Auswahl der wissenschaftlichen Literatur zum Thema „Compatibilité des greffons“

<p style="text-align: justify;">L'application de la méthode décrite peut permettre de connaÎtre la compatibilité des porte-greffes avec un greffon déterminé. Les protéines totales, les phosphatases acides, les phosphatases alcalines et les peroxydases de l'ALBARIÑO (<em>Vitis vinifera</em> L.) et des six portegreffes (420-A, 41-B, 99-R, 110-R, 161-49, 196-17C) ont été extraites et analysées. A partir des mobilités électrophorétiques relatives (REM) des protéines totales, on a calculé les index d'affinité entre l'ALBARIÑO et les porte-greffes (Kv-pg) et entre les porte-greffes et l'ALBARIÑO (Kpg-v) pour chacune des combinaisons possibles. Avec ces résultats, et après avoir comparé les électrophorégrammes des isoenzymes, on a conclu que l'ALBARIÑO est compatible avec les porte-greffes 110-R, 41-B et 161-49.</p>

Le remplacement d'un fragment de vaisseau malade par un greffon synthétique conduit à différentes réponses biologiques (thrombose, épaississement intimaI) qui peuvent amener une occlusion postopératoire de la prothèse. Le vaisseau hôte va réagir en formant un épaississement intimaI aux sites d'anastomoses. Cette prolifération, dépendante de facteurs de croissance, met enjeu principalement les cellules musculaires lisses (CML), suite à une lésion ou à un dysfonctionnement des cellules endothéliales. Nous avons développé un modèle de coculture pour étudier les réponses et les interactions des cellules endothéliales et des CML dans le cadre d'une lésion vasculaire. Les cellules ont été isolées à partir de l'artère aorte bovine. Dans notre modèle, l'héparine s'est montrée efficace pour freiner la prolifération des CML. Nous avons ensuite lié de manière covalente l'héparine sur deux supports protéiques constitués de gélatine et/ou d'albumine à l'aide d'un carbodiimide hydrosoluble. Nous observons une inhibition de la croissance des CML qui est proportionnelle à la fixation d'héparine sur ces membranes. Cette modification chimique de la surface protéique conduit à des variations des états énergétiques, physico-chimiques et structurales de ces surfaces qui se reflètent en partie sur la prolifération cellulaire. Ces supports héparinés semblent aussi avoir des répercussions sur la sécrétion des protéines de la matrice extra cellulaire, mais pas sur la sécrétion de métalloprotéinase(s) matricielle(s). Nos études sur la coagulation montrent que les supports héparinés acquièrent des propriétés anticoagulantes dès les plus faibles quantités d'héparine fixée
Replacement of a piece of sick vessel by a synthetic graft induces various biological responses (thrombosis, intimaI thickening) that can produce post-operative prosthesis occlusion. The host vessel reacts by forming an intimaI thickening at the sites of anastomosis. This growth factor-dependent proliferation primarily involves smooth muscle cells (SMC) and is triggered by an injury or dysfunction of endothelial cells. We have developed a co-culture model to study the interaction between endothelial cells and SMC and their biological response to vascular injury. Cells were isolated from bovine aorta arteries. Ln our model, heparin was shawn to be very effective in slowing down SMC proliferation. Heparin was covalently bound to two proteinic supports, which were composed of gelatin and/or albumin, using a water-soluble carbodiimide. We observed an inhibition of SMC growth that was proportion al to the amounts of heparin linked to these supports. Chemical modifications of proteinic surfaces lead to fluctuations of their physico-chemical, structural, or energetical states, that could in part impact cell proliferation. These heparinised supports also seemed to influence the secretion of extracellular matrix proteins, but not of matrix metalloproteinases. Our coagulation studies demonstrate that heparinized supports acquire anticoagulant properties starting with the lowest amounts of fixed heparin

