Auswahl der wissenschaftlichen Literatur zum Thema „Crises biologiques“

Les changements globaux, combinant réchauffement climatique et invasions biologiques, menacent de plus en plus les écosystèmes forestiers. Différentes essences forestières ont été victimes de crises sanitaires ces dernières années en Europe. Les agents biotiques (champignons pathogènes, insectes ravageurs, bactéries, nématodes,…) peuvent jouer différents rôles dans ces crises, que ce soit en tant que facteurs prédisposants, déclenchants (primaires) ou aggravants (secondaires) selon le concept de Manion (1981). À la lumière des crises passées et actuelles impliquant des agents biotiques, nous passons en revue les outils et mesures de gestion disponibles afin de prévenir, éradiquer, enrayer ces crises sanitaires ou alors limiter leur impact. Messages clésLes changements climatiques menacent les écosystèmes forestiers.Les agents biotiques jouent souvent un rôle déclenchant ou aggravant dans les crises sanitaires.Des mesures de gestion peuvent être prises pour limiter l'impact des crises sinitaires.

Les effets des dépérissements sur la structure des peuplements, la quantité et la qualité des ressources, la composition des paysages et les communautés biologiques ont été analysés. Dans les pessières bavaroises, la richesse spécifique augmente généralement en zones perturbées, où certaines espèces rares réapparaissent. Dans les sapinières pyrénéennes, les effets du dépérissement aux échelles du peuplement et du paysage sont interdépendants. Dans les chênaies de plaine, les réponses des guildes d’insectes des houppiers sont contrastées. Les coupes sanitaires altèrent la structure du peuplement, et modifient la composition initiale des communautés par un effet additif au dépérissement. Les nombreuses incertitudes sur la dynamique des communautés soulignent l’importance de disposer de longues séries temporelles. Des réflexions opérationnelles sont engagées pour une sylviculture de rétention saisissant l’opportunité des crises, dans le respect des équilibres économiques et phytosanitaires. Messages clésLes effets des crises forestières sur la biodiversité sont différents selon le contexte.L’effet des crises forestières sur la biodiversité est amplifié par les récoltes sanitaires.Des suivis sur le long terme sont indispensables pour diminuer l’incertitude sur les prédictions.

RésuméLe dernier livre de Jean-Pierre Devroey, La Nature et le roi. Environnement, pouvoir et société à l’âge de Charlemagne (740-820), paru en 2019, offre une véritable leçon de méthode historique en même temps qu’il incarne les premiers développements de l’histoire environnementale dans le champ de la médiévistique. Bien que l’auteur assume l’inscription de sa recherche dans le contexte actuel des débats et des inquiétudes sur le réchauffement climatique, sa force est de plaider pour une histoire environnementale dégagée de tout déterminisme naturel. La présente contribution propose de revenir sur ce qui caractérise la méthode de J.-P. Devroey, en particulier s’agissant de l’articulation entre événements climatiques ou biologiques et crises frumentaires. Enfin, des convergences peuvent être discernées avec de récents travaux en histoire du droit, en archéogéographie et en géoarchéologie, qui dessinent les contours des synthèses plus vastes restant à écrire.

Bien que toute conclusion hâtive fondée strictement sur des explications biologiques doive être évitée, il convient de se poser la question de la nature des mesures pénales les plus adaptées pour sanctionner les crimes pédophiles, si l’origine de ces derniers est le résultat de propensions biologiques. En vue de protéger la société à long terme, l’objectif de cet article est d’examiner si l’application d’une justice exclusivement rétributive est appropriée à une lutte efficace contre le crime pédophile.

Résumé Au mode subjonctif La construction narrative des crises d'épilepsie en Turquie Cet article présente une analyse culturelle des crises en Turquie, à l'aide d'entrevues individuelles et familiales auprès d'un échantillon constitué de personnes diagnostiquées comme souffrant d'épilepsie ou de crises psychogènes. L'article brosse une brève critique des stratégies d'analyse qui juxtaposent « croyances » culturelles et « connaissance » médicale à propos d'une condition biologique et développe une façon spécifique de comprendre la construction narrative de la maladie et de son expérience. L'article s'inspire plus particulièrement des theories de la narrativité et de la réponse du lecteur (Iser, Ricoeur, Bruner) pour analyser les « tactiques de subjonctivisation » présentes dans les récits de maladie.

Résumé Au début du xxe siècle, en pleine crise moderniste, l’Église catholique du Québec est sur la défensive devant le développement des sciences biologiques, en particulier l’évolutionnisme darwinien qui explique de façon laïque la naissance et l’évolution de la vie. Tandis que la médecine francophone de la province s’affirme avec de grandes revues, l’organisation de congrès internationaux et la préparation de la nouvelle loi médicale de 1909, un médecin de Saint-Gabriel-de-Brandon s’efforce de vulgariser le darwinisme. Oncle d’André Laurendeau, ce médecin de campagne anticonformiste et très actif, respecté par ses pairs pour son engagement au service de la profession, publie en 1911 La vie. Considérations biologiques qui veut réaliser la synthèse entre les travaux de Lamarck, de Darwin et de Haeckel. Critiquant l’insuffisance de la formation scientifique des francophones du Québec, cet ouvrage propose une réforme radicale des études dans les collèges classiques. J.-A. Archambault, évêque du nouveau diocèse de Joliette, condamnera le livre et son auteur.

