Auswahl der wissenschaftlichen Literatur zum Thema „Dépistage microbiologique“

L’hémorragie intra-alvéolaire (HIA), maladie rare, est une urgence thérapeutique, car elle peut conduire rapidement vers une insuffisance respiratoire aiguë asphyxiante avec décès. La triade, hémoptysie–anémie–infiltrat radiologique, suggère le diagnostic d’HIA, mais elle peut manquer dans deux tiers des cas, y compris chez des patients en détresse respiratoire. La tomodensitométrie thoracique peut aider dans les formes atypiques. Le diagnostic d’HIA repose sur la réalisation d’un lavage bronchoalvéolaire. Les étiologies en sont très nombreuses. Il importera de séparer, en urgence, les HIA d’origine non immune, avec un dépistage de celles d’origine septique qui doivent bénéficier d’une enquête microbiologique ciblée et cardiovasculaire avec la réalisation d’une échographie cardiaque, des HIA immunes (les vascularites liées aux anticorps anticytoplasme des polynucléaires neutrophiles, les connectivites et le syndrome de Goodpasture), avec la recherche d’autoanticorps et la réalisation de biopsies au niveau des organes facilement accessibles. La biopsie pulmonaire doit rester exceptionnelle. En cas d’HIA immune inaugurale, un traitement par stéroïdes et cyclophosphamide peut être débuté. Les indications du rituximab commencent à être mieux établies. Le bénéfice des échanges plasmatiques est débattu. En cas de réapparition d’infiltrats pulmonaires, chez un patient suivi pour une HIA immune, on s’efforcera d’écarter une infection dans un premier temps.

Le répertoire des tests de diagnostic disponibles du coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère 2 (SRAS-CoV-2) évolue rapidement. Bien que les tests sérologiques aient une capacité de diagnostic limitée concernant l’infection aiguë, leur rôle dans les études épidémiologiques et dans la prise de décision en santé publique ainsi que pour l’émission de recommandations est de plus en plus important. Compte tenu de la disponibilité mondiale de vaccins, les laboratoires cliniques sont de plus en plus sollicités pour assurer le dépistage des anticorps et l’interprétation des résultats pour les personnes vaccinées et non vaccinées. Nous présentons ici les données les plus récentes sur les délais de production des anticorps contre le SRAS-CoV-2, notamment la longévité des anticorps, ainsi que la production et la détection des anticorps neutralisants. En outre, nous formulons des conseils pratiques destinés aux laboratoires de microbiologie clinique afin que ces derniers vérifient les tests sérologiques commerciaux et choisissent les algorithmes de test appropriés pour leurs populations locales.

Les infections opportunistes pulmonaires restent une cause importante de morbi-mortalité au cours du sida. Nous rapportons un cas de co-infection opportunistes pulmonaires chez une patiente vivant avec le VIH. Il s’agissait d’une patiente de 43 ans admise pour une toux et une dyspnée d’aggravation progressive. Elle était naïve de tout traitement antirétrovirale et avait un taux de CD4 et une charge virale VIH-1 initiales respectivement à 17 cellules/mm3 et à 1.218.000.000 copies/mL. La tomodensitométrie thoracique a objectivé un infiltrat interstitiel pulmonaire diffus en verre dépoli. La PCR de l’aspiration endotrachéale a mis en évidence l'ADN de Pneumocystis jirovecii et du cytomégalovirus. La microbiologie a isolé Pseudomonas aeruginosa. L'évolution a été défavorable sous traitement spécifique après 32 jours d’hospitalisation. Les facteurs de mauvais pronostic étaient surtout l’atteinte massive des poumons et la profondeur de l’immunodépression cellulaire. Le dépistage et le traitement antirétroviral précoces de l’infection à VIH sont essentiels pour la prévention des infections opportunistes graves

