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Auswahl der wissenschaftlichen Literatur zum Thema „Détection de l'ADN“
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Zeitschriftenartikel zum Thema "Détection de l'ADN"
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BASTIESIGEAE, F., E. MORNET und G. LUCOTTE. „Stratégies de détection des polymorphismes de l'ADN dans les populations humaines“. Revue Francaise de Transfusion et Immuno-hématologie 28, Nr. 1 (Februar 1985): 27–44. http://dx.doi.org/10.1016/s0338-4535(85)80088-x.
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Figueroa, Julio Vicente, J. A. Alvarez, J. A. Ramos, C. A. Vega und G. M. Buening. „Utilisation d’un test multiple basé sur la réaction de polymérase en chaîne pour des enquêtes épidémiologiques sur les hémoparasites des bovins au Mexique“. Revue d’élevage et de médecine vétérinaire des pays tropicaux 46, Nr. 1-2 (01.01.1993): 71–75. http://dx.doi.org/10.19182/remvt.9401.
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Une étude a été effectuée sur la possibilité d'appliquer la technique de la réaction de polymérase en chaîne (PCR) pour la détection simultanée des hémoparasites bovins Babesia bigemina, B. bovis et Anaplasma marginale. Des échantillons de sang de bovins ont été récoltés dans des ranches d'une zone endémique identifiée au préalable dans la péninsule de Yucatan au Mexique, et ont été préparés pour analyse par PCR. Ils ont été soumis à l'amplification de l'ADN dans un tube à réaction contenant des amorces d'oligonucléotides spécifiques pour l'ADN de chaque espèce d'hémoparasite. Les produits de la PCR ont été détectés par hybridation en Dot-Blot de l'acide nucléique utilisant des sondes d'ADN non-radioactives, spécifiques, marquées à la digoxigénine par PCR. 420 échantillons analysés par le test multiple PCR-sonde ADN ont montré des taux de prévalence de 66,7 %, 60,1 et 59,6 % pour B. bigemina, B. bovis et A. marginale, respectivement. L'analyse multiple par PCR a montré que des animaux ayant des infections simples, doubles ou triples pouvaient être détectés par les sondes d'ADN spécifiques. La procédure est proposée comme un outil de valeur pour l'analyse épidémiologique dans les régions où ces espèces d'hémoparasites infectent les bovins simultanément.
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Ayari, R., Y. Gorgi, H. Aouadi, S. Ayed-Jendoubi und K. Ayed. „La PCR dans la détection de l'ADN du virus de l'hépatite B : choix des amorces“. Immuno-analyse & Biologie Spécialisée 21, Nr. 5 (Oktober 2006): 308–13. http://dx.doi.org/10.1016/j.immbio.2006.06.004.
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David, F., J. C. Ruiz und G. Lucotte. „Notre expérience de la détection de l'ADN du virus de l'hépatite B par hybridation moléculaire“. Immuno-analyse & Biologie Spécialisée 4, Nr. 5 (November 1989): 43–47. http://dx.doi.org/10.1016/s0923-2532(89)80040-7.
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Maugard, C., S. Tuffery, L. Beaufrère, C. Bareil und M. Claustres. „Le test de troncation des protéines (PTT) : un outil pour la détection de mutations dans l'ADN.“ médecine/sciences 14, Nr. 4 (1998): 467. http://dx.doi.org/10.4267/10608/1065.
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Coulibaly, TA, und Et Al. „Validation of a new quantitative PCR (qPCR) approach: a screening tool for hepatitis B in pregnant women at high risk of transmitting hepatitis B virus to newborns in Mali.“ Revue Malienne d'Infectiologie et de Microbiologie 19, Nr. 1 (13.03.2024): 50–55. http://dx.doi.org/10.53597/remim.v19i1.2795.