Pour mettre en lumière les caractéristiques démographiques de populations issues de contextes archéologiques, le paléodémographe doit pouvoir restituer sans biais la composition par sexe et par âge de ces populations. Nous proposons pour cela une nouvelle procédure d'inférence bayésienne qui permet d'estimer des probabilités de décès, aux âges adultes, assorties de marges d'erreur fiables. Une telle analyse appelle quelques réflexions préalables. Tout d'abord, il convient de vérifier que les différences mises en évidence entre les sites ne peuvent pas être attribuées à des artefacts méthodologiques, notamment lors de l'observation de l'indicateur biologique. Elle suppose aussi l'acceptation du principe d'uniformité biologique entre les populations historiques et les populations de référence préindustrielles. Pour illustrer l'intérêt de cette démarche, nous l'avons appliquée à trois sites bas-normands d'époque mérovingienne susceptibles d'avoir été touchés par la crise démographique des premiers siècles du Moyen Âge décrite par les chroniqueurs et les historiens. Les résultats obtenus montrent clairement que le nombre de décédés est particulièrement élevé dans la première classe d'âge. Si l'explication peut être envisagée en termes de mortalité, on peut y voir aussi l'incidence de mouvements migratoires, cette hypothèse trouvant un écho dans les sources archéologiques qui voient le haut Moyen Âge comme une période d'immigration dans la plaine de Caen.

Au cours des temps géologiques, la vie s'est grandement complexifiée et a connu de nombreuses et importantes variations de biodiversité. Parmi les déclins du Phanérozoïque (-541.0 ± 1.0 Ma à actuel), cinq grandes crises sont considérées comme majeures. L'une d'elles, appelée événement Kellwasser, marque la limite entre le Frasnien et le Famennien (-372 ± 1.6 Ma). Elle est suivie à la transition Dévonien-Carbonifère par un second événement de premier ordre, appelé événement Hangenberg. Ces événements de nature anoxique auraient été déclenchés par les importants changements climatiques caractérisant le Dévonien supérieur et les variations eustatiques associées. Les ostracodes, microcrustacés essentiellement benthiques, sont connus pour leur registre fossile continu à travers tous les événements d'extinction ainsi que pour leurs capacités d'adaptation et sont de bons marqueurs des variations des paramètres environnementaux. Ce sont ainsi d'excellents outils pour comprendre les déclins de biodiversité lors des crises biologiques et la récupération des écosystèmes après ces déclins. L'important travail de taxinomie réalisée sur le matériel de la coupe de Blue Snake (Guizhou, Chine du Sud) a permis de quantifier de manière précise et pour la première fois les variations de diversité chez les ostracodes en lien avec l'événement Hangenberg et de caractériser le paléoenvironnement et ses variations à la transition Dévonien-Carbonifère. Sur cette coupe, le taux d'extinction spécifique est estimé à 44%. Sur cet intervalle, le paléoenvironnement correspondait à une plateforme continentale ayant subi une transgression, avec le passage d'un environnement littoral peu profond au Famennien à un milieu offshore au Tournaisien. Les révisions réalisées dans le cadre de cette thèse ont également permis de quantifier l'impact des événements Kellwasser et Hangenberg sur les ostracodes. Ces crustacés ont été grandement affectés à bas niveaux taxinomiques (espèces et genres) par ces deux événements avec des taux d'extinction spécifique estimé à 80% pour l'événement Kellwasser et 69% pour l'événement Hangenberg. Les niveaux supra-génériques ont été très peu touchés. Ces événements ont affecté la diversité de ces organismes dans divers paléoenvironnements (plateforme continentale interne et externe et milieux profonds) et dans de nombreuses zones paléogéographiques, démontrant le caractère global de ces extinctions. La récupération des faunes d'ostracodes à la suite de ces événements a certainement été influencée par les variations des paramètres environnementaux et climatiques. Elle est principalement caractérisée par la diversification de taxons cosmopolites, notamment