carnivores, étaient localisées dans la polynie du Golfe d’Amundsen et sur le talus continental, respectivement. L’assemblage de la polynie présentait la biomasse la plus élevée et Calanus hyperboreus, Metridia longa, Oithona similis et Oncaea borealis en constituaient les espèces dominantes et indicatrices. Cette répartition des assemblages était influencée essentiellement par la topographie et la dynamique du couvert de glace au cours de la saison de production biologique. Ainsi, il est prédit qu’une réduction de la banquise, telle qu’anticipée dans le présent contexte de réchauffement climatique, affectera les patrons de distribution du zooplancton, un élément clé de l’écosystème marin de cette région arctique.
The objective of my study was to describe the biogeography of the zooplankton in the southeastern Beaufort Sea in the fall 2002 by means of multivariate and indicator species analysis. A neritic community characterized by herbivory and the dominant taxon Pseudocalanus spp., occurred on the Mackenzie shelf and in Franklin Bay. Two oceanic communities, in which omnivore and carnivore feeding modes dominated, were located in the Amundsen Gulf Polynya and over the continental slope respectively. The polynya assemblage displayed the highest biomass with the dominant species Calanus hyperboreus, Metridia longa, Oithona similis, and Oncaea borealis as indicator species. This repartition of zooplankton assemblages was influenced mostly by the topography and the ice cover dynamic during the season of high biological production. Hence, it is predicted that a reduction in ice cover, as anticipated in the present context of global warming, will alter the distribution patterns of zooplankton, a key element of the marine ecosystem in the Arctic.

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Morin, Bernard. „Description et distribution de la communauté de poissons à Wemindji, Baie de James, et écologie de la morue du Groenland (Gadus ogac)“. Thesis, McGill University, 1990. http://digitool.Library.McGill.CA:80/R/?func=dbin-jump-full&object_id=60425.

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The coastal fish community of Wemindji, eastern James Bay, was studied to describe seasonal utilization of the Maquatua River estuary and the adjacent coastal waters by marine and anadromous fishes. During summer, the estuarine fishes are numerically dominated by the fourhorn sculpin (Myoxocephalus quadricornis) and the slender eelblenny (Lumpenus fabricii), and also by juvenile cisco (Coregonus artedii) and whitefish (C. clupeaformis). In coastal waters, three marine species are abundant: the shorthorn sculpin (M. scorpius), the arctic sculpin (M. scorpioides) and the Greenland cod (Gadus ogac).
Greenland cod were studied in the same period. During the summer, they principally occupied shallow coastal waters, characterized by a belt of eelgrass (Zostera marina). In winter, more cod were found in the estuary. This movement corresponds to sexual maturity; spawning occurs in April to June. Greenland cod life history variables differ from those of most arctic benthic fishes: they show rapid growth, high fecundity, low age at first maturity and high mortality.

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Auger, Sébastien. „L'importance de la variabilité interspécifique des traits fonctionnels par rapport à la variabillité intraspécifique chez les jeunes arbres en forêt mature“. Mémoire, Université de Sherbrooke, 2011. http://savoirs.usherbrooke.ca/handle/11143/4937.

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L'approche par traits fonctionnels pour étudier les communautés végétales est de plus en plus populaire en comparaison avec l'approche taxonomique. Il devient alors important de vérifier les suppositions de base de cette approche par traits. Le but de cette étude était d'évaluer la justesse d'une de ces suppositions, soit que la variabilité entre les espèces est relativement plus importante que la variabilité à l'intérieur des espèces. En effet, pour faire le lien entre des traits qui sont mesurés au niveau des individus et des communautés végétales, nous devons utiliser les traits agrégés, qui sont une moyenne d'un trait pondérée en fonction des espèces présentes dans la communauté. Pour tester la supposition de base des traits agrégés dans un cas de borne critique inférieure de celle-ci, nous avons choisi un cadre d'étude avec de faibles gradients environnementaux, peu d'espèces d'arbres et plusieurs traits fonctionnels. Notre étude a été faite chez des jeunes arbres en forêt mature, pour réduire au maximum la variabilité interspécifique. Si la variabilité interspécifique est encore relativement la plus grande, alors la supposition de base des traits agrégés sera renforcée. Pour ce faire, nous avons vérifié l'importance relative des variabilités temporelle, environnementale, interspécifique, intraspécifique et intra-individuelle par décomposition de la variance, pour 15 traits fonctionnels. Pour la majorité des traits, la variabilité interspécifique occupe une place relativement plus importante que les autres niveaux de variabilité. Cependant, pour certains traits, les variabilités intraspécifique et environnementale ne sont pas totalement négligeables. Ainsi, dans les cas où les traits utilisés sont peu plastiques au niveau environnemental, où il y a beaucoup d'espèces, et de forts gradients environnementaux, l'utilisation des traits agrégés au niveau des communautés est raisonnable, car la variabilité interspécifique sera probablement assez grande. Par contre, dans les cas où les traits sont très plastiques, où il y a peu d'espèces, il vaut peut-être mieux calculer des traits agrégés pour chaque site, ne sachant si les variabilités intraspécifique et environnementale sont vraiment négligeables.

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Michel, Nadia. „AGRICULTURE ET BIODIVERSITÉ : APPROCHE PLURI-ÉCHELLE DE L'ÉVOLUTION D'UNE COMMUNAUTÉ DE PETITS MAMMIFÈRES ET DE DEUX RAPACES PRÉDATEURS LE LONG D'UN GRADIENT DE PAYSAGES AGRICOLES CONTRASTÉS“. Phd thesis, Université Rennes 1, 2006. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00097063.

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composition des paysages agricoles, sous l'effet de changements dans les politiques et les méthodes de production de l'agriculture (mécanisation accrue, expansion des zones cultivées au détriment des habitats semi-naturels, augmentation de l'utilisation des intrants chimiques...). Face à tous ces changements liés à l'agriculture moderne, la question se pose de l'impact de l'intensification agricole sur la biodiversité.
Dans cette optique, nous nous sommes intéressés à une communauté de petits mammifères (rongeurs et insectivores < 40g) des haies dans trois paysages agricoles bretons contrastés du point de vue de l'intensité de l'usage des terres et de la densité des réseaux de haies, le long d'un gradient d'intensification de l'agriculture. Quatre axes principaux sont identifiés : (1) caractériser la structure et la composition de la communauté dans les trois paysages, (2) déterminer (dans une approche multi-échelle quelles sont les variables environnementales qui peuvent expliquer les
différences dans les assemblages d'espèces entre les haies, (3) caractériser les variations saisonnières de la communauté et des populations qui la composent en réponse à la dynamique des paysages. (4) Nous nous sommes aussi intéressés à un niveau trophique supérieur en comparant les abondances de deux espèces de prédateurs des petits mammifères, la buse variable (Buteo buteo) et la faucon crécerelle (Falco tinnunculus) en réponse à la composition des paysages et à la
disponibilité en proies.
Les résultats soulignent l'importance de développer des approches qui intègrent plusieurs niveaux d'organisation et plusieurs échelles d'analyse. La diversité, l'abondance, la composition, la biomasse et les amplitudes saisonnières de fluctuation de la communauté, ainsi que l'abondance des deux espèces de rapaces sont différentes entre les trois sites, montrant un effet de
l'intensification de l'agriculture sur les différents taxons étudiés. Le paysage, mais également les caractéristiques de l'habitat sont impliqués dans la structuration des assemblages d'espèces.
Ces résultats permettent d'envisager des modes de gestion et d'aménagement pour la conservation de la biodiversité dans les paysages agricoles.

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Lehours, Anne-Catherine. „La communauté procaryotique dans les zones anoxiques de deux écosystèmes lacustres : structure et diversitéEtude plus particulière de son rôle fonctionnel dans le monimolimnion d'un lac méromictique (lac Pavin)“. Phd thesis, Clermont-Ferrand 2, 2006. https://theses.hal.science/docs/00/70/33/27/PDF/2006CLF21685.pdf.

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Les études présentées dans ce manuscrit traitent de la diversité et de l'écologie des communautés procaryotiques des zones anoxiques pélagiques de deux écosystèmes lacustres : le lac d'Aydat, typiquement eutrophe, qui présente en période de stratification thermique un hypolimnion anoxique ; et le lac Pavin, unique lac méromictique de France, exhibant une zone anoxique permanente. Ces travaux associent des approches d'écologie moléculaire (basées sur l'ARNr16S) et des approches culturales anaérobies visant à caractériser respectivement la diversté phylogénétique et métabolique des microorganismes de ces strates anoxiques. Les perspectives prévoient d'affiner la compréhension du rôle des microorganismes anaérobies des systèmes lacustres dans les cycles biogéochimiques et plus généralement du rôle de la biodiversité microbienne dans le fonctionnement global de ces écosystèmes

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Danet, Alain. „Interactions entre plantes dans un contexte de communauté : une approche expérimentale en Espagne et en Bolivie“. Thesis, Montpellier, 2017. http://www.theses.fr/2017MONTT160/document.

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Les interactions entre organismes ont des conséquences majeures sur la composition des communautés et le fonctionnement des écosystèmes. En écologie l'étude des interactions négatives, telles que la prédation et la compétition, a largement dominé la littérature. Des travaux récents ont souligné l’importance des interactions positives dans la nature, telles que la facilitation, mais ces interactions restent malgré tout peu intégrées dans les théories contemporaines en écologie. Cette thèse s’inscrit dans cette démarche et aborde deux questions centrales : (i) Comment la facilitation indirecte (via la protection contre le pâturage) affecte-t-elle la structure fonctionnelle (caractéristiques des distributions de traits) des communautés de plantes ? (ii) L'effet net des interactions facilitatrice-bénéficiaire identifiées à l’échelle d’une paire d’espèces restent-elles valides en présence d’une communauté entière d'espèces bénéficiaires potentielles ? Deux expérimentations in situ dans des environnements contrastés ont été mises en place : l’exclusion du pâturage dans des tourbières tropicales alpines et une transplantation de communautés de plantules sous des plantes adultes en milieu méditerranéen semi-aride. Nous avons montré que la facilitation indirecte affectait les caractéristiques du filtre environnemental, la dominance des espèces et la différenciation de niche au sein de la communauté. Nos travaux suggèrent également que la composition des communautés de plantules modifie les interactions adultes-plantules, remettant ainsi en cause la possibilité d’extrapolation des résultats entre paires d'individus à l’échelle de la communauté
Interactions between organisms are key drivers of community composition and ecosystem functioning. Ecology has a long history of studies on negative interactions, such as predation and competition. Recent studies have highlighted the importance of positive interactions, such as facilitation in nature. The integration of these interactions into modern ecological theory has nonetheless lagged behind. This thesis aims at contributing to this research effort and addresses two core questions : (i) How does indirect facilitation (through protection against grazing) affect the functional structure (characteristics of trait distributions) of plant communities? (ii) Does the net effect of the interactions between a species pair (benefactor-beneficiary) remain valid in the presence of several beneficiary species at community level? We set up two insitu experiments in contrasted environments: a grazing exclusion experiment in tropical alpine peatlands and a transplantation experiment of sapling communities beneath adult plants in a mediterranean environment. Our results showed that indirect facilitation affects the characteristics of the environmental filter, species dominance and niche differentiation in the community. Our results also suggested that the composition of sapling communities modifies adult-sapling interactions, thereby questioning the possibility of extrapolating results from pairs of individuals to the community scale

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Massé, Valérie. „Recul de la lande à lichens de l'île Nue : déterminants et impacts sur la communauté végétale“. Master's thesis, Université Laval, 2016. http://hdl.handle.net/20.500.11794/27299.

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Les peuplements lichéniques sont très sensibles aux perturbations et au développement d’un couvert végétal vasculaire, étant incapables de rivaliser pour l’accès à la lumière et aux nutriments du sol. Cette étude s’intéresse à l’évolution de la lande à lichens de l’île Nue dans la Réserve de Parc National du Canada de l’Archipel-de-Mingan, soit dans un contexte insulaire méridional et en présence de perturbations par les goélands argentés. L’analyse de photographies aériennes a permis de mesurer un recul de 85,5 % de la superficie occupée par le lichen de 1967 à 2009. Les espèces responsables de ce recul sont principalement des arbustes (~63 %, Rhododendron groenlandicum et Empetrum nigrum) et des herbacées (~35 %, Rubus idaeus et Chamerion angustifolium). Ce recul de la lande à lichens ne semble pas associé aux récents changements climatiques puisqu'il était plus important entre 1967-1988 qu'entre 1988-2009, soit avant qu’un léger réchauffement soit observé dans la région. De plus, le faible couvert lichénique mesuré autour des sites perturbés par les goélands indique que les perturbations sont probablement survenues après le remplacement du lichen par des espèces vasculaires, ce qui suggère que ces perturbations ne sont pas responsables du recul observé. Les perturbations par les goélands semblent toutefois favoriser le développement d’un couvert herbacé. Outre la perte au niveau des espèces lichéniques, aucun effet négatif du développement d'un couvert végétal vasculaire sur la diversité, la richesse spécifique et l’abondance des groupes fonctionnels n'a été observé. Nos résultats ne permettent donc pas de déterminer la cause du recul de la lande à lichens. Un changement des conditions édaphiques, suite à l’accumulation de matière organique depuis l’émergence des îles, et la dégradation progressive du pergélisol pourraient être responsable du changement de végétation observé, bien que des études soient nécessaires pour vérifier ces hypothèses.
Because they are unable to compete for light and soil nutrients, lichens are sensitive to disturbance and to the development of a vascular plant cover. As such, the objective of this study was to better understand changes in the dynamics of lichen barrens found on île Nue in the Mingan Archipelago National Park Reserve of Canada, where recent increase in vascular plant cover was observed. Specifically, we aimed to evaluate the role of recent climate warming and herring gull disturbance on the lichen barrens’ recession on this island. Aerial photo analysis showed that the area occupied by lichen barrens declined by 85.5 % from 1967 to 2009, and that it was associated with an advance of vascular plants. The vascular plant species involved in this phenomenon were mainly shrubs (~63 %, Rhododendron groenlandicum and Empetrum nigrum) and herbaceous species (~35 %, Rubus idaeus and Chamerion angustifolium). This decline of the lichen barrens does not seem to be associated with recent climate change as it occurred mainly between 1967 and 1988, a period during which temperatures were relatively stable. Furthermore, the low lichen cover measured around sites disturbed by herring gulls indicates that the disturbances probably occurred after the lichen was replaced by vascular plants, which suggests that these disturbances were not responsible for the observed decline. However, herring gull disturbances seem to favour the development of an herbaceous cover. Besides the loss of lichen species, no negative effects of a vascular plant cover development was observed on the diversity, species richness nor abundance of functional groups. Our results do not allow us to identify the cause of the lichen narrends retreat. A change in soil condition caused by oraganic mater accumulation after the island emergence and permafrost degradation could be implicated, but still need to be investigate.

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Muru, David. „Solution miracle ou coup dans l’eau ? Potentiel et limites de l’utilisation des programmes de lutte biologique en écologie expérimentale“. Electronic Thesis or Diss., Université Côte d'Azur, 2021. http://www.theses.fr/2021COAZ6008.

