Dissertationen zum Thema „Découverte de nouvelles classes“

L'étape initiale dans l'expression génique est la transcription de l'ADN génomique du gène en ARN. La transcription être initiée par l'assemblage d'ARN pol II autour du site de début de transcription, qui est également connues comme promoteurs. Cependant, la transcription est nécessite un autre gène distal des régions, des amplificateurs, qui sont augmenté ainsi la probabilité de la transcription. Amplificateurs et les promoteurs sont généralement définis par leur éloigné des sites d'initiation de la transcription et souvent distingués par les modifications des histones. Récemment, des études, il a été de plus en plus ont révélé de grandes similitudes entre les amplificateurs et les promoteurs. Les résultats antérieurs ont suggéré la possibilité que certains promoteurs de gènes peuvent afficher les fonctions activatrices. Cependant l'étendue de ce type de promoteurs et si elles fonctionnent réellement réglementé l'expression des gènes distales sont restés insaisissable.Mon projet est réalisé en vue de répondre à ces questions. En exploitant un essai amplificateurs reporter à haut débit, je démêler une partie sous-estimée du promoteur de base présentant une activité d'activateur, définie comme Epromoters. Ils présentent des propriétés distinctes par rapport à des amplificateurs et des promoteurs classiques distales, sont associés à la réponse au stress et d'interagir plus souvent avec d'autres promoteurs. En utilisant CRISPR complète / cas9 approche de suppression I a démontré que Epromoters sont généralement impliqués dans l'activation des gènes distales. Nos résultats identifient d'abord une nouvelle catégorie de promoteurs avec activité in vivo dans amplificateurs
The initial step of gene expression is the transcription of genomic DNA of the gene into RNA. The transcription can only be initiated by the assembly of RNAPII machinery around transcription start site of a gene, known as core promoter. However, transcription also requires other gene-distal regulatory DNA regions, known as enhancers. Enhancers and promoters are traditionally distinguished by their histone modifications. Recently, there has been increasing number of studies revealing broad similarities between enhancers and promoters. Previous findings have suggested the possibility that some gene promoters display enhancer activity. However, the questions of how can we identify this type of promoter in genome-wide and whether they actually function to regulated the expression of distal genes are remained elusive.My project has carried out aiming to answer these above questions. Firstly, I have optimized the technique that has developed in the lab, named CapStarr-seq, which used as an approach to exploiting a high-throughput enhancer activity. Performing CapStarr-seq in human cell lines, I unraveled an underestimated proportion of promoter displaying enhancer activity, defined as Epromoters. They display distinct properties as compared to distal enhancers and classical promoters, are associated with stress response genes and interact more frequently with other promoters. Moreover, by using comprehensive CRISPR/Cas9 genomic deletion approach, I demonstrated that Epromoters are generally involved in the activation of distal genes. Taken together, our results first identify a new category of promoters with dual promoter and enhancer functions

Cette thèse porte sur la découverte de nouvelles classes dans le contexte de données tabulaires. Le problème de Novel Class Discovery (NCD) consiste à extraire d’un ensemble étiqueté de classes déjà connues des connaissances qui permettront de partitionner plus précisément un ensemble non étiqueté de nouvelles classes. Bien que le NCD ait récemment fait l’objet d’une grande attention de la part de la communauté, il est généralement résolu sur des problèmes de vision par ordinateur et parfois dans des conditions irréalistes. En particulier, le nombre de nouvelles classes est souvent supposé étant connu à l’avance, et leurs étiquettes sont parfois utilisées pour ajuster les hyperparamètres. Les méthodes qui reposent sur ces hypothèses ne sont pas applicables aux scénarios du monde réel. C’est pourquoi dans cette thèse nous nous concentrons sur la résolution de découverte dans les données tabulaires lorsqu’aucune connaissance a priori n’est disponible. Les méthodes développées au cours de la thèse sont appliquées à un cas réel : le diagnostic automatique des pannes dans les réseaux de télécommunication, spécifiquement les réseaux d’accès à fibre optique. Le but est d’avoir une gestion efficace des pannes, en particulier au stade du diagnostic lorsque des pannes inconnues (nouvelles classes) peuvent apparaitre
This thesis focuses on Novel Class Discovery (NCD) in the context of tabular data. The Novel Class Discovery problem consists in extracting knowledge from a labeled set of already known classes in order to more accurately partition an unlabeled set of new classes. Although NCD has recently received a lot of of attention from the community, it is generally addressed in computer vision problems and sometimes under unrealistic conditions. In particular, the number of novel classes is often assumed to be known in advance, and their labels are sometimes used to tune hyperparameters. Methods based on these assumptions are not applicable to realworld scenarios. Thus, in this thesis we focus on discovery resolution in tabular data when no a priori knowledge is available. The methods developed in the thesis are applied to a real-world case: automatic fault diagnosis in telecommunication networks, with a focus on fiber optic access networks. The aim is to achieve efficient fault management, particularly at the diagnosis stage when unknown faults (new classes) may appear

Dans les jeux de données réels, les classe non-homogènes regroupent plusieurs comportements distincts. Ce type de classes pose des problèmes aux méthodes de caractérisation usuelles et nécessitent d'être segmentées en sous-classes pertinentes pour être correctement prises en compte. Nous proposons, dans notre thèse, une approche novatrice de segmentation automatique de classes en sous-classes qui détecte et isole les différents comportements. Nous proposons également une nouvelle définition du calcul des scores de typicalité qui se base sur ce découpage. Notre approche s'appuie sur l'organisation des classes dans le jeu de données et détecte automatiquement le bon nombre de sous-classes. Notre algorithme permet une amélioration des méthodes de construction de prototypes flous et donne des résultats de caractérisation plus riches. Notre approche a été testée et validée sur des jeux de données artificielles ainsi que sur des jeux de données réelles.

Chaque année, des millions de personnes sont infectées par Plasmodium, le parasite responsable du Paludisme. Les résistances nombreuses aux antipaludiques classiques ont créé un réel besoin de nouveaux traitements. Il est aujourd'hui essentiel de découvrir des molécules actives sur de nouvelles cibles antiparasitaires. Nous avons utilisé une stratégie peu courante consistant à s'inspirer de toutes les connaissances acquises sur une cible humaine pour concevoir des composés actifs sur une cible orthologue plasmodiale. Les phosphodiestérase (PDE) sont des enzymes responsables de l'hydrolyse des nucléotides cycliques AMPc et GMPc, seconds messagers impliqués dans l'homéostasie cellulaire. Ces enzymes sont exprimées chez tous les mammifères, mais aussi chez des organismes inférieurs comme Plasmodium. Nous avons conçu et synthétisé des inhibiteurs de phosphodiestérase dérivés du tadalafil, médicament inhibiteur de la PDE5 humaine, possédant un noyau tétrahydro--carboline. Nous avons évalué leur activité antiplasmodiale et avons identifié des composés actifs in vitro et in vivo sur le parasite. Une étape d'optimisation des composés a été entreprise pour répondre aux exigences scientifiques et techniques d'un projet de développement d'un médicament antiparasitaire.

Les flavonoïdes sont des métabolites secondaires largement répandus chez les plantes et appartiennent à une grande famille de composés chimiques d'intérêt industriel. Les flavonoïdes sont une source importante de nouveaux médicaments et nutraceutiques en raison de leurs activités anti-oxydantes, antivirales, antimicrobiennes, anticancéreuses, etc. Notre étude se concentre sur la caractérisation de l'activité antibactérienne des flavonoïdes ciblant spécifiquement les bactéries à Gram positif. Les objectifs de mon travail de recherche sont i) de mettre en place des méthodologies de cribles efficaces et rapides afin d’évaluer l’activité antibactérienne des flavonoïdes et ii) de déterminer les mécanismes d'action antibactérien des flavonoïdes. La caractérisation de l'activité antibactérienne des flavonoïdes a été réalisée avec des tests de toxicité des flavonoïdes envers la bactérie modèle à Gram positif B. subtilis par la méthode du Live Cell Array permettant d'enregistrer la cinétique de croissance bactérienne en temps réel. Différentes stratégies ont été employées pour décrypter le(s) mode(s) d'action des flavonoïdes ; telles que le crible d'une banque de flavonoïdes pour l'identification de nouveaux composés actifs contre B. subtilis, le crible d'une collection de mutants de B. subtilis pour l'identification de gènes impliqués dans la réponse de B. subtilis aux flavonoïdes, une évolution dirigée en laboratoire de B. subtilis en présence de flavonoïde pour l'obtention et la caractérisation de souches résistantes aux flavonoïdes, et enfin une analyse de la réponse transcriptionnelle de B. subtilis en présence de flavonoïdes. Deux flavonoïdes déjà identifiés dans la littérature pour inhiber la croissance de bactéries à Gram positif, la pinocembrine et la naringénine, ont une activité antibactérienne contre B. subtilis. Une diminution de 50 % du taux de croissance a été observée en présence de 93 mg.L ⁻¹ ou 32 mg.L ⁻¹ de naringénine ou pinocembrine respectivement.Pour décrypter les mécanismes d'action des flavonoïdes, une collection de 63 flavonoïdes a été criblée et les concentrations minimales inhibitrices (MICs) déterminées pour chaque flavonoïde en présence de B. subtilis. 17 flavonoïdes se sont avérés particulièrement actifs contre B. subtilis. La tentative d'établir un modèle QSAR (relation quantitative structure-activité) avec les 17 flavonoïdes actifs n'a malheureusement pas été concluante car malgré l'obtention d'une régression linéaire largement acceptable (R²≈ 0,9), la validation par exclusion systématique d'un composé ("leave one out") n'a pas été obtenue. La seule explication plausible de cet échec est que le nombre de modes d'action présents est trop élevé pour un set de 17 composés, rendant ainsi caduque la modélisation QSAR. Au cours d'un crible de 67 mutants de B. subtilis, huit gènes impliqués dans la réponse aux flavonoïdes (naringénine et pinocembrine) ont été identifiés, dont deux appartiennent au régulon LmrA/QdoR, déjà identifié dans la littérature pour répondre aux flavonoïdes. Les souches B. subtilis ∆lmrA et ∆qdoI sont respectivement plus sensibles et plus résistantes vis-à-vis de la naringénine et de la pinocembrine. Les 17 flavonoïdes précédemment identifiés et actifs envers B. subtilis induisent une réponse transcriptionnelle propre à chacun d'après notre analyse de l'activité de 10 promoteurs avec l'utilisation de fusions transcriptionnelles avec un gène rapporteur. Cette analyse est cohérente avec l'étude transcriptomique menée pour la caractérisation de la réponse de B. subtilis en présence de 5 flavonoïdes ; la 2’hydroxyflavanone, la bavachine, la naringénine, la pinocembrine et le résokaempférol. De ce travail ressort plusieurs modes d'action des flavonoïdes chez B. subtilis, impliquant l'induction de la réponse stringente, l'inhibition de voies métaboliques pour la synthèse des membranes et paroi cellulaires et l'inhibition du métabolisme carboné central
Flavonoids are secondary metabolites widespread in plants and belong to a large family of chemical compounds of industrial interest. Flavonoids are an important source of new drugs and nutraceuticals because of their antioxidant, antiviral, antimicrobial, anticancer activities. Our study focuses on the characterization of the antibacterial activity of flavonoids specifically targeting Gram-positive bacteria. The objectives of my research work are i) to establish efficient and rapid screening methodologies to evaluate the antibacterial activity of flavonoids and ii) to determine the mechanisms of action of antibacterial flavonoids. The characterization of the antibacterial activity of flavonoids was carried out with flavonoid toxicity tests against the Gram-positive model bacterium B. subtilis by Live Cell Array method, which measures the bacterial growth kinetics. Several strategies were used to decipher the mode(s) of action of the flavonoids, such as screening a flavonoid library for new compounds active against B. subtilis, screening a collection of B. subtilis mutants for the identification of genes involved in the flavonoid response of B. subtilis, an adaptive laboratory evolution of B. subtilis in presence of flavonoid to obtain and characterize flavonoid-resistant strains, and finally an analysis of the transcriptional response of B. subtilis in the presence of flavonoids. Two flavonoids already identified in the literature to inhibit the growth of Gram-positive bacteria, pinocembrin and naringenin, have antibacterial activity against B. subtilis. A 50% decrease in growth rate was observed in the presence of 93 mg.L ⁻¹ or 32 mg.L ⁻¹ of naringenin or pinocembrin respectively.To decipher the mechanisms of action of the flavonoids, a collection of 63 flavonoids was screened and minimal inhibitory concentrations (MICs) were determined for each flavonoid in the presence of B. subtilis. 17 flavonoids were found to be particularly active against B. subtilis. The attempt to establish a QSAR (quantitative structure activity relationship) model with the 17 active flavonoids was unfortunately not conclusive because, despite obtaining a high quality linear regression (R² ≈ 0.9), cross-validation by using leave-one-out basic method was not obtained. The only plausible explanation for this failure is that the number of modes of action present is too high for a set of 17 compounds, thus rendering the QSAR model obsolete. In a screen of 67 mutants of B. subtilis, eight genes involved in the response to flavonoids (naringenin and pinocembrin) were identified, two of which belong to the LmrA/QdoR regulon, already identified in the literature to respond to flavonoids. The B. subtilis strains ∆lmrA and ∆qdoI are respectively more sensitive and more resistant to naringenin and pinocembrin. The 17 flavonoids previously identified and active against B. subtilis induce a flavonoid-specific transcriptional response according to our analysis of the activity of 10 promoters with the use of transcriptional fusions with a reporter gene. This analysis is consistent with the transcriptomic study carried out for the characterization of the response of B. subtilis in the presence of 5 flavonoids; 2'hydroxyflavanone, bavachine, naringenin, pinocembrin and resokaempferol. Several modes of action of the flavonoids in B. subtilis were identified, involving induction of the stringent response, inhibition of metabolic pathways for cell membrane and cell wall synthesis, and inhibition of central carbon metabolism