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Introduction : Au niveau mondial, l'infection par le virus de l'hépatite B (VHB) chez les personnes à risque est un problème majeur de santé publique. La transmission mère-enfant (TME) est importante en Afrique puisque sur 70% des cas d'hépatite B soit 4,5 millions d'enfants infectés ont moins de cinq ans, probablement en raison d'une transmission verticale pendant la grossesse, l'accouchement ou l'allaitement. La prise en charge de l’infection par VHB est une préoccupation majeure, notamment la disponibilité de la charge virale à coût abordable dans un pays a ressources limitées comme le Mali. Cette étude visait à développer et à valider une méthode de détection et de quantification de l'ADN du VHB par la qPCR chez les femmes enceintes, une population à risque de transmettre le virus aux nouveaux nés. Méthodologie : Nous avons recruté 74 femmes enceintes avec un AgHBs positif au Centre de santé de référence de la commune III (CSRéf CIII) de Bamako, Mali dans cette étude. Leur charge virale a été préalablement déterminée par une technique de référence dans un laboratoire local. Nous avons conçu des sondes et des amorces spécifiques pour le gène PreC du VHB, en vue de sa détection et sa quantification par qPCR. Nous avons adapté cette nouvelle PCR en temps réel sur différentes machines pour la quantification de l’ADN du VHB.Résultats : Neuf sur neuf (9/9) échantillons avec une charge virale (CV) entre 10000-100000 Unités Internationales/millilitre (UI/mL) et 4/4 avec une CV > 100 000UI/mL été détectés et quantifiés. Parmi les cinquante-cinq (55) échantillons avec un CV de 12-10000 UI/mL, 38/55 échantillons avec une CV > à 1000UI/mL ont été détectés et 17/55 échantillons entre 12-1000 n'ont pas été détectés. 6/6 échantillons négatifs n'ont pas été détectés par notre nouvelle qPCR.
Conclusion : Ce nouveau protocole qPCR a démontré une détection et une identification efficaces des cas d'échantillons à CV élevées à plus de 1000 UI/mL chez les femmes enceintes. Il pourrait être étendu à d'autres populations à haut risque telles que les personnes immunodéprimées.
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Hau, F., F. Comeau, JP Maurel, Y. Piquet und G. Vezon. „O9-6 Détection de l'ADN du Parvovirus B19 par PCR avant production de plasma viro-atténué par solvant-détergent“. Transfusion Clinique et Biologique 5 (April 1998): 115s. http://dx.doi.org/10.1016/s1246-7820(98)80150-x.
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Godet, E., B. Vasseur und M. Sabut. „Essais de génotoxicité in vitro et in vivo applicables à l'environnement hydrique“. Revue des sciences de l'eau 6, Nr. 3 (12.04.2005): 285–314. http://dx.doi.org/10.7202/705177ar.
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Cet article est une revue des essais in vitro et in vivo utilisés pour évaluer le caractère génotoxique des micropolluants des milieux environnementaux relatifs aux eaux continentales et marines, rejets liquides d'origine domestique, industrielle ou agricole, sédiments de rivières et boues de stations de traitement d'épuration. Les essais in vitro réalisés sur cellules eucaryotes ou procaryotes sont fondés sur la détection des mutations géniques et chromosomiques, ou la mesure des adduits à l'ADN. Ils constituent des systèmes d'épreuve miniaturisés qui requièrent des volumes d'échantillons faibles; ils se prêtent ainsi au dépistage à grande échelle de la génotoxicité et à l'étude des concentrats et des extraits préparés à partir des milieux contaminés. Ils sont cependant moins bien adaptés à la prédiction de l'impact des micropolluants sur l'environnement. La recherche de conditions d'essai plus proches de la réalité environnementale a conduit au développement des essais in vivo réalisés sur organismes supérieurs, mollusques, poissons ou amphibiens, qui évaluent un potentiel génotoxique à partir d'études cytogénétiques ou d'études du caryotype des organismes exposés. Les critères de génotoxicité étudiés in vitro peuvent être utilisés dans le cadre d'études écoépidémiologiques, sur le terrain, afin d'évaluer l'impact réel des micropolluants présents dans les milieux environnementaux sujets à des contaminations d'origines diverses.