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La lutte biologique (ou biocontrôle) est l’utilisation d’organismes vivants pour lutter contre les populations de ravageurs des cultures en réduisant leur densité et les dommages qu’ils causent. L’auxiliaire de lutte biologique peut interagir, directement ou indirectement avec d’autres organismes en plus du ravageur ciblé et inversement. Le suivi de ses populations, en plus du suivi d’autres variables écologiques, pourrait donc permettre de confirmer ou réfuter des théories écologiques ou découvrir de nouvelles interactions avec les facettes biotiques et abiotiques de l’écosystème. De plus, les aspects méthodologiques de la phase de suivi postlâcher et ceux de l’expérimentation en écologie partagent de fortes ressemblances. Dans ce travail, j’explore comment ces deux disciplines peuvent être conciliées et comment les données qui découlent de la lutte biologique peuvent être optimisées pour leur utilisation en écologie. J’utilise des données issues de programmes de lutte biologique pour traiter des questions en relation avec les dynamiques d’invasion, l’écologie des communautés et l’écologie du paysage. Dans le premier chapitre, je détaille les cas d’études utilisés : (i) l’introduction du parasitoïde Torymus sinensis contre la guêpe galligène Dryocosmus kuriphilus ; (ii) l’introduction de l’ectoparasitoïde Mastrus ridens contre le carpocapse de la pomme Cydia pomonella ; (iii) un inventaire des Trichogramma de France ayant pour objectif de caractériser les zones écologiques de chaque espèce ; (iv) la description des parasitoïdes oophages associés à Iphiclides podalirius à fine échelle temporelle. Le chapitre 2 est centré sur l’étude de la dispersion de T. sinensis à l’échelle de plusieurs zones productrices de châtaignes. Dans ce chapitre, j’utilise des données de suivi sur les sites de lâcher pour en faire un modèle de croissance des populations de T. sinensis et ainsi inférer les dates de colonisations de sites naturellement colonisés. Dans le chapitre 3, je recherche les impacts du succès du contrôle biologique de D. kuriphilus par T. sinensis sur la structure de la communauté de parasitoïdes natifs, récemment associée au ravageur. Le chapitre 4 est dédié aux cas d’études où la valorisation scientifique varie d’un échec complet (primo-introductions de M. ridens), la diffusion de connaissances naturalistes (suivi d’I. podalirius et des parasitoïdes oophages associés) en passant par l’identification de motifs écologiques à l’aide d’outils statistiques spécifiques (suivi des espèces de Trichogrammes à échelle nationale).Enfin, en compilant les connaissances disponibles dans la littérature et mon expérience sur le terrain, je discute ensuite du potentiel et des limites de l’utilisation de la lutte biologique en tant qu’expérimentation en écologie. Je conclue que bien que la lutte biologique fournisse un contexte écologique à l’expérimentation en permettant la manipulation de plusieurs facteurs, le contexte et les organismes impliqués ne peuvent pas être adaptés à n’importe quelle problématique écologique. Par exemple, le parallèle évident entre la biologie de l’invasion et la lutte biologique fait de ce dernier un fort atout pour étudier les procédés qui régissent lesuccès des invasions. Cependant, les facteurs comme les faibles seuils de détectabilité d’un auxiliaire de lutte biologique à faible densité (couplé à la sensibilité des méthodes de suivis) peuvent faire de l’étude des dynamiques et interactions lors des stades précoces de l’invasion, une entreprise périlleuse
Biological control (or biocontrol) is the use of living organisms to suppress the population density or impact of a specific pest organism, making it less abundant or less damaging than it would otherwise be. The biological control agent may directly or indirectly interact with more than just the target pest and vice versa. Therefore, monitoring its populations, in conjunction toother ecological factors, may allow to confirm or discard ecology theories or unveil brand new interactions with both abiotic and biotic facets of the recipient ecosystem. Moreover, the methodological aspects of the post release monitoring phase and those of ecological experimentations sometimes do share similarities. In this work I explore how both disciplines are reconciled and how the resulting data from biocontrol could be optimized for its use in ecology.I use data from biological control programs to address questions related to invasion dynamics, community ecology and landscape ecology.In chapter 1, I detail the case studies: (i) the introduction of the parasitoid Torymus sinensis (Hymenoptera: Torymidae) against the Asian chestnut gall wasp Dryocosmus kuriphilus (Hymenoptera: Cynipidae) ; (ii) the introduction of the ectoparasitoid Mastrus ridens (Hymenoptera: Ichneumonidae) against the codling moth Cydia pomonella (Lepidoptera: Tortricidae) ; (iii) a nation-wide survey of Trichogramma species in France in order to characterize the ecological ranges of each species; (iv) the description of egg parasitoid species associated with Iphiclides podalirius (Lepidoptera: Papilionidae) at a fine temporal scale.Chapter 2 is focused on understanding the dispersal of T. sinensis at the scale of several chestnut producing areas. In this chapter, I use monitoring data from release sites to fit a growth model for populations of T. sinensis in order to infer the time since colonization in naturally colonized sites. In chapter 3 I investigate the impacts of the successful control of D. kuriphilus by T.sinensis on the structure of native parasitoid community that recently became associated with the pest. Chapter 4 is focused on cases where scientific valorization ranges from a complete failure (primo-introduction of M. ridens), the diffusion of naturalist knowledge (survey of I. podalirius and related oophagous parasitoids) and/or the identification of some patterns using specific statistics (national survey of Trichogramma species).Finally, by compiling knowledge from the extensive literature on biological control and field experience I then discuss on the potentials and limits of biological control programs for experimental ecology. I conclude that although biological control gives an ecological context to experimentation by allowing to manipulate a wide variety of factors, the context and the organisms at play may not be compatible with any ecological issue. For example, the obvious parallel between classical biological control and invasion biology makes the former extremely useful to study ecological processes that drive the success of invasions. This in turn could yield knowledge that may have implication in other disciplines such as the preservation of endangered species. However, factors like the low detectability of a biological control agent at low densities (coupled with varying sensibility of monitoring methods) may render the study of early stages dynamics and interactions too much of a daunting endeavor

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Fily, Marc. „Succession post-culturale et pression de pâturage dans les Pyrénées centrales : étude à l'échelle de l'écosystème, de la communauté et d'une population de Dactylis glomerata L. prise comme modèle“. Toulouse 3, 1990. http://www.theses.fr/1990TOU30132.

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Deux trajectoires de dynamique de la vegetation post-culturale sont etudiees dans la vallee d'oo (pyrenees centrales, altitude: 1000 m). Elles different par l'intensite du paturage qui s'y exerce depuis 3, 30 et 80 ans. Apres une revue bibliographique concernant les successions vegetales, le modele d'evolution de la vegetation qui sert de base a l'echantillonnage est presente; sa valeur comme outils de diagnostic et de prevision est illustree sur des donnees botaniques exterieures a la vallee. A l'echelle de l'ecosysteme, l'importance de la structure spatiale des couverts et la grande vitesse de recuperation de l'activite photosynthetique apres defoliation sont les principaux resultats des etudes de photosynthese apparente in situ et en milieu controle. Au niveau d'organisation communautaire: a) une analyse des relations de voisinage interspecifique montre, d'une part, une complementarite entre les legumineuses et les graminees du point de vue social et, d'autre part, une plus grande intrication des especes lors du vieillissement des peuplements; b) l'etude des variations saisonnieres et annuelles de la vegetation sur 3 ans revele une coherence entre dynamique notee sur 3 ans et sur 80 ans ainsi que l'effet stabilisateur du paturage sur la composition botanique; c) l'enregistrement de 3 performances des especes durant un an montre que biomasse et recouvrement traduisent le mieux le lien entre les pratiques agricoles et la vegetation. Bien que certains genotypes de dactylis glomerata l. Resistent mieux a la defoliation que d'autres, une etude morphometrique, a l'echelle populationnelle, ne fait pas apparaitre de differenciation au cours de la succession. De l'etude du polymorphisme enzymatique on retiendra: a) la tres grande diversite genetique en tout point de la succession; b) l'effet de fondation qui caracterise les jeunes populations; c) un deficit en heterozygotes

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Casquet, Julianne. „Hasard, déterminisme et édification des communautés écologiques insulaires : le cas des araignées d'Hawaï et des îles de l'océan indien“. Toulouse 3, 2012. http://thesesups.ups-tlse.fr/1977/.

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Cette thèse se place dans le cadre théorique de l'édification des communautés écologiques, un phénomène complexe pouvant s'étudier à de nombreuses échelles et influencé par des facteurs variés. Dans le chapitre 1, je présente l'hypothèse d'une relation entre la dynamique de colonisation et les règles d'assemblage des communautés. Dans le chapitre 2, je propose que les facteurs intrinsèques et géographiques jouent sur l'édification d'une communauté écologique en influant sur les flux d'individus entre la source de colonisateurs et l'endroit où elle s'assemble. Dans le chapitre 3, j'étudie l'influence du contexte régional, géographique et écologique sur les différentes composantes des communautés locales, ces composantes n'étant pas toutes influencées par les mêmes facteurs régionaux. Dans le chapitre 4, je me concentre sur un cas d'étude qui nous met en garde sur l'interprétation de patrons de diversification locale apparente sans prise en compte de la biologie des individus ; je propose aussi que certains facteurs intrinsèques aux lignées puissent empêcher une diversification in situ malgré un contexte écologique potentiellement favorable. L'édification des communautés écologiques est le résultat de nombreux processus agissant dans des paysages qui sont l'expression de contingences historiques et géographiques, ce qui explique en partie pourquoi les questions d'édification des communautés sont parmi des plus débattues de l'écologie scientifique. Seul un examen prudent d'un ensemble de données morphologiques, génétiques, écologiques et comportementales pourra permettre de déterminer dans quel contexte les théories classiques des communautés écologiques seront valables
This thesis belongs to the ecological community edification framework, which is a complex phenomenon that can be studied at various scales and is influenced by numerous factors. After proposing the hypothesis of a link between the colonization dynamics and the assembly rules of a community (chapter 1), I highlight the role of these factors in the ecological community edification. In the chapter 2, I propose that intrinsic and geographical factors can impact on ecological community edification through the persistence of individual flow between the immigration source and the place where the community is built-up. In the chapter 3, I show how the regional, geographical and ecological context could impact on various components of local communities; I also highlight the fact that not all the regional factors impact on the same community components. In the chapter 4, I develop a case study that warns us against the interpretation of so-called local diversification patterns without taking into account the species biology; I also show how some intrinsic factors of some lineages could prevent an in situ diversification despite a potentially favorable ecological context. The edification of ecological communities is the product of numerous processes that acts on landscapes that are the expression of historical and geographical contingencies, which probably partly explains why the topic of community build-up and assembly is one of the most controversial of scientific ecology. Only a careful examination of a combination of morphological, genetic, ecological and behavioral data could allow us to identify in which context the classical theories of ecological communities are valid

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Guillou, Philippe. „La communauté salicole du bas-pays guérandais ou les interrelations entre l'homme et son environnement naturel“. Université Marc Bloch (Strasbourg) (1971-2008), 1997. http://www.theses.fr/1997STR20067.

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La saliculture, telle qu'elle est pratiquee dans la presqu'ile guerandaise (loire atlantique, france), presente une remarquable adaptation de l'homme a son environnement naturel. Profitant d'un substrat argileux naturel, impropre a l'agriculture, les paludiers (palus, udis, marais) ont su eriger pres de 2000 hectares de marais salants. Un ingenieux systeme de canaux permet l'alimentation reguliere du marais en eau de mer. A chaque grande maree, la mer vient ainsi remplir les vasieres qui constituent le premier bassin de toute saline. Cette reserve d'eau garantit l'alimentation continue de l'exploitation pour 15 jours. Puis l'eau, de plus en plus concentree, traverse plusieurs surfaces d'evaporation avant de parvenir dans les bassins de recolte ou le sel cristallise enfin. Cette magnifique adaptation de l'homme a son environnement s'exprime egalement, outre l'activite economique, a travers d'autres aspects culturels et notamment l'habitat, le mobilier et le costume traditionnels. Pour ces trois exemples, l'usage exclusifs de materiaux disponibles localement met en evidence le souci constant des paludiers de s'affranchir au maximum des dependances exterieures. Cet esprit quasi autarcique a ainsi donne naissance a une profonde identite communautaire, aux symboles culturels homogenes, dont la transmission est demeuree relativement stable jusqu'au debut du xxe siecle. Si ces symboles sont d'une part le fruit d'un syncretisme historique, ils sont egalement le resultat d'une observation de la nature. C'est la raison pour laquelle ces symboles ont trait a l'exploitation salicole, et particulierement aux conditions meteorologiques et astronomiques qui la rendent possible. Mes recherches consistaient des lors, a titre d'hypothese, de m'assurer de l'existence de tels symboles et, deuxiemement, de degager leurs differentes expressions a travers quelques exemples de l'artisanat paludier, du vocabulaire salicole, mais egalement de la microtoponymie du marais salant
The running of salt-marshes as it is executed in the peninsula of guerande (loire atlantique, france), presents a remarkable adaptation of mankind to nature. Benefiting from the presence of a natural clayey substratum, the paludiers (salt-makers) took advantage of this unsuitable soil for agriculture to shape nearly 2000 hectares (500 acres) of salt-marshes. Owing to an ingenious system of canals, the sea-water naturally enters salt-marshes according to tides. A spring tide enables salt-makers to feed the vasiere (slime-pond), that represents the basis of all salt-marshes. This water reserve guarantees the continuous feeding of the marsh for 15 days. Then the water, more and more concentrated, flows down slowly through several basins till the harvest ponds, where salt lastly cristallizes. Though revealed by their economic activity, the remarkable adaptation of manking to the environment can as well be expressed by various aspects of their culture, and notably by their housing, furniture and traditional costume. Regarding these three examples, the use of locally available materials shows the patent concern of the salt-makers community for freeing themselves from outside influences. In this nearly autarkic spirit, the development of the paludiere culture in guerande's area gave birth to a strong community identity, within which appear cultural symbols, relatively unvarying till the beginning of the 20th century. On the one hand, these symbols are the fruit of an historical syncretism, and on the other hand they are the result of an observation of nature. That is why these symbols are related to salt-making, and particularly to meteorological and astronomical conditions that ensure its everlastingness. My work hypothesis firstly consisted in making sure of the existence of such symbols, and secondly in finding their different expressions as much in salt-markers's handicrafts and vocabulary as in the salt-marsh microtoponymy

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Taschen, Elisa. „Interactions biotiques et biologie reproductive de la Truffe noire, Tuber melanosporum (Vittad.) : des truffières spontanées aux plantations“. Thesis, Montpellier, 2015. http://www.theses.fr/2015MONTS111/document.

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La Truffe noire (Tuber melanosporum Vittad.) est un champignon ectomycorhizien spontanément présent dans les groupements végétaux ouverts en cours de reforestation. Alors que ces milieux ont fortement régressé au XXème siècle dans la zone méditerranéenne, 80 % de la production actuelle provient de boisements artificiels où des arbres inoculés par la Truffe sont plantés. Malgré un grand corpus de connaissances empiriques, la production reste souvent aléatoire et les connaissances fondamentales d'écologie et de biologie de la Truffe restent fragmentaires. Dans ce travail, nous avons d'abord étudié la distribution de la diversité fongique ectomycorhizienne sur les différents hôtes présents dans les garrigues pré-forestières à Truffe. Nous avons ensuite testé les interactions entre la Truffe et les plantes endo- ou non-mycorhiziennes, qui se matérialisent par la création d'un brûlé, où la flore est localement affectée. Dans un troisième volet, nous avons cherché à mieux comprendre la diversité génétique des populations de Truffes, et plus spécifiquement l'appariement sexuel et la dispersion de cette espèce à vie végétative haploïde et à fructification hypogée. Par une approche comparative entre truffières plantées et spontanées, nous avons finalement évalué les modifications liées au processus de proto-domestication en cours. Ainsi, en combinant écologie des communautés, expériences en conditions contrôlées et génétique des populations, nous avons montré qu'en région méditerranéenne :1) La Truffe est présente de façon fugace dans des communautés ectomycorhiziennes riches, avec de nombreuses espèces multi-hôtes, mais où la Truffe montre une préférence d'hôte marquée pour le chêne vert (Q. ilex). 2) Certaines plantes endo- ou non-mycorhiziennes, dont l'effet positif sur la Truffe a empiriquement été observé par les trufficulteurs, favorisent le développement du mycélium de Truffe dans le sol, agissant indirectement sur les interactions plante-plante (chêne – plantes endomycorhiziennes). L'effet inhibiteur de la Truffe observé sur la germination des graines peut-être une des causes précoces du brûlé. Par ailleurs, la Truffe semble effectivement coloniser les racines de plantes herbacées non-ectomycorhiziennes.3) Les flux de gènes sont limités à l'échelle de la truffière, l'appariement sexuel réunit des individus proches génétiquement et physiquement, et bien que la Truffe soit probablement hermaphrodite, les parents paternels sont peu détectables, probablement de taille plus réduite que les parents maternels (formant la gléba). Les pratiques culturales pourraient entraîner un brassage génétique plus important en plantation, mais à l'échelle régionale, aucune différence de diversité génétique n'a été détectée entre populations spontanées et cultivées. Ce travail montre la richesse des interactions biotiques impliquant la Truffe et les diversités végétale et fongique des truffières artificielles et spontanées de la région méditerranéenne. Les résultats acquis contribuent à lever le voile sur sa biologie reproductive, et jalonnent le chemin pour des pratiques intégratrices de la diversité biologique des truffières, ainsi que pour le développement de futures expérimentations in situ. Mots clés : appariement sexuel, Arbutus unedo, Cistus albidus, domestication, écologie des communautés, forêts méditerranéennes, génétique des populations, isolement par la distance, ITS, microsatellites, mésocosmes, mycorhizes, pratiques empiriques, qPCR, Quercus coccifera, Quercus ilex, successions secondaires
The Black Truffle (Tuber melanosporum Vittad.) is an ectomycorrhizal fungus spontaneously growing in open woodlands before canopy closure. Such open landscapes drastically regressed during the last century in the Mediterranean regions, and nowadays 80% of the production comes from man-made plantations where the Truffle is inoculated. Despite a large corpus of local knowledge and empirical practices, the production remains largely sporadic and unpredictable, and our knowledge of the biology and ecology of the Truffle is still fragmentary. In this work, we first analyzed the distribution of the ectomycorrhizal fungal diversity among host plants co-existing in the shrub-dominated landscapes where Truffle naturally occurs. We then analyzed the interactions between the Truffle and endo- or non-mycorrhizal plants, as they typically occur in the so-called brûlés, zones with scarce vegetation. A third part aimed at better understanding the genetic diversity of Truffle populations, with special focus on fertilization and dispersal process of this fungus with haploid lifecycle and hypogeous fruiting. In a multi-scale approach combining community ecology, experimentation and population genetics, we found that in the Mediterranean region:1) The Truffle is transiently present in rich ectomycorrhizal communities, showing a significant host preference for Q. ilex, in assemblies made of numerous multi-host fungal species. 2) Some endo- or non-mycorrhizal plants species, that were supposed to provide beneficial effect on the Truffle, can be experimentally shown to stimulate the development of T. melanosporum mycelium in soil, and indirectly trigger plant-plant interactions (between oak and endomycorrhizal plants). The early brûlé symptoms could at least partially result from a Truffle's inhibitor effect on seed germination.3) At truffle ground scale, gene flow is limited, and mating occurs between genetically and physically close parents. Despite probable hermaphroditism of the Truffle, paternal parents are poorly detectable, certainly of smaller size than maternal ones (these forming nourishing tissue of the ascocarp). Cultural practices could favor genetic mixing/diversity at brûlé scale, but at the regional scale, no difference in genetic diversity was found between spontaneous and planted compartments.This work revealed the richness of biotic interactions involving the black Truffle and the plant as well as the fungal diversity in both artificial and spontaneous truffle-ground of the Mediterranean region. These results enlighten the reproductive biology of the species, and pave the way for practices integrating the biological diversity of truffle-grounds and the development of further in situ experimentations. Key words: Arbutus unedo, Cistus albidus, community ecology, domestication, empirical practices, local knowledge, experimental approach, inbreeding, isolation by distance, ITS, Mediterranean forests, mesocosms, microsatellites, mycorrhiza, population genetics, qPCR, Quercus ilex, Q. coccifera, secondary successions

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Génin, Alexandre. „Réseaux d'interactions écologiques, stabilité et résilience des écosystèmes“. Thesis, Montpellier, 2018. http://www.theses.fr/2018MONTG031/document.