La spermatogenèse chez les mammifères est une fonction biologique complexe incluant des processus de prolifération cellulaire, de méiose et de différenciation uniques visant à la production des gamètes mâles au sein du testicule. Si l’épithélium séminifère est bien décrit sur le plan de son organisation et de la morphologie des cellules qui le composent, les processus par lesquels les cellules germinales diploïdes indifférenciées entrent en méiose pour donner ensuite des cellules haploïdes subissant par la suite de nombreuses transformations morphologiques, ne sont pas totalement décryptés. Ils reposent sur l’expression coordonnée et séquentielle de gènes dont les produits spécifiques de chaque stade de développement des cellules germinales sont essentiels aux étapes clés de la spermatogenèse. La transcriptomique depuis les années 1990 et la protéomique depuis les années 2000 ont contribué à l’amélioration de la connaissance de ces mécanismes. Une étude protéomique visant à caractériser par des approches systématiques et différentielles les protéomes des cellules de Sertoli et de la lignée germinale, et d’autre part une étude récente, réalisée dans notre unité, qui a permis de caractériser et de quantifier le transcriptome des cellules testiculaires isolées de rat en utilisant le séquençage de novo des transcrits (RNA-Seq), ont été à la base de mes travaux de thèse. Cette dernière étude a mis en évidence l’accumulation de longs ARNs non codants (lncRNAs) et de transcrits testiculaires non annotés (TUTs) aux stades méiotique et post- méiotique de la spermatogenèse chez le rat. Dans ce contexte, mon travail a consisté à valider le potentiel codant de nombreux gènes exprimés dans les cellules germinales par une approche dite PIT (Proteomics Informed by Transcriptomics) couplant protéomique Shotgun et RNA-Seq. Dans ce type d’approche, les séquences protéiques déduites des transcrits des différents types cellulaires, assemblés par RNA-Seq, sont intégrées dans une base personnalisée de séquences protéiques utilisée pour interroger les données de spectrométrie de masse obtenues à partir de protéines de cellules méiotiques et post-Méiotiques. L’approche PIT a permis de montrer que 69 TUTs ou lncRNA (correspondant à 44 loci) codent pour des protéines dans les cellules méiotiques et post méiotiques. L’expression post-Méiotique de deux nouveaux transcrits, l’un codant pour la protéine VAMP9, une protéine de la famille SNARE, et l’autre pour une nouvelle énolase T-ENOL a pu être confirmée. L’expression post-Méiotique de T-ENOL a été confirmée par immunohistochimie à l’aide d’un anticorps polyclonal produit contre la protéine recombinante. Cette approche nous a également permis d’identifier de nouvelles isoformes de protéines connues spécifiques de chaque stade de la spermatogenèse. Les cellules germinales et les cellules de Sertoli entretiennent le dialogue nécessaire au bon déroulement de la spermatogenèse. Une autre partie de mon travail a consisté à identifier des protéines membranaires des cellules germinales et des corps résiduels, susceptibles d’intervenir dans le dialogue entre les cellules de Sertoli et les cellules germinales, par une approche protéomique de quantification relative ICPL. Cette approche a permis d’établir une liste de 166 protéines différentiellement exprimées entre les spermatocytes pachytène, les spermatides rondes et les corps résiduels, qui sont susceptibles de jouer un rôle dans la spermiogénèse. Grâce aux annotations de le Gene Ontology, j’ai pu établir une liste de 8 protéines ayant un rôle supposé dans la transduction du signal, la reconnaissance cellulaire ou bien la différenciation. Par ailleurs, j’ai pu établir par protéomique Shotgun un premier protéome des cellules de Sertoli, des cellules germinales et des corps résiduels chez le rat
Spermatogenesis in mammals is a complex biological function including cellular processes such as proliferation, meiosis and differentiation, aiming to the production of male gametes in the testis. If the seminiferous epithelium is well described in terms of organization and cellular morphology of cells that compose it, the processes by which undifferentiated diploid germ cells enter meiosis and give haploid cells that undergo many morphological transformations, are not fully decrypted. These processes rely on the coordinated and sequential expression of genes, including specific products for each stage of germ cell development These gene products are essential at each key stage of spermatogenesis. Transcriptomics since the 1990s, and proteomics since the 2000s have contributed to the improved. understanding of these mechanisms. A long term proteomic study aiming at characterizing the proteomes of Sertoli cells and germ cells, and a recent study that characterized and quantified the transcriptome of isolated rat testicular cells at high resolution using de novo sequencing of transcripts (RNA-Seq), have been the basis of my thesis work. The latter study showed the accumulation of long non-Coding RNAs (lncRNAs) and testicular unannotated transcripts (TUTs) at meiotic and post-Meiotic stages of spermatogenesis in the rat. In this context, my thesis work aimed at validating the coding potential of many genes expressed in germ cells using RNA-Seq combined with shotgun proteomics, a so-Called PIT (Proteomics Informed by transcriptomics) approach. In this approach, the protein sequences translated from the transcripts assembled by RNA-Seq in the different testicular cell types are integrated into a custom database of protein sequences used to query mass spectrometry data obtained from proteins of meiotic and post-Meiotic cells. The PIT approach showed that 69 TUTs or lncRNA (corresponding to 44 loci) code for proteins in meiotic cells and post meiotic cells, and we confirmed experimentally the meiotic and post-Meiotic expression for two new transcripts encoding for VAMP9, a protein of the SNARE family, and a new testicular enolase T-ENOL. The post-Meiotic expression of T-ENOL protein was confirmed by immunohistochemistry using a polyclonal antibody raised against the recombinant protein. This approach also allowed us to identify new isoforms of known proteins, specific to each stage of spermatogenesis. Germ cells and Sertoli cells maintain a dialogue which is necessary to the success of spermatogenesis and spermiogenesis. Another part of my work aimed at identifying membrane proteins, in germ cells and residual bodies, that may be involved in the dialogue between Sertoli cells and germ cells, using a ICPL relative quantification proteomic approach. The ICPL analysis enabled us to establish a list of 166 proteins whose expression is differential between pachytene spermatocytes, round spermatids and residual bodies. Their differential expression suggests that these proteins may play a role in spermiogenesis. Thanks to the Gene Ontology annotations, a list of 8 proteins with a putative role in signal transduction, cell recognition or differentiation, thus potentially involved in the dialogue between Sertoli and germ cells was drawn. In addition, I provided a first proteome of rat Sertoli cells, germ cells and residual bodies obtained by shotgun proteomics

Cette these decrit deux nouvelles classes d'osides trifluoromethyles. Il s'agit de pentoses comportant un groupement cf#3 en position 1 ou 5. Quelques voies d'acces aux 5-desoxy-5,5,5-trifluoropentofuranoses sont proposees dans le premier chapitre en faisant reagir cf#3sime#3 (donneur de cf#-#3) sur des aldehydes ou des lactones. Les resultats decevants du point de vue de la selectivite nous ont ensuite conduits a etudier la diastereoselectivite de la reduction de diverses trifluoromethylcetones et a la comparer a celle des methylcetones analogues. Les reducteurs utilises (dibah ou l-selectride) ont donne d'excellentes diastereoselectivites avec les trifluoromethylcetones ; cette etude constitue le deuxieme chapitre. Le troisieme chapitre decrit la synthese des 5-desoxy-5,5,5-trifluoropentoses de configuration arabino et xylo. Le dernier chapitre developpe la synthese de derives de 1-desoxy-1,1,1-trifluoropentulofuranoses ; la vitesse d'hydrolyse des osides de methyle est tres sensiblement reduite et ce chapitre conclut a l'interet d'obtenir les nucleosides correspondants afin d'etudier leurs proprietes biologiques

Une approche de métagénomique fonctionnelle a été mise en œuvre afin d’étudier les arsenaux enzymatiques produits par les microbiotes intestinaux de termites phytophages et d’identifier de nouvelles enzymes impliquées dans l’hydrolyse des polysaccharides végétaux, notamment des hétéroxylanes. Le criblage à haut débit des banques métagénomiques constituées à partir de trois espèces de termites sur une gamme de substrats chromogéniques a permis d’identifier plusieurs centaines de clones à activité dépolymérisante (glucanase, xylanase, mannanase, arabinanase), ainsi que des clones exprimant des activités auxiliaires (α-L-arabinofuranosidases, β-D-xylosidases, cellobiose hydrolases). Un total de 42 clones métagénomiques a été séquencé, générant 1,5 Mpb d’ADN assemblé en 58 séquences contigües d’une taille moyenne de 37,8 Kbp. 63 nouvelles Glycoside Hydrolases (GH) ont été identifiées. Ces dernières représentent 19 familles de la classification CAZy, dont les familles GH3, GH8, GH10, GH11, GH43 et GH51. Enfin, huit nouvelles enzymes des familles GH43 et GH51 ont été produites chez E. coli et leurs propriétés biochimiques ont été étudiées. Ces enzymes présentent des activités α-L-arabinofuranosidase, β-D-xylosidase ou L-arabinanase
A functional metagenomics approach was used to reveal the enzymatic diversity present in the guts of biomass-feeding termites and to identify enzymes involved in the degradation of biomass components, notably heteroxylans. High-throughput screening of metagenomic libraries, created using three different termite species, was performed using a variety of chromogenic substrates. This allowed the discovery of hundreds of clones expressing targeted biomass-degrading activities (e.g. depolymerases such as glucanase, xylanase, mannanase arabinanase and auxiliary activities such as α-L-arabinofuranosidases, β-D-xylosidases and cellobiohydrolases). A total of 42 clones were selected for a DNA sequence analysis, thus generating 1.5 Mbp that were assembled into 58 contiguous sequences. 63 new Glycoside Hydrolases (GH) belonging to 19 different families of the CAZy classification were identified, including ones from families GH3, GH8, GH10, GH11, GH43 and GH51. Finally, eight new enzymes, from families GH43 and GH51, were produced in E. coli and their biochemical properties were studied. These enzymes display α-L-arabinofuranosidase, β-D-xylosidase or arabinanase activities

L'innovation thérapeutique progresse traditionnellement par la combinaison du criblage expérimental et de la modélisation moléculaire. En pratique, cette dernière approche est souvent limitée par la pénurie de données expérimentales, particulièrement les informations structurales et biologiques. Aujourd'hui, la situation a complètement changé avec le séquençage à haut débit du génome humain et les avancées réalisées dans la détermination des structures tridimensionnelles des protéines. Cette détermination permet d'avoir accès à une grande quantité de données pouvant servir à la recherche de nouveaux traitements pour un grand nombre de maladies. À cet égard, les approches informatiques permettant de développer des programmes de criblage virtuel à haut débit offrent une alternative ou un complément aux méthodes expérimentales qui font gagner du temps et de l'argent dans la découverte de nouveaux traitements. Appliqué aux grandes bases de données moléculaires, le criblage virtuel à haut débit permet de limiter le criblage expérimental en fournissant, pour chaque cible biologique visée, des molécules potentiellement intéressantes au moyen de méthodes informatiques adaptées. Cependant, la plupart de ces approches souffrent des mêmes limitations. Le coût et la durée des temps de calcul pour évaluer la fixation d'une collection de molécules à une cible, qui est considérable dans le contexte du haut débit, ainsi que la précision des résultats obtenus sont les défis les plus évidents dans le domaine. Le besoin de gérer une grande quantité de données hétérogènes est aussi particulièrement crucial. Pour surmonter les limitations actuelles du criblage virtuel à haut débit et ainsi optimiser les premières étapes du processus de découverte de nouveaux médicaments, j'ai mis en place une méthodologie innovante permettant, d'une part, de gérer une masse importante de données hétérogènes et d'en extraire des connaissances et, d'autre part, de distribuer les calculs nécessaires sur les grilles de calcul comportant plusieurs milliers de processeurs, le tout intégré à un protocole de criblage virtuel en plusieurs étapes. L'objectif est la prise en compte, sous forme de contraintes, des connaissances sur le problème posé afin d'optimiser la précision des résultats et les coûts en termes de temps et d'argent du criblage virtuel. Les approches méthodologiques développées ont été appliquées avec succès à une étude concernant le problème de résistance du VIH aux antiviraux, projet soutenu par la fondation Bill et Melinda Gates dans le cadre d'un projet de collaboration avec le CIRCB au Cameroun.