Background: Pseudomonas aeruginosa has been highly associated with carbapenem resistance in which carbapenemases has been suggested to be a major contributory factor. Hence the objective of this study was to phenotypically detect KPC-type carbapenemase, metallo-β-lactamase and OXA-48 carbapenemase production in clinical isolates of P. aeruginosa in Lagos University Teaching Hospital (LUTH), NigeriaMethodology: One hundred and seventy-one P. aeruginosa isolates consecutively recovered from clinical specimens of patients with infections at the Medical Microbiology and Parasitology laboratory of the hospital were identified using MicrobactTM 24E kit. Preliminary screening for carbapenem resistance was determined by the disc diffusion method on Mueller-Hinton agar using single discs of meropenem and imipenem. Phenotypic detection of carbapenemase production among carbapenem-resistant isolates was performed by the combination disc test of meropenem-phenylboronic acid (MRPBO) and meropenem-dipicolinic acid (MRPDP) as recommended by EUCAST 2013 guideline. Results: Out of the 171 P. aeruginosa isolates, 35 (20.5%) were carbapenem non-susceptible (resistant) while carbapenemase production was detected in 27 (77.1%) of these carbapenem resistant isolates, and no enzyme was detected in 8 (22.9%). Of the 27 carbapenemase producing isolates, 22 (81.5%) produced MBL, 1 (3.7%) produced KPC, while 4 (14.8%) produced both KPC and MBL enzymes. Conclusion: This study revealed that carbapenem resistance among P. aeruginosa clinical isolates in our institution is gradually increasing. The mechanism for this rise is associated with carbapenemases, with MBL being the major carbapenemase involved. There is the need to ensure strict compliance with the LUTH infection control guidelines in order to check the rising incidence of infection caused by carbapenem resistant P. aeruginosa. French title: Prévalence de la production de carbapénémases dans les isolats de Pseudomonas aeruginosa causant des infections cliniques à l'hôpital universitaire de Lagos, Nigéria Contexte: Pseudomonas aeruginosa a été fortement associé à la résistance aux carbapénèmes dans laquelle les carbapénèmases ont été suggérées comme étant un facteur contributif majeur. Par conséquent, l'objectif de cette étude était de détecter phénotypiquement la production de carbapénémase de type KPC, de métallo-β-lactamase et de carbapénémase OXA-48 dans des isolats cliniques de P. aeruginosa au Lagos University Teaching Hospital (LUTH), Nigeria. Méthodologie: Cent soixante et onze isolats de P. aeruginosa récupérés consécutivement à partir d'échantillons cliniques de patients infectés au laboratoire de microbiologie médicale et de parasitologie de l'hôpital ont été identifiés à l'aide du kit MicrobactTM 24E. Le dépistage préliminaire de la résistance aux carbapénèmes a été déterminé par la méthode de diffusion sur disque sur gélose Mueller-Hinton en utilisant des disques uniques de méropénème et d'imipénème. La détection phénotypique de la production de carbapénèmes parmi les isolats résistants aux carbapénèmes a été réalisée par le test de disque combiné d'acide méropénème-phénylboronique (MRPBO) et d'acide méropénème-dipicolinique (MRPDP) tel que recommandé par la directive EUCAST 2013. Résultats: Sur les 171 isolats de P. aeruginosa, 35 (20,5%) étaient des carbapénèmes non sensibles (résistants) tandis que la production de carbapénèmes a été détectée dans 27 (77,1%) de ces isolats résistants aux carbapénèmes, et aucune enzyme n'a été détectée dans 8 (22,9%). Sur les 27 isolats producteurs de carbapénémases, 22 (81,5%) produisaient des MBL, 1 (3,7%) produisaient des KPC, tandis que 4 (14,8%) produisaient à la fois des enzymes KPC et MBL. Conclusion: Cette étude a révélé que la résistance aux carbapénèmes parmi les isolats cliniques de P. aeruginosa dans notre institution augmente progressivement. Le mécanisme de cette augmentation est associé aux carbapénémases, la MBL étant la principale carbapénémase impliquée. Il est nécessaire de garantir le strict respect des directives de contrôle des infections LUTH afin de contrôler l'incidence croissante des infections causées par P. aeruginosa résistant aux carbapénèmes.