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Les systèmes écologiques sont complexes car composés d'une multitude d'éléments en interaction. Ces interactions, entre espèces par exemple, forment des réseaux qui présentent des propriétés structurelles déterminantes pour la réponse du système écologique entier aux perturbations.Pour mieux identifier cette réponse, il est donc important de cartographier les interactions présentes dans les communautés écologiques et de comprendre leurs variations dans le temps et l'espace.Dans ce travail, nous avons utilisé les communautés de plantes comme systèmes écologiques modèles afin (i) d'identifier à partir de patrons spatiaux certains motifs présents dans les réseaux d'interaction écologiques (les boucles de rétroaction) et (ii) de cartographier les réseaux d'interactions (tels que mesurés par les associations spatiales entre plantes)le long de gradients de stress. Pour ce faire, nous avons utilisé deux jeux de données documentant des communautés de plantes de clairières subalpines (Etats-Unis) et méditerranéennes (La Crau, France). Nos résultats montrent que les boucles de rétroaction peuvent être inferées à partir des patrons spatiaux présents dans les communautés de plantes, permettant ainsi d'identifier des communautés pouvant répondre de manière abrupte aux perturbations. Les interactions entre plantes (déduites de leurs associations spatiales) dépendent fortement du stress appliqué à la communauté, et présentent une résilience faible aux évènements de perturbation.Ce travail montre que les interactions entre plantes peuvent être cartographiées in situ à partir des associations spatiales. Il ouvre la voie vers une meilleure compréhension et capacité d'anticipation de la réponse des communautés écologiques face aux perturbations
Ecological systems are not simple but composed of many different elements(species, for example) interacting with each other. These networks ofinteractions exhibit structural properties that determine ecological systems’ability to absorb and recover from perturbations. Mappinginteractions along with their changes in time and space is therefore key tounderstand and predict empirical communities' response to global changes.In this thesis, we used plant communities as model systems (i) to explore howspatial patterns may help identify feedbacks loops which make communities morefragile to upcoming changes and (ii) to map species interactions in empiricalcommunities and describe how they change along stress gradients and recover fromperturbations. To do so, we used two datasets documenting plant communities insubalpine meadows (USA) and Mediterranean grasslands (France).Our results show that feedback loops can be inferred to some extent from thespatial patterns of plant communities and hence help identify communities thatmay respond more abruptly to perturbations. Going to a more detailed level ofdescription, plant-plant interactions (as measured through spatial associations)were shown to respond strongly and consistently to stress but exhibited a weakresilience to disturbances.This work shows that plant-plant interactions -- which are linked to the response of the community to perturbations -- can be uncovered using spatial patterns. It paves the way towards a better understanding and a better anticipation capacity of how ecological communities might reorganize when subject to disturbances

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Hermand, Rachel. „Réponses d'une communauté macrobenthique méditerranéenne soumise à des apports sédimentaires allochtones naturels ou anthropiques“. Phd thesis, Université de la Méditerranée - Aix-Marseille II, 2008. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00389104.

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Les objectifs étaient 1) l'évaluation des interactions existant entre le sédiment et le compartiment benthique; 2) le suivi des processus de restauration d'une communauté benthique ayant subi l'immersion de 6.10^6m3 de déblais de dragages. La texture sédimentaire, la qualité alimentaire de la matière organique et les paramètres faunistiques ont été mesurés dans 3 sites des parages de l'embouchure du Rhône (1 témoin, 1 sous l'influence du fleuve et 1 dans la zone d'immersion). Les phases de la restauration de la communauté ont été suivies et les facteurs ayant influencé la communauté benthique ont été mis en évidence. Ce travail a permis de préconiser aux gestionnaires des adaptations pour optimiser les prochaines campagnes de dragages et d'améliorer la connaissance des interactions entre le compartiment "macrofaune benthique" et les sédiments qui l'abrite, en montrant l'influence, non seulement de la quantité de la matière organique, mais aussi de sa qualité.

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Grisel, Pierre-Nicolas. „La possibilité d'une transition agroécologique? : une analyse des déterminants économiques, écologiques et institutionnels de l'adoption de pratiques agricoles alternatives dans une communauté d'agriculteurs familiaux au Brésil“. Versailles-St Quentin en Yvelines, 2013. https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01250525.

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L'objectif de cette thèse est d'apporter un nouvel éclairage à la question du changement des modes de production de communautés d'agriculteurs familiaux confrontées à des situations de crise économique et écologique. Dans quelle mesure sont-elles capables de mener à bien une transition vers des modes de production plus durables ? À travers une étude de cas réalisée à Nova Friburgo (Brésil), où prédomine une agriculture familiale organisée en communautés, nous cherchons à identifier les facteurs – écologiques, économiques et institutionnels – qui permettent aux agriculteurs familiaux de substituer des pratiques agroécologiques à des pratiques qui se sont imposées pendant la révolution verte. La modélisation des exploitations agricoles en systèmes de production permet de mettre en évidence la fragilisation des structures familiales depuis les années 1970, tant du point de vue économique que de l'exploitation des services écosystémiques, et l'émergence de desservices environnementaux affaiblissant leur durabilité. En outre, dans les conditions actuelles du système, la réintroduction d'un ensemble complet de pratiques agroécologiques n'apparaît pas comme une alternative économique viable pour les agriculteurs. Toutefois, grâce à l'emploi de scénarios, nous montrons qu'il est possible de cibler les capabilités manquantes aux producteurs qui leur permettraient d'initier des transformations élémentaires. De plus, en situant l'analyse à l'échelle de la communauté, nous mettons en évidence des formes de coordination endogène – des arrangements institutionnels – qui pourraient favoriser des changements au sein du système pour l'orienter sur la voie de l'agroécologie
The aim of this thesis is to explore the issue of changes in ways of production of family farmers communities facing economic and ecological crisis. To what extent are they able to carry out a transition to more sustainable ways of production? The thesis focuses on a rural region of Nova Friburgo (Brazil) with family farmers organized in communities. First of all, we identify the environmental, economic and institutional factors allowing family farmers to substitute agroecological practices to practices that emerged during the "green revolution" Based on a farming systems model, we then highlight the weakening of family structures since the 1970s, both in terms of economic performances and exploitation of ecosystem services. This context facilitateemergence of "environmental desservices" that had undermined the sustainability of these structures. In addition, the reintroduction of a full set of agroecological practices in the current family farming system does not appear as a viable economic alternative for farmers. Using scenarios, we however show that it is possible to identify the missing capabilities of producers that would enable them to initiate basic transformations. In addition, by focusing our analysis on the community level, we show the existence of endogenous forms of coordination – institutional arrangements – which could turn the current farming system toward an agroecology-based system

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Delavat, François. „Composition et fonctionnement d'une communauté microbienne au sein d'un drainage minier acide : approches culturales et fonctionnelles“. Phd thesis, Université de Strasbourg, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00797981.

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Le drainage minier acide de Carnoulès est caractérisé par un pH très acide et une forte concentration en métaux et en arsenic. Par différentes approches moléculaires, des études précédentes ont montré une faible biodiversité et ont permis d'établir un modèle de fonctionnement de la communauté bactérienne. Le but de ce travail de thèse a été de préciser la composition et le fonctionnement de cette communauté bactérienne, en utilisant pour cela des approches culturales et fonctionnelles, en se focalisant particulièrement sur le recyclage de la matière organique. L'élaboration de différents milieux a permis l'isolement de 49 souches bactériennes appartenant à 19 genres, augmentant ainsi de 10 % la diversité bactérienne détectée à Carnoulès par rapport aux approches métagénomiques précédentes. Parmi les 19 genres, 3 sont nouveaux dont un, inféodé aux écosystèmes acides, a été caractérisé taxonomiquement et dénommé Acidiminas carnoulesii. La capacité de l'isolat Q8 appartenant au genre Paenibacillus à dégrader I'amidon et la xylane, dans de larges gammes de pH et de concentrations en arsenic, a permis d'attribuer à Paenibacillus un rôle dans la résilience de la communauté pour ces fonctions. Un criblage fonctionnel de I'ADN de Q8 dans Escherichia coli apermis d'isoler les gènes codant les protéines de dégradation de ces polymères. Par ailleurs, un criblage de 80000 clones de la banque d'ADN métagénomique de Carnoulès a permis la détection de 28 clones positifs pour l'activité amylolytique. Deux protéines ne présentant aucune similarité de séquence avec des amylases connues ont été caractérisées in vitro, confirmant leurs activités amylolyiques et démontrant que la bioprospection dans des sites a priori incongrus, autorise des découvertes insoupçonnées. Ces travaux ont ainsi permis de montrer que les approches culturales et fonctionnelles apportent des informations nouvelles par rapport à celles obtenues par les approches moléculaires. La complémentarité de ces approches est vérifiée, et elle apparaît indispensable dans l'analyse de la complexité des écosystèmes. Cependant, la compréhension de leur fonctionnement exigera des efforts redoublés.

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Othmani, Ahlem. „Médiation chimique entre l’algue brune méditerranéenne Taonia atomaria et la communauté bactérienne associée à sa surface“. Thesis, Toulon, 2014. http://www.theses.fr/2014TOUL0001/document.

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Dans le milieu marin, toute surface immergée est rapidement colonisée par des bactéries, puis par d’autres micro-organismes, conduisant à la formation de structures tridimensionnelles complexes appelées biofilms. Cette étape est généralement suivie par l’installation de macro-colonisateurs. Néanmoins, un certain nombre d’organismes marins, tels que les macro-algues, présentent des surfaces peu épiphytées à l’échelle macroscopique. Des algues méditerranéennes (Taonia atomaria et Dictyota spp.) ont été sélectionnées dans le cadre de ces travaux de thèse pour leur capacité à conserver leur surface peu colonisée. Cependant, des observations de leurs surfaces par microscopie ont montré l’existence de biofilms diversifiés à la surface de leurs thalles. Le but de cette thèse est de mieux comprendre les mécanismes de médiation chimique entre ces algues et les bactéries associées à leur surface. La première partie de ce travail a été consacrée à l’étude du rôle de molécules d’origine algale vis-à-vis de l’adhésion de bactéries marines. Pour cela, la composition chimique totale des algues sélectionnées a été analysée conduisant à l’isolement et à la caractérisation structurale de 12 molécules, dont trois se sont révélées être originales. L’activité anti-adhésion de la majorité de ces composés a ensuite été évaluée : le 1-O-octadecenoylglycérol s’est avéré être le produit le plus actif (20 µM < CE50 <55 µM). La deuxième partie a été dédiée plus particulièrement à l’étude du métabolome de surface de T. atomaria dans le but d’évaluer son implication dans les interactions écologiques entre l’algue et les bactéries associées à sa surface. Un protocole d’obtention et d’analyse spécifique des extraits surfaciques a tout d’abord été développé. Ce protocole est basé sur le trempage des thalles dans des solvants organiques et un contrôle de l’intégrité des cellules membranaires des algues y est associé. L’échantillonnage a été effectué mensuellement à Carqueiranne (Nord-ouest de la Méditerranée, France) durant la période allant de février à juillet 2013. Les résultats obtenus montrent qu’un sesquiterpène est exprimé majoritairement à la surface de l’algue. Il a été démontré que ce composé inhibe l’adhésion de souches bactériennes de référence tout en restant inactif vis-à-vis de celles isolées à la surface de l’algue. Une telle spécificité n’a pas été observée ni dans le cas de biocides commerciaux, ni pour les autres métabolites produits par T. atomaria. Dans un second temps, un suivi saisonnier des extraits de surface ainsi que des communautés bactériennes associées a été effectué par métabolomique (LC-MS) et DGGE, respectivement. Des fluctuations saisonnières de ces deux paramètres ont été reportées sans mettre en évidence de corrélation évidente entre eux. La présence de la molécule majeure de surface durant tout le suivi saisonnier a été notée ainsi que sa capacité à diffuser dans l’eau de mer. Enfin, l’étude de l’implication potentielle des bactéries associées à T. atomaria dans le contrôle du biofilm a été entreprise en évaluant l’activité de leurs extraits vis-à-vis de l’adhésion de souches de référence. En conclusion, nous émettons l'hypothèse que T. atomaria pourraient contrôler partiellement le biofilm associé à sa surface en faisant intervenir des métabolites spécifiques
In the marine environment, all submerged surfaces are rapidly colonized by bacteria and other microorganisms, resulting in the formation of complex three-dimensional structures called biofilms. This step could be followed by the attachment of macro-colonizers. Nevertheless, a number of marine organisms, such as macro-algae, appeared to be relatively free of epibionts at a macroscopic scale. In this study, several Mediterranean algae (Taonia atomaria and Dictyota spp.) were selected for their ability to keep their surface free of biofouling. However, microscopic techniques allowed the observation of a diversified biofilm on the surface of their thalli. The purpose of this work was to understand how this alga could interact with its associated bacteria using a chemical ecological approach. The first part of this work deals with studying the anti-adhesion properties of algal molecules against a range of marine bacteria. For this, the whole chemical composition of the two algae was analyzed leading to the isolation and structural characterization of 12 molecules from which three were found to be new. The anti-adhesion activity of some of these compounds was then evaluated: 1-O-octadecenoylglycerol proved to be the most active product (20 µM < EC50 <55 µM). The second part of this study was dedicated to the study of the surface metabolome of T. atomaria in order to assess its involvement in the ecological interactions between the alga and its associated bacteria. A specific extraction protocol was optimized for the surface compounds using a dipping technique in organic solvents associated with the integrity control of algal cell membrane. Sampling was carried out monthly at Carqueiranne (N W Mediterranean Sea, France) between February and July 2013. The results showed the presence of a major molecule in accordance with a sesquiterpenic structure. Anti-adhesion capacity against reference bacterial strains was noticed for this compound, while it remained inactive against strains isolated from the algal surface. This specificity was not observed for commercial biocides and the other molecules purified from crude algal extracts of T. atomaria. Then, changes in surface extracts and associated bacterial surface communities were monitored using metabolomics (LC-MS) and DGGE, respectively. Seasonal fluctuations for the two parameters could be reported without any evident correlation between them. The occurrence of the major molecule throughout the seasonal monitoring was also noticed and its capacity to diffuse in the marine environment was shown. Finally, the study of the potential involvement of the associated bacteria in the biofilm control was conducted by evaluating the anti-adhesion activity of their crude extracts against reference strains. In conclusion, we hypothesize that T. atomaria could control at least partially the biofilm at its surface using specific metabolites

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Farrera, Lucie. „Analyse de la communauté bactérienne et de la diversité inter et intra spécifique des bactéries acétiques et lactiques impliquées dans la fermentation de cacao selon trois origines géographiques“. Thesis, Montpellier, 2019. http://www.theses.fr/2019MONTG091.