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Fest, T., C. Mougin, B. Kantelip, G. Helder, JF Viel, B. de Wazières, A. Coaquette, M. Lab und JL Dupond. „Détection de l'ADN du cytomégalovirus dans la paroi des artères temporales : atteinte préférentielle au cours de la maladie de Horton“. La Revue de Médecine Interne 15 (Januar 1994): 63s. http://dx.doi.org/10.1016/s0248-8663(05)82589-5.
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Lakhssassi, N., S. Cousty, S. Villeger, A. Diouf, A. Ricard und M. Sixou. „Dégradation de l'ADN bactérien par de l'azote atomique produit par plasma. Apport de la détection par PCR en temps réel“. Pathologie Biologie 54, Nr. 8-9 (Oktober 2006): 482–87. http://dx.doi.org/10.1016/j.patbio.2006.07.024.
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Diakité, Mohamed Lémine Youba. „Microsystème pour la détection sans marquage de l'ADN par instabilités électrohydrodynamiques“. Paris 6, 2012. http://www.theses.fr/2012PA066179.
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Nous rapportons une nouvelle méthode de détection de l'ADN sans marquage (label-free) basée sur une lecture directe électrique dans une simple micropuce en verre/PDMS. Cette méthode a été appliquée à la long-range-PCR. Elle utilise le phénomène non linéaire d'instabilités électrohydrodynamiques découvert dans les années 1990 : lorsqu'une suspension de grands polyélectrolytes chargés tels que de longues molécules d'ADN est soumise à un champ électrique élevé (ici 320V/cm à 15Hz) dans une géométrie confinée (microcanal par exemple), il en résulte des fluctuations dynamiques de concentration. Ces fluctuations sont associées à de larges hétérogénéités de conductivité. Pour détecter ces hétérogénéités de conductivité, nous avons développé un détecteur de mesure de conductivité en mode contact localisé. Un système électronique original et simple, doublement symétrique et flottant a été développé pour effectuer la détection tout en découplant les systèmes électroniques des interférences venant de l'alimentation haute tension d'excitation. Une analyse en ondelettes a ensuite été appliquée pour extraire du caractère chaotique des instabilités électrohydrodynamiques un signal scalaire qui reflète l'amplification de l'ADN. Ce travail est la première implémentation d'une technologie complètement nouvelle pour la détection en puce de l'ADN. Comme première validation de ce principe de détection, nous avons mesuré en puce les produits de l'amplification hors puce des fragments d'ADN 10Kbp obtenus par amplification à partir de l'ADN phage lambda, atteignant une sensibilité (entre 10 fg et 100fg d'ADN dans un volume initial de 50µl) meilleure que celle obtenue en fluorescence.
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Merheb, Maxime Mohamad. „Détection et identification de l'ADN dégradé : nouvelles approches moléculaires et biophysiques“. Lyon, Ecole normale supérieure, 2010. http://www.theses.fr/2010ENSL0616.