au sein des Bairdiidae et des Bairdiocyprididae. Les Paraparchitidae se sont également diversifiés au cours du Tournaisien (Carbonifère inférieur). La distribution paléobiogéographique des ostracodes sur l'intervalle Frasnien-Tournaisien suggère que quatre facteurs principaux influencent leur répartition. Le climat, plus particulièrement la température, semble avoir influencé la distribution paléobiogéographique des ostracodes, la répartition des communautés identifiées suivant grossièrement la répartition latitudinale des climats. La circulation océanique pourrait expliquer les affinités observées entre les faunes provenant de zones paléogéographiques relativement éloignées. Le niveau marin et ses variations ainsi que la dynamique des plaques tectoniques semblent quant à eux avoir surtout influencé la connectivité globale entre les faunes des différentes zones paléogéographiques à l'échelle globale
Over geological time, life has greatly increased in complexity and has undergone many important variations in biodiversity. Among the declines occurring during the Phanerozoic (541.0 ± 1.0 Ma to present), five major crises are considered as major. One of them, called the Kellwasser event, marks the Frasnian-Famennian boundary (-372 ± 1.6 Ma). It is followed at the Devonian-Carboniferous transition by a second first-order event, called Hangenberg event. These anoxic events have been triggered by important climatic changes and the associated eustatic variations characterizing the Late Devonian. Ostracods, essentially benthic microcrustaceans, are known for their continuous fossil record through all extinction events as well as for their adaptive capacities and are good markers of environmental changes. They are thus excellent tools for understanding biodiversity declines during biological crises and the recovery of ecosystems after these declines. The important taxonomic work realized on the material from the Blue Snake section (Guizhou, South China) allowed to quantify precisely and for the first time the diversity variations among ostracods related to the Hangenberg event and to characterize the paleoenvironment and its variations at the Devonian-Carboniferous transition. In this section, the specific extinction rate is estimated at 44%. Over this interval, the paleoenvironment corresponded to a continental shelf that underwent transgression, with the transition from a nearshore shallow environment in the Famennian to a deeper and more open offshore environment in the Tournaisian. The revisions realized during this thesis also allowed to quantify the impact of both Kellwasser and Hangenberg events on ostracods. These crustaceans were greatly affected at low taxonomic levels (species and genera) by both events with specific extinction rates estimated at 80% for the Kellwasser event and 69% for the Hangenberg event. The supra-generic levels were only slightly affected. These events affected the diversity of these crustaceans in various paleoenvironments (nearshore and outer-shelf and bathyal environments) and in numerous geographic areas, demonstrating the global character of these extinctions. The recovery of ostracod faunas following these events was certainly influenced by variations in environmental and climatic parameters. It is mainly characterized by the diversification of cosmopolitan taxa, notably within the Bairdiidae and Bairdiocyprididae. The Paraparchitidae also diversified during the Tournaisian (Lower Carboniferous). The palaeobiogeographic distribution of ostracods over the Frasnian-Tournaisian interval suggests that four main factors influence their repartition. Climate, especially temperature, seems to have influenced the palaeobiogeographic distribution of ostracods, with the identified communities roughly following the latitudinal distribution of climates. Oceanic circulation could explain the affinities observed between faunas from relatively distant palaeogeographical areas. The sea level and its variations as well as the tectonic plates dynamic had mainly influenced the global connectivity between the faunas from the different palaeogeographical areas on a global scale