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La fermentation du cacao est une fermentation spontanée qui dure de 4 à 8 jours et repose principalement sur la succession de trois groupes de microorganismes : les levures, les bactéries lactiques et les bactéries acétiques qui réalisent les fermentations alcoolique, lactique et acétique respectivement. Les fèves saines sont stériles jusqu’à l’ouverture de la cabosse. L’inoculation des fèves est réalisée le plus souvent naturellement à l’aide de l’environnement autour de l’écabossage et de la mise en fermentation. Les procédés de traitements post-récolte sont différents d’un pays à l’autre et influencent le déroulement de la fermentation. Cependant, trois espèces de bactéries lactiques et acétiques (Lactobacillus plantarum, Lactobacillus fermentum et Acetobacter pasteurianus) dominent les fermentations dans tous les pays. Par contre, leur diversité intra spécifique n’a été que rarement étudiée. Dans cette étude nous avons utilisé des méthodes moléculaires indépendantes de la culture (PCR-DGGE et metabarcoding) pour étudier les communautés bactériennes associées à la fermentation des fèves de cacao selon trois pays : le Mexique, la Côte d’Ivoire et la Guyane. La méthode de metabarcoding a également été utilisée pour identifier la contribution des surfaces liées à l’environnement pré et post récolte des cabosses de cacao lors d’une fermentation réalisée au Mexique. La dominance des genres Lactobacillus et Acetobacter au cours de la fermentation dans chaque pays a été confirmée. De plus, la présence de genres spécifiques à chaque pays a été mise en évidence lors du premier jour de la fermentation. L’ensemble des surfaces lié à l’environnement de la fermentation semble participer à l’inoculation des genres dominants. Elles agissent en tant que réservoirs bactériens. Une collection de souches de bactéries lactiques et acétiques a été constituée. L. plantarum et A. pasteurianus ont été les deux espèces isolées en majorité. La diversité intra spécifique des souches d’A. pasteurianus a été étudiée. Pour cela, leurs polymorphismes génomiques ont été analysés à l’aide d’une amplification par PCR sur des séquences répétées et leurs caractéristiques biochimiques ont été comparées dans un milieu simulant les conditions de la pulpe de cacao au 2ème jour de fermentation. Notre étude a contribué à montrer que les mêmes souches d’A. pasteurianus peuvent être présentes dans les 3 pays différents. Certaines souches se distinguent pour leur plus grande affinité pour l’acide lactique que les autres, ce qui est intéressant pour améliorer la qualité organoleptique du cacao final. Les résultats sur la diversité intra spécifique nous permettent de proposer des candidats potentiels pour l’élaboration de starters de culture pour la fermentation des fèves de cacao
Cocoa fermentation is a spontaneous fermentation that lasts 4 to 8 days. It is mainly based on the succession of three groups of microorganisms: yeasts, lactic acid bacteria and acetic bacteria that carry out respectively the alcoholic, lactic and acetic fermentation. The beans are sterile until the opening of the pod. The inoculation of the beans is usually naturally done using the environment around the pod opening and the fermentation process. Post-harvest treatment processes differ from one country to another and influence the fermentation progress. However, three species of lactic and acetic bacteria (L. plantarum, L. fermentum and A. pasteurianus) dominate the fermentations in all countries. On the other hand, their intraspecific diversity was rarely studied. In this study, we used the metabarcoding method to study the interspecific diversity of bacterial communities associated with the fermentation of cocoa beans in 3 countries: Mexico, Ivory Coast and Guyana. In addition, this method was used to identify the contribution of the surfaces related to the pre- and post-harvest environment of cocoa pods during the fermentation, which was carried out in Mexico. The dominance of the genera Lactobacillus and Acetobacter during fermentation in each country has been confirmed. In addition, the presence of country-specific genera was founded on the first day of fermentation. All the surfaces linked to the fermentation environment participate to the inoculation of the dominant genera. They act as bacterial tanks. A collection of lactic and acetic bacteria strains was produced. L. plantarum and A. pasteurianus were the most isolated species. Intra-specific diversity of A. pasteurianus strain was studied. For this, their genomic polymorphisms were analyzed using PCR amplification on repeated sequences and their biochemical characteristics were compared in a specific medium, simulating the conditions of the cocoa pulp at the 2nd day of fermentation. Our study showed that the strains of A. pasteurianus could be present in the three different countries. Some strains were distinguished for their greater affinity for lactic acid than the others, which is interesting in order to improve the organoleptic quality of the final cocoa. The results on intra-specific diversity allow us to propose potential candidates for the production of culture starters for the fermentation of cocoa beans

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Lehours, Anne-Catherine. „La communauté procaryotique dans les zones anoxiques de deux écosystèmes lacustres : structure et diversité. Etude plus particulière de son rôle fonctionnel dans le monimolimnion“. Phd thesis, Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand II, 2006. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00703327.

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Les études présentées dans ce manuscrit traitent de la diversité et de l'écologie des communautés procaryotiques des zones anoxiques pélagiques de deux écosystèmes lacustres : le lac d'Aydat, typiquement eutrophe, qui présente en période de stratification thermique un hypolimnion anoxique ; et le lac Pavin, unique lac méromictique de France, exhibant une zone anoxique permanente. Les analyses de la structure, de la diversité, et de la dynamique spatiale et- /ou temporelle du bacterioplancton des strates anoxiques de ces deux lacs par des approches moléculaires ont révélé une forte diversité microbienne accentuée par une stratification spatiale du bacterioplancton. Les investigations complémentaires sur les relations phylogénétiques et sur l'étude de métabolismes microbiens ont été focalisées sur les communautés de la zone anoxique du Lac Pavin en raison de son caractère original. Les banques de clones construites à partir d'échantillons d'eau anoxique prélevés à différentes strates dans le monimolimnion ont révélé que les communautés bactériennes sont dominées par des espèces affiliées aux δ-Proteobacteria, aux Verrucomicrobia, aux Bacteroidetes et à la division candidate OP11. Les séquences ARNr16S des Archaea sont principalement affiliées au groupe des Méthanosarcinales, observation confirmée par hybridation in situ. Les études in vitro de la réduction dissimilatrice du Fe (III), dans des cultures d'enrichissements, ont confirmé que les concentrations élevées en fer ferreux observées dans la sub-chémocline du Lac Pavin résultaient pour partie de l'activité de microorganismes. Dans ces enrichissements, les microorganismes couplent la réduction du Fe (III) avec l'oxydation préférentielle du fumarate, de l'H2, du CH4 et du lactate. Aucune accumulation de Fe (II) n'a été notée dans les enrichissements supplémentés en acétate comme donneur d'électrons. Cette observation suggère que ce métabolite pourrait être principalement utilisé dans le processus de méthanogénèse, et pourrait être produit pour partie par l'activité de bactéries Gram-positives homoacétogènes. L'hétérogénéité des profils TTGE réalisés à partir des différentes conditions d'enrichissements de BFR suggère que ces dernières peuvent occuper des niches écologiques très diverses dans le monimolimnion du Lac Pavin. Aucune séquence n'a été affiliée à des BFR* obligatoires identifiées dans d'autres écosystèmes. L'affiliation de séquences à des espèces appartenant au genre Desulfovibrio suggère que certaines BSR† utilisent cet accepteur d'électron. Des activités significatives de réduction du Fe (III) ont également été mises en évidence chez des souches fermentatives isolées de la zone anoxique de ce lac. L'étude plus particulière de la souche BS2 a révélé que cette voie métabolique pouvait lui conférer un avantage énergétique et donc écologique. L'ensemble du travail qui se situe dans les domaine de l'écologie microbienne et de l'environnement ouvre un large champ d'investigations tant au niveau cognitif qu'appliqué. Les perspectives prévoient d'affiner la compréhension du rôle des microorganismes anaérobies des systèmes lacustres dans les cycles biogéochimiques et plus généralement dans la compréhension du rôle de la biodiversité microbienne afin de répondre de façon raisonnée à une demande sociétale forte dans ces domaines.

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Van, den Beld Inge. „Habitats coralliens dans les canyons sous-marins du Golfe de Gascogne : distribution, écologie et vulnérabilité“. Thesis, Brest, 2017. http://www.theses.fr/2017BRES0017/document.

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Les habitats de coraux d’eau froide formés par des scléractiniaires coloniaux, des gorgones, des antipathaires et des pennatules sont des hotspots de biodiversité et de biomasse. Ils fournissent des fonctions importantes, comme des refuges et des zones d’alimentation, pour d’autres organismes. Mais, ils sont également vulnérables aux activités humaines, parce qu’ils sont fragiles, croissent lentement et atteignent des records de longévité. Dans les canyons sous-marins, le relief tourmenté, l’hydrodynamisme et l’hétérogénéité des substrats offrent des conditions environnementales propices au développement des habitats coralliens. Dans le Golfe de Gascogne, les coraux d’eau froide sont connus depuis la fin du 19e siècle, mais leur distribution, leur densité et leur rôle fonctionnel avaient été très peu étudiés.Pour augmenter cette connaissance, 24 canyons sous-marins et 3 sites sur l’interfluve/haut de pente contiguë aux canyons adjacents ont été visités par un ROV et une caméra tractée pendant 46 plongées au cours de 7 campagnes océanographiques. Les habitats coralliens définis par le système de classification CoralFISH ont été cartographiés à partir des images prises par les engins sous-marins puis la faune associée, les types de substrat et les déchets ont été annotés.Onze habitats coralliens et 62 morphotypes de coraux ont été observés dans les canyons sous-marins du Golfe de Gascogne hébergeant 191 morphotypes de faune associée, dont 160 morphotypes uniques. Les patrons de distribution à l’échelle locale et à l’échelle régionale pourraient être liés aux régimes hydrodynamiques et sédimentaires. Le type de substrat était important pour les assemblages de coraux et leurs faunes associées, distinguant les habitats biogéniques, sur substrat dur et sur substrat meuble. Les assemblages de coraux étaient similaires entre habitats biogéniques et habitats sur substrat dur, mais la faune associées était plus abondante et diversifiée sur les habitats biogéniques. La diversité-alpha, -beta et –gamma étaient étonnement élevée sur les habitats coralliens sur substrat meuble, égalant ou dépassant la diversité des habitats biogéniques.Les déchets marins étaient abondants et principalement composés de plastiques et de matériels de pêche. Ces déchets pourraient impacter les habitats coralliens : ils ont été trouvés à des profondeurs similaires et les déchets étaient piégés par des reliefs créés par des structures biologiques et géologiques. L’ocurrence des récifs de coraux préférentiellement sur les pentes plus abruptes des canyons sous-marins tandis que les débris de coraux sont plus fréquents sur des aires plus plates de l’interfluve ou du haut de pente, pourraient indiquer un impact de la pêche.Cette étude a contribué à l’initiative en cours de création d’un réseau Natura 2000 qui protégera à terme l’habitat « récif » dont les habitats coralliens biogéniques et sur substrat dur, mais pas les habitats coralliens sur substrat meuble. Pour ces derniers, un complément d’étude et d’autres stratégies de préservation seront nécessaires
Cold-water coral (CWC) habitats formed by colonial scleractinians, gorgonians, antipatharians and sea pens are biodiversity and biomass hotspots that provide important functions, such as shelter and feeding grounds, to other organisms. But, they are also vulnerable to human activities, because they are long-lived, grow slowly and have a low resistance. Submarine canyons may offer the environmental conditions needed for CWC habitat development, due to their steep topography, complex hydrodynamics and substrate heterogeneity. In the Bay of Biscay, which margin is incised by hundreds of canyons, CWCs are known to exist since the late 19th century, but their distribution, density and functional role remained largely unknown, which impaired their preservation.To increase this knowledge, 24 canyons and three locations between adjacent canyons were visited with an ROV and a towed camera system during 46 dives on 7 cruises. Images were analysed for CWC habitats using the CoralFISH classification system. Within these habitats, corals, associated fauna were identified and substrate cover measured. Litter was identified in 15 out of 24 canyons.Eleven coral habitats constructed by 62 coral morphotypes were observed in the canyons of the Bay of Biscay hosting 191 associated megafaunal morphotypes, including 160 unique morphotypes. The distribution patterns at regional and local scales could be linked to hydrodynamics and sedimentary regimes. Substrate type was an important driver for coral and associated faunal assemblages, distinguishing biogenic, hard substrate and soft substrate habitats. Coral assemblages were similar between biogenic and hard substrate habitats, but the associated fauna was more abundant and diverse on biogenic habitats. The alpha, beta and gamma diversity was surprisingly high on soft substrate habitats, equalling or exceeding that of biogenic habitats.Marine litter was abundant and was mainly composed of plastic items and fishing gear. Litter could co-occur with CWCs and impact them: litter and most CWC habitats were observed at similar water depths and litter was more abundant in areas with a seafloor relief created by biological or geological features. Observations of coral reefs on steeper areas in the canyons and coral debris on flatter areas on the interfluve/upper slope may indicate a potential impact of the fishing industry. This study supports the ongoing effort to create a Natura 2000 network that will protect biogenic and hard substrate habitats, but also points out the need to develop a framework for the preservation of coral habitats on soft substrate

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Mohit, Vani. „Diversité taxonomique et fonctionnelle de la communauté bactérienne d'une lagune côtière aux Îles-de-la-Madeleine, Golfe du Saint-Laurent, Canada“. Thesis, Université Laval, 2014. http://www.theses.ulaval.ca/2014/30606/30606.pdf.

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Les lagunes côtières sont des écosystèmes très productifs, qui possèdent des propriétés économiques et écologiques importantes. L'étude de la communauté bactérienne est nécessaire, du fait de ses fonctions clés dans ces systèmes côtiers, qui incluent la dégradation de la matière organique et le recyclage des nutriments. L'objectif de cette thèse est d'étudier la diversité temporelle et fonctionnelle de la communauté bactérienne de la colonne d'eau et du sédiment de la lagune du Havre-aux-Maisons, qui est un système exclusivement marin situé aux Îles-de-la-Madeleine dans le Golfe du Saint-Laurent. Une plus grande diversité de bactéries attachées aux particules, que celle libre, fut observée. Les deux communautés étaient phylogénétiquement différentes et leurs distributions temporelles étaient liées à la concentration de matière organique particulaire. Dans le sédiment, une communauté bactérienne quasi-stable au niveau du phylum était reliée à différents cycles biogéochimiques notamment le cycle du soufre. La structure de cette communauté benthique était déstabilisée lors de grosses perturbations comme les tempêtes et une hausse majeure en matière organique. Les données de la réaction en chaine par polymérase (PCR) quantitative ont confirmé l'importance du métabolisme du soufre et de la fixation de l'azote dans le sédiment. Une augmentation dans la concentration de matière organique sous la forme de bio-dépôt de moules influençait très peu l'abondance des gènes exprimés par les bactéries fixatrices d'azote, dénitrificatrices et sulfato-réductrices. Il existe potentiellement un seuil à partir duquel un changement s'opère au niveau de la diversité bactérienne associée à ces gènes. Cette étude a notamment démontré l'importance de la communauté bactérienne comme indicatrice de la composition biochimique des lagunes côtières aussi bien que d'autres types d'écosystèmes avec une haute importance biologique.
Coastal lagoons are productive ecosystems, which are economically as well as biologically important. Bacteria are largely responsible for key ecosystem functions such as organic matter degradation and nutrient recycling, and studies on their diversity and functional roles are necessary to gain knowledge on the overall ecosystem properties. The main objectif of this thesis was to investigate the temporal and functional diversity of the bacterial communities in the water column and in the sediment of the Havre-aux-Maisons lagoon; a strictly marine coastal system located in the Magdalen Islands in the Gulf of St Lawrence, Canada. In the water column, the attached bacterial community was more diverse than the free-living bacterial community and the two communities were phylogenetically different. The temporal changes in communities were linked to the concentration of particulate organic matter. At the phylum level, the sediment bacterial community structure changed little over time. This community was linked to several biogeochemical cycles, in particular to the sulfur cycle. A stable sediment bacterial community structure was altered by major disturbances such as storms and high concentrations of organic matter. Results from quantitative polymerase chain reaction targeting genes coding for enzymes used in nitrogen and sulfur metabolism indicated the importance of sulfur metabolism and potentially nitrogen-fixation in the sediment. An increase in the organic matter concentration in the form of mussel biodeposits had little influence on transcript concentrations of genes involved in denitrification, nitrogen-fixation and sulfate reduction. However there was evidence of an organic loading threshold at which a change in the diversity of the bacteria involved in denitrification and nitrogen-fixation could occur. Overall this thesis demonstrated that bacterial communities are likely good indicators of the biochemical processes in coastal lagoons and similar studies could be applied to other shallow systems.