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L'identification des espèces est une question essentielle dans de nombreux domaines actuels comme l'agro-alimentaire, la médecine, la paléontologie, etc. Dans les produits transformés (d’origine animale ou végétale), l’identification basée sur des caractères morphologiques n’est pas possible car aucun critère diagnostique n’est accessible, d’où la nécessité d’utilisation de méthodes d’identification basées sur l’amplification de l’ADN par PCR (DNA barcoding). Cependant, dans des substrats dégradés, cette molécule est parfois inaccessible à la PCR en raison de la présence d’inhibiteurs et/ou de modifications chimiques bloquant l’activité de la Taq polymérase. Dans une première partie, cette thèse développe une méthodologie d’extraction et d’amplification de l’ADN à partir des cuirs, pris comme modèle des produits les plus réfractaires à l’analyse moléculaire, du fait des traitements utilisés lors de leurs fabrication. En effet, l'ADN présent dans la peau travaillée est fortement dégradé et chimiquement modifié et en particulier il est co-extrait avec des inhibiteurs de la PCR (colorants et tanins). Outre des applications importantes dans la répression des fraudes et la protection de la biodiversité, la restauration des instruments historiques de musique a été un objectif important de notre approche. Comme les nouveaux traitements enzymatiques (réparation de l’ADN) sont pour l’instant limités aux substrats d’ADN déjà amplifiables, il est donc nécessaire de développer une nouvelle approche pour l’ADN inaccessible par la PCR. Dans ce but, la deuxième partie de cette thèse développe une nouvelle méthode non enzymatique. Il s’agit d’une détection physique de l’ADN, basée sur la spectroscopie vibrationnelle Raman (SERRS, Surface Enhanced Resonant Raman Spectroscopy). Dans l’avenir, cette approche pourrait remplacer la PCR, et être appliquée pour les diagnostics moléculaires rapides et fiables, en particulier pour les analyses médicalesSpecies identification is a key issue in many topical fields such as food forensics, medicine, paleontology, etc. . In processed products (animal or plant), identification based on morphological characters is not possible because no diagnostic test is available, hence the need to use identification methods based on DNA amplification by PCR (DNA barcoding). However, in degraded substrates, this molecule is sometimes unavailable to PCR due to the presence of inhibitors and / or chemical modifications that block the activity of Taq polymerase. In the first part, this thesis develops a methodology for extracting and amplifying DNA from leather, taken as a model of a product which is highly resistant to molecular analysis due to the treatments used in its manufacture. Indeed, the DNA in worked skin is highly degraded, chemically modified and more specifically it is co-extracted with inhibitors of PCR (dyes and tannins). In addition to the important applications in fraud prevention and biodiversity protection, restoration of historical musical instruments was an important goal of our approach. As new enzymatic treatments (DNA repair) are currently limited to already amplifiable DNA substrates, it is necessary to develop a new approach for DNA inaccessible by PCR. Thus, the second part of this thesis develops a new non-enzymatic method. This physical detection of DNA is based on vibrational Raman spectroscopy (SERRS, Surface Enhanced Resonant Raman Spectroscopy). In the future, this approach could replace the PCR, and be applied for rapid and reliable molecular diagnosis, especially in medical tests
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Regulus, Peggy. „Détection, caractérisation et mesure d'un nouveau dommage radio-induit de l'ADN isolé cellulaire“. Phd thesis, Université Joseph Fourier (Grenoble), 2006. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00134380.
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L'acide désoxyribonucléique (ADN) est porteur de l'information génétique et les conséquences biologiques des lésions survenant sur cette molécule peuvent être importantes. Nous avons utilisé la chromatographie liquide haute performance couplée à la spectrométrie de masse en mode tandem (CLHP/SM-SM) pour mettre en évidence la formation de nouvelles lésions radio-induites de l'ADN. L'analyse par CLHP/SM-SM en mode « perte de neutre » utilise la perte de 116 unités de masse, spécifique de la fragmentation de la majorité des nucléosides. Ainsi, 4 nouvelles lésions radio-induites, dont la quantité formée est proportionnelle à la dose d'irradiation, ont été détectées dans l'ADN isolé. L'une d'elles, la dCyd341 est de plus formée dans l'ADN cellulaire. Il s'agit d'une modification de la 2'-désoxycytidine (dCyd) ayant un poids moléculaire de 341 uma. La synthèse chimique de ce nucléoside modifié nous a permis de le caractériser par résonance magnétique nucléaire (RMN) et de déterminer sa masse exacte. Un mécanisme de formation a été proposé, dans lequel l'évènement initiateur est l'arrachement de l'atome d'hydrogène en position 4 du 2-désoxyribose (dR) génèrant un intermédiaire aldéhydique capable de réagir sur une cytosine voisine. La dCyd341 peut être considérée comme un dommage complexe, sa formation impliquant une cassure de la chaîne d'ADN et un pontage entre un produit de modification du dR et une dCyd voisine. En plus de sa caractérisation, de premières études biologiques portant sur la réparation de la dCyd341 ont révélé que la lésion est excisée de l'ADN avec une certaine efficacité.