Le passage entre les étages géologiques du Pliensbachien et du Toarcien au Jurassique inférieur est suivi au Toarcien inférieur par un évènement anoxique d’importance planétaire (TOAE pour Toarcian Oceanic Anoxic Event). Dans les archives de l’histoire de la terre, ce moment correspond en bien des endroits à un temps de fossilisation massive de matière organique donnant ici où là des roches mères d’intérêt pétrolier. Si, en termes de fluctuation du niveau eustatique, ces évènements sont souvent situés dans une zone d’inondation maximale de 2ème ordre, ils sont aussi interprétés comme une perturbation globale du cycle du carbone avec acidification des océans, liée à la mise en place des provinces ignées du Karroo-Ferrar en Afrique du Sud et en Amérique du Sud, contrées jointives à ce moment-là. Il s’agit d’une période de réchauffement global faisant suite à une période particulièrement froide au Pliensbachien. Cette perturbation écologique globale a certainement affecté la biosphère dans une mesure qui reste aujourd’hui très mal connue. Nous connaissons des études par exemple sur des ammonites ou des bivalves dont la définition stratigraphique permet rarement de distinguer l’impact du passage de la limite entre les deux étages du passage au Toarcien inférieur de la TOAE et la seule étude disponible sur les coraux est une étude purement bibliographique (Lathuilière et Marchal 2009) qui laisse supposer une extinction significative sur la même période. Les coraux sont très généralement des marqueurs particulièrement précieux des perturbations écologiques majeures comme on peut le voir pour les cinq grandes extinctions et même pour la sixième extinction en cours. Cette extinction au Pliensbachien-Toarcien pour l’instant considérée de second ordre mérite donc d’être analysée de ce point de vue. Dans le cadre de cette thèse, des collectes de coraux ont été effectuées sur le terrain au Maroc et en Italie dans un contexte sédimentologique défini de part et d’autre de la limite Pliensbachien - Toarcien. Les prélèvements ont été réalisés de façon à pouvoir évaluer la diversité ainsi que, dans la mesure du possible, la variabilité intraspécifique. Le traitement statistique des données a été réalisé dans le souci d’assurer une bonne connaissance de la variabilité pour fournir une taxinomie fiable dans l’optique de comparer des populations comparables en termes d’analyse de la diversité, des extinctions et des apparitions de taxons. Au total, 107 espèces ont été décrites (dont au moins 19 nouvelles espèces) réparties parmi 60 genres (dont 5 nouveaux) dans au moins 22 familles (dont 1 nouvelle). Cette étude nous révèle pour les eaux froides et chargées en matière organique du Pliensbachien des assemblages de coraux présentant une grande part d’affinité avec les faunes du Trias (en termes de genres et familles). Ils partagent une partie de leurs niches écologiques sur les plateformes internes de l’ouest téthysien avec des bivalves constructeurs de récifs connaissant alors un succès évolutif fulgurant : les lithiotidés. Les données récoltées témoignent de conditions ayant contraint les coraux à s’adapter et à se diversifier pour se maintenir lors de cette période peu propice, au profit des formes solitaires et phacéloïdes et au détriment des formes de plus hauts niveaux d’intégration. Au Toarcien inférieur, le réchauffement global des eaux couplé à la disparition quasi-totale des concurrents des coraux a permis une explosion de diversité déterminante pour l’avenir de ce groupe avec la mise en place de faunes d’assemblages très similaires à celles du Jurassique moyen et supérieur (en terme de genres, familles et morphologies coloniales). Il s’agit d’un évènement d’extinction biphasé dont la première phase se produit au passage entre Pliensbachien et Toarcien, la seconde phase correspondant au passage du TOAE. L’évènement pris dans son ensemble amène à l’extinction de près de 97% des espèces de coraux présentes au Pliensbachien
The transition from the Pliensbachian to the Toarcian geological stages in Lower Jurassic is followed by a global oceanic anoxic event during the lower Toarcian (TOAE for Toarcian Oceanic Anoxic Event). This moment corresponds to a massive fossilization time for organic matter in the worldwide geological record that produced here and there source rocks of petroleum interest. Concerning the eustatic fluctuations, these events are associated to a second-order maximal flooding zone. They are also interpreted as the remains of a global carbon-cycle perturbation case associated with oceanic acidification and correlated with the setup of Karoo-Ferrar igneous provinces in the southern Pangea territories corresponding to present-day Southern Africa and Southern America. It corresponds to a period of global warming that directly follow a global cooling at the Pliensbachian. This worldwide ecological perturbation probably disturbed the biosphere in a degree that is still poorly quantified. For example, studies about ammonites and bivalvs are known but the stratigraphic definition generally do not allow to distinguish the Pliensbachian-Toarcian boundary itself to the TOAE effect on these fauna. One single available study about corals is purely bibliographic (Lathuiliere and Marchal 2009) and suggests a significant extinction event for this group at the same period. Corals are generally precious indicators for major ecological disruptions as it is testified in the case of the big-five major crisis and the current sixth one. The Pliensbachian-Toarcian extinction has been considered up-to-now as a second-order crisis event and require to be studied as such. In the context of this thesis, fossilized corals have been collected in the field in Morocco and Italy in a well-defined sedimentological context before and after the Pliensbachian-Toarcian boundary. Sampling has been in view to quantify the diversity and as far as possible, the intraspecific variability. The statistical treatment of the data has been realized in view to provide a satisfying quantification of the variability in order to supply a strong taxonomy and be able to compare comparable populations in analyses of diversity, extinctions and apparitions of taxons. In total, 107 species have been describes (including at least 19 new species) as part of 60 genera (including 5 new ones) among 22 families (including a new one). According to this study, the cold and highly concentrated in organic matter oceanic waters of the Pliensbachian contained corals faunas with an important affinity with Triassic faunas (in terms of genera and families). They shared the ecological niches of the western tethysian inner platforms with the lithiotids, a group of aberrants reefal bivalvs that demonstrated a stupendous evolutive success during the same period. Collected data attest of conditions that constrained corals to adapt and diversify in view to maintain during these unfavourable times, for the benefit of the solitary and phaceloid form but at the expense of the highly integrated forms. During the Lower Toarcian, global warming of oceanic waters associated with the almost total disparition of the competitors premised an explosion of diversity that is determinant for the future of the corals, with the apparition of faunal assemblages very similar to the typical Middle and Upper Jurassic ones (in terms of genera, families and colonial morphologies). It is a two-folded extinction event with a first phase during the Pliensbachian –Toarcian transition and a second phase at the onset of the TOAE. In the end, this pulsed event led to the extinction of approximately 97% of the Pliensbachian coral species