Cette thèse présente une approche de science des données pour explorer l'antigénicité des molécules du complexe majeur d'histocompatibilité (HLA) en se basant sur leurs structures 3D et des simulations de dynamique moléculaire (MD). L'objectif principal est de mieux comprendre les déterminants du rejet de greffe causé par les anticorps spécifiques du donneur (DSA en anglais) et d'améliorer l'évaluation de la compatibilité donneur-receveur, qui ne prend actuellement pas en compte la structure 3D des antigènes HLA. La thèse a produit et analysé les structures 3D et les simulations MD de 207 antigènes HLA. Diverses méthodes de science des données ont été employées pour transformer les données 3D brutes en descripteurs statiques et dynamiques, permettant finalement l'entraînement d'un prédicteur d'épitopes HLA hautement performant. La thèse explore les propriétés structurales des antigènes HLA en utilisant selon divers points de vue, examinant des caractéristiques telles que l'accessibilité au solvant, les propriétés physico-chimiques et la flexibilité des chaînes latérales des acides aminés (AA). L'étude de la flexibilité des AA pendant les simulations MD a révélé que la flexibilité était plus faible pour les AA présents dans les éplets confirmés par rapport aux non-éplets, ce qui est cohérent avec des résultats récents sur les épitopes en général. De plus, la thèse introduit l'utilisation des polynômes de Zernike pour représenter la surface 3D des molécules, facilitant des tâches telles que la comparaison et la classification des structures. L'hypothèse selon laquelle l'antigénicité des HLA dépend de la similarité structurelle entre les antigènes HLA du receveur et du donneur a été étudiée en utilisant la distance de Wasserstein pour comparer des nuages de points multidimensionnels représentant les trajectoires MD. L'utilisation des polynômes de Zernike pour l'identification des conformères de peptides le long de trajectoires MD a également été explorée. Les résultats ont montré une capacité prometteuse à identifier des conformères distinctifs en fonction de leur forme. Une contribution clé de la thèse est la construction d'un prédicteur d'épitopes HLA appelé HLA-EpiCheck. En utilisant des caractéristiques structurales statiques et dynamiques extraites des simulations MD, un jeu de données composé de 18 descripteurs calculés sur près de 7000 patchs de surface 3D dérivés de 207 antigènes HLA a été construit. Le prédicteur a été entraîné en utilisant des éplets confirmés de la base de données HLA Eplet Registry, puis employé pour prédire le statut des éplets non confirmés. Les résultats de prédiction ont montré une cohérence remarquable avec des résultats expérimentaux. De plus, une analyse de l'importance des descripteurs, effectuée sur HLA-EpiCheck, a révélé l’importance notable des descripteurs associés à la flexibilité des chaînes latérales, soulignant l’intérêt d’introduire des descripteurs dynamiques dans le processus d’apprentissage quand il s’agit de structures de protéines. En outre, la thèse a impliqué le développement d'une base de données pour les structures 3D des antigènes HLA et d'une interface graphique appelée HLA-3D-Diff. Cette interface permet aux utilisateurs de superposer des structures 3D d'antigènes HLA, de visualiser leurs trajectoires dans les simulations de DM et d'identifier les différences potentielles apparaissant de manière dynamique pendant les trajectoires. Elle sert d'outil pour explorer manuellement les paires d'antigènes HLA dans des situations cliniques d'immunisation complexes ou inattendues. Le travail inclus dans cette thèse vise à permettre la prise en compte de caractéristiques dynamiques dans l’étude des différences structurales et des prédictions d'épitopes HLA lors de l'appariement donneur-receveur pour l'attribution des greffons.Les travaux futurs pourraient impliquer des études cliniques rétrospectives de la contribution de ces nouveaux éléments au maintien ou au rejet de la greffe
This thesis presents a data science approach to explore the antigenicity of Human Leukocyte Antigen (HLA) molecules based on their three-dimensional (3D) structures and molecular dynamics (MD) simulations. The primary objective is to better understand the determinants of graft rejection caused by donor-specific antibodies (DSAs) and to improve donor-recipient compatibility assessment, which currently does not consider the 3D structure of HLA antigens. The thesis produced and analyzed the 3D structures and MD simulations of 207 HLA antigens. Various data science methods were employed to transform raw 3D data into manageable static and dynamic descriptors, ultimately enabling the training of a highly performant HLA epitope predictor on nearly 7,000 3D surface patches. The thesis explores the structural properties of HLA antigens from various points of vies, examining characteristics such as solvent accessibility, physico-chemical properties, and side-chain flexibility of amino acids. The study of amino acid flexibility during MD simulations revealed that flexibility was lower for amino acids present in confirmed eplets compared to non-eplets, consistent with recent reports about epitopes. Additionally, the thesis introduces the use of Zernike polynomials to represent the 3D surface of molecules, facilitating tasks such as structure comparison and classification. The hypothesis that HLA antigenicity depends on the structural similarity between the recipient's and donor's HLA antigens was investigated using the Wasserstein distance to compare multidimensional point clouds (i.e. 3D surface patches) representing MD simulation trajectories. The use of Zernike polynomials for the identification of peptide conformers along MD trajectories was also explored. The results showed a promising ability to identify distinctive conformers based on shape. A key contribution of the thesis is the construction of an epitope predictor for HLA antigens called HLA-EpiCheck. Using static and dynamic structural features extracted from MD simulations, a dataset consisting of 18 descriptors calculated on nearly 7,000 3D surface patches derived from 207 HLA antigens was built. The predictor was trained using confirmed eplets from the HLA Eplet Registry database and then employed to predict the status of non-confirmed eplets. The prediction results showed remarkable consistency with experimental results produced at the Immunology-Histocompatibility laboratory of Saint Louis Hospital. Furthermore, feature importance analysis performed on HLA-EpiCheck revealed a noteworthy importance of the descriptors associated with side-chain flexibility, underlining the importance of introducing dynamic descriptors in ML tasks related to protein structure. Furthermore, the thesis involved the development of a database for 3D structures of HLA antigens and a graphical interface called HLA-3D-Diff. This interface allows users to superimpose 3D structures of HLA antigens, visualize their trajectories in MD simulations, and identify or confirm potential differences appearing dynamically during trajectories. It serves as a tool for manually exploring pairs of HLA antigens in complex or unexpected clinical immunization situations. The work presented in this thesis aims to include dynamic features in the study of structural differences and HLA epitope predictions for a better donor-recipient matching in graft allocation. Future work could involve retrospective clinical studies to evaluate the contribution of these new elements to graft maintenance or rejection

