Zeitschriftenartikel zum Thema „16S amplicon analysis“
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Devloo-Delva, Floriaan, Roger Huerlimann, Gladys Chua, Jordan K. Matley, Michelle R. Heupel, Colin A. Simpfendorfer und Gregory E. Maes. „How does marker choice affect your diet analysis: comparing genetic markers and digestion levels for diet metabarcoding of tropical-reef piscivores“. Marine and Freshwater Research 70, Nr. 1 (2019): 8. http://dx.doi.org/10.1071/mf17209.
Der volle Inhalt der QuelleAnsorge, Rebecca, Giovanni Birolo, Stephen A. James und Andrea Telatin. „Dadaist2: A Toolkit to Automate and Simplify Statistical Analysis and Plotting of Metabarcoding Experiments“. International Journal of Molecular Sciences 22, Nr. 10 (18.05.2021): 5309. http://dx.doi.org/10.3390/ijms22105309.
Der volle Inhalt der QuelleZhang, Ke, Rongnan Lin, Yujun Chang, Qing Zhou und Zhi Zhang. „16S-FASAS: an integrated pipeline for synthetic full-length 16S rRNA gene sequencing data analysis“. PeerJ 10 (23.09.2022): e14043. http://dx.doi.org/10.7717/peerj.14043.
Der volle Inhalt der QuelleLeonard, Caroline, Damien Thiry, Bernard Taminiau, Georges Daube und Jacques Fontaine. „External Ear Canal Evaluation in Dogs with Chronic Suppurative Otitis Externa: Comparison of Direct Cytology, Bacterial Culture and 16S Amplicon Profiling“. Veterinary Sciences 9, Nr. 7 (18.07.2022): 366. http://dx.doi.org/10.3390/vetsci9070366.
Der volle Inhalt der QuelleYu, Jeong suk, Minhee Kim, Il-Hoon Cho, Yu-Min Sim und Young Sun Hwang. „Evidence Supporting Oral Hygiene Management by Owners through a Genetic Analysis of Dental Plaque Bacteria in Dogs“. Veterinary Sciences 11, Nr. 2 (19.02.2024): 96. http://dx.doi.org/10.3390/vetsci11020096.
Der volle Inhalt der QuelleTheil, Sebastien, und Etienne Rifa. „rANOMALY: AmplicoN wOrkflow for Microbial community AnaLYsis“. F1000Research 10 (07.01.2021): 7. http://dx.doi.org/10.12688/f1000research.27268.1.
Der volle Inhalt der QuelleHjelmsø, Mathis Hjort, Lars Hestbjerg Hansen, Jacob Bælum, Louise Feld, William E. Holben und Carsten Suhr Jacobsen. „High-Resolution Melt Analysis for Rapid Comparison of Bacterial Community Compositions“. Applied and Environmental Microbiology 80, Nr. 12 (07.03.2014): 3568–75. http://dx.doi.org/10.1128/aem.03923-13.
Der volle Inhalt der QuelleÁlvarez Narváez, Sonsiray, Megan S. Beaudry, Connor G. Norris, Paula B. Bartlett, Travis C. Glenn und Susan Sanchez. „Improved Equine Fecal Microbiome Characterization Using Target Enrichment by Hybridization Capture“. Animals 14, Nr. 3 (29.01.2024): 445. http://dx.doi.org/10.3390/ani14030445.
Der volle Inhalt der QuelleTang, Jianming, John K. Moulton, Kenneth Pruess, Eddie W. Cupp und Thomas R. Unnasch. „Genetic variation in North American black flies in the subgenus Psilopelmia (Simulium: Diptera: Simuliidae)“. Canadian Journal of Zoology 76, Nr. 2 (01.02.1998): 205–11. http://dx.doi.org/10.1139/z97-190.
Der volle Inhalt der QuelleNelson, Michael C., Hilary G. Morrison, Jacquelynn Benjamino, Sharon L. Grim und Joerg Graf. „Analysis, Optimization and Verification of Illumina-Generated 16S rRNA Gene Amplicon Surveys“. PLoS ONE 9, Nr. 4 (10.04.2014): e94249. http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0094249.