L’objectif de cette étude est d’analyser la dynamique de la pompe biologique dans une situation paroxysmale, celle d’une grande crise biologique: la crise du Trias-Jurassique (Tr-J). Pour tracer cette dynamique, une approche synécologique entre les nannofossiles calcaires, traceurs de la productivité carbonatée et de surface, et les foraminifères benthiques, traceurs de la production d’exportation a été conduite en synergie avec des analyses géochimiques sur des coupes autrichiennes et anglaises. Cette approche a permis de caractériser la bio-productivité et de la mettre en relation avec les perturbations majeures de la limite Tr-J. En considérant certains paramètres environnementaux tels que les variations du niveau marin relatif, ou encore les variations des teneurs en oxygène qui peuvent induire un biais du signal biologique et géochimique, cette approche paléoécologique constitue une méthode adaptée pour comprendre les changements paléoécologiques à travers cette limite.

La crise du sida n'est pas derrière nous, même si l'incendie semble éteint, les cendres elles, restent. Premièrement, parce que l'épidémie n'est nullement endiguée, mais aussi parce que nous continuons d'être hantés par les représentations, les discours, les constructions et les significations que cette pandémie transporte avec elle. Le sida est un phénomène complexe, tenter de le comprendre, c'est faire face en premier lieu à des séries de mots, d'images médiatiquement puissantes qui supplantent d'autres réalités. Pour parvenir à percer cette pandémie, il faut pouvoir en étudier tous les aspects, et parmi ces facettes, l'art a joué un rôle prépondérant dans la crise du sida, notamment parce qu'il a été particulièrement utilisé pour signifier une partie de ces autres réalités cachées. Dans ce travail de recherche, quatre axes se sont dessinés qui parcourent un large spectre des questions posées par le sida et ses représentations, autant, que les enjeux d'expositions, de médiatisation, de discursivité ou encore de significations que cette épidémie contemporaine sans précédent a mis en exergue. Le sida a révélé de nombreux problèmes dans nos sociétés occidentales, sans pour autant qu'ils soient aujourd'hui circonscrits. L'art a joué un rôle majeur dans la prise de conscience durant ces trente-cinq dernières années, en produisant des images et des contres-images. L'art a permis de contre­-représenter une réalité qui de par nos sociétés de pouvoirs nous était tue, il a donné une voix à ce qui reste toujours une épidémie silencieuse et stigmatisante. Représenter (dans) la crise du sida a donc été et est toujours un combat, si ce n'est une forme de guerre culturelle
The AIDS crisis is not behind us, even if the fire seems to be extinguished, the ashes remain. First, because the epidemic is by no means contained, but also because we continue to be haunted by the representations, discourses, constructions and meanings that this pandemic carries with it. AIDS is a complex phenomenon, trying to understand it, is the deal first with a series of words, images that are media-intensive, which supplant other realities. To achieve to break this pandemic, we must be able to study ail aspects, among these facets, art has played a leading role in the AIDS crisis, especially because it has been particularly used to signify those other hidden realities. ln this research, four axes have emerged that cover a broad spectrum of questions posed by AIDS and its representations, as much as the stakes of exhibitions, media coverage, discursivity or meanings that this unprecedented contemporary epidemic has highlighted. AIDS revealed many problems in our Western societies, without, however, being circumscribed by now. Art has played a major role in raising awareness over the past thirty-five years by making images and counters-images. Art has allowed to counter-represent a realité which through our societies of power, was silent to us, it gave a voice to what always remains a silent and stigmatizing epidemic. Representing (in) the AIDS crisis has therefore been and still is a struggle, if not a form of cultural war

L'entomofaune du gres a voltzia (buntsandstein superieur) des vosges (france), qui est d'age anisien (base du trias moyen) et etait en grande partie inconnue jusqu'a present, fait l'objet du present memoire. Elle est exceptionnelle par l'abondance (5300 echantillons) et la diversite (200 especes) des insectes recoltes. C'est, de plus, la seule entomofaune decouverte a ce jour dans des niveaux proches de la limite permien-trias. Un echantillonnage stochastique realise a partir de la collection d'insectes a mis en evidence l'abondance des blattodea (41%) et la grande diversite des coleoptera (40 especes). La presence d'ephemeroptera, d'hemiptera, de diptera, d'orthoptera, de neuroptera, de caloneurodea, de mecoptera, d'odonatoptera, de protorthoptera, de trichoptera et de plecoptera complete la diversite de cette entomofaune. L'etude systematique d'un certain nombre de taxons appartenant aux blattodea, mecoptera, diptera, orthoptera, hemiptera et odonatoptera montre qu'au debut du mesozoique coexistaient des formes archaiques heritees du paleozoique, des formes de transition associant des caracteres archaiques et modernes, des formes annoncant les lignees modernes ainsi que des formes originales. L'impact de la crise biologique du permo-trias est teste sur les insectes. L'analyse de la diversite des ordres et des familles a la limite permien-trias montre que l'entomofaune est en perpetuel renouvellement et que les apparitions et les extinctions y sont continues. Ainsi par exemple, l'extinction des paleodictyopteroides durant le permien parait essentiellement liee aux bouleversements floristique et climatique intervenus a la fin du carbonifere. Dans l'etat actuel de nos connaissances, les preuves d'une crise permotriasique ne sont pas demontrees par les insectes.