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Parveen, Bushra. „Structure et dynamique de la communauté bactérienne libre et attachée dans les écosystèmes lacustres“. Thesis, Clermont-Ferrand 2, 2012. http://www.theses.fr/2012CLF22221.

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C'est essentiellement sur les bactéries libres que portent les études récentes en écologie microbienne d'eau douce, et seulement quelques études ont concerné les communautés bactériennes attachées. Dans cette étude basée sur l'analyse des séquences du gène 16SARNr, la diversité des communautés bactériennes attachées ainsi que de la fraction libre a été étudiée sur deux systèmes d'eau douce ; un lac mésotrophe (le lac du Bourget) et un lac hypereutrophe (le lac Villerest). La diversité des Actinobacteria, Betaproteobacteria et Verrucomicrobia libres et attachées a été étudié en relation avec les variables environnementales, dans le lac du Bourget pendant deux périodes à dominances contrastées de phytoplancton. L'analyse des résultats a montré une différence au niveau phylogénétique entre les communautés bactériennes attachées et libres des trois groupes de bactéries étudiées. Le clade betaI, dominait les Betaproteobacteria des fractions libres et attachées, avec 57,8% de la totalité des unités taxinomiques opérationnelles (OTUs). Pour les Actinobacteria, le groupe d'acIV a été détecté comme le plus abondant, suivi par acI avec respectivement 45% et 25% du total des OTUs. De même, les groupes Verrucomicrobia d'eau douce, à savoir CREPA29, FukuN18, CL120-10 sont apparus comme les plus importants, avec 22,3%, 16,15% et 14,61% des OTUs respectivement. Cette étude a permis de définir 15 nouveaux clades putatifs représentant la diversité bactérienne d'eau douce des Betaproteobacteria (lbI-lbVIII), Actinobacteria (acLBI) et Verrucomicrobia (CRE-PA29, FukuS27, BourFI-BourFIV). Par ailleurs, 12 groupes représentant la diversité de phylogénétique des Betaproteobacteria, Actinobacteria et Verrucomicrobia contiennent exclusivement des OTUs de la fraction attachée. La dynamique saisonnière souligne les changements des phylotypes bactériens distincts pour les deux communautés attaché et libre. Les Actinobacteria dans la fraction attachée était associée avec la biomasse des Chrysophyceae et N-NO3, et les Betaproteobacteria avec la biomasse de Chlorophyceae et de la richesse du phytoplancton tandis que les Verrucomicrobia de cette même fraction ont semblé être principalement influencés par la richesse du phytoplancton, l′abondance des rotifères et les nutriments inorganiques (N-NO3, SiO2). D'autre part, dans les communautés libres, peu de clades d'actinobacterie dépendent des nutriments ou du phytoplancton, alors que les Betaproteobacteria et Verrucomicrobia ont été principalement associés avec les paramètres biologiques (i.e. phytoplancton et copépodes). Pendant le bloom des cyanobacteries (Microcystis sp.) dans le lac Villerest, les Betaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Alphaproteobacteria, Bacteroidetes et Actinobacteria ont été détectés comme taxa dominants dans les banques de clones du gène 16S ARNr. Toutefois Verrucomicrobia et Deinococcus-Thermus sont apparus relativement moins abondants dans les deux fractions, tandis que,Gemmatimonadetes, Acidobacteria, Chloroflexi, Planctomycetes, Deltaproteobacteria, Firmicutes et Op11 sont apparus comme des phyla mineurs dans la banque de clones des communautés bactériennes attaché et libre. Les Betaproteobacteria (n=118) attachées sont apparus comme le groupe dominant, suivi par Gammaproteobacteria (n=74) et Bacteroidetes (n=52). L'analyse phylogénétique des séquences obtenues pour la banque de clone de la fraction libre a montré que la plupart des OTUs appartiennent à Betaproteobacteria (n=192), suivi par Bacteroidetes (n=132) et Actinobacteria (n=61). Tandis que les Gammaproteobacteria (n=42) et Alphaproteobacteria (n=42) sont présents dans des proportions égales dans la banque de clones du 16S ARNr libre. (...)
The free-living bacteria point of view dominates in recent research of freshwater microbial ecology, only a few studies have focused on attached bacterial communities. In present study, based on 16S rRNA gene sequences, diversity of attached and free-living bacterial community was investigated from two freshwater aquatic systems ; a mesotrophic lake Bourget and a hypereutrophic lake Villerest. The diversity of attached and free-living Actinobacteria, Betaproteobacteria and Verrucomicrobia, in relation to environmental variables was investigated from lake Bourget during two contrasting periods of phytoplankton dominance. Comparison analyses showed a phylogenetic difference between attached and free-living bacterial communities of all three studied bacterial groups. The betaI, appeared as most dominant among all clades representing phylogenetic diversity of freshwater Betaproteobacteria, for both attached and free-living fractions, contributing to 57.8% of of the total retrieved opertational taxonomic units (OTUs). For Actinobacteria, the acIV cluster was detected as dominant, followed by acI accounting for 45% and 25% of the total retrieved OTUs respectively. Similarly, freshwater Verrucomicrobia cluster namely, CRE-PA29, FukuN18, CL120-10 appeared as dominant, comprising 22.3%, 16.15% and 14.61% of the total retrieved OTUs respectively. This study allowed defining 15 new putative clades representing the freshwater bacterial divesity of Betaproteobacteria (lbI-lbVIII), Actinobacteria (acLBI) and Verrucomicrobia (CRE-PA29, FukuS27, BourFI-BourFIV). In addition, 12 clusters representing the phylogenetic diversity of Betaproteobacteria, Actinobacteria and Verrucomicrobia were exclusively comprised of OTUs from the attached fraction. The seasonal dynamics of environmental variables have been reflected as changes in distinct bacterial phylotypes for both attached and free-living communities. The attached bacterial communities of Actinobacteria showed affiliation with Chrysophyceae biomass and N-NO3, while attached Betaproteobacteria were affiliated with biomass of Chlorophyceae and phytoplankton richness. Similarly attached verrucomicrobial communities appeared to be mainly influenced by phytoplankton richness, rotifers abundances and inorganic nutrients (NNO3,SiO2). On the other hand, within free-living communities, few actinobacterial clades were found to be dependent on either nutrients or phytoplankton communities, whereas Betaproteobacteria and Verrucomicrobia were mainly associated with biological parameters (i.e. phytoplankton and copepods communities). In another study during a cyanobacterial (Microcystis sp.) bloom from lake Villerest, Betaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Alphaproteobacteria, Bacteroidetes and Actinobacteria were detected as prevalent taxa among the 16S rRNA gene clone libraries, however, Verrucomicrobia and Deinococcus-Thermus appeared as comparatively less abundant bacterial groups in both fractions. Whereas, Gemmatimonadetes, Acidobacteria, Chloroflexi, Planctomycetes, Deltaproteobacteria, Firmicutes and Op11 were appeared as minor phyla in clone libraries of attached and free-living bacterial communities. For attached bacterial communities Betaproteobacteria (n=118) appeared as most dominant group, followed by Gammaproteobacteria (n=74) and Bacteroidetes (n=52). The phylogenetic analysis of the sequences obtained for the clone library from free-living fraction showed that most of the OTUs belonged to Betaproteobacteria (n=192) followed in decreasing order by Bacteroidetes (n=132) and Actinobacteria (n=61) whereas Gammaproteobacteria (n=42) and Alphaproteobacteria (n=42) appeared in equal proportion in free-living 16S rRNA clone libraries. (...)

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Coste, Clother. „Écologie et fonctionnement des communautés lichéniques saxicoles-hydrophiles“. Phd thesis, Université Paul Sabatier - Toulouse III, 2011. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00745808.

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Algues et champignons ont formés par association symbiotique les lichens qui, de par leur amplitude écologique, ont pu coloniser tous les milieux. Nous proposons d'appeler " hydrophiles ", les lichens soumis à des périodes d'immersion par les eaux d'un cours d'eau Les compositions floristiques des communautés lichéniques hydrophiles ont été définies par leur durée annuelle d'immersion. Les groupements subhydrophiles sont immergés pendant moins de trois mois, les groupements mésohydrophiles pendant plus de trois mois et moins dix mois et enfin les groupements hyperhydrophiles sont immergés plus de dix mois de l'année. Sur la base de trois cent relevés effectués par la méthode de prélèvement intégral, un schéma phytosociologique a été construit. Les lichens présents aux différents niveaux de noyage et d'altitude des cours d'eau forment une classe au sein de laquelle sont identifiés les trois ordres phytosociologiques caractérisés par la durée annuelle d'immersion. Dans chacun de ces ordres, deux alliances sont définies par l'étage bioclimatique. Pour chacune de ces six alliances, des associations de plusieurs lichens existent et sont définies par leurs caractéristiques biotiques. Du fait de leur fréquence dans un niveau d'immersion et de l'importance de leur recouvrement, quatre lichens " modèles " ont été retenus (une espèce aérienne et trois hydrophyles). Pour la première fois concernant des lichens hydrophiles, les flux de CO2 et d'O2 ont été quantifiés sous différents éclairements, en milieux aquatique et aérien. Les pigments photosynthétiques ainsi que l'ergostérol ont été estimés ; la réponse du potentiel photochimique ( PSII) au taux d'hydratation a été caractérisée. L'activité photosynthétique et respiratoire des lichens hydrophiles est comparable à celle de la littérature pour les lichens aériens. Les lichens hydrophiles démontrent des cinétiques rapides d'hydratation-déshydratation lors des transitions immersion-exondation.  PSII s'avère très sensible à ces transitions. Pour toutes les fonctions étudiées, des différences significatives apparaissent entre les lichens hyper et subhydrophile alors que les lichens mesohydrophiles se comportent de façon intermédiaire. Nos résultats constituent la première caractérisation écologique et fonctionnelle des lichens hydrophiles. Ils pourront certainement être exploités et développés pour permettre une meilleure compréhension du rôle des lichens dans la colonisation des terres émergées par les phanérogames.

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Payri, Claude-Elisabeth. „Variabilité spatiale et temporelle de la communauté des Macrophytes des récifs coralliens de Moorea (Polynésie française) : contribution des algues au métabolisme du carbone de l'écosystème récifal“. Montpellier 2, 1987. http://www.theses.fr/1987MON20085.

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Fraisse, Stéphane. „Structure de la communauté phytoplanctonique des fleuves côtiers en réponse aux contraintes hydrodynamique : une approche basée sur les traits morpho-fonctionnels“. Phd thesis, Université Rennes 1, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00911634.

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Les traits fonctionnels sont de plus en plus utilisés en écologie pour expliquer les changements de composition et de structure de la communauté phytoplanctonique en fonction des contraintes environnementales. Ce succès tient au fait que les traits fonctionnels sont des caractéristiques reliées aux processus de croissance et de perte des organismes, et qu'ils déterminent ainsi l'occurrence, la dominance ou l'absence d'une espèce dans des conditions environnementales données. Parmi les traits fonctionnels, on distingue les traits morpho-fonctionnels qui présentent l'avantage d'être facilement observables et mesurables. Les approches basées sur les traits morpho-fonctionnels ont majoritairement été utilisées en lac mais pourraient toutefois s'avérer pertinentes en rivière où l'importance relative des contraintes environnementales agissant sur la communauté phytoplanctonique est très variable d'un système à l'autre. L'objectif de cette thèse a donc été de tester l'hypothèse selon laquelle la communauté phytoplanctonique en rivière pouvait être structurée selon les traits morpho-fonctionnels. Dans les rivières étudiées, nous avons montré que la communauté est structurée selon les traits morpho-fonctionnels reliés à la vitesse de sédimentation, en mettant en évidence le rôle clé de la forme des organismes, mais aussi de leur motilité et de leur densité via la présence de mucilage. A travers la sélection de différentes valeurs pour ces traits morpho-fonctionnels, nous avons pu mettre en évidence l'impact majeur de la turbulence sur la communauté phytoplanctonique de ces rivières. L'effet de ce paramètre a été testé expérimentalement en conditions contrôlées sur une communauté simplifiée afin de tester l'hypothèse selon laquelle sous l'effet de la turbulence, la composition de la structure de la communauté pouvait être prédite par les traits morpho-fonctionnels. Les résultats de cette approche expérimentale ont permis de réitérer le rôle clé de la forme dans la structure de la communauté corroborant ainsi les résultats de rivières et ont également souligné le rôle de la plasticité phénotypique. L'approche basée sur les traits a également été testée en estuaires, mais s'est cependant montré infructueuse. Plusieurs hypothèses ont été proposées pour expliquer ce résultat, notamment l'absence de trait identifié comme étant relié à la salinité.

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Esparon, Stéphane. „Analyse de la durabilité systémique d'un réseau de création de valeurs forestier : étude de cas à l'échelle d'une communauté de communes dans le massif des Landes de Gascogne“. Thesis, Bordeaux, 2016. http://www.theses.fr/2016BORD0377/document.

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Les politiques publiques encouragent le déploiement de l’économie circulaire (EC). Parmi les champs de mise en oeuvre qui constituent ce courant de pensée, l’écologie industrielle et territoriale (EIT) vise à améliorer les systèmes productifs en optimisant les boucles de matière. Or, des études ont montré que l’organisation des éléments d’un système influence les capacités holistes de ce système.L’objectif de cette thèse est d’explorer l’influence du développement des interconnexions entre entreprises dans un périmètre de proximité. Plus précisément, nous observons les mécanismes qui influent sur la durabilité systémique.Le système forestier des Landes de Gascogne est un écosystème industriel propice à l’étude d’innovations organisationnelles et d’aménagement du territoire. Notre territoire expérimental est au coeur de ce massif forestier, de fait, nous avons cartographié les flux de matériau Bois, dans le but de construire la structure des collaborations entre activités. Via une analyse comparative avec deux autres structures issues de scénarios, nous observons des indicateurs d’analyse de réseau relatifs à la robustesse, la flexibilité et la stabilité.La première contribution de la thèse est le réseau de création de valeurs élargi (RCVFE) comme cadre permettant d’observer l’ensemble des activités qui participent à la valorisation d’une ressource dans un territoire. La seconde contribution propose la communauté de communes comme périmètre adéquat pour comprendre la topologie des flux entre la ressource et la fin de vie des biens usagés.Il est nécessaire de reproduire notre étude sur d’autres territoires ou sur des jeux données expérimentales afin de perfectionner notre méthode et nos résultats
Public policies stimulate the deployment of circular economy (EC). Among the application tools, industrial and territorial ecology aims is to improve productive systems by optimizing materials loops. However, studies have shown that elements organizations of a system influences the holistic capabilities of this system.The objective of this thesis is to exploring the influences of the network shapes of a companies set, on systemique durability of this set at local scale.The forest system of « Les Landes de Gascogne » is an appropriate industrial ecosystem to analyse innovative organization shapes and regional networking. Our experimental territorial unit is surrounded by forest and gives support to many companies, therefore we mapped the material wood flow, in order to build the collaborations structure between companies. Using comparative analysis we observed some network indicators related to robustness, flexibility and stability.The first contribution of this thesis is the extended created value network as a optimal framework to observe all activities involved in the value-creation of local resource. The second contribution is the proposition of the municipalities conurbation as adequate scales, to understand flux topology from local naturals ressources and the end-of-life goods.It is necessary to reproduce our study on other territories or on experimental data sets to improve our methods and results

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Dessier, Aurélie. „Analyse du compartiment mésozooplanctonique et écologie alimentaire printanière de la sardine, Sardina pilchardus (Walbaum, 1782), et de l’anchois, Engraulis encrasicolus (Linné, 1758) adultes dans le Golfe de Gascogne“. Thesis, La Rochelle, 2015. http://www.theses.fr/2015LAROS036/document.