Der volle Inhalt der QuellePlaný, Matej, Tomáš Kuchta, Katarína Šoltýs, Tomáš Szemes, Domenico Pangallo und Peter Siekel. „Metagenomic Analysis of Slovak Bryndza Cheese Using Next-Generation 16S rDNA Amplicon Sequencing“. Nova Biotechnologica et Chimica 15, Nr. 1 (01.06.2016): 23–34. http://dx.doi.org/10.1515/nbec-2016-0003.
Der volle Inhalt der Quelleda Silva, Cleiziane Bispo, Hellen Ribeiro Martins dos Santos, Phellippe Arthur Santos Marbach, Jorge Teodoro de Souza, Valter Cruz-Magalhães, Ronaldo Costa Argôlo-Filho und Leandro Lopes Loguercio. „First-tier detection of intragenomic 16S rRNA gene variation in culturable endophytic bacteria from cacao seeds“. PeerJ 7 (20.11.2019): e7452. http://dx.doi.org/10.7717/peerj.7452.
Der volle Inhalt der QuelleSierra, Maria A., Qianhao Li, Smruti Pushalkar, Bidisha Paul, Tito A. Sandoval, Angela R. Kamer, Patricia Corby et al. „The Influences of Bioinformatics Tools and Reference Databases in Analyzing the Human Oral Microbial Community“. Genes 11, Nr. 8 (03.08.2020): 878. http://dx.doi.org/10.3390/genes11080878.
Der volle Inhalt der QuelleYen, Sandi, Jethro Johnson und Nicholas E. Ilott. „Streamlined processing and analysis of 16S rRNA amplicon sequencing data with OCMS_16S and OCMSlooksy“. Wellcome Open Research 7 (23.02.2022): 68. http://dx.doi.org/10.12688/wellcomeopenres.17632.1.
Der volle Inhalt der QuelleRanjan, Ravi, Asha Rani, Ahmed Metwally, Halvor S. McGee und David L. Perkins. „Analysis of the microbiome: Advantages of whole genome shotgun versus 16S amplicon sequencing“. Biochemical and Biophysical Research Communications 469, Nr. 4 (Januar 2016): 967–77. http://dx.doi.org/10.1016/j.bbrc.2015.12.083.
Der volle Inhalt der QuelleMurovec, Boštjan, Leon Deutsch und Blaž Stres. „General Unified Microbiome Profiling Pipeline (GUMPP) for Large Scale, Streamlined and Reproducible Analysis of Bacterial 16S rRNA Data to Predicted Microbial Metagenomes, Enzymatic Reactions and Metabolic Pathways“. Metabolites 11, Nr. 6 (24.05.2021): 336. http://dx.doi.org/10.3390/metabo11060336.
Der volle Inhalt der QuelleFujimoto, Naoshi, Keigo Mizuno, Tomoki Yokoyama, Akihiro Ohnishi, Masaharu Suzuki, Satoru Watanabe, Kenji Komatsu et al. „Community analysis of picocyanobacteria in an oligotrophic lake by cloning 16S rRNA gene and 16S rRNA gene amplicon sequencing“. Journal of General and Applied Microbiology 61, Nr. 5 (2015): 171–76. http://dx.doi.org/10.2323/jgam.61.171.
Der volle Inhalt der QuelleNakajima, Aruto, Keisuke Yoshida, Aina Gotoh, Toshihiko Katoh, Miriam N. Ojima, Mikiyasu Sakanaka, Jin-Zhong Xiao, Toshitaka Odamaki und Takane Katayama. „A simple method that enhances minority species detection in the microbiota: 16S metagenome-DRIP (Deeper Resolution using an Inhibitory Primer)“. Microbiome Research Reports 1, Nr. 3 (2022): 20. http://dx.doi.org/10.20517/mrr.2022.08.
Der volle Inhalt der QuelleGuo, Mengmeng, Xi Cao, Ke Zhang, Menghao Pan, Yujiang Wu, Suo Langda, Yuxin Yang, Yulin Chen, Ba Gui und Baohua Ma. „16S rRNA Gene Sequencing Revealed Changes in Gut Microbiota Composition during Pregnancy and Lactation in Mice Model“. Veterinary Sciences 9, Nr. 4 (01.04.2022): 169. http://dx.doi.org/10.3390/vetsci9040169.