L’innovation thérapeutique progresse traditionnellement par la combinaison du criblage expérimental et de la modélisation moléculaire. En pratique, cette dernière approche est souvent limitée par la pénurie de données expérimentales, particulièrement les informations structurales et biologiques. Aujourd'hui, la situation a complètement changé avec le séquençage à haut débit du génome humain et les avancées réalisées dans la détermination des structures tridimensionnelles des protéines. Cette détermination permet d’avoir accès à une grande quantité de données pouvant servir à la recherche de nouveaux traitements pour un grand nombre de maladies. À cet égard, les approches informatiques permettant de développer des programmes de criblage virtuel à haut débit offrent une alternative ou un complément aux méthodes expérimentales qui font gagner du temps et de l’argent dans la découverte de nouveaux traitements.Cependant, la plupart de ces approches souffrent des mêmes limitations. Le coût et la durée des temps de calcul pour évaluer la fixation d'une collection de molécules à une cible, qui est considérable dans le contexte du haut débit, ainsi que la précision des résultats obtenus sont les défis les plus évidents dans le domaine. Le besoin de gérer une grande quantité de données hétérogènes est aussi particulièrement crucial.Pour surmonter les limitations actuelles du criblage virtuel à haut débit et ainsi optimiser les premières étapes du processus de découverte de nouveaux médicaments, j’ai mis en place une méthodologie innovante permettant, d’une part, de gérer une masse importante de données hétérogènes et d’en extraire des connaissances et, d’autre part, de distribuer les calculs nécessaires sur les grilles de calcul comportant plusieurs milliers de processeurs, le tout intégré à un protocole de criblage virtuel en plusieurs étapes. L’objectif est la prise en compte, sous forme de contraintes, des connaissances sur le problème posé afin d’optimiser la précision des résultats et les coûts en termes de temps et d’argent du criblage virtuel
Therapeutic innovation has traditionally benefited from the combination of experimental screening and molecular modelling. In practice, however, the latter is often limited by the shortage of structural and biological information. Today, the situation has completely changed with the high-throughput sequencing of the human genome, and the advances realized in the three-dimensional determination of the structures of proteins. This gives access to an enormous amount of data which can be used to search for new treatments for a large number of diseases. In this respect, computational approaches have been used for high-throughput virtual screening (HTVS) and offer an alternative or a complement to the experimental methods, which allow more time for the discovery of new treatments.However, most of these approaches suffer the same limitations. One of these is the cost and the computing time required for estimating the binding of all the molecules from a large data bank to a target, which can be considerable in the context of the high-throughput. Also, the accuracy of the results obtained is another very evident challenge in the domain. The need to manage a large amount of heterogeneous data is also particularly crucial.To try to surmount the current limitations of HTVS and to optimize the first stages of the drug discovery process, I set up an innovative methodology presenting two advantages. Firstly, it allows to manage an important mass of heterogeneous data and to extract knowledge from it. Secondly, it allows distributing the necessary calculations on a grid computing platform that contains several thousand of processors. The whole methodology is integrated into a multiple-step virtual screening funnel. The purpose is the consideration, in the form of constraints, of the knowledge available about the problem posed in order to optimize the accuracy of the results and the costs in terms of time and money at various stages of high-throughput virtual screening

Les Archaea sont des micro-organismes rencontrés dans tous les écosystèmes, mais qui apparaissent comme majoritaires dans les environnements dits extrêmes. Les archaea hyperthermophiles, comme Pyrococcus abyssi sont en permanence exposées à des températures qui peuvent augmenter le taux de dommages de l'ADN, pourtant, le taux de mutations spontanés chez ces micro-organismes est similaire à celui des espèces modèles mésophiles. Il est ainsi probable que les hyperthermophiles possèdent des systèmes particulièrement efficaces pour dupliquer, maintenir et stabiliser leur génome. L'objectif de ce projet était d'explorer le réseau d'interaction impliqué dans les processus de réplication et de réparation de l'ADN. L'approche méthodologique mise en oeuvre a consisté à coupler la capture de partenaires d'interaction par pull-down avec leur identification par spectrométrie de masse. J'ai pu ainsi mettre en évidence, au sein l'extrait cellulaire de P. abyssi, un réseau préliminaire reliant des protéines de la maintenance génomique. Nous avons non seulement mis en évidence de nouvelles protéines impliquées probablement dans des mécanismes de réparation, mais également des nouvelles interactions non suspectées entre des composants déjà caractérisés. Les principaux résultats sont les suivants : (1) La nucléase Pab2263, partenaire du PCNA, est un nouvel acteur du métabolisme de l'ADN. (2) Le PCNA forme un macrocomplexe avec les protéines ubiquitaires Mre11 et Rad50 suggérant un rôle de ce complexe dans la réparation des cassures double brin de l'ADN lors de la réplication. (3) Les protéines Fen1 et l'ADN primase interagissent physiquement et peuvent collaborer in vitro pour résoudre une étape intermédiaire de la voie de réparation par excision de base. Ces résultats enrichissent notre compréhension des processus de réparation de l'ADN chez les archées.

Les recherches effectuées dans le cadre de cette thèse se sont portées sur l'organocatalyse par les phosphines trivalentes, des composés jouant un rôle crucial dans de nombreuses transformations chimiques et largement employées dans des synthèses organiques efficaces et variées. L'un des deux axes de recherche de cette thèse s'est concentré sur le développement de nouvelles méthodologies organocatalysées par les phosphines trivalentes. Notre intérêt s'est porté sur des procédés P(III)/P(III) ou P(III)/P(V) permettant la synthèse d'hétérocycles oxygénés ou azotés. Après avoir élaboré une version stœchiométrique en phosphine, nous avons optimisé la méthodologie en la rendant catalytique. Une étude plus approfondie permettant la synthèse de dérivés 2-azétines promue puis catalysée par les phosphines a été développée durant cette thèse. Les produits ainsi obtenus ont pu être valorisés en synthèse organique et testés biologiquement. Enfin, le second axe de recherche mené au cours de cette thèse s'est directement focalisé sur l'électroréduction des oxydes de phosphine cycliques. Dans le contexte environnemental actuel et à la vue des préoccupations écologiques, il est impératif de rendre catalytique en phosphore les réactions promues par les phosphines en introduisant un réducteur dans le milieu réactionnel. Afin d'aller vers le développement de réactions électro-catalytiques, nous avons donc utilisé l'électrochimie pour la réduction des oxydes de phosphine, inscrivant ainsi nos travaux dans une démarche de chimie plus vertueuse
This thesis work focused on organocatalysis using trivalent phosphines, compounds which play a crucial role in many chemical transformations and widely used for several organic syntheses. One of the two research axes of this thesis focused on the innovative development of organocatalytic methodologies using trivalent phosphines. We focused on P(III)/P(III) or P(III)/P(V) processes for the synthesis of oxygen or nitrogen-containing heterocycles. After developing a version stoichiometric in phosphine, the methodology was optimized by making it catalytic. A more detailed study enabling the synthesis of 2-azetine derivatives, promoted and then catalysed by phosphines, was developed during this thesis. The products thus obtained were valued in organic synthesis and tested biologically. Finally, the second line of research in this thesis focused directly on the electroreduction of phosphine oxides. In today's environmental context, it is imperative to render the reactions promoted by phosphine catalytic in phosphine, by introducing a reducing agent into the reaction medium. In order to progress towards the development of electrocatalytic reactions, we used electrochemistry for the reduction of phosphine oxides, thus inscribing our work in a more virtuous chemistry approach

L’histoire des associations de parents d’élèves entretient un lien étroit avec le développement des classes moyennes, notamment à partir des années 1970. Ces catégories sociales vont, en effet, par leurs styles de vie, leur rapport à l’éducation et leur mode de militantisme, largement contribuer à faire émerger la question du partenariat. Dans ce travail, je propose de revenir sur ces changements, à partir d’une étude de cas sur les fractions privées des classes moyennes et supérieures dans une commune de la banlieue Ouest parisienne
The Topic of my research deals with the connection between the Parent’s Associations and the ideological transformations of society. It deals, more precisely, with the system of values which is promoted by new middle classes and the way in which these classes are involved in the educational process. With this research, I try to demonstrate that the new middle classes promote a new ideology, which I call pramgatism

Dans cette thèse, nous nous intéressons à l’étude du spectre essentiel d’opérateurs de Schrödinger et tout particulièrement à l’obtention d’un Principe d’Absorption Limite pour ces opérateurs. Ce Principe d’Absorption Limite consiste en l’existence d’une limite de l’opérateur résolvante lorsque le paramètre spectral se rapproche du spectre essentiel et permet de connaitre des informations sur le groupe engendré par l’Hamiltonien de Schrödinger. Une méthode pour montrer ce Principe d’Absorption Limite est d’utiliser la théorie de Mourre. Cette théorie nécessite l’utilisation d’un autre opérateur appellé opérateur conjugué. Lorsqu’on veut appliquer la théorie de Mourre aux opérateurs de Schrödinger, on utilise habituellement un opérateur conjugué nommé le générateur des dilatations. Cet opérateur implique que les dérivées du potentiel doivent avoir une certaine décroissance ce qui peut être gênant dans certains cas.Dans cette thèse, nous appliquerons le théorème de Mourre avec d’autres types d’opérateurs conjugués, dont certains n’impliquent pas de conditions de dérivabilité. Dans une première partie, nous nous intéresserons aux opérateurs de Schrödinger sur l’espace euclidienpour lesquels nous montrerons un Principe d’Absorption Limite à énergie strictement positive, un Principe d’Absorption Limite à énergie nulle et l’absence de valeurs propres plongées dans le spectre essentiel. Dans une seconde partie, nous nous intéresserons aux opérateurs de Schrödinger sur des guides d’ondes pour lesquels nous montrerons un Principe d’Absorption Limite loin des seuils et un Principe d’Absorption Limite près des seuils
In this thesis, we are interested in the study of the essential spectrum of Schrödinger operators and more particulary in the obtention of a Limiting Absorption Principle for these operators. This Limiting Absorption Principle consists on the existence of a limit for the resolvent operator when the spectral parameter is near the essential spectrum and permits to know some properties about the group generated by the Schrödinger Hamiltonian we study. A technique to prove this Limiting Absorption Principle is to use the Mourre theory. This theory needs to use an other operator called the conjugate operator. When we want to apply the Mourre theory to Schrödinger operators, we usually used a conjugate operatornamed the generator of dilations. This operator implies some conditions of decay on the derivatives of the potentials which can be a problem in certain cases. In this thesis, we will apply the Mourre theory with other types of conjugate operators wich, for some of them, does not imply any conditions on the derivatives of the potential.In a first part, we will be interested in Schrödinger operators on the euclidian space. We will show a Limiting Absorption Principle at positive energy, a Limiting Absorption principle at zero energy and the absence of eigenvalue embedded in the essential spectrum. In a second part, we will be interested in Schrödinger operators on wave guides for which we will prove a Limiting Absorption Principle far thresholds and near thresholds

Cette thèse porte sur la fouille de graphes et propose un ensemble de méthodes pour la découverte de contrastes entre classes et leurs contributions à des problématiques de prédictions de propriétés (éco)toxicologiques de composés chimiques. Nous présentons un nouveau type de motifs, les motifs émergents de graphes - les conjonctions de graphes dont la présence est liée à la classification donnée en entrée - afin de cibler l'information caractérisant les différentes lasses. Notre méthode repose sur un changement de description des graphes permettant de revenir à un contexte de fouille de données tabulaires. L'étendue des contraintes utilisées en fouille de données tabulaires peut ainsi être exploitée, telle que la contrainte d'émergence. Nous montrons également qu'il est possible d'étendre aux motifs de graphes les représentations condensées de motifs sur la contrainte d'émergence. Cette méthode synthétise les motifs de graphes et facilite leur exploration et leur usages. Le fil conducteur de ce travail est celui de l'évaluation de propriétés (éco)toxicologiques de molécules par l'usage de modèles in silico, conformément à la norme européenne REACH. Dans ce contexte, les méthodes de fouille de graphes proposées permettent d'extraire des toxicophores (i.e. des fragments de molécules qui peuvent influencer le comportement toxique des molécules) à partir des exemples d'une chimiothèque. Une série expérimentale montre l'apparition de nouvelles structures lorsque le niveau de toxicité des molécules augmente. Ces travaux contribuent à l'acquisition de nouvelles connaissances sur les mécanismes de toxicité des molécules venant compléter les connaissances expertes humaines.

Le test d'hypotheses est une composante essentielle du fonctionnement cognitif. Tester une hypothese consiste, d'un point de vue formel, a eliminer tous les cas possibles, admis par la situation, dans lesquels l'hypothese est fausse, et a evaluer la plausibilite de l'hypothese en examinant l'ensemble des donnees dont on dispose. Nous etudions l'activite de test d'hypotheses au travers du paradigme de la decouverte de regles. La tache utilisee est le probleme 2-4-6 (wason, 1960). Les sujets ont, au depart de leur resolution, connaissance d'un cas conforme a la regle a decouvrir (i. E. , le triplet de nombres, "2,4,6"). Ils vont former, a partir de cette information, une ou plusieurs hypotheses sur la regle (i. E. , "toute suite de nombres croissants"). Pour la ou les tester, ils vont etre amenes a produire d'autres cas, qui vont etre valides ou rejetes par l'experimentateur, en fonction de leur conformite ou non a la regle a decouvrir. On a longtemps considere que la strategie a adopter dans ce type de tache etait une strategie d'infirmation. Elle consiste a proposer des cas non conformes aux hypotheses testees (contre-exemples). Toutefois, les resultats obtenus, relatifs aux strategies effectivement mises en oeuvre par les sujets, montrent clairement qu'ils recherchent des cas conformes a leurs hypotheses (exemples). Notre objectif est de montrer que le pistage classique des strategies de test d'hypotheses, mises en oeuvre par les sujets, n'est pas le plus approprie pour acceder a leurs strategies de raisonnement. Nous soutenons qu'il existe d'autres facons de pister ces strategies, pour lesquelles les conclusions quant aux phenomenes observes sont modifiees. Alors que les sujets ont ete classiquement consideres comme victimes d'un biais de confirmation, nos resultats permettent de conclure qu'ils sont sensibles a la pertinence de la strategie d'infirmation. Toutefois, elle est mise en oeuvre de facon detournee, non conforme aux canons de la logique formelle.