Background: Urinary tract infections (UTIs) are among the most encountered bacterial infections of humans and affect both male and female of all age groups, resulting in high mortality, without proper management. This study aimed to assess the prevalence, aetiological agents, and factors associated with symptomatic significant bacteriuria/UTI among patients attending selected hospitals in Calabar metropolis, Nigeria. Methodology: This was a cross-sectional study of 240 patients with suspected UTI, from whom mid-stream voided urine samples were collected for culture on Cystine Lactose Electrolyte Deficient (CLED) agar. Uropathogens growth on the culture media were characterized using conventional microbiological and biochemical tests, and confirmed with API® 20E and 20NE (BioMérieux) identification system. Data on socio-demographic, clinical symptoms and potential risk factors were obtained using structured questionnaire. Pearson Chi- square was employed to determine association between categorical variables with p<0.05 considered statistically significant. Results: Of all the urine samples collected from the 240 patients, 13 samples were contaminated during collection, leaving 227 samples for analysis. Sixty-five (28.6%) of the 227 patients had symptomatic significant bacteriuria. Previous history of UTI (OR=2.863, 95% CI=1.582-5.180, p=0.008), contraceptive use (OR=3.469, 95% CI=1.446-8.320, p=0.012), pregnancy (OR=9.94, 95% CI=3.867-25.571, p<0.0001) and history of urinary catheterization (OR=4.417, 95% CI=1.024-19.053, p=0.045) were significantly associated with prevalence of symptomatic significant bacteriuria/UTI. Klebsiella pneumoniae (23.1%) was the most predominant isolate, followed by coagulase-negative staphylococci (CoNS) (16.9%) and Escherichia coli (12.3%). Conclusion: The prevalence of symptomatic significant bacteriuria among patients attending selected hospitals in Calabar, Nigeria, was 28.6% (65/227), with K. pneumoniae and CoNS being the major aetiologic agents. Our study shows that previous history of UTI, pregnancy, history of urinary catheterization, contraceptive use, dysuria and occupation were significantly associated with symptomatic significant bacteriuria/UTI (p<0.05). Routine screening for UTI is recommended for pregnant women, patients with dysuria, previous episodes of UTI, and catheterized patients. French title: Prévalence de la bactériurie symptomatique significative et des facteurs de risque associés chez les patients fréquentant les principaux hôpitaux de Calabar, Nigeria Contexte: Les infections des voies urinaires (IVU) font partie des infections bactériennes les plus rencontrées chez l'homme et touchent à la fois les hommes et les femmes de tous les groupes d'âge, entraînant une mortalité élevée, sans prise en charge appropriée. Cette étude visait à évaluer la prévalence, les agents étiologiques et les facteurs associés à une bactériurie/IVU symptomatique significative chez les patients fréquentant des hôpitaux sélectionnés dans la métropole de Calabar, au Nigeria. Méthodologie: Il s'agissait d'une étude transversale portant sur 240 patients suspectés d'infection urinaire, chez lesquels des échantillons d'urine mictionnés à mi-jet ont été collectés pour être cultivés sur une gélose cystine lactose déficiente en électrolytes (CLED). La croissance des uropathogènes sur les milieux de culture a été caractérisée à l'aide de tests microbiologiques et biochimiques conventionnels, et confirmée par le système d'identification API® 20E et 20NE (BioMérieux). Les données sur les symptômes sociodémographiques, cliniques et les facteurs de risque potentiels ont été obtenues à l'aide d'un questionnaire structuré. Le chi carré de Pearson a été utilisé pour déterminer l'association entre les variables catégorielles avec p<0,05 considéré comme statistiquement significatif. Résultats: Sur tous les échantillons d'urine prélevés sur les 240 patients, 13 échantillons ont été contaminés lors du prélèvement, laissant 227 échantillons pour analyse. Soixante- cinq (28,6%) des 227 patients présentaient une bactériurie symptomatique significative. Antécédents d'infection urinaire (OR=2,863, IC à 95%=1,582- 5,180, p=0,008), utilisation de contraceptifs (OR=3,469, IC à 95%=1,446-8,320, p=0,012), grossesse (OR =9,94, 95% IC=3,867-25,571, p<0,0001) et les antécédents de cathétérisme urinaire (OR=4,417, IC à 