Der volle Inhalt der QuelleTorrell, Helena, Adrià Cereto-Massagué, Polina Kazakova, Lorena García, Héctor Palacios und Núria Canela. „Multiomic Approach to Analyze Infant Gut Microbiota: Experimental and Analytical Method Optimization“. Biomolecules 11, Nr. 7 (07.07.2021): 999. http://dx.doi.org/10.3390/biom11070999.
Der volle Inhalt der QuelleYaman, Belma Nural. „Metagenomics (16S Amplicon Sequencing) and DGGE Analysis of Bacterial Diversity of Acid Mine Drainage“. Journal of Microbiology, Biotechnology and Food Sciences 9, Nr. 5 (April 2020): 932–36. http://dx.doi.org/10.15414/jmbfs.2020.9.5.932-936.
Der volle Inhalt der QuelleGonzalez, Emmanuel, Frederic E. Pitre und Nicholas J. B. Brereton. „ANCHOR: a 16S rRNA gene amplicon pipeline for microbial analysis of multiple environmental samples“. Environmental Microbiology 21, Nr. 7 (21.05.2019): 2440–68. http://dx.doi.org/10.1111/1462-2920.14632.
Der volle Inhalt der QuelleSibanda, Timothy, Ramganesh Selvarajan und Memory Tekere. „Targeted 16S rRNA amplicon analysis reveals the diversity of bacterial communities in carwash effluents“. International Microbiology 22, Nr. 2 (26.10.2018): 181–89. http://dx.doi.org/10.1007/s10123-018-00038-0.
Der volle Inhalt der QuelleRamiro-Garcia, Javier, Gerben D. A. Hermes, Christos Giatsis, Detmer Sipkema, Erwin G. Zoetendal, Peter J. Schaap und Hauke Smidt. „NG-Tax, a highly accurate and validated pipeline for analysis of 16S rRNA amplicons from complex biomes“. F1000Research 5 (23.11.2018): 1791. http://dx.doi.org/10.12688/f1000research.9227.2.
Der volle Inhalt der QuelleChun, Jongsik, Anwarul Huq und Rita R. Colwell. „Analysis of 16S-23S rRNA Intergenic Spacer Regions of Vibrio cholerae and Vibrio mimicus“. Applied and Environmental Microbiology 65, Nr. 5 (01.05.1999): 2202–8. http://dx.doi.org/10.1128/aem.65.5.2202-2208.1999.
Der volle Inhalt der QuelleBarak, Noga, Eduard Fadeev, Vera Brekhman, Dikla Aharonovich, Tamar Lotan und Daniel Sher. „Selecting 16S rRNA Primers for Microbiome Analysis in a Host–Microbe System: The Case of the Jellyfish Rhopilema nomadica“. Microorganisms 11, Nr. 4 (06.04.2023): 955. http://dx.doi.org/10.3390/microorganisms11040955.
Der volle Inhalt der QuelleBergsten, Pauline, Pauline Vannier, Julie Frion, Alan Mougeolle und Viggó Þór Marteinsson. „Culturable Bacterial Diversity from the Basaltic Subsurface of the Young Volcanic Island of Surtsey, Iceland“. Microorganisms 10, Nr. 6 (08.06.2022): 1177. http://dx.doi.org/10.3390/microorganisms10061177.
Der volle Inhalt der QuelleMcAdams, Zachary, Kevin Gustafson und Aaron Ericsson. „The Effect of Common Viral Inactivation Techniques on 16S rRNA Amplicon-Based Analysis of the Gut Microbiota“. Microorganisms 9, Nr. 8 (17.08.2021): 1755. http://dx.doi.org/10.3390/microorganisms9081755.
Der volle Inhalt der QuelleForero-Becerra, Elkin, Jignesh Patel, Heidy-C. Martínez-Díaz, Paola Betancourt-Ruiz, Efraín Benavides, Steven Durán, Luz-A. Olaya-Másmela, Eliana Bolaños, Marylin Hidalgo und Jere W. McBride. „Seroprevalence and Genotypic Analysis of Ehrlichia canis Infection in Dogs and Humans in Cauca, Colombia“. American Journal of Tropical Medicine and Hygiene 104, Nr. 5 (05.05.2021): 1771–76. http://dx.doi.org/10.4269/ajtmh.20-0965.