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Duez, Pierre. „Détection et quantification de dégâts oxydatifs à l'ADN cellulaire. Rôle photosensibilisant des porphyrines endogènes“. Doctoral thesis, Universite Libre de Bruxelles, 2001. http://hdl.handle.net/2013/ULB-DIPOT:oai:dipot.ulb.ac.be:2013/211481.
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Gentil, Cédric. „Détection de l'hybridation de l'ADN sur réseaux de transistors à effet de champ avec fixation polylysine“. Phd thesis, Université Pierre et Marie Curie - Paris VI, 2005. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00110298.
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Ce manuscrit présente l'étude d'une nouvelle méthode de détection électronique différentielle de l'hybridation entre nucléotides, utilisant des réseaux de transistors à effet de champ et une fixation des ADN sondes de type polylysine. Les structures employées sont des réseaux d'EOSFETs, possédant une interface du type électrolyte/oxyde/semi-conducteur (EOS), qui peuvent être immergés dans un électrolyte de mesure dans lequel est plongée une électrode de référence. La première partie de ce travail détaille les expériences nous ayant permis de montrer le faisabilité d'une détection électronique d'abord de polylysine, puis d'ADN sur une réseau d'EOSFETs. Des micro- ou macro-gouttelettes de solutions contenant ces bio-polymères chargés ont été déposées en des endroits prédéfinis sur les réseaux de capteurs. Ces dépots locaux induisent des variations des caractéristiques courant-tension des transistors exposés, pouvant être corrélées à un apport de charges soit positives dans le cas de la polylysine, soit négatives en ce qui concerne l'ADN. Le signal électronique est proportionnel au nombre moyen d'oligonucléotides de 20 bases par unité de surface, tant que celui-ci reste inférieur à 1000-10000 molécules par µm², avec une variation de 10 mV pour 100 à 1000 molécules déposées par µm². Une saturation du signal électronique est observée au delà. La détection de micro-dépots de faibles concentrations en bio-polymères est limitée par l'existence de signaux électroniques parasites observés avec des solutions servant aux dilutions. La variations des signaux électroniques en fonction de la concentration en sel a également été caractérisée.
L'utilisation d'un protocole d'hybridation sur fixation polylysine, sans étape de blocage visant à limiter l'adsorption non spécifique de cibles a conduit à la mise en évidence d'un signal différentiel de l'ordre de 5 mV lors d'hybridations et de mesures dans un électrolyte de KCl 20 mM. L'hybridation à haut sel et la détection à bas sel permettent d'obtenir des différences d'environ 15 mV. Aucun signal électronique significatif d'appariement n'a été observé en utilisant un bloqueur. La sensibilité de détection électronique de l'hybridation, estimée à 100-1000 double-brins de 20 paires de bases par µm² est proche de celle associée à la technique classique de fluorescence (0,5 à 80 double-brins par µm²).
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Le, Roux Goglin Emilie. „Détection des mutations de /TP53/ et /CTNNB1/ dans l'ADN tumoral ou plasmatique : signification comme biomarqueurs de l'hépatocancérogenèse“. Phd thesis, Université Claude Bernard - Lyon I, 2007. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00194209.