Parmi tous les neurotransmetteurs identifiés à ce jour, la sérotonine (5-hydroxytryptamine, 5-HT) est impliquée dans le système le plus complexe de récepteurs. Parmi eux, les récepteurs 5-HT7 qui sont les derniers découverts (1993) semblent avoir des implications multiples tant au niveau central que périphérique. Le potentiel thérapeutique représenté par la découverte de ligands 5-HT7 sélectifs vis-à-vis d'autres RCPGs a motivé notre projet de recherche. Nos études sont orientées vers la conception de trois classes distinctes de ligands. Une première famille à été conçue sur une charpente benzimidazolone. Diverses pharmacomodulations ont permis un changement du profil d'activité de 5-HT1A vers 5-HT7. Une deuxième famille de composés à structure furo- ou pyrano[2,3-b] pyridinique constitue des analogues azotés d'un des plus intéressants agonistes sélectifs 5-HT7 actuels. La synthèse de ces dérivés a été conduite via la mise en oeuvre d'une étape clé de cycloaddition intramoléculaire de Diels-Alder à partir de 1,2,4-triazines judicieusement fonctionnalisées en 3 par une chaine aminoalkynol. Cette méthodologie nous a permis de faire varier les substituants alkyle de l'amine, la nature et la position du motif aryle sur le noyau pyridinique, ainsi que la taille du cycle non-aromatique. La synthèse d'une dernière famille de dérivés bisaryliques a enrichi les études de relation structure-activité, connues dans la littérature, associées à ce type de ligands 5-HT7. La variation du cycle aromatique central (phényle, 1,3-diazine et 1,2,4- triazine) a révélé d'importantes conséquences sur l'affinité des molécules.

Thèse de doctorat : Chimie et physicochimie des composés d'intérêt biologique : Orléans : 2009. Thèse de doctorat : Chimie et physicochimie des composés d'intérêt biologique : Université de Bacau : 2009.
Titre provenant de l'écran-titre.

Ceux que la sociologie appelle les nouvelles couches moyennes salariées entretiennent et surtout disent entretenir un rapport spécifique à la ville. Peut-on admettre cette spécificité? Comment s'exprime-t-elle? Peut-on en expliquer ou au moins en expliciter les fondements? Pour répondre à ces trois questions, on a collecte à Besançon (Doubs en 1986, un matériel de type ethnographique (observation directe, photographies, entretiens). L'enquête, organisée dans une perspective microsociale, a privilégie l'observation des mises en scène de la présentation de soi dans l'habitat, terme qui englobe les représentations de l'espace urbain, les critères d'habitabilité d'un logement, les relations de sociabilité ainsi que les pratiques d'aménagement et de décoration. L'interactionnisme est le cadre conceptuel de ce travail. Les catégories d'analyse sont empruntées à G. H. Mead, H. S. Becker, E. C. Hughes, A. V. Cicourel, H. Garfinkel, E. Goffman. . .
Those that sociology calls the new middle social levels have - and mostly assert they have - specific relationship with town and housing conditions. Can this specificity be possibly assumed to exist? How is it usually expressed? Can its foundations be explained or at least clarified? In order to answer these three questions, a whole lot of "ethnographic" material (direct observation, photographs, and interviews) was collected in Besancon, Doubs, in 1986. This investigation which was conducted in a micro-social perspective favored observation of the displays of self-presentation through dwelling, a term that includes the representation of urban space, the criteria of habitability of a flat, sociability, as well as fitting out and decorating practices. Interactionism has been used as a conceptual structure for this survey. The categories of analysis have been borrowed from G. H. Mead, H. S. Becker, E. C. Hughes, A. V cicourel, H. Garfinkel, E. Goffman

Les maladies neurodégénératives représentent un enjeu de santé majeur, et sont amenées à toucher de plus en plus de personnes dans les prochaines années, c'est pourquoi des développements technologiques sont nécessaires pour améliorer le diagnostic et mettre au point des traitements. Dans ce cadre les radiotraceurs pour la tomographie par émission de positons se sont révélés être des atouts de poids dans le cadre de l'étude des pathologies, du diagnostic au cours de ces dernières du développement de traitements. Cependant l'approche classique utilisée pour identifier de nouveaux ligands consiste à tester des collections de molécules synthétisées individuellement et testées in vitro individuellement. Même si cette approche a porté ses fruits, il s'agit d'un processus très long et très coûteux qui peut être amélioré. Dans cette thèse, nous proposons différentes méthodologies de synthèses pour la construction de chimiothèques, et leur utilisation dans des expériences de criblage in vitro sur les fibres protéiques caractéristiques des protéinopathies étudiées. De plus, le passage de la barrière hémato-encéphalique représente un défi de taille dans le développement de molécules à visée du système nerveux central. Dans ce cadre, nous avons développé une méthode accélérée d'évaluation du passage de molécules sur un modèle de BHE de rat in vitro permettant de cribler des candidats traceurs sur la base de ce paramètre essentiel et ce à un stade plus précoce de développement
Neurodegenerative diseases pose a growing threat to global health, with their prevalence expected to rise significantly in the coming years. This necessitates the development of better diagnostic tools and effective treatments. In this context, positron emission tomography (PET) radiotracers have emerged as anvoidable assets. They not only aid in the study and diagnosis of these pathologies but also play a crucial role in the development of new therapies.The traditional approach to ligand discovery involves screening libraries of individually synthesized molecules through in vitro assays. While successful, this method is time-consuming and expensive, prompting the need for more efficient strategies. In this project, various methodologies are proposed for the synthesis of chemical librairies and in vitro screening on protein fibers that characterize the studied proteinopathies.A major hurdle in developing drugs for central nervous system (CNS) diseases is their ability to cross the blood-brain barrier (BBB). To address this challenge, we have developed a faster method for evaluating molecule permeability using an in vitro rat BBB model. This allows us to prioritize tracer candidates based on this critical parameter earlier in the development process

Le paludisme est l’une des maladies infectieuses les plus répandues à travers le monde. En 2018, cette parasitose fut responsable de 405 000 morts. RTS, S/A01, le seul vaccin testé à grande échelle, ne remplit pas à ce jour tous les critères d’efficacité exigés. Plasmodium falciparum (Pf), l’espèce responsable de la plus forte mortalité, a développé des résistances contre quasi tout l’arsenal thérapeutique. Il est crucial d’approfondir nos connaissances sur la biologie de ce parasite, en vue de découvrir de nouveaux médicaments. Chez Pf, de nombreuses études ont montré que les kinases et les phosphatases jouent un rôle crucial pour la survie du parasite. L’étude du kinome a permis de mettre en lumière que cibler les kinases pouvait représenter une stratégie intéressante dans le traitement de la maladie. Toutefois, les phosphatases de Pf restent peu étudiées. Des analyses comparatives des séquences en acides aminés, réalisées chez P. berghei (Pb), espèce spécifique des rongeurs, ont révélé que 6 d’entre elles sont spécifiques du genre Plasmodium. Parmi ces phosphatases, la métallophosphatase 9 (PPM9) une sérine thréonine phosphatase spécifique de Plasmodium, semble être essentielle dans le développement des stades érythrocytaires du parasite. Le gène a également été identifié comme étant essentiel chez Pf, grâce à une méthode de mutagénèse saturante à haut débit. Notre projet a pour objectif la caractérisation moléculaire et fonctionnelle de PPM9 et la validation de cette phosphatase spécifique de Plasmodium, en tant que nouvelle cible potentielle pour le paludisme. Le gène a été cloné, annoté, exprimé sous forme de protéine recombinante et sa fonction phosphatase caractérisée. L’activité enzymatique de PfPPM9 recombinante a été standardisée au sein du test au Malachite Green et nous avons montré qu’elle était dépendante de l’ion manganèse. La caractérisation fonctionnelle, a été explorée via la construction de lignées knock-out conditionnelles mais également des lignées parasitaires knock-in pour suivre leur trafic tout au long du cycle de vie (chez Pf et Pb). Nous avons en effet montré une localisation principalement cytoplasmique de PPM9 et suggéré un export possible dans le cytoplasme de l’hématie. Par ailleurs, parmi ces études de génétique inverse, nous avons notamment employé la technologie CRISPR-Cas9 facilitant l’utilisation de la Cre recombinase dimérisable (diCre) qui permet d’exciser une séquence d’ADN flanquée par des sites loxP, après activation de la rapamycine. Enfin, nous avons déterminé une structure 3D putative de PfPPM9 par homologie comparative afin d’identifier in silico des inhibiteurs spécifiques de son site actif. Un criblage virtuel a ainsi été réalisé avec la database ZINC15 et celle de L’ICPAL sur notre structure 3D. Environ 80 composés ont été testés pour leur activité antipaludique in vitro. Trois hits ont été mis en évidence : M19, M51 et M74. M19 possède une concentration inhibant 50% de la croissance parasitaire (CI50) de 3,87 μM +/- 0,25 et une structure originale jamais encore décrite comme composé antipaludique. De plus, via des études en RMN (Waterlogsy et CPMG), nous avons montré une interaction spécifique de ces hits avec PfPPM9. En perspective, l’intéractome de PPM9 devrait permettre de déterminer ses partenaires/cibles protéiques chez le parasite. En conclusion, ce projet nous conduira à une meilleure compréhension du rôle de PPM9 dans le développement du parasite et la découverte de nouvelles molécules antipaludiques
Malaria today is one of the wide spread infectious diseases in the world. In 2018, 405 000 malaria deaths have been reported. RTS, S/A01 the only vaccine tested on a large scale does not fulfil its promises with a lack of efficiency. Plasmodium falciparum (Pf), the deadliest agent of malaria, has developed resistances to almost all chemotherapeutics. It is necessary to understand the biology of this parasite in order to develop new drugs. In Pf, extensive research has now been started to study the Pf kinome and to examine whether targeting kinases could represent an effective mean for the treatment of the infection, the study of its phosphatome is still under-investigated. Amino acid sequence comparative analyses of Plasmodium berghei (Pb), a rodent malaria species, revealed that 6 are Plasmodium specific. Among these phosphatases, the metalloprotein phosphatase 9 (PPM9), a Plasmodium specific serine/threonine phosphatase, was also suggested to be essential for blood stage parasites development. Besides in a high-throughput saturation mutagenesis method in Pf, PPM9 gene was also identified essential. The present project is focused on the molecular and functional characterization of the PPM9 and on the validation of this specific phosphatase as a new potential target for malaria. The gene has been cloned, annotated and expressed as a recombinant protein and its phosphatase function has been characterized. The enzymatic activity of PfPPM9 recombinant protein has been standardised using a malachite green phosphate assay kit and this activity is manganese dependant. Functional characterization was explored by conditional gene knock-out studies as well as by generating knock-in parasite lines to follow their trafficking during the parasite lifecycle (in Pf and Pb). PfPPM9 seems to be mainly localised in the parasite cytoplasm and could be exported in the cytoplasm of red blood cell. Among these studies, we employ CRISPR-Cas9 in Pf to facilitate use of the dimerisable Cre-recombinase (diCre) that is used to mediate the excision and loss of loxP-flanked DNA sequences in a rapamycin-controlled manner. Finally, we solved in silico the 3D structure of PfPPM9 by homology modelling and identified a new set of potential specific inhibitors. We screened in silico ZINC15 database and ICPAL base on the 3D structure. We have tested around 80 compounds for their anti-plasmodial in vitro activity. We have highlighted 3 hits: M19, M51 and M74. M19 has a half maximal inhibitory concentration (IC50) of 3,87 μM +/- 0,25 and a unique scaffold as antimalarial compound. Besides, via NMR studies (Waterlogsy and CPMG), we have shown a specific interaction between these hits and PfPPM9. As a perspective, PPM9 interactome will be carried out to determine its target/partner proteins in the parasite. In conclusion, this study will lead to a deeper understanding of the role of PPM9 in the parasite development and the discovery of new antimalarial compounds

Cette étude de la maladie d'Alzheimer décrit différentes perceptions de la pathologie ainsi que différents modes d'accompagnement et de prise en charge des malades en France et aux Etats-unis. A la lumière de la thèse de Canguilhem sur le normal et le pathologique, elle oppose une conception de l'affection comme un écart vis-à-vis de normes à une reconnaissance de la maladie comme un état spécifique. Elle s'interroge sur les possibilités et les conditions de reconnaissance de la qualité humaine des personnes atteintes et révèle, dans la pathologie, la consistance de l'expérience de l'anormalité et de la déraison. Les données collectées et analysées dans cette thèse sont essentiellement constituées d'entretiens, d'observations et d'extraits de dossiers médicaux
This study of alzheimer's disease describe differents perceptions of the pathology and also different care practices for patients in France and in the united states. With the enlightenment of Canguilheim's thesis about the normal and the pathological, it contrasts a conception of this condition as a gap from norms with recognition of the disease as a specific state. It questions possibilities and conditions to recognize the human quality of people with dementia and reveals, in the pathology, the firmness of an abnormal and unreasonable experience. The data collected and analysed in this thesis are essentially composed of interviews, observations and extracts from patient reports