Der volle Inhalt der QuelleRamiro-Garcia, Javier, Gerben D. A. Hermes, Christos Giatsis, Detmer Sipkema, Erwin G. Zoetendal, Peter J. Schaap und Hauke Smidt. „NG-Tax, a highly accurate and validated pipeline for analysis of 16S rRNA amplicons from complex biomes“. F1000Research 5 (22.07.2016): 1791. http://dx.doi.org/10.12688/f1000research.9227.1.
Der volle Inhalt der QuelleNAKAYAMA, Jiro, Jiahui JIANG, Koichi WATANABE, Kangting CHEN, Huang NINXIN, Kazunori MATSUDA, Takashi KURAKAWA, Hirokazu TSUJI, Kenji SONOMOTO und Yuan-Kun LEE. „Up to Species-level Community Analysis of Human Gut Microbiota by 16S rRNA Amplicon Pyrosequencing“. Bioscience of Microbiota, Food and Health 32, Nr. 2 (2013): 69–76. http://dx.doi.org/10.12938/bmfh.32.69.
Der volle Inhalt der QuelleRoberto, Frank F. „16S-rRNA gene-targeted amplicon sequence analysis of an enargite-dominant bioleach demonstration in Peru“. Hydrometallurgy 180 (September 2018): 271–76. http://dx.doi.org/10.1016/j.hydromet.2018.08.005.
Der volle Inhalt der QuelleBarret, Maialen, Nathalie Gagnon, Martin L. Kalmokoff, Edward Topp, Yris Verastegui, Stephen P. J. Brooks, Fernando Matias, Josh D. Neufeld und Guylaine Talbot. „Identification of Methanoculleus spp. as Active Methanogens during Anoxic Incubations of Swine Manure Storage Tank Samples“. Applied and Environmental Microbiology 79, Nr. 2 (26.10.2012): 424–33. http://dx.doi.org/10.1128/aem.02268-12.
Der volle Inhalt der QuelleMurphy, Robert, und Mikael Lenz Strube. „RibDif2: Expanding amplicon analysis to full genomes“. Bioinformatics Advances, 21.08.2023. http://dx.doi.org/10.1093/bioadv/vbad111.
Der volle Inhalt der QuelleIzak, D., A. Gromadka und S. Kaczanowski. „Mothulity Facilitates 16S/ITS Amplicon Diversity Analysis“. Current Protocols in Bioinformatics 69, Nr. 1 (24.02.2020). http://dx.doi.org/10.1002/cpbi.94.
Der volle Inhalt der QuelleZorz, Jackie, Carmen Li, Anirban Chakraborty, Daniel A. Gittins, Taylor Surcon, Natasha Morrison, Robbie Bennett, Adam MacDonald und Casey R. J. Hubert. „SituSeq: an offline protocol for rapid and remote Nanopore 16S rRNA amplicon sequence analysis“. ISME Communications 3, Nr. 1 (20.04.2023). http://dx.doi.org/10.1038/s43705-023-00239-3.
Der volle Inhalt der QuelleStrube, Mikael Lenz. „RibDif: Can individual species be differentiated by 16S sequencing?“ Bioinformatics Advances, 06.09.2021. http://dx.doi.org/10.1093/bioadv/vbab020.
Der volle Inhalt der QuelleZhang, Tianyuan, Hanzhou Li, Silin Ma, Jian Cao, Hao Liao, Qiaoyun Huang und Wenli Chen. „The newest Oxford Nanopore R10.4.1 full-length 16S rRNA sequencing enables the accurate resolution of species-level microbial community profiling“. Applied and Environmental Microbiology, 06.10.2023. http://dx.doi.org/10.1128/aem.00605-23.
Der volle Inhalt der QuelleTremblay, Julien, und Etienne Yergeau. „Systematic processing of ribosomal RNA gene amplicon sequencing data“. GigaScience 8, Nr. 12 (01.12.2019). http://dx.doi.org/10.1093/gigascience/giz146.
Der volle Inhalt der QuelleKinoshita, Yuta, Hidekazu Niwa, Eri Uchida-Fujii und Toshio Nukada. „Establishment and assessment of an amplicon sequencing method targeting the 16S-ITS-23S rRNA operon for analysis of the equine gut microbiome“. Scientific Reports 11, Nr. 1 (04.06.2021). http://dx.doi.org/10.1038/s41598-021-91425-7.