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Le carcinome hépatocellulaire (CHC) est fréquent dans les régions tropicales, où son diagnostic est tardif et les traitements inefficaces. Pour permettre un diagnostic précoce, il faut identifier des marqueurs moléculaires spécifiques au CHC et détectables dans des prélèvements simples à obtenir tels que les échantillons de sang. Dans ce travail, nous avons étudié l'intérêt des mutations des gènes /TP53/ et /CTNNB1/ comme biomarqueurs pour la détection précoce et l'identification de l'étiologie des CHC. D'une part, nous avons analysé une mutation spécifique au codon 249 du gène /TP53/ (Ser249). Nous avons vu que les variations temporelles de la concentration en mutation Ser249 dans l'ADN circulant sont un marqueur d'exposition à l'aflatoxine B1 et au virus de l'hépatite B, et qu'elles pourraient être prédictives de l'hépatocancérogenèse. D'autre part, nous avons observé que les mutations dans les gènes /TP53/ et /CTNNB1/ peuvent co-exister dans les CHC, révélant des mécanismes complexes intégrant les deux voies, en fonction de l'étiologie. La compréhension de ces mécanismes permettra de déterminer la valeur des mutations comme marqueurs moléculaires du CHC.
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Le, Roux Émilie. „Détection des mutations de TP53 et CTNNB1 dans l'ADN tumoral ou plasmatique : signification comme biomarqueurs de l'hépathocancérogenèse“. Lyon 1, 2007. http://www.theses.fr/2007LYO10103.
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Le carcinome hépatocellulaire (CHC) est fréquent dans les régions tropicales, où son diagnostic est tardif et les traitements inefficaces. Pour permettre un diagnostic précoce, il faut identifier des marqueurs moléculaires spécifiques au CHC et détectables dans des prélèvements simples à obtenir tels que les échantillons de sang. Dans ce travail, nous avons étudié l'intérêt des mutations des gènes TP53 et CTNNB1 comme biomarqueurs pour la détection précoce et l'identification de l'étiologie des CHC. D'une part, nous avons analysé une mutation spécifique au codon 249 du gène TP53 (Ser249). Nous avons vu que les variations temporelles de la concentration en mutation Ser249 dans l'ADN circulant sont un marqueur d'exposition à l'aflatoxine B1 et au virus de l'hépatite B, et qu'elles pourraient être prédictives de l'hépatocancérogenèse. D'autre part, nous avons observé que les mutations dans les gènes TP53 et CTNNB1 peuvent co-exister dans les CHC, révélant des mécanismes complexes intégrant les deux voies, en fonction de l'étiologie. La compréhension de ces mécanismes permettra de déterminer la valeur des mutations comme marqueurs moléculaires du CHCHepatocellular carcinoma (HCC) is frequent in tropical regions where its diagnosis is late and its treatments are inefficient. Early diagnosis implies identification of HCC specific molecular markers which can be detectable in easily collected samples such as blood samples. In this work, we have studied the interest of mutations in TP53 and CTNNB1 genes as biomarkers for early detection and determination of HCC etiology. On one hand, we have analysed a specific mutation at codon 249 of TP53 gene (Ser249). We have shown that variations in concentration of Ser249 mutation in circulating DNA are a marker of exposure to aflatoxin B1 and hepatitis B virus, and that they may predict hepatocarcinogenesis. On the other hand, we have observed that mutations in TP53 and CTNNB1 genes can occur in the same HCC revealing complex mechanisms integrating the two pathways depending on etiology. Understanding these mechanisms will allow us to determine the value of mutations as molecular markers of HCC
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MEYER, Vincent. „Détection d'homologies lointaines à faibles identités de séquences : Application aux protéines de la signalisation des dommages de l'ADN“. Phd thesis, Université Paris-Diderot - Paris VII, 2007. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00361212.