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L’étude de l’écologie alimentaire d’une espèce est une clé de la compréhension de sa biologie et de son fonctionnement dans l’écosystème. Ainsi, les interactions proies-prédateurs sont une des voies qui structurent et déterminent les dynamiques des populations et le réseau trophique à l’échelle d’un écosystème. Parmi les sites d’étude d’intérêt majeur, le milieu marin est un espace soumis à des forçages naturels et anthropiques. A l’échelle de l’Océan Atlantique Nord-Est, le Golfe de Gascogne est une vaste baie bordée par l’Espagne au sud et la France à l’est. Ce Golfe est le siège historique d’une intense activité de pêches commerciales pour lesquelles les principales espèces de petits poissons pélagiques ciblés sont la sardine, Sardina pilchardus, et l’anchois, Engraulis encrasicolus. L’objectif de ces travaux est d’analyser l’écologie alimentaire printanière, de ces deux petits poissons pélagiques dans le Golfe de Gascogne. Pour ce faire, le premier volet s’est focalisé sur le compartiment des proies mésozooplanctoniques via deux approches : la caractérisation de leurs dynamiques spatio-temporelles sur la décennie 2003-2013 et la mesure de leur contenu énergétique au printemps. Il apparaît, à cette saison, que tous les types de proies ne se valent pas énergétiquement et que notre site d’étude représente une mosaïque d’habitats alimentaires. De plus, la communauté mésozooplanctonique printanière présente une forte structuration spatiale, une évolution temporelle marquée par un changement majeur d’abondance et un contrôle par la biomasse de microphytoplancton. Le second volet de ces travaux est relatif à une approche méthodologique de l’analyse de l’écologie alimentaire de S. pilchardus et E. encrasicolus. Trois traceurs trophiques distincts ont été utilisés : les ratios isotopiques du carbone et de l’azote, la faune parasitaire et les niveaux de contamination en mercure. Pour perfectionner l’utilisation du premier de ces traceurs, une approche expérimentale a été menée sur S. pilchardus pour déterminer un facteur de discrimination trophique. Finalement, il apparaît que l’utilisation de ces trois traceurs a toujours permis de mettre en évidence une variabilité temporelle relative de l’écologie alimentaire des poissons étudiés. En revanche, aucune dynamique spatiale n’a pu être détectée via ces traceurs
Dietary studies of marine species constitute an important key to improve the understanding of its biology and of its role in the ecosystem. Thus, prey-predator relationships structure and determine population dynamics and the trophic network at the ecosystem scale. Among the major study sites, the marine ecosystem is submitted to natural and anthropogenic constraints. In the North-Eastern part of the Atlantic Ocean, the Bay of Biscay is a large open area surrounded South by Spain and East by France. This bay is an historic place of intense fishery activities for which the main small pelagic species targeted are the pilchard, Sardina pilchardus and the anchovy, Engraulis encrasicolus. The aim of this work is to analyze the trophic ecology of these two small pelagic fish in spring in the Bay of Biscay. To do this, a first section is devoted to their prey composed by the mesozooplanktonic compartment, through a two-fold approach: the characterization of their spatio-temporal dynamics during the decade 2003-2013 and the measurement of their energetic content in spring. For this season, it appears that all prey types are not worth energetically and that the Bay of Biscay represents a mosaic of dietary habitat. Moreover, the spring mesozooplankton community presents a strong spatial structuration, a temporal evolution marked by a major change in abundance and a control by the microphytoplankton biomass. The second section of this work is relative to a methodological approach of the trophic ecology of S. pilchardus and E. encrasicolus. Three different trophic tracers have been used: isotopic ratios of carbon and nitrogen, parasitological fauna and mercury contamination levels. To improve the use of the first of these trophic tracers, an experimental approach has been conducted with S. pilchardus to determine a trophic discrimination factor. Finally, it appears that the use of these three trophic tracers has always been permitted to highlight a temporal variability of the relative trophic ecology of these fish. However, no spatial dynamics could be identified through these three trophic tracers

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Lopes, Ferreira Thiago. „Architectures vernaculaires et processus de production contemporains : formation, expérimentation et construction dans une communauté rurale au Brésil“. Thesis, Grenoble, 2014. http://www.theses.fr/2014GRENH037/document.

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Ce travail de thèse propose d’examiner les relations entre les processus historiques de production des cultures constructives traditionnelles, les processus de production des technologies au cœur du système industriel capitaliste et les nouveaux processus de production de technologies - collectives, solidaires, conscientes et soutenables - dans la production de l’habitat rural brésilien, de façon à nous fournir des pistes sur le développement de processus embryonnaires de production de nouvelles « cultures constructives contemporaines ». Notre question principale cherche à analyser dans quelles circonstances les processus de production de « nouvelles technologies » se présentent comme alternatives au déterminisme historique du processus de production industriel/capitaliste, favorisant des mécanismes de développement local, au sein de communautés rurales, principalement dans la production de leur habitat. Dans un premier temps, nous proposons de tisser une réflexion sur les notions de cultures constructives, en cherchant à relever des éléments qui nous fournissent des supports pour mieux comprendre comment certaines sociétés ont pu produire des « technologies » à un moment historique précis, adaptées à leur propre contexte culturel et environnemental, que les gens se sont appropriées et qui ont évolué, étant de ce fait légitimées et reproduites par les générations successives. Dans un deuxième temps, nous traiterons de la mutation de ce processus en un nouveau modèle de production, désormais convenu et hégémonique, fondé sur la rationalisation technique des systèmes de production, l'accentuation de la division sociale du travail, la fragmentation et spécialisation des processus productifs, entre autres facteurs, et de ses conséquences et implications. Enfin, dans un troisième moment, nous essaierons de nourrir la réflexion existante qui cherche à favoriser de nouveaux processus de production de technologies, ne pouvant pas être simplement considérées ou développées en tant qu’alternatives, basées dans la négation ou l’opposition aux caractéristiques présentes dans les technologies dites “conventionnelles”, mais qui peuvent contenir des principes, valeurs et caractéristiques autrefois présents dans les cultures constructives traditionnelles. A partir du dialogue réflexif entre ces différentes mais complémentaires bases de recherche, nous analyserons quelques expériences réalisées dans des communautés rurales brésiliennes, en tissant des réflexions critiques sur les processus de production de leur habitat
This thesis takes as its analytical perspective the contemporary manifestations of vernacular architecture production and building cultures within the complex correlation of forces and interests that shape and determine the phenomena of capitalist production of popular housing.The analytic framework is delineated from a series of reflections of theoretical and conceptual order, in relation to the analysis of a popular housing building site within an agrarian reform rural settlement in Brazil. This assumes the form of a field school in loco on the building site and is projected as a stage for experiments and experiences, where the proposal is to combine pedagogy and production in the same space. The processes of knowledge formation and construction occur simultaneously and complementarily to practical achievements and development of technologies.This building site is thus transformed into a tool for the constitution of a dialectical space of social work, where the orientation of its productive experimenting is focused on the challenge of designing a house from the local generation of social technologies, through the use of natural materials and reuse of discarded resources. A theoretical work, presented in the initial of the thesis, provides the framework for this fieldwork, which feeds back our reflection on processes of production and development of new vernacular architectures, integrated into their territories
Esta tese possui como perspectiva de análise as manifestações contemporâneas de produção das arquiteturas vernáculas e culturas construtivas, dentro da complexa correlação de forças e interesses que formatam e determinam os fenômenos de produção capitalista das habitações populares. Seu contorno analítico está delineado a partir de uma série de reflexões de ordem teórico-conceituais relacionadas com as análises de um canteiro habitacional dentro de um assentamento rural de reforma agrária. Este, assume a forma de um canteiro-escola e se projeta como palco de experimentações e vivências, onde se propõe como prática o exercício de conjugar pedagogia e produção no mesmo espaço. Os processos de formação e construção dos conhecimentos ocorrem de maneira complementar e simultânea às realizações práticas e ao desenvolvimento das tecnologias. Tal canteiro se transforma, assim, em ferramenta para constituição de um espaço dialético de trabalho social, onde o experimentar produtivo está focado no desafio de conceber uma habitação a partir da geração local de tecnologias sociais, por meio do uso de materiais naturais e da reutilização de recursos descartados. O trabalho teórico, apresentado nas primeiras partes da tese, define o quadro de sua práxis, que por sua vez, realimenta a reflexão sobre os processos de produção e desenvolvimento de novas formas de arquiteturas vernáculas, integradas aos seus territórios

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Bouchet, Diane. „Succession écologique et influence de la fauche dans des communautés végétales de talus routiers en région méditerranéenne française“. Thesis, Montpellier, 2016. http://www.theses.fr/2016MONTT119.

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Les mesures de végétalisation ou de restauration écologique nécessitent de comprendre les mécanismes qui sous-tendent les changements de composition et de structure de la végétation au cours de la succession écologique. Des perturbations, d’intensité et fréquence variables, naturelles ou causées par l’Homme, agissent souvent en interaction sur la dynamique temporelle de la végétation. Cependant, l’influence d’une perturbation récurrente combinée aux changements écologiques au cours de la succession est restée peu étudiée jusqu’à présent.Les communautés végétales de talus routiers représentent un modèle pertinent pour étudier cette problématique. L’historique d’aménagement et de gestion des talus est particulièrement bien renseigné ; on a donc une connaissance précise de l’âge des communautés et de leur régime de perturbation par la fauche. Les talus routiers fournissent ainsi un plan quasi-expérimental in situ permettant l’étude des processus qui affectent l’assemblage des communautés au cours de la succession sous l’influence d’une perturbation récurrente.L’objectif principal de cette étude est de caractériser la dynamique successionnelle initiée par la mise en place d’un talus routier en région méditerranéenne et de déterminer les processus écologiques et les facteurs environnementaux influençant cette dynamique. On s’intéresse en particulier à l’influence de la fauche récurrente sur cette dynamique.Pour cela, nous avons étudié la composition floristique et la diversité des traits fonctionnels (traits foliaires et de phénologie de floraison principalement) de la végétation de talus routiers de l’Hérault (France). Chaque talus inclut une partie fauchée et une partie non fauchée, l’ensemble formant une chronoséquence sur près de 70 ans.L’analyse des variations taxonomiques entre les communautés végétales de talus routiers montre un large remplacement des espèces au cours de la succession. Ce turnover floristique est associé à des changements fonctionnels au sein des communautés. Ces derniers sont structurés par des filtres environnementaux qui influent (1) sur la synchronie de floraison entre espèces au sein des communautés au cours du temps et (2) sur la diversité de combinaisons de traits fonctionnels entre communautés d’âge similaire. Ces changements de filtres environnementaux au cours du temps semblent liés à des changements pédologiques et à l’augmentation de l’hétérogénéité spatiale des conditions de lumière et de température (avec la fermeture progressive de canopée). La fauche altère les trajectoires floristiques et fonctionnelles, notamment en provoquant un ralentissement du changement de stratégie d’utilisation des ressources au cours de la succession par rapport à la trajectoire naturelle, sans fauche. De plus, cette perturbation récurrente induit une augmentation de la diversité taxonomique et fonctionnelle au sein des communautés alors qu’elle la réduit entre communautés d’âge similaire. Finalement, la fauche agit comme un filtre environnemental supplémentaire sur l’assemblage des communautés au cours de la succession et induit une homogénéisation de la végétation entre communautés d’âge similaire.Les conclusions de cette étude contribuent à la connaissance écologique fondamentale. En termes d’implications pour la gestion des communautés végétales de talus routiers, nos conclusions suggèrent, entre autres, que l’association de végétation fauchée et non fauchée au sein des mêmes sites pourrait servir d’habitat pour une plus grande diversité de faune associée. Cette association permettrait de plus d’avoir un rendu paysager agréable aux usagers de la route, tout en garantissant une bonne visibilité pour la sécurité routière
The success of revegetation or ecological restauration highly depends on our knowledge of mechanisms underlying changes in composition and structure of the vegetation along the ecological succession. Natural or human-induced disturbances of varying intensity and frequency often occur simultaneously to influence vegetation temporal dynamics. However, the influence of a recurrent disturbance combined with ecological changes along plant succession remains poorly documented.Plant communities growing on road slopes are particularly appropriate to study this issue. Construction work and management history are well documented, so that the age of the vegetation and its disturbance regime by mowing can be precisely informed. Thus, road slopes plant communities represent an in situ quasi-experimental framework particularly adapted to study processes affecting community assembly along the ecological succession under the influence of a recurrent disturbance.The principal objective of this study is to characterise the successional dynamic initiated after road slope construction in the Mediterranean area, and to identify the ecological processes and environmental factors influencing this dynamic. We particularly focused on the influence of recurrent mowing on this dynamic.We studied the floristic composition and the diversity of functional traits (mainly leaf traits and flowering phenology traits) in a 70-year long chronosequence of French Mediterranean (Hérault, France) road slopes, each including both mown and unmown vegetation.The analysis of taxonomical variations between road slopes plant communities reveals a large species turnover along the ecological succession. This floristic turnover relates with functional changes within communities. These functional changes are structured by environmental filters influencing flowering synchrony within communities on one hand, and the diversity of a combination of functional traits between communities of similar age on the other hand. These environmental filters changing along the succession relate with changing soil parameters and increasing spatial heterogeneity of light and temperature conditions with canopy closure.Mowing alters floristic and functional trajectories along the succession, notably through the decrease of speed in resource-use strategy changes along the succession in mown communities compared to unmown communities. In addition, this recurrent disturbance increases taxonomic and functional diversity within communities, while it decreases taxonomic and functional turnover between communities of the same age. Finally, mowing acts as an additional environmental filter on community assembly along the succession and homogenises vegetation between communities of the same age.The conclusions of this study provide basic knowledge in ecology. It also has implications for the management of road slopes plant communities in the perspective of their revegetation after construction work. Our conclusions suggest, amongst others, that combining mown and unmown vegetation could provide habitats for a higher diversity of associated fauna. In addition, it would allow vegetation to be pleasant to road users, while still ensuring a good visibility for road safety

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Bertrand, Céline. „Réponses de la communauté phytoplanctonique et de la population de la Diatomophycée, Asterionella formosa Hassal, à la variabilité physique, chimique, biotique de l'environnement à l'échelle d'un complexe hydraulique composé de 9 retenues artificielles en région méditerranéenne (Sud-Est de la France)“. Aix-Marseille 3, 2002. http://www.theses.fr/2002AIX30034.

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La Durance et le Verdon, rivières du Sud-Est de la France, ont subi d'importants aménagements destinés à la production énergétique et la gestion de la ressource en eau (irrigation, eau potable). Les retenues ainsi édifiées sont soumises à différentes modalités de gestion hydraulique. Les réponses du compartiment phytoplanctonique à la variabilité physique et chimique de l'environnement ont été envisagées à l'échelle d'une série de retenues du complexe Durance-Verdon. Les effets de la perturbation anthropique ont été testés, en regard avec le concept de "l'Intermediate Disturbance Hypothesis", à deux niveaux d'organisation, le peuplement phytoplanctonique (richesse taxinomique) et la population d'une Diatomée, Asterionella formosa (richesse architecturale). Cette algue constitue une nuisance pour les gestionnaires, en affectant l'efficacité des systèmes de potabilisation de l'eau de la Société des Eaux de Marseille. Une étude expérimentale a permis de déterminer l'influence des modifications densitaire et architecturale d'A. Formosa dans la perte d'efficacité du traitement de floculation
Intensive impoundments have been built on southeastern France Rivers, Durance and Verdon, to satisfy human needs in energy and water resources. The course of both rivers is interrupted by reservoirs with quite different morphometric and hydrodynamic characteristics. Phytoplanktonic responses to physical and chemical environmental variability has been studied along a series of reservoirs from the Durance-Verdon complex. The "Intermediate Disturbance Hypothesis" concept has been tested on phytoplanktonic communities (taxonomic richness) and Asterionella formosa populations (architectural richness) subjected to human disturbances. This diatom induces dysfunctions on water supply companies treatment (Societe des Eaux de Marseille). An experimental study has been conducted on A. Formosa cultures to determine effects of density and architectural modifications on the efficiency of floculation treatment

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Burst, Maxime. „Les communautés végétales des interfaces forêt-prairie et leur environnement face aux cas d'afforestation et de déforestation“. Thesis, Université de Lorraine, 2017. http://www.theses.fr/2017LORR0078/document.