Le sommet du Frasnien est une époque difficile pour la biodiversité sur la Terre, en particulier pour les organismes d’eaux chaudes et peu profondes. Cette étude vise à établir un lien entre l’activité tectonique et la crise biologique. Trois coupes d’Amérique du Nord, de la marge ouest du paléocontinent Laurentia, liées au front orogénique Antler ont été étudiées pour leurs rapports isotopiques 87Sr/86Sr dans les carbonates. La coupe de Devils Gate dans le centre Nevada (USA) présente au sommet du Frasnien des faciès de turbidites carbonatées de bassin. Trois pics successifs de 87Sr/86Sr s’observent au sommet du Frasnien, entre le deux niveaux anoxiques Kellwasser. Le dernier pic est le plus élevé, il est contemporain du début du second Kellwasser et présente un rapport isotopique de 0,7094. La coupe de North Antelope Range proche de celle de Devils Gate, présente des dépôts extrêmement homogènes et réguliers de “debris-flow” carbonatés dans un bassin d’avant-pays. Un pic du 87Sr/86Sr plus modéré y est enregistré. La coupe de Mount Cinquefoil est située dans l’Alberta (Canada), dans un contexte de rampe formant une transition entre un important complexe récifal et un bassin. A nouveau un pic de 87Sr/86Sr est enregistré au début de l’événement anoxique alors que le reste de la coupe est fort homogène. Un autre pic important du 87Sr/86Sr est présent dans la partie inférieure de la coupe à la base du premier niveau Kellwasser identifié par l’étude sédimentologique. Les différents pics du 87Sr/86Sr enregistrés dans la Zone à conodontes linguiformis sur les trois coupes présentent des points communs. D’une part ils occupent la même position par rapport à la courbe de susceptibilité magnétique enregistrée dans les trois coupes, ce qui tend à montrer qu’ils sont contemporains. D’autre part ils sont systématiquement liés à des teneurs plus fortes en éléments (Al, Ti, Si, ) de la phase détritique dans les roches, ce qui permet d’établir un lien direct entre l’activité tectonique régionale, l’érosion continentale accentuée et les rapports isotopiques élevés du Sr. De plus ces pics du 87Sr/86Sr semblent liés à la mise en place des périodes d’anoxie des horizons Kellwasser par eutrophisation des eaux. La chemostratigraphie permet de reconnaître des phases bien distinctes de la sédimentologie détritique, en lien avec le contexte tectonique de chaque coupe. Enfin, la comparaison avec d’autres données de la littérature pose la question de la simultanéité des événements à la surface de la Terre.
Doctorat en Sciences
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Parmi les nombreuses activités exercées sur les systèmes socio-écologiques littoraux, la pêche récréative a connu un essor important devenant ainsi un enjeu de développement durable. En France, les défauts de gouvernance de l'État dans la gestion du DPM invitent à s'interroger sur la pertinence et la faisabilité d'une co-gestion de ces pratiques de loisir. Ce paradigme, se voulant une alternative à une gestion top-down, prône la participation accrue des populations locales dans la gestion de l'environnement pour améliorer ses résultats. L'île d'Oléron ne déroge pas à ces constats qui sont renforcés par les modifications sociétales spécifiques aux territoires insulaires. Dans le cadre de recherches dont l'objet d'étude est une problématique sociétale, il est approprié de faire appel à une approche interdisciplinaire pour améliorer la pertinence des réponses apportées. Concernant la pêche à pied récréative à l'étrille, les résultats obtenus en biologie et en écologie mettent en évidence des caractéristiques qui semblent indiquer un faible impact potentiel à court comme à long termes de ces perturbations ponctuelles sur les populations locales. D'un point de vue sociétal, la pertinence d'une co-gestion de la pêche récréative est clairement établie par les nombreux conflits d'usages impliquant les pêcheurs récréatifs, le manque de moyens pour gérer la pratique et acquérir des données scientifiques, le manque de concertation, etc. La dynamique de développement du territoire oléronais et les initiatives locales à l'instar des conflits d'usages soutiennent l'idée de l'existence d'une « fenêtre politique » pouvant permettre la mise en place d'une co-gestion de la pratique dans les prochaines années, sous réserve d'une communication suffisante et d'une réelle volonté des acteurs concernés par la gestion de la pratique
Among several other activities practice on coastal socio-ecological system, recreational fishing ones have significantly increased over the past few years, becoming an issue for sustainable development. In France, the weakness of states governance concerning DPM management, questions the relevancy and feasibility of a co-management policy for these leisure activities. This paradigm, constituting a good substitute for top-down management, recommends an increased participation of local populations for managing environments and improving their outcomes. Oléron Island is thus affected by these observations, which are intensified by societal changes distinguishing island territories. In the current research context, aiming at solving societal problematic, it is relevant to consider an interdisciplinary approach to provide relevant answers. Concerning recreational shellfish gathering targeting the velvet swimming crab, results in biology and ecology highlight some characteristics which should indicate a weak short and long terms potential impact of the disturbances affecting local populations. As regards to societal aspects, the relevancy of co-management is clearly demonstrated by several land-use conflicts, a lack of means to manage the practice and scientific data, the lack of consultation, etc. The territorial dynamic and local initiatives, as well as land-use conflicts, underline the existence of a “political window” which should allow the implementation of a co-management process for recreational fishing in the following years, subject to further efficient communication and a real desire from stakeholders concerned by the management of this practice