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L'objectif de mon doctorat est de développer une méthode d'analyse des séquences protéiques permettant de cribler, le plus efficacement possible, les alignements non significatifs produits par le logiciel PSI-BLAST afin d'identifier des relations d'homologies lointaines. La stratégie développée repose sur deux étapes de criblage, une première s'appuyant sur les prédictions de structures secondaires, une seconde tirant profit du développement récent de méthodes de comparaison profil/profil performantes. La méthode développée a été initialement calibrée sur une base de données de séquences particulière. Cette base rassemble des séquences de domaines dont les structures sont connues permettant ainsi de contrôler l'existence effective d'homologues lointains. Cette phase a permis d'établir les seuils de détection optimaux permettant une utilisation semi-automatique du programme. Dans une seconde phase, la méthode a été testée sur un ensemble de 100 protéines impliquées dans la signalisation et la réparation des dommages de l'ADN. Au travers de différents exemples, nous montrons les potentialités du programme développé pour des recherches d'homologies lointaines à grande échelle. En particulier, mon étude suggère une nouvelle hypothèse pour comprendre l'origine d'une maladie rare, le syndrome de Nijmejen, provoqué par une mutation dans la protéine Nbs1.
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Meyer, Vincent. „Détection d'homologies lointaines à faibles identités de séquences : Application aux protéines de la signalisation des dommages de l'ADN“. Paris 7, 2007. http://www.theses.fr/2007PA077021.
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L'objectif de mon doctorat est de développer une méthode d'analyse des séquences protéiques permettant de cribler, le plus efficacement possible, les alignements non significatifs produits par le logiciel PSI-BLAST afin d'identifier des relations d'homologies lointaines. La stratégie développée repose sur deux étapes de criblage, une première s'appuyant sur les prédictions de structures secondaires, une seconde tirant profit du développement récent de méthodes de comparaison profil/profil performantes. La méthode développée a été initialement calibrée sur une base de données de séquences particulière. Cette base rassemble des séquences de domaines dont les structures sont connues permettant ainsi de contrôler l'existence effective d'homologues lointains. Cette phase a permis d'établir les seuils de détection optimaux permettant une utilisation semi-automatique du programme. Dans une seconde phase, la méthode a été testée sur un ensemble de 100 protéines impliquées dans la signalisation et la réparation des dommages de l'ADN. Au travers de différents exemples, nous montrons les potentialités du programme développé pour des recherches d'homologies lointaines à grande échelle. En particulier, mon étude suggère une nouvelle hypothèse pour comprendre l'origine d'une maladie rare, le syndrome de Nijmejen, provoqué par une mutation dans la protéine Nbs1The aim of my PhD thesis lay in the development of a new automatic approach for efficiently detecting remote homologues lost in the non significant output of PSI-BLAST program. My strategy is based on a two steps procedure : first, we take advantage of secondary structure predictions, second, based on the recent development of highly sensitive profil/profil comparison method. The method was initially calibrated on a sequence database. This database gathers sequences of domains whose structures so that effective existence of remote homologies could be controlled. This step was essential to deduce the optimal thresholds leading to the best detection capabilities for a semi-automatic use of the program. In a second step, the method was tested on a set of 100 protein sequences involved in DNA damage signalling and repair. Through various examples, we show the potentialities of the developed program for the large scale analysis of remote homologies in protein sequences. In particular, my work stimulated a new hypothesis for the understanding of the defects observed in a rare disease, the Nijmejen breakage syndrome, brought about by a mutation in the Nbs1 gene
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Garlan, Fanny. „Nouvelles méthodes de détection de l'ADN tumoral circulant par PCR digitale en gouttelettes : application au suivi des patients“. Thesis, Sorbonne Paris Cité, 2016. http://www.theses.fr/2016USPCB108/document.