95% =1,024-19,053, p=0,045) étaient significativement associés à la prévalence des bactériurie/IVU symptomatique significative. Klebsiella pneumoniae (23,1%) était l'isolat le plus prédominant, suivi des staphylocoques à coagulase négative (CoNS) (16,9%) et d'Escherichia coli (12,3%). Conclusion: La prévalence de la bactériurie symptomatique significative parmi les patients fréquentant certains hôpitaux de Calabar, au Nigéria, était de 28,6% (65/227), K. pneumoniae et CoNS étant les principaux agents étiologiques. Notre étude montre que les antécédents d'infection urinaire, de grossesse, de cathétérisme urinaire, d'utilisation de contraceptifs, de dysurie et d'occupation professionnelle étaient significativement associés à une bactériurie/IVU symptomatique significative (p<0,05). Le dépistage systématique des infections urinaires est recommandé pour les femmes enceintes, les patients souffrant de dysurie, d'épisodes antérieurs d'infection urinaire et les patients cathétérisés

La conservation et la sécurité des aliments font partie des préoccupations majeures du secteur agroalimentaire. Le gaspillage alimentaire, dû à la détérioration et à la contamination microbienne, a un fort impact économique. De plus, les agents pathogènes d'origine alimentaire posent un risque sérieux pour la santé des consommateurs. Les techniques conventionnelles de conservation des aliments et d'analyse microbienne présentent des limites qui nécessitent d'innovation. Cette thèse a pour objectif de développer des solutions pratiques et durables pour améliorer la qualité et la sécurité des aliments. Les nanoparticules (NPs) métalliques et d'oxyde métallique sont des matériaux polyvalents, en raison de leurs propriétés uniques, telles que leurs activités antioxydantes, antimicrobiennes, optiques et catalytiques. Ils peuvent être ajoutés aux films d'emballage pour inhiber la croissance microbienne et prolonger la conservation des aliments. Dans cette étude, des NPs ont été développées en dopant le TiO2 avec du fer. Les NPs Fe2TiO5 obtenues n'ont pas été trouvées cytotoxiques, comme démontré sur les cellules Caco-2. De plus, il n'y avait pas de migration d'ions de fer ou de titane vers des simulants alimentaires des films incorporant Fe2TiO5 dans de l'alginate. Ceci suggère leur sécurité en tant que matériau d'emballage. Une forte efficacité antioxydante a également été montrée par les Fe2TiO5, confirmée par un test de conservation des fruits frais avec le film d'alginate contenant les Fe2TiO5. L'alginate, matériau biodégradable, offre une alternative aux plastiques pétroliers, favorisant une préservation alimentaire durable.Deux solutions différentes ont été étudiées pour développer de nouveaux tests de dépistage des pathogènes alimentaires. La première consistait en un test colorimétrique pour détecter les spores de B. cytotoxicus, qui posent un risque sérieux pour les consommateurs, en raison de leur résistance aux traitements lors de la production industrielle. Le principe de détection repose sur l'activité catalytique des nanoparticules d'or (AuNPs) similaire à celle de la peroxydase, amplifiée par les spores. La plateforme de détection comprend un microtube contenant des AuNPs et des particules magnétiques (MPs), toutes deux conjuguées avec un aptamère sélectionné pour sa spécificité envers les spores de B. cytotoxicus. Lors de l'ajout de l'échantillon, la présence des spores est déterminée par le changement de couleur accru de la solution, dû à l'oxydation de la tétraméthylbenzidine en présence de H2O2. Le test développé a permis une détection à l'œil nu, rapide et spécifique, des spores cibles directement dans les denrées alimentaires telles que le lait ou la purée de pommes de terre. Le deuxième test consistait en un génocapteur électrochimique pour détecter Campylobacter, la cause la plus fréquente de zoonose d'origine alimentaire. La détection était basée sur l'hybridation entre une séquence d'ADN de Campylobacter avec une sonde ADN complémentaire, immobilisée sur une électrode en or sérigraphiée. Une passivation avec du mercaptohexanol a été réalisée pour réduire les phénomènes d'adsorption des molécules d'ADN sur l'électrode, et éviter les signaux non spécifiques. L'étude présentait des capacités prometteuses de détection. Cependant, des défis concernant la passivation de la surface et la stabilité du signal de détection, soulignant la nécessité d'optimisations supplémentaires. Dans l'ensemble, la thèse vise à améliorer la qualité et la sécurité des aliments, contribuer à un système alimentaire plus durable et stimuler la recherche et le développement technologique