La vision traditionnelle de la synthèse protéique chez les eucaryotes comprend un ARN messager (ARNm) qui porte un seul cadre de lecture ouvert (ORF). Chaque gène codant eucaryote produit généralement une protéine canonique et éventuellement une ou plusieurs isoformes. Cependant, de nombreuses évidences expérimentales récentes démontrent que le protéome des eucaryotes a été sous-estimé, et que les cellules sont capables de synthétiser des protéines qui n’étaient jusqu’alors pas prédites. Ces nouvelles protéines « alternatives » (altProts) peuvent être issues de la traduction d’ORFs non annotés contenus sur des ARNms, ou des ARNs non codants. Ces découvertes ont été possibles grâce aux progrès techniques réalisés en biochimie analytique en protéomique par spectrométrie de masse. Dans le cadre de ces analyses, deux approches sont privilégiées. La première, ou bottom-up se base sur les produits peptidiques issus d’une digestion enzymatique des protéines quand la seconde ou top-down est basée sur la mesure des protéines entières. Les travaux réalisés dans cette thèse s’articulent autour du développement de stratégies pour la découverte et la caractérisation des altProts par approches protéomiques bottom-up et top-down. Ces aspects sont décrits dans plusieurs publications scientifiques qui seront présentées dans ce manuscrit. Elles comprennent une revue de bibliographie, deux publications relatives à l’application de l’approche top-down par micro-extractions de tissus de cerveau de rat et de biopsie tumorale ovarienne et une publication relative à la détermination de la stœchiométrie de deux protéines, l’une alternative et l’autre canonique toutes deux issues du même gène
The traditional view of protein synthesis in eukaryotic species involves one messenger RNA (mRNA) bearing a single open reading frame (ORF). Thus, each eukaryotic coding gene may produce one canonical protein and possibly one or more of its isoforms. However, numerous experimental evidence report that eukaryotic proteomes may have been under-estimated and that cells are capable of synthetizing proteins which had not been predicted thus far. These novel proteins, termed “alternative proteins” (altProts) may be translated from non-canonical ORFs localized in mRNAs or from RNAs annotated as non-coding. These discoveries were made possible thanks to technical progresses in analytical chemistry in mass spectrometry-based proteomics. These analyses are based on two main strategies; the “bottom-up” approach is based on the peptidic products of enzymatic digestion of native proteins whereas the second and more recent approach, termed “top-down”, is based on the analysis of intact protein by mass spectrometry. The work described in this thesis is focused on the development of experimental strategies helping the discovery and characterization of altProts using bottom-up and top-down approaches. The findings are described in scientific publications which are included in the thesis. These publications include a review, two publications on the application of the top-down approach using micro-extractions on rat brain tissue and ovarian tumor biopsy and one publication related to the stoichiometry elucidation of a canonical and an alternative protein both encoded within the same gene

Des résultats récents ont montré les premières preuves d’un effet multivalent puissant des iminosucres sur l’inhibition des glycosidases, avec des gains d’affinité allant jusqu’à 10000. Afin de comprendre les différentes caractéristiques de cet « effet de cluster » et d’en poursuivre l’optimisation, de nouvelles charpentes doivent être conçues. Le premier axe de recherche a donc consisté en la mise au point d’un ensemble de techniques d’ingénierie « click » pour la synthèse de systèmes multivalents, avec le développement d’une stratégie Sweet LEGO®. Cette approche permettrait un accès simple à une grande variété de néocyclodextrines préfonctionnalisées. Le second axe a consisté en une étude de relation structure-activité autour de charpentes moléculaires polyalcynes utilisées pour préparer de nouveaux clusters par chimie « click ». Une partie des clusters a été préparée en utilisant de nouvelles charpentes cyclopeptoïdes. Ils ont permis de poursuivre l’optimisation de l’effet multivalent des iminosucres sur l’inhibition de glycosidases. En particulier, un composé portant 30 ligands a montré le meilleur effet multivalent connu sur une enzyme modèle
Recent reports have demonstrated the first pieces of evidence of a strong multivalent effect in glycosidase inhibition by iminosugars, with affinity enhancements close to 10000. In order to understand the different parameters of this “cluster effect” and to continue its optimization, new scaffolds must be designed. The first research topic was thus to develop a set of « Click » Chemistry engineering techniques for the synthesis of multivalent systems, with the development of a Sweet LEGO® strategy. In the end, it would allow an easy access to a broad range of prefunctionalized neocyclodextrins. The second research topic consisted in a structure-activity relationship study by varying the molecular polyalkyne scaffold used for the preparation of new clusters by way of « Click » Chemistry. They allowed to investigate the specific features of the iminosugar cluster effect in the inhibition of glycosidases. In particular, a compound of unprecedented valency bearing 30 iminosugar units demonstrated an unprecedented dramatic affinity enhancement for the inhibition of a model enzyme (Jack bean alpha-mannosidase)

Ce travail porte sur l'élaboration et la caractérisation de cellules solaires organiques à base de nouvelles classes de matériaux donneurs dérivés de petites molécules solubles. Une première phase de ce travail a été consacrée à l'étude des cellules de type hétérojonction volumique à base de poly(3-hexylthiophène) et d'un dérivé soluble du fullerène C60, le PCBM. Le nombre considérable de travaux déjà publiés sur ces dispositifs en ont fait un système modèle particulièrement approprié à l'étude des différents paramètres expérimentaux impliqués dans la fabrication de ce type de cellules et à leur optimisation. Les protocoles expérimentaux définis sur la base de ces études ont été ensuite appliquées à l'évaluation de deux nouvelles classes de donneurs moléculaires à base du dicétopyrrolopyrrole (DPP) et de dipyrrométhène de bore (BODIPY). Les travaux sur les donneurs dérivés du DPP ont porté sur la réalisation de différentes séries de cellules solaires à hétérojonction planaire et volumique et les résultats obtenus ont permis à la fois d'atteindre des performances intéressantes et de progresser dans la compréhension des relations structure-propriétés dans cette famille de donneurs moléculaires. La dernière partie de ce travail concerne la réalisation et l'étude de cellules solaires à partir d'une classe originale de donneurs moléculaires dérivés du BODIPY. La caractérisation des propriétés électroniques de différentes familles de bodipys ainsi que la fabrication et l'étude de plusieurs séries de cellules solaires ont conduit à des avancées importantes et des rendements parmi les plus élevés obtenus jusqu'à présent sur des BHJ moléculaires à base d'accepteur dérivé du C60 ont été obtenus. Par ailleurs ces travaux ont permis de mettre pour la première fois en évidence des effets coopératifs dans des BHJ moléculaires utilisant des donneurs multiples.

Ce travail porte sur l'élaboration et la caractérisation de cellules solaires organiques à base de nouvelles classes de matériaux donneurs dérivés de petites molécules solubles. Une première phase de ce travail a été consacrée à l'étude des cellules de type hétérojonction volumique à base de poly(3-hexylthiophène) et d'un dérivé soluble du fullerène C60, le PCBM. Le nombre considérable de travaux déjà publiés sur ces dispositifs en ont fait un système modèle particulièrement approprié à l'étude des différents paramètres expérimentaux impliqués dans la fabrication de ce type de cellules et à leur optimisation. Les protocoles expérimentaux définis sur la base de ces études ont été ensuite appliquées à l'évaluation de deux nouvelles classes de donneurs moléculaires à base du dicétopyrrolopyrrole (DPP) et de dipyrrométhène de bore (BODIPY). Les travaux sur les donneurs dérivés du DPP ont porté sur la réalisation de différentes séries de cellules solaires à hétérojonction planaire et volumique et les résultats obtenus ont permis à la fois d'atteindre des performances intéressantes et de progresser dans la compréhension des relations structure-propriétés dans cette famille de donneurs moléculaires. La dernière partie de ce travail concerne la réalisation et l'étude de cellules solaires à partir d'une classe originale de donneurs moléculaires dérivés du BODIPY. La caractérisation des propriétés électroniques de différentes familles de bodipys ainsi que la fabrication et l'étude de plusieurs séries de cellules solaires ont conduit à des avancées importantes et des rendements parmi les plus élevés obtenus jusqu'à présent sur des BHJ moléculaires à base d'accepteur dérivé du C60 ont été obtenus. Par ailleurs ces travaux ont permis de mettre pour la première fois en évidence des effets coopératifs dans des BHJ moléculaires utilisant des donneurs multiples
This work deals with the preparation and characterization of organic solar cells based on novel classes of soluble molecular donors. The first chapter is devoted to the study of bulk heterojunction organic solar cells based on poly(3-hexylthiophene) and a soluble derivative of fullerene C60. This type of device is used as a model system to analyze the various experimental parameters involved in the fabrication and optimization of organic solar cells. The experimental procedures defined on the basis of these studies have been subsequently applied to the evaluation of two classes of molecular donors namely diketopyrrolopyrrole (DPP) and boron dipyrromethene (BODIPY). The work on DPP-based donors involved the fabrication of various series of bilayer and bulk heterojunction solar cells. The results of these investigations have led to interesting performances and to a better understanding of structure-properties relationships in this family of molecular donors. The last part of this work concerned the study and realization of solar cells based on an original class of molecular donors derived from BODIPY. The characterization of the electronic properties of different families of BODIPYs as well as the preparation and study of several series of solar cells have led to important progress, and power conversion efficiencies among the highest reported so far for molecular BHJ solar cells based on soluble C60 derivative have been obtained. Furthermore, first evidences of cooperative effects in molecular BHJ using multiple donors have also been presented