Cette thèse montre comment les vétérinaires français ont mobilisé leurs savoirs bactériologiques pour reproblématiser la question de la contagion - humaine et animale - devenant des experts pour le compte de l'État et des collaborateurs de l'industrie pharmaceutique, dont le rôle dans le développement professionnel vétérinaire est analysé. Ensuite, elle s'inscrit en porte-à-faux de l'historiographie tendant à présenter la France comme un pays extrêmement centralisé, s'opposant à un Royaume-Uni extrêmement libéral, favorisant le «laisser-faire » des marchés par une politique non-interventionniste. Analysant comment sur le long terme, les intérêts et pratiques se transforment dans le contenu des politiques de lutte contre les maladies contagieuses des animaux, cette thèse montre comment malgré l'adoption de législations similaires, la France et la Grande Bretagne ont mis en place des normes secondaires d'application de ces législations reposant sur des formes d’expertise hétérogènes, fonction des savoirs vétérinaires et médicaux locaux, mais aussi des formes d'expérience de la maladie. Enfin en suivant les trajectoires d'innovation des sérums et vaccins vétérinaires, elle met en évidence les circulations de savoirs, techniques, souches, personnels et modèles entre les frontières propres à la médecine et à l'agriculture. Elle montre également comment les interactions entre les différents acteurs impliqués dans la lutte contre les maladies animales, définissant en France un véritable complexe biomédical vétérinaire, ont contribué à transformer ces normes de contrôle pour faire de la vaccination une alternative à l'abattage
Three main axes are followed in this thesis 1) The double comparison of the research, production and utilization processes of vaccines against two diseases: bovine tuberculosis and foot-and-mouth disease, in two countries, France and Great Britain. This thesis shows the circulations –of strains techniques, protocols, knowledge, researchers -between the spheres of human and veterinary processes in the two countries. 2) The professionalization process of French veterinarians: focusing on the gradual transformation of their knowledge from the late eighteenth century, this thesis shows the major role of bacteriology (creating new tools to diagnose and control contagion) in the recognition of a veterinary expertise over the control of contagion. 3) The analysis of the construction of the legislation and its secondary norms of application to control animal contagious diseases. This thesis shows how the two countries established the same legislations in the late nineteenth century to control animal diseases but analyses how practically, the control of the diseases varied according to the nature of diseases, local situations, as well as expertises and experiences of the various actors involved in the control of animal diseases. This thesis proposes an explanation of the experimental uses of vaccines in Great-Britain, as well as of the abandon of the BCG vaccine against bovine tuberculosis in France, while at the same period, a 'veterinary biomedical complex' associating pharmaceutical companies, veterinarians and farmers associations managed to make foot-and-mouth disease vaccination compulsory in France in 1961

Un crible biologique a pour objectif de tester en parallèle l'impact de nombreuses conditions expérimentales sur un processus biologique d'un organisme modèle. Le progrès technique et computationnel a rendu possible la réalisation de tels cribles à grande échelle - jusqu'à des centaines de milliers de conditions. L'imagerie sur cellules vivantes est un excellent outil pour étudier en détail les conséquences d'une perturbation chimique sur un processus biologique. L'analyse des cribles sur cellules vivantes demande toutefois la combinaison de méthodes robustes d'imagerie par ordinateur et de contrôle qualité, et d'approches statistiques efficaces pour la détection des effets significatifs. La présente thèse répond à ces défis par le développement de méthodes analytiques pour les images de cribles temporels à haut débit. Les cadres qui y sont développés sont appliqués à des données publiées, démontrant par là leur applicabilité ainsi que les bénéfices d'une ré-analyse des données de cribles à haut contenu (HCS). Le premier workflow pour l'étude de la motilité cellulaire à l'échelle d'une cellule dans de telles données constitue le chapitre 2. Le chapitre 3 applique ce workflow à des données publiées et présente une nouvelle distance pour l'inférence de cible thérapeutique à partir d'images de cribles temporels. Enfin, le chapitre 4 présente une pipeline méthodologique complète pour la conduite de cribles temporels à haut débit en toxicologie environnementale
Biological screens test large sets of experimental conditions with respect to their specific biological effect on living systems. Technical and computational progresses have made it possible to perform such screens at a large scale - up to hundreds of thousands of experiments. Live cell imaging is an excellent tool to study in detail the consequences of chemical perturbation on a given biological process. However, the analysis of live cell screens demands the combination of robust computer vision methods, efficient statistical methods for the detection of significant effects and robust procedures for quality control. This thesis addresses these challenges by developing analytical methods for the analysis of High Throughput time-lapse microscopy screening data. The developed frameworks are applied to publicly available HCS data, demonstrating their applicability and the benefits of HCS data remining. The first multivariate workflow for the study of single cell motility in such large-scale data is detailed in Chapter 2. Chapter 3 presents this workflow application to previously published data, and the development of a new distance for drug target inference by in silico comparisons of parallel siRNA and drug screens. Finally, chapter 4 presents a complete methodological pipeline for performing HT time-lapse screens in Environmental Toxicology

Conçu pour le milieu aquatique, un dispositif expérimental permet la quantification continue et en conditions contrôlées de la photosynthèse, de la photorespiration et de la respiration chez la macroalgue marine Chondrus crispus (Rhodophycées, Gigartinales). Mesurée au moyen d'une colonne d'échanges, l'évolution de la concentration en CO₂ dissous en régime stationnaire indique l'existence d'une importante résistance aux transferts de CO₂ à l'interface air-eau, et l'absorption préférentielle du carbone inorganique externe sous forme HCO⁻₃. La forte affinité apparente de la photosynthèse pour le CO₂ (Km (CO₂) ≃ 1 µM) est la conséquence de l'absorption directe de HCO⁻₃ laquelle concentrerait le carbone inorganique dans l'espace intracellulaire. Mesurée par la méthode à 1'18O₂, la photoconsommation d'O₂ présente une faible amplitude en conditions standard, peu de sensibilité au CO₂ et une vitesse supérieure à la respiration nocturne quand le CO₂ est sursaturant. Elle s'avère par ailleurs sensible à 1'O₂ (Km (O₂) ≃ 4 à 16%), comme la photosynthèse nette (40 à 70% d'effet Warburg), quand la concentration n'excède pas 30%. Suggérée par ces résultats, la nature composite de la photoconsommation d'O₂ est confirmée par l'influence de l'intensité lumineuse, de la température et de quelques inhibiteurs : maintien sous lumière de la respiration mitochondriale, implication de la voie du glycolate à 45% au mieux dans la prise totale d'O₂, qui résulte alors surtout de la réaction de Mehler, voire d'une chlororespiration.