L’objectif de cette thèse est le développement des matériaux polymères injectables innovants issus de ressources renouvelables et répondant aux exigences techniques automobiles. Pour cela, des mélanges à base de polyoléfines (POs) et du poly(3- hydroxybutyrate-co-hydroxyvalérate) (PHBV) ont été étudiés. Ces mélanges polymères étant non-miscibles, l’optimisation de leurs propriétés par compatibilisation a été réalisée selon différentes approches. Dans un premier temps, la synthèse de polypropylène fonctionnel original avec des taux de greffage relativement élevés et sans perte de masses molaires a permis, par réaction in-situ, la compatibilisation des mélanges PP/PHBV. Dans une deuxième partie, le poly(éthylène-co- alcool vinylique) greffé-poly(3- hydroxybutyrate-co- hydroxyvalérate) a été synthétisé par extrusion réactive, ce copolymère a été utilisé ensuite comme compatibilisant pour les mélanges PE/PHBV. L’ajout de ces compatibilisants a permis d’obtenir des matériaux ayant des propriétés optimisées et une morphologie nettement plus fine que les systèmes non compatibilisés démontrant ainsi leur efficacité
The main objective of this work is the development of innovative materials from renewable resources for the automotive industry. Polymer blends of polyolefins (POs) and poly(3-hydroxybutyrate-co-hydroxyvalerate) (PHBV) were prepared through twin screw extruder process and studied. These polymer blends are non-miscible, then in order to optimize their final properties, compatibilizing agents were synthesized by reactive extrusion. On the one hand, functionalized polypropylene with various polar monomers and without significant molecular weight loss was synthesized with the aim to compatibilize PP/PHBV blends, on the other hand, poly(ethylene-co- vinylalcohol)-graft- poly(3-hydroxybutyrate-co-hydroxyvalerate) was obtained by exchange reactions in the presence of an efficient catalyst and those in order to compatibilize PE/PHBV blends. Efficiency of these compatibilizers was investigated in the last part of this study which is dedicated to POs/PHBV polymer blends compatibilization. Materials with improved properties and finer morphologies than the non- compatibilized systems were obtained thanks to the compatibilizers

The aim of this research work was to improve the compatibility of polymer blends made from poly(lactic acid) and natural rubber (PLA/NR blends) by using modified natural rubber as a compatibilizer. Natural rubber was chemically modified into two categories: natural rubber grafted poly(vinyl acetate) copolymer (NR-g-PVAc) and block copolymers (PLA-NR diblock copolymer and PLA-NR-PLA triblock copolymer). PLA/NR blends were prepared by melting blending in a twin screw extruder and compression molded to obtain a 2-mm thick sheet. The blends contained 10-20 wt% of NR and modified NR, and the impact strength and tensile properties were investigated. The compatibilization effect was determined by DMTA, DSC and SEM. NR-g-PVAc was synthesized by emulsion polymerization to obtain different PVAc graft contents (1%, 5% and 12%). Characterization by DMTA showed an enhancement in miscibility of the PLA/NR-g-PVAc blends. NR-g-PVAc could be used as a toughening agent of PLA and as a compatibilizer of the PLA/NR blend. The block copolymers were synthesized following two routes: (1) hydroxyl telechelic natural rubber (HTNR) and lactide and (2) HTNR and PLA prepolymer. In the former route, lactide was in situ polymerized via a ring opening polymerization to be a PLA block segment during block copolymerization. In the latter route PLA prepolymer was synthesized by a condensation polymerization of L-lactic acid prior to block copolymerization. Both block copolymers acted as good compatibilizers for the PLA/NR blend by increasing the impact strength and decreasing the NR particle size. Triblock copolymers provided higher impact strength than diblock copolymers, and they were a less effective compatibilizer than NR-g-PVAc. In contrast to NR and NR-g-PVAc, the block copolymer was not a good toughening agent for PLA.

Cette etude constitue une mise au point de multiplication vegetative intensive in vitro et de tests precoces de compatibilite de greffes inter-specifiques chez le jasmin. Le microbouturage in vitro consiste en cultures primaire et secondaire ainsi que le recyclage de l'explant primaire permettant un rendement optimal en presence des solutions minerales dkw avec bap et aib. L'induction rhizogene utilise des solutions hormonales permettant l'enracinement in vitro en milieu liquide sur perlite ou in vivo sur substrat horticole. Les compatibilites de greffe sont analysees selon trois techniques in vitro: le micro-greffage d'apex avec ebauches foliaires de j. Grandiflorum, les associations d'entrenuds et de cals. On note une irregularite de callogenese entre especes montrant l'interet des associations d'entrenuds. La compatibilite entre j. Mesnyi et j. Grandiflorum, confirmee par tests de suspensions cellulaires permet d'envisager cette combinaison au plan agronomique