Des catalyseurs homogènes efficaces pour la déshydrogénation d’alcanes cycliques et [1] linéaires ont été développés depuis 1996. Ils sont basés sur l’utilisation d’un complexe de l’iridium coordiné par un ligand tridente bis(phosphine) {Ir­PCP} A ou bis(phosphinite) {Ir­POCOP} B (Schéma 1). Le but de ce travail était de synthétiser les analogues carbènes N­hétérocycliques (NHCs) de ces complexes (molécules cibles C, Schéma 1), de les caractériser et de les évaluer dans des réactions tests de déshydrogénation d’alcanes, réaction qui représente un enjeu scientifique et économique important. Les carbènes N­hétérocycliques ont été choisis pour leurs caractéristiques électroniques particulières. En effet, ce sont des ligands à caractère fortement σ­donneur capables de [2] stabiliser les ions métalliques de façon plus importante que les trialkylphosphines. Ainsi, [3]l’énergie de dissociation de la liaison NHC­métal est particulièrement élevée. Ces propriétés sont très importantes pour la catalyse : la présence de ligands NHCs dans la sphère de coordination d’un métal permet d’augmenter la densité électronique sur ce métal. Ceci peut faciliter le processus d’addition oxydante qui est une étape clé dans de nombreux systèmes catalytiques et notamment dans la fonctionnalisation d’alcanes. La liaison carbène­métal est forte ce qui permet d’éviter des problèmes liés à la perte de ligands pendant la catalyse. Dans le cas des complexes de type {Ir­PCP} et {Ir­POCOP} le ligand se comporte comme une pince vis­à­vis du métal. Les ligands « pince » sont des ligands chélatants rigides qui sont connus pour stabiliser fortement les ions métalliques. Les complexes résultants sont thermostables ce qui permet leur utilisation sans dégradation à des températures élevées (200 à 250°C pour les complexes « pince » {Ir­PCP} par exemple). Les complexes métalliques qui contiennent des ligands plans, rigides et tridentes incorporant au moins un motif NHC ont été intensivement étudiés durant les dix dernières années et possèdent des propriétés catalytiques uniques. Pourtant, au début du projet, aucun complexe de l’iridium de ce type n’avait été reporté. Le travail réalisé a permis de développer une voie de synthèse de nouveaux complexes dicarbènes N­hétérocycliques « pince » et hydrure de l’iridium(III) (Schéma 2, molécules 1­2). Hollis et al avaient reporté la synthèse du dimère à pont iode 3 (Schéma 2) en 2 étapes avec un rendement < 50%. Notre procédure est plus générale et permet d’obtenir les complexes attendus 1­2 en une seule étape depuis les sels de bis(imidazolium) correspondants avec un rendement d’environ 70%. Les analogues diiodures 4­6 ont été également isolés mais avec des rendements d’environ 30% (Schéma 2). Les conditions opératoires permettant de préparer les complexes 1­2 et 4­6 ont été étudiées de façon précise. Plusieurs paramètres [la nature du précurseur bis(imidazolium), la nature et la quantité de base, la température, la présence de KI et le temps de réaction] influencent fortement la quantité et la nature des complexes obtenus. Des intermédiaires réactionnels dans la synthèse des complexes « pince » 1­2 ont été isolés et un mécanisme réactionnel décrivant leur formation a été proposé. Le dicarbène libre 7, remarquablement stable à température ambiante, a été préparé et sa réactivité avec l’iridium a permis d’obtenir des complexes mononucléaires et dinucléaires dans lequel le ligand est pontant et non pas chélatant ou « pince » comme attendu a priori (Schéma 3). Le complexe hétérodinucléaire Ir(I)­Rh(I) 8, qui constitue un exemple rare de complexe bimétallique porteur d’un ligand NHC, a été synthétisé en deux étapes depuis 7. La structure inattendue du complexe 9 révèle une topologie particulière en figure­de­huit,qui permet de remettre en cause des structures chélates proposées dans la littérature pour des complexes analogues (Schéma 3). L’influence de la nature de la base sur la synthèse de complexes NHC a été peu mentionnée dans la littérature. Nous avons montré que la formation de complexes mononucléaires et dinucléaires Ir­NHC était plus rapide lorsque Cs2CO3 était utilisée à la place de NEt3 et donnait des rendements plus élevés pour un temps de réaction donné. Pour la synthèse du complexe 9, le choix de la base est encore plus crucial, puisque le complexe n’est formé que lorsque Cs2CO3 est utilisé. Deux chemins réactionnels sont concevables pour la formation de la liaison Ir­NHC dans ces complexes : soit un processus combiné d’addition oxydante de la liaison C(2)­H de l’imidazolium sur le précurseur d’iridium suivi de l’élimination réductrice de HX assistée par la base soit formation du carbène libre et coordination in situ sur le centre d’Ir(I). Dans ce dernier cas, la basicité intrinsèque de Cs2CO3 est supérieure à celle de la NEt3 et représente un avantage pour engendrer le carbène libre. Autre avantage, la protonation du carbène libre par l’acide conjugué de Cs2CO3 est moins facile que la réaction entre le carbène libre et [HNEt3]+X. Comme mentionné plus haut, nous avons envisagé une application des nouveaux complexes « pince » de l’iridium synthétisés comme catalyseurs pour des réactions de fonctionnalisation d’alcanes. Dans un premier temps, nous avons calibré nos conditions opératoires à l’aide d’un précurseur de référence {Ir­POCOP}. Nous avons ensuite testé les complexes 1­2 et 4­6, dans différentes conditions, mais aucune activité significative n’a été observée pour le transfert déshydrogénant du cyclooctane en présence de tert­butyléthylène comme oléfine acceptrice. Plusieurs pistes ont été envisagées pour la mise au point d’un nouveau catalyseur actif pour des réactions de fonctionnalisation d’alcanes. Le travail actuel s’oriente vers la synthèse d’un complexe NHC « pince » de l’iridium(III) à 16 électrons (et non 18 électrons comme dans les complexes 1­2, 4­6). Deux stratégies sont en cours d’étude au laboratoire : (a) la synthèse d’un complexe D (Schéma 4) possédant un ligand mixte NHC/donneur P dans lequel les groupements sur le phosphore viendraient apporter l’encombrement nécessaire à la stabilisation d’un complexe à 16 électrons,(b) l’augmentation de l’encombrement stérique des NHC en jouant sur la nature des groupements (par exemple un motif adamantyl) portés par les azotes (E, Schéma 4). Enfin, les perspectives du travail réalisé incluent l’utilisation des complexes NHC d’iridium synthétisés comme catalyseurs dans d’autres réactions telles que l’hydrogénation d’alcènes trisubstitués,le transfert hydrogénantou l’oxydation d’alcoolsde type Oppenauer. Des modifications au niveau du ligand doivent permettre d’envisager une utilisation en catalyse assymétrique (hydrogénation, transfert hydrogénant ou hydrosilylation). Des complexes NHC de Rh (hydroformylation et hydroaminomethylation des alcènes) et de Cr (oligomérisation de l’éthylène) ont également trouvés des applications importantes
Highly active homogeneous catalysts for the dehydrogenation of linear and cyclic alkanes have been developed since 1996. These iridium complexes contained a tridentate bis(phosphine) [for {Ir­PCP}, A] or bis(phosphinite) ligand [for {Ir­POCOP}, B] (Scheme 1). The goal of this work was to synthesize and characterize N­heterocyclic carbenes (NHC) analogues of these complexes (target molecules C, Scheme 1) and to evaluate their activity in alkane dehydrogenation reactions. The transformation of alkanes into alkenes represents a very important reaction, both scientifically and economically. N­heterocyclic carbenes were chosen for their unique stereroelectronic properties. Indeed, NHCs are even better σ­donors than trialkylphosphines and can strongly stabilize metal ions. Thus, the dissociation energy of the M­NHC bond is particularly high. The features of NHC ligands are important for catalytic applications: the presence of NHC ligands in the coordination sphere of the metal increases the electron density around the metal center. This facilitates the oxidative addition process which is a key step in numerous catalytic systems and notably in the functionalization of alkanes. The fact that the M­NHC bond is strong limits the loss of ligand during the catalytic process. In {Ir­PCP} and {Ir­POCOP} complexes, the ligand acts as a « pincer » for the metal. Pincer ligands are rigid, chelating ligands which strongly stabilize metal ions. The resulting homogeneous complexes are thermostable and can be used at relatively high temperatures (200­ 250°C for {Ir­PCP} « pincer » complexes for example) without degradation. Metal complexes with pincer, planar and rigid ligands which incorporate at least one NHC functionality have been intensively studied during the last ten years and exhibit unique catalytic properties. However, at the beginning of this project, no NHC pincer complex of iridium was reported in the literature. We have developed a synthetic route towards new hydrido, N­heterocyclic dicarbene iridium(III) pincer complexes (Scheme 2, molecules 1­2). Hollis et al reported the preparation of the iodide­bridged dimer CNHCCCNHC iridium complex 3 (Scheme 2) in 2 steps with a yield inferior to 50%. Our method provides a more direct route and allows the synthesis of the expected complexes 1­2 in one step from the corresponding bis(imidazolium) salts in almost 70% yield. The diiodide analogues 4­6 were also isolated in almost 30% yield (Scheme 2). Experimental conditions used to prepare complexes 1­2 and 4­6 were thoroughly investigated. The influence of several parameters [nature of the bis(imidazolium) precursor, nature and amount of base, temperature, addition of KI and reaction time] on the course of the formation of NHC complexes and on the nature of the complexes was demonstrated. Reaction intermediates in the synthesis of pincer complexes were isolated and a possible mechanism for their formation was suggested. The NHC dicarbene ligand 7, remarkably stable at room temperature, was prepared and its reaction towards several iridium precursors yielded mono­and dinuclear iridium complexes in which the ligand acts as a bridge and no as a chelate or a pincer as might have been anticipated (Scheme 3). The heterodinuclear Ir(I)­Rh(I) complex 8, which constitutes a rare example of heterobimetallic complex with a NHC ligand, was synthesized in two steps from 7. The unprecedented and unexpected structure of 9, which possesses a remarkable figure­ of­eight topology,is useful in order to reconsider some chelate structures postulated in the literature for similar complexes (Scheme 3). Only a few comparative studies dealing with the influence of the nature of the weak base on the course of the formation of NHC complexes have been disclosed in the literature. We were able to demonstrate that higher yields of mono­and dinuclear NHC complexes were obtained, for a given reaction time, when Cs2CO3 was used in place of NEt3. For the synthesis of the dinuclear complexes 9, the choice of the base is even more critical, because products are formed only when Cs2CO3 is used. Two different pathways are conceivable for the formation of the Ir­NHC bond in our complexes: either a combined oxidative addition/HX base assisted elimination process or the formation of the free carbene and its in situ coordination to the Ir(I) center. In the latter case, the higher intrinsic basicity of Cs2CO3 compared to NEt3 would represent an advantage for the generation of a free carbene. Moreover, protonation of the free carbene by the conjugate acid of Cs2CO3 is less likely than the reaction between free carbene and [HNEt3]+X­. As mentioned above, we envisaged to use our iridium pincer complexes as catalysts for the functionalization of alkanes. Firstly, we calibrated our experimental conditions with a precursor of reference {Ir­POCOP}. Then, we tested 1­2 and 4­6, under different conditions, but no significant activity was observed for the transfer dehydrogenation of cyclooctane with tert­butylethylene as olefin acceptor. Several pathways were envisaged to obtain an active catalyst. We are focusing on the synthesis of CNHCCCNHC 16­electron iridium(III) pincer complexes (in contrast to 18­electron complexes 1­2 and 4­6). We are currently studying in the laboratory: (a) the preparation of a complex D (Scheme 4) containing a mixed­donor phosphorus NHC ligand in which the phosphorus substituents can provide the steric hindrance necessary to stabilize a 16­electron iridium(III) complex,(b) the increase of the steric hindrance of the NHC ligand by replacing, for example, the n­butyl group by adamantyl groups on the nitrogen of the imidazole rings (E, Scheme 4). Finally, the perspectives of this work include the use of our Ir­NHC complexes as catalysts for other reactions such as the hydrogenation of trisubstituted alkenes,transfer hydrogenationsor the Oppenauer­type oxidationof alcohols. Modifications of the ligand architecture can lead to envisage applications of our complexes in asymmetric catalysis (hydrogenation, transfer hydrogenation or hydrosilylation). Rh­NHC complexes (hydroformylation or hydroaminomethylation of alkenes) or Cr­NHC complexes (ethylene oligomerisation) can also find outstanding applications

L'étude des métabolites en milieu complexe par RMN et SMRI est extrêmement prometteuse pour le développement d'outils pour le dépistage du cancer du sein. Toutefois, la quantification des métabolites intracellulaires par RMN 1D est limitée par les recouvrements entre pics. La RMN 2D semble être une solution à ce problème mais les longues durées expérimentales restreignent son usage à des fins quantitatives. Par ailleurs, la SMRI n'a jamais été envisagée jusqu'à présent pour différencier des cellules cancéreuses. L'objectif de cette thèse est d'établir des profils isotopiques et métaboliques de ces cellules par RMN et SMRI. Une première approche consiste en une optimisation d'expériences de RMN 2D afin d'évaluer leurs potentialités pour obtenir des analyses quantitatives rapides et précises. La séquence INADEQUATE-1H permet, après optimisation, l'acquisition de spectres quantitatifs en 7 minutes avec une excellente linéarité et une répétabilité inférieure à 2%. En parallèle, une stratégie de comparaison des méthodes d'extraction est développée afin de choisir la plus robuste et répétable pour l'analyse métabolomique par RMN des cellules du cancer du sein. En couplant la méthode d'extraction choisie à la RMN 2D optimisée, la concentration absolue des métabolites est déterminée avec précision sur plusieurs lignées cancéreuses par une méthode d'ajouts dosés. Une seconde approche concerne la mise au point d'un outil de différenciation cellulaire par SMRI. La mesure des rapports isotopiques 15N/14N et 13C/12C permet d'établir une signature caractéristique de chaque lignée cellulaire et d'élaborer une carte isotopique discriminante de différents types de cancer du sein
Metabolic studies in complex media by NMR and IRMS are highly promising towards the development of tools for breast cancer screening. Howewer, the quantification of intracellular metabolites by 1D NMR is limited by overlaps between peaks. 2D NMR offers a solution but suffers from long experiment durations which limit its quantitative use. On the other hand, IRMS has never been used to differenciate cancer cells. This work aims at establishing isotopic and metabolic profiles of these cells by NMR and IRMS. A first approach consists in optimizing 2D NMR sequences in order to estimate their potentialities for fast and precise quantitative analysis. Once optimized, the 1H INADEQUATE, sequence leads to quantitative spectra in 7 minutes with an excellent linearity and a repeatability better than 2%. Moreover, a comparison strategy of extraction methods is developed in order to determine the most robust and repeatable one for metabolomic studies of breast cancer cells. By coupling the optimum extraction method with the optimized 2D NMR protocol, the absolute metabolite concentrations are precisely determined on several cancer cell lines by a standard additions method. A second approach deals with the development of a cellular differentiation method by IRMS. The measurement of 15N/14N and 13C/12C isotopic ratios makes it possible to determine a characteristic isotopic signature of each cell line, and to draw up an isotopic map which discriminates between breast cancer cell lines

Récemment, le concept de chaperon pharmacologique a émergé pour le traitement des maladies lysosomales. Comme inhibiteurs réversibles de glycosidases mutantes impliquées dans ces maladies, les chaperons pharmacologiques sont capables, à des concentrations sub-inhibitrices, de sauver ces enzymes des mécanismes de destruction du réticulum endoplasmique (RE). Ainsi, une partie de l’activité enzymatique est restaurée. Les iminosucres sont connus pour être une classe importante de chaperons pharmacologiques. Au cours de ce travail de thèse, de nouvelles classes d’iminosucres mono- et multivalents ont été conçues et synthétisées. Nos objectifs étaient de mettre en évidence de nouveaux chaperons pour la β-glucocérébrosidase, impliquée dans la maladie de Gaucher, mais également d’identifier de nouveaux inhibiteurs des α-glucosidases du RE impliquées dans la destruction de la protéine déficiente chez les malades atteints de la mucoviscidose. Plusieurs stratégies ont été mises en œuvre: l’utilisation d’une méthodologie de diamination d’alcènes pallado-catalysée, d’une méthodologie permettant la synthèse rapide d’une bibliothèque de composés iminosucres par chimie click ou encore de la multivalence. Une étude poussée sur la multivalence et l’inhibition de glycosidases a également été réalisée en faisant varier des paramètres clés de la multivalence tels que la valence, la charpente, le linker, ou encore la nature des ligands iminosucres. Le premier exemple d’un effet multivalent puissant jusqu’à quatre ordre de grandeur sur l’inhibition de glycosidases a été mis en évidence avec des systèmes iminosucres multivalents basés sur des charpentes de type β-cyclodextrine et fullerène C60
Recently an innovative concept for the treatment of lysosomal diseases as emerged called pharmacological chaperone. Pharmacological chaperones are reversible inhibitors of the deficient glycosidases involved in these diseases. These molecules are able, at sub-inhibitory concentrations, to stabilize the enzymes and rescue them from the destruction by the quality control system of the endoplasmic reticulum. A part of the catalytic activity of the enzyme could be restored. Iminosugars are known to be an important class of pharmaceutical chaperones. During this PhD work, novel classes of mono- and multivalent iminosugars were designed and synthesized in order to identify novel pharmacological chaperones for the glycosidase: β-glucocerebrosidase involved in Gaucher’s disease and novel inhibitors of the α-glucosidases involved in the destruction of the defective protein delF508CFTR in cystic fibrosis. Several strategies were applied to achieve this aim. These strategies consist in the use of a synthetic methodology of palladium catalyzed alkenes diamination, the use of an efficient methodology to synthesize a library of novel iminosugars by click chemistry and the use of multivalency. A full study on the impact of multivalency on glycosidases inhibition was also completed by changing crucial structural parameters including valency, scaffold, linker and ligand. The first strong multivalent effect on glycosidases inhibition up to four orders of magnitude was reported with multivalent iminosugars based on β-cyclodextrin or C60 fullerene cores