Ce chapitre étudie les conditions d’accès d’élèves du secondaire (16-18 ans) à des reconstitutions historiques scientifiques de l’histoire des vivants (crises biologiques, origine de la vie terrestre). Il montre que cela exige que les élèves acquièrent des modes de raisonnement et des figures du temps qui sortent de l’ordinaire.

Afin de disposer de moyens propres en cas de crise nucléaire ou radiologique, le Service de santé des armées a créé, au sein l'Institut de recherche biomédicale des armées, le laboratoire de dosimétrie biologique des irradiations. Ce laboratoire effectue, après un événement nucléaire ou radiologique, accidentel ou malveillant, une estimation de la dose de rayonnements ionisants reçue par les victimes dans une optique de tri, puis de prise en charge médicale adaptée. Il utilise pour cela les techniques chromosomiques recommandées par I 'Agence internationale de l'énergie atomique. Il complète les capacités du Service de protection radiologique des armées, spécialisé dans la dosimétrie physique. Le positionnement du Laboratoire de dosimétrie biologique des irradiations à l'Institut de recherche biomédicale des armées lui permet de faire évoluer et d'améliorer sa capacité d'expertise et l'ouvre à des projets de recherche collaboratifs. Il s'implique dans des réseaux internationaux d'inter-comparaisons en dosimétrie chromosomique.

Notre contribution se propose d’aborder la question du statut accordé au savoir de type sociologique dans la société française contemporaine à l’aune de la pandémie de la Covid-19. On voudrait en effet montrer que dans certaines réactions politiques à la pandémie s’est rejoué le rapport très étroit qui avait caractérisé l’émergence de l’État social français entre sociologie et épidémie, sous une forme qui témoigne cependant cette fois de la crise que traverse le savoir sociologique. Nous montrerons d’abord ce qui lie si étroitement épidémie et sciences sociales à travers un retour à la sociologie durkheimienne. Celle-ci est en effet fondée sur l’idée qu’il y a en tout Homme deux êtres, un être biologique et un être social, et qu’à mesure que la division du travail social s’accentue, l’être social, tout en restant aussi présent, en vient à être masqué derrière l’être biologique, sous la figure de l’individu. Si Durkheim assigne à la sociologie le rôle de lever le voile de cette illusion individualiste, il est des moments où cette démarche est rendue plus aisée en ce que la pertinence de l’épistémologie sociologique acquiert une sorte d’évidence. Parce que la maladie contagieuse concerne un virus tout aussi invisible que l’est devenu l’être social en modernité, qui ne s’exprime que par une contrainte sur le corps qui prend le nom de symptômes là où elle apparait sous la forme de régularités statistiques pour la sociologie, et qu’elle ne se déploie qu’à travers des interactions sociales, l’épidémie est sans doute, parmi tous les événements, celui qui entretient avec l’épistémologie de la sociologie les liens les plus étroits. En témoigne la spécificité de l’épidémiologie en médecine, fondée sur une approche statistique qui rompt avec le principe de l’absoluité du patient individuel pour n’aborder la maladie que dans son existence collective, à travers les risques différenciés qu’elle induit d’un point de vue populationnel. C’est ce lien que nous mettrons en lumière en étudiant comment la tuberculose a été utilisée par le courant solidariste pour donner à cette conception durkheimienne toute sa portée en la transformant en un véritable projet politique, celui de l’État social, au début du XXe siècle. On tentera ainsi de montrer qu’une fois prouvée cette proximité entre épidémie et sociologie, il devient possible d’établir à partir des réactions qu’a suscitées la Covid-19 un diagnostic sur la situation des sciences sociales en France. Or, parce que les sciences sociales sont indissociables d’un courant politique organisé autour de l’État social que l’on nomme socialisme, c’est aussi un diagnostic politique que l’on peut réaliser en suivant les mobilisations et les rejets du thème de la solidarité auxquels a donné lieu la survenue de cette épidémie. À cet égard, ce sont les adresses officielles du président de la République, qui ont ponctué les premiers mois de la crise, que nous mobiliserons, en montrant que si la première d’entre elles a consisté en un surprenant encensement de l’État social, cette référence a vite été remplacée par d’autres, aux antipodes de l’épistémologie sociologique. On s’intéressera donc au sens de cette mobilisation, puis de son rejet et des termes qui sont venus la remplacer, en les plaçant au cœur de notre diagnostic sur le statut des sciences sociales dans la France contemporaine. Ce faisant, la savoir de la société apparaitra comme celui pouvant être extrait de l’expérience pandémique d’une façon particulière, car c’est sa place dans l’organisation sociale qui peut directement être évaluée à cette aune, et, avec elle, les implications politiques que charrie son épistémologie.