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L’ADN tumoral circulant (ADNtc) porte des altérations spécifiques de la tumeur des patients, qui sont détectables par un acte minimalement invasif. L’ADNtc représente donc un biomarqueur d’intérêt pour le suivi de l’évolution du cancer. Sa détection requière une technique hautement sensible et quantitative. Dans ce contexte, ce travail de thèse a porté sur la quantification et le suivi de l’ADNtc par PCR digitale en gouttelettes (PCRdg). Cet outil permet la détection d’altérations à l’échelle d’un ADN unique, offrant ainsi une sensibilité allant jusqu’à 0.001%. La détection de cet ADNtc a été réalisée par l’évaluation des biomarqueurs tels qu’une mutation spécifique de la tumeur, la fragmentation de l’ADNtc et l’hyperméthylation de séquences cibles. D’une part, nous avons observé que chez les patients atteints de cancer, l’ADN muté circulant est plus fragmenté que l’ADN non muté, et que cet ADN circulant de patients est globalement plus fragmenté que chez les sujets sains. D’autre part, une corrélation entre les pourcentages d’ADN muté et d’ADN hyperméthylé circulants a été observée au cours du suivi de patients. Ceci suggère la possibilité d’un suivi précis et quantitatif de l’ADNtc par l’évaluation de l’hyperméthylation en alternative à la détermination du statut mutationnel. Nous avons ensuite appliqué nos tests de détection de l’ADNtc dans le cadre de deux études cliniques. L’étude PLACOL, incluant 82 patients atteints de cancer colorectal métastatique, a permis de mettre en évidence deux facteurs pronostiques : un seuil de 0.1 ng/mL et la mesure de la pente de décroissance de la concentration en ADN muté ou hyperméthylé circulant. Dans la seconde étude, portant sur le mélanome métastatique dans le contexte d’une thérapie ciblée (vémurafenib), une corrélation inverse entre les concentrations d’ADNtc et de vémurafenib a été observée. Ces résultats suggèrent le potentiel clinique de l’ADNtc pour l’orientation thérapeutique des patients atteints de cancer avancéCirculating tumor DNA (ctDNA) carries tumor-specific alterations that are detectable by minimally invasive sampling. It represents a highly pertinent marker for cancer monitoring during patients’ follow-up. CtDNA detection requires a highly sensitive and quantitative technique. In this context, this project focused on ctDNA quantification and monitoring by picoliter-droplet digital PCR. Thanks to the compartmentalization in millions of picoliter droplets, this tool allowed the detection of single DNA molecule with a sensitivity reaching 0.001%. Testing of ctDNA was performed through the evaluation of different potential biomarkers: specific mutations, ctDNA fragmentation, and hypermethylation of target sequences. On one hand, we observed in cancer patients that ctDNA is more fragmented than wild-type DNA, and, globally more fragmented than circulating DNA in healthy individuals. On the other hand, a strong correlation between percentages of hypermethylated and mutated DNA was observed during the follow-up of patients. Such results suggest the feasibility to precisely and quantitatively monitor ctDNA by the evaluation of hypermethylation as an alternative to the determination of mutational status. We have applied such ctDNA detection strategies in the context of two clinical studies. The PLACOL study, enrolling 82 metastatic colorectal cancer patients, allowed to highlight two prognostic factors: a ctDNA concentration threshold of 0.1 ng / mL, and the evaluation of ctDNA decreasing slope. In the second study, ctDNA was monitored in 11 melanoma patients in the context of a targeted therapy (vemurafenib). An inverse correlation between the concentrations of vemurafenib and ctDNA was demonstrated. These results suggest the clinical relevancy of ctDNA in advanced cancer patients, for the optimization of therapeutic management
Bücher zum Thema "Détection de l'ADN"
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E, Desmarais, Hrsg. Détection du polymorphisme dans l'ADN: Applications en biologie et médecine diagnostique, épidémiologique, et pronostique. Paris: Éditions INSERM, 1995.
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Tarazi, Sonia. Étude comparative de différents protocoles d'extraction de l'ADN cellulaire pour la détection des HPV type 16-18: Les principaux agents étiologiques du cancer du col utérin. Sudbury, Ont: Laurentian University, Department of Biology, 1994.
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