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En Europe tempérée, les paysages sont dominés par une mosaïque de forêts, prairies et cultures depuis plusieurs siècles. Cette longue période de temps a permis la spécialisation d'espèces au sein des habitats et de leurs interfaces grâce à de forts contrastes environnementaux. Cependant, de fréquents changements d'occupation du sol ont eu lieu par le passé, lesquels se sont accélérés dans les dernières décennies, remettant en cause la stabilité des communautés végétales et de leur environnement. L'afforestation d'anciennes prairies et l'extension de prairies par déforestation, le plus souvent issues de la progression et de la régression d'anciennes lisières, n'ont que peu été étudiées. Au sein des interfaces foret-prairie, en plus d'un effet lisière induit au sein de chaque habitat par la proximité de l'habitat adjacent, un effet histoire peut s'ajouter au sein des habitats récents, c'est-à-dire un héritage environnemental et/ou floristique (dette d'extinction, crédit de colonisation). Au sein des lisières d'habitats récents, une interaction entre effet lisière et effet histoire peut également être rencontrée. Dans cette thèse, les objectifs ont été d'évaluer l'influence relative de l'effet lisière et de l'effet histoire le long d'interfaces forêt-prairie stables, issues d'afforestation et issues de déforestation en s'intéressant (i) aux conditions environnementales, (ii) à la richesse et à la composition floristique des communautés végétales, et (iii) aux valeurs de traits au sein des communautés. Nos résultats ont montré des gradients croissants d'intensité lumineuse et de nutriments des sols allant des lisières aux cœurs de prairies. En réponse à ces gradients, un fort effet lisière sur la composition des communautés végétales a été trouvé en prairie. Ces différences floristiques entre lisières et cœurs de prairies s'expliquent par la présence d'un grand nombre d'espèces transgressives parmi les espèces spécialistes de forêt, lesquelles ont des valeurs de traits favorisant leur transgression en prairie. A côté de cela, une dette d'extinction d'espèces spécialistes de prairie a été trouvée au sein des forêts récentes, laquelle est responsable d'une hauteur végétative plus importante par rapport aux forêts anciennes. Ces résultats s'expliquent par une intensité lumineuse restée plus élevée au sein des forêts récentes, même après plusieurs décennies. Une dette d'extinction d'espèces spécialistes de forêt a aussi été mise en évidence en lisière de prairie récente, laquelle est le résultat d'une interaction entre effet lisière et effet histoire. En prairie récente, l'effet lisière favorise le maintien des espèces forestières. D'après nos résultats, les lisières de forêt et de prairie, dont la plupart ont subit un déplacement au cours des deux derniers siècles, hébergent de nombreuses espèces végétales spécialistes des habitats anciens, parfois en dette d'extinction. Une réévaluation de la distribution des espèces au sein des communautés végétales de forêts et prairies semble alors nécessaire en tenant en compte de l'histoire des habitats. Face à l'instabilité croissante des forêts et prairies, l'identification des espèces en dette d'extinction représente une chance pour la conservation et la restauration de la biodiversité végétale
In temperate Europe, landscapes are dominated by a mosaic of forests, grasslands and crops since several centuries. This long period of time allowed the specialization of species within the habitats and their interfaces thanks to strong environmental contrasts. However, there have been frequent land-use changes in the past, which have accelerated in recent decades, challenging the stability of plant communities and their environment. The afforestation of former grasslands and the extension of grasslands by deforestation, mostly resulting from the progression and regression of the edges, have been poorly studied. In the forest-grassland interfaces, in addition to an edge effect induced in each habitat by the proximity to the adjacent habitat, a history effect can be added in recent habitats, i.e. an environmental and/or floristic legacy (extinction debt, colonization credit). In the recent habitat edges, an interaction between edge effect and history effect can also be encountered. In this thesis, the objectives were to evaluate the relative abundance of the edge effect and the history effect along forest-grassland interfaces stable, from afforestation process and from deforestation process, by studying (i) environmental conditions, (ii) the richness and floristic composition of plant communities, and (iii) trait values within communities. Our results showed increasing gradients of light intensity and soil nutrients ranging from grassland edges to grassland cores. In response to these gradients, a strong edge effect on the composition of plant communities was found in grasslands. These floristic differences between grassland edges and grassland cores are explained by the presence of a large number of transgressive species among the forest specialist species, which have trait values favoring their transgression in grasslands. Besides this, an extinction debt of grassland specialist species has been found in recent forests, which is responsible for a higher vegetative height compared to ancient forests. These results can be explained by the fact that light intensity remained higher in recent forests, even after several decades. An extinction debt of forest specialist species has also been demonstrated in the recent grassland edges, which is the result of an interaction between edge effect and history effect. In recent grasslands, the edge effect favors the maintenance of forest species. According to our findings, forest and grassland edges, most of which have been displaced over the past two centuries, are home to many plant species that are habitat specialists, sometimes in extinction debt. A re-evaluation of the distribution of species within forest and grassland plant communities then seems necessary, taking into account the history of habitats. In a context of increasing forests and grasslands instability, the identification of species in extinction debt represents an opportunity for the conservation and restoration of plant biodiversity

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Tardy, Vincent. „Lien entre la diversité microbienne, la stabilité des communautés microbiennes et le turnover des matières organiques du sol“. Thesis, Dijon, 2014. http://www.theses.fr/2014DIJOS081/document.

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Les communautés microbiennes sont des acteurs majeurs du fonctionnement biologique du sol à travers notamment leur implication dans les transformations des cycles biogéochimiques (C, N, P…). Dans les agro-écosystèmes, la diversité de ces communautés est régulièrement modifiée par des perturbations liées aux pratiques agricoles et la question des conséquences de ces modifications pour le maintien du fonctionnement biologique et des fonctionnalités des systèmes agricoles est aujourd’hui centrale. Si le rôle de la diversité biologique pour le fonctionnement des écosystèmes a été bien étudié chez les macro-organismes, et notamment les plantes ; la relation biodiversité/activité est encore très mal connue pour les microorganismes du sol. Pourtant, dans la mouvance agroécologique actuelle, cette connaissance est nécessaire pour définir de nouvelles pratiques culturales intégrant une gestion de la diversité microbienne pour une utilisation durable des agrosystèmes. Dans ce travail, l’objectif général était de tester l’importance de la diversité pour la stabilité (résistance/résilience) et l’activité des communautés microbiennes (bactéries et champignons) impliquées dans les transformations de la matière organique dans le sol, une fonction déterminante pour la fertilité des sols, la qualité de l’environnement et les changements globaux. D’un point de vue expérimental, nos questions ont été abordées par le couplage d’expérimentations au laboratoire avec des échantillonnages réalisés au terrain. Dans un premier travail basé sur une manipulation de la diversité au laboratoire, nous avons montré que la stabilité de la structure et de l’activité des communautés en réponse à différentes perturbations est positivement liée à la diversité microbienne (i.e. nombre d’espèces). Ce lien a ensuite été validé par une expérimentation basée sur un échantillonnage de terrain qui nous a permis de démontrer (i) que la diversité microbiennes peut être modulée (augmentée ou diminuée) en fonction de l’intensité d’usage des sols, et (ii) que la minéralisation de la matière organique est plus intense dans les sols présentant les plus hauts niveaux de diversité. Enfin, dans le cadre d’une expérimentation réalisée au terrain (SOERE-ACBB, Lusignan), nous avons montré que la réponse des communautés de bactéries et de champignons à un apport de résidus de blé, en termes de successions de populations et d’activité de minéralisation de la matière organique, dépend de l’historique cultural du sol. Ces travaux apportent de nouvelles connaissances sur l’importance de la diversité microbienne (richesse, composition) pour la stabilité et l’activité des communautés impliquées dans les transformations de la matière organique dans le sol. Ils montrent également que la modulation de la diversité des communautés microbiennes du sol par les pratiques agricoles, présentes ou passées, peut affecter significativement le turnover de la MOS
Soil microbial communities act as important agents of the biological soil functioning, particularly through their involvements in the transformations of biogeochemical cycles (C, N, P…). In agro-ecosystems, the diversity of these communities is affected by perturbations associated to agricultural practices, and the significance of these modifications in terms of preservation of biological functioning and sustainability of agricultural systems has emerged as a central issue in the environmental sciences. Whereas the role of biodiversity has been well studied for macroorganisms, in particular for plants; the biodiversity/activity relationship is still largely unknown for soil microorganisms. However, in the current agro-ecological movement, this knowledge is needed to define new agricultural practices including a best management of microbial diversity for the sustainable use of agro-ecosystems. In this context, the objective of this Phd was to test the significance of microbial diversity for the stability (resistance/resilience) and the activity of microbial community (bacteria and fungi) involved in the turnover of soil organic matter, a major function for soil fertility, environment quality and global changes. From an experimental point of view, these issues were addressed by coupling laboratory with field experiments. In a first work, by manipulating microbial diversity in laboratory condition, we have shown that the stability of both microbial genetic structure and activity in response to different perturbations is positively linked to microbial diversity (i.e. number of species). This link was then validated by a sampling based on a field experiment that allowed us to demonstrate that (i) the soil microbial diversity can be modulated (increased or decreased) depending the intensity of land use management, and (ii) the mineralization of organic matter is more intense in the soil with the highest level of diversity. Finally, thanks to an experiment carried out in the field (SOERE-ACBB, Lusignan), we showed that the response of bacterial and fungal communities to wheat residues supply in terms of successions of microbial populations and activities of organic matter mineralization depends on the soil management history. These works provide new insights into the significance of microbial diversity (richness, composition) for the stability and the activity of communities involved in the soil organic matter turnover. They also suggest that the modulation of the diversity of soil microbial communities by agricultural practices, past or present, can significantly affect the turnover of soil organic matter

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Cauvy-Fraunié, Sophie Amelie. „Hydro-écologie des communautés d'invertébrés aquatiques dans les rivières glaciaires équatoriennes“. Thesis, Paris 6, 2014. http://www.theses.fr/2014PA066547/document.

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Dans les bassins versants montagneux englacés la biodiversité des rivières est fortement influencée par l'hétérogénéité physico-chimique des habitats due aux dynamiques spatio-temporelles des contributions des différentes sources d'eau: la fonte des neiges, de la glace et les eaux souterraines. Un des effets du réchauffement climatique est l'accélération de la fonte des glaciers entraînant la réduction de la contribution en eaux de fonte. Cette modification du régime des eaux va probablement affecter la biodiversité aquatique. Ainsi il est primordial d'identifier les effets de l'influence glaciaire sur les communautés aquatiques afin de pouvoir prévoir l'impact du retrait glaciaire sur la biodiversité aquatique. Dans cette étude nous avons examiné l'effet de l'influence glaciaire sur les macroinvertébrés aquatiques. L'étude a été menée dans 51 sites dans un bassin versant englacé dans les Andes équatoriennes (Antisana, Équateur) où les crues glaciaires ont lieu toute l'année dû au manque de saison. Nos principaux objectifs étaient de déterminer l'influence glaciaire à chaque site, caractériser l'impact de l'influence glaciaire sur les communautés de macroinvertébrés et anticiper la réponse des macroinvertébrés aquatiques face au retrait des glaciers. Pour répondre à ces objectifs, nous avons quantifié l'influence glaciaire à partir de différentes méthodes et testé son effet sur les macroinvertébrés à plusieurs échelles: du cours d'eau au bassin versant. Cette étude nous a permis de mieux comprendre les mécanismes dirigeant la distribution des macroinvertébrés et de déterminer le potentiel risque d'extinction d'espèces due la diminution de la contribution en eau glaciaire
In mountainous glacierized catchments, stream biodiversity is strongly influenced by physicochemical habitat heterogeneity linked to the spatio-temporal dynamics of water source contributions from snowmelt, ice-melt and groundwater. One impact of climate change is the rapid shrinking of glaciers, resulting in a reduction in glacial meltwater contribution to river flow in glacierized catchments. These modifications in water regimes are expected to affect the aquatic biodiversity. Thus it is of critical importance to understand the effect of glacial influence on aquatic communities in glacierized catchments to be able to predict the impact of glacier retreat on the aquatic biodiversity. In this study, we investigated the effects of the glacial influence on aquatic macroinvertebrates. The study was conducted in 51 stream sites in a glacierized catchment in the equatorial Andes (Antisana, Ecuador), where glacial floods occur all year round due to the lack of thermal seasonality. Our main objectives were to determine the glacial influence at each stream site; to characterize the impact of the glacial influence on the macroinvertebrate communities; and to anticipate the aquatic macroinvertebrates response to glacier retreat. In order to meet these objectives, we quantified the glacial influence using different methods and test its effects on macroinvertebrates at different scales from the stream reach to the entire catchment. These analyses allowed us to better understand the mechanisms governing macroinvertebrates distribution, and to determine the potential risk of species loss with the diminution of glacial meltwater contribution

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Dufossé, Fabien. „Effets de la limitation en sels nutritifs, de la température et de leurs interactions sur la réponse de cinq espèces phytoplanctoniques : approche multifactorielle expérimentale en monoculture et en communauté“. Thesis, Lille 1, 2014. http://www.theses.fr/2014LIL10174/document.

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Les effets de la limitation en azote et en phosphore, de la température et de leurs interactions ont été étudiés expérimentalement sur cinq microalgues marines présentant des phénologies différentes en Manche Orientale ainsi qu’une large gamme de volumes cellulaires. Nos résultats montrent un effet plus fort des sels nutritifs par rapport à la température sur les différents traits mesurés et des différences de réponse au sein d’un même groupe fonctionnel classique. Le volume cellulaire est un paramètre essentiel à prendre en compte dans la définition de groupes fonctionnels car ils conditionnent une partie des réponses des microalgues aux différentes conditions environnementales. Une forte diminution de l’activité photosynthétique est constatée pour les petites cellules du fait d’une interaction entre les sels nutritifs et la température. Les sels nutritifs, la température et leur intéraction influencent la formation de sucres de façon spécifique, aboutissant à une augmentation de sucres par cellules. Enfin, des communautés expérimentales en limitation azote, phosphore et sans limitation, ont été constituées afin de comparer la productivité des communautés et des monocultures. La limitation en azote influence la composition spécifique des communautés et aucune relation claire entre diversité et productivité n’est mise en évidence. Cependant, les communautés sont plus efficaces que les monocultures pour l’absorption des sels nutritifs et de lumière. Toutes ces observations sont essentielles pour comprendre les effets des modifications environnementales sur les microalgues dans le cadre du changement global et par extension, sur le fonctionnement des écosystèmes marins
The effects of nitrogen and phosphorus depletion, temperature and their interaction were studied on five microalgae which differ in terms of phenology and size. By a multifactorial experimental approach, we demonstrated that nutrient effects override temperature effects, and that species from a same classical functional group could show different responses. Our results suggest that size matters for the responses of microalgae in our different conditions. Indeed, an interactive effect of temperature and nutrients was observed leading to decrease of photosynthetic activity of the small sized algae. These species also showed a high variability in their responses compared to larger ones. Furthermore, particular and dissolved carbohydrates per cell was positively influenced by nutrient limitation, temperature or their interaction, independently of cell size but rather in a specific way. Lastly, in order to highlight the relationship between productivity and diversity three experimental communities were done under nitrogen or phosphorus depletion. Our results demonstrated a better efficiency of nutrient and light absorption of communities compared to monocultures. However these communities were overall less productive than monocultures in terms of carbohydrate and biomass formation. No clear trend between diversity and productivity was shown in our study. Our results provide useful information about the responses of phytoplankton to environmental gradients and consequently of several ecosystem processes taking into accounts the modifications expected through global change

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Dusza, Yann. „Toitures végétalisées et services écosystémiques : favoriser la multifonctionnalité via les interactions sols-plantes et la diversité végétale“. Thesis, Paris 6, 2017. http://www.theses.fr/2017PA066033/document.

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Les toitures végétalisées sont des écosystèmes urbains et construits en essor constant en France et dans le monde. Elles sont associées à plusieurs services écosystémiques tels que la limitation du ruissellement des eaux de pluie vers les canalisations, la réduction des effets d'îlots de chaleur urbains ou l'augmentation de la biodiversité en ville. L'amélioration de la quantité et de la qualité des services écosystémiques attendus nécessite de comprendre l'influence des interactions entre les composantes de la toiture végétalisée, à savoir la composition du sol, sa profondeur et la communauté végétale, sur les multiples fonctions écosystémiques associées. Pourtant, ces interactions n'ont jamais été étudiées dans le contexte des toitures végétalisées. A l'aide d'expérimentations en milieu contrôlé puis en conditions réelles sur une toiture parisienne, nous avons cherché à comprendre comment les interactions entre les composantes des toitures végétalisées influencent des fonctions majeures liées aux cycles biogéochimiques du carbone, de l'azote et de l'eau, ainsi qu'à la pollinisation. Nous avons mis en évidence une influence majeure des interactions entre type de sol, profondeur du sol, espèces de plantes et diversité végétale sur (1) le niveau de réalisation des fonctions écosystémiques ainsi que (2) les interactions entre ces fonctions. Nous avons montré que le choix des composantes d'une toiture pouvait conduire à des compromis entre services écosystémiques. Nous proposons des pistes de conception et de gestion pour obtenir des toitures végétalisées multifonctionnelles
Green roofs are urban constructed ecosystems, associated with multiple ecosystem services, such as urban heat island and stormwater runoff mitigation or support for biodiversity. Enhancing the quality and quantity of expected ecosystem services requires to understand how interactions between substrate composition, substrate depth and plant community affect multiple ecosystem functions. However, such interactions have never been studied on green roofs. Using experimental approaches under controlled and real conditions on a Parisian rooftop, we focused on the influence of soil-plant interactions on key ecosystem functions related to carbon, nitrogen and water cycles as well as pollination. We highlighted that interactions between substrate type, substrate depth, plant species and plant diversity affect (1) the level of ecosystem functions and (2) interactions between functions. We found that the choice of green roof components could lead to trade-offs between ecosystem services. We propose general guidelines for the conception and management of multifunctional green roofs

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Pampoulie, Christophe. „Conséquences d'une arrivée massive d'eau douce sur la communauté de gobies (Téléostéens, Poissons) d'une lagune méditerranéenne : l'exemple de l'étang du Vaccarès (Camargue, France)“. Montpellier 2, 1999. http://www.theses.fr/1999MON20148.