Malgré l’intérêt et la diversité des propriétés pharmacologiques des 2,5-dicétopipérazines (DKP), les voies de biosynthèse de ces molécules d’origine microbienne sont très peu connues. L’objectif de mes travaux de thèse a été i) de documenter de nouvelles voies de biosynthèse de DKP qui se caractérisent par la présence d’une synthase de cyclodipeptides (CDPS) travaillant souvent de concert avec une ou plusieurs enzymes de modification des cyclodipeptides et ii) d’explorer la diversité chimique codée par ces voies. Dans un premier temps, je me suis intéressée aux CDPS. Après la sélection par bioinformatique de candidats dans les bases de données génomiques, j’ai pu identifier 51 nouvelles CDPS actives et montrer que ces enzymes peuvent incorporer 17 des 20 acides aminés naturels. Par ailleurs, ce travail a permis de mieux caractériser la famille des CDPS, de définir l’existence de plusieurs sous-familles aux signatures fonctionnelles spécifiques et d’établir les premiers éléments d’un code de spécificité pour la synthèse de cyclodipeptides. Dans un second temps, je me suis attachée à caractériser les enzymes de modification associées aux nouvelles CDPS et, en particulier, les dioxygénases dépendant du Fe(II) et du 2-oxoglutarate (OG) qui sont très représentées dans ces voies. J’ai ainsi pu détecter une activité in vivo pour 11 OG et poursuivre la caractérisation in vitro pour l’une de ces OG, ce qui a permis de caractériser les DKP qu’elle synthétise et d’ainsi montrer la complexité des modifications chimiques introduites. L’ensemble de ces travaux a donc permis d’identifier et de caractériser de nouvelles voies de biosynthèse qui donnent accès à une diversité accrue de DKP
Despite the interest and diversity of the pharmacological properties of 2,5-diketopiperazines (DKPs), the biosynthetic pathways of these microbial molecules are poorly documented. The aim of my doctoral work was i) to identify new DKP biosynthetic pathways that are characterized by the presence of a cyclodipeptide synthase (CDPS) often associated with one or more cyclodipeptide-tailoring enzymes and ii) to explore the chemical diversity encoded by these pathways. First of all, my study focused on CDPSs. After the bioinformatics-based selection of candidates, 51 novel CDPS were characterized, revealing the incorporation of 17 of the 20 proteinogenic amino acids. Moreover, this work has allowed a better characterization of the CDPS family, by showing the existence of several subfamilies with specific functional signatures and laying the foundations of a specificity conferring code for the synthesis of cyclodipeptides. Second, I characterized the tailoring enzymes associated with the newly identified CDPSs and, in particular, the Fe(II) and oxoglutarate dependent dioxygenases (OGs) that are highly represented in these pathways. I detected the in vivo activity for 11 OGs and characterized the in vitro activity for one of them, showing the complexity of the chemical modifications introduced into the cyclodipeptide. This work has led to identify and characterize novel biosynthetic pathways that provide access to a greater diversity of DKPs

Des études antérieures conduites par notre groupe ont permis d’identifier l’α-1-C-nonyl-1,5-didésoxy-1,5-imino-D-xylitol en tant que puissant inhibiteur de la β-glucocérébrosidase – enzyme impliquée dans la maladie de Gaucher. La conformation inhabituelle (chaise inversée) de ce composé nous a incités à étudier plus avant la relation entre conformation et activité biologique des iminosucres. L’objectif de ces travaux de thèse consistait ainsi en la synthèse d’analogues conformationnellement contraints d’iminosucres. Dans un premier temps, trois spiro-iminosucres basés sur un squelette 5-azaspiro[3.4]octane ont été obtenus via une séquence comportant trois étapes clés : formation du cyclobutane par cyclisation radicalaire, introduction de l’azote par C-H amination et formation de la pyrrolidine par métathèse. Dans un second temps, une séquence a été développée pour la synthèse stéréodivergente d’iminosucres bicycliques accolés basés sur un squelette 6-azabicyclo[3.2.0]heptane via l’enchaînement de deux étapes clés : formation de la structure azabicyclique par aldolisation de type Mukaiyama puis oxydation de la cétone résultante en énone
Previous studies performed by our group led to the identification of α-1-C-nonyl-1,5-dideoxy-1,5-imino-D-xylitol as a powerful inhibitor of β-glucocerebrosidase, the enzyme involved in Gaucher disease. This compound’s unusual (inverted chair) conformation prompted us to further study the relationship between iminosugars’ conformation and biological activity. The aim of this PhD work was thus the synthesis of conformationally restricted iminosugar analogues. Firstly, three spiro-iminosugars based on a 5-azaspiro[3.4]octane scaffold were synthesized through a sequence including three key steps: cyclobutane formation by way of radical cyclisation, nitrogen introduction by mean of C-H amination and pyrrolidine formation by way ofmetathesis. Secondly, we developed a sequence dedicated to the stereodivergent synthesis of fused bicyclic iminosugars based on a 6-azabicyclo[3.2.0]heptane scaffold through a succession of two key steps: azabicyclic scaffold formation by mean of Mukaiyama aldol reaction followed by ketone to enone oxidation

Le travail presente dans ce memoire porte sur l'etude pharmacochimique de derives des amino-3 pyridazines et amidines heterocycliques apparentees. La connaissance precise du comportement nucleophile des differents centres de ces molecules, permet de controler la regioselectivite de la substitution de ces systemes. Ainsi, la quaternarisation des amidines heterocycliques en presence de propane sultone conduit a une serie d'acides gamma-amidinopropane sulfoniques qui presentent de puissantes proprietes antagonistes des recepteurs acide gamma-aminobutyrique a. D'autre part, l'utilisation d'electrophiles polyfonctionnalises a permis d'acceder a des imidazo (1,2-b) pyridazines, ligands des recepteurs aux benzodiazepines. L'etude bibliographique des differentes classes de ligands des recepteurs cesntraux et peripheriques des benzodiazepines, combinee a nos propres travaux de modelisation a permis de degager certains descripteurs chimiques specifiques pour deux pharmacophores bien distincts. Nous appuyant sur ces modeles, nous avons actuellement en main une serie originale de ligands puissants et selectifs des recepteurs peripheriques aux benzodiazepines, qui fait actuellement l'objet d'une demande de depot de brevet

Le sarcome d'Ewing, tumeur osseuse à petites cellules rondes de l'adolescent et de l'adulte jeune, est caractérisé par une translocation chromosomique récurrente t(11 ;22) (q24 ;q12) dans laquelle le gène EWS est fusionné au gène FLI1, codant pour un membre de la famille de facteurs de transcription ETS. EWS est membre de la famille de protéines FET dont font également partie FUS et TAF15. La protéine de fusion EWS-FLI1 contient la partie N-terminale de EWS et le domaine C-terminal de liaison à l'ADN du facteur de transcription FLI1. J'ai travaillé selon deux axes de recherche. Le premier, plus fondamental, a consisté en l'étude des fonctions « normales » des protéines de la famille FET. J'ai pu montrer qu'elles ont un rôle dans la prolifération ainsi que dans la régulation de l'expression génique. J'ai identifié trois transcrits (CDK6, CTGF et CYR61) dont l'expression est inversement régulée par les protéines FET et EWS-FLI1. Ceci nous permet de faire l'hypothèse d'un effet dominant négatif d'EWS-FLI1 sur la fonction normale des protéines FET. Ces trois transcrits impliqueraient la voie de signalisation Hippo-YAP/TAZ dans la biologie du sarcome d'Ewing. Le second axe, plus translationnel, a consisté en l'étude des tumeurs « Ewing-like », tumeurs au phénotype Ewing mais sans transcrit de fusion retrouvé. Par RNA-seq, nous avons mis en évidence un nouveau transcrit de fusion non-FET/non-ETS, BCOR-CCNB3, présent dans 4% des tumeurs Ewing¬like. Nous avons montré que ces tumeurs ont une biologie distincte de celle du sarcome d'Ewing. J'ai enfin réalisé la description clinico-biologique exhaustive de ces patients et proposé de premières recommandations thérapeutiques
Ewing sarcoma, a small round cell bone tumor of the adolescent and young adult, is characterized by a recurrent chromosomal translocation t(11 ;22) (q24 ;q12) in which EWS is fused to FLI1, coding for a member of the ETS family of transcription factors. EWS is a member of the FET family of proteins which also comprises FUS and TAF15. The fusion protein EWS-FLI1 consists of the N-terminal part of EWS and the C-terminal DNA-binding domain of FLI1 transcription factor. I pursued two main projects. The first, more fundamental, consisted in the study of the normal functions of the FET family of proteins. I was able to show that they have a role in proliferation as well as in regulation of gene expression. I identified three transcripts (CDK6, CTGF and CYR61) whose expression is conversely regulated by the FET proteins and EWS-FLI1. This leads to the hypothesis of EWS-FLI1 exerting a dominant negative effect on the FET proteins normal functions. Those three transcripts might involve the Hippo-YAP/TAZ signaling pathway in the biology of Ewing sarcoma. The second project, more translational, consisted in the study of «Ewing-like» tumors, that have an Ewing phenotype but lack a canonical fusion transcript. Through RNA-seq, we identified a new non¬FET/non-ETS fusion transcript, BCOR-CCNB3, found in 4% of Ewing-like tumors. We have demonstrated that the biology of BCOR-CCNB3 positive tumors is distinct from that of Ewing sarcoma. I then carried out a thorough clinical and pathological description of these patients, and formulated preliminary treatment recommendations

Ce travail de these s'inscrit dans un programme de recherche sur les recepteurs des tachykinines, recepteurs hepta-transmembranaires couples aux proteines g. Il a pour but de preciser la structure tridimensionnelle que la substance p adopte lors de l'interaction avec le recepteur nk-1 humain. La strategie iterative utilisee allie syntheses organique et peptidique, etudes structurales, mesures d'affinite et d'activite biologique. L'etape initiale consiste a minimiser la flexibilite de la substance p en introduisant des amino acides contraints et a relier les proprietes biologiques des analogues a leurs caracteristiques structurales. Differents modes de contraintes ont ete explores (dehydroamino acides, introduction de deux methyles en position o, o' sur la phenylalanine, n-methyl amino acides, prolines fonctionnalisees par diverses chaines laterales d'amino acides naturels sur le carbone ). Nos recherches sur la preparation de cycle pyrrolidine bifonctionnalise (motif proline) nous ont permis de trouver une nouvelles voie de cyclisation regio- et stereoselective, qui repose sur l'addition d'enolate zincique sur une double liaison non activee. Cette methode a permis d'obtenir plusieurs prolinoamino acides optiquement purs. Les sondes dehydroamino acide et o, o' dimethylphenylalanine ont ete synthetisees selon des methodologies deja utilisees au laboratoire. Une synthese asymetrique rapide de n-methyl amino acides a ete developpee. Apres incorporation en position 7, 8 ou 11 de la substance p, les consequences structurales tant au niveau du squelette que de l'orientation de certaines chaines laterales ont ete etudiees par rmn. Les proprietes biologiques des analogues ont ete evaluees par des mesures d'affinite et d'activite. Ces resultats, integres a ceux precedemment obtenus par le laboratoire, vont permettre d'affiner, par dynamique moleculaire, la structure bioactive de la substance p.

Paru pour la première fois en 1596, le Fuggilozio de Tomaso Costo est un recueil de récits qui devrait s'insérer en plein dans la tradition de la nouvelle post-conciliaire. Malgré les nombreux points communs avec, d'une part, la tradition boccacienne, et, d'autre part, la production des nouvellistes de la fin du XVIe siècle, le Fuggilozio semble accorder une place prédominante à l'histoire et à la chronique de l'époque. C'est ainsi que bon nombre de topoi issus de la tradition du genre sont exploités avec une volonté d'actualisation évidente. Apres un chapitre dans lequel est défini le "récit-cadre" par rapport à la tradition, cette étude analyse l'image que l'auteur donne des "paysans", des "nobles, courtisans et parvenus", des bourgeois, des artisans et des humbles", établissant des liens avec l'ensemble de la production de nouvelles (essentiellement boccace, masuccio salernitano, fortini, grazzini, erizzo, bandello, giraldi cinzio). L'ensemble du travail se propose de vérifier la validité de la représentation des classes sociales dans le recueil, et d'analyser les mécanismes par lesquels la vision aristocratique de Tomaso Costo parvient à donner une retranscription de la société ou l'objectivité de l'auteur, qui se veut avant tout un historien, est altérée, voire déformée, par son attachement à une classe sociale précise, la noblesse. Cette vérification conduit tout naturellement au débat sur la valeur historique de la nouvelle et sur le rôle qu'on peut attribuer à l'analyse de la production littéraire - et de la nouvelle en particulier- pour mieux connaitre l'histoire des sociétés et des mentalités
First published in 1596 Tomaso Costo's ii Fuggilozio is a collection of narratives one would expect to find in the mainstream of the post-conciliar short story tradition. Despite its sharing a number of features with both the boccacian tradition and the work of short story writers of the late 16th century, ii Fuggilozio appears to give a prominent place to the history and chronicle of the period. In this way a number of leit-motivs stemming from this literary tradition are treated with an obvious desire of actualization. After a chapter in which a "cornice" is defined in its relation to the tradition, this study analyzes the image which the author gives to the "peasants", the "nobles, courties and upstarts", the "bourgeois, the craftsmen and the humble folk" while establishing links with the whole body of the short story writers' production (namely boccaccio, masuccio salernitano, fortini, grazzini, erizzo, bandello, giraldi cinzio). The entire study sets out to examine the validity of the representation of the social classes in the book and to analyze the mechanics of the process through which the aristocratic vision of Tomaso Costo, who sees himself above all as a historian, becomes a retranscription of the society in which the author's objectivity becomes affected and even warped by his attachment to a particular social class - the nobility. This enquiry will naturally lead us to a debate on the historical value of the short story and on the role one can ascribe to the analysis of any literary production - and that of the short story in particular - in order to try to understand better the historical development of different societies and mentalities

The discovery of two new biologically active metabolites from the mycelium of the fungus Phoma lingam is at the origin of this thesis. After the completion of their structural elucidation, synthetic efforts lead to the discovery of several new reactions. Identification of these two metabolites phomenoic acid and its 6-lactone are based on spectroscopic as well as chemical studies. Further support for their structure comes from biosynthetic studies. The synthesis of α,γ-dienol γ-hydroxymethyl which represents a fragment of their skeleton is achieved by a new and elegant synthetic approach which involves photochemical opening of the 6-alkoxy­methyl cyclohexa-2,4 dienone. Efforts towards the synthesis of these cyclohexadienones gave an opportunity to oriente the "carbene-phenol" chemistry. Furthermore ortho-alkoxymethylation of these suitably substituted phenols is accomplished by another new method where triphenylphosphine acts as a catalyst. A further significant contribution is the discovery of a synthesis of tropones and tropolones. This new reaction involves tri-n-butyltin hydride reduction of mono-, di- and trihalomethyl cyclohexadienones. New methods for the synthesis of these cyclohexadienones are described along with the reaction mechanism for their reduction.