Der volle Inhalt der QuelleXue, Zhengyao, Mary E. Kable und Maria L. Marco. „Impact of DNA Sequencing and Analysis Methods on 16S rRNA Gene Bacterial Community Analysis of Dairy Products“. mSphere 3, Nr. 5 (17.10.2018). http://dx.doi.org/10.1128/msphere.00410-18.
Der volle Inhalt der QuelleMiura, Hiroto, Masayuki Takeda, Megumi Yamaguchi, Yoshihisa Ohtani, Go Endo, Yasuhisa Masuda, Kaede Ito et al. „Application of MinION Amplicon Sequencing to Buccal Swab Samples for Improving Resolution and Throughput of Rumen Microbiota Analysis“. Frontiers in Microbiology 13 (24.03.2022). http://dx.doi.org/10.3389/fmicb.2022.783058.
Der volle Inhalt der QuelleZheng, Jun-Jie, Po-Wen Wang, Tzu-Wen Huang, Yao-Jong Yang, Hua-Sheng Chiu, Pavel Sumazin und Ting-Wen Chen. „MOCHI, a comprehensive cross-platform tool for amplicon-based microbiota analysis“. Bioinformatics, 25.07.2022. http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btac494.
Der volle Inhalt der QuelleUmbach, Alexander K., Champika Fernando, Janet E. Hill und Josh D. Neufeld. „Evaluating cpn60 for high-resolution profiling of the mammalian skin microbiome and detection of phylosymbiosis“. ISME Communications 3, Nr. 1 (07.07.2023). http://dx.doi.org/10.1038/s43705-023-00276-y.
Der volle Inhalt der QuelleOdom, Aubrey R., Tyler Faits, Eduardo Castro-Nallar, Keith A. Crandall und W. Evan Johnson. „Metagenomic profiling pipelines improve taxonomic classification for 16S amplicon sequencing data“. Scientific Reports 13, Nr. 1 (26.08.2023). http://dx.doi.org/10.1038/s41598-023-40799-x.
Der volle Inhalt der QuelleMatsuo, Yoshiyuki, Shinnosuke Komiya, Yoshiaki Yasumizu, Yuki Yasuoka, Katsura Mizushima, Tomohisa Takagi, Kirill Kryukov et al. „Full-length 16S rRNA gene amplicon analysis of human gut microbiota using MinION™ nanopore sequencing confers species-level resolution“. BMC Microbiology 21, Nr. 1 (26.01.2021). http://dx.doi.org/10.1186/s12866-021-02094-5.
Der volle Inhalt der QuelleBeaudry, Megan S., Jincheng Wang, Troy J. Kieran, Jesse Thomas, Natalia J. Bayona-Vásquez, Bei Gao, Alison Devault et al. „Improved Microbial Community Characterization of 16S rRNA via Metagenome Hybridization Capture Enrichment“. Frontiers in Microbiology 12 (27.04.2021). http://dx.doi.org/10.3389/fmicb.2021.644662.
Der volle Inhalt der QuelleOlivier, Sandra A., Michelle K. Bull, Mikael Lenz Strube, Robert Murphy, Tom Ross, John P. Bowman und Belinda Chapman. „Long-read MinION™ sequencing of 16S and 16S-ITS-23S rRNA genes provides species-level resolution of Lactobacillaceae in mixed communities“. Frontiers in Microbiology 14 (07.12.2023). http://dx.doi.org/10.3389/fmicb.2023.1290756.
Der volle Inhalt der QuelleMolano, Leidy-Alejandra G., Sara Vega-Abellaneda und Chaysavanh Manichanh. „GSR-DB: a manually curated and optimized taxonomical database for 16S rRNA amplicon analysis“. mSystems, 08.01.2024. http://dx.doi.org/10.1128/msystems.00950-23.
Der volle Inhalt der QuelleZiesemer, Kirsten A., Allison E. Mann, Krithivasan Sankaranarayanan, Hannes Schroeder, Andrew T. Ozga, Bernd W. Brandt, Egija Zaura et al. „Intrinsic challenges in ancient microbiome reconstruction using 16S rRNA gene amplification“. Scientific Reports 5, Nr. 1 (13.11.2015). http://dx.doi.org/10.1038/srep16498.
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