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Nous avons etudie l'effet d'une arrivee massive d'eau douce sur une communaute de gobies, constituee de gobius niger, pomatoschistus minutus et p. Microps, d'une lagune saumatre mediterraneenne, l'etang du vaccares. Trois points principaux ont ete abordes : - l'effet de cet evenement sur les parametres du milieu. Nos resultats montrent des modifications de nombreux parametres physico-chimiques dont certaines se sont maintenues durant notre suivi. Nous discutons des effets possibles directs et indirects de ces modifications sur le peuplement de poissons. - l'effet de cet evenement sur la communaute de gobies. Nous montrons la modification de la composition specifique de cette communaute, et discutons des parametres responsables de la disparition de g. Niger, des variations de captures de p. Minutus et de l'augmentation de celles de p. Microps. Les modifications observees dans la structure du peuplement et dans la croissance de p. Microps sont expliquees par un changement de sa strategie de reproduction. - l'effet de cet evenement sur les traits d'histoire de vie des trois especes. Nous montrons que p. Microps investit plus d'energie dans la reproduction apres les inondations, et ce malgre la presence d'un parasite intraclomique dont les effets sur la survie et l'effort reproducteur sont importants. Nous discutons egalement des differences observees dans les reactions de ces trois especes, et tentons de les expliquer par les differences de strategies et par leur tolerance aux variations des parametres environnementaux.

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Rolet, Céline. „Les communautés macrozoobenthiques des sédiments meubles intertidaux du littoral Nord – Pas-de-Calais : structure, relations avec les limicoles hivernants et enjeux de conservation“. Thesis, Lille 1, 2015. http://www.theses.fr/2015LIL10052/document.

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Les zones intertidales meubles sont reconnues comme des écosystèmes d’interface majeurs, procurant un habitat transitoire et/ou permanent pour la reproduction, l’alimentation et la migration de nombreuses espèces. Cependant, dans le contexte d’une anthropisation croissante des zones littorales, ces zones d’interface sont aujourd’hui menacées. Il apparaît donc primordial d’étudier leur biodiversité et leur fonctionnement écologique afin de mettre en place des mesures de gestion et de conservation efficaces. Pour répondre à cette problématique, les relations entre la macrofaune benthique (proies) et les oiseaux limicoles (parmi leurs principaux prédateurs) ont été étudiées à l’échelle du littoral Nord – Pas-de-Calais. Les principales questions de ce travail étaient : (1) Quelles sont les communautés macrobenthiques présentes dans ces zones intertidales ? (2) Quelles sont leurs relations avec les limicoles hivernants dans un cadre spatial ? (3) De potentiels forçages anthropiques affectent-ils ces deux compartiments (i.e. benthique et/ou avifaune) ? Ce travail de thèse a permis de caractériser la diversité, l’abondance, la biomasse et la distribution spatiale des communautés macrobenthiques des sédiments meubles intertidaux selon la classification d’habitats EUNIS et d’étudier les relations (approche fonctionnelle) entre ces communautés et leurs prédateurs principaux, les limicoles, en période hivernale. Des sites d’importance écologique ont pu être mis en évidence et doivent être ciblés en priorité pour la mise en place de mesures de gestion et de conservation à l’échelle régionale
Soft intertidal areas are recognized as major interface ecosystems providing permanent or transitory habitat for reproduction, feeding and migration of many species. However, in the context of increasing human impact on coastal areas, beaches and estuaries are highly threatened. Studying their biodiversity and ecological functioning is therefore required to implement effective management and conservation strategies. As a contribution to achieve this goal, the relationship between benthic macrofauna (preys) and shorebirds (among their most important predators) were studied at the scale of Northern France. The main questions of this study were: (1) What are the macrobenthic communities found in soft intertidal areas (beaches and estuaries)? (2) What are their relationships with wintering shorebirds in a spatial context? (3) Do human forcings potentially affect these two biological compartments (i.e. benthic communities and shorebirds)? This work enabled, in a first step, the characterization of macrozoobenthic communities located in soft intertidal areas (diversity, abundance, biomass and spatial distribution) according to the EUNIS habitat classification. The relationship (functional approach) between these communities and their major predators (shorebirds) in winter has been investigated in a second step. Ecologically important sites have been identified and should be targeted as a priority for the implementation of management and conservation strategies at the regional scale

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Fadda, Sylvain. „Organisation des communautés de coléoptères terricoles en écosystème multi-perturbé : le cas des écosystèmes de pelouses sèches“. Aix-Marseille 3, 2007. http://www.theses.fr/2007AIX30079.

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Les objectifs principaux de cette thèse sont de quantifier les modifications engendrées sur les communautés de Coléoptères terricoles d'un écosystème steppique (la plaine de Crau dans les Bouches-du-Rhône) par des changements d'usage des terres : d'un pâturage ovin séculaire, correspondant à l'arrêt d'un régime de perturbation endogène. Si ces deux changements d'usage produisent un effet négatif sur la communauté végétale de la steppe méditerranéenne de Crau, en diminuant considérablement sa richesse et sa diversité ; l'effet produit sur les communautés de Coléoptères est quand à lui différent. Ainsi, les communautés de Coléoptères des friches post-culturales sont plus riches et plus équilibrées que celles de la steppe. Les espèces les plus communes dans la steppese trouvent dans les friches, avec cependant des densités inférieurs. L'auto-restauration des communautés de Coléoptères de la steppe sur les friches à partir des lisières n'est que partielle. Elle est limitée par l'absence de végétation steppique et la modification de certains facteurs biotiques. Des mesures de restauration écologique visant à rétablir le recouvrement de galets en îlots clairsemés et répartis de manière aléatoire, associée à une réduction ou à une exclusion du pâturage durant quelques années, peuvent être envisagées afin d'accélérer les processus de régénération des Communautés de Coléoptères. Leurs impacts au bout de quatre années restent cependant encore limités. . .

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Calba, Sarah. „Pourquoi sauver Willy ? : Épistémologie synthétique de la prédiction en écologie des communautés“. Thesis, Montpellier 2, 2014. http://www.theses.fr/2014MON20183/document.

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Je vous propose à travers la lecture de cette thèse d'entreprendre un voyage épistémologique, un déplacement hors de votre lieu de résidence (et de recherche) habituel, un passage du "comment", donc de la résolution de questions pragmatiques, au "pourquoi", à la définition des finalités de la recherche scientifique. Ce voyage doit être vécu comme une aventure, une tentative difficile et périlleuse au cours de laquelle vous serez amené à défier l'autorité d'un Grand Partage régnant sur les mers épistémologiques, légitimant la connaissance vraie et justifiée au détriment de la croyance et de l'opinion. Ce départage opposera au réalisme une posture constructiviste et relativiste affirmationniste concevant la recherche scientifique non comme un progrès dans la découverte du réel ou vers une vérité universelle mais comme la confrontation de points de vue donnant lieu à des définitions communes, des représentations partagées. S'en suivra une escale sur l'île de l'écologie des communautés, où l'étude des prédictions produites par les écologues illustrera deux types de recherche : l'une, qualifiée d'analytique, vise à fournir des explications du réel par la décomposition et la simplification ; l'autre, qualifiée de synthétique, veut la compréhension par la mise en lien. Alors que la première utilise un langage exclusif, engendrant un double mouvement d'exclusion et d'esquive de certaines questions, la seconde discute par le biais d'un langage coélitaire, créant de la complexité, de l'épaississement pour reconfigurer notre connaissance du monde afin de susciter des questions subjectivement neuves. Ce voyage aboutira à la proposition d'une nouvelle architecture pour la maison écologie alors engagée dans une recherche synthétique
With this thesis, I propose that you undertake an epistemological travel to move outside your usual place of residence (and of research), a transition from the “how”, so from the resolution of practical issues, to the “why” and the definition of the purposes of scientific research. This travel must be experienced as an adventure, a difficult and dangerous attempt during which you will defy the authority of a Grand Partage prevailing on the epistemological seas, legitimizing a true and justified knowledge to the detriment of belief and opinion. This will oppose a realist position to a constructivist and relativist affirmationist position seeing scientific research not as one step in the discovery of the real or of a universal truth but as the confrontation of points of view leading to common definitions and shared representations. Will follow a stopover on the island of community ecology, where the study of different kinds of predictions produced by ecologists is used to illustrate two types of research: one is called “analytical” and aims to provide explanations of reality by decomposition and simplification; the other one, called “synthetical” intends to understand by setting links. While the first uses an exclusive language, generating a double movement of exclusion and avoidance of some questions, the second discusses through a coélitaire language, creating complexity and thickening to reconfigure our knowledge of the world to generate questions that are subjectively new. This travel will finally lead to the proposal of a new architecture for the home of ecology engaged in a synthetical research

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François, Sarah. „Diversité et écologie des virus associés aux arthropodes : des communautés aux génomes“. Thesis, Montpellier, 2017. http://www.theses.fr/2017MONTT106/document.

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Les nouvelles technologies de séquençage des génomes ont permis de révéler l’extraordinaire diversité des séquences virales dans des groupes d’hôtes jusque-là largement inexplorés. Ainsi, notre connaissance des virus d’arthropodes, infectant les animaux les plus diversifiés et abondants sur Terre, était jusque-là essentiellement réduite à des espèces d’intérêt économique et médical. Les nouvelles données de diversité virale chez les arthropodes illustrent le besoin d’étendre l’inventaire viral à l’échelle de l’écosystème et d’inclure les virus comme une composante essentielle de leur fonctionnement et de leur évolution.Dans ces travaux de thèse, j’ai développé et appliqué deux approches d’étude de la diversité virale chez des arthropodes, ainsi que de la circulation des virus dans des écosystèmes, en me focalisant sur des espèces d’intérêt agronomique : i) une approche virus-centrée par fouille de bases de données nucléotidiques, en recherchant la présence d’un groupe de petits virus à ADN inféodés aux arthropodes, les densovirus ii) une approche arthropode-centrée, utilisant une méthode séquençage haut débit de génomes viraux (métagénomique virale) pour analyser des communautés virales associées à des arthropodes de différents niveaux trophiques échantillonnés dans des agroécosystèmes.Mes résultats ont permis de :(i) Mettre en évidence que les densovirus sont largement présents dans l’ensemble du règne animal - notamment chez une grande diversité d’arthropodes - et qu’ils sont très diversifiés génétiquement, ce qui a permis de mieux appréhender histoire évolutive de ce groupe de virus ;(ii) Découvrir de nouveaux virus chez certains ravageurs de cultures : le tétranyque tisserand (Tetranychus urticae, Acarien) provenant de populations de laboratoires, ainsi que le puceron vert du pois (Acyrthosiphon pisum, Hémiptère), le phytonome de la luzerne (Hypera postica, Coléoptère) et l’armigère de la tomate (Helicoverpa armigera, Lépidoptère) provenant de populations naturelles échantillonnées dans des cultures de luzerne et des prairies. Ces études ont permis de mettre en évidence la présence de viromes spécifiques de chaque espèce d’arthropode et de caractériser la distribution de certains virus dans des communautés d’arthropodes d’un même écosystème. Plus de 60 nouvelles espèces de virus d’arthropodes et de plantes ont été découvertes. Leurs liens évolutifs avec des espèces de virus connues ont été caractérisés par des analyses phylogénétiques.(iii) Enfin, les travaux menés en (ii) ont également permis d’optimiser la méthodologie permettant d’obtenir et d’analyser des viromes obtenus à partir d’échantillons multiplexés, optimisant notamment l’étape d’attribution taxonomique des séquences obtenues par séquençage à haut débit, réduisant ainsi leur proportion en « matière noire » inhérente aux analyses des viromes
High throughput sequencing technologies have revealed the extraordinary diversity of viral sequences in hitherto largely unexplored host groups. Thus, our knowledge about arthropod viruses, infecting the most diverse and abundant animals on Earth, was hitherto essentially reduced to species of economical and medical interest. New data on viral diversity in arthropods illustrate the need to expand viral inventory at the scale of the ecosystem and to include viruses as an essential component of their functioning and their evolution.In my thesis, I developed and applied two approaches to study the diversity of viruses in arthropods and how virus circulate in ecosystems, focusing on species of agronomic interest: (i) a virus-centered approach by exploring nucleotidic sequence databases, searching for the presence of a group of small DNA viruses infecting arthropods, the densoviruses (ii) an arthropod-centered approach at the scale of the ecosystem, using a viral metagenomic method to analyze viral communities associated with arthropods from different trophic levels from the same agroecosystems.My results showed that:(i) Densoviruses are spread throughout the animal kingdom - particularly in a wide diversity of arthropods - and are highly diverse genetically, which led to a better understanding of the evolutionary history of this group of viruses;(ii) A number of new viruses can be described in pests: the spider mite (Tetranychus urticae, Acari) from laboratory populations, as well as the green pea aphid (Acyrthosiphon pisum, Hemiptera), the alfalfa weevil (Hypera postica, Coleoptera) and the cotton bollworm (Helicoverpa armigera, Lepidoptera) from natural populations sampled from alfalfa crops and grasslands. These studies also highlighted that specific viromes are associated with each pest species, and I characterized the distribution of some of these viruses in arthropod communities. In total, more than 60 new species of arthropod and plant viruses were discovered. Their evolutionary links with known virus species was characterized by phylogenetic analyzes.(iii) The work realized in (ii) also contributed to optimize a methodology to prepare and analyze viromes from multiplexed samples, that is particularly suitable to optimize the taxonomic allocation of sequences and thus reduce the "dark matter" that is inherent to viral metagenomics analyses

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Alonso, Lise. „Hétérogénéité spatio-temporelle du microbiote de la grotte de Lascaux“. Thesis, Lyon, 2018. http://www.theses.fr/2018LYSE1136/document.

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L’anthropisation est la principale source de perturbations dans les grottes, et dans la grotte de Lascaux cela a entrainé la prolifération de microorganismes et des altérations de paroi menaçant sa conservation. L’objectif de cette thèse était de mieux comprendre l’écologie des microorganismes colonisant la grotte de Lascaux, en identifiant sa communauté microbienne à différentes échelles spatio-temporelles, de caractériser les facteurs qui structurent cette communauté et d’en étudier la dynamique fonctionnelle en utilisant le séquençage à haut débit d’acides nucléiques, une nouvelle approche à Lascaux. Une comparaison à l’échelle régionale de différentes grottes de Dordogne, plus ou moins anthropisées a été réalisée, puis à une échelle locale avec l’étude de salles de Lascaux, le Passage pour évaluer le rôle des substrats minéraux, et l’Abside qui présente deux types d’altérations (taches noires et zones sombres). Nos résultats montrent que les grottes anthropisées (dont Lascaux) ont des communautés microbiennes particulières. Le substrat minéral structure davantage la communauté du Passage que la présence de taches. Dans l’Abside, bien que les zones sombres soient visuellement différentes des taches noires, les communautés microbiennes présentent des similarités fortes, et notamment le rôle des interactions entre les collemboles, les champignons noirs et des bactéries. Enfin, les profils métatranscriptomiques diffèrent en fonction des salles et de la présence de taches. Ce projet a permis de caractériser l’écologie de la communauté microbienne de Lascaux et permet de mieux comprendre le fonctionnement microbien de la grotte
Anthropisation is the main source of disturbance in the caves, and in the cave of Lascaux it has led to the proliferation of microorganisms and alterations of the wall threatening its conservation.The objective of this thesis was to better understand the ecology of microorganisms colonizing the cave of Lascaux, by identifying its microbial community at different spatio-temporal scales, to characterize the factors that structure this community and to study its functional dynamics in using high throughput sequencing of nucleic acids, a new approach to Lascaux.A regional comparison of different Dordogne caves, more or less anthropised was carried out, then at a local scale with the study of Lascaux rooms, the Passage to evaluate the role of mineral substrates, and the Apse which presents two types of alterations (black spots and dark areas).Our results show that anthropogenic caves (including Lascaux) have particular microbial communities. The mineral substrate structures the Passage community more than the presence of spots. In the Apse, although dark areas are visually different from black spots, microbial communities show strong similarities, including the role of interactions between collembolans, black fungi, and bacteria. Finally, the metatranscriptomic profiles differ according to the rooms and the presence of spots.This project has made it possible to characterize the ecology of the Lascaux microbial community and to better understand the microbial functioning of the cave

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Dissertationen zum Thema „Écologie des communauté“

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