Food conservation and safety are major concerns in the agri-food sector. Food lost and waste, due to deterioration and microbial contamination, have a significant economic impact. Additionally, foodborne pathogens pose serious health risks to consumers. Conventional methods for food preservation and microbial analysis have limitations that urgently require innovation. This thesis aims to develop practical and sustainable solutions to enhance food quality and safety. Metallic and metal oxide nanoparticles (NPs) are versatile materials known for their unique properties such as antioxidant, antimicrobial, optical, and catalytic activities. They can be incorporated into packaging films to inhibit microbial growth and extend food shelf life. In this study, NPs were developed by doping TiO2 with iron to obtain Fe2TiO5 NPs, which were found non- cytotoxic as demonstrated on Caco-2 cells. Furthermore, films incorporating Fe2TiO5 into alginate showednomigrationofironortitaniumionsintofood simulants, suggesting their safety as packaging materials. Fe2TiO5 also exhibited strong antioxidant efficacy, confirmed by a fresh fruit preservation test using alginate films containing Fe2TiO5. Alginate, a biodegradable material, offers an alternative to petroleum-based plastics, promoting sustainable food preservation. Two different solutions were studied to develop new methodologies for detecting foodborne pathogens. The first involved a colorimetric test to detect B. cytotoxicus spores, which pose a serious risk due to their resistance to industrial treatments. The detection principle is based on the peroxidase-like catalytic activity of gold nanoparticles (AuNPs) enhanced by the spores. The detection platform consists of a tube containing AuNPs and magnetic particles, both conjugated with an aptamer selected for its specificity towards B. cytotoxicus spores. Upon addition of the sample, the presence of spores is indicated by an increased color change of the solution, due to the oxidation of tetramethylbenzidine (TMB) in the presence of H2O2. The developed test enabled rapid and specific naked-eye detection of target spores directly in food items such as milk or mashed potatoes. The second test involved an electrochemical genosensor to detect Campylobacter, the most common cause of foodborne zoonoses. Detection was based on hybridization between a Campylobacter DNA sequence and a complementary DNA probe immobilized on a screen-printed gold electrode. After DNA probe immobilization, passivation with mercaptohexanol was carried out to reduce DNA molecule adsorptionphenomenaontheelectrodeandavoid nonspecific signals The study demonstrated promising detection capabilities. However, challenges regarding surface passivation and detection signal stability underscored the need for further optimizations. Overall, the thesis aims to improve food quality and safety, contribute to a more sustainable food system, and stimulate technological research and development

Le Laboratoire d’analyses de surveillance et d’expertise de la Marine de Brest réalise au profit des unités de la Marine nationale des analyses et expertises en chimie analytique et microbiologie ainsi que des mesures de radioactivité pour la radioprotection. L’exposition au radon – un gaz radioactif particulièrement présent en Bretagne du fait du sous-sol granitique – est la deuxième cause de cancer du poumon après le tabac. Le risque d’exposition au radon, aujourd’hui reconnu par le Code de la santé publique et le Code du travail pour la population professionnelle, constitue un enjeu majeur de santé publique en France. Le Laboratoire d’analyses, de surveillance et d’expertise de la Marine de Brest détient deux agréments réglementaires pour le dépistage du radon. Cet article présente le contexte et la stratégie de dépistage mise en œuvre par le Laboratoire d’analyses, de surveillance et d’expertise de la Marine de Brest dans le cadre des dépistages de radon, ainsi que les résultats de la campagne menée depuis 2010 dans les souterrains de la Base navale de Brest. Les résultats mettent en évidence une problématique radon pour la moitié des établissements surveillés.