La présente recherche s'inscrit dans le domaine de la didactique des langues étrangères et plus spécifiquement du français langue étrangère. Elle repose sur l'étude des interactions en classe de français avec ou sans les Nouvelles technologies (ANT ou SNT), au cours du déroulement des différentes activités didactiques proposées dans les méthodes de FLE, inspirées des enseignantes ou réalisées par le biais des nouvelles technologies. Les données ont été recueillies à l'aide d'enregistrements réalisés dans des collèges et lycées publics en Grèce, ainsi que grâce aux informations apportées par les enseignants et les apprenants dans leurs réponses aux questionnaires distribués. Nous cherchons non seulement à saisir comment fonctionne l'interaction en classe de FLE, mais aussi à mettre l'accent sur les différences, de ce point de vue, entre les deux types de cours ANT et SNT
The present research concerns the field of the didactic of foreign languages and more specifically of French as a foreign language. The research bases on the study of interactions in French class with or without the New Technologies during the progress of various didactic activities proposed in the methods of French as foreign language, inspired by teachers, or carried out by the means of New Technologies. The data were collected with the aid of recordings carried out in Greek institutions of secondary education and of the information taken from the teachers and learners’ answers to the supplied questionnaires. We look to find out not only how the interaction functions in the class of French as foreign language but also to emphasize the differences between the two types of course, with or without the New Technologies

Notre recherche est consacrée aux rôles de l’enseignant et des apprenants dans la classe du F. L. E et aux nouvelles perspectives L’objectif de cette recherche est d’apporter des assises théoriques à l’assertion selon laquelle l’enseignant est le facteur majeur qui définit le processus éducatif. Notre développement est articulé en quatre parties : La première partie de cette recherche est consacrée à la problématique des langues étrangères en milieu scolaire. La deuxième partie examine la complexité des codes de la classe et des normes langagières, celles du groupe classe, celles d’enseignement /apprentissage et de communication. La troisième partie est consacrée au rôle de l’enseignant, facteur de variation du processus structurationnel de la classe de langue étrangère. Dans cette partie sera démontré le lien entre le travail de l’enseignant et le processus de structuration de la classe. Il sera aussi vu l’émergence de nouvelles compétences pour les enseignants en faisant usage des règles et des ressources de la classe. Dans la quatrième partie nous montrons l’articulation entre l’approche communicative, qui rend compte des données culturelles et Internet en classe de FLE par l’analyse d’exemples d’une pratique à l’Institut Français D’Athènes I. F. A] Des enregistrements vidéo d’une classe du FLE à l’I. F. A ont été effectués. Les réponses apportées en regard des exigences d’une approche communicative ont été résumés. Notre réflexion à la fois théorique et pragmatique doit être une base permettant aux recherches futures des sciences du langage de progresser dans la définition de configurations innovantes
The present study is about the teacher’s and the students’ role within the class of FFL (French Foreign Language), as well as about the new perspectives in foreign language teaching. The main objective of our research is to develop the theoretical framework in order to support the thesis that the teacher constitutes the main factor which defines the educational process. The present study is articulated in four parts:1) The first one develops the issue of foreign languages within a school environment. 2) The second one examines the complexity of class codes and language norms. 3) The third part is fully dedicated to the teacher, who is the factor of variation of the structural process in the class of foreign language. New competences emerge, as far as the teacher’s role is concerned. We indicate in this part the relation between the teacher’s work and the structuration process of the class. 4) The fourth part is an example of our fieldwork in the French Institute of Athens using video recording in a foreign language class. Our study, in its theoretical and practical aspects, has been effectuated on the grounds of opening new horizons in the future researches in core areas

PCSK9 est un régulateur clé du métabolisme du cholestérol par le foie à travers la dégradation lysosomiale du récepteur aux LDL (low-density lipoprotein). Alors que les mutations gain de fonction (GOF) de PCSK9 induisent une hypercholestérolémie autosomique dominante, les mutations pertes de fonctions (LOF) entraînent un taux spontanément bas de LDL-cholestérol, ainsi qu’un protection cardiovasculaire. Du fait des limitations inhérentes aux modèles d’études, tels que les lignées cellulaires transfectées ou des animaux transgéniques, les fonctions de PCSK9 restent encore mal connues. Ainsi, nous avons utiliser des cellules souches pluripotentes induites (hiPSC) spécifiques de patients pour les différencier en hépatocytes et modéliser la physiopathologie liée aux mutations de PCSK9 GOF-S127R et LOF-R104C/V114A. Nous avons démontré que les hépatocytes obtenus récapitulaient la physiopathologie liés aux mutations de PCSK9. De plus, les cellules portant la mutation S127R ont montré une importante réponse au traitement par les statines, qui est corrélée à la réponse clinique des patients portant cette même mutation. Enfin, notre étude nous a permis de mettre à jour une fonction inattendue de PCSK9 dans les hiPSC et pendant leur différenciation. Elle montre que PCSK9 affecterait la prolifération des hiPSC ainsi qu’une voie de signalisation clé du développement régulée par NODAL. Cette régulation se ferait à travers une interaction directe entre PCSK9 et DACT2, un régulateur intracellulaire de la voie de signalisation de NODAL. En conclusion, les hiPSC s’avèrent être un modèle cellulaire translationnel pertinent pour mettre à jour de nouvelles fonctions hépatiques de PCSK9
PCSK9 has been identified as a key regulator of cholesterol metabolism by the liver through inducing lysosomal degradation of the low-density lipoprotein receptor (LDLR). While PCSK9 gain-of-function (GOF) mutations induced autosomal dominant hypercholesterolemia and increased cardiovascular risk, loss-of-function (LOF) mutations are associated with low LDL-cholesterol levels and cardiovascular protection. Due to limitations inherent to current models including animal and human cells lines transfected with DNA constructs or transgenic animal models, PCSK9 functions are not fully understood. Therefore, we took advantage of patient related somatic cells reprogramming intoinduced pluripotent stem cells (hiPSC) to generate hepatocyte-like cells (HLC) and model the pathophysiology of PCSK9 mutations in dyslipidemia through focusing on two intracellular mutation forms; GOF (S127R) and LOF (R104C/V114A). We showed that HLC could recapitulate the key pathophysiological features of PCSK9 mutations. Moreover, HLC with the S127R mutation displayed an increased uptake of LDL upon statin treatment, which was correlated with the original patient clinical response. In parallel, this model enabled us to unravel a new unexpected role of PCSK9 in hiPSC and during differentiation. PCSK9 was found to affect the proliferation of hiPSC and regulate a key developmental signaling pathway mediated by NODAL. This regulation might occur by a direct interaction between PCSK9 and DACT2, an intracellular attenuator of NODAL signaling pathway. In conclusion, hiPSC provide a pertinent translational model to decipher PCSK9 hepatic functions and a novel cellular environment to highlight new functions

La Ngb et la Cygb, globines, récemment découvertes dans le cytoplasme des cellules de vertébrés, adoptent le repliement classique des globines. Ils se distinguent des hémoglobines par la présence d'un hème hexacoordiné par l'His distale. Cette liaison réversible entre en compétition avec les ligands externes pour la fixation à l'hème, ce qui a pour conséquence de moduler l'affinité des globines hexacoordinées pour ces mêmes ligands. Nos résultats montrent que la différence structurale entre une globine hexacoordinée et une globine pentacoordinée est faible. Par exemple, l'augmentation de la pression induit une hexacoordination du fer dans les globines, où initialement cette dernière n'est pas présente. La Ngb possède une faible dépendance de température de son affinité pour l'O2 et une forte stabilité thermique essentiellement dues à la sixième liaison du fer avec l'His-E7. La migration des ligands à travers la matrice protéique de ces globines est rendue possible grâce à une dynamique importante de la structure, qui constitue l'étape limitante de la réaction. La présence de larges cavités chez la Ngb et la Cygb, exceptionnelles au sein de la famille des globines, rend possible d'éventuels changements structuraux de grande ampleur. D'une manière assez originale, la liaison de l'O2 et du CO, à la Ngb humaine est couplée à l'état redox de la cellule via la possibilité de former un pont S-S intra-chaîne. Ce mécanisme semble aussi contribuer à l'augmentation de sa stabilité thermique. L'affinité observée de ces globines pour l'O2 est proche de celle d'une Mb. Ce résultat va dans le sens d'une fonction dévolue au stockage et/ou au transport de l'oxygène dans les cellules
Ngb and Cygb, recently discovered intracellular members of vertebrate hemoglobin family. Display the classical three-on-three helical globins fold and are endowed with a hexacoordinate heme iron, in both their ferrous and ferric forms, having the heme distal His-E7 residue as the endogenous ligand. Reversible intramolecular hexa- to penta-coordination of the heme modulates Ngb and Cygb ligand binding properties. Our result show that the overall structural difference between penta and hexa coordinated globins may be rather small and can be overcome by external mofidifications such as high pressure. Contribution of hexacoordination to the hyperthermal stability (Tm ~100°C) and a weak temperature dependence of Ngb oxygenation are two new original mechanisms. In Ngb and Cygb ligand migration to/from the heme distal site may be assisted by a large fluctuation of the protein. Accordingly, the rate-limiting step is rather attributed to the migration of whatever the ligand (internal and external) through the protein matrix than to the chemical barriers. The presence of tremendous cavities leads to a more flexibility of the protein to allow a dynamic conformationnal changes. Interestingly, the human Ngb oxygenation and carbonylation are linked to the redox state of the cell via an intra-molecular disulphide bridge formation/dissociation. The contribution of the cysteines in thermal stability of Ngb is also demonstrated. Overall, apparent affinity for O2 binding to Ngb and to Cygb is comparable to those displayed by pentacoordinated globins such as Mb (~0. 5 mmHgb). Thus, their physiological role can be involved in oxygen storage and its delivery into neurons

Cette thèse s'interroge sur les formes d'organisation sociale qui caractérisent les pobladores (habitants de faubourgs au Chili) dans l'actualité et comment elles se rapportent avec la politique institutionnelle. Pour ce faire, la thèse cherche a dépasser la conception de la politique en tant que système autonome par rapport au social, dont la faible participation des pobladores dans les élections régulières serait le symptôme d'une dépolitisation progressive des couches populaires, vers une conception plus élargie où le politique façonne directement leur expérience sociale. Ce déplacement conceptuel permettra d'analyser les processus de subjectivation politique que gèrent les pobladores, notamment par rapport à la définition dominante de la pauvreté, et comment à partir de cela ils essayent d'infléchir les conditions à travers lesquelles le pouvoir s'exerce
This work examines the current social organization and political relations of the pobladores (shantytown dwellers in Chile). Specifically, it analyses how the social experience of the pobladores is shaped by "politic", based on the idea that politic is not the same as the electoral participation. Based on this broader definition of politic, I study how the political subjectivity of the pobladores is built, focusing on how they dispute the definition of "poverty" and, therefore, challenge the conditions under which the power is exerted in Chile

Chez saccharomyces cerevisiae, l'activateur transcriptionnel yap1p est implique dans la reponse cellulaire a differents stress. Afin de determiner la place de yap1p dans les reseaux de regulation nous avons recherche les cibles de ce facteur dans une banque de fusions traductionnelles et grace a l'utilisation de membranes a haute densite. Les variations qualitatives et quantitatives du transcriptome ont ete examinees en absence comme en presence de yap1p en conditions standard de culture ou apres traitement des cellules par l'h 2o 2. Les deux approches ont fourni des resultats coherents et conduit a l'identification de nombreux genes dont l'expression est directement ou indirectement sous le controle de yap1p. L'analyse informatique du promoteur de ces genes a montre que les variations d'expression observees ne dependaient pas toujours de la presence d'un site are (ap-1 responsive element). L'ensemble des resultats montre que le role de yap1p ne se limite pas a l'activation de la reponse adaptative a differents stress comme cela avait ete precedemment decrit : ce facteur peut agir positivement et negativement, a la fois en conditions standard et apres traitement des levures par l'h 2o 2. L'hybridation de membranes a haute densite a egalement permis de mettre en evidence un role regulateur de yap1p en conditions hypoxiques : les genes impliques dans la protection des cellules contre les radicaux oxygenes sont, dans ce cas, regules negativement par yap1p alors que plusieurs phases ouvertes de lecture de fonction inconnues sont regulees positivement. De plus, nous avons caracterise des interactions genetiques entre yap1p et cyp1p (hap1p), un activateur transcriptionnel implique dans la regulation des genes hypoxiques et mis en evidence des interconnections complexes entre ces deux reseaux de regulations. En conclusion, l'ensemble des resultats de ce travail suggere que yap1p pourrait etre un regulateur general de la reponse a l'oxygene chez saccharomyces